SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_058859370.1 NCBI__GCF_001482365.1:WP_058859370.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 7 hits to proteins with known functional sites (download)

3k6mC Dynamic domains of succinyl-coa:3-ketoacid-coenzyme a transferase from pig heart. (see paper)
46% identity, 81% coverage: 24:210/230 of query aligns to 250:437/466 of 3k6mC

query
sites
3k6mC
E
 
E
E
 
R
L
 
I
A
 
I
R
 
K
V
 
R
V
 
A
A
 
A
A
 
L
D
 
E
I
 
F
P
 
E
A
 
D
G
 
G
S
 
M
Y
 
Y
V
 
A
N
 
N
L
 
L
G
 
G
I
|
I
G
 
G
Q
 
I
P
 
P
T
 
L
L
 
L
V
 
A
A
 
S
N
 
N
H
 
F
L
 
I
T
 
S
A
 
P
E
 
N
H
 
M
D
 
T
V
 
V
T
 
H
L
 
L
H
 
Q
T
 
S
E
|
E
N
 
N
G
 
G
M
 
I
L
 
L
G
 
G
M
 
L
G
 
G
R
 
P
E
 
Y
A
 
P
H
 
L
G
 
Q
D
 
N
E
 
E
V
 
V
D
 
D
P
 
A
D
 
D
L
 
L
I
 
I
N
 
N
A
|
A
G
 
G
K
 
K
I
 
E
P
 
T
V
 
V
V
 
T
E
 
V
T
 
L
P
 
P
G
 
G
C
 
A
S
 
S
Y
 
Y
F
 
F
H
 
S
H
 
S
A
 
D
D
 
E
S
 
S
F
 
F
A
 
A
M
 
M
M
 
I
R
 
R
G
 
G
G
 
G
H
 
H
L
 
V
D
 
N
C
 
L
C
 
T
V
 
M
L
 
L
G
 
G
A
 
A
F
 
M
Q
 
Q
V
 
V
D
 
S
V
 
K
E
 
Y
G
 
G
N
 
D
L
 
L
A
 
A
N
 
N
W
 
W
H
 
M
T
 
I
-
 
P
G
 
G
K
 
K
P
 
-
E
 
-
A
 
L
I
 
V
P
 
K
A
 
G
V
 
M
G
 
G
G
 
G
A
 
A
M
 
M
D
 
D
L
 
L
A
x
V
T
 
S
G
 
S
A
|
A
K
 
K
Q
x
T
T
 
K
F
 
V
V
 
V
M
 
V
M
 
T
T
 
M
L
 
E
L
 
H
T
 
S
K
 
A
K
 
K
G
 
G
Q
 
N
S
 
A
-
 
H
K
 
K
L
 
I
V
 
M
E
 
E
K
 
K
C
 
C
T
 
T
M
 
L
P
 
P
L
 
L
T
 
T
G
 
G
V
 
K
G
 
Q
C
|
C
V
 
V
S
x
N
R
 
R
V
 
I
Y
 
I
T
 
T
D
 
E
R
 
K
A
 
A
V
 
V
F
 
F
L
 
D
V
 
V
D
 
D
-
 
R
E
 
K
D
 
K
G
 
G
L
 
L
S
 
T
V
 
L
R
 
I
E
 
E
T
 
L
F
 
W

Sites not aligning to the query:

1o9lA Succinate:coenzyme-a transferase (pig heart)
46% identity, 81% coverage: 24:210/230 of query aligns to 251:438/468 of 1o9lA

query
sites
1o9lA
E
 
E
E
 
R
L
 
I
A
 
I
R
 
K
V
 
R
V
 
A
A
 
A
A
 
L
D
 
E
I
 
F
P
 
E
A
 
D
G
 
G
S
 
M
Y
 
Y
V
 
A
N
 
N
L
 
L
G
 
G
I
 
I
G
 
G
Q
 
I
P
 
P
T
 
L
L
 
L
V
 
A
A
 
S
N
 
N
H
 
F
L
 
I
T
 
S
A
 
P
E
 
N
H
 
M
D
 
T
V
 
V
T
 
H
L
 
L
H
 
Q
T
 
S
E
 
E
N
 
N
G
 
G
M
 
I
L
 
L
G
 
G
M
 
L
G
 
G
R
 
P
E
 
Y
A
 
P
H
 
L
G
 
Q
D
 
N
E
 
E
V
 
V
D
 
D
P
 
A
D
 
D
L
 
L
I
 
I
N
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
I
 
E
P
 
T
V
 
V
V
 
T
E
 
V
T
 
L
P
 
P
G
 
G
C
 
A
S
 
S
Y
 
Y
F
 
F
H
 
S
H
 
S
A
 
D
D
 
E
S
 
S
F
 
F
A
 
A
M
 
M
M
 
I
R
 
R
G
 
G
G
 
G
H
 
H
L
 
V
D
 
N
C
 
L
C
 
T
V
 
M
L
 
L
G
 
G
A
 
A
F
 
M
Q
 
Q
V
 
V
D
 
S
V
 
K
E
 
Y
G
 
G
N
 
D
L
 
L
A
 
A
N
 
N
W
 
W
H
 
M
T
 
I
-
 
P
G
 
G
K
 
K
P
 
-
E
 
-
A
 
L
I
 
V
P
 
K
A
 
G
V
 
M
G
 
G
G
 
G
A
 
A
M
 
M
D
 
D
L
 
L
A
 
V
T
 
S
G
 
S
A
 
A
K
 
K
Q
 
T
T
 
K
F
 
V
V
 
V
M
 
V
M
 
T
T
 
M
L
 
E
L
 
H
T
 
S
K
 
A
K
 
K
G
 
G
Q
 
N
S
 
A
-
 
H
K
 
K
L
 
I
V
 
M
E
 
E
K
 
K
C
 
C
T
 
T
M
 
L
P
 
P
L
 
L
T
 
T
G
 
G
V
 
K
G
 
Q
C
 
C
V
 
V
S
 
N
R
 
R
V
 
I
Y
 
I
T
 
T
D
 
E
R
 
K
A
 
A
V
 
V
F
 
F
L
 
D
V
 
V
D
 
D
-
 
R
E
 
K
D
 
K
G
 
G
L
 
L
S
 
T
V
 
L
R
 
I
E
 
E
T
 
L
F
 
W

Sites not aligning to the query:

Q29551 Succinyl-CoA:3-ketoacid coenzyme A transferase 1, mitochondrial; SCOT; 3-oxoacid CoA-transferase 1; Somatic-type succinyl-CoA:3-oxoacid CoA-transferase; SCOT-s; Succinate-coenzyme A transferase; Succinyl-CoA:3-oxoacid CoA transferase; EC 2.8.3.5 from Sus scrofa (Pig) (see 3 papers)
46% identity, 81% coverage: 24:210/230 of query aligns to 303:490/520 of Q29551

query
sites
Q29551
E
 
E
E
 
R
L
 
I
A
 
I
R
 
K
V
 
R
V
 
A
A
 
A
A
 
L
D
 
E
I
 
F
P
 
E
A
 
D
G
 
G
S
 
M
Y
 
Y
V
 
A
N
 
N
L
 
L
G
 
G
I
 
I
G
 
G
Q
 
I
P
 
P
T
 
L
L
 
L
V
 
A
A
 
S
N
 
N
H
 
F
L
 
I
T
 
S
A
 
P
E
 
N
H
 
M
D
 
T
V
 
V
T
 
H
L
 
L
H
 
Q
T
 
S
E
|
E
N
 
N
G
 
G
M
 
I
L
 
L
G
 
G
M
 
L
G
 
G
R
 
P
E
 
Y
A
 
P
H
 
L
G
 
Q
D
 
N
E
 
E
V
 
V
D
 
D
P
 
A
D
 
D
L
 
L
I
 
I
N
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
I
 
E
P
 
T
V
 
V
V
 
T
E
 
V
T
 
L
P
 
P
G
 
G
C
 
A
S
 
S
Y
 
Y
F
 
F
H
 
S
H
 
S
A
 
D
D
 
E
S
 
S
F
 
F
A
 
A
M
 
M
M
 
I
R
 
R
G
 
G
G
 
G
H
 
H
L
 
V
D
 
N
C
 
L
C
 
T
V
 
M
L
 
L
G
 
G
A
 
A
F
 
M
Q
 
Q
V
 
V
D
 
S
V
 
K
E
 
Y
G
 
G
N
 
D
L
 
L
A
 
A
N
 
N
W
 
W
H
 
M
T
 
I
-
 
P
G
 
G
K
 
K
P
 
-
E
 
-
A
 
L
I
 
V
P
 
K
A
 
G
V
 
M
G
 
G
G
 
G
A
 
A
M
 
M
D
 
D
L
 
L
A
 
V
T
 
S
G
 
S
A
 
A
K
 
K
Q
 
T
T
 
K
F
 
V
V
 
V
M
 
V
M
 
T
T
 
M
L
 
E
L
 
H
T
 
S
K
 
A
K
 
K
G
 
G
Q
 
N
S
 
A
-
 
H
K
 
K
L
 
I
V
 
M
E
 
E
K
 
K
C
 
C
T
 
T
M
 
L
P
 
P
L
 
L
T
 
T
G
 
G
V
 
K
G
 
Q
C
 
C
V
 
V
S
 
N
R
 
R
V
 
I
Y
 
I
T
 
T
D
 
E
R
 
K
A
 
A
V
 
V
F
 
F
L
 
D
V
 
V
D
 
D
-
 
S
E
 
K
D
 
K
G
 
G
L
 
L
S
 
T
V
 
L
R
 
I
E
 
E
T
 
L
F
 
W

Sites not aligning to the query:

3oxoE Succinyl-coa:3-ketoacid coa transferase from pig heart covalently bound to coa (see paper)
46% identity, 83% coverage: 21:210/230 of query aligns to 243:433/462 of 3oxoE

query
sites
3oxoE
L
 
L
G
 
S
P
 
V
E
 
R
E
 
R
L
 
I
A
 
I
R
 
K
V
 
R
V
 
A
A
 
A
A
 
L
D
 
E
I
 
F
P
 
E
A
 
D
G
 
G
S
 
M
Y
 
Y
V
 
A
N
 
N
L
 
L
G
 
G
I
|
I
G
|
G
Q
x
I
P
 
P
T
 
L
L
 
L
V
 
A
A
 
S
N
 
N
H
 
F
L
 
I
T
 
S
A
 
P
E
 
N
H
 
M
D
 
T
V
 
V
T
 
H
L
 
L
H
 
Q
T
 
S
E
|
E
N
 
N
G
 
G
M
 
I
L
 
L
G
 
G
M
 
L
G
 
G
R
 
P
E
 
Y
A
 
P
H
 
L
G
 
Q
D
 
N
E
 
E
V
 
V
D
 
D
P
 
A
D
 
D
L
 
L
I
 
I
N
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
I
 
E
P
 
T
V
 
V
V
 
T
E
 
V
T
 
L
P
 
P
G
 
G
C
 
A
S
 
S
Y
 
Y
F
 
F
H
 
S
H
 
S
A
 
D
D
 
E
S
 
S
F
 
F
A
 
A
M
 
M
M
 
I
R
 
R
G
 
G
G
 
G
H
 
H
L
 
V
D
 
N
C
 
L
C
 
T
V
 
M
L
 
L
G
|
G
A
 
A
F
x
M
Q
 
Q
V
 
V
D
 
S
V
 
K
E
 
Y
G
 
G
N
 
D
L
 
L
A
 
A
N
|
N
W
 
W
H
 
M
T
x
I
-
 
P
G
 
G
K
 
K
P
 
-
E
 
-
A
 
L
I
 
V
P
 
K
A
 
G
V
x
M
G
 
G
G
 
G
A
|
A
M
 
M
D
 
D
L
 
L
A
 
V
T
 
S
G
 
S
A
 
A
K
 
K
Q
 
T
T
 
K
F
 
V
V
 
V
M
 
V
M
 
T
T
 
M
L
 
E
L
 
H
T
 
S
K
 
A
K
|
K
G
 
G
Q
 
N
S
 
A
-
 
H
K
 
K
L
 
I
V
 
M
E
 
E
K
 
K
C
 
C
T
 
T
M
 
L
P
 
P
L
 
L
T
 
T
G
 
G
V
 
K
G
 
Q
C
 
C
V
 
V
S
 
N
R
 
R
V
 
I
Y
 
I
T
 
T
D
 
E
R
 
K
A
 
A
V
 
V
F
 
F
L
 
D
V
 
V
D
 
D
-
 
R
E
 
K
D
 
K
G
 
G
L
 
L
S
 
T
V
 
L
R
 
I
E
 
E
T
 
L
F
 
W

8i3yA Crystal structure of asct from trypanosoma brucei in complex with succinyl-coa.
42% identity, 90% coverage: 18:223/230 of query aligns to 242:447/459 of 8i3yA

query
sites
8i3yA
E
 
E
H
 
H
P
 
R
L
 
T
G
 
V
P
 
T
E
 
R
E
 
R
L
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
R
V
 
A
A
 
A
A
 
L
D
 
E
I
 
F
P
 
A
A
 
N
G
 
G
S
 
M
Y
 
Y
V
 
V
N
 
N
L
 
L
G
|
G
I
|
I
G
|
G
Q
 
I
P
 
P
T
 
T
L
 
E
V
 
S
A
 
S
N
 
N
H
 
Y
L
 
I
T
 
P
A
 
A
E
 
G
H
 
V
D
 
N
V
 
V
T
 
V
L
 
L
H
 
Q
T
 
S
E
|
E
N
 
N
G
 
G
M
 
L
L
 
I
G
 
G
M
 
M
G
 
G
R
 
P
E
 
F
A
 
P
H
 
T
G
 
E
D
 
D
E
 
K
V
 
V
D
 
D
P
 
A
D
 
D
L
 
W
I
 
I
N
 
N
A
|
A
G
 
G
K
|
K
I
 
Q
P
 
T
V
 
I
V
 
S
E
 
H
T
 
L
P
 
A
G
 
G
C
 
S
S
 
A
Y
 
L
F
 
F
H
 
D
H
 
S
A
 
A
D
 
T
S
 
S
F
 
F
A
 
A
M
 
M
M
 
I
R
 
R
G
 
G
G
 
G
H
 
H
L
 
M
D
 
D
C
 
L
C
 
T
V
 
M
L
 
L
G
 
G
A
 
A
F
 
L
Q
 
E
V
 
V
D
 
A
V
 
A
E
 
N
G
 
G
N
 
D
L
 
L
A
 
A
N
|
N
W
 
F
H
 
M
T
 
I
-
 
P
G
 
G
K
 
K
P
 
L
E
 
V
A
 
K
I
 
G
P
 
P
A
 
-
V
 
-
G
|
G
G
|
G
A
|
A
M
 
M
D
 
D
L
 
L
A
 
V
T
 
S
G
 
C
A
 
G
K
 
T
Q
 
R
T
 
V
F
 
V
V
 
V
M
 
T
M
 
T
T
 
T
L
 
H
L
 
C
T
x
N
K
|
K
K
 
N
G
 
G
Q
 
D
S
 
P
K
|
K
L
 
I
V
 
V
E
 
E
K
 
R
C
 
C
T
 
R
M
 
L
P
 
P
L
 
V
T
 
T
G
 
G
V
 
K
G
 
H
C
 
C
V
 
V
S
 
C
R
 
R
V
 
I
Y
 
I
T
 
T
D
 
E
R
 
Y
A
 
A
V
 
V
F
 
F
L
 
D
V
 
V
D
 
V
E
 
D
D
 
G
G
 
R
L
 
L
S
 
V
V
 
L
R
 
K
E
 
E
T
 
I
F
 
A
-
 
E
G
 
D
T
 
T
D
 
T
F
 
V
E
 
D
E
 
Q
L
 
V
Q
 
K
E
 
K
L
 
L
V
 
T
G
 
G
L
 
V

Sites not aligning to the query:

8i3yD Crystal structure of asct from trypanosoma brucei in complex with succinyl-coa.
42% identity, 87% coverage: 24:223/230 of query aligns to 258:457/471 of 8i3yD

query
sites
8i3yD
E
 
Q
E
 
R
L
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
R
V
 
A
A
 
A
A
 
L
D
 
E
I
 
F
P
 
A
A
 
N
G
 
G
S
 
M
Y
 
Y
V
 
V
N
 
N
L
 
L
G
 
G
I
 
I
G
 
G
Q
 
I
P
 
P
T
 
T
L
 
E
V
 
S
A
 
S
N
 
N
H
 
Y
L
 
I
T
 
P
A
 
A
E
 
G
H
 
V
D
 
N
V
 
V
T
 
V
L
 
L
H
 
Q
T
 
S
E
 
E
N
 
N
G
 
G
M
 
L
L
 
I
G
 
G
M
 
M
G
 
G
R
 
P
E
 
F
A
 
P
H
 
T
G
 
E
D
 
D
E
 
K
V
 
V
D
 
D
P
 
A
D
 
D
L
 
W
I
 
I
N
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
I
 
Q
P
 
T
V
 
I
V
 
S
E
 
H
T
 
L
P
 
A
G
 
G
C
 
S
S
 
A
Y
 
L
F
 
F
H
 
D
H
 
S
A
 
A
D
 
T
S
 
S
F
 
F
A
 
A
M
 
M
M
 
I
R
 
R
G
 
G
G
 
G
H
 
H
L
 
M
D
 
D
C
 
L
C
 
T
V
 
M
L
 
L
G
 
G
A
 
A
F
 
L
Q
 
E
V
 
V
D
 
A
V
 
A
E
 
N
G
 
G
N
 
D
L
 
L
A
 
A
N
 
N
W
 
F
H
 
M
T
 
I
-
 
P
G
 
G
K
 
K
P
 
L
E
 
V
A
 
K
I
 
G
P
 
P
A
 
-
V
 
-
G
 
G
G
 
G
A
 
A
M
 
M
D
 
D
L
 
L
A
 
V
T
 
S
G
 
C
A
 
G
K
 
T
Q
 
R
T
 
V
F
 
V
V
 
V
M
 
T
M
 
T
T
 
T
L
 
H
L
 
C
T
 
N
K
 
K
K
 
N
G
 
G
Q
 
D
S
 
P
K
 
K
L
 
I
V
 
V
E
 
E
K
 
R
C
 
C
T
 
R
M
 
L
P
 
P
L
 
V
T
 
T
G
 
G
V
 
K
G
 
H
C
 
C
V
 
V
S
 
C
R
 
R
V
 
I
Y
 
I
T
 
T
D
 
E
R
 
Y
A
 
A
V
 
V
F
 
F
L
 
D
V
 
V
D
 
V
E
 
D
D
 
G
G
 
R
L
 
L
S
 
V
V
 
L
R
 
K
E
 
E
T
 
I
F
 
A
-
 
E
G
 
D
T
 
T
D
 
T
F
 
V
E
 
D
E
 
Q
L
 
V
Q
 
K
E
 
K
L
 
L
V
 
T
G
 
G
L
 
V

Sites not aligning to the query:

8i40A Crystal structure of asct from trypanosoma brucei in complex with coa.
42% identity, 87% coverage: 24:223/230 of query aligns to 254:453/467 of 8i40A

query
sites
8i40A
E
 
Q
E
 
R
L
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
R
V
 
A
A
 
A
A
 
L
D
 
E
I
 
F
P
 
A
A
 
N
G
 
G
S
 
M
Y
 
Y
V
 
V
N
 
N
L
 
L
G
 
G
I
|
I
G
 
G
Q
x
I
P
 
P
T
 
T
L
 
E
V
 
S
A
 
S
N
 
N
H
 
Y
L
 
I
T
 
P
A
 
A
E
 
G
H
 
V
D
 
N
V
 
V
T
 
V
L
 
L
H
 
Q
T
 
S
E
|
E
N
 
N
G
 
G
M
 
L
L
 
I
G
 
G
M
 
M
G
 
G
R
 
P
E
 
F
A
 
P
H
 
T
G
 
E
D
 
D
E
 
K
V
 
V
D
 
D
P
 
A
D
 
D
L
 
W
I
 
I
N
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
I
 
Q
P
 
T
V
 
I
V
 
S
E
 
H
T
 
L
P
 
A
G
 
G
C
 
S
S
 
A
Y
 
L
F
 
F
H
 
D
H
 
S
A
 
A
D
 
T
S
 
S
F
 
F
A
 
A
M
 
M
M
 
I
R
 
R
G
 
G
G
 
G
H
 
H
L
 
M
D
 
D
C
 
L
C
 
T
V
 
M
L
 
L
G
|
G
A
 
A
F
x
L
Q
 
E
V
 
V
D
 
A
V
 
A
E
 
N
G
 
G
N
 
D
L
 
L
A
 
A
N
|
N
W
 
F
H
 
M
T
 
I
-
 
P
G
 
G
K
 
K
P
 
L
E
 
V
A
 
K
I
 
G
P
 
P
A
 
-
V
 
-
G
 
G
G
|
G
A
 
A
M
 
M
D
 
D
L
 
L
A
 
V
T
 
S
G
 
C
A
 
G
K
 
T
Q
 
R
T
 
V
F
 
V
V
 
V
M
 
T
M
 
T
T
 
T
L
 
H
L
 
C
T
 
N
K
 
K
K
 
N
G
 
G
Q
 
D
S
 
P
K
|
K
L
 
I
V
 
V
E
 
E
K
 
R
C
 
C
T
 
R
M
 
L
P
 
P
L
 
V
T
 
T
G
 
G
V
 
K
G
 
H
C
 
C
V
 
V
S
 
C
R
 
R
V
 
I
Y
 
I
T
 
T
D
 
E
R
 
Y
A
 
A
V
 
V
F
 
F
L
 
D
V
 
V
D
 
V
E
 
D
D
 
G
G
 
R
L
 
L
S
 
V
V
 
L
R
 
K
E
 
E
T
 
I
F
 
A
-
 
E
G
 
D
T
 
T
D
 
T
F
 
V
E
 
D
E
 
Q
L
 
V
Q
 
K
E
 
K
L
 
L
V
 
T
G
 
G
L
 
V

Query Sequence

>WP_058859370.1 NCBI__GCF_001482365.1:WP_058859370.1
MSERTTREQTTAVPRTAEHPLGPEELARVVAADIPAGSYVNLGIGQPTLVANHLTAEHDV
TLHTENGMLGMGREAHGDEVDPDLINAGKIPVVETPGCSYFHHADSFAMMRGGHLDCCVL
GAFQVDVEGNLANWHTGKPEAIPAVGGAMDLATGAKQTFVMMTLLTKKGQSKLVEKCTMP
LTGVGCVSRVYTDRAVFLVDEDGLSVRETFGTDFEELQELVGLPLRPAAG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory