SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_072905062.1 NCBI__GCF_900142125.1:WP_072905062.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1ji0A Crystal structure analysis of the abc transporter from thermotoga maritima
56% identity, 100% coverage: 1:235/235 of query aligns to 6:239/240 of 1ji0A

query
sites
1ji0A
M
 
V
L
 
L
K
 
E
I
 
V
K
 
Q
N
 
S
I
 
L
Q
 
H
T
 
V
Y
 
Y
Y
|
Y
G
 
G
N
 
A
I
 
I
Q
 
H
A
 
A
L
 
I
K
 
K
D
 
G
V
 
I
S
 
D
L
 
L
E
 
K
V
 
V
K
 
P
E
 
R
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
V
 
V
T
 
T
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
L
 
L
M
 
S
S
 
A
I
 
I
C
 
A
G
 
G
I
 
L
T
 
V
P
 
R
P
 
A
R
 
Q
S
 
K
G
 
G
E
 
K
I
 
I
T
 
I
L
 
F
D
 
N
G
 
G
D
 
Q
L
 
D
I
 
I
T
 
T
G
 
N
M
 
K
S
 
P
A
 
A
E
 
H
K
 
V
I
 
I
V
 
N
Q
 
R
Q
 
M
G
 
G
I
 
I
V
 
A
Q
 
L
V
 
V
P
 
P
E
|
E
G
 
G
R
 
R
R
 
R
I
 
I
F
 
F
P
 
P
D
 
E
M
 
L
T
 
T
V
 
V
L
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
L
E
 
M
M
 
M
G
 
G
A
 
A
F
 
Y
L
 
N
R
 
R
K
 
K
N
 
D
K
 
K
Q
 
E
L
 
G
V
 
I
Q
 
K
Q
 
R
D
 
D
L
 
L
N
 
E
Y
 
W
V
 
I
M
 
F
T
 
S
L
 
L
F
 
F
P
 
P
I
 
R
L
 
L
E
 
K
K
 
E
R
 
R
K
 
L
N
 
K
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
L
 
L
A
 
A
I
 
I
S
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
A
 
S
R
 
R
P
 
P
R
 
K
V
 
L
L
 
L
L
 
M
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
S
L
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
I
I
 
L
I
 
V
K
 
S
Q
 
E
I
 
V
F
 
F
D
 
E
I
 
V
L
 
I
K
 
Q
Q
 
K
I
 
I
N
 
N
K
 
Q
E
 
E
N
 
-
N
 
G
T
 
T
T
 
T
I
 
I
F
 
L
L
 
L
V
 
V
E
 
E
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
N
 
L
Q
 
G
A
 
A
L
 
L
K
 
K
L
 
V
A
 
A
D
 
H
R
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
M
 
L
E
 
E
N
 
T
G
 
G
R
 
Q
I
 
I
T
 
V
L
 
L
V
 
E
D
 
G
D
 
K
A
 
A
D
 
S
R
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
D
N
 
N
D
 
E
D
 
M
V
 
V
R
 
R
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
M
 
V

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
33% identity, 99% coverage: 2:234/235 of query aligns to 3:235/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
L
 
L
K
 
T
I
 
A
K
 
K
N
 
N
I
 
L
Q
 
A
T
 
K
Y
 
A
Y
|
Y
G
 
K
N
 
G
I
 
R
Q
 
R
A
 
V
L
 
V
K
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
E
 
T
V
 
V
K
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
T
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
L
 
F
M
 
Y
S
 
M
I
 
V
C
 
V
G
 
G
I
 
I
T
 
V
P
 
P
P
 
R
R
 
D
S
 
A
G
 
G
E
 
N
I
 
I
T
 
I
L
 
I
D
 
D
G
 
D
D
 
D
L
 
D
I
 
I
T
 
S
G
 
L
M
 
L
S
 
P
A
 
L
E
 
H
K
 
A
I
 
R
V
 
A
Q
 
R
Q
 
R
G
 
G
I
 
I
V
 
G
Q
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
I
 
I
F
 
F
P
 
R
D
 
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
L
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
E
 
M
M
 
A
G
 
V
A
 
L
F
 
Q
L
 
I
R
 
R
K
 
D
N
 
D
K
 
L
Q
 
S
L
 
A
V
 
E
Q
 
Q
Q
 
R
D
 
E
-
 
D
-
 
R
L
 
A
N
 
N
Y
 
E
V
 
L
M
 
M
T
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
E
 
E
K
 
H
R
 
L
K
 
R
N
 
D
Q
 
S
L
 
M
G
 
G
G
 
Q
T
x
S
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
S
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
|
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
I
 
S
I
 
V
K
 
I
Q
 
D
I
 
I
F
 
K
D
 
R
I
 
I
L
 
I
K
 
E
Q
 
H
I
 
L
N
 
-
K
 
R
E
 
D
N
 
S
N
 
G
T
 
L
T
 
G
I
 
V
F
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
A
 
V
N
 
R
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
K
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
M
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
R
 
H
I
 
L
T
 
I
L
 
A
V
 
H
D
 
G
D
 
T
A
 
P
D
 
T
R
 
E
L
 
I
L
 
L
E
 
Q
N
 
D
D
 
E
D
 
H
V
 
V
R
 
K
K
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
33% identity, 99% coverage: 2:234/235 of query aligns to 3:235/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
L
 
L
K
 
T
I
 
A
K
 
K
N
 
N
I
 
L
Q
 
A
T
 
K
Y
 
A
Y
 
Y
G
 
K
N
 
G
I
 
R
Q
 
R
A
 
V
L
 
V
K
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
E
 
T
V
 
V
K
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
T
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
T
 
T
L
 
F
M
 
Y
S
 
M
I
 
V
C
 
V
G
 
G
I
 
I
T
 
V
P
 
P
P
 
R
R
 
D
S
 
A
G
 
G
E
 
N
I
 
I
T
 
I
L
 
I
D
 
D
G
 
D
D
 
D
L
 
D
I
 
I
T
 
S
G
 
L
M
 
L
S
 
P
A
 
L
E
 
H
K
 
A
I
 
R
V
 
A
Q
 
R
Q
 
R
G
 
G
I
 
I
V
 
G
Q
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
I
 
I
F
 
F
P
x
R
D
 
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
L
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
E
 
M
M
 
A
G
 
V
A
 
L
F
 
Q
L
 
I
R
 
R
K
 
D
N
 
D
K
 
L
Q
 
S
L
 
A
V
 
E
Q
 
Q
Q
 
R
D
 
E
-
 
D
-
 
R
L
 
A
N
 
N
Y
 
E
V
 
L
M
 
M
T
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
E
 
E
K
 
H
R
 
L
K
 
R
N
 
D
Q
 
S
L
x
M
G
|
G
G
x
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
S
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
I
 
S
I
 
V
K
 
I
Q
 
D
I
 
I
F
 
K
D
 
R
I
 
I
L
 
I
K
 
E
Q
 
H
I
 
L
N
 
-
K
 
R
E
 
D
N
 
S
N
 
G
T
 
L
T
 
G
I
 
V
F
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
N
 
R
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
K
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
M
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
R
 
H
I
 
L
T
 
I
L
 
A
V
 
H
D
 
G
D
 
T
A
 
P
D
 
T
R
 
E
L
 
I
L
 
L
E
 
Q
N
 
D
D
 
E
D
 
H
V
 
V
R
 
K
K
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
33% identity, 99% coverage: 2:234/235 of query aligns to 3:235/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
L
 
L
K
 
T
I
 
A
K
 
K
N
 
N
I
 
L
Q
 
A
T
 
K
Y
 
A
Y
|
Y
G
 
K
N
 
G
I
x
R
Q
 
R
A
 
V
L
 
V
K
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
E
 
T
V
 
V
K
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
T
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
 
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
L
 
F
M
 
Y
S
 
M
I
 
V
C
 
V
G
 
G
I
 
I
T
 
V
P
 
P
P
 
R
R
 
D
S
 
A
G
 
G
E
 
N
I
 
I
T
 
I
L
 
I
D
 
D
G
 
D
D
 
D
L
 
D
I
 
I
T
 
S
G
 
L
M
 
L
S
 
P
A
 
L
E
 
H
K
 
A
I
 
R
V
 
A
Q
 
R
Q
 
R
G
 
G
I
 
I
V
 
G
Q
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
I
 
I
F
 
F
P
 
R
D
 
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
L
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
E
 
M
M
 
A
G
 
V
A
 
L
F
 
Q
L
 
I
R
 
R
K
 
D
N
 
D
K
 
L
Q
 
S
L
 
A
V
 
E
Q
 
Q
Q
 
R
D
 
E
-
 
D
-
 
R
L
 
A
N
 
N
Y
 
E
V
 
L
M
 
M
T
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
E
 
E
K
 
H
R
 
L
K
 
R
N
 
D
Q
 
S
L
 
M
G
 
G
G
 
Q
T
x
S
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
|
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
S
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
I
 
S
I
 
V
K
 
I
Q
 
D
I
 
I
F
 
K
D
 
R
I
 
I
L
 
I
K
 
E
Q
 
H
I
 
L
N
 
-
K
 
R
E
 
D
N
 
S
N
 
G
T
 
L
T
 
G
I
 
V
F
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
N
 
R
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
K
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
M
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
R
 
H
I
 
L
T
 
I
L
 
A
V
 
H
D
 
G
D
 
T
A
 
P
D
 
T
R
 
E
L
 
I
L
 
L
E
 
Q
N
 
D
D
 
E
D
 
H
V
 
V
R
 
K
K
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6mbnA Lptb e163q in complex with atp (see paper)
32% identity, 99% coverage: 2:234/235 of query aligns to 4:236/241 of 6mbnA

query
sites
6mbnA
L
 
L
K
 
T
I
 
A
K
 
K
N
 
N
I
 
L
Q
 
A
T
 
K
Y
 
A
Y
|
Y
G
 
K
N
 
G
I
x
R
Q
 
R
A
x
V
L
 
V
K
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
E
 
T
V
 
V
K
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
T
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
L
 
F
M
 
Y
S
 
M
I
 
V
C
 
V
G
 
G
I
 
I
T
 
V
P
 
P
P
 
R
R
 
D
S
 
A
G
 
G
E
 
N
I
 
I
T
 
I
L
 
I
D
 
D
G
 
D
D
 
D
L
 
D
I
 
I
T
 
S
G
 
L
M
 
L
S
 
P
A
 
L
E
 
H
K
 
A
I
 
R
V
 
A
Q
 
R
Q
 
R
G
 
G
I
 
I
V
 
G
Q
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
I
 
I
F
 
F
P
 
R
D
 
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
L
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
E
 
M
M
 
A
G
 
V
A
 
L
F
 
Q
L
 
I
R
 
R
K
 
D
N
 
D
K
 
L
Q
 
S
L
 
A
V
 
E
Q
 
Q
Q
 
R
D
 
E
-
 
D
-
 
R
L
 
A
N
 
N
Y
 
E
V
 
L
M
 
M
T
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
E
 
E
K
 
H
R
 
L
K
 
R
N
 
D
Q
 
S
L
 
M
G
 
G
G
 
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
S
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
I
 
S
I
 
V
K
 
I
Q
 
D
I
 
I
F
 
K
D
 
R
I
 
I
L
 
I
K
 
E
Q
 
H
I
 
L
N
 
-
K
 
R
E
 
D
N
 
S
N
 
G
T
 
L
T
 
G
I
 
V
F
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
A
 
V
N
 
R
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
K
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
M
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
R
 
H
I
 
L
T
 
I
L
 
A
V
 
H
D
 
G
D
 
T
A
 
P
D
 
T
R
 
E
L
 
I
L
 
L
E
 
Q
N
 
D
D
 
E
D
 
H
V
 
V
R
 
K
K
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
32% identity, 99% coverage: 2:233/235 of query aligns to 3:234/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
L
 
L
K
 
T
I
 
A
K
 
K
N
 
N
I
 
L
Q
 
A
T
 
K
Y
 
A
Y
|
Y
G
 
K
N
 
G
I
x
R
Q
 
R
A
x
V
L
 
V
K
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
E
 
T
V
 
V
K
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
T
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
L
 
F
M
 
Y
S
 
M
I
 
V
C
 
V
G
 
G
I
 
I
T
 
V
P
 
P
P
 
R
R
 
D
S
 
A
G
 
G
E
 
N
I
 
I
T
 
I
L
 
I
D
 
D
G
 
D
D
 
D
L
 
D
I
 
I
T
 
S
G
 
L
M
 
L
S
 
P
A
x
L
E
x
H
K
 
A
I
 
R
V
 
A
Q
 
R
Q
 
R
G
 
G
I
 
I
V
 
G
Q
 
Y
V
 
L
P
|
P
E
x
Q
G
 
E
R
x
A
R
x
S
I
 
I
F
|
F
P
x
R
D
x
R
M
x
L
T
 
S
V
 
V
L
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
E
 
M
M
 
A
G
x
V
A
 
L
F
 
Q
L
 
I
R
 
R
K
 
D
N
 
D
K
 
L
Q
 
S
L
 
A
V
 
E
Q
 
Q
Q
 
R
D
 
E
-
 
D
-
 
R
L
 
A
N
 
N
Y
 
E
V
 
L
M
 
M
T
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
E
 
E
K
 
H
R
 
L
K
 
R
N
 
D
Q
 
S
L
 
M
G
 
G
G
x
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
S
 
A
R
|
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
I
 
S
I
 
V
K
 
I
Q
 
D
I
 
I
F
 
K
D
 
R
I
 
I
L
 
I
K
 
E
Q
 
H
I
 
L
N
 
-
K
 
R
E
 
D
N
 
S
N
 
G
T
 
L
T
 
G
I
 
V
F
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
N
 
R
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
K
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
M
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
R
 
H
I
 
L
T
 
I
L
 
A
V
 
H
D
 
G
D
 
T
A
 
P
D
 
T
R
 
E
L
 
I
L
 
L
E
 
Q
N
 
D
D
 
E
D
 
H
V
 
V
R
 
K
K
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
32% identity, 99% coverage: 2:233/235 of query aligns to 3:234/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
L
 
L
K
 
T
I
 
A
K
 
K
N
 
N
I
 
L
Q
 
A
T
 
K
Y
 
A
Y
|
Y
G
 
K
N
 
G
I
x
R
Q
 
R
A
x
V
L
 
V
K
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
E
 
T
V
 
V
K
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
T
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
L
 
F
M
 
Y
S
 
M
I
 
V
C
 
V
G
 
G
I
 
I
T
 
V
P
 
P
P
 
R
R
 
D
S
 
A
G
 
G
E
 
N
I
 
I
T
 
I
L
 
I
D
 
D
G
 
D
D
 
D
L
 
D
I
 
I
T
 
S
G
 
L
M
 
L
S
 
P
A
 
L
E
 
H
K
 
A
I
 
R
V
 
A
Q
 
R
Q
 
R
G
 
G
I
 
I
V
 
G
Q
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
I
 
I
F
 
F
P
 
R
D
 
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
L
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
E
 
M
M
 
A
G
 
V
A
 
L
F
 
Q
L
 
I
R
 
R
K
 
D
N
 
D
K
 
L
Q
 
S
L
 
A
V
 
E
Q
 
Q
Q
 
R
D
 
E
-
 
D
-
 
R
L
 
A
N
 
N
Y
 
E
V
 
L
M
 
M
T
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
E
 
E
K
 
H
R
 
L
K
 
R
N
 
D
Q
 
S
L
 
M
G
 
G
G
 
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
S
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
I
 
S
I
 
V
K
 
I
Q
 
D
I
 
I
F
 
K
D
 
R
I
 
I
L
 
I
K
 
E
Q
 
H
I
 
L
N
 
-
K
 
R
E
 
D
N
 
S
N
 
G
T
 
L
T
 
G
I
 
V
F
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
N
 
R
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
K
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
M
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
R
 
H
I
 
L
T
 
I
L
 
A
V
 
H
D
 
G
D
 
T
A
 
P
D
 
T
R
 
E
L
 
I
L
 
L
E
 
Q
N
 
D
D
 
E
D
 
H
V
 
V
R
 
K
K
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
32% identity, 98% coverage: 2:232/235 of query aligns to 3:233/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
L
 
L
K
 
T
I
 
A
K
 
K
N
 
N
I
 
L
Q
 
A
T
 
K
Y
 
A
Y
|
Y
G
 
K
N
 
G
I
x
R
Q
 
R
A
x
V
L
 
V
K
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
E
 
T
V
 
V
K
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
T
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
L
 
F
M
 
Y
S
 
M
I
 
V
C
 
V
G
 
G
I
 
I
T
 
V
P
 
P
P
 
R
R
 
D
S
 
A
G
 
G
E
 
N
I
 
I
T
 
I
L
 
I
D
 
D
G
 
D
D
 
D
L
 
D
I
 
I
T
 
S
G
 
L
M
 
L
S
 
P
A
 
L
E
 
H
K
 
A
I
 
R
V
 
A
Q
 
R
Q
 
R
G
 
G
I
 
I
V
 
G
Q
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
I
 
I
F
|
F
P
x
R
D
x
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
L
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
E
 
M
M
 
A
G
 
V
A
 
L
F
 
Q
L
 
I
R
 
R
K
 
D
N
 
D
K
 
L
Q
 
S
L
 
A
V
 
E
Q
 
Q
Q
 
R
D
 
E
-
 
D
-
 
R
L
 
A
N
 
N
Y
 
E
V
 
L
M
 
M
T
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
E
 
E
K
 
H
R
 
L
K
 
R
N
 
D
Q
 
S
L
 
M
G
 
G
G
 
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
S
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
I
 
S
I
 
V
K
 
I
Q
 
D
I
 
I
F
 
K
D
 
R
I
 
I
L
 
I
K
 
E
Q
 
H
I
 
L
N
 
-
K
 
R
E
 
D
N
 
S
N
 
G
T
 
L
T
 
G
I
 
V
F
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
N
 
R
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
K
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
M
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
R
 
H
I
 
L
T
 
I
L
 
A
V
 
H
D
 
G
D
 
T
A
 
P
D
 
T
R
 
E
L
 
I
L
 
L
E
 
Q
N
 
D
D
 
E
D
 
H
V
 
V
R
 
K
K
 
R
A
 
V
Y
 
Y

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
31% identity, 100% coverage: 1:234/235 of query aligns to 2:235/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
M
 
I
L
 
L
K
 
K
I
 
A
K
 
Q
N
 
H
I
 
L
Q
 
A
T
 
K
Y
 
S
Y
 
Y
G
 
K
N
 
K
I
 
R
Q
 
K
A
 
V
L
 
V
K
 
S
D
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
E
 
Q
V
 
V
K
 
E
E
 
S
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
V
 
V
T
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
T
 
S
L
 
F
M
 
Y
S
 
M
I
 
I
C
 
V
G
 
G
I
 
L
T
 
V
P
 
A
P
 
R
R
 
D
S
 
E
G
 
G
E
 
T
I
 
I
T
 
T
L
 
I
D
 
D
G
 
D
D
 
N
L
 
D
I
 
I
T
 
S
G
 
I
M
 
L
S
 
P
A
 
M
E
 
H
K
 
S
I
 
R
V
 
S
Q
 
R
Q
 
M
G
 
G
I
 
I
V
 
G
Q
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
I
 
I
F
 
F
P
 
R
D
 
K
M
 
L
T
 
S
V
 
V
L
 
E
E
 
D
N
 
N
L
 
I
E
 
M
M
 
-
G
 
-
A
 
A
F
 
V
L
 
L
R
 
Q
K
 
T
N
 
R
K
 
E
Q
 
E
L
 
L
V
 
T
Q
 
H
Q
x
E
D
 
E
-
 
R
-
 
Q
-
x
D
-
 
K
L
 
L
N
 
E
Y
 
D
V
 
L
M
 
L
T
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
Q
E
 
H
K
 
I
R
 
R
K
 
K
N
 
S
Q
 
A
L
 
-
G
 
G
G
 
M
T
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
S
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
Q
V
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
I
 
S
I
 
V
K
 
I
Q
 
D
I
 
I
F
 
K
D
 
K
I
 
I
L
 
I
K
 
E
Q
 
H
I
 
L
N
 
-
K
 
R
E
 
D
N
 
R
N
 
G
T
 
L
T
 
G
I
 
V
F
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
N
 
R
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
K
 
D
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
K
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
M
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
R
 
R
I
 
L
T
 
I
L
 
A
V
 
E
D
 
G
D
 
T
A
 
P
D
 
Q
R
 
D
L
 
V
L
 
L
E
 
N
N
 
N
D
 
E
D
 
Q
V
 
V
R
 
K
K
 
Q
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

3d31A Modbc from methanosarcina acetivorans (see paper)
35% identity, 95% coverage: 1:224/235 of query aligns to 1:217/348 of 3d31A

query
sites
3d31A
M
 
M
L
 
I
K
 
E
I
 
I
K
 
E
N
 
S
I
 
L
Q
 
S
T
 
R
Y
 
K
Y
 
W
G
 
K
N
 
N
I
 
F
Q
 
-
A
 
S
L
 
L
K
 
D
D
 
N
V
 
L
S
 
S
L
 
L
E
 
K
V
 
V
K
 
E
E
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
Y
V
 
F
T
 
V
L
 
I
I
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
T
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
L
T
 
F
L
 
L
M
 
E
S
 
L
I
 
I
C
 
A
G
 
G
I
 
F
T
 
H
P
 
V
P
 
P
R
 
D
S
 
S
G
 
G
E
 
R
I
 
I
T
 
L
L
 
L
D
 
D
G
 
G
D
 
K
L
 
D
I
 
V
T
 
T
G
 
D
M
 
L
S
 
S
A
 
P
E
 
E
K
 
K
I
 
-
V
 
-
Q
 
-
Q
 
H
G
 
D
I
 
I
V
 
A
Q
 
F
V
 
V
P
 
Y
E
 
Q
G
 
N
R
 
Y
R
 
S
I
 
L
F
 
F
P
 
P
D
 
H
M
 
M
T
 
N
V
 
V
L
 
K
E
 
K
N
 
N
L
 
L
E
 
E
M
 
F
G
 
G
A
 
M
F
 
R
L
 
M
R
 
K
K
 
K
N
 
I
K
 
K
Q
 
D
L
 
P
V
 
K
Q
 
R
Q
 
V
-
 
L
D
 
D
L
 
T
N
 
A
Y
 
R
V
 
D
M
 
L
T
 
K
L
 
I
F
 
E
P
 
H
I
 
L
L
 
L
E
 
D
K
 
R
R
 
-
K
 
-
N
 
N
Q
 
P
L
 
L
G
 
-
G
 
-
T
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
L
S
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
V
A
 
T
R
 
N
P
 
P
R
 
K
V
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
L
L
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
R
I
 
T
I
 
Q
K
 
E
Q
 
N
I
 
A
F
 
R
D
 
E
I
 
M
L
 
L
K
 
S
Q
 
V
I
 
L
N
 
H
K
 
K
E
 
K
N
 
N
N
 
K
T
 
L
T
 
T
I
 
V
F
 
L
L
 
H
V
 
I
E
 
T
Q
 
H
N
 
D
A
 
Q
N
 
T
Q
 
E
A
 
A
L
 
R
K
 
I
L
 
M
A
 
A
D
 
D
R
 
R
G
 
I
Y
 
A
V
 
V
M
 
V
E
 
M
N
 
D
G
 
G
R
 
K
I
 
L
T
 
I
L
 
Q
V
 
V
D
 
G
D
 
K
A
 
P
D
 
E
R
 
E
L
 
I
L
 
F
E
 
E

Sites not aligning to the query:

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
30% identity, 100% coverage: 1:234/235 of query aligns to 4:253/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
M
 
I
L
 
L
K
 
R
I
 
T
K
 
E
N
 
N
I
 
I
Q
 
V
T
 
K
Y
 
Y
Y
x
F
G
 
G
N
 
E
I
x
F
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
K
 
D
D
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
I
E
 
S
V
 
V
K
 
N
E
 
K
G
 
G
E
 
D
I
 
V
V
 
T
T
 
L
L
 
I
I
 
I
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
L
L
 
I
M
 
N
S
 
V
I
 
I
C
 
T
G
 
G
I
 
F
T
 
L
P
 
K
P
 
A
R
 
D
S
 
E
G
 
G
E
 
R
I
 
V
T
 
Y
L
 
F
D
 
E
G
 
N
D
 
K
L
 
D
I
 
I
T
 
T
G
 
N
M
 
K
S
 
E
A
 
P
E
 
A
K
 
E
I
 
L
V
 
Y
Q
 
H
Q
 
Y
G
 
G
I
 
I
V
 
V
Q
 
R
V
 
T
P
 
F
E
 
Q
G
 
T
R
 
P
R
 
Q
I
 
P
F
 
L
P
 
K
D
 
E
M
 
M
T
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
E
 
L
M
 
I
G
 
G
A
 
E
F
 
I
L
 
C
R
 
P
K
 
G
N
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
-
 
L
-
 
F
-
 
Y
K
 
K
Q
 
K
L
 
W
V
 
I
Q
 
P
Q
 
K
D
 
E
L
 
E
N
 
E
Y
 
M
V
 
V
M
 
E
T
 
K
L
 
A
F
 
F
P
 
K
I
 
I
L
 
L
E
 
E
K
 
F
R
 
L
K
 
K
-
 
L
-
 
S
-
 
H
-
 
L
-
 
Y
N
 
D
Q
 
R
L
 
K
G
 
A
G
 
G
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
M
Q
 
K
M
 
L
L
 
V
A
 
E
I
 
I
S
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
A
 
T
R
 
N
P
 
P
R
 
K
V
 
M
L
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
I
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
A
P
 
P
L
 
G
I
 
L
I
 
A
K
 
H
Q
 
D
I
 
I
F
 
F
D
 
N
I
 
H
L
 
V
K
 
L
Q
 
E
I
 
L
N
 
-
K
 
K
E
 
A
N
 
K
N
 
G
T
 
I
T
 
T
I
 
F
F
 
L
L
 
I
V
 
I
E
 
E
Q
 
H
N
 
R
A
 
L
N
 
D
Q
 
I
A
 
V
L
 
L
K
 
N
L
 
Y
A
 
I
D
 
D
R
 
H
G
 
L
Y
 
Y
V
 
V
M
 
M
E
 
F
N
 
N
G
 
G
R
 
Q
I
 
I
T
 
I
L
 
A
-
 
E
-
 
G
-
 
R
-
 
G
V
 
E
D
 
E
D
 
E
A
 
I
D
 
K
R
 
N
L
 
V
L
 
L
E
 
S
N
 
D
D
 
P
D
 
K
V
 
V
R
 
V
K
 
E
A
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

2d62A Crystal structure of multiple sugar binding transport atp-binding protein
32% identity, 94% coverage: 2:222/235 of query aligns to 7:230/375 of 2d62A

query
sites
2d62A
L
 
V
K
 
K
I
 
L
K
 
I
N
 
N
I
 
I
Q
 
W
T
 
K
Y
 
R
Y
 
F
G
 
G
N
 
D
I
 
V
Q
 
T
A
 
A
L
 
V
K
 
K
D
 
D
V
 
L
S
 
S
L
 
L
E
 
E
V
 
I
K
 
K
E
 
D
G
 
G
E
 
E
I
 
F
V
 
L
T
 
V
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
L
 
L
M
 
R
S
 
M
I
 
I
C
 
A
G
 
G
I
 
L
T
 
E
P
 
E
P
 
P
R
 
T
S
 
R
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
T
 
Y
L
 
I
D
 
E
G
 
D
D
 
N
L
 
L
I
 
V
T
 
A
G
 
D
M
 
P
S
 
E
A
 
K
E
 
G
K
 
V
I
 
F
V
 
V
-
 
P
-
 
P
-
 
K
Q
 
E
Q
 
R
G
 
D
I
 
V
V
 
A
Q
 
M
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
S
R
 
Y
R
 
A
I
 
L
F
 
Y
P
 
P
D
 
H
M
 
M
T
 
T
V
 
V
L
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
I
E
 
A
M
 
F
G
 
P
A
 
L
F
 
K
L
 
L
R
 
R
K
 
K
-
 
V
N
 
P
K
 
K
Q
 
Q
L
 
E
V
 
I
Q
 
D
Q
 
K
D
 
R
L
 
V
N
 
R
Y
 
E
V
 
V
M
 
A
T
 
E
L
 
M
F
 
L
P
 
G
I
 
L
L
 
T
E
 
E
K
 
-
R
 
L
K
 
L
N
 
N
Q
 
R
L
 
K
G
 
P
G
 
R
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
R
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
L
S
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
M
 
I
A
 
R
R
 
R
P
 
P
R
 
K
V
 
V
L
 
F
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
L
L
 
S
G
 
N
L
 
L
A
 
D
P
 
A
L
 
K
I
 
L
I
 
R
K
 
V
Q
 
K
I
 
M
F
 
R
D
 
A
I
 
E
L
 
L
K
 
K
Q
 
K
I
 
L
N
 
Q
K
 
R
E
 
Q
N
 
L
N
 
G
T
 
V
T
 
T
I
 
T
F
 
I
L
 
Y
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
D
A
 
Q
N
 
V
Q
 
E
A
 
A
L
 
M
K
 
T
L
 
M
A
 
G
D
 
D
R
 
R
G
 
I
Y
 
A
V
 
V
M
 
M
E
 
N
N
 
K
G
 
G
R
 
E
I
 
L
T
 
Q
L
 
Q
V
 
V
D
 
G
D
 
T
A
 
P
D
 
D
R
 
E
L
 
V

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
30% identity, 100% coverage: 1:234/235 of query aligns to 4:253/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
M
 
I
L
 
L
K
 
R
I
 
T
K
 
E
N
 
N
I
 
I
Q
 
V
T
 
K
Y
 
Y
Y
x
F
G
 
G
N
 
E
I
x
F
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
K
 
D
D
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
I
E
 
S
V
 
V
K
 
C
E
 
K
G
 
G
E
 
D
I
 
V
V
 
T
T
 
L
L
 
I
I
 
I
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
L
L
 
I
M
 
N
S
 
V
I
 
I
C
 
T
G
 
G
I
 
F
T
 
L
P
 
K
P
 
A
R
 
D
S
 
E
G
 
G
E
 
R
I
 
V
T
 
Y
L
 
F
D
 
E
G
 
N
D
 
K
L
 
D
I
 
I
T
 
T
G
 
N
M
 
K
S
 
E
A
 
P
E
 
A
K
 
E
I
 
L
V
 
Y
Q
 
H
Q
 
Y
G
 
G
I
 
I
V
 
V
Q
 
R
V
 
T
P
 
F
E
 
Q
G
 
T
R
 
P
R
 
Q
I
 
P
F
 
L
P
 
K
D
 
E
M
 
M
T
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
E
 
L
M
 
I
G
 
G
A
 
E
F
 
I
L
 
N
R
 
P
K
 
G
N
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
-
 
L
-
 
F
-
 
Y
K
 
K
Q
 
K
L
 
W
V
 
I
Q
 
P
Q
 
K
D
 
E
L
 
E
N
 
E
Y
 
M
V
 
V
M
 
E
T
 
K
L
 
A
F
 
F
P
 
K
I
 
I
L
 
L
E
 
E
K
 
F
R
 
L
K
 
K
-
 
L
-
 
S
-
 
H
-
 
L
-
 
Y
N
 
D
Q
 
R
L
 
K
G
 
A
G
 
G
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
M
Q
 
K
M
 
L
L
 
V
A
 
E
I
 
I
S
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
A
 
T
R
 
N
P
 
P
R
 
K
V
 
M
L
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
I
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
A
P
 
P
L
 
G
I
 
L
I
 
A
K
 
H
Q
 
D
I
 
I
F
 
F
D
 
N
I
 
H
L
 
V
K
 
L
Q
 
E
I
 
L
N
 
-
K
 
K
E
 
A
N
 
K
N
 
G
T
 
I
T
 
T
I
 
F
F
 
L
L
 
I
V
 
I
E
 
E
Q
 
H
N
 
R
A
 
L
N
 
D
Q
 
I
A
 
V
L
 
L
K
 
N
L
 
Y
A
 
I
D
 
D
R
 
H
G
 
L
Y
 
Y
V
 
V
M
 
M
E
 
F
N
 
N
G
 
G
R
 
Q
I
 
I
T
 
I
L
 
A
-
 
E
-
 
G
-
 
R
-
 
G
V
 
E
D
 
E
D
 
E
A
 
I
D
 
K
R
 
N
L
 
V
L
 
L
E
 
S
N
 
D
D
 
P
D
 
K
V
 
V
R
 
V
K
 
E
A
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
33% identity, 91% coverage: 1:214/235 of query aligns to 1:215/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
M
 
M
L
 
I
K
 
F
I
 
V
K
 
N
N
 
D
I
 
V
Q
 
Y
T
 
K
Y
 
N
Y
x
F
G
 
G
N
 
S
I
 
L
Q
 
E
A
x
V
L
 
L
K
 
K
D
 
G
V
 
V
S
 
T
L
 
L
E
 
K
V
 
V
K
 
N
E
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
V
V
 
V
T
 
V
L
 
I
I
 
I
G
 
G
A
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
L
L
 
L
M
 
R
S
 
C
I
 
I
C
 
N
G
 
L
I
 
L
T
 
E
P
 
E
P
 
P
R
 
T
S
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
V
T
 
F
L
 
I
D
 
D
G
 
G
D
 
V
L
 
K
I
 
I
T
 
N
-
 
N
G
 
G
M
 
K
S
 
V
A
 
N
E
 
I
K
 
N
I
 
K
V
 
V
Q
 
R
Q
 
Q
G
 
K
I
 
V
V
 
G
Q
 
M
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
H
R
 
F
R
 
N
I
 
L
F
 
F
P
 
P
D
 
H
M
 
L
T
 
T
V
 
A
L
 
I
E
 
E
N
 
N
L
 
I
E
 
T
M
 
L
G
 
A
A
 
P
F
 
V
L
 
K
R
 
V
K
 
K
-
 
K
-
 
M
N
 
N
K
 
K
Q
 
K
L
 
E
V
 
A
Q
 
E
Q
 
E
D
 
L
L
 
A
N
 
V
Y
 
D
V
 
L
M
 
L
T
 
A
L
 
K
F
 
V
P
 
G
I
 
L
L
 
L
E
 
D
K
 
K
R
 
-
K
 
K
N
 
D
Q
 
Q
L
 
Y
G
 
P
G
 
I
T
 
K
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
M
 
R
L
 
L
A
 
A
I
 
I
S
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
M
R
 
Q
P
 
P
R
 
E
V
 
V
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
T
L
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
E
I
 
M
I
 
V
K
 
K
Q
 
E
I
 
V
F
 
L
D
 
N
I
 
V
L
 
M
K
 
K
Q
 
Q
I
 
L
N
 
A
K
 
N
E
 
E
N
 
G
N
 
M
T
 
T
T
 
M
I
 
V
F
 
-
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
x
H
N
 
E
A
 
M
N
 
G
Q
 
F
A
 
A
L
 
R
K
 
E
L
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
G
 
V
Y
 
I
V
 
F
M
 
M
E
 
D
N
 
D
G
 
G
R
 
V
I
 
I
T
 
V

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
29% identity, 91% coverage: 1:214/235 of query aligns to 2:215/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
M
 
I
L
 
I
K
 
R
I
 
I
K
 
R
N
 
N
I
 
L
Q
 
H
T
 
K
Y
 
W
Y
x
F
G
 
G
N
 
P
I
 
L
Q
 
H
A
x
V
L
 
L
K
 
K
D
 
G
V
 
I
S
 
H
L
 
L
E
 
E
V
 
V
K
 
A
E
 
P
G
 
G
E
 
E
I
 
K
V
 
L
T
 
V
L
 
I
I
 
I
G
 
G
A
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
L
L
 
I
M
 
R
S
 
T
I
 
I
C
 
N
G
 
R
I
 
L
T
 
E
P
 
D
P
 
F
R
 
Q
S
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
V
T
 
V
L
 
V
D
 
D
G
 
G
D
 
L
L
 
S
I
 
V
T
 
K
G
 
D
M
 
D
S
 
R
A
 
A
E
 
L
K
 
R
I
 
E
V
 
I
Q
 
R
Q
 
R
G
 
E
I
 
V
V
 
G
Q
 
M
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
Q
R
 
F
R
 
N
I
 
L
F
 
F
P
 
P
D
 
H
M
 
M
T
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
V
E
 
T
M
 
L
G
 
A
A
 
P
F
 
M
-
 
R
-
 
V
L
 
R
R
 
R
K
 
W
N
 
P
K
 
R
Q
 
E
L
 
K
V
 
A
Q
 
E
Q
 
K
D
 
K
L
 
A
N
 
L
Y
 
E
V
 
L
M
 
L
T
 
E
L
 
R
F
 
V
P
 
G
I
 
I
L
 
L
E
 
D
K
 
Q
R
 
A
K
 
R
N
 
-
Q
 
K
L
 
Y
G
 
P
G
 
A
T
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
S
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
M
R
 
E
P
 
P
R
 
K
V
 
I
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
L
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
E
I
 
M
I
 
V
K
 
G
Q
 
E
I
 
V
F
 
L
D
 
D
I
 
V
L
 
M
K
 
R
Q
 
D
I
 
L
N
 
-
K
 
A
E
 
Q
N
 
G
N
 
G
T
 
M
T
 
T
I
 
M
F
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
A
 
M
N
 
G
Q
 
F
A
 
A
L
 
R
K
 
E
L
 
V
A
 
A
D
 
D
R
 
R
G
 
V
Y
 
V
V
 
F
M
 
M
E
 
D
N
 
G
G
 
G
R
 
Q
I
 
I
T
 
V

4yerA Crystal structure of an abc transporter atp-binding protein (tm_1403) from thermotoga maritima msb8 at 2.35 a resolution
31% identity, 89% coverage: 4:213/235 of query aligns to 7:214/285 of 4yerA

query
sites
4yerA
I
 
V
K
 
E
N
 
N
I
 
L
Q
 
V
T
 
K
Y
 
K
Y
x
F
G
 
G
N
 
D
I
x
F
Q
 
E
A
 
A
L
 
V
K
 
K
D
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
F
E
 
S
V
 
V
K
 
K
E
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
F
T
 
A
L
 
F
I
 
L
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
L
 
I
M
 
H
S
 
M
I
 
L
C
 
T
G
 
T
I
 
L
T
 
L
P
 
K
P
 
P
R
 
T
S
 
S
G
 
G
E
 
K
I
 
A
T
 
W
L
 
V
D
 
A
G
 
G
D
 
H
L
 
D
I
 
V
T
 
-
G
 
-
M
 
L
S
 
K
A
 
E
E
 
P
K
 
R
I
 
E
V
 
V
Q
 
R
Q
 
R
G
 
K
I
 
I
V
 
G
Q
 
I
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
D
R
 
Q
R
 
S
I
 
L
F
 
D
P
 
R
D
 
E
M
 
L
T
 
T
V
 
A
L
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
M
E
 
Y
M
 
I
-
 
H
G
 
G
A
 
K
F
 
I
L
 
Y
R
 
G
K
 
Y
N
 
G
K
 
G
Q
 
E
L
 
K
V
 
L
Q
 
K
Q
 
K
D
 
R
L
 
I
N
 
L
Y
 
E
V
 
L
M
 
L
T
 
E
L
 
F
F
 
V
P
 
-
I
 
E
L
 
L
E
 
L
K
 
E
R
 
F
K
 
K
N
 
D
Q
 
K
L
 
P
G
 
V
G
 
K
T
|
T
L
x
F
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
 
M
Q
 
A
Q
 
R
M
 
R
L
 
L
A
 
E
I
 
I
S
 
A
R
 
R
A
 
S
L
 
L
M
 
I
A
 
H
R
 
E
P
 
P
R
 
E
V
 
V
L
 
L
L
 
F
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
L
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
H
I
 
T
I
 
R
K
 
A
Q
 
H
I
 
M
F
 
W
D
 
E
I
 
Y
L
 
I
K
 
S
Q
 
K
I
 
M
N
 
K
K
 
K
E
 
E
N
 
H
N
 
N
T
 
M
T
 
T
I
 
I
F
 
F
L
 
L
V
 
T
E
 
T
Q
 
H
N
 
Y
A
 
M
N
 
D
Q
 
E
A
 
A
L
 
E
K
 
Q
L
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
R
G
 
V
Y
 
A
V
 
I
M
 
I
E
 
D
N
 
H
G
 
G
R
 
K
I
 
I

P04983 Ribose import ATP-binding protein RbsA; EC 7.5.2.7 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
34% identity, 85% coverage: 16:214/235 of query aligns to 267:474/501 of P04983

query
sites
P04983
A
 
G
L
 
V
K
 
N
D
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
F
E
 
T
V
 
L
K
 
R
E
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
L
T
 
G
L
 
V
I
 
S
G
 
G
A
 
L
N
 
M
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
R
T
 
T
T
 
E
T
 
L
L
 
M
M
 
K
S
 
V
I
 
L
C
 
Y
G
 
G
I
 
A
T
 
L
P
 
P
P
 
R
R
 
T
S
 
S
G
 
G
E
 
Y
I
 
V
T
 
T
L
 
L
D
 
D
G
 
G
D
 
H
L
 
E
I
 
V
T
 
V
G
 
T
M
 
R
S
 
S
A
 
P
E
 
Q
K
 
D
I
 
G
V
 
L
Q
 
A
Q
 
N
G
 
G
I
 
I
V
 
V
Q
 
Y
V
 
I
P
 
S
E
 
E
G
 
D
R
 
R
R
 
K
-
 
R
-
 
D
-
 
G
I
 
L
F
 
V
P
 
L
D
 
G
M
 
M
T
 
S
V
 
V
L
 
K
E
 
E
N
 
N
L
 
M
E
 
S
M
 
L
G
 
T
A
 
A
-
 
L
-
 
R
-
 
Y
F
 
F
L
 
S
R
 
R
K
 
A
N
 
G
K
 
G
Q
 
S
L
 
L
V
 
K
-
 
H
-
 
A
-
 
D
-
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
D
 
A
L
 
V
N
 
S
Y
 
D
V
 
F
M
 
I
T
 
R
L
 
L
F
 
F
P
 
N
I
 
V
L
 
K
E
 
T
K
 
P
R
 
S
K
 
M
N
 
E
Q
 
Q
L
 
A
G
 
I
G
 
G
T
 
L
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
N
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
K
L
 
V
A
 
A
I
 
I
S
 
A
R
 
R
A
 
G
L
 
L
M
 
M
A
 
T
R
 
R
P
 
P
R
 
K
V
 
V
L
 
L
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
L
 
R
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
V
L
 
G
I
 
A
I
 
K
K
 
K
Q
 
E
I
 
I
F
 
Y
D
 
Q
I
 
L
L
 
I
K
 
N
Q
 
Q
I
 
F
N
 
-
K
 
K
E
 
A
N
 
D
N
 
G
T
 
L
T
 
S
I
 
I
F
 
I
L
 
L
V
 
V
E
 
S
Q
 
S
N
 
E
A
 
M
N
 
P
Q
 
E
A
 
V
L
 
L
K
 
G
L
 
M
A
 
S
D
 
D
R
 
R
G
 
I
Y
 
I
V
 
V
M
 
M
E
 
H
N
 
E
G
 
G
R
 
H
I
 
L
T
 
S

Sites not aligning to the query:

P69874 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA; EC 7.6.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
34% identity, 91% coverage: 1:213/235 of query aligns to 17:226/378 of P69874

query
sites
P69874
M
 
L
L
 
V
K
 
Q
I
 
L
K
 
A
N
 
G
I
 
I
Q
 
R
T
 
K
Y
x
C
Y
x
F
G
 
D
N
 
G
I
 
K
Q
 
E
A
 
V
L
 
I
K
 
P
D
 
Q
V
 
L
S
 
D
L
 
L
E
 
T
V
 
I
K
 
N
E
 
N
G
 
G
E
 
E
I
x
F
V
 
L
T
 
T
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
S
G
 
G
A
x
C
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
T
 
V
L
|
L
M
 
R
S
 
L
I
 
I
C
 
A
G
 
G
I
 
L
T
 
E
P
 
T
P
 
V
R
 
D
S
 
S
G
 
G
E
 
R
I
 
I
T
 
M
L
|
L
D
 
D
G
 
N
D
 
E
L
 
D
I
 
I
T
 
T
G
 
H
M
 
V
S
 
P
A
 
A
E
 
E
K
 
N
I
 
R
V
 
Y
Q
 
V
Q
 
N
G
 
T
I
 
V
V
 
F
Q
 
Q
V
 
-
P
 
-
E
 
-
G
 
S
R
 
Y
R
 
A
I
 
L
F
 
F
P
 
P
D
 
H
M
 
M
T
 
T
V
 
V
L
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
V
E
 
A
M
 
F
G
 
G
A
 
-
F
 
-
L
 
L
R
 
R
K
 
M
N
 
Q
K
 
K
Q
 
T
L
 
P
V
 
A
Q
 
A
Q
 
E
D
 
I
L
 
T
N
 
P
Y
 
R
V
 
V
M
 
M
T
 
E
L
 
A
F
 
L
P
 
R
I
 
M
-
x
V
-
 
Q
L
 
L
E
 
E
K
 
T
R
 
F
K
 
A
N
 
Q
Q
 
R
L
 
K
G
 
P
G
 
H
T
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
S
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
M
 
V
A
 
N
R
 
K
P
 
P
R
 
R
V
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
S
S
 
L
L
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
Y
L
 
K
I
 
L
I
 
R
K
 
K
Q
 
Q
I
 
M
F
 
Q
D
 
N
I
 
E
L
 
L
K
 
K
Q
 
A
I
 
L
N
 
Q
K
 
R
E
 
K
N
 
L
N
 
G
T
 
I
T
 
T
I
 
F
F
 
V
L
 
F
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
D
A
 
Q
N
 
E
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
T
L
 
M
A
 
S
D
 
D
R
 
R
G
 
I
Y
 
V
V
 
V
M
 
M
E
 
R
N
 
D
G
 
G
R
 
R
I
 
I

Sites not aligning to the query:

Q8IUA7 ATP-binding cassette sub-family A member 9; EC 7.6.2.- from Homo sapiens (Human) (see 2 papers)
32% identity, 90% coverage: 2:213/235 of query aligns to 481:694/1624 of Q8IUA7

query
sites
Q8IUA7
L
 
I
K
 
R
I
 
I
K
 
K
N
 
N
I
 
L
Q
 
K
T
 
K
Y
 
E
Y
 
Y
G
 
A
N
 
G
-
 
K
-
 
C
-
 
E
-
 
R
I
 
V
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
K
D
 
G
V
 
V
S
 
V
L
 
F
E
 
D
V
 
I
K
 
Y
E
 
E
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
V
 
T
T
 
A
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
H
N
 
S
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
T
 
L
L
 
L
M
 
N
S
 
I
I
 
L
C
 
S
G
 
G
I
 
L
T
 
S
P
 
V
P
 
P
R
 
T
S
 
S
G
 
G
E
 
S
I
 
V
T
 
T
L
 
V
D
 
Y
G
 
N
D
 
H
L
 
T
I
 
L
T
 
S
G
 
R
M
 
M
S
 
A
A
 
D
E
 
I
K
 
E
I
 
N
V
 
I
Q
 
S
Q
 
K
G
 
F
I
 
T
V
 
G
Q
 
F
V
 
C
P
 
P
E
 
Q
G
 
S
R
 
N
R
 
V
I
 
Q
F
 
F
P
 
G
D
 
F
M
 
L
T
 
T
V
 
V
L
 
K
E
 
E
N
 
N
L
 
L
E
 
R
M
 
L
G
 
F
A
 
A
F
 
K
L
 
I
R
 
K
-
 
G
-
 
I
-
 
L
-
 
P
-
 
H
-
 
E
-
 
V
-
 
E
K
 
K
N
 
E
K
 
V
Q
 
Q
L
 
R
V
 
V
Q
 
V
Q
 
Q
D
 
E
L
 
L
N
 
E
Y
 
-
V
 
-
M
 
-
T
 
-
L
 
-
F
 
-
P
 
-
I
 
-
L
 
M
E
 
E
K
 
N
R
 
I
K
 
Q
N
 
D
Q
 
I
L
 
L
G
 
A
G
 
Q
T
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
N
Q
 
R
M
 
K
L
 
L
A
 
T
I
 
F
S
 
G
R
 
I
A
 
A
L
 
I
M
 
L
A
 
G
R
 
D
P
 
P
R
 
Q
V
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
L
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
L
I
 
S
I
 
R
K
 
H
Q
 
R
I
 
I
F
 
W
D
 
N
I
 
L
L
 
L
K
 
K
Q
 
E
I
 
-
N
 
-
K
 
G
E
 
K
N
 
S
N
 
D
T
 
R
T
 
V
I
 
I
F
 
L
L
 
F
V
 
S
E
 
T
Q
 
Q
N
 
F
A
 
I
N
 
D
Q
 
E
A
 
A
L
 
D
K
 
I
L
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
R
G
 
K
Y
 
V
V
 
F
M
 
I
E
 
S
N
 
N
G
 
G
R
 
K
I
 
L

Sites not aligning to the query:

P0AAH0 Phosphate import ATP-binding protein PstB; ABC phosphate transporter; Phosphate-transporting ATPase; EC 7.3.2.1 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
28% identity, 94% coverage: 2:223/235 of query aligns to 11:240/257 of P0AAH0

query
sites
P0AAH0
L
 
I
K
 
Q
I
 
V
K
 
R
N
 
N
I
 
L
Q
 
N
T
 
F
Y
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
N
 
K
I
 
F
Q
 
H
A
 
A
L
 
L
K
 
K
D
 
N
V
 
I
S
 
N
L
 
L
E
 
D
V
 
I
K
 
A
E
 
K
G
 
N
E
 
Q
I
 
V
V
 
T
T
 
A
L
 
F
I
 
I
G
 
G
A
 
P
N
 
S
G
 
G
A
 
C
G
|
G
K
|
K
T
 
S
T
 
T
-
 
L
-
 
L
-
 
R
T
 
T
L
 
F
M
 
N
S
 
K
I
 
M
C
 
F
G
 
E
I
 
L
T
 
Y
P
 
P
P
 
E
R
 
Q
-
 
R
-
 
A
S
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
I
T
 
L
L
 
L
D
 
D
G
 
G
D
 
D
-
 
N
L
 
I
I
 
L
T
 
T
G
 
N
M
 
S
S
 
Q
A
 
D
E
 
I
K
 
A
I
 
L
V
 
L
Q
 
R
Q
 
A
G
 
K
I
 
V
V
 
G
Q
 
M
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
K
R
 
P
R
 
T
I
 
P
F
 
F
P
 
P
D
 
-
M
 
M
T
 
S
V
 
I
L
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
I
E
 
A
M
 
F
G
 
G
A
 
V
-
 
R
-
 
L
F
 
F
L
 
E
R
 
K
K
 
L
N
 
S
K
 
R
Q
 
A
L
 
D
V
 
M
Q
 
D
Q
 
E
D
 
R
L
 
V
N
 
Q
Y
 
W
V
 
A
M
 
L
T
 
T
L
 
K
F
 
A
P
 
A
I
 
L
L
 
W
E
 
N
K
 
E
R
 
T
K
 
K
N
 
D
Q
 
K
L
 
L
-
 
H
-
 
Q
-
 
S
G
 
G
G
 
Y
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
L
 
L
A
 
C
I
 
I
S
 
A
R
 
R
A
 
G
L
 
I
M
 
A
A
 
I
R
 
R
P
 
P
R
 
E
V
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
C
L
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
I
I
 
S
I
 
T
K
 
G
Q
 
R
I
 
I
F
 
E
D
 
E
I
 
L
L
 
I
K
 
T
Q
 
E
I
 
L
N
 
K
K
 
Q
E
 
D
N
 
-
N
 
-
T
 
Y
T
 
T
I
 
V
F
 
V
L
 
I
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
N
A
 
M
N
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
L
 
A
K
 
R
L
 
C
A
 
S
D
 
D
R
 
H
G
 
T
Y
 
A
V
 
F
M
 
M
E
 
Y
N
 
L
G
 
G
R
 
E
I
 
L
T
 
I
L
 
E
V
 
F
D
 
S
D
 
N
A
 
T
D
 
D
R
 
D
L
 
L
L
 
F

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_072905062.1 NCBI__GCF_900142125.1:WP_072905062.1
MLKIKNIQTYYGNIQALKDVSLEVKEGEIVTLIGANGAGKTTTLMSICGITPPRSGEITL
DGDLITGMSAEKIVQQGIVQVPEGRRIFPDMTVLENLEMGAFLRKNKQLVQQDLNYVMTL
FPILEKRKNQLGGTLSGGEQQMLAISRALMARPRVLLLDEPSLGLAPLIIKQIFDILKQI
NKENNTTIFLVEQNANQALKLADRGYVMENGRITLVDDADRLLENDDVRKAYLGM

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory