SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_068749038.1 NCBI__GCF_001601575.1:WP_068749038.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6aa8E Crystal structure of (s)-3-hydroxybutyryl-coenzymea dehydrogenase from clostridium acetobutylicum complexed with NAD+ (see paper)
49% identity, 99% coverage: 4:285/285 of query aligns to 1:281/281 of 6aa8E

query
sites
6aa8E
K
 
K
K
 
K
I
 
V
L
 
C
V
 
V
V
x
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
T
|
T
M
|
M
G
 
G
H
 
S
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
L
 
A
V
 
F
A
 
A
Q
 
A
Q
 
K
G
 
G
F
 
F
E
 
E
A
 
V
Y
 
V
L
 
L
V
x
R
D
|
D
R
x
I
E
 
K
K
 
D
E
 
E
I
 
F
V
 
V
E
 
D
K
 
R
A
 
G
F
 
L
L
 
D
K
 
F
I
 
I
K
 
N
E
 
K
G
 
N
L
 
L
M
 
S
K
 
K
R
 
L
V
 
V
E
 
K
K
 
K
G
 
G
K
 
K
I
 
I
S
 
E
K
 
E
E
 
A
E
 
T
A
 
K
E
 
V
K
 
E
V
 
I
L
 
L
E
 
T
K
 
R
I
 
I
T
 
S
V
 
G
G
 
T
T
 
V
D
 
D
M
 
L
E
 
N
T
 
M
F
 
A
A
 
A
D
 
D
A
 
C
D
 
D
F
 
L
V
 
V
I
 
I
E
 
E
A
|
A
V
x
A
F
 
V
E
|
E
D
 
R
V
 
M
E
 
D
V
 
I
K
|
K
K
 
K
K
 
Q
V
 
I
F
 
F
E
 
A
K
 
D
L
 
L
D
 
D
K
 
N
I
 
I
F
 
C
E
 
K
P
 
P
E
 
E
V
 
T
V
 
I
L
 
L
A
 
A
T
 
S
N
|
N
T
 
T
T
x
S
A
 
S
C
 
L
S
 
S
I
 
I
S
 
T
E
 
E
I
 
V
A
 
A
T
 
S
A
 
A
T
 
T
R
 
K
N
 
R
R
 
P
K
 
D
R
 
K
V
 
V
I
 
I
G
 
G
M
 
M
H
|
H
F
 
F
F
 
F
N
 
N
P
 
P
P
 
A
V
 
P
I
 
V
M
 
M
K
 
K
L
 
L
V
 
V
E
|
E
I
 
V
I
 
I
P
 
R
G
 
G
L
 
I
E
 
A
T
 
T
D
 
S
E
 
Q
T
 
E
T
 
T
V
 
F
E
 
D
K
 
A
T
 
V
K
 
K
A
 
E
M
 
T
A
 
S
L
 
I
M
 
A
L
 
I
D
 
G
K
 
K
T
 
D
P
 
P
V
 
V
V
 
E
T
 
V
K
 
A
I
 
-
E
 
E
T
 
A
P
 
P
A
 
G
G
 
F
I
 
V
V
 
V
S
x
N
R
 
R
V
 
I
L
 
L
A
 
I
A
 
P
L
 
M
L
 
I
N
 
N
E
 
E
A
 
A
V
 
V
V
 
G
V
 
I
Y
 
L
S
 
A
E
 
E
G
 
G
V
 
I
A
 
A
D
 
S
A
 
V
K
 
E
D
 
D
I
 
I
D
 
D
T
 
K
A
 
A
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
L
 
H
P
 
P
M
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
L
E
 
E
L
 
L
I
 
G
D
 
D
M
 
F
I
 
I
G
 
G
V
 
L
D
 
D
I
 
I
H
 
C
L
 
L
A
 
A
K
 
I
T
 
M
E
 
D
T
 
V
L
 
L
Y
 
Y
R
 
S
E
 
E
Y
 
T
G
 
G
D
 
D
P
 
S
R
 
K
Y
 
Y
R
 
R
P
 
P
P
 
H
Y
 
T
I
 
L
L
 
L
K
 
K
K
 
K
M
 
Y
V
 
V
K
 
R
A
 
A
G
 
G
H
 
W
L
 
L
G
 
G
R
 
R
K
 
K
T
 
S
G
 
G
R
 
K
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
I
 
D
Y
 
Y
E
 
S
Q
 
K

4kugA Crystal structure of 3-hydroxybutylryl-coa dehydrogenase with NAD from clostridium butyricum
48% identity, 99% coverage: 3:285/285 of query aligns to 1:282/282 of 4kugA

query
sites
4kugA
V
 
M
K
 
K
K
 
K
I
 
V
L
 
F
V
 
V
V
 
L
G
 
G
A
 
A
G
|
G
T
|
T
M
|
M
G
 
G
H
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
V
Q
 
Q
L
 
A
V
 
F
A
 
A
Q
 
A
Q
 
K
G
 
G
F
 
C
E
 
E
A
 
V
Y
 
I
L
 
V
V
x
R
D
|
D
R
 
I
E
 
K
K
 
E
E
 
E
I
 
F
V
 
V
E
 
D
K
 
R
A
 
G
F
 
I
L
 
A
K
 
T
I
 
I
K
 
T
E
 
K
G
 
S
L
 
L
M
 
S
K
 
K
R
 
L
V
 
V
E
 
A
K
 
K
G
 
E
K
 
K
I
 
I
S
 
T
K
 
E
E
 
A
E
 
D
A
 
K
E
 
E
K
 
E
V
 
I
L
 
L
E
 
S
K
 
R
I
 
I
T
 
S
V
 
G
G
 
T
T
 
T
D
 
D
M
 
M
E
 
K
T
 
L
F
 
A
A
 
A
D
 
D
A
 
C
D
 
D
F
 
L
V
 
V
I
 
V
E
 
E
A
|
A
V
x
A
F
 
I
E
|
E
D
 
N
V
 
M
E
 
K
V
 
I
K
 
K
K
 
K
K
 
E
V
 
I
F
 
F
E
 
A
K
 
E
L
 
L
D
 
D
K
 
G
I
 
I
F
 
C
E
 
K
P
 
P
E
 
E
V
 
T
V
 
I
L
 
L
A
 
A
T
 
S
N
|
N
T
 
T
T
x
S
A
 
S
C
 
L
S
 
S
I
 
I
S
 
T
E
 
E
I
 
V
A
 
A
T
 
S
A
 
A
T
 
T
R
 
K
N
 
R
R
 
A
K
 
D
R
 
K
V
 
V
I
 
I
G
 
G
M
 
M
H
|
H
F
 
F
F
 
F
N
 
N
P
 
P
P
 
A
V
 
P
I
 
V
M
 
M
K
 
K
L
 
L
V
 
V
E
|
E
I
 
V
I
 
I
P
 
R
G
 
G
L
 
A
E
 
A
T
 
T
D
 
S
E
 
Q
T
 
E
T
 
T
V
 
F
E
 
D
K
 
A
T
 
V
K
 
K
A
 
E
M
 
M
A
 
S
L
 
E
M
 
S
L
 
I
D
 
G
K
 
K
T
 
T
P
 
P
V
 
V
V
 
E
T
 
V
K
 
A
I
 
-
E
 
E
T
 
A
P
 
P
A
 
G
G
 
F
I
 
V
V
 
V
S
x
N
R
 
R
V
 
I
L
 
L
A
 
I
A
 
P
L
 
M
L
 
I
N
 
N
E
 
E
A
 
A
V
 
T
V
 
F
V
 
I
Y
 
L
S
 
Q
E
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
A
D
 
K
A
 
E
K
 
E
D
 
D
I
 
I
D
 
D
T
 
A
A
 
A
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
L
 
H
P
 
P
M
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
L
E
 
A
L
 
L
I
 
G
D
 
D
M
 
L
I
 
I
G
 
G
V
 
L
D
 
D
I
 
V
H
 
C
L
 
L
A
 
A
K
 
I
T
 
M
E
 
D
T
 
V
L
 
L
Y
 
Y
R
 
N
E
 
E
Y
 
T
G
 
G
D
 
D
P
 
T
R
 
K
Y
 
Y
R
 
R
P
 
A
P
 
S
Y
 
S
I
 
L
L
 
L
K
 
R
K
 
K
M
 
Y
V
 
V
K
 
R
A
 
A
G
 
G
H
 
W
L
 
L
G
 
G
R
 
R
K
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
K
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
I
 
D
Y
 
Y
E
 
S
Q
 
K

4kuhA Crystal structure of 3-hydroxybutylryl-coa dehydrogenase with acetoacetyl-coa from clostridium butyricum
48% identity, 99% coverage: 3:283/285 of query aligns to 1:280/280 of 4kuhA

query
sites
4kuhA
V
 
M
K
 
K
K
 
K
I
 
V
L
 
F
V
 
V
V
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
T
 
T
M
 
M
G
 
G
H
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
V
Q
 
Q
L
 
A
V
 
F
A
 
A
Q
 
A
Q
 
K
G
 
G
F
 
C
E
 
E
A
 
V
Y
 
I
L
 
V
V
 
R
D
 
D
R
 
I
E
 
K
K
 
E
E
 
E
I
 
F
V
 
V
E
 
D
K
 
R
A
 
G
F
 
I
L
 
A
K
 
T
I
 
I
K
 
T
E
 
K
G
 
S
L
 
L
M
 
S
K
|
K
R
 
L
V
 
V
E
 
A
K
|
K
G
 
E
K
|
K
I
 
I
S
 
T
K
 
E
E
 
A
E
 
D
A
 
K
E
 
E
K
 
E
V
 
I
L
 
L
E
 
S
K
 
R
I
 
I
T
 
S
V
 
G
G
 
T
T
 
T
D
 
D
M
 
M
E
 
K
T
 
L
F
 
A
A
 
A
D
 
D
A
 
C
D
 
D
F
 
L
V
 
V
I
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
A
F
 
I
E
 
E
D
 
N
V
 
M
E
 
K
V
 
I
K
 
K
K
 
K
K
 
E
V
 
I
F
 
F
E
 
A
K
 
E
L
 
L
D
 
D
K
 
G
I
 
I
F
 
C
E
 
K
P
 
P
E
 
E
V
 
T
V
 
I
L
 
L
A
 
A
T
 
S
N
 
N
T
 
T
T
x
S
A
 
S
C
 
L
S
 
S
I
 
I
S
 
T
E
 
E
I
 
V
A
 
A
T
 
S
A
 
A
T
 
T
R
 
K
N
 
R
R
 
A
K
 
D
R
 
K
V
 
V
I
 
I
G
 
G
M
 
M
H
|
H
F
 
F
F
 
F
N
 
N
P
 
P
P
 
A
V
 
P
I
 
V
M
 
M
K
 
K
L
 
L
V
 
V
E
|
E
I
 
V
I
 
I
P
 
R
G
 
G
L
 
A
E
 
A
T
 
T
D
 
S
E
 
Q
T
 
E
T
 
T
V
 
F
E
 
D
K
 
A
T
 
V
K
 
K
A
 
E
M
 
M
A
 
S
L
 
E
M
 
S
L
 
I
D
 
G
K
 
K
T
 
T
P
 
P
V
 
V
V
 
E
T
 
V
K
 
A
I
 
-
E
 
E
T
 
A
P
 
P
A
 
G
G
 
F
I
 
V
V
 
V
S
x
N
R
 
R
V
 
I
L
 
L
A
 
I
A
 
P
L
 
M
L
 
I
N
 
N
E
 
E
A
 
A
V
 
T
V
 
F
V
 
I
Y
 
L
S
 
Q
E
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
A
D
 
K
A
 
E
K
 
E
D
 
D
I
 
I
D
 
D
T
 
A
A
 
A
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
L
 
H
P
 
P
M
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
L
E
 
A
L
 
L
I
 
G
D
 
D
M
 
L
I
 
I
G
 
G
V
 
L
D
 
D
I
 
V
H
 
C
L
 
L
A
 
A
K
 
I
T
 
M
E
 
D
T
 
V
L
 
L
Y
 
Y
R
 
N
E
 
E
Y
 
T
G
 
G
D
 
D
P
 
T
R
 
K
Y
 
Y
R
 
R
P
 
A
P
 
S
Y
 
S
I
 
L
L
 
L
K
 
R
K
 
K
M
 
Y
V
 
V
K
 
R
A
 
A
G
 
G
H
 
W
L
 
L
G
 
G
R
 
R
K
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
K
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
I
 
D
Y
 
Y

9jheA 3-hydroxybutyryl-coa dehydrogenase with NAD (see paper)
48% identity, 98% coverage: 5:284/285 of query aligns to 2:279/289 of 9jheA

query
sites
9jheA
K
 
K
I
 
I
L
 
G
V
 
V
V
x
I
G
|
G
A
 
A
G
|
G
T
|
T
M
|
M
G
 
G
H
 
Q
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
K
L
 
A
V
 
F
A
 
A
Q
 
Q
-
 
V
Q
 
E
G
 
G
F
 
N
E
 
T
A
 
V
Y
 
A
L
 
L
V
 
C
D
|
D
R
x
I
E
 
K
K
 
Q
E
 
E
I
 
W
V
 
A
E
 
E
K
 
N
A
 
G
F
 
L
L
 
A
K
 
K
I
 
I
K
 
K
E
 
K
G
 
G
L
 
Y
M
 
E
K
 
K
R
 
L
V
 
V
E
 
A
K
 
K
G
 
G
K
 
K
I
 
I
S
 
P
K
 
Q
E
 
E
E
 
K
A
 
A
E
 
D
K
 
A
V
 
I
L
 
V
E
 
A
K
 
A
I
 
I
T
 
T
V
 
P
G
 
G
T
 
L
D
x
K
M
 
E
E
 
N
T
 
L
F
 
C
A
 
A
D
 
D
A
 
C
D
 
D
F
 
L
V
 
I
I
 
V
E
 
E
A
|
A
V
x
A
F
|
F
E
|
E
D
 
D
V
 
M
E
 
K
V
 
V
K
 
K
K
 
Q
K
 
T
V
 
T
F
 
F
E
 
G
K
 
E
L
 
L
D
 
D
K
 
K
I
 
I
F
 
C
E
 
K
P
 
P
E
 
E
V
 
C
V
 
I
L
 
F
A
 
A
T
 
S
N
|
N
T
 
T
T
x
S
A
 
S
C
 
L
S
 
S
I
 
I
S
 
T
E
 
E
I
 
I
A
 
G
T
 
K
A
 
G
T
 
L
R
 
S
N
 
-
R
 
-
K
 
R
R
 
P
V
 
L
I
 
V
G
 
G
M
 
M
H
|
H
F
 
F
F
 
F
N
 
N
P
 
P
P
 
A
V
 
D
I
 
R
M
 
M
K
 
K
L
 
L
V
 
I
E
 
E
I
 
V
I
 
I
P
 
A
G
 
G
L
 
C
E
 
N
T
 
T
D
 
P
E
 
A
T
 
E
T
 
T
V
 
V
E
 
E
K
 
K
T
 
I
K
 
K
A
 
E
M
 
I
A
 
S
L
 
V
M
 
A
L
 
I
D
 
G
K
 
K
T
 
N
P
 
P
V
 
V
V
 
-
T
 
-
K
 
Q
I
 
V
E
 
N
T
 
E
P
 
A
A
 
A
G
 
G
-
 
F
I
 
V
V
 
V
S
 
N
R
 
R
V
 
I
L
 
L
A
 
I
A
 
P
L
 
M
L
 
I
N
 
N
E
 
E
A
 
A
V
 
A
V
 
F
V
 
I
Y
 
K
S
 
M
E
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
S
D
 
D
A
 
I
K
 
A
D
 
G
I
 
I
D
 
D
T
 
T
A
 
A
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
L
 
H
P
 
P
M
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
L
E
 
E
L
 
L
I
 
G
D
 
D
M
 
F
I
 
I
G
 
G
V
 
L
D
 
D
I
 
I
H
 
C
L
 
L
A
 
A
K
 
I
T
 
M
E
 
D
T
 
V
L
 
L
Y
 
Y
R
 
H
E
 
E
Y
 
T
G
 
G
D
 
D
P
 
S
R
 
K
Y
 
Y
R
 
R
P
 
A
P
 
C
Y
 
P
I
 
L
L
 
I
K
 
R
K
 
K
M
 
M
V
 
V
K
 
R
A
 
G
G
 
G
H
 
N
L
 
L
G
 
G
R
 
C
K
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
K
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
I
 
V
Y
 
Y
E
 
N

9jhyB 3-hydroxybutyryl-coa dehydrogenase mutant (s117a) with acetoacetyl coa (see paper)
48% identity, 98% coverage: 5:284/285 of query aligns to 2:275/285 of 9jhyB

query
sites
9jhyB
K
 
K
I
 
I
L
 
G
V
 
V
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
T
 
T
M
 
M
G
 
G
H
 
Q
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
K
L
 
A
V
 
F
A
 
A
Q
 
Q
-
 
V
Q
 
E
G
 
G
F
 
N
E
 
T
A
 
V
Y
 
A
L
 
L
V
 
C
D
 
D
R
 
I
E
 
K
K
 
Q
E
 
E
I
 
W
V
 
A
E
 
E
K
 
N
A
 
G
F
 
L
L
 
A
K
 
K
I
 
I
K
 
K
E
 
K
G
 
G
L
 
Y
M
 
E
K
 
K
R
x
L
V
 
V
E
 
A
K
|
K
G
 
G
K
|
K
I
|
I
S
 
P
K
 
Q
E
 
E
E
 
K
A
 
A
E
 
D
K
 
A
V
 
I
L
 
V
E
 
A
K
 
A
I
 
I
T
 
T
V
 
P
G
 
G
T
 
L
D
 
-
M
 
-
E
 
-
T
 
-
F
 
C
A
 
A
D
 
D
A
 
C
D
 
D
F
 
L
V
 
I
I
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
A
F
 
F
E
 
E
D
 
D
V
 
M
E
 
K
V
 
V
K
 
K
K
 
Q
K
 
T
V
 
T
F
 
F
E
 
G
K
 
E
L
 
L
D
 
D
K
 
K
I
 
I
F
 
C
E
 
K
P
 
P
E
 
E
V
 
C
V
 
I
L
 
F
A
 
A
T
 
S
N
 
N
T
 
T
T
 
A
A
 
S
C
 
L
S
 
S
I
 
I
S
 
T
E
 
E
I
 
I
A
 
G
T
 
K
A
 
G
T
 
L
R
 
S
N
 
-
R
 
-
K
 
R
R
 
P
V
 
L
I
 
V
G
 
G
M
 
M
H
|
H
F
 
F
F
|
F
N
|
N
P
 
P
P
 
A
V
 
D
I
x
R
M
 
M
K
 
K
L
 
L
V
 
I
E
 
E
I
 
V
I
 
I
P
 
A
G
 
G
L
 
C
E
 
N
T
 
T
D
 
P
E
 
A
T
 
E
T
 
T
V
 
V
E
 
E
K
 
K
T
 
I
K
 
K
A
 
E
M
 
I
A
 
S
L
 
V
M
 
A
L
 
I
D
 
G
K
 
K
T
 
N
P
 
P
V
 
V
V
 
-
T
 
-
K
 
Q
I
 
V
E
 
N
T
 
E
P
 
A
A
 
A
G
 
G
-
 
F
I
 
V
V
 
V
S
x
N
R
 
R
V
 
I
L
|
L
A
 
I
A
 
P
L
 
M
L
 
I
N
 
N
E
 
E
A
 
A
V
 
A
V
 
F
V
 
I
Y
 
K
S
 
M
E
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
S
D
 
D
A
 
I
K
 
A
D
 
G
I
 
I
D
 
D
T
 
T
A
 
A
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
L
 
H
P
 
P
M
|
M
G
 
G
P
 
P
L
 
L
E
 
E
L
 
L
I
 
G
D
 
D
M
 
F
I
|
I
G
 
G
V
 
L
D
 
D
I
 
I
H
 
C
L
 
L
A
 
A
K
 
I
T
 
M
E
 
D
T
 
V
L
 
L
Y
 
Y
R
 
H
E
 
E
Y
 
T
G
 
G
D
 
D
P
 
S
R
 
K
Y
 
Y
R
 
R
P
 
A
P
 
C
Y
 
P
I
 
L
L
 
I
K
 
R
K
 
K
M
 
M
V
 
V
K
 
R
A
 
G
G
 
G
H
 
N
L
 
L
G
 
G
R
 
C
K
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
K
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
I
 
V
Y
 
Y
E
 
N

4pzeA Crystal structure of (s)-3-hydroxybutyryl-coa dehydrogenase paah1 in complex with acetoacetyl-coa (see paper)
42% identity, 100% coverage: 2:285/285 of query aligns to 1:283/283 of 4pzeA

query
sites
4pzeA
E
 
S
V
 
I
K
 
R
K
 
T
I
 
V
L
 
G
V
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
A
G
 
G
T
 
T
M
 
M
G
 
G
H
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
L
 
A
V
 
C
A
 
A
Q
 
V
Q
 
V
G
 
G
F
 
L
E
 
N
A
 
V
Y
 
V
L
 
M
V
 
V
D
 
D
R
 
I
E
 
S
K
 
D
E
 
A
I
 
A
V
 
V
E
 
Q
K
 
K
A
 
G
F
 
V
L
 
A
K
 
T
I
 
V
K
 
A
E
 
S
G
 
S
L
 
L
M
 
D
K
 
R
R
 
L
V
 
I
E
 
K
K
 
K
G
 
E
K
 
K
I
 
L
S
 
T
K
 
E
E
 
A
E
 
D
A
 
K
E
 
A
K
 
S
V
 
A
L
 
L
E
 
A
K
 
R
I
 
I
T
 
K
V
 
G
G
 
S
T
 
T
D
 
S
M
 
Y
E
 
D
T
 
D
F
 
L
A
 
K
D
 
A
A
 
T
D
 
D
F
 
I
V
 
V
I
 
I
E
 
E
A
 
A
V
 
A
F
 
T
E
 
E
D
 
N
V
 
Y
E
 
D
V
 
L
K
 
K
K
 
V
K
 
K
V
 
I
F
 
L
E
 
K
K
 
Q
L
 
I
D
 
D
K
 
G
I
 
I
F
 
V
E
 
G
P
 
E
E
 
N
V
 
V
V
 
I
L
 
I
A
 
A
T
 
S
N
 
N
T
 
T
T
x
S
A
 
S
C
 
I
S
 
S
I
 
I
S
 
T
E
 
K
I
 
L
A
 
A
T
 
A
A
 
V
T
 
T
R
 
S
N
 
R
R
 
A
K
 
D
R
 
R
V
 
F
I
 
I
G
 
G
M
 
M
H
|
H
F
 
F
F
|
F
N
 
N
P
 
P
P
 
V
V
 
P
I
 
V
M
 
M
K
 
A
L
 
L
V
 
V
E
|
E
I
 
L
I
 
I
P
 
R
G
 
G
L
 
L
E
 
Q
T
 
T
D
 
S
E
 
D
T
 
T
T
 
T
V
 
H
E
 
A
K
 
A
T
 
V
K
 
E
A
 
A
M
 
L
A
 
S
L
 
K
M
 
Q
L
 
L
D
 
G
K
 
K
T
 
Y
P
 
P
V
 
I
V
 
T
T
 
V
K
 
K
I
 
-
E
 
N
T
 
S
P
 
P
A
 
G
G
 
F
I
 
V
V
 
V
S
x
N
R
 
R
V
 
I
L
 
L
A
 
C
A
 
P
L
 
M
L
 
I
N
 
N
E
 
E
A
 
A
V
 
F
V
 
C
V
 
V
Y
 
L
S
 
G
E
 
E
G
 
G
V
 
L
A
 
A
D
 
S
A
 
P
K
 
E
D
 
E
I
 
I
D
 
D
T
 
E
A
 
G
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
C
N
 
N
L
 
H
P
 
P
M
 
I
G
 
G
P
 
P
L
 
L
E
 
A
L
 
L
I
 
A
D
 
D
M
 
M
I
 
I
G
 
G
V
 
L
D
 
D
I
 
T
H
 
M
L
 
L
A
 
A
K
 
V
T
 
M
E
 
E
T
 
V
L
 
L
Y
 
Y
R
 
T
E
 
E
Y
 
F
G
 
A
D
 
D
P
 
P
R
 
K
Y
 
Y
R
 
R
P
 
P
P
 
A
Y
 
M
I
 
L
L
 
M
K
 
R
K
 
E
M
 
M
V
 
V
K
 
A
A
 
A
G
 
G
H
 
Y
L
 
L
G
 
G
R
 
R
K
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
R
G
 
G
F
 
V
Y
 
Y
I
 
V
Y
 
Y
E
 
S
Q
 
K

4pzdA Crystal structure of (s)-3-hydroxybutyryl-coa dehydrogenase paah1 in complex with NAD+ (see paper)
42% identity, 100% coverage: 2:285/285 of query aligns to 1:283/283 of 4pzdA

query
sites
4pzdA
E
 
S
V
 
I
K
 
R
K
 
T
I
 
V
L
 
G
V
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
A
G
|
G
T
|
T
M
|
M
G
 
G
H
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
L
 
A
V
 
C
A
 
A
Q
 
V
Q
 
V
G
 
G
F
 
L
E
 
N
A
 
V
Y
 
V
L
 
M
V
 
V
D
|
D
R
 
I
E
 
S
K
 
D
E
 
A
I
 
A
V
 
V
E
 
Q
K
 
K
A
 
G
F
 
V
L
 
A
K
 
T
I
 
V
K
 
A
E
 
S
G
 
S
L
 
L
M
 
D
K
 
R
R
 
L
V
 
I
E
 
K
K
 
K
G
 
E
K
 
K
I
 
L
S
 
T
K
 
E
E
 
A
E
 
D
A
 
K
E
 
A
K
 
S
V
 
A
L
 
L
E
 
A
K
 
R
I
 
I
T
 
K
V
 
G
G
 
S
T
 
T
D
 
S
M
 
Y
E
 
D
T
 
D
F
 
L
A
 
K
D
 
A
A
 
T
D
 
D
F
 
I
V
 
V
I
 
I
E
 
E
A
|
A
V
x
A
F
x
T
E
|
E
D
 
N
V
 
Y
E
 
D
V
 
L
K
 
K
K
 
V
K
 
K
V
x
I
F
 
L
E
 
K
K
 
Q
L
 
I
D
 
D
K
 
G
I
 
I
F
 
V
E
 
G
P
 
E
E
 
N
V
 
V
V
 
I
L
 
I
A
 
A
T
 
S
N
|
N
T
 
T
T
x
S
A
 
S
C
 
I
S
 
S
I
 
I
S
 
T
E
 
K
I
 
L
A
 
A
T
 
A
A
 
V
T
 
T
R
 
S
N
 
R
R
 
A
K
 
D
R
 
R
V
 
F
I
 
I
G
 
G
M
 
M
H
|
H
F
 
F
F
 
F
N
|
N
P
 
P
P
 
V
V
 
P
I
 
V
M
 
M
K
 
A
L
 
L
V
 
V
E
|
E
I
 
L
I
 
I
P
 
R
G
 
G
L
 
L
E
 
Q
T
 
T
D
 
S
E
 
D
T
 
T
T
 
T
V
 
H
E
 
A
K
 
A
T
 
V
K
 
E
A
 
A
M
 
L
A
 
S
L
 
K
M
 
Q
L
 
L
D
 
G
K
 
K
T
 
Y
P
 
P
V
 
I
V
 
T
T
 
V
K
 
K
I
 
-
E
 
N
T
 
S
P
 
P
A
 
G
G
 
F
I
 
V
V
 
V
S
x
N
R
 
R
V
 
I
L
 
L
A
 
C
A
 
P
L
 
M
L
 
I
N
 
N
E
 
E
A
 
A
V
 
F
V
 
C
V
 
V
Y
 
L
S
 
G
E
 
E
G
 
G
V
 
L
A
 
A
D
 
S
A
 
P
K
 
E
D
 
E
I
 
I
D
 
D
T
 
E
A
 
G
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
C
N
 
N
L
 
H
P
 
P
M
 
I
G
 
G
P
 
P
L
 
L
E
 
A
L
 
L
I
 
A
D
 
D
M
 
M
I
 
I
G
 
G
V
 
L
D
 
D
I
 
T
H
 
M
L
 
L
A
 
A
K
 
V
T
 
M
E
 
E
T
 
V
L
 
L
Y
 
Y
R
 
T
E
 
E
Y
 
F
G
 
A
D
 
D
P
 
P
R
 
K
Y
 
Y
R
 
R
P
 
P
P
 
A
Y
 
M
I
 
L
L
 
M
K
 
R
K
 
E
M
 
M
V
 
V
K
 
A
A
 
A
G
 
G
H
 
Y
L
 
L
G
 
G
R
 
R
K
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
R
G
 
G
F
 
V
Y
 
Y
I
 
V
Y
 
Y
E
 
S
Q
 
K

P9WNP7 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase; Beta-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase; BHBD; EC 1.1.1.157 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
37% identity, 99% coverage: 3:283/285 of query aligns to 5:286/286 of P9WNP7

query
sites
P9WNP7
V
 
I
K
 
Q
K
 
R
I
 
V
L
 
G
V
 
V
V
 
V
G
 
G
A
 
A
G
 
G
T
 
Q
M
 
M
G
 
G
H
 
S
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
E
L
 
V
V
 
S
A
 
A
Q
 
R
Q
 
A
G
 
G
F
 
V
E
 
E
A
 
V
Y
 
T
L
 
V
V
 
F
D
 
E
R
 
P
E
 
A
K
 
E
E
 
A
I
 
L
V
 
I
E
 
T
K
 
A
A
 
G
F
 
R
L
 
N
K
 
R
I
 
I
K
 
V
E
 
K
G
 
S
L
 
L
M
 
E
K
 
R
R
 
A
V
 
V
E
 
S
K
 
A
G
 
G
K
 
K
I
 
V
S
 
T
K
 
E
E
 
R
E
 
E
A
 
R
E
 
D
K
 
R
V
 
A
L
 
L
E
 
G
K
 
L
I
 
L
T
 
T
V
 
F
G
 
T
T
 
T
D
 
D
M
 
L
E
 
N
T
 
D
F
 
L
A
 
S
D
 
D
A
 
R
D
 
Q
F
 
L
V
 
V
I
 
I
E
 
E
A
 
A
V
 
V
F
 
V
E
 
E
D
 
D
V
 
E
E
 
A
V
 
V
K
 
K
K
 
S
K
 
E
V
 
I
F
 
F
E
 
A
K
 
E
L
 
L
D
 
D
K
 
R
I
 
V
F
 
V
-
 
T
E
 
D
P
 
P
E
 
D
V
 
A
V
 
V
L
 
L
A
 
A
T
 
S
N
 
N
T
 
T
T
x
S
A
 
S
C
 
I
S
 
P
I
 
I
S
 
M
E
 
K
I
 
V
A
 
A
T
 
A
A
 
A
T
 
T
R
 
K
N
 
Q
R
 
P
K
 
Q
R
 
R
V
 
V
I
 
L
G
 
G
M
 
L
H
 
H
F
 
F
F
 
F
N
 
N
P
 
P
P
 
V
V
 
P
I
 
V
M
 
L
K
 
P
L
 
L
V
 
V
E
 
E
I
 
L
I
 
V
P
 
R
G
 
T
L
 
L
E
 
V
T
 
T
D
 
D
E
 
E
T
 
A
T
 
A
V
 
A
E
 
A
K
 
R
T
 
T
K
 
E
A
 
E
M
 
F
A
 
A
L
 
S
M
 
T
L
 
V
D
 
L
K
 
G
T
 
K
P
 
Q
V
 
V
V
 
V
T
 
R
K
 
C
I
 
S
E
 
D
T
 
R
P
 
S
A
 
G
G
 
F
I
 
V
V
 
V
S
 
N
R
 
A
V
 
L
L
 
L
A
 
V
A
 
P
L
 
Y
L
 
L
N
 
L
E
 
S
A
 
A
V
 
I
V
 
R
V
 
M
Y
 
V
S
 
E
E
 
A
G
 
G
V
 
F
A
 
A
D
 
T
A
 
V
K
 
E
D
 
D
I
 
V
D
 
D
T
 
K
A
 
A
M
 
V
K
 
V
L
 
A
G
 
G
A
 
L
N
 
S
L
 
H
P
 
P
M
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
L
E
 
R
L
 
L
I
 
S
D
 
D
M
 
L
I
 
V
G
 
G
V
 
L
D
 
D
I
 
T
H
 
L
L
 
K
A
 
L
K
 
I
T
 
A
E
 
D
T
 
K
L
 
M
Y
 
F
R
 
E
E
 
E
Y
 
F
G
 
K
D
 
E
P
 
P
R
 
H
Y
 
Y
R
 
G
P
 
P
P
 
P
Y
 
P
I
 
L
L
 
L
K
 
L
K
 
R
M
 
M
V
 
V
K
 
E
A
 
A
G
 
G
H
 
Q
L
 
L
G
 
G
R
 
K
K
 
K
T
 
S
G
 
G
R
 
R
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
I
 
T
Y
 
Y

P00348 Hydroxyacyl-coenzyme A dehydrogenase, mitochondrial; HCDH; L-3-hydroxyacyl CoA dehydrogenase; Medium and short-chain L-3-hydroxyacyl-coenzyme A dehydrogenase; Short-chain 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase; EC 1.1.1.35 from Sus scrofa (Pig) (see paper)
39% identity, 99% coverage: 3:284/285 of query aligns to 27:314/314 of P00348

query
sites
P00348
V
 
V
K
 
K
K
 
H
I
 
V
L
 
T
V
 
V
V
 
I
G
|
G
A
x
G
G
|
G
T
x
L
M
|
M
G
|
G
H
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
L
 
V
V
 
A
A
 
A
Q
 
A
Q
 
T
G
 
G
F
 
H
E
 
T
A
 
V
Y
 
V
L
 
L
V
 
V
D
|
D
R
 
Q
E
 
T
K
 
E
E
 
D
I
 
I
V
 
L
E
 
A
K
 
K
A
 
S
F
 
K
L
 
K
K
 
G
I
 
I
K
 
E
E
 
E
G
 
S
L
 
L
M
 
R
K
 
K
-
 
V
-
 
A
-
 
K
-
 
K
-
 
K
R
 
F
V
 
A
E
 
E
K
 
N
G
 
P
K
 
K
I
 
A
S
 
G
K
 
D
E
 
E
E
 
F
A
 
V
E
 
E
K
 
K
V
 
T
L
 
L
E
 
S
K
 
S
I
 
I
T
 
S
V
 
T
G
 
S
T
 
T
D
 
D
M
 
A
E
 
A
T
 
S
F
 
V
A
 
V
D
 
H
A
 
S
-
 
T
D
 
D
F
 
L
V
 
V
I
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
I
F
 
V
E
|
E
D
 
N
V
 
L
E
 
K
V
 
V
K
|
K
K
 
S
K
 
E
V
 
L
F
 
F
E
 
K
K
 
R
L
 
L
D
 
D
K
 
K
I
 
F
F
 
A
E
 
A
P
 
E
E
 
H
V
 
T
V
 
I
L
 
F
A
 
A
T
 
S
N
 
N
T
 
T
T
x
S
A
 
S
C
 
L
S
 
Q
I
 
I
S
 
T
E
 
S
I
 
L
A
 
A
T
 
N
A
 
A
T
 
T
R
 
T
N
 
R
R
 
Q
K
 
D
R
 
R
V
 
F
I
 
A
G
 
G
M
 
L
H
 
H
F
 
F
F
 
F
N
 
N
P
 
P
P
 
V
V
 
P
I
 
L
M
 
M
K
 
K
L
 
L
V
 
V
E
 
E
I
 
V
I
 
V
P
 
K
G
 
T
L
 
P
E
 
M
T
 
T
D
 
S
E
 
Q
T
 
K
T
 
T
V
 
L
E
 
E
K
 
S
T
 
L
K
 
V
A
 
D
M
 
F
A
 
S
L
 
K
M
 
T
L
 
L
D
 
G
K
 
K
T
 
H
P
 
P
V
 
V
V
 
S
T
 
C
K
 
K
I
 
-
E
 
D
T
 
T
P
 
P
A
 
G
G
 
F
I
 
I
V
 
V
S
 
N
R
 
R
V
 
L
L
 
L
A
 
V
A
 
P
L
 
Y
L
 
L
N
 
I
E
 
E
A
 
A
V
 
V
V
 
R
V
 
L
Y
 
Y
S
 
E
E
 
R
G
 
G
V
 
D
A
 
A
D
 
S
A
 
K
K
 
E
D
 
D
I
 
I
D
 
D
T
 
T
A
 
A
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
G
L
 
Y
P
 
P
M
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
F
E
 
E
L
 
L
I
 
L
D
 
D
M
 
Y
I
 
V
G
 
G
V
 
L
D
 
D
I
 
T
H
 
T
L
 
K
A
 
F
K
 
I
T
 
I
E
 
D
T
 
G
L
 
W
Y
 
H
R
 
E
-
 
M
E
 
D
Y
 
S
G
 
Q
D
 
N
P
 
P
R
 
L
Y
 
F
R
 
Q
P
 
P
P
 
S
Y
 
P
I
 
A
L
 
M
K
 
N
K
 
K
M
 
L
V
 
V
K
 
A
A
 
E
G
 
N
H
 
K
L
 
F
G
 
G
R
 
K
K
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
E
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
I
 
K
Y
 
Y
E
 
K

1f17A L-3-hydroxyacyl-coa dehydrogenase complexed with nadh (see paper)
40% identity, 99% coverage: 3:284/285 of query aligns to 4:291/293 of 1f17A

query
sites
1f17A
V
 
V
K
 
K
K
 
H
I
 
V
L
 
T
V
 
V
V
 
I
G
 
G
A
 
G
G
|
G
T
x
L
M
|
M
G
 
G
H
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
L
 
V
V
 
A
A
 
A
Q
 
A
Q
 
T
G
 
G
F
 
H
E
 
T
A
 
V
Y
 
V
L
 
L
V
 
V
D
|
D
R
x
Q
E
 
T
K
 
E
E
 
D
I
 
I
V
 
L
E
 
A
K
 
K
A
 
S
F
 
K
L
 
K
K
 
G
I
 
I
K
 
E
E
 
E
G
 
S
L
 
L
M
 
R
K
 
K
-
 
V
-
 
A
-
 
K
-
 
K
-
 
K
R
 
F
V
 
A
E
 
E
K
 
N
G
 
P
K
 
K
I
 
A
S
 
G
K
 
D
E
 
E
E
 
C
A
 
V
E
 
E
K
 
K
V
 
T
L
 
L
E
 
S
K
 
T
I
 
I
T
 
A
V
 
T
G
 
S
T
 
T
D
 
D
M
 
A
E
 
A
T
 
S
F
 
V
A
 
V
D
 
H
A
 
S
-
 
T
D
 
D
F
 
L
V
 
V
I
 
V
E
 
E
A
|
A
V
x
I
F
 
V
E
|
E
D
 
N
V
 
L
E
 
K
V
 
V
K
|
K
K
 
N
K
 
E
V
 
L
F
 
F
E
 
K
K
 
R
L
 
L
D
 
D
K
 
K
I
 
F
F
 
A
E
 
A
P
 
E
E
 
H
V
 
T
V
 
I
L
 
F
A
 
A
T
 
S
N
|
N
T
 
T
T
x
S
A
 
S
C
 
L
S
 
Q
I
 
I
S
 
T
E
 
S
I
 
I
A
 
A
T
 
N
A
 
A
T
 
T
R
 
T
N
 
R
R
 
Q
K
 
D
R
 
R
V
 
F
I
 
A
G
 
G
M
 
L
H
|
H
F
 
F
F
 
F
N
 
N
P
 
P
P
 
V
V
 
P
I
 
V
M
 
M
K
 
K
L
 
L
V
 
V
E
|
E
I
 
V
I
 
I
P
 
K
G
 
T
L
 
P
E
 
M
T
 
T
D
 
S
E
 
Q
T
 
K
T
 
T
V
 
F
E
 
E
K
 
S
T
 
L
K
 
V
A
 
D
M
 
F
A
 
S
L
 
K
M
 
A
L
 
L
D
 
G
K
 
K
T
 
H
P
 
P
V
 
V
V
 
S
T
 
C
K
 
K
I
 
-
E
 
D
T
 
T
P
 
P
A
 
G
G
 
F
I
 
I
V
 
V
S
x
N
R
 
R
V
 
L
L
 
L
A
 
V
A
 
P
L
 
Y
L
 
L
N
 
M
E
 
E
A
 
A
V
 
I
V
 
R
V
 
L
Y
 
Y
S
 
E
E
 
R
G
 
G
V
 
D
A
 
A
D
 
S
A
 
K
K
 
E
D
 
D
I
 
I
D
 
D
T
 
T
A
 
A
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
G
L
 
Y
P
 
P
M
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
F
E
 
E
L
 
L
I
 
L
D
 
D
M
 
Y
I
 
V
G
 
G
V
 
L
D
 
D
I
 
T
H
 
T
L
 
K
A
 
F
K
 
I
T
 
V
E
 
D
T
 
G
L
 
W
Y
 
H
R
 
E
-
 
M
E
 
D
Y
 
A
G
 
E
D
 
N
P
 
P
R
 
L
Y
 
H
R
 
Q
P
 
P
P
 
S
Y
 
P
I
 
S
L
 
L
K
 
N
K
 
K
M
 
L
V
 
V
K
 
A
A
 
E
G
 
N
H
 
K
L
 
F
G
 
G
R
 
K
K
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
E
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
I
 
K
Y
 
Y
E
 
K

1f12A L-3-hydroxyacyl-coa dehydrogenase complexed with 3-hydroxybutyryl-coa (see paper)
40% identity, 99% coverage: 3:284/285 of query aligns to 4:291/293 of 1f12A

query
sites
1f12A
V
 
V
K
 
K
K
 
H
I
 
V
L
 
T
V
 
V
V
 
I
G
 
G
A
 
G
G
 
G
T
 
L
M
 
M
G
 
G
H
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
L
 
V
V
 
A
A
 
A
Q
 
A
Q
 
T
G
 
G
F
 
H
E
 
T
A
 
V
Y
 
V
L
 
L
V
 
V
D
 
D
R
 
Q
E
 
T
K
 
E
E
 
D
I
 
I
V
 
L
E
 
A
K
 
K
A
 
S
F
 
K
L
 
K
K
 
G
I
 
I
K
 
E
E
 
E
G
 
S
L
 
L
M
 
R
K
 
K
-
 
V
-
 
A
-
 
K
-
x
K
-
 
K
R
 
F
V
 
A
E
 
E
K
 
N
G
 
P
K
 
K
I
 
A
S
 
G
K
 
D
E
 
E
E
 
C
A
 
V
E
 
E
K
 
K
V
 
T
L
 
L
E
 
S
K
 
T
I
 
I
T
 
A
V
 
T
G
 
S
T
 
T
D
 
D
M
 
A
E
 
A
T
 
S
F
 
V
A
 
V
D
 
H
A
 
S
-
 
T
D
 
D
F
 
L
V
 
V
I
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
I
F
 
V
E
 
E
D
 
N
V
 
L
E
 
K
V
 
V
K
 
K
K
 
N
K
 
E
V
 
L
F
 
F
E
 
K
K
 
R
L
 
L
D
 
D
K
 
K
I
 
F
F
 
A
E
 
A
P
 
E
E
 
H
V
 
T
V
 
I
L
 
F
A
 
A
T
 
S
N
 
N
T
 
T
T
x
S
A
 
S
C
 
L
S
 
Q
I
 
I
S
 
T
E
 
S
I
 
I
A
 
A
T
 
N
A
 
A
T
 
T
R
 
T
N
 
R
R
 
Q
K
 
D
R
 
R
V
 
F
I
 
A
G
 
G
M
 
L
H
|
H
F
 
F
F
|
F
N
|
N
P
 
P
P
 
V
V
 
P
I
 
V
M
|
M
K
 
K
L
 
L
V
 
V
E
|
E
I
 
V
I
 
I
P
 
K
G
 
T
L
 
P
E
 
M
T
 
T
D
 
S
E
 
Q
T
 
K
T
 
T
V
 
F
E
 
E
K
 
S
T
 
L
K
 
V
A
 
D
M
 
F
A
 
S
L
 
K
M
 
A
L
 
L
D
 
G
K
 
K
T
 
H
P
 
P
V
 
V
V
 
S
T
 
C
K
 
K
I
 
-
E
 
D
T
 
T
P
 
P
A
 
G
G
 
F
I
 
I
V
 
V
S
x
N
R
 
R
V
 
L
L
|
L
A
 
V
A
 
P
L
 
Y
L
 
L
N
 
M
E
 
E
A
 
A
V
 
I
V
 
R
V
 
L
Y
 
Y
S
 
E
E
 
R
G
 
G
V
 
D
A
 
A
D
 
S
A
 
K
K
 
E
D
 
D
I
 
I
D
 
D
T
 
T
A
 
A
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
G
L
 
Y
P
|
P
M
|
M
G
 
G
P
 
P
L
 
F
E
 
E
L
|
L
I
 
L
D
 
D
M
 
Y
I
 
V
G
 
G
V
 
L
D
 
D
I
 
T
H
 
T
L
 
K
A
 
F
K
 
I
T
 
V
E
 
D
T
 
G
L
 
W
Y
 
H
R
 
E
-
 
M
E
 
D
Y
 
A
G
 
E
D
 
N
P
 
P
R
 
L
Y
 
H
R
 
Q
P
 
P
P
 
S
Y
 
P
I
 
S
L
 
L
K
 
N
K
 
K
M
 
L
V
 
V
K
 
A
A
 
E
G
 
N
H
 
K
L
 
F
G
 
G
R
 
K
K
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
E
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
I
 
K
Y
 
Y
E
 
K

1f0yA L-3-hydroxyacyl-coa dehydrogenase complexed with acetoacetyl-coa and NAD+ (see paper)
40% identity, 99% coverage: 3:284/285 of query aligns to 4:291/291 of 1f0yA

query
sites
1f0yA
V
 
V
K
 
K
K
 
H
I
 
V
L
 
T
V
 
V
V
 
I
G
 
G
A
 
G
G
|
G
T
x
L
M
|
M
G
 
G
H
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
L
 
V
V
 
A
A
 
A
Q
 
A
Q
 
T
G
 
G
F
 
H
E
 
T
A
 
V
Y
 
V
L
 
L
V
 
V
D
|
D
R
x
Q
E
 
T
K
 
E
E
 
D
I
 
I
V
 
L
E
 
A
K
 
K
A
 
S
F
 
K
L
 
K
K
 
G
I
 
I
K
 
E
E
 
E
G
x
S
L
 
L
M
 
R
K
 
K
-
 
V
-
 
A
-
 
K
-
x
K
-
 
K
R
 
F
V
 
A
E
 
E
K
 
N
G
 
P
K
 
K
I
 
A
S
 
G
K
 
D
E
 
E
E
 
F
A
 
V
E
 
E
K
 
K
V
 
T
L
 
L
E
 
S
K
 
T
I
 
I
T
 
A
V
 
T
G
 
S
T
 
T
D
 
D
M
 
A
E
 
A
T
 
S
F
 
V
A
 
V
D
 
H
A
 
S
-
 
T
D
 
D
F
 
L
V
 
V
I
 
V
E
 
E
A
|
A
V
x
I
F
 
V
E
|
E
D
 
N
V
 
L
E
 
K
V
 
V
K
|
K
K
 
N
K
 
E
V
 
L
F
 
F
E
 
K
K
 
R
L
 
L
D
 
D
K
 
K
I
 
F
F
 
A
E
 
A
P
 
E
E
 
H
V
 
T
V
 
I
L
 
F
A
 
A
T
 
S
N
|
N
T
 
T
T
x
S
A
 
S
C
 
L
S
 
Q
I
 
I
S
 
T
E
 
S
I
 
I
A
 
A
T
 
N
A
 
A
T
 
T
R
 
T
N
 
R
R
 
Q
K
 
D
R
 
R
V
 
F
I
 
A
G
 
G
M
 
L
H
|
H
F
 
F
F
|
F
N
|
N
P
|
P
P
 
V
V
x
P
I
x
V
M
 
M
K
 
K
L
 
L
V
 
V
E
|
E
I
 
V
I
 
I
P
 
K
G
 
T
L
 
P
E
 
M
T
 
T
D
 
S
E
 
Q
T
 
K
T
 
T
V
 
F
E
 
E
K
 
S
T
 
L
K
 
V
A
 
D
M
 
F
A
 
S
L
 
K
M
 
A
L
 
L
D
 
G
K
 
K
T
 
H
P
 
P
V
 
V
V
 
S
T
 
C
K
 
K
I
 
-
E
 
D
T
 
T
P
 
P
A
 
G
G
 
F
I
 
I
V
 
V
S
x
N
R
 
R
V
 
L
L
 
L
A
 
V
A
 
P
L
 
Y
L
 
L
N
 
M
E
 
E
A
 
A
V
 
I
V
 
R
V
 
L
Y
 
Y
S
 
E
E
 
R
G
 
G
V
 
D
A
 
A
D
 
S
A
 
K
K
 
E
D
 
D
I
 
I
D
 
D
T
 
T
A
 
A
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
G
L
 
Y
P
|
P
M
|
M
G
 
G
P
 
P
L
 
F
E
 
E
L
|
L
I
 
L
D
 
D
M
 
Y
I
x
V
G
 
G
V
 
L
D
 
D
I
x
T
H
 
T
L
 
K
A
 
F
K
 
I
T
 
V
E
 
D
T
 
G
L
 
W
Y
 
H
R
 
E
-
 
M
E
 
D
Y
 
A
G
 
E
D
 
N
P
 
P
R
 
L
Y
 
H
R
 
Q
P
 
P
P
 
S
Y
 
P
I
 
S
L
 
L
K
 
N
K
 
K
M
 
L
V
 
V
K
 
A
A
 
E
G
 
N
H
 
K
L
 
F
G
 
G
R
 
K
K
|
K
T
 
T
G
 
G
R
 
E
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
I
 
K
Y
 
Y
E
 
K

Q16836 Hydroxyacyl-coenzyme A dehydrogenase, mitochondrial; HCDH; Medium and short-chain L-3-hydroxyacyl-coenzyme A dehydrogenase; Short-chain 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase; EC 1.1.1.35 from Homo sapiens (Human) (see 7 papers)
40% identity, 99% coverage: 3:284/285 of query aligns to 27:314/314 of Q16836

query
sites
Q16836
V
 
V
K
 
K
K
 
H
I
 
V
L
 
T
V
 
V
V
 
I
G
|
G
A
x
G
G
|
G
T
x
L
M
|
M
G
|
G
H
x
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
L
 
V
V
 
A
A
 
A
Q
 
A
Q
 
T
G
 
G
F
 
H
E
 
T
A
 
V
Y
 
V
L
 
L
V
 
V
D
|
D
R
 
Q
E
 
T
K
 
E
E
 
D
I
 
I
V
 
L
E
 
A
K
 
K
A
 
S
F
 
K
L
 
K
K
 
G
I
 
I
K
 
E
E
 
E
G
x
S
L
 
L
M
 
R
K
 
K
R
 
V
V
 
A
E
 
K
K
|
K
G
 
K
-
 
F
-
 
A
-
 
E
-
 
N
-
x
L
K
 
K
I
 
A
S
 
G
K
 
D
E
 
E
E
 
F
A
 
V
E
 
E
K
 
K
V
 
T
L
 
L
E
 
S
K
 
T
I
 
I
T
 
A
V
 
T
G
 
S
T
 
T
D
 
D
M
 
A
E
 
A
T
 
S
F
 
V
A
 
V
D
 
H
A
 
S
-
 
T
D
 
D
F
 
L
V
 
V
I
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
I
F
 
V
E
|
E
D
 
N
V
 
L
E
 
K
V
 
V
K
|
K
K
 
N
K
 
E
V
 
L
F
 
F
E
 
K
K
 
R
L
 
L
D
 
D
K
 
K
I
 
F
F
 
A
E
 
A
P
 
E
E
 
H
V
 
T
V
 
I
L
 
F
A
 
A
T
 
S
N
 
N
T
 
T
T
x
S
A
 
S
C
 
L
S
x
Q
I
 
I
S
 
T
E
 
S
I
 
I
A
 
A
T
 
N
A
 
A
T
 
T
R
 
T
N
 
R
R
 
Q
K
 
D
R
 
R
V
 
F
I
 
A
G
 
G
M
 
L
H
 
H
F
 
F
F
 
F
N
|
N
P
 
P
P
 
V
V
 
P
I
 
V
M
 
M
K
 
K
L
 
L
V
 
V
E
 
E
I
 
V
I
 
I
P
 
K
G
 
T
L
 
P
E
 
M
T
 
T
D
 
S
E
 
Q
T
 
K
T
 
T
V
 
F
E
 
E
K
 
S
T
 
L
K
 
V
A
 
D
M
 
F
A
 
S
L
 
K
M
 
A
L
 
L
D
 
G
K
 
K
T
 
H
P
 
P
V
 
V
V
 
S
T
 
C
K
 
K
I
 
-
E
 
D
T
 
T
P
 
P
A
 
G
G
 
F
I
 
I
V
 
V
S
 
N
R
 
R
V
 
L
L
 
L
A
 
V
A
 
P
L
x
Y
L
 
L
N
 
M
E
 
E
A
 
A
V
 
I
V
 
R
V
 
L
Y
 
Y
S
 
E
E
 
R
G
 
G
V
 
D
A
 
A
D
 
S
A
 
K
K
 
E
D
 
D
I
 
I
D
 
D
T
 
T
A
 
A
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
G
L
 
Y
P
 
P
M
 
M
G
 
G
P
|
P
L
 
F
E
 
E
L
 
L
I
 
L
D
 
D
M
 
Y
I
 
V
G
 
G
V
 
L
D
 
D
I
 
T
H
 
T
L
 
K
A
 
F
K
 
I
T
 
V
E
 
D
T
 
G
L
 
W
Y
 
H
R
 
E
-
 
M
E
 
D
Y
 
A
G
 
E
D
 
N
P
 
P
R
 
L
Y
 
H
R
 
Q
P
 
P
P
 
S
Y
 
P
I
 
S
L
 
L
K
 
N
K
 
K
M
 
L
V
 
V
K
 
A
A
 
E
G
 
N
H
 
K
L
 
F
G
 
G
R
 
K
K
|
K
T
 
T
G
 
G
R
 
E
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
I
 
K
Y
 
Y
E
 
K

P40939 Trifunctional enzyme subunit alpha, mitochondrial; 78 kDa gastrin-binding protein; Monolysocardiolipin acyltransferase; TP-alpha; EC 2.3.1.-; EC 4.2.1.17; EC 1.1.1.211 from Homo sapiens (Human) (see 5 papers)
35% identity, 100% coverage: 2:285/285 of query aligns to 360:641/763 of P40939

query
sites
P40939
E
 
D
V
 
V
K
 
K
K
 
H
I
 
L
L
 
A
V
 
I
V
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
T
 
L
M
 
M
G
 
G
H
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
L
 
V
V
 
S
A
 
V
Q
 
D
Q
 
K
G
 
G
F
 
L
E
 
K
A
 
T
Y
 
I
L
 
L
V
 
K
D
 
D
R
 
A
E
 
T
K
 
L
E
 
T
I
 
A
V
 
L
E
 
D
K
 
R
A
 
G
F
 
Q
L
 
Q
K
 
Q
I
 
V
K
 
F
E
 
K
G
 
G
L
 
L
M
 
N
K
 
D
R
 
K
V
 
V
E
 
K
K
 
K
G
 
K
K
 
A
I
 
L
S
 
T
K
 
S
E
 
F
E
 
E
A
 
R
E
 
D
K
 
S
V
 
I
L
 
F
E
 
S
K
 
N
I
 
L
T
 
T
V
 
G
G
 
Q
T
 
L
D
 
D
M
 
Y
E
 
Q
T
 
G
F
 
F
A
 
E
D
 
K
A
 
A
D
 
D
F
 
M
V
 
V
I
 
I
E
 
E
A
 
A
V
 
V
F
 
F
E
 
E
D
 
D
V
 
L
E
 
S
V
 
L
K
 
K
K
 
H
K
 
R
V
 
V
F
 
L
E
 
K
K
 
E
L
 
V
D
 
E
K
 
A
I
 
V
F
 
I
E
 
P
P
 
D
E
 
H
V
 
C
V
 
I
L
 
F
A
 
A
T
 
S
N
 
N
T
 
T
T
 
S
A
 
A
C
 
L
S
 
P
I
 
I
S
 
S
E
 
E
I
 
I
A
 
A
T
 
A
A
 
V
T
 
S
R
 
K
N
 
R
R
 
P
K
 
E
R
 
K
V
 
V
I
 
I
G
 
G
M
 
M
H
 
H
F
 
Y
F
 
F
N
 
S
P
 
P
P
 
V
V
 
D
I
 
K
M
 
M
K
 
Q
L
 
L
V
 
L
E
|
E
I
 
I
I
 
I
P
 
T
G
 
T
L
 
E
E
 
K
T
 
T
D
 
S
E
 
K
T
 
D
T
 
T
V
 
S
E
 
A
K
 
S
T
 
A
K
 
V
A
 
A
M
 
V
A
 
G
L
 
L
M
 
K
L
 
Q
D
 
G
K
 
K
T
 
V
P
 
I
V
 
I
V
 
V
T
 
V
K
 
K
I
 
-
E
 
D
T
 
G
P
 
P
A
 
G
G
 
F
I
 
Y
V
 
T
S
 
T
R
 
R
V
 
C
L
 
L
A
 
A
A
 
P
L
 
M
L
 
M
N
 
S
E
 
E
A
 
V
V
 
I
V
 
R
V
 
I
Y
 
L
S
 
Q
E
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
-
D
 
D
A
 
P
K
 
K
D
 
K
I
 
L
D
 
D
T
 
S
A
 
-
M
 
L
K
 
T
L
 
T
G
 
S
A
 
F
N
 
G
L
 
F
P
 
P
M
 
V
G
 
G
P
 
A
L
 
A
E
 
T
L
 
L
I
 
V
D
 
D
M
 
E
I
 
V
G
 
G
V
 
V
D
 
D
I
 
V
H
 
A
L
 
K
A
 
H
K
 
V
T
 
A
E
 
E
T
 
D
L
 
L
Y
 
G
R
 
K
E
 
V
Y
 
F
G
 
G
D
 
E
P
 
-
R
 
R
Y
 
F
-
 
G
-
 
G
R
 
G
P
 
N
P
 
P
Y
 
E
I
 
L
L
 
L
K
 
T
K
 
Q
M
 
M
V
 
V
K
 
S
A
 
K
G
 
G
H
 
F
L
 
L
G
 
G
R
 
R
K
 
K
T
 
S
G
 
G
R
 
K
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
I
 
I
Y
 
Y
E
 
Q
Q
 
E

Sites not aligning to the query:

8oqvA Structure of mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctional enzyme in complex with fragment-m-109 (see paper)
36% identity, 99% coverage: 3:283/285 of query aligns to 332:614/726 of 8oqvA

query
sites
8oqvA
V
 
I
K
 
K
K
 
R
I
 
I
L
 
G
V
 
V
V
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
T
 
M
M
 
M
G
 
G
H
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
Y
L
 
V
V
 
S
A
 
A
Q
 
K
Q
 
A
G
 
G
F
 
Y
E
 
E
A
 
V
Y
 
V
L
 
L
V
 
K
D
 
D
R
 
V
E
 
S
K
 
L
E
 
E
I
 
A
V
 
A
E
 
A
K
 
K
A
 
G
F
 
K
L
 
G
K
 
Y
I
 
S
K
 
E
E
 
K
G
 
L
L
 
E
M
 
A
K
 
K
R
 
A
V
 
L
E
 
E
K
 
R
G
 
G
K
 
R
I
 
T
S
 
T
K
 
Q
E
 
E
E
 
R
A
 
S
E
 
D
K
 
A
V
 
L
L
 
L
E
 
A
K
 
R
I
 
I
T
 
T
V
 
P
G
 
T
T
 
A
D
 
D
M
 
A
E
 
A
T
 
D
F
 
F
A
 
K
D
 
G
A
 
V
D
 
D
F
 
F
V
 
V
I
 
I
E
 
E
A
 
A
V
 
V
F
 
F
E
 
E
D
 
N
V
 
Q
E
 
E
V
 
L
K
 
K
K
 
H
K
 
K
V
 
V
F
 
F
E
 
G
K
 
E
L
 
I
D
 
E
K
 
D
I
 
I
F
 
V
E
 
E
P
 
P
E
 
N
V
 
A
V
 
I
L
 
L
A
 
G
T
 
S
N
 
N
T
 
T
T
x
S
A
 
T
C
 
L
S
 
P
I
 
I
S
 
T
E
 
G
I
 
L
A
 
A
T
 
T
A
 
G
T
 
V
R
 
K
N
 
R
R
 
Q
K
 
E
R
 
D
V
 
F
I
 
I
G
 
G
M
 
I
H
 
H
F
 
F
F
 
F
N
 
S
P
 
P
P
 
V
V
 
D
I
 
K
M
 
M
K
 
P
L
 
L
V
 
V
E
 
E
I
 
I
I
 
I
P
 
K
G
 
G
L
 
E
E
 
K
T
 
T
D
 
S
E
 
D
T
 
E
T
 
A
V
 
L
E
 
A
K
 
R
T
 
V
K
 
F
A
 
D
M
 
Y
A
 
T
L
 
L
M
 
A
L
 
I
D
 
G
K
 
K
T
 
T
P
 
P
V
 
I
V
 
V
T
 
V
K
 
N
I
 
-
E
 
D
T
 
S
P
 
R
A
 
G
G
 
F
I
 
F
V
 
T
S
|
S
R
|
R
V
 
V
L
 
I
A
 
G
A
 
T
L
 
F
L
 
V
N
 
N
E
 
E
A
 
A
V
 
L
V
 
A
V
 
M
Y
 
L
S
 
G
E
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
E
D
 
P
A
 
A
K
 
S
D
 
-
I
 
I
D
 
E
T
 
Q
A
 
A
M
 
G
K
 
S
L
 
Q
G
 
-
A
 
A
N
 
G
L
 
Y
P
 
P
M
 
A
G
 
P
P
 
P
L
 
L
E
 
Q
L
 
L
I
 
S
D
 
D
M
 
E
I
x
L
G
 
N
V
 
L
D
 
E
I
x
L
H
 
-
L
 
M
A
 
H
K
 
K
T
x
I
E
 
A
T
 
V
L
 
A
Y
 
T
R
 
R
-
 
K
-
 
G
-
 
V
E
 
E
Y
 
D
G
 
A
D
 
G
P
 
G
R
 
T
Y
 
Y
R
 
Q
P
 
P
-
 
H
-
 
P
-
 
A
P
 
E
Y
 
A
I
 
V
L
 
V
K
 
E
K
 
K
M
 
M
V
 
I
K
 
E
A
 
L
G
 
G
H
 
R
L
 
S
G
 
G
R
 
R
K
 
L
T
 
K
G
 
G
R
 
A
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
I
 
E
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

7o4uA Structure of the alpha subunit of mycobacterium tuberculosis beta- oxidation trifunctional enzyme in complex with oxidized nicotinamide adenine dinucleotide (see paper)
36% identity, 99% coverage: 3:283/285 of query aligns to 316:598/711 of 7o4uA

query
sites
7o4uA
V
 
I
K
 
K
K
 
R
I
 
I
L
 
G
V
 
V
V
 
L
G
 
G
A
|
A
G
 
G
T
x
M
M
|
M
G
 
G
H
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
Y
L
 
V
V
 
S
A
 
A
Q
 
K
Q
 
A
G
 
G
F
 
Y
E
 
E
A
 
V
Y
 
V
L
 
L
V
 
K
D
|
D
R
x
V
E
 
S
K
 
L
E
 
E
I
 
A
V
 
A
E
 
A
K
 
K
A
 
G
F
 
K
L
 
G
K
 
Y
I
 
S
K
 
E
E
 
K
G
 
L
L
 
E
M
 
A
K
 
K
R
 
A
V
 
L
E
 
E
K
 
R
G
 
G
K
 
R
I
 
T
S
 
T
K
 
Q
E
 
E
E
 
R
A
 
S
E
 
D
K
 
A
V
 
L
L
 
L
E
 
A
K
 
R
I
 
I
T
 
T
V
 
P
G
 
T
T
 
A
D
 
D
M
 
A
E
 
A
T
 
D
F
 
F
A
 
K
D
 
G
A
 
V
D
 
D
F
 
F
V
 
V
I
 
I
E
 
E
A
 
A
V
|
V
F
|
F
E
|
E
D
 
N
V
 
Q
E
 
E
V
 
L
K
 
K
K
 
H
K
 
K
V
 
V
F
 
F
E
 
G
K
 
E
L
 
I
D
 
E
K
 
D
I
 
I
F
 
V
E
 
E
P
 
P
E
 
N
V
 
A
V
 
I
L
 
L
A
 
G
T
 
S
N
|
N
T
 
T
T
 
S
A
 
T
C
 
L
S
 
P
I
 
I
S
 
T
E
 
G
I
 
L
A
 
A
T
 
T
A
 
G
T
 
V
R
 
K
N
 
R
R
 
Q
K
 
E
R
 
D
V
 
F
I
 
I
G
 
G
M
 
I
H
|
H
F
 
F
F
 
F
N
 
S
P
 
P
P
 
V
V
 
D
I
 
K
M
 
M
K
 
P
L
 
L
V
 
V
E
 
E
I
 
I
I
 
I
P
 
K
G
 
G
L
 
E
E
 
K
T
 
T
D
 
S
E
 
D
T
 
E
T
 
A
V
 
L
E
 
A
K
 
R
T
 
V
K
 
F
A
 
D
M
 
Y
A
 
T
L
 
L
M
 
A
L
 
I
D
 
G
K
 
K
T
 
T
P
 
P
V
 
I
V
 
V
T
 
V
K
 
N
I
 
-
E
 
D
T
 
S
P
 
R
A
 
G
G
 
F
I
 
F
V
 
T
S
 
S
R
 
R
V
 
V
L
 
I
A
 
G
A
 
T
L
 
F
L
 
V
N
 
N
E
 
E
A
 
A
V
 
L
V
 
A
V
 
M
Y
 
L
S
 
G
E
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
E
D
 
P
A
 
A
K
 
S
D
 
-
I
 
I
D
 
E
T
 
Q
A
 
A
M
 
G
K
 
S
L
 
Q
G
 
-
A
 
A
N
 
G
L
 
Y
P
 
P
M
 
A
G
 
P
P
 
P
L
 
L
E
 
Q
L
 
L
I
 
S
D
 
D
M
 
E
I
 
L
G
 
N
V
 
L
D
 
E
I
 
L
H
 
-
L
 
M
A
 
H
K
 
K
T
 
I
E
 
A
T
 
V
L
 
A
Y
 
T
R
 
R
-
 
K
-
 
G
-
 
V
E
 
E
Y
 
D
G
 
A
D
 
G
P
 
G
R
 
T
Y
 
Y
R
 
Q
P
 
P
-
 
H
-
 
P
-
 
A
P
 
E
Y
 
A
I
 
V
L
 
V
K
 
E
K
 
K
M
 
M
V
 
I
K
 
E
A
 
L
G
 
G
H
 
R
L
 
S
G
 
G
R
 
R
K
 
L
T
 
K
G
 
G
R
 
A
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
I
 
E
Y
 
Y

8oqrA Structure of mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctional enzyme in complex with fragment-m-80 (see paper)
36% identity, 99% coverage: 3:283/285 of query aligns to 334:616/728 of 8oqrA

query
sites
8oqrA
V
 
I
K
 
K
K
 
R
I
 
I
L
 
G
V
 
V
V
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
T
 
M
M
 
M
G
 
G
H
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
Y
L
 
V
V
 
S
A
 
A
Q
 
K
Q
 
A
G
 
G
F
 
Y
E
 
E
A
 
V
Y
 
V
L
 
L
V
 
K
D
 
D
R
 
V
E
x
S
K
x
L
E
|
E
I
 
A
V
 
A
E
 
A
K
 
K
A
 
G
F
 
K
L
 
G
K
 
Y
I
 
S
K
 
E
E
 
K
G
 
L
L
 
E
M
 
A
K
 
K
R
 
A
V
 
L
E
 
E
K
 
R
G
 
G
K
 
R
I
 
T
S
 
T
K
 
Q
E
 
E
E
 
R
A
 
S
E
 
D
K
 
A
V
 
L
L
 
L
E
 
A
K
 
R
I
 
I
T
 
T
V
 
P
G
 
T
T
 
A
D
 
D
M
 
A
E
 
A
T
 
D
F
 
F
A
 
K
D
 
G
A
 
V
D
 
D
F
 
F
V
 
V
I
 
I
E
 
E
A
|
A
V
|
V
F
|
F
E
 
E
D
 
N
V
 
Q
E
 
E
V
 
L
K
 
K
K
 
H
K
 
K
V
 
V
F
 
F
E
 
G
K
 
E
L
 
I
D
 
E
K
 
D
I
 
I
F
 
V
E
 
E
P
 
P
E
 
N
V
 
A
V
 
I
L
 
L
A
 
G
T
 
S
N
 
N
T
 
T
T
 
S
A
 
T
C
 
L
S
 
P
I
 
I
S
 
T
E
 
G
I
 
L
A
 
A
T
 
T
A
 
G
T
 
V
R
 
K
N
 
R
R
 
Q
K
 
E
R
 
D
V
 
F
I
 
I
G
 
G
M
 
I
H
 
H
F
 
F
F
 
F
N
 
S
P
 
P
P
 
V
V
 
D
I
 
K
M
 
M
K
 
P
L
 
L
V
 
V
E
 
E
I
 
I
I
 
I
P
 
K
G
 
G
L
 
E
E
 
K
T
 
T
D
 
S
E
 
D
T
 
E
T
 
A
V
 
L
E
 
A
K
 
R
T
 
V
K
 
F
A
 
D
M
 
Y
A
 
T
L
 
L
M
 
A
L
 
I
D
 
G
K
 
K
T
 
T
P
 
P
V
 
I
V
 
V
T
 
V
K
 
N
I
 
-
E
 
D
T
 
S
P
 
R
A
 
G
G
 
F
I
 
F
V
 
T
S
 
S
R
 
R
V
 
V
L
 
I
A
 
G
A
 
T
L
 
F
L
 
V
N
 
N
E
 
E
A
 
A
V
 
L
V
 
A
V
 
M
Y
 
L
S
 
G
E
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
E
D
 
P
A
 
A
K
 
S
D
 
-
I
 
I
D
 
E
T
 
Q
A
 
A
M
 
G
K
 
S
L
 
Q
G
 
-
A
 
A
N
 
G
L
 
Y
P
 
P
M
 
A
G
 
P
P
 
P
L
 
L
E
 
Q
L
 
L
I
 
S
D
 
D
M
 
E
I
 
L
G
 
N
V
 
L
D
 
E
I
 
L
H
 
-
L
 
M
A
 
H
K
 
K
T
 
I
E
 
A
T
 
V
L
 
A
Y
 
T
R
 
R
-
 
K
-
 
G
-
 
V
E
 
E
Y
 
D
G
 
A
D
 
G
P
 
G
R
 
T
Y
 
Y
R
 
Q
P
 
P
-
 
H
-
 
P
-
 
A
P
 
E
Y
 
A
I
 
V
L
 
V
K
 
E
K
 
K
M
 
M
V
 
I
K
 
E
A
 
L
G
 
G
H
 
R
L
 
S
G
 
G
R
 
R
K
 
L
T
 
K
G
 
G
R
 
A
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
I
 
E
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

8oqqA Structure of mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctional enzyme in complex with fragment-m-79 (see paper)
36% identity, 99% coverage: 3:283/285 of query aligns to 328:610/723 of 8oqqA

query
sites
8oqqA
V
 
I
K
 
K
K
 
R
I
 
I
L
 
G
V
 
V
V
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
T
 
M
M
 
M
G
 
G
H
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
Y
L
 
V
V
 
S
A
 
A
Q
 
K
Q
 
A
G
 
G
F
 
Y
E
 
E
A
 
V
Y
 
V
L
 
L
V
 
K
D
 
D
R
 
V
E
 
S
K
 
L
E
 
E
I
 
A
V
 
A
E
 
A
K
 
K
A
 
G
F
 
K
L
 
G
K
 
Y
I
 
S
K
 
E
E
 
K
G
 
L
L
 
E
M
 
A
K
 
K
R
 
A
V
 
L
E
 
E
K
 
R
G
 
G
K
 
R
I
 
T
S
 
T
K
 
Q
E
 
E
E
 
R
A
 
S
E
 
D
K
 
A
V
 
L
L
 
L
E
 
A
K
 
R
I
 
I
T
 
T
V
 
P
G
 
T
T
 
A
D
 
D
M
 
A
E
 
A
T
 
D
F
 
F
A
 
K
D
 
G
A
 
V
D
 
D
F
 
F
V
 
V
I
 
I
E
 
E
A
 
A
V
 
V
F
 
F
E
 
E
D
 
N
V
 
Q
E
 
E
V
 
L
K
 
K
K
 
H
K
 
K
V
 
V
F
 
F
E
 
G
K
 
E
L
 
I
D
 
E
K
 
D
I
 
I
F
 
V
E
 
E
P
 
P
E
 
N
V
 
A
V
 
I
L
 
L
A
 
G
T
 
S
N
 
N
T
 
T
T
 
S
A
 
T
C
 
L
S
 
P
I
 
I
S
 
T
E
 
G
I
 
L
A
 
A
T
 
T
A
 
G
T
 
V
R
 
K
N
 
R
R
 
Q
K
 
E
R
 
D
V
 
F
I
 
I
G
 
G
M
 
I
H
 
H
F
 
F
F
 
F
N
 
S
P
 
P
P
 
V
V
 
D
I
 
K
M
 
M
K
 
P
L
 
L
V
 
V
E
 
E
I
 
I
I
 
I
P
 
K
G
 
G
L
 
E
E
 
K
T
 
T
D
 
S
E
 
D
T
 
E
T
 
A
V
 
L
E
 
A
K
 
R
T
 
V
K
 
F
A
 
D
M
 
Y
A
 
T
L
 
L
M
 
A
L
 
I
D
 
G
K
 
K
T
 
T
P
 
P
V
 
I
V
 
V
T
 
V
K
 
N
I
 
-
E
 
D
T
 
S
P
 
R
A
 
G
G
 
F
I
 
F
V
 
T
S
 
S
R
 
R
V
 
V
L
 
I
A
 
G
A
 
T
L
 
F
L
 
V
N
 
N
E
 
E
A
 
A
V
 
L
V
 
A
V
 
M
Y
 
L
S
 
G
E
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
E
D
 
P
A
 
A
K
 
S
D
 
-
I
 
I
D
 
E
T
 
Q
A
 
A
M
 
G
K
 
S
L
 
Q
G
 
-
A
 
A
N
 
G
L
 
Y
P
 
P
M
 
A
G
 
P
P
 
P
L
 
L
E
 
Q
L
 
L
I
 
S
D
 
D
M
 
E
I
 
L
G
 
N
V
 
L
D
 
E
I
 
L
H
 
-
L
 
M
A
 
H
K
 
K
T
 
I
E
 
A
T
 
V
L
 
A
Y
 
T
R
 
R
-
 
K
-
 
G
-
 
V
E
 
E
Y
 
D
G
 
A
D
 
G
P
 
G
R
 
T
Y
 
Y
R
 
Q
P
 
P
-
 
H
-
 
P
-
 
A
P
 
E
Y
 
A
I
 
V
L
 
V
K
 
E
K
 
K
M
 
M
V
 
I
K
 
E
A
 
L
G
 
G
H
 
R
L
x
S
G
 
G
R
 
R
K
x
L
T
x
K
G
 
G
R
 
A
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
I
 
E
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

8oqpA Structure of mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctional enzyme in complex with fragment-m-76 (see paper)
36% identity, 99% coverage: 3:283/285 of query aligns to 328:610/723 of 8oqpA

query
sites
8oqpA
V
 
I
K
 
K
K
 
R
I
 
I
L
 
G
V
 
V
V
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
T
 
M
M
 
M
G
 
G
H
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
Y
L
 
V
V
 
S
A
 
A
Q
 
K
Q
 
A
G
 
G
F
 
Y
E
 
E
A
 
V
Y
 
V
L
 
L
V
 
K
D
 
D
R
 
V
E
 
S
K
 
L
E
 
E
I
 
A
V
 
A
E
 
A
K
 
K
A
 
G
F
 
K
L
 
G
K
 
Y
I
 
S
K
 
E
E
 
K
G
 
L
L
 
E
M
 
A
K
 
K
R
 
A
V
 
L
E
 
E
K
 
R
G
 
G
K
 
R
I
 
T
S
 
T
K
 
Q
E
 
E
E
 
R
A
 
S
E
 
D
K
 
A
V
 
L
L
 
L
E
 
A
K
 
R
I
 
I
T
 
T
V
 
P
G
 
T
T
 
A
D
 
D
M
 
A
E
 
A
T
 
D
F
 
F
A
 
K
D
 
G
A
 
V
D
 
D
F
 
F
V
 
V
I
 
I
E
 
E
A
 
A
V
 
V
F
 
F
E
 
E
D
 
N
V
 
Q
E
 
E
V
 
L
K
 
K
K
 
H
K
 
K
V
 
V
F
 
F
E
 
G
K
 
E
L
 
I
D
 
E
K
 
D
I
 
I
F
 
V
E
 
E
P
 
P
E
 
N
V
 
A
V
 
I
L
 
L
A
 
G
T
 
S
N
 
N
T
 
T
T
 
S
A
 
T
C
 
L
S
 
P
I
 
I
S
 
T
E
 
G
I
 
L
A
 
A
T
 
T
A
 
G
T
 
V
R
 
K
N
 
R
R
 
Q
K
 
E
R
 
D
V
 
F
I
 
I
G
 
G
M
 
I
H
 
H
F
 
F
F
 
F
N
 
S
P
 
P
P
 
V
V
 
D
I
 
K
M
|
M
K
 
P
L
 
L
V
 
V
E
 
E
I
 
I
I
 
I
P
 
K
G
 
G
L
 
E
E
 
K
T
 
T
D
 
S
E
 
D
T
 
E
T
 
A
V
 
L
E
 
A
K
 
R
T
 
V
K
 
F
A
 
D
M
 
Y
A
 
T
L
 
L
M
 
A
L
 
I
D
 
G
K
 
K
T
 
T
P
 
P
V
 
I
V
 
V
T
 
V
K
 
N
I
 
-
E
 
D
T
 
S
P
 
R
A
 
G
G
 
F
I
 
F
V
 
T
S
 
S
R
 
R
V
 
V
L
 
I
A
 
G
A
 
T
L
 
F
L
 
V
N
 
N
E
 
E
A
 
A
V
 
L
V
 
A
V
 
M
Y
 
L
S
 
G
E
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
E
D
 
P
A
 
A
K
 
S
D
 
-
I
 
I
D
 
E
T
 
Q
A
 
A
M
 
G
K
 
S
L
 
Q
G
 
-
A
 
A
N
 
G
L
 
Y
P
|
P
M
 
A
G
 
P
P
 
P
L
 
L
E
 
Q
L
 
L
I
 
S
D
 
D
M
 
E
I
 
L
G
 
N
V
 
L
D
 
E
I
 
L
H
 
-
L
 
M
A
 
H
K
 
K
T
 
I
E
 
A
T
 
V
L
 
A
Y
 
T
R
 
R
-
 
K
-
 
G
-
 
V
E
 
E
Y
 
D
G
 
A
D
 
G
P
 
G
R
 
T
Y
 
Y
R
 
Q
P
 
P
-
 
H
-
 
P
-
 
A
P
 
E
Y
 
A
I
 
V
L
 
V
K
 
E
K
 
K
M
 
M
V
 
I
K
 
E
A
 
L
G
 
G
H
 
R
L
x
S
G
 
G
R
 
R
K
x
L
T
x
K
G
 
G
R
 
A
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
I
 
E
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

8oqlA Structure of mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctional enzyme in complex with fragment-m-1 (see paper)
36% identity, 99% coverage: 3:283/285 of query aligns to 333:615/728 of 8oqlA

query
sites
8oqlA
V
 
I
K
 
K
K
 
R
I
 
I
L
 
G
V
 
V
V
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
T
 
M
M
 
M
G
 
G
H
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
Y
L
 
V
V
 
S
A
 
A
Q
 
K
Q
 
A
G
 
G
F
 
Y
E
 
E
A
 
V
Y
 
V
L
 
L
V
x
K
D
|
D
R
x
V
E
 
S
K
 
L
E
 
E
I
 
A
V
 
A
E
 
A
K
 
K
A
 
G
F
 
K
L
 
G
K
 
Y
I
 
S
K
 
E
E
 
K
G
 
L
L
 
E
M
 
A
K
 
K
R
 
A
V
 
L
E
 
E
K
 
R
G
 
G
K
 
R
I
 
T
S
 
T
K
 
Q
E
 
E
E
 
R
A
 
S
E
 
D
K
 
A
V
 
L
L
 
L
E
 
A
K
 
R
I
 
I
T
 
T
V
 
P
G
 
T
T
 
A
D
 
D
M
 
A
E
 
A
T
 
D
F
 
F
A
 
K
D
 
G
A
 
V
D
 
D
F
 
F
V
 
V
I
 
I
E
 
E
A
 
A
V
 
V
F
 
F
E
 
E
D
 
N
V
 
Q
E
 
E
V
 
L
K
 
K
K
 
H
K
 
K
V
|
V
F
 
F
E
 
G
K
 
E
L
 
I
D
 
E
K
 
D
I
 
I
F
 
V
E
 
E
P
 
P
E
 
N
V
 
A
V
 
I
L
 
L
A
 
G
T
 
S
N
 
N
T
 
T
T
 
S
A
 
T
C
 
L
S
 
P
I
 
I
S
 
T
E
 
G
I
 
L
A
 
A
T
 
T
A
 
G
T
 
V
R
 
K
N
 
R
R
 
Q
K
 
E
R
 
D
V
 
F
I
 
I
G
 
G
M
 
I
H
 
H
F
 
F
F
 
F
N
 
S
P
 
P
P
 
V
V
x
D
I
x
K
M
|
M
K
x
P
L
 
L
V
 
V
E
 
E
I
 
I
I
 
I
P
 
K
G
 
G
L
 
E
E
 
K
T
 
T
D
 
S
E
 
D
T
 
E
T
 
A
V
 
L
E
 
A
K
 
R
T
 
V
K
 
F
A
 
D
M
 
Y
A
 
T
L
 
L
M
 
A
L
 
I
D
 
G
K
|
K
T
 
T
P
 
P
V
 
I
V
 
V
T
 
V
K
 
N
I
 
-
E
 
D
T
 
S
P
 
R
A
 
G
G
 
F
I
 
F
V
 
T
S
 
S
R
 
R
V
 
V
L
 
I
A
 
G
A
 
T
L
 
F
L
 
V
N
 
N
E
 
E
A
 
A
V
 
L
V
 
A
V
 
M
Y
 
L
S
 
G
E
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
E
D
 
P
A
 
A
K
 
S
D
 
-
I
 
I
D
 
E
T
 
Q
A
 
A
M
 
G
K
 
S
L
 
Q
G
 
-
A
 
A
N
 
G
L
 
Y
P
 
P
M
 
A
G
 
P
P
 
P
L
 
L
E
 
Q
L
 
L
I
 
S
D
 
D
M
 
E
I
 
L
G
 
N
V
 
L
D
 
E
I
 
L
H
 
-
L
 
M
A
 
H
K
 
K
T
 
I
E
 
A
T
 
V
L
 
A
Y
 
T
R
 
R
-
 
K
-
 
G
-
 
V
E
 
E
Y
 
D
G
 
A
D
 
G
P
 
G
R
 
T
Y
 
Y
R
 
Q
P
 
P
-
 
H
-
 
P
-
 
A
P
 
E
Y
 
A
I
 
V
L
 
V
K
 
E
K
 
K
M
 
M
V
 
I
K
 
E
A
 
L
G
 
G
H
 
R
L
 
S
G
 
G
R
 
R
K
 
L
T
 
K
G
 
G
R
 
A
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
I
 
E
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_068749038.1 NCBI__GCF_001601575.1:WP_068749038.1
MEVKKILVVGAGTMGHGIAQLVAQQGFEAYLVDREKEIVEKAFLKIKEGLMKRVEKGKIS
KEEAEKVLEKITVGTDMETFADADFVIEAVFEDVEVKKKVFEKLDKIFEPEVVLATNTTA
CSISEIATATRNRKRVIGMHFFNPPVIMKLVEIIPGLETDETTVEKTKAMALMLDKTPVV
TKIETPAGIVSRVLAALLNEAVVVYSEGVADAKDIDTAMKLGANLPMGPLELIDMIGVDI
HLAKTETLYREYGDPRYRPPYILKKMVKAGHLGRKTGRGFYIYEQ

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory