SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_079557323.1 NCBI__GCF_002201795.1:WP_079557323.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4ywhA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z (asuc_0499, target efi-511068) with bound d-xylose
33% identity, 87% coverage: 34:324/333 of query aligns to 20:301/310 of 4ywhA

query
sites
4ywhA
E
 
K
D
 
D
R
 
R
A
 
D
R
 
I
F
 
F
V
 
V
N
 
-
E
 
-
G
 
-
R
 
-
F
 
-
M
 
-
G
 
-
E
 
K
R
 
K
F
 
A
A
 
E
E
 
S
L
 
L
G
 
G
V
 
A
N
 
K
F
 
V
I
 
L
V
 
V
R
 
Q
S
 
S
A
 
A
E
 
N
D
 
G
N
 
D
D
 
D
A
 
S
L
 
A
Q
 
Q
L
 
I
R
 
S
Q
 
Q
G
 
I
Y
 
E
E
 
N
L
 
M
L
 
L
D
 
N
E
 
K
G
 
N
V
 
V
D
 
D
M
 
V
L
 
L
I
 
V
I
 
I
A
 
I
C
 
P
V
 
H
N
 
N
G
 
G
N
 
D
T
 
V
I
 
L
A
 
S
P
 
N
L
 
V
V
 
I
R
 
S
D
 
E
A
 
A
Q
 
K
R
 
K
R
 
E
G
 
G
V
 
V
R
 
K
V
 
V
I
 
L
A
 
A
Y
 
Y
N
x
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
N
 
N
N
 
N
S
 
A
D
 
D
Y
 
L
D
 
D
L
 
F
F
 
Y
I
 
V
T
 
S
G
 
F
N
 
D
N
 
N
Q
 
E
Q
 
K
I
 
V
A
 
G
Q
 
E
I
 
L
F
 
Q
C
 
A
D
 
D
A
 
A
A
 
I
L
 
I
R
 
K
L
 
E
K
 
K
P
 
P
S
 
E
G
 
G
N
 
N
Y
 
Y
V
 
F
V
 
L
L
 
M
G
 
G
G
 
G
D
 
S
R
 
P
F
 
V
D
|
D
R
 
N
N
|
N
G
 
A
L
 
K
E
 
L
L
 
F
K
 
R
Q
 
K
H
 
G
I
 
Q
D
 
M
S
 
K
I
 
V
L
 
L
A
 
Q
P
 
P
H
 
L
I
 
I
E
 
D
S
 
S
G
 
G
R
 
K
I
 
I
N
 
K
L
 
V
I
 
V
Y
 
G
S
 
D
T
 
Q
F
 
W
V
 
V
E
 
D
N
 
S
W
|
W
S
 
L
G
 
A
T
 
E
R
 
K
A
 
A
R
 
L
F
 
Q
E
 
I
L
 
M
Q
 
E
Q
 
N
I
 
A
L
 
L
E
 
T
S
 
A
H
 
N
G
 
K
T
 
N
D
 
N
I
 
I
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
V
A
 
A
C
 
S
S
x
N
D
 
D
P
 
A
M
 
T
G
 
A
V
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
I
E
 
Q
L
 
A
L
 
L
S
 
S
E
 
A
Y
 
Q
G
 
G
L
 
L
E
 
S
G
 
G
D
 
K
V
 
V
V
 
A
V
 
I
T
 
S
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
I
 
D
L
 
L
D
 
A
A
 
A
V
 
I
R
 
K
Q
 
R
I
 
I
Y
 
V
N
 
E
G
 
G
N
 
T
M
 
Q
T
 
T
V
 
M
T
 
T
V
 
V
Y
 
Y
H
x
K
P
 
P
H
 
I
R
 
T
A
 
N
L
 
L
G
 
A
H
 
D
R
 
K
V
 
A
A
 
A
D
 
E
L
 
L
A
 
S
F
 
V
E
 
A
M
 
L
L
 
-
N
 
-
G
 
G
E
 
K
R
 
E
S
 
E
S
 
K
R
 
L
L
 
E
A
 
P
N
 
N
W
 
A
Q
 
K
T
 
L
F
 
N
N
 
N
G
 
G
F
 
L
V
 
K
E
 
E
I
 
V
P
 
D
T
 
A
Y
 
Y
R
 
L
M
 
L
N
 
D
S
 
P
V
 
I
A
 
V
I
 
V
T
 
T
R
 
K
Q
 
D
N
 
N
I
 
I
E
 
D
E
 
S
E
 
T
L
 
V
I
 
I
N
 
K
V
 
D
G
 
G

Sites not aligning to the query:

3ma0A Closed liganded crystal structure of xylose binding protein from escherichia coli (see paper)
31% identity, 89% coverage: 34:331/333 of query aligns to 19:307/313 of 3ma0A

query
sites
3ma0A
E
 
K
D
 
D
R
 
R
A
 
D
R
 
I
F
 
F
V
 
V
N
 
-
E
 
-
G
 
-
R
 
-
F
 
-
M
 
-
G
 
-
E
 
K
R
 
K
F
 
A
A
 
E
E
 
S
L
 
L
G
 
G
V
 
A
N
 
K
F
 
V
I
 
F
V
 
V
R
 
Q
S
 
S
A
 
A
E
 
N
D
 
G
N
 
N
D
 
E
A
 
E
L
 
T
Q
 
Q
L
 
M
R
 
S
Q
 
Q
G
 
I
Y
 
E
E
 
N
L
 
M
L
 
I
D
 
N
E
 
R
G
 
G
V
 
V
D
 
D
M
 
V
L
 
L
I
 
V
I
 
I
A
 
I
C
 
P
V
 
Y
N
 
N
G
 
G
N
 
Q
T
 
V
I
 
L
A
 
S
P
 
N
L
 
V
V
 
V
R
 
K
D
 
E
A
 
A
Q
 
K
R
 
Q
R
 
E
G
 
G
V
 
I
R
 
K
V
 
V
I
 
L
A
 
A
Y
 
Y
N
x
D
R
|
R
L
 
M
I
 
I
N
 
N
N
 
D
S
 
A
D
 
D
Y
 
I
D
 
D
L
 
F
F
 
Y
I
 
I
T
 
S
G
 
F
N
 
D
N
 
N
Q
 
E
Q
 
K
I
 
V
A
 
G
Q
 
E
I
 
L
F
 
Q
C
 
A
D
 
K
A
 
A
A
 
L
L
 
V
R
 
D
L
 
I
K
 
V
P
 
P
S
 
Q
G
 
G
N
 
N
Y
 
Y
V
 
F
V
 
L
L
 
M
G
 
G
G
 
G
D
 
S
R
 
P
F
 
V
D
|
D
R
 
N
N
|
N
G
 
A
L
 
K
E
 
L
L
 
F
K
 
R
Q
 
A
H
 
G
I
 
Q
D
 
M
S
 
K
I
 
V
L
 
L
A
 
K
P
 
P
H
 
Y
I
 
V
E
 
D
S
 
S
G
 
G
R
 
K
I
 
I
N
 
K
L
 
V
I
 
V
Y
 
G
S
 
D
T
 
Q
F
 
W
V
 
V
E
 
D
N
 
G
W
|
W
S
 
L
G
 
P
T
 
E
R
 
N
A
 
A
R
 
L
F
 
K
E
 
I
L
 
M
Q
 
E
Q
 
N
I
 
A
L
 
L
E
 
T
S
 
A
H
 
N
G
 
N
T
 
N
D
 
K
I
 
I
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
V
A
 
A
C
 
S
S
x
N
D
 
D
P
 
A
M
 
T
G
 
A
V
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
I
E
 
Q
L
 
A
L
 
L
S
 
S
E
 
A
Y
 
Q
G
 
G
L
 
L
E
 
S
G
 
G
D
 
K
V
 
V
V
 
A
V
 
I
T
 
S
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
I
 
D
L
 
L
D
 
A
A
 
G
V
 
I
R
 
K
Q
 
R
I
 
I
Y
 
A
N
 
A
G
 
G
N
 
T
M
 
Q
T
 
T
V
 
M
T
 
T
V
 
V
Y
 
Y
H
x
K
P
 
P
H
 
I
R
 
T
A
 
L
L
 
L
G
 
A
H
 
N
R
 
T
V
 
A
A
 
A
D
 
E
L
 
I
A
 
A
F
 
V
E
 
E
M
 
L
L
 
G
N
 
N
G
 
G
E
 
Q
R
 
E
S
 
P
S
 
K
R
 
-
L
 
-
A
 
A
N
 
D
W
 
T
Q
 
T
T
 
L
F
 
N
N
 
N
G
 
G
F
 
L
V
 
K
E
 
D
I
 
V
P
 
P
T
 
S
Y
 
R
R
 
L
M
 
L
N
 
T
S
 
P
V
 
I
A
 
D
I
 
V
T
 
N
R
 
K
Q
 
N
N
 
N
I
 
I
E
 
K
E
 
D
E
 
T
L
 
V
I
 
I
N
 
K
V
 
D
G
 
G
Q
 
F
Y
 
H
T
 
K
W
 
E
S
 
S
Q
 
E
I
 
L

Sites not aligning to the query:

3uugA Crystal structure of the periplasmic sugar binding protein chve (see paper)
27% identity, 90% coverage: 32:332/333 of query aligns to 10:329/329 of 3uugA

query
sites
3uugA
P
 
P
S
 
T
E
 
K
D
 
S
R
 
S
A
 
A
R
|
R
F
 
W
V
 
I
N
 
D
E
 
D
G
 
G
R
 
N
F
 
N
M
 
I
G
 
V
E
 
K
R
 
Q
F
 
L
A
 
Q
E
 
E
L
 
A
G
 
G
V
 
Y
N
 
K
F
 
T
I
 
D
V
 
L
R
 
Q
S
 
Y
A
 
A
E
 
D
D
 
D
N
 
D
D
 
I
A
 
P
L
 
N
Q
 
Q
L
 
L
R
 
S
Q
 
Q
G
 
I
Y
 
E
E
 
N
L
 
M
L
 
V
D
 
T
E
 
K
G
 
G
V
 
V
D
 
K
M
 
V
L
 
L
I
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
S
V
 
I
N
 
D
G
 
G
N
 
T
T
 
T
I
 
L
A
 
S
P
 
D
L
 
V
V
 
L
R
 
K
D
 
Q
A
 
A
Q
 
G
R
 
E
R
 
Q
G
 
G
V
 
I
R
 
K
V
 
V
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
N
x
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
N
 
R
N
 
N
S
 
S
-
 
G
D
 
D
Y
 
V
D
 
S
L
 
Y
F
 
Y
I
 
A
T
 
T
G
 
F
N
 
D
N
 
N
Q
 
F
Q
 
Q
I
 
V
A
 
G
Q
 
V
I
 
L
F
 
Q
C
 
A
D
 
T
A
 
S
-
 
I
-
 
T
-
 
D
A
 
K
L
 
L
R
 
G
L
 
L
K
 
K
P
 
D
S
 
G
G
 
K
-
 
G
-
 
P
-
 
F
N
 
N
Y
 
I
V
 
E
V
 
L
L
 
F
G
 
G
G
 
G
D
 
S
R
 
P
F
 
D
D
|
D
R
 
N
N
|
N
G
 
A
L
 
F
E
 
F
L
 
F
K
 
Y
Q
 
D
H
 
G
I
 
A
D
 
M
S
 
S
I
 
V
L
 
L
A
 
K
P
 
P
H
 
Y
I
 
I
E
 
D
S
 
S
G
 
G
R
 
K
I
 
L
N
 
V
L
 
V
I
 
K
Y
 
S
S
 
G
T
 
Q
F
 
M
V
 
G
E
 
M
N
 
D
-
 
K
-
 
V
-
 
G
-
 
T
-
 
L
-
 
R
W
|
W
S
 
D
G
 
P
T
 
A
R
 
T
A
 
A
R
 
Q
F
 
A
E
 
R
L
 
M
Q
 
D
Q
 
N
I
 
L
L
 
L
E
 
S
S
 
A
H
 
Y
G
 
Y
T
 
T
D
 
D
-
 
A
-
 
K
I
 
V
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
L
A
 
S
C
 
P
S
x
Y
D
 
D
P
 
G
M
 
L
G
 
S
V
 
I
G
 
G
A
 
I
I
 
I
E
 
S
L
 
S
L
 
L
S
 
K
-
 
G
-
 
V
E
 
G
Y
 
Y
G
 
G
L
 
T
E
 
K
G
 
D
D
 
Q
-
 
P
-
 
L
V
 
P
V
 
V
V
 
V
T
 
S
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
I
 
E
L
 
V
D
 
P
A
 
S
V
 
V
R
 
K
Q
 
S
I
 
I
Y
 
I
N
 
A
G
 
G
N
 
E
M
 
Q
T
 
Y
V
 
S
T
 
T
V
 
I
Y
 
F
H
x
K
P
 
D
H
 
T
R
 
R
A
 
E
L
 
L
G
 
A
H
 
K
R
 
V
V
 
T
A
 
V
D
 
N
L
 
M
A
 
V
F
 
N
E
 
A
M
 
V
L
 
M
N
 
E
G
 
G
E
 
-
R
 
K
S
 
E
S
 
P
R
 
E
L
 
V
A
 
N
N
 
D
W
 
T
Q
 
K
T
 
T
F
 
Y
-
 
E
N
 
N
G
 
G
F
 
V
V
 
K
E
 
V
I
 
V
P
 
P
T
 
S
Y
 
Y
R
 
L
M
 
L
N
 
K
S
 
P
V
 
V
A
 
A
I
 
V
T
 
T
R
 
K
Q
 
E
N
 
N
I
 
Y
E
 
K
E
 
Q
E
 
V
L
 
L
I
 
V
N
 
D
V
 
G
G
 
G
Q
 
Y
Y
 
Y
T
 
K
W
 
E
S
 
D
Q
 
Q
I
 
L
R
 
K

3urmA Crystal structure of the periplasmic sugar binding protein chve (see paper)
27% identity, 90% coverage: 32:332/333 of query aligns to 10:329/329 of 3urmA

query
sites
3urmA
P
 
P
S
 
T
E
 
K
D
 
S
R
 
S
A
 
A
R
|
R
F
 
W
V
 
I
N
 
D
E
 
D
G
 
G
R
 
N
F
 
N
M
 
I
G
 
V
E
 
K
R
 
Q
F
 
L
A
 
Q
E
 
E
L
 
A
G
 
G
V
 
Y
N
 
K
F
 
T
I
 
D
V
 
L
R
 
Q
S
 
Y
A
 
A
E
 
D
D
 
D
N
 
D
D
 
I
A
 
P
L
 
N
Q
 
Q
L
 
L
R
 
S
Q
 
Q
G
 
I
Y
 
E
E
 
N
L
 
M
L
 
V
D
 
T
E
 
K
G
 
G
V
 
V
D
 
K
M
 
V
L
 
L
I
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
S
V
 
I
N
 
D
G
 
G
N
 
T
T
 
T
I
 
L
A
 
S
P
 
D
L
 
V
V
 
L
R
 
K
D
 
Q
A
 
A
Q
 
G
R
 
E
R
 
Q
G
 
G
V
 
I
R
 
K
V
 
V
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
N
x
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
N
 
R
N
 
N
S
 
S
-
 
G
D
 
D
Y
 
V
D
 
S
L
 
Y
F
 
Y
I
 
A
T
 
T
G
 
F
N
 
D
N
 
N
Q
 
F
Q
 
Q
I
 
V
A
 
G
Q
 
V
I
 
L
F
 
Q
C
 
A
D
 
T
A
 
S
-
 
I
-
 
T
-
 
D
A
 
K
L
 
L
R
 
G
L
 
L
K
 
K
P
 
D
S
 
G
G
 
K
-
 
G
-
 
P
-
 
F
N
 
N
Y
 
I
V
 
E
V
 
L
L
 
F
G
 
G
G
 
G
D
 
S
R
 
P
F
 
D
D
|
D
R
 
N
N
|
N
G
 
A
L
 
F
E
 
F
L
 
F
K
 
Y
Q
 
D
H
 
G
I
 
A
D
 
M
S
 
S
I
 
V
L
 
L
A
 
K
P
 
P
H
 
Y
I
 
I
E
 
D
S
 
S
G
 
G
R
 
K
I
 
L
N
 
V
L
 
V
I
 
K
Y
 
S
S
 
G
T
 
Q
F
 
M
V
 
G
E
 
M
N
 
D
-
 
K
-
 
V
-
 
G
-
 
T
-
 
L
-
 
R
W
|
W
S
 
D
G
 
P
T
 
A
R
 
T
A
 
A
R
 
Q
F
 
A
E
 
R
L
 
M
Q
 
D
Q
 
N
I
 
L
L
 
L
E
 
S
S
 
A
H
 
Y
G
 
Y
T
 
T
D
 
D
-
 
A
-
 
K
I
 
V
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
L
A
 
S
C
 
P
S
 
Y
D
 
D
P
 
G
M
 
L
G
 
S
V
 
I
G
 
G
A
 
I
I
 
I
E
 
S
L
 
S
L
 
L
S
 
K
-
 
G
-
 
V
E
 
G
Y
 
Y
G
 
G
L
 
T
E
 
K
G
 
D
D
 
Q
-
 
P
-
 
L
V
 
P
V
 
V
V
 
V
T
 
S
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
I
 
E
L
 
V
D
 
P
A
 
S
V
 
V
R
 
K
Q
 
S
I
 
I
Y
 
I
N
 
A
G
 
G
N
 
E
M
 
Q
T
 
Y
V
 
S
T
 
T
V
 
I
Y
 
F
H
x
K
P
 
D
H
 
T
R
 
R
A
 
E
L
 
L
G
 
A
H
 
K
R
 
V
V
 
T
A
 
V
D
 
N
L
 
M
A
 
V
F
 
N
E
 
A
M
 
V
L
 
M
N
 
E
G
 
G
E
 
-
R
 
K
S
 
E
S
 
P
R
 
E
L
 
V
A
 
N
N
 
D
W
 
T
Q
 
K
T
 
T
F
 
Y
-
 
E
N
 
N
G
 
G
F
 
V
V
 
K
E
 
V
I
 
V
P
 
P
T
 
S
Y
 
Y
R
 
L
M
 
L
N
 
K
S
 
P
V
 
V
A
 
A
I
 
V
T
 
T
R
 
K
Q
 
E
N
 
N
I
 
Y
E
 
K
E
 
Q
E
 
V
L
 
L
I
 
V
N
 
D
V
 
G
G
 
G
Q
 
Y
Y
 
Y
T
 
K
W
 
E
S
 
D
Q
 
Q
I
 
L
R
 
K

4wwhA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from mycobacterium smegmatis (msmeg_1704, target efi- 510967) with bound d-galactose
27% identity, 92% coverage: 26:332/333 of query aligns to 4:329/329 of 4wwhA

query
sites
4wwhA
T
 
T
V
 
V
A
 
G
Y
 
I
L
 
A
N
 
M
P
 
P
S
 
T
E
 
K
D
 
S
R
 
S
A
 
E
R
|
R
F
 
W
V
 
V
N
 
A
E
 
D
G
 
G
R
 
Q
F
 
N
M
 
M
G
 
V
E
 
D
R
 
Q
F
 
F
A
 
K
E
 
A
L
 
F
G
 
G
V
 
Y
N
 
D
F
 
T
I
 
D
V
 
L
R
 
Q
S
 
Y
A
 
G
E
 
D
D
 
D
N
 
V
D
 
V
A
 
Q
L
 
N
Q
 
Q
L
 
V
R
 
S
Q
 
Q
G
 
I
Y
 
E
E
 
N
L
 
M
L
 
I
D
 
T
E
 
K
G
 
G
V
 
V
D
 
K
M
 
L
L
 
L
I
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
P
V
 
I
N
 
D
G
 
G
N
 
S
T
 
S
I
 
L
A
 
T
P
 
N
L
 
T
V
 
L
R
 
Q
D
 
H
A
 
A
Q
 
A
R
 
D
R
 
L
G
 
K
V
 
I
R
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
S
Y
 
Y
N
x
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
N
 
K
N
 
G
S
 
T
-
 
P
D
 
N
Y
 
V
D
 
D
L
 
Y
F
 
Y
I
 
A
T
 
T
G
 
F
N
 
D
N
 
N
Q
 
T
Q
 
K
I
 
V
-
 
G
-
 
V
-
 
L
-
 
Q
A
 
A
Q
 
N
I
 
Y
F
 
I
C
 
V
D
 
D
A
 
T
A
 
L
L
 
G
R
 
V
L
 
A
K
 
D
P
 
G
S
 
K
G
 
G
-
 
P
-
 
F
N
 
N
Y
 
L
V
 
E
V
 
L
L
 
F
G
 
A
G
 
G
D
 
S
R
 
P
F
 
D
D
|
D
R
 
N
N
|
N
G
 
A
L
 
T
E
 
Y
L
 
F
K
 
F
Q
 
Q
H
 
G
I
 
A
D
 
M
S
 
S
I
 
V
L
 
L
A
 
Q
P
 
P
H
 
Y
I
 
I
E
 
D
S
 
S
G
 
G
R
 
K
-
 
L
-
 
V
I
 
V
N
 
K
L
 
S
I
 
G
Y
 
Q
S
 
T
T
 
T
F
 
F
V
 
D
E
 
Q
-
 
I
-
 
A
-
 
T
-
 
L
N
 
R
W
|
W
S
 
D
G
 
G
T
 
G
R
 
L
A
 
A
R
 
Q
F
 
S
E
 
R
L
 
M
Q
 
D
Q
 
N
I
 
L
L
 
L
E
 
S
S
 
Q
H
 
A
G
 
Y
T
 
T
D
 
S
-
 
G
-
 
R
I
 
V
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
L
A
 
S
C
 
P
S
 
Y
D
 
D
P
 
G
M
 
I
G
 
S
V
 
R
G
 
G
A
 
V
I
 
I
E
 
S
L
 
A
L
 
L
S
 
K
E
 
S
Y
 
A
G
 
G
L
 
Y
E
 
G
G
 
N
D
 
A
V
 
A
-
 
K
-
 
P
-
 
L
-
 
P
V
 
I
V
 
V
T
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
I
 
E
L
 
L
D
 
A
A
 
S
V
 
V
R
 
K
Q
 
S
I
 
I
Y
 
V
N
 
A
G
 
G
N
 
E
M
 
Q
T
 
T
V
 
Q
T
 
T
V
 
V
Y
 
F
H
x
K
P
 
D
H
 
T
R
 
R
A
 
E
L
 
L
G
 
A
H
 
K
R
 
A
V
 
A
A
 
V
D
 
Q
L
 
E
A
 
A
F
 
D
E
 
A
M
 
V
L
 
L
N
 
T
G
 
G
E
 
-
R
 
G
S
 
T
S
 
P
R
 
Q
L
 
V
A
 
N
N
 
D
W
 
T
Q
 
E
T
 
T
F
 
Y
-
 
D
N
 
N
G
 
G
F
 
V
V
 
K
E
 
V
I
 
V
P
 
P
T
 
S
Y
 
Y
R
 
L
M
 
L
N
 
D
S
 
P
V
 
V
A
 
S
I
 
V
T
 
D
R
 
K
Q
 
S
N
 
N
I
 
Y
E
 
K
E
 
K
E
 
V
L
 
L
I
 
I
N
 
D
V
 
S
G
 
G
Q
 
Y
Y
 
Y
T
 
T
W
 
E
S
 
T
Q
 
Q
I
 
V
R
 
Q

4ys6A Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from clostridium phytofermentans (cphy_1585, target efi- 511156) with bound beta-d-glucose
24% identity, 90% coverage: 32:332/333 of query aligns to 8:324/324 of 4ys6A

query
sites
4ys6A
P
 
P
S
 
T
E
 
K
D
 
D
R
 
L
A
 
Q
R
|
R
F
x
W
V
 
N
N
 
Q
E
 
D
G
 
G
R
 
S
F
 
N
M
 
M
G
 
E
E
 
K
R
 
Q
F
 
L
A
 
K
E
 
D
L
 
A
G
 
G
V
 
Y
N
 
E
F
 
V
I
 
D
V
 
L
R
 
Q
S
 
Y
A
 
A
E
 
S
D
 
N
N
 
D
D
 
V
A
 
Q
L
 
T
Q
 
Q
L
 
V
R
 
S
Q
 
Q
G
 
I
Y
 
E
E
 
N
L
 
M
L
 
I
D
 
S
E
 
N
G
 
G
V
 
C
D
 
K
M
 
L
L
 
L
I
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
S
V
 
I
N
 
E
G
 
G
N
 
D
T
 
S
I
 
L
A
 
G
P
 
T
L
 
V
V
 
L
R
 
A
D
 
Q
A
 
A
Q
 
K
R
 
K
R
 
K
G
 
G
V
 
I
R
 
S
V
 
V
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
N
x
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
N
 
M
N
 
N
S
 
S
D
 
D
-
 
A
-
 
V
-
 
S
-
 
Y
-
 
Y
-
 
A
-
 
T
Y
 
F
D
 
D
L
 
N
F
 
Y
I
 
M
T
 
V
G
 
G
N
 
T
N
 
K
Q
 
Q
Q
 
-
I
 
-
A
 
-
Q
 
G
I
 
E
F
 
Y
C
 
I
D
 
K
A
 
E
A
 
K
L
 
L
R
 
N
L
 
L
K
 
E
P
 
T
S
 
A
G
 
K
-
 
G
-
 
P
-
 
F
N
 
N
Y
 
L
V
 
E
V
 
I
L
 
F
G
 
T
G
 
G
D
 
D
R
 
P
F
 
G
D
|
D
R
 
N
N
|
N
G
 
A
L
 
R
E
 
F
L
 
F
K
 
Y
Q
 
G
H
 
G
I
 
A
D
 
M
S
 
D
I
 
V
L
 
L
A
 
K
P
 
P
H
 
Y
I
 
V
E
 
D
S
 
G
G
 
G
R
 
V
I
 
L
N
 
V
L
 
V
I
 
K
Y
 
S
S
 
G
T
 
S
F
 
V
-
 
A
-
 
F
-
 
E
-
 
K
-
 
V
-
 
A
V
 
T
E
 
A
N
 
G
W
|
W
S
 
S
G
 
T
T
 
E
R
 
T
A
 
A
R
 
Q
F
 
N
E
 
R
L
 
M
Q
 
D
Q
 
A
I
 
I
L
 
I
E
 
A
S
 
S
H
 
Y
-
 
Y
-
 
A
-
 
D
G
 
G
T
 
T
D
 
K
I
 
L
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
L
A
 
C
C
 
S
S
x
N
D
 
D
P
 
S
M
 
T
G
 
A
V
 
L
G
 
G
A
 
V
I
 
T
E
 
N
L
 
A
L
 
L
S
 
T
E
 
A
Y
 
-
G
 
S
L
 
Y
E
 
K
G
 
G
D
 
E
-
 
W
V
 
P
V
 
I
V
 
V
T
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
C
I
 
D
L
 
I
D
 
A
A
 
N
V
 
V
R
 
K
Q
 
N
I
 
M
Y
 
L
N
 
D
G
 
G
N
 
K
M
 
Q
T
 
S
V
 
M
T
 
S
V
 
I
Y
 
F
H
x
K
P
 
D
H
 
T
R
 
R
A
 
T
L
 
L
G
 
A
H
 
S
R
 
Q
V
 
V
A
 
V
D
 
K
L
 
M
A
 
V
F
 
D
E
 
A
M
 
I
L
 
M
N
 
K
G
 
G
E
 
G
R
 
E
S
 
A
S
 
P
R
 
V
L
 
N
A
 
D
N
 
T
W
 
K
Q
 
S
T
 
Y
F
 
D
N
 
N
G
 
G
F
 
N
V
 
G
E
 
I
I
 
V
P
 
P
T
 
S
Y
 
Y
R
 
L
M
 
C
N
 
E
S
 
P
V
 
V
A
 
F
I
 
A
T
 
D
R
 
A
Q
 
T
N
 
N
I
 
Y
E
 
K
E
 
E
E
 
L
L
 
L
I
 
I
N
 
D
V
 
S
G
 
G
Q
 
Y
Y
 
Y
T
 
T
W
 
E
S
 
D
Q
 
Q
I
 
L
R
 
K

A0QYB3 Xylitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
28% identity, 73% coverage: 14:257/333 of query aligns to 28:262/349 of A0QYB3

query
sites
A0QYB3
T
 
T
L
 
A
L
 
A
T
 
N
S
 
S
C
 
D
S
 
T
K
 
K
R
 
R
S
 
I
D
 
G
F
 
V
T
 
T
V
 
V
A
 
-
Y
 
-
L
 
-
N
 
-
P
 
-
S
 
-
E
x
Y
D
 
D
R
 
M
A
 
S
R
 
S
F
 
F
V
 
I
N
 
T
E
 
E
G
 
G
R
 
K
F
 
E
M
 
G
G
 
M
E
 
D
R
 
T
F
 
Y
A
 
A
E
 
K
L
 
A
G
 
N
-
 
N
V
 
I
N
 
E
F
 
L
I
 
V
V
 
W
R
 
N
S
 
S
A
 
A
E
 
N
D
 
N
N
 
D
D
 
V
A
 
S
L
 
T
Q
 
Q
L
 
A
R
 
S
Q
 
Q
G
 
V
Y
 
D
E
 
S
L
 
L
L
 
I
D
 
N
E
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
M
 
A
L
 
I
I
 
I
I
 
V
A
 
V
C
 
P
V
 
V
N
 
Q
G
 
A
N
 
D
T
 
S
I
 
L
A
 
G
P
 
P
L
 
Q
V
 
V
R
 
A
D
 
S
A
 
A
Q
 
K
R
 
S
R
 
K
G
 
G
V
 
I
R
 
P
V
 
L
I
 
L
A
 
A
Y
 
V
N
|
N
R
 
A
L
 
A
I
 
L
N
 
E
N
 
T
S
 
P
D
 
D
Y
 
-
D
 
-
L
 
-
F
 
-
I
 
L
T
 
A
G
 
G
N
 
N
N
 
V
Q
 
Q
-
 
P
-
 
D
-
 
D
-
 
V
-
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
A
Q
 
Q
I
 
E
A
 
M
Q
 
Q
I
 
M
F
 
M
C
 
A
D
 
D
A
 
-
A
 
-
L
 
-
R
 
R
L
 
L
K
 
G
P
 
G
S
 
K
G
 
G
N
 
N
Y
 
I
V
 
V
V
 
I
L
 
L
G
 
Q
G
 
G
D
 
P
R
 
L
F
 
G
D
 
G
R
 
S
N
 
G
G
 
E
L
 
I
E
 
N
L
x
R
K
 
G
Q
 
K
H
 
G
I
 
I
D
 
D
S
 
Q
I
 
V
L
 
L
A
 
A
-
 
K
-
 
Y
P
 
P
H
 
D
I
 
I
E
 
K
S
 
-
G
 
-
R
 
-
I
 
-
N
 
-
L
 
-
I
 
V
Y
 
L
S
 
A
T
 
K
F
 
D
V
 
T
E
 
A
N
 
N
W
 
W
S
 
K
G
 
R
T
 
D
R
 
E
A
 
A
R
 
V
F
 
N
E
 
K
L
 
M
Q
 
K
Q
 
N
I
 
W
L
 
I
E
 
S
S
 
S
H
 
F
G
 
G
T
 
P
D
 
Q
I
 
I
D
 
D
A
 
G
V
 
V
I
 
V
A
 
A
C
 
Q
S
x
N
D
 
D
P
 
D
M
 
M
G
 
G
V
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
E
 
Q
L
 
A
L
 
L
S
 
K
E
 
E
Y
 
A
G
 
G
L
 
R
E
 
T
G
 
G
D
 
-
V
 
V
V
 
P
V
 
I
T
 
V
G
 
G
Q
 
I
D
|
D
A
 
G
I
 
I
L
 
E
D
 
D
A
 
G
V
 
L
R
 
N
Q
 
A
I
 
V
Y
 
K
N
 
S
G
 
G
N
 
D

Sites not aligning to the query:

4rs3A Crystal structure of carbohydrate transporter a0qyb3 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with xylitol (see paper)
28% identity, 68% coverage: 35:261/333 of query aligns to 10:233/315 of 4rs3A

query
sites
4rs3A
D
 
D
R
 
M
A
 
S
R
 
S
F
 
F
V
 
I
N
 
T
E
|
E
G
 
G
R
 
K
F
 
E
M
 
G
G
 
M
E
 
D
R
 
T
F
 
Y
A
 
A
E
 
K
L
 
A
G
 
N
-
 
N
V
 
I
N
 
E
F
 
L
I
 
V
V
 
W
R
 
N
S
 
S
A
 
A
E
 
N
D
 
N
N
 
D
D
 
V
A
 
S
L
 
T
Q
 
Q
L
 
A
R
 
S
Q
 
Q
G
 
V
Y
 
D
E
 
S
L
 
L
L
 
I
D
 
N
E
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
M
 
A
L
 
I
I
 
I
I
 
V
A
 
V
C
 
P
V
 
V
N
 
Q
G
 
A
N
 
D
T
 
S
I
 
L
A
 
G
P
 
P
L
 
Q
V
 
V
R
 
A
D
 
S
A
 
A
Q
 
K
R
 
S
R
 
K
G
 
G
V
 
I
R
 
P
V
 
L
I
 
L
A
 
A
Y
 
V
N
|
N
R
 
A
L
 
A
I
 
L
N
 
E
N
 
T
S
 
P
D
 
D
Y
 
-
D
 
-
L
 
-
F
 
-
I
 
L
T
 
A
G
 
G
N
 
N
N
 
V
Q
 
Q
-
 
P
-
 
D
-
 
D
-
 
V
-
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
A
Q
 
Q
I
 
E
A
 
M
Q
 
Q
I
 
M
F
 
M
C
 
A
D
 
D
A
 
-
A
 
-
L
 
-
R
 
R
L
 
L
K
 
G
P
 
G
S
 
K
G
 
G
N
 
N
Y
 
I
V
 
V
V
 
I
L
 
L
G
 
Q
G
 
G
D
 
P
R
 
L
F
 
G
D
 
G
R
 
S
N
 
G
G
 
E
L
 
I
E
 
N
L
x
R
K
 
G
Q
 
K
H
 
G
I
 
I
D
 
D
S
 
Q
I
 
V
L
 
L
A
 
A
-
 
K
-
 
Y
P
 
P
H
 
D
I
 
I
E
 
K
S
 
-
G
 
-
R
 
-
I
 
-
N
 
-
L
 
-
I
 
V
Y
 
L
S
 
A
T
 
K
F
 
D
V
 
T
E
 
A
N
 
N
W
|
W
S
 
K
G
 
R
T
 
D
R
 
E
A
 
A
R
 
V
F
 
N
E
 
K
L
 
M
Q
 
K
Q
 
N
I
 
W
L
 
I
E
 
S
S
 
S
H
 
F
G
 
G
T
 
P
D
 
Q
I
 
I
D
 
D
A
 
G
V
 
V
I
 
V
A
 
A
C
 
Q
S
x
N
D
 
D
P
 
D
M
 
M
G
 
G
V
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
E
 
Q
L
 
A
L
 
L
S
 
K
E
 
E
Y
 
A
G
 
G
L
 
R
E
 
T
G
 
G
D
 
-
V
 
V
V
 
P
V
 
I
T
 
V
G
 
G
Q
 
I
D
|
D
A
 
G
I
 
I
L
x
E
D
 
D
A
 
G
V
 
L
R
 
N
Q
 
A
I
 
V
Y
 
K
N
 
S
G
 
G
N
 
D
M
 
F
T
 
I
V
 
G
T
 
T

Sites not aligning to the query:

5hkoA Crystal structure of abc transporter solute binding protein msmeg_3598 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with l-sorbitol
28% identity, 68% coverage: 35:261/333 of query aligns to 10:233/314 of 5hkoA

query
sites
5hkoA
D
 
D
R
 
M
A
 
S
R
 
S
F
 
F
V
 
I
N
 
T
E
|
E
G
 
G
R
 
K
F
 
E
M
 
G
G
 
M
E
 
D
R
 
T
F
 
Y
A
 
A
E
 
K
L
 
A
G
 
N
-
 
N
V
 
I
N
 
E
F
 
L
I
 
V
V
 
W
R
 
N
S
 
S
A
 
A
E
 
N
D
 
N
N
x
D
D
 
V
A
x
S
L
 
T
Q
 
Q
L
 
A
R
 
S
Q
 
Q
G
 
V
Y
 
D
E
 
S
L
 
L
L
 
I
D
 
N
E
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
M
 
A
L
 
I
I
 
I
I
 
V
A
 
V
C
 
P
V
 
V
N
 
Q
G
 
A
N
 
D
T
 
S
I
 
L
A
 
G
P
 
P
L
 
Q
V
 
V
R
 
A
D
 
S
A
 
A
Q
 
K
R
 
S
R
 
K
G
 
G
V
 
I
R
 
P
V
 
L
I
 
L
A
 
A
Y
 
V
N
|
N
R
x
A
L
 
A
I
 
L
N
 
E
N
 
T
S
 
P
D
 
D
Y
 
-
D
 
-
L
 
-
F
 
-
I
 
L
T
 
A
G
 
G
N
 
N
N
 
V
Q
 
Q
-
 
P
-
 
D
-
 
D
-
 
V
-
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
A
Q
 
Q
I
 
E
A
 
M
Q
 
Q
I
 
M
F
 
M
C
 
A
D
 
D
A
 
-
A
 
-
L
 
-
R
 
R
L
 
L
K
 
G
P
 
G
S
 
K
G
 
G
N
 
N
Y
 
I
V
 
V
V
 
I
L
 
L
G
 
Q
G
 
G
D
 
P
R
 
L
F
 
G
D
 
G
R
 
S
N
 
G
G
 
E
L
 
I
E
 
N
L
x
R
K
 
G
Q
 
K
H
 
G
I
 
I
D
 
D
S
 
Q
I
 
V
L
 
L
A
 
A
-
 
K
-
 
Y
P
 
P
H
 
D
I
 
I
E
 
K
S
 
-
G
 
-
R
 
-
I
 
-
N
 
-
L
 
-
I
 
V
Y
 
L
S
 
A
T
 
K
F
 
D
V
 
T
E
 
A
N
 
N
W
|
W
S
 
K
G
 
R
T
 
D
R
 
E
A
 
A
R
 
V
F
 
N
E
 
K
L
 
M
Q
 
K
Q
 
N
I
 
W
L
 
I
E
 
S
S
 
S
H
 
F
G
 
G
T
 
P
D
 
Q
I
 
I
D
 
D
A
 
G
V
 
V
I
 
V
A
 
A
C
 
Q
S
x
N
D
 
D
P
 
D
M
 
M
G
 
G
V
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
E
 
Q
L
 
A
L
 
L
S
 
K
E
 
E
Y
 
A
G
 
G
L
 
R
E
 
T
G
 
G
D
 
-
V
 
V
V
 
P
V
 
I
T
 
V
G
 
G
Q
 
I
D
|
D
A
 
G
I
 
I
L
x
E
D
 
D
A
 
G
V
 
L
R
 
N
Q
 
A
I
 
V
Y
 
K
N
 
S
G
 
G
N
 
D
M
 
F
T
 
I
V
 
G
T
 
T

Sites not aligning to the query:

A0QYB5 D-threitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
26% identity, 85% coverage: 35:317/333 of query aligns to 43:308/349 of A0QYB5

query
sites
A0QYB5
D
 
D
R
 
M
A
 
S
R
 
S
F
 
F
V
 
I
N
 
T
E
 
A
G
 
G
R
 
K
F
 
E
M
 
G
G
 
M
E
 
D
R
 
A
F
 
Y
A
 
A
-
 
K
E
 
D
L
 
N
G
 
N
V
 
I
N
 
E
F
 
L
I
 
I
V
 
W
R
 
N
S
 
S
A
 
A
E
 
N
D
 
L
N
 
D
D
 
V
A
 
S
L
 
T
Q
 
Q
L
 
A
R
 
S
Q
 
Q
G
 
V
Y
 
D
E
 
S
L
 
M
L
 
I
D
 
N
E
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
M
 
A
L
 
I
I
 
I
I
 
V
A
 
V
C
 
P
V
 
V
N
 
Q
G
 
A
N
 
D
T
 
S
I
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
Q
V
 
V
R
 
A
D
 
S
A
 
A
Q
 
K
R
 
A
R
 
K
G
 
G
V
 
I
R
 
P
V
 
L
I
 
V
A
 
P
Y
 
V
N
|
N
R
 
A
L
 
A
I
 
L
N
 
D
N
 
S
S
 
K
D
 
D
Y
 
-
D
 
-
L
 
-
F
 
-
I
 
I
T
 
A
G
 
G
N
 
N
N
 
V
Q
 
Q
-
 
P
-
 
D
-
 
D
-
 
V
-
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
A
Q
 
Q
I
 
E
A
 
M
Q
 
Q
I
 
M
F
 
M
C
 
A
D
 
D
A
 
-
A
 
-
L
 
-
R
 
R
L
 
L
K
 
G
P
 
G
S
 
K
G
 
G
N
 
N
Y
 
I
V
 
V
V
 
I
L
 
L
G
 
Q
G
 
G
D
 
P
R
 
L
F
 
G
D
 
Q
R
 
S
N
 
G
G
 
E
L
 
L
E
 
D
L
x
R
K
 
S
Q
 
K
H
 
G
I
 
I
D
 
E
S
 
Q
I
 
V
L
 
L
A
 
A
-
 
K
-
 
Y
P
 
P
H
 
D
I
 
I
E
 
K
S
 
-
G
 
-
R
 
-
I
 
-
N
 
-
L
 
-
I
 
V
Y
 
L
S
 
A
T
 
K
F
 
D
V
 
T
E
 
A
N
 
N
W
 
W
S
 
K
G
 
R
T
 
D
R
 
E
A
 
A
R
 
V
F
 
N
E
 
K
L
 
M
Q
 
K
Q
 
N
I
 
W
L
 
I
E
 
S
S
 
G
H
 
F
G
 
G
T
 
P
D
 
Q
I
 
I
D
 
D
A
 
G
V
 
V
I
 
V
A
 
A
C
 
Q
S
x
N
D
 
D
P
 
D
M
 
M
G
 
G
V
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
E
 
Q
L
 
A
L
 
L
S
 
K
E
 
E
Y
 
S
G
 
G
L
 
R
E
 
T
G
 
G
D
 
-
V
 
V
V
 
P
V
 
I
T
 
V
G
 
G
Q
 
I
D
|
D
A
 
G
I
 
I
L
 
E
D
 
D
A
 
G
V
 
L
R
 
N
Q
 
A
I
 
V
Y
 
K
N
 
S
G
 
G
N
 
D
M
 
F
T
 
-
V
 
-
T
 
-
V
 
-
Y
 
-
H
 
-
P
 
-
H
 
-
R
 
-
A
 
-
L
 
I
G
 
G
H
 
T
R
 
S
V
 
L
A
x
Q
D
 
N
L
 
G
A
 
T
F
 
V
E
 
E
M
 
L
L
 
A
N
 
A
G
 
G
-
 
L
E
 
A
R
 
V
S
 
A
S
 
N
R
 
R
L
 
L
A
 
A
N
 
K
W
 
G
Q
 
E
T
 
P
F
 
V
N
 
N
G
 
-
F
 
-
V
 
-
E
 
K
I
 
E
P
 
P
T
 
V
Y
 
Y
R
 
I
M
 
M
N
 
P
S
 
-
V
 
-
A
 
A
I
 
I
T
 
T
R
 
K
Q
 
D
N
 
N
I
 
V
E
 
D

Sites not aligning to the query:

4rsmA Crystal structure of carbohydrate transporter msmeg_3599 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510970, in complex with d-threitol (see paper)
26% identity, 85% coverage: 35:317/333 of query aligns to 11:276/315 of 4rsmA

query
sites
4rsmA
D
 
D
R
 
M
A
 
S
R
 
S
F
 
F
V
 
I
N
 
T
E
 
A
G
 
G
R
 
K
F
 
E
M
 
G
G
 
M
E
 
D
R
 
A
F
 
Y
A
 
A
-
 
K
E
 
D
L
 
N
G
 
N
V
 
I
N
 
E
F
 
L
I
 
I
V
 
W
R
 
N
S
 
S
A
 
A
E
 
N
D
 
L
N
 
D
D
 
V
A
 
S
L
 
T
Q
 
Q
L
 
A
R
 
S
Q
 
Q
G
 
V
Y
 
D
E
 
S
L
 
M
L
 
I
D
 
N
E
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
M
 
A
L
 
I
I
 
I
I
 
V
A
 
V
C
 
P
V
 
V
N
 
Q
G
 
A
N
 
D
T
 
S
I
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
Q
V
 
V
R
 
A
D
 
S
A
 
A
Q
 
K
R
 
A
R
 
K
G
 
G
V
 
I
R
 
P
V
 
L
I
 
V
A
 
P
Y
 
V
N
|
N
R
 
A
L
 
A
I
 
L
N
 
D
N
 
S
S
 
K
D
 
D
Y
 
-
D
 
-
L
 
-
F
 
-
I
 
I
T
 
A
G
 
G
N
 
N
N
 
V
Q
 
Q
-
 
P
-
 
D
-
 
D
-
 
V
-
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
A
Q
 
Q
I
 
E
A
 
M
Q
 
Q
I
 
M
F
 
M
C
 
A
D
 
D
A
 
-
A
 
-
L
 
-
R
 
R
L
 
L
K
 
G
P
 
G
S
 
K
G
 
G
N
 
N
Y
 
I
V
 
V
V
 
I
L
 
L
G
 
Q
G
 
G
D
 
P
R
 
L
F
 
G
D
 
Q
R
 
S
N
 
G
G
 
E
L
 
L
E
 
D
L
x
R
K
 
S
Q
 
K
H
 
G
I
 
I
D
 
E
S
 
Q
I
 
V
L
 
L
A
 
A
-
 
K
-
 
Y
P
 
P
H
 
D
I
 
I
E
 
K
S
 
-
G
 
-
R
 
-
I
 
-
N
 
-
L
 
-
I
 
V
Y
 
L
S
 
A
T
 
K
F
 
D
V
 
T
E
 
A
N
 
N
W
|
W
S
 
K
G
 
R
T
 
D
R
 
E
A
 
A
R
 
V
F
 
N
E
 
K
L
 
M
Q
 
K
Q
 
N
I
 
W
L
 
I
E
 
S
S
 
G
H
 
F
G
 
G
T
 
P
D
 
Q
I
 
I
D
 
D
A
 
G
V
 
V
I
 
V
A
 
A
C
 
Q
S
x
N
D
 
D
P
 
D
M
 
M
G
 
G
V
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
E
 
Q
L
 
A
L
 
L
S
 
K
E
 
E
Y
 
S
G
 
G
L
 
R
E
 
T
G
 
G
D
 
-
V
 
V
V
 
P
V
 
I
T
 
V
G
 
G
Q
 
I
D
|
D
A
 
G
I
 
I
L
 
E
D
 
D
A
 
G
V
 
L
R
 
N
Q
 
A
I
 
V
Y
 
K
N
 
S
G
 
G
N
 
D
M
 
F
T
 
-
V
 
-
T
 
-
V
 
-
Y
 
-
H
 
-
P
 
-
H
 
-
R
 
-
A
 
-
L
 
I
G
 
G
H
 
T
R
 
S
V
 
L
A
x
Q
D
 
N
L
 
G
A
 
T
F
 
V
E
 
E
M
 
L
L
 
A
N
 
A
G
 
G
-
 
L
E
 
A
R
 
V
S
 
A
S
 
N
R
 
R
L
 
L
A
 
A
N
 
K
W
 
G
Q
 
E
T
 
P
F
 
V
N
 
N
G
 
-
F
 
-
V
 
-
E
 
K
I
 
E
P
 
P
T
 
V
Y
 
Y
R
 
I
M
 
M
N
 
P
S
 
-
V
 
-
A
 
A
I
 
I
T
 
T
R
 
K
Q
 
D
N
 
N
I
 
V
E
 
D

Sites not aligning to the query:

2x7xA Fructose binding periplasmic domain of hybrid two component system bt1754 (see paper)
27% identity, 77% coverage: 25:281/333 of query aligns to 2:255/301 of 2x7xA

query
sites
2x7xA
F
 
F
T
 
R
V
 
I
A
 
G
Y
 
V
L
 
A
N
 
Q
P
 
C
S
 
S
E
 
D
D
|
D
R
 
S
A
x
W
R
|
R
F
 
H
V
 
K
N
 
M
E
 
N
G
 
D
R
 
E
F
 
I
M
 
L
G
 
R
E
 
E
R
 
A
F
 
M
A
 
F
E
 
Y
L
 
N
G
 
G
V
 
V
N
 
S
F
 
V
I
 
E
V
 
I
R
 
R
S
 
S
A
 
A
E
 
G
D
 
D
N
 
D
D
 
N
A
 
S
L
 
K
Q
 
Q
L
 
A
R
 
E
Q
 
D
G
 
V
Y
 
H
E
 
Y
L
 
F
L
 
M
D
 
D
E
 
E
G
 
G
V
 
V
D
 
D
M
 
L
L
 
L
I
 
I
I
 
I
A
 
S
C
 
A
V
 
N
N
 
E
G
 
A
N
 
A
T
 
P
I
 
M
A
 
T
P
 
P
L
 
I
V
 
V
R
 
E
D
 
E
A
 
A
Q
 
Y
R
 
Q
R
 
K
G
 
G
V
 
I
R
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
L
Y
 
V
N
x
D
R
|
R
L
 
K
I
 
I
N
 
L
N
 
S
S
 
D
D
 
K
Y
 
Y
D
 
T
L
 
A
F
 
Y
I
 
I
T
 
G
G
 
A
N
 
D
N
 
N
Q
 
Y
Q
 
E
I
 
I
A
 
G
Q
 
R
I
 
S
F
 
V
C
 
G
D
 
N
-
 
Y
A
 
I
A
 
A
L
 
S
R
 
S
L
 
L
K
 
K
P
 
G
S
 
K
G
 
G
N
 
N
Y
 
I
V
 
V
V
 
E
L
 
L
G
 
T
G
 
G
D
 
L
R
 
S
F
 
G
D
 
S
R
 
T
N
x
P
G
 
A
L
 
M
E
 
E
L
x
R
K
 
H
Q
 
Q
H
 
-
I
 
-
D
 
-
S
 
G
I
 
F
L
 
M
A
 
A
P
 
A
H
 
I
I
 
S
E
 
K
S
 
F
G
 
P
R
 
D
I
 
I
N
 
K
L
 
L
I
 
I
Y
 
D
S
 
K
T
 
A
F
 
D
V
 
A
E
 
A
N
 
-
W
|
W
S
 
E
G
 
R
T
 
G
R
 
P
A
 
A
R
 
E
F
 
I
E
 
E
L
 
M
Q
 
D
Q
 
S
I
 
M
L
 
L
E
 
R
S
 
R
H
 
H
G
 
-
T
 
P
D
 
K
I
 
I
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
Y
A
 
A
C
 
H
S
x
N
D
 
D
P
x
R
M
 
I
G
 
A
V
 
P
G
 
G
A
 
A
I
 
Y
E
 
Q
L
 
A
L
 
A
S
 
K
E
 
M
Y
 
A
G
 
G
L
 
R
E
 
E
G
 
K
D
 
E
V
 
M
V
 
I
V
 
F
T
 
V
G
 
G
Q
 
I
D
|
D
A
 
A
I
 
L
L
 
P
-
 
G
-
 
K
-
 
G
D
 
N
A
 
G
V
 
L
R
 
E
Q
 
L
I
 
V
Y
 
L
N
 
D
G
 
S
N
 
V
M
 
L
T
 
D
V
 
A
T
 
T
V
 
F
Y
 
I
H
 
Y
P
 
P
H
 
T
R
 
N
A
 
-
L
 
-
G
 
G
H
 
D
R
 
K
V
 
V
A
 
L
D
 
Q
L
 
L
A
 
A
F
 
M
E
 
D
M
 
I
L
 
L

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
25% identity, 71% coverage: 48:285/333 of query aligns to 24:256/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
E
 
E
R
 
K
F
 
A
A
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
Y
N
 
K
F
 
I
I
 
I
V
 
V
R
 
E
S
 
D
A
 
S
E
 
Q
D
 
N
N
 
D
D
 
S
A
 
S
L
 
K
Q
 
E
L
 
L
R
 
S
Q
 
N
G
 
V
Y
 
E
E
 
D
L
 
L
L
 
I
D
 
Q
E
 
Q
G
 
K
V
 
V
D
 
D
M
 
V
L
 
L
I
 
L
I
 
I
A
 
N
C
 
P
V
 
V
N
 
D
G
 
S
N
 
D
T
 
A
I
 
V
A
 
V
P
 
T
L
 
A
V
 
I
R
 
K
D
 
E
A
 
A
Q
 
N
R
 
S
R
 
K
G
 
N
V
 
I
R
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
T
Y
 
I
N
x
D
R
|
R
L
 
S
I
 
A
N
 
N
N
 
G
S
 
G
D
 
D
Y
 
V
D
 
V
L
 
C
F
 
H
I
 
I
T
 
A
G
 
S
N
 
D
N
 
N
Q
 
V
Q
 
K
I
 
G
A
 
G
Q
 
E
I
 
M
F
 
A
C
 
A
D
 
E
-
 
F
A
 
I
A
 
A
L
 
K
R
 
A
L
 
L
K
 
K
P
 
G
S
 
K
G
 
G
N
 
N
Y
 
V
V
 
V
V
 
E
L
 
L
G
 
E
G
 
G
D
 
I
R
 
P
F
 
G
D
 
A
R
 
S
N
x
A
G
 
A
L
 
R
E
 
D
L
x
R
K
 
G
Q
 
K
H
 
G
I
 
F
D
 
D
S
 
E
I
 
A
L
 
I
A
 
A
-
 
K
-
 
Y
P
 
P
H
 
D
I
 
I
E
 
K
S
 
-
G
 
-
R
 
-
I
 
-
N
 
-
L
 
-
I
 
I
Y
 
V
S
 
A
T
 
K
F
 
Q
V
 
A
E
 
A
N
 
D
W
x
F
S
 
D
G
 
R
T
 
S
R
 
K
A
 
G
R
 
L
F
 
S
E
 
V
L
 
M
Q
 
E
Q
 
N
I
 
I
L
 
L
E
 
Q
S
 
A
H
 
Q
G
 
-
T
 
P
D
 
K
I
 
I
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
F
A
 
A
C
 
Q
S
x
N
D
 
D
P
 
E
M
 
M
G
 
A
V
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
I
E
 
K
L
 
A
L
 
I
S
 
E
E
 
A
Y
 
A
G
 
N
L
 
R
E
 
Q
G
 
G
D
 
-
V
 
I
V
 
I
V
 
V
T
 
V
G
 
G
Q
 
F
D
|
D
A
 
G
I
 
T
L
 
E
D
 
D
A
 
A
V
 
L
R
 
K
Q
 
A
I
 
I
Y
 
K
N
 
E
G
 
G
N
 
K
M
 
M
T
 
A
V
 
A
T
 
T
V
 
I
Y
 
A
H
x
Q
P
 
Q
H
 
P
R
 
A
A
 
L
L
 
M
G
 
G
H
 
S
R
 
L
V
 
G
A
 
V
D
 
E
L
 
M
A
 
A
F
 
D
E
 
K
M
 
Y
L
 
L
N
 
K
G
 
G
E
 
E
R
 
K

Sites not aligning to the query:

5ibqA Crystal structure of an abc solute binding protein from rhizobium etli cfn 42 (rhe_pf00037,target efi-511357) in complex with alpha-d-apiose
27% identity, 73% coverage: 27:268/333 of query aligns to 5:242/287 of 5ibqA

query
sites
5ibqA
V
 
I
A
 
A
Y
 
I
L
 
I
N
 
T
P
 
P
S
 
A
E
 
H
D
 
D
R
x
N
A
 
P
R
x
F
F
 
F
V
 
K
N
 
A
E
 
E
G
 
A
R
 
V
F
 
G
M
 
A
G
 
E
E
 
A
R
 
K
F
 
A
A
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
Y
N
 
E
F
 
T
I
 
L
V
 
V
R
 
M
S
 
T
A
 
H
E
 
D
D
 
D
N
 
D
D
 
A
A
 
N
L
 
K
Q
 
Q
L
 
S
R
 
E
Q
 
M
G
 
I
Y
 
D
E
 
T
L
 
A
L
 
I
D
 
G
E
 
R
G
 
G
V
 
A
D
 
K
M
 
A
L
 
I
I
 
I
I
 
L
A
 
D
C
 
N
V
 
A
N
 
G
G
 
A
N
 
D
T
 
A
I
 
S
A
 
V
P
 
A
L
 
A
V
 
V
R
 
K
D
 
K
A
 
A
Q
 
K
R
 
D
R
 
A
G
 
G
V
 
I
R
 
P
V
 
S
I
 
F
A
 
L
Y
 
I
N
x
D
R
|
R
L
 
E
I
 
I
N
 
N
N
 
A
S
 
T
D
 
G
Y
 
V
D
 
A
L
 
V
F
 
A
-
 
Q
I
 
I
T
 
V
G
 
S
N
 
N
N
 
N
Q
 
Y
Q
 
Q
I
 
G
A
 
A
Q
 
Q
I
 
L
F
 
G
C
 
A
D
 
Q
A
 
E
A
 
F
L
 
V
R
 
K
L
 
L
-
 
M
K
 
G
P
 
E
S
 
K
G
 
G
N
 
N
Y
 
Y
V
 
V
V
 
E
L
 
L
G
 
V
G
 
G
D
 
K
R
 
E
F
 
S
D
|
D
R
 
T
N
|
N
G
 
A
L
 
G
E
 
I
L
x
R
K
 
S
Q
 
Q
H
 
G
I
 
Y
D
 
H
S
x
D
I
 
V
L
 
I
A
x
D
P
x
D
H
 
Y
I
 
P
E
 
E
S
 
M
G
 
K
R
 
S
I
 
V
N
 
-
L
 
-
I
 
-
Y
 
-
S
 
A
T
 
K
F
 
Q
V
 
S
E
 
A
N
 
N
W
|
W
S
 
S
G
 
Q
T
 
T
R
 
E
A
 
A
R
 
Y
F
 
S
E
 
K
L
 
M
Q
 
E
Q
 
T
I
 
I
L
 
L
E
 
Q
S
 
A
H
 
N
G
 
-
T
 
P
D
 
D
I
 
I
D
 
K
A
 
G
V
 
V
I
 
I
A
 
S
C
 
G
S
x
N
D
 
D
P
 
T
M
 
M
G
 
A
V
 
M
G
 
G
A
 
A
I
 
I
E
 
A
L
 
A
L
 
L
S
 
Q
E
 
A
Y
 
A
G
 
G
L
 
R
E
 
K
G
 
-
D
 
D
V
 
V
V
 
I
V
 
V
T
 
V
G
 
G
Q
 
F
D
|
D
A
 
G
I
 
S
L
 
N
D
 
D
A
 
V
V
 
R
R
 
D
Q
 
S
I
 
I
Y
 
K
N
 
S
G
 
G
N
 
G
M
 
I
T
 
K
V
 
A
T
 
T
V
 
V
Y
 
L
H
 
Q
P
 
P
H
 
A
R
 
Y
A
 
A

4ry0A Crystal structure of ribose transporter solute binding protein rhe_pf00037 from rhizobium etli cfn 42, target efi-511357, in complex with d-ribose
27% identity, 73% coverage: 27:268/333 of query aligns to 5:242/287 of 4ry0A

query
sites
4ry0A
V
 
I
A
 
A
Y
 
I
L
 
I
N
 
T
P
 
P
S
 
A
E
 
H
D
 
D
R
x
N
A
 
P
R
 
F
F
|
F
V
 
K
N
 
A
E
 
E
G
 
A
R
 
V
F
 
G
M
 
A
G
 
E
E
 
A
R
 
K
F
 
A
A
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
Y
N
 
E
F
 
T
I
 
L
V
 
V
R
 
M
S
 
T
A
 
H
E
 
D
D
 
D
N
 
D
D
 
A
A
 
N
L
 
K
Q
 
Q
L
 
S
R
 
E
Q
 
M
G
 
I
Y
 
D
E
 
T
L
 
A
L
 
I
D
 
G
E
 
R
G
 
G
V
 
A
D
 
K
M
 
A
L
 
I
I
 
I
I
 
L
A
 
D
C
 
N
V
 
A
N
 
G
G
 
A
N
 
D
T
 
A
I
 
S
A
 
V
P
 
A
L
 
A
V
 
V
R
 
K
D
 
K
A
 
A
Q
 
K
R
 
D
R
 
A
G
 
G
V
 
I
R
 
P
V
 
S
I
 
F
A
 
L
Y
 
I
N
x
D
R
|
R
L
 
E
I
 
I
N
 
N
N
 
A
S
 
T
D
 
G
Y
 
V
D
 
A
L
 
V
F
 
A
-
 
Q
I
 
I
T
 
V
G
 
S
N
 
N
N
 
N
Q
 
Y
Q
 
Q
I
 
G
A
 
A
Q
 
Q
I
 
L
F
 
G
C
 
A
D
 
Q
A
 
E
A
 
F
L
 
V
R
 
K
L
 
L
-
 
M
K
 
G
P
 
E
S
 
K
G
 
G
N
 
N
Y
 
Y
V
 
V
V
 
E
L
 
L
G
 
V
G
 
G
D
 
K
R
 
E
F
 
S
D
|
D
R
 
T
N
 
N
G
 
A
L
 
G
E
 
I
L
x
R
K
 
S
Q
 
Q
H
 
G
I
 
Y
D
 
H
S
x
D
I
 
V
L
 
I
A
x
D
P
x
D
H
 
Y
I
 
P
E
 
E
S
 
M
G
 
K
R
 
S
I
 
V
N
 
-
L
 
-
I
 
-
Y
 
-
S
 
A
T
 
K
F
 
Q
V
 
S
E
 
A
N
 
N
W
|
W
S
 
S
G
 
Q
T
 
T
R
 
E
A
 
A
R
 
Y
F
 
S
E
 
K
L
 
M
Q
 
E
Q
 
T
I
 
I
L
 
L
E
 
Q
S
 
A
H
 
N
G
 
-
T
 
P
D
 
D
I
 
I
D
 
K
A
 
G
V
 
V
I
 
I
A
 
S
C
 
G
S
x
N
D
 
D
P
 
T
M
 
M
G
 
A
V
 
M
G
 
G
A
 
A
I
 
I
E
 
A
L
 
A
L
 
L
S
 
Q
E
 
A
Y
 
A
G
 
G
L
 
R
E
 
K
G
 
-
D
 
D
V
 
V
V
 
I
V
 
V
T
 
V
G
 
G
Q
 
F
D
|
D
A
 
G
I
 
S
L
 
N
D
 
D
A
 
V
V
 
R
R
 
D
Q
 
S
I
 
I
Y
 
K
N
 
S
G
 
G
N
 
G
M
 
I
T
 
K
V
 
A
T
 
T
V
 
V
Y
 
L
H
x
Q
P
 
P
H
 
A
R
 
Y
A
 
A

4rxuA Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein caur_1924 from chloroflexus aurantiacus, target efi-511158, in complex with d-glucose
23% identity, 91% coverage: 32:333/333 of query aligns to 11:338/340 of 4rxuA

query
sites
4rxuA
P
 
P
S
 
T
E
 
K
D
 
D
R
x
E
A
 
P
R
|
R
F
 
W
V
 
I
N
 
Q
E
 
D
G
 
E
R
 
T
F
 
R
M
 
F
G
 
R
E
 
E
R
 
A
F
 
L
A
 
Q
E
 
Q
L
 
A
G
 
G
V
 
Y
N
 
Q
F
 
V
I
 
E
V
 
I
R
 
L
S
 
F
A
 
S
E
 
Q
D
 
G
N
 
S
D
 
S
A
 
A
L
 
K
Q
 
E
L
 
K
R
 
E
Q
 
N
G
 
V
Y
 
E
E
 
A
L
 
L
L
 
I
D
 
A
E
 
K
G
 
G
V
 
I
D
 
K
M
 
V
L
 
L
I
 
I
I
 
I
A
 
C
C
 
P
V
 
H
N
 
D
G
 
G
N
 
T
T
 
A
I
 
A
A
 
A
P
 
A
L
 
A
V
 
A
R
 
E
D
 
A
A
 
A
Q
 
R
R
 
A
R
 
A
G
 
G
V
 
V
R
 
K
V
 
V
I
 
I
A
 
S
Y
 
Y
N
x
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
N
 
R
N
 
E
S
 
T
D
 
D
-
 
A
Y
 
V
D
 
D
L
 
Y
F
 
Y
I
 
V
T
 
T
G
 
F
N
 
D
N
 
S
-
 
I
-
 
A
-
 
V
-
 
G
Q
 
A
Q
 
Q
I
 
Q
A
 
A
Q
 
Q
I
 
Y
F
 
L
C
 
V
D
 
D
A
 
H
A
 
A
L
 
-
R
 
-
L
 
-
K
 
S
P
 
G
S
 
T
G
 
G
N
 
N
Y
 
P
V
 
L
V
 
Y
L
 
L
-
 
Y
G
 
A
G
 
G
D
 
A
R
 
A
F
 
S
D
|
D
R
 
N
N
|
N
G
 
A
L
 
F
E
 
L
L
 
F
K
 
F
Q
 
E
H
 
G
I
 
A
D
 
W
S
 
K
I
 
V
L
 
L
A
 
Q
P
 
P
H
 
K
I
 
I
E
 
A
S
 
D
G
 
G
-
 
T
-
 
F
-
 
V
-
 
I
-
 
K
-
 
N
-
 
S
-
 
S
-
 
E
-
 
A
-
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
N
R
 
K
I
 
L
N
 
D
L
 
L
-
 
T
-
 
R
-
 
D
-
 
E
-
 
M
-
 
A
-
 
K
I
 
I
Y
 
I
S
 
G
T
 
Q
F
 
V
V
 
T
E
 
T
N
 
N
W
|
W
S
 
D
G
 
F
T
 
N
R
 
T
A
 
A
R
 
K
F
 
-
E
 
N
L
 
L
Q
 
A
Q
 
E
I
 
A
L
 
N
E
 
L
S
 
T
H
 
A
G
 
A
T
 
T
D
 
A
I
 
A
D
 
D
A
 
K
-
 
G
-
 
K
-
 
V
-
 
Y
V
 
I
I
 
L
A
 
A
C
 
P
S
x
N
D
 
D
P
 
G
M
 
T
G
 
A
V
 
R
G
 
A
A
 
I
I
 
A
E
 
D
L
 
A
L
 
F
S
 
A
E
 
A
Y
 
D
G
 
K
L
 
D
E
 
V
G
 
T
D
 
E
V
 
Y
V
 
F
V
 
V
T
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
I
 
E
L
 
K
D
 
A
A
 
S
V
 
V
R
 
Q
Q
 
Y
I
 
I
Y
 
I
N
 
D
G
 
G
N
 
R
M
 
Q
T
 
S
V
 
M
T
 
T
V
 
V
Y
 
F
H
x
K
P
 
D
H
 
V
R
 
R
A
 
T
L
 
L
G
 
V
H
 
Q
R
 
D
V
 
A
A
 
I
D
 
K
L
 
A
A
 
A
F
 
V
E
 
A
M
 
L
L
 
L
N
 
Q
G
 
D
E
 
Q
R
 
Q
S
 
P
S
 
E
R
 
A
L
 
R
A
 
G
N
 
T
W
 
Y
Q
 
N
T
 
-
F
 
-
N
 
N
G
 
G
F
 
K
V
 
K
E
 
D
I
 
V
P
 
P
T
 
A
Y
 
I
R
 
Q
M
 
S
N
 
P
S
 
V
V
 
V
A
 
T
I
 
V
T
 
T
R
 
R
Q
 
D
N
 
N
I
 
V
E
 
R
E
 
A
E
 
A
L
 
L
I
 
I
N
 
D
V
 
S
G
 
G
Q
 
Y
Y
 
Y
T
 
S
W
 
A
S
 
S
Q
 
D
I
 
F
R
 
T
N
 
N

4yo7A Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from bacillus halodurans c-125 (bh2323, target efi- 511484) with bound myo-inositol
25% identity, 68% coverage: 57:284/333 of query aligns to 39:263/287 of 4yo7A

query
sites
4yo7A
F
 
F
I
 
I
V
 
F
R
 
S
S
 
D
A
 
A
E
 
Q
D
 
N
N
 
D
D
 
S
A
 
T
L
 
Q
Q
 
Q
L
 
M
R
 
A
Q
 
Q
G
 
V
Y
 
E
E
 
N
L
 
F
L
 
I
D
 
S
E
 
R
G
 
N
V
 
V
D
 
D
M
 
A
L
 
I
I
 
I
I
 
V
A
 
N
C
 
P
V
 
V
N
 
D
G
 
T