SitesBLAST

SitesBLAST – Find functional sites

SitesBLAST

Comparing WP_066328166.1 NCBI__GCF_900100165.1:WP_066328166.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6s6zA Structure of beta-galactosidase from thermotoga maritima (see paper)
38% identity, 94% coverage: 49:1082/1101 of query aligns to 4:979/1083 of 6s6zA

query
sites
6s6zA

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binding magnesium ion: A510 (≠ S602), G512 (= G604), G574 (= G667), E583 (≠ K676), E585 (≠ A678)

P00722 Beta-galactosidase; Beta-gal; Lactase; EC 3.2.1.23 from Escherichia coli (strain K12) (see 13 papers)
33% identity, 94% coverage: 49:1080/1101 of query aligns to 17:1019/1024 of P00722

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sites
P00722

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D202 (= D236) mutation D->E,N: Causes a significant decrease in binding affinity in the absence of monovalent cations or in the presence of potassium ions, but only a moderate decrease in the presence of sodium ions.; mutation to F: Obliterates all binding and catalysis.
H358 (= H402) mutation H->D,F,L,N: Less stable to heat than wild-type. Causes significant destabilizations of the first transition state.
H392 (= H436) mutation H->E,F,K: Essentially inactive unless very rapid purification. Causes very large destabilizations of the transition state.
E417 (= E461) binding Mg(2+)
H419 (= H463) binding Mg(2+)
E462 (= E504) active site, Proton donor; binding Mg(2+); mutation to H: Slowly inactivates galactosidase activity by reducing the binding of magnesium. It increases binding specificity.
E538 (= E598) active site, Nucleophile; mutation to Q: 10000-fold decrease in the beta-galactosidase activity.
H541 (= H601) mutation H->E,F,N: Poorly reactive with galactosyl substrates. Less stable to heat than wild-type.
N598 (≠ H659) binding Mg(2+)
F602 (= F663) mutation to A: Decreases the stability of the loop 794-804.
G795 (vs. gap) mutation to A: It forces the apoenzyme to adopt the closed rather than the open conformation. Reduces the binding affinity.
E798 (vs. gap) mutation E->A,L: The catalytic efficiency is not increased, when the sodium concentration increases.; mutation E->D,Q: Small increase of the catalytic efficiency, when the sodium concentration increases.
W1000 (= W1059) mutation W->F,G,L,T: Decreases affinity for substrate.

Sites not aligning to the query:

1 modified: Initiator methionine, Removed

6tshA Beta-galactosidase in complex with deoxygalacto-nojirimycin (see paper)
33% identity, 94% coverage: 49:1080/1101 of query aligns to 8:1010/1015 of 6tshA

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binding (2R,3S,4R,5S)-2-(hydroxymethyl)piperidine-3,4,5-triol: D193 (= D236), H383 (= H436), E453 (= E504), E529 (= E598), H532 (= H601), W560 (= W629), F593 (= F663)
binding magnesium ion: E408 (= E461), H410 (= H463), E453 (= E504)

5a1aA 2.2 a resolution cryo-em structure of beta-galactosidase in complex with a cell-permeant inhibitor (see paper)
33% identity, 94% coverage: 49:1080/1101 of query aligns to 15:1017/1022 of 5a1aA

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binding magnesium ion: W15 (= W49), N17 (= N51), V20 (≠ I54), Q162 (≠ E198), D192 (= D228), E415 (= E461), H417 (= H463), E460 (= E504)
binding sodium ion: D200 (= D236), H539 (= H601), F555 (= F617), Y558 (≠ T620), P559 (= P621), L561 (≠ V623), F600 (= F663), N603 (= N666)
binding 2-phenylethyl 1-thio-beta-D-galactopyranoside: N101 (≠ S136), D200 (= D236), M501 (≠ L545), Y502 (≠ D546), H539 (= H601), D597 (= D660), F600 (= F663), W998 (= W1059)

Sites not aligning to the query:

binding magnesium ion: 14

1jz6A E. Coli (lacz) beta-galactosidase in complex with galacto-tetrazole (see paper)
33% identity, 94% coverage: 49:1080/1101 of query aligns to 4:1006/1011 of 1jz6A

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1jz6A

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binding (5r, 6s, 7s, 8s)-5-hydroxymethyl-6,7,8-trihydroxy-tetrazolo[1,5-a]piperidine: D189 (= D236), H379 (= H436), E449 (= E504), Y491 (≠ D546), E525 (= E598), H528 (= H601), W556 (= W629), N592 (= N666)
binding magnesium ion: N6 (= N51), V9 (≠ I54), Q151 (≠ E198), D181 (= D228), E404 (= E461), H406 (= H463), E449 (= E504), S635 (≠ V706), E638 (≠ N709), L658 (≠ I734)
binding sodium ion: D189 (= D236), F544 (= F617), Y547 (≠ T620), P548 (= P621), L550 (≠ V623), F589 (= F663), C590 (≠ N664), N592 (= N666), F919 (≠ M982), P920 (= P983), L955 (= L1027), M956 (≠ D1028), T958 (≠ A1030)

Sites not aligning to the query:

binding magnesium ion: 3

1jz5A E. Coli (lacz) beta-galactosidase in complex with d-galctopyranosyl-1- on (see paper)
33% identity, 94% coverage: 49:1080/1101 of query aligns to 4:1006/1011 of 1jz5A

query
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1jz5A

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Sites not aligning to the query:

binding magnesium ion: 3

1jz3A E. Coli (lacz) beta-galactosidase-trapped 2-deoxy-galactosyl enzyme intermediate (see paper)
33% identity, 94% coverage: 49:1080/1101 of query aligns to 4:1006/1011 of 1jz3A

query
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1jz3A

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Sites not aligning to the query:

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1jz2A E. Coli (lacz) beta-galactosidase-trapped 2-f-galactosyl-enzyme intermediate (orthorhombic) (see paper)
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1jz2A

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Sites not aligning to the query:

binding magnesium ion: 3

1jyxA E. Coli (lacz) beta-galactosidase in complex with iptg (see paper)
33% identity, 94% coverage: 49:1080/1101 of query aligns to 4:1006/1011 of 1jyxA

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binding 1-methylethyl 1-thio-beta-D-galactopyranoside: N90 (≠ S136), D189 (= D236), E292 (= E347), P294 (= P349), E449 (= E504), E525 (= E598), H528 (= H601), N592 (= N666), R633 (= R704), D636 (≠ V707), Q690 (≠ L767), W696 (= W773), W987 (= W1059)
binding magnesium ion: N6 (= N51), V9 (≠ I54), Q151 (≠ E198), D181 (= D228), E404 (= E461), H406 (= H463), E449 (= E504)
binding sodium ion: D189 (= D236), F544 (= F617), Y547 (≠ T620), P548 (= P621), L550 (≠ V623), Q551 (≠ I624), F589 (= F663), C590 (≠ N664), N592 (= N666), F919 (≠ M982), P920 (= P983), L955 (= L1027), M956 (≠ D1028), T958 (≠ A1030)

Sites not aligning to the query:

binding magnesium ion: 3

7btkC E.Coli beta-galactosidase (e537q) in complex with fluorescent probe ksa01 (see paper)
33% identity, 94% coverage: 49:1080/1101 of query aligns to 16:1018/1023 of 7btkC

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7btkC

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binding magnesium ion: N18 (= N51), V21 (≠ I54), Q163 (≠ E198), D193 (= D228), D201 (= D236), E416 (= E461), H418 (= H463), E461 (= E504)

Sites not aligning to the query:

binding magnesium ion: 15

7brsA E.Coli beta-galactosidase (e537q) in complex with fluorescent probe ksa02 (see paper)
33% identity, 94% coverage: 49:1080/1101 of query aligns to 14:1016/1021 of 7brsA

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binding magnesium ion: N16 (= N51), V19 (≠ I54), Q161 (≠ E198), D191 (= D228), E414 (= E461), H416 (= H463), E459 (= E504)

Sites not aligning to the query:

binding magnesium ion: 13

6kuzA E.Coli beta-galactosidase (e537q) in complex with fluorescent probe ksl01 (see paper)
33% identity, 94% coverage: 49:1080/1101 of query aligns to 14:1016/1021 of 6kuzA

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binding 3-(1,3-benzothiazol-2-yl)-2-[[4-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxyphenyl]methoxy]-5-methyl-benzaldehyde: N100 (≠ S136), D199 (= D236), H389 (= H436), H416 (= H463), E459 (= E504), Y501 (≠ D546), Q535 (≠ E598), H538 (= H601), W566 (= W629), W997 (= W1059)
binding magnesium ion: N16 (= N51), V19 (≠ I54), Q161 (≠ E198), D191 (= D228), E414 (= E461), H416 (= H463), E459 (= E504)

Sites not aligning to the query:

binding magnesium ion: 13

4duxA E. Coli (lacz) beta-galactosidase (n460s) in complex with l-ribose (see paper)
33% identity, 94% coverage: 49:1080/1101 of query aligns to 8:1010/1015 of 4duxA

query
sites
4duxA

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active site: D193 (= D236), H349 (= H402), H383 (= H436), E408 (= E461), H410 (= H463), E453 (= E504), Y495 (≠ D546), E529 (= E598), N589 (≠ H659), F593 (= F663), N596 (= N666)
binding beta-L-ribopyranose: D193 (= D236), H383 (= H436), E453 (= E504), M494 (≠ L545), Y495 (≠ D546), E529 (= E598), H532 (= H601), W560 (= W629), F593 (= F663), S788 (vs. gap), W991 (= W1059)
binding magnesium ion: N10 (= N51), V13 (≠ I54), Q155 (≠ E198), D185 (= D228), E408 (= E461), H410 (= H463), E453 (= E504)

Sites not aligning to the query:

binding magnesium ion: 7

1jywA E. Coli (lacz) beta-galactosidase (e537q) in complex with pnpg (see paper)
33% identity, 94% coverage: 49:1080/1101 of query aligns to 4:1006/1011 of 1jywA

query
sites
1jywA

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binding 4-nitrophenyl beta-D-galactopyranoside: N90 (≠ S136), D189 (= D236), E449 (= E504), Y491 (≠ D546), Q525 (≠ E598), H528 (= H601), N592 (= N666), W987 (= W1059)
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Sites not aligning to the query:

binding magnesium ion: 3

1jyvA E. Coli (lacz) beta-galactosidase (e537q) in complex with onpg (see paper)
33% identity, 94% coverage: 49:1080/1101 of query aligns to 4:1006/1011 of 1jyvA

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binding 2-nitrophenyl beta-D-galactopyranoside: N90 (≠ S136), N90 (≠ S136), V91 (≠ A137), D189 (= D236), H406 (= H463), E449 (= E504), Y491 (≠ D546), H528 (= H601), D586 (= D660), F589 (= F663), N592 (= N666), V783 (vs. gap), V783 (vs. gap), E785 (vs. gap), R788 (≠ G859), W987 (= W1059)
binding magnesium ion: N6 (= N51), V9 (≠ I54), Q151 (≠ E198), D181 (= D228), E404 (= E461), H406 (= H463), E449 (= E504)

Sites not aligning to the query:

binding magnesium ion: 3

1jynA E. Coli (lacz) beta-galactosidase (e537q) in complex with lactose (see paper)
33% identity, 94% coverage: 49:1080/1101 of query aligns to 4:1006/1011 of 1jynA

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1jynA

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binding magnesium ion: N6 (= N51), V9 (≠ I54), Q151 (≠ E198), D181 (= D228), E404 (= E461), H406 (= H463), E449 (= E504)
binding sodium ion: D189 (= D236), F544 (= F617), Y547 (≠ T620), P548 (= P621), L550 (≠ V623), F589 (= F663), N592 (= N666), S635 (≠ V706), D636 (≠ V707), E638 (≠ N709), L658 (≠ I734), F919 (≠ M982), P920 (= P983), L955 (= L1027), M956 (≠ D1028), T958 (≠ A1030)

Sites not aligning to the query:

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3bgaA Crystal structure of beta-galactosidase from bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482
33% identity, 94% coverage: 49:1088/1101 of query aligns to 4:998/1003 of 3bgaA

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3bgaA

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P06864 Evolved beta-galactosidase subunit alpha; Beta-gal; Lactase; EC 3.2.1.23 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
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P06864

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1yq2A Beta-galactosidase from arthrobacter sp. C2-2 (isoenzyme c2-2-1) (see paper)
29% identity, 88% coverage: 88:1059/1101 of query aligns to 32:1001/1020 of 1yq2A

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1yq2A

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binding magnesium ion: A522 (≠ S602), G524 (= G604), G526 (≠ S606)

6sebA Cold-adapted beta-d-galactosidase from arthrobacter sp. 32cb in complex with iptg (see paper)
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6sebA

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SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory