SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_078717206.1 NCBI__GCF_900167125.1:WP_078717206.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 18 hits to proteins with known functional sites (download)

3bafA Crystal structure of shikimate kinase from mycobacterium tuberculosis in complex with amp-pnp
33% identity, 88% coverage: 13:169/179 of query aligns to 6:165/165 of 3bafA

query
sites
3bafA
L
 
L
V
 
V
G
 
G
I
 
L
A
x
P
G
 
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
V
 
I
G
 
G
R
 
R
L
 
R
L
 
L
A
 
A
N
 
K
E
 
A
L
 
L
N
 
G
W
 
V
A
 
G
H
 
L
V
 
L
D
 
D
T
 
T
D
|
D
Q
 
V
L
 
A
L
 
I
E
 
E
A
 
Q
Y
 
R
Y
 
T
A
 
G
M
 
R
P
 
S
L
 
I
Q
 
A
D
 
D
L
 
I
L
 
F
D
 
A
S
 
T
V
 
D
G
 
G
L
 
E
E
 
Q
K
 
E
F
 
F
L
 
R
E
 
R
L
 
I
E
 
E
E
 
E
H
 
D
Q
 
V
V
 
V
-
 
R
A
 
A
N
 
A
L
 
L
G
 
A
I
 
D
Q
 
H
R
 
D
C
 
G
I
 
V
V
 
L
S
 
S
T
 
L
G
 
G
G
 
G
S
 
G
V
 
A
V
 
V
Y
 
T
G
 
-
S
 
S
R
 
P
A
 
G
V
 
V
E
 
R
R
 
A
I
 
A
R
 
L
S
 
A
L
 
G
G
 
H
P
 
T
V
 
V
V
 
V
H
 
Y
L
 
L
H
 
E
V
 
I
E
 
S
P
 
A
E
 
A
T
 
E
F
 
G
A
 
V
A
 
R
R
|
R
V
 
T
D
 
G
A
 
G
A
 
N
P
 
T
N
 
V
R
|
R
G
 
P
L
 
L
A
 
-
I
 
L
G
 
A
G
 
G
K
 
P
T
 
D
K
 
R
A
 
A
E
 
E
-
 
K
-
 
Y
-
 
R
-
 
A
L
 
L
H
 
M
A
 
A
E
 
K
R
|
R
L
 
A
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
R
 
R
H
 
R
A
 
V
S
 
A
D
 
T
V
 
M
E
 
R
F
 
V
A
 
D
T
 
T
D
 
N
T
 
R
P
 
R
A
 
N
P
 
P
E
 
G
E
 
A
T
 
V
V
 
V
R
 
R
Q
 
H
I
 
I
L
 
L
H
 
S
W
 
R
L
 
L

2dfnA Structure of shikimate kinase from mycobacterium tuberculosis complexed with adp and shikimate at 1.9 angstrons of resolution (see paper)
33% identity, 88% coverage: 13:169/179 of query aligns to 6:165/165 of 2dfnA

query
sites
2dfnA
L
 
L
V
 
V
G
 
G
I
 
L
A
x
P
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
V
 
I
G
 
G
R
 
R
L
 
R
L
 
L
A
 
A
N
 
K
E
 
A
L
 
L
N
 
G
W
 
V
A
 
G
H
 
L
V
 
L
D
 
D
T
 
T
D
|
D
Q
 
V
L
 
A
L
 
I
E
 
E
A
 
Q
Y
 
R
Y
 
T
A
 
G
M
 
R
P
 
S
L
x
I
Q
 
A
D
 
D
L
 
I
L
 
F
D
 
A
S
 
T
V
 
D
G
 
G
L
 
E
E
 
Q
K
 
E
F
|
F
L
x
R
E
 
R
L
 
I
E
 
E
E
 
E
H
 
D
Q
 
V
V
 
V
-
 
R
A
 
A
N
 
A
L
 
L
G
 
A
I
 
D
Q
 
H
R
 
D
C
 
G
I
 
V
V
 
L
S
 
S
T
 
L
G
|
G
G
|
G
S
x
G
V
 
A
V
 
V
Y
 
T
G
 
-
S
 
S
R
 
P
A
 
G
V
 
V
E
 
R
R
 
A
I
 
A
R
 
L
S
 
A
L
 
G
G
 
H
P
 
T
V
 
V
V
 
V
H
 
Y
L
 
L
H
 
E
V
 
I
E
 
S
P
 
A
E
 
A
T
 
E
F
 
G
A
 
V
A
 
R
R
|
R
V
 
T
D
 
G
A
 
G
A
 
N
P
 
T
N
 
V
R
|
R
G
 
P
L
 
L
A
 
-
I
 
L
G
 
A
G
 
G
K
 
P
T
 
D
K
 
R
A
 
A
E
 
E
-
 
K
-
 
Y
-
 
R
-
 
A
L
 
L
H
 
M
A
 
A
E
 
K
R
|
R
L
 
A
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
R
 
R
H
 
R
A
 
V
S
 
A
D
 
T
V
 
M
E
 
R
F
 
V
A
 
D
T
 
T
D
 
N
T
 
R
P
x
R
A
 
N
P
|
P
E
 
G
E
 
A
T
 
V
V
 
V
R
 
R
Q
 
H
I
 
I
L
 
L
H
 
S
W
 
R
L
 
L

1we2A Crystal structure of shikimate kinase from mycobacterium tuberculosis in complex with mgadp and shikimic acid (see paper)
33% identity, 88% coverage: 13:169/179 of query aligns to 6:165/165 of 1we2A

query
sites
1we2A
L
 
L
V
 
V
G
 
G
I
 
L
A
x
P
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
V
 
I
G
 
G
R
 
R
L
 
R
L
 
L
A
 
A
N
 
K
E
 
A
L
 
L
N
 
G
W
 
V
A
 
G
H
 
L
V
 
L
D
 
D
T
 
T
D
|
D
Q
 
V
L
 
A
L
 
I
E
 
E
A
 
Q
Y
 
R
Y
 
T
A
 
G
M
 
R
P
 
S
L
x
I
Q
 
A
D
 
D
L
 
I
L
x
F
D
 
A
S
 
T
V
 
D
G
 
G
L
 
E
E
 
Q
K
 
E
F
 
F
L
 
R
E
 
R
L
 
I
E
 
E
E
 
E
H
 
D
Q
 
V
V
 
V
-
 
R
A
 
A
N
 
A
L
 
L
G
 
A
I
 
D
Q
 
H
R
 
D
C
 
G
I
 
V
V
 
L
S
 
S
T
 
L
G
|
G
G
|
G
S
x
G
V
 
A
V
 
V
Y
 
T
G
 
-
S
 
S
R
 
P
A
 
G
V
 
V
E
 
R
R
 
A
I
 
A
R
 
L
S
 
A
L
 
G
G
 
H
P
 
T
V
 
V
V
 
V
H
 
Y
L
 
L
H
 
E
V
 
I
E
 
S
P
 
A
E
 
A
T
 
E
F
 
G
A
 
V
A
 
R
R
|
R
V
 
T
D
 
G
A
 
G
A
 
N
P
 
T
N
 
V
R
|
R
G
 
P
L
|
L
A
 
-
I
 
L
G
 
A
G
 
G
K
 
P
T
 
D
K
 
R
A
 
A
E
 
E
-
 
K
-
 
Y
-
 
R
-
 
A
L
 
L
H
 
M
A
 
A
E
 
K
R
|
R
L
 
A
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
R
 
R
H
 
R
A
 
V
S
 
A
D
 
T
V
 
M
E
 
R
F
 
V
A
 
D
T
 
T
D
 
N
T
 
R
P
 
R
A
 
N
P
 
P
E
 
G
E
 
A
T
 
V
V
 
V
R
 
R
Q
 
H
I
 
I
L
 
L
H
 
S
W
 
R
L
 
L

1zyuA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis shikimate kinase in complex with shikimate and amppcp at 2.85 angstrom resolution (see paper)
33% identity, 88% coverage: 13:169/179 of query aligns to 6:165/168 of 1zyuA

query
sites
1zyuA
L
 
L
V
 
V
G
 
G
I
 
L
A
x
P
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
V
 
I
G
 
G
R
 
R
L
 
R
L
 
L
A
 
A
N
 
K
E
 
A
L
 
L
N
 
G
W
 
V
A
 
G
H
 
L
V
 
L
D
 
D
T
 
T
D
|
D
Q
 
V
L
 
A
L
 
I
E
 
E
A
 
Q
Y
 
R
Y
 
T
A
 
G
M
 
R
P
 
S
L
 
I
Q
 
A
D
 
D
L
 
I
L
 
F
D
 
A
S
 
T
V
 
D
G
 
G
L
 
E
E
 
Q
K
 
E
F
 
F
L
x
R
E
 
R
L
 
I
E
 
E
E
 
E
H
 
D
Q
 
V
V
 
V
-
 
R
A
 
A
N
 
A
L
 
L
G
 
A
I
 
D
Q
 
H
R
 
D
C
 
G
I
 
V
V
 
L
S
 
S
T
 
L
G
 
G
G
 
G
S
x
G
V
 
A
V
 
V
Y
 
T
G
 
-
S
 
S
R
 
P
A
 
G
V
 
V
E
 
R
R
 
A
I
 
A
R
 
L
S
 
A
L
 
G
G
 
H
P
 
T
V
 
V
V
 
V
H
 
Y
L
 
L
H
 
E
V
 
I
E
 
S
P
 
A
E
 
A
T
 
E
F
 
G
A
 
V
A
 
R
R
|
R
V
 
T
D
 
G
A
 
G
A
 
N
P
 
T
N
 
V
R
 
R
G
x
P
L
|
L
A
 
-
I
 
L
G
 
A
G
 
G
K
 
P
T
 
D
K
 
R
A
 
A
E
 
E
-
 
K
-
 
Y
-
 
R
-
 
A
L
 
L
H
 
M
A
 
A
E
 
K
R
|
R
L
 
A
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
R
 
R
H
 
R
A
 
V
S
 
A
D
 
T
V
 
M
E
 
R
F
 
V
A
 
D
T
|
T
D
 
N
T
 
R
P
x
R
A
 
N
P
|
P
E
 
G
E
 
A
T
 
V
V
 
V
R
 
R
Q
 
H
I
 
I
L
 
L
H
 
S
W
 
R
L
 
L

4bqsA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis shikimate kinase in complex with adp and a shikimic acid derivative. (see paper)
33% identity, 88% coverage: 13:169/179 of query aligns to 6:165/169 of 4bqsA

query
sites
4bqsA
L
 
L
V
 
V
G
 
G
I
 
L
A
x
P
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
V
 
I
G
 
G
R
 
R
L
 
R
L
 
L
A
 
A
N
 
K
E
 
A
L
 
L
N
 
G
W
 
V
A
 
G
H
 
L
V
 
L
D
 
D
T
 
T
D
|
D
Q
 
V
L
 
A
L
 
I
E
 
E
A
 
Q
Y
 
R
Y
 
T
A
 
G
M
 
R
P
 
S
L
 
I
Q
 
A
D
 
D
L
 
I
L
 
F
D
 
A
S
 
T
V
 
D
G
 
G
L
 
E
E
 
Q
K
 
E
F
 
F
L
 
R
E
 
R
L
 
I
E
 
E
E
 
E
H
 
D
Q
 
V
V
 
V
-
 
R
A
 
A
N
 
A
L
 
L
G
 
A
I
 
D
Q
 
H
R
 
D
C
 
G
I
 
V
V
 
L
S
 
S
T
 
L
G
 
G
G
 
G
S
 
G
V
 
A
V
 
V
Y
 
T
G
 
-
S
 
S
R
 
P
A
 
G
V
 
V
E
 
R
R
 
A
I
 
A
R
 
L
S
 
A
L
 
G
G
 
H
P
 
T
V
 
V
V
 
V
H
 
Y
L
 
L
H
 
E
V
 
I
E
 
S
P
 
A
E
 
A
T
 
E
F
 
G
A
 
V
A
 
R
R
|
R
V
 
T
D
 
G
A
 
G
A
 
N
P
 
T
N
 
V
R
 
R
G
 
P
L
 
L
A
 
-
I
 
L
G
 
A
G
 
G
K
 
P
T
 
D
K
 
R
A
 
A
E
 
E
-
 
K
-
 
Y
-
 
R
-
 
A
L
 
L
H
 
M
A
 
A
E
 
K
R
|
R
L
 
A
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
R
 
R
H
 
R
A
 
V
S
 
A
D
 
T
V
 
M
E
 
R
F
 
V
A
 
D
T
 
T
D
 
N
T
 
R
P
x
R
A
 
N
P
|
P
E
 
G
E
 
A
T
 
V
V
 
V
R
 
R
Q
 
H
I
 
I
L
 
L
H
 
S
W
 
R
L
 
L

2iyyA Shikimate kinase from mycobacterium tuberculosis in complex with shikimate-3-phosphate and so4 (see paper)
33% identity, 88% coverage: 13:169/179 of query aligns to 6:165/169 of 2iyyA

query
sites
2iyyA
L
 
L
V
 
V
G
 
G
I
 
L
A
 
P
G
 
G
A
 
S
G
 
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
V
 
I
G
 
G
R
 
R
L
 
R
L
 
L
A
 
A
N
 
K
E
 
A
L
 
L
N
 
G
W
 
V
A
 
G
H
 
L
V
 
L
D
 
D
T
 
T
D
|
D
Q
 
V
L
 
A
L
 
I
E
|
E
A
 
Q
Y
 
R
Y
 
T
A
 
G
M
 
R
P
x
S
L
x
I
Q
 
A
D
 
D
L
 
I
L
 
F
D
 
A
S
 
T
V
 
D
G
 
G
L
 
E
E
 
Q
K
 
E
F
 
F
L
x
R
E
 
R
L
 
I
E
 
E
E
 
E
H
 
D
Q
 
V
V
 
V
-
 
R
A
 
A
N
 
A
L
 
L
G
 
A
I
 
D
Q
 
H
R
 
D
C
 
G
I
 
V
V
 
L
S
 
S
T
 
L
G
 
G
G
|
G
S
x
G
V
 
A
V
 
V
Y
 
T
G
 
-
S
 
S
R
 
P
A
 
G
V
 
V
E
 
R
R
 
A
I
 
A
R
 
L
S
 
A
L
 
G
G
 
H
P
 
T
V
 
V
V
 
V
H
 
Y
L
 
L
H
 
E
V
 
I
E
 
S
P
 
A
E
 
A
T
 
E
F
 
G
A
 
V
A
 
R
R
 
R
V
 
T
D
 
G
A
 
G
A
 
N
P
 
T
N
 
V
R
 
R
G
 
P
L
|
L
A
 
-
I
 
L
G
 
A
G
 
G
K
 
P
T
 
D
K
 
R
A
 
A
E
 
E
-
 
K
-
 
Y
-
 
R
-
 
A
L
 
L
H
 
M
A
 
A
E
 
K
R
|
R
L
 
A
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
R
 
R
H
 
R
A
 
V
S
 
A
D
 
T
V
 
M
E
 
R
F
 
V
A
 
D
T
 
T
D
 
N
T
 
R
P
 
R
A
 
N
P
 
P
E
 
G
E
 
A
T
 
V
V
 
V
R
 
R
Q
 
H
I
 
I
L
 
L
H
 
S
W
 
R
L
 
L

2iywA Shikimate kinase from mycobacterium tuberculosis in complex with mgatp, open lid (conf. B) (see paper)
33% identity, 88% coverage: 13:169/179 of query aligns to 6:165/178 of 2iywA

query
sites
2iywA
L
 
L
V
 
V
G
 
G
I
 
L
A
 
P
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
V
 
I
G
 
G
R
 
R
L
 
R
L
 
L
A
 
A
N
 
K
E
 
A
L
 
L
N
 
G
W
 
V
A
 
G
H
 
L
V
 
L
D
 
D
T
 
T
D
 
D
Q
 
V
L
 
A
L
 
I
E
 
E
A
 
Q
Y
 
R
Y
 
T
A
 
G
M
 
R
P
 
S
L
 
I
Q
 
A
D
 
D
L
 
I
L
 
F
D
 
A
S
 
T
V
 
D
G
 
G
L
 
E
E
 
Q
K
 
E
F
 
F
L
 
R
E
 
R
L
 
I
E
 
E
E
 
E
H
 
D
Q
 
V
V
 
V
-
 
R
A
 
A
N
 
A
L
 
L
G
 
A
I
 
D
Q
 
H
R
 
D
C
 
G
I
 
V
V
 
L
S
 
S
T
 
L
G
 
G
G
 
G
S
 
G
V
 
A
V
 
V
Y
 
T
G
 
-
S
 
S
R
 
P
A
 
G
V
 
V
E
 
R
R
 
A
I
 
A
R
 
L
S
 
A
L
 
G
G
 
H
P
 
T
V
 
V
V
 
V
H
 
Y
L
 
L
H
 
E
V
 
I
E
 
S
P
 
A
E
 
A
T
 
E
F
 
G
A
 
V
A
 
R
R
|
R
V
 
T
D
 
G
A
 
G
A
 
N
P
 
T
N
 
V
R
 
R
G
 
P
L
 
L
A
 
-
I
 
L
G
 
A
G
 
G
K
 
P
T
 
D
K
 
R
A
 
A
E
 
E
-
 
K
-
 
Y
-
 
R
-
 
A
L
 
L
H
 
M
A
 
A
E
 
K
R
 
R
L
 
A
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
R
 
R
H
 
R
A
 
V
S
 
A
D
 
T
V
 
M
E
 
R
F
 
V
A
 
D
T
 
T
D
 
N
T
 
R
P
x
R
A
 
N
P
|
P
E
 
G
E
 
A
T
 
V
V
 
V
R
 
R
Q
 
H
I
 
I
L
 
L
H
 
S
W
 
R
L
 
L

2iyvA Shikimate kinase from mycobacterium tuberculosis in complex with adp, open lid (conf. B) (see paper)
33% identity, 88% coverage: 13:169/179 of query aligns to 6:165/179 of 2iyvA

query
sites
2iyvA
L
 
L
V
 
V
G
 
G
I
 
L
A
 
P
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
V
 
I
G
 
G
R
 
R
L
 
R
L
 
L
A
 
A
N
 
K
E
 
A
L
 
L
N
 
G
W
 
V
A
 
G
H
 
L
V
 
L
D
 
D
T
 
T
D
 
D
Q
 
V
L
 
A
L
 
I
E
 
E
A
 
Q
Y
 
R
Y
 
T
A
 
G
M
 
R
P
 
S
L
 
I
Q
 
A
D
 
D
L
 
I
L
 
F
D
 
A
S
 
T
V
 
D
G
 
G
L
 
E
E
 
Q
K
 
E
F
 
F
L
 
R
E
 
R
L
 
I
E
 
E
E
 
E
H
 
D
Q
 
V
V
 
V
-
 
R
A
 
A
N
 
A
L
 
L
G
 
A
I
 
D
Q
 
H
R
 
D
C
 
G
I
 
V
V
 
L
S
 
S
T
 
L
G
 
G
G
 
G
S
 
G
V
 
A
V
 
V
Y
 
T
G
 
-
S
 
S
R
 
P
A
 
G
V
 
V
E
 
R
R
 
A
I
 
A
R
 
L
S
 
A
L
 
G
G
 
H
P
 
T
V
 
V
V
 
V
H
 
Y
L
 
L
H
 
E
V
 
I
E
 
S
P
 
A
E
 
A
T
 
E
F
 
G
A
 
V
A
 
R
R
|
R
V
 
T
D
 
G
A
 
G
A
 
N
P
 
T
N
 
V
R
 
R
G
 
P
L
 
L
A
 
-
I
 
L
G
 
A
G
 
G
K
 
P
T
 
D
K
 
R
A
 
A
E
 
E
-
 
K
-
 
Y
-
 
R
-
 
A
L
 
L
H
 
M
A
 
A
E
 
K
R
 
R
L
 
A
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
R
 
R
H
 
R
A
 
V
S
 
A
D
 
T
V
 
M
E
 
R
F
 
V
A
 
D
T
 
T
D
 
N
T
 
R
P
x
R
A
 
N
P
|
P
E
 
G
E
 
A
T
 
V
V
 
V
R
 
R
Q
 
H
I
 
I
L
 
L
H
 
S
W
 
R
L
 
L

P10880 Shikimate kinase 2; SK 2; Shikimate kinase II; SKII; EC 2.7.1.71 from Dickeya chrysanthemi (Pectobacterium chrysanthemi) (Erwinia chrysanthemi) (see paper)
32% identity, 84% coverage: 8:157/179 of query aligns to 2:158/173 of P10880

query
sites
P10880
T
 
T
R
 
E
C
 
P
V
 
I
T
 
F
L
 
M
V
 
V
G
 
G
I
 
A
A
 
R
G
 
G
A
x
C
G
 
G
K
|
K
S
 
T
T
 
T
V
 
V
G
 
G
R
 
R
L
 
E
L
 
L
A
 
A
N
 
R
E
 
A
L
 
L
N
 
G
W
 
Y
A
 
E
H
 
F
V
 
V
D
 
D
T
 
T
D
|
D
Q
 
I
L
 
F
L
 
M
E
 
Q
A
 
H
Y
 
T
Y
 
S
A
 
G
M
 
M
P
 
T
L
 
V
Q
 
A
D
 
D
L
 
V
L
 
V
D
 
A
S
 
A
V
 
E
G
 
G
L
 
W
E
 
P
K
 
G
F
 
F
L
 
R
E
 
R
L
 
R
E
 
E
E
 
S
H
 
E
Q
 
A
V
 
L
A
 
Q
N
 
A
L
 
V
G
 
A
I
 
T
Q
 
P
R
 
N
C
 
R
I
 
V
V
 
V
S
 
A
T
 
T
G
 
G
G
 
G
S
 
G
V
 
M
V
 
V
Y
 
L
G
 
L
S
 
E
R
 
Q
A
 
N
V
 
R
E
 
Q
R
 
F
I
 
M
R
 
R
S
 
A
L
 
H
G
 
G
P
 
T
V
 
V
V
 
V
H
 
Y
L
 
L
H
 
F
V
 
A
E
 
P
P
 
A
E
 
E
T
 
E
F
 
L
A
 
A
A
 
L
R
 
R
V
 
L
D
 
Q
A
 
A
A
 
S
P
 
P
-
 
Q
-
 
A
-
 
H
N
 
Q
R
 
R
G
 
P
L
 
T
A
 
L
I
 
T
G
 
G
G
 
R
K
 
P
T
 
I
K
 
A
A
 
E
E
 
E
L
 
M
H
 
E
A
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
R
E
 
E
R
 
R
L
 
E
P
 
A
L
 
L
Y
 
Y
R
 
Q
H
 
D
-
 
V
A
 
A
S
 
H
D
 
Y
V
 
V
E
 
V
F
 
D
A
 
A
T
 
T
D
 
Q
T
 
P
P
 
P
A
 
A

Sites not aligning to the query:

1u8aA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis shikimate kinase in complex with shikimate and adp at 2.15 angstrom resolution (see paper)
32% identity, 88% coverage: 13:169/179 of query aligns to 6:163/163 of 1u8aA

query
sites
1u8aA
L
 
L
V
 
V
G
 
G
I
 
L
A
 
P
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
V
 
I
G
 
G
R
 
R
L
 
R
L
 
L
A
 
A
N
 
K
E
 
A
L
 
L
N
 
G
W
 
V
A
 
G
H
 
L
V
 
L
D
 
D
T
 
T
D
|
D
Q
 
V
L
 
A
L
 
I
E
 
E
A
 
Q
Y
 
R
Y
 
T
A
 
G
M
 
R
P
 
S
L
 
I
Q
 
A
D
 
D
L
 
I
L
x
F
D
 
A
S
 
T
V
 
D
G
 
G
L
 
E
E
 
Q
K
 
E
F
 
F
L
x
R
E
 
R
L
 
I
E
 
E
E
 
E
H
 
D
Q
 
V
V
 
V
-
 
R
A
 
A
N
 
A
L
 
L
G
 
A
I
 
D
Q
 
H
R
 
D
C
 
G
I
 
V
V
 
L
S
 
S
T
 
L
G
 
G
G
|
G
S
x
G
V
 
A
V
 
V
Y
 
T
G
 
-
S
 
S
R
 
P
A
 
G
V
 
V
E
 
R
R
 
A
I
 
A
R
 
L
S
 
A
L
 
G
G
 
H
P
 
T
V
 
V
V
 
V
H
 
Y
L
 
L
H
 
E
V
 
I
E
 
S
P
 
A
E
 
A
T
 
E
F
 
G
A
 
V
A
 
R
R
|
R
V
 
T
D
 
G
-
 
G
-
 
V
-
 
R
-
 
P
-
x
L
-
 
L
A
 
A
A
 
G
P
 
P
N
 
D
R
 
R
G
 
-
L
 
-
A
 
-
I
 
-
G
 
-
G
 
A
K
 
E
T
 
K
K
 
Y
A
 
R
E
 
A
L
 
L
H
 
M
A
 
A
E
 
K
R
|
R
L
 
A
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
R
 
R
H
 
R
A
 
V
S
 
A
D
 
T
V
 
M
E
 
R
F
 
V
A
 
D
T
 
T
D
 
N
T
 
R
P
x
R
A
 
N
P
|
P
E
 
G
E
 
A
T
 
V
V
 
V
R
 
R
Q
 
H
I
 
I
L
 
L
H
 
S
W
 
R
L
 
L

2shkB The three-dimensional structure of shikimate kinase from erwinia chrysanthemi complexed with adp (see paper)
32% identity, 84% coverage: 8:157/179 of query aligns to 2:148/162 of 2shkB

query
sites
2shkB
T
 
T
R
 
E
C
 
P
V
 
I
T
 
F
L
 
M
V
 
V
G
 
G
I
 
A
A
 
R
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
V
 
V
G
 
G
R
 
R
L
 
E
L
 
L
A
 
A
N
 
R
E
 
A
L
 
L
N
 
G
W
 
Y
A
 
E
H
 
F
V
 
V
D
 
D
T
 
T
D
 
D
Q
 
I
L
 
F
L
 
M
E
 
Q
A
 
H
Y
 
T
Y
 
S
A
 
G
M
 
M
P
 
T
L
 
V
Q
 
A
D
 
D
L
 
V
L
 
V
D
 
A
S
 
A
V
 
E
G
 
G
L
 
W
E
 
P
K
 
G
F
 
F
L
 
R
E
 
R
L
 
R
E
 
E
E
 
S
H
 
E
Q
 
A
V
 
L
A
 
Q
N
 
A
L
 
V
G
 
A
I
 
T
Q
 
P
R
 
N
C
 
R
I
 
V
V
 
V
S
 
A
T
 
T
G
 
G
G
 
G
S
 
G
V
 
M
V
 
V
Y
 
L
G
 
L
S
 
E
R
 
Q
A
 
N
V
 
R
E
 
Q
R
 
F
I
 
M
R
 
R
S
 
A
L
 
H
G
 
G
P
 
T
V
 
V
V
 
V
H
 
Y
L
 
L
H
 
F
V
 
A
E
 
P
P
 
A
E
 
E
T
 
E
F
 
L
A
 
A
A
 
L
R
|
R
V
 
L
D
 
Q
A
 
L
A
 
T
P
 
-
N
 
-
R
 
-
G
 
G
L
 
R
A
 
P
I
 
I
G
 
A
G
 
E
K
 
E
T
 
M
K
 
E
A
 
A
E
 
V
L
 
L
H
 
R
A
 
-
E
 
E
R
 
R
L
 
E
P
 
A
L
 
L
Y
 
Y
R
x
Q
H
 
D
-
 
V
A
|
A
S
 
H
D
 
Y
V
 
V
E
 
V
F
 
D
A
 
A
T
 
T
D
x
Q
T
 
P
P
|
P
A
 
A

1shkA The three-dimensional structure of shikimate kinase from erwinia chrysanthemi (see paper)
32% identity, 63% coverage: 8:120/179 of query aligns to 2:114/158 of 1shkA

query
sites
1shkA
T
 
T
R
 
E
C
 
P
V
 
I
T
 
F
L
 
M
V
 
V
G
 
G
I
 
A
A
 
R
G
 
G
A
 
C
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
V
 
V
G
 
G
R
 
R
L
 
E
L
 
L
A
 
A
N
 
R
E
 
A
L
 
L
N
 
G
W
 
Y
A
 
E
H
 
F
V
 
V
D
 
D
T
 
T
D
 
D
Q
 
I
L
 
F
L
 
M
E
 
Q
A
 
H
Y
 
T
Y
 
S
A
 
G
M
 
M
P
 
T
L
 
V
Q
 
A
D
 
D
L
 
V
L
 
V
D
 
A
S
 
A
V
 
E
G
 
G
L
 
W
E
 
P
K
 
G
F
 
F
L
 
R
E
 
R
L
 
R
E
 
E
E
 
S
H
 
E
Q
 
A
V
 
L
A
 
Q
N
 
A
L
 
V
G
 
A
I
 
T
Q
 
P
R
 
N
C
 
R
I
 
V
V
 
V
S
 
A
T
 
T
G
 
G
G
 
G
S
 
G
V
 
M
V
 
V
Y
 
L
G
 
L
S
 
E
R
 
Q
A
 
N
V
 
R
E
 
Q
R
 
F
I
 
M
R
|
R
S
x
A
L
 
H
G
|
G
P
 
T
V
 
V
V
 
V
H
 
Y
L
 
L
H
 
F
V
 
A
E
 
P
P
 
A
E
 
E
T
 
E
F
 
L
A
 
A
A
 
L
R
 
R
V
 
L
D
 
Q
A
 
I
A
 
A

Sites not aligning to the query:

1e6cA K15m mutant of shikimate kinase from erwinia chrysanthemi (see paper)
32% identity, 84% coverage: 8:157/179 of query aligns to 2:158/170 of 1e6cA

query
sites
1e6cA
T
 
T
R
 
E
C
 
P
V
 
I
T
 
F
L
 
M
V
 
V
G
 
G
I
 
A
A
x
R
G
|
G
A
 
C
G
 
G
K
x
M
S
x
T
T
 
T
V
 
V
G
 
G
R
 
R
L
 
E
L
 
L
A
 
A
N
 
R
E
 
A
L
 
L
N
 
G
W
 
Y
A
 
E
H
 
F
V
 
V
D
 
D
T
 
T
D
 
D
Q
 
I
L
 
F
L
 
M
E
 
Q
A
 
H
Y
 
T
Y
 
S
A
 
G
M
 
M
P
 
T
L
 
V
Q
 
A
D
 
D
L
 
V
L
 
V
D
 
A
S
 
A
V
 
E
G
 
G
L
 
W
E
 
P
K
 
G
F
 
F
L
 
R
E
 
R
L
 
R
E
 
E
E
 
S
H
 
E
Q
 
A
V
 
L
A
 
Q
N
 
A
L
 
V
G
 
A
I
 
T
Q
 
P
R
 
N
C
 
R
I
 
V
V
 
V
S
 
A
T
 
T
G
 
G
G
 
G
S
 
G
V
 
M
V
 
V
Y
 
L
G
 
L
S
 
E
R
 
Q
A
 
N
V
 
R
E
 
Q
R
 
F
I
 
M
R
 
R
S
 
A
L
 
H
G
 
G
P
 
T
V
 
V
V
 
V
H
 
Y
L
 
L
H
 
F
V
 
A
E
 
P
P
 
A
E
 
E
T
 
E
F
 
L
A
 
A
A
 
L
R
 
R
V
 
L
D
 
Q
A
 
A
-
 
S
-
 
L
-
 
Q
A
 
A
P
 
H
N
 
Q
R
 
R
G
 
P
L
 
T
A
 
L
I
 
T
G
 
G
G
 
R
K
 
P
T
 
I
K
 
A
A
 
E
E
 
E
L
 
M
H
 
E
A
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
R
E
 
E
R
 
R
L
 
E
P
 
A
L
 
L
Y
 
Y
R
 
Q
H
 
D
-
 
V
A
 
A
S
 
H
D
 
Y
V
 
V
E
 
V
F
 
D
A
 
A
T
 
T
D
 
Q
T
 
P
P
 
P
A
 
A

1zuiA Structural basis for shikimate-binding specificity of helicobacter pylori shikimate kinase (see paper)
23% identity, 89% coverage: 11:169/179 of query aligns to 3:158/158 of 1zuiA

query
sites
1zuiA
V
 
L
T
 
V
L
 
L
V
 
I
G
 
G
I
 
F
A
x
M
G
 
G
A
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
S
V
 
L
G
 
A
R
 
Q
L
 
E
L
 
L
A
 
G
N
 
L
E
 
A
L
 
L
N
 
K
W
 
L
A
 
E
H
 
V
V
 
L
D
 
D
T
 
T
D
|
D
Q
 
M
L
 
I
L
 
I
E
 
S
A
 
E
Y
 
R
Y
 
V
A
 
G
M
 
L
P
 
S
L
 
V
Q
 
R
D
 
E
L
 
I
L
x
F
D
 
E
S
 
E
V
 
L
G
 
G
L
 
E
E
 
D
K
 
N
F
 
F
L
x
R
E
 
M
L
 
F
E
 
E
E
 
K
H
 
N
Q
 
L
V
 
I
A
 
D
N
 
E
L
 
L
G
 
K
I
 
T
Q
 
L
R
 
K
C
 
T
-
 
P
-
 
H
I
 
V
V
 
I
S
 
S
T
 
T
G
|
G
G
|
G
S
 
G
V
 
I
V
 
V
Y
 
M
G
 
H
S
 
-
R
 
-
A
 
-
V
 
-
E
 
E
R
 
N
I
 
L
R
 
K
S
 
G
L
 
L
G
 
G
P
 
T
V
 
T
V
 
F
H
 
Y
L
 
L
H
 
K
V
 
M
E
 
D
P
 
F
E
 
E
T
 
T
F
 
L
A
 
I
A
 
K
R
 
R
V
 
L
D
 
N
A
 
Q
A
 
R
P
x
E
N
 
K
R
|
R
G
 
P
L
 
L
A
 
L
I
 
N
G
 
N
G
 
L
K
 
T
T
 
Q
K
 
A
A
 
K
E
 
E
L
 
L
H
 
F
A
 
E
E
 
K
R
|
R
L
 
Q
P
 
A
L
 
L
Y
 
Y
R
 
E
H
 
-
A
 
-
S
 
K
D
 
N
V
 
A
E
 
S
F
 
F
A
 
I
T
 
I
D
 
D
T
 
A
P
 
R
A
 
G
P
 
G
-
 
L
E
 
N
E
 
N
T
 
S
V
 
L
R
 
K
Q
 
Q
I
 
V
L
 
L
H
 
Q
W
 
F
L
 
I

3n2eA Crystal structure of helicobactor pylori shikimate kinase in complex with nsc162535 (see paper)
23% identity, 89% coverage: 11:169/179 of query aligns to 4:161/168 of 3n2eA

query
sites
3n2eA
V
 
L
T
 
V
L
 
L
V
 
I
G
 
G
I
x
F
A
 
M
G
 
G
A
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
S
V
 
L
G
 
A
R
 
Q
L
 
E
L
 
L
A
 
G
N
 
L
E
 
A
L
 
L
N
 
K
W
 
L
A
 
E
H
 
V
V
 
L
D
 
D
T
 
T
D
 
D
Q
 
M
L
 
I
L
 
I
E
 
S
A
 
E
Y
 
R
Y
 
V
A
 
G
M
 
L
P
 
S
L
 
V
Q
x
R
D
 
E
L
 
I
L
x
F
D
 
E
S
 
E
V
 
L
G
 
G
L
 
E
E
 
D
K
 
N
F
 
F
L
x
R
E
 
M
L
 
F
E
 
E
E
 
K
H
 
N
Q
 
L
V
 
I
A
 
D
N
 
E
L
 
L
G
 
K
I
 
T
Q
 
L
R
 
K
C
 
T
-
 
P
-
 
H
I
 
V
V
 
I
S
 
S
T
 
T
G
 
G
G
|
G
S
x
G
V
 
I
V
 
V
Y
x
M
G
 
H
S
 
-
R
 
-
A
 
-
V
 
-
E
 
E
R
 
N
I
 
L
R
 
K
S
 
G
L
 
L
G
 
G
P
 
T
V
 
T
V
 
F
H
 
Y
L
 
L
H
 
K
V
 
M
E
 
D
P
 
F
E
 
E
T
 
T
F
 
L
A
 
I
A
 
K
R
 
R
V
 
L
D
 
N
A
 
Q
A
 
K
-
 
E
-
 
R
P
 
A
N
 
K
R
|
R
G
 
P
L
 
L
A
 
L
I
 
N
G
 
N
G
 
L
K
 
T
T
 
Q
K
 
A
A
 
K
E
 
E
L
 
L
H
 
F
A
 
E
E
 
K
R
|
R
L
 
Q
P
 
A
L
|
L
Y
|
Y
R
 
E
H
 
-
A
 
-
S
 
K
D
 
N
V
 
A
E
 
S
F
 
F
A
 
I
T
 
I
D
 
D
T
 
A
P
 
R
A
 
G
P
 
G
-
 
L
E
 
N
E
 
N
T
 
S
V
 
L
R
 
K
Q
 
Q
I
 
V
L
 
L
H
 
Q
W
 
F
L
 
I

3mufA Shikimate kinase from helicobacter pylori in complex with shikimate-3- phosphate and adp (see paper)
23% identity, 89% coverage: 11:169/179 of query aligns to 3:160/160 of 3mufA

query
sites
3mufA
V
 
L
T
 
V
L
 
L
V
 
I
G
 
G
I
 
F
A
x
M
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
x
S
V
 
L
G
 
A
R
 
Q
L
 
E
L
 
L
A
 
G
N
 
L
E
 
A
L
 
L
N
 
K
W
 
L
A
 
E
H
 
V
V
 
L
D
 
D
T
 
T
D
|
D
Q
 
M
L
 
I
L
 
I
E
 
S
A
 
E
Y
 
R
Y
 
V
A
 
G
M
 
L
P
 
S
L
 
V
Q
 
R
D
 
E
L
 
I
L
 
F
D
 
E
S
 
E
V
 
L
G
 
G
L
 
E
E
 
D
K
 
N
F
 
F
L
x
R
E
 
M
L
 
F
E
 
E
E
 
K
H
 
N
Q
 
L
V
 
I
A
 
D
N
 
E
L
 
L
G
 
K
I
 
T
Q
 
L
R
 
K
C
 
T
-
 
P
-
 
H
I
 
V
V
 
I
S
 
S
T
 
T
G
|
G
G
|
G
S
x
G
V
 
I
V
 
V
Y
 
M
G
 
H
S
 
-
R
 
-
A
 
-
V
 
-
E
 
E
R
 
N
I
 
L
R
 
K
S
 
G
L
 
L
G
 
G
P
 
T
V
 
T
V
 
F
H
 
Y
L
 
L
H
 
K
V
x
M
E
 
D
P
 
F
E
 
E
T
 
T
F
 
L
A
 
I
A
 
K
R
|
R
V
 
L
D
 
N
A
 
Q
A
 
K
-
 
E
-
 
R
P
 
E
N
 
K
R
|
R
G
 
P
L
 
L
A
 
L
I
 
N
G
 
N
G
 
L
K
 
T
T
 
Q
K
 
A
A
 
K
E
 
E
L
 
L
H
 
F
A
 
E
E
 
K
R
|
R
L
 
Q
P
 
A
L
 
L
Y
 
Y
R
 
E
H
 
-
A
 
-
S
 
K
D
 
N
V
 
A
E
 
S
F
 
F
A
 
I
T
 
I
D
 
D
T
 
A
P
 
R
A
x
G
P
x
G
-
 
L
E
 
N
E
 
N
T
 
S
V
 
L
R
 
K
Q
 
Q
I
 
V
L
 
L
H
 
Q
W
 
F
L
 
I

7tbvA Crystal structure of the shikimate kinase + 3-dehydroquinate dehydratase + 3-dehydroshikimate dehydrogenase domains of aro1 from candida albicans (see paper)
32% identity, 55% coverage: 9:107/179 of query aligns to 4:109/682 of 7tbvA

query
sites
7tbvA
R
 
K
C
 
S
V
 
I
T
 
I
L
 
V
V
 
I
G
 
G
I
 
M
A
 
R
G
 
G
A
 
T
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
V
 
L
G
 
S
R
 
E
L
 
W
L
 
L
A
 
A
N
 
S
E
 
F
L
 
L
N
 
G
W
 
F
A
 
K
H
 
M
V
 
L
D
 
D
T
 
M
D
 
D
Q
 
K
L
 
Y
L
 
L
E
 
E
A
 
E
Y
 
K
Y
 
L
A
 
G
M
 
T
P
 
G
L
 
I
Q
 
K
D
 
S
L
 
L
L
 
I
D
 
K
S
 
A
V
 
K
G
 
G
L
 
W
E
 
E
K
 
Y
F
 
F
L
 
R
E
 
Q
L
 
-
E
 
E
E
 
E
H
 
A
Q
 
I
V
 
V
A
 
A
N
 
K
L
 
E
G
 
C
I
 
F
Q
 
T
R
 
K
C
 
F
-
 
S
-
 
K
-
 
G
-
 
Y
I
 
V
V
 
L
S
 
S
T
 
T
G
 
G
G
 
G
S
 
G
V
 
I
V
 
V
Y
 
E
G
 
G
S
 
E
R
 
D
A
 
A
V
 
R
E
 
Q
R
 
Q
I
 
L
R
 
K
S
 
S
L
 
Y
-
 
A
-
 
D
-
 
N
-
 
G
G
 
G
P
 
I
V
 
V
V
 
L
H
 
H
L
 
L
H
 
H

Sites not aligning to the query:

4y0aA Shikimate kinase from acinetobacter baumannii in complex with shikimate (see paper)
28% identity, 89% coverage: 11:169/179 of query aligns to 11:173/179 of 4y0aA

query
sites
4y0aA
V
 
I
T
 
Y
L
 
L
V
 
V
G
 
G
I
 
P
A
x
M
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
 
T
V
 
V
G
 
G
R
 
R
L
 
H
L
 
L
A
 
A
N
 
E
E
 
L
L
 
L
N
 
G
W
 
R
A
 
E
H
 
F
V
 
L
D
 
D
T
 
S
D
|
D
Q
 
H
L
 
E
L
 
I
E
 
E
A
 
R
Y
 
K
Y
 
T
A
 
G
M
 
A
P
 
T
L
 
I
Q
 
P
D
 
W
L
 
I
L
 
F
D
 
E
S
 
K
V
 
E
G
 
G
L
 
E
E
 
V
K
 
G
F
|
F
L
x
R
E
 
T
L
 
R
E
 
E
E
 
T
H
 
V
Q
 
V
V
 
L
A
 
N
N
 
E
L
 
L
G
 
T
I
 
S
Q
 
R
R
 
K
C
 
A
I
 
L
V
 
V
-
 
L
S
 
A
T
 
T
G
 
G
G
|
G
S
x
G
V
 
A
V
 
I
Y
 
T
G
 
Q
S
 
A
R
 
P
A
 
N
V
 
R
E
 
E
R
 
F
I
 
L
R
 
K
S
 
Q
L
 
R
G
 
G
P
 
I
V
 
V
V
 
V
H
 
Y
L
 
L
H
 
Y
V
 
T
E
 
P
P
 
V
E
|
E
T
 
L
F
 
Q
A
 
L
A
 
Q
R
 
R
V
 
T
D
 
Y
A
 
R
A
 
D
P
 
K
N
 
N
R
|
R
G
 
P
L
|
L
A
 
L
I
 
Q
G
 
V
G
 
E
K
 
N
T
 
P
K
 
E
A
 
Q
E
 
K
L
 
L
H
x
R
-
 
D
-
 
L
-
 
L
A
 
K
E
 
I
R
|
R
L
 
D
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
R
 
R
H
 
E
A
 
V
S
 
A
D
 
H
V
 
Y
E
 
T
F
 
I
A
 
E
T
 
T
D
 
N
T
 
Q
P
 
G
A
 
A
P
 
A
E
 
R
E
 
D
T
 
L
V
 
A
R
 
Q
Q
 
K
I
 
I
L
 
L
H
 
Q
W
 
L
L
 
I

Query Sequence

>WP_078717206.1 NCBI__GCF_900167125.1:WP_078717206.1
MPETDIETRCVTLVGIAGAGKSTVGRLLANELNWAHVDTDQLLEAYYAMPLQDLLDSVGL
EKFLELEEHQVANLGIQRCIVSTGGSVVYGSRAVERIRSLGPVVHLHVEPETFAARVDAA
PNRGLAIGGKTKAELHAERLPLYRHASDVEFATDTPAPEETVRQILHWLDAEHQIRPSR

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory