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SitesBLAST – Find functional sites

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Comparing WP_061532322.1 NCBI__GCF_001584165.1:WP_061532322.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1kewA The crystal structure of dtdp-d-glucose 4,6-dehydratase (rmlb) from salmonella enterica serovar typhimurium with thymidine diphosphate bound (see paper)
63% identity, 98% coverage: 2:353/359 of query aligns to 3:361/361 of 1kewA

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1kewA

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active site: T133 (= T132), D134 (= D133), E135 (= E134), L152 (vs. gap), L154 (vs. gap), F155 (= F146), T158 (= T149), Y167 (= Y158), K171 (= K162)
binding nicotinamide-adenine-dinucleotide: G10 (= G9), F11 (= F10), I12 (= I11), D32 (= D31), K33 (= K32), L34 (= L33), T35 (= T34), A37 (= A36), G38 (= G37), D58 (= D57), I59 (= I58), L80 (≠ F79), A81 (= A80), A82 (= A81), S84 (= S83), T99 (= T98), I131 (≠ V130), S132 (= S131), T133 (= T132), Y167 (= Y158), K171 (= K162), C194 (= C185), N196 (= N187), N197 (= N188)
binding thymidine-5'-diphosphate: E135 (= E134), N196 (= N187), K206 (= K197), L207 (= L198), P222 (= P213), Y224 (= Y215), R231 (= R222), N266 (= N257), R297 (= R289), H300 (= H292), Y357 (= Y349)

1keuA The crystal structure of dtdp-d-glucose 4,6-dehydratase (rmlb) from salmonella enterica serovar typhimurium with dtdp-d-glucose bound (see paper)
63% identity, 98% coverage: 2:353/359 of query aligns to 3:361/361 of 1keuA

query
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1keuA

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active site: T133 (= T132), D134 (= D133), E135 (= E134), L152 (vs. gap), L154 (vs. gap), F155 (= F146), T158 (= T149), Y167 (= Y158), K171 (= K162)
binding 2'deoxy-thymidine-5'-diphospho-alpha-d-glucose: S84 (= S83), T133 (= T132), D134 (= D133), E135 (= E134), Y167 (= Y158), N196 (= N187), K206 (= K197), L207 (= L198), P222 (= P213), Y224 (= Y215), R231 (= R222), N266 (= N257), R297 (= R289), H300 (= H292), Y357 (= Y349)
binding nicotinamide-adenine-dinucleotide: G10 (= G9), F11 (= F10), I12 (= I11), D32 (= D31), K33 (= K32), L34 (= L33), T35 (= T34), G38 (= G37), D58 (= D57), L80 (≠ F79), A81 (= A80), A82 (= A81), S84 (= S83), T99 (= T98), S132 (= S131), T133 (= T132), Y167 (= Y158), K171 (= K162), C194 (= C185), N196 (= N187), N197 (= N188)

P26391 dTDP-glucose 4,6-dehydratase; EC 4.2.1.46 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 2 papers)
63% identity, 98% coverage: 2:353/359 of query aligns to 3:361/361 of P26391

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P26391

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FI 11:12 (= FI 10:11) binding NAD(+)
DKLT 32:35 (= DKLT 31:34) binding NAD(+)
DI 58:59 (= DI 57:58) binding NAD(+)
LAAES 80:84 (≠ FAAES 79:83) binding NAD(+)
S84 (= S83) binding substrate
T99 (= T98) binding NAD(+)
T133 (= T132) binding substrate
YSASK 167:171 (= YSASK 158:162) binding NAD(+)
N196 (= N187) binding substrate
N197 (= N188) binding NAD(+)
KL 206:207 (= KL 197:198) binding substrate
PIY 222:224 (= PIY 213:215) binding substrate
R231 (= R222) binding substrate
N266 (= N257) binding substrate
DRPGH 296:300 (= DRPGH 288:292) binding substrate
Y357 (= Y349) binding substrate

P27830 dTDP-glucose 4,6-dehydratase 2; EC 4.2.1.46 from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
63% identity, 95% coverage: 2:341/359 of query aligns to 4:346/355 of P27830

query
sites
P27830

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FI 12:13 (= FI 10:11) binding NAD(+)
DKLT 33:36 (= DKLT 31:34) binding NAD(+)
DI 59:60 (= DI 57:58) binding NAD(+)
T100 (= T98) binding NAD(+)
D135 (= D133) active site, Proton donor
E136 (= E134) active site, Proton acceptor
Y160 (= Y158) active site, Proton acceptor
YSASK 160:164 (= YSASK 158:162) binding NAD(+)
N190 (= N188) binding NAD(+)

1bxkB Dtdp-glucose 4,6-dehydratase from e. Coli
61% identity, 95% coverage: 2:341/359 of query aligns to 4:340/344 of 1bxkB

query
sites
1bxkB

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active site: S125 (≠ A123), T134 (= T132), D135 (= D133), E136 (= E134), S158 (= S156), Y160 (= Y158), S161 (= S159), K164 (= K162)
binding nicotinamide-adenine-dinucleotide: G8 (= G6), G11 (= G9), F12 (= F10), I13 (= I11), D33 (= D31), K34 (= K32), L35 (= L33), T36 (= T34), A38 (= A36), G39 (= G37), D59 (= D57), I60 (= I58), L81 (≠ F79), A83 (= A81), T100 (= T98), I132 (≠ V130), S133 (= S131), T134 (= T132), K164 (= K162), C187 (= C185)

8du1A Crystal structure of NAD bound dtdp-glucose 4,6-dehydratase from elizabethkingia anophelis
53% identity, 97% coverage: 2:349/359 of query aligns to 6:360/361 of 8du1A

query
sites
8du1A

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binding nicotinamide-adenine-dinucleotide: G10 (= G6), G13 (= G9), F14 (= F10), I15 (= I11), D36 (= D31), A37 (≠ K32), L38 (= L33), T39 (= T34), G42 (= G37), D62 (= D57), I63 (= I58), L84 (≠ F79), A85 (= A80), A86 (= A81), T103 (= T98), S143 (= S131), T144 (= T132), Y169 (= Y158), K173 (= K162), C196 (= C185)

6bi4C 2.9 angstrom resolution crystal structure of dtdp-glucose 4,6- dehydratase (rfbb) from bacillus anthracis str. Ames in complex with NAD. (see paper)
49% identity, 94% coverage: 2:337/359 of query aligns to 4:311/311 of 6bi4C

query
sites
6bi4C

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6bi4B 2.9 angstrom resolution crystal structure of dtdp-glucose 4,6- dehydratase (rfbb) from bacillus anthracis str. Ames in complex with NAD. (see paper)
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6bi4B

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2hunA Crystal structure of hypothetical protein ph0414 from pyrococcus horikoshii ot3
48% identity, 93% coverage: 2:334/359 of query aligns to 4:314/329 of 2hunA

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2hunA

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1r66A Crystal structure of desiv (dtdp-glucose 4,6-dehydratase) from streptomyces venezuelae with NAD and tyd bound (see paper)
48% identity, 92% coverage: 2:332/359 of query aligns to 3:317/322 of 1r66A

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1r66A

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binding nicotinamide-adenine-dinucleotide: G10 (= G9), F11 (= F10), I12 (= I11), D37 (= D31), S38 (≠ K32), L39 (= L33), T40 (= T34), G43 (= G37), D63 (= D57), I64 (= I58), F83 (= F79), A84 (= A80), A85 (= A81), S87 (= S83), T102 (= T98), V125 (= V130), S126 (= S131), Y151 (= Y158), K155 (= K162), N181 (= N188)
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1r6dA Crystal structure of desiv double mutant (dtdp-glucose 4,6- dehydratase) from streptomyces venezuelae with NAD and dau bound (see paper)
47% identity, 92% coverage: 2:332/359 of query aligns to 3:317/322 of 1r6dA

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1r6dA

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binding 2'deoxy-thymidine-5'-diphospho-alpha-d-glucose: S87 (= S83), H88 (= H84), T127 (= T132), N128 (≠ D133), Q129 (≠ E134), Y151 (= Y158), N180 (= N187), K190 (= K197), L191 (= L198), P206 (= P213), Y208 (= Y215), R215 (= R222), N250 (= N257), R274 (= R289), H277 (= H292), Y281 (= Y296)
binding nicotinamide-adenine-dinucleotide: G10 (= G9), F11 (= F10), I12 (= I11), D37 (= D31), S38 (≠ K32), L39 (= L33), T40 (= T34), A42 (= A36), G43 (= G37), D63 (= D57), I64 (= I58), F83 (= F79), A84 (= A80), A85 (= A81), S87 (= S83), T102 (= T98), V125 (= V130), S126 (= S131), Y151 (= Y158), K155 (= K162), N181 (= N188)

1ketA The crystal structure of dtdp-d-glucose 4,6-dehydratase (rmlb) from streptococcus suis with thymidine diphosphate bound (see paper)
44% identity, 99% coverage: 2:357/359 of query aligns to 5:346/346 of 1ketA

query
sites
1ketA

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