SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_054340350.1 NCBI__GCF_001305295.1:WP_054340350.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 7 hits to proteins with known functional sites (download)

8i3yA Crystal structure of asct from trypanosoma brucei in complex with succinyl-coa.
50% identity, 91% coverage: 7:203/216 of query aligns to 249:445/459 of 8i3yA

query
sites
8i3yA
R
 
R
I
 
I
I
 
A
E
 
R
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Q
 
L
E
 
E
I
 
F
R
 
A
P
 
N
G
 
G
N
 
M
V
 
Y
V
 
V
N
 
N
L
 
L
G
|
G
I
|
I
G
|
G
L
 
I
P
 
P
T
 
T
Q
 
E
V
 
S
V
 
S
H
 
N
Y
 
Y
L
 
I
P
 
P
E
 
A
N
 
G
L
 
V
E
 
N
V
 
V
L
 
V
I
 
L
H
 
Q
S
 
S
E
|
E
N
 
N
G
 
G
V
 
L
L
 
I
G
 
G
V
 
M
A
 
G
G
 
P
Q
 
F
P
 
P
S
 
T
V
 
E
D
 
D
V
 
K
I
 
V
D
 
D
P
 
A
F
 
D
L
 
W
I
 
I
D
 
N
S
x
A
A
 
G
G
x
K
N
 
Q
Y
 
T
I
 
I
S
 
S
T
 
H
R
 
L
P
 
A
G
 
G
G
 
S
S
 
A
Y
 
L
F
 
F
D
 
D
S
 
S
A
 
A
V
 
T
S
 
S
F
 
F
A
 
A
M
 
M
I
 
I
R
 
R
R
 
G
G
 
G
K
 
H
L
 
M
D
 
D
L
 
L
T
 
T
M
 
M
I
 
L
G
 
G
A
 
A
F
 
L
E
 
E
V
 
V
D
 
A
Q
 
A
A
 
N
G
 
G
N
 
D
L
 
L
A
 
A
N
|
N
W
 
F
K
 
M
I
 
I
P
 
P
G
 
G
K
 
K
F
 
L
S
 
V
P
 
K
G
 
G
I
 
P
G
|
G
G
|
G
A
|
A
M
 
M
E
 
D
L
 
L
A
 
V
Q
 
S
K
 
C
T
 
G
P
 
T
R
 
R
I
 
V
I
 
V
V
 
V
L
 
T
T
 
T
T
 
T
H
 
H
C
 
C
D
x
N
K
|
K
K
 
N
G
 
G
N
 
D
S
 
P
K
|
K
I
 
I
L
 
V
R
 
E
Q
 
R
C
 
C
R
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
V
T
 
T
A
 
G
K
 
K
H
 
H
C
 
C
V
 
V
S
 
C
R
 
R
I
 
I
I
 
I
T
 
T
E
 
E
K
 
Y
A
 
A
V
 
V
M
 
F
D
 
D
V
 
V
T
 
V
E
 
D
H
 
G
G
 
R
L
 
L
V
 
V
L
 
L
R
 
K
E
 
E
K
 
I
A
 
A
A
 
E
D
 
D
I
 
T
S
 
T
I
 
V
E
 
D
E
 
Q
L
 
V
I
 
K
S
 
K
I
 
L
T
 
T

Sites not aligning to the query:

8i3yD Crystal structure of asct from trypanosoma brucei in complex with succinyl-coa.
50% identity, 91% coverage: 7:203/216 of query aligns to 259:455/471 of 8i3yD

query
sites
8i3yD
R
 
R
I
 
I
I
 
A
E
 
R
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Q
 
L
E
 
E
I
 
F
R
 
A
P
 
N
G
 
G
N
 
M
V
 
Y
V
 
V
N
 
N
L
 
L
G
 
G
I
 
I
G
 
G
L
 
I
P
 
P
T
 
T
Q
 
E
V
 
S
V
 
S
H
 
N
Y
 
Y
L
 
I
P
 
P
E
 
A
N
 
G
L
 
V
E
 
N
V
 
V
L
 
V
I
 
L
H
 
Q
S
 
S
E
 
E
N
 
N
G
 
G
V
 
L
L
 
I
G
 
G
V
 
M
A
 
G
G
 
P
Q
 
F
P
 
P
S
 
T
V
 
E
D
 
D
V
 
K
I
 
V
D
 
D
P
 
A
F
 
D
L
 
W
I
 
I
D
 
N
S
 
A
A
 
G
G
 
K
N
 
Q
Y
 
T
I
 
I
S
 
S
T
 
H
R
 
L
P
 
A
G
 
G
G
 
S
S
 
A
Y
 
L
F
 
F
D
 
D
S
 
S
A
 
A
V
 
T
S
 
S
F
 
F
A
 
A
M
 
M
I
 
I
R
 
R
R
 
G
G
 
G
K
 
H
L
 
M
D
 
D
L
 
L
T
 
T
M
 
M
I
 
L
G
 
G
A
 
A
F
 
L
E
 
E
V
 
V
D
 
A
Q
 
A
A
 
N
G
 
G
N
 
D
L
 
L
A
 
A
N
 
N
W
 
F
K
 
M
I
 
I
P
 
P
G
 
G
K
 
K
F
 
L
S
 
V
P
 
K
G
 
G
I
 
P
G
 
G
G
 
G
A
 
A
M
 
M
E
 
D
L
 
L
A
 
V
Q
 
S
K
 
C
T
 
G
P
 
T
R
 
R
I
 
V
I
 
V
V
 
V
L
 
T
T
 
T
T
 
T
H
 
H
C
 
C
D
 
N
K
 
K
K
 
N
G
 
G
N
 
D
S
 
P
K
 
K
I
 
I
L
 
V
R
 
E
Q
 
R
C
 
C
R
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
V
T
 
T
A
 
G
K
 
K
H
 
H
C
 
C
V
 
V
S
 
C
R
 
R
I
 
I
I
 
I
T
 
T
E
 
E
K
 
Y
A
 
A
V
 
V
M
 
F
D
 
D
V
 
V
T
 
V
E
 
D
H
 
G
G
 
R
L
 
L
V
 
V
L
 
L
R
 
K
E
 
E
K
 
I
A
 
A
A
 
E
D
 
D
I
 
T
S
 
T
I
 
V
E
 
D
E
 
Q
L
 
V
I
 
K
S
 
K
I
 
L
T
 
T

Sites not aligning to the query:

8i40A Crystal structure of asct from trypanosoma brucei in complex with coa.
50% identity, 91% coverage: 7:203/216 of query aligns to 255:451/467 of 8i40A

query
sites
8i40A
R
 
R
I
 
I
I
 
A
E
 
R
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Q
 
L
E
 
E
I
 
F
R
 
A
P
 
N
G
 
G
N
 
M
V
 
Y
V
 
V
N
 
N
L
 
L
G
 
G
I
|
I
G
 
G
L
x
I
P
 
P
T
 
T
Q
 
E
V
 
S
V
 
S
H
 
N
Y
 
Y
L
 
I
P
 
P
E
 
A
N
 
G
L
 
V
E
 
N
V
 
V
L
 
V
I
 
L
H
 
Q
S
 
S
E
|
E
N
 
N
G
 
G
V
 
L
L
 
I
G
 
G
V
 
M
A
 
G
G
 
P
Q
 
F
P
 
P
S
 
T
V
 
E
D
 
D
V
 
K
I
 
V
D
 
D
P
 
A
F
 
D
L
 
W
I
 
I
D
 
N
S
 
A
A
 
G
G
 
K
N
 
Q
Y
 
T
I
 
I
S
 
S
T
 
H
R
 
L
P
 
A
G
 
G
G
 
S
S
 
A
Y
 
L
F
 
F
D
 
D
S
 
S
A
 
A
V
 
T
S
 
S
F
 
F
A
 
A
M
 
M
I
 
I
R
 
R
R
 
G
G
 
G
K
 
H
L
 
M
D
 
D
L
 
L
T
 
T
M
 
M
I
 
L
G
|
G
A
 
A
F
x
L
E
 
E
V
 
V
D
 
A
Q
 
A
A
 
N
G
 
G
N
 
D
L
 
L
A
 
A
N
|
N
W
 
F
K
 
M
I
 
I
P
 
P
G
 
G
K
 
K
F
 
L
S
 
V
P
 
K
G
 
G
I
 
P
G
 
G
G
|
G
A
 
A
M
 
M
E
 
D
L
 
L
A
 
V
Q
 
S
K
 
C
T
 
G
P
 
T
R
 
R
I
 
V
I
 
V
V
 
V
L
 
T
T
 
T
T
 
T
H
 
H
C
 
C
D
 
N
K
 
K
K
 
N
G
 
G
N
 
D
S
 
P
K
|
K
I
 
I
L
 
V
R
 
E
Q
 
R
C
 
C
R
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
V
T
 
T
A
 
G
K
 
K
H
 
H
C
 
C
V
 
V
S
 
C
R
 
R
I
 
I
I
 
I
T
 
T
E
 
E
K
 
Y
A
 
A
V
 
V
M
 
F
D
 
D
V
 
V
T
 
V
E
 
D
H
 
G
G
 
R
L
 
L
V
 
V
L
 
L
R
 
K
E
 
E
K
 
I
A
 
A
A
 
E
D
 
D
I
 
T
S
 
T
I
 
V
E
 
D
E
 
Q
L
 
V
I
 
K
S
 
K
I
 
L
T
 
T

Q29551 Succinyl-CoA:3-ketoacid coenzyme A transferase 1, mitochondrial; SCOT; 3-oxoacid CoA-transferase 1; Somatic-type succinyl-CoA:3-oxoacid CoA-transferase; SCOT-s; Succinate-coenzyme A transferase; Succinyl-CoA:3-oxoacid CoA transferase; EC 2.8.3.5 from Sus scrofa (Pig) (see 3 papers)
44% identity, 94% coverage: 7:209/216 of query aligns to 304:508/520 of Q29551

query
sites
Q29551
R
 
R
I
 
I
I
 
I
E
 
K
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Q
 
L
E
 
E
I
 
F
R
 
E
P
 
D
G
 
G
N
 
M
V
 
Y
V
 
A
N
 
N
L
 
L
G
 
G
I
 
I
G
 
G
L
 
I
P
 
P
T
 
L
Q
 
L
V
 
A
V
 
S
H
 
N
Y
 
F
L
 
I
P
 
S
E
 
P
N
 
N
L
 
M
E
 
T
V
 
V
L
 
H
I
 
L
H
 
Q
S
 
S
E
|
E
N
 
N
G
 
G
V
 
I
L
 
L
G
 
G
V
 
L
A
 
G
G
 
P
Q
 
Y
P
 
P
S
 
L
V
 
Q
D
 
N
V
 
E
I
 
V
D
 
D
P
 
A
F
 
D
L
 
L
I
 
I
D
 
N
S
 
A
A
 
G
G
 
K
N
 
E
Y
 
T
I
 
V
S
 
T
T
 
V
R
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
A
S
 
S
Y
 
Y
F
 
F
D
 
S
S
 
S
A
 
D
V
 
E
S
 
S
F
 
F
A
 
A
M
 
M
I
 
I
R
 
R
R
 
G
G
 
G
K
 
H
L
 
V
D
 
N
L
 
L
T
 
T
M
 
M
I
 
L
G
 
G
A
 
A
F
 
M
E
 
Q
V
 
V
D
 
S
Q
 
K
A
 
Y
G
 
G
N
 
D
L
 
L
A
 
A
N
 
N
W
 
W
K
 
M
I
 
I
P
 
P
G
 
G
K
 
K
F
 
L
S
 
V
P
 
K
G
 
G
I
 
M
G
 
G
G
 
G
A
 
A
M
 
M
E
 
D
L
 
L
A
 
V
Q
 
S
K
 
S
T
 
A
P
 
K
R
 
T
I
 
K
I
 
V
V
 
V
L
 
V
T
 
T
T
 
M
H
 
E
C
 
H
D
 
S
K
 
A
K
 
K
G
 
G
N
 
N
S
 
A
-
 
H
K
 
K
I
 
I
L
 
M
R
 
E
Q
 
K
C
 
C
R
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
L
T
 
T
A
 
G
K
 
K
H
 
Q
C
 
C
V
 
V
S
 
N
R
 
R
I
 
I
I
 
I
T
 
T
E
 
E
K
 
K
A
 
A
V
 
V
M
 
F
D
 
D
V
 
V
-
 
D
T
 
S
E
 
K
H
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
T
L
 
L
R
 
I
E
 
E
K
 
L
A
 
W
A
 
E
D
 
G
I
 
L
S
 
T
I
 
V
E
 
D
E
 
D
L
 
I
I
 
K
S
 
K
I
 
S
T
 
T
E
 
G
A
 
C
E
 
D
L
 
F
I
 
A
I
 
V

Sites not aligning to the query:

3oxoE Succinyl-coa:3-ketoacid coa transferase from pig heart covalently bound to coa (see paper)
43% identity, 95% coverage: 5:209/216 of query aligns to 245:451/462 of 3oxoE

query
sites
3oxoE
I
 
V
N
 
R
R
 
R
I
 
I
I
 
I
E
 
K
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Q
 
L
E
 
E
I
 
F
R
 
E
P
 
D
G
 
G
N
 
M
V
 
Y
V
 
A
N
 
N
L
 
L
G
 
G
I
|
I
G
|
G
L
x
I
P
 
P
T
 
L
Q
 
L
V
 
A
V
 
S
H
 
N
Y
 
F
L
 
I
P
 
S
E
 
P
N
 
N
L
 
M
E
 
T
V
 
V
L
 
H
I
 
L
H
 
Q
S
 
S
E
|
E
N
 
N
G
 
G
V
 
I
L
 
L
G
 
G
V
 
L
A
 
G
G
 
P
Q
 
Y
P
 
P
S
 
L
V
 
Q
D
 
N
V
 
E
I
 
V
D
 
D
P
 
A
F
 
D
L
 
L
I
 
I
D
 
N
S
 
A
A
 
G
G
 
K
N
 
E
Y
 
T
I
 
V
S
 
T
T
 
V
R
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
A
S
 
S
Y
 
Y
F
 
F
D
 
S
S
 
S
A
 
D
V
 
E
S
 
S
F
 
F
A
 
A
M
 
M
I
 
I
R
 
R
R
 
G
G
 
G
K
 
H
L
 
V
D
 
N
L
 
L
T
 
T
M
 
M
I
 
L
G
|
G
A
 
A
F
x
M
E
 
Q
V
 
V
D
 
S
Q
 
K
A
 
Y
G
 
G
N
 
D
L
 
L
A
 
A
N
|
N
W
 
W
K
 
M
I
|
I
P
 
P
G
 
G
K
 
K
F
 
L
S
 
V
P
 
K
G
 
G
I
x
M
G
 
G
G
 
G
A
|
A
M
 
M
E
 
D
L
 
L
A
 
V
Q
 
S
K
 
S
T
 
A
P
 
K
R
 
T
I
 
K
I
 
V
V
 
V
L
 
V
T
 
T
T
 
M
H
 
E
C
 
H
D
 
S
K
 
A
K
|
K
G
 
G
N
 
N
S
 
A
-
 
H
K
 
K
I
 
I
L
 
M
R
 
E
Q
 
K
C
 
C
R
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
L
T
 
T
A
 
G
K
 
K
H
 
Q
C
 
C
V
 
V
S
 
N
R
 
R
I
 
I
I
 
I
T
 
T
E
 
E
K
 
K
A
 
A
V
 
V
M
 
F
D
 
D
V
 
V
-
 
D
T
 
R
E
 
K
H
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
T
L
 
L
R
 
I
E
 
E
K
 
L
A
 
W
A
 
E
D
 
G
I
 
L
S
 
T
I
 
V
E
 
D
E
 
D
L
 
I
I
 
K
S
 
K
I
 
S
T
 
T
E
 
G
A
 
C
E
 
D
L
 
F
I
 
A
I
 
V

3k6mC Dynamic domains of succinyl-coa:3-ketoacid-coenzyme a transferase from pig heart. (see paper)
44% identity, 94% coverage: 7:209/216 of query aligns to 251:455/466 of 3k6mC

query
sites
3k6mC
R
 
R
I
 
I
I
 
I
E
 
K
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Q
 
L
E
 
E
I
 
F
R
 
E
P
 
D
G
 
G
N
 
M
V
 
Y
V
 
A
N
 
N
L
 
L
G
 
G
I
|
I
G
 
G
L
 
I
P
 
P
T
 
L
Q
 
L
V
 
A
V
 
S
H
 
N
Y
 
F
L
 
I
P
 
S
E
 
P
N
 
N
L
 
M
E
 
T
V
 
V
L
 
H
I
 
L
H
 
Q
S
 
S
E
|
E
N
 
N
G
 
G
V
 
I
L
 
L
G
 
G
V
 
L
A
 
G
G
 
P
Q
 
Y
P
 
P
S
 
L
V
 
Q
D
 
N
V
 
E
I
 
V
D
 
D
P
 
A
F
 
D
L
 
L
I
 
I
D
 
N
S
x
A
A
 
G
G
 
K
N
 
E
Y
 
T
I
 
V
S
 
T
T
 
V
R
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
A
S
 
S
Y
 
Y
F
 
F
D
 
S
S
 
S
A
 
D
V
 
E
S
 
S
F
 
F
A
 
A
M
 
M
I
 
I
R
 
R
R
 
G
G
 
G
K
 
H
L
 
V
D
 
N
L
 
L
T
 
T
M
 
M
I
 
L
G
 
G
A
 
A
F
 
M
E
 
Q
V
 
V
D
 
S
Q
 
K
A
 
Y
G
 
G
N
 
D
L
 
L
A
 
A
N
 
N
W
 
W
K
 
M
I
 
I
P
 
P
G
 
G
K
 
K
F
 
L
S
 
V
P
 
K
G
 
G
I
 
M
G
 
G
G
 
G
A
 
A
M
 
M
E
 
D
L
 
L
A
x
V
Q
 
S
K
 
S
T
x
A
P
 
K
R
x
T
I
 
K
I
 
V
V
 
V
L
 
V
T
 
T
T
 
M
H
 
E
C
 
H
D
 
S
K
 
A
K
 
K
G
 
G
N
 
N
S
 
A
-
 
H
K
 
K
I
 
I
L
 
M
R
 
E
Q
 
K
C
 
C
R
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
L
T
 
T
A
 
G
K
 
K
H
 
Q
C
|
C
V
 
V
S
x
N
R
 
R
I
 
I
I
 
I
T
 
T
E
 
E
K
 
K
A
 
A
V
 
V
M
 
F
D
 
D
V
 
V
-
 
D
T
 
R
E
 
K
H
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
T
L
 
L
R
 
I
E
 
E
K
 
L
A
 
W
A
 
E
D
 
G
I
 
L
S
 
T
I
 
V
E
 
D
E
 
D
L
 
I
I
 
K
S
 
K
I
 
S
T
 
T
E
 
G
A
 
C
E
 
D
L
 
F
I
 
A
I
 
V

Sites not aligning to the query:

1o9lA Succinate:coenzyme-a transferase (pig heart)
44% identity, 94% coverage: 7:209/216 of query aligns to 252:456/468 of 1o9lA

query
sites
1o9lA
R
 
R
I
 
I
I
 
I
E
 
K
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Q
 
L
E
 
E
I
 
F
R
 
E
P
 
D
G
 
G
N
 
M
V
 
Y
V
 
A
N
 
N
L
 
L
G
 
G
I
 
I
G
 
G
L
 
I
P
 
P
T
 
L
Q
 
L
V
 
A
V
 
S
H
 
N
Y
 
F
L
 
I
P
 
S
E
 
P
N
 
N
L
 
M
E
 
T
V
 
V
L
 
H
I
 
L
H
 
Q
S
 
S
E
 
E
N
 
N
G
 
G
V
 
I
L
 
L
G
 
G
V
 
L
A
 
G
G
 
P
Q
 
Y
P
 
P
S
 
L
V
 
Q
D
 
N
V
 
E
I
 
V
D
 
D
P
 
A
F
 
D
L
 
L
I
 
I
D
 
N
S
 
A
A
 
G
G
 
K
N
 
E
Y
 
T
I
 
V
S
 
T
T
 
V
R
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
A
S
 
S
Y
 
Y
F
 
F
D
 
S
S
 
S
A
 
D
V
 
E
S
 
S
F
 
F
A
 
A
M
 
M
I
 
I
R
 
R
R
 
G
G
 
G
K
 
H
L
 
V
D
 
N
L
 
L
T
 
T
M
 
M
I
 
L
G
 
G
A
 
A
F
 
M
E
 
Q
V
 
V
D
 
S
Q
 
K
A
 
Y
G
 
G
N
 
D
L
 
L
A
 
A
N
 
N
W
 
W
K
 
M
I
 
I
P
 
P
G
 
G
K
 
K
F
 
L
S
 
V
P
 
K
G
 
G
I
 
M
G
 
G
G
 
G
A
 
A
M
 
M
E
 
D
L
 
L
A
 
V
Q
 
S
K
 
S
T
 
A
P
 
K
R
 
T
I
 
K
I
 
V
V
 
V
L
 
V
T
 
T
T
 
M
H
 
E
C
 
H
D
 
S
K
 
A
K
 
K
G
 
G
N
 
N
S
 
A
-
 
H
K
 
K
I
 
I
L
 
M
R
 
E
Q
 
K
C
 
C
R
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
L
T
 
T
A
 
G
K
 
K
H
 
Q
C
 
C
V
 
V
S
 
N
R
 
R
I
 
I
I
 
I
T
 
T
E
 
E
K
 
K
A
 
A
V
 
V
M
 
F
D
 
D
V
 
V
-
 
D
T
 
R
E
 
K
H
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
T
L
 
L
R
 
I
E
 
E
K
 
L
A
 
W
A
 
E
D
 
G
I
 
L
S
 
T
I
 
V
E
 
D
E
 
D
L
 
I
I
 
K
S
 
K
I
 
S
T
 
T
E
 
G
A
 
C
E
 
D
L
 
F
I
 
A
I
 
V

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_054340350.1 NCBI__GCF_001305295.1:WP_054340350.1
MMSDINRIIERAAQEIRPGNVVNLGIGLPTQVVHYLPENLEVLIHSENGVLGVAGQPSVD
VIDPFLIDSAGNYISTRPGGSYFDSAVSFAMIRRGKLDLTMIGAFEVDQAGNLANWKIPG
KFSPGIGGAMELAQKTPRIIVLTTHCDKKGNSKILRQCRLPLTAKHCVSRIITEKAVMDV
TEHGLVLREKAADISIEELISITEAELIIPDEVGVL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory