SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_053767406.1 NCBI__GCF_001280255.1:WP_053767406.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3vpdA Lysx from thermus thermophilus complexed with amp-pnp (see paper)
90% identity, 100% coverage: 1:281/281 of query aligns to 1:281/281 of 3vpdA

query
sites
3vpdA
M
 
M
L
 
L
A
 
A
I
 
I
L
 
L
Y
 
Y
D
 
D
R
 
R
I
 
I
R
 
R
P
 
P
D
 
D
E
 
E
K
 
R
M
 
M
L
 
L
F
 
F
E
 
E
R
 
R
A
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
L
G
 
G
L
 
L
P
 
P
F
 
Y
K
 
K
K
 
K
V
 
V
Y
 
Y
V
 
V
P
 
P
A
 
A
L
 
L
H
 
P
M
 
M
V
 
V
L
 
L
G
 
G
E
 
E
R
 
R
P
 
P
K
 
E
E
 
A
L
 
L
E
 
E
G
 
G
V
 
V
T
 
T
V
 
V
A
 
A
L
 
L
E
 
E
R
 
R
C
 
C
V
 
V
S
 
S
Q
 
Q
S
 
S
R
 
R
G
 
G
L
 
L
A
 
A
V
 
A
A
 
A
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
T
 
T
A
 
A
L
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
V
N
 
N
R
 
R
P
 
P
E
 
E
V
 
V
I
 
I
E
 
E
T
 
A
C
 
C
G
 
G
D
 
D
K
 
K
W
 
W
A
 
A
T
 
T
S
 
S
V
 
V
A
 
A
L
 
L
E
 
A
R
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
P
 
P
K
 
K
T
 
T
A
 
A
L
 
L
L
 
A
T
 
T
E
 
D
A
 
R
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
R
L
 
L
M
 
M
E
 
E
A
 
A
W
 
F
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
V
|
V
L
 
L
K
|
K
P
 
P
V
 
V
I
 
I
G
 
G
S
 
S
W
|
W
G
|
G
R
 
R
L
 
L
L
|
L
A
 
A
K
 
K
I
 
V
T
 
T
D
 
D
R
 
R
E
 
A
A
 
A
A
 
A
E
 
E
A
 
A
I
 
L
L
 
L
E
 
E
H
 
H
K
 
K
E
 
E
V
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
G
F
 
F
Q
 
Q
H
 
H
Q
 
Q
L
 
L
L
 
F
Y
 
Y
I
 
I
Q
|
Q
E
 
E
Y
 
Y
V
|
V
K
 
E
K
|
K
P
 
P
G
 
G
R
 
R
D
|
D
I
 
I
R
 
R
V
 
V
F
 
F
V
 
V
V
 
V
G
 
G
E
 
E
R
 
R
A
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
A
I
 
I
Y
 
Y
R
|
R
R
 
R
S
 
S
Q
 
A
H
 
H
W
|
W
I
 
I
T
|
T
N
 
N
T
 
T
A
 
A
R
 
R
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
E
 
E
N
 
N
C
 
C
P
 
P
V
 
L
T
 
T
P
 
E
E
 
E
I
 
I
A
 
A
E
 
R
L
 
L
S
 
S
L
 
V
R
 
G
A
 
A
A
 
A
Q
 
E
A
 
A
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
A
I
 
V
D
 
D
L
 
L
F
|
F
E
 
E
S
 
S
E
 
E
R
 
R
G
 
G
L
 
L
L
 
L
V
 
V
N
 
N
E
|
E
V
 
V
N
 
N
H
 
H
T
 
T
M
 
M
E
 
E
F
|
F
K
|
K
N
|
N
S
|
S
V
 
V
H
 
H
T
 
T
T
 
T
G
 
G
V
 
V
D
 
D
I
 
I
P
 
P
G
 
G
E
 
E
I
 
I
L
 
L
R
 
R
Y
 
Y
A
 
A
W
 
W
E
 
E
V
 
V
A
 
A
G
 
R
G
 
G

1uc9A Crystal structure of a lysine biosynthesis enzyme, lysx, from thermus thermophilus hb8 (see paper)
78% identity, 100% coverage: 1:280/281 of query aligns to 1:256/256 of 1uc9A

query
sites
1uc9A
M
 
M
L
 
L
A
 
A
I
 
I
L
 
L
Y
 
Y
D
 
D
R
 
R
I
 
I
R
 
R
P
 
P
D
 
D
E
 
E
K
 
R
M
 
M
L
 
L
F
 
F
E
 
E
R
 
R
A
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
L
G
 
G
L
 
L
P
 
P
F
 
Y
K
 
K
K
 
K
V
 
V
Y
 
Y
V
 
V
P
 
P
A
 
A
L
 
L
H
 
P
M
 
M
V
 
V
L
 
L
G
 
G
E
 
E
R
 
R
P
 
P
K
 
K
E
 
E
L
 
L
E
 
E
G
 
G
V
 
V
T
 
T
V
 
V
A
 
A
L
 
L
E
 
E
R
 
R
C
 
C
V
 
V
S
 
S
Q
 
Q
S
 
S
R
 
R
G
 
G
L
 
L
A
 
A
V
 
A
A
 
A
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
T
 
T
A
 
A
L
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
V
N
 
N
R
 
R
P
 
P
E
 
E
V
 
V
I
 
I
E
 
E
T
 
A
C
 
C
G
 
G
D
 
D
K
 
K
W
 
W
A
 
A
T
 
T
S
 
S
V
 
V
A
 
A
L
 
L
E
 
A
R
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
P
 
P
K
 
K
T
 
T
A
 
A
L
 
L
L
 
A
T
 
T
E
 
D
A
 
R
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
R
L
 
L
M
 
M
E
 
E
A
 
A
W
 
F
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
V
 
V
L
 
L
K
|
K
P
 
P
V
 
V
I
 
I
G
 
G
S
 
A
W
 
-
G
 
-
R
 
-
L
 
-
L
 
-
A
 
-
K
 
-
I
 
-
T
 
-
D
 
-
R
 
A
E
 
A
A
 
A
A
 
A
E
 
A
A
 
A
I
 
A
L
 
A
E
 
A
H
 
A
K
 
A
E
 
A
V
 
A
L
 
A
G
 
A
G
 
G
F
 
F
Q
 
Q
H
 
H
Q
 
Q
L
 
L
L
 
F
Y
 
Y
I
 
I
Q
 
Q
E
 
E
Y
|
Y
V
|
V
K
 
E
K
 
K
P
 
P
G
 
G
R
 
R
D
|
D
I
 
I
R
 
R
V
 
V
F
 
F
V
 
V
V
 
V
G
 
G
E
 
E
R
 
R
A
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
A
I
 
I
Y
 
Y
R
|
R
R
 
-
S
 
-
Q
 
-
H
 
-
W
 
-
I
 
-
T
 
-
N
 
-
T
 
-
A
 
-
R
 
-
G
 
-
G
 
-
Q
 
-
A
 
A
E
 
E
N
 
N
C
 
C
P
 
P
V
 
L
T
 
T
P
 
E
E
 
E
I
 
V
A
 
A
E
 
R
L
 
L
S
 
S
L
 
V
R
 
K
A
 
A
A
 
A
Q
 
E
A
 
A
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
A
I
 
V
D
 
D
L
 
L
F
|
F
E
 
E
S
 
S
E
 
E
R
 
R
G
 
G
L
 
L
L
 
L
V
 
V
N
|
N
E
 
E
V
 
V
N
 
N
H
 
H
T
 
T
M
 
M
E
 
E
F
 
F
K
 
K
N
 
N
S
 
S
V
 
V
H
 
H
T
 
T
T
 
T
G
 
G
V
 
V
D
 
D
I
 
I
P
 
P
G
 
G
E
 
E
I
 
I
L
 
L
R
 
K
Y
 
Y
A
 
A
W
 
W
E
 
S
V
 
L
A
 
A
G
 
S

5k2mI Bifunctional lysx/argx from thermococcus kodakarensis with lysw-gamma- aaa (see paper)
46% identity, 99% coverage: 2:279/281 of query aligns to 3:271/273 of 5k2mI

query
sites
5k2mI
L
 
I
A
 
G
I
 
I
L
 
T
Y
 
Y
D
 
T
R
 
V
I
 
L
R
 
R
P
 
R
D
 
E
E
 
E
K
 
M
M
 
A
L
 
I
F
 
K
E
 
E
R
 
R
A
 
A
E
 
G
A
 
E
L
 
F
G
 
G
L
 
-
P
 
-
F
 
-
K
 
-
K
 
-
V
 
-
Y
 
E
V
 
V
P
 
V
A
 
M
L
 
L
H
 
H
M
 
E
V
 
D
L
 
D
G
 
L
E
 
L
R
 
F
P
 
P
K
 
G
E
 
N
L
 
Y
E
 
D
G
 
-
V
 
L
T
 
D
V
 
V
A
 
V
L
 
I
E
 
I
R
 
R
C
 
N
V
|
V
S
|
S
Q
x
H
S
x
F
R
 
K
G
 
A
L
 
L
A
 
Y
V
 
T
A
 
A
R
 
R
Y
 
L
L
 
F
T
 
E
A
 
S
L
 
E
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
T
V
 
V
N
 
N
R
 
S
P
 
S
E
 
R
V
 
L
I
 
I
E
 
F
T
 
E
C
 
A
G
 
G
D
 
D
K
|
K
W
 
L
A
 
F
T
 
A
S
 
T
V
 
L
A
 
R
L
 
L
E
 
A
-
 
G
R
 
K
A
 
V
G
 
P
L
 
V
P
 
P
Q
 
E
P
 
W
K
 
K
T
 
A
A
 
A
L
 
L
L
 
S
T
 
E
E
 
G
A
 
G
E
 
-
E
 
-
A
 
A
L
 
L
K
 
R
L
 
V
M
 
P
E
 
D
A
 
S
W
 
L
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
V
 
L
V
|
V
L
 
S
K
|
K
P
 
P
V
 
V
I
x
F
G
 
G
S
|
S
W
|
W
G
 
G
R
|
R
L
 
L
L
|
L
A
 
A
K
 
K
I
 
V
T
 
N
D
 
D
R
 
R
E
 
D
A
 
S
A
 
L
E
 
E
A
 
A
I
 
V
L
 
L
E
 
E
H
 
H
K
 
R
E
 
K
V
 
W
L
 
M
G
 
K
G
x
N
F
 
P
Q
 
L
H
x
Y
Q
 
G
L
 
I
L
 
H
Y
 
Y
I
 
F
Q
|
Q
E
 
E
Y
 
F
V
|
V
K
 
E
K
|
K
P
 
P
G
 
G
R
 
R
D
|
D
I
 
I
R
|
R
V
 
S
F
 
Y
V
 
V
V
 
I
G
 
G
E
 
G
R
 
E
A
 
F
I
 
V
A
 
G
A
 
A
I
 
I
Y
 
Y
R
 
R
R
 
Y
S
 
S
Q
 
N
H
 
H
W
|
W
I
|
I
T
|
T
N
|
N
T
|
T
A
|
A
R
 
R
G
 
G
G
 
G
Q
 
K
A
 
A
E
 
E
N
 
P
C
 
C
P
 
S
V
 
-
T
 
D
P
 
P
E
 
E
I
 
V
A
 
E
E
 
E
L
 
L
S
 
S
L
 
V
R
 
K
A
 
A
A
 
W
Q
 
E
A
 
A
V
 
F
G
 
G
G
 
E
G
 
G
V
 
A
V
 
L
A
 
A
I
 
I
D
 
D
L
 
I
F
|
F
E
 
E
S
 
S
E
 
E
R
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
L
V
 
V
N
|
N
E
|
E
V
 
V
N
 
N
H
 
P
T
x
N
M
 
M
E
|
E
F
|
F
K
 
K
N
|
N
S
 
A
V
 
A
H
 
R
T
 
V
T
 
T
G
 
G
V
 
A
D
 
D
I
 
M
P
 
A
G
 
G
E
 
K
I
 
L
L
 
V
R
 
E
Y
 
Y
A
 
A
W
 
V
E
 
E
V
 
V
A
 
A

5k2mG Bifunctional lysx/argx from thermococcus kodakarensis with lysw-gamma- aaa (see paper)
46% identity, 99% coverage: 2:279/281 of query aligns to 3:271/273 of 5k2mG

query
sites
5k2mG
L
 
I
A
 
G
I
 
I
L
 
T
Y
 
Y
D
 
T
R
 
V
I
 
L
R
 
R
P
 
R
D
 
E
E
 
E
K
 
M
M
 
A
L
 
I
F
 
K
E
 
E
R
 
R
A
 
A
E
 
G
A
 
E
L
 
F
G
 
G
L
 
-
P
 
-
F
 
-
K
 
-
K
 
-
V
 
-
Y
 
E
V
 
V
P
 
V
A
 
M
L
 
L
H
 
H
M
 
E
V
 
D
L
 
D
G
 
L
E
 
L
R
 
F
P
 
P
K
 
G
E
 
N
L
 
Y
E
 
D
G
 
-
V
 
L
T
 
D
V
 
V
A
 
V
L
 
I
E
 
I
R
 
R
C
 
N
V
|
V
S
|
S
Q
x
H
S
x
F
R
 
K
G
 
A
L
 
L
A
 
Y
V
 
T
A
 
A
R
 
R
Y
 
L
L
 
F
T
 
E
A
 
S
L
 
E
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
T
V
 
V
N
 
N
R
 
S
P
 
S
E
 
R
V
 
L
I
 
I
E
 
F
T
 
E
C
 
A
G
 
G
D
 
D
K
|
K
W
 
L
A
 
F
T
 
A
S
 
T
V
 
L
A
 
R
L
 
L
E
 
A
-
 
G
R
 
K
A
 
V
G
 
P
L
 
V
P
 
P
Q
 
E
P
 
W
K
 
K
T
 
A
A
 
A
L
 
L
L
 
S
T
 
E
E
 
G
A
 
G
E
 
-
E
 
-
A
 
A
L
 
L
K
 
R
L
 
V
M
 
P
E
 
D
A
 
S
W
 
L
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
V
 
L
V
|
V
L
 
S
K
|
K
P
 
P
V
 
V
I
x
F
G
 
G
S
|
S
W
|
W
G
|
G
R
|
R
L
 
L
L
 
L
A
 
A
K
 
K
I
 
V
T
 
N
D
 
D
R
 
R
E
 
D
A
 
S
A
 
L
E
 
E
A
 
A
I
 
V
L
 
L
E
 
E
H
 
H
K
 
R
E
 
K
V
 
W
L
 
M
G
 
K
G
 
N
F
 
P
Q
 
L
H
x
Y
Q
 
G
L
 
I
L
 
H
Y
 
Y
I
 
F
Q
|
Q
E
 
E
Y
 
F
V
|
V
K
 
E
K
|
K
P
 
P
G
 
G
R
 
R
D
|
D
I
 
I
R
|
R
V
 
S
F
 
Y
V
 
V
V
 
I
G
 
G
E
 
G
R
 
E
A
 
F
I
 
V
A
 
G
A
 
A
I
 
I
Y
 
Y
R
|
R
R
 
Y
S
 
S
Q
 
N
H
 
H
W
|
W
I
 
I
T
|
T
N
|
N
T
|
T
A
|
A
R
 
R
G
 
G
G
 
G
Q
 
K
A
 
A
E
 
E
N
 
P
C
 
C
P
 
S
V
 
-
T
 
D
P
 
P
E
 
E
I
 
V
A
 
E
E
 
E
L
 
L
S
 
S
L
 
V
R
 
K
A
 
A
A
 
W
Q
 
E
A
 
A
V
 
F
G
 
G
G
 
E
G
 
G
V
 
A
V
 
L
A
 
A
I
 
I
D
|
D
L
 
I
F
|
F
E
 
E
S
 
S
E
 
E
R
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
L
V
 
V
N
|
N
E
|
E
V
 
V
N
|
N
H
x
P
T
x
N
M
 
M
E
|
E
F
|
F
K
 
K
N
|
N
S
x
A
V
 
A
H
 
R
T
 
V
T
 
T
G
 
G
V
 
A
D
 
D
I
 
M
P
 
A
G
 
G
E
 
K
I
 
L
L
 
V
R
 
E
Y
 
Y
A
 
A
W
 
V
E
 
E
V
 
V
A
 
A

Q4JAP9 Alpha-aminoadipate--LysW ligase LysX; AAA--LysW ligase LysX; EC 6.3.2.43 from Sulfolobus acidocaldarius (strain ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770) (see paper)
34% identity, 94% coverage: 9:273/281 of query aligns to 1:268/276 of Q4JAP9

query
sites
Q4JAP9
I
 
M
R
 
R
P
 
W
D
 
E
E
 
E
K
 
K
M
 
D
L
 
I
F
 
I
E
 
T
R
 
E
A
 
A
E
 
K
A
 
K
L
 
S
G
 
G
L
 
F
P
 
K
F
 
A
K
 
I
K
 
P
V
 
I
Y
 
F
V
 
T
P
 
K
A
 
D
L
 
F
H
 
Y
M
 
S
V
 
A
L
 
I
G
 
G
-
 
V
-
 
G
E
 
E
R
 
N
P
 
Y
K
 
S
E
 
E
L
 
L
E
 
E
G
 
A
V
 
-
T
 
D
V
 
V
A
 
I
L
 
I
E
 
Q
R
 
R
C
 
N
V
 
T
S
 
S
Q
 
H
S
 
A
R
 
R
G
 
A
L
 
L
A
 
T
V
 
T
A
 
S
R
 
L
Y
 
I
L
 
F
T
 
E
A
 
G
L
 
W
G
 
N
I
 
Y
P
 
N
V
 
V
V
 
V
N
 
N
R
 
D
P
 
A
E
 
T
V
 
S
I
 
L
E
 
F
T
 
K
C
 
C
G
 
G
D
 
N
K
 
K
W
 
L
A
 
Y
T
 
T
S
 
L
V
 
S
A
 
L
L
 
L
E
 
A
R
 
K
A
 
H
G
 
N
L
 
I
P
 
K
Q
 
T
P
 
P
K
 
R
T
 
T
A
 
I
L
 
V
L
 
T
T
 
F
E
 
S
A
 
K
E
 
D
E
 
K
A
 
A
L
 
V
K
 
D
L
 
L
M
 
A
E
 
K
A
 
K
W
 
I
G
 
G
Y
 
F
P
 
P
V
 
A
V
 
V
L
 
I
K
 
K
P
 
P
V
 
I
I
 
E
G
 
G
S
 
S
W
 
W
G
 
G
R
 
R
L
 
M
L
 
V
A
 
A
K
 
K
I
 
A
T
 
V
D
 
D
R
 
E
E
 
D
A
 
I
A
 
L
E
 
Y
A
 
S
I
 
F
L
 
L
E
 
E
H
 
Y
K
 
Q
E
 
E
V
 
Y
L
 
T
G
 
T
G
 
S
F
 
Q
Q
 
F
H
 
R
Q
 
Q
L
 
I
L
 
Y
Y
 
L
I
 
V
Q
 
Q
E
 
E
Y
 
F
V
 
V
K
 
K
K
 
K
P
 
P
G
 
N
R
 
R
D
 
D
I
 
I
R
 
R
V
 
I
F
 
F
V
 
V
V
 
M
G
 
G
E
 
D
R
 
E
A
 
A
I
 
P
A
 
V
A
 
G
I
 
I
Y
 
Y
R
 
R
-
 
V
R
 
N
S
 
E
Q
 
R
H
 
N
W
 
W
I
 
K
T
 
T
N
 
N
T
 
T
A
 
A
R
 
L
G
 
G
G
 
A
Q
 
R
A
 
A
E
 
L
N
 
P
C
 
L
P
 
K
V
 
I
T
 
D
P
 
D
E
 
E
I
 
L
A
 
R
E
 
D
L
 
L
S
 
A
L
 
L
R
 
K
A
 
V
A
 
R
Q
 
D
A
 
I
V
 
M
G
 
G
G
 
G
G
 
F
V
 
F
V
 
L
A
 
G
I
 
I
D
 
D
L
 
I
F
 
F
E
 
E
S
 
D
-
 
P
E
 
E
R
 
R
G
 
G
L
 
Y
L
 
L
V
 
V
N
 
N
E
 
E
V
 
V
N
 
N
H
 
G
T
 
V
M
 
P
E
 
E
F
 
Y
K
 
K
N
|
N
S
x
T
V
 
V
H
 
R
T
 
V
T
 
N
G
 
N
V
 
F
D
 
N
I
 
V
P
 
S
G
 
S
E
 
Y
I
 
L
L
 
L
R
 
N

3vpbB Argx from sulfolobus tokodaii complexed with lysw/glu/adp/mg/zn/sulfate (see paper)
33% identity, 98% coverage: 2:277/281 of query aligns to 3:278/282 of 3vpbB

query
sites
3vpbB
L
 
V
A
 
V
I
 
L
L
 
I
Y
 
V
D
 
D
R
 
I
I
 
V
R
 
R
P
 
Q
D
 
E
E
 
E
K
 
K
M
 
L
L
 
I
F
 
A
E
 
K
R
 
A
A
 
L
E
 
E
A
 
E
L
 
N
G
 
K
L
 
V
P
 
Q
F
 
Y
K
 
D
K
 
I
V
 
I
Y
 
N
V
 
V
P
 
A
A
 
Q
L
 
E
H
 
P
M
 
L
V
 
P
L
 
F
G
 
N
E
 
-
R
 
-
P
 
-
K
 
K
E
 
A
L
 
L
E
 
G
G
 
R
V
 
Y
T
 
D
V
 
V
A
 
A
L
 
I
E
 
I
R
 
R
C
 
P
V
 
V
S
 
S
Q
 
M
S
 
Y
R
 
R
G
 
A
L
 
L
A
 
Y
V
 
S
A
 
S
R
 
A
Y
 
V
L
 
L
T
 
E
A
 
A
L
 
A
G
 
G
I
 
V
P
 
H
V
 
T
V
 
I
N
 
N
R
 
S
P
 
S
E
 
D
V
 
V
I
 
I
E
 
N
T
 
V
C
 
C
G
 
G
D
 
D
K
|
K
W
 
I
A
 
L
T
 
T
S
 
Y
V
 
S
A
 
K
L
 
L
E
 
Y
R
 
R
A
 
E
G
 
G
L
 
I
P
 
P
Q
 
I
P
 
P
K
 
D
T
 
S
A
 
I
L
 
I
L
 
A
T
 
L
E
 
S
A
 
A
E
 
E
E
 
A
A
 
A
L
 
L
K
 
K
L
 
A
M
 
Y
E
 
E
A
 
Q
W
 
R
G
 
G
Y
 
F
P
 
P
V
 
L
V
x
I
L
 
D
K
|
K
P
 
P
V
 
P
I
 
I
G
 
G
S
|
S
W
 
W
G
|
G
R
 
R
L
 
L
L
x
V
A
 
S
K
 
L
I
 
I
T
 
R
D
 
D
R
 
V
E
 
F
A
 
E
A
 
G
E
 
K
A
 
T
I
 
I
L
 
I
E
 
E
H
 
H
K
 
R
E
 
E
V
 
L
L
 
M
G
 
G
G
 
N
F
 
S
Q
 
A
H
 
L
Q
 
K
L
 
A
L
 
H
Y
 
I
I
 
V
Q
|
Q
E
 
E
Y
|
Y
V
x
I
K
 
Q
K
 
Y
P
 
K
G
 
G
R
 
R
D
|
D
I
 
I
R
 
R
V
 
C
F
 
I
V
 
A
V
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
E
A
 
L
I
 
L
A
 
G
A
 
C
I
x
Y
Y
 
A
R
|
R
R
 
N
-
 
I
-
 
P
S
 
P
Q
 
N
H
 
E
W
 
W
I
x
R
T
x
A
N
|
N
T
x
V
A
|
A
R
 
L
G
 
G
G
 
G
Q
 
T
A
 
P
E
 
S
N
 
N
C
 
I
P
 
E
V
 
V
T
 
D
P
 
E
E
 
K
I
 
L
A
 
K
E
 
E
L
 
T
S
 
V
L
 
V
R
 
K
A
 
A
A
 
V
Q
 
S
A
 
I
V
 
V
G
 
H
G
 
G
G
 
E
V
 
F
V
 
V
A
 
S
I
 
I
D
|
D
L
 
I
F
 
L
E
 
E
S
 
H
-
 
P
E
 
N
R
 
K
G
 
G
L
 
Y
L
 
V
V
 
V
N
|
N
E
|
E
V
 
L
N
|
N
H
 
D
T
 
V
M
 
P
E
|
E
F
 
F
K
 
K
N
x
G
S
 
F
V
 
M
H
 
V
T
 
A
T
 
T
G
 
N
V
 
I
D
 
N
I
 
V
P
 
A
G
 
Q
E
 
K
I
 
L
L
 
V
R
 
E
Y
 
Y
A
 
I
W
 
K
E
 
E

Q970U6 Glutamate--LysW ligase ArgX; EC 6.3.2.- from Sulfurisphaera tokodaii (strain DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7) (Sulfolobus tokodaii) (see paper)
33% identity, 98% coverage: 2:277/281 of query aligns to 3:278/282 of Q970U6

query
sites
Q970U6
L
 
V
A
 
V
I
 
L
L
 
I
Y
 
V
D
 
D
R
 
I
I
 
V
R
 
R
P
 
Q
D
 
E
E
 
E
K
 
K
M
 
L
L
 
I
F
 
A
E
 
K
R
 
A
A
 
L
E
 
E
A
 
E
L
 
N
G
 
K
L
 
V
P
 
Q
F
 
Y
K
 
D
K
 
I
V
 
I
Y
 
N
V
 
V
P
 
A
A
 
Q
L
 
E
H
 
P
M
 
L
V
 
P
L
 
F
G
 
N
E
 
-
R
 
-
P
 
-
K
 
K
E
 
A
L
 
L
E
 
G
G
 
R
V
 
Y
T
 
D
V
 
V
A
 
A
L
 
I
E
 
I
R
 
R
C
 
P
V
 
V
S
 
S
Q
 
M
S
 
Y
R
 
R
G
 
A
L
 
L
A
 
Y
V
 
S
A
 
S
R
 
A
Y
 
V
L
 
L
T
 
E
A
 
A
L
 
A
G
 
G
I
 
V
P
 
H
V
 
T
V
 
I
N
 
N
R
 
S
P
 
S
E
 
D
V
 
V
I
 
I
E
 
N
T
 
V
C
 
C
G
 
G
D
 
D
K
 
K
W
 
I
A
 
L
T
 
T
S
 
Y
V
 
S
A
 
K
L
 
L
E
 
Y
R
 
R
A
 
E
G
 
G
L
 
I
P
 
P
Q
 
I
P
 
P
K
 
D
T
 
S
A
 
I
L
 
I
L
 
A
T
 
L
E
 
S
A
 
A
E
 
E
E
 
A
A
 
A
L
 
L
K
 
K
L
 
A
M
 
Y
E
 
E
A
 
Q
W
 
R
G
 
G
Y
 
F
P
 
P
V
 
L
V
 
I
L
 
D
K
 
K
P
 
P
V
 
P
I
 
I
G
 
G
S
 
S
W
 
W
G
 
G
R
 
R
L
 
L
L
 
V
A
 
S
K
 
L
I
 
I
T
 
R
D
 
D
R
 
V
E
 
F
A
 
E
A
 
G
E
 
K
A
 
T
I
 
I
L
 
I
E
 
E
H
 
H
K
 
R
E
 
E
V
 
L
L
 
M
G
 
G
G
 
N
F
 
S
Q
 
A
H
 
L
Q
 
K
L
 
A
L
 
H
Y
 
I
I
 
V
Q
 
Q
E
 
E
Y
 
Y
V
 
I
K
 
Q
K
 
Y
P
 
K
G
 
G
R
 
R
D
 
D
I
 
I
R
 
R
V
 
C
F
 
I
V
 
A
V
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
E
A
 
L
I
 
L
A
 
G
A
 
C
I
 
Y
Y
 
A
R
 
R
R
 
N
-
 
I
-
 
P
S
 
P
Q
 
N
H
 
E
W
 
W
I
 
R
T
 
A
N
 
N
T
 
V
A
 
A
R
 
L
G
 
G
G
 
G
Q
 
T
A
 
P
E
 
S
N
 
N
C
 
I
P
 
E
V
 
V
T
 
D
P
 
E
E
 
K
I
 
L
A
 
K
E
 
E
L
 
T
S
 
V
L
 
V
R
 
K
A
 
A
A
 
V
Q
 
S
A
 
I
V
 
V
G
 
H
G
 
G
G
 
E
V
 
F
V
 
V
A
 
S
I
 
I
D
|
D
L
 
I
F
 
L
E
 
E
S
 
H
-
 
P
E
 
N
R
 
K
G
 
G
L
 
Y
L
 
V
V
 
V
N
 
N
E
|
E
V
 
L
N
|
N
H
 
D
T
 
V
M
 
P
E
 
E
F
 
F
K
 
K
N
 
G
S
 
F
V
 
M
H
 
V
T
 
A
T
 
T
G
 
N
V
 
I
D
 
N
I
 
V
P
 
A
G
 
Q
E
 
K
I
 
L
L
 
V
R
 
E
Y
 
Y
A
 
I
W
 
K
E
 
E

7qyrD Crystal structure of rimk from pseudomonas aeruginosa pao1 (see paper)
32% identity, 89% coverage: 31:280/281 of query aligns to 44:291/293 of 7qyrD

query
sites
7qyrD
Y
 
H
V
 
K
P
 
P
A
 
Q
L
 
I
H
 
H
M
 
Y
V
 
-
L
 
-
G
 
-
E
 
-
R
 
R
P
 
G
K
 
Q
E
 
P
L
 
L
E
 
E
G
 
G
V
 
F
T
 
D
V
 
A
A
 
V
L
 
I
E
 
P
R
|
R
C
 
I
V
 
G
S
 
A
Q
 
S
S
 
V
R
 
T
-
 
F
-
 
Y
G
 
G
L
 
C
A
 
A
V
 
V
A
 
L
R
 
R
Y
 
Q
L
 
F
T
 
E
A
 
M
L
 
M
G
 
G
I
 
V
P
 
F
V
 
P
V
 
L
N
 
N
R
 
E
P
 
S
E
 
V
V
 
A
I
 
I
E
 
A
T
 
R
C
 
S
G
 
R
D
 
D
K
 
K
W
 
L
A
 
R
T
 
S
S
 
L
V
 
Q
A
 
L
L
 
L
E
 
S
R
 
R
A
 
K
G
 
G
L
 
I
P
 
G
Q
 
L
P
 
P
K
 
V
T
 
T
A
 
G
L
 
F
L
 
A
T
 
H
E
 
S
A
 
P
E
 
D
E
 
D
A
 
V
L
 
P
K
 
D
L
 
L
M
 
I
E
 
E
-
 
M
A
 
V
W
 
G
G
 
G
Y
 
A
P
 
P
V
 
L
V
|
V
L
 
I
K
 
K
P
 
L
V
 
L
I
 
E
G
 
G
S
 
T
W
 
Q
G
 
G
R
 
I
L
 
G
L
 
V
A
 
V
K
 
L
I
 
C
T
 
E
D
 
T
R
 
E
E
 
K
A
 
A
A
 
A
E
 
E
A
 
S
I
 
V
L
 
L
E
 
E
H
 
-
K
 
-
E
 
-
V
 
A
L
 
F
G
 
M
G
 
G
F
 
L
Q
 
K
H
 
H
Q
 
N
L
 
I
L
 
M
Y
 
-
I
 
V
Q
 
Q
E
 
E
Y
|
Y
V
x
I
K
 
K
K
 
E
P
 
A
G
 
G
-
 
G
R
 
A
D
|
D
I
 
I
R
|
R
V
 
C
F
 
F
V
 
V
V
 
V
G
 
G
E
 
D
R
 
K
A
 
V
I
 
I
A
 
A
A
 
S
I
 
M
Y
 
K
R
 
R
R
 
Q
S
 
A
Q
 
A
-
 
P
-
 
G
H
 
E
W
 
F
I
x
R
T
x
S
N
 
N
T
 
L
A
 
H
R
 
R
G
 
G
G
 
G
Q
 
S
A
 
A
E
 
S
N
 
L
C
 
I
P
 
K
V
 
I
T
 
T
P
 
P
E
 
E
I
 
E
A
 
R
E
 
M
L
 
T
S
 
A
L
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Q
 
R
A
 
V
V
 
M
G
 
G
G
 
L
G
 
N
V
 
V
V
 
A
A
 
G
I
 
V
D
 
D
L
 
I
F
x
L
E
 
R
S
 
S
E
 
N
R
 
H
G
 
G
L
 
P
L
 
L
V
 
V
N
x
M
E
 
E
V
 
V
N
|
N
H
 
S
T
x
S
M
 
P
E
x
G
F
 
L
K
 
E
N
 
G
S
 
I
V
 
E
H
 
S
T
 
T
T
 
T
G
 
G
V
 
K
D
 
D
I
 
I
P
 
A
G
 
G
E
 
I
I
 
I
L
 
I
R
 
Q
Y
 
Y
A
 
L
W
 
E
E
 
K
V
 
N
A
 
G
G
 
G

Sites not aligning to the query:

4iwxA Rimk structure at 2.85a (see paper)
32% identity, 76% coverage: 62:274/281 of query aligns to 75:287/294 of 4iwxA

query
sites
4iwxA
G
 
G
L
 
T
A
 
A
V
 
A
A
 
L
R
 
R
Y
 
Q
L
 
F
T
 
E
A
 
M
L
 
L
G
 
G
I
 
S
P
 
Y
V
 
P
V
 
L
N
 
N
R
 
E
P
 
S
E
 
V
V
 
A
I
 
I
E
 
A
T
x
R
C
 
A
G
 
R
D
 
D
K
 
K
W
 
L
A
x
R
T
 
S
S
 
M
V
x
Q
A
x
L
L
 
L
E
 
A
R
|
R
A
 
Q
G
 
G
L
 
I
P
 
D
Q
 
L
P
 
P
K
 
V
T
 
T
A
 
G
L
 
I
L
 
A
T
 
H
E
 
S
A
 
P
E
 
D
E
 
D
A
 
T
L
 
S
K
 
D
L
 
L
M
 
I
E
 
D
-
 
M
A
 
V
W
 
G
G
 
G
Y
 
A
P
 
P
V
 
L
V
|
V
L
 
V
K
|
K
P
 
L
V
 
V
I
 
E
G
 
G
S
 
T
W
 
Q
G
 
G
R
 
I
L
 
G
L
 
V
A
 
V
K
 
L
I
 
A
T
 
E
D
 
T
R
 
R
E
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
E
A
 
S
I
 
V
L
 
I
E
 
D
H
 
-
K
 
-
E
 
-
V
 
A
L
 
F
G
 
R
G
 
G
F
 
L
Q
 
N
H
 
A
Q
 
H
L
 
I
L
 
L
Y
 
-
I
 
V
Q
 
Q
E
|
E
Y
|
Y
V
x
I
K
|
K
K
 
E
P
 
A
-
 
Q
G
 
G
R
 
C
D
|
D
I
 
I
R
 
R
V
 
C
F
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
E
 
D
R
 
E
A
 
V
I
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
Y
 
E
R
 
R
R
 
R
S
 
A
Q
 
K
-
 
E
-
 
G
H
 
D
W
 
F
I
x
R
T
x
S
N
|
N
T
 
L
A
 
H
R
 
R
G
 
G
G
 
G
Q
 
A
A
 
A
E
 
S
N
 
V
C
 
A
P
 
S
V
 
I
T
 
T
P
 
P
E
 
Q
I
 
E
A
 
R
E
 
E
L
 
I
S
 
A
L
 
I
R
 
K
A
 
A
A
 
A
Q
 
R
A
 
T
V
 
M
G
 
A
G
 
L
G
 
D
V
 
V
V
 
A
A
 
G
I
 
V
D
 
D
L
 
I
F
 
L
E
 
R
S
 
A
E
 
N
R
 
R
G
 
G
L
 
P
L
 
L
V
 
V
N
x
M
E
|
E
V
 
V
N
 
N
H
 
A
T
 
S
M
 
P
E
 
G
F
 
L
K
 
E
N
 
G
S
 
I
V
 
E
H
 
K
T
 
T
T
 
T
G
 
G
V
 
I
D
 
D
I
 
I
P
 
A
G
 
G
E
 
K
I
 
M
L
 
I
R
 
R
Y
 
W

5zctH The crystal structure of the poly-alpha-l-glutamate peptides synthetase rimk at 2.05 angstrom resolution. (see paper)
32% identity, 76% coverage: 62:274/281 of query aligns to 73:285/292 of 5zctH

query
sites
5zctH
G
 
G
L
 
T
A
 
A
V
 
A
A
 
L
R
 
R
Y
 
Q
L
 
F
T
 
E
A
 
M
L
 
L
G
 
G
I
 
S
P
 
Y
V
 
P
V
 
L
N
 
N
R
 
E
P
 
S
E
 
V
V
 
A
I
 
I
E
 
A
T
 
R
C
 
A
G
 
R
D
 
D
K
 
K
W
 
L
A
 
R
T
 
S
S
 
M
V
 
Q
A
 
L
L
 
L
E
 
A
R
 
R
A
 
Q
G
 
G
L
 
I
P
 
D
Q
 
L
P
 
P
K
 
V
T
 
T
A
 
G
L
 
I
L
 
A
T
 
H
E
 
S
A
 
P
E
 
D
E
 
D
A
 
T
L
 
S
K
 
D
L
 
L
M
 
I
E
 
D
-
 
M
A
 
V
W
 
G
G
 
G
Y
 
A
P
 
P
V
 
L
V
|
V
L
 
V
K
|
K
P
 
L
V
 
V
I
 
E
G
 
G
S
 
T
W
 
Q
G
 
G
R
 
I
L
 
G
L
 
V
A
 
V
K
 
L
I
 
A
T
 
E
D
 
T
R
 
R
E
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
E
A
 
S
I
 
V
L
 
I
E
 
D
H
 
-
K
 
-
E
 
-
V
 
A
L
 
F
G
 
R
G
 
G
F
 
L
Q
 
N
H
 
A
Q
 
H
L
 
I
L
 
L
Y
 
-
I
 
V
Q
|
Q
E
 
E
Y
|
Y
V
x
I
K
 
K
K
 
E
P
 
A
-
 
Q
G
 
G
R
 
C
D
|
D
I
 
I
R
 
R
V
 
C
F
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
E
 
D
R
 
E
A
 
V
I
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
Y
 
E
R
 
R
R
 
R
S
 
A
Q
 
K
-
 
E
-
 
G
H
 
D
W
x
F
I
x
R
T
x
S
N
|
N
T
 
L
A
 
H
R
|
R
G
 
G
G
 
G
Q
 
A
A
 
A
E
 
S
N
 
V
C
 
A
P
 
S
V
 
I
T
 
T
P
 
P
E
 
Q
I
 
E
A
 
R
E
 
E
L
 
I
S
 
A
L
 
I
R
 
K
A
 
A
A
 
A
Q
 
R
A
 
T
V
 
M
G
 
A
G
 
L
G
 
D
V
 
V
V
 
A
A
 
G
I
 
V
D
|
D
L
 
I
F
x
L
E
 
R
S
 
A
E
 
N
R
 
R
G
 
G
L
 
P
L
 
L
V
 
V
N
x
M
E
|
E
V
 
V
N
 
N
H
 
A
T
 
S
M
 
P
E
 
G
F
 
L
K
 
E
N
 
G
S
 
I
V
 
E
H
 
K
T
 
T
T
 
T
G
 
G
V
 
I
D
 
D
I
 
I
P
 
A
G
 
G
E
 
K
I
 
M
L
 
I
R
 
R
Y
 
W

5zctA The crystal structure of the poly-alpha-l-glutamate peptides synthetase rimk at 2.05 angstrom resolution. (see paper)
32% identity, 76% coverage: 62:274/281 of query aligns to 73:285/292 of 5zctA

query
sites
5zctA
G
 
G
L
 
T
A
 
A
V
 
A
A
 
L
R
 
R
Y
 
Q
L
 
F
T
 
E
A
 
M
L
 
L
G
 
G
I
 
S
P
 
Y
V
 
P
V
 
L
N
 
N
R
 
E
P
 
S
E
 
V
V
 
A
I
 
I
E
 
A
T
 
R
C
 
A
G
 
R
D
 
D
K
|
K
W
 
L
A
 
R
T
 
S
S
 
M
V
 
Q
A
 
L
L
 
L
E
 
A
R
 
R
A
 
Q
G
 
G
L
 
I
P
 
D
Q
 
L
P
 
P
K
 
V
T
 
T
A
 
G
L
 
I
L
 
A
T
 
H
E
 
S
A
 
P
E
 
D
E
 
D
A
 
T
L
 
S
K
 
D
L
 
L
M
 
I
E
 
D
-
 
M
A
 
V
W
 
G
G
 
G
Y
 
A
P
 
P
V
 
L
V
 
V
L
 
V
K
|
K
P
 
L
V
 
V
I
 
E
G
 
G
S
x
T
W
x
Q
G
|
G
R
 
I
L
 
G
L
 
V
A
 
V
K
 
L
I
 
A
T
 
E
D
 
T
R
 
R
E
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
E
A
 
S
I
 
V
L
 
I
E
 
D
H
 
-
K
 
-
E
 
-
V
 
A
L
 
F
G
 
R
G
 
G
F
 
L
Q
 
N
H
 
A
Q
 
H
L
 
I
L
 
L
Y
 
-
I
 
V
Q
|
Q
E
 
E
Y
|
Y
V
x
I
K
 
K
K
 
E
P
 
A
-
 
Q
G
 
G
R
 
C
D
 
D
I
 
I
R
 
R
V
 
C
F
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
E
 
D
R
 
E
A
 
V
I
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
Y
 
E
R
 
R
R
 
R
S
 
A
Q
 
K
-
 
E
-
 
G
H
 
D
W
 
F
I
x
R
T
x
S
N
|
N
T
 
L
A
 
H
R
 
R
G
 
G
G
 
G
Q
 
A
A
 
A
E
 
S
N
 
V
C
 
A
P
 
S
V
 
I
T
 
T
P
 
P
E
 
Q
I
 
E
A
 
R
E
 
E
L
 
I
S
 
A
L
 
I
R
 
K
A
 
A
A
 
A
Q
 
R
A
 
T
V
 
M
G
 
A
G
 
L
G
 
D
V
 
V
V
 
A
A
 
G
I
 
V
D
 
D
L
 
I
F
x
L
E
 
R
S
 
A
E
 
N
R
 
R
G
 
G
L
 
P
L
 
L
V
 
V
N
x
M
E
 
E
V
 
V
N
 
N
H
 
A
T
 
S
M
 
P
E
 
G
F
 
L
K
 
E
N
 
G
S
 
I
V
 
E
H
 
K
T
 
T
T
 
T
G
 
G
V
 
I
D
 
D
I
 
I
P
 
A
G
 
G
E
 
K
I
 
M
L
 
I
R
 
R
Y
 
W

7lgmA Cyanophycin synthetase from a. Baylyi dsm587 with atp (see paper)
31% identity, 43% coverage: 83:202/281 of query aligns to 212:326/719 of 7lgmA

query
sites
7lgmA
I
 
V
E
 
E
T
 
I
C
 
A
G
 
G
D
 
D
K
 
K
W
 
N
A
 
V
T
 
C
S
 
N
V
 
Q
A
 
L
L
 
L
E
 
Q
R
 
D
A
 
L
G
 
G
L
 
L
P
 
P
Q
 
V
P
 
P
K
 
K
T
 
Q
A
 
R
L
 
V
L
 
V
T
 
Y
E
 
D
A
 
I
E
 
D
E
 
D
A
 
A
L
 
V
K
 
R
L
 
A
M
 
A
E
 
R
A
 
R
W
 
V
G
 
G
Y
 
F
P
 
P
V
 
V
V
|
V
L
 
L
K
 
K
P
 
P
V
 
L
I
 
D
G
 
G
S
 
N
W
 
H
G
 
G
R
|
R
L
 
G
L
 
V
A
 
S
-
 
V
K
 
N
I
 
L
T
 
T
D
 
T
R
 
D
E
 
E
A
 
A
A
 
V
E
 
E
A
 
A
I
 
A
L
 
F
E
 
D
H
 
I
K
 
A
E
 
M
V
 
S
L
 
E
G
 
G
G
 
S
-
 
A
-
 
V
F
 
I
Q
 
V
H
 
E
Q
 
S
L
x
M
L
|
L
Y
 
Y
I
 
-
Q
 
-
E
 
-
Y
 
-
V
 
-
K
 
-
K
 
-
P
 
-
G
 
G
R
 
D
D
|
D
I
 
H
R
 
R
V
 
L
F
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
N
E
 
G
R
 
E
A
 
L
I
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
A
Y
 
R
R
 
R
R
 
V
S
 
P
Q
 
G
H
 
H
W
 
I
I
 
V
T
 
G
N
 
D

Sites not aligning to the query:

2vr1A Crystal structure of biotin carboxylase from e. Coli in complex with atp analog, adpcf2p. (see paper)
26% identity, 70% coverage: 79:275/281 of query aligns to 106:314/444 of 2vr1A

query
sites
2vr1A
R
 
K
P
 
A
E
 
E
V
 
T
I
 
I
E
 
R
T
 
L
C
 
M
G
 
G
D
 
D
K
|
K
W
 
V
A
 
S
T
 
A
S
 
I
V
 
A
A
 
A
L
 
M
E
 
K
R
 
K
A
 
A
G
 
G
-
 
V
-
 
P
-
 
C
L
 
V
P
 
P
Q
 
G
P
 
S
K
 
D
T
 
G
A
 
P
L
 
L
L
 
G
T
 
D
E
 
D
A
 
M
E
 
D
E
 
K
A
 
N
L
 
R
K
 
A
L
 
I
M
 
A
E
 
K
A
 
R
W
 
I
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
V
 
I
L
 
I
K
|
K
P
 
A
V
 
S
I
 
G
G
 
G
S
 
G
W
x
R
G
 
G
R
x
M
L
 
R
L
 
V
A
 
V
K
 
R
I
 
-
T
 
G
D
 
D
R
 
A
E
 
E
A
 
L
A
 
A
E
 
Q
A
 
S
I
 
I
-
 
S
L
 
M
E
 
T
H
 
R
K
 
A
E
 
E
V
 
A
L
 
K
G
 
A
G
 
A
F
 
F
Q
 
S
H
 
N
Q
x
D
L
 
M
L
 
V
Y
 
Y
I
 
M
Q
 
E
E
 
K
Y
|
Y
V
x
L
K
 
E
K
 
N
P
 
P
G
 
-
R
 
R
D
x
H
I
 
V
R
 
E
V
 
I
F
 
Q
V
 
V
V
 
L
G
 
A
E
 
D
R
 
G
A
 
Q
I
 
G
A
 
N
A
 
A
I
 
I
Y
 
Y
R
 
L
R
 
A
S
 
E
Q
 
R
H
 
D
W
 
C
I
 
S
T
 
M
N
 
Q
T
 
R
A
x
R
R
 
H
G
 
Q
G
 
K
Q
 
V
A
 
V
E
 
E
N
 
E
C
 
A
P
 
P
-
 
A
-
 
P
-
 
G
V
 
I
T
 
T
P
 
P
E
 
E
I
 
L
A
 
R
E
 
R
-
 
Y
L
 
I
S
 
G
L
 
E
R
 
R
A
 
C
A
 
A
Q
 
K
A
 
A
V
 
C
-
 
V
-
 
D
-
 
I
-
 
G
-
 
Y
-
 
R
G
 
G
G
 
A
G
 
G
V
x
T
V
 
F
A
x
E
I
 
F
D
 
-
L
|
L
F
 
F
E
 
E
S
 
N
E
 
G
R
 
E
G
 
F
L
 
Y
L
 
F
V
 
I
N
 
-
E
|
E
V
 
M
N
|
N
H
 
T
T
x
R
M
 
I
E
 
Q
F
 
V
K
x
E
N
 
H
S
 
P
V
 
V
-
 
T
-
 
E
H
 
M
T
 
I
T
 
T
G
 
G
V
 
V
D
 
D
I
 
L
P
 
I
G
 
K
E
 
E
I
 
Q
L
 
L
R
 
R
Y
 
I
A
 
A

Sites not aligning to the query:

5vyzA Crystal structure of lactococcus lactis pyruvate carboxylase in complex with cyclic-di-amp (see paper)
26% identity, 58% coverage: 104:267/281 of query aligns to 139:313/1144 of 5vyzA

query
sites
5vyzA
P
 
P
K
 
G
T
 
T
A
 
N
L
 
G
L
 
A
T
 
V
E
 
D
A
 
I
E
 
D
E
 
G
A
 
A
L
 
L
K
 
E
L
 
F
M
 
A
E
 
K
A
 
T
W
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
V
x
M
L
 
I
K
|
K
P
 
A
V
 
A
I
 
L
G
|
G
S
 
G
W
x
G
G
|
G
R
 
R
-
 
G
L
x
M
L
 
R
A
 
V
K
 
A
I
 
R
T
 
N
D
 
D
R
 
A
E
 
E
A
 
M
A
 
H
E
 
D
A
 
G
I
 
Y
L
 
A
E
 
R
H
 
A
K
 
K
-
 
S
E
 
E
V
 
A
L
 
I
G
 
G
G
 
A
F
 
F
Q
 
G
H
 
S
Q
 
G
L
 
E
L
 
I
Y
 
Y
I
 
V
Q
 
E
E
 
K
Y
|
Y
V
x
I
K
 
E
K
 
N
P
 
P
G
 
-
R
 
K
D
x
H
I
 
I
R
 
E
V
 
V
F
 
Q
V
 
I
V
 
L
G
 
G
E
 
D
R
 
R
A
 
H
-
 
G
-
 
N
-
 
I
-
 
I
-
 
H
-
 
L
-
 
H
-
 
E
-
 
R
I
 
D
A
 
C
A
 
S
I
 
V
Y
x
Q
R
 
R
R
 
R
S
x
N
Q
 
Q
H
 
K
W
 
V
I
 
I
T
 
E
N
 
I
T
 
A
A
 
P
R
 
A
G
 
V
G
 
G
Q
 
L
A
 
S
E
 
P
N
 
D
C
 
-
P
 
-
V
 
F
T
 
R
P
 
N
E
 
E
I
 
I
A
 
C
E
 
E
L
 
A
S
 
A
L
 
V
R
 
K
A
 
L
A
 
C
Q
 
K
A
 
N
V
 
V
G
 
G
-
 
Y
-
 
V
-
 
N
G
 
A
G
 
G
V
 
T
V
 
V
A
x
E
I
 
F
D
 
-
L
|
L
F
 
V
E
 
K
S
 
D
E
 
D
R
 
K
G
 
F
L
 
Y
L
 
F
V
 
I
N
 
-
E
|
E
V
 
V
N
 
N
H
 
P
T
 
R
M
 
V
E
 
Q
F
 
V
K
 
E
N
 
H
S
 
T
V
 
I
H
 
T
-
 
E
-
 
L
T
 
I
T
 
T
G
 
G
V
 
V
D
 
D
I
 
I

Sites not aligning to the query:

7zyyA Cryo-em structure of lactococcus lactis pyruvate carboxylase with acetyl-coa (see paper)
26% identity, 58% coverage: 104:267/281 of query aligns to 133:307/1056 of 7zyyA

query
sites
7zyyA
P
 
P
K
 
G
T
 
T
A
 
N
L
 
G
L
 
A
T
 
V
E
 
D
A
 
I
E
 
D
E
 
G
A
 
A
L
 
L
K
 
E
L
 
F
M
 
A
E
 
K
A
 
T
W
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
V
 
M
L
 
I
K
|
K
P
 
A
V
 
A
I
 
L
G
 
G
S
x
G
W
x
G
G
 
G
R
 
R
-
 
G
L
x
M
L
 
R
A
 
V
K
 
A
I
 
R
T
 
N
D
 
D
R
 
A
E
 
E
A
 
M
A
 
H
E
 
D
A
 
G
I
 
Y
L
 
A
E
 
R
H
 
A
K
 
K
-
 
S
E
 
E
V
 
A
L
 
I
G
 
G
G
 
A
F
 
F
Q
 
G
H
 
S
Q
 
G
L
 
E
L
 
I
Y
 
Y
I
 
V
Q
x
E
E
x
K
Y
|
Y
V
x
I
K
 
E
K
 
N
P
 
P
G
 
-
R
 
K
D
x
H
I
 
I
R
 
E
V
 
V
F
 
Q
V
 
I
V
 
L
G
 
G
E
 
D
R
 
R
A
 
H
I
 
G
A
 
N
A
 
I
I
 
I
Y
 
H
-
 
L
-
 
H
-
 
E
-
 
R
-
 
D
-
 
C
-
 
S
-
 
V
-
x
Q
R
 
R
R
 
R
S
x
N
Q
 
Q
H
 
K
W
 
V
I
 
I
T
 
E
N
 
I
T
 
A
A
 
P
R
 
A
G
 
V
G
 
G
Q
 
L
A
 
S
E
 
P
N
 
D
C
 
-
P
 
-
V
 
F
T
 
R
P
 
N
E
 
E
I
 
I
A
 
C
E
 
E
L
 
A
S
 
A
L
 
V
R
 
K
A
 
L
A
 
C
Q
 
K
A
 
N
V
 
V
G
 
G
-
 
Y
-
 
V
-
 
N
G
 
A
G
 
G
V
 
T
V
 
V
A
x
E
I
 
F
D
 
-
L
|
L
F
 
V
E
 
K
S
 
D
E
 
D
R
 
K
G
 
F
L
 
Y
L
 
F
V
 
I
N
 
-
E
|
E
V
 
V
N
 
N
H
 
P
T
x
R
M
 
V
E
x
Q
F
x
V
K
x
E
N
 
H
S
 
T
V
 
I
H
 
T
-
 
E
-
 
L
T
 
I
T
 
T
G
 
G
V
 
V
D
 
D
I
 
I

Sites not aligning to the query:

7zz3A Cryo-em structure of "bc react" conformation of lactococcus lactis pyruvate carboxylase with acetyl-coa (see paper)
26% identity, 58% coverage: 104:267/281 of query aligns to 133:307/1138 of 7zz3A

query
sites
7zz3A
P
 
P
K
 
G
T
 
T
A
 
N
L
 
G
L
 
A
T
 
V
E
 
D
A
 
I
E
 
D
E
 
G
A
 
A
L
 
L
K
 
E
L
 
F
M
 
A
E
 
K
A
 
T
W
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
V
x
M
L
 
I
K
|
K
P
 
A
V
 
A
I
 
L
G
 
G
S
x
G
W
x
G
G
|
G
R
 
R
-
 
G
L
x
M
L
 
R
A
 
V
K
 
A
I
 
R
T
 
N
D
 
D
R
 
A
E
 
E
A
 
M
A
 
H
E
 
D
A
 
G
I
 
Y
L
 
A
E
 
R
H
 
A
K
 
K
-
 
S
E
 
E
V
 
A
L
 
I
G
 
G
G
 
A
F
 
F
Q
 
G
H
 
S
Q
 
G
L
 
E
L
 
I
Y
 
Y
I
 
V
Q
x
E
E
 
K
Y
|
Y
V
x
I
K
 
E
K
 
N
P
 
P
G
 
-
R
 
K
D
x
H
I
 
I
R
 
E
V
 
V
F
 
Q
V
 
I
V
 
L
G
 
G
E
 
D
R
 
R
A
 
H
-
 
G
-
 
N
-
 
I
-
 
I
-
 
H
-
 
L
-
 
H
-
 
E
-
 
R
I
 
D
A
 
C
A
 
S
I
 
V
Y
x
Q
R
 
R
R
 
R
S
x
N
Q
 
Q
H
x
K
W
 
V
I
 
I
T
 
E
N
 
I
T
 
A
A
 
P
R
 
A
G
 
V
G
 
G
Q
 
L
A
 
S
E
 
P
N
 
D
C
 
-
P
 
-
V
 
F
T
 
R
P
 
N
E
 
E
I
 
I
A
 
C
E
 
E
L
 
A
S
 
A
L
 
V
R
 
K
A
 
L
A
 
C
Q
 
K
A
 
N
V
 
V
G
 
G
-
 
Y
-
 
V
-
 
N
G
 
A
G
 
G
V
 
T
V
 
V
A
x
E
I
 
F
D
 
-
L
|
L
F
 
V
E
 
K
S
 
D
E
 
D
R
 
K
G
 
F
L
 
Y
L
 
F
V
 
I
N
 
-
E
|
E
V
 
V
N
|
N
H
 
P
T
x
R
M
 
V
E
x
Q
F
x
V
K
x
E
N
 
H
S
 
T
V
 
I
H
 
T
-
 
E
-
 
L
T
 
I
T
 
T
G
 
G
V
 
V
D
 
D
I
 
I

Sites not aligning to the query:

P24182 Biotin carboxylase; Acetyl-coenzyme A carboxylase biotin carboxylase subunit A; EC 6.3.4.14 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
25% identity, 70% coverage: 79:275/281 of query aligns to 106:316/449 of P24182

query
sites
P24182
R
 
K
P
 
A
E
 
E
V
 
T
I
 
I
E
 
R
T
 
L
C
 
M
G
 
G
D
 
D
K
|
K
W
 
V
A
 
S
T
 
A
S
 
I
V
 
A
A
 
A
L
 
M
E
 
K
R
 
K
A
 
A
G
 
G
-
 
V
-
 
P
-
 
C
L
 
V
P
 
P
Q
 
G
P
 
S
K
 
D
T
 
G
A
 
P
L
 
L
L
 
G
T
 
D
E
 
D
A
 
M
E
 
D
E
 
K
A
 
N
L
 
R
K
 
A
L
 
I
M
 
A
E
 
K
A
 
R
W
 
I
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
V
 
I
L
 
I
K
|
K
-
 
A
P
 
S
V
 
G
I
 
G
G
 
G
S
x
G
W
x
G
G
 
R
R
 
G
L
 
M
L
 
R
A
 
V
K
 
V
I
 
R
T
 
G
D
 
D
R
 
A
E
 
E
A
 
L
A
 
A
E
 
Q
A
 
S
I
 
I
-
 
S
L
 
M
E
 
T
H
 
R
K
 
A
E
 
E
V
 
A
L
 
K
G
 
A
G
 
A
F
 
F
Q
 
S
H
 
N
Q
 
D
L
 
M
L
 
V
Y
 
Y
I
 
M
Q
x
E
E
x
K
Y
|
Y
V
x
L
K
 
E
K
 
N
P
 
P
G
 
-
R
 
R
D
x
H
I
 
V
R
 
E
V
 
I
F
 
Q
V
 
V
V
 
L
G
 
A
E
 
D
R
 
G
A
 
Q
I
 
G
A
 
N
A
 
A
I
 
I
Y
 
Y
R
 
L
R
 
A
S
 
E
Q
 
R
H
 
D
W
 
C
I
 
S
T
 
M
N
 
Q
T
 
R
A
 
R
R
x
H
G
 
Q
G
x
K
Q
 
V
A
 
V
E
 
E
N
 
E
C
 
A
P
 
P
-
 
A
-
 
P
-
 
G
V
 
I
T
 
T
P
 
P
E
 
E
I
 
L
A
 
R
E
 
R
-
 
Y
L
 
I
S
 
G
L
 
E
R
 
R
A
 
C
A
 
A
Q
 
K
A
 
A
V
 
C
-
 
V
-
 
D
-
 
I
-
 
G
-
 
Y
-
 
R
G
 
G
G
 
A
G
 
G
V
 
T
V
 
F
A
x
E
I
 
F
D
 
-
L
 
L
F
 
F
E
 
E
S
 
N
E
 
G
R
 
E
G
 
F
L
 
Y
L
 
F
V
 
I
N
 
-
E
|
E
V
 
M
N
 
N
H
 
T
T
x
R
M
 
I
E
 
Q
F
x
V
K
x
E
N
 
H
S
 
P
V
 
V
-
 
T
-
 
E
H
 
M
T
 
I
T
 
T
G
 
G
V
 
V
D
 
D
I
 
L
P
 
I
G
 
K
E
 
E
I
 
Q
L
 
L
R
 
R
Y
 
I
A
 
A

Sites not aligning to the query:

3jziA Crystal structure of biotin carboxylase from e. Coli in complex with benzimidazole series (see paper)
25% identity, 70% coverage: 79:275/281 of query aligns to 106:316/445 of 3jziA

query
sites
3jziA
R
 
K
P
 
A
E
 
E
V
 
T
I
 
I
E
 
R
T
 
L
C
 
M
G
 
G
D
 
D
K
|
K
W
 
V
A
 
S
T
 
A
S
 
I
V
 
A
A
 
A
L
 
M
E
 
K
R
 
K
A
 
A
G
 
G
-
 
V
-
 
P
-
 
C
L
 
V
P
 
P
Q
 
G
P
 
S
K
 
D
T
 
G
A
 
P
L
 
L
L
 
G
T
 
D
E
 
D
A
 
M
E
 
D
E
 
K
A
 
N
L
 
R
K
 
A
L
 
I
M
 
A
E
 
K
A
 
R
W
 
I
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
V
 
I
L
 
I
K
|
K
-
x
A
P
 
S
V
 
G
I
 
G
G
|
G
S
x
G
W
 
G
G
 
R
R
 
G
L
x
M
L
 
R
A
 
V
K
 
V
I
 
R
T
 
G
D
 
D
R
 
A
E
 
E
A
 
L
A
 
A
E
 
Q
A
 
S
I
 
I
-
 
S
L
 
M
E
 
T
H
 
R
K
 
A
E
 
E
V
 
A
L
 
K
G
 
A
G
 
A
F
 
F
Q
 
S
H
 
N
Q
x
D
L
 
M
L
 
V
Y
|
Y
I
 
M
Q
x
E
E
x
K
Y
|
Y
V
 
L
K
 
E
K
 
N
P
 
P
G
 
-
R
 
R
D
x
H
I
 
V
R
 
E
V
 
I
F
 
Q
V
 
V
V
 
L
G
 
A
E
 
D
R
 
G
A
 
Q
I
 
G
A
 
N
A
 
A
I
 
I
Y
 
Y
R
 
L
R
 
A
S
 
E
Q
 
R
H
 
D
W
 
C
I
 
S
T
 
M
N
x
Q
T
 
R
A
x
R
R
x
H
G
 
Q
G
 
K
Q
 
V
A
 
V
E
 
E
N
 
E
C
 
A
P
 
P
-
 
A
-
 
P
-
 
G
V
 
I
T
 
T
P
 
P
E
 
E
I
 
L
A
 
R
E
 
R
-
 
Y
L
 
I
S
 
G
L
 
E
R
 
R
A
 
C
A
 
A
Q
 
K
A
 
A
V
 
C
-
 
V
-
 
D
-
 
I
-
 
G
-
 
Y
-
 
R
G
 
G
G
 
A
G
 
G
V
x
T
V
 
F