SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_053768313.1 NCBI__GCF_001280255.1:WP_053768313.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P0A6H5 ATP-dependent protease ATPase subunit HslU; Heat shock protein HslU; Unfoldase HslU from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
48% identity, 100% coverage: 3:416/416 of query aligns to 4:443/443 of P0A6H5

query
sites
P0A6H5
L
 
M
T
 
T
P
 
P
A
 
R
E
 
E
I
 
I
V
 
V
K
 
S
E
 
E
L
 
L
S
 
D
K
 
K
H
 
H
I
 
I
V
 
I
G
 
G
Q
 
Q
E
 
D
A
 
N
A
 
A
K
 
K
K
 
R
A
 
S
V
 
V
A
 
A
V
 
I
A
 
A
L
 
L
R
 
R
N
 
N
R
 
R
Y
 
W
R
 
R
R
 
R
K
 
M
K
 
Q
L
 
L
P
 
N
P
 
E
E
 
E
V
 
L
A
 
R
R
 
H
E
 
E
I
 
V
T
 
T
P
 
P
K
 
K
N
 
N
I
 
I
L
 
L
M
 
M
I
 
I
G
 
G
P
 
P
T
 
T
G
 
G
V
 
V
G
 
G
K
|
K
T
 
T
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
R
 
R
L
 
L
A
 
A
R
 
K
L
 
L
A
 
A
G
 
N
A
 
A
P
 
P
F
 
F
V
 
I
K
|
K
V
 
V
E
 
E
A
 
A
T
 
T
K
 
K
F
 
F
T
 
T
E
|
E
V
 
V
G
 
G
Y
|
Y
V
|
V
G
|
G
R
 
K
D
x
E
V
 
V
D
 
D
A
 
S
I
 
I
V
 
I
R
 
R
D
 
D
L
 
L
A
 
T
E
 
D
A
 
A
S
 
A
Y
 
V
Q
 
K
L
 
M
V
 
V
L
 
R
E
 
V
E
 
Q
M
 
A
K
 
I
K
 
E
K
 
K
V
 
N
E
 
R
E
 
Y
K
 
R
A
 
A
L
 
E
A
 
E
F
 
L
A
 
A
E
 
E
E
 
E
E
 
R
L
 
I
A
 
L
T
 
D
L
 
V
L
 
L
-
 
I
-
 
P
-
 
P
-
 
A
-
 
K
-
 
N
-
 
N
-
 
W
-
 
G
-
 
Q
-
 
T
-
 
E
-
 
Q
-
 
Q
-
 
Q
-
 
E
-
 
P
-
 
S
-
 
A
-
 
A
-
 
R
R
 
Q
A
 
A
S
 
F
I
 
R
A
 
K
D
 
K
V
 
L
R
 
R
S
 
E
G
 
G
R
 
Q
L
 
L
D
 
D
G
 
D
L
 
K
Y
 
E
V
 
I
E
 
E
V
 
I
Q
 
D
V
 
L
E
 
A
E
 
A
E
 
A
-
 
P
V
 
M
G
 
G
L
 
V
P
 
E
F
 
I
M
 
M
G
 
A
V
 
P
L
 
P
G
 
G
G
 
M
E
 
E
A
 
E
F
 
M
G
 
T
G
 
S
-
 
Q
M
 
L
G
 
Q
D
 
S
M
 
M
L
 
F
K
 
Q
G
 
N
L
 
L
L
 
G
P
 
G
K
 
Q
R
 
K
P
 
Q
V
 
K
R
 
A
R
 
R
R
 
K
M
 
L
T
 
K
V
 
I
R
 
K
E
 
D
A
 
A
R
 
M
E
 
K
V
 
L
L
 
L
K
 
I
N
 
E
Q
 
E
H
 
E
A
 
A
E
 
A
R
 
K
L
 
L
I
 
V
D
 
N
K
 
P
E
 
E
E
 
E
L
 
L
K
 
K
E
 
Q
E
 
D
A
 
A
R
 
I
R
 
D
R
 
A
A
 
V
Q
 
E
E
 
Q
E
 
H
G
 
G
I
 
I
V
 
V
F
 
F
I
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
I
D
 
D
K
 
K
V
 
I
A
x
C
R
 
K
R
 
R
E
 
G
G
x
E
T
 
S
V
 
S
G
 
G
P
 
P
D
 
D
V
 
V
S
 
S
G
 
R
E
 
E
G
 
G
V
 
V
Q
 
Q
R
 
R
D
 
D
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
L
V
 
V
E
|
E
G
 
G
T
x
C
V
 
T
V
 
V
S
 
S
T
 
T
R
 
K
I
 
H
G
 
G
P
 
M
V
 
V
S
 
K
T
 
T
E
 
D
H
 
H
V
 
I
L
 
L
F
 
F
I
 
I
A
 
A
A
 
S
G
 
G
A
 
A
F
 
F
H
 
Q
V
x
I
A
 
A
K
 
K
P
 
P
S
 
S
D
 
D
L
 
L
I
 
I
P
 
P
E
|
E
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
R
|
R
F
 
L
P
 
P
I
 
I
R
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
L
S
 
Q
P
 
A
L
 
L
G
 
T
P
 
T
E
 
S
E
 
D
F
 
F
Y
 
E
R
 
R
I
 
I
L
 
L
K
 
T
E
 
E
P
 
P
E
 
N
N
 
A
S
 
S
L
 
I
I
 
T
R
 
V
Q
 
Q
Y
 
Y
T
 
K
E
 
A
L
 
L
L
 
M
R
 
A
A
 
T
D
 
E
G
 
G
T
 
V
E
 
N
L
 
I
V
 
E
F
 
F
E
 
T
D
 
D
E
 
S
A
 
G
L
 
I
W
 
K
A
 
R
I
 
I
A
 
A
Q
 
E
A
 
A
A
 
A
H
 
W
R
 
Q
A
 
V
N
 
N
Q
x
E
E
 
S
L
 
T
E
 
E
D
 
N
I
 
I
G
 
G
A
 
A
R
|
R
R
 
R
L
 
L
A
 
H
T
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
E
R
 
R
V
 
L
L
 
M
E
 
E
E
 
E
V
 
I
S
 
S
F
 
Y
Q
 
D
-
 
A
T
 
S
E
 
D
L
 
L
G
 
S
-
 
G
-
 
Q
R
 
N
V
 
I
E
 
T
I
 
I
T
 
D
R
 
A
A
 
D
Y
 
Y
V
 
V
E
 
S
K
 
K
R
 
H
L
 
L
E
 
D
A
 
A
V
 
L
F
 
V
A
 
A
S
 
D
P
 
E
D
 
D
V
 
L
T
 
S
R
 
R
F
 
F
V
 
I
L
 
L

1do0A Orthorhombic crystal form of heat shock locus u (hslu) from escherichia coli (see paper)
49% identity, 100% coverage: 3:416/416 of query aligns to 3:406/406 of 1do0A

query
sites
1do0A
L
 
M
T
 
T
P
 
P
A
 
R
E
 
E
I
 
I
V
 
V
K
 
S
E
 
E
L
 
L
S
 
D
K
 
K
H
 
H
I
|
I
V
x
I
G
 
G
Q
 
Q
E
 
D
A
 
N
A
 
A
K
 
K
K
 
R
A
 
S
V
 
V
A
 
A
V
 
I
A
 
A
L
 
L
R
 
R
N
 
N
R
 
R
Y
 
W
R
 
R
R
 
R
K
 
M
K
 
Q
L
 
L
P
 
N
P
 
E
E
 
E
V
 
L
A
 
R
R
 
H
E
 
E
I
 
V
T
 
T
P
 
P
K
 
K
N
 
N
I
 
I
L
 
L
M
 
M
I
 
I
G
 
G
P
 
P
T
|
T
G
|
G
V
|
V
G
|
G
K
|
K
T
|
T
E
|
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
R
 
R
L
 
L
A
 
A
R
 
K
L
 
L
A
 
A
G
 
N
A
 
A
P
 
P
F
 
F
V
 
I
K
 
K
V
 
V
E
 
E
A
 
A
T
 
T
K
 
K
F
 
F
T
 
T
E
 
E
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
R
 
K
D
 
E
V
 
V
D
 
D
A
 
S
I
 
I
V
 
I
R
 
R
D
 
D
L
 
L
A
 
T
E
 
D
A
 
A
S
 
A
Y
 
V
Q
 
K
L
 
M
V
 
V
L
 
R
E
 
V
E
 
Q
M
 
A
K
 
I
K
 
E
K
 
K
V
 
N
E
 
R
E
 
Y
K
 
R
A
 
A
L
 
E
A
 
E
F
 
L
A
 
A
E
 
E
E
 
E
E
 
R
L
 
I
A
 
L
T
 
D
L
 
V
L
 
L
R
 
-
A
 
-
S
 
-
I
 
-
A
 
-
D
 
-
V
 
I
R
 
P
S
 
P
G
 
A
R
 
K
L
 
N
D
 
N
G
 
W
L
 
G
Y
 
Q
V
 
T
E
 
E
V
 
Q
Q
 
Q
V
 
Q
E
 
E
E
 
P
E
 
S
V
 
A
G
 
A
L
 
-
P
 
-
F
 
-
M
 
-
G
 
-
V
 
-
L
 
-
G
 
-
G
 
R
E
 
Q
A
 
A
F
 
F
G
 
-
G
 
-
M
 
R
G
 
K
D
 
K
M
 
L
L
 
R
K
 
E
G
 
G
L
 
Q
L
 
L
P
 
D
K
 
D
R
 
K
P
 
E
V
 
I
R
 
E
-
 
I
-
 
D
-
 
A
R
 
R
R
 
K
M
 
L
T
 
K
V
 
I
R
 
K
E
 
D
A
 
A
R
 
M
E
 
K
V
 
L
L
 
L
K
 
I
N
 
E
Q
 
E
H
 
E
A
 
A
E
 
A
R
 
K
L
 
L
I
 
V
D
 
N
K
 
P
E
 
E
E
 
E
L
 
L
K
 
K
E
 
Q
E
 
D
A
 
A
R
 
I
R
 
D
R
 
A
A
 
V
Q
 
E
E
 
Q
E
 
H
G
 
G
I
 
I
V
 
V
F
 
F
I
 
I
D
|
D
E
 
E
I
 
I
D
 
D
K
 
K
V
 
I
A
 
C
R
 
K
R
 
R
E
 
G
G
 
E
T
 
S
V
 
S
G
 
G
P
 
P
D
 
D
V
 
V
S
 
S
G
 
R
E
 
E
G
 
G
V
 
V
Q
 
Q
R
 
R
D
 
D
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
L
V
 
V
E
 
E
G
 
G
T
 
C
V
 
T
V
 
V
S
 
S
T
 
T
R
 
K
I
 
H
G
 
G
P
 
M
V
 
V
S
 
K
T
 
T
E
 
D
H
 
H
V
 
I
L
 
L
F
 
F
I
 
I
A
 
A
A
 
S
G
 
G
A
 
A
F
 
F
H
 
Q
V
 
I
A
 
A
K
 
K
P
 
P
S
 
S
D
 
D
L
 
L
I
 
I
P
 
P
E
 
E
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
R
 
R
F
 
L
P
 
P
I
 
I
R
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
L
S
 
Q
P
 
A
L
|
L
G
 
T
P
 
T
E
 
S
E
 
D
F
 
F
Y
 
E
R
 
R
I
 
I
L
 
L
K
 
T
E
 
E
P
 
P
E
 
N
N
 
A
S
 
S
L
 
I
I
 
T
R
 
V
Q
 
Q
Y
 
Y
T
 
K
E
 
A
L
 
L
L
 
M
R
 
A
A
 
T
D
 
E
G
 
G
T
 
V
E
 
N
L
 
I
V
 
E
F
 
F
E
 
T
D
 
D
E
 
S
A
 
G
L
 
I
W
 
K
A
 
R
I
 
I
A
 
A
Q
 
E
A
 
A
A
 
A
H
 
W
R
 
Q
A
 
V
N
 
N
Q
 
E
E
 
S
L
 
T
E
 
E
D
 
N
I
 
I
G
 
G
A
|
A
R
|
R
R
 
R
L
 
L
A
 
H
T
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
E
R
 
R
V
 
L
L
 
M
E
 
E
E
 
E
V
 
I
S
 
S
F
 
Y
Q
 
D
-
 
A
T
 
S
E
 
D
L
 
L
G
 
S
-
 
G
-
 
Q
R
 
N
V
 
I
E
 
T
I
 
I
T
 
D
R
 
A
A
 
D
Y
 
Y
V
 
V
E
 
S
K
 
K
R
 
H
L
 
L
E
 
D
A
 
A
V
 
L
F
 
V
A
 
A
S
 
D
P
 
E
D
 
D
V
 
L
T
 
S
R
 
R
F
 
F
V
 
I
L
 
L

1hqyE Nucleotide-dependent conformational changes in a protease-associated atpase hslu (see paper)
49% identity, 100% coverage: 3:416/416 of query aligns to 4:408/408 of 1hqyE

query
sites
1hqyE
L
 
M
T
 
T
P
 
P
A
 
R
E
 
E
I
 
I
V
 
V
K
 
S
E
 
E
L
 
L
S
 
D
K
 
K
H
 
H
I
|
I
V
x
I
G
 
G
Q
 
Q
E
 
D
A
 
N
A
 
A
K
 
K
K
 
R
A
 
S
V
 
V
A
 
A
V
 
I
A
 
A
L
 
L
R
 
R
N
 
N
R
 
R
Y
 
W
R
 
R
R
 
R
K
 
M
K
 
Q
L
 
L
P
 
N
P
 
E
E
 
E
V
 
L
A
 
R
R
 
H
E
 
E
I
 
V
T
 
T
P
 
P
K
 
K
N
 
N
I
 
I
L
 
L
M
 
M
I
 
I
G
 
G
P
 
P
T
 
T
G
|
G
V
|
V
G
|
G
K
 
K
T
|
T
E
|
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
R
 
R
L
 
L
A
 
A
R
 
K
L
 
L
A
 
A
G
 
N
A
 
A
P
 
P
F
 
F
V
 
I
K
 
K
V
 
V
E
 
E
A
 
A
T
 
T
K
 
K
F
 
F
T
 
T
E
 
E
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
R
 
K
D
 
E
V
 
V
D
 
D
A
 
S
I
 
I
V
 
I
R
 
R
D
 
D
L
 
L
A
 
T
E
 
D
A
 
A
S
 
A
Y
 
V
Q
 
K
L
 
M
V
 
V
L
 
R
E
 
V
E
 
Q
M
 
A
K
 
I
K
 
E
K
 
K
V
 
N
E
 
R
E
 
Y
K
 
R
A
 
A
L
 
E
A
 
E
F
 
L
A
 
A
E
 
E
E
 
E
E
 
R
L
 
I
A
 
L
T
 
D
L
 
V
L
 
L
R
 
-
A
 
-
S
 
-
I
 
-
A
 
-
D
 
-
V
 
I
R
 
P
S
 
P
G
 
A
R
 
K
L
 
N
D
 
N
G
 
W
L
 
G
Y
 
Q
V
 
T
E
 
E
V
 
Q
Q
 
Q
V
 
Q
E
 
E
E
 
P
E
 
S
V
 
A
G
 
A
L
 
-
P
 
-
F
 
-
M
 
-
G
 
-
V
 
-
L
 
-
G
 
-
G
 
R
E
 
Q
A
 
A
F
 
F
G
 
-
G
 
-
M
 
R
G
 
K
D
 
K
M
 
L
L
 
R
K
 
E
G
 
G
L
 
Q
L
 
L
P
 
D
K
 
D
R
 
K
P
 
E
V
 
I
R
 
E
-
 
K
-
 
Q
-
 
K
-
 
A
R
 
R
R
 
K
M
 
L
T
 
K
V
 
I
R
 
K
E
 
D
A
 
A
R
 
M
E
 
K
V
 
L
L
 
L
K
 
I
N
 
E
Q
 
E
H
 
E
A
 
A
E
 
A
R
 
K
L
 
L
I
 
V
D
 
N
K
 
P
E
 
E
E
 
E
L
 
L
K
 
K
E
 
Q
E
 
D
A
 
A
R
 
I
R
 
D
R
 
A
A
 
V
Q
 
E
E
 
Q
E
 
H
G
 
G
I
 
I
V
 
V
F
 
F
I
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
I
D
 
D
K
 
K
V
 
I
A
 
C
R
 
K
R
 
R
E
 
G
G
 
E
T
 
S
V
 
S
G
 
G
P
 
P
D
 
D
V
 
V
S
 
S
G
 
R
E
 
E
G
 
G
V
 
V
Q
 
Q
R
 
R
D
 
D
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
L
V
 
V
E
 
E
G
 
G
T
 
C
V
 
T
V
 
V
S
 
S
T
 
T
R
 
K
I
 
H
G
 
G
P
 
M
V
 
V
S
 
K
T
 
T
E
 
D
H
 
H
V
 
I
L
 
L
F
 
F
I
 
I
A
 
A
A
 
S
G
 
G
A
 
A
F
 
F
H
 
Q
V
 
I
A
 
A
K
 
K
P
 
P
S
 
S
D
 
D
L
 
L
I
 
I
P
 
P
E
 
E
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
R
 
R
F
 
L
P
 
P
I
 
I
R
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
L
S
 
Q
P
 
A
L
 
L
G
 
T
P
 
T
E
 
S
E
 
D
F
 
F
Y
 
E
R
 
R
I
|
I
L
 
L
K
 
T
E
 
E
P
 
P
E
 
N
N
 
A
S
 
S
L
 
I
I
 
T
R
 
V
Q
 
Q
Y
 
Y
T
 
K
E
 
A
L
 
L
L
 
M
R
 
A
A
 
T
D
 
E
G
 
G
T
 
V
E
 
N
L
 
I
V
 
E
F
 
F
E
 
T
D
 
D
E
 
S
A
 
G
L
 
I
W
 
K
A
 
R
I
 
I
A
 
A
Q
 
E
A
 
A
A
 
A
H
 
W
R
 
Q
A
 
V
N
 
N
Q
 
E
E
 
S
L
 
T
E
 
E
D
 
N
I
 
I
G
 
G
A
|
A
R
|
R
R
 
R
L
 
L
A
 
H
T
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
E
R
 
R
V
 
L
L
 
M
E
 
E
E
 
E
V
 
I
S
 
S
F
 
Y
Q
 
D
-
 
A
T
 
S
E
 
D
L
 
L
G
 
S
-
 
G
-
 
Q
R
 
N
V
 
I
E
 
T
I
 
I
T
 
D
R
 
A
A
 
D
Y
 
Y
V
 
V
E
 
S
K
 
K
R
 
H
L
 
L
E
 
D
A
 
A
V
 
L
F
 
V
A
 
A
S
 
D
P
 
E
D
 
D
V
 
L
T
 
S
R
 
R
F
 
F
V
 
I
L
 
L

1e94E Hslv-hslu from e.Coli (see paper)
49% identity, 100% coverage: 3:416/416 of query aligns to 4:408/408 of 1e94E

query
sites
1e94E
L
 
M
T
 
T
P
 
P
A
 
R
E
 
E
I
 
I
V
 
V
K
 
S
E
 
E
L
 
L
S
 
D
K
 
K
H
 
H
I
|
I
V
x
I
G
 
G
Q
 
Q
E
 
D
A
 
N
A
 
A
K
 
K
K
 
R
A
 
S
V
 
V
A
 
A
V
 
I
A
 
A
L
 
L
R
 
R
N
 
N
R
 
R
Y
 
W
R
 
R
R
 
R
K
 
M
K
 
Q
L
 
L
P
 
N
P
 
E
E
 
E
V
 
L
A
 
R
R
 
H
E
 
E
I
 
V
T
 
T
P
 
P
K
 
K
N
 
N
I
 
I
L
 
L
M
 
M
I
 
I
G
 
G
P
 
P
T
|
T
G
|
G
V
|
V
G
|
G
K
|
K
T
|
T
E
|
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
R
 
R
L
 
L
A
 
A
R
 
K
L
 
L
A
 
A
G
 
N
A
 
A
P
 
P
F
 
F
V
 
I
K
 
K
V
 
V
E
 
E
A
 
A
T
 
T
K
 
K
F
 
F
T
 
T
E
 
E
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
R
 
K
D
 
E
V
 
V
D
 
D
A
 
S
I
 
I
V
 
I
R
 
R
D
 
D
L
 
L
A
 
T
E
 
D
A
 
A
S
 
A
Y
 
V
Q
 
K
L
 
M
V
 
V
L
 
R
E
 
V
E
 
Q
M
 
A
K
 
I
K
 
E
K
 
K
V
 
N
E
 
R
E
 
Y
K
 
R
A
 
A
L
 
E
A
 
E
F
 
L
A
 
A
E
 
E
E
 
E
E
 
R
L
 
I
A
 
L
T
 
D
L
 
V
L
 
L
R
 
-
A
 
-
S
 
-
I
 
-
A
 
-
D
 
-
V
 
I
R
 
P
S
 
P
G
 
A
R
 
K
L
 
N
D
 
N
G
 
W
L
 
G
Y
 
Q
V
 
T
E
 
E
V
 
Q
Q
 
Q
V
 
Q
E
 
E
E
 
P
E
 
S
V
 
A
G
 
A
L
 
-
P
 
-
F
 
-
M
 
-
G
 
-
V
 
-
L
 
-
G
 
-
G
 
R
E
 
Q
A
 
A
F
 
F
G
 
-
G
 
-
M
 
R
G
 
K
D
 
K
M
 
L
L
 
R
K
 
E
G
 
G
L
 
Q
L
 
L
P
 
D
K
 
D
R
 
K
P
 
E
V
 
I
R
 
E
-
 
K
-
 
Q
-
 
K
-
 
A
R
 
R
R
 
K
M
 
L
T
 
K
V
 
I
R
 
K
E
 
D
A
 
A
R
 
M
E
 
K
V
 
L
L
 
L
K
 
I
N
 
E
Q
 
E
H
 
E
A
 
A
E
 
A
R
 
K
L
 
L
I
 
V
D
 
N
K
 
P
E
 
E
E
 
E
L
 
L
K
 
K
E
 
Q
E
 
D
A
 
A
R
 
I
R
 
D
R
 
A
A
 
V
Q
 
E
E
 
Q
E
 
H
G
 
G
I
 
I
V
 
V
F
 
F
I
 
I
D
|
D
E
 
E
I
 
I
D
 
D
K
 
K
V
 
I
A
 
C
R
 
K
R
 
R
E
 
G
G
 
E
T
 
S
V
 
S
G
 
G
P
 
P
D
 
D
V
 
V
S
 
S
G
 
R
E
 
E
G
 
G
V
 
V
Q
 
Q
R
 
R
D
 
D
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
L
V
 
V
E
 
E
G
 
G
T
 
C
V
 
T
V
 
V
S
 
S
T
 
T
R
 
K
I
 
H
G
 
G
P
 
M
V
 
V
S
 
K
T
 
T
E
 
D
H
 
H
V
 
I
L
 
L
F
 
F
I
 
I
A
 
A
A
 
S
G
 
G
A
 
A
F
 
F
H
 
Q
V
 
I
A
 
A
K
 
K
P
 
P
S
 
S
D
 
D
L
 
L
I
 
I
P
 
P
E
 
E
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
R
 
R
F
 
L
P
 
P
I
 
I
R
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
L
S
 
Q
P
 
A
L
|
L
G
 
T
P
 
T
E
 
S
E
 
D
F
 
F
Y
 
E
R
 
R
I
|
I
L
 
L
K
 
T
E
 
E
P
 
P
E
 
N
N
 
A
S
 
S
L
 
I
I
 
T
R
 
V
Q
 
Q
Y
 
Y
T
 
K
E
 
A
L
 
L
L
 
M
R
 
A
A
 
T
D
 
E
G
 
G
T
 
V
E
 
N
L
 
I
V
 
E
F
 
F
E
 
T
D
 
D
E
 
S
A
 
G
L
 
I
W
 
K
A
 
R
I
 
I
A
 
A
Q
 
E
A
 
A
A
 
A
H
 
W
R
 
Q
A
 
V
N
 
N
Q
 
E
E
 
S
L
 
T
E
 
E
D
 
N
I
 
I
G
 
G
A
|
A
R
|
R
R
 
R
L
 
L
A
 
H
T
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
E
R
 
R
V
 
L
L
 
M
E
 
E
E
 
E
V
 
I
S
 
S
F
 
Y
Q
 
D
-
 
A
T
 
S
E
 
D
L
 
L
G
 
S
-
 
G
-
 
Q
R
 
N
V
 
I
E
 
T
I
 
I
T
 
D
R
 
A
A
 
D
Y
 
Y
V
 
V
E
 
S
K
 
K
R
 
H
L
 
L
E
 
D
A
 
A
V
 
L
F
 
V
A
 
A
S
 
D
P
 
E
D
 
D
V
 
L
T
 
S
R
 
R
F
 
F
V
 
I
L
 
L

6pxkK 3.65 angstroms resolution structure of hslu with an axial-channel plug (see paper)
48% identity, 100% coverage: 3:416/416 of query aligns to 5:429/429 of 6pxkK

query
sites
6pxkK
L
 
M
T
 
T
P
 
P
A
 
R
E
 
E
I
 
I
V
 
V
K
 
S
E
 
E
L
 
L
S
 
D
K
 
K
H
 
H
I
|
I
V
x
I
G
 
G
Q
 
Q
E
 
D
A
 
N
A
 
A
K
 
K
K
 
R
A
 
S
V
 
V
A
 
A
V
 
I
A
 
A
L
 
L
R
 
R
N
 
N
R
 
R
Y
 
W
R
 
R
R
 
R
K
 
M
K
 
Q
L
 
L
P
 
N
P
 
E
E
 
E
V
 
L
A
 
R
R
 
H
E
 
E
I
 
V
T
 
T
P
 
P
K
 
K
N
 
N
I
 
I
L
 
L
M
 
M
I
 
I
G
 
G
P
 
P
T
|
T
G
|
G
V
|
V
G
|
G
K
|
K
T
|
T
E
|
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
R
 
R
L
 
L
A
 
A
R
 
K
L
 
L
A
 
A
G
 
N
A
 
A
P
 
P
F
 
F
V
 
I
K
 
K
V
 
V
E
 
E
A
 
A
T
 
T
K
 
K
F
 
F
T
 
T
E
 
E
V
 
-
G
 
-
Y
 
-
V
 
-
G
 
G
R
 
K
D
 
E
V
 
V
D
 
D
A
 
S
I
 
I
V
 
I
R
 
R
D
 
D
L
 
L
A
 
T
E
 
D
A
 
A
S
 
A
Y
 
V
Q
 
K
L
 
M
V
 
V
L
 
R
E
 
V
E
 
Q
M
 
A
K
 
I
K
 
E
K
 
K
V
 
N
E
 
R
E
 
Y
K
 
R
A
 
A
L
 
E
A
 
E
F
 
L
A
 
A
E
 
E
E
 
E
E
 
R
L
 
I
A
 
L
T
 
D
L
 
V
L
 
L
-
 
I
-
 
P
-
 
P
-
 
A
-
 
K
-
 
N
-
 
N
-
 
W
-
 
E
-
 
P
-
 
S
-
 
A
-
 
A
-
 
R
R
 
Q
A
 
A
S
 
F
I
 
R
A
 
K
D
 
K
V
 
L
R
 
R
S
 
E
G
 
G
R
 
Q
L
 
L
D
 
D
G
 
D
L
 
K
Y
 
E
V
 
I
E
 
E
V
 
I
Q
 
D
V
 
L
E
 
A
E
 
A
E
 
A
-
 
P
V
 
M
G
 
G
L
 
V
P
 
E
F
 
I
M
 
M
G
 
A
V
 
P
L
 
P
G
 
G
G
 
M
E
 
E
A
 
E
F
 
M
G
 
T
G
 
S
-
 
Q
M
 
L
G
 
Q
D
 
S
M
 
M
L
 
F
K
 
Q
G
 
N
L
 
L
L
 
G
P
 
G
K
 
Q
R
 
K
P
 
Q
V
 
K
R
 
A
R
 
R
R
 
K
M
 
L
T
 
K
V
 
I
R
 
K
E
 
D
A
 
A
R
 
M
E
 
K
V
 
L
L
 
L
K
 
I
N
 
E
Q
 
E
H
 
E
A
 
A
E
 
A
R
 
K
L
 
L
I
 
V
D
 
N
K
 
P
E
 
E
E
 
E
L
 
L
K
 
K
E
 
Q
E
 
D
A
 
A
R
 
I
R
 
D
R
 
A
A
 
V
Q
 
E
E
 
Q
E
 
H
G
 
G
I
 
I
V
 
V
F
 
F
I
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
I
D
 
D
K
 
K
V
 
I
A
 
C
R
 
K
R
 
S
E
 
-
G
 
-
T
 
-
V
 
-
G
 
G
P
 
P
D
 
D
V
 
V
S
 
S
G
 
R
E
 
E
G
 
G
V
 
V
Q
 
Q
R
 
R
D
 
D
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
L
V
 
V
E
 
E
G
 
G
T
 
C
V
 
T
V
 
V
S
 
S
T
 
T
R
 
K
I
 
H
G
 
G
P
 
M
V
 
V
S
 
K
T
 
T
E
 
D
H
 
H
V
 
I
L
 
L
F
 
F
I
 
I
A
 
A
A
 
S
G
 
G
A
 
A
F
 
F
H
 
Q
V
 
I
A
 
A
K
 
K
P
 
P
S
 
S
D
 
D
L
 
L
I
 
I
P
 
P
E
 
E
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
R
 
R
F
 
L
P
 
P
I
 
I
R
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
L
S
 
Q
P
 
A
L
 
L
G
 
T
P
 
T
E
 
S
E
 
D
F
 
F
Y
 
E
R
 
R
I
|
I
L
 
L
K
 
T
E
 
E
P
 
P
E
 
N
N
 
A
S
 
S
L
 
I
I
 
T
R
 
V
Q
 
Q
Y
 
Y
T
 
K
E
 
A
L
 
L
L
 
M
R
 
A
A
 
T
D
 
E
G
 
G
T
 
V
E
 
N
L
 
I
V
 
E
F
 
F
E
 
T
D
 
D
E
 
S
A
 
G
L
 
I
W
 
K
A
 
R
I
 
I
A
 
A
Q
 
E
A
 
A
A
 
A
H
 
W
R
 
Q
A
 
V
N
 
N
Q
 
E
E
 
S
L
 
T
E
 
E
D
 
N
I
 
I
G
 
G
A
 
A
R
 
R
R
 
R
L
 
L
A
 
H
T
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
E
R
 
R
V
 
L
L
 
M
E
 
E
E
 
E
V
 
I
S
 
S
F
 
Y
Q
 
D
-
 
A
T
 
S
E
 
D
L
 
L
G
 
S
-
 
G
-
 
Q
R
 
N
V
 
I
E
 
T
I
 
I
T
 
D
R
 
A
A
 
D
Y
 
Y
V
 
V
E
 
S
K
 
K
R
 
H
L
 
L
E
 
D
A
 
A
V
 
L
F
 
V
A
 
A
S
 
D
P
 
E
D
 
D
V
 
L
T
 
S
R
 
R
F
 
F
V
 
I
L
 
L

P43773 ATP-dependent protease ATPase subunit HslU; Unfoldase HslU from Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (see paper)
48% identity, 100% coverage: 3:416/416 of query aligns to 4:444/444 of P43773

query
sites
P43773
L
 
M
T
 
T
P
 
P
A
 
R
E
 
E
I
 
I
V
 
V
K
 
S
E
 
E
L
 
L
S
 
D
K
 
Q
H
 
H
I
 
I
V
x
I
G
 
G
Q
 
Q
E
 
A
A
 
D
A
 
A
K
 
K
K
 
R
A
 
A
V
 
V
A
 
A
V
 
I
A
 
A
L
 
L
R
 
R
N
 
N
R
 
R
Y
 
W
R
 
R
R
 
R
K
 
M
K
 
Q
L
 
L
P
 
Q
P
 
E
E
 
P
V
 
L
A
 
R
R
 
H
E
 
E
I
 
V
T
 
T
P
 
P
K
 
K
N
 
N
I
 
I
L
 
L
M
 
M
I
 
I
G
 
G
P
 
P
T
 
T
G
|
G
V
|
V
G
|
G
K
|
K
T
|
T
E
|
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
R
 
R
L
 
L
A
 
A
R
 
K
L
 
L
A
 
A
G
 
N
A
 
A
P
 
P
F
 
F
V
 
I
K
 
K
V
 
V
E
 
E
A
 
A
T
 
T
K
 
K
F
 
F
T
 
T
E
 
E
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
R
 
K
D
 
E
V
 
V
D
 
D
A
 
S
I
 
I
V
 
I
R
 
R
D
 
D
L
 
L
A
 
T
E
 
D
A
 
S
S
 
A
Y
 
M
Q
 
K
L
 
L
V
 
V
L
 
R
E
 
Q
E
 
Q
M
 
E
K
 
I
K
 
A
K
 
K
V
 
N
E
 
R
E
 
A
K
 
R
A
 
A
L
 
E
A
 
D
F
 
V
A
 
A
E
 
E
E
 
E
E
 
R
L
 
I
A
 
L
T
 
D
L
 
A
L
 
L
-
 
L
-
 
P
-
 
P
-
 
A
-
 
K
-
 
N
-
 
Q
-
 
W
-
 
G
-
 
E
-
 
V
-
 
E
-
 
N
-
 
H
-
 
D
-
 
S
-
 
H
-
 
S
-
 
S
-
 
T
-
 
R
R
 
Q
A
 
A
S
 
F
I
 
R
A
 
K
D
 
K
V
 
L
R
 
R
S
 
E
G
 
G
R
 
Q
L
 
L
D
 
D
G
 
D
L
 
K
Y
 
E
V
 
I
E
 
E
V
 
I
Q
 
D
V
 
V
E
 
S
E
 
A
E
 
G
V
 
V
-
 
S
-
 
M
G
 
G
L
 
V
P
 
E
F
 
I
M
 
M
G
 
A
V
 
P
L
 
P
G
 
G
G
 
M
E
 
E
A
 
E
F
 
M
G
 
T
G
 
N
-
 
Q
M
 
L
G
 
Q
D
 
S
M
 
L
L
 
F
K
 
Q
G
 
N
L
 
L
L
 
G
P
 
S
K
 
D
R
 
K
P
 
T
V
 
K
R
 
K
R
 
R
R
 
K
M
 
M
T
 
K
V
 
I
R
 
K
E
 
D
A
 
A
R
 
L
E
 
K
V
 
A
L
 
L
K
 
I
N
 
D
Q
 
D
H
 
E
A
 
A
E
 
A
R
 
K
L
 
L
I
 
I
D
 
N
K
 
P
E
 
E
E
 
E
L
 
L
K
 
K
E
 
Q
E
 
K
A
 
A
R
 
I
R
 
D
R
 
A
A
 
V
Q
 
E
E
 
Q
E
 
N
G
 
G
I
 
I
V
 
V
F
 
F
I
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
I
D
 
D
K
 
K
V
 
I
A
 
C
R
 
K
R
 
K
E
 
G
G
 
E
T
 
Y
V
 
S
G
 
G
P
 
A
D
 
D
V
 
V
S
 
S
G
 
R
E
 
E
G
 
G
V
 
V
Q
 
Q
R
 
R
D
 
D
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
L
V
 
V
E
 
E
G
 
G
T
 
S
V
 
T
V
 
V
S
 
S
T
 
T
R
 
K
I
 
H
G
 
G
P
 
M
V
 
V
S
 
K
T
 
T
E
 
D
H
 
H
V
 
I
L
 
L
F
 
F
I
|
I
A
|
A
A
x
S
G
|
G
A
 
A
F
 
F
H
 
Q
V
 
V
A
 
A
K
 
R
P
 
P
S
 
S
D
 
D
L
 
L
I
 
I
P
 
P
E
 
E
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
R
 
R
F
 
L
P
 
P
I
 
I
R
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
L
S
 
T
P
 
A
L
 
L
G
 
S
P
 
A
E
 
A
E
 
D
F
 
F
Y
 
E
R
 
R
I
 
I
L
 
L
K
 
T
E
 
E
P
 
P
E
 
H
N
 
A
S
 
S
L
 
L
I
 
T
R
 
E
Q
 
Q
Y
 
Y
T
 
K
E
 
A
L
 
L
L
 
M
R
 
A
A
 
T
D
 
E
G
 
G
T
 
V
E
 
N
L
 
I
V
 
A
F
 
F
E
 
T
D
 
T
E
 
D
A
 
A
L
 
V
W
 
K
A
 
K
I
 
I
A
 
A
Q
 
E
A
 
A
A
 
A
H
 
F
R
 
R
A
 
V
N
 
N
Q
 
E
E
 
K
L
 
T
E
 
E
D
 
N
I
 
I
G
 
G
A
 
A
R
 
R
R
 
R
L
 
L
A
 
H
T
 
T
V
 
V
L
 
M
E
 
E
R
 
R
V
 
L
L
 
M
E
 
D
E
 
K
V
 
I
S
 
S
F
 
F
Q
 
S
-
 
A
T
 
S
E
 
D
L
 
M
G
 
N
-
 
G
-
 
Q
R
 
T
V
 
V
E
 
N
I
 
I
T
 
D
R
 
A
A
 
A
Y
 
Y
V
 
V
E
 
A
K
 
D
R
 
A
L
 
L
E
 
G
A
 
E
V
 
V
F
 
V
A
 
E
S
 
N
P
 
E
D
 
D
V
 
L
T
 
S
R
 
R
F
 
F
V
 
I
L
 
L

6pxkF 3.65 angstroms resolution structure of hslu with an axial-channel plug (see paper)
47% identity, 100% coverage: 3:416/416 of query aligns to 5:388/388 of 6pxkF

query
sites
6pxkF
L
 
M
T
 
T
P
 
P
A
 
R
E
 
E
I
 
I
V
 
V
K
 
S
E
 
E
L
 
L
S
 
D
K
 
K
H
 
H
I
|
I
V
x
I
G
 
G
Q
 
Q
E
 
D
A
 
N
A
 
A
K
 
K
K
 
R
A
 
S
V
 
V
A
 
A
V
 
I
A
 
A
L
 
L
R
 
R
N
 
N
R
 
R
Y
 
W
R
 
R
R
 
R
K
 
M
K
 
Q
L
 
L
P
 
N
P
 
E
E
 
E
V
 
L
A
 
R
R
 
H
E
 
E
I
 
V
T
 
T
P
 
P
K
 
K
N
 
N
I
 
I
L
 
L
M
 
M
I
 
I
G
 
G
P
 
P
T
|
T
G
|
G
V
|
V
G
|
G
K
|
K
T
|
T
E
|
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
R
 
R
L
 
L
A
 
A
R
 
K
L
 
L
A
 
A
G
 
N
A
 
A
P
 
P
F
 
F
V
 
I
K
 
K
V
 
V
E
 
E
A
 
A
T
 
T
K
 
K
F
 
F
T
 
T
E
 
E
V
 
V
G
 
G
Y
 
-
V
 
-
G
 
-
R
 
K
D
 
E
V
 
V
D
 
D
A
 
S
I
 
I
V
 
I
R
 
R
D
 
D
L
 
L
A
 
T
E
 
D
A
 
A
S
 
A
Y
 
V
Q
 
K
L
 
M
V
 
V
L
 
R
E
 
V
E
 
Q
M
 
A
K
 
I
K
 
E
K
 
K
V
 
N
E
 
R
E
 
Y
K
 
R
A
 
A
L
 
E
A
 
E
F
 
L
A
 
A
E
 
E
E
 
E
E
 
R
L
 
I
A
 
L
T
 
D
L
 
V
L
 
L
-
 
I
-
 
P
-
 
P
-
 
P
-
 
S
-
 
A
-
 
A
-
 
R
R
 
Q
A
 
A
S
 
F
I
 
R
A
 
K
D
 
K
V
 
L
R
 
R
S
 
E
G
 
G
R
 
Q
L
 
L
D
 
D
G
 
D
L
 
K
Y
 
E
V
 
I
E
 
E
V
 
I
Q
 
K
V
 
A
E
 
-
E
 
-
E
 
-
V
 
-
G
 
-
L
 
-
P
 
-
F
 
-
M
 
-
G
 
-
V
 
-
L
 
-
G
 
-
G
 
-
E
 
-
A
 
-
F
 
-
G
 
-
G
 
-
M
 
-
G
 
-
D
 
-
M
 
-
L
 
-
K
 
-
G
 
-
L
 
-
L
 
-
P
 
-
K
 
-
R
 
-
P
 
-
V
 
-
R
 
-
R
 
R
R
 
K
M
 
L
T
 
K
V
 
I
R
 
K
E
 
D
A
 
A
R
 
M
E
 
K
V
 
L
L
 
L
K
 
I
N
 
E
Q
 
E
H
 
E
A
 
A
E
 
A
R
 
K
L
 
L
I
 
V
D
 
N
K
 
P
E
 
E
E
 
E
L
 
L
K
 
K
E
 
Q
E
 
D
A
 
A
R
 
I
R
 
D
R
 
A
A
 
V
Q
 
E
E
 
Q
E
 
H
G
 
G
I
 
I
V
 
V
F
 
F
I
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
I
D
 
D
K
 
K
V
 
I
A
 
C
R
 
K
R
 
S
E
 
-
G
 
-
T
 
-
V
 
-
G
 
G
P
 
P
D
 
D
V
 
V
S
 
S
G
 
R
E
 
E
G
 
G
V
 
V
Q
 
Q
R
 
R
D
 
D
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
L
V
 
V
E
 
E
G
 
G
T
 
C
V
 
T
V
 
V
S
 
S
T
 
T
R
 
K
I
 
H
G
 
G
P
 
M
V
 
V
S
 
K
T
 
T
E
 
D
H
 
H
V
 
I
L
 
L
F
 
F
I
 
I
A
 
A
A
 
S
G
 
G
A
 
A
F
 
F
H
 
Q
V
 
I
A
 
A
K
 
K
P
 
P
S
 
S
D
 
D
L
 
L
I
 
I
P
 
P
E
 
E
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
R
 
R
F
 
L
P
 
P
I
 
I
R
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
L
S
 
Q
P
 
A
L
 
L
G
 
T
P
 
T
E
 
S
E
 
D
F
 
F
Y
 
E
R
 
R
I
|
I
L
 
L
K
 
T
E
 
E
P
 
P
E
 
N
N
 
A
S
 
S
L
 
I
I
 
T
R
 
V
Q
 
Q
Y
 
Y
T
 
K
E
 
A
L
 
L
L
 
M
R
 
A
A
 
T
D
 
E
G
 
G
T
 
V
E
 
N
L
 
I
V
 
E
F
 
F
E
 
T
D
 
D
E
 
S
A
 
G
L
 
I
W
 
K
A
 
R
I
 
I
A
 
A
Q
 
E
A
 
A
A
 
A
H
 
W
R
 
Q
A
 
V
N
 
N
Q
 
E
E
 
S
L
 
T
E
 
E
D
 
N
I
 
I
G
 
G
A
|
A
R
|
R
R
 
R
L
 
L
A
x
H
T
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
E
R
 
R
V
 
L
L
 
M
E
 
E
E
 
E
V
 
I
S
 
S
F
 
Y
Q
 
D
-
 
A
T
 
S
E
 
D
L
 
L
G
 
S
-
 
G
-
 
Q
R
 
N
V
 
I
E
 
T
I
 
I
T
 
D
R
 
A
A
 
D
Y
 
Y
V
 
V
E
 
S
K
 
K
R
 
H
L
 
L
E
 
D
A
 
A
V
 
L
F
 
V
A
 
A
S
 
D
P
 
E
D
 
D
V
 
L
T
 
S
R
 
R
F
 
F
V
 
I
L
 
L

5ji3E Hsluv complex (see paper)
47% identity, 100% coverage: 3:416/416 of query aligns to 4:375/375 of 5ji3E

query
sites
5ji3E
L
 
M
T
 
T
P
 
P
A
 
R
E
 
E
I
 
I
V
 
V
K
 
S
E
 
E
L
 
L
S
 
D
K
 
K
H
 
H
I
|
I
V
x
I
G
 
G
Q
 
Q
E
 
D
A
 
N
A
 
A
K
 
K
K
 
R
A
 
S
V
 
V
A
 
A
V
 
I
A
 
A
L
 
L
R
 
R
N
 
N
R
 
R
Y
 
W
R
 
R
R
 
R
K
 
M
K
 
Q
L
 
L
P
 
N
P
 
E
E
 
E
V
 
L
A
 
R
R
 
H
E
 
E
I
 
V
T
 
T
P
 
P
K
 
K
N
 
N
I
 
I
L
 
L
M
 
M
I
 
I
G
 
G
P
 
P
T
 
T
G
|
G
V
|
V
G
|
G
K
|
K
T
|
T
E
|
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
R
 
R
L
 
L
A
 
A
R
 
K
L
 
L
A
 
A
G
 
N
A
 
A
P
 
P
F
 
F
V
 
I
K
 
K
V
 
V
E
 
E
A
 
A
T
 
T
K
 
K
F
 
F
T
 
T
E
 
E
V
 
-
G
 
-
Y
 
-
V
 
-
G
 
G
R
 
K
D
 
E
V
 
V
D
 
D
A
 
S
I
 
I
V
 
I
R
 
R
D
 
D
L
 
L
A
 
T
E
 
D
A
 
A
S
 
A
Y
 
V
Q
 
K
L
 
M
V
 
V
L
 
R
E
 
V
E
 
Q
M
 
A
K
 
I
K
 
E
K
 
K
V
 
N
E
 
R
E
 
Y
K
 
R
A
 
A
L
 
E
A
 
E
F
 
L
A
 
A
E
 
E
E
 
E
E
 
R
L
 
I
A
 
L
T
 
D
L
 
V
L
 
L
R
 
I
A
 
P
S
 
-
I
 
-
A
 
-
D
 
-
V
 
-
R
 
-
S
 
-
G
 
-
R
 
-
L
 
-
D
 
-
G
 
-
L
 
-
Y
 
-
V
 
-
E
 
-
V
 
-
Q
 
-
V
 
-
E
 
-
E
 
-
E
 
-
V
 
-
G
 
-
L
 
-
P
 
P
F
 
A
M
 
E
G
 
P
V
 
S
L
 
A
G
 
A
G
 
R
E
 
Q
A
 
A
F
 
F
G
 
-
G
 
-
M
 
-
G
 
-
D
 
-
M
 
-
L
 
-
K
 
-
G
 
-
L
 
-
L
 
-
P
 
-
K
 
R
R
 
K
P
 
K
V
 
L
R
 
R
R
 
E
R
 
G
M
 
Q
T
 
K
V
 
I
R
 
K
E
 
D
A
 
A
R
 
M
E
 
K
V
 
L
L
 
L
K
 
I
N
 
E
Q
 
E
H
 
E
A
 
A
E
 
A
R
 
K
L
 
L
I
 
V
D
 
N
K
 
P
E
 
E
E
 
E
L
 
L
K
 
K
E
 
Q
E
 
D
A
 
A
R
 
I
R
 
D
R
 
A
A
 
V
Q
 
E
E
 
Q
E
 
H
G
 
G
I
 
I
V
 
V
F
 
F
I
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
I
D
 
D
K
 
K
V
 
I
A
 
C
R
 
K
R
 
S
E
 
-
G
 
-
T
 
-
V
 
-
G
 
G
P
 
P
D
 
D
V
 
V
S
 
S
G
 
R
E
 
E
G
 
G
V
 
V
Q
 
Q
R
 
R
D
 
D
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
L
V
 
V
E
 
E
G
 
G
T
 
C
V
 
T
V
 
V
S
 
S
T
 
T
R
 
K
I
 
H
G
 
G
P
 
M
V
 
V
S
 
K
T
 
T
E
 
D
H
 
H
V
 
I
L
 
L
F
 
F
I
 
I
A
 
A
A
 
S
G
 
G
A
 
A
F
 
F
H
 
Q
V
 
I
A
 
A
K
 
K
P
 
P
S
 
S
D
 
D
L
 
L
I
 
I
P
 
P
E
 
E
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
R
 
R
F
 
L
P
 
P
I
 
I
R
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
L
S
 
Q
P
 
A
L
 
L
G
 
T
P
 
T
E
 
S
E
 
D
F
 
F
Y
 
E
R
 
R
I
|
I
L
 
L
K
 
T
E
 
E
P
 
P
E
 
N
N
 
A
S
 
S
L
 
I
I
 
T
R
 
V
Q
 
Q
Y
 
Y
T
 
K
E
 
A
L
 
L
L
 
M
R
 
A
A
 
T
D
 
E
G
 
G
T
 
V
E
 
N
L
 
I
V
 
E
F
 
F
E
 
T
D
 
D
E
 
S
A
 
G
L
 
I
W
 
K
A
 
R
I
 
I
A
 
A
Q
 
E
A
 
A
A
 
A
H
 
W
R
 
Q
A
 
V
N
 
N
Q
 
E
E
 
S
L
 
T
E
 
E
D
 
N
I
 
I
G
 
G
A
 
A
R
|
R
R
 
R
L
 
L
A
 
H
T
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
E
R
 
R
V
 
L
L
 
M
E
 
E
E
 
E
V
 
I
S
 
S
F
 
Y
Q
 
D
-
 
A
T
 
S
E
 
D
L
 
L
G
 
S
-
 
G
-
 
Q
R
 
N
V
 
I
E
 
T
I
 
I
T
 
D
R
 
A
A
 
D
Y
 
Y
V
 
V
E
 
S
K
 
K
R
 
H
L
 
L
E
 
D
A
 
A
V
 
L
F
 
V
A
 
A
S
 
D
P
 
E
D
 
D
V
 
L
T
 
S
R
 
R
F
 
F
V
 
I
L
 
L

5txvX Hslu p21 cell with 4 hexamers (see paper)
47% identity, 100% coverage: 3:416/416 of query aligns to 3:360/360 of 5txvX

query
sites
5txvX
L
 
M
T
 
T
P
 
P
A
 
R
E
 
E
I
 
I
V
 
V
K
 
S
E
 
E
L
 
L
S
 
D
K
 
K
H
 
H
I
|
I
V
x
I
G
 
G
Q
 
Q
E
 
D
A
 
N
A
 
A
K
 
K
K
 
R
A
 
S
V
 
V
A
 
A
V
 
I
A
 
A
L
 
L
R
 
R
N
 
N
R
 
R
Y
 
W
R
 
R
R
 
R
K
 
M
K
 
Q
L
 
L
P
 
N
P
 
E
E
 
E
V
 
L
A
 
R
R
 
H
E
 
E
I
 
V
T
 
T
P
 
P
K
 
K
N
 
N
I
 
I
L
 
L
M
 
M
I
 
I
G
 
G
P
 
P
T
|
T
G
|
G
V
|
V
G
|
G
K
|
K
T
|
T
E
|
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
R
 
R
L
 
L
A
 
A
R
 
K
L
 
L
A
 
A
G
 
N
A
 
A
P
 
P
F
 
F
V
 
I
K
 
K
V
 
V
E
 
E
A
 
A
T
 
T
K
 
K
F
 
F
T
 
T
E
 
E
V
 
V
G
 
-
Y
 
-
V
 
-
G
 
-
R
 
-
D
 
-
V
 
-
D
 
D
A
 
S
I
 
I
V
 
I
R
 
R
D
 
D
L
 
L
A
 
T
E
 
D
A
 
A
S
 
A
Y
 
V
Q
 
K
L
 
M
V
 
V
L
 
R
E
 
V
E
 
Q
M
 
A
K
 
I
K
 
E
K
 
K
V
 
N
E
 
R
E
 
Y
K
 
R
A
 
A
L
 
E
A
 
E
F
 
L
A
 
A
E
 
E
E
 
E
E
 
R
L
 
I
A
 
L
T
 
D
L
 
V
L
 
L
R
 
-
A
 
-
S
 
-
I
 
-
A
 
-
D
 
-
V
 
-
R
 
-
S
 
-
G
 
-
R
 
-
L
 
-
D
 
-
G
 
-
L
 
-
Y
 
-
V
 
-
E
 
-
V
 
-
Q
 
-
V
 
-
E
 
-
E
 
-
E
 
-
V
 
-
G
 
-
L
 
I
P
 
P
F
 
-
M
 
-
G
 
-
V
 
-
L
 
-
G
 
-
G
 
-
E
 
-
A
 
-
F
 
-
G
 
-
G
 
-
M
 
-
G
 
-
D
 
-
M
 
-
L
 
-
K
 
-
G
 
-
L
 
-
L
 
-
P
 
P
K
 
R
R
 
Q
P
 
A
V
 
F
R
 
R
R
 
K
R
 
K
M
 
L
T
 
-
V
 
-
R
 
R
E
 
E
A
 
G
R
 
Q
E
 
D
V
 
A
L
 
M
K
 
K
-
 
L
-
 
L
-
 
I
N
 
E
Q
 
E
H
 
E
A
 
A
E
 
A
R
 
K
L
 
L
I
 
V
D
 
N
K
 
P
E
 
E
E
 
E
L
 
L
K
 
K
E
 
Q
E
 
D
A
 
A
R
 
I
R
 
D
R
 
A
A
 
V
Q
 
E
E
 
Q
E
 
H
G
 
G
I
 
I
V
 
V
F
 
F
I
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
I
D
 
D
K
 
K
V
 
I
A
 
C
R
 
-
R
 
-
E
 
-
G
 
-
T
 
-
V
 
-
G
 
G
P
 
P
D
 
D
V
 
V
S
 
S
G
 
R
E
 
E
G
 
G
V
 
V
Q
 
Q
R
 
R
D
 
D
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
L
V
 
V
E
 
E
G
 
G
T
 
C
V
 
T
V
 
V
S
 
S
T
 
T
R
 
K
I
 
H
G
 
G
P
 
M
V
 
V
S
 
K
T
 
T
E
 
D
H
 
H
V
 
I
L
 
L
F
 
F
I
 
I
A
 
A
A
 
S
G
 
G
A
 
A
F
 
F
H
 
Q
V
 
I
A
 
A
K
 
K
P
 
P
S
 
S
D
 
D
L
 
L
I
 
I
P
 
P
E
 
E
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
R
 
R
F
 
L
P
 
P
I
 
I
R
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
L
S
 
Q
P
 
A
L
 
L
G
 
T
P
 
T
E
 
S
E
 
D
F
 
F
Y
 
E
R
 
R
I
|
I
L
 
L
K
 
T
E
 
E
P
 
P
E
 
N
N
 
A
S
 
S
L
 
I
I
 
T
R
 
V
Q
 
Q
Y
 
Y
T
 
K
E
 
A
L
 
L
L
 
M
R
 
A
A
 
T
D
 
E
G
 
G
T
 
V
E
 
N
L
 
I
V
 
E
F
 
F
E
 
T
D
 
D
E
 
S
A
 
G
L
 
I
W
 
K
A
 
R
I
 
I
A
 
A
Q
 
E
A
 
A
A
 
A
H
 
W
R
 
Q
A
 
V
N
 
N
Q
 
E
E
 
S
L
 
T
E
 
E
D
 
N
I
 
I
G
 
G
A
|
A
R
|
R
R
 
R
L
 
L
A
 
H
T
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
E
R
 
R
V
 
L
L
 
M
E
 
E
E
 
E
V
 
I
S
 
S
F
 
Y
Q
 
D
-
 
A
T
 
S
E
 
D
L
 
L
G
 
S
-
 
G
-
 
Q
R
 
N
V
 
I
E
 
T
I
 
I
T
 
D
R
 
A
A
 
D
Y
 
Y
V
 
V
E
 
S
K
 
K
R
 
H
L
 
L
E
 
D
A
 
A
V
 
L
F
 
V
A
 
A
S
 
D
P
 
E
D
 
D
V
 
L
T
 
S
R
 
R
F
 
F
V
 
I
L
 
L

1g4aE Crystal structures of the hslvu peptidase-atpase complex reveal an atp-dependent proteolysis mechanism (see paper)
51% identity, 54% coverage: 194:416/416 of query aligns to 131:356/356 of 1g4aE

query
sites
1g4aE
V
 
I
R
 
L
E
 
D
A
 
A
R
 
M
E
 
K
V
 
L
L
 
L
K
 
I
N
 
E
Q
 
E
H
 
E
A
 
A
E
 
A
R
 
K
L
 
L
I
 
V
D
 
N
K
 
P
E
 
E
E
 
E
L
 
L
K
 
K
E
 
Q
E
 
D
A
 
A
R
 
I
R
 
D
R
 
A
A
 
V
Q
 
E
E
 
Q
E
 
H
G
 
G
I
 
I
V
 
V
F
 
F
I
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
I
D
 
D
K
 
K
V
 
I
A
 
C
R
 
K
R
 
R
E
 
G
G
 
E
T
 
S
V
 
S
G
 
G
P
 
P
D
 
D
V
 
V
S
 
S
G
 
R
E
 
E
G
 
G
V
 
V
Q
 
Q
R
 
R
D
 
D
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
L
V
 
V
E
 
E
G
 
G
T
 
C
V
 
T
V
 
V
S
 
S
T
 
T
R
 
K
I
 
H
G
 
G
P
 
M
V
 
V
S
 
K
T
 
T
E
 
D
H
 
H
V
 
I
L
 
L
F
 
F
I
 
I
A
 
A
A
 
S
G
 
G
A
 
A
F
 
F
H
 
Q
V
 
I
A
 
A
K
 
K
P
 
P
S
 
S
D
 
D
L
 
L
I
 
I
P
 
P
E
 
E
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
R
 
R
F
 
L
P
 
P
I
 
I
R
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
L
S
 
Q
P
 
A
L
 
L
G
 
T
P
 
T
E
 
S
E
 
D
F
 
F
Y
 
E
R
 
R
I
|
I
L
 
L
K
 
T
E
 
E
P
 
P
E
 
N
N
 
A
S
 
S
L
 
I
I
 
T
R
 
V
Q
 
Q
Y
 
Y
T
 
K
E
 
A
L
 
L
L
 
M
R
 
A
A
 
T
D
 
E
G
 
G
T
 
V
E
 
N
L
 
I
V
 
E
F
 
F
E
 
T
D
 
D
E
 
S
A
 
G
L
 
I
W
 
K
A
 
R
I
 
I
A
 
A
Q
 
E
A
 
A
A
 
A
H
 
W
R
 
Q
A
 
V
N
 
N
Q
 
E
E
 
S
L
 
T
E
 
E
D
 
N
I
 
I
G
 
G
A
 
A
R
|
R
R
 
R
L
 
L
A
 
H
T
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
E
R
 
R
V
 
L
L
 
M
E
 
E
E
 
E
V
 
I
S
 
S
F
 
Y
Q
 
D
-
 
A
T
 
S
E
 
D
L
 
L
G
 
S
-
 
G
-
 
Q
R
 
N
V
 
I
E
 
T
I
 
I
T
 
D
R
 
A
A
 
D
Y
 
Y
V
 
V
E
 
S
K
 
K
R
 
H
L
 
L
E
 
D
A
 
A
V
 
L
F
 
V
A
 
A
S
 
D
P
 
E
D
 
D
V
 
L
T
 
S
R
 
R
F
 
F
V
 
I
L
 
L

Sites not aligning to the query:

5txvB Hslu p21 cell with 4 hexamers (see paper)
49% identity, 56% coverage: 185:416/416 of query aligns to 109:337/337 of 5txvB

query
sites
5txvB
K
 
R
R
 
K
P
 
K
V
 
L
R
 
R
R
 
E
R
 
G
M
 
Q
T
 
K
V
 
I
R
 
K
E
 
D
A
 
A
R
 
M
E
 
K
V
 
L
L
 
L
K
 
I
N
 
E
Q
 
E
H
 
E
A
 
A
E
 
A
R
 
K
L
 
L
I
 
V
D
 
N
K
 
P
E
 
E
E
 
E
L
 
L
K
 
K
E
 
Q
E
 
D
A
 
A
R
 
I
R
 
D
R
 
A
A
 
V
Q
 
E
E
 
Q
E
 
H
G
 
G
I
 
I
V
 
V
F
 
F
I
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
I
D
 
D
K
 
K
V
 
I
A
 
C
R
 
-
R
 
-
E
 
-
G
 
-
T
 
-
V
 
-
G
 
G
P
 
P
D
 
D
V
 
V
S
 
S
G
 
R
E
 
E
G
 
G
V
 
V
Q
 
Q
R
 
R
D
 
D
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
L
V
 
V
E
 
E
G
 
G
T
 
C
V
 
T
V
 
V
S
 
S
T
 
T
R
 
K
I
 
H
G
 
G
P
 
M
V
 
V
S
 
K
T
 
T
E
 
D
H
 
H
V
 
I
L
 
L
F
 
F
I
 
I
A
 
A
A
 
S
G
 
G
A
 
A
F
 
F
H
 
Q
V
 
I
A
 
A
K
 
K
P
 
P
S
 
S
D
 
D
L
 
L
I
 
I
P
 
P
E
 
E
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
R
 
R
F
 
L
P
 
P
I
 
I
R
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
L
S
 
Q
P
 
A
L
 
L
G
 
T
P
 
T
E
 
S
E
 
D
F
 
F
Y
 
E
R
 
R
I
 
I
L
 
L
K
 
T
E
 
E
P
 
P
E
 
N
N
 
A
S
 
S
L
 
I
I
 
T
R
 
V
Q
 
Q
Y
 
Y
T
 
K
E
 
A
L
 
L
L
 
M
R
 
A
A
 
T
D
 
E
G
 
G
T
 
V
E
 
N
L
 
I
V
 
E
F
 
F
E
 
T
D
 
D
E
 
S
A
 
G
L
 
I
W
 
K
A
 
R
I
 
I
A
 
A
Q
 
E
A
 
A
A
 
A
H
 
W
R
 
Q
A
 
V
N
 
N
Q
 
E
E
 
S
L
 
T
E
 
E
D
 
N
I
 
I
G
 
G
A
 
A
R
|
R
R
 
R
L
 
L
A
 
H
T
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
E
R
 
R
V
 
L
L
 
M
E
 
E
E
 
E
V
 
I
S
 
S
F
 
Y
Q
 
D
-
 
A
T
 
S
E
 
D
L
 
L
G
 
S
-
 
G
-
 
Q
R
 
N
V
 
I
E
 
T
I
 
I
T
 
D
R
 
A
A
 
D
Y
 
Y
V
 
V
E
 
S
K
 
K
R
 
H
L
 
L
E
 
D
A
 
A
V
 
L
F
 
V
A
 
A
S
 
D
P
 
E
D
 
D
V
 
L
T
 
S
R
 
R
F
 
F
V
 
I
L
 
L

Sites not aligning to the query:

1g3iA Crystal structure of the hsluv protease-chaperone complex (see paper)
50% identity, 54% coverage: 192:416/416 of query aligns to 100:326/326 of 1g3iA

query
sites
1g3iA
M
 
M
T
 
K
V
 
L
R
 
V
E
 
R
A
 
Q
R
 
Q
E
 
E
V
 
I
L
 
A
K
 
K
N
 
N
Q
 
R
-
 
I
-
 
D
-
 
D
H
 
E
A
 
A
E
 
A
R
 
K
L
 
L
I
 
I
D
 
N
K
 
P
E
 
E
E
 
E
L
 
L
K
 
K
E
 
Q
E
 
K
A
 
A
R
 
I
R
 
D
R
 
A
A
 
V
Q
 
E
E
 
Q
E
 
N
G
 
G
I
 
I
V
 
V
F
 
F
I
 
I
D
|
D
E
 
E
I
 
I
D
 
D
K
 
K
V
 
I
A
 
C
R
 
K
R
 
K
E
 
-
G
 
-
T
 
-
V
 
-
G
 
G
P
 
A
D
 
D
V
 
V
S
 
S
G
 
R
E
 
E
G
 
G
V
 
V
Q
 
Q
R
 
R
D
 
D
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
L
V
 
V
E
 
E
G
 
G
T
 
S
V
 
T
V
 
V
S
 
S
T
 
T
R
 
K
I
 
H
G
 
G
P
 
M
V
 
V
S
 
K
T
 
T
E
 
D
H
 
H
V
 
I
L
 
L
F
 
F
I
 
I
A
 
A
A
 
S
G
 
G
A
 
A
F
 
F
H
 
Q
V
 
V
A
 
A
K
 
R
P
 
P
S
 
S
D
 
D
L
 
L
I
 
I
P
 
P
E
 
E
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
R
 
R
F
 
L
P
 
P
I
 
I
R
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
L
S
 
T
P
 
A
L
 
L
G
 
S
P
 
A
E
 
A
E
 
D
F
 
F
Y
 
E
R
 
R
I
|
I
L
 
L
K
 
T
E
 
E
P
 
P
E
 
H
N
 
A
S
 
S
L
 
L
I
 
T
R
 
E
Q
 
Q
Y
 
Y
T
 
K
E
 
A
L
 
L
L
 
M
R
 
A
A
 
T
D
 
E
G
 
G
T
 
V
E
 
N
L
 
I
V
 
A
F
 
F
E
 
T
D
 
T
E
 
D
A
 
A
L
 
V
W
 
K
A
 
K
I
 
I
A
 
A
Q
 
E
A
 
A
A
 
A
H
 
F
R
 
R
A
 
V
N
 
N
Q
 
E
E
 
K
L
 
T
E
 
E
D
 
N
I
 
I
G
 
G
A
|
A
R
 
R
R
 
R
L
 
L
A
 
H
T
 
T
V
 
V
L
 
M
E
 
E
R
 
R
V
 
L
L
 
M
E
 
D
E
 
K
V
 
I
S
 
S
F
 
F
Q
 
S
-
 
A
T
 
S
E
 
D
L
 
M
G
 
N
-
 
G
-
 
Q
R
 
T
V
 
V
E
 
N
I
 
I
T
 
D
R
 
A
A
 
A
Y
 
Y
V
 
V
E
 
A
K
 
D
R
 
A
L
 
L
E
 
G
A
 
E
V
 
V
F
 
V
A
 
E
S
 
N
P
 
E
D
 
D
V
 
L
T
 
S
R
 
R
F
 
F
V
 
I
L
 
L

Sites not aligning to the query:

1im2A Hslu, haemophilus influenzae, selenomethionine variant (see paper)
52% identity, 53% coverage: 197:416/416 of query aligns to 126:346/346 of 1im2A

query
sites
1im2A
A
 
A
R
 
E
E
 
E
V
 
R
L
 
L
K
 
I
N
 
D
Q
 
D
H
 
E
A
 
A
E
 
A
R
 
K
L
 
L
I
 
I
D
 
N
K
 
P
E
 
E
E
 
E
L
 
L
K
 
K
E
 
Q
E
 
K
A
 
A
R
 
I
R
 
D
R
 
A
A
 
V
Q
 
E
E
 
Q
E
 
N
G
 
G
I
 
I
V
 
V
F
 
F
I
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
I
D
 
D
K
 
K
V
 
I
A
 
C
R
 
K
R
 
E
E
 
Y
G
 
S
T
 
-
V
 
-
G
 
G
P
 
A
D
 
D
V
 
V
S
 
S
G
 
R
E
 
E
G
 
G
V
 
V
Q
 
Q
R
 
R
D
 
D
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
L
V
 
V
E
 
E
G
 
G
T
 
S
V
 
T
V
 
V
S
 
S
T
 
T
R
 
K
I
 
H
G
 
G
P
 
M
V
 
V
S
 
K
T
 
T
E
 
D
H
 
H
V
 
I
L
 
L
F
 
F
I
 
I
A
 
A
A
 
S
G
 
G
A
 
A
F
 
F
H
 
Q
V
 
V
A
 
A
K
 
R
P
 
P
S
 
S
D
 
D
L
 
L
I
 
I
P
 
P
E
 
E