SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_054653756.1 NCBI__GCF_002217945.1:WP_054653756.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

4ymwC Crystal structure of an amino acid abc transporter with histidines (see paper)
36% identity, 97% coverage: 7:211/212 of query aligns to 10:214/214 of 4ymwC

query
sites
4ymwC
N
 
K
Y
 
Y
G
 
T
S
 
P
L
 
L
L
 
F
L
 
I
Q
 
S
G
 
G
F
 
L
G
 
I
Q
 
M
T
 
T
L
 
L
L
 
K
C
 
L
S
 
T
V
 
F
I
 
L
A
 
A
L
 
V
V
 
T
F
 
I
S
 
G
L
 
V
I
 
L
I
 
M
G
 
G
S
 
L
M
 
F
F
 
I
A
 
A
I
 
L
F
 
M
E
 
K
T
 
M
T
 
S
P
 
S
I
 
I
K
 
K
A
 
P
L
 
I
R
 
K
V
 
L
I
 
V
A
 
A
R
 
S
I
 
S
Y
 
Y
I
 
I
E
 
E
V
 
V
F
 
I
R
 
R
N
 
G
I
 
T
P
 
P
L
 
L
L
 
L
V
 
V
I
 
Q
T
 
L
M
 
L
F
 
L
F
 
I
F
 
Y
V
 
N
V
 
G
I
 
L
P
 
M
M
 
Q
F
 
F
I
 
G
T
 
M
K
 
N
I
 
I
N
 
P
G
 
A
F
 
F
T
 
T
A
 
A
G
 
G
T
 
V
I
 
S
G
 
A
L
 
L
T
 
A
I
 
I
Y
x
N
T
 
S
S
 
S
A
 
A
F
x
Y
I
 
V
A
 
A
E
 
E
T
 
I
V
 
I
R
 
R
S
 
A
G
 
G
I
 
I
Q
 
Q
S
 
A
V
 
V
D
 
D
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
M
 
N
E
 
E
G
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
S
N
 
L
G
 
G
L
 
M
S
 
T
F
 
H
W
 
A
Q
 
M
A
 
A
M
 
M
R
 
R
Y
 
Y
I
 
V
V
 
I
L
 
I
P
 
P
Q
 
Q
A
 
A
F
 
I
R
 
K
Y
 
N
V
 
I
I
 
L
P
 
P
P
 
A
L
 
L
G
 
G
N
 
N
Q
x
E
F
 
F
I
 
I
N
 
V
L
 
M
V
 
L
K
 
K
N
x
E
S
 
S
S
 
A
V
 
I
L
 
V
A
 
S
F
 
V
V
 
I
A
 
G
G
 
F
F
 
A
D
 
D
L
 
L
M
 
T
Y
 
R
Q
 
Q
G
 
A
N
 
D
V
 
I
I
 
I
A
 
Q
S
 
S
D
 
V
S
 
T
L
 
Y
N
 
R
T
 
Y
M
 
F
S
 
E
T
 
P
Y
 
Y
I
 
I
C
 
I
I
 
I
G
 
A
I
 
A
L
 
I
Y
 
Y
L
 
F
I
 
V
I
 
M
T
 
T
L
 
L
P
 
T
L
 
F
S
 
S
Y
 
K
W
 
L
M
 
L
R
 
S
Y
 
L
L
 
F
E
 
E
K
 
R
K
 
R
L
 
L

4ymtC Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines (see paper)
36% identity, 97% coverage: 7:211/212 of query aligns to 10:214/215 of 4ymtC

query
sites
4ymtC
N
 
K
Y
 
Y
G
 
T
S
 
P
L
 
L
L
 
F
L
 
I
Q
 
S
G
 
G
F
 
L
G
 
I
Q
 
M
T
 
T
L
 
L
L
 
K
C
 
L
S
 
T
V
 
F
I
 
L
A
 
A
L
 
V
V
 
T
F
 
I
S
 
G
L
 
V
I
 
L
I
 
M
G
 
G
S
 
L
M
 
F
F
 
I
A
 
A
I
 
L
F
 
M
E
 
K
T
 
M
T
 
S
P
 
S
I
 
I
K
 
K
A
 
P
L
 
I
R
 
K
V
 
L
I
 
V
A
 
A
R
 
S
I
 
S
Y
 
Y
I
 
I
E
 
E
V
 
V
F
 
I
R
 
R
N
 
G
I
 
T
P
|
P
L
|
L
L
 
L
V
 
V
I
 
Q
T
 
L
M
 
L
F
 
L
F
 
I
F
 
Y
V
 
N
V
 
G
I
 
L
P
 
M
M
 
Q
F
 
F
I
 
G
T
 
M
K
 
N
I
 
I
N
 
P
G
 
A
F
 
F
T
 
T
A
 
A
G
 
G
T
 
V
I
 
S
G
 
A
L
 
L
T
 
A
I
 
I
Y
x
N
T
 
S
S
 
S
A
 
A
F
x
Y
I
 
V
A
 
A
E
 
E
T
 
I
V
 
I
R
 
R
S
 
A
G
 
G
I
 
I
Q
 
Q
S
 
A
V
 
V
D
 
D
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
M
 
N
E
 
E
G
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
S
N
 
L
G
 
G
L
 
M
S
 
T
F
 
H
W
 
A
Q
 
M
A
 
A
M
 
M
R
 
R
Y
 
Y
I
 
V
V
 
I
L
 
I
P
 
P
Q
 
Q
A
 
A
F
 
I
R
 
K
Y
 
N
V
 
I
I
 
L
P
 
P
P
 
A
L
 
L
G
 
G
N
 
N
Q
x
E
F
 
F
I
 
I
N
 
V
L
x
M
V
 
L
K
|
K
N
x
E
S
 
S
S
 
A
V
 
I
L
 
V
A
 
S
F
 
V
V
 
I
A
 
G
G
 
F
F
 
A
D
 
D
L
 
L
M
 
T
Y
 
R
Q
 
Q
G
 
A
N
 
D
V
 
I
I
 
I
A
 
Q
S
 
S
D
 
V
S
 
T
L
 
Y
N
 
R
T
 
Y
M
 
F
S
 
E
T
 
P
Y
 
Y
I
 
I
C
 
I
I
 
I
G
 
A
I
 
A
L
 
I
Y
 
Y
L
 
F
I
 
V
I
 
M
T
 
T
L
 
L
P
 
T
L
 
F
S
 
S
Y
 
K
W
 
L
M
 
L
R
 
S
Y
 
L
L
 
F
E
 
E
K
 
R
K
 
R
L
 
L

Query Sequence

>WP_054653756.1 NCBI__GCF_002217945.1:WP_054653756.1
MIAIFHNYGSLLLQGFGQTLLCSVIALVFSLIIGSMFAIFETTPIKALRVIARIYIEVFR
NIPLLVITMFFFVVIPMFITKINGFTAGTIGLTIYTSAFIAETVRSGIQSVDPGQMEGAR
ANGLSFWQAMRYIVLPQAFRYVIPPLGNQFINLVKNSSVLAFVAGFDLMYQGNVIASDSL
NTMSTYICIGILYLIITLPLSYWMRYLEKKLA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory