SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_065400523.1 NCBI__GCF_001684965.1:WP_065400523.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 10 hits to proteins with known functional sites (download)

3oa4A Crystal structure of hypothetical protein bh1468 from bacillus halodurans c-125
48% identity, 99% coverage: 2:132/132 of query aligns to 4:134/138 of 3oa4A

query
sites
3oa4A
K
 
K
L
 
L
E
 
D
H
|
H
I
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
V
K
 
T
S
 
S
L
 
I
G
 
K
I
 
D
S
 
V
D
 
L
N
 
P
L
 
F
F
 
Y
A
 
V
R
 
G
L
 
S
L
 
L
G
 
K
K
 
L
D
 
K
S
 
L
Y
 
L
K
 
G
Q
 
M
E
 
E
T
 
D
V
 
L
E
 
P
R
 
S
E
 
Q
G
 
G
V
 
V
V
 
K
T
x
I
S
 
A
F
 
F
Y
 
L
E
 
E
T
 
I
G
 
G
E
 
E
S
 
S
K
 
K
I
 
I
E
|
E
L
 
L
L
 
L
E
 
E
A
 
P
S
 
L
N
 
S
P
 
E
E
 
E
S
 
S
P
 
P
I
 
I
S
 
A
K
 
K
F
 
F
I
 
I
E
 
Q
K
 
K
K
 
R
G
 
G
E
 
E
G
 
G
I
 
I
H
 
H
H
|
H
L
 
I
A
 
A
F
 
I
G
 
G
V
 
V
E
 
K
N
 
S
I
 
I
L
 
E
Q
 
E
E
 
R
V
 
I
Q
 
Q
R
 
E
L
 
V
K
 
K
K
 
E
E
 
N
G
 
G
F
 
V
Q
 
Q
F
 
M
I
 
I
S
 
N
E
 
D
E
 
E
P
 
P
K
 
V
E
 
P
G
 
G
A
 
A
D
 
R
N
 
G
K
 
A
L
 
Q
V
 
V
V
 
A
F
 
F
L
 
L
H
 
H
P
 
P
K
 
R
S
 
S
T
 
A
N
 
R
G
 
G
V
 
V
L
 
L
V
 
Y
E
|
E
L
 
F
C
 
C
Q
 
E
E
 
K
K
 
K
Q
 
E

Q96PE7 Methylmalonyl-CoA epimerase, mitochondrial; DL-methylmalonyl-CoA racemase; EC 5.1.99.1 from Homo sapiens (Human) (see paper)
40% identity, 97% coverage: 2:129/132 of query aligns to 47:175/176 of Q96PE7

query
sites
Q96PE7
K
 
R
L
 
L
E
 
N
H
|
H
I
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
A
V
 
V
K
 
P
S
 
D
L
 
L
G
 
E
I
 
K
S
 
A
D
 
A
N
 
A
L
 
F
F
 
Y
A
 
K
R
 
N
L
 
I
L
 
L
G
 
G
K
 
A
D
 
Q
S
 
V
Y
 
S
K
 
E
Q
 
A
E
 
V
T
 
P
V
 
L
E
 
P
R
 
E
E
 
H
G
 
G
V
 
V
V
 
S
T
 
V
S
 
V
F
 
F
Y
 
V
E
 
N
T
 
L
G
 
G
E
 
N
S
 
T
K
 
K
I
 
M
E
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
H
A
 
P
S
 
L
N
 
G
P
x
R
E
 
D
S
 
S
P
 
P
I
 
I
S
 
A
K
 
G
F
 
F
I
 
L
E
 
Q
K
 
K
-
 
N
K
 
K
G
 
A
E
 
G
G
 
G
I
 
M
H
 
H
H
|
H
L
 
I
A
 
C
F
 
I
G
 
E
V
 
V
E
 
D
N
 
N
I
 
I
L
 
N
Q
 
A
E
 
A
V
 
V
Q
 
M
R
 
D
L
 
L
K
 
K
K
 
K
E
 
K
G
 
K
F
 
I
Q
 
R
F
 
S
I
 
L
S
 
S
E
 
E
E
 
E
P
 
V
K
 
K
E
 
I
G
 
G
A
 
A
D
 
H
N
 
G
K
 
K
L
 
P
V
 
V
V
 
I
F
 
F
L
 
L
H
 
H
P
 
P
K
 
K
S
 
D
T
 
C
N
 
G
G
 
G
V
 
V
L
 
L
V
 
V
E
|
E
L
 
L
C
 
E
Q
 
Q

6wf6A Streptomyces coelicolor methylmalonyl-coa epimerase (see paper)
31% identity, 95% coverage: 2:127/132 of query aligns to 4:135/141 of 6wf6A

query
sites
6wf6A
K
 
R
L
 
I
E
 
D
H
|
H
I
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
C
K
 
H
S
 
D
L
 
L
G
 
D
I
 
A
S
 
T
D
 
V
N
 
E
L
 
F
F
 
Y
A
 
R
R
 
A
L
 
T
L
 
Y
G
 
G
K
 
F
D
 
E
S
 
V
Y
 
F
K
 
H
Q
 
T
E
 
E
T
 
V
V
 
N
E
 
E
R
 
E
E
 
Q
G
 
G
V
 
V
-
 
R
-
x
E
-
 
A
-
 
M
-
 
L
-
 
K
V
 
I
T
 
N
S
 
D
F
 
T
Y
 
S
E
 
D
T
 
G
G
 
G
E
 
A
S
 
S
K
 
Y
I
 
L
E
x
Q
L
 
L
L
 
L
E
 
E
A
 
P
S
 
T
N
 
R
P
 
E
E
 
D
S
 
S
P
 
A
I
 
V
S
 
G
K
 
K
F
 
W
I
 
L
E
 
A
K
 
K
K
 
N
G
 
G
E
 
E
G
 
G
I
 
V
H
 
H
H
|
H
L
 
I
A
 
A
F
 
F
G
 
G
V
 
T
E
 
A
N
 
D
I
 
V
L
 
D
Q
 
A
E
 
D
V
 
A
Q
 
A
R
 
D
L
 
I
K
 
R
K
 
D
E
 
K
G
 
G
F
 
V
Q
 
R
F
 
V
I
 
L
S
 
Y
E
 
D
E
 
E
P
 
P
K
 
R
E
 
R
G
 
G
A
 
S
D
 
M
N
 
G
K
 
S
L
 
R
V
 
I
V
 
T
F
 
F
L
 
L
H
 
H
P
 
P
K
 
K
S
 
D
T
 
C
N
 
H
G
 
G
V
 
V
L
 
L
V
 
T
E
|
E
L
 
L

6xbqA Streptomyces coelicolor methylmalonyl-coa epimerase in complex with carboxy-carba(dethia)-coa
31% identity, 95% coverage: 2:127/132 of query aligns to 4:135/144 of 6xbqA

query
sites
6xbqA
K
 
R
L
 
I
E
 
D
H
|
H
I
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
C
K
 
H
S
 
D
L
 
L
G
 
D
I
 
A
S
 
T
D
 
V
N
 
E
L
 
F
F
 
Y
A
 
R
R
 
A
L
 
T
L
 
Y
G
 
G
K
 
F
D
 
E
S
 
V
Y
 
F
K
 
H
Q
 
T
E
 
E
T
 
V
V
 
N
E
 
E
R
 
E
E
x
Q
G
 
G
V
 
V
-
 
R
-
x
E
-
 
A
-
 
M
-
 
L
-
 
K
V
 
I
T
 
N
S
 
D
F
 
T
Y
 
S
E
 
D
T
 
G
G
 
G
E
 
A
S
 
S
K
 
Y
I
 
L
E
x
Q
L
 
L
L
 
L
E
 
E
A
 
P
S
 
T
N
 
R
P
 
E
E
 
D
S
 
S
P
x
A
I
 
V
S
 
G
K
|
K
F
x
W
I
 
L
E
 
A
K
 
K
K
 
N
G
 
G
E
 
E
G
 
G
I
 
V
H
|
H
H
|
H
L
 
I
A
 
A
F
 
F
G
 
G
V
 
T
E
 
A
N
 
D
I
 
V
L
 
D
Q
 
A
E
 
D
V
 
A
Q
 
A
R
 
D
L
 
I
K
 
R
K
 
D
E
 
K
G
 
G
F
 
V
Q
 
R
F
 
V
I
x
L
S
 
Y
E
 
D
E
 
E
P
 
P
K
 
R
E
 
R
G
 
G
A
 
S
D
 
M
N
 
G
K
 
S
L
 
R
V
 
I
V
 
T
F
|
F
L
 
L
H
 
H
P
|
P
K
|
K
S
 
D
T
 
C
N
 
H
G
 
G
V
 
V
L
|
L
V
 
T
E
|
E
L
 
L

6wfiA Methylmalonyl-coa epimerase in complex with 2-nitronate-propionyl-coa (see paper)
31% identity, 95% coverage: 2:127/132 of query aligns to 4:135/144 of 6wfiA

query
sites
6wfiA
K
 
R
L
 
I
E
 
D
H
|
H
I
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
C
K
 
H
S
 
D
L
 
L
G
 
D
I
 
A
S
 
T
D
 
V
N
 
E
L
 
F
F
 
Y
A
 
R
R
 
A
L
 
T
L
 
Y
G
 
G
K
 
F
D
 
E
S
 
V
Y
 
F
K
 
H
Q
 
T
E
 
E
T
 
V
V
 
N
E
 
E
R
 
E
E
x
Q
G
 
G
V
 
V
-
 
R
-
x
E
-
 
A
-
 
M
-
 
L
-
 
K
V
 
I
T
 
N
S
 
D
F
 
T
Y
 
S
E
 
D
T
 
G
G
 
G
E
 
A
S
 
S
K
 
Y
I
 
L
E
x
Q
L
 
L
L
 
L
E
 
E
A
 
P
S
 
T
N
 
R
P
 
E
E
 
D
S
 
S
P
x
A
I
 
V
S
 
G
K
|
K
F
x
W
I
 
L
E
 
A
K
 
K
K
 
N
G
 
G
E
 
E
G
 
G
I
 
V
H
|
H
H
|
H
L
 
I
A
 
A
F
 
F
G
 
G
V
 
T
E
 
A
N
 
D
I
 
V
L
 
D
Q
 
A
E
 
D
V
 
A
Q
 
A
R
 
D
L
 
I
K
 
R
K
 
D
E
 
K
G
 
G
F
 
V
Q
 
R
F
 
V
I
x
L
S
 
Y
E
 
D
E
 
E
P
 
P
K
 
R
E
 
R
G
|
G
A
x
S
D
 
M
N
 
G
K
 
S
L
 
R
V
x
I
V
 
T
F
|
F
L
 
L
H
 
H
P
|
P
K
 
K
S
 
D
T
 
C
N
 
H
G
 
G
V
 
V
L
|
L
V
 
T
E
|
E
L
 
L

6wf7A Methylmalonyl-coa epimerase in complex with methylmalonyl-coa and nh4+ (see paper)
31% identity, 95% coverage: 2:127/132 of query aligns to 4:135/144 of 6wf7A

query
sites
6wf7A
K
 
R
L
 
I
E
 
D
H
|
H
I
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
C
K
 
H
S
 
D
L
 
L
G
 
D
I
 
A
S
 
T
D
 
V
N
 
E
L
 
F
F
 
Y
A
 
R
R
 
A
L
 
T
L
 
Y
G
 
G
K
 
F
D
 
E
S
 
V
Y
 
F
K
 
H
Q
 
T
E
 
E
T
 
V
V
 
N
E
 
E
R
 
E
E
x
Q
G
 
G
V
 
V
-
 
R
-
x
E
-
 
A
-
 
M
-
 
L
-
 
K
V
 
I
T
 
N
S
 
D
F
 
T
Y
 
S
E
 
D
T
 
G
G
 
G
E
 
A
S
 
S
K
 
Y
I
 
L
E
x
Q
L
 
L
L
 
L
E
 
E
A
 
P
S
 
T
N
 
R
P
 
E
E
 
D
S
 
S
P
x
A
I
 
V
S
 
G
K
 
K
F
x
W
I
 
L
E
 
A
K
 
K
K
 
N
G
 
G
E
 
E
G
 
G
I
 
V
H
|
H
H
|
H
L
 
I
A
 
A
F
 
F
G
 
G
V
 
T
E
 
A
N
 
D
I
 
V
L
 
D
Q
 
A
E
 
D
V
 
A
Q
 
A
R
 
D
L
 
I
K
 
R
K
 
D
E
 
K
G
 
G
F
 
V
Q
 
R
F
 
V
I
x
L
S
 
Y
E
 
D
E
 
E
P
 
P
K
 
R
E
 
R
G
|
G
A
x
S
D
 
M
N
 
G
K
 
S
L
 
R
V
x
I
V
 
T
F
|
F
L
 
L
H
 
H
P
|
P
K
|
K
S
 
D
T
 
C
N
 
H
G
 
G
V
 
V
L
|
L
V
 
T
E
|
E
L
 
L

6wfhA Streptomyces coelicolor methylmalonyl-coa epimerase substrate complex (see paper)
31% identity, 95% coverage: 2:127/132 of query aligns to 4:135/139 of 6wfhA

query
sites
6wfhA
K
 
R
L
 
I
E
 
D
H
|
H
I
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
C
K
 
H
S
 
D
L
 
L
G
 
D
I
 
A
S
 
T
D
 
V
N
 
E
L
 
F
F
 
Y
A
 
R
R
 
A
L
 
T
L
 
Y
G
 
G
K
 
F
D
 
E
S
 
V
Y
 
F
K
 
H
Q
 
T
E
 
E
T
 
V
V
 
N
E
 
E
R
 
E
E
x
Q
G
 
G
V
 
V
-
 
R
-
x
E
-
 
A
-
 
M
-
 
L
-
 
K
V
 
I
T
 
N
S
 
D
F
 
T
Y
 
S
E
 
D
T
 
G
G
 
G
E
 
A
S
 
S
K
 
Y
I
 
L
E
x
Q
L
 
L
L
 
L
E
 
E
A
 
P
S
 
T
N
 
R
P
 
E
E
 
D
S
 
S
P
x
A
I
 
V
S
 
G
K
|
K
F
x
W
I
 
L
E
 
A
K
 
K
K
 
N
G
 
G
E
 
E
G
 
G
I
 
V
H
|
H
H
|
H
L
 
I
A
 
A
F
 
F
G
 
G
V
 
T
E
 
A
N
 
D
I
 
V
L
 
D
Q
 
A
E
 
D
V
 
A
Q
 
A
R
 
D
L
 
I
K
 
R
K
 
D
E
 
K
G
 
G
F
 
V
Q
 
R
F
 
V
I
x
L
S
 
Y
E
 
D
E
 
E
P
 
P
K
 
R
E
 
R
G
|
G
A
x
S
D
 
M
N
 
G
K
 
S
L
 
R
V
 
I
V
 
T
F
|
F
L
 
L
H
 
H
P
|
P
K
|
K
S
 
D
T
 
C
N
 
H
G
 
G
V
 
V
L
|
L
V
 
T
E
|
E
L
 
L

6xbtA Streptomyces coelicolor methylmalonyl-coa epimerase (q60a) in complex with 2-nitronate-propionyl-coa
31% identity, 95% coverage: 2:127/132 of query aligns to 4:135/140 of 6xbtA

query
sites
6xbtA
K
 
R
L
 
I
E
 
D
H
|
H
I
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
C
K
 
H
S
 
D
L
 
L
G
 
D
I
 
A
S
 
T
D
 
V
N
 
E
L
 
F
F
 
Y
A
 
R
R
 
A
L
 
T
L
 
Y
G
 
G
K
 
F
D
 
E
S
 
V
Y
 
F
K
 
H
Q
 
T
E
 
E
T
 
V
V
 
N
E
 
E
R
 
E
E
x
Q
G
 
G
V
 
V
-
 
R
-
x
E
-
 
A
-
 
M
-
 
L
-
 
K
V
 
I
T
 
N
S
 
D
F
 
T
Y
 
S
E
 
D
T
 
G
G
 
G
E
 
A
S
 
S
K
 
Y
I
 
L
E
x
A
L
 
L
L
 
L
E
 
E
A
 
P
S
 
T
N
 
R
P
 
E
E
 
D
S
 
S
P
x
A
I
 
V
S
 
G
K
|
K
F
x
W
I
 
L
E
 
A
K
|
K
K
 
N
G
 
G
E
 
E
G
 
G
I
 
V
H
|
H
H
|
H
L
 
I
A
 
A
F
 
F
G
 
G
V
 
T
E
 
A
N
 
D
I
 
V
L
 
D
Q
 
A
E
 
D
V
 
A
Q
 
A
R
 
D
L
 
I
K
 
R
K
 
D
E
 
K
G
 
G
F
 
V
Q
 
R
F
 
V
I
x
L
S
 
Y
E
 
D
E
 
E
P
 
P
K
 
R
E
 
R
G
|
G
A
x
S
D
 
M
N
 
G
K
 
S
L
 
R
V
 
I
V
 
T
F
|
F
L
 
L
H
 
H
P
|
P
K
|
K
S
 
D
T
 
C
N
 
H
G
 
G
V
 
V
L
|
L
V
 
T
E
|
E
L
 
L

6qh4C Crystal structure of human methylmalonyl-coa epimerase (mcee) p.Arg143cys variant
39% identity, 95% coverage: 2:127/132 of query aligns to 11:135/138 of 6qh4C

query
sites
6qh4C
K
 
R
L
 
L
E
 
N
H
|
H
I
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
A
V
 
V
K
 
P
S
 
D
L
 
L
G
 
E
I
 
K
S
 
A
D
 
A
N
 
A
L
 
F
F
 
Y
A
 
K
R
 
N
L
 
I
L
 
L
G
 
G
K
 
A
D
 
Q
S
 
V
Y
 
S
K
 
E
Q
 
A
E
 
V
T
 
P
V
 
L
E
 
P
R
 
E
E
 
H
G
 
G
V
 
V
V
 
S
T
x
V
S
 
V
F
 
F
Y
 
V
E
 
N
T
 
L
G
 
G
E
 
N
S
 
T
K
 
K
I
 
M
E
|
E
L
 
L
L
 
L
E
 
H
A
 
P
S
 
L
N
 
G
P
 
L
E
 
D
S
 
S
P
 
P
I
 
I
S
 
A
K
 
G
F
 
F
I
 
L
E
 
Q
K
 
K
-
 
N
K
 
K
G
 
A
E
 
G
G
 
G
I
 
M
H
 
H
H
|
H
L
 
I
A
 
C
F
 
I
G
 
E
V
 
V
E
 
D
N
 
N
I
 
I
L
 
N
Q
 
A
E
 
A
V
 
V
Q
 
M
R
 
D
L
 
L
K
 
K
K
 
K
E
 
K
G
 
-
F
 
-
Q
 
K
F
 
I
I
 
C
S
 
S
E
 
L
E
 
S
P
 
V
K
 
K
E
 
I
G
 
G
A
 
A
D
 
H
N
 
G
K
 
K
L
 
P
V
 
V
V
 
I
F
 
F
L
 
L
H
 
H
P
 
P
K
 
K
S
 
D
T
 
C
N
 
G
G
 
G
V
 
V
L
 
L
V
 
V
E
|
E
L
 
L

2qh0A Crystal structure of a glyoxalase from clostridium acetobutylicum
31% identity, 98% coverage: 1:130/132 of query aligns to 2:129/129 of 2qh0A

query
sites
2qh0A
M
 
L
K
 
K
L
 
V
E
 
H
H
|
H
I
 
I
G
 
G
I
 
Y
A
 
A
V
 
V
K
 
K
S
 
N
L
 
I
G
 
D
I
 
S
S
 
A
D
 
L
N
 
K
L
 
K
F
 
F
A
 
K
R
 
R
L
 
L
L
 
G
G
 
Y
K
 
V
D
 
E
S
 
E
Y
 
S
K
 
E
Q
 
V
E
 
V
T
 
R
V
 
D
E
 
E
R
 
V
E
 
R
G
 
K
V
 
V
V
 
Y
T
 
I
S
 
Q
F
 
F
Y
 
V
E
 
I
T
 
N
G
 
G
E
 
G
S
 
Y
K
 
R
I
 
V
E
|
E
L
 
L
L
 
V
E
 
A
A
 
P
S
 
D
N
 
G
P
 
E
E
 
D
S
 
S
P
 
P
I
 
I
S
 
N
K
 
K
F
 
T
I
 
I
E
 
-
K
 
K
K
 
K
G
 
G
E
 
S
G
 
T
I
 
P
H
 
Y
H
|
H
L
 
I
A
 
C
F
 
Y
G
 
E
V
 
V
E
 
E
N
 
D
I
 
I
L
 
Q
Q
 
K
E
 
S
V
 
I
Q
 
E
R
 
E
L
 
M
K
 
S
K
 
Q
E
 
I
G
 
G
F
 
Y
Q
 
T
-
 
L
F
 
F
I
 
K
S
 
K
E
 
A
E
 
E
P
 
I
K
 
A
E
 
P
G
 
A
A
 
I
D
 
D
N
 
N
K
 
R
L
 
K
V
 
V
V
 
A
F
 
F
L
 
L
H
 
F
P
 
-
K
 
-
S
 
S
T
 
T
N
 
D
G
 
I
V
 
G
L
 
L
V
 
I
E
|
E
L
 
L
C
 
L
Q
 
E
E
 
K

Query Sequence

>WP_065400523.1 NCBI__GCF_001684965.1:WP_065400523.1
MKLEHIGIAVKSLGISDNLFARLLGKDSYKQETVEREGVVTSFYETGESKIELLEASNPE
SPISKFIEKKGEGIHHLAFGVENILQEVQRLKKEGFQFISEEPKEGADNKLVVFLHPKST
NGVLVELCQEKQ

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory