SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_054557812.1 NCBI__GCF_001306415.1:WP_054557812.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4kugA Crystal structure of 3-hydroxybutylryl-coa dehydrogenase with NAD from clostridium butyricum
54% identity, 96% coverage: 1:283/295 of query aligns to 1:282/282 of 4kugA

query
sites
4kugA
M
 
M
K
 
K
N
 
K
I
 
V
A
 
F
V
 
V
I
 
L
G
 
G
A
 
A
G
|
G
T
|
T
M
|
M
G
 
G
N
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
V
H
 
Q
V
 
A
F
 
F
A
 
A
Q
 
A
H
 
K
G
 
G
Y
 
C
K
 
E
V
 
V
K
 
I
L
 
V
I
x
R
D
|
D
V
 
I
N
 
K
Q
 
E
A
 
E
S
 
F
L
 
V
N
 
D
K
 
R
G
 
G
L
 
I
A
 
A
T
 
T
I
 
I
A
 
T
S
 
K
N
 
S
L
 
L
D
 
S
R
 
K
M
 
L
V
 
V
A
 
A
K
 
K
E
 
E
K
 
K
I
 
I
T
 
T
Q
 
E
Q
 
A
I
 
D
K
 
K
N
 
E
N
 
E
T
 
I
L
 
L
S
 
S
Q
 
R
I
 
I
R
 
S
T
 
G
F
 
T
T
 
T
E
 
D
I
 
M
K
 
K
D
 
L
G
 
A
V
 
-
A
 
A
E
 
D
V
 
C
D
 
D
L
 
L
V
 
V
V
 
V
E
 
E
A
|
A
A
|
A
T
 
I
E
|
E
N
 
N
L
 
M
D
 
K
I
 
I
K
 
K
L
 
K
D
 
E
I
 
I
F
 
F
K
 
A
T
 
E
L
 
L
D
 
D
E
 
G
H
 
I
C
 
C
E
 
K
T
 
P
S
 
E
T
 
T
I
 
I
L
 
L
A
 
A
S
 
S
N
|
N
T
 
T
S
|
S
S
 
S
I
 
L
S
 
S
I
 
I
T
 
T
Q
 
E
I
 
V
G
 
A
A
 
S
A
 
A
T
 
T
N
 
K
R
 
R
P
 
A
D
 
D
K
 
K
V
 
V
I
 
I
G
 
G
M
 
M
H
|
H
F
 
F
M
 
F
N
 
N
P
 
P
V
 
A
P
 
P
I
 
V
M
 
M
R
 
K
L
 
L
V
 
V
E
|
E
I
 
V
I
 
I
R
 
R
G
 
G
Y
 
A
S
 
A
T
 
T
S
 
S
D
 
Q
E
 
E
V
 
T
T
 
F
N
 
D
T
 
A
I
 
V
M
 
K
E
 
E
L
 
M
S
 
S
K
 
E
N
 
S
L
 
I
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
P
T
 
V
E
 
E
V
 
V
N
 
A
D
 
E
Y
 
A
P
 
P
G
 
G
F
 
F
V
 
V
A
 
V
N
|
N
R
 
R
I
 
I
L
 
L
M
 
I
P
 
P
M
 
M
I
 
I
N
 
N
E
 
E
A
 
A
I
 
T
E
 
F
T
 
I
L
 
L
Y
 
Q
H
 
E
Q
 
G
V
 
V
A
 
A
G
 
K
V
 
E
Q
 
E
E
 
D
I
 
I
D
 
D
T
 
A
V
 
A
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
M
 
A
A
 
N
H
 
H
P
 
P
M
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
L
Q
 
A
L
 
L
A
 
G
D
 
D
F
 
L
I
 
I
G
 
G
L
 
L
D
 
D
V
 
V
C
 
C
L
 
L
S
 
A
I
 
I
L
 
M
K
 
D
V
 
V
M
 
L
Y
 
Y
Q
 
N
G
 
E
F
 
T
K
 
G
N
 
D
P
 
T
K
 
K
Y
 
Y
A
 
R
P
 
A
C
 
S
P
 
S
L
 
L
L
 
L
V
 
R
N
 
K
M
 
Y
V
 
V
M
 
R
A
 
A
G
 
G
K
 
W
L
 
L
G
 
G
V
 
R
K
 
K
S
 
T
G
 
G
E
 
K
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
D
 
D
Y
 
Y
S
 
S
Q
 
K

4kuhA Crystal structure of 3-hydroxybutylryl-coa dehydrogenase with acetoacetyl-coa from clostridium butyricum
54% identity, 95% coverage: 1:281/295 of query aligns to 1:280/280 of 4kuhA

query
sites
4kuhA
M
 
M
K
 
K
N
 
K
I
 
V
A
 
F
V
 
V
I
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
T
 
T
M
 
M
G
 
G
N
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
V
H
 
Q
V
 
A
F
 
F
A
 
A
Q
 
A
H
 
K
G
 
G
Y
 
C
K
 
E
V
 
V
K
 
I
L
 
V
I
 
R
D
 
D
V
 
I
N
 
K
Q
 
E
A
 
E
S
 
F
L
 
V
N
 
D
K
 
R
G
 
G
L
 
I
A
 
A
T
 
T
I
 
I
A
 
T
S
 
K
N
 
S
L
 
L
D
 
S
R
x
K
M
 
L
V
 
V
A
 
A
K
|
K
E
 
E
K
|
K
I
 
I
T
 
T
Q
 
E
Q
 
A
I
 
D
K
 
K
N
 
E
N
 
E
T
 
I
L
 
L
S
 
S
Q
 
R
I
 
I
R
 
S
T
 
G
F
 
T
T
 
T
E
 
D
I
 
M
K
 
K
D
 
L
G
 
A
V
 
-
A
 
A
E
 
D
V
 
C
D
 
D
L
 
L
V
 
V
V
 
V
E
 
E
A
 
A
A
 
A
T
 
I
E
 
E
N
 
N
L
 
M
D
 
K
I
 
I
K
 
K
L
 
K
D
 
E
I
 
I
F
 
F
K
 
A
T
 
E
L
 
L
D
 
D
E
 
G
H
 
I
C
 
C
E
 
K
T
 
P
S
 
E
T
 
T
I
 
I
L
 
L
A
 
A
S
 
S
N
 
N
T
 
T
S
|
S
S
 
S
I
 
L
S
 
S
I
 
I
T
 
T
Q
 
E
I
 
V
G
 
A
A
 
S
A
 
A
T
 
T
N
 
K
R
 
R
P
 
A
D
 
D
K
 
K
V
 
V
I
 
I
G
 
G
M
 
M
H
|
H
F
 
F
M
 
F
N
 
N
P
 
P
V
 
A
P
 
P
I
 
V
M
 
M
R
 
K
L
 
L
V
 
V
E
|
E
I
 
V
I
 
I
R
 
R
G
 
G
Y
 
A
S
 
A
T
 
T
S
 
S
D
 
Q
E
 
E
V
 
T
T
 
F
N
 
D
T
 
A
I
 
V
M
 
K
E
 
E
L
 
M
S
 
S
K
 
E
N
 
S
L
 
I
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
P
T
 
V
E
 
E
V
 
V
N
 
A
D
 
E
Y
 
A
P
 
P
G
 
G
F
 
F
V
 
V
A
 
V
N
|
N
R
 
R
I
 
I
L
 
L
M
 
I
P
 
P
M
 
M
I
 
I
N
 
N
E
 
E
A
 
A
I
 
T
E
 
F
T
 
I
L
 
L
Y
 
Q
H
 
E
Q
 
G
V
 
V
A
 
A
G
 
K
V
 
E
Q
 
E
E
 
D
I
 
I
D
 
D
T
 
A
V
 
A
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
M
 
A
A
 
N
H
 
H
P
 
P
M
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
L
Q
 
A
L
 
L
A
 
G
D
 
D
F
 
L
I
 
I
G
 
G
L
 
L
D
 
D
V
 
V
C
 
C
L
 
L
S
 
A
I
 
I
L
 
M
K
 
D
V
 
V
M
 
L
Y
 
Y
Q
 
N
G
 
E
F
 
T
K
 
G
N
 
D
P
 
T
K
 
K
Y
 
Y
A
 
R
P
 
A
C
 
S
P
 
S
L
 
L
L
 
L
V
 
R
N
 
K
M
 
Y
V
 
V
M
 
R
A
 
A
G
 
G
K
 
W
L
 
L
G
 
G
V
 
R
K
 
K
S
 
T
G
 
G
E
 
K
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
D
 
D
Y
 
Y

6aa8E Crystal structure of (s)-3-hydroxybutyryl-coenzymea dehydrogenase from clostridium acetobutylicum complexed with NAD+ (see paper)
53% identity, 96% coverage: 2:283/295 of query aligns to 1:281/281 of 6aa8E

query
sites
6aa8E
K
 
K
N
 
K
I
 
V
A
 
C
V
 
V
I
|
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
T
|
T
M
|
M
G
 
G
N
 
S
G
 
G
I
 
I
A
 
A
H
 
Q
V
 
A
F
 
F
A
 
A
Q
 
A
H
 
K
G
 
G
Y
 
F
K
 
E
V
 
V
K
 
V
L
 
L
I
x
R
D
|
D
V
x
I
N
 
K
Q
 
D
A
 
E
S
 
F
L
 
V
N
 
D
K
 
R
G
 
G
L
 
L
A
 
D
T
 
F
I
 
I
A
 
N
S
 
K
N
 
N
L
 
L
D
 
S
R
 
K
M
 
L
V
 
V
A
 
K
K
 
K
E
 
G
K
 
K
I
 
I
T
 
E
Q
 
E
Q
 
A
I
 
T
K
 
K
N
 
V
N
 
E
T
 
I
L
 
L
S
 
T
Q
 
R
I
 
I
R
 
S
T
 
G
F
 
T
T
 
V
E
 
D
I
 
L
K
 
-
D
 
N
G
 
M
V
 
A
A
 
A
E
 
D
V
 
C
D
 
D
L
 
L
V
 
V
V
 
I
E
 
E
A
|
A
A
|
A
T
 
V
E
|
E
N
 
R
L
 
M
D
 
D
I
 
I
K
|
K
L
 
K
D
 
Q
I
 
I
F
 
F
K
 
A
T
 
D
L
 
L
D
 
D
E
 
N
H
 
I
C
 
C
E
 
K
T
 
P
S
 
E
T
 
T
I
 
I
L
 
L
A
 
A
S
 
S
N
|
N
T
 
T
S
|
S
S
 
S
I
 
L
S
 
S
I
 
I
T
 
T
Q
 
E
I
 
V
G
 
A
A
 
S
A
 
A
T
 
T
N
 
K
R
 
R
P
 
P
D
 
D
K
 
K
V
 
V
I
 
I
G
 
G
M
 
M
H
|
H
F
 
F
M
 
F
N
 
N
P
 
P
V
 
A
P
 
P
I
 
V
M
 
M
R
 
K
L
 
L
V
 
V
E
|
E
I
 
V
I
 
I
R
 
R
G
 
G
Y
 
I
S
 
A
T
 
T
S
 
S
D
 
Q
E
 
E
V
 
T
T
 
F
N
 
D
T
 
A
I
 
V
M
 
K
E
 
E
L
 
T
S
 
S
K
 
I
N
 
A
L
 
I
G
 
G
K
 
K
T
 
D
A
 
P
T
 
V
E
 
E
V
 
V
N
 
A
D
 
E
Y
 
A
P
 
P
G
 
G
F
 
F
V
 
V
A
 
V
N
|
N
R
 
R
I
 
I
L
 
L
M
 
I
P
 
P
M
 
M
I
 
I
N
 
N
E
 
E
A
 
A
I
 
V
E
 
G
T
 
I
L
 
L
Y
 
A
H
 
E
Q
 
G
V
 
I
A
 
A
G
 
S
V
 
V
Q
 
E
E
 
D
I
 
I
D
 
D
T
 
K
V
 
A
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
M
 
A
A
 
N
H
 
H
P
 
P
M
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
L
Q
 
E
L
 
L
A
 
G
D
 
D
F
 
F
I
 
I
G
 
G
L
 
L
D
 
D
V
 
I
C
 
C
L
 
L
S
 
A
I
 
I
L
 
M
K
 
D
V
 
V
M
 
L
Y
 
Y
Q
 
S
G
 
E
F
 
T
K
 
G
N
 
D
P
 
S
K
 
K
Y
 
Y
A
 
R
P
 
P
C
 
H
P
 
T
L
 
L
L
 
L
V
 
K
N
 
K
M
 
Y
V
 
V
M
 
R
A
 
A
G
 
G
K
 
W
L
 
L
G
 
G
V
 
R
K
 
K
S
 
S
G
 
G
E
 
K
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
D
 
D
Y
 
Y
S
 
S
Q
 
K

4pzeA Crystal structure of (s)-3-hydroxybutyryl-coa dehydrogenase paah1 in complex with acetoacetyl-coa (see paper)
51% identity, 96% coverage: 1:283/295 of query aligns to 2:283/283 of 4pzeA

query
sites
4pzeA
M
 
I
K
 
R
N
 
T
I
 
V
A
 
G
V
 
I
I
 
V
G
 
G
A
 
A
G
 
G
T
 
T
M
 
M
G
 
G
N
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
A
H
 
Q
V
 
A
F
 
C
A
 
A
Q
 
V
H
 
V
G
 
G
Y
 
L
K
 
N
V
 
V
K
 
V
L
 
M
I
 
V
D
 
D
V
 
I
N
 
S
Q
 
D
A
 
A
S
 
A
L
 
V
N
 
Q
K
 
K
G
 
G
L
 
V
A
 
A
T
 
T
I
 
V
A
 
A
S
 
S
N
 
S
L
 
L
D
 
D
R
 
R
M
 
L
V
 
I
A
 
K
K
 
K
E
 
E
K
 
K
I
 
L
T
 
T
Q
 
E
Q
 
A
I
 
D
K
 
K
N
 
A
N
 
S
T
 
A
L
 
L
S
 
A
Q
 
R
I
 
I
R
 
K
T
 
G
F
 
S
T
 
T
E
 
S
I
 
Y
K
 
D
D
 
D
G
 
-
V
 
L
A
 
K
E
 
A
V
 
T
D
 
D
L
 
I
V
 
V
V
 
I
E
 
E
A
 
A
A
 
A
T
 
T
E
 
E
N
 
N
L
 
Y
D
 
D
I
 
L
K
 
K
L
 
V
D
 
K
I
 
I
F
 
L
K
 
K
T
 
Q
L
 
I
D
 
D
E
 
G
H
 
I
C
 
V
E
 
G
T
 
E
S
 
N
T
 
V
I
 
I
L
 
I
A
 
A
S
 
S
N
 
N
T
 
T
S
|
S
S
 
S
I
 
I
S
 
S
I
 
I
T
 
T
Q
 
K
I
 
L
G
 
A
A
 
A
A
 
V
T
 
T
N
 
S
R
 
R
P
 
A
D
 
D
K
 
R
V
 
F
I
 
I
G
 
G
M
 
M
H
|
H
F
 
F
M
x
F
N
 
N
P
 
P
V
 
V
P
 
P
I
 
V
M
 
M
R
 
A
L
 
L
V
 
V
E
|
E
I
 
L
I
 
I
R
 
R
G
 
G
Y
 
L
S
 
Q
T
 
T
S
 
S
D
 
D
E
 
T
V
 
T
T
 
H
N
 
A
T
 
A
I
 
V
M
 
E
E
 
A
L
 
L
S
 
S
K
 
K
N
 
Q
L
 
L
G
 
G
K
 
K
T
 
Y
A
 
P
T
 
I
E
 
T
V
 
V
N
 
K
D
 
N
Y
 
S
P
 
P
G
 
G
F
 
F
V
 
V
A
 
V
N
|
N
R
 
R
I
 
I
L
 
L
M
 
C
P
 
P
M
 
M
I
 
I
N
 
N
E
 
E
A
 
A
I
 
F
E
 
C
T
 
V
L
 
L
Y
 
G
H
 
E
Q
 
G
V
 
L
A
 
A
G
 
S
V
 
P
Q
 
E
E
 
E
I
 
I
D
 
D
T
 
E
V
 
G
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
M
 
C
A
 
N
H
 
H
P
 
P
M
 
I
G
 
G
P
 
P
L
 
L
Q
 
A
L
 
L
A
 
A
D
 
D
F
 
M
I
 
I
G
 
G
L
 
L
D
 
D
V
 
T
C
 
M
L
 
L
S
 
A
I
 
V
L
 
M
K
 
E
V
 
V
M
 
L
Y
 
Y
Q
 
T
G
 
E
F
 
F
K
 
A
N
 
D
P
 
P
K
 
K
Y
 
Y
A
 
R
P
 
P
C
 
A
P
 
M
L
 
L
L
 
M
V
 
R
N
 
E
M
 
M
V
 
V
M
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
Y
L
 
L
G
 
G
V
 
R
K
 
K
S
 
T
G
 
G
E
 
R
G
 
G
F
 
V
Y
 
Y
D
 
V
Y
 
Y
S
 
S
Q
 
K

4pzdA Crystal structure of (s)-3-hydroxybutyryl-coa dehydrogenase paah1 in complex with NAD+ (see paper)
51% identity, 96% coverage: 1:283/295 of query aligns to 2:283/283 of 4pzdA

query
sites
4pzdA
M
 
I
K
 
R
N
 
T
I
 
V
A
 
G
V
 
I
I
 
V
G
 
G
A
 
A
G
|
G
T
|
T
M
|
M
G
 
G
N
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
A
H
 
Q
V
 
A
F
 
C
A
 
A
Q
 
V
H
 
V
G
 
G
Y
 
L
K
 
N
V
 
V
K
 
V
L
 
M
I
 
V
D
|
D
V
 
I
N
 
S
Q
 
D
A
 
A
S
 
A
L
 
V
N
 
Q
K
 
K
G
 
G
L
 
V
A
 
A
T
 
T
I
 
V
A
 
A
S
 
S
N
 
S
L
 
L
D
 
D
R
 
R
M
 
L
V
 
I
A
 
K
K
 
K
E
 
E
K
 
K
I
 
L
T
 
T
Q
 
E
Q
 
A
I
 
D
K
 
K
N
 
A
N
 
S
T
 
A
L
 
L
S
 
A
Q
 
R
I
 
I
R
 
K
T
 
G
F
 
S
T
 
T
E
 
S
I
 
Y
K
 
D
D
 
D
G
 
-
V
 
L
A
 
K
E
 
A
V
 
T
D
 
D
L
 
I
V
 
V
V
 
I
E
 
E
A
|
A
A
|
A
T
|
T
E
|
E
N
 
N
L
 
Y
D
 
D
I
 
L
K
 
K
L
 
V
D
 
K
I
|
I
F
 
L
K
 
K
T
 
Q
L
 
I
D
 
D
E
 
G
H
 
I
C
 
V
E
 
G
T
 
E
S
 
N
T
 
V
I
 
I
L
 
I
A
 
A
S
 
S
N
|
N
T
 
T
S
|
S
S
 
S
I
 
I
S
 
S
I
 
I
T
 
T
Q
 
K
I
 
L
G
 
A
A
 
A
A
 
V
T
 
T
N
 
S
R
 
R
P
 
A
D
 
D
K
 
R
V
 
F
I
 
I
G
 
G
M
 
M
H
|
H
F
 
F
M
 
F
N
|
N
P
 
P
V
 
V
P
 
P
I
 
V
M
 
M
R
 
A
L
 
L
V
 
V
E
|
E
I
 
L
I
 
I
R
 
R
G
 
G
Y
 
L
S
 
Q
T
 
T
S
 
S
D
 
D
E
 
T
V
 
T
T
 
H
N
 
A
T
 
A
I
 
V
M
 
E
E
 
A
L
 
L
S
 
S
K
 
K
N
 
Q
L
 
L
G
 
G
K
 
K
T
 
Y
A
 
P
T
 
I
E
 
T
V
 
V
N
 
K
D
 
N
Y
 
S
P
 
P
G
 
G
F
 
F
V
 
V
A
 
V
N
|
N
R
 
R
I
 
I
L
 
L
M
 
C
P
 
P
M
 
M
I
 
I
N
 
N
E
 
E
A
 
A
I
 
F
E
 
C
T
 
V
L
 
L
Y
 
G
H
 
E
Q
 
G
V
 
L
A
 
A
G
 
S
V
 
P
Q
 
E
E
 
E
I
 
I
D
 
D
T
 
E
V
 
G
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
M
 
C
A
 
N
H
 
H
P
 
P
M
 
I
G
 
G
P
 
P
L
 
L
Q
 
A
L
 
L
A
 
A
D
 
D
F
 
M
I
 
I
G
 
G
L
 
L
D
 
D
V
 
T
C
 
M
L
 
L
S
 
A
I
 
V
L
 
M
K
 
E
V
 
V
M
 
L
Y
 
Y
Q
 
T
G
 
E
F
 
F
K
 
A
N
 
D
P
 
P
K
 
K
Y
 
Y
A
 
R
P
 
P
C
 
A
P
 
M
L
 
L
L
 
M
V
 
R
N
 
E
M
 
M
V
 
V
M
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
Y
L
 
L
G
 
G
V
 
R
K
 
K
S
 
T
G
 
G
E
 
R
G
 
G
F
 
V
Y
 
Y
D
 
V
Y
 
Y
S
 
S
Q
 
K

9jheA 3-hydroxybutyryl-coa dehydrogenase with NAD (see paper)
48% identity, 95% coverage: 4:282/295 of query aligns to 3:279/289 of 9jheA

query
sites
9jheA
I
 
I
A
 
G
V
 
V
I
|
I
G
|
G
A
 
A
G
|
G
T
|
T
M
|
M
G
 
G
N
 
Q
G
 
G
I
 
I
A
 
A
H
 
K
V
 
A
F
 
F
A
 
A
Q
 
Q
-
 
V
H
 
E
G
 
G
Y
 
N
K
 
T
V
 
V
K
 
A
L
 
L
I
 
C
D
|
D
V
x
I
N
 
K
Q
 
Q
A
 
E
S
 
W
L
 
A
N
 
E
K
 
N
G
 
G
L
 
L
A
 
A
T
 
K
I
 
I
A
 
K
S
 
K
N
 
G
L
 
Y
D
 
E
R
 
K
M
 
L
V
 
V
A
 
A
K
 
K
E
 
G
K
 
K
I
 
I
T
 
P
Q
 
Q
Q
 
E
I
 
K
K
 
A
N
 
D
N
 
A
T
 
I
L
 
V
S
 
A
Q
 
A
I
 
I
R
 
T
T
 
P
F
 
G
T
 
L
E
x
K
I
 
-
K
 
E
D
 
N
G
 
L
V
 
C
A
 
A
E
 
D
V
 
C
D
 
D
L
 
L
V
 
I
V
 
V
E
 
E
A
|
A
A
|
A
T
x
F
E
|
E
N
 
D
L
 
M
D
 
K
I
 
V
K
 
K
L
 
Q
D
 
T
I
 
T
F
 
F
K
 
G
T
 
E
L
 
L
D
 
D
E
 
K
H
 
I
C
 
C
E
 
K
T
 
P
S
 
E
T
 
C
I
 
I
L
 
F
A
 
A
S
 
S
N
|
N
T
 
T
S
|
S
S
 
S
I
 
L
S
 
S
I
 
I
T
 
T
Q
 
E
I
 
I
G
 
G
A
 
K
A
 
G
T
 
L
N
 
S
R
 
R
P
 
P
D
 
-
K
 
-
V
 
L
I
 
V
G
 
G
M
 
M
H
|
H
F
 
F
M
 
F
N
 
N
P
 
P
V
 
A
P
 
D
I
 
R
M
 
M
R
 
K
L
 
L
V
 
I
E
 
E
I
 
V
I
 
I
R
 
A
G
 
G
Y
 
C
S
 
N
T
 
T
S
 
P
D
 
A
E
 
E
V
 
T
T
 
V
N
 
E
T
 
K
I
 
I
M
 
K
E
 
E
L
 
I
S
 
S
K
 
V
N
 
A
L
 
I
G
 
G
K
 
K
T
 
N
A
 
P
T
 
V
E
 
Q
V
 
V
N
 
N
D
 
E
Y
 
A
P
 
A
G
 
G
F
 
F
V
 
V
A
 
V
N
 
N
R
 
R
I
 
I
L
 
L
M
 
I
P
 
P
M
 
M
I
 
I
N
 
N
E
 
E
A
 
A
I
 
A
E
 
F
T
 
I
L
 
K
Y
 
M
H
 
E
Q
 
G
V
 
V
A
 
S
G
 
D
V
 
I
Q
 
A
E
 
G
I
 
I
D
 
D
T
 
T
V
 
A
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
M
 
A
A
 
N
H
 
H
P
 
P
M
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
L
Q
 
E
L
 
L
A
 
G
D
 
D
F
 
F
I
 
I
G
 
G
L
 
L
D
 
D
V
 
I
C
 
C
L
 
L
S
 
A
I
 
I
L
 
M
K
 
D
V
 
V
M
 
L
Y
 
Y
Q
 
H
G
 
E
F
 
T
K
 
G
N
 
D
P
 
S
K
 
K
Y
 
Y
A
 
R
P
 
A
C
 
C
P
 
P
L
 
L
L
 
I
V
 
R
N
 
K
M
 
M
V
 
V
M
 
R
A
 
G
G
 
G
K
 
N
L
 
L
G
 
G
V
 
C
K
 
K
S
 
T
G
 
G
E
 
K
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
D
 
V
Y
 
Y
S
 
N

9jhyB 3-hydroxybutyryl-coa dehydrogenase mutant (s117a) with acetoacetyl coa (see paper)
47% identity, 95% coverage: 4:282/295 of query aligns to 3:275/285 of 9jhyB

query
sites
9jhyB
I
 
I
A
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
T
 
T
M
 
M
G
 
G
N
 
Q
G
 
G
I
 
I
A
 
A
H
 
K
V
 
A
F
 
F
A
 
A
Q
 
Q
-
 
V
H
 
E
G
 
G
Y
 
N
K
 
T
V
 
V
K
 
A
L
 
L
I
 
C
D
 
D
V
 
I
N
 
K
Q
 
Q
A
 
E
S
 
W
L
 
A
N
 
E
K
 
N
G
 
G
L
 
L
A
 
A
T
 
K
I
 
I
A
 
K
S
 
K
N
 
G
L
 
Y
D
 
E
R
 
K
M
x
L
V
 
V
A
 
A
K
|
K
E
 
G
K
|
K
I
|
I
T
 
P
Q
 
Q
Q
 
E
I
 
K
K
 
A
N
 
D
N
 
A
T
 
I
L
 
V
S
 
A
Q
 
A
I
 
I
R
 
T
T
 
P
F
 
G
T
 
L
E
 
-
I
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
-
V
 
C
A
 
A
E
 
D
V
 
C
D
 
D
L
 
L
V
 
I
V
 
V
E
 
E
A
 
A
A
 
A
T
 
F
E
 
E
N
 
D
L
 
M
D
 
K
I
 
V
K
 
K
L
 
Q
D
 
T
I
 
T
F
 
F
K
 
G
T
 
E
L
 
L
D
 
D
E
 
K
H
 
I
C
 
C
E
 
K
T
 
P
S
 
E
T
 
C
I
 
I
L
 
F
A
 
A
S
 
S
N
 
N
T
 
T
S
 
A
S
 
S
I
 
L
S
 
S
I
 
I
T
 
T
Q
 
E
I
 
I
G
 
G
A
 
K
A
 
G
T
 
L
N
 
S
R
 
R
P
 
P
D
 
-
K
 
-
V
 
L
I
 
V
G
 
G
M
 
M
H
|
H
F
 
F
M
x
F
N
|
N
P
 
P
V
 
A
P
 
D
I
x
R
M
 
M
R
 
K
L
 
L
V
 
I
E
 
E
I
 
V
I
 
I
R
 
A
G
 
G
Y
 
C
S
 
N
T
 
T
S
 
P
D
 
A
E
 
E
V
 
T
T
 
V
N
 
E
T
 
K
I
 
I
M
 
K
E
 
E
L
 
I
S
 
S
K
 
V
N
 
A
L
 
I
G
 
G
K
 
K
T
 
N
A
 
P
T
 
V
E
 
Q
V
 
V
N
 
N
D
 
E
Y
 
A
P
 
A
G
 
G
F
 
F
V
 
V
A
 
V
N
|
N
R
 
R
I
 
I
L
|
L
M
 
I
P
 
P
M
 
M
I
 
I
N
 
N
E
 
E
A
 
A
I
 
A
E
 
F
T
 
I
L
 
K
Y
 
M
H
 
E
Q
 
G
V
 
V
A
 
S
G
 
D
V
 
I
Q
 
A
E
 
G
I
 
I
D
 
D
T
 
T
V
 
A
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
M
 
A
A
 
N
H
 
H
P
 
P
M
|
M
G
 
G
P
 
P
L
 
L
Q
 
E
L
 
L
A
 
G
D
 
D
F
 
F
I
|
I
G
 
G
L
 
L
D
 
D
V
 
I
C
 
C
L
 
L
S
 
A
I
 
I
L
 
M
K
 
D
V
 
V
M
 
L
Y
 
Y
Q
 
H
G
 
E
F
 
T
K
 
G
N
 
D
P
 
S
K
 
K
Y
 
Y
A
 
R
P
 
A
C
 
C
P
 
P
L
 
L
L
 
I
V
 
R
N
 
K
M
 
M
V
 
V
M
 
R
A
 
G
G
 
G
K
 
N
L
 
L
G
 
G
V
 
C
K
 
K
S
 
T
G
 
G
E
 
K
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
D
 
V
Y
 
Y
S
 
N

Q16836 Hydroxyacyl-coenzyme A dehydrogenase, mitochondrial; HCDH; Medium and short-chain L-3-hydroxyacyl-coenzyme A dehydrogenase; Short-chain 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase; EC 1.1.1.35 from Homo sapiens (Human) (see 7 papers)
43% identity, 95% coverage: 1:281/295 of query aligns to 27:313/314 of Q16836

query
sites
Q16836
M
 
V
K
 
K
N
 
H
I
 
V
A
 
T
V
 
V
I
 
I
G
|
G
A
x
G
G
|
G
T
x
L
M
|
M
G
|
G
N
x
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
H
 
Q
V
 
V
F
 
A
A
 
A
Q
 
A
H
 
T
G
 
G
Y
 
H
K
 
T
V
 
V
K
 
V
L
 
L
I
 
V
D
|
D
V
 
Q
N
 
T
Q
 
E
A
 
D
S
 
I
L
 
L
N
 
A
K
 
K
G
 
S
L
 
K
A
 
K
T
 
G
I
 
I
A
 
E
S
 
E
N
x
S
L
 
L
D
 
-
R
 
R
M
 
K
V
 
V
A
 
A
K
 
K
E
x
K
K
 
K
I
 
F
T
 
A
Q
 
E
Q
 
N
I
x
L
K
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
D
-
 
E
-
 
F
-
 
V
N
 
E
N
 
K
T
 
T
L
 
L
S
 
S
Q
 
T
I
 
I
R
 
A
T
 
T
F
 
S
T
 
T
E
 
D
I
 
A
K
 
A
D
 
S
G
 
V
V
 
V
A
 
H
E
 
S
V
 
T
D
 
D
L
 
L
V
 
V
V
 
V
E
 
E
A
 
A
A
 
I
T
 
V
E
|
E
N
 
N
L
 
L
D
 
K
I
 
V
K
|
K
L
 
N
D
 
E
I
 
L
F
 
F
K
 
K
T
 
R
L
 
L
D
 
D
E
 
K
H
 
F
C
 
A
E
 
A
T
 
E
S
 
H
T
 
T
I
 
I
L
 
F
A
 
A
S
 
S
N
 
N
T
 
T
S
|
S
S
 
S
I
 
L
S
x
Q
I
 
I
T
 
T
Q
 
S
I
 
I
G
 
A
A
 
N
A
 
A
T
 
T
N
 
T
R
 
R
P
 
Q
D
 
D
K
 
R
V
 
F
I
 
A
G
 
G
M
 
L
H
 
H
F
 
F
M
 
F
N
|
N
P
 
P
V
 
V
P
 
P
I
 
V
M
 
M
R
 
K
L
 
L
V
 
V
E
 
E
I
 
V
I
 
I
R
 
K
G
 
T
Y
 
P
S
 
M
T
 
T
S
 
S
D
 
Q
E
 
K
V
 
T
T
 
F
N
 
E
T
 
S
I
 
L
M
 
V
E
 
D
L
 
F
S
 
S
K
 
K
N
 
A
L
 
L
G
 
G
K
 
K
T
 
H
A
 
P
T
 
V
E
 
S
V
 
C
N
 
K
D
 
D
Y
 
T
P
 
P
G
 
G
F
 
F
V
 
I
A
 
V
N
 
N
R
 
R
I
 
L
L
 
L
M
 
V
P
 
P
M
x
Y
I
 
L
N
 
M
E
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
R
T
 
L
L
 
Y
Y
 
E
H
 
R
Q
 
G
V
 
D
A
 
A
G
 
S
V
 
K
Q
 
E
E
 
D
I
 
I
D
 
D
T
 
T
V
 
A
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
M
 
A
A
 
G
H
 
Y
P
 
P
M
 
M
G
 
G
P
|
P
L
 
F
Q
 
E
L
 
L
A
 
L
D
 
D
F
 
Y
I
 
V
G
 
G
L
 
L
D
 
D
V
 
T
C
 
T
L
 
K
S
 
F
I
 
I
L
 
V
K
 
D
V
 
G
M
 
W
Y
 
H
Q
 
E
-
 
M
G
 
D
F
 
A
K
 
E
N
 
N
P
 
P
K
 
L
Y
 
H
A
 
Q
P
 
P
C
 
S
P
 
P
L
 
S
L
 
L
V
 
N
N
 
K
M
 
L
V
 
V
M
 
A
A
 
E
G
 
N
K
 
K
L
 
F
G
 
G
V
 
K
K
|
K
S
 
T
G
 
G
E
 
E
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
D
 
K
Y
 
Y

1f0yA L-3-hydroxyacyl-coa dehydrogenase complexed with acetoacetyl-coa and NAD+ (see paper)
43% identity, 95% coverage: 1:281/295 of query aligns to 4:290/291 of 1f0yA

query
sites
1f0yA
M
 
V
K
 
K
N
 
H
I
 
V
A
 
T
V
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
G
G
|
G
T
x
L
M
|
M
G
 
G
N
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
H
 
Q
V
 
V
F
 
A
A
 
A
Q
 
A
H
 
T
G
 
G
Y
 
H
K
 
T
V
 
V
K
 
V
L
 
L
I
 
V
D
|
D
V
x
Q
N
 
T
Q
 
E
A
 
D
S
 
I
L
 
L
N
 
A
K
 
K
G
 
S
L
 
K
A
 
K
T
 
G
I
 
I
A
 
E
S
 
E
N
x
S
L
 
L
D
 
-
R
 
R
M
 
K
V
 
V
A
 
A
K
 
K
E
x
K
K
 
K
I
 
F
T
 
A
Q
 
E
Q
 
N
I
 
P
K
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
D
-
 
E
-
 
F
-
 
V
N
 
E
N
 
K
T
 
T
L
 
L
S
 
S
Q
 
T
I
 
I
R
 
A
T
 
T
F
 
S
T
 
T
E
 
D
I
 
A
K
 
A
D
 
S
G
 
V
V
 
V
A
 
H
E
 
S
V
 
T
D
 
D
L
 
L
V
 
V
V
 
V
E
 
E
A
|
A
A
x
I
T
 
V
E
|
E
N
 
N
L
 
L
D
 
K
I
 
V
K
|
K
L
 
N
D
 
E
I
 
L
F
 
F
K
 
K
T
 
R
L
 
L
D
 
D
E
 
K
H
 
F
C
 
A
E
 
A
T
 
E
S
 
H
T
 
T
I
 
I
L
 
F
A
 
A
S
 
S
N
|
N
T
 
T
S
|
S
S
 
S
I
 
L
S
 
Q
I
 
I
T
 
T
Q
 
S
I
 
I
G
 
A
A
 
N
A
 
A
T
 
T
N
 
T
R
 
R
P
 
Q
D
 
D
K
 
R
V
 
F
I
 
A
G
 
G
M
 
L
H
|
H
F
 
F
M
x
F
N
|
N
P
|
P
V
 
V
P
|
P
I
x
V
M
 
M
R
 
K
L
 
L
V
 
V
E
|
E
I
 
V
I
 
I
R
 
K
G
 
T
Y
 
P
S
 
M
T
 
T
S
 
S
D
 
Q
E
 
K
V
 
T
T
 
F
N
 
E
T
 
S
I
 
L
M
 
V
E
 
D
L
 
F
S
 
S
K
 
K
N
 
A
L
 
L
G
 
G
K
 
K
T
 
H
A
 
P
T
 
V
E
 
S
V
 
C
N
 
K
D
 
D
Y
 
T
P
 
P
G
 
G
F
 
F
V
 
I
A
 
V
N
|
N
R
 
R
I
 
L
L
 
L
M
 
V
P
 
P
M
 
Y
I
 
L
N
 
M
E
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
R
T
 
L
L
 
Y
Y
 
E
H
 
R
Q
 
G
V
 
D
A
 
A
G
 
S
V
 
K
Q
 
E
E
 
D
I
 
I
D
 
D
T
 
T
V
 
A
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
M
 
A
A
 
G
H
 
Y
P
|
P
M
|
M
G
 
G
P
 
P
L
 
F
Q
 
E
L
|
L
A
 
L
D
 
D
F
 
Y
I
x
V
G
 
G
L
 
L
D
 
D
V
x
T
C
 
T
L
 
K
S
 
F
I
 
I
L
 
V
K
 
D
V
 
G
M
 
W
Y
 
H
Q
 
E
-
 
M
G
 
D
F
 
A
K
 
E
N
 
N
P
 
P
K
 
L
Y
 
H
A
 
Q
P
 
P
C
 
S
P
 
P
L
 
S
L
 
L
V
 
N
N
 
K
M
 
L
V
 
V
M
 
A
A
 
E
G
 
N
K
 
K
L
 
F
G
 
G
V
 
K
K
|
K
S
 
T
G
 
G
E
 
E
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
D
 
K
Y
 
Y

P00348 Hydroxyacyl-coenzyme A dehydrogenase, mitochondrial; HCDH; L-3-hydroxyacyl CoA dehydrogenase; Medium and short-chain L-3-hydroxyacyl-coenzyme A dehydrogenase; Short-chain 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase; EC 1.1.1.35 from Sus scrofa (Pig) (see paper)
42% identity, 95% coverage: 1:281/295 of query aligns to 27:313/314 of P00348

query
sites
P00348
M
 
V
K
 
K
N
 
H
I
 
V
A
 
T
V
 
V
I
 
I
G
|
G
A
x
G
G
|
G
T
x
L
M
|
M
G
|
G
N
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
H
 
Q
V
 
V
F
 
A
A
 
A
Q
 
A
H
 
T
G
 
G
Y
 
H
K
 
T
V
 
V
K
 
V
L
 
L
I
 
V
D
|
D
V
 
Q
N
 
T
Q
 
E
A
 
D
S
 
I
L
 
L
N
 
A
K
 
K
G
 
S
L
 
K
A
 
K
T
 
G
I
 
I
A
 
E
S
 
E
N
 
S
L
 
L
D
 
-
R
 
R
M
 
K
V
 
V
A
 
A
K
 
K
E
 
K
K
 
K
I
 
F
T
 
A
Q
 
E
Q
 
N
I
 
P
K
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
D
-
 
E
-
 
F
-
 
V
N
 
E
N
 
K
T
 
T
L
 
L
S
 
S
Q
 
S
I
 
I
R
 
S
T
 
T
F
 
S
T
 
T
E
 
D
I
 
A
K
 
A
D
 
S
G
 
V
V
 
V
A
 
H
E
 
S
V
 
T
D
 
D
L
 
L
V
 
V
V
 
V
E
 
E
A
 
A
A
 
I
T
 
V
E
|
E
N
 
N
L
 
L
D
 
K
I
 
V
K
|
K
L
 
S
D
 
E
I
 
L
F
 
F
K
 
K
T
 
R
L
 
L
D
 
D
E
 
K
H
 
F
C
 
A
E
 
A
T
 
E
S
 
H
T
 
T
I
 
I
L
 
F
A
 
A
S
 
S
N
 
N
T
 
T
S
|
S
S
 
S
I
 
L
S
 
Q
I
 
I
T
 
T
Q
 
S
I
 
L
G
 
A
A
 
N
A
 
A
T
 
T
N
 
T
R
 
R
P
 
Q
D
 
D
K
 
R
V
 
F
I
 
A
G
 
G
M
 
L
H
 
H
F
 
F
M
 
F
N
 
N
P
 
P
V
 
V
P
 
P
I
 
L
M
 
M
R
 
K
L
 
L
V
 
V
E
 
E
I
 
V
I
 
V
R
 
K
G
 
T
Y
 
P
S
 
M
T
 
T
S
 
S
D
 
Q
E
 
K
V
 
T
T
 
L
N
 
E
T
 
S
I
 
L
M
 
V
E
 
D
L
 
F
S
 
S
K
 
K
N
 
T
L
 
L
G
 
G
K
 
K
T
 
H
A
 
P
T
 
V
E
 
S
V
 
C
N
 
K
D
 
D
Y
 
T
P
 
P
G
 
G
F
 
F
V
 
I
A
 
V
N
 
N
R
 
R
I
 
L
L
 
L
M
 
V
P
 
P
M
 
Y
I
 
L
N
 
I
E
 
E
A
 
A
I
 
V
E
 
R
T
 
L
L
 
Y
Y
 
E
H
 
R
Q
 
G
V
 
D
A
 
A
G
 
S
V
 
K
Q
 
E
E
 
D
I
 
I
D
 
D
T
 
T
V
 
A
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
M
 
A
A
 
G
H
 
Y
P
 
P
M
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
F
Q
 
E
L
 
L
A
 
L
D
 
D
F
 
Y
I
 
V
G
 
G
L
 
L
D
 
D
V
 
T
C
 
T
L
 
K
S
 
F
I
 
I
L
 
I
K
 
D
V
 
G
M
 
W
Y
 
H
Q
 
E
-
 
M
G
 
D
F
 
S
K
 
Q
N
 
N
P
 
P
K
 
L
Y
 
F
A
 
Q
P
 
P
C
 
S
P
 
P
L
 
A
L
 
M
V
 
N
N
 
K
M
 
L
V
 
V
M
 
A
A
 
E
G
 
N
K
 
K
L
 
F
G
 
G
V
 
K
K
 
K
S
 
T
G
 
G
E
 
E
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
D
 
K
Y
 
Y

1f17A L-3-hydroxyacyl-coa dehydrogenase complexed with nadh (see paper)
43% identity, 95% coverage: 1:281/295 of query aligns to 4:290/293 of 1f17A

query
sites
1f17A
M
 
V
K
 
K
N
 
H
I
 
V
A
 
T
V
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
G
G
|
G
T
x
L
M
|
M
G
 
G
N
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
H
 
Q
V
 
V
F
 
A
A
 
A
Q
 
A
H
 
T
G
 
G
Y
 
H
K
 
T
V
 
V
K
 
V
L
 
L
I
 
V
D
|
D
V
x
Q
N
 
T
Q
 
E
A
 
D
S
 
I
L
 
L
N
 
A
K
 
K
G
 
S
L
 
K
A
 
K
T
 
G
I
 
I
A
 
E
S
 
E
N
 
S
L
 
L
D
 
-
R
 
R
M
 
K
V
 
V
A
 
A
K
 
K
E
 
K
K
 
K
I
 
F
T
 
A
Q
 
E
Q
 
N
I
 
P
K
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
D
-
 
E
-
 
C
-
 
V
N
 
E
N
 
K
T
 
T
L
 
L
S
 
S
Q
 
T
I
 
I
R
 
A
T
 
T
F
 
S
T
 
T
E
 
D
I
 
A
K
 
A
D
 
S
G
 
V
V
 
V
A
 
H
E
 
S
V
 
T
D
 
D
L
 
L
V
 
V
V
 
V
E
 
E
A
|
A
A
x
I
T
 
V
E
|
E
N
 
N
L
 
L
D
 
K
I
 
V
K
|
K
L
 
N
D
 
E
I
 
L
F
 
F
K
 
K
T
 
R
L
 
L
D
 
D
E
 
K
H
 
F
C
 
A
E
 
A
T
 
E
S
 
H
T
 
T
I
 
I
L
 
F
A
 
A
S
 
S
N
|
N
T
 
T
S
|
S
S
 
S
I
 
L
S
 
Q
I
 
I
T
 
T
Q
 
S
I
 
I
G
 
A
A
 
N
A
 
A
T
 
T
N
 
T
R
 
R
P
 
Q
D
 
D
K
 
R
V
 
F
I
 
A
G
 
G
M
 
L
H
|
H
F
 
F
M
 
F
N
 
N
P
 
P
V
 
V
P
 
P
I
 
V
M
 
M
R
 
K
L
 
L
V
 
V
E
|
E
I
 
V
I
 
I
R
 
K
G
 
T
Y
 
P
S
 
M
T
 
T
S
 
S
D
 
Q
E
 
K
V
 
T
T
 
F
N
 
E
T
 
S
I
 
L
M
 
V
E
 
D
L
 
F
S
 
S
K
 
K
N
 
A
L
 
L
G
 
G
K
 
K
T
 
H
A
 
P
T
 
V
E
 
S
V
 
C
N
 
K
D
 
D
Y
 
T
P
 
P
G
 
G
F
 
F
V
 
I
A
 
V
N
|
N
R
 
R
I
 
L
L
 
L
M
 
V
P
 
P
M
 
Y
I
 
L
N
 
M
E
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
R
T
 
L
L
 
Y
Y
 
E
H
 
R
Q
 
G
V
 
D
A
 
A
G
 
S
V
 
K
Q
 
E
E
 
D
I
 
I
D
 
D
T
 
T
V
 
A
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
M
 
A
A
 
G
H
 
Y
P
 
P
M
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
F
Q
 
E
L
 
L
A
 
L
D
 
D
F
 
Y
I
 
V
G
 
G
L
 
L
D
 
D
V
 
T
C
 
T
L
 
K
S
 
F
I
 
I
L
 
V
K
 
D
V
 
G
M
 
W
Y
 
H
Q
 
E
-
 
M
G
 
D
F
 
A
K
 
E
N
 
N
P
 
P
K
 
L
Y
 
H
A
 
Q
P
 
P
C
 
S
P
 
P
L
 
S
L
 
L
V
 
N
N
 
K
M
 
L
V
 
V
M
 
A
A
 
E
G
 
N
K
 
K
L
 
F
G
 
G
V
 
K
K
 
K
S
 
T
G
 
G
E
 
E
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
D
 
K
Y
 
Y

1f12A L-3-hydroxyacyl-coa dehydrogenase complexed with 3-hydroxybutyryl-coa (see paper)
43% identity, 95% coverage: 1:281/295 of query aligns to 4:290/293 of 1f12A

query
sites
1f12A
M
 
V
K
 
K
N
 
H
I
 
V
A
 
T
V
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
G
G
 
G
T
 
L
M
 
M
G
 
G
N
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
H
 
Q
V
 
V
F
 
A
A
 
A
Q
 
A
H
 
T
G
 
G
Y
 
H
K
 
T
V
 
V
K
 
V
L
 
L
I
 
V
D
 
D
V
 
Q
N
 
T
Q
 
E
A
 
D
S
 
I
L
 
L
N
 
A
K
 
K
G
 
S
L
 
K
A
 
K
T
 
G
I
 
I
A
 
E
S
 
E
N
 
S
L
 
L
D
 
-
R
 
R
M
 
K
V
 
V
A
 
A
K
 
K
E
x
K
K
 
K
I
 
F
T
 
A
Q
 
E
Q
 
N
I
 
P
K
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
D
-
 
E
-
 
C
-
 
V
N
 
E
N
 
K
T
 
T
L
 
L
S
 
S
Q
 
T
I
 
I
R
 
A
T
 
T
F
 
S
T
 
T
E
 
D
I
 
A
K
 
A
D
 
S
G
 
V
V
 
V
A
 
H
E
 
S
V
 
T
D
 
D
L
 
L
V
 
V
V
 
V
E
 
E
A
 
A
A
 
I
T
 
V
E
 
E
N
 
N
L
 
L
D
 
K
I
 
V
K
 
K
L
 
N
D
 
E
I
 
L
F
 
F
K
 
K
T
 
R
L
 
L
D
 
D
E
 
K
H
 
F
C
 
A
E
 
A
T
 
E
S
 
H
T
 
T
I
 
I
L
 
F
A
 
A
S
 
S
N
 
N
T
 
T
S
|
S
S
 
S
I
 
L
S
 
Q
I
 
I
T
 
T
Q
 
S
I
 
I
G
 
A
A
 
N
A
 
A
T
 
T
N
 
T
R
 
R
P
 
Q
D
 
D
K
 
R
V
 
F
I
 
A
G
 
G
M
 
L
H
|
H
F
 
F
M
x
F
N
|
N
P
 
P
V
 
V
P
 
P
I
 
V
M
|
M
R
 
K
L
 
L
V
 
V
E
|
E
I
 
V
I
 
I
R
 
K
G
 
T
Y
 
P
S
 
M
T
 
T
S
 
S
D
 
Q
E
 
K
V
 
T
T
 
F
N
 
E
T
 
S
I
 
L
M
 
V
E
 
D
L
 
F
S
 
S
K
 
K
N
 
A
L
 
L
G
 
G
K
 
K
T
 
H
A
 
P
T
 
V
E
 
S
V
 
C
N
 
K
D
 
D
Y
 
T
P
 
P
G
 
G
F
 
F
V
 
I
A
 
V
N
|
N
R
 
R
I
 
L
L
|
L
M
 
V
P
 
P
M
 
Y
I
 
L
N
 
M
E
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
R
T
 
L
L
 
Y
Y
 
E
H
 
R
Q
 
G
V
 
D
A
 
A
G
 
S
V
 
K
Q
 
E
E
 
D
I
 
I
D
 
D
T
 
T
V
 
A
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
M
 
A
A
 
G
H
 
Y
P
|
P
M
|
M
G
 
G
P
 
P
L
 
F
Q
 
E
L
|
L
A
 
L
D
 
D
F
 
Y
I
 
V
G
 
G
L
 
L
D
 
D
V
 
T
C
 
T
L
 
K
S
 
F
I
 
I
L
 
V
K
 
D
V
 
G
M
 
W
Y
 
H
Q
 
E
-
 
M
G
 
D
F
 
A
K
 
E
N
 
N
P
 
P
K
 
L
Y
 
H
A
 
Q
P
 
P
C
 
S
P
 
P
L
 
S
L
 
L
V
 
N
N
 
K
M
 
L
V
 
V
M
 
A
A
 
E
G
 
N
K
 
K
L
 
F
G
 
G
V
 
K
K
 
K
S
 
T
G
 
G
E
 
E
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
D
 
K
Y
 
Y

P9WNP7 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase; Beta-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase; BHBD; EC 1.1.1.157 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
40% identity, 95% coverage: 1:281/295 of query aligns to 5:286/286 of P9WNP7

query
sites
P9WNP7
M
 
I
K
 
Q
N
 
R
I
 
V
A
 
G
V
 
V
I
 
V
G
 
G
A
 
A
G
 
G
T
 
Q
M
 
M
G
 
G
N
 
S
G
 
G
I
 
I
A
 
A
H
 
E
V
 
V
F
 
S
A
 
A
Q
 
R
H
 
A
G
 
G
Y
 
V
K
 
E
V
 
V
K
 
T
L
 
V
I
 
F
D
 
E
V
 
P
N
 
A
Q
 
E
A
 
A
S
 
L
L
 
I
N
 
T
K
 
A
G
 
G
L
 
R
A
 
N
T
 
R
I
 
I
A
 
V
S
 
K
N
 
S
L
 
L
D
 
E
R
 
R
M
 
A
V
 
V
A
 
S
K
 
A
E
 
G
K
 
K
I
 
V
T
 
T
Q
 
E
Q
 
R
I
 
E
K
 
R
N
 
D
N
 
R
T
 
A
L
 
L
S
 
G
Q
 
L
I
 
L
R
 
-
T
 
T
F
 
F
T
 
T
E
 
T
I
 
D
K
 
L
D
 
N
G
 
D
V
 
L
A
 
S
E
 
D
V
 
R
D
 
Q
L
 
L
V
 
V
V
 
I
E
 
E
A
 
A
A
 
V
T
 
V
E
 
E
N
 
D
L
 
E
D
 
A
I
 
V
K
 
K
L
 
S
D
 
E
I
 
I
F
 
F
K
 
A
T
 
E
L
 
L
D
 
D
E
 
R
H
 
V
C
 
V
-
 
T
E
 
D
T
 
P
S
 
D
T
 
A
I
 
V
L
 
L
A
 
A
S
 
S
N
 
N
T
 
T
S
|
S
S
 
S
I
 
I
S
 
P
I
 
I
T
 
M
Q
 
K
I
 
V
G
 
A
A
 
A
A
 
A
T
 
T
N
 
K
R
 
Q
P
 
P
D
 
Q
K
 
R
V
 
V
I
 
L
G
 
G
M
 
L
H
 
H
F
 
F
M
 
F
N
 
N
P
 
P
V
 
V
P
 
P
I
 
V
M
 
L
R
 
P
L
 
L
V
 
V
E
 
E
I
 
L
I
 
V
R
 
R
G
 
T
Y
 
L
S
 
V
T
 
T
S
 
D
D
 
E
E
 
A
V
 
A
T
 
A
N
 
A
T
 
R
I
 
T
M
 
E
E
 
E
L
 
F
S
 
A
K
 
S
N
 
T
-
 
V
L
 
L
G
 
G
K
 
K
T
 
Q
A
 
V
T
 
V
E
 
R
V
 
C
N
 
S
D
 
D
Y
 
R
P
 
S
G
 
G
F
 
F
V
 
V
A
 
V
N
 
N
R
 
A
I
 
L
L
 
L
M
 
V
P
 
P
M
 
Y
I
 
L
N
 
L
E
 
S
A
 
A
I
 
I
E
 
R
T
 
M
L
 
V
Y
 
E
H
 
A
Q
 
G
V
 
F
A
 
A
G
 
T
V
 
V
Q
 
E
E
 
D
I
 
V
D
 
D
T
 
K
V
 
A
M
 
V
K
 
V
L
 
A
G
 
G
M
 
L
A
 
S
H
 
H
P
 
P
M
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
L
Q
 
R
L
 
L
A
 
S
D
 
D
F
 
L
I
 
V
G
 
G
L
 
L
D
 
D
V
 
T
C
 
L
L
 
K
S
 
L
I
 
I
L
 
A
K
 
D
V
 
K
M
 
M
Y
 
F
Q
 
E
G
 
E
F
 
F
K
 
K
N
 
E
P
 
P
K
 
H
Y
 
Y
A
 
G
P
 
P
C
 
P
P
 
P
L
 
L
L
 
L
V
 
L
N
 
R
M
 
M
V
 
V
M
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
L
 
L
G
 
G
V
 
K
K
 
K
S
 
S
G
 
G
E
 
R
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
D
 
T
Y
 
Y

6iunB Crystal structure of enoyl-coa hydratase (ech) from ralstonia eutropha h16 in complex with NAD
34% identity, 97% coverage: 1:286/295 of query aligns to 291:571/692 of 6iunB

query
sites
6iunB
M
 
I
K
 
E
N
 
K
I
 
V
A
 
A
V
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
T
|
T
M
|
M
G
 
G
N
 
G
G
 
G
I
 
I
A
 
S
H
 
M
V
 
N
F
 
F
A
 
L
Q
 
N
H
 
A
G
 
G
Y
 
I
K
 
P
V
 
V
K
 
T
L
 
I
I
 
L
D
x
E
V
x
T
N
 
K
Q
 
Q
A
 
E
S
 
A
L
 
L
N
 
D
K
 
R
G
 
G
L
 
V
A
 
G
T
 
I
I
 
I
A
 
R
S
 
K
N
 
N
L
 
Y
D
 
E
R
 
N
M
 
S
V
 
A
A
 
K
K
 
K
E
 
G
K
 
K
I
 
L
T
 
T
Q
 
Q
Q
 
E
I
 
K
-
 
V
-
 
E
-
 
Q
K
 
R
N
 
M
N
 
G
T
 
L
L
 
L
S
 
S
Q
 
T
I
 
T
R
 
L
T
 
S
F
x
Y
T
 
D
E
 
D
I
 
L
K
 
K
D
 
D
G
 
-
V
 
-
A
 
-
E
 
-
V
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
I
V
 
I
E
 
E
A
|
A
A
x
V
T
 
F
E
|
E
N
 
E
L
 
M
D
 
G
I
x
V
K
 
K
L
 
E
D
 
T
I
x
V
F
 
F
K
 
K
T
 
K
L
 
L
D
 
D
E
 
E
H
 
V
C
 
A
E
 
K
T
 
Q
S
 
G
T
 
A
I
 
I
L
 
L
A
 
A
S
 
S
N
|
N
T
 
T
S
|
S
S
 
T
I
 
L
S
 
D
I
 
V
T
 
N
Q
 
K
I
 
I
G
 
A
A
 
S
A
 
F
T
 
T
N
 
K
R
 
R
P
 
P
D
 
Q
K
 
D
V
 
V
I
 
V
G
 
G
M
 
M
H
|
H
F
 
F
M
 
F
N
 
S
P
 
P
V
 
A
P
 
N
I
 
V
M
 
M
R
 
K
L
 
L
V
 
L
E
|
E
I
 
V
I
 
V
R
 
R
G
 
G
Y
 
E
S
 
K
T
 
T
S
 
G
D
 
K
E
 
D
V
 
V
T
 
L
N
 
A
T
 
T
I
 
V
M
 
M
E
 
Q
L
 
V
S
 
G
K
 
K
N
 
K
L
 
I
G
 
K
K
 
K
T
 
T
A
 
A
T
 
V
E
 
V
V
 
S
N
 
G
D
 
V
Y
 
C
P
 
D
G
 
G
F
 
F
V
 
I
A
 
G
N
|
N
R
 
R
I
 
M
L
 
I
M
 
E
P
 
Q
M
 
Y
I
 
S
N
 
R
E
 
Q
A
 
A
I
 
-
E
 
G
T
 
Y
L
 
L
Y
 
L
H
 
D
Q
 
E
V
 
G
A
 
A
G
 
L
V
 
P
Q
 
E
E
 
Q
I
 
V
D
 
D
-
 
K
T
 
A
V
 
I
M
 
E
K
 
K
L
 
F
G
 
G
M
 
F
A
 
A
H
 
-
P
 
-
M
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
F
Q
 
R
L
 
M
A
 
G
D
 
D
F
 
L
I
 
A
G
 
G
L
 
N
D
 
D
V
 
I
C
 
G
L
 
W
S
 
A
I
 
I
L
 
R
K
 
K
V
 
R
M
 
R
Y
 
A
Q
 
V
G
 
D
F
 
K
K
 
P
N
 
E
P
 
I
K
 
Q
Y
 
Y
A
 
S
P
 
K
-
 
T
C
 
A
P
 
D
L
 
L
L
 
L
V
 
C
N
 
E
M
 
M
V
 
-
M
 
-
A
 
-
G
 
G
K
 
R
L
 
F
G
 
G
V
 
Q
K
 
K
S
 
T
G
 
G
E
 
A
G
 
G
F
 
W
Y
 
Y
D
 
D
Y
 
Y
S
 
K
Q
 
A
G
 
G
K
 
D
K
 
R

Sites not aligning to the query:

6yswA E. Coli anaerobic trifunctional enzyme subunit-alpha in complex with coenzyme a
37% identity, 90% coverage: 24:289/295 of query aligns to 329:592/707 of 6yswA

query
sites
6yswA
G
 
G
Y
 
I
K
 
P
V
 
V
K
 
R
L
 
I
I
 
K
D
 
D
V
 
I
N
 
N
Q
 
P
A
 
Q
S
 
G
L
 
I
N
 
N
K
 
H
G
 
A
L
 
L
A
 
K
T
 
Y
I
 
S
A
 
W
S
 
D
N
 
Q
L
 
L
D
 
E
R
 
G
M
 
K
V
 
V
A
 
R
K
 
R
E
 
R
K
 
H
I
 
L
T
 
K
Q
 
A
Q
 
S
I
 
E
K
 
R
N
 
D
N
 
K
T
 
Q
L
 
L
S
 
A
Q
 
L
I
 
I
R
 
S
T
 
G
F
 
T
T
 
T
E
 
D
I
 
Y
K
 
R
D
 
-
G
 
G
V
 
F
A
 
A
E
 
H
V
 
R
D
 
D
L
 
L
V
 
I
V
 
I
E
 
E
A
 
A
A
 
V
T
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
L
D
 
E
I
 
L
K
 
K
L
 
Q
D
 
Q
I
 
M
F
 
V
K
 
A
T
 
E
L
 
V
D
 
E
E
 
Q
H
 
N
C
 
C
E
 
A
T
 
A
S
 
H
T
 
T
I
 
I
L
 
F
A
 
A
S
 
S
N
 
N
T
 
T
S
|
S
S
 
S
I
 
L
S
 
P
I
 
I
T
 
G
Q
 
D
I
 
I
G
 
A
A
 
A
A
 
H
T
 
A
N
 
T
R
 
R
P
 
P
D
 
E
K
 
Q
V
 
V
I
 
I
G
 
G
M
 
L
H
|
H
F
 
F
M
 
F
N
 
S
P
 
P
V
 
V
P
 
E
I
 
K
M
 
M
R
 
P
L
 
L
V
 
V
E
|
E
I
 
I
I
 
I
R
 
P
G
 
H
Y
 
A
S
 
G
T
 
T
S
 
S
D
 
A
E
 
Q
V
 
T
T
 
I
N
 
A
T
 
T
I
 
T
M
 
V
E
 
K
L
 
L
S
 
A
K
 
K
N
 
K
L
 
Q
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
P
T
 
I
E
 
V
V
 
V
N
 
R
D
 
D
Y
 
K
P
 
A
G
 
G
F
 
F
V
 
Y
A
 
V
N
|
N
R
 
R
I
 
I
L
 
L
M
 
A
P
 
P
M
 
Y
I
 
I
N
 
N
E
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
R
T
 
M
L
 
L
Y
 
T
H
 
-
Q
 
Q
V
 
G
A
 
E
G
 
R
V
 
V
Q
 
E
E
 
H
I
 
I
D
 
D
T
 
A
V
 
A
M
 
L
-
 
V
K
 
K
L
 
F
G
 
G
M
 
F
A
 
-
H
 
-
P
 
P
M
 
V
G
 
G
P
 
P
L
 
I
Q
 
Q
L
 
L
A
 
L
D
 
D
F
 
E
I
 
V
G
 
G
L
 
I
D
 
D
V
 
T
C
 
G
L
 
T
S
 
K
I
 
I
L
 
I
K
 
P
V
 
V
M
 
L
Y
 
E
Q
 
A
G
 
A
F
 
Y
K
 
G
N
 
E
P
 
R
K
 
F
Y
 
S
A
 
A
P
 
P
C
 
A
P
 
N
L
 
V
L
 
V
V
 
S
N
 
S
M
 
I
V
 
L
M
 
N
A
 
D
G
 
D
K
 
R
L
 
K
G
 
G
V
 
R
K
 
K
S
 
N
G
 
G
E
 
R
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
D
 
L
Y
 
Y
S
 
G
Q
 
Q
-
 
K
G
 
G
K
 
R
K
 
K
A
 
S
E
 
K
K
 
K

Sites not aligning to the query:

4om8A Crystal structure of 5-formly-3-hydroxy-2-methylpyridine 4-carboxylic acid (fhmpc) 5-dehydrogenase, an NAD+ dependent dismutase. (see paper)
32% identity, 99% coverage: 1:292/295 of query aligns to 2:300/309 of 4om8A

query
sites
4om8A
M
 
I
K
 
R
N
 
N
I
 
I
A
 
A
V
 
I
I
 
I
G
 
G
A
 
L
G
|
G
T
|
T
M
|
M
G
 
G
N
 
P
G
 
G
I
 
M
A
 
A
H
 
A
V
 
R
F
 
L
A
 
A
Q
 
R
H
 
G
G
 
G
Y
 
L
K
 
Q
V
 
V
K
 
V
L
 
A
I
x
Y
D
|
D
V
|
V
N
 
A
Q
 
P
A
 
A
S
 
A
L
 
I
N
 
E
K
 
R
G
 
A
-
 
R
-
 
S
-
 
M
L
 
L
A
 
S
T
 
V
I
 
A
A
 
E
S
 
T
N
 
V
L
 
L
D
 
D
R
 
-
M
 
-
V
 
-
A
 
-
K
 
-
E
 
-
K
 
A
I
 
L
T
 
G
Q
 
I
Q
 
A
I
 
L
K
 
P
N
 
S
N
 
A
T
 
G
L
 
V
S
 
G
Q
 
T
I
 
V
R
 
R
T
 
F
F
 
T
T
 
D
E
 
D
I
 
I
K
 
G
D
 
D
G
 
A
V
 
V
A
 
S
E
 
G
V
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
V
V
 
I
E
 
E
A
x
N
A
x
V
T
x
P
E
|
E
N
 
N
L
 
I
D
 
S
I
 
I
K
|
K
L
 
A
D
 
D
I
 
V
F
 
Y
K
 
R
T
 
T
L
 
I
D
 
D
E
 
G
H
 
L
C
 
I
E
 
G
T
 
Q
S
 
D
T
 
T
I
 
I
L
 
V
A
 
A
S
 
S
N
x
D
T
 
T
S
|
S
S
 
G
I
 
I
S
 
P
I
 
I
T
 
T
Q
 
K
I
 
L
G
 
Q
A
 
A
A
 
H
T
 
I
N
 
S
R
 
Y
P
 
P
D
 
E
K
 
R
V
 
M
I
 
V
G
 
G
M
 
M
H
|
H
F
 
W
M
 
S
N
 
N
P
 
P
V
 
P
P
 
H
I
 
I
M
 
I
R
 
P
L
 
M
V
 
I
E
|
E
I
 
V
I
 
I
R
 
A
G
 
G
Y
 
E
S
 
K
T
 
T
S
 
A
D
 
P
E
 
Q
V
 
T
T
 
V
N
 
A
T
 
T
I
 
I
M
 
R
E
 
D
L
 
L
S
 
I
K
 
R
N
 
S
L
 
I
G
 
G
K
 
L
T
 
L
A
 
P
T
 
V
E
 
V
V
 
V
-
 
K
N
 
K
D
 
D
Y
 
V
P
 
P
G
 
G
F
 
F
V
 
V
A
 
E
N
|
N
R
 
R
I
 
V
L
 
L
M
 
Y
P
 
A
M
 
L
I
 
L
N
 
R
E
 
E
A
 
A
I
 
V
E
 
D
T
 
L
L
 
V
Y
 
E
H
 
R
Q
 
G
V
 
V
A
 
I
G
 
D
V
 
P
Q
 
E
E
 
D
I
 
L
D
 
D
T
 
T
V
 
C
M
 
V
K
 
S
L
 
W
G
 
G
M
 
I
A
 
G
H
 
Y
P
 
K
-
 
I
-
 
A
-
 
V
M
 
I
G
 
G
P
 
P
L
 
M
Q
 
A
L
 
L
A
 
L
D
 
D
F
 
M
I
 
A
G
 
G
L
 
L
D
 
D
V
 
I
C
 
Y
L
 
K
S
 
S
I
 
V
L
 
S
K
 
S
V
 
F
M
 
L
Y
 
N
Q
 
A
G
 
D
F
 
L
K
 
S
N
 
N
P
 
-
K
 
R
Y
 
D
A
 
D
P
 
V
C
 
A
P
 
P
L
 
M
L
 
V
V
 
L
N
 
E
M
 
K
V
 
T
M
 
S
A
 
A
G
 
S
K
 
K
L
 
F
G
 
G
V
 
I
K
 
K
S
 
S
G
 
G
E
 
E
G
 
G
F
 
M
Y
 
F
D
 
C
Y
 
Y
S
 
T
-
 
P
-
 
E
-
 
Q
-
 
T
-
 
K
-
 
A
-
 
L
Q
 
Q
G
 
A
K
 
E
K
 
R
A
 
A
E
 
R
K
 
K
V
 
L
S
 
V
A
 
A

Q988C8 5-formyl-3-hydroxy-2-methylpyridine 4-carboxylate 5-dehydrogenase; FHMPC dehydrogenase; EC 1.2.1.100 from Mesorhizobium japonicum (strain LMG 29417 / CECT 9101 / MAFF 303099) (Mesorhizobium loti (strain MAFF 303099)) (see 2 papers)
32% identity, 99% coverage: 1:292/295 of query aligns to 2:300/309 of Q988C8

query
sites
Q988C8
M
 
I
K
 
R
N
 
N
I
 
I
A
 
A
V
 
I
I
 
I
G
 
G
A
 
L
G
 
G
T
|
T
M
|
M
G
 
G
N
 
P
G
 
G
I
 
M
A
 
A
H
 
A
V
 
R
F
 
L
A
 
A
Q
 
R
H
 
G
G
 
G
Y
 
L
K
 
Q
V
 
V
K
 
V
L
 
A
I
 
Y
D
|
D
V
 
V
N
 
A
Q
 
P
A
 
A
S
 
A
L
 
I
N
 
E
K
 
R
G
 
A
-
 
R
-
 
S
-
 
M
L
 
L
A
 
S
T
 
V
I
 
A
A
 
E
S
 
T
N
 
V
L
 
L
D
 
D
R
 
-
M
 
-
V
 
-
A
 
-
K
 
-
E
 
-
K
 
A
I
 
L
T
 
G
Q
 
I
Q
 
A
I
 
L
K
 
P
N
 
S
N
 
A
T
 
G
L
 
V
S
 
G
Q
 
T
I
 
V
R
 
R
T
 
F
F
 
T
T
 
D
E
 
D
I
 
I
K
 
G
D
 
D
G
 
A
V
 
V
A
 
S
E
 
G
V
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
V
V
 
I
E
 
E
A
 
N
A
x
V
T
x
P
E
|
E
N
 
N
L
 
I
D
 
S
I
 
I
K
|
K
L
 
A
D
 
D
I
 
V
F
 
Y
K
 
R
T
 
T
L
 
I
D
 
D
E
 
G
H
 
L
C
 
I
E
 
G
T
 
Q
S
 
D
T
 
T
I
 
I
L
 
V
A
 
A
S
 
S
N
 
D
T
 
T
S
 
S
S
 
G
I
 
I
S
 
P
I
 
I
T
 
T
Q
 
K
I
 
L
G
 
Q
A
 
A
A
 
H
T
 
I
N
 
S
R
 
Y
P
 
P
D
 
E
K
 
R
V
 
M
I
 
V
G
 
G
M
 
M
H
|
H
F
 
W
M
 
S
N
 
N
P
 
P
V
 
P
P
 
H
I
 
I
M
 
I
R
 
P
L
 
M
V
 
I
E
|
E
I
 
V
I
 
I
R
 
A
G
 
G
Y
 
E
S
 
K
T
 
T
S
 
A
D
 
P
E
 
Q
V
 
T
T
 
V
N
 
A
T
 
T
I
 
I
M
 
R
E
 
D
L
 
L
S
 
I
K
 
R
N
 
S
L
 
I
G
 
G
K
 
L
T
 
L
A
 
P
T
 
V
E
 
V
V
 
V
-
 
K
N
 
K
D
 
D
Y
 
V
P
 
P
G
 
G
F
 
F
V
 
V
A
 
E
N
 
N
R
 
R
I
 
V
L
 
L
M
 
Y
P
 
A
M
 
L
I
 
L
N
 
R
E
 
E
A
 
A
I
 
V
E
 
D
T
 
L
L
 
V
Y
 
E
H
 
R
Q
 
G
V
 
V
A
 
I
G
 
D
V
 
P
Q
 
E
E
 
D
I
 
L
D
 
D
T
 
T
V
 
C
M
 
V
K
 
S
L
 
W
G
 
G
M
 
I
A
 
G
H
 
Y
P
 
K
-
 
I
-
 
A
-
 
V
M
 
I
G
 
G
P
 
P
L
 
M
Q
 
A
L
 
L
A
 
L
D
 
D
F
 
M
I
 
A
G
 
G
L
 
L
D
 
D
V
 
I
C
 
Y
L
 
K
S
 
S
I
 
V
L
 
S
K
 
S
V
 
F
M
 
L
Y
 
N
Q
 
A
G
 
D
F
 
L
K
 
S
N
 
N
P
 
-
K
 
R
Y
 
D
A
 
D
P
 
V
C
 
A
P
 
P
L
 
M
L
 
V
V
 
L
N
 
E
M
 
K
V
 
T
M
 
S
A
 
A
G
 
S
K
 
K
L
 
F
G
 
G
V
 
I
K
 
K
S
 
S
G
 
G
E
 
E
G
 
G
F
 
M
Y
 
F
D
 
C
Y
 
Y
S
 
T
-
 
P
-
 
E
-
 
Q
-
 
T
-
 
K
-
 
A
-
 
L
Q
 
Q
G
 
A
K
 
E
K
 
R
A
 
A
E
 
R
K
 
K
V
 
L
S
 
V
A
 
A

8oqsB Structure of mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctional enzyme in complex with fragment-m-83 (see paper)
34% identity, 97% coverage: 1:287/295 of query aligns to 340:628/735 of 8oqsB

query
sites
8oqsB
M
 
I
K
 
K
N
 
R
I
 
I
A
 
G
V
 
V
I
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
T
 
M
M
 
M
G
 
G
N
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
H
 
Y
V
 
V
F
 
S
A
 
A
Q
 
K
H
 
A
G
 
G
Y
 
Y
K
 
E
V
 
V
K
 
V
L
 
L
I
 
K
D
 
D
V
 
V
N
 
S
Q
 
L
A
 
E
S
 
A
L
 
A
N
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
K
A
 
G
T
 
Y
I
 
S
A
 
E
S
 
K
N
 
L
L
 
E
D
 
A
R
 
K
M
 
A
V
 
L
A
 
E
K
 
R
E
 
G
K
 
R
I
 
T
T
 
T
Q
 
Q
Q
 
E
I
 
R
K
 
S
N
 
D
N
 
A
T
 
L
L
 
L
S
 
A
Q
 
R
I
 
I
R
 
T
T
 
P
F
 
T
T
 
A
E
 
D
I
 
A
K
 
A
D
 
D
G
 
-
V
 
F
A
 
K
E
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
F
V
 
V
V
 
I
E
 
E
A
 
A
A
 
V
T
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
Q
D
 
E
I
 
L
K
 
K
L
 
H
D
 
K
I
 
V
F
 
F
K
 
G
T
 
E
L
 
I
D
 
E
E
 
D
H
 
I
C
 
V
E
 
E
T
 
P
S
 
N
T
 
A
I
 
I
L
 
L
A
 
G
S
 
S
N
 
N
T
 
T
S
|
S
S
x
T
I
 
L
S
 
P
I
 
I
T
 
T
Q
 
G
I
 
L
G
 
A
A
 
T
A
 
G
T
 
V
N
 
K
R
 
R
P
 
Q
D
 
E
K
 
D
V
 
F
I
 
I
G
 
G
M
 
I
H
 
H
F
 
F
M
 
F
N
 
S
P
 
P
V
 
V
P
 
D
I
 
K
M
|
M
R
x
P
L
 
L
V
 
V
E
 
E
I
 
I
I
 
I
R
 
K
G
 
G
Y
 
E
S
 
K
T
 
T
S
 
S
D
 
D
E
 
E
V
 
A
T
 
L
N
 
A
T
 
R
I
 
V
M
 
F
E
 
D
L
 
Y
S
 
T
K
 
L
N
 
A
L
 
I
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
P
T
 
I
E
 
V
V
 
V
N
 
N
D
 
D
Y
 
S
P
 
R
G
|
G
F
 
F
V
 
F
A
 
T
N
x
S
R
 
R
I
 
V
L
 
I
M
 
G
P
 
T
M
 
F
I
 
V
N
|
N
E
 
E
A
 
A
I
 
L
E
 
A
T
 
M
L
 
L
Y
 
G
H
 
E
Q
 
G
V
 
V
A
 
-
G
 
-
V
 
-
Q
 
-
E
 
E
I
 
P
D
 
A
T
 
S
V
 
I
M
 
E
K
 
Q
L
 
A
G
 
G
-
 
S
-
 
Q
M
 
A
A
 
G
H
 
Y
P
|
P
M
 
A
G
 
P
P
 
P
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
A
 
S
D
 
D
F
 
E
I
 
L
G
 
N
L
 
L
D
 
E
V
 
L
C
x
M
L
 
H
S
 
K
I
|
I
L
 
A
K
 
V
V
 
A
M
 
T
Y
 
R
Q
 
K
G
 
G
F
 
V
K
 
E
N
 
D
P
 
A
-
 
G
-
 
G
K
 
T
Y
 
Y
A
 
Q
P
 
P
C
 
H
P
 
P
-
 
A
-
 
E
-
 
A
L
 
V
L
 
V
V
 
E
N
 
K
M
 
M
V
 
I
M
 
E
A
 
L
G
 
G
K
 
R
L
 
S
G
 
G
V
 
R
K
 
L
S
 
K
G
 
G
E
 
A
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
D
 
E
Y
 
Y
S
 
A
Q
 
D
G
 
G
K
 
K
K
 
R
A
 
S

Sites not aligning to the query:

7o4uA Structure of the alpha subunit of mycobacterium tuberculosis beta- oxidation trifunctional enzyme in complex with oxidized nicotinamide adenine dinucleotide (see paper)
34% identity, 97% coverage: 1:287/295 of query aligns to 316:604/711 of 7o4uA

query
sites
7o4uA
M
 
I
K
 
K
N
 
R
I
 
I
A
 
G
V
 
V
I
 
L
G
 
G
A
|
A
G
 
G
T
x
M
M
|
M
G
 
G
N
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
H
 
Y
V
 
V
F
 
S
A
 
A
Q
 
K
H
 
A
G
 
G
Y
 
Y
K
 
E
V
 
V
K
 
V
L
 
L
I
 
K
D
|
D
V
|
V
N
 
S
Q
 
L
A
 
E
S
 
A
L
 
A
N
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
K
A
 
G
T
 
Y
I
 
S
A
 
E
S
 
K
N
 
L
L
 
E
D
 
A
R
 
K
M
 
A
V
 
L
A
 
E
K
 
R
E
 
G
K
 
R
I
 
T
T
 
T
Q
 
Q
Q
 
E
I
 
R
K
 
S
N
 
D
N
 
A
T
 
L
L
 
L
S
 
A
Q
 
R
I
 
I
R
 
T
T
 
P
F
 
T
T
 
A
E
 
D
I
 
A
K
 
A
D
 
D
G
 
-
V
 
F
A
 
K
E
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
F
V
 
V
V
 
I
E
 
E
A
 
A
A
x
V
T
x
F
E
|
E
N
 
N
L
 
Q
D
 
E
I
 
L
K
 
K
L
 
H
D
 
K
I
 
V
F
 
F
K
 
G
T
 
E
L
 
I
D
 
E
E
 
D
H
 
I
C
 
V
E
 
E
T
 
P
S
 
N
T
 
A
I
 
I
L
 
L
A
 
G
S
 
S
N
|
N
T
 
T
S
 
S
S
 
T
I
 
L
S
 
P
I
 
I
T
 
T
Q
 
G
I
 
L
G
 
A
A
 
T
A
 
G
T
 
V
N
 
K
R
 
R
P
 
Q
D
 
E
K
 
D
V
 
F
I
 
I
G
 
G
M
 
I
H
|
H
F
 
F
M
 
F
N
 
S
P
 
P
V
 
V
P
 
D
I
 
K
M
 
M
R
 
P
L
 
L
V
 
V
E
 
E
I
 
I
I
 
I
R
 
K
G
 
G
Y
 
E
S
 
K
T
 
T
S
 
S
D
 
D
E
 
E
V
 
A
T
 
L
N
 
A
T
 
R
I
 
V
M
 
F
E
 
D
L
 
Y
S
 
T
K
 
L
N
 
A
L
 
I
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
P
T
 
I
E
 
V
V
 
V
N
 
N
D
 
D
Y
 
S
P
 
R
G
 
G
F
 
F
V
 
F
A
 
T
N
 
S
R
 
R
I
 
V
L
 
I
M
 
G
P
 
T
M
 
F
I
 
V
N
 
N
E
 
E
A
 
A
I
 
L
E
 
A
T
 
M
L
 
L
Y
 
G
H
 
E
Q
 
G
V
 
V
A
 
-
G
 
-
V
 
-
Q
 
-
E
 
E
I
 
P
D
 
A
T
 
S
V
 
I
M
 
E
K
 
Q
L
 
A
G
 
G
-
 
S
-
 
Q
M
 
A
A
 
G
H
 
Y
P
 
P
M
 
A
G
 
P
P
 
P
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
A
 
S
D
 
D
F
 
E
I
 
L
G
 
N
L
 
L
D
 
E
V
 
L
C
 
M
L
 
H
S
 
K
I
 
I
L
 
A
K
 
V
V
 
A
M
 
T
Y
 
R
Q
 
K
G
 
G
F
 
V
K
 
E
N
 
D
P
 
A
-
 
G
-
 
G
K
 
T
Y
 
Y
A
 
Q
P
 
P
C
 
H
P
 
P
-
 
A
-
 
E
-
 
A
L
 
V
L
 
V
V
 
E
N
 
K
M
 
M
V
 
I
M
 
E
A
 
L
G
 
G
K
 
R
L
 
S
G
 
G
V
 
R
K
 
L
S
 
K
G
 
G
E
 
A
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
D
 
E
Y
 
Y
S
 
A
Q
 
D
G
 
G
K
 
K
K
 
R
A
 
S

8oqlA Structure of mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctional enzyme in complex with fragment-m-1 (see paper)
34% identity, 97% coverage: 1:287/295 of query aligns to 333:621/728 of 8oqlA

query
sites
8oqlA
M
 
I
K
 
K
N
 
R
I
 
I
A
 
G
V
 
V
I
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
T
 
M
M
 
M
G
 
G
N
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
H
 
Y
V
 
V
F
 
S
A
 
A
Q
 
K
H
 
A
G
 
G
Y
 
Y
K
 
E
V
 
V
K
 
V
L
 
L
I
x
K
D
|
D
V
|
V
N
 
S
Q
 
L
A
 
E
S
 
A
L
 
A
N
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
K
A
 
G
T
 
Y
I
 
S
A
 
E
S
 
K
N
 
L
L
 
E
D
 
A
R
 
K
M
 
A
V
 
L
A
 
E
K
 
R
E
 
G
K
 
R
I
 
T
T
 
T
Q
 
Q
Q
 
E
I
 
R
K
 
S
N
 
D
N
 
A
T
 
L
L
 
L
S
 
A
Q
 
R
I
 
I
R
 
T
T
 
P
F
 
T
T
 
A
E
 
D
I
 
A
K
 
A
D
 
D
G
 
-
V
 
F
A
 
K
E
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
F
V
 
V
V
 
I
E
 
E
A
 
A
A
 
V
T
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
Q
D
 
E
I
 
L
K
 
K
L
 
H
D
 
K
I
x
V
F
 
F
K
 
G
T
 
E
L
 
I
D
 
E
E
 
D
H
 
I
C
 
V
E
 
E
T
 
P
S
 
N
T
 
A
I
 
I
L
 
L
A
 
G
S
 
S
N
 
N
T
 
T
S
 
S
S
 
T
I
 
L
S
 
P
I
 
I
T
 
T
Q
 
G
I
 
L
G
 
A
A
 
T
A
 
G
T
 
V
N
 
K
R
 
R
P
 
Q
D
 
E
K
 
D
V
 
F
I
 
I
G
 
G
M
 
I
H
 
H
F
 
F
M
 
F
N
 
S
P
 
P
V
 
V
P
x
D
I
x
K
M
|
M
R
x
P
L
 
L
V
 
V
E
 
E
I
 
I
I
 
I
R
 
K
G
 
G
Y
 
E
S
 
K
T
 
T
S
 
S
D
 
D
E
 
E
V
 
A
T
 
L
N
 
A
T
 
R
I
 
V
M
 
F
E
 
D
L
 
Y
S
 
T
K
 
L
N
 
A
L
 
I
G
 
G
K
|
K
T
 
T
A
 
P
T
 
I
E
 
V
V
 
V
N
 
N
D
 
D
Y
 
S
P
 
R
G
 
G
F
 
F
V
 
F
A
 
T
N
 
S
R
 
R
I
 
V
L
 
I
M
 
G
P
 
T
M
 
F
I
 
V
N
 
N
E
 
E
A
 
A
I
 
L
E
 
A
T
 
M
L
 
L
Y
 
G
H
 
E
Q
 
G
V
 
V
A
 
-
G
 
-
V
 
-
Q
 
-
E
 
E
I
 
P
D
 
A
T
 
S
V
 
I
M
 
E
K
 
Q
L
 
A
G
 
G
-
 
S
-
 
Q
M
 
A
A
 
G
H
 
Y
P
 
P
M
 
A
G
 
P
P
 
P
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
A
 
S
D
 
D
F
 
E
I
 
L
G
 
N
L
 
L
D
 
E
V
 
L
C
 
M
L
 
H
S
 
K
I
 
I
L
 
A
K
 
V
V
 
A
M
 
T
Y
 
R
Q
 
K
G
 
G
F
 
V
K
 
E
N
 
D
P
 
A
-
 
G
-
 
G
K
 
T
Y
 
Y
A
 
Q
P
 
P
C
 
H
P
 
P
-
 
A
-
 
E
-
 
A
L
 
V
L
 
V
V
 
E
N
 
K
M
 
M
V
 
I
M
 
E
A
 
L
G
 
G
K
 
R
L
 
S
G
 
G
V
 
R
K
 
L
S
 
K
G
 
G
E
 
A
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
D
 
E
Y
 
Y
S
 
A
Q
 
D
G
 
G
K
 
K
K
 
R
A
 
S

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_054557812.1 NCBI__GCF_001306415.1:WP_054557812.1
MKNIAVIGAGTMGNGIAHVFAQHGYKVKLIDVNQASLNKGLATIASNLDRMVAKEKITQQ
IKNNTLSQIRTFTEIKDGVAEVDLVVEAATENLDIKLDIFKTLDEHCETSTILASNTSSI
SITQIGAATNRPDKVIGMHFMNPVPIMRLVEIIRGYSTSDEVTNTIMELSKNLGKTATEV
NDYPGFVANRILMPMINEAIETLYHQVAGVQEIDTVMKLGMAHPMGPLQLADFIGLDVCL
SILKVMYQGFKNPKYAPCPLLVNMVMAGKLGVKSGEGFYDYSQGKKAEKVSAQFA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory