SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_067078017.1 NCBI__GCF_001602375.1:WP_067078017.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4yerA Crystal structure of an abc transporter atp-binding protein (tm_1403) from thermotoga maritima msb8 at 2.35 a resolution
51% identity, 99% coverage: 4:315/316 of query aligns to 2:282/285 of 4yerA

query
sites
4yerA
D
 
E
D
 
D
I
 
I
I
 
I
E
 
V
V
 
V
R
 
E
D
 
N
L
 
L
E
 
V
H
 
K
A
 
K
F
|
F
G
 
G
D
 
D
F
|
F
T
 
E
A
 
A
V
 
V
R
 
K
G
 
G
I
 
V
S
 
S
F
 
F
T
 
S
V
 
V
K
 
K
K
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
I
F
 
F
S
 
A
F
 
F
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
T
 
T
I
 
I
N
 
H
I
 
M
L
 
L
T
 
T
T
 
T
L
 
L
L
 
L
P
 
K
V
 
P
Q
 
T
K
 
S
G
 
G
A
 
K
V
 
A
R
 
W
V
 
V
A
 
A
G
 
G
Y
 
H
D
 
D
V
 
V
A
 
L
R
 
K
E
 
E
P
 
P
R
 
R
K
 
E
V
 
V
R
 
R
K
 
R
A
 
K
I
 
I
G
 
G
I
 
I
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
D
 
D
D
 
Q
V
 
S
L
 
L
D
 
D
R
 
R
D
 
E
L
 
L
T
 
T
V
 
A
R
 
Y
E
 
E
T
 
N
M
 
M
E
 
Y
F
 
I
H
 
H
G
 
G
R
 
K
L
 
I
Y
 
Y
G
 
G
I
 
Y
P
 
G
R
 
G
E
 
E
E
 
K
R
 
L
R
 
K
R
 
K
R
 
R
I
 
I
D
 
L
D
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
E
I
 
F
V
 
V
E
 
E
L
 
L
E
 
L
F
 
E
K
 
F
R
 
K
D
 
D
E
 
K
R
 
P
T
 
V
K
 
K
N
x
T
L
x
F
S
|
S
G
 
G
G
 
G
M
 
M
K
 
A
R
 
R
R
 
R
L
 
L
Q
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
G
 
S
L
 
L
M
 
I
T
 
H
Q
 
E
P
 
P
G
 
E
V
 
V
L
 
L
F
 
F
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
Q
 
I
G
 
G
L
 
L
D
 
D
P
 
P
Q
 
H
T
 
T
R
 
R
M
 
A
R
 
H
I
 
M
W
 
W
D
 
E
Y
 
Y
I
 
I
R
 
S
Q
 
K
V
 
M
N
 
K
-
 
K
E
 
E
A
 
H
G
 
N
T
 
M
T
 
T
I
 
I
F
 
F
L
 
L
T
 
T
T
 
T
H
 
H
Y
 
Y
M
 
M
E
 
D
E
 
E
A
 
A
D
 
E
M
 
Q
L
 
L
S
 
A
D
 
D
R
 
R
I
 
V
S
 
A
I
 
I
I
 
I
D
 
D
H
 
H
G
 
G
R
 
K
I
 
I
V
 
I
V
 
A
S
 
L
G
 
G
T
 
T
P
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
L
K
 
K
N
 
R
A
 
M
L
 
V
G
 
G
E
 
K
D
 
E
V
 
I
V
 
I
Y
 
Y
L
 
-
E
 
-
T
 
-
D
 
-
D
 
-
D
 
-
R
 
-
T
 
-
A
 
-
R
 
-
E
 
-
S
 
-
L
 
-
W
 
-
G
 
-
I
 
-
E
 
-
E
 
-
I
 
V
R
 
R
S
 
D
V
 
F
K
 
I
E
 
E
S
 
S
P
 
C
R
 
R
G
 
K
L
 
L
S
 
P
V
 
-
T
 
-
I
 
-
S
 
-
A
 
-
D
 
D
G
 
G
S
 
-
H
 
-
C
 
-
L
 
-
P
 
-
R
 
R
I
 
L
I
 
E
D
 
L
A
 
N
V
 
V
R
 
E
D
 
D
A
 
-
G
 
-
I
 
-
T
 
-
I
 
I
S
 
E
N
 
E
V
 
I
N
 
T
L
 
Y
K
 
H
K
 
K
P
 
P
T
 
T
M
 
L
D
 
N
D
 
D
V
 
V
F
 
F
V
 
L
H
 
H
Y
 
L
T
 
T
G
 
G
R
 
R
E
 
E
L
 
L
R
 
R
D
 
E
A
 
E
G
 
G

Q9BZC7 ATP-binding cassette sub-family A member 2; ATP-binding cassette transporter 2; ATP-binding cassette 2; EC 7.6.2.- from Homo sapiens (Human) (see paper)
42% identity, 66% coverage: 21:230/316 of query aligns to 1006:1214/2435 of Q9BZC7

query
sites
Q9BZC7
A
 
A
V
 
L
R
 
N
G
 
K
I
 
L
S
 
S
F
 
L
T
 
N
V
 
L
K
 
Y
K
 
E
G
 
N
E
 
Q
I
 
V
F
 
V
S
 
S
F
 
F
L
 
L
G
 
G
P
 
H
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
T
 
T
I
 
M
N
 
S
I
 
I
L
 
L
T
 
T
T
 
G
L
 
L
L
 
F
P
 
P
V
 
P
Q
 
T
K
 
S
G
 
G
A
 
S
V
 
A
R
 
T
V
 
I
A
 
Y
G
 
G
Y
 
H
D
 
D
V
 
I
A
 
R
R
 
T
E
 
E
P
 
M
R
 
D
K
 
E
V
 
I
R
 
R
K
 
K
A
 
N
I
 
L
G
 
G
I
 
M
V
 
C
F
 
P
Q
 
Q
D
 
H
D
 
N
V
 
V
L
 
L
D
 
F
R
 
D
D
 
R
L
 
L
T
 
T
V
 
V
R
 
E
E
 
E
T
 
H
M
 
L
E
 
W
F
 
F
H
 
Y
G
 
S
R
 
R
L
 
L
Y
 
K
G
 
S
I
 
M
P
 
A
R
 
Q
E
 
E
E
 
E
R
 
I
R
 
R
R
 
R
R
 
E
I
 
M
D
 
D
D
 
K
L
 
M
L
 
I
R
 
E
I
 
D
V
 
L
E
 
E
L
 
L
E
 
S
F
 
N
K
 
K
R
 
R
D
 
H
E
 
S
R
 
L
T
 
V
K
 
Q
N
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
M
K
 
K
R
 
R
R
 
K
L
 
L
Q
 
S
I
 
V
A
 
A
R
 
I
G
 
A
L
 
F
M
 
V
T
 
G
Q
 
G
P
 
S
G
 
R
V
 
A
L
 
I
F
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
Q
 
A
G
 
G
L
 
V
D
 
D
P
 
P
Q
 
Y
T
 
A
R
 
R
M
 
R
R
 
A
I
 
I
W
 
W
D
 
D
Y
 
L
I
 
I
R
 
L
Q
 
K
V
 
Y
N
 
-
E
 
K
A
 
P
G
 
G
T
 
R
T
 
T
I
 
I
F
 
L
L
 
L
T
 
S
T
 
T
H
 
H
Y
 
H
M
 
M
E
 
D
E
 
E
A
 
A
D
 
D
M
 
L
L
 
L
S
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
I
S
 
A
I
 
I
I
 
I
D
 
S
H
 
H
G
 
G
R
 
K
I
 
L
V
 
K
V
 
C
S
 
C
G
 
G
T
 
S
P
 
P
A
 
L
E
 
F
L
 
L
K
 
K
N
 
G
A
 
T
L
 
Y
G
 
G
E
 
D

Sites not aligning to the query:

8f5bA Human abca4 structure in complex with amp-pnp
44% identity, 66% coverage: 21:229/316 of query aligns to 737:944/1924 of 8f5bA

query
sites
8f5bA
A
 
A
V
 
V
R
 
D
G
 
R
I
 
L
S
 
N
F
 
I
T
 
T
V
 
F
K
 
Y
K
 
E
G
 
N
E
 
Q
I
 
I
F
 
T
S
 
A
F
 
F
L
 
L
G
 
G
P
 
H
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
T
 
T
I
 
L
N
 
S
I
 
I
L
 
L
T
 
T
T
 
G
L
 
L
L
 
L
P
 
P
V
 
P
Q
 
T
K
 
S
G
 
G
A
 
T
V
 
V
R
 
L
V
 
V
A
 
G
G
 
G
Y
 
R
D
 
D
V
 
I
A
 
E
R
 
T
E
 
S
P
 
L
R
 
D
K
 
A
V
 
V
R
 
R
K
 
Q
A
 
S
I
 
L
G
 
G
I
 
M
V
 
C
F
 
P
Q
|
Q
D
 
H
D
 
N
V
 
I
L
 
L
D
 
F
R
 
H
D
 
H
L
 
L
T
 
T
V
 
V
R
 
A
E
 
E
T
 
H
M
 
M
E
 
L
F
 
F
H
 
Y
G
 
A
R
 
Q
L
 
L
Y
 
K
G
 
G
I
 
K
P
 
S
R
 
Q
E
 
E
E
 
E
R
 
A
R
 
Q
R
 
L
R
 
E
I
 
M
D
 
E
D
 
A
L
 
M
L
 
L
R
 
E
I
 
D
V
 
T
E
 
G
L
 
L
E
 
H
F
 
H
K
 
K
R
 
R
D
 
N
E
 
E
R
 
E
T
 
A
K
 
Q
N
x
D
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
M
K
 
Q
R
 
R
R
 
K
L
 
L
Q
 
S
I
 
V
A
 
A
R
 
I
G
 
A
L
 
F
M
 
V
T
 
G
Q
 
D
P
 
A
G
 
K
V
 
V
L
 
V
F
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
Q
 
S
G
 
G
L
 
V
D
 
D
P
 
P
Q
 
Y
T
 
S
R
 
R
M
 
R
R
 
S
I
 
I
W
 
W
D
 
D
Y
 
L
I
 
L
R
 
L
Q
 
K
V
 
Y
N
 
-
E
 
R
A
 
S
G
 
G
T
 
R
T
 
T
I
 
I
F
 
I
L
 
M
T
 
S
T
 
T
H
 
H
Y
 
H
M
 
M
E
 
D
E
 
E
A
 
A
D
 
D
M
 
L
L
 
L
S
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
I
S
 
A
I
 
I
I
 
I
D
 
A
H
 
Q
G
 
G
R
 
R
I
 
L
V
 
Y
V
 
C
S
 
S
G
 
G
T
 
T
P
 
P
A
 
L
E
 
F
L
 
L
K
 
K
N
 
N
A
 
C
L
 
F
G
 
G

Sites not aligning to the query:

7lkzA Structure of atp-bound human abca4 (see paper)
43% identity, 66% coverage: 21:229/316 of query aligns to 725:932/1920 of 7lkzA

query
sites
7lkzA
A
|
A
V
 
V
R
 
D
G
 
R
I
 
L
S
 
N
F
 
I
T
 
T
V
 
F
K
 
Y
K
 
E
G
 
N
E
 
Q
I
 
I
F
 
T
S
 
A
F
 
F
L
 
L
G
 
G
P
 
H
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
 
T
T
 
T
I
 
L
N
 
S
I
 
I
L
 
L
T
 
T
T
 
G
L
 
L
L
 
L
P
 
P
V
 
P
Q
 
T
K
 
S
G
 
G
A
 
T
V
 
V
R
 
L
V
 
V
A
 
G
G
 
G
Y
 
R
D
 
D
V
 
I
A
 
E
R
 
T
E
 
S
P
 
L
R
 
D
K
 
A
V
 
V
R
 
R
K
 
Q
A
 
S
I
 
L
G
 
G
I
 
M
V
 
C
F
 
P
Q
|
Q
D
 
H
D
 
N
V
 
I
L
 
L
D
 
F
R
 
H
D
 
H
L
 
L
T
 
T
V
 
V
R
 
A
E
 
E
T
 
H
M
 
M
E
 
L
F
 
F
H
 
Y
G
 
A
R
 
Q
L
 
L
Y
 
K
G
 
G
I
 
K
P
 
S
R
 
Q
E
 
E
E
 
E
R
 
A
R
 
Q
R
 
L
R
 
E
I
 
M
D
 
E
D
 
A
L
 
M
L
 
L
R
 
E
I
 
D
V
 
T
E
 
G
L
 
L
E
 
H
F
 
H
K
|
K
R
 
R
D
 
N
E
 
E
R
 
E
T
 
A
K
 
Q
N
x
D
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
M
 
M
K
 
Q
R
 
R
R
 
K
L
 
L
Q
 
S
I
 
V
A
 
A
R
 
I
G
 
A
L
 
F
M
 
V
T
 
G
Q
 
D
P
 
A
G
 
K
V
 
V
L
 
V
F
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
T
Q
 
S
G
 
G
L
 
V
D
 
D
P
 
P
Q
 
Y
T
 
S
R
 
R
M
 
R
R
 
S
I
 
I
W
 
W
D
 
D
Y
 
L
I
 
L
R
 
L
Q
 
K
V
 
Y
N
 
-
E
 
R
A
 
S
G
 
G
T
 
R
T
 
T
I
 
I
F
 
I
L
 
M
T
 
S
T
 
T
H
 
H
Y
 
H
M
 
M
E
 
D
E
 
E
A
 
A
D
 
D
M
 
L
L
 
L
S
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
I
S
 
A
I
 
I
I
 
I
D
 
A
H
 
Q
G
 
G
R
 
R
I
 
L
V
 
Y
V
 
C
S
 
S
G
 
G
T
 
T
P
 
P
A
 
L
E
 
F
L
 
L
K
 
K
N
 
N
A
 
C
L
 
F
G
 
G

Sites not aligning to the query:

7e7qA Cryo-em structure of human abca4 in atp-bound state (see paper)
43% identity, 66% coverage: 21:229/316 of query aligns to 808:1015/1958 of 7e7qA

query
sites
7e7qA
A
|
A
V
 
V
R
 
D
G
 
R
I
 
L
S
 
N
F
 
I
T
 
T
V
 
F
K
 
Y
K
 
E
G
 
N
E
 
Q
I
 
I
F
 
T
S
 
A
F
 
F
L
 
L
G
 
G
P
 
H
N
|
N
G
 
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
T
 
T
I
 
L
N
 
S
I
 
I
L
 
L
T
 
T
T
 
G
L
 
L
L
 
L
P
 
P
V
 
P
Q
 
T
K
 
S
G
 
G
A
 
T
V
 
V
R
 
L
V
 
V
A
 
G
G
 
G
Y
 
R
D
 
D
V
 
I
A
 
E
R
 
T
E
 
S
P
 
L
R
 
D
K
 
A
V
 
V
R
 
R
K
 
Q
A
 
S
I
 
L
G
 
G
I
 
M
V
 
C
F
 
P
Q
|
Q
D
 
H
D
 
N
V
 
I
L
 
L
D
 
F
R
 
H
D
 
H
L
 
L
T
 
T
V
 
V
R
 
A
E
 
E
T
 
H
M
 
M
E
 
L
F
 
F
H
 
Y
G
 
A
R
 
Q
L
 
L
Y
 
K
G
 
G
I
 
K
P
 
S
R
 
Q
E
 
E
E
 
E
R
 
A
R
 
Q
R
 
L
R
 
E
I
 
M
D
 
E
D
 
A
L
 
M
L
 
L
R
 
E
I
 
D
V
 
T
E
 
G
L
 
L
E
 
H
F
 
H
K
 
K
R
 
R
D
 
N
E
 
E
R
 
E
T
 
A
K
 
Q
N
 
D
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
M
 
M
K
 
Q
R
 
R
R
 
K
L
 
L
Q
 
S
I
 
V
A
 
A
R
 
I
G
 
A
L
 
F
M
 
V
T
 
G
Q
 
D
P
 
A
G
 
K
V
 
V
L
 
V
F
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
T
Q
 
S
G
 
G
L
 
V
D
 
D
P
 
P
Q
 
Y
T
 
S
R
 
R
M
 
R
R
 
S
I
 
I
W
 
W
D
 
D
Y
 
L
I
 
L
R
 
L
Q
 
K
V
 
Y
N
 
-
E
 
R
A
 
S
G
 
G
T
 
R
T
 
T
I
 
I
F
 
I
L
 
M
T
 
S
T
 
T
H
 
H
Y
 
H
M
 
M
E
 
D
E
 
E
A
 
A
D
 
D
M
 
L
L
 
L
S
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
I
S
 
A
I
 
I
I
 
I
D
 
A
H
 
Q
G
 
G
R
 
R
I
 
L
V
 
Y
V
 
C
S
 
S
G
 
G
T
 
T
P
 
P
A
 
L
E
 
F
L
 
L
K
 
K
N
 
N
A
 
C
L
 
F
G
 
G

Sites not aligning to the query:

7lkpA Structure of atp-free human abca4 (see paper)
43% identity, 65% coverage: 25:229/316 of query aligns to 752:955/1941 of 7lkpA

query
sites
7lkpA
I
 
L
S
 
N
F
 
I
T
 
T
V
 
F
K
 
Y
K
 
E
G
 
N
E
 
Q
I
 
I
F
 
T
S
 
A
F
 
F
L
 
L
G
 
G
P
 
H
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
T
 
T
I
 
L
N
 
S
I
 
I
L
 
L
T
 
T
T
 
G
L
 
L
L
 
L
P
 
P
V
 
P
Q
 
T
K
 
S
G
 
G
A
 
T
V
 
V
R
 
L
V
 
V
A
 
G
G
 
G
Y
 
R
D
 
D
V
 
I
A
 
E
R
 
T
E
 
S
P
 
L
R
 
D
K
 
A
V
 
V
R
 
R
K
 
Q
A
 
S
I
 
L
G
 
G
I
 
M
V
 
C
F
 
P
Q
 
Q
D
 
H
D
 
N
V
 
I
L
 
L
D
 
F
R
x
H
D
 
H
L
 
L
T
 
T
V
 
V
R
 
A
E
 
E
T
 
H
M
 
M
E
 
L
F
 
F
H
 
Y
G
 
A
R
 
Q
L
 
L
Y
 
K
G
 
G
I
 
K
P
 
S
R
 
Q
E
 
E
E
 
E
R
 
A
R
 
Q
R
 
L
R
 
E
I
 
M
D
 
E
D
 
A
L
 
M
L
 
L
R
 
E
I
 
D
V
 
T
E
 
G
L
 
L
E
 
H
F
 
H
K
 
K
R
 
R
D
 
N
E
 
E
R
 
E
T
 
A
K
x
Q
N
 
D
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
M
K
 
Q
R
 
R
R
 
K
L
 
L
Q
 
S
I
 
V
A
 
A
R
 
I
G
 
A
L
 
F
M
 
V
T
 
G
Q
 
D
P
 
A
G
 
K
V
 
V
L
 
V
F
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
Q
 
S
G
 
G
L
 
V
D
 
D
P
 
P
Q
 
Y
T
 
S
R
 
R
M
 
R
R
 
S
I
 
I
W
 
W
D
 
D
Y
 
L
I
 
L
R
 
L
Q
 
K
V
 
Y
N
 
-
E
 
R
A
 
S
G
 
G
T
 
R
T
 
T
I
 
I
F
 
I
L
 
M
T
 
S
T
 
T
H
 
H
Y
 
H
M
 
M
E
 
D
E
 
E
A
 
A
D
 
D
M
 
L
L
 
L
S
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
I
S
 
A
I
 
I
I
 
I
D
 
A
H
 
Q
G
 
G
R
 
R
I
 
L
V
 
Y
V
 
C
S
 
S
G
 
G
T
 
T
P
 
P
A
 
L
E
 
F
L
 
L
K
 
K
N
 
N
A
 
C
L
 
F
G
 
G

Sites not aligning to the query:

P78363 Retinal-specific phospholipid-transporting ATPase ABCA4; ATP-binding cassette sub-family A member 4; RIM ABC transporter; RIM proteinv; RmP; Retinal-specific ATP-binding cassette transporter; Stargardt disease protein; EC 7.6.2.1 from Homo sapiens (Human) (see 43 papers)
40% identity, 79% coverage: 21:269/316 of query aligns to 945:1190/2273 of P78363

query
sites
P78363
A
|
A
V
|
V
R
x
D
G
x
R
I
x
L
S
x
N
F
x
I
T
|
T
V
x
F
K
x
Y
K
x
E
G
x
N
E
x
Q
I
|
I
F
x
T
S
x
A
F
|
F
L
|
L
G
|
G
P
x
H
N
|
N
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
T
|
T
I
x
L
N
x
S
I
|
I
L
|
L
T
|
T
T
x
G
L
|
L
L
|
L
P
|
P
V
x
P
Q
x
T
K
x
S
G
|
G
A
x
T
V
|
V
R
x
L
V
|
V
A
x
G
G
|
G
Y
x
R
D
|
D
V
x
I
A
x
E
R
x
T
E
x
S
P
x
L
R
x
D
K
x
A
V
|
V
R
|
R
K
x
Q
A
x
S
I
x
L
G
|
G
I
x
M
V
x
C
F
x
P
Q
|
Q
D
x
H
D
x
N
V
x
I
L
|
L
D
x
F
R
x
H
D
x
H
L
|
L
T
|
T
V
|
V
R
x
A
E
|
E
T
x
H
M
|
M
E
x
L
F
|
F
H
x
Y
G
x
A
R
x
Q
L
|
L
Y
x
K
G
|
G
I
x
K
P
x
S
R
x
Q
E
|
E
E
|
E
R
x
A
R
x
Q
R
x
L
R
x
E
I
x
M
D
x
E
D
x
A
L
x
M
L
|
L
R
x
E
I
x
D
V
x
T
E
x
G
L
|
L
E
x
H
F
x
H
K
|
K
R
|
R
D
x
N
E
|
E
R
x
E
T
x
A
K
x
Q
N
x
D
L
|
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
M
|
M
K
x
Q
R
|
R
R
x
K
L
|
L
Q
x
S
I
x
V
A
|
A
R
x
I
G
x
A