SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_073041809.1 NCBI__GCF_900129305.1:WP_073041809.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

8wm7D Cryo-em structure of cyanobacterial nitrate/nitrite transporter nrtbcd in complex with signalling protein pii (see paper)
39% identity, 88% coverage: 15:248/266 of query aligns to 1:248/257 of 8wm7D

query
sites
8wm7D
S
 
T
E
 
D
T
 
N
V
 
F
L
 
L
R
 
V
A
 
V
D
 
E
D
 
G
L
 
V
S
 
S
K
 
K
R
 
I
F
x
Y
A
 
P
A
 
T
-
 
P
N
 
E
G
 
G
P
 
P
-
x
Y
G
 
T
V
|
V
L
 
L
K
 
D
S
 
G
V
 
I
S
 
D
I
 
L
T
 
K
V
 
V
G
 
R
G
 
E
G
 
G
D
 
E
T
 
F
Y
 
V
A
 
C
V
 
L
V
 
I
G
 
G
P
 
H
S
|
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
Y
 
N
L
 
M
L
 
I
C
 
S
G
 
G
L
 
F
L
 
N
H
 
T
P
 
P
D
 
S
A
 
E
G
 
G
T
 
V
V
 
V
R
 
L
Y
 
L
R
 
Q
G
 
D
E
 
K
P
 
P
I
 
I
V
 
T
R
 
E
P
 
P
H
 
G
P
 
P
E
 
D
I
 
R
A
 
M
V
 
M
V
 
V
L
 
F
Q
 
Q
D
 
N
F
 
Y
G
 
C
L
 
L
L
 
L
P
 
P
W
 
W
K
 
L
T
 
N
V
 
V
Q
 
F
D
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
Y
L
 
L
G
 
A
L
 
V
K
 
D
-
 
A
-
 
V
I
 
F
R
 
P
G
 
N
V
 
K
P
 
P
R
 
Q
R
 
A
E
 
E
R
 
K
R
 
R
Q
 
A
K
 
I
A
 
V
R
 
R
E
 
E
M
 
H
L
 
L
R
 
A
I
 
M
L
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
T
G
 
E
T
 
A
E
 
A
D
 
E
R
 
K
Y
 
K
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
L
 
I
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
M
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
S
G
 
I
D
 
R
P
 
P
G
 
Q
L
 
V
L
 
L
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
F
S
 
G
S
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
I
T
 
T
R
 
K
E
 
E
R
 
E
L
 
L
Q
 
Q
H
 
E
Y
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
I
 
I
W
 
W
N
 
S
R
 
D
F
 
H
R
 
Q
V
 
V
P
 
T
Y
 
V
V
 
L
L
 
M
V
 
I
T
 
T
H
 
H
S
 
D
V
 
I
E
 
D
E
 
E
A
 
A
V
 
L
F
 
F
L
 
L
G
 
A
K
 
D
K
 
R
V
 
V
L
 
V
V
 
M
L
 
M
A
 
T
G
 
N
R
 
G
P
 
P
A
 
A
A
 
A
-
 
Q
I
 
I
V
 
G
E
 
E
V
 
I
M
 
L
E
 
D
N
 
I
P
 
P
G
 
F
-
 
D
-
 
R
-
 
P
-
 
R
-
 
N
-
 
R
-
 
R
-
 
R
-
 
I
F
 
M
G
 
E
D
 
D
P
 
P
S
 
K
Y
 
Y
R
 
Y
D
 
D
K
 
L
K
 
R
T
 
N
F
 
Y

8w9mD Cryo-em structure of the cyanobacterial nitrate transporter nrtbcd in complex with atp (see paper)
40% identity, 80% coverage: 35:248/266 of query aligns to 21:246/256 of 8w9mD

query
sites
8w9mD
V
 
V
L
 
L
K
 
D
S
 
G
V
 
I
S
 
D
I
 
L
T
 
K
V
 
V
G
 
R
G
 
E
G
 
G
D
 
E
T
 
F
Y
 
V
A
 
C
V
 
L
V
 
I
G
 
G
P
x
H
S
|
S
G
|
G
C
 
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
Y
 
N
L
 
M
L
 
I
C
 
S
G
 
G
L
 
F
L
 
N
H
 
T
P
 
P
D
 
S
A
 
E
G
 
G
T
 
V
V
 
V
R
 
L
Y
 
L
R
 
Q
G
 
D
E
 
K
P
 
P
I
 
I
V
 
T
R
 
E
P
 
P
H
 
G
P
 
P
E
 
D
I
 
R
A
 
M
V
 
M
V
 
V
L
 
F
Q
|
Q
D
 
N
F
 
Y
G
 
C
L
 
L
L
 
L
P
 
P
W
 
W
K
 
L
T
 
N
V
 
V
Q
 
F
D
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
Y
L
 
L
G
 
A
L
 
V
K
 
D
-
 
A
-
 
V
I
 
F
R
 
P
G
 
N
V
 
K
P
 
P
R
 
Q
R
 
A
E
 
E
R
 
K
R
 
R
Q
 
A
K
 
I
A
 
V
R
 
R
E
 
E
M
 
H
L
 
L
R
 
A
I
 
M
L
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
T
G
 
E
T
 
A
E
 
A
D
 
E
R
 
K
Y
 
K
P
 
P
S
 
S
Q
|
Q
L
 
I
S
|
S
G
 
G
G
|
G
E
x
M
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
S
G
 
I
D
 
R
P
 
P
G
 
Q
L
 
V
L
 
L
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
F
 
F
S
 
G
S
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
I
T
 
T
R
 
K
E
 
E
R
 
E
L
 
L
Q
 
Q
H
 
E
Y
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
I
 
I
W
 
W
N
 
S
R
 
D
F
 
H
R
 
Q
V
 
V
P
 
T
Y
 
V
V
 
L
L
 
M
V
 
I
T
 
T
H
|
H
S
 
D
V
 
I
E
 
D
E
 
E
A
 
A
V
 
L
F
 
F
L
 
L
G
 
A
K
 
D
K
 
R
V
 
V
L
 
V
V
 
M
L
 
M
A
 
T
G
 
N
R
 
G
P
 
P
A
 
A
A
 
A
-
 
Q
I
 
I
V
 
G
E
 
E
V
 
I
M
 
L
E
 
D
N
 
I
P
 
P
G
 
F
-
 
D
-
 
R
-
 
P
-
 
R
-
 
N
-
 
R
-
 
R
-
 
R
-
 
I
F
 
M
G
 
E
D
 
D
P
 
P
S
 
K
Y
 
Y
R
 
Y
D
 
D
K
 
L
K
 
R
T
 
N
F
 
Y

Sites not aligning to the query:

8wm7C Cryo-em structure of cyanobacterial nitrate/nitrite transporter nrtbcd in complex with signalling protein pii (see paper)
44% identity, 75% coverage: 36:235/266 of query aligns to 23:225/658 of 8wm7C

query
sites
8wm7C
L
 
L
K
 
K
S
 
N
V
 
I
S
 
E
I
 
L
T
 
K
V
 
I
G
 
K
G
 
Q
G
 
G
D
 
E
T
 
F
Y
 
V
A
 
S
V
 
L
V
 
I
G
 
G
P
 
H
S
 
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
 
K
S
|
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
Y
 
N
L
 
I
L
 
I
C
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
D
H
 
R
P
 
A
D
 
S
A
 
I
G
 
G
T
 
G
V
 
V
R
 
T
Y
 
L
R
 
E
G
 
G
E
 
R
P
 
E
I
 
I
V
 
R
R
 
E
P
 
P
H
 
S
P
 
P
E
 
D
I
 
R
A
 
M
V
 
V
V
 
V
L
 
F
Q
 
Q
D
 
N
F
 
Y
G
 
S
L
 
L
L
 
L
P
 
P
W
 
W
K
 
L
T
 
T
V
 
V
Q
 
R
D
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
G
 
A
L
 
V
K
 
D
-
 
E
-
 
V
I
 
Y
R
 
Q
G
 
G
V
 
K
P
 
S
R
 
K
R
 
G
E
 
E
R
 
R
R
 
R
Q
 
A
K
 
I
A
 
I
R
 
E
E
 
E
M
 
H
L
 
I
R
 
D
I
 
M
L
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
R
G
 
L
T
 
A
E
 
A
D
 
N
R
 
K
Y
 
R
P
 
P
S
 
S
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
M
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
G
 
T
D
 
R
P
 
P
G
 
K
L
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
F
S
 
G
S
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
L
T
 
T
R
 
R
E
 
G
R
 
S
L
 
L
Q
 
Q
H
 
E
Y
 
Q
L
 
L
L
 
M
E
 
K
I
 
I
W
 
C
N
 
N
R
 
E
F
 
H
R
 
Q
V
 
I
P
 
T
Y
 
C
V
 
V
L
 
M
V
 
V
T
 
T
H
 
H
S
 
D
V
 
V
E
 
D
E
 
E
A
 
A
V
 
L
F
 
L
L
 
L
G
 
S
K
 
D
K
 
R
V
 
V
L
 
V
V
 
M
L
 
L
A
 
T
G
 
N
R
 
G
P
 
P
A
 
E
A
 
A
-
 
H
I
 
I
V
 
G
E
 
Q
V
 
I
M
 
L
E
 
E
N
 
V
P
 
P

Sites not aligning to the query:

8w9mC Cryo-em structure of the cyanobacterial nitrate transporter nrtbcd in complex with atp (see paper)
44% identity, 75% coverage: 36:235/266 of query aligns to 23:225/256 of 8w9mC

query
sites
8w9mC
L
 
L
K
 
K
S
 
N
V
 
I
S
 
E
I
 
L
T
 
K
V
 
I
G
 
K
G
 
Q
G
 
G
D
 
E
T
 
F
Y
 
V
A
 
S
V
 
L
V
 
I
G
 
G
P
 
H
S
|
S
G
|
G
C
 
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
Y
 
N
L
 
I
L
 
I
C
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
D
H
 
R
P
 
A
D
 
S
A
 
I
G
 
G
T
 
G
V
 
V
R
 
T
Y
 
L
R
 
E
G
 
G
E
 
R
P
 
E
I
 
I
V
 
R
R
 
E
P
 
P
H
 
S
P
 
P
E
 
D
I
 
R
A
 
M
V
 
V
V
 
V
L
 
F
Q
|
Q
D
 
N
F
 
Y
G
 
S
L
 
L
L
 
L
P
 
P
W
 
W
K
 
L
T
 
T
V
 
V
Q
 
R
D
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
G
 
A
L
 
V
K
 
D
-
 
E
-
 
V
I
 
Y
R
 
Q
G
 
G
V
 
K
P
 
S
R
 
K
R
 
G
E
 
E
R
 
R
R
 
R
Q
 
A
K
 
I
A
 
I
R
 
E
E
 
E
M
 
H
L
 
I
R
 
D
I
 
M
L
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
R
G
 
L
T
 
A
E
 
A
D
 
N
R
x
K
Y
 
R
P
 
P
S
 
S
Q
x
E
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
E
 
M
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
G
 
T
D
 
R
P
 
P
G
 
K
L
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
F
 
F
S
 
G
S
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
L
T
 
T
R
 
R
E
 
G
R
 
S
L
 
L
Q
 
Q
H
 
E
Y
 
Q
L
 
L
L
 
M
E
 
K
I
 
I
W
 
C
N
 
N
R
 
E
F
 
H
R
 
Q
V
 
I
P
 
T
Y
 
C
V
 
V
L
 
M
V
 
V
T
 
T
H
|
H
S
 
D
V
 
V
E
 
D
E
 
E
A
 
A
V
 
L
F
 
L
L
 
L
G
 
S
K
 
D
K
 
R
V
 
V
L
 
V
V
 
M
L
 
L
A
 
T
G
 
N
R
 
G
P
 
P
A
 
E
A
 
A
-
 
H
I
 
I
V
 
G
E
 
Q
V
 
I
M
 
L
E
 
E
N
 
V
P
 
P

Sites not aligning to the query:

7ahhC Opua inhibited inward-facing, sbd docked (see paper)
37% identity, 76% coverage: 35:236/266 of query aligns to 32:255/382 of 7ahhC

query
sites
7ahhC
V
 
I
L
 
L
K
 
K
S
 
K
V
 
T
S
 
G
I
 
A
T
|
T
V
|
V
G
|
G
G
 
V
G
 
Y
D
 
D
T
 
T
-
 
N
-
 
F
-
 
E
-
 
I
-
 
N
-
 
E
-
 
G
-
 
E
-
 
I
Y
 
F
A
 
V
V
 
I
V
 
M
G
 
G
P
 
L
S
 
S
G
|
G
C
 
S
G
|
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
Y
 
R
L
 
L
L
 
L
C
 
N
G
 
R
L
 
L
L
 
I
H
 
E
P
 
P
D
 
T
A
 
S
G
 
G
T
 
K
V
 
I
R
 
F
Y
 
I
R
 
D
G
 
N
E
 
Q
P
 
D
I
 
V
V
 
A
R
 
T
P
 
L
H
 
N
P
 
K
E
 
E
-
 
D
-
 
L
-
 
L
-
 
Q
-
 
V
-
 
R
-
 
R
-
 
K
-
 
T
I
 
M
A
 
S
V
 
M
V
 
V
L
 
F
Q
 
Q
D
 
N
F
 
F
G
 
G
L
 
L
L
 
F
P
 
P
W
 
H
K
 
R
T
 
T
V
 
I
Q
 
L
D
 
E
N
 
N
V
 
T
A
 
E
L
 
Y
G
 
G
L
 
L
K
 
E
I
 
V
R
 
Q
G
 
N
V
 
V
P
 
P
R
 
K
R
 
E
E
 
E
R
 
R
R
 
R
Q
 
K
K
 
R
A
 
A
R
 
E
E
 
K
M
 
A
L
 
L
R
 
D
I
 
N
L
 
A
G
 
N
L
 
L
A
 
L
G
 
D
T
 
F
E
 
K
D
 
D
R
 
Q
Y
 
Y
P
 
P
S
 
K
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
M
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
G
I
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
G
 
N
D
 
D
P
 
P
G
 
E
L
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
M
D
|
D
E
|
E
P
 
A
F
 
F
S
 
S
S
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
P
I
 
L
T
 
I
R
 
R
E
 
R
R
 
E
L
 
M
Q
 
Q
H
 
D
Y
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
E
I
 
L
W
 
Q
N
 
A
R
 
K
F
 
F
R
 
Q
V
 
K
P
 
T
Y
 
I
V
 
I
L
 
F
V
 
V
T
 
S
H
 
H
S
 
D
V
 
L
E
 
N
E
 
E
A
 
A
V
 
L
F
 
R
L
 
I
G
 
G
K
 
D
K
 
R
V
 
I
L
 
A
V
 
I
L
 
M
A
 
K
-
 
D
G
 
G
R
 
K
P
 
I
A
 
M
A
 
Q
I
 
I
-
 
G
-
 
T
-
 
G
V
 
E
E
 
E
V
 
I
M
 
L
E
 
T
N
 
N
P
 
P
G
 
A

Sites not aligning to the query:

7aheC Opua inhibited inward facing (see paper)
37% identity, 76% coverage: 35:236/266 of query aligns to 32:255/382 of 7aheC

query
sites
7aheC
V
 
I
L
 
L
K
 
K
S
 
K
V
 
T
S
 
G
I
 
A
T
 
T
V
 
V
G
 
G
G
 
V
G
 
Y
D
 
D
T
 
T
-
 
N
-
 
F
-
 
E
-
 
I
-
 
N
-
 
E
-
 
G
-
 
E
-
 
I
Y
 
F
A
 
V
V
 
I
V
 
M
G
 
G
P
 
L
S
 
S
G
 
G
C
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
Y
 
R
L
 
L
L
 
L
C
 
N
G
 
R
L
 
L
L
 
I
H
 
E
P
 
P
D
 
T
A
 
S
G
 
G
T
 
K
V
 
I
R
 
F
Y
 
I
R
 
D
G
 
N
E
 
Q
P
 
D
I
 
V
V
 
A
R
 
T
P
 
L
H
 
N
P
 
K
E
 
E
-
 
D
-
 
L
-
 
L
-
 
Q
-
 
V
-
 
R
-
 
R
-
 
K
-
 
T
I
 
M
A
 
S
V
 
M
V
 
V
L
 
F
Q
 
Q
D
 
N
F
 
F
G
 
G
L
 
L
L
 
F
P
 
P
W
 
H
K
 
R
T
 
T
V
 
I
Q
 
L
D
 
E
N
 
N
V
 
T
A
 
E
L
 
Y
G
 
G
L
 
L
K
 
E
I
 
V
R
 
Q
G
 
N
V
 
V
P
 
P
R
 
K
R
 
E
E
 
E
R
 
R
R
 
R
Q
 
K
K
 
R
A
 
A
R
 
E
E
 
K
M
 
A
L
 
L
R
 
D
I
 
N
L
 
A
G
 
N
L
 
L
A
 
L
G
 
D
T
 
F
E
 
K
D
 
D
R
 
Q
Y
 
Y
P
 
P
S
 
K
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
M
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
G
I
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
G
 
N
D
 
D
P
 
P
G
 
E
L
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
A
F
 
F
S
 
S
S
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
P
I
 
L
T
 
I
R
 
R
E
 
R
R
 
E
L
 
M
Q
 
Q
H
 
D
Y
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
E
I
 
L
W
 
Q
N
 
A
R
 
K
F
 
F
R
 
Q
V
 
K
P
 
T
Y
 
I
V
 
I
L
 
F
V
 
V
T
 
S
H
 
H
S
 
D
V
 
L
E
 
N
E
 
E
A
 
A
V
 
L
F
 
R
L
 
I
G
 
G
K
 
D
K
 
R
V
 
I
L
 
A
V
 
I
L
 
M
A
 
K
-
 
D
G
 
G
R
 
K
P
 
I
A
 
M
A
 
Q
I
 
I
-
 
G
-
 
T
-
 
G
V
 
E
E
 
E
V
 
I
M
 
L
E
 
T
N
 
N
P
 
P
G
 
A

Sites not aligning to the query:

7ahdC Opua (e190q) occluded (see paper)
35% identity, 75% coverage: 38:236/266 of query aligns to 44:255/260 of 7ahdC

query
sites
7ahdC
S
 
D
V
 
T
S
 
N
I
 
F
T
 
E
V
 
I
G
 
N
G
 
E
G
 
G
D
 
E
T
 
I
Y
 
F
A
 
V
V
 
I
V
 
M
G
 
G
P
 
L
S
|
S
G
|
G
C
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
Y
 
R
L
 
L
L
 
L
C
 
N
G
 
R
L
 
L
L
 
I
H
 
E
P
 
P
D
 
T
A
 
S
G
 
G
T
 
K
V
 
I
R
 
F
Y
 
I
R
 
D
G
 
N
E
 
Q
P
 
D
I
 
V
V
 
A
R
 
T
P
 
L
H
 
N
P
 
K
E
 
E
-
 
D
-
 
L
-
 
L
-
 
Q
-
 
V
-
 
R
-
 
R
-
 
K
-
 
T
I
 
M
A
 
S
V
 
M
V
 
V
L
 
F
Q
|
Q
D
 
N
F
 
F
G
 
G
L
 
L
L
 
F
P
 
P
W
 
H
K
 
R
T
 
T
V
 
I
Q
 
L
D
 
E
N
 
N
V
 
T
A
 
E
L
 
Y
G
 
G
L
 
L
K
 
E
I
 
V
R
 
Q
G
 
N
V
 
V
P
 
P
R
 
K
R
 
E
E
 
E
R
 
R
R
 
R
Q
 
K
K
 
R
A
 
A
R
 
E
E
 
K
M
 
A
L
 
L
R
 
D
I
 
N
L
 
A
G
 
N
L
 
L
A
 
L
G
 
D
T
 
F
E
 
K
D
 
D
R
 
Q
Y
 
Y
P
 
P
S
x
K
Q
|
Q
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
E
x
M
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
G
I
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
G
 
N
D
 
D
P
 
P
G
 
E
L
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
x
Q
P
 
A
F
 
F
S
 
S
S
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
P
I
 
L
T
 
I
R
 
R
E
 
R
R
 
E
L
 
M
Q
 
Q
H
 
D
Y
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
E
I
 
L
W
 
Q
N
 
A
R
 
K
F
 
F
R
 
Q
V
 
K
P
 
T
Y
 
I
V
 
I
L
 
F
V
 
V
T
 
S
H
|
H
S
 
D
V
 
L
E
 
N
E
 
E
A
 
A
V
 
L
F
 
R
L
 
I
G
 
G
K
 
D
K
 
R
V
 
I
L
 
A
V
 
I
L
 
M
A
 
K
-
 
D
G
 
G
R
 
K
P
 
I
A
 
M
A
 
Q
I
 
I
-
 
G
-
 
T
-
 
G
V
 
E
E
 
E
V
 
I
M
 
L
E
 
T
N
 
N
P
 
P
G
 
A

Sites not aligning to the query:

P69874 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA; EC 7.6.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
39% identity, 73% coverage: 27:221/266 of query aligns to 24:221/378 of P69874

query
sites
P69874
R
 
R
F
 
K
A
x
C
A
x
F
N
 
D
G
 
G
P
 
K
G
 
E
V
 
V
L
 
I
K
 
P
S
 
Q
V
 
L
S
 
D
I
 
L
T
 
T
V
 
I
G
 
N
G
 
N
G
 
G
D
 
E
T
x
F
Y
 
L
A
 
T
V
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
 
G
C
|
C
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
V
L
|
L
Y
 
R
L
 
L
L
 
I
C
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
E
H
 
T
P
 
V
D
 
D
A
 
S
G
 
G
T
 
R
V
 
I
R
 
M
Y
x
L
R
 
D
G
 
N
E
 
E
P
 
D
I
 
I
V
 
T
R
 
H
P
 
V
H
 
P
P
 
A
E
 
E
-
 
N
-
 
R
-
 
Y
I
 
V
A
 
N
V
 
T
V
 
V
L
 
F
Q
 
Q
D
 
S
F
 
Y
G
 
A
L
 
L
L
 
F
P
 
P
W
 
H
K
 
M
T
 
T
V
 
V
Q
 
F
D
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
F
G
 
G
L
 
L
K
 
R
I
 
M
R
 
Q
G
 
K
V
 
T
P
 
P
R
 
A
R
 
A
E
 
E
R
 
I
R
 
T
Q
 
P
K
 
R
A
 
V
R
 
M
E
 
E
M
 
A
L
 
L
R
 
R
I
 
M
L
x
V
G
 
Q
L
 
L
A
 
E
G
 
T
T
 
F
E
 
A
D
 
Q
R
 
R
Y
 
K
P
 
P
S
 
H
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
V
 
V
G
 
N
D
 
K
P
 
P
G
 
R
L
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
S
F
 
L
S
 
S
S
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
Y
I
 
K
T
 
L
R
 
R
E
 
K
R
 
Q
L
 
M
Q
 
Q
H
 
N
Y
 
E
L
 
L
L
 
K
E
 
A
I
 
L
W
 
Q
N
 
R
R
 
K
F
 
L
R
 
G
V
 
I
P
 
T
Y
 
F
V
 
V
L
 
F
V
 
V
T
 
T
H
 
H
S
 
D
V
 
Q
E
 
E
E
 
E
A
 
A
V
 
L
F
 
T
L
 
M
G
 
S
K
 
D
K
 
R
V
 
I
L
 
V
V
 
V
L
 
M

Sites not aligning to the query:

8y5iA Cryo-em structure of e.Coli spermidine transporter potd-potabc in translocation intermidiate state (see paper)
38% identity, 73% coverage: 27:221/266 of query aligns to 9:206/358 of 8y5iA

query
sites
8y5iA
R
 
R
F
 
K
A
 
C
A
x
F
N
 
D
G
 
G
P
x
K
G
 
E
V
 
V
L
 
I
K
 
P
S
 
Q
V
 
L
S
 
D
I
 
L
T
 
T
V
 
I
G
 
N
G
 
N
G
 
G
D
 
E
T
 
F
Y
 
L
A
 
T
V
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
|
G
C
 
C
G
 
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
V
L
 
L
Y
 
R
L
 
L
L
 
I
C
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
E
H
 
T
P
 
V
D
 
D
A
 
S
G
 
G
T
 
R
V
 
I
R
 
M
Y
 
L
R
 
D
G
 
N
E
 
E
P
 
D
I
 
I
V
 
T
R
 
H
P
 
V
H
 
P
P
 
A
E
 
E
-
 
N
-
 
R
-
 
Y
I
 
V
A
 
N
V
 
T
V
 
V
L
 
F
Q
 
Q
D
 
S
F
 
Y
G
 
A
L
 
L
L
 
F
P
 
P
W
 
H
K
 
M
T
 
T
V
 
V
Q
 
F
D
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
F
G
 
G
L
 
L
K
 
R
I
 
M
R
 
Q
G
 
K
V
 
T
P
 
P
R
 
A
R
 
A
E
 
E
R
 
I
R
 
T
Q
 
P
K
 
R
A
 
V
R
 
M
E
 
E
M
 
A
L
 
L
R
 
R
I
 
M
L
 
V
G
 
Q
L
 
L
A
 
E
G
 
T
T
 
F
E
 
A
D
 
Q
R
|
R
Y
 
K
P
 
P
S
 
H
Q
|
Q
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
V
 
V
G
 
N
D
 
K
P
 
P
G
 
R
L
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
S
F
 
L
S
 
S
S
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
Y
I
 
K
T
 
L
R
 
R
E
 
K
R
 
Q
L
 
M
Q
 
Q
H
 
N
Y
 
E
L
 
L
L
 
K
E
 
A
I
 
L
W
 
Q
N
 
R
R
 
K
F
 
L
R
 
G
V
 
I
P
 
T
Y
 
F
V
 
V
L
 
F
V
 
V
T
 
T
H
 
H
S
 
D
V
 
Q
E
 
E
E
 
E
A
 
A
V
 
L
F
 
T
L
 
M
G
 
S
K
 
D
K
 
R
V
 
I
L
 
V
V
 
V
L
 
M

8hplC Lpqy-sugabc in state 1 (see paper)
40% identity, 70% coverage: 36:221/266 of query aligns to 17:205/384 of 8hplC

query
sites
8hplC
L
 
V
K
 
K
S
 
E
V
 
F
S
 
S
I
 
M
T
 
T
V
 
I
G
 
A
G
 
D
G
 
G
D
 
E
T
 
F
Y
 
I
A
 
I
V
 
L
V
 
V
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
T
L
 
L
Y
 
N
L
 
M
L
 
I
C
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
E
H
 
E
P
 
I
D
 
T
A
 
S
G
 
G
T
 
E
V
 
L
R
 
R
Y
 
I
R
 
G
G
 
G
E
 
E
P
 
R
I
 
V
V
 
N
R
 
E
P
 
K
H
 
A
P
 
P
-
 
K
-
 
D
-
 
R
E
 
D
I
 
I
A
 
A
V
 
M
V
 
V
L
 
F
Q
 
Q
D
 
S
F
 
Y
G
 
A
L
 
L
L
 
Y
P
 
P
W
 
H
K
 
M
T
 
T
V
 
V
Q
 
R
D
 
Q
N
 
N
V
 
I
A
 
A
L
 
F
G
 
P
L
 
L
K
 
T
I
 
L
R
 
A
G
 
K
V
 
V
P
 
P
R
 
K
R
 
A
E
 
E
R
 
I
R
 
A
Q
 
A
K
 
K
A
 
V
R
 
E
E
 
E
M
 
T
L
 
A
R
 
K
I
 
I
L
 
L
G
 
D
L
 
L
A
 
S
G
 
E
T
 
L
E
 
L
D
 
D
R
 
R
Y
 
K
P
 
P
S
 
G
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
M
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
V
 
V
G
 
R
D
 
S
P
 
P
G
 
K
L
 
A
L
 
F
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
F
 
L
S
 
S
S
 
N
L
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
K
T
 
L
R
 
R
E
 
V
R
 
Q
L
 
M
Q
 
R
H
 
A
Y
 
E
L
 
I
L
 
S
E
 
R
I
 
L
W
 
Q
N
 
D
R
 
R
F
 
L
R
 
G
V
 
T
P
 
T
Y
 
T
V
 
V
L
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
 
H
S
 
D
V
 
Q
E
 
T
E
 
E
A
 
A
V
 
M
F
 
T
L
 
L
G
 
G
K
 
D
K
 
R
V
 
V
L
 
V
V
 
V
L
 
M

Sites not aligning to the query:

P9WQI3 Trehalose import ATP-binding protein SugC; MtbSugC; Nucleotide-binding domain of SugABC transporter; NBD of SugABC transporter; SugABC transporter ATPase SugC; EC 7.5.2.- from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
38% identity, 79% coverage: 15:223/266 of query aligns to 2:210/393 of P9WQI3

query
sites
P9WQI3
S
 
A
E
 
E
T
 
I
V
 
V
L
 
L
R
 
-
A
 
-
D
 
D
D
 
H
L
 
V
S
 
N
K
 
K
R
 
S
F
 
Y
A
 
P
A
 
-
N
 
D
G
 
G
P
 
H
G
 
T
V
 
A
L
 
V
K
 
R
S
 
D
V
 
L
S
 
N
I
 
L
T
 
T
V
 
I
G
 
A
G
 
D
G
 
G
D
 
E
T
 
F
Y
 
L
A
 
I
V
 
L
V
 
V
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
 
G
C
 
C
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
T
L
 
L
Y
 
N
L
 
M
L
 
I
C
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
E
H
 
D
P
 
I
D
 
S
A
 
S
G
 
G
T
 
E
V
 
L
R
 
R
Y
 
I
R
 
A
G
 
G
E
 
E
P
 
R
I
 
V
V
 
N
R
 
E
P
 
K
H
 
A
P
 
P
-
 
K
-
 
D
-
 
R
E
 
D
I
 
I
A
 
A
V
 
M
V
 
V
L
 
F
Q
 
Q
D
 
S
F
 
Y
G
 
A
L
 
L
L
 
Y
P
 
P
W
 
H
K
 
M
T
 
T
V
 
V
Q
 
R
D
 
Q
N
 
N
V
 
I
A
 
A
L
 
F
G
 
P
L
 
L
K
 
T
I
 
L
R
 
A
G
 
K
V
 
M
P
 
R
R
 
K
R
 
A
E
 
D
R
 
I
R
 
A
Q
 
Q
K
 
K
A
 
V
R
 
S
E
 
E
M
 
T
L
 
A
R
 
K
I
 
I
L
 
L
G
 
D
L
 
L
A
 
T
G
 
N
T
 
L
E
 
L
D
 
D
R
 
R
Y
 
K
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
M
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
V
 
V
G
 
R
D
 
H
P
 
P
G
 
K
L
 
A
L
 
F
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
L
S
 
S
S
 
N
L
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
K
T
 
L
R
 
R
E
 
V
R
 
Q
L
 
M
Q
 
R
H
 
G
Y
 
E
L
 
I
L
 
A
E
 
Q
I
 
L
W
 
Q
N
 
R
R
 
R
F
 
L
R
 
G
V
 
T
P
 
T
Y
 
T
V
 
V
L
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
|
H
S
 
D
V
 
Q
E
 
T
E
 
E
A
 
A
V
 
M
F
 
T
L
 
L
G
 
G
K
 
D
K
 
R
V
 
V
L
 
V
V
 
V
L
 
M
A
 
Y
G
 
G

8hprD Lpqy-sugabc in state 4 (see paper)
40% identity, 70% coverage: 36:221/266 of query aligns to 19:207/362 of 8hprD

query
sites
8hprD
L
 
V
K
 
K
S
 
E
V
 
F
S
 
S
I
 
M
T
 
T
V
 
I
G
 
A
G
 
D
G
 
G
D
 
E
T
 
F
Y
 
I
A
 
I
V
 
L
V
 
V
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
 
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
T
L
 
L
Y
 
N
L
 
M
L
 
I
C
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
E
H
 
E
P
 
I
D
 
T
A
 
S
G
 
G
T
 
E
V
 
L
R
 
R
Y
 
I
R
 
G
G
 
G
E
 
E
P
 
R
I
 
V
V
 
N
R
 
E
P
 
K
H
 
A
P
 
P
-
 
K
-
 
D
-
 
R
E
 
D
I
 
I
A
 
A
V
 
M
V
 
V
L
 
F
Q
|
Q
D
 
S
F
 
Y
G
 
A
L
 
L
L
 
Y
P
 
P
W
 
H
K
 
M
T
 
T
V
 
V
Q
 
R
D
 
Q
N
 
N
V
 
I
A
 
A
L
 
F
G
 
P
L
 
L
K
 
T
I
 
L
R
 
A
G
 
K
V
 
V
P
 
P
R
 
K
R
 
A
E
 
E
R
 
I
R
 
A
Q
 
A
K
 
K
A
 
V
R
 
E
E
 
E
M
 
T
L
 
A
R
 
K
I
 
I
L
 
L
G
 
D
L
 
L
A
 
S
G
 
E
T
 
L
E
 
L
D
 
D
R
|
R
Y
 
K
P
 
P
S
 
G
Q
|
Q
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
 
Q
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
M
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
V
 
V
G
 
R
D
 
S
P
 
P
G
 
K
L
 
A
L
 
F
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
x
Q
P
 
P
F
 
L
S
 
S
S
 
N
L
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
K
T
 
L
R
 
R
E
 
V
R
 
Q
L
 
M
Q
 
R
H
 
A
Y
 
E
L
 
I
L
 
S
E
 
R
I
 
L
W
 
Q
N
 
D
R
 
R
F
 
L
R
 
G
V
 
T
P
 
T
Y
 
T
V
 
V
L
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
|
H
S
 
D
V
 
Q
E
 
T
E
 
E
A
 
A
V
 
M
F
 
T
L
 
L
G
 
G
K
 
D
K
 
R
V
 
V
L
 
V
V
 
V
L
 
M

Sites not aligning to the query:

8hprC Lpqy-sugabc in state 4 (see paper)
40% identity, 70% coverage: 36:221/266 of query aligns to 19:207/363 of 8hprC

query
sites
8hprC
L
 
V
K
 
K
S
 
E
V
 
F
S
 
S
I
 
M
T
 
T
V
 
I
G
 
A
G
 
D
G
 
G
D
 
E
T
 
F
Y
 
I
A
 
I
V
 
L
V
 
V
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
C
 
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
 
T
L
 
T
L
 
L
Y
 
N
L
 
M
L
 
I
C
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
E
H
 
E
P
 
I
D
 
T
A
 
S
G
 
G
T
 
E
V
 
L
R
 
R
Y
 
I
R
 
G
G
 
G
E
 
E
P
 
R
I
 
V
V
 
N
R
 
E
P
 
K
H
 
A
P
 
P
-
 
K
-
 
D
-
 
R
E
 
D
I
 
I
A
 
A
V
 
M
V
 
V
L
 
F
Q
|
Q
D
 
S
F
 
Y
G
 
A
L
 
L
L
 
Y
P
 
P
W
 
H
K
 
M
T
 
T
V
 
V
Q
 
R
D
 
Q
N
 
N
V
 
I
A
 
A
L
 
F
G
 
P
L
 
L
K
 
T
I
 
L
R
 
A
G
 
K
V
 
V
P
 
P
R
 
K
R
 
A
E
 
E
R
 
I
R
 
A
Q
 
A
K
 
K
A
 
V
R
 
E
E
 
E
M
 
T
L
 
A
R
 
K
I
 
I
L
 
L
G
 
D
L
 
L
A
 
S
G
 
E
T
 
L
E
 
L
D
 
D
R
 
R
Y
 
K
P
 
P
S
 
G
Q
|
Q
L
 
L
S
 
S
G
|
G
G
|
G
E
x
Q
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
M
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
V
 
V
G
 
R
D
 
S
P
 
P
G
 
K
L
 
A
L
 
F
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
F
 
L
S
 
S
S
 
N
L
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
K
T
 
L
R
 
R
E
 
V
R
 
Q
L
 
M
Q
 
R
H
 
A
Y
 
E
L
 
I
L
 
S
E
 
R
I
 
L
W
 
Q
N
 
D
R
 
R
F
 
L
R
 
G
V
 
T
P
 
T
Y
 
T
V
 
V
L
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
|
H
S
 
D
V
 
Q
E
 
T
E
 
E
A
 
A
V
 
M
F
 
T
L
 
L
G
 
G
K
 
D
K
 
R
V
 
V
L
 
V
V
 
V
L
 
M

Sites not aligning to the query:

1g291 Malk (see paper)
40% identity, 70% coverage: 36:221/266 of query aligns to 19:213/372 of 1g291

query
sites
1g291
L
 
V
K
 
R
S
 
E
V
 
M
S
 
S
I
 
L
T
 
E
V
 
V
G
 
K
G
 
D
G
 
G
D
 
E
T
 
F
Y
 
M
A
 
I
V
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
L
Y
 
R
L
 
M
L
 
I
C
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
E
H
 
E
P
 
P
D
 
S
A
 
R
G
 
G
T
 
Q
V
 
I
R
 
-
Y
 
Y
R
 
I
G
 
G
E
 
D
P
 
K
I
 
L
V
 
V
R
 
-
P
 
A
H
x
D
P
 
P
E
|
E
-
x
K
-
 
G
-
 
I
-
 
F
-
 
V
-
 
P
-
 
P
-
x
K
-
x
D
-
 
R
-
 
D
I
 
I
A
 
A
V
 
M
V
 
V
L
 
F
Q
 
Q
D
 
S
F
 
Y
G
 
A
L
 
L
L
 
Y
P
 
P
W
 
H
K
 
M
T
 
T
V
 
V
Q
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
I
A
 
A
L
 
F
G
 
P
L
 
L
K
 
K
I
 
L
R
 
R
G
 
K
V
 
V
P
 
P
R
 
R
R
 
Q
E
 
E
R
 
I
R
 
D
Q
 
Q
K
 
R
A
 
V
R
 
R
E
 
E
M
 
V
L
 
A
R
 
E
I
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
T
G
 
E
T
 
L
E
 
L
D
 
N
R
 
R
Y
 
K
P
 
P
S
 
R
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
L
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
V
 
V
G
 
R
D
 
K
P
 
P
G
 
Q
L
 
V
L
 
F
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
L
S
 
S
S
 
N
L
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
K
T
 
L
R
 
R
E
 
V
R
 
R
L
 
M
Q
 
R
H
 
A
Y
 
E
L
 
L
L
 
K
E
 
K
I
 
L
W
 
Q
N
 
R
R
 
Q
F
 
L
R
 
G
V
 
V
P
 
T
Y
 
T
V
 
I
L
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
 
H
S
 
D
V
 
Q
E
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
M
F
 
T
L
 
M
G
 
G
K
 
D
K
 
R
V
 
I
L
 
A
V
 
V
L
 
M

Sites not aligning to the query:

2d62A Crystal structure of multiple sugar binding transport atp-binding protein
35% identity, 70% coverage: 36:221/266 of query aligns to 22:216/375 of 2d62A

query
sites
2d62A
L
 
V
K
 
K
S
 
D
V
 
L
S
 
S
I
 
L
T
 
E
V
 
I
G
 
K
G
 
D
G
 
G
D
 
E
T
 
F
Y
 
L
A
 
V
V
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
L
Y
 
R
L
 
M
L
 
I
C
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
E
H
 
E
P
 
P
D
 
T
A
 
R
G
 
G
T
 
Q
V
 
I
R
 
Y
Y
 
I
R
 
E
G
 
D
E
 
N
P
 
L
I
 
V
V
 
A
R
 
D
P
 
P
H
 
E
P
 
K
-
 
G
-
 
V
-
 
F
-
 
V
-
 
P
-
 
P
-
 
K
-
 
E
-
 
R
E
 
D
I
 
V
A
 
A
V
 
M
V
 
V
L
 
F
Q
 
Q
D
 
S
F
 
Y
G
 
A
L
 
L
L
 
Y
P
 
P
W
 
H
K
 
M
T
 
T
V
 
V
Q
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
I
A
 
A
L
 
F
G
 
P
L
 
L
K
 
K
I
 
L
R
 
R
G
 
K
V
 
V
P
 
P
R
 
K
R
 
Q
E
 
E
R
 
I
R
 
D
Q
 
K
K
 
R
A
 
V
R
 
R
E
 
E
M
 
V
L
 
A
R
 
E
I
 
M
L
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
T
G
 
E
T
 
L
E
 
L
D
 
N
R
 
R
Y
 
K
P
 
P
S
 
R
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
L
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
V
 
I
G
 
R
D
 
R
P
 
P
G
 
K
L
 
V
L
 
F
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
L
S
 
S
S
 
N
L
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
K
T
 
L
R
 
R
E
 
V
R
 
K
L
 
M
Q
 
R
H
 
A
Y
 
E
L
 
L
L
 
K
E
 
K
I
 
L
W
 
Q
N
 
R
R
 
Q
F
 
L
R
 
G
V
 
V
P
 
T
Y
 
T
V
 
I
L
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
 
H
S
 
D
V
 
Q
E
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
M
F
 
T
L
 
M
G
 
G
K
 
D
K
 
R
V
 
I
L
 
A
V
 
V
L
 
M

P75957 Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD; EC 7.6.2.- from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
38% identity, 82% coverage: 15:232/266 of query aligns to 2:230/233 of P75957

query
sites
P75957
S
 
N
E
 
K
T
 
I
V
 
L
L
 
L
R
 
Q
A
 
C
D
 
D
D
 
N
L
 
L
S
 
C
K
 
K
R
 
R
F
 
Y
A
 
Q
A
 
E
N
 
G
G
 
S
-
 
V
-
 
Q
P
 
T
G
 
D
V
 
V
L
 
L
K
 
H
S
 
N
V
 
V
S
 
S
I
 
F
T
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
E
G
 
G
D
 
E
T
 
M
Y
 
M
A
 
A
V
 
I
V
 
V
G
|
G
P
 
S
S
 
S
G
 
G
C
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
Y
 
H
L
 
L
L
 
L
C
 
G
G
 
G
L
 
L
L
 
D
H
 
T
P
 
P
D
 
T
A
 
S
G
 
G
T
 
D
V
 
V
R
 
I
Y
 
F
R
 
N
G
 
G
E
 
Q
P
 
P
I
 
M
V
 
S
R
 
K
-
 
L
-
 
S
-
 
S
-
 
A
-
 
A
-
 
K
-
 
A
-
 
E
-
 
L
P
 
R
H
 
N
P
 
Q
E
 
K
I
 
L
A
 
G
V
 
F
V
 
I
L
 
Y
Q
 
Q
D
 
F
F
 
H
G
 
H
L
 
L
L
 
L
P
 
P
W
 
D
K
 
F
T
 
T
V
 
A
Q
 
L
D
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
M
G
 
P
L
 
L
K
 
L
I
 
I
R
 
G
G
 
K
V
 
K
P
 
K
R
 
P
R
 
A
E
 
E
R
 
I
R
 
N
Q
 
S
K
 
R
A
 
A
R
 
L
E
 
E
M
 
M
L
 
L
R
 
K
I
 
A
L
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
D
G
 
H
T
 
R
E
 
A
D
 
N
R
 
H
Y
 
R
P
 
P
S
 
S
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
V
G
 
N
D
 
N
P
 
P
G
 
R
L
 
L
L
 
V
L
 
L
L
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
T
S
 
G
S
 
N
L
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
R
T
 
N
R
 
A
E
 
D
R
 
S
L
 
I
Q
 
F
H
 
Q
Y
 
L
L
 
L
L
 
G
E
 
E
I
 
L
W
 
-
N
 
N
R
 
R
F
 
L
R
 
Q
-
 
G
V
 
T
P
 
A
Y
 
F
V
 
L
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
S
 
D
V
 
L
E
 
Q
E
 
L
A
 
A
V
 
K
F
 
R
L
 
M
G
 
S
K
 
R
K
 
Q
V
 
L
L
 
E
V
 
M
L
 
R
A
 
D
G
 
G
R
 
R
P
 
L
A
 
T
A
 
A
I
 
E
V
 
L
E
 
S
V
 
L
M
 
M

7v8iD Lolcd(e171q)e with bound amppnp in nanodiscs (see paper)
37% identity, 82% coverage: 15:232/266 of query aligns to 1:229/229 of 7v8iD

query
sites
7v8iD
S
 
N
E
 
K
T
 
I
V
 
L
L
 
L
R
 
Q
A
 
C
D
 
D
D
 
N
L
 
L
S
 
C
K
 
K
R
 
R
F
 
Y
A
 
Q
A
 
E
N
 
G
G
 
S
-
 
V
-
 
Q
P
 
T
G
 
D
V
|
V
L
 
L
K
 
H
S
 
N
V
 
V
S
 
S
I
 
F
T
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
E
G
 
G
D
 
E
T
 
M
Y
 
M
A
 
A
V
 
I
V
 
V
G
 
G
P
 
S
S
|
S
G
|
G
C
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
Y
 
H
L
 
L
L
 
L
C
 
G
G
 
G
L
 
L
L
 
D
H
 
T
P
 
P
D
 
T
A
 
S
G
 
G
T
 
D
V
 
V
R
 
I
Y
 
F
R
 
N
G
 
G
E
 
Q
P
 
P
I
 
M
V
 
S
R
 
K
-
 
L
-
 
S
-
 
S
-
 
A
-
 
A
-
 
K
-
 
A
-
 
E
-
 
L
P
 
R
H
 
N
P
 
Q
E
 
K
I
 
L
A
 
G
V
 
F
V
 
I
L
 
Y
Q
|
Q
D
 
F
F
 
H
G
 
H
L
 
L
L
 
L
P
 
P
W
 
D
K
 
F
T
 
T
V
 
A
Q
 
L
D
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
M
G
 
P
L
 
L
K
 
L
I
 
I
R
 
G
G
 
K
V
 
K
P
 
K
R
 
P
R
 
A
E
 
E
R
 
I
R
 
N
Q
 
S
K
 
R
A
 
A
R
 
L
E
 
E
M
 
M
L
 
L
R
 
K
I
 
A
L
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
D
G
 
H
T
x
R
E
 
A
D
 
N
R
x
H
Y
 
R
P
 
P
S
 
S
Q
x
E
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
E
|
E
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
V
G
 
N
D
 
N
P
 
P
G
 
R
L
 
L
L
 
V
L
 
L
L
 
A
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
F
 
T
S
 
G
S
 
N
L
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
R
T
 
N
R
 
A
E
 
D
R
 
S
L
 
I
Q
 
F
H
 
Q
Y
 
L
L
 
L
L
 
G
E
 
E
I
 
L
W
 
-
N
 
N
R
 
R
F
 
L
R
 
Q
-
 
G
V
 
T
P
 
A
Y
 
F
V
 
L
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
|
H
S
 
D
V
 
L
E
 
Q
E
 
L
A
 
A
V
 
K
F
 
R
L
 
M
G
 
S
K
 
R
K
 
Q
V
 
L
L
 
E
V
 
M
L
 
R
A
 
D
G
 
G
R
 
R
P
 
L
A
 
T
A
 
A
I
 
E
V
 
L
E
 
S
V
 
L
M
 
M

7mdyC Lolcde nucleotide-bound
39% identity, 79% coverage: 18:227/266 of query aligns to 2:222/226 of 7mdyC

query
sites
7mdyC
V
 
L
L
 
L
R
 
Q
A
 
C
D
 
D
D
 
N
L
 
L
S
 
C
K
 
K
R
 
R
F
x
Y
A
 
Q
A
 
E
N
 
G
G
 
S
-
 
V
-
 
Q
P
 
T
G
 
D
V
 
V
L
 
L
K
 
H
S
 
N
V
 
V
S
 
S
I
 
F
T
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
E
G
 
G
D
 
E
T
 
M
Y
 
M
A
 
A
V
 
I
V
 
V
G
 
G
P
 
S
S
 
S
G
|
G
C
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
Y
 
H
L
 
L
L
 
L
C
 
G
G
 
G
L
 
L
L
 
D
H
 
T
P
 
P
D
 
T
A
 
S
G
 
G
T
 
D
V
 
V
R
 
I
Y
 
F
R
 
N
G
 
G
E
 
Q
P
 
P
I
 
M
V
 
S
R
 
K
-
 
L
-
 
S
-
 
S
-
 
A
-
 
A
-
 
K
-
 
A
-
 
E
-
 
L
P
 
R
H
 
N
P
 
Q
E
 
K
I
 
L
A
 
G
V
 
F
V
 
I
L
 
Y
Q
|
Q
D
 
F
F
 
H
G
 
H
L
 
L
L
 
L
P
 
P
W
 
D
K
 
F
T
 
T
V
 
A
Q
 
L
D
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
M
G
 
P
L
 
L
K
 
L
I
 
I
R
 
G
G
 
K
V
 
K
P
 
K
R
 
P
R
 
A
E
 
E
R
 
I
R
 
N
Q
 
S
K
 
R
A
 
A
R
 
L
E
 
E
M
 
M
L
 
L
R
 
K
I
 
A
L
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
D
G
 
H
T
 
R
E
 
A
D
 
N
R
x
H
Y
 
R
P
 
P
S
 
S
Q
x
E
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
V
G
 
N
D
 
N
P
 
P
G
 
R
L
 
L
L
 
V
L
 
L
L
 
A
D
 
D
E
|
E
P
 
P
F
 
T
S
 
G
S
x
N
L
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
R
T
 
N
R
 
A
E
 
D
R
 
S
L
 
I
Q
 
F
H
 
Q
Y
 
L
L
 
L
L
 
G
E
 
E
I
 
L
W
 
-
N
 
N
R
 
R
F
 
L
R
 
Q
-
 
G
V
 
T
P
 
A
Y
 
F
V
 
L
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
|
H
S
 
D
V
 
L
E
 
Q
E
 
L
A
 
A
V
 
K
F
 
R
L
 
M
G
 
S
K
 
R
K
 
Q
V
 
L
L
 
E
V
 
M
L
 
R
A
 
D
G
 
G
R
 
R
P
 
L
A
 
T
A
 
A

7arlD Lolcde in complex with lipoprotein and adp (see paper)
39% identity, 79% coverage: 18:227/266 of query aligns to 2:222/222 of 7arlD

query
sites
7arlD
V
 
L
L
 
L
R
 
Q
A
 
C
D
 
D
D
 
N
L
 
L
S
 
C
K
 
K
R
 
R
F
 
Y
A
 
Q
A
 
E
N
 
G
G
 
S
-
 
V
-
 
Q
P
 
T
G
 
D
V
 
V
L
 
L
K
 
H
S
 
N
V
 
V
S
 
S
I
 
F
T
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
E
G
 
G
D
 
E
T
 
M
Y
 
M
A
 
A
V
 
I
V
 
V
G
 
G
P
 
S
S
 
S
G
|
G
C
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
Y
 
H
L
 
L
L
 
L
C
 
G
G
 
G
L
 
L
L
 
D
H
 
T
P
 
P
D
 
T
A
 
S
G
 
G
T
 
D
V
 
V
R
 
I
Y
 
F
R
 
N
G
 
G
E
 
Q
P
 
P
I
 
M
V
 
S
R
 
K
-
 
L
-
 
S
-
 
S
-
 
A
-
 
A
-
 
K
-
 
A
-
 
E
-
 
L
P
 
R
H
 
N
P
 
Q
E
 
K
I
 
L
A
 
G
V
 
F
V
 
I
L
 
Y
Q
 
Q
D
 
F
F
 
H
G
 
H
L
 
L
L
 
L
P
 
P
W
 
D
K
 
F
T
 
T
V
 
A
Q
 
L
D
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
M
G
 
P
L
 
L
K
 
L
I
 
I
R
 
G
G
 
K
V
 
K
P
 
K
R
 
P
R
 
A
E
 
E
R
 
I
R
 
N
Q
 
S
K
 
R
A
 
A
R
 
L
E
 
E
M
 
M
L
 
L
R
 
K
I
 
A
L
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
D
G
 
H
T
 
R
E
 
A
D
 
N
R
 
H
Y
 
R
P
 
P
S
 
S
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
V
G
 
N
D
 
N
P
 
P
G
 
R
L
 
L
L
 
V
L
 
L
L
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
T
S
 
G
S
 
N
L
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
R
T
 
N
R
 
A
E
 
D
R
 
S
L
 
I
Q
 
F
H
 
Q
Y
 
L
L
 
L
L
 
G
E
 
E
I
 
L
W
 
-
N
 
N
R
 
R
F
 
L
R
 
Q
-
 
G
V
 
T
P
 
A
Y
 
F
V
 
L
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
S
 
D
V
 
L
E
 
Q
E
 
L
A
 
A
V
 
K
F
 
R
L
 
M
G
 
S
K
 
R
K
 
Q
V
 
L
L
 
E
V
 
M
L
 
R
A
 
D
G
 
G
R
 
R
P
 
L
A
 
T
A
 
A

1oxvD Crystal structure of glcv, the abc-atpase of the glucose abc transporter from sulfolobus solfataricus (see paper)
34% identity, 80% coverage: 23:235/266 of query aligns to 8:232/353 of 1oxvD

query
sites
1oxvD
D
 
N
L
 
V
S
 
S
K
 
K
R
 
V
F
|
F
A
 
K
A
 
K
N
 
G
G
 
K
P
 
V
G
 
V
V
 
A
L
 
L
K
 
D
S
 
N
V
 
V
S
 
N
I
 
I
T
 
N
V
 
I
G
 
E
G
 
N
G
 
G
D
 
E
T
 
R
Y
 
F
A
 
G
V
 
I
V
 
L
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
C
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
F
L
 
M
Y
 
R
L
 
I
L
 
I
C
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
D
H
 
V
P
 
P
D
 
S
A
 
T
G
 
G
T
 
E
V
 
L
R
 
Y
Y
 
F
-
 
D
-
 
D
-
 
R
-
 
L
-
 
V
-
 
A
-
 
S
R
 
N
G
 
G
E
 
K
P
 
L
I
 
I
V
 
V
R
 
P
P
 
P
H
 
E
P
 
D
-
 
R
E
 
K
I
 
I
A
 
G
V
 
M
V
 
V
L
 
F
Q
|
Q
D
 
T
F
 
W
G
 
A
L
 
L
L
 
Y
P
 
P
W
 
N
K
 
L
T
 
T
V
 
A
Q
 
F
D
 
E
N
 
N
V
 
I
A
 
A
L
 
F
G
 
P
L
 
L
K
 
T
I
 
N
R
 
M
G
 
K
V
 
M
P
 
S
R
 
K
R
 
E
E
 
E
R
 
I
R
 
R
Q
 
K
K
 
R
A
 
V
R
 
E
E
 
E
M
 
V
L
 
A
R
 
K
I
 
I
L
 
L
G
 
D
L
 
I
A
 
H
G
 
H
T
 
V
E
 
L
D
 
N
R
 
H
Y
 
F
P
 
P
S
 
R
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
V
G
 
K
D
 
D
P
 
P
G
 
S
L
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
F
 
F
S
 
S
S
 
N
L
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
R
T
 
M
R
 
R
E
 
D
R
 
S
L
 
A
Q
 
R
H
 
A
Y
 
L
L
 
V
L
 
K
E
 
E
I
 
V
W
 
Q
N
 
S
R
 
R
F
 
L
R
 
G
V
 
V
P
 
T
Y
 
L
V
 
L
L
 
V
V
 
V
T
 
S
H
 
H
S
 
D
V
 
P
E
 
A
E
 
D
A
 
I
V
 
F
F
 
A
L
 
I
G
 
A
K
 
D
K
 
R
V
 
V
-
 
G
-
 
V
-
 
L
-
 
V
-
 
K
-
 
G
-
 
K
L
 
L
V
 
V
L
 
Q
A
 
V
G
 
G
R
 
K
P
 
P
A
 
E
A
 
-
I
 
-
V
 
-
E
 
D
V
 
L
M
 
Y
E
 
D
N
 
N
P
 
P

Query Sequence

>WP_073041809.1 NCBI__GCF_900129305.1:WP_073041809.1
MIQPAATGYRKDSESETVLRADDLSKRFAANGPGVLKSVSITVGGGDTYAVVGPSGCGKS
TLLYLLCGLLHPDAGTVRYRGEPIVRPHPEIAVVLQDFGLLPWKTVQDNVALGLKIRGVP
RRERRQKAREMLRILGLAGTEDRYPSQLSGGEQQRVAIARALVGDPGLLLLDEPFSSLDA
ITRERLQHYLLEIWNRFRVPYVLVTHSVEEAVFLGKKVLVLAGRPAAIVEVMENPGFGDP
SYRDKKTFHAMARALRRALDRAARGE

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory