SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_053938192.1 NCBI__GCF_001294205.1:WP_053938192.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 14 hits to proteins with known functional sites (download)

3dmeA Crystal structure of conserved exported protein from bordetella pertussis. Northeast structural genomics target ber141
53% identity, 96% coverage: 4:373/386 of query aligns to 3:363/366 of 3dmeA

query
sites
3dmeA
V
 
I
D
 
D
I
 
C
V
 
I
V
 
V
V
x
I
G
|
G
A
 
A
G
|
G
V
|
V
V
|
V
G
 
G
L
 
L
A
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
A
A
 
G
G
 
G
R
 
H
Q
 
E
V
 
V
L
 
L
V
 
V
L
 
A
E
|
E
A
|
A
A
 
A
P
 
E
Q
 
G
A
 
I
G
 
G
M
 
T
G
 
G
T
|
T
S
|
S
A
 
S
R
|
R
G
x
N
S
|
S
K
 
E
V
|
V
I
 
I
H
|
H
A
 
A
G
 
G
L
 
I
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
G
 
D
S
 
S
L
 
L
K
 
K
A
 
A
Q
 
R
L
 
L
C
 
C
T
 
V
H
 
R
G
 
G
R
 
K
Q
 
H
L
 
L
L
 
L
Y
 
Y
A
 
E
Y
 
Y
C
 
C
Q
 
A
Q
 
A
R
 
R
Q
 
G
I
 
V
A
 
P
Y
 
H
R
 
Q
R
 
R
C
 
L
G
 
G
K
 
K
L
 
L
L
 
I
V
 
V
A
 
A
T
 
T
S
 
S
D
 
D
N
 
A
E
 
E
L
 
A
D
 
S
Q
 
Q
L
 
L
H
 
D
A
 
S
L
 
I
Q
 
A
L
 
R
K
 
R
A
 
A
K
 
G
R
 
A
N
 
N
G
 
G
V
 
V
T
 
D
N
 
D
L
 
L
Q
 
Q
L
 
H
I
 
I
S
 
D
A
 
G
A
 
A
R
 
A
A
 
A
Q
 
R
A
 
R
L
 
L
E
 
E
P
 
P
E
 
A
L
 
L
R
 
H
C
 
C
S
 
T
G
 
A
A
 
A
L
 
L
L
 
V
S
 
S
P
 
P
D
 
S
T
 
T
G
 
G
I
 
I
V
 
V
D
 
D
S
 
S
A
 
H
A
 
A
Y
 
L
V
 
M
R
 
L
A
 
A
L
 
Y
Q
 
Q
T
 
G
D
 
D
A
 
A
E
 
E
R
 
S
A
 
D
G
 
G
A
 
A
R
 
Q
F
 
L
V
 
V
F
 
F
N
 
H
A
 
T
E
x
P
L
|
L
A
 
I
S
 
A
A
 
G
E
 
R
T
 
V
R
 
R
A
 
P
D
 
E
-
 
G
G
 
G
F
 
F
M
 
E
L
 
L
I
 
D
V
 
F
R
 
G
D
 
G
A
 
A
M
 
E
G
 
P
T
 
M
Q
 
T
W
 
L
R
 
S
A
 
C
R
 
R
Q
 
V
L
 
L
I
 
I
N
 
N
C
 
A
A
|
A
G
 
G
L
 
L
W
 
H
A
 
A
P
 
P
R
 
G
L
 
L
A
 
A
A
 
R
Q
 
R
I
 
I
S
 
E
G
 
G
L
 
I
P
 
P
Q
 
R
Q
 
D
A
 
S
V
 
I
P
 
P
Q
 
P
A
 
E
Y
 
Y
Y
 
L
A
 
C
K
 
K
G
 
G
H
 
S
Y
 
Y
F
 
F
R
 
T
C
 
L
D
 
A
A
 
G
P
 
R
S
 
A
R
 
P
F
 
F
S
 
S
H
 
R
L
 
L
I
 
I
Y
 
Y
P
 
P
L
 
V
P
 
P
N
 
Q
Q
 
H
A
 
A
G
 
G
L
 
L
G
 
G
V
 
V
H
 
H
L
 
L
T
 
T
L
 
L
D
 
D
L
 
L
A
 
G
G
 
G
R
 
Q
V
 
A
R
 
K
F
 
F
G
 
G
P
 
P
D
 
D
V
 
T
Q
 
E
W
 
W
L
 
-
D
 
-
G
 
-
P
 
-
G
 
-
I
 
I
A
 
A
A
 
T
D
 
E
P
 
-
A
 
-
H
 
-
I
 
-
A
 
-
P
 
D
Y
 
Y
P
 
T
A
 
L
D
 
D
P
 
P
Q
 
R
R
 
R
A
 
A
A
 
D
A
 
V
F
 
F
Y
 
Y
T
 
A
E
 
A
I
 
V
R
 
R
K
 
S
Y
 
Y
W
 
W
P
 
P
G
 
A
L
 
L
P
 
P
D
 
D
G
 
G
A
 
A
L
 
L
R
 
A
P
 
P
D
 
G
S
 
Y
A
 
T
G
 
G
I
|
I
R
|
R
P
 
P
K
 
K
L
 
I
A
 
S
G
 
G
A
 
P
D
 
H
A
 
E
A
 
P
A
 
A
Q
 
A
D
 
D
F
 
F
R
 
A
I
 
I
D
 
A
T
 
G
E
 
P
A
 
A
Q
 
S
H
 
H
G
 
G
V
 
V
R
 
A
G
 
G
L
 
L
I
 
V
N
 
N
L
 
L
F
 
Y
G
 
G
I
|
I
E
|
E
S
|
S
P
|
P
G
|
G
L
|
L
T
|
T
A
 
A
S
 
S
L
 
L
A
 
A
L
 
I
G
 
A
E
 
E
H
 
E
V
 
T
A
 
L
A
 
A

8w7fB Structure of drosophila melanogaster l-2-hydroxyglutarate dehydrogenase bound with fad and a sulfate ion (see paper)
28% identity, 91% coverage: 28:377/386 of query aligns to 29:407/412 of 8w7fB

query
sites
8w7fB
Q
 
K
V
 
V
L
 
A
V
 
V
L
 
L
E
|
E
A
x
K
A
 
E
P
 
C
Q
 
K
A
 
L
G
 
A
M
 
K
G
x
H
T
x
Q
S
|
S
A
 
G
R
x
H
G
x
N
S
|
S
K
 
G
V
|
V
I
 
I
H
|
H
A
 
A
G
 
G
L
 
I
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
K
A
 
P
G
 
G
S
 
T
L
 
L
K
 
K
A
 
A
Q
 
R
L
 
L
C
 
C
T
 
V
H
 
E
G
 
G
R
 
M
Q
 
H
L
 
L
L
 
A
Y
 
Y
A
 
A
Y
 
Y
C
 
L
Q
 
D
Q
 
E
R
 
K
Q
 
K
I
 
I
A
 
P
Y
 
Y
R
 
K
R
 
K
C
 
T
G
 
G
K
 
K
L
 
L
L
 
I
V
 
V
A
 
A
T
 
T
S
 
D
D
 
E
N
 
K
E
 
E
L
 
V
D
 
K
Q
 
L
L
 
L
H
 
K
A
 
D
L
 
L
Q
 
E
L
 
K
K
 
R
A
 
G
K
 
I
R
 
A
N
 
N
G
 
N
V
 
V
T
 
P
N
 
D
L
 
L
Q
 
R
L
 
M
I
 
I
S
 
E
A
 
G
A
 
S
R
 
E
A
 
I
Q
 
Q
A
 
E
L
 
I
E
 
E
P
 
P
E
 
Y
L
 
C
R
 
Q
C
 
G
S
 
V
G
 
M
A
 
A
L
 
L
L
 
H
S
 
S
P
 
P
D
 
H
T
 
T
G
 
G
I
 
I
V
 
V
D
 
D
S
 
W
A
 
G
A
 
L
Y
 
V
V
 
T
R
 
E
A
 
H
L
 
Y
Q
 
G
T
 
Q
D
 
D
A
 
F
E
 
K
R
 
Q
A
 
C
G
 
G
A
 
G
R
 
D
F
 
I
V
 
Y
F
 
L
N
 
D
A
 
F
E
 
N
L
x
V
A
 
S
S
 
K
-
 
F
A
 
T
E
 
E
T
 
T
R
 
K
A
 
T
D
 
D
G
 
Y
F
 
P
M
 
V
L
 
T
I
 
I
V
 
H
R
 
G
D
 
A
A
 
K
M
 
P
G
 
G
T
 
Q
Q
 
T
W
 
V
R
 
R
A
 
T
R
 
K
Q
 
N
L
 
V
I
 
L
N
 
T
C
 
C
A
x
G
G
|
G
L
 
L
W
x
Q
A
 
S
P
 
D
R
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
E
Q
 
K
I
 
-
S
 
T
G
 
G
L
 
C
P
 
P
Q
 
R
Q
 
D
A
 
-
V
 
-
P
 
P
Q
 
R
A
 
I
Y
 
V
Y
 
P
A
 
F
K
 
R
G
 
G
H
 
E
Y
|
Y
F
 
L
R
 
L
C
 
L
D
 
T
A
 
K
P
 
E
S
 
K
R
 
Q
F
 
-
S
 
-
H
 
H
L
 
M
-
 
V
-
 
K
-
 
G
-
 
N
I
 
I
Y
 
Y
P
 
P
L
 
V
P
 
P
N
 
D
Q
 
P
-
 
R
-
 
F
A
 
P
G
 
F
L
 
L
G
 
G
V
 
V
H
 
H
L
 
F
T
 
T
L
 
P
D
 
R
L
 
M
A
 
D
G
 
G
R
 
S
V
 
I
R
 
W
F
 
L
G
 
G
P
 
P
D
 
N
-
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
A
-
 
L
-
 
K
-
 
R
-
 
E
-
 
G
V
 
Y
Q
 
T
W
 
W
L
 
G
D
 
D
-
 
I
-
 
N
-
 
L
-
 
F
-
 
E
-
 
L
-
 
F
-
 
D
-
 
A
-
 
L
-
 
R
G
 
Y
P
 
P
G
 
G
I
 
F
A
 
V
A
 
K
D
 
M
P
 
A
A
 
S
H
 
K
I
 
Y
A
 
I
P
 
G
Y
 
F
P
 
G
A
 
L
D
 
S
P
 
E
Q
 
M
R
 
S
A
 
K
A
 
S
A
 
W
F
 
F
Y
 
I
T
 
N
-
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
K
E
 
A
I
 
L
R
 
Q
K
 
K
Y
 
Y
W
 
I
P
 
P
G
 
D
L
 
I
P
 
T
D
 
E
G
 
Y
A
 
D
L
 
I
R
 
Q
P
 
R
D
 
G
S
 
P
A
 
A
G
 
G
I
x
V
R
|
R
P
 
A
K
 
Q
L
 
A
A
 
M
G
 
D
A
 
L
D
 
D
A
 
G
A
 
N
-
 
L
A
 
V
Q
 
D
D
 
D
F
 
F
R
 
V
I
 
F
D
 
D
T
 
R
E
 
G
A
 
Q
Q
 
G
H
 
S
G
 
G
-
 
A
-
 
L
V
 
A
R
 
K
G
 
R
L
 
V
I
 
L
N
 
H
L
 
C
F
 
R
G
 
N
I
 
A
E
 
P
S
 
S
P
|
P
G
|
G
L
x
A
T
|
T
A
 
S
S
 
S
L
 
L
A
 
A
L
 
I
G
 
A
E
 
K
H
 
M
V
 
I
A
 
A
A
 
D
L
 
K
V
 
I
Q
 
E
S
 
N

Sites not aligning to the query:

8w78A Structure of drosophila melanogaster l-2-hydroxyglutarate dehydrogenase in complex with fad and 2-oxoglutarate (see paper)
28% identity, 91% coverage: 28:377/386 of query aligns to 29:405/410 of 8w78A

query
sites
8w78A
Q
 
K
V
 
V
L
 
A
V
 
V
L
 
L
E
|
E
A
x
K
A
 
E
P
 
C
Q
 
K
A
 
L
G
 
A
M
 
K
G
x
H
T
x
Q
S
|
S
A
 
G
R
 
H
G
x
N
S
|
S
K
 
G
V
|
V
I
 
I
H
|
H
A
 
A
G
 
G
L
 
I
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
K
A
 
P
G
 
G
S
 
T
L
 
L
K
 
K
A
 
A
Q
 
R
L
 
L
C
 
C
T
 
V
H
 
E
G
 
G
R
 
M
Q
 
H
L
 
L
L
 
A
Y
 
Y
A
 
A
Y
 
Y
C
 
L
Q
 
D
Q
 
E
R
 
K
Q
 
K
I
 
I
A
 
P
Y
 
Y
R
 
K
R
 
K
C
 
T
G
 
G
K
 
K
L
 
L
L
 
I
V
 
V
A
 
A
T
 
T
S
 
D
D
 
E
N
 
K
E
 
E
L
 
V
D
 
K
Q
 
L
L
 
L
H
 
K
A
 
D
L
 
L
Q
 
E
L
 
K
K
 
R
A
 
G
K
 
I
R
 
A
N
 
N
G
 
N
V
 
V
T
 
P
N
 
D
L
 
L
Q
 
R
L
 
M
I
 
I
S
 
E
A
 
G
A
 
S
R
 
E
A
 
I
Q
 
Q
A
 
E
L
 
I
E
 
E
P
 
P
E
 
Y
L
 
C
R
 
Q
C
 
G
S
 
V
G
 
M
A
 
A
L
 
L
L
 
H
S
 
S
P
 
P
D
 
H
T
 
T
G
 
G
I
 
I
V
 
V
D
 
D
S
 
W
A
 
G
A
 
L
Y
 
V
V
 
T
R
 
E
A
 
H
L
 
Y
Q
 
G
T
 
Q
D
 
D
A
 
F
E
 
K
R
 
Q
A
 
C
G
 
G
A
 
G
R
 
D
F
 
I
V
 
Y
F
 
L
N
 
D
A
 
F
E
 
N
L
x
V
A
 
-
S
 
S
A
 
K
E
 
F
T
 
T
R
 
E
A
 
T
D
 
D
G
 
Y
F
 
P
M
 
V
L
 
T
I
 
I
V
 
H
R
 
G
D
 
A
A
 
K
M
 
P
G
 
G
T
 
Q
Q
 
T
W
 
V
R
 
R
A
 
T
R
 
K
Q
 
N
L
 
V
I
 
L
N
 
T
C
 
C
A
x
G
G
|
G
L
 
L
W
x
Q
A
 
S
P
 
D
R
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
E
Q
 
K
I
 
-
S
 
T
G
 
G
L
 
C
P
 
P
Q
 
R
Q
 
D
A
 
-
V
 
-
P
 
P
Q
 
R
A
 
I
Y
 
V
Y
 
P
A
 
F
K
 
R
G
 
G
H
 
E
Y
 
Y
F
 
L
R
 
L
C
 
L
D
 
T
A
 
K
P
 
E
S
 
K
R
 
Q
F
 
-
S
 
-
H
 
H
L
 
M
-
 
V
-
 
K
-
 
G
-
 
N
I
 
I
Y
|
Y
P
 
P
L
 
V
P
 
P
N
 
D
Q
 
P
-
 
R
-
 
F
A
 
P
G
x
F
L
|
L
G
 
G
V
 
V
H
|
H
L
 
F
T
 
T
L
 
P
D
 
R
L
 
M
A
 
D
G
 
G
R
 
S
V
 
I
R
 
W
F
 
L
G
 
G
P
 
P
D
 
N
-
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
A
-
 
L
-
 
K
-
 
R
-
 
E
-
 
G
V
 
Y
Q
 
T
W
 
W
L
 
G
D
 
D
-
 
I
-
 
N
-
 
L
-
 
F
-
 
E
-
 
L
-
 
F
-
 
D
-
 
A
-
 
L
-
 
R
G
 
Y
P
 
P
G
 
G
I
 
F
A
 
V
A
 
K
D
 
M
P
 
A
A
 
S
H
 
K
I
 
Y
A
 
I
P
 
G
Y
 
F
P
 
G
A
 
L
D
 
S
P
 
E
Q
 
M
R
 
S
A
 
K
A
 
S
A
 
W
F
 
F
Y
 
I
T
 
N
-
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
K
E
 
A
I
 
L
R
 
Q
K
 
K
Y
 
Y
W
 
I
P
 
P
G
 
D
L
 
I
P
 
T
D
 
E
G
 
Y
A
 
D
L
 
I
R
 
Q
P
 
R
D
 
G
S
 
P
A
 
A
G
 
G
I
 
V
R
|
R
P
 
A
K
 
Q
L
 
A
A
 
M
G
 
D
A
 
L
D
 
D
A
 
G
A
 
N
-
 
L
A
 
V
Q
 
D
D
 
D
F
 
F
R
 
V
I
 
F
D
 
D
T
 
R
E
 
G
A
 
Q
Q
 
G
H
 
S
G
 
G
-
 
A
-
 
L
V
 
A
R
 
K
G
 
R
L
 
V
I
 
L
N
 
H
L
 
C
F
 
R
G
 
N
I
 
A
E
 
P
S
 
S
P
|
P
G
|
G
L
x
A
T
|
T
A
 
S
S
 
S
L
 
L
A
 
A
L
 
I
G
 
A
E
 
K
H
 
M
V
 
I
A
 
A
A
 
D
L
 
K
V
 
I
Q
 
E
S
 
N

Sites not aligning to the query:

Q9UI17 Dimethylglycine dehydrogenase, mitochondrial; ME2GLYDH; EC 1.5.8.4 from Homo sapiens (Human) (see 4 papers)
25% identity, 57% coverage: 5:223/386 of query aligns to 51:267/866 of Q9UI17

query
sites
Q9UI17
D
 
E
I
 
T
V
 
V
V
 
I
V
 
I
G
 
G
A
 
G
G
 
G
V
x
C
V
|
V
G
 
G
L
 
V
A
 
S
V
 
L
A
 
A
R
 
Y
A
 
H
L
 
L
A
 
A
R
 
K
A
 
A
G
 
G
R
 
M
Q
 
K
V
 
D
L
 
V
V
 
V
L
 
L
E
 
L
A
x
E
A
x
K
P
 
S
Q
 
E
A
 
L
G
 
T
M
 
A
G
|
G
T
x
S
S
x
T
A
x
W
R
x
H
G
x
A
S
x
A
K
x
G
V
x
L
I
 
-
H
 
-
A
 
T
G
 
T
L
 
Y
Y
 
F
Y
 
H
P
 
P
A
 
G
G
 
I
S
 
N
L
 
L
K
 
K
A
 
K
Q
 
-
L
 
-
C
 
I
T
x
H
H
 
Y
G
 
D
R
 
S
Q
 
I
L
 
K
L
 
L
Y
 
Y
A
 
E
Y
 
K
C
 
L
Q
 
E
Q
 
E
R
 
E
Q
 
T
-
 
G
-
 
Q
-
 
V
I
 
V
A
 
G
Y
 
F
R
 
H
R
 
Q
C
 
P
G
 
G
K
 
S
L
 
I
L
 
R
V
 
L
A
 
A
T
 
T
S
 
T
D
 
P
N
 
V
E
 
R
L
 
V
D
 
D
Q
 
E
L
 
F
H
 
-
A
 
-
L
 
-
Q
 
K
L
 
Y
K
 
Q
A
 
M
K
 
T
R
 
R
N
 
T
G
 
G
-
 
W
-
 
H
V
 
A
T
 
T
N
 
E
L
 
Q
Q
 
Y
L
 
L
I
 
I
S
 
E
A
 
P
A
 
E
R
 
K
A
 
I
Q
 
Q
A
 
E
L
 
M
E
 
F
P
 
P
E
 
L
L
 
L
R
 
N
C
 
M
S
 
N
-
 
K
-
 
V
-
 
L
G
 
A
A
 
G
L
 
L
L
 
Y
S
 
N
P
 
P
D
 
G
T
 
D
G
 
G
I
 
H
V
 
I
D
 
D
S
 
P
A
 
Y
A
 
S
Y
 
L
V
 
T
R
 
M
A
 
A
L
 
L
Q
 
A
T
 
A
D
 
G
A
 
A
E
 
R
R
 
K
A
 
C
G
 
G
A
 
A
R
 
L
F
 
L
V
 
K
F
 
Y
N
 
P
A
 
A
E
 
P
L
x
V
A
 
T
S
 
S
A
 
L
E
 
K
T
 
A
R
 
R
A
 
S
D
 
D
G
 
G
F
 
-
M
 
T
L
 
W
I
 
D
V
 
V
R
 
E
D
 
T
A
 
P
M
 
Q
G
 
G
T
 
S
Q
 
M
W
 
-
R
 
R
A
 
A
R
 
N
Q
 
R
L
 
I
I
 
V
N
 
N
C
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
F
W
 
W
A
 
A
P
 
-
R
 
R
L
 
E
A
 
V
A
 
G
Q
 
K
I
 
M
S
 
I
G
 
G
L
 
L
P
 
E
Q
 
H
Q
 
P
A
 
L
V
 
I
P
 
P

Sites not aligning to the query:

Q63342 Dimethylglycine dehydrogenase, mitochondrial; ME2GLYDH; EC 1.5.8.4 from Rattus norvegicus (Rat) (see 2 papers)
27% identity, 57% coverage: 5:223/386 of query aligns to 44:260/857 of Q63342

query
sites
Q63342
D
 
E
I
 
T
V
 
V
V
 
I
V
 
I
G
 
G
A
 
G
G
 
G
V
x
C
V
|
V
G
 
G
L
 
V
A
 
S
V
 
L
A
 
A
R
 
Y
A
 
H
L
 
L
A
 
A
R
 
K
A
 
A
G
 
G
-
 
M
R
 
R
Q
 
D
V
 
V
L
 
V
V
 
L
L
 
L
E
|
E
A
x
K
A
 
S
P
 
E
Q
 
L
A
 
T
G
 
A
M
 
-
G
 
-
T
 
-
S
 
-
A
 
-
R
 
-
G
|
G
S
|
S
K
x
T
V
x
W
I
x
H
H
x
A
A
|
A
G
|
G
L
|
L
-
 
T
-
 
T
-
 
Y
Y
 
F
Y
 
H
P
 
P
A
 
G
G
 
I
S
 
N
L
 
L
K
 
K
A
 
K
Q
 
-
L
 
-
C
 
I
T
 
H
H
 
Y
G
 
D
R
 
S
Q
 
I
L
 
K
L
 
L
Y
 
Y
A
 
E
Y
 
R
C
 
L
Q
 
E
Q
 
E
R
 
E
Q
 
T
-
 
G
-
 
Q
-
 
V
I
 
V
A
 
G
Y
 
F
R
 
H
R
 
Q
C
 
P
G
 
G
K
 
S
L
 
I
L
 
R
V
 
L
A
 
A
T
 
T
S
 
T
D
 
P
N
 
E
E
 
R
L
 
V
D
 
D
Q
 
E
L
 
F
H
 
-
A
 
K
L
 
Y
Q
 
Q
L
 
M
K
 
T
A
 
R
K
 
T
R
 
N
N
 
W
G
 
H
V
 
A
T
 
T
N
 
E
L
 
Q
Q
 
Y
L
 
I
I
 
I
S
 
E
A
 
P
A
 
E
R
 
K
A
 
I
Q
 
H
A
 
E
L
 
L
E
 
F
P
 
P
E
 
L
L
 
L
-
 
N
-
 
M
-
 
D
R
 
K
C
 
I
S
 
L
G
 
A
A
 
G
L
 
L
L
 
Y
S
 
N
P
 
P
D
 
G
T
 
D
G
 
G
I
 
H
V
 
I
D
 
D
S
 
P
A
 
Y
A
 
S
Y
 
L
V
 
T
R
 
M
A
 
A
L
 
L
Q
 
A
T
 
T
D
 
G
A
 
A
E
 
R
R
 
K
A
 
Y
G
 
G
A
 
V
R
 
L
F
 
L
V
 
K
F
 
Y
N
 
P
A
 
A
E
 
P
L
x
V
A
 
T
S
 
S
A
 
L
E
 
K
T
 
P
R
 
R
A
 
P
D
 
D
G
 
G
F
 
-
M
 
T
L
 
W
I
 
D
V
 
V
R
 
E
D
 
T
A
 
P
M
 
Q
G
 
G
T
 
S
Q
 
V
W
 
-
R
 
R
A
 
A
R
 
N
Q
 
R
L
 
I
I
 
V
N
 
N
C
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
F
W
|
W
A
 
A
P
 
-
R
 
R
L
 
E
A
 
V
A
 
G
Q
 
K
I
 
M
S
 
I
G
 
G
L
 
L
P
 
D
Q
 
H
Q
 
P
A
 
L
V
 
I
P
 
P

Sites not aligning to the query:

4pabB Crystal structure of the precursor form of rat dmgdh complexed with tetrahydrofolate (see paper)
27% identity, 57% coverage: 5:223/386 of query aligns to 7:223/824 of 4pabB

query
sites
4pabB
D
 
E
I
 
T
V
 
V
V
 
I
V
x
I
G
|
G
A
 
G
G
|
G
V
x
C
V
|
V
G
 
G
L
 
V
A
 
S
V
 
L
A
 
A
R
 
Y
A
 
H
L
 
L
A
 
A
R
 
K
A
 
A
G
 
G
-
 
M
R
 
R
Q
 
D
V
 
V
L
 
V
V
 
L
L
|
L
E
|
E
A
x
K
A
 
S
P
 
E
Q
 
L
A
 
T
G
 
A
M
 
-
G
 
-
T
 
-
S
 
-
A
 
-
R
 
-
G
|
G
S
|
S
K
x
T
V
 
W
I
x
H
H
x
A
A
|
A
G
|
G
L
|
L
-
 
T
-
x
T
-
 
Y
Y
 
F
Y
 
H
P
 
P
A
 
G
G
 
I
S
 
N
L
 
L
K
 
K
A
 
K
Q
 
-
L
 
-
C
 
I
T
 
H
H
 
Y
G
 
D
R
 
S
Q
 
I
L
 
K
L
 
L
Y
 
Y
A
 
E
Y
 
R
C
 
L
Q
 
E
Q
 
E
R
 
E
Q
 
T
-
 
G
-
 
Q
-
 
V
I
 
V
A
 
G
Y
 
F
R
 
H
R
 
Q
C
 
P
G
 
G
K
 
S
L
 
I
L
 
R
V
 
L
A
 
A
T
 
T
S
 
T
D
 
P
N
 
E
E
 
R
L
 
V
D
 
D
Q
x
E
L
 
F
H
 
-
A
 
K
L
 
Y
Q
 
Q
L
 
M
K
 
T
A
 
R
K
 
T
R
 
N
N
 
W
G
 
H
V
 
A
T
 
T
N
 
E
L
 
Q
Q
 
Y
L
 
I
I
 
I
S
 
E
A
 
P
A
 
E
R
 
K
A
 
I
Q
 
H
A
 
E
L
 
L
E
 
F
P
 
P
E
 
L
L
 
L
-
 
N
-
 
M
-
 
D
R
 
K
C
 
I
S
 
L
G
 
A
A
 
G
L
 
L
L
 
Y
S
 
N
P
 
P
D
 
G
T
 
D
G
 
G
I
 
H
V
 
I
D
 
D
S
 
P
A
 
Y
A
 
S
Y
 
L
V
 
T
R
 
M
A
 
A
L
 
L
Q
 
A
T
 
T
D
 
G
A
 
A
E
 
R
R
 
K
A
 
Y
G
 
G
A
 
V
R
 
L
F
 
L
V
 
K
F
 
Y
N
 
P
A
 
A
E
 
P
L
x
V
A
 
T
S
 
S
A
 
L
E
 
K
T
 
P
R
 
R
A
 
P
D
 
D
G
 
G
F
 
-
M
 
T
L
 
W
I
 
D
V
 
V
R
 
E
D
 
T
A
 
P
M
 
Q
G
 
G
T
 
S
Q
 
V
W
 
-
R
 
R
A
 
A
R
 
N
Q
 
R
L
 
I
I
 
V
N
 
N
C
 
A
A
|
A
G
|
G
L
 
F
W
|
W
A
 
A
P
 
-
R
 
R
L
 
E
A
 
V
A
 
G
Q
 
K
I
 
M
S
 
I
G
 
G
L
 
L
P
 
D
Q
 
H
Q
 
P
A
 
L
V
 
I
P
 
P

Sites not aligning to the query:

2uzzB X-ray structure of n-methyl-l-tryptophan oxidase (mtox) (see paper)
24% identity, 64% coverage: 5:250/386 of query aligns to 4:244/372 of 2uzzB

query
sites
2uzzB
D
 
D
I
 
L
V
 
I
V
 
I
V
x
I
G
 
G
A
 
S
G
|
G
V
x
S
V
|
V
G
 
G
L
 
A
A
 
A
V
 
A
A
 
G
R
 
Y
A
 
Y
L
 
A
A
 
T
R
 
R
A
 
A
G
 
G
R
 
L
Q
 
N
V
 
V
L
 
L
V
 
M
L
 
T
E
x
D
A
 
A
-
 
H
A
 
M
P
 
P
Q
 
P
A
x
H
G
 
Q
M
 
H
G
|
G
T
x
S
S
x
H
A
x
H
R
 
G
G
 
D
S
x
T
K
x
R
V
x
L
I
 
I
-
x
R
H
 
H
A
 
A
G
 
-
L
 
-
Y
 
-
Y
 
Y
P
 
G
A
 
E
G
 
G
S
 
E
L
 
K
K
 
Y
A
 
V
Q
 
P
L
 
L
C
 
V
T
 
L
H
 
R
G
 
A
R
 
Q
Q
 
M
L
 
L
L
 
W
Y
 
D
A
 
E
Y
 
L
C
 
S
Q
 
R
Q
 
H
R
 
N
Q
 
E
I
 
D
-
 
D
-
 
P
A
 
I
Y
 
F
R
 
V
R
 
R
C
 
S
G
 
G
K
 
V
L
 
I
L
 
N
V
 
L
A
 
G
T
 
P
S
 
A
D
 
D
N
x
S
E
 
T
L
 
F
D
 
-
Q
 
-
L
 
L
H
 
A
A
 
N
L
 
V
Q
 
A
L
 
H
K
 
S
A
 
A
K
 
E
R
 
Q
N
 
W
G
 
Q
V
 
L
T
 
-
N
 
N
L
 
V
Q
 
E
L
 
K
I
 
L
S
 
D
A
 
A
A
 
Q
R
 
G
A
 
I
Q
 
M
A
 
A
L
 
R
E
 
W
P
 
P
E
 
E
L
 
I
R
 
R
C
 
V
S
 
P
G
 
D
-
 
N
-
 
Y
-
 
I
A
 
G
L
 
L
L
 
F
S
 
E
P
 
T
D
 
D
T
 
S
G
 
G
I
 
F
V
 
L
D
 
R
S
 
S
A
 
E
A
 
L
Y
 
A
V
 
I
R
 
K
A
 
T
L
 
W
Q
 
I
T
 
Q
D
 
L
A
 
A
E
 
K
R
 
E
A
 
A
G
 
G
A
 
C
R
 
A
F
 
Q
V
 
L
F
 
F
N
 
N
A
 
C
E
 
P
L
x
V
A
 
T
S
 
A
A
 
I
E
 
R
T
 
H
R
 
D
A
 
D
D
 
D
G
 
G
F
 
V
M
 
T
L
 
I
I
 
E
V
 
T
R
 
A
D
 
D
A
 
G
M
 
-
G
 
-
T
 
-
Q
 
E
W
 
Y
R
 
Q
A
 
A
R
 
K
Q
 
K
L
 
A
I
 
I
N
 
V
C
 
C
A
|
A
G
|
G
L
 
T
W
 
W
A
 
V
P
 
K
R
 
D
L
 
L
A
 
L
A
 
P
Q
 
E
I
 
L
S
 
P
G
 
V
L
 
Q
P
 
P
Q
 
V
Q
 
R
A
 
K
V
 
V
P
x
F
Q
 
A
A
 
W
Y
 
Y
Y
 
Q
A
 
A
K
 
D
G
 
G
H
 
R
Y
 
Y
F
 
-
R
 
-
C
 
-
D
 
S
A
 
V
P
 
K
S
 
N
R
 
K
F
 
F
S
 
P
H
 
A
L
 
F
I
 
T
Y
 
G
P
 
E
L
 
L
P
 
P
N
 
N

Sites not aligning to the query:

Q8GAI3 4-methylaminobutanoate oxidase (formaldehyde-forming); MABO; Demethylating gamma-N-methylaminobutyrate oxidase; Gamma-N-methylaminobutyrate oxidase 1; EC 1.5.3.19 from Paenarthrobacter nicotinovorans (Arthrobacter nicotinovorans) (see paper)
27% identity, 54% coverage: 4:212/386 of query aligns to 26:233/824 of Q8GAI3

query
sites
Q8GAI3
V
 
V
D
 
R
I
 
T
V
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
G
A
 
G
G
 
G
V
 
I
V
 
I
G
 
G
L
 
A
A
 
S
V
 
I
A
 
A
R
 
Y
A
 
H
L
 
L
A
 
S
R
 
A
A
 
A
G
 
G
R
 
E
Q
 
N
V
 
D
L
 
T
V
 
L
L
 
L
E
 
L
A
 
E
A
 
S
P
 
N
Q
 
V
A
 
L
G
 
G
M
 
S
G
 
G
T
 
T
S
 
S
A
x
W
R
x
H
G
 
A
S
 
A
K
 
G
V
 
L
I
 
V
H
 
T
A
 
G
G
 
A
L
 
R
Y
 
-
Y
 
-
P
 
-
A
 
G
G
 
T
S
 
T
L
 
T
K
 
M
A
 
T
Q
 
K
L
 
L
C
 
A
T
 
K
H
 
Y
G
 
G
R
 
L
Q
 
D
L
 
F
L
 
-
Y
 
Y
A
 
S
Y
 
R
C
 
L
Q
 
E
Q
 
Q
R
 
M
-
 
S
-
 
G
-
 
L
Q
 
D
I
 
V
A
 
S
Y
 
F
R
 
Q
R
 
R
C
 
C
G
 
G
K
 
S
L
 
L
L
 
S
V
 
V
A
 
A
T
 
R
S
 
T
D
 
A
N
 
G
E
 
R
L
 
V
D
 
D
Q
 
E
L
 
L
H
 
L
A
 
Y
L
 
A
Q
 
K
L
 
D
K
 
V
A
 
A
K
 
D
R
 
Q
N
 
Q
G
 
G
V
 
V
T
 
R
N
 
T
L
 
-
Q
 
E
L
 
W
I
 
L
S
 
T
A
 
E
A
 
D
R
 
R
A
 
Y
Q
 
K
A
 
E
L
 
L
E
 
W
P
 
P
E
 
L
L
 
A
R
 
T
C
 
Y
S
 
S
-
 
G
-
 
V
-
 
A
G
 
G
A
 
A
L
 
L
L
 
L
S
 
L
P
 
P
D
 
D
T
 
D
G
 
G
I
 
H
V
 
I
D
 
N
S
 
P
A
 
G
A
 
H
Y
 
A
V
 
T
R
 
V
A
 
A
L
 
L
Q
 
A
T
 
K
D
 
L
A
 
A
E
 
H
R
 
S
A
 
L
G
 
G
A
 
T
R
 
Q
F
 
I
V
 
R
F
 
E
N
 
N
A
 
V
E
 
A
L
 
V
A
 
H
S
 
K
A
 
V
E
 
L
T
 
R
R
 
Q
A
 
G
D
 
D
G
 
L
F
 
V
M
 
V
L
 
G
I
 
V
V
 
L
R
 
T
D
 
D
A
 
-
M
 
Q
G
 
G
T
 
I
Q
 
V
W
 
H
R
 
C
A
 
D
R
 
R
Q
 
V
L
 
I
I
 
L
N
 
A
C
 
C
A
 
-
G
 
G
L
 
L
W
 
W
A
 
T
P
 
R
R
 
D
L
 
L
A
 
A
A
 
A

3gsiA Crystal structure of d552a dimethylglycine oxidase mutant of arthrobacter globiformis in complex with tetrahydrofolate (see paper)
27% identity, 54% coverage: 6:214/386 of query aligns to 4:211/827 of 3gsiA

query
sites
3gsiA
I
 
I
V
 
V
V
 
I
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
V
x
I
V
|
V
G
 
G
L
 
T
A
 
N
V
 
L
A
 
A
R
 
D
A
 
E
L
 
L
-
 
V
A
 
T
R
 
R
A
 
G
G
 
W
R
 
N
Q
 
N
V
 
I
L
 
T
V
 
V
L
 
L
E
x
D
A
x
Q
A
 
G
P
 
P
Q
 
-
A
 
-
G
 
-
M
 
-
G
 
-
T
 
L
S
 
N
A
 
M
R
 
P
G
 
G
S
x
G
K
x
S
V
x
T
I
 
S
H
|
H
A
 
A
-
x
P
G
 
G
L
|
L
Y
 
V
Y
 
F
P
 
Q
A
 
T
G
 
N
S
 
P
L
 
S
K
 
K
-
 
T
-
 
M
A
 
A
Q
 
S
L
 
F
C
 
A
T
 
K
H
 
Y
G
 
T
R
 
V
Q
 
E
L
 
K
L
 
L
Y
 
L
A
 
S
Y
 
L
C
 
T
Q
 
E
Q
 
D
R
 
G
Q
 
V
I
 
S
A
 
C
Y
 
F
R
 
N
R
 
Q
C
 
V
G
 
G
K
 
G
L
 
L
L
 
E
V
 
V
A
 
A
T
 
T
S
 
T
D
 
E
N
 
T
E
 
R
L
 
L
D
 
A
Q
 
D
L
 
L
H
 
K
A
 
R
L
 
K
Q
 
L
L
 
G
K
 
Y
A
 
A
K
 
A
R
 
A
N
 
W
G
 
G
V
 
I
T
 
E
N
 
G
L
 
-
Q
 
R
L
 
L
I
 
L
S
 
S
A
 
P
A
 
A
R
 
E
A
 
C
Q
 
Q
A
 
E
L
 
L
E
 
Y
P
 
P
E
 
L
L
 
L
-
 
D
-
 
G
-
 
E
R
 
N
C
 
I
S
 
L
G
 
G
A
 
G
L
 
L
L
 
H
S
 
V
P
 
P
D
 
S
T
 
D
G
 
G
I
 
L
V
 
A
D
 
S
S
 
A
A
 
A
A
 
R
Y
 
A
V
 
V
R
 
Q
A
 
L
L
 
L
Q
 
I
T
 
K
D
 
R
A
 
T
E
 
E
R
 
S
A
 
A
G
 
G
A
 
V
R
 
T
F
 
Y
V
 
R
F
 
G
N
 
S
A
 
T
E
x
T
L
x
V
A
 
T
S
 
G
A
 
I
E
 
E
T
 
-
R
 
Q
A
 
S
D
 
G
G
 
G
F
 
R
M
 
V
L
 
T
I
 
G
V
 
V
R
 
Q
D
 
T
A
 
A
M
 
D
G
 
G
T
 
V
Q
 
I
W
 
-
R
 
P
A
 
A
R
 
D
Q
 
I
L
 
V
I
 
V
N
 
S
C
 
C
A
|
A
G
|
G
L
 
F
W
|
W
A
 
G
P
 
A
R
 
K
L
 
I
A
 
G
A
 
A
Q
 
M
I
 
I

Sites not aligning to the query:

1pj7A Structure of dimethylglycine oxidase of arthrobacter globiformis in complex with folinic acid (see paper)
27% identity, 54% coverage: 6:214/386 of query aligns to 4:211/827 of 1pj7A

query
sites
1pj7A
I
 
I
V
 
V
V
 
I
V
 
I
G
|
G
A
 
A
G
|
G
V
x
I
V
|
V
G
 
G
L
 
T
A
 
N
V
 
L
A
 
A
R
 
D
A
 
E
L
 
L
-
 
V
A
 
T
R
 
R
A
 
G
G
 
W
R
 
N
Q
 
N
V
 
I
L
 
T
V
 
V
L
 
L
E
x
D
A
x
Q
A
 
G
P
 
P
Q
 
-
A
 
-
G
 
-
M
 
-
G
 
-
T
 
L
S
 
N
A
 
M
R
 
P
G
 
G
S
x
G
K
x
S
V
x
T
I
 
S
H
|
H
A
 
A
-
x
P
G
 
G
L
|
L
Y
 
V
Y
 
F
P
 
Q
A
 
T
G
 
N
S
 
P
L
 
S
K
 
K
-
 
T
-
 
M
A
 
A
Q
 
S
L
 
F
C
 
A
T
 
K
H
 
Y
G
 
T
R
 
V
Q
 
E
L
 
K
L
 
L
Y
 
L
A
 
S
Y
 
L
C
 
T
Q
 
E
Q
 
D
R
 
G
Q
 
V
I
 
S
A
 
C
Y
 
F
R
 
N
R
 
Q
C
 
V
G
 
G
K
 
G
L
 
L
L
 
E
V
 
V
A
 
A
T
 
T
S
 
T
D
 
E
N
 
T
E
 
R
L
 
L
D
 
A
Q
 
D
L
 
L
H
 
K
A
 
R
L
 
K
Q
 
L
L
 
G
K
 
Y
A
 
A
K
 
A
R
 
A
N
 
W
G
 
G
V
 
I
T
 
E
N
 
G
L
 
-
Q
 
R
L
 
L
I
 
L
S
 
S
A
 
P
A
 
A
R
 
E
A
 
C
Q
 
Q
A
 
E
L
 
L
E
 
Y
P
 
P
E
 
L
L
 
L
-
 
D
-
 
G
-
 
E
R
 
N
C
 
I
S
 
L
G
 
G
A
 
G
L
 
L
L
 
H
S
 
V
P
 
P
D
 
S
T
 
D
G
 
G
I
 
L
V
 
A
D
 
S
S
 
A
A
 
A
A
 
R
Y
 
A
V
 
V
R
 
Q
A
 
L
L
 
L
Q
 
I
T
 
K
D
 
R
A
 
T
E
 
E
R
 
S
A
 
A
G
 
G
A
 
V
R
 
T
F
 
Y
V
 
R
F
 
G
N
 
S
A
 
T
E
x
T
L
x
V
A
 
T
S
 
G
A
 
I
E
 
E
T
 
-
R
 
Q
A
 
S
D
 
G
G
 
G
F
 
R
M
 
V
L
 
T
I
 
G
V
 
V
R
 
Q
D
 
T
A
 
A
M
 
D
G
 
G
T
 
V
Q
 
I
W
 
-
R
 
P
A
 
A
R
 
D
Q
 
I
L
 
V
I
 
V
N
 
S
C
 
C
A
|
A
G
|
G
L
 
F
W
|
W
A
 
G
P
 
A
R
 
K
L
 
I
A
 
G
A
 
A
Q
 
M
I
 
I

Sites not aligning to the query:

Q9AGP8 Dimethylglycine oxidase; DMGO; EC 1.5.3.10 from Arthrobacter globiformis (see 2 papers)
27% identity, 54% coverage: 6:214/386 of query aligns to 7:214/830 of Q9AGP8

query
sites
Q9AGP8
I
 
I
V
 
V
V
 
I
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
V
x
I
V
|
V
G
 
G
L
 
T
A
 
N
V
 
L
A
 
A
R
 
D
A
 
E
L
 
L
-
 
V
A
 
T
R
 
R
A
 
G
G
 
W
R
 
N
Q
 
N
V
 
I
L
 
T
V
 
V
L
 
L
E
x
D
A
x
Q
A
 
G
P
 
P
Q
 
-
A
 
-
G
 
-
M
 
-
G
 
-
T
 
L
S
 
N
A
 
M
R
 
P
G
 
G
S
 
G
K
x
S
V
x
T
I
x
S
H
|
H
A
 
A
-
 
P
G
 
G
L
|
L
Y
 
V
Y
 
F
P
 
Q
A
 
T
G
 
N
S
 
P
L
 
S
K
 
K
-
 
T
-
 
M
A
 
A
Q
 
S
L
 
F
C
 
A
T
 
K
H
 
Y
G
 
T
R
 
V
Q
 
E
L
 
K
L
 
L
Y
 
L
A
 
S
Y
 
L
C
 
T
Q
 
E
Q
 
D
R
 
G
Q
 
V
I
 
S
A
 
C
Y
 
F
R
 
N
R
 
Q
C
 
V
G
 
G
K
 
G
L
 
L
L
 
E
V
 
V
A
 
A
T
 
T
S
 
T
D
 
E
N
 
T
E
 
R
L
 
L
D
 
A
Q
 
D
L
 
L
H
 
K
A
 
R
L
 
K
Q
 
L
L
 
G
K
 
Y
A
 
A
K
 
A
R
 
A
N
 
W
G
 
G
V
 
I
T
 
E
N
 
G
L
 
-
Q
 
R
L
 
L
I
 
L
S
 
S
A
 
P
A
 
A
R
 
E
A
 
C
Q
 
Q
A
 
E
L
 
L
E
 
Y
P
 
P
E
 
L
L
 
L
-
 
D
-
 
G
-
 
E
R
 
N
C
 
I
S
 
L
G
 
G
A
 
G
L
 
L
L
 
H
S
 
V
P
 
P
D
 
S
T
 
D
G
 
G
I
 
L
V
 
A
D
 
S
S
 
A
A
 
A
A
 
R
Y
 
A
V
 
V
R
 
Q
A
 
L
L
 
L
Q
 
I
T
 
K
D
 
R
A
 
T
E
 
E
R
 
S
A
 
A
G
 
G
A
 
V
R
 
T
F
 
Y
V
 
R
F
 
G
N
 
S
A
 
T
E
 
T
L
x
V
A
 
T
S
 
G
A
 
I
E
 
E
T
 
-
R
 
Q
A
 
S
D
 
G
G
 
G
F
 
R
M
 
V
L
 
T
I
 
G
V
 
V
R
 
Q
D
 
T
A
 
A
M
 
D
G
 
G
T
 
V
Q
 
I
W
 
-
R
 
P
A
 
A
R
 
D
Q
 
I
L
 
V
I
 
V
N
 
S
C
 
C
A
 
A
G
 
G
L
 
F
W
 
W
A
 
G
P
 
A
R
 
K
L
 
I
A
 
G
A
 
A
Q
 
M
I
 
I

Sites not aligning to the query:

1pj6A Crystal structure of dimethylglycine oxidase of arthrobacter globiformis in complex with folic acid (see paper)
27% identity, 54% coverage: 6:214/386 of query aligns to 5:212/828 of 1pj6A

query
sites
1pj6A
I
 
I
V
 
V
V
 
I
V
 
I
G
|
G
A
 
A
G
|
G
V
x
I
V
|
V
G
 
G
L
 
T
A
 
N
V
 
L
A
 
A
R
 
D
A
 
E
L
 
L
-
 
V
A
 
T
R
 
R
A
 
G
G
 
W
R
 
N
Q
 
N
V
 
I
L
 
T
V
 
V
L
 
L
E
x
D
A
x
Q
A
 
G
P
 
P
Q
 
-
A
 
-
G
 
-
M
 
-
G
 
-
T
 
L
S
 
N
A
 
M
R
 
P
G
 
G
S
x
G
K
x
S
V
x
T
I
 
S
H
|
H
A
 
A
-
x
P
G
 
G
L
|
L
Y
 
V
Y
 
F
P
 
Q
A
 
T
G
 
N
S
 
P
L
 
S
K
 
K
-
 
T
-
 
M
A
 
A
Q
 
S
L
 
F
C
 
A
T
 
K
H
 
Y
G
 
T
R
 
V
Q
 
E
L
 
K
L
 
L
Y
 
L
A
 
S
Y
 
L
C
 
T
Q
 
E
Q
 
D
R
 
G
Q
 
V
I
 
S
A
 
C
Y
 
F
R
 
N
R
 
Q
C
 
V
G
 
G
K
 
G
L
 
L
L
 
E
V
 
V
A
 
A
T
 
T
S
 
T
D
 
E
N
 
T
E
 
R
L
 
L
D
 
A
Q
 
D
L
 
L
H
 
K
A
 
R
L
 
K
Q
 
L
L
 
G
K
 
Y
A
 
A
K
 
A
R
 
A
N
 
W
G
 
G
V
 
I
T
 
E
N
 
G
L
 
-
Q
 
R
L
 
L
I
 
L
S
 
S
A
 
P
A
 
A
R
 
E
A
 
C
Q
 
Q
A
 
E
L
 
L
E
 
Y
P
 
P
E
 
L
L
 
L
-
 
D
-
 
G
-
 
E
R
 
N
C
 
I
S
 
L
G
 
G
A
 
G
L
 
L
L
 
H
S
 
V
P
 
P
D
 
S
T
 
D
G
 
G
I
 
L
V
 
A
D
 
S
S
 
A
A
 
A
A
 
R
Y
 
A
V
 
V
R
 
Q
A
 
L
L
 
L
Q
 
I
T
 
K
D
 
R
A
 
T
E
 
E
R
 
S
A
 
A
G
 
G
A
 
V
R
 
T
F
 
Y
V
 
R
F
 
G
N
 
S
A
 
T
E
 
T
L
x
V
A
 
T
S
 
G
A
 
I
E
 
E
T
 
-
R
 
Q
A
 
S
D
 
G
G
 
G
F
 
R
M
 
V
L
 
T
I
 
G
V
 
V
R
 
Q
D
 
T
A
 
A
M
 
D
G
 
G
T
 
V
Q
 
I
W
 
-
R
 
P
A
 
A
R
 
D
Q
 
I
L
 
V
I
 
V
N
 
S
C
 
C
A
|
A
G
|
G
L
 
F
W
|
W
A
 
G
P
 
A
R
 
K
L
 
I
A
 
G
A
 
A
Q
 
M
I
 
I

Sites not aligning to the query:

6j39A Crystal structure of cmis2 with inhibitor (see paper)
28% identity, 59% coverage: 14:241/386 of query aligns to 11:237/368 of 6j39A

query
sites
6j39A
V
x
I
G
 
G
L
 
L
A
 
S
V
 
V
A
 
A
R
 
W
A
 
Q
L
 
A
A
 
L
R
 
E
A
 
R
G
 
G
R
 
L
Q
 
R
V
 
V
L
 
T
V
 
V
L
x
V
E
x
D
A
x
P
A
x
E
P
 
P
Q
 
A
A
 
S
G
x
K
M
x
A
G
x
S
T
 
H
S
x
V
A
x
S
R
x
A
G
|
G
S
x
M
K
 
L
V
x
P
I
 
A
H
 
A
A
x
N
G
 
E
L
 
M
Y
 
L
Y
 
Y
P
 
S
A
 
Q
G
 
E
S
 
D
L
 
L
K
 
-
A
 
L
Q
 
R
L
 
L
C
 
C
T
 
L
H
 
A
G
 
S
R
 
R
Q
 
E
L
 
R
L
 
Y
Y
 
P
A
 
S
Y
 
F
C
 
V
Q
 
K
Q
 
E
R
 
L
Q
 
E
I
 
A
A
 
V
-
 
S
-
 
G
-
 
T
-
 
S
-
 
A
-
 
G
Y
 
Y
R
 
R
R
 
R
C
 
D
G
 
G
K
 
V
L
 
L
L
 
D
V
 
A
A
 
A
T
 
F
S
 
D
D
 
D
N
 
E
E
 
S
L
 
L
D
 
A
Q
 
A
L
 
L
H
 
D
A
 
G
L
 
L
Q
 
R
L
 
N
K
 
F
A
 
L
K
 
A
R
 
P
N
 
L
G
 
G
V
 
V
T
 
A
N
 
-
L
 
V
Q
 
A
L
 
P
I
 
L
S
 
N
A
 
A
A
 
R
R
 
R
A
 
C
Q
 
R
A
 
E
L
 
H
E
 
E
P
 
P
E
 
M
L
 
L
R
 
A
C
 
E
S
 
S
-
 
V
-
 
R
G
 
G
A
 
G
L
 
L
L
 
L
S
 
G
P
 
P
D
 
D
T
 
D
G
 
G
I
 
A
V
 
V
D
 
N
S
 
P
A
 
R
A
 
E
Y
 
L
V
 
T
R
 
A
A
 
A
L
 
L
Q
 
L
T
 
A
D
 
A
A
 
I
E
 
D
-
 
V
R
 
R
A
 
G
G
 
G
A
 
T
R
 
L
F
 
I
V
 
R
F
 
R
N
 
R
A
|
A
E
 
T
L
 
E
A
 
F
S
 
L
A
 
A
E
 
D
T
 
E
R
 
R
A
 
T
D
 
P
G
 
G
F
 
V
M
 
L
L
 
L
I
 
-
V
 
-
R
 
-
D
 
-
A
 
E
M
 
N
G
 
G
T
 
C
Q
 
A
W
 
V
R
 
H
A
 
G
R
 
D
Q
 
R
L
 
V
I
 
V
N
 
L
C
 
S
A
|
A
G
 
G
L
 
C
W
|
W
A
 
T
P
 
H
R
 
R
L
 
L
A
 
A
A
 
-
Q
 
-
I
 
-
S
 
-
G
 
G
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
Q
 
G
A
 
A
V
 
V
P
 
P
Q
 
E
A
 
I
Y
 
A
Y
 
P
A
 
A
K
 
K
G
 
G
H
 
Q
Y
x
I
F
 
L
R
 
R
C
 
L
D
 
R
A
 
S
P
 
A
S
 
A
R
 
P
F
 
F

Sites not aligning to the query:

6j38A Crystal structure of cmis2 (see paper)
28% identity, 59% coverage: 14:241/386 of query aligns to 11:237/368 of 6j38A

query
sites
6j38A
V
x
I
G
 
G
L
 
L
A
 
S
V
 
V
A
 
A
R
 
W
A
 
Q
L
 
A
A
 
L
R
 
E
A
 
R
G
 
G
R
 
L
Q
 
R
V
 
V
L
 
T
V
 
V
L
x
V
E
x
D
A
x
P
A
 
E
P
 
P
Q
 
A
A
 
S
G
x
K
M
x
A
G
x
S
T
 
H
S
 
V
A
x
S
R
x
A
G
|
G
S
x
M
K
 
L
V
 
P
I
 
A
H
 
A
A
 
N
G
 
E
L
 
M
Y
 
L
Y
 
Y
P
 
S
A
 
Q
G
 
E
S
 
D
L
 
L
K
 
-
A
 
L
Q
 
R
L
 
L
C
 
C
T
 
L
H
 
A
G
 
S
R
 
R
Q
 
E
L
 
R
L
 
Y
Y
 
P
A
 
S
Y
 
F
C
 
V
Q
 
K
Q
 
E
R
 
L
Q
 
E
I
 
A
A
 
V
-
 
S
-
 
G
-
 
T
-
 
S
-
 
A
-
 
G
Y
 
Y
R
 
R
R
 
R
C
 
D
G
 
G
K
 
V
L
 
L
L
 
D
V
 
A
A
 
A
T
 
F
S
 
D
D
 
D
N
 
E
E
 
S
L
 
L
D
 
A
Q
 
A
L
 
L
H
 
D
A
 
G
L
 
L
Q
 
R
L
 
N
K
 
F
A
 
L
K
 
A
R
 
P
N
 
L
G
 
G
V
 
V
T
 
A
N
 
-
L
 
V
Q
 
A
L
 
P
I
 
L
S
 
N
A
 
A
A
 
R
R
 
R
A
 
C
Q
 
R
A
 
E
L
 
H
E
 
E
P
 
P
E
 
M
L
 
L
R
 
A
C
 
E
S
 
S
-
 
V
-
 
R
G
 
G
A
 
G
L
 
L
L
 
L
S
 
G
P
 
P
D
 
D
T
 
D
G
 
G
I
 
A
V
 
V
D
 
N
S
 
P
A
 
R
A
 
E
Y
 
L
V
 
T
R
 
A
A
 
A
L
 
L
Q
 
L
T
 
A
D
 
A
A
 
I
E
 
D
-
 
V
R
 
R
A
 
G
G
 
G
A
 
T
R
 
L
F
 
I
V
 
R
F
 
R
N
 
R
A
|
A
E
 
T
L
 
E
A
 
F
S
 
L
A
 
A
E
 
D
T
 
E
R
 
R
A
 
T
D
 
P
G
 
G
F
 
V
M
 
L
L
 
L
I
 
-
V
 
-
R
 
-
D
 
-
A
 
E
M
 
N
G
 
G
T
 
C
Q
 
A
W
 
V
R
 
H
A
 
G
R
 
D
Q
 
R
L
 
V
I
 
V
N
 
L
C
 
S
A
|
A
G
 
G
L
 
C
W
|
W
A
 
T
P
 
H
R
 
R
L
 
L
A
 
A
A
 
-
Q
 
-
I
 
-
S
 
-
G
 
G
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
Q
 
G
A
 
A
V
 
V
P
 
P
Q
 
E
A
 
I
Y
 
A
Y
 
P
A
 
A
K
 
K
G
|
G
H
 
Q
Y
 
I
F
 
L
R
 
R
C
 
L
D
 
R
A
 
S
P
 
A
S
 
A
R
 
P
F
 
F

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_053938192.1 NCBI__GCF_001294205.1:WP_053938192.1
MQTVDIVVVGAGVVGLAVARALARAGRQVLVLEAAPQAGMGTSARGSKVIHAGLYYPAGS
LKAQLCTHGRQLLYAYCQQRQIAYRRCGKLLVATSDNELDQLHALQLKAKRNGVTNLQLI
SAARAQALEPELRCSGALLSPDTGIVDSAAYVRALQTDAERAGARFVFNAELASAETRAD
GFMLIVRDAMGTQWRARQLINCAGLWAPRLAAQISGLPQQAVPQAYYAKGHYFRCDAPSR
FSHLIYPLPNQAGLGVHLTLDLAGRVRFGPDVQWLDGPGIAADPAHIAPYPADPQRAAAF
YTEIRKYWPGLPDGALRPDSAGIRPKLAGADAAAQDFRIDTEAQHGVRGLINLFGIESPG
LTASLALGEHVAALVQSGAEVAAATA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory