SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_073038714.1 NCBI__GCF_900129305.1:WP_073038714.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

8a6tC Cryo-em structure of the electron bifurcating fe-fe hydrogenase hydabc complex from thermoanaerobacter kivui in the reduced state (see paper)
42% identity, 81% coverage: 14:161/182 of query aligns to 4:151/151 of 8a6tC

query
sites
8a6tC
L
 
F
R
 
E
S
 
K
I
 
V
E
 
D
A
 
E
M
 
I
L
 
L
P
 
S
R
 
K
F
 
L
E
 
A
K
 
N
N
 
E
R
 
R
A
 
G
Q
 
A
L
 
L
I
 
I
P
 
A
I
 
I
L
 
L
Q
 
Q
A
 
H
I
 
V
Q
 
Q
E
 
H
E
 
E
H
 
F
Q
 
G
Y
 
Y
L
 
L
S
 
P
R
 
E
E
 
D
A
 
V
M
 
I
R
 
F
L
 
Y
V
 
I
A
 
A
D
 
S
Y
 
K
L
 
T
E
 
G
I
 
I
S
 
P
P
 
A
S
 
S
E
 
K
V
 
I
L
 
Y
G
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
N
 
A
Q
 
Q
F
 
F
R
 
H
F
 
L
H
 
K
P
 
P
P
 
R
G
 
G
R
 
K
H
 
Y
Q
 
V
I
 
I
K
 
R
V
 
V
C
|
C
L
 
L
G
|
G
T
 
T
A
|
A
C
|
C
H
 
H
V
 
V
A
 
K
G
 
G
G
 
A
D
 
N
I
 
K
I
 
I
L
 
L
E
 
A
N
 
E
F
 
F
E
 
E
R
 
K
K
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
I
R
 
K
E
 
A
G
 
G
E
 
E
T
 
T
T
 
T
P
 
S
D
 
D
R
 
L
E
 
K
Y
 
F
S
 
T
V
 
L
E
 
E
R
 
R
V
 
V
A
 
G
C
|
C
V
x
L
G
 
G
C
 
A
C
|
C
A
 
G
L
 
L
A
 
A
P
 
P
V
 
T
A
 
V
V
 
M
V
 
V
D
 
N
D
 
E
K
 
K
V
 
T
I
 
Y
G
 
G
H
 
K
M
 
M
Q
 
T
P
 
P
S
 
E
K
 
K
I
 
V
E
 
S
G
 
E
L
 
V
F
 
L
L
 
K
Q
 
E
F
 
Y
D
 
S

7t2rC Structure of electron bifurcating ni-fe hydrogenase complex hydabcsl in fmn-free apo state (see paper)
44% identity, 81% coverage: 13:160/182 of query aligns to 4:151/152 of 7t2rC

query
sites
7t2rC
M
 
V
L
 
V
R
 
E
S
 
K
I
 
V
E
 
K
A
 
E
M
 
I
L
 
V
P
 
A
R
 
P
F
 
W
E
 
K
K
 
G
N
 
K
R
 
Q
A
 
G
Q
 
G
L
 
L
I
 
I
P
 
P
I
 
I
L
 
L
Q
 
Q
A
 
E
I
 
V
Q
 
Q
E
 
R
E
 
E
H
 
L
Q
 
G
Y
 
Y
L
 
L
S
 
P
R
 
E
E
 
E
A
 
A
M
 
L
R
 
L
L
 
T
V
 
I
A
 
S
D
 
R
Y
 
E
L
 
L
E
 
K
I
 
M
S
 
P
P
 
K
S
 
A
E
 
E
V
 
V
L
 
Y
G
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
N
 
A
Q
 
Q
F
 
F
R
 
H
F
 
L
H
 
K
P
 
P
P
 
R
G
 
G
R
 
R
H
 
H
Q
 
V
I
 
I
K
 
R
V
 
V
C
|
C
L
 
R
G
 
G
T
 
T
A
 
A
C
|
C
H
 
H
V
 
V
A
 
R
G
 
G
G
 
S
D
 
L
I
 
Q
I
 
I
L
 
L
E
 
E
N
 
K
F
 
V
E
 
K
R
 
Q
K
 
M
L
 
L
G
 
G
I
 
I
R
 
E
E
 
E
G
 
N
E
 
E
T
 
T
T
 
T
P
 
D
D
 
D
R
 
L
E
 
R
Y
 
F
S
 
T
V
 
L
E
 
E
R
 
P
V
 
V
A
 
A
C
|
C
V
x
L
G
|
G
C
x
A
C
|
C
A
 
G
L
 
L
A
 
A
P
 
P
V
|
V
A
 
M
V
 
M
V
 
V
D
 
D
D
 
E
K
 
D
V
 
T
I
 
H
G
 
G
H
 
R
M
 
M
Q
 
T
P
 
P
S
 
D
K
 
K
I
 
I
E
 
Q
G
 
A
L
 
I
F
 
L
L
 
D
Q
 
K
F
 
Y

O52681 Bifurcating [FeFe] hydrogenase gamma subunit; Hydrogenase (NAD(+), ferredoxin) gamma subunit; Iron-hydrogenase gamma subunit; EC 1.12.1.4 from Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8) (see paper)
38% identity, 89% coverage: 11:172/182 of query aligns to 2:158/161 of O52681

query
sites
O52681
E
 
E
T
 
R
M
 
H
L
 
F
R
 
E
S
 
K
I
 
V
E
 
E
A
 
E
M
 
I
L
 
L
P
 
K
R
 
K
F
 
Y
E
 
G
K
 
Y
N
 
K
R
 
R
A
 
E
Q
 
N
L
 
L
I
 
I
P
 
K
I
 
I
L
 
L
Q
 
L
A
 
E
I
 
I
Q
 
Q
E
 
E
E
 
I
H
 
Y
Q
 
R
Y
 
Y
L
 
L
S
 
P
R
 
E
E
 
D
A
 
V
M
 
I
R
 
N
L
 
Y
V
 
V
A
 
S
D
 
T
Y
 
A
L
 
M
E
 
G
I
 
I
S
 
P
P
 
P
S
 
A
E
 
K
V
 
I
L
 
Y
G
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
N
 
A
Q
 
Q
F
 
F
R
 
S
F
 
L
H
 
K
P
 
P
P
 
K
G
 
G
R
 
K
H
 
Y
Q
 
T
I
 
I
K
 
M
V
 
V
C
 
C
L
x
D
G
|
G
T
|
T
A
|
A
C
 
C
H
 
H
V
 
M
A
 
A
G
 
G
G
 
S
D
 
P
I
 
E
I
 
V
L
 
L
E
 
K
N
 
A
F
 
I
E
 
E
R
 
E
K
 
E
L
 
T
G
 
G
I
 
L
R
 
T
E
 
P
G
 
G
E
 
N
T
 
V
T
 
T
P
 
E
D
 
D
R
 
L
E
 
M
Y
 
F
S
 
S
V
 
L
E
 
D
R
 
Q
V
 
V
A
 
G
C
 
C
V
x
L
G
|
G
C
x
A
C
 
C
A
 
A
L
 
L
A
 
A
P
 
P
V
|
V
A
 
M
V
 
V
V
 
I
D
 
N
D
 
G
K
 
E
V
 
V
I
 
Y
G
 
G
H
 
N
M
 
L
Q
 
T
P
 
A
S
 
D
K
 
K
I
 
V
E
 
K
G
 
E
L
 
I
F
 
-
L
 
-
Q
 
-
F
 
-
D
 
-
L
 
L
Q
 
R
R
 
K
E
 
I
Q
 
K
E
 
E
K
 
K
A
 
E
R
 
R
E
 
E
A
 
S

7p5hC Tmhydabc- d2 map (see paper)
38% identity, 87% coverage: 14:172/182 of query aligns to 2:155/156 of 7p5hC

query
sites
7p5hC
L
 
F
R
 
E
S
 
K
I
 
V
E
 
E
A
 
E
M
 
I
L
 
L
P
 
K
R
 
K
F
 
Y
E
 
G
K
 
Y
N
 
K
R
 
R
A
 
E
Q
 
N
L
 
L
I
 
I
P
 
K
I
 
I
L
 
L
Q
 
L
A
 
E
I
 
I
Q
 
Q
E
 
E
E
 
I
H
 
Y
Q
 
R
Y
 
Y
L
 
L
S
 
P
R
 
E
E
 
D
A
 
V
M
 
I
R
 
N
L
 
Y
V
 
V
A
 
S
D
 
T
Y
 
A
L
 
M
E
 
G
I
 
I
S
 
P
P
 
P
S
 
A
E
 
K
V
 
I
L
 
Y
G
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
N
 
A
Q
 
Q
F
 
F
R
 
S
F
 
L
H
 
K
P
 
P
P
 
K
G
 
G
R
 
K
H
 
Y
Q
 
T
I
 
I
K
 
M
V
 
V
C
|
C
L
 
D
G
|
G
T
 
T
A
|
A
C
|
C
H
 
H
V
 
M
A
 
A
G
 
G
G
 
S
D
 
P
I
 
E
I
 
V
L
 
L
E
 
K
N
 
A
F
 
I
E
 
E
R
 
E
K
 
E
L
 
T
G
 
G
I
 
L
R
 
T
E
 
P
G
 
G
E
 
N
T
 
V
T
 
T
P
 
E
D
 
D
R
 
L
E
 
M
Y
 
F
S
 
S
V
 
L
E
 
D
R
 
Q
V
 
V
A
 
G
C
|
C
V
x
L
G
 
G
C
x
A
C
|
C
A
 
A
L
 
L
A
 
A
P
 
P
V
 
V
A
 
M
V
 
V
V
 
I
D
 
N
D
 
G
K
 
E
V
 
V
I
 
Y
G
 
G
H
 
N
M
 
L
Q
 
T
P
 
A
S
 
D
K
 
K
I
 
V
E
 
K
G
 
E
L
 
I
F
 
-
L
 
-
Q
 
-
F
 
-
D
 
-
L
 
L
Q
 
R
R
 
K
E
 
I
Q
 
K
E
 
E
K
 
K
A
 
E
R
 
R
E
 
E
A
 
S

8a5eC Cryo-em structure of the electron bifurcating fe-fe hydrogenase hydabc complex from acetobacterium woodii in the reduced state (see paper)
38% identity, 81% coverage: 14:160/182 of query aligns to 10:156/156 of 8a5eC

query
sites
8a5eC
L
 
L
R
 
D
S
 
V
I
 
V
E
 
K
A
 
A
M
 
I
L
 
V
P
 
A
R
 
E
F
 
H
E
 
R
K
 
E
N
 
V
R
 
P
A
 
G
Q
 
C
L
 
L
I
 
M
P
 
Q
I
 
I
L
 
L
Q
 
Q
A
 
E
I
 
T
Q
 
Q
E
 
L
E
 
K
H
 
Y
Q
 
G
Y
 
Y
L
 
L
S
 
P
R
 
L
E
 
E
A
 
L
M
 
Q
R
 
G
L
 
T
V
 
I
A
 
A
D
 
D
Y
 
E
L
 
L
E
 
G
I
 
I
S
 
P
P
 
L
S
 
T
E
 
E
V
 
V
L
 
Y
G
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
N
 
S
Q
 
Q
F
 
F
R
 
T
F
 
L
H
 
K
P
 
P
P
 
K
G
 
G
R
 
K
H
 
Y
Q
 
K
I
 
I
K
 
G
V
 
I
C
|
C
L
 
L
G
|
G
T
 
T
A
|
A
C
|
C
H
 
Y
V
 
V
A
 
R
G
 
G
G
 
S
D
 
Q
I
 
A
I
 
I
L
 
I
E
 
D
N
 
K
F
 
V
E
 
N
R
 
S
K
 
V
L
 
L
G
 
G
I
 
T
R
 
Q
E
 
V
G
 
G
E
 
D
T
 
T
T
 
T
P
 
E
D
 
D
R
 
G
E
 
K
Y
 
W
S
 
S
V
 
V
E
 
D
R
 
A
V
 
T
A
x
R
C
|
C
V
 
V
G
 
G
C
 
A
C
|
C
A
 
G
L
 
L
A
 
A
P
 
P
V
 
V
A
 
M
V
 
M
V
 
I
D
 
N
D
 
E
K
 
E
V
 
V
I
 
F
G
 
G
H
 
R
M
 
L
Q
 
T
P
 
V
S
 
D
K
 
E
I
 
I
E
 
P
G
 
G
L
 
I
F
 
L
L
 
E
Q
 
K
F
 
Y

8oh5A Cryo-em structure of the electron bifurcating transhydrogenase stnabc complex from sporomusa ovata (state 2) (see paper)
38% identity, 77% coverage: 14:153/182 of query aligns to 3:142/150 of 8oh5A

query
sites
8oh5A
L
 
L
R
 
T
S
 
L
I
 
L
E
 
E
A
 
P
M
 
V
L
 
F
P
 
K
R
 
E
F
 
Y
E
 
A
K
 
G
N
 
K
R
 
A
A
 
G
Q
 
S
L
 
I
I
 
I
P
 
G
I
 
I
L
 
L
Q
 
Q
A
 
K
I
 
T
Q
 
Q
E
 
E
E
 
I
H
 
Y
Q
 
G
Y
 
Y
L
 
L
S
 
P
R
 
L
E
 
A
A
 
A
M
 
L
R
 
Q
L
 
A
V
 
I
A
 
A
D
 
D
Y
 
N
L
 
T
E
 
D
I
 
N
S
 
K
P
 
R
S
 
A
E
 
K
V
 
I
L
 
Y
G
 
G
V
 
I
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
N
 
S
Q
 
Q
F
 
F
R
 
R
F
 
L
H
 
N
P
 
P
P
 
V
G
 
G
R
 
K
H
 
Y
Q
 
V
I
 
I
K
 
L
V
 
Q
C
|
C
L
 
Q
G
 
G
T
 
T
A
 
A
C
|
C
H
 
H
V
 
V
A
 
L
G
 
G
G
 
S
D
 
K
I
 
A
I
 
I
L
 
G
E
 
S
N
 
A
F
 
I
E
 
C
R
 
D
K
 
E
L
 
L
G
 
G
I
 
I
R
 
T
E
 
P
G
 
G
E
 
Q
T
 
T
T
 
T
P
 
A
D
 
D
R
 
G
E
 
L
Y
 
F
S
 
T
V
 
L
E
 
E
R
 
D
V
 
V
A
 
A
C
|
C
V
x
L
G
|
G
C
|
C
C
|
C
A
 
S
L
 
L
A
 
A
P
 
P
V
 
V
A
 
I
V
 
M
V
 
I
D
 
N
D
 
G
K
 
E
V
 
A
I
 
Y
G
 
G
H
 
K
M
 
L
Q
 
T
P
 
P
S
 
T
K
 
S
I
 
V

Q9D6J6 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial; NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit; EC 7.1.1.2 from Mus musculus (Mouse) (see paper)
37% identity, 77% coverage: 15:154/182 of query aligns to 60:201/248 of Q9D6J6

query
sites
Q9D6J6
R
 
K
S
 
R
I
 
I
E
 
E
A
 
A
M
 
I
L
 
V
P
 
K
R
 
N
F
 
Y
E
 
P
K
 
E
N
 
G
R
 
H
-
 
Q
-
 
A
A
 
A
Q
 
A
L
 
V
I
 
L
P
 
P
I
 
V
L
 
L
Q
 
D
A
 
L
I
 
A
Q
 
Q
E
 
R
E
 
Q
H
 
N
Q
 
G
Y
 
W
L
 
L
S
 
P
R
 
I
E
 
S
A
 
A
M
 
M
R
 
N
L
 
K
V
 
V
A
 
A
D
 
E
Y
 
V
L
 
L
E
 
Q
I
 
V
S
 
P
P
 
P
S
 
M
E
 
R
V
 
V
L
 
Y
G
 
E
V
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
N
 
T
Q
 
M
F
 
Y
R
 
N
F
 
R
H
 
K
P
 
P
P
 
V
G
 
G
R
 
K
H
 
Y
Q
 
H
I
 
I
K
 
Q
V
 
V
C
|
C
L
 
T
G
 
T
T
 
T
A
 
P
C
|
C
H
 
M
V
 
L
A
 
R
G
 
D
G
 
S
D
 
D
I
 
S
I
 
I
L
 
L
E
 
E
N
 
T
F
 
L
E
 
Q
R
 
R
K
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
R
 
K
E
 
V
G
 
G
E
 
E
T
 
T
T
 
T
P
 
P
D
 
D
R
 
K
E
 
L
Y
 
F
S
 
T
V
 
L
E
 
I
R
 
E
V
 
V
A
 
E
C
|
C
V
 
L
G
 
G
C
 
A
C
|
C
A
 
V
L
 
N
A
 
A
P
 
P
V
 
M
A
 
V
V
 
Q
V
 
I
D
 
N
D
 
D
K
 
N
V
 
Y
I
 
Y
G
 
E
H
 
D
M
 
L
Q
 
T
P
 
P
S
 
K
K
 
D
I
 
I
E
 
E

5gupE structure of mammalian respiratory supercomplex I1III2IV1 (see paper)
36% identity, 77% coverage: 15:154/182 of query aligns to 39:180/197 of 5gupE

query
sites
5gupE
R
 
K
S
 
R
I
 
I
E
 
E
A
 
A
M
 
I
L
 
V
P
 
K
R
 
N
F
 
Y
E
 
P
K
 
E
N
 
G
R
 
H
-
 
K
-
 
A
A
 
A
Q
 
A
L
 
V
I
 
L
P
 
P
I
 
V
L
 
L
Q
 
D
A
 
L
I
 
A
Q
 
Q
E
 
R
E
 
Q
H
 
N
Q
 
G
Y
 
W
L
 
L
S
 
P
R
 
I
E
 
S
A
 
A
M
 
M
R
 
N
L
 
K
V
 
V
A
 
A
D
 
E
Y
 
I
L
 
L
E
 
Q
I
 
V
S
 
P
P
 
P
S
 
M
E
 
R
V
 
V
L
 
Y
G
 
E
V
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
N
 
T
Q
 
M
F
 
Y
R
 
N
F
 
R
H
 
K
P
 
P
P
 
V
G
 
G
R
 
K
H
 
Y
Q
 
H
I
 
I
K
 
Q
V
 
V
C
|
C
L
 
T
G
x
T
T
 
T
A
x
P
C
|
C
H
 
M
V
 
L
A
 
R
G
 
N
G
 
S
D
 
D
I
 
S
I
 
I
L
 
L
E
 
E
N
 
A
F
 
I
E
 
Q
R
 
K
K
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
R
 
K
E
 
V
G
 
G
E
 
E
T
 
T
T
 
T
P
 
P
D
 
D
R
 
K
E
 
L
Y
 
F
S
 
T
V
 
L
E
 
I
R
 
E
V
 
V
A
 
E
C
|
C
V
x
L
G
|
G
C
x
A
C
|
C
A
 
V
L
 
N
A
 
A
P
 
P
V
x
M
A
 
V
V
 
Q
V
 
I
D
 
N
D
 
D
K
 
N
V
 
Y
I
 
Y
G
 
E
H
 
D
M
 
L
Q
 
T
P
 
P
S
 
K
K
 
D
I
 
I
E
 
E

7v2cO Active state complex i from q10 dataset (see paper)
36% identity, 77% coverage: 15:154/182 of query aligns to 29:170/217 of 7v2cO

query
sites
7v2cO
R
 
K
S
 
R
I
 
I
E
 
E
A
 
A
M
 
I
L
 
V
P
 
K
R
 
N
F
 
Y
E
 
P
K
 
E
N
 
G
R
 
H
-
 
K
-
 
A
A
 
A
Q
 
A
L
 
V
I
 
L
P
 
P
I
 
V
L
 
L
Q
 
D
A
 
L
I
 
A
Q
 
Q
E
 
R
E
 
Q
H
 
N
Q
 
G
Y
 
W
L
 
L
S
 
P
R
 
I
E
 
S
A
 
A
M
 
M
R
 
N
L
 
K
V
 
V
A
 
A
D
 
E
Y
 
I
L
 
L
E
 
Q
I
 
V
S
 
P
P
 
P
S
 
M
E
 
R
V
 
V
L
 
Y
G
 
E
V
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
N
 
T
Q
 
M
F
 
Y
R
 
N
F
 
R
H
 
K
P
 
P
P
 
V
G
 
G
R
 
K
H
 
Y
Q
 
H
I
 
I
K
 
Q
V
 
V
C
|
C
L
 
T
G
 
T
T
 
T
A
x
P
C
|
C
H
 
M
V
 
L
A
 
R
G
 
N
G
 
S
D
 
D
I
 
S
I
 
I
L
 
L
E
 
E
N
 
A
F
 
I
E
 
Q
R
 
K
K
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
R
 
K
E
 
V
G
 
G
E
 
E
T
 
T
T
 
T
P
 
P
D
 
D
R
 
K
E
 
L
Y
 
F
S
 
T
V
 
L
E
 
I
R
 
E
V
 
V
A
 
E
C
|
C
V
x
L
G
|
G
C
x
A
C
|
C
A
 
V
L
 
N
A
 
A
P
 
P
V
 
M
A
 
V
V
 
Q
V
 
I
D
 
N
D
 
D
K
 
N
V
 
Y
I
 
Y
G
 
E
H
 
D
M
 
L
Q
 
T
P
 
P
S
 
K
K
 
D
I
 
I
E
 
E

7dgq9 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial (see paper)
36% identity, 77% coverage: 15:154/182 of query aligns to 22:163/207 of 7dgq9

query
sites
7dgq9
R
 
K
S
x
R
I
 
I
E
 
E
A
 
A
M
 
I
L
 
V
P
x
K
R
 
N
F
 
Y
E
x
P
K
 
E
N
 
G
R
x
H
-
 
K
-
 
A
A
 
A
Q
 
A
L
 
V
I
 
L
P
 
P
I
 
V
L
 
L
Q
 
D
A
 
L
I
 
A
Q
 
Q
E
x
R
E
 
Q
H
 
N
Q
 
G
Y
 
W
L
 
L
S
 
P
R
 
I
E
 
S
A
 
A
M
 
M
R
 
N
L
 
K
V
 
V
A
 
A
D
 
E
Y
 
I
L
 
L
E
 
Q
I
 
V
S
 
P
P
 
P
S
 
M
E
 
R
V
 
V
L
 
Y
G
 
E
V
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
N
 
T
Q
 
M
F
 
Y
R
 
N
F
 
R
H
 
K
P
 
P
P
 
V
G
 
G
R
 
K
H
 
Y
Q
 
H
I
 
I
K
 
Q
V
 
V
C
|
C
L
 
T
G
x
T
T
 
T
A
 
P
C
|
C
H
 
M
V
 
L
A
 
R
G
 
N
G
 
S
D
 
D
I
 
S
I
 
I
L
 
L
E
 
E
N
 
A
F
 
I
E
 
Q
R
 
K
K
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
R
 
K
E
 
V
G
 
G
E
 
E
T
 
T
T
 
T
P
 
P
D
 
D
R
 
K
E
 
L
Y
 
F
S
 
T
V
 
L
E
 
I
R
 
E
V
 
V
A
 
E
C
|
C
V
x
L
G
 
G
C
x
A
C
|
C
A
 
V
L
 
N
A
 
A
P
 
P
V
 
M
A
 
V
V
 
Q
V
 
I
D
 
N
D
 
D
K
 
N
V
 
Y
I
 
Y
G
 
E
H
 
D
M
 
L
Q
 
T
P
 
P
S
 
K
K
 
D
I
 
I
E
 
E

Sites not aligning to the query:

P04394 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial; NADH dehydrogenase subunit II; NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit; EC 7.1.1.2 from Bos taurus (Bovine) (see 2 papers)
36% identity, 77% coverage: 15:154/182 of query aligns to 61:202/249 of P04394

query
sites
P04394
R
 
K
S
 
R
I
 
I
E
 
E
A
 
A
M
 
I
L
 
V
P
 
K
R
 
N
F
 
Y
E
 
P
K
 
E
N
 
G
R
 
H
-
 
K
-
 
A
A
 
A
Q
 
A
L
 
V
I
 
L
P
 
P
I
 
V
L
 
L
Q
 
D
A
 
L
I
 
A
Q
 
Q
E
 
R
E
 
Q
H
 
N
Q
 
G
Y
 
W
L
 
L
S
 
P
R
 
I
E
 
S
A
 
A
M
 
M
R
 
N
L
 
K
V
 
V
A
 
A
D
 
E
Y
 
I
L
 
L
E
 
Q
I
 
V
S
 
P
P
 
P
S
 
M
E
 
R
V
 
V
L
 
Y
G
 
E
V
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
N
 
T
Q
 
M
F
 
Y
R
 
N
F
 
R
H
 
K
P
 
P
P
 
V
G
 
G
R
 
K
H
 
Y
Q
 
H
I
 
I
K
 
Q
V
 
V
C
|
C
L
 
T
G
 
T
T
 
T
A
 
P
C
|
C
H
 
M
V
 
L
A
 
R
G
 
N
G
 
S
D
 
D
I
 
S
I
 
I
L
 
L
E
 
E
N
 
A
F
 
I
E
 
Q
R
 
K
K
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
R
 
K
E
 
V
G
 
G
E
 
E
T
 
T
T
 
T
P
 
P
D
 
D
R
 
K
E
 
L
Y
 
F
S
 
T
V
 
L
E
 
I
R
 
E
V
 
V
A
 
E
C
|
C
V
 
L
G
 
G
C
 
A
C
|
C
A
 
V
L
 
N
A
 
A
P
 
P
V
 
M
A
 
V
V
 
Q
V
 
I
D
 
N
D
 
D
K
 
N
V
 
Y
I
 
Y
G
 
E
H
 
D
M
 
L
Q
 
T
P
 
P
S
 
K
K
 
D
I
 
I
E
 
E

Sites not aligning to the query:

8e9gE Mycobacterial respiratory complex i with both quinone positions modelled (see paper)
35% identity, 80% coverage: 11:156/182 of query aligns to 26:171/233 of 8e9gE

query
sites
8e9gE
E
 
E
T
 
S
M
 
L
L
 
R
R
 
A
S
 
D
I
 
A
E
 
E
A
 
Q
M
 
I
L
 
I
P
 
A
R
 
R
F
 
Y
E
 
P
K
 
D
N
 
A
R
 
R
A
 
S
Q
 
A
L
 
L
I
 
L
P
 
P
I
 
L
L
 
L
Q
 
H
A
 
L
I
 
V
Q
 
Q
E
 
A
E
 
Q
H
 
D
Q
 
G
Y
 
Y
L
 
L
S
 
T
R
 
P
E
 
A
A
 
G
M
 
I
R
 
G
L
 
F
V
 
C
A
 
A
D
 
A
Y
 
Q
L
 
L
E
 
G
I
 
L
S
 
T
P
 
E
S
 
A
E
 
E
V
 
V
L
 
T
G
 
A
V
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
N
 
S
Q
 
M
F
 
Y
R
 
R
F
 
R
H
 
T
P
 
P
P
 
T
G
 
G
R
 
D
H
 
Y
Q
 
L
I
 
V
K
 
G
V
 
V
C
|
C
L
 
T
G
 
N
T
 
T
A
 
L
C
|
C
H
 
A
V
 
I
A
 
M
G
 
G
G
 
G
D
 
D
I
 
A
I
 
I
L
 
L
E
 
E
N
 
A
F
 
L
E
 
E
R
 
D
K
 
H
L
 
L
G
 
G
I
 
V
R
 
H
E
 
P
G
 
G
E
 
Q
T
 
T
T
 
T
P
 
P
D
 
D
R
 
G
E
 
R
Y
 
V
S
 
T
V
 
L
E
 
E
R
 
H
V
 
V
A
 
E
C
|
C
V
x
N
G
x
A
C
x
A
C
|
C
A
 
D
L
 
Y
A
 
A
P
 
P
V
|
V
A
 
V
V
 
M
V
 
V
D
 
N
D
 
W
K
 
E
V
 
F
I
 
Y
G
 
D
H
 
N
M
 
Q
Q
 
T
P
 
P
S
 
S
K
 
S
I
 
A
E
 
R
G
 
D
L
 
L

P19404 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial; NDUFV2; NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit; EC 7.1.1.2 from Homo sapiens (Human) (see 2 papers)
35% identity, 77% coverage: 15:154/182 of query aligns to 61:202/249 of P19404

query
sites
P19404
R
 
K
S
 
R
I
 
I
E
 
E
A
 
A
M
 
I
L
 
V
P
 
K
R
 
N
F
 
Y
E
 
P
K
 
E
N
 
G
R
 
H
-
 
K
-
 
A
A
 
A
Q
 
A
L
 
V
I
 
L
P
 
P
I
 
V
L
 
L
Q
 
D
A
 
L
I
 
A
Q
 
Q
E
 
R
E
 
Q
H
 
N
Q
 
G
Y
 
W
L
 
L
S
 
P
R
 
I
E
 
S
A
 
A
M
 
M
R
 
N
L
 
K
V
 
V
A
 
A
D
 
E
Y
 
V
L
 
L
E
 
Q
I
 
V
S
 
P
P
 
P
S
 
M
E
 
R
V
 
V
L
 
Y
G
 
E
V
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
N
 
T
Q
 
M
F
 
Y
R
 
N
F
 
R
H
 
K
P
 
P
P
 
V
G
 
G
R
 
K
H
 
Y
Q
 
H
I
 
I
K
 
Q
V
 
V
C
 
C
L
 
T
G
 
T
T
 
T
A
 
P
C
 
C
H
 
M
V
 
L
A
 
R
G
 
N
G
 
S
D
 
D
I
 
S
I
 
I
L
 
L
E
 
E
N
 
A
F
 
I
E
 
Q
R
 
K
K
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
R
 
K
E
 
V
G
 
G
E
 
E
T
 
T
T
 
T
P
 
P
D
 
D
R
 
K
E
 
L
Y
 
F
S
 
T
V
 
L
E
 
I
R
 
E
V
 
V
A
 
E
C
 
C
V
 
L
G
 
G
C
 
A
C
 
C
A
 
V
L
 
N
A
 
A
P
 
P
V
 
M
A
 
V
V
 
Q
V
 
I
D
 
N
D
 
D
K
 
N
V
 
Y
I
x
Y
G
 
E
H
 
D
M
 
L
Q
 
T
P
 
A
S
 
K
K
 
D
I
 
I
E
 
E

Sites not aligning to the query:

Q56221 NADH-quinone oxidoreductase subunit 2; NADH dehydrogenase I chain 2; NDH-1 subunit 2; EC 7.1.1.- from Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (see 2 papers)
37% identity, 65% coverage: 25:143/182 of query aligns to 21:139/181 of Q56221

query
sites
Q56221
E
 
E
K
 
G
N
 
R
R
 
R
A
 
A
Q
 
A
L
 
I
I
 
M
P
 
P
I
 
L
L
 
L
Q
 
R
A
 
R
I
 
V
Q
 
Q
E
 
Q
E
 
E
H
 
E
Q
 
G
Y
 
W
L
 
I
S
 
R
R
 
P
E
 
E
A
 
R
M
 
I
R
 
E
L
 
E
V
 
I
A
 
A
D
 
R
Y
 
L
L
 
V
E
 
G
I
 
T
S
 
T
P
 
P
S
 
T
E
 
E
V
 
V
L
 
M
G
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
S
F
 
F
Y
 
Y
N
 
S
Q
 
Y
F
 
Y
R
 
Q
F
 
F
H
 
V
P
 
P
P
 
T
G
 
G
R
 
K
H
 
Y
Q
 
H
I
 
L
K
 
Q
V
 
V
C
|
C
L
 
A
G
 
T
T
 
L
A
x
S
C
|
C
H
 
K
V
 
L
A
 
A
G
 
G
G
 
A
D
 
E
I
 
E
I
 
L
L
 
W
E
 
D
N
 
Y
F
 
L
E
 
T
R
 
E
K
 
T
L
 
L
G
 
G
I
 
I
R
 
G
E
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
V
T
 
T
P
 
P
D
 
D
R
 
G
E
 
L
Y
 
F
S
 
S
V
 
V
E
 
Q
R
 
K
V
 
V
A
 
E
C
|
C
V
 
L
G
 
G
C
 
S
C
|
C
A
 
H
L
 
T
A
 
A
P
 
P
V
 
V
A
 
I
V
 
Q
V
 
V
D
 
N
D
 
D
K
 
E

Sites not aligning to the query:

3iam2 Crystal structure of the hydrophilic domain of respiratory complex i from thermus thermophilus, reduced, 2 mol/asu, with bound nadh (see paper)
37% identity, 65% coverage: 25:143/182 of query aligns to 20:138/179 of 3iam2

query
sites
3iam2
E
 
E
K
 
G
N
 
R
R
 
R
A
 
A
Q
 
A
L
 
I
I
 
M
P
 
P
I
 
L
L
 
L
Q
 
R
A
 
R
I
 
V
Q
 
Q
E
 
Q
E
 
E
H
 
E
Q
 
G
Y
 
W
L
 
I
S
 
R
R
 
P
E
 
E
A
 
R
M
 
I
R
 
E
L
 
E
V
 
I
A
 
A
D
 
R
Y
 
L
L
 
V
E
 
G
I
 
T
S
 
T
P
 
P
S
 
T
E
 
E
V
 
V
L
 
M
G
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
S
F
 
F
Y
 
Y
N
 
S
Q
 
Y
F
 
Y
R
 
Q
F
 
F
H
 
V
P
 
P
P
 
T
G
 
G
R
 
K
H
 
Y
Q
 
H
I
 
L
K
 
Q
V
 
V
C
|
C
L
 
A
G
 
T
T
 
L
A
 
S
C
|
C
H
 
K
V
 
L
A
 
A
G
 
G
G
 
A
D
 
E
I
 
E
I
 
L
L
 
W
E
 
D
N
 
Y
F
 
L
E
 
T
R
 
E
K
 
T
L
 
L
G
 
G
I
 
I
R
 
G
E
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
V
T
 
T
P
 
P
D
 
D
R
 
G
E
 
L
Y
 
F
S
 
S
V
 
V
E
 
Q
R
 
K
V
 
V
A
 
E
C
|
C
V
 
L
G
 
G
C
 
S
C
|
C
A
 
H
L
 
T
A
 
A
P
 
P
V
 
V
A
 
I
V
 
Q
V
 
V
D
 
N
D
 
D
K
 
E

3i9v2 Crystal structure of the hydrophilic domain of respiratory complex i from thermus thermophilus, oxidized, 2 mol/asu (see paper)
37% identity, 65% coverage: 25:143/182 of query aligns to 19:137/178 of 3i9v2

query
sites
3i9v2
E
 
E
K
 
G
N
 
R
R
 
R
A
 
A
Q
 
A
L
 
I
I
 
M
P
 
P
I
 
L
L
 
L
Q
 
R
A
 
R
I
 
V
Q
 
Q
E
 
Q
E
 
E
H
 
E
Q
 
G
Y
 
W
L
 
I
S
 
R
R
 
P
E
 
E
A
 
R
M
 
I
R
 
E
L
 
E
V
 
I
A
 
A
D
 
R
Y
 
L
L
 
V
E
 
G
I
 
T
S
 
T
P
 
P
S
 
T
E
 
E
V
 
V
L
 
M
G
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
S
F
 
F
Y
 
Y
N
x
S
Q
 
Y
F
 
Y
R
 
Q
F
 
F
H
 
V
P
 
P
P
 
T
G
 
G
R
 
K
H
 
Y
Q
 
H
I
 
L
K
 
Q
V
 
V
C
|
C
L
 
A
G
x
T
T
 
L
A
x
S
C
|
C
H
 
K
V
 
L
A
 
A
G
 
G
G
 
A
D
 
E
I
 
E
I
 
L
L
 
W
E
 
D
N
 
Y
F
 
L
E
 
T
R
 
E
K
 
T
L
 
L
G
 
G
I
 
I
R
 
G
E
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
V
T
 
T
P
 
P
D
 
D
R
 
G
E
 
L
Y
 
F
S
 
S
V
 
V
E
 
Q
R
 
K
V
|
V
A
x
E
C
|
C
V
x
L
G
|
G
C
x
S
C
|
C
A
 
H
L
 
T
A
 
A
P
 
P
V
 
V
A
 
I
V
 
Q
V
 
V
D
 
N
D
 
D
K
 
E

8eswV2 NADH dehydrogenase (Ubiquinone) 24 kDa subunit, isoform A (see paper)
36% identity, 74% coverage: 8:142/182 of query aligns to 22:155/214 of 8eswV2

query
sites
8eswV2
S
 
A
E
 
E
E
 
N
E
 
K
T
 
K
M
x
R
L
 
V
R
 
E
S
x
A
I
 
I
E
 
L
A
 
S
M
 
I
L
 
Y
P
 
P
R
x
E
F
 
G
E
 
H
K
 
K
N
 
-
R
 
R
A
 
G
Q
 
A
L
 
M
I
 
I
P
 
P
I
 
L
L
 
L
Q
 
D
A
 
L
I
 
A
Q
 
Q
E
x
R
E
 
Q
H
 
Y
Q
 
G
Y
 
W
L
 
L
S
 
P
R
 
I
E
 
S
A
 
A
M
 
M
R
 
H
L
 
K
V
 
V
A
 
A
D
 
E
Y
 
I
L
 
L
E
 
Q
I
 
L
S
 
P
P
 
N
S
 
M
E
 
R
V
 
V
L
 
Y
G
 
E
V
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
N
 
T
Q
 
M
F
 
F
R
 
M
F
 
R
H
 
K
P
 
P
P
 
T
G
 
G
R
 
K
H
 
Y
Q
 
H
I
 
I
K
 
Q
V
 
V
C
|
C
L
 
T
G
 
T
T
 
T
A
 
P
C
|
C
H
 
W
V
 
L
A
 
R
G
 
G
G
 
S
D
 
D
I
 
D
I
 
I
L
 
L
E
 
E
N
 
T
F
 
C
E
 
K
R
 
K
K
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
I
R
 
G
E
 
V
G
 
G
E
 
D
T
 
T
T
 
T
P
 
K
D
 
D
R
 
R
E
 
K
Y
 
F
S
 
T
V
 
I
E
 
S
R
 
E
V
 
V
A
 
E
C
|
C
V
x
L
G
|
G
C
 
A
C
|
C
A
 
V
L
 
N
A
 
A
P
 
P
V
 
M
A
 
V
V
 
A
V
 
I
D
 
N
D
 
D

8b9zE Drosophila melanogaster complex i in the active state (dm1) (see paper)
36% identity, 74% coverage: 8:142/182 of query aligns to 22:155/214 of 8b9zE

query
sites
8b9zE
S
 
A
E
 
E
E
 
N
E
 
K
T
 
K
M
 
R
L
 
V
R
 
E
S
 
A
I
 
I
E
 
L
A
 
S
M
 
I
L
 
Y
P
 
P
R
 
E
F
 
G
E
 
H
K
 
K
N
 
-
R
 
R
A
 
G
Q
 
A
L
 
M
I
 
I
P
 
P
I
 
L
L
 
L
Q
 
D
A
 
L
I
 
A
Q
 
Q
E
 
R
E
 
Q
H
 
Y
Q
 
G
Y
 
W
L
 
L
S
 
P
R
 
I
E
 
S
A
 
A
M
 
M
R
 
H
L
 
K
V
 
V
A
 
A
D
 
E
Y
 
I
L
 
L
E
 
Q
I
 
L
S
 
P
P
 
N
S
 
M
E
 
R
V
 
V
L
 
Y
G
 
E
V
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
N
 
T
Q
 
M
F
 
F
R
 
M
F
 
R
H
 
K
P
 
P
P
 
T
G
 
G
R
 
K
H
 
Y
Q
 
H
I
 
I
K
 
Q
V
 
V
C
|
C
L
 
T
G
x
T
T
|
T
A
x
P
C
|
C
H
 
W
V
 
L
A
 
R
G
 
G
G
 
S
D
 
D
I
 
D
I
 
I
L
 
L
E
 
E
N
 
T
F
 
C
E
 
K
R
 
K
K
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
I
R
 
G
E
 
V
G
 
G
E
 
D
T
 
T
T
 
T
P
 
K
D
 
D
R
 
R
E
 
K
Y
 
F
S
 
T
V
 
I
E
 
S
R
 
E
V
 
V
A
 
E
C
|
C
V
x
L
G
|
G
C
x
A
C
|
C
A
 
V
L
 
N
A
 
A
P
 
P
V
 
M
A
 
V
V
 
A
V
 
I
D
 
N
D
 
D

6tg9G Cryo-em structure of nadh reduced form of NAD+-dependent formate dehydrogenase from rhodobacter capsulatus (see paper)
33% identity, 79% coverage: 17:160/182 of query aligns to 6:147/148 of 6tg9G

query
sites
6tg9G
I
 
L
E
 
R
A
 
A
M
 
I
L
 
L
P
 
A
R
 
A
F
 
H
E
 
R
K
 
G
N
 
R
R
 
E
A
 
G
Q
 
A
L
 
L
I
 
L
P
 
P
I
 
I
L
 
L
Q
 
H
A
 
D
I
 
V
Q
 
Q
E
 
A
E
 
A
H
 
F
Q
 
G
Y
 
F
L
 
I
S
 
P
R
 
E
E
 
D
A
 
A
M
 
Y
R
 
A
L
 
P
V
 
I
A
 
A
D
 
A
Y
 
D
L
 
L
E
 
G
I
 
L
S
 
T
P
 
R
S
 
A
E
 
E
V
 
V
L
 
A
G
 
G
V
 
V
A
 
V
T
 
G
F
 
F
Y
 
Y
N
 
H
Q
 
D
F
 
F
R
 
R
F
 
K
H
 
A
P
 
P
P
 
A
G
 
G
R
 
R
H
 
H
Q
 
V
I
 
I
K
 
K
V
 
L
C
|
C
L
 
R
G
x
A
T
 
E
A
 
A
C
|
C
H
 
Q
V
 
A
A
 
M
G
 
G
G
 
M
D
 
D
I
 
A
I
 
V
L
 
Q
E
 
A
N
 
R
F
 
L
E
 
E
R
 
S
K
 
A
L
 
L
G
 
G
I
 
L
R
 
R
E
 
L
G
 
G
E
 
D
T
 
S
T
 
S
P
 
-
D
 
-
R
 
E
E
 
A
Y
 
V
S
 
T
V
 
L
E
 
E
R
 
A
V
 
V
A
 
Y
C
|
C
V
x
L
G
 
G
C
x
L
C
|
C
A
 
A
L
 
C
A
 
A
P
 
P
V
 
A
A
 
A
V
 
M
V
 
V
D
 
D
D
 
D
K
 
R
V
 
L
I
 
V
G
 
G
H
 
R
M
 
L
Q
 
D
P
 
A
S
 
A
K
 
A
I
 
V
E
 
A
G
 
G
L
 
I
F
 
V
L
 
A
Q
 
E
F
 
L

P9WIV5 NADH-quinone oxidoreductase subunit E; NADH dehydrogenase I subunit E; NDH-1 subunit E; EC 7.1.1.- from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
34% identity, 70% coverage: 23:150/182 of query aligns to 50:177/252 of P9WIV5

query
sites
P9WIV5
R
 
R
F
 
Y
E
 
P
K
 
D
N
 
R
R
 
R
A
 
S
Q
 
A
L
 
L
I
 
L
P
 
P
I
 
L
L
 
L
Q
 
H
A
 
L
I
 
V
Q
 
Q
E
 
G
E
 
E
H
 
D
Q
 
S
Y
 
Y
L
 
L
S
 
T
R
 
P
E
 
A
A
 
G
M
 
L
R
 
R
L
 
F
V
 
C
A
 
A
D
 
D
Y
 
Q
L
 
L
E
 
G
I
 
L
S
 
T
P
 
G
S
 
A
E
 
E
V
 
V
L
 
S
G
 
A
V
 
V
A
 
A
T
 
S
F
 
F
Y
 
Y
N
 
T
Q
 
M
F
 
Y
R
 
R
F
 
R
H
 
R
P
 
P
P
 
T
G
 
G
R
 
E
H
 
Y
Q
 
L
I
 
V
K
 
G
V
 
V
C
 
C
L
 
T
G
 
N
T
 
T
A
 
L
C
 
C
H
 
A
V
 
V
A
 
M
G
 
G
G
 
G
D
 
D
I
 
A
I
 
I
L
 
F
E
 
D
N
 
R
F
 
L
E
 
K
R
 
E
K
 
H
L
 
L
G
 
G
I
 
V
R
 
G
E
 
H
G
 
D
E
 
E
T
 
T
T
 
T
P
 
S
D
 
D
R
 
G
E
 
V
Y
 
V
S
 
T
V
 
L
E
 
Q
R
 
H
V
 
I
A
 
E
C
 
C
V
 
N
G
 
A
C
 
A
C
 
C
A
 
D
L
 
Y
A
 
A
P
 
P
V
 
V
A
 
V
V
 
M
V
 
V
D
 
N
D
 
W
K
 
E
V
 
F
I
 
F
G
 
D
H
 
N
M
 
Q
Q
 
T
P
 
P

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_073038714.1 NCBI__GCF_900129305.1:WP_073038714.1
MKDDARLSEEETMLRSIEAMLPRFEKNRAQLIPILQAIQEEHQYLSREAMRLVADYLEIS
PSEVLGVATFYNQFRFHPPGRHQIKVCLGTACHVAGGDIILENFERKLGIREGETTPDRE
YSVERVACVGCCALAPVAVVDDKVIGHMQPSKIEGLFLQFDLQREQEKAREAGEEADAQA
GS

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory