SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_050655799.1 NCBI__GCF_002893965.1:WP_050655799.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 5 hits to proteins with known functional sites (download)

P20966 PTS system fructose-specific EIIB'BC component; EIIB'BC-Fru; EC 2.7.1.202 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
46% identity, 70% coverage: 196:678/689 of query aligns to 104:558/563 of P20966

query
sites
P20966
R
 
K
H
 
R
I
 
V
V
 
V
A
 
A
V
 
V
T
 
T
A
 
A
C
|
C
P
 
P
T
 
T
G
 
G
I
 
V
A
 
A
H
 
H
T
 
T
Y
 
F
M
 
M
A
 
A
A
 
A
D
 
E
S
 
A
L
 
I
V
 
E
A
 
T
A
 
E
G
 
A
E
 
K
R
 
K
A
 
R
G
 
G
V
 
W
K
 
W
V
 
V
H
 
K
V
 
V
E
 
E
T
 
T
Q
 
R
G
 
G
S
 
S
S
 
V
G
 
G
S
 
A
-
 
G
T
 
N
P
 
A
L
 
I
D
 
T
P
 
P
S
 
E
V
 
E
I
 
V
A
 
A
G
 
A
A
 
A
A
 
D
A
 
L
V
 
V
I
 
I
F
 
V
A
 
A
T
 
A
D
 
D
V
 
I
G
 
E
V
 
V
K
 
D
G
 
-
R
 
L
E
 
A
R
 
K
F
 
F
A
 
A
G
 
G
K
 
K
P
 
P
V
 
M
V
 
Y
A
 
R
S
 
T
G
 
S
-
 
T
-
 
G
-
 
L
-
 
A
V
 
L
K
 
K
R
 
K
A
 
T
I
 
A
N
 
Q
E
 
E
P
 
L
D
 
D
K
 
K
M
 
A
L
 
V
A
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
T
R
 
P
A
 
Y
S
 
E
E
 
P
N
 
A
P
 
G
A
 
K
A
 
A
A
 
Q
T
 
T
V
 
-
D
 
-
G
 
-
T
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
A
A
 
T
A
 
T
D
 
E
S
 
S
D
 
K
A
 
K
G
 
E
S
 
S
V
 
A
G
 
G
F
 
A
G
 
Y
T
 
R
H
 
H
L
 
L
R
 
-
Q
 
-
V
 
-
L
 
-
L
 
L
T
 
T
G
 
G
V
 
V
S
 
S
Y
 
Y
M
 
M
I
 
L
P
 
P
F
 
M
V
 
V
A
 
V
A
 
A
G
 
G
G
 
G
L
 
L
L
 
C
I
 
I
A
 
A
L
 
L
G
 
S
F
 
F
L
 
A
L
 
F
G
 
G
G
 
I
Y
 
E
E
 
A
I
 
F
S
 
K
G
 
E
P
 
P
A
 
G
K
 
T
D
 
-
I
 
-
V
 
-
L
 
-
N
 
-
N
 
-
S
 
-
I
 
-
T
 
-
N
 
-
L
 
-
P
 
-
D
 
-
G
 
-
G
 
-
L
 
-
A
 
-
T
 
-
Y
 
-
L
 
L
G
 
A
A
 
A
V
 
A
L
 
L
F
 
M
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
S
 
G
-
 
G
L
 
S
A
 
A
F
 
F
S
 
A
F
 
L
L
 
M
V
 
V
P
 
P
A
 
V
L
 
L
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
I
 
I
A
 
A
F
 
F
A
 
S
I
 
I
A
 
A
D
 
D
R
 
R
P
 
P
G
 
G
I
 
L
A
 
T
P
 
P
G
 
G
F
 
L
T
 
I
A
 
G
G
 
G
A
 
M
V
 
L
A
 
A
V
 
V
F
 
S
V
 
T
G
 
G
A
 
S
G
 
G
F
 
F
I
 
I
G
 
G
G
 
G
L
 
I
V
 
I
G
 
A
G
 
G
L
 
F
I
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
Y
V
 
I
A
 
A
L
 
K
Y
 
L
I
 
I
G
 
S
-
 
T
R
 
Q
I
 
L
A
 
K
V
 
L
P
 
P
Q
 
Q
W
 
S
L
 
M
R
 
E
G
 
A
L
 
L
M
 
K
P
 
P
V
 
I
V
 
L
I
 
I
I
 
I
P
 
P
L
 
L
F
 
I
A
 
S
T
 
S
L
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
A
 
L
L
 
A
M
 
M
F
 
I
I
 
Y
V
 
L
L
 
I
G
 
G
R
 
K
P
 
P
L
 
V
A
 
A
A
 
G
I
 
I
T
 
L
S
 
E
G
 
G
L
 
L
T
 
T
D
 
H
W
 
W
L
 
L
N
 
Q
G
 
T
L
 
M
S
 
G
G
 
T
S
 
A
S
 
N
A
 
A
I
 
V
F
 
L
L
 
L
G
 
G
I
 
A
I
 
I
L
 
L
G
 
G
L
 
G
M
 
M
M
 
M
C
 
C
F
 
T
D
 
D
L
 
M
G
 
G
G
 
G
P
 
P
V
 
V
N
 
N
K
 
K
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
F
 
F
A
 
G
V
 
V
A
 
G
G
 
L
L
 
L
N
 
S
V
 
T
N
 
Q
D
 
-
P
 
-
A
 
-
T
 
T
L
 
Y
R
 
G
I
 
P
M
 
M
A
 
A
A
 
A
V
 
I
M
 
M
A
 
A
A
 
A
G
 
G
M
 
M
V
 
V
P
 
P
P
 
P
L
 
L
A
 
A
M
 
M
A
 
G
L
 
L
A
 
A
S
 
T
T
 
M
V
 
V
L
 
A
R
 
R
P
 
R
K
 
K
L
 
-
F
 
F
S
 
D
E
 
K
A
 
A
E
 
Q
R
 
Q
E
 
E
N
 
G
G
 
G
K
 
K
A
 
A
A
 
A
W
 
L
L
 
V
L
 
L
G
 
G
S
 
L
A
 
C
F
 
F
I
 
I
S
 
S
E
 
E
G
 
G
A
 
A
I
 
I
P
 
P
F
 
F
A
 
A
A
 
A
A
 
R
D
 
D
P
 
P
L
 
M
R
 
R
V
 
V
I
 
L
P
 
P
S
 
C
M
 
C
M
 
I
A
 
V
G
 
G
G
 
G
A
 
A
V
 
L
T
 
T
G
 
G
A
 
A
L
 
I
I
 
S
M
 
M
A
 
A
F
 
I
D
 
G
V
 
A
T
 
K
L
 
L
S
 
M
A
 
A
P
 
P
H
 
H
G
 
G
G
 
G
I
 
L
F
 
F
V
 
V
F
 
L
F
 
L
A
 
I
V
 
P
G
 
G
G
 
A
I
 
I
G
 
T
-
 
P
-
 
V
-
 
L
W
 
G
F
 
Y
L
 
L
V
 
V
S
 
A
L
 
I
A
 
I
A
 
A
G
 
G
T
 
T
V
 
L
V
 
V
A
 
A
A
 
G
L
 
L
A
 
A
V
 
Y
V
 
A
G
 
-
A
 
-
K
 
-
E
 
-
F
 
F
F
 
L
R
 
K
K
 
R
G
 
P
P
 
E
S
 
V
D
 
D
A
 
A

O31645 PTS system mannose-specific EIIBCA component; EIIBCA-Man; EII-Man; EC 2.7.1.191 from Bacillus subtilis (strain 168) (see 2 papers)
40% identity, 72% coverage: 197:689/689 of query aligns to 2:479/650 of O31645

query
sites
O31645
H
 
K
I
 
L
V
 
L
A
 
A
V
 
I
T
 
T
A
 
S
C
|
C
P
 
P
T
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
A
H
 
H
T
 
T
Y
 
Y
M
 
M
A
 
A
A
 
A
D
 
E
S
 
N
L
 
L
V
 
Q
A
 
K
A
 
A
G
 
A
E
 
D
R
 
R
A
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
S
V
 
I
H
 
K
V
 
V
E
 
E
T
 
T
Q
 
Q
G
 
G
S
 
G
S
 
I
G
 
G
-
 
V
S
 
E
T
 
N
P
 
K
L
 
L
D
 
T
P
 
E
S
 
E
V
 
E
I
 
I
A
 
R
G
 
E
A
 
A
A
 
D
A
 
A
V
 
I
I
 
I
F
 
I
A
 
A
T
 
A
D
 
D
V
 
R
G
 
S
V
 
V
K
 
N
G
 
-
R
 
K
E
 
D
R
 
R
F
 
F
A
 
I
G
 
G
K
 
K
P
 
K
V
 
L
V
 
L
A
 
S
S
 
V
G
 
G
V
 
V
K
 
Q
R
 
D
A
 
G
I
 
I
N
 
R
E
 
K
P
 
P
D
 
E
K
 
E
M
 
L
L
 
I
A
 
Q
E
 
K
A
 
A
L
 
L
R
 
N
A
 
G
S
 
-
E
 
D
N
 
I
P
 
P
A
 
V
A
 
Y
A
 
-
T
 
-
V
 
-
D
 
-
G
 
-
T
 
R
A
 
S
A
 
A
A
 
T
A
 
K
A
 
S
D
 
E
S
 
S
D
 
G
A
 
N
G
 
H
S
 
Q
V
 
E
G
 
K
F
 
K
G
 
Q
T
 
N
H
 
P
L
 
I
R
 
Y
Q
 
R
V
 
H
L
 
L
L
 
M
T
 
N
G
 
G
V
 
V
S
 
S
Y
 
F
M
 
M
I
 
V
P
 
P
F
 
F
V
 
I
A
 
V
A
 
V
G
 
G
G
 
G
L
 
L
L
 
L
I
 
I
A
 
A
L
 
V
G
 
A
F
 
L
L
 
T
L
 
L
G
 
G
G
 
G
Y
 
E
E
 
K
I
 
-
S
 
-
G
 
-
P
 
T
A
 
P
K
 
K
D
 
G
I
 
L
V
 
V
L
 
I
N
 
-
N
 
-
S
 
-
I
 
-
T
 
-
N
 
-
L
 
-
P
 
P
D
 
D
G
 
D
G
 
S
L
 
F
A
 
W
T
 
K
Y
 
-
L
 
-
G
 
-
A
 
-
V
 
T
L
 
I
F
 
E
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
S
 
S
L
 
A
A
 
S
F
 
F
S
 
S
F
 
F
L
 
M
V
 
I
P
 
P
A
 
I
L
 
L
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
I
 
I
A
 
A
F
 
Y
A
 
S
I
 
I
A
 
A
D
 
D
R
 
K
P
 
P
G
 
G
I
 
L
A
 
V
P
 
P
G
 
G
F
 
M
T
 
I
A
 
G
G
 
G
A
 
Y
V
 
I
A
 
A
V
 
A
F
 
T
-
 
G
-
 
S
-
 
F
-
 
Y
-
 
D
-
 
S
-
 
A
V
 
S
G
 
G
A
 
A
G
 
G
F
 
F
I
 
L
G
 
G
G
 
G
L
 
I
V
 
I
G
 
A
G
 
G
L
 
F
I
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
Y
V
 
A
A
 
A
L
 
L
Y
 
W
I
 
I
G
 
K
R
 
K
I
 
L
A
 
K
V
 
V
P
 
P
Q
 
K
W
 
A
L
 
I
R
 
Q
G
 
P
L
 
I
M
 
M
P
 
P
V
 
I
V
 
I
I
 
I
I
 
I
P
 
P
L
 
V
F
 
F
A
 
A
T
 
S
L
 
L
V
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
L
L
 
A
M
 
F
F
 
V
I
 
F
V
 
L
L
 
I
G
 
G
R
 
A
P
 
P
L
 
V
A
 
A
A
 
Q
I
 
I
T
 
F
S
 
A
G
 
S
L
 
L
T
 
T
D
 
V
W
 
W
L
 
L
N
 
A
G
 
G
L
 
M
S
 
K
G
 
G
S
 
S
S
 
S
A
 
S
I
 
I
F
 
L
L
 
L
G
 
A
I
 
L
I
 
I
L
 
L
G
 
G
L
 
A
M
 
M
M
 
I
C
 
S
F
 
F
D
 
D
L
 
M
G
 
G
G
 
G
P
 
P
V
 
V
N
 
N
K
 
K
A
 
V
A
 
A
Y
 
F
A
 
L
F
 
F
A
 
G
V
 
S
A
 
A
G
 
M
L
 
I
N
 
G
V
 
-
N
 
-
D
 
-
P
 
E
A
 
G
T
 
N
L
 
Y
R
 
E
I
 
I
M
 
M
A
 
G
A
 
P
V
 
I
M
 
A
A
 
V
A
 
A
G
 
I
M
 
C
V
 
I
P
 
P
P
 
P
L
 
I
A
 
G
M
 
L
A
 
G
L
 
I
A
 
A
S
 
-
T
 
T
V
 
F
L
 
L
R
 
G
P
 
K
K
 
R
L
 
K
F
 
F
S
 
E
E
 
A
A
x
S
E
 
Q
R
 
R
E
 
E
N
 
M
G
 
G
K
 
K
A
 
A
A
 
A
W
 
F
L
 
T
L
 
M
G
 
G
S
 
L
A
 
F
F
 
G
I
 
I
S
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
I
 
I
P
 
P
F
 
F
A
 
A
A
 
A
A
 
Q
D
 
D
P
 
P
L
 
L
R
 
R
V
 
V
I
 
I
P
 
P
S
 
S
M
 
I
M
 
M
A
 
A
G
 
-
G
 
G
A
 
S
V
 
M
T
 
T
G
 
G
A
 
S
L
 
V
I
 
I
-
 
A
M
 
M
A
 
I
F
 
G
D
 
N
V
 
V
T
 
G
L
 
D
S
 
R
A
 
V
P
 
A
H
 
H
G
 
G
G
 
G
-
 
P
-
 
I
I
 
V
F
 
A
V
 
V
F
 
L
F
 
G
A
 
A
V
 
V
G
 
D
G
 
H
I
 
V
G
 
L
W
 
M
F
 
F
L
 
F
V
 
I
S
 
A
L
 
V
A
 
I
A
 
A
G
 
G
T
 
S
V
 
L
V
 
V
A
 
T
A
 
A
L
 
L
A
 
F
V
 
V
V
 
N
G
 
V
A
 
L
K
 
K
E
 
K
F
 
D
F
 
I
R
 
T
K
 
A
G
 
S
P
 
P
S
 
V
D
 
L
A
 
S
E
 
E
L
 
T
D
 
A
P
 
P
E
 
T
I
 
S
V
 
A
P
 
P
A
 
S
A
 
E
A
 
A

P00550 PTS system mannitol-specific EIICBA component; EIICBA-Mtl; EII-Mtl; EC 2.7.1.197 from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
32% identity, 18% coverage: 28:154/689 of query aligns to 508:633/637 of P00550

query
sites
P00550
S
 
A
T
 
T
K
 
K
E
 
E
D
 
E
V
 
A
I
 
I
R
 
R
S
 
F
L
 
A
A
 
G
A
 
E
R
 
Q
L
 
L
T
 
V
A
 
K
A
 
G
G
 
G
R
 
Y
A
 
V
S
 
E
D
 
P
A
 
E
A
 
-
G
 
-
L
 
Y
V
 
V
D
 
Q
A
 
A
A
 
M
L
 
L
A
 
D
R
|
R
E
 
E
A
 
K
Q
 
L
S
 
T
A
 
P
T
 
T
G
 
Y
L
 
L
P
 
G
G
 
E
G
 
S
I
 
I
A
 
A
I
 
V
P
 
P
H
|
H
C
 
G
R
 
T
A
 
V
E
 
E
A
 
A
-
 
K
-
 
D
-
 
R
V
 
V
S
 
L
S
 
K
A
 
T
S
 
G
L
 
V
G
 
V
F
 
F
A
 
C
R
 
Q
L
 
Y
D
 
P
P
 
E
K
 
G
V
 
V
D
 
R
F
 
F
G
 
G
A
 
E
P
 
E
-
 
E
D
 
D
G
 
D
P
 
I
A
 
A
D
 
R
L
 
L
V
 
V
F
 
I
L
 
G
I
 
I
A
 
A
A
 
A
P
 
R
E
 
N
G
 
N
A
 
-
G
 
-
A
 
-
E
 
E
H
 
H
M
 
I
K
 
Q
L
 
V
L
 
I
S
 
T
S
 
S
L
 
L
A
 
T
R
 
N
A
 
A
L
 
L
V
 
D
R
 
D
P
 
E
A
 
S
F
 
V
V
 
I
T
 
E
S
 
R
L
 
L
R
 
A
E
 
H
A
 
T
S
 
T
T
 
S
P
 
V
D
 
D
E
 
E
I
 
V
V
 
L
R
 
E
L
 
L
V
 
L

Sites not aligning to the query:

O31644 Transcriptional regulator ManR; Mannose operon transcriptional activator; EC 2.7.1.191 from Bacillus subtilis (strain 168) (see paper)
32% identity, 13% coverage: 51:141/689 of query aligns to 540:633/648 of O31644

query
sites
O31644
A
 
K
G
 
G
L
 
Y
V
 
V
D
 
D
A
 
K
-
 
D
-
 
Y
-
 
A
-
 
V
-
 
H
A
 
A
L
 
V
A
 
M
R
 
R
E
 
E
A
 
K
Q
 
M
S
 
S
A
 
A
T
 
T
G
 
N
L
 
I
P
 
G
G
 
S
G
 
G
I
 
I
A
 
A
I
 
I
P
 
P
H
|
H
C
 
A
R
 
N
A
 
A
E
 
K
A
 
F
V
 
I
S
 
K
S
 
Q
A
 
S
S
 
A
L
 
I
G
 
A
F
 
I
A
 
A
R
 
T
L
 
L
D
 
K
P
 
E
K
 
P
V
 
L
D
 
E
F
 
W
G
 
G
A
 
-
P
 
-
D
 
N
G
 
E
P
 
K
A
 
V
D
 
S
L
 
L
V
 
V
F
 
F
L
 
M
I
 
L
A
 
A
A
 
V
P
 
K
E
 
H
G
 
E
A
 
D
G
 
Q
A
 
T
E
 
M
H
 
T
M
 
K
K
 
Q
L
 
L
L
 
F
S
 
S
S
 
E
L
 
L
A
 
S
R
 
Y
A
 
L
L
 
S
V
 
E
R
 
Q
P
 
P
A
 
A
F
 
F
V
 
V
T
 
Q
S
 
K
L
 
L

Sites not aligning to the query:

1j6tA Complex of enzyme iiamtl and the histidine-containing phosphocarrier protein hpr from escherichia coli nmr, restrained regularized mean structure (see paper)
32% identity, 19% coverage: 27:154/689 of query aligns to 15:141/144 of 1j6tA

query
sites
1j6tA
G
 
A
S
 
A
T
 
T
K
 
K
E
 
E
D
 
E
V
 
A
I
 
I
R
 
R
S
 
F
L
 
A
A
 
G
A
 
E
R
 
Q
L
 
L
T
 
V
A
 
K
A
 
G
G
 
G
R
 
Y
A
 
V
S
 
E
D
 
P
A
 
E
A
 
-
G
 
-
L
 
Y
V
 
V
D
 
Q
A
 
A
A
 
M
L
 
L
A
 
D
R
|
R
E
 
E
A
 
K
Q
 
L
S
 
T
A
 
P
T
 
T
G
 
Y
L
 
L
P
 
G
G
 
E
G
 
S
I
 
I
A
 
A
I
 
V
P
 
P
H
|
H
C
 
G
R
 
T
A
 
V
E
 
E
A
 
A
-
 
K
-
 
D
-
 
R
V
 
V
S
 
L
S
 
K
A
 
T
S
 
G
L
 
V
G
 
V
F
 
F
A
 
C
R
 
Q
L
 
Y
D
 
P
P
 
E
K
 
G
V
 
V
D
 
R
F
 
F
G
 
G
A
 
E
P
 
E
-
 
E
D
 
D
G
 
D
P
 
I
A
 
A
D
 
R
L
 
L
V
 
V
F
 
I
L
 
G
I
 
I
A
 
A
A
 
A
P
 
R
E
 
N
G
 
N
A
 
-
G
 
-
A
 
-
E
 
E
H
|
H
M
 
I
K
 
Q
L
 
V
L
 
I
S
 
T
S
 
S
L
 
L
A
 
T
R
 
N
A
 
A
L
 
L
V
 
D
R
 
D
P
 
E
A
 
S
F
 
V
V
 
I
T
 
E
S
 
R
L
 
L
R
 
A
E
 
H
A
 
T
S
 
T
T
 
S
P
 
V
D
 
D
E
 
E
I
 
V
V
 
L
R
 
E
L
 
L
V
 
L

Query Sequence

>WP_050655799.1 NCBI__GCF_002893965.1:WP_050655799.1
MSDTTAAGSSGPEIISPELISLDTDLGSTKEDVIRSLAARLTAAGRASDAAGLVDAALAR
EAQSATGLPGGIAIPHCRAEAVSSASLGFARLDPKVDFGAPDGPADLVFLIAAPEGAGAE
HMKLLSSLARALVRPAFVTSLREASTPDEIVRLVDEVLNPAPKDPAAKAAAATPPAPVST
GKHATEETPAPAPAERHIVAVTACPTGIAHTYMAADSLVAAGERAGVKVHVETQGSSGST
PLDPSVIAGAAAVIFATDVGVKGRERFAGKPVVASGVKRAINEPDKMLAEALRASENPAA
ATVDGTAAAAADSDAGSVGFGTHLRQVLLTGVSYMIPFVAAGGLLIALGFLLGGYEISGP
AKDIVLNNSITNLPDGGLATYLGAVLFQIGSLAFSFLVPALAGYIAFAIADRPGIAPGFT
AGAVAVFVGAGFIGGLVGGLIAGVVALYIGRIAVPQWLRGLMPVVIIPLFATLVVGALMF
IVLGRPLAAITSGLTDWLNGLSGSSAIFLGIILGLMMCFDLGGPVNKAAYAFAVAGLNVN
DPATLRIMAAVMAAGMVPPLAMALASTVLRPKLFSEAERENGKAAWLLGSAFISEGAIPF
AAADPLRVIPSMMAGGAVTGALIMAFDVTLSAPHGGIFVFFAVGGIGWFLVSLAAGTVVA
ALAVVGAKEFFRKGPSDAELDPEIVPAAA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory