SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_066324538.1 NCBI__GCF_900100165.1:WP_066324538.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P07821 Iron(3+)-hydroxamate import ATP-binding protein FhuC; Ferric hydroxamate uptake protein C; Ferrichrome transport ATP-binding protein FhuC; Iron(III)-hydroxamate import ATP-binding protein FhuC; EC 7.2.2.16 from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
33% identity, 79% coverage: 30:235/261 of query aligns to 30:236/265 of P07821

query
sites
P07821
I
 
L
D
 
S
L
 
L
K
 
T
L
 
F
E
 
P
K
 
A
G
 
G
K
 
K
L
 
V
V
 
T
A
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
H
N
 
N
G
 
G
I
 
S
G
 
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
R
 
K
T
 
M
I
 
L
T
 
G
G
 
R
I
 
H
Q
 
Q
K
 
P
T
 
P
I
 
S
S
 
E
G
 
G
T
 
E
V
 
I
L
 
L
L
 
L
N
 
D
K
 
A
K
 
Q
D
 
P
I
 
L
H
 
E
R
 
S
M
 
W
N
 
S
P
 
S
L
 
K
A
 
A
L
 
F
A
 
A
K
 
R
N
 
K
L
 
V
S
 
A
V
 
-
V
 
Y
L
 
L
T
 
P
E
 
Q
K
 
Q
L
 
L
P
 
P
P
 
P
S
 
A
-
 
E
N
 
G
L
 
M
S
 
T
V
 
V
F
 
R
E
 
E
L
 
L
V
 
V
A
 
A
L
 
I
G
 
G
R
 
R
Q
 
Y
P
 
P
Y
 
W
T
 
H
N
 
G
W
 
A
I
 
L
G
 
G
T
 
R
L
 
F
T
 
G
E
 
A
E
 
A
D
 
D
I
 
R
E
 
E
K
 
K
V
 
V
N
 
E
Q
 
E
A
 
A
L
 
I
K
 
S
L
 
L
T
 
V
Q
 
G
I
 
L
E
 
K
H
 
P
L
 
L
A
 
A
T
 
H
K
 
R
R
 
L
H
 
V
H
 
D
E
 
S
I
 
L
S
 
S
D
 
G
G
 
G
Q
 
E
L
 
R
Q
 
Q
K
 
R
V
 
A
L
 
W
V
 
I
A
 
A
R
 
M
A
 
L
L
 
V
A
 
A
Q
 
Q
D
 
D
T
 
S
P
 
R
L
 
C
I
 
L
V
 
L
L
 
L
D
|
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
T
 
S
H
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
I
L
 
A
H
 
H
K
 
Q
V
 
V
S
 
D
L
 
V
F
 
L
R
 
S
L
 
L
L
 
V
K
 
H
K
 
R
L
 
L
T
 
S
Q
 
Q
E
 
E
T
 
R
Q
 
G
K
 
L
C
 
T
I
 
V
L
 
I
F
 
A
S
 
V
T
 
L
H
 
H
D
 
D
I
 
I
D
 
N
L
 
M
A
 
A
I
 
A
H
 
R
L
 
Y
S
 
C
D
 
D
E
 
Y
M
 
L
I
 
V
I
 
A
M
 
L
-
 
R
T
 
G
P
 
G
E
 
E
T
 
M
V
 
I
V
 
A
Q
 
Q
D
 
G
Q
 
T
P
 
P
C
 
A
N
 
E
L
 
I
I
 
M

P69874 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA; EC 7.6.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
30% identity, 84% coverage: 26:244/261 of query aligns to 32:254/378 of P69874

query
sites
P69874
V
 
V
A
 
I
S
 
P
N
 
Q
I
 
L
D
 
D
L
 
L
K
 
T
L
 
I
E
 
N
K
 
N
G
 
G
K
 
E
L
x
F
V
 
L
A
 
T
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
S
G
 
G
I
x
C
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
V
L
|
L
R
 
R
T
 
L
I
 
I
T
 
A
G
 
G
I
 
L
Q
 
E
K
 
T
T
 
V
I
 
D
S
 
S
G
 
G
T
 
R
V
 
I
L
 
M
L
|
L
N
 
D
K
 
N
K
 
E
D
 
D
I
 
I
H
 
T
R
 
H
M
 
V
N
 
P
P
 
-
L
 
-
A
 
A
L
 
E
A
 
N
K
 
R
N
 
Y
L
 
V
S
 
N
V
 
T
V
 
V
L
 
F
T
 
Q
E
 
S
K
 
Y
L
 
A
P
 
L
P
 
F
S
 
P
N
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
V
F
 
F
E
 
E
L
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
F
G
 
G
R
 
L
Q
 
R
P
 
M
Y
 
Q
T
 
K
N
 
T
W
 
P
I
 
A
G
 
A
T
 
E
L
 
I
T
 
T
E
 
P
E
 
-
D
 
-
I
 
-
E
 
-
K
 
R
V
 
V
N
 
M
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
R
L
 
M
T
x
V
Q
 
Q
I
 
L
E
 
E
H
 
T
L
 
F
A
 
A
T
 
Q
K
 
R
R
 
K
H
 
P
H
 
H
E
 
Q
I
 
L
S
 
S
D
 
G
G
 
G
Q
 
Q
L
 
Q
Q
 
Q
K
 
R
V
 
V
L
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
A
 
V
Q
 
N
D
 
K
T
 
P
P
 
R
L
 
L
I
 
L
V
 
L
L
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
S
T
 
L
T
 
S
H
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
Y
L
 
K
H
 
L
K
 
R
V
 
K
S
 
Q
L
 
M
F
 
Q
R
 
N
L
 
E
L
 
L
K
 
K
K
 
A
L
 
L
T
 
Q
Q
 
R
E
 
K
T
 
L
Q
 
G
K
 
I
C
 
T
I
 
F
L
 
V
F
 
F
S
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
I
 
Q
D
 
E
L
 
E
A
 
A
I
 
L
H
 
T
L
 
M
S
 
S
D
 
D
E
 
R
M
 
I
I
 
V
I
 
V
M
 
M
T
 
R
P
 
D
E
 
G
T
 
R
V
 
I
V
 
E
Q
 
Q
D
 
D
-
 
G
-
 
T
-
 
P
-
 
R
-
 
E
-
 
I
-
 
Y
-
 
E
Q
 
E
P
 
P
C
 
K
N
 
N
L
 
L
I
 
F
S
 
V
K
 
A
G
 
G
I
 
F
F
 
I
G
 
G
-
 
E
-
 
I
N
 
N
L
 
M
F
 
F

Sites not aligning to the query:

8wm7C Cryo-em structure of cyanobacterial nitrate/nitrite transporter nrtbcd in complex with signalling protein pii (see paper)
36% identity, 77% coverage: 25:225/261 of query aligns to 21:216/658 of 8wm7C

query
sites
8wm7C
I
 
I
V
 
A
A
 
L
S
 
K
N
 
N
I
 
I
D
 
E
L
 
L
K
 
K
L
 
I
E
 
K
K
 
Q
G
 
G
K
 
E
L
 
F
V
 
V
A
 
S
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
H
N
 
S
G
|
G
I
x
C
G
|
G
K
 
K
S
|
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
R
 
N
T
 
I
I
 
I
T
 
A
G
 
G
I
 
L
Q
 
D
K
 
R
T
 
A
I
 
S
S
 
I
G
 
G
T
 
G
V
 
V
L
 
T
L
 
L
N
 
E
K
 
G
K
 
R
D
 
E
I
 
I
H
 
R
R
 
E
M
 
P
N
 
S
P
 
P
-
 
D
-
 
R
L
 
M
A
 
V
L
 
V
A
 
F
K
 
Q
N
 
N
L
 
Y
S
 
S
V
 
L
V
 
-
L
 
-
T
 
-
E
 
-
K
 
-
L
 
L
P
 
P
P
 
-
S
 
-
N
 
W
L
 
L
S
 
T
V
 
V
F
 
R
E
 
E
L
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
G
 
A
R
 
V
Q
 
D
P
 
E
Y
 
V
T
 
Y
N
 
Q
W
 
-
I
 
-
G
 
G
T
 
K
L
 
S
T
 
K
E
 
G
E
 
E
D
 
R
I
 
R
E
 
A
K
 
I
V
 
I
N
 
E
Q
 
E
A
 
H
L
 
I
K
 
D
L
 
M
T
 
V
Q
 
G
I
 
L
E
 
R
H
 
L
L
 
A
A
 
A
T
 
N
K
 
K
R
 
R
H
 
P
H
 
S
E
 
E
I
 
L
S
 
S
D
 
G
G
 
G
Q
 
M
L
 
K
Q
 
Q
K
 
R
V
 
V
L
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
T
D
 
R
T
 
P
P
 
K
L
 
L
I
 
L
V
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
T
 
G
H
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
A
L
 
L
H
 
T
K
 
R
V
 
G
S
 
S
L
 
L
F
 
Q
R
 
E
L
 
Q
L
 
L
K
 
M
K
 
K
L
 
I
T
 
C
Q
 
N
E
 
E
T
 
H
Q
 
Q
K
 
I
C
 
T
I
 
C
L
 
V
F
 
M
S
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
I
 
V
D
 
D
L
 
E
A
 
A
I
 
L
H
 
L
L
 
L
S
 
S
D
 
D
E
 
R
M
 
V
I
 
V
I
 
M
M
 
L
T
 
T
-
 
N
-
 
G
P
 
P
E
 
E
T
 
A

Sites not aligning to the query:

8wm7D Cryo-em structure of cyanobacterial nitrate/nitrite transporter nrtbcd in complex with signalling protein pii (see paper)
34% identity, 84% coverage: 4:222/261 of query aligns to 1:212/257 of 8wm7D

query
sites
8wm7D
S
 
T
D
 
D
S
 
N
I
 
F
L
 
L
Q
 
V
A
 
V
E
 
E
Q
 
G
I
 
V
S
 
S
I
 
K
G
 
I
Y
|
Y
T
 
P
H
 
T
K
 
P
K
 
E
E
 
G
Q
 
P
N
x
Y
I
 
T
V
|
V
A
 
L
S
 
D
N
 
G
I
 
I
D
 
D
L
 
L
K
 
K
L
 
V
E
 
R
K
 
E
G
 
G
K
 
E
L
 
F
V
 
V
A
 
C
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
H
N
x
S
G
|
G
I
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
N
T
 
M
I
 
I
T
 
S
G
 
G
I
 
F
Q
 
N
K
 
T
T
 
P
I
 
S
S
 
E
G
 
G
T
 
V
V
 
V
L
 
L
L
 
L
N
 
Q
K
 
D
K
 
K
D
 
P
I
 
I
H
 
T
R
 
E
M
 
P
N
 
G
P
 
P
L
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
K
 
D
N
 
R
L
 
M
S
 
M
V
 
V
V
 
F
L
 
Q
T
 
N
E
 
Y
K
 
C
L
 
L
P
 
L
P
 
P
S
 
W
N
 
-
L
 
L
S
 
N
V
 
V
F
 
F
E
 
E
L
 
N
V
 
V
A
 
Y
L
 
L
G
 
A
R
 
V
Q
 
D
P
 
-
Y
 
-
T
 
A
N
 
V
W
 
F
I
 
P
G
 
N
T
 
K
L
 
P
T
 
Q
E
 
A
E
 
E
D
 
K
I
 
R
E
 
A
K
 
I
V
 
V
N
 
R
Q
 
E
A
 
H
L
 
L
K
 
A
L
 
M
T
 
V
Q
 
G
I
 
L
E
 
T
H
 
E
L
 
A
A
 
A
T
 
E
K
 
K
R
 
K
H
 
P
H
 
S
E
 
Q
I
 
I
S
 
S
D
 
G
G
 
G
Q
 
M
L
 
K
Q
 
Q
K
 
R
V
 
V
L
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
S
Q
 
I
D
 
R
T
 
P
P
 
Q
L
 
V
I
 
L
V
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
T
 
G
H
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
A
L
 
I
H
 
T
K
 
K
V
 
E
S
 
E
L
 
L
F
 
Q
R
 
E
L
 
E
L
 
L
K
 
L
K
 
Q
L
 
I
T
 
W
Q
 
S
E
 
D
T
 
H
Q
 
Q
K
 
V
C
 
T
I
 
V
L
 
L
F
 
M
S
 
I
T
 
T
H
 
H
D
 
D
I
 
I
D
 
D
L
 
E
A
 
A
I
 
L
H
 
F
L
 
L
S
 
A
D
 
D
E
 
R
M
 
V
I
 
V
I
 
M
M
 
M
T
 
T

8w9mC Cryo-em structure of the cyanobacterial nitrate transporter nrtbcd in complex with atp (see paper)
36% identity, 77% coverage: 25:225/261 of query aligns to 21:216/256 of 8w9mC

query
sites
8w9mC
I
 
I
V
 
A
A
 
L
S
 
K
N
 
N
I
 
I
D
 
E
L
 
L
K
 
K
L
 
I
E
 
K
K
 
Q
G
 
G
K
 
E
L
 
F
V
 
V
A
 
S
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
H
N
x
S
G
|
G
I
 
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
N
T
 
I
I
 
I
T
 
A
G
 
G
I
 
L
Q
 
D
K
 
R
T
 
A
I
 
S
S
 
I
G
 
G
T
 
G
V
 
V
L
 
T
L
 
L
N
 
E
K
 
G
K
 
R
D
 
E
I
 
I
H
 
R
R
 
E
M
 
P
N
 
S
P
 
P
-
 
D
-
 
R
L
 
M
A
 
V
L
 
V
A
 
F
K
x
Q
N
 
N
L
 
Y
S
 
S
V
 
L
V
 
-
L
 
-
T
 
-
E
 
-
K
 
-
L
 
L
P
 
P
P
 
-
S
 
-
N
 
W
L
 
L
S
 
T
V
 
V
F
 
R
E
 
E
L
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
G
 
A
R
 
V
Q
 
D
P
 
E
Y
 
V
T
 
-
N
 
-
W
 
Y
I
 
Q
G
 
G
T
 
K
L
 
S
T
 
K
E
 
G
E
 
E
D
 
R
I
 
R
E
 
A
K
 
I
V
 
I
N
 
E
Q
 
E
A
 
H
L
 
I
K
 
D
L
 
M
T
 
V
Q
 
G
I
 
L
E
 
R
H
 
L
L
 
A
A
 
A
T
 
N
K
|
K
R
 
R
H
 
P
H
 
S
E
|
E
I
 
L
S
|
S
D
 
G
G
|
G
Q
 
M
L
 
K
Q
 
Q
K
 
R
V
 
V
L
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
T
D
 
R
T
 
P
P
 
K
L
 
L
I
 
L
V
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
F
T
 
G
H
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
A
L
 
L
H
 
T
K
 
R
V
 
G
S
 
S
L
 
L
F
 
Q
R
 
E
L
 
Q
L
 
L
K
 
M
K
 
K
L
 
I
T
 
C
Q
 
N
E
 
E
T
 
H
Q
 
Q
K
 
I
C
 
T
I
 
C
L
 
V
F
 
M
S
 
V
T
 
T
H
|
H
D
 
D
I
 
V
D
 
D
L
 
E
A
 
A
I
 
L
H
 
L
L
 
L
S
 
S
D
 
D
E
 
R
M
 
V
I
 
V
I
 
M
M
 
L
T
 
T
-
 
N
-
 
G
P
 
P
E
 
E
T
 
A

Sites not aligning to the query:

3puyA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to amp-pnp after crystal soaking of the pretranslocation state (see paper)
29% identity, 78% coverage: 25:228/261 of query aligns to 16:213/371 of 3puyA

query
sites
3puyA
I
 
V
V
 
V
A
 
S
S
 
K
N
 
D
I
 
I
D
 
N
L
 
L
K
 
D
L
 
I
E
 
H
K
 
E
G
 
G
K
 
E
L
 
F
V
 
V
A
 
V
L
 
F
I
 
V
G
 
G
A
 
P
N
x
S
G
|
G
I
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
T
 
M
I
 
I
T
 
A
G
 
G
I
 
L
Q
 
E
K
 
T
T
 
I
I
 
T
S
 
S
G
 
G
T
 
D
V
 
L
L
 
F
L
 
I
N
 
G
K
 
E
K
 
K
D
 
-
I
 
-
H
 
-
R
 
R
M
 
M
N
 
N
P
 
D
L
 
T
A
 
P
L
 
P
A
 
A
-
 
E
K
 
R
N
 
G
L
 
V
S
 
G
V
 
M
V
 
V
L
 
F
T
x
Q
E
 
S
K
 
Y
L
 
A
P
 
L
P
 
Y
S
 
P
N
 
H
L
 
L
S
 
S
V
 
V
F
 
A
E
 
E
L
 
N
V
 
M
A
 
S
L
 
F
G
 
G
R
 
-
Q
 
-
P
 
-
Y
 
-
T
 
L
N
 
K
W
 
L
I
 
A
G
 
G
T
 
A
L
 
K
T
 
K
E
 
E
E
 
V
D
 
I
I
 
N
E
 
Q
K
 
R
V
 
V
N
 
N
Q
 
Q
A
 
V
L
 
A
K
 
E
L
 
V
T
 
L
Q
 
Q
I
 
L
E
 
A
H
 
H
L
 
L
A
 
L
T
 
D
K
x
R
R
 
K
H
 
P
H
 
K
E
x
A
I
 
L
S
|
S
D
 
G
G
|
G
Q
|
Q
L
 
R
Q
 
Q
K
 
R
V
 
V
L
 
A
V
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
A
 
V
Q
 
A
D
 
E
T
 
P
P
 
S
L
 
V
I
 
F
V
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
L
T
 
S
H
 
N
L
 
L
D
 
D
L
 
A
L
 
A
H
 
L
K
 
R
V
 
V
S
 
Q
L
 
M
F
 
R
R
 
I
L
 
E
L
 
I
K
 
S
K
 
R
L
 
L
T
 
H
Q
 
K
E
 
R
T
 
L
Q
 
G
K
 
R
C
 
T
I
 
M
L
 
I
F
 
Y
S
 
V
T
 
T
H
|
H
D
 
D
I
 
Q
D
 
V
L
 
E
A
 
A
I
 
M
H
 
T
L
 
L
S
 
A
D
 
D
E
 
K
M
 
I
I
 
V
I
 
V
M
 
L
T
 
D
P
 
A
E
 
G
T
 
R
V
 
V
V
 
A
Q
 
Q

Sites not aligning to the query:

3puxA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to adp-bef3 (see paper)
29% identity, 78% coverage: 25:228/261 of query aligns to 16:213/371 of 3puxA

query
sites
3puxA
I
 
V
V
 
V
A
 
S
S
 
K
N
 
D
I
 
I
D
 
N
L
 
L
K
 
D
L
 
I
E
 
H
K
 
E
G
 
G
K
 
E
L
 
F
V
 
V
A
 
V
L
 
F
I
 
V
G
 
G
A
 
P
N
x
S
G
|
G
I
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
T
 
M
I
 
I
T
 
A
G
 
G
I
 
L
Q
 
E
K
 
T
T
 
I
I
 
T
S
 
S
G
 
G
T
 
D
V
 
L
L
 
F
L
 
I
N
 
G
K
 
E
K
 
K
D
 
-
I
 
-
H
 
-
R
 
R
M
 
M
N
 
N
P
 
D
L
 
T
A
 
P
L
 
P
A
 
A
-
 
E
K
 
R
N
 
G
L
 
V
S
 
G
V
 
M
V
 
V
L
 
F
T
x
Q
E
 
S
K
 
Y
L
 
A
P
 
L
P
 
Y
S
 
P
N
 
H
L
 
L
S
 
S
V
 
V
F
 
A
E
 
E
L
 
N
V
 
M
A
 
S
L
 
F
G
 
G
R
 
-
Q
 
-
P
 
-
Y
 
-
T
 
L
N
 
K
W
 
L
I
 
A
G
 
G
T
 
A
L
 
K
T
 
K
E
 
E
E
 
V
D
 
I
I
 
N
E
 
Q
K
 
R
V
 
V
N
 
N
Q
 
Q
A
 
V
L
 
A
K
 
E
L
 
V
T
 
L
Q
 
Q
I
 
L
E
 
A
H
 
H
L
 
L
A
 
L
T
 
D
K
x
R
R
 
K
H
 
P
H
 
K
E
 
A
I
 
L
S
|
S
D
 
G
G
|
G
Q
|
Q
L
 
R
Q
 
Q
K
 
R
V
 
V
L
 
A
V
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
A
 
V
Q
 
A
D
 
E
T
 
P
P
 
S
L
 
V
I
 
F
V
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
L
T
 
S
H
 
N
L
 
L
D
 
D
L
 
A
L
 
A
H
 
L
K
 
R
V
 
V
S
 
Q
L
 
M
F
 
R
R
 
I
L
 
E
L
 
I
K
 
S
K
 
R
L
 
L
T
 
H
Q
 
K
E
 
R
T
 
L
Q
 
G
K
 
R
C
 
T
I
 
M
L
 
I
F
 
Y
S
 
V
T
 
T
H
|
H
D
 
D
I
 
Q
D
 
V
L
 
E
A
 
A
I
 
M
H
 
T
L
 
L
S
 
A
D
 
D
E
 
K
M
 
I
I
 
V
I
 
V
M
 
L
T
 
D
P
 
A
E
 
G
T
 
R
V
 
V
V
 
A
Q
 
Q

Sites not aligning to the query:

3puwA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to adp-alf4 (see paper)
29% identity, 78% coverage: 25:228/261 of query aligns to 16:213/371 of 3puwA

query
sites
3puwA
I
 
V
V
|
V
A
 
S
S
 
K
N
 
D
I
 
I
D
 
N
L
 
L
K
 
D
L
 
I
E
 
H
K
 
E
G
 
G
K
 
E
L
 
F
V
 
V
A
 
V
L
 
F
I
 
V
G
 
G
A
 
P
N
x
S
G
|
G
I
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
T
 
M
I
 
I
T
 
A
G
 
G
I
 
L
Q
 
E
K
 
T
T
 
I
I
 
T
S
 
S
G
 
G
T
 
D
V
 
L
L
 
F
L
 
I
N
 
G
K
 
E
K
 
K
D
 
-
I
 
-
H
 
-
R
 
R
M
 
M
N
 
N
P
 
D
L
 
T
A
 
P
L
 
P
A
 
A
-
 
E
K
 
R
N
 
G
L
 
V
S
 
G
V
 
M
V
 
V
L
 
F
T
x
Q
E
 
S
K
 
Y
L
 
A
P
 
L
P
 
Y
S
 
P
N
 
H
L
 
L
S
 
S
V
 
V
F
 
A
E
 
E
L
 
N
V
 
M
A
 
S
L
 
F
G
 
G
R
 
-
Q
 
-
P
 
-
Y
 
-
T
 
L
N
 
K
W
 
L
I
 
A
G
 
G
T
 
A
L
 
K
T
 
K
E
 
E
E
 
V
D
 
I
I
 
N
E
 
Q
K
 
R
V
 
V
N
 
N
Q
 
Q
A
 
V
L
 
A
K
 
E
L
 
V
T
 
L
Q
 
Q
I
 
L
E
 
A
H
 
H
L
 
L
A
 
L
T
 
D
K
x
R
R
 
K
H
 
P
H
 
K
E
x
A
I
 
L
S
|
S
D
x
G
G
|
G
Q
|
Q
L
 
R
Q
 
Q
K
 
R
V
 
V
L
 
A
V
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
A
 
V
Q
 
A
D
 
E
T
 
P
P
 
S
L
 
V
I
 
F
V
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
L
T
 
S
H
 
N
L
 
L
D
 
D
L
 
A
L
 
A
H
 
L
K
 
R
V
 
V
S
 
Q
L
 
M
F
 
R
R
 
I
L
 
E
L
 
I
K
 
S
K
 
R
L
 
L
T
 
H
Q
 
K
E
 
R
T
 
L
Q
 
G
K
 
R
C
 
T
I
 
M
L
 
I
F
 
Y
S
 
V
T
 
T
H
|
H
D
 
D
I
 
Q
D
 
V
L
 
E
A
 
A
I
 
M
H
 
T
L
 
L
S
 
A
D
 
D
E
 
K
M
 
I
I
 
V
I
 
V
M
 
L
T
 
D
P
 
A
E
 
G
T
 
R
V
 
V
V
 
A
Q
 
Q

Sites not aligning to the query:

3puvA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to adp-vo4 (see paper)
29% identity, 78% coverage: 25:228/261 of query aligns to 16:213/371 of 3puvA

query
sites
3puvA
I
 
V
V
|
V
A
 
S
S
 
K
N
 
D
I
 
I
D
 
N
L
 
L
K
 
D
L
 
I
E
 
H
K
 
E
G
 
G
K
 
E
L
 
F
V
 
V
A
 
V
L
 
F
I
 
V
G
 
G
A
 
P
N
 
S
G
|
G
I
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
T
 
M
I
 
I
T
 
A
G
 
G
I
 
L
Q
 
E
K
 
T
T
 
I
I
 
T
S
 
S
G
 
G
T
 
D
V
 
L
L
 
F
L
 
I
N
 
G
K
 
E
K
 
K
D
 
-
I
 
-
H
 
-
R
 
R
M
 
M
N
 
N
P
 
D
L
 
T
A
 
P
L
 
P
A
 
A
-
 
E
K
 
R
N
 
G
L
 
V
S
 
G
V
 
M
V
 
V
L
 
F
T
x
Q
E
 
S
K
 
Y
L
 
A
P
 
L
P
 
Y
S
 
P
N
 
H
L
 
L
S
 
S
V
 
V
F
 
A
E
 
E
L
 
N
V
 
M
A
 
S
L
 
F
G
 
G
R
 
-
Q
 
-
P
 
-
Y
 
-
T
 
L
N
 
K
W
 
L
I
 
A
G
 
G
T
 
A
L
 
K
T
 
K
E
 
E
E
 
V
D
 
I
I
 
N
E
 
Q
K
 
R
V
 
V
N
 
N
Q
 
Q
A
 
V
L
 
A
K
 
E
L
 
V
T
 
L
Q
 
Q
I
 
L
E
 
A
H
 
H
L
 
L
A
 
L
T
 
D
K
x
R
R
 
K
H
 
P
H
 
K
E
x
A
I
 
L
S
|
S
D
 
G
G
 
G
Q
|
Q
L
 
R
Q
 
Q
K
 
R
V
 
V
L
 
A
V
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
A
 
V
Q
 
A
D
 
E
T
 
P
P
 
S
L
 
V
I
 
F
V
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
L
T
 
S
H
 
N
L
 
L
D
 
D
L
 
A
L
 
A
H
 
L
K
 
R
V
 
V
S
 
Q
L
 
M
F
 
R
R
 
I
L
 
E
L
 
I
K
 
S
K
 
R
L
 
L
T
 
H
Q
 
K
E
 
R
T
 
L
Q
 
G
K
 
R
C
 
T
I
 
M
L
 
I
F
 
Y
S
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
I
 
Q
D
 
V
L
 
E
A
 
A
I
 
M
H
 
T
L
 
L
S
 
A
D
 
D
E
 
K
M
 
I
I
 
V
I
 
V
M
 
L
T
 
D
P
 
A
E
 
G
T
 
R
V
 
V
V
 
A
Q
 
Q

Sites not aligning to the query:

P68187 Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK; EC 7.5.2.1 from Escherichia coli (strain K12) (see 5 papers)
29% identity, 78% coverage: 25:228/261 of query aligns to 17:214/371 of P68187

query
sites
P68187
I
 
V
V
 
V
A
 
S
S
 
K
N
 
D
I
 
I
D
 
N
L
 
L
K
 
D
L
 
I
E
 
H
K
 
E
G
 
G
K
 
E
L
 
F
V
 
V
A
 
V
L
 
F
I
 
V
G
 
G
A
 
P
N
 
S
G
 
G
I
 
C
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
T
 
M
I
 
I
T
 
A
G
 
G
I
 
L
Q
 
E
K
 
T
T
 
I
I
 
T
S
 
S
G
 
G
T
 
D
V
 
L
L
 
F
L
 
I
N
 
G
K
 
E
K
 
K
D
 
-
I
 
-
H
 
-
R
 
R
M
 
M
N
 
N
P
 
D
L
 
T
A
 
P
L
 
P
A
 
A
-
 
E
K
 
R
N
 
G
L
 
V
S
 
G
V
 
M
V
 
V
L
 
F
T
 
Q
E
 
S
K
 
Y
L
x
A
P
 
L
P
 
Y
S
 
P
N
 
H
L
 
L
S
 
S
V
 
V
F
 
A
E
 
E
L
 
N
V
 
M
A
 
S
L
 
F
G
 
G
R
 
-
Q
 
-
P
 
-
Y
 
-
T
 
L
N
 
K
W
 
L
I
 
A
G
 
G
T
 
A
L
x
K
T
 
K
E
 
E
E
 
V
D
 
I
I
 
N
E
 
Q
K
 
R
V
|
V
N
 
N
Q
 
Q
A
x
V
L
 
A
K
x
E
L
 
V
T
 
L
Q
 
Q
I
 
L
E
x
A
H
 
H
L
 
L
A
 
L
T
 
D
K
 
R
R
 
K
H
 
P
H
 
K
E
 
A
I
 
L
S
 
S
D
 
G
G
|
G
Q
 
Q
L
 
R
Q
 
Q
K
 
R
V
 
V
L
 
A
V
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
A
 
V
Q
 
A
D
 
E
T
 
P
P
 
S
L
 
V
I
 
F
V
 
L
L
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
P
T
 
L
T
 
S
H
 
N
L
 
L
D
 
D
L
 
A
L
 
A
H
 
L
K
 
R
V
 
V
S
 
Q
L
 
M
F
 
R
R
 
I
L
 
E
L
 
I
K
 
S
K
 
R
L
 
L
T
 
H
Q
 
K
E
 
R
T
 
L
Q
 
G
K
 
R
C
 
T
I
 
M
L
 
I
F
 
Y
S
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
I
 
Q
D
 
V
L
 
E
A
 
A
I
 
M
H
 
T
L
 
L
S
 
A
D
 
D
E
 
K
M
 
I
I
 
V
I
 
V
M
 
L
T
 
D
P
 
A
E
 
G
T
 
R
V
 
V
V
 
A
Q
 
Q

Sites not aligning to the query:

1q12A Crystal structure of the atp-bound e. Coli malk (see paper)
29% identity, 78% coverage: 25:228/261 of query aligns to 14:211/367 of 1q12A

query
sites
1q12A
I
 
V
V
 
V
A
 
S
S
 
K
N
 
D
I
 
I
D
 
N
L
 
L
K
 
D
L
 
I
E
 
H
K
 
E
G
 
G
K
 
E
L
 
F
V
 
V
A
 
V
L
 
F
I
 
V
G
 
G
A
 
P
N
x
S
G
|
G
I
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
T
 
M
I
 
I
T
 
A
G
 
G
I
 
L
Q
 
E
K
 
T
T
 
I
I
 
T
S
 
S
G
 
G
T
 
D
V
 
L
L
 
F
L
 
I
N
 
G
K
 
E
K
 
K
D
 
-
I
 
-
H
 
-
R
 
R
M
 
M
N
 
N
P
 
D
L
 
T
A
 
P
L
 
P
A
 
A
-
 
E
K
 
R
N
 
G
L
 
V
S
 
G
V
 
M
V
 
V
L
 
F
T
 
Q
E
 
S
K
 
Y
L
 
A
P
 
L
P
 
Y
S
 
P
N
 
H
L
 
L
S
 
S
V
 
V
F
 
A
E
 
E
L
 
N
V
 
M
A
 
S
L
 
F
G
 
G
R
 
-
Q
 
-
P
 
-
Y
 
-
T
 
L
N
 
K
W
 
L
I
 
A
G
 
G
T
 
A
L
 
K
T
 
K
E
 
E
E
 
V
D
 
I
I
 
N
E
 
Q
K
 
R
V
 
V
N
 
N
Q
 
Q
A
 
V
L
 
A
K
 
E
L
 
V
T
 
L
Q
 
Q
I
 
L
E
 
A
H
 
H
L
 
L
A
 
L
T
 
D
K
x
R
R
 
K
H
 
P
H
 
K
E
x
A
I
 
L
S
|
S
D
 
G
G
|
G
Q
|
Q
L
 
R
Q
 
Q
K
 
R
V
 
V
L
 
A
V
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
A
 
V
Q
 
A
D
 
E
T
 
P
P
 
S
L
 
V
I
 
F
V
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
L
T
 
S
H
 
N
L
 
L
D
 
D
L
 
A
L
 
A
H
 
L
K
 
R
V
 
V
S
 
Q
L
 
M
F
 
R
R
 
I
L
 
E
L
 
I
K
 
S
K
 
R
L
 
L
T
 
H
Q
 
K
E
 
R
T
 
L
Q
 
G
K
 
R
C
 
T
I
 
M
L
 
I
F
 
Y
S
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
I
 
Q
D
 
V
L
 
E
A
 
A
I
 
M
H
 
T
L
 
L
S
 
A
D
 
D
E
 
K
M
 
I
I
 
V
I
 
V
M
 
L
T
 
D
P
 
A
E
 
G
T
 
R
V
 
V
V
 
A
Q
 
Q

Sites not aligning to the query:

2awnB Crystal structure of the adp-mg-bound e. Coli malk (crystallized with atp-mg) (see paper)
29% identity, 78% coverage: 25:228/261 of query aligns to 16:213/374 of 2awnB

query
sites
2awnB
I
 
V
V
|
V
A
 
S
S
 
K
N
 
D
I
 
I
D
 
N
L
 
L
K
 
D
L
 
I
E
 
H
K
 
E
G
 
G
K
 
E
L
 
F
V
 
V
A
 
V
L
 
F
I
 
V
G
 
G
A
 
P
N
x
S
G
|
G
I
 
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
T
 
M
I
 
I
T
 
A
G
 
G
I
 
L
Q
 
E
K
 
T
T
 
I
I
 
T
S
 
S
G
 
G
T
 
D
V
 
L
L
 
F
L
 
I
N
 
G
K
 
E
K
 
K
D
 
-
I
 
-
H
 
-
R
 
R
M
 
M
N
 
N
P
 
D
L
 
T
A
 
P
L
 
P
A
 
A
-
 
E
K
 
R
N
 
G
L
 
V
S
 
G
V
 
M
V
 
V
L
 
F
T
 
Q
E
 
S
K
 
Y
L
 
A
P
 
L
P
 
Y
S
 
P
N
 
H
L
 
L
S
 
S
V
 
V
F
 
A
E
 
E
L
 
N
V
 
M
A
 
S
L
 
F
G
 
G
R
 
-
Q
 
-
P
 
-
Y
 
-
T
 
L
N
 
K
W
 
L
I
 
A
G
 
G
T
 
A
L
 
K
T
 
K
E
 
E
E
 
V
D
 
I
I
 
N
E
 
Q
K
 
R
V
 
V
N
 
N
Q
 
Q
A
 
V
L
 
A
K
 
E
L
 
V
T
 
L
Q
 
Q
I
 
L
E
 
A
H
 
H
L
 
L
A
 
L
T
 
D
K
 
R
R
 
K
H
 
P
H
 
K
E
 
A
I
 
L
S
 
S
D
 
G
G
 
G
Q
 
Q
L
 
R
Q
 
Q
K
 
R
V
 
V
L
 
A
V
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
A
 
V
Q
 
A
D
 
E
T
 
P
P
 
S
L
 
V
I
 
F
V
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
L
T
 
S
H
 
N
L
 
L
D
 
D
L
 
A
L
 
A
H
 
L
K
 
R
V
 
V
S
 
Q
L
 
M
F
 
R
R
 
I
L
 
E
L
 
I
K
 
S
K
 
R
L
 
L
T
 
H
Q
 
K
E
 
R
T
 
L
Q
 
G
K
 
R
C
 
T
I
 
M
L
 
I
F
 
Y
S
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
I
 
Q
D
 
V
L
 
E
A
 
A
I
 
M
H
 
T
L
 
L
S
 
A
D
 
D
E
 
K
M
 
I
I
 
V
I
 
V
M
 
L
T
 
D
P
 
A
E
 
G
T
 
R
V
 
V
V
 
A
Q
 
Q

Sites not aligning to the query:

8w9mD Cryo-em structure of the cyanobacterial nitrate transporter nrtbcd in complex with atp (see paper)
34% identity, 83% coverage: 6:222/261 of query aligns to 1:210/256 of 8w9mD

query
sites
8w9mD
S
 
N
I
 
F
L
 
L
Q
 
V
A
 
V
E
 
E
Q
 
G
I
 
V
S
 
S
I
 
K
G
 
I
Y
|
Y
T
 
P
H
 
T
K
 
P
K
 
E
E
 
G
Q
 
P
N
 
Y
I
 
T
V
 
V
A
 
L
S
 
D
N
 
G
I
 
I
D
 
D
L
 
L
K
 
K
L
 
V
E
 
R
K
 
E
G
 
G
K
 
E
L
 
F
V
 
V
A
 
C
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
x
H
N
x
S
G
|
G
I
 
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
N
T
 
M
I
 
I
T
 
S
G
 
G
I
 
F
Q
 
N
K
 
T
T
 
P
I
 
S
S
 
E
G
 
G
T
 
V
V
 
V
L
 
L
L
 
L
N
 
Q
K
 
D
K
 
K
D
 
P
I
 
I
H
 
T
R
 
E
M
 
P
N
 
G
P
 
P
L
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
K
 
D
N
 
R
L
 
M
S
 
M
V
 
V
V
 
F
L
x
Q
T
 
N
E
 
Y
K
 
C
L
 
L
P
 
L
P
 
P
S
 
W
N
 
-
L
 
L
S
 
N
V
 
V
F
 
F
E
 
E
L
 
N
V
 
V
A
 
Y
L
 
L
G
 
A
R
 
V
Q
 
D
P
 
-
Y
 
-
T
 
A
N
 
V
W
 
F
I
 
P
G
 
N
T
 
K
L
 
P
T
 
Q
E
 
A
E
 
E
D
 
K
I
 
R
E
 
A
K
 
I
V
 
V
N
 
R
Q
 
E
A
 
H
L
 
L
K
 
A
L
 
M
T
 
V
Q
 
G
I
 
L
E
 
T
H
 
E
L
 
A
A
 
A
T
 
E
K
 
K
R
 
K
H
 
P
H
 
S
E
x
Q
I
 
I
S
|
S
D
 
G
G
|
G
Q
x
M
L
 
K
Q
 
Q
K
 
R
V
 
V
L
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
S
Q
 
I
D
 
R
T
 
P
P
 
Q
L
 
V
I
 
L
V
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
F
T
 
G
H
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
A
L
 
I
H
 
T
K
 
K
V
 
E
S
 
E
L
 
L
F
 
Q
R
 
E
L
 
E
L
 
L
K
 
L
K
 
Q
L
 
I
T
 
W
Q
 
S
E
 
D
T
 
H
Q
 
Q
K
 
V
C
 
T
I
 
V
L
 
L
F
 
M
S
 
I
T
 
T
H
|
H
D
 
D
I
 
I
D
 
D
L
 
E
A
 
A
I
 
L
H
 
F
L
 
L
S
 
A
D
 
D
E
 
R
M
 
V
I
 
V
I
 
M
M
 
M
T
 
T

P19566 Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK; EC 7.5.2.1 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see paper)
29% identity, 78% coverage: 25:228/261 of query aligns to 17:214/369 of P19566

query
sites
P19566
I
 
V
V
 
V
A
 
S
S
 
K
N
 
D
I
 
I
D
 
N
L
 
L
K
 
D
L
 
I
E
 
H
K
 
D
G
 
G
K
 
E
L
 
F
V
 
V
A
 
V
L
 
F
I
 
V
G
 
G
A
 
P
N
 
S
G
 
G
I
 
C
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
T
 
M
I
 
I
T
 
A
G
 
G
I
 
L
Q
 
E
K
 
T
T
 
I
I
 
T
S
 
S
G
 
G
T
 
D
V
 
L
L
 
F
L
 
I
N
 
G
K
 
E
K
 
T
D
 
-
I
 
-
H
 
-
R
 
R
M
 
M
N
 
N
P
 
D
L
 
I
A
 
P
L
 
P
A
 
A
-
 
E
K
 
R
N
 
G
L
 
V
S
 
G
V
 
M
V
 
V
L
 
F
T
 
Q
E
 
S
K
 
Y
L
 
A
P
x
L
P
 
Y
S
 
P
N
 
H
L
 
L
S
 
S
V
 
V
F
 
A
E
 
E
L
 
N
V
 
M
A
 
S
L
 
F
G
 
G
R
 
-
Q
 
-
P
 
-
Y
 
-
T
 
L
N
 
K
W
 
L
I
 
A
G
 
G
T
 
A
L
 
K
T
 
K
E
 
E
E
 
V
D
 
M
I
 
N
E
 
Q
K
 
R
V
 
V
N
 
N
Q
 
Q
A
 
V
L
 
A
K
 
E
L
 
V
T
 
L
Q
 
Q
I
 
L
E
 
A
H
 
H
L
 
L
A
 
L
T
 
E
K
 
R
R
 
K
H
 
P
H
 
K
E
 
A
I
 
L
S
 
S
D
 
G
G
 
G
Q
 
Q
L
 
R
Q
 
Q
K
 
R
V
 
V
L
 
A
V
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
A
 
V
Q
 
A
D
 
E
T
 
P
P
 
R
L
 
V
I
 
F
V
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
|
P
T
 
L
T
 
S
H
 
N
L
 
L
D
|
D
L
 
A
L
 
A
H
 
L
K
 
R
V
 
V
S
 
Q
L
 
M
F
 
R
R
 
I
L
 
E
L
 
I
K
 
S
K
 
R
L
 
L
T
 
H
Q
 
K
E
 
R
T
 
L
Q
 
G
K
 
R
C
 
T
I
 
M
L
 
I
F
 
Y
S
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
I
 
Q
D
 
V
L
 
E
A
 
A
I
 
M
H
 
T
L
 
L
S
 
A
D
 
D
E
 
K
M
 
I
I
 
V
I
 
V
M
 
L
T
 
D
P
 
A
E
 
G
T
 
R
V
 
V
V
 
A
Q
 
Q

Sites not aligning to the query:

1vciA Crystal structure of the atp-binding cassette of multisugar transporter from pyrococcus horikoshii ot3 complexed with atp (see paper)
29% identity, 77% coverage: 20:221/261 of query aligns to 14:202/353 of 1vciA

query
sites
1vciA
K
 
K
K
 
R
E
x
F
Q
 
G
N
 
N
I
x
F
V
 
T
A
 
A
S
 
V
N
 
N
-
 
K
I
 
L
D
 
N
L
 
L
K
 
T
L
 
I
E
 
K
K
 
D
G
 
G
K
 
E
L
 
F
V
 
L
A
 
V
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
P
N
x
S
G
|
G
I
 
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
L
R
 
R
T
 
M
I
 
I
T
 
A
G
 
G
I
 
L
Q
 
E
K
 
E
T
 
P
I
 
T
S
 
E
G
 
G
T
 
R
V
 
I
L
 
Y
L
 
F
N
 
G
K
 
D
K
 
R
D
 
D
I
 
V
H
 
T
R
 
Y
M
 
L
N
 
P
P
 
P
L
 
K
A
 
D
L
 
-
A
 
-
K
 
R
N
 
N
L
 
I
S
 
S
V
 
M
V
 
V
L
 
F
T
 
-
E
 
-
K
 
-
L
 
-
P
 
-
P
 
-
S
 
Q
N
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
V
F
 
Y
E
 
E
L
 
N
V
 
I
A
 
A
L
 
F
G
 
P
R
 
L
Q
 
K
P
 
K
Y
 
F
T
 
P
N
 
K
W
 
-
I
 
-
G
 
-
T
 
-
L
 
-
T
 
-
E
 
D
E
 
E
D
 
I
I
 
D
E
 
K
K
 
R
V
 
V
N
 
R
Q
 
W
A
 
A
L
 
A
K
 
E
L
 
L
T
 
L
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
H
 
E
L
 
L
A
 
L
T
 
N
K
 
R
R
 
Y
H
 
P
H
 
A
E
 
Q
I
 
L
S
 
S
D
 
G
G
 
G
Q
 
Q
L
 
R
Q
 
Q
K
 
R
V
 
V
L
 
A
V
 
V
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
V
Q
 
V
D
 
E
T
 
P
P
 
D
L
 
V
I
 
L
V
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
L
T
 
S
H
 
N
L
 
L
D
 
D
L
 
A
L
 
K
H
 
L
K
 
R
V
 
V
S
 
A
L
 
M
F
 
R
R
 
A
L
 
E
L
 
I
K
 
K
K
 
K
L
 
L
T
 
Q
Q
 
Q
E
 
K
T
 
L
Q
 
K
K
 
V
C
 
T
I
 
T
L
 
I
F
 
Y
S
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
I
 
Q
D
 
V
L
 
E
A
 
A
I
 
M
H
 
T
L
 
M
S
 
G
D
 
D
E
 
R
M
 
I
I
 
A
I
 
V
M
 
M

7arlD Lolcde in complex with lipoprotein and adp (see paper)
29% identity, 81% coverage: 7:218/261 of query aligns to 2:213/222 of 7arlD

query
sites
7arlD
I
 
L
L
 
L
Q
 
Q
A
 
C
E
 
D
Q
 
N
I
 
L
S
 
C
I
 
K
G
 
R
Y
 
Y
T
 
Q
H
 
E
K
 
G
K
 
S
E
 
V
Q
 
Q
N
 
T
I
 
D
V
 
V
A
 
L
S
 
H
N
 
N
I
 
V
D
 
S
L
 
F
K
 
S
L
 
V
E
 
G
K
 
E
G
 
G
K
 
E
L
 
M
V
 
M
A
 
A
L
 
I
I
 
V
G
 
G
A
 
S
N
 
S
G
|
G
I
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
R
 
H
T
 
L
I
 
L
T
 
G
G
 
G
I
 
L
Q
 
D
K
 
T
T
 
P
I
 
T
S
 
S
G
 
G
T
 
D
V
 
V
L
 
I
L
 
F
N
 
N
K
 
G
K
 
Q
D
 
P
I
 
M
H
 
S
R
 
K
M
 
L
N
 
S
P
 
S
L
 
A
A
 
A
L
 
K
A
 
A
-
 
E
-
 
L
-
 
R
-
 
N
K
 
Q
N
 
K
L
 
L
S
 
G
V
 
F
V
 
I
L
 
Y
T
 
Q
E
 
F
K
 
H
L
 
H
P
 
L
P
 
L
S
 
P
N
 
D
L
 
F
S
 
T
V
 
A
F
 
L
E
 
E
L
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
M
G
 
-
R
 
-
Q
 
-
P
 
P
Y
 
L
T
 
-
N
 
-
W
 
L
I
 
I
G
 
G
T
 
K
L
 
K
T
 
K
E
 
P
E
 
A
D
 
E
I
 
I
-
 
N
E
 
S
K
 
R
V
 
A
N
 
L
Q
 
E
A
 
M
L
 
L
K
 
K
L
 
A
T
 
V
Q
 
G
I
 
L
E
 
D
H
 
H
L
 
R
A
 
A
T
 
N
K
 
H
R
 
R
H
 
P
H
 
S
E
 
E
I
 
L
S
 
S
D
 
G
G
 
G
Q
 
E
L
 
R
Q
 
Q
K
 
R
V
 
V
L
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
V
Q
 
N
D
 
N
T
 
P
P
 
R
L
 
L
I
 
V
V
 
L
L
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
T
 
G
H
 
N
L
 
L
D
 
D
L
 
A
L
 
R
H
 
N
K
 
A
V
 
D
S
 
S
L
 
I
F
 
F
R
 
Q
L
 
L
L
 
L
K
 
G
K
 
E
L
 
L
T
 
N
Q
 
R
E
 
L
T
 
Q
Q
 
G
K
 
T
C
 
A
I
 
F
L
 
L
F
 
V
S
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
I
 
L
D
 
Q
L
 
L
A
 
A
I
 
K
H
 
R
L
 
M
S
 
S
D
 
R
E
 
Q
M
 
L

P75957 Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD; EC 7.6.2.- from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
30% identity, 81% coverage: 7:218/261 of query aligns to 5:216/233 of P75957

query
sites
P75957
I
 
L
L
 
L
Q
 
Q
A
 
C
E
 
D
Q
 
N
I
 
L
S
 
C
I
 
K
G
 
R
Y
 
Y
T
 
Q
H
 
E
K
 
G
K
 
S
E
 
V
Q
 
Q
N
 
T
I
 
D
V
 
V
A
 
L
S
 
H
N
 
N
I
 
V
D
 
S
L
 
F
K
 
S
L
 
V
E
 
G
K
 
E
G
 
G
K
 
E
L
 
M
V
 
M
A
 
A
L
 
I
I
 
V
G
|
G
A
 
S
N
 
S
G
 
G
I
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
R
 
H
T
 
L
I
 
L
T
 
G
G
 
G
I
 
L
Q
 
D
K
 
T
T
 
P
I
 
T
S
 
S
G
 
G
T
 
D
V
 
V
L
 
I
L
 
F
N
 
N
K
 
G
K
 
Q
D
 
P
I
 
M
H
 
S
R
 
K
M
 
L
N
 
S
P
 
S
L
 
A
A
 
A
L
 
K
A
 
A
-
 
E
-
 
L
K
 
R
N
 
N
L
 
Q
S
 
K
V
 
L
V
 
G
L
 
F
T
 
I
E
 
Y
K
 
Q
-
 
F
-
 
H
-
 
H
-
 
L
L
 
L
P
 
P
P
 
-
S
 
-
N
 
D
L
 
F
S
 
T
V
 
A
F
 
L
E
 
E
L
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
M
G
 
-
R
 
-
Q
 
-
P
 
P
Y
 
L
T
 
-
N
 
-
W
 
L
I
 
I
G
 
G
T
 
K
L
 
K
T
 
K
E
 
P
E
 
A
D
 
E
I
 
I
-
 
N
E
 
S
K
 
R
V
 
A
N
 
L
Q
 
E
A
 
M
L
 
L
K
 
K
L
 
A
T
 
V
Q
 
G
I
 
L
E
 
D
H
 
H
L
 
R
A
 
A
T
 
N
K
 
H
R
 
R
H
 
P
H
 
S
E
 
E
I
 
L
S
 
S
D
 
G
G
 
G
Q
 
E
L
 
R
Q
 
Q
K
 
R
V
 
V
L
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
V
Q
 
N
D
 
N
T
 
P
P
 
R
L
 
L
I
 
V
V
 
L
L
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
T
 
G
H
 
N
L
 
L
D
 
D
L
 
A
L
 
R
H
 
N
K
 
A
V
 
D
S
 
S
L
 
I
F
 
F
R
 
Q
L
 
L
L
 
L
K
 
G
K
 
E
L
 
L
T
 
N
Q
 
R
E
 
L
T
 
Q
Q
 
G
K
 
T
C
 
A
I
 
F
L
 
L
F
 
V
S
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
I
 
L
D
 
Q
L
 
L
A
 
A
I
 
K
H
 
R
L
 
M
S
 
S
D
 
R
E
 
Q
M
 
L

7mdyC Lolcde nucleotide-bound
29% identity, 81% coverage: 7:218/261 of query aligns to 2:213/226 of 7mdyC

query
sites
7mdyC
I
 
L
L
 
L
Q
 
Q
A
 
C
E
 
D
Q
 
N
I
 
L
S
 
C
I
 
K
G
 
R
Y
|
Y
T
 
Q
H
 
E
K
 
G
K
 
S
E
 
V
Q
 
Q
N
 
T
I
 
D
V
 
V
A
 
L
S
 
H
N
 
N
I
 
V
D
 
S
L
 
F
K
 
S
L
 
V
E
 
G
K
 
E
G
 
G
K
 
E
L
 
M
V
 
M
A
 
A
L
 
I
I
 
V
G
 
G
A
 
S
N
 
S
G
|
G
I
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
H
T
 
L
I
 
L
T
 
G
G
 
G
I
 
L
Q
 
D
K
 
T
T
 
P
I
 
T
S
 
S
G
 
G
T
 
D
V
 
V
L
 
I
L
 
F
N
 
N
K
 
G
K
 
Q
D
 
P
I
 
M
H
 
S
R
 
K
M
 
L
N
 
S
P
 
S
L
 
A
A
 
A
L
 
K
A
 
A
-
 
E
-
 
L
-
 
R
-
 
N
K
 
Q
N
 
K
L
 
L
S
 
G
V
 
F
V
 
I
L
 
Y
T
x
Q
E
 
F
K
 
H
L
 
H
P
 
L
P
 
L
S
 
P
N
 
D
L
 
F
S
 
T
V
 
A
F
 
L
E
 
E
L
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
M
G
 
-
R
 
-
Q
 
-
P
 
P
Y
 
L
T
 
-
N
 
-
W
 
L
I
 
I
G
 
G
T
 
K
L
 
K
T
 
K
E
 
P
E
 
A
D
 
E
I
 
I
-
 
N
E
 
S
K
 
R
V
 
A
N
 
L
Q
 
E
A
 
M
L
 
L
K
 
K
L
 
A
T
 
V
Q
 
G
I
 
L
E
 
D
H
 
H
L
 
R
A
 
A
T
 
N
K
x
H
R
 
R
H
 
P
H
 
S
E
|
E
I
 
L
S
|
S
D
x
G
G
|
G
Q
 
E
L
 
R
Q
 
Q
K
 
R
V
 
V
L
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
V
Q
 
N
D
 
N
T
 
P
P
 
R
L
 
L
I
 
V
V
 
L
L
 
A
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
T
 
G
H
x
N
L
 
L
D
 
D
L
 
A
L
 
R
H
 
N
K
 
A
V
 
D
S
 
S
L
 
I
F
 
F
R
 
Q
L
 
L
L
 
L
K
 
G
K
 
E
L
 
L
T
 
N
Q
 
R
E
 
L
T
 
Q
Q
 
G
K
 
T
C
 
A
I
 
F
L
 
L
F
 
V
S
 
V
T
 
T
H
|
H
D
 
D
I
 
L
D
 
Q
L
 
L
A
 
A
I
 
K
H
 
R
L
 
M
S
 
S
D
 
R
E
 
Q
M
 
L

7v8iD Lolcd(e171q)e with bound amppnp in nanodiscs (see paper)
29% identity, 81% coverage: 7:218/261 of query aligns to 4:215/229 of 7v8iD

query
sites
7v8iD
I
 
L
L
 
L
Q
 
Q
A
 
C
E
 
D
Q
 
N
I
 
L
S
 
C
I
 
K
G
 
R
Y
 
Y
T
 
Q
H
 
E
K
 
G
K
 
S
E
 
V
Q
 
Q
N
 
T
I
 
D
V
|
V
A
 
L
S
 
H
N
 
N
I
 
V
D
 
S
L
 
F
K
 
S
L
 
V
E
 
G
K
 
E
G
 
G
K
 
E
L
 
M
V
 
M
A
 
A
L
 
I
I
 
V
G
 
G
A
 
S
N
x
S
G
|
G
I
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
H
T
 
L
I
 
L
T
 
G
G
 
G
I
 
L
Q
 
D
K
 
T
T
 
P
I
 
T
S
 
S
G
 
G
T
 
D
V
 
V
L
 
I
L
 
F
N
 
N
K
 
G
K
 
Q
D
 
P
I
 
M
H
 
S
R
 
K
M
 
L
N
 
S
P
 
S
L
 
A
A
 
A
L
 
K
A
 
A
-
 
E
-
 
L
-
 
R
-
 
N
K
 
Q
N
 
K
L
 
L
S
 
G
V
 
F
V
 
I
L
 
Y
T
x
Q
E
 
F
K
 
H
L
 
H
P
 
L
P
 
L
S
 
P
N
 
D
L
 
F
S
 
T
V
 
A
F
 
L
E
 
E
L
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
M
G
 
-
R
 
-
Q
 
-
P
 
P
Y
 
L
T
 
-
N
 
-
W
 
L
I
 
I
G
 
G
T
 
K
L
 
K
T
 
K
E
 
P
E
 
A
D
 
E
I
 
I
-
 
N
E
 
S
K
 
R
V
 
A
N
 
L
Q
 
E
A
 
M
L
 
L
K
 
K
L
 
A
T
 
V
Q
 
G
I
 
L
E
 
D
H
 
H
L
x
R
A
 
A
T
 
N
K
x
H
R
 
R
H
 
P
H
 
S
E
|
E
I
 
L
S
|
S
D
 
G
G
|
G
Q
x
E
L
 
R
Q
 
Q
K
 
R
V
 
V
L
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
V
Q
 
N
D
 
N
T
 
P
P
 
R
L
 
L
I
 
V
V
 
L
L
 
A
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
T
T
 
G
H
 
N
L
 
L
D
 
D
L
 
A
L
 
R
H
 
N
K
 
A
V
 
D
S
 
S
L
 
I
F
 
F
R
 
Q
L
 
L
L
 
L
K
 
G
K
 
E
L
 
L
T
 
N
Q
 
R
E
 
L
T
 
Q
Q
 
G
K
 
T
C
 
A
I
 
F
L
 
L
F
 
V
S
 
V
T
 
T
H
|
H
D
 
D
I
 
L
D
 
Q
L
 
L
A
 
A
I
 
K
H
 
R
L
 
M
S
 
S
D
 
R
E
 
Q
M
 
L

3vx4D Crystal structure of the nucleotide-binding domain of s. Mutans coma, a bifunctional atp-binding cassette transporter involved in the quorum-sensing pathway (see paper)
29% identity, 92% coverage: 5:244/261 of query aligns to 5:239/240 of 3vx4D

query
sites
3vx4D
D
 
D
S
 
G
I
 
D
L
 
I
Q
 
S
A
 
F
E
 
E
Q
 
N
I
 
L
S
 
S
I
 
Y
G
 
K
Y
|
Y
T
 
G
H
 
F
K
 
G
K
 
R
E
 
D
Q
 
-
N
 
-
I
 
-
V
x
T
A
 
L
S
 
S
N
 
D
I
 
I
D
 
N
L
 
L
K
 
S
L
 
I
E
 
K
K
 
K
G
 
G
K
 
S
L
 
K
V
 
V
A
 
S
L
 
L
I
 
V
G
 
G
A
 
A
N
x
S
G
|
G
I
 
S
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
L
L
 
A
R
 
K
T
 
L
I
 
I
T
 
V
G
 
N
I
 
F
Q
 
Y
K
 
E
T
 
P
I
 
N
S
 
K
G
 
G
T
 
I
V
 
V
L
 
R
L
 
I
N
 
N
K
 
G
K
 
N
D
 
D
I
 
L
H
 
K
R
 
V
M
 
I
N
 
D
P
 
K
L
 
T
A
 
A
L
 
L
A
 
R
K
 
R
N
 
H
L
 
I
S
 
S
V
 
Y
V
 
L
L
 
P
T
x
Q
E
 
Q
K
 
A
L
 
Y
P
 
V
P
 
F
S
 
S
N
 
G
L
 
-
S
 
S
V
 
I
F
 
M
E
 
D
L
 
N
V
 
L
A
 
V
L
 
L
G
 
G
R
 
A
Q
 
K
P
 
E
Y
 
-
T
 
-
N
 
-
W
 
-
I
 
-
G
 
G
T
 
T
L
 
S
T
 
Q
E
 
E
E
 
D
D
 
I
I
 
I
E
 
R
K
 
A
V
 
C
N
 
E
Q
 
I
A
 
A
L
 
E
K
 
I
L
 
R
T
 
S
Q
 
D
I
 
I
E
 
E
H
 
Q
L
 
M
A
 
P
T
 
Q
K
 
G
R
 
Y
H
 
Q
H
 
T
E
 
E
I
 
L
S
 
S
D
 
D
-
 
G
-
 
A
-
x
G
-
x
I
-
x
S
-
 
G
G
|
G
Q
|
Q
L
 
K
Q
 
Q
K
 
R
V
 
I
L
 
A
V
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
L
Q
 
T
D
 
Q
T
 
A
P
 
P
L
 
V
I
 
L
V
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
A
P
 
A
T
 
T
T
 
S
H
 
S
L
 
L
D
 
D
L
 
I
L
 
L
H
 
T
K
 
E
V
 
K
S
 
-
L
 
-
F
 
-
R
 
K
L
 
I
L
 
I
K
 
S
K
 
N
L
 
L
T
 
L
Q
 
Q
E
 
M
T
 
T
Q
 
E
K
 
K
C
 
T
I
 
I
L
 
I
F
 
F
S
 
V
T
 
A
H
|
H
D
 
R
I
 
L
D
 
S
L
 
I
A
 
S
I
 
-
H
 
Q
L
 
R
S
 
T
D
 
D
E
 
E
M
 
V
I
 
I
I
 
V
M
 
M
T
 
D
P
 
Q
E
 
G
T
 
K
V
 
I
V
 
V
Q
 
E
D
 
Q
Q
 
G
P
 
T
C
 
H
N
 
K
-
 
E
-
 
L
L
 
L
I
 
A
S
 
K
K
 
Q
G
 
G
I
 
F
F
 
Y
G
 
Y
N
 
N
L
 
L
F
 
F

Query Sequence

>WP_066324538.1 NCBI__GCF_900100165.1:WP_066324538.1
MSNSDSILQAEQISIGYTHKKEQNIVASNIDLKLEKGKLVALIGANGIGKSTLLRTITGI
QKTISGTVLLNKKDIHRMNPLALAKNLSVVLTEKLPPSNLSVFELVALGRQPYTNWIGTL
TEEDIEKVNQALKLTQIEHLATKRHHEISDGQLQKVLVARALAQDTPLIVLDEPTTHLDL
LHKVSLFRLLKKLTQETQKCILFSTHDIDLAIHLSDEMIIMTPETVVQDQPCNLISKGIF
GNLFKDEHITFDAEKGRFIFS

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory