SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_083768615.1 NCBI__GCF_000020385.1:WP_083768615.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5npuA Inferred ancestral pyruvate decarboxylase (see paper)
37% identity, 96% coverage: 19:557/563 of query aligns to 3:533/547 of 5npuA

query
sites
5npuA
T
 
T
V
 
V
S
 
G
T
 
H
Y
 
Y
L
 
L
L
 
A
Q
 
T
R
 
R
L
 
L
K
 
A
E
 
Q
L
 
I
G
 
G
V
 
L
N
 
K
H
 
H
L
 
H
F
 
F
G
 
A
V
 
V
P
 
A
G
 
G
D
 
D
Y
 
Y
V
 
N
L
 
L
D
 
V
F
 
L
L
 
L
D
 
D
Q
 
Q
V
 
L
I
 
L
E
 
K
S
 
N
P
 
K
-
 
D
L
 
L
A
 
E
W
 
Q
V
 
V
G
 
Y
T
 
C
C
 
C
N
 
N
E
 
E
L
 
L
N
 
N
A
 
C
G
 
G
Y
 
F
A
 
S
A
 
A
D
 
E
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
R
 
R
L
 
A
N
 
N
G
 
G
L
 
V
G
 
G
G
 
A
A
 
A
V
 
V
V
 
V
T
 
T
Y
 
F
G
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
A
F
 
L
S
 
S
I
 
A
L
 
F
N
 
N
A
 
A
V
 
I
A
 
G
G
 
G
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
E
 
E
M
 
N
V
 
L
P
 
P
L
 
V
V
 
I
L
 
L
I
 
I
S
 
S
G
 
G
A
 
A
P
 
P
P
 
N
T
 
T
G
 
N
R
 
D
R
 
H
K
 
G
A
 
S
G
 
G
A
 
H
L
 
I
V
 
L
H
 
H
H
 
H
L
 
T
V
 
I
A
 
G
-
 
T
-
 
T
D
 
D
Y
 
Y
N
 
G
R
 
Y
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
I
 
M
F
 
A
Q
 
K
K
 
Q
V
 
I
T
 
T
V
 
C
D
 
A
A
 
A
A
 
V
L
 
S
L
 
I
D
 
T
N
 
H
P
 
A
E
 
E
T
 
D
A
 
A
P
 
P
A
 
A
L
 
L
I
 
I
D
 
D
R
 
H
L
 
A
L
 
I
A
 
R
T
 
T
C
 
A
I
 
L
S
 
R
R
 
E
K
 
K
L
 
K
P
 
P
V
 
A
Y
 
Y
L
 
I
E
 
E
L
 
I
P
 
A
A
 
C
D
 
N
M
 
V
A
 
A
R
 
A
A
 
Q
A
 
P
C
 
C
L
 
A
P
 
R
P
 
P
S
 
G
-
 
P
A
 
V
P
 
S
L
 
A
L
 
L
P
 
L
A
 
N
A
 
E
R
 
P
S
 
T
S
 
S
A
 
D
P
 
E
D
 
E
S
 
T
L
 
L
K
 
K
A
 
A
C
 
A
A
 
V
D
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
L
A
 
D
L
 
F
L
 
I
N
 
E
R
 
K
A
 
R
V
 
E
N
 
K
P
 
P
A
 
V
I
 
L
L
 
L
A
 
V
G
 
G
I
 
G
E
 
K
V
 
L
S
 
R
R
 
A
F
 
A
G
 
G
L
 
A
G
 
E
P
 
E
A
 
A
L
 
V
L
 
V
Q
 
E
L
 
L
V
 
A
E
 
D
Q
 
A
A
 
L
E
 
G
L
 
C
P
 
A
F
 
V
A
 
A
T
 
T
M
 
M
L
 
A
S
 
A
S
 
A
K
 
K
S
 
S
V
 
F
L
 
F
P
 
P
E
 
E
L
 
D
H
 
H
P
 
P
Q
 
G
F
 
Y
I
 
V
G
 
G
L
 
T
Y
 
Y
Q
 
W
G
 
G
G
 
E
W
 
V
S
 
S
R
 
S
P
 
P
A
 
G
V
 
V
Q
 
E
Q
 
E
Q
 
I
I
 
V
E
 
D
S
 
W
A
 
A
D
 
D
C
 
G
L
 
I
L
 
I
S
 
C
L
 
L
G
 
G
A
 
P
W
 
V
M
 
F
T
 
N
D
 
D
L
 
Y
D
 
S
T
 
T
G
 
V
I
 
G
F
 
W
S
 
T
I
 
A
H
 
W
I
 
P
D
 
K
P
 
G
Q
 
E
R
 
N
V
 
V
I
 
V
E
 
L
V
 
V
G
 
D
R
 
P
D
 
H
A
 
H
V
 
I
R
 
T
I
 
V
G
 
G
D
 
G
R
 
E
Q
 
E
Y
 
F
P
 
T
D
 
G
I
 
I
L
 
H
P
 
L
G
 
K
D
 
D
L
 
F
I
 
L
R
 
T
E
 
A
L
 
L
V
 
T
P
 
E
R
 
R
L
 
V
R
 
-
P
 
P
R
 
K
S
 
K
Y
 
D
L
 
A
E
 
T
L
 
L
H
 
D
P
 
A
G
 
A
E
 
D
P
 
P
R
 
N
A
 
A
A
 
P
C
 
-
G
 
-
A
 
-
F
 
-
V
 
-
P
 
-
D
 
-
T
 
-
A
 
-
T
 
-
A
 
-
L
 
L
T
 
T
A
 
R
A
 
A
R
 
E
M
 
L
Y
 
C
E
 
R
A
 
Q
I
 
I
H
 
Q
G
 
G
F
 
L
L
 
L
D
 
N
D
 
P
S
 
N
M
 
T
I
 
T
L
 
L
L
 
I
A
 
A
E
 
E
P
 
T
G
 
G
D
|
D
A
 
S
F
 
W
C
 
F
A
 
N
A
 
A
P
 
M
E
 
R
F
 
M
T
 
K
I
 
L
E
 
P
E
 
H
A
 
G
E
 
A
R
 
R
F
 
V
I
 
E
V
 
L
Q
 
E
S
 
M
F
 
Q
Y
 
W
S
x
G
S
x
H
I
|
I
G
 
G
Y
 
W
C
 
S
T
 
V
P
 
P
A
 
A
A
 
T
L
 
F
G
 
G
A
 
Y
R
 
A
L
 
V
A
 
A
R
 
E
P
 
P
G
 
E
R
 
R
R
 
R
P
 
N
V
 
V
V
 
L
M
 
M
T
 
V
G
|
G
D
|
D
G
 
G
A
x
S
F
 
F
Q
 
Q
M
 
L
T
 
T
A
 
A
Q
 
Q
E
 
E
V
 
V
S
 
A
T
 
Q
L
 
M
V
 
V
R
 
R
L
 
R
Q
 
K
I
 
L
P
 
P
A
 
I
V
 
I
V
 
I
L
 
F
V
 
L
I
 
I
N
 
N
N
|
N
D
 
R
G
|
G
Y
|
Y
L
x
T
V
x
I
E
|
E
R
 
V
M
 
K
L
 
I
H
 
H
E
 
-
D
 
D
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
N
 
N
D
 
N
I
 
I
R
 
K
M
 
N
W
 
W
R
 
D
Y
 
Y
A
 
A
A
 
G
L
 
L
P
 
M
E
 
E
L
 
V
F
 
F
N
 
N
A
 
A
G
 
E
S
 
D
G
 
G
-
 
K
G
 
G
L
 
L
G
 
G
I
 
L
R
 
K
V
 
A
T
 
T
T
 
T
E
 
G
G
 
G
E
 
E
L
 
L
H
 
A
A
 
E
A
 
A
L
 
I
Q
 
K
T
 
K
A
 
A
A
 
L
A
 
A
A
 
H
P
 
R
D
 
E
K
 
G
L
 
P
V
 
T
L
 
L
I
 
I
E
 
E
M
 
C
C
 
V
V
 
I
Q
 
D
K
 
R
L
 
D
D
 
D
C
 
C
S
 
T
A
 
P
G
 
E
L
 
L
R
 
V
R
 
T
L
 
W
G
 
G

2vbgA The complex structure of the branched-chain keto acid decarboxylase (kdca) from lactococcus lactis with 2r-1-hydroxyethyl-deazathdp (see paper)
36% identity, 96% coverage: 19:557/563 of query aligns to 8:538/546 of 2vbgA

query
sites
2vbgA
T
 
T
V
 
V
S
 
G
T
 
D
Y
 
Y
L
 
L
L
 
L
Q
 
D
R
 
R
L
 
L
K
 
H
E
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
I
N
 
E
H
 
E
L
 
I
F
 
F
G
 
G
V
|
V
P
|
P
G
|
G
D
|
D
Y
|
Y
V
x
N
L
 
L
D
 
Q
F
 
F
L
 
L
D
 
D
Q
 
Q
V
 
I
I
 
I
E
 
S
-
 
R
S
 
E
P
 
D
L
 
M
A
 
K
W
 
W
V
 
I
G
 
G
T
 
N
C
 
A
N
|
N
E
|
E
L
 
L
N
 
N
A
 
A
G
 
S
Y
 
Y
A
 
M
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
R
 
R
L
 
T
N
 
K
G
 
K
L
 
A
G
 
A
G
 
A
A
 
F
V
 
L
V
 
T
T
|
T
Y
 
F
G
 
G
V
|
V
G
 
G
G
 
E
F
 
L
S
 
S
I
 
A
L
 
I
N
 
N
A
 
G
V
 
L
A
 
A
G
 
G
A
 
S
F
 
Y
A
 
A
E
 
E
M
 
N
V
 
L
P
 
P
L
 
V
V
 
V
L
 
E
I
 
I
S
 
V
G
 
G
A
 
S
P
 
P
P
 
T
T
 
S
G
 
K
R
 
V
R
 
Q
K
 
N
A
 
D
G
 
G
A
 
K
L
x
F
V
|
V
H
|
H
H
|
H
L
 
T
V
x
L
A
|
A
D
 
D
-
 
G
-
 
D
Y
 
F
N
 
K
R
 
H
Q
 
F
L
 
M
E
 
K
I
 
M
F
 
H
Q
 
E
K
 
P
V
 
V
T
 
T
V
 
A
D
 
A
A
 
R
A
 
T
L
 
L
L
 
L
D
 
-
N
 
T
P
 
A
E
 
E
T
 
N
A
 
A
P
 
T
A
 
Y
L
 
E
I
 
I
D
 
D
R
 
R
L
 
V
L
 
L
A
 
S
T
 
Q
C
 
L
I
 
L
S
 
K
R
 
E
K
 
R
L
 
K
P
 
P
V
 
V
Y
 
Y
L
 
I
E
 
N
L
 
L
P
 
P
A
x
V
D
 
D
M
 
V
A
 
A
R
 
A
A
 
A
A
 
K
C
 
A
L
 
E
P
 
K
P
 
P
S
 
A
A
 
L
P
 
S
L
 
L
L
 
E
P
 
N
A
 
T
A
 
T
R
 
E
S
 
Q
S
 
V
A
 
I
P
 
L
D
 
S
S
 
K
L
 
I
K
 
E
A
 
E
C
 
S
A
 
-
D
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
L
N
 
K
R
 
N
A
 
A
V
 
Q
N
 
K
P
 
P
A
 
V
I
 
V
L
 
I
A
 
A
G
 
G
I
 
H
E
 
E
V
 
V
S
 
I
R
 
S
F
 
F
G
 
G
L
 
L
G
 
E
P
 
K
A
 
T
L
 
V
L
 
T
Q
 
Q
L
 
F
V
 
V
E
 
S
Q
 
E
A
 
T
E
 
K
L
 
L
P
 
P
F
 
I
A
 
T
T
 
T
M
 
L
L
 
N
S
 
F
S
 
G
K
 
K
S
 
S
V
 
A
L
 
V
P
 
D
E
 
E
L
 
S
H
 
L
P
 
P
Q
 
S
F
 
F
I
 
L
G
 
G
L
 
I
Y
 
Y
Q
 
N
G
 
G
G
x
K
W
 
L
S
 
S
R
 
E
P
 
I
A
 
S
V
 
L
Q
 
K
Q
 
N
Q
 
F
I
 
V
E
 
E
S
 
S
A
 
A
D
 
D
C
 
F
L
 
I
L
 
L
S
 
M
L
 
L
G
 
G
A
 
V
W
 
K
M
 
L
T
 
T
D
 
D
L
 
S
D
x
S
T
 
T
G
 
G
I
 
A
F
 
F
S
 
T
I
 
H
H
 
H
I
 
L
D
 
D
P
 
E
Q
 
N
R
 
K
V
 
M
I
 
I
E
 
S
V
 
L
G
 
N
R
 
I
D
 
D
A
 
E
V
 
G
R
 
I
I
 
I
G
 
F
D
 
N
R
 
K
Q
 
V
Y
 
V
P
 
E
D
 
D
I
 
F
L
 
D
P
 
-
G
 
-
D
 
-
L
 
-
I
 
F
R
 
R
E
 
A
L
 
V
V
 
V
P
 
S
R
 
S
L
 
L
R
 
S
P
 
E
R
 
L
S
 
K
Y
 
G
L
 
I
E
 
E
L
 
Y
H
 
E
P
 
G
G
 
Q
E
 
Y
P
 
I
R
 
D
A
 
K
A
 
Q
C
 
Y
G
 
E
A
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
P
D
 
S
T
 
S
A
 
A
T
 
-
A
 
P
L
 
L
T
 
S
A
 
Q
A
 
D
R
 
R
M
 
L
Y
 
W
E
 
Q
A
 
A
I
 
V
H
 
E
G
 
S
F
 
L
L
 
T
D
 
Q
D
 
S
S
 
N
M
 
E
I
 
T
L
 
I
L
 
V
A
 
A
E
|
E
P
x
Q
G
|
G
D
x
T
A
 
S
F
 
F
C
 
F
A
 
G
A
 
A
P
 
S
E
 
T
F
 
I
T
 
F
I
 
L
E
 
K
E
 
S
A
 
N
E
 
S
R
 
R
F
 
F
I
 
I
V
 
G
Q
 
Q
S
 
P
F
 
L
Y
 
W
S
x
G
S
|
S
I
|
I
G
 
G
Y
 
Y
C
 
T
T
 
F
P
 
P
A
 
A
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
S
R
 
Q
L
 
I
A
 
A
R
 
D
P
 
K
G
 
E
R
 
S
R
 
R
P
 
H
V
 
L
V
 
L
M
 
F
T
 
I
G
|
G
D
|
D
G
|
G
A
x
S
F
 
L
Q
 
Q
M
 
L
T
 
T
A
 
V
Q
 
Q
E
 
E
V
 
L
S
 
G
T
 
L
L
 
S
V
 
I
R
 
R
L
 
E
Q
 
K
I
 
L
P
 
N
A
 
P
V
 
I
V
 
C
L
 
F
V
 
I
I
 
I
N
 
N
N
|
N
D
 
D
G
|
G
Y
|
Y
L
x
T
V
|
V
E
|
E
R
 
R
M
 
E
L
 
I
H
 
H
E
 
-
D
 
-
G
 
G
P
 
P
-
 
T
-
 
Q
-
 
S
Y
 
Y
N
 
N
D
 
D
I
 
I
R
 
P
M
 
M
W
 
W
R
 
N
Y
 
Y
A
 
S
A
 
K
L
 
L
P
 
P
E
 
E
L
 
T
F
 
F
N
 
G
A
 
A
G
 
T
S
 
E
G
 
D
G
 
R
L
 
V
G
 
V
I
 
S
R
 
K
-
 
I
V
 
V
T
 
R
T
 
T
E
 
E
G
 
N
E
 
E
L
 
F
H
 
V
A
 
S
A
 
V
L
 
M
Q
 
K
T
 
E
A
 
A
A
 
Q
A
 
A
A
 
D
P
 
V
D
 
N
K
 
R
L
 
M
V
 
Y
L
 
W
I
 
I
E
 
E
M
 
L
C
 
V
V
 
L
Q
 
E
K
|
K
L
 
E
D
 
D
C
 
A
S
 
P
A
 
K
G
 
L
L
 
L
R
 
K
R
 
K
L
 
M
G
 
G

2vbfB The holostructure of the branched-chain keto acid decarboxylase (kdca) from lactococcus lactis (see paper)
36% identity, 96% coverage: 19:557/563 of query aligns to 8:538/546 of 2vbfB

query
sites
2vbfB
T
 
T
V
 
V
S
 
G
T
 
D
Y
 
Y
L
 
L
L
 
L
Q
 
D
R
 
R
L
 
L
K
 
H
E
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
I
N
 
E
H
 
E
L
 
I
F
 
F
G
 
G
V
|
V
P
|
P
G
|
G
D
|
D
Y
|
Y
V
x
N
L
 
L
D
 
Q
F
 
F
L
 
L
D
 
D
Q
 
Q
V
 
I
I
 
I
E
 
S
-
 
R
S
 
E
P
 
D
L
 
M
A
 
K
W
 
W
V
 
I
G
 
G
T
 
N
C
 
A
N
|
N
E
|
E
L
 
L
N
 
N
A
 
A
G
 
S
Y
 
Y
A
 
M
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
R
 
R
L
 
T
N
 
K
G
 
K
L
 
A
G
 
A
G
 
A
A
 
F
V
 
L
V
 
T
T
|
T
Y
 
F
G
 
G
V
|
V
G
 
G
G
 
E
F
 
L
S
 
S
I
 
A
L
 
I
N
 
N
A
 
G
V
 
L
A
 
A
G
 
G
A
 
S
F
 
Y
A
 
A
E
 
E
M
 
N
V
 
L
P
 
P
L
 
V
V
 
V
L
 
E
I
 
I
S
 
V
G
 
G
A
 
S
P
 
P
P
 
T
T
 
S
G
 
K
R
 
V
R
 
Q
K
 
N
A
 
D
G
 
G
A
 
K
L
x
F
V
|
V
H
|
H
H
|
H
L
 
T
V
x
L
A
|
A
D
 
D
-
 
G
-
 
D
Y
 
F
N
 
K
R
 
H
Q
 
F
L
 
M
E
 
K
I
 
M
F
 
H
Q
 
E
K
 
P
V
 
V
T
 
T
V
 
A
D
 
A
A
 
R
A
 
T
L
 
L
L
 
L
D
 
-
N
 
T
P
 
A
E
 
E
T
 
N
A
 
A
P
 
T
A
 
Y
L
 
E
I
 
I
D
 
D
R
 
R
L
 
V
L
 
L
A
 
S
T
 
Q
C
 
L
I
 
L
S
 
K
R
 
E
K
 
R
L
 
K
P
 
P
V
 
V
Y
 
Y
L
 
I
E
 
N
L
 
L
P
 
P
A
x
V
D
 
D
M
 
V
A
 
A
R
 
A
A
 
A
A
 
K
C
 
A
L
 
E
P
 
K
P
 
P
S
 
A
A
 
L
P
 
S
L
 
L
L
 
E
P
 
N
A
 
T
A
 
T
R
 
E
S
 
Q
S
 
V
A
 
I
P
 
L
D
 
S
S
 
K
L
 
I
K
 
E
A
 
E
C
 
S
A
 
-
D
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
L
N
 
K
R
 
N
A
 
A
V
 
Q
N
 
K
P
 
P
A
 
V
I
 
V
L
 
I
A
 
A
G
 
G
I
 
H
E
 
E
V
 
V
S
 
I
R
 
S
F
 
F
G
 
G
L
 
L
G
 
E
P
 
K
A
 
T
L
 
V
L
 
T
Q
 
Q
L
 
F
V
 
V
E
 
S
Q
 
E
A
 
T
E
 
K
L
 
L
P
 
P
F
 
I
A
 
T
T
 
T
M
 
L
L
 
N
S
 
F
S
 
G
K
 
K
S
 
S
V
 
A
L
 
V
P
 
D
E
 
E
L
 
S
H
 
L
P
 
P
Q
 
S
F
 
F
I
 
L
G
 
G
L
 
I
Y
 
Y
Q
 
N
G
 
G
G
x
K
W
 
L
S
 
S
R
 
E
P
 
I
A
 
S
V
 
L
Q
 
K
Q
 
N
Q
 
F
I
 
V
E
 
E
S
 
S
A
 
A
D
 
D
C
 
F
L
 
I
L
 
L
S
 
M
L
 
L
G
 
G
A
 
V
W
 
K
M
 
L
T
 
T
D
 
D
L
 
S
D
x
S
T
 
T
G
 
G
I
 
A
F
 
F
S
 
T
I
 
H
H
 
H
I
 
L
D
 
D
P
 
E
Q
 
N
R
 
K
V
 
M
I
 
I
E
 
S
V
 
L
G
 
N
R
 
I
D
 
D
A
 
E
V
 
G
R
 
I
I
 
I
G
 
F
D
 
N
R
 
K
Q
 
V
Y
 
V
P
 
E
D
 
D
I
 
F
L
 
D
P
 
-
G
 
-
D
 
-
L
 
-
I
 
F
R
 
R
E
 
A
L
 
V
V
 
V
P
 
S
R
 
S
L
 
L
R
 
S
P
 
E
R
 
L
S
 
K
Y
 
G
L
 
I
E
 
E
L
 
Y
H
 
E
P
 
G
G
 
Q
E
 
Y
P
 
I
R
 
D
A
 
K
A
 
Q
C
 
Y
G
 
E
A
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
P
D
 
S
T
 
S
A
 
A
T
 
-
A
 
P
L
 
L
T
 
S
A
 
Q
A
 
D
R
 
R
M
 
L
Y
 
W
E
 
Q
A
 
A
I
 
V
H
 
E
G
 
S
F
 
L
L
 
T
D
 
Q
D
 
S
S
 
N
M
 
E
I
 
T
L
 
I
L
 
V
A
 
A
E
|
E
P
x
Q
G
|
G
D
x
T
A
 
S
F
 
F
C
 
F
A
 
G
A
 
A
P
 
S
E
 
T
F
 
I
T
 
F
I
 
L
E
 
K
E
 
S
A
 
N
E
 
S
R
 
R
F
 
F
I
 
I
V
 
G
Q
 
Q
S
 
P
F
 
L
Y
 
W
S
x
G
S
|
S
I
|
I
G
 
G
Y
 
Y
C
 
T
T
 
F
P
 
P
A
 
A
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
S
R
 
Q
L
 
I
A
 
A
R
 
D
P
 
K
G
 
E
R
 
S
R
 
R
P
 
H
V
 
L
V
 
L
M
 
F
T
 
I
G
|
G
D
|
D
G
|
G
A
x
S
F
 
L
Q
 
Q
M
 
L
T
 
T
A
 
V
Q
 
Q
E
 
E
V
 
L
S
 
G
T
 
L
L
 
S
V
 
I
R
 
R
L
 
E
Q
 
K
I
 
L
P
 
N
A
 
P
V
 
I
V
 
C
L
 
F
V
 
I
I
 
I
N
 
N
N
|
N
D
 
D
G
|
G
Y
|
Y
L
x
T
V
|
V
E
|
E
R
 
R
M
 
E
L
 
I
H
 
H
E
 
-
D
 
-
G
 
G
P
 
P
-
 
T
-
 
Q
-
 
S
Y
 
Y
N
 
N
D
 
D
I
 
I
R
 
P
M
 
M
W
 
W
R
 
N
Y
 
Y
A
 
S
A
 
K
L
 
L
P
 
P
E
 
E
L
 
T
F
 
F
N
 
G
A
 
A
G
 
T
S
 
E
G
 
D
G
 
R
L
 
V
G
 
V
I
 
S
R
 
K
-
 
I
V
 
V
T
 
R
T
 
T
E
 
E
G
 
N
E
 
E
L
 
F
H
 
V
A
 
S
A
 
V
L
 
M
Q
 
K
T
 
E
A
 
A
A
 
Q
A
 
A
A
 
D
P
 
V
D
 
N
K
 
R
L
 
M
V
 
Y
L
 
W
I
 
I
E
 
E
M
 
L
C
 
V
V
 
L
Q
 
E
K
|
K
L
 
E
D
 
D
C
 
A
S
 
P
A
 
K
G
 
L
L
 
L
R
 
K
R
 
K
L
 
M
G
 
G

6vgsBBB Alpha-keto acid decarboxylase (see paper)
36% identity, 96% coverage: 19:557/563 of query aligns to 3:534/543 of 6vgsBBB

query
sites
6vgsBBB
T
 
T
V
 
V
S
 
G
T
 
D
Y
 
Y
L
 
L
L
 
L
Q
 
D
R
 
R
L
 
L
K
 
H
E
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
I
N
 
E
H
 
E
L
 
I
F
 
F
G
 
G
V
|
V
P
|
P
G
|
G
D
|
D
Y
|
Y
V
x
N
L
 
L
D
 
Q
F
 
F
L
 
L
D
 
D
Q
 
H
V
 
I
I
 
I
E
 
S
-
 
R
S
 
K
P
 
D
L
 
M
A
 
K
W
 
W
V
 
V
G
 
G
T
 
N
C
 
A
N
 
N
E
|
E
L
 
L
N
 
N
A
 
A
G
 
S
Y
 
Y
A
 
M
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
R
 
R
L
 
T
N
 
K
G
 
K
L
 
A
G
 
A
G
 
A
A
 
F
V
 
L
V
 
T
T
|
T
Y
 
F
G
 
G
V
|
V
G
 
G
G
 
E
F
 
L
S
 
S
I
 
A
L
 
V
N
 
N
A
 
G
V
 
L
A
 
A
G
 
G
A
 
S
F
 
Y
A
 
A
E
 
E
M
 
N
V
 
L
P
 
P
L
 
V
V
 
V
L
 
E
I
 
I
S
 
V
G
 
G
A
 
S
P
 
P
P
 
T
T
 
S
G
 
K
R
 
V
R
 
Q
K
 
N
A
 
E
G
 
G
A
 
K
L
 
F
V
 
V
H
|
H
H
|
H
L
 
T
V
x
L
A
|
A
D
 
D
-
 
G
-
 
D
Y
 
F
N
 
K
R
 
H
Q
 
F
L
 
M
E
 
K
I
 
M
F
 
H
Q
 
E
K
 
P
V
 
V
T
 
T
V
 
A
D
 
A
A
 
R
A
 
T
L
 
L
L
 
L
D
 
-
N
 
T
P
 
A
E
 
E
T
 
N
A
 
A
P
 
T
A
 
V
L
 
E
I
 
I
D
 
D
R
 
R
L
 
V
L
 
L
A
 
S
T
 
A
C
 
L
I
 
L
S
 
K
R
 
E
K
 
R
L
 
K
P
 
P
V
 
V
Y
 
Y
L
 
I
E
 
N
L
 
L
P
 
P
A
x
V
D
 
D
M
 
V
A
 
A
R
 
A
A
 
A
A
 
K
C
 
A
L
 
E
P
 
K
P
 
P
S
 
S
A
 
L
P
 
P
L
 
L
L
 
-
P
 
-
A
 
T
A
 
S
R
 
N
S
 
T
S
 
S
A
 
D
P
 
Q
D
 
E
S
 
I
L
 
L
K
 
N
A
 
K
C
 
I
A
 
Q
D
 
E
A
 
S
A
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
L
N
 
K
R
 
N
A
 
A
V
 
K
N
 
K
P
 
P
A
 
I
I
 
V
L
 
I
A
 
T
G
 
G
I
 
H
E
 
E
V
 
I
S
 
I
R
 
S
F
 
F
G
 
G
L
 
L
G
 
E
P
 
K
A
 
T
L
 
V
L
 
S
Q
 
Q
L
 
F
V
 
I
E
 
S
Q
 
K
A
 
T
E
 
K
L
 
L
P
 
P
F
 
I
A
 
T
T
 
T
M
 
L
L
 
N
S
 
F
S
 
G
K
 
K
S
 
S
V
 
S
L
 
V
P
 
D
E
 
E
L
 
A
H
 
L
P
 
P
Q
 
S
F
 
F
I
 
L
G
 
G
L
 
I
Y
 
Y
Q
 
N
G
 
G
G
 
K
W
 
L
S
 
S
R
 
E
P
 
P
A
 
N
V
 
L
Q
 
K
Q
 
E
Q
 
F
I
 
V
E
 
E
S
 
S
A
 
A
D
 
D
C
 
F
L
 
I
L
 
L
S
 
M
L
 
L
G
 
G
A
 
V
W
 
K
M
 
L
T
 
T
D
 
D
L
 
S
D
x
S
T
 
T
G
 
G
I
 
V
F
 
F
S
 
T
I
 
H
H
 
H
I
 
L
D
 
N
P
 
E
Q
 
N
R
 
K
V
 
M
I
 
I
E
 
S
V
 
L
G
 
N
R
 
I
D
 
D
A
 
E
V
 
G
R
 
K
I
 
I
G
 
-
D
 
-
R
 
-
Q
 
-
Y
 
F
P
 
N
D
 
E
I
 
S
L
 
I
P
 
Q
G
 
N
D
 
F
L
 
D
I
 
F
R
 
E
E
 
S
L
 
L
V
 
I
P
 
S
R
 
S
L
 
L
R
 
L
P
 
D
R
 
L
S
 
S
Y
 
E
L
 
I
E
 
E
L
 
Y
H
 
K
P
 
G
G
 
K
E
 
Y
P
 
I
R
 
D
A
 
K
A
 
K
C
 
Q
G
 
E
A
 
D
F
 
F
V
 
V
P
 
P
D
 
S
T
 
N
A
 
A
T
 
L
A
 
-
L
 
L
T
 
S
A
 
Q
A
 
D
R
 
R
M
 
L
Y
 
W
E
 
Q
A
 
A
I
 
V
H
 
E
G
 
N
F
 
L
L
 
T
D
 
Q
D
 
S
S
 
N
M
 
E
I
 
T
L
 
I
L
 
V
A
 
A
E
 
E
P
x
Q
G
 
G
D
x
T
A
 
S
F
 
F
C
 
F
A
 
G
A
 
A
P
 
S
E
 
P
F
 
I
T
 
F
I
 
L
E
 
K
E
 
P
A
 
K
E
 
S
R
 
H
F
 
F
I
 
I
V
 
G
Q
 
Q
S
 
P
F
 
L
Y
 
W
S
x
G
S
 
S
I
|
I
G
 
G
Y
 
Y
C
 
T
T
 
F
P
 
P
A
 
A
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
S
R
 
Q
L
 
I
A
 
A
R
 
D
P
 
K
G
 
E
R
 
S
R
 
R
P
 
H
V
 
L
V
 
L
M
 
F
T
 
I
G
|
G
D
|
D
G
|
G
A
x
S
F
 
L
Q
 
Q
M
 
L
T
 
T
A
 
V
Q
 
Q
E
 
E
V
 
L
S
 
G
T
 
L
L
 
A
V
 
I
R
 
R
L
 
E
Q
 
K
I
 
I
P
 
N
A
 
P
V
 
I
V
 
C
L
 
F
V
 
I
I
 
I
N
 
N
N
|
N
D
 
D
G
|
G
Y
|
Y
L
x
T
V
|
V
E
|
E
R
 
R
M
 
E
L
 
I
H
 
H
E
 
-
D
 
-
G
 
G
P
 
P
-
 
N
-
 
Q
-
 
S
Y
 
Y
N
 
N
D
 
D
I
 
I
R
 
P
M
 
M
W
 
W
R
 
N
Y
 
Y
A
 
S
A
 
K
L
 
L
P
 
P
E
 
E
L
 
S
F
 
F
N
 
G
A
 
A
G
 
T
S
 
E
G
 
E
G
 
R
L
 
V
G
 
V
I
 
S
R
 
K
-
 
I
V
 
V
T
 
R
T
 
T
E
 
E
G
 
N
E
 
E
L
 
F
H
 
V
A
 
S
A
 
V
L
 
M
Q
 
K
T
 
E
A
 
A
A
 
Q
A
 
A
A
 
D
P
 
P
D
 
N
K
 
R
L
 
M
V
 
Y
L
 
W
I
 
I
E
 
E
M
 
L
C
 
I
V
 
L
Q
 
A
K
 
K
L
 
E
D
 
D
C
 
A
S
 
P
A
 
K
G
 
V
L
 
L
R
 
K
R
 
K
L
 
M
G
 
G

P23234 Indole-3-pyruvate decarboxylase; Indolepyruvate decarboxylase; EC 4.1.1.74 from Enterobacter cloacae (see paper)
38% identity, 95% coverage: 14:548/563 of query aligns to 1:534/552 of P23234

query
sites
P23234
M
 
M
P
 
R
T
 
T
E
 
P
S
 
Y
T
 
C
V
 
V
S
 
A
T
 
D
Y
 
Y
L
 
L
L
 
L
Q
 
D
R
 
R
L
 
L
K
 
T
E
 
D
L
 
C
G
 
G
V
 
A
N
 
D
H
 
H
L
 
L
F
 
F
G
 
G
V
 
V
P
 
P
G
 
G
D
 
D
Y
 
Y
V
 
N
L
 
L
D
 
Q
F
 
F
L
 
L
D
 
D
Q
 
H
V
 
V
I
 
I
E
 
D
S
 
S
P
 
P
-
 
D
L
 
I
A
 
C
W
 
W
V
 
V
G
 
G
T
 
C
C
 
A
N
 
N
E
|
E
L
 
L
N
 
N
A
 
A
G
 
S
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
R
 
R
L
 
C
N
 
K
G
 
G
L
 
F
G
 
A
G
 
A
A
 
L
V
 
L
V
 
T
T
 
T
Y
 
F
G
 
G
V
 
V
G
 
G
G
 
E
F
 
L
S
 
S
I
 
A
L
 
M
N
 
N
A
 
G
V
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
S
F
 
Y
A
 
A
E
 
E
M
 
H
V
 
V
P
 
P
L
 
V
V
 
L
L
 
H
I
 
I
S
 
V
G
 
G
A
 
A
P
 
P
P
 
G
T
 
T
G
 
A
R
 
A
R
 
Q
K
 
Q
A
 
R
G
 
G
A
 
E
L
 
L
V
 
L
H
 
H
H
 
H
L
 
T
V
 
L
A
 
G
D
 
D
-
 
G
-
 
E
Y
 
F
N
 
R
R
 
H
Q
 
F
L
 
Y
E
 
H
I
 
M
F
 
S
Q
 
E
K
 
P
V
 
I
T
 
T
V
 
V
D
 
A
A
 
Q
A
 
A
L
 
V
L
 
L
D
 
-
N
 
T
P
 
E
E
 
Q
T
 
N
A
 
A
P
 
C
A
 
Y
L
 
E
I
 
I
D
 
D
R
 
R
L
 
V
L
 
L
A
 
T
T
 
T
C
 
M
I
 
L
S
 
R
R
 
E
K
 
R
L
 
R
P
 
P
V
 
G
Y
 
Y
L
 
L
E
 
M
L
 
L
P
 
P
A
 
A
D
 
D
M
 
V
A
 
A
R
 
K
A
 
K
A
 
A
C
 
A
L
 
T
P
 
P
P
 
P
S
 
V
A
 
N
P
 
A
L
 
L
L
 
T
P
 
H
A
 
K
A
 
Q
R
 
A
S
 
H
S
 
A
A
 
D
P
 
S
D
 
A
S
 
C
L
 
L
K
 
K
A
 
A
C
 
F
A
 
R
D
 
D
A
 
A
A
 
A
A
 
E
A
 
N
L
 
K
L
 
L
N
 
A
R
 
M
A
 
S
V
 
K
N
 
R
P
 
T
A
 
A
I
 
L
L
 
L
A
 
A
G
 
D
I
 
F
E
 
L
V
 
V
S
 
L
R
 
R
F
 
H
G
 
G
L
 
L
G
 
K
P
 
H
A
 
A
L
 
L
L
 
Q
Q
 
K
L
 
W
V
 
V
E
 
K
Q
 
E
A
 
V
E
 
P
L
 
M
P
 
A
F
 
H
A
 
A
T
 
T
M
 
M
L
 
L
S
 
M
S
 
G
K
 
K
S
 
G
V
 
I
L
 
F
P
 
D
E
 
E
L
 
R
H
 
Q
P
 
A
Q
 
G
F
 
F
I
 
Y
G
 
G
L
 
T
Y
 
Y
Q
 
S
G
 
G
G
 
S
W
 
A
S
 
S
R
 
T
P
 
G
A
 
A
V
 
V
Q
 
K
Q
 
E
Q
 
A
I
 
I
E
 
E
S
 
G
A
 
A
D
 
D
C
 
T
L
 
V
L
 
L
S
 
C
L
 
V
G
 
G
A
 
T
W
 
R
M
 
F
T
 
T
D
 
D
L
 
T
D
 
L
T
 
T
G
 
A
I
 
G
F
 
F
S
 
T
I
 
H
H
 
Q
I
 
L
D
 
T
P
 
P
Q
 
A
R
 
Q
V
 
T
I
 
I
E
 
E
V
 
V
G
 
Q
R
 
P
D
 
H
A
 
A
V
 
A
R
 
R
I
 
V
G
 
G
D
 
D
R
 
V
Q
 
W
Y
 
F
P
 
T
D
 
G
I
 
I
L
 
P
P
 
M
G
 
N
D
 
Q
L
 
A
I
 
I
R
 
E
E
 
T
L
 
L
V
 
V
P
 
E
R
 
L
L
 
C
R
 
K
P
 
Q
R
 
H
S
 
-
Y
 
-
L
 
-
E
 
-
L
 
V
H
 
H
P
 
A
G
 
G
E
 
L
P
 
M
R
 
S
A
 
S
A
 
S
C
 
S
G
 
G
A
 
A
F
 
I
-
 
P
V
 
F
P
 
P
D
 
Q
T
 
P
A
 
D
T
 
G
A
 
S
L
 
L
T
 
T
A
 
Q
A
 
E
R
 
N
M
 
F
Y
 
W
E
 
R
A
 
T
I
 
L
H
 
Q
G
 
T
F
 
F
L
 
I
D
 
R
D
 
P
S
 
G
M
 
D
I
 
I
L
 
I
L
 
L
A
 
A
E
 
D
P
 
Q
G
 
G
D
 
T
A
 
S
F
 
A
C
 
F
A
 
G
A
 
A
P
 
I
E
 
D
F
 
L
T
 
R
I
 
L
E
 
P
E
 
A
A
 
D
E
 
V
R
 
N
F
 
F
I
 
I
V
 
V
Q
 
Q
S
 
P
F
 
L
Y
 
W
S
 
G
S
 
S
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
C
 
T
T
 
L
P
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
F
G
 
G
A
 
A
R
 
Q
L
 
T
A
 
A
R
 
C
P
 
P
G
 
N
R
 
R
R
 
R
P
 
V
V
 
I
V
 
V
M
 
L
T
 
T
G
 
G
D
|
D
G
 
G
A
 
A
F
 
A
Q
 
Q
M
 
L
T
 
T
A
 
I
Q
 
Q
E
 
E
V
 
L
S
 
G
T
 
S
L
 
M
V
 
L
R
 
R
L
 
D
Q
 
K
I
 
Q
P
 
H
A
 
P
V
 
I
V
 
I
L
 
L
V
 
V
I
 
L
N
 
N
N
|
N
D
 
E
G
 
G
Y
 
Y
L
 
T
V
 
V
E
 
E
R
 
R
M
 
A
L
 
I
H
 
H
-
 
G
E
 
A
D
 
E
G
 
Q
P
 
R
Y
 
Y
N
 
N
D
 
D
I
 
I
R
 
A
M
 
L
W
 
W
R
 
N
Y
 
W
A
 
T
A
 
H
L
 
I
P
 
P
E
 
Q
L
 
A
F
 
L
N
 
S
A
 
L
G
 
D
S
 
P
G
 
Q
G
 
S
L
 
E
G
 
C
I
 
W
R
 
R
V
 
V
T
 
-
T
 
S
E
 
E
G
 
A
E
 
E
L
 
Q
H
 
L
A
 
A
A
 
D
L
 
V
Q
 
L
T
 
E
A
 
K
A
 
V
A
 
A
A
 
H
P
 
H
D
 
E
K
 
R
L
 
L
V
 
S
L
 
L
I
 
I
E
 
E
M
 
V
C
 
M
V
 
L
Q
 
P
K
 
K
L
 
A
D
 
D

1ovmA Crystal structure of indolepyruvate decarboxylase from enterobacter cloacae (see paper)
38% identity, 95% coverage: 16:548/563 of query aligns to 1:518/535 of 1ovmA

query
sites
1ovmA
T
 
T
E
 
P
S
 
Y
T
 
C
V
 
V
S
 
A
T
 
D
Y
 
Y
L
 
L
L
 
L
Q
 
D
R
 
R
L
 
L
K
 
T
E
 
D
L
 
C
G
 
G
V
 
A
N
 
D
H
 
H
L
 
L
F
 
F
G
 
G
V
 
V
P
|
P
G
|
G
D
|
D
Y
|
Y
V
x
N
L
 
L
D
 
Q
F
 
F
L
 
L
D
 
D
Q
 
H
V
 
V
I
 
I
E
 
D
S
 
S
P
 
P
-
 
D
L
 
I
A
 
C
W
 
W
V
 
V
G
 
G
T
 
C
C
 
A
N
 
N
E
|
E
L
 
L
N
 
N
A
 
A
G
 
S
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
R
 
R
L
 
C
N
 
K
G
 
G
L
 
F
G
 
A
G
 
A
A
 
L
V
 
L
V
 
T
T
|
T
Y
 
F
G
 
G
V
|
V
G
 
G
G
 
E
F
 
L
S
 
S
I
 
A
L
 
M
N
 
N
A
 
G
V
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
S
F
 
Y
A
 
A
E
 
E
M
 
H
V
 
V
P
 
P
L
 
V
V
 
L
L
 
H
I
 
I
S
 
V
G
 
G
A
 
A
P
 
P
P
 
G
T
 
T
G
 
A
R
 
A
R
 
Q
K
 
Q
A
 
R
G
 
G
A
 
E
L
 
L
V
 
L
H
|
H
H
|
H
L
 
T
V
x
L
A
x
G
D
 
D
-
 
G
-
 
E
Y
 
F
N
 
R
R
 
H
Q
 
F
L
 
Y
E
 
H
I
 
M
F
 
S
Q
 
E
K
 
P
V
 
I
T
 
T
V
 
V
D
 
A
A
 
Q
A
 
A
L
 
V
L
 
L
D
 
-
N
 
T
P
 
E
E
 
Q
T
 
N
A
 
A
P
 
C
A
 
Y
L
 
E
I
 
I
D
 
D
R
 
R
L
 
V
L
 
L
A
 
T
T
 
T
C
 
M
I
 
L
S
 
R
R
 
E
K
 
R
L
 
R
P
 
P
V
 
G
Y
 
Y
L
 
L
E
 
M
L
 
L
P
 
P
A
|
A
D
 
D
M
 
V
A
 
A
R
 
K
A
 
K
A
 
A
C
 
A
L
 
T
P
 
P
P
 
P
S
 
V
A
 
N
P
 
A
L
 
L
L
 
T
P
 
H
A
 
K
A
 
Q
R
 
A
S
 
H
S
 
A
A
 
D
P
 
S
D
 
A
S
 
C
L
 
L
K
 
K
A
 
A
C
 
F
A
 
R
D
 
D
A
 
A
A
 
A
A
 
E
A
 
N
L
 
K
L
 
L
N
 
A
R
 
M
A
 
S
V
 
K
N
 
R
P
 
T
A
 
A
I
 
L
L
 
L
A
 
A
G
 
D
I
 
F
E
 
L
V
 
V
S
 
L
R
 
R
F
 
H
G
 
G
L
 
L
G
 
K
P
 
H
A
 
A
L
 
L
L
 
Q
Q
 
K
L
 
W
V
 
V
E
 
K
Q
 
E
A
 
V
E
 
P
L
 
M
P
 
A
F
 
H
A
 
A
T
 
T
M
 
M
L
 
L
S
 
M
S
 
G
K
 
K
S
 
G
V
 
I
L
 
F
P
 
D
E
 
E
L
 
R
H
 
Q
P
 
A
Q
 
G
F
 
F
I
 
Y
G
 
G
L
 
T
Y
 
Y
Q
 
S
G
 
G
G
x
S
W
 
A
S
 
S
R
 
T
P
 
G
A
 
A
V
 
V
Q
 
K
Q
 
E
Q
 
A
I
 
I
E
 
E
S
 
G
A
 
A
D
 
D
C
 
T
L
 
V
L
 
L
S
 
C
L
 
V
G
 
G
A
 
T
W
 
R
M
 
F
T
 
T
D
 
D
L
 
T
D
x
L
T
 
T
G
 
A
I
 
G
F
 
F
S
 
T
I
 
H
H
 
Q
I
 
L
D
 
T
P
 
P
Q
 
A
R
 
Q
V
 
T
I
 
I
E
 
E
V
 
V
G
 
Q
R
 
P
D
 
H
A
 
A
V
 
A
R
 
R
I
 
V
G
 
G
D
 
D
R
 
V
Q
 
W
Y
 
F
P
 
T
D
 
G
I
 
I
L
 
P
P
 
M
G
 
N
D
 
Q
L
 
A
I
 
I
R
 
E
E
 
T
L
 
L
V
 
V
P
 
-
R
 
-
L
 
-
R
 
-
P
 
-
R
 
-
S
 
-
Y
 
-
L
 
-
E
 
E
L
 
L
H
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
-
P
 
-
R
 
-
A
 
-
A
 
-
C
 
C
G
 
K
A
 
Q
F
 
H
V
 
V
P
 
H
D
 
A
T
 
P
A
 
D
T
 
G
A
 
S
L
 
L
T
 
T
A
 
Q
A
 
E
R
 
N
M
 
F
Y
 
W
E
 
R
A
 
T
I
 
L
H
 
Q
G
 
T
F
 
F
L
 
I
D
 
R
D
 
P
S
 
G
M
 
D
I
 
I
L
 
I
L
 
L
A
 
A
E
 
D
P
x
Q
G
 
G
D
x
T
A
 
S
F
 
A
C
 
F
A
 
G
A
 
A
P
 
I
E
 
D
F
 
L
T
 
R
I
 
L
E
 
P
E
 
A
A
 
D
E
 
V
R
 
N
F
 
F
I
 
I
V
 
V
Q
 
Q
S
 
P
F
 
L
Y
 
W
S
x
G
S
|
S
I
|
I
G
 
G
Y
 
Y
C
 
T
T
 
L
P
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
F
G
 
G
A
 
A
R
 
Q
L
 
T
A
 
A
R
 
C
P
 
P
G
 
N
R
 
R
R
 
R
P
 
V
V
 
I
V
 
V
M
 
L
T
 
T
G
|
G
D
|
D
G
|
G
A
|
A
F
 
A
Q
 
Q
M
 
L
T
 
T
A
 
I
Q
 
Q
E
 
E
V
 
L
S
 
G
T
 
S
L
 
M
V
 
L
R
 
R
L
 
D
Q
 
K
I
 
Q
P
 
H
A
 
P
V
 
I
V
 
I
L
 
L
V
 
V
I
 
L
N
 
N
N
|
N
D
 
E
G
|
G
Y
|
Y
L
x
T
V
|
V
E
|
E
R
 
R
M
 
A
L
x
I
H
 
H
-
 
G
E
 
A
D
 
E
G
 
Q
P
 
R
Y
 
Y
N
 
N
D
 
D
I
 
I
R
 
A
M
 
L
W
 
W
R
 
N
Y
 
W
A
 
T
A
 
H
L
 
I
P
 
P
E
 
Q
L
 
A
F
 
L
N
 
S
A
 
L
G
 
D
S
 
P
G
 
Q
G
 
S
L
 
E
G
 
C
I
 
W
R
 
R
V
 
V
T
 
-
T
 
S
E
 
E
G
 
A
E
 
E
L
 
Q
H
 
L
A
 
A
A
 
D
L
 
V
Q
 
L
T
 
E
A
 
K
A
 
V
A
 
A
A
 
H
P
 
H
D
 
E
K
 
R
L
 
L
V
 
S
L
 
L
I
 
I
E
 
E
M
 
V
C
 
M
V
 
L
Q
 
P
K
|
K
L
 
A
D
 
D

2vbiA Holostructure of pyruvate decarboxylase from acetobacter pasteurianus
36% identity, 96% coverage: 19:557/563 of query aligns to 3:543/554 of 2vbiA

query
sites
2vbiA
T
 
T
V
 
V
S
 
G
T
 
M
Y
 
Y
L
 
L
L
 
A
Q
 
E
R
 
R
L
 
L
K
 
V
E
 
Q
L
 
I
G
 
G
V
 
L
N
 
K
H
 
H
L
 
H
F
 
F
G
 
A
V
 
V
P
x
A
G
|
G
D
|
D
Y
|
Y
-
x
N
V
 
L
L
 
V
D
 
L
F
 
L
L
 
D
D
 
Q
Q
 
L
V
 
L
I
 
L
E
 
N
S
 
K
P
 
D
L
 
M
A
 
K
W
 
Q
V
 
I
G
 
Y
T
 
C
C
 
C
N
 
N
E
|
E
L
 
L
N
 
N
A
 
C
G
 
G
Y
 
F
A
 
S
A
 
A
D
 
E
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
R
 
R
L
 
S
N
 
N
G
 
G
L
 
A
G
 
A
G
 
A
A
 
A
V
 
V
V
 
V
T
|
T
Y
 
F
G
 
S
V
|
V
G
 
G
G
 
A
F
 
I
S
 
S
I
 
A
L
 
M
N
 
N
A
 
A
V
 
L
A
 
G
G
 
G
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
E
 
E
M
 
N
V
 
L
P
 
P
L
 
V
V
 
I
L
 
L
I
 
I
S
 
S
G
 
G
A
 
A
P
 
P
P
 
N
T
 
S
G
 
N
R
 
D
R
 
Q
K
 
G
A
 
T
G
 
G
A
 
H
L
 
I
V
 
L
H
|
H
H
|
H
L
 
T
V
x
I
-
x
G
-
 
K
A
 
T
D
 
D
Y
 
Y
N
 
S
R
 
Y
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
I
 
M
F
 
A
Q
 
R
K
 
Q
V
 
V
T
 
T
V
 
C
D
 
A
A
 
A
A
 
E
L
 
S
L
 
I
D
 
T
N
 
D
P
 
A
E
 
H
T
 
S
A
 
A
P
 
P
A
 
A
L
 
K
I
 
I
D
 
D
R
 
H
L
 
V
L
 
I
A
 
R
T
 
T
C
 
A
I
 
L
S
 
R
R
 
E
K
 
R
L
 
K
P
 
P
V
 
A
Y
 
Y
L
 
L
E
 
D
L
 
I
P
 
A
A
x
C
D
 
N
M
 
I
A
 
A
R
 
S
A
 
E
A
 
P
C
 
C
L
 
V
P
 
R
P
 
P
S
 
G
-
 
P
-
 
V
A
 
S
P
 
S
L
 
L
L
 
L
P
 
-
A
 
-
A
 
-
R
 
-
S
 
-
S
 
S
A
 
E
P
 
P
D
 
E
-
 
I
-
 
D
-
 
H
-
 
T
S
 
S
L
 
L
K
 
K
A
 
A
C
 
A
A
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
T
A
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
L
N
 
E
R
 
K
A
 
S
V
 
A
N
 
S
P
 
P
A
 
V
I
 
M
L
 
L
A
 
L
G
 
G
I
 
S
E
 
K
V
 
L
S
 
R
R
 
A
F
 
A
G
 
N
L
 
A
G
 
L
P
 
A
A
 
A
L
 
T
L
 
E
Q
 
T
L
 
L
V
 
A
E
 
D
Q
 
K
A
 
L
E
 
Q
L
 
C
P
 
A
F
 
V
A
 
T
T
 
I
M
 
M
L
 
A
S
 
A
S
 
A
K
 
K
S
 
G
V
 
F
L
 
F
P
 
P
E
 
E
L
 
D
H
 
H
P
 
A
Q
 
G
F
 
F
I
 
R
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
Q
 
W
G
 
G
G
 
E
W
 
V
S
 
S
R
 
N
P
 
P
A
 
G
V
 
V
Q
 
Q
Q
 
E
Q
 
L
I
 
V
E
 
E
S
 
T
A
 
S
D
 
D
C
 
A
L
 
L
L
 
L
S
 
C
L
 
I
G
 
A
A
 
P
W
 
V
M
 
F
T
 
N
D
 
D
L
 
Y
D
x
S
T
 
T
G
 
V
I
 
G
F
 
W
S
 
S
I
 
A
H
 
W
I
 
P
D
 
K
P
 
G
Q
 
P
R
 
N
V
 
V
I
 
I
E
 
L
V
 
A
G
 
E
R
 
P
D
 
D
A
 
R
V
 
V
R
 
T
I
 
V
G
 
D
D
 
G
R
 
R
Q
 
A
Y
 
Y
P
 
D
D
 
-
I
 
-
L
 
-
P
 
-
G
 
G
D
 
F
L
 
T
I
 
L
R
 
R
E
 
A
L
 
F
V
 
L
P
 
Q
R
 
A
L
 
L
R
 
A
P
 
E
R
 
K
S
 
A
Y
 
-
L
 
-
E
 
-
L
 
-
H
 
-
P
 
P
G
 
A
E
 
R
P
 
P
R
 
A
A
 
S
A
 
A
C
 
Q
G
 
K
A
 
S
F
 
S
V
 
V
P
 
P
D
 
T
-
 
C
-
 
S
-
 
L
T
 
T
A
 
A
T
 
T
A
 
S
-
 
D
-
 
E
-
 
A
-
 
G
L
 
L
T
 
T
A
 
N
A
 
D
R
 
E
M
 
I
Y
 
V
E
 
R
A
 
H
I
 
I
H
 
N
G
 
A
F
 
L
L
 
L
D
 
T
D
 
S
S
 
N
M
 
T
I
 
T
L
 
L
L
 
V
A
 
A
E
 
E
P
x
T
G
 
G
D
|
D
A
 
S
F
 
W
C
 
F
A
 
N
A
 
A
P
 
M
E
 
R
F
 
M
T
 
T
I
 
L
E
 
P
E
 
R
A
 
G
E
 
A
R
 
R
F
 
V
I
 
E
V
 
L
Q
 
E
S
 
M
F
 
Q
Y
 
W
S
x
G
S
x
H
I
|
I
G
 
G
Y
 
W
C
 
S
T
 
V
P
 
P
A
 
S
A
 
A
L
 
F
G
 
G
A
 
N
R
 
A
L
 
M
A
 
G
R
 
S
P
 
Q
G
 
D
R
 
R
R
 
Q
P
 
H
V
 
V
V
 
V
M
 
M
T
 
V
G
|
G
D
|
D
G
|
G
A
x
S
F
 
F
Q
 
Q
M
 
L
T
 
T
A
 
A
Q
 
Q
E
 
E
V
 
V
S
 
A
T
 
Q
L
 
M
V
 
V
R
 
R
L
 
Y
Q
 
E
I
 
L
P
 
P
A
 
V
V
 
I
V
 
I
L
 
F
V
 
L
I
 
I
N
 
N
N
|
N
D
 
R
G
|
G
Y
|
Y
L
x
V
V
x
I
E
|
E
R
 
I
M
 
A
L
 
I
H
 
H
E
 
-
D
 
D
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
N
 
N
D
 
Y
I
 
I
R
 
K
M
 
N
W
 
W
R
 
D
Y
 
Y
A
 
A
A
 
G
L
 
L
P
 
M
E
 
E
L
 
V
F
 
F
N
 
N
A
 
A
G
 
G
S
 
E
G
 
G
-
 
H
G
 
G
L
 
L
G
 
G
I
 
L
R
 
K
V
 
A
T
 
T
T
 
T
E
 
P
G
 
K
E
 
E
L
 
L
H
 
T
A
 
E
A
 
A
L
 
I
Q
 
A
T
 
R
A
 
A
A
 
K
A
 
A
A
 
N
P
 
T
D
 
R
K
 
G
L
 
P
V
 
T
L
 
L
I
 
I
E
 
E
M
 
C
C
 
Q
V
 
I
Q
 
D
K
x
R
L
 
T
D
 
D
C
 
C
S
 
T
A
 
D
G
 
M
L
 
L
R
 
V
R
 
Q
L
 
W
G
 
G

2wvgA Structural insights into the pre-reaction state of pyruvate decarboxylase from zymomonas mobilis (see paper)
35% identity, 96% coverage: 19:557/563 of query aligns to 3:551/565 of 2wvgA

query
sites
2wvgA
T
 
T
V
 
V
S
 
G
T
 
T
Y
 
Y
L
 
L
L
 
A
Q
 
E
R
 
R
L
 
L
K
 
V
E
 
Q
L
 
I
G
 
G
V
 
L
N
 
K
H
 
H
L
 
H
F
 
F
G
 
A
V
 
V
P
x
A
G
|
G
D
|
D
Y
|
Y
V
 
N
L
 
L
D
 
V
F
 
L
L
 
L
D
 
D
Q
 
N
V
 
L
I
 
L
E
 
L
S
 
N
P
 
K
-
 
N
L
 
M
A
 
E
W
 
Q
V
 
V
G
 
Y
T
 
C
C
 
C
N
 
N
E
|
E
L
 
L
N
 
N
A
 
C
G
 
G
Y
 
F
A
 
S
A
 
A
D
 
E
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
R
 
R
L
 
A
N
 
K
G
 
G
L
 
A
G
 
A
G
 
A
A
 
A
V
 
V
V
 
V
T
|
T
Y
|
Y
G
 
S
V
|
V
G
 
G
G
 
A
F
 
L
S
 
S
I
 
A
L
 
F
N
 
D
A
 
A
V
 
I
A
 
G
G
 
G
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
E
 
E
M
 
N
V
 
L
P
 
P
L
 
V
V
 
I
L
 
L
I
 
I
S
 
S
G
 
G
A
 
A
P
 
P
P
 
N
T
 
N
G
 
N
R
 
D
R
 
H
K
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
H
L
 
V
V
 
L
H
|
H
H
|
H
L
 
A
V
x
L
A
x
G
-
 
K
-
 
T
D
 
D
Y
 
Y
N
 
H
R
 
Y
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
I
 
M
F
 
A
Q
 
K
K
 
N
V
 
I
T
 
T
V
 
A
D
 
A
A
 
A
A
 
E
L
 
A
L
 
I
D
 
Y
N
 
T
P
 
P
E
 
E
T
 
E
A
 
A
P
 
P
A
 
A
L
 
K
I
 
I
D
 
D
R
 
H
L
 
V
L
 
I
A
 
K
T
 
T
C
 
A
I
 
L
S
 
R
R
 
E
K
 
K
L
 
K
P
 
P
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
E
 
E
L
 
I
P
 
A
A
x
C
D
 
N
M
 
I
A
 
A
R
 
S
A
 
M
A
 
P
C
 
C
L
 
A
P
 
A
P
 
P
S
 
G
-
 
P
A
 
A
P
 
S
L
 
A
L
 
L
P
 
F
A
 
N
A
 
D
R
 
E
S
 
A
S
 
S
A
 
D
P
 
E
D
 
A
S
 
S
L
 
L
K
 
N
A
 
A
C
 
A
A
 
V
D
 
E
A
 
E
A
 
T
A
 
L
A
 
K
L
 
F
L
 
I
N
 
A
R
 
N
A
 
R
V
 
D
N
 
K
P
 
V
A
 
A
I
 
V
L
 
L
A
 
V
G
 
G
I
 
S
E
 
K
V
 
L
S
 
R
R
 
A
F
 
A
G
 
G
L
 
A
G
 
E
P
 
E
A
 
A
L
 
A
L
 
V
Q
 
K
L
 
F
V
 
A
E
 
D
Q
 
A
A
 
L
E
 
G
L
 
G
P
 
A
F
 
V
A
 
A
T
 
T
M
 
M
L
 
A
S
 
A
S
 
A
K
 
K
S
 
S
V
 
F
L
 
F
P
 
P
E
 
E
L
 
E
H
 
N
P
 
P
Q
 
H
F
 
Y
I
 
I
G
 
G
L
 
T
Y
 
S
Q
 
W
G
 
G
G
 
E
W
 
V
S
 
S
R
 
Y
P
 
P
A
 
G
V
 
V
Q
 
E
Q
 
K
Q
 
T
I
 
M
E
 
K
S
 
E
A
 
A
D
 
D
C
 
A
L
 
V
L
 
I
S
 
A
L
 
L
G
 
A
A
 
P
W
 
V
M
 
F
T
 
N
D
 
D
L
x
Y
D
 
S
T
 
T
G
 
T
I
 
G
F
 
W
S
 
T
I
 
D
H
 
I
I
 
P
D
 
D
P
 
P
Q
 
K
R
 
K
V
 
L
I
 
V
E
 
L
V
 
A
G
 
E
R
 
P
D
 
R
A
 
S
V
 
V
R
 
V
I
 
V
G
 
N
D
 
G
R
 
I
Q
 
R
Y
 
F
P
 
P
D
 
S
I
 
V
L
 
H
P
 
L
G
 
K
D
 
D
L
 
Y
I
 
L
R
 
T
E
 
R
L
 
L
V
 
A
P
 
Q
R
 
K
L
 
V
R
 
S
P
 
K
R
 
K
S
 
T
-
 
G
-
 
A
-
 
L
-
 
D
-
 
F
Y
 
F
L
 
K
E
 
S
L
 
L
H
 
N
P
 
A
G
 
G
E
 
E
P
 
L
R
 
K
A
 
K
A
 
A
C
 
A
G
 
P
A
 
A
F
 
-
V
 
-
P
 
-
D
 
D
T
 
P
A
 
S
T
 
A
A
 
P
L
 
L
T
 
V
A
 
N
A
 
A
R
 
E
M
 
I
Y
 
A
E
 
R
A
 
Q
I
 
V
H
 
E
G
 
A
F
 
L
L
 
L
D
 
T
D
 
P
S
 
N
M
 
T
I
 
T
L
 
V
L
 
I
A
 
A
E
 
E
P
x
T
G
 
G
D
|
D
A
 
S
F
 
W
C
 
F
A
 
N
A
 
A
P
 
Q
E
 
R
F
 
M
T
 
K
I
 
L
E
 
P
E
 
N
A
 
G
E
 
A
R
 
R
F
 
V
I
 
E
V
 
Y
Q
 
E
S
 
M
F
 
Q
Y
 
W
S
x
G
S
x
H
I
|
I
G
 
G
Y
 
W
C
 
S
T
 
V
P
 
P
A
 
A
A
 
A
L
 
F
G
 
G
A
 
Y
R
 
A
L
 
V
A
 
G
R
 
A
P
 
P
G
 
E
R
 
R
R
 
R
P
 
N
V
 
I
V
 
L
M
 
M
T
 
V
G
|
G
D
|
D
G
|
G
A
x
S
F
 
F
Q
 
Q
M
 
L
T
 
T
A
 
A
Q
 
Q
E
 
E
V
 
V
S
 
A
T
 
Q
L
 
M
V
 
V
R
 
R
L
 
L
Q
 
K
I
 
L
P
 
P
A
 
V
V
 
I
V
 
I
L
 
F
V
 
L
I
 
I
N
 
N
N
|
N
D
 
Y
G
|
G
Y
|
Y
L
x
T
V
x
I
E
|
E
R
 
V
M
 
M
L
 
I
H
 
H
E
 
-
D
 
D
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
N
 
N
D
 
N
I
 
I
R
 
K
M
 
N
W
 
W
R
 
D
Y
 
Y
A
 
A
A
 
G
L
 
L
P
 
M
E
 
E
L
 
V
F
 
F
N
 
N
A
 
G
G
 
N
S
 
G
G
 
G
-
 
Y
-
 
D
-
 
S
-
 
G
-
 
A
G
 
G
L
 
K
G
 
G
I
 
L
R
 
K
V
 
A
T
 
K
T
 
T
E
 
G
G
 
G
E
 
E
L
 
L
H
 
A
A
 
E
A
 
A
L
 
I
Q
 
K
T
 
V
A
 
A
A
 
L
A
 
A
A
 
N
P
 
T
D
 
D
K
 
G
L
 
P
V
 
T
L
 
L
I
 
I
E
 
E
M
 
C
C
 
F
V
 
I
Q
 
G
K
 
R
L
 
E
D
 
D
C
 
C
S
 
T
A
 
E
G
 
E
L
 
L
R
 
V
R
 
K
L
 
W
G
 
G

2wvaE Structural insights into the pre-reaction state of pyruvate decarboxylase from zymomonas mobilis (see paper)
35% identity, 96% coverage: 19:557/563 of query aligns to 3:551/565 of 2wvaE

query
sites
2wvaE
T
 
T
V
 
V
S
 
G
T
 
T
Y
 
Y
L
 
L
L
 
A
Q
 
E
R
 
R
L
 
L
K
 
V
E
 
Q
L
 
I
G
 
G
V
 
L
N
 
K
H
 
H
L
 
H
F
 
F
G
 
A
V
 
V
P
x
A
G
 
G
D
|
D
Y
|
Y
V
 
N
L
 
L
D
 
V
F
 
L
L
 
L
D
 
D
Q
 
N
V
 
L
I
 
L
E
 
L
S
 
N
P
 
K
-
 
N
L
 
M
A
 
E
W
 
Q
V
 
V
G
 
Y
T
 
C
C
 
C
N
 
N
E
|
E
L
 
L
N
 
N
A
 
C
G
 
G
Y
 
F
A
 
S
A
 
A
D
 
E
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
R
 
R
L
 
A
N
 
K
G
 
G
L
 
A
G
 
A
G
 
A
A
 
A
V
 
V
V
 
V
T
 
T
Y
|
Y
G
 
S
V
|
V
G
 
G
G
 
A
F
 
L
S
 
S
I
 
A
L
 
F
N
 
D
A
 
A
V
 
I
A
 
G
G
 
G
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
E
 
E
M
 
N
V
 
L
P
 
P
L
 
V
V
 
I
L
 
L
I
 
I
S
 
S
G
 
G
A
 
A
P
 
P
P
 
N
T
 
N
G
 
N
R
 
D
R
 
H
K
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
H
L
 
V
V
 
L
H
|
H
H
|
H
L
 
A
V
x
L
A
x
G
-
 
K
-
 
T
D
 
D
Y
 
Y
N
 
H
R
 
Y
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
I
 
M
F
 
A
Q
 
K
K
 
N
V
 
I
T
 
T
V
 
A
D
 
A
A
 
A
A
 
E
L
 
A
L
 
I
D
 
Y
N
 
T
P
 
P
E
 
E
T
 
E
A
 
A
P
 
P
A
 
A
L
 
K
I
 
I
D
 
D
R
 
H
L
 
V
L
 
I
A
 
K
T
 
T
C
 
A
I
 
L
S
 
R
R
 
E
K
 
K
L
 
K
P
 
P
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
E
 
E
L
 
I
P
 
A
A
x
C
D
 
N
M
 
I
A
 
A
R
 
S
A
 
M
A
 
P
C
 
C
L
 
A
P
 
A
P
 
P
S
 
G
-
 
P
A
 
A
P
 
S
L
 
A
L
 
L
P
 
F
A
 
N
A
 
D
R
 
E
S
 
A
S
 
S
A
 
D
P
 
E
D
 
A
S
 
S
L
 
L
K
 
N
A
 
A
C
 
A
A
 
V
D
 
E
A
 
E
A
 
T
A
 
L
A
 
K
L
 
F
L
 
I
N
 
A
R
 
N
A
 
R
V
 
D
N
 
K
P
 
V
A
 
A
I
 
V
L
 
L
A
 
V
G
 
G
I
 
S
E
 
K
V
 
L
S
 
R
R
 
A
F
 
A
G
 
G
L
 
A
G
 
E
P
 
E
A
 
A
L
 
A
L
 
V
Q
 
K
L
 
F
V
 
A
E
 
D
Q
 
A
A
 
L
E
 
G
L
 
G
P
 
A
F
 
V
A
 
A
T
 
T
M
 
M
L
 
A
S
 
A
S
 
A
K
 
K
S
 
S
V
 
F
L
 
F
P
 
P
E
 
E
L
 
E
H
 
N
P
 
P
Q
 
H
F
 
Y
I
 
I
G
 
G
L
 
T
Y
 
S
Q
 
W
G
 
G
G
 
E
W
 
V
S
 
S
R
 
Y
P
 
P
A
 
G
V
 
V
Q
 
E
Q
 
K
Q
 
T
I
 
M
E
 
K
S
 
E
A
 
A
D
 
D
C
 
A
L
 
V
L
 
I
S
 
A
L
 
L
G
 
A
A
 
P
W
 
V
M
 
F
T
 
N
D
 
D
L
x
Y
D
 
S
T
 
T
G
 
T
I
 
G
F
 
W
S
 
T
I
 
D
H
 
I
I
 
P
D
 
D
P
 
P
Q
 
K
R
 
K
V
 
L
I
 
V
E
 
L
V
 
A
G
 
E
R
 
P
D
 
R
A
 
S
V
 
V
R
 
V
I
 
V
G
 
N
D
 
G
R
 
I
Q
 
R
Y
 
F
P
 
P
D
 
S
I
 
V
L
 
H
P
 
L
G
 
K
D
 
D
L
 
Y
I
 
L
R
 
T
E
 
R
L
 
L
V
 
A
P
 
Q
R
 
K
L
 
V
R
 
S
P
 
K
R
 
K
S
 
T
-
 
G
-
 
A
-
 
L
-
 
D
-
 
F
Y
 
F
L
 
K
E
 
S
L
 
L
H
 
N
P
 
A
G
 
G
E
 
E
P
 
L
R
 
K
A
 
K
A
 
A
C
 
A
G
 
P
A
 
A
F
 
-
V
 
-
P
 
-
D
 
D
T
 
P
A
 
S
T
 
A
A
 
P
L
 
L
T
 
V
A
 
N
A
 
A
R
 
E
M
 
I
Y
 
A
E
 
R
A
 
Q
I
 
V
H
 
E
G
 
A
F
 
L
L
 
L
D
 
T
D
 
P
S
 
N
M
 
T
I
 
T
L
 
V
L
 
I
A
 
A
E
 
E
P
x
T
G
|
G
D
|
D
A
 
S
F
 
W
C
 
F
A
 
N
A
 
A
P
 
Q
E
 
R
F
 
M
T
 
K
I
 
L
E
 
P
E
 
N
A
 
G
E
 
A
R
 
R
F
 
V
I
 
E
V
 
Y
Q
 
E
S
 
M
F
 
Q
Y
 
W
S
x
G
S
x
H
I
|
I
G
 
G
Y
 
W
C
 
S
T
 
V
P
 
P
A
 
A
A
 
A
L
 
F
G
 
G
A
 
Y
R
 
A
L
 
V
A
 
G
R
 
A
P
 
P
G
 
E
R
 
R
R
 
R
P
 
N
V
 
I
V
 
L
M
 
M
T
 
V
G
|
G
D
|
D
G
|
G
A
x
S
F
 
F
Q
 
Q
M
 
L
T
 
T
A
 
A
Q
 
Q
E
 
E
V
 
V
S
 
A
T
 
Q
L
 
M
V
 
V
R
 
R
L
 
L
Q
 
K
I
 
L
P
 
P
A
 
V
V
 
I
V
 
I
L
 
F
V
 
L
I
 
I
N
 
N
N
|
N
D
 
Y
G
|
G
Y
|
Y
L
x
T
V
x
I
E
|
E
R
 
V
M
 
M
L
 
I
H
 
H
E
 
-
D
 
D
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
N
 
N
D
 
N
I
 
I
R
 
K
M
 
N
W
 
W
R
 
D
Y
 
Y
A
 
A
A
 
G
L
 
L
P
 
M
E
 
E
L
 
V
F
 
F
N
 
N
A
 
G
G
 
N
S
 
G
G
 
G
-
 
Y
-
 
D
-
 
S
-
 
G
-
 
A
G
 
G
L
 
K
G
 
G
I
 
L
R
 
K
V
 
A
T
 
K
T
 
T
E
 
G
G
 
G
E
 
E
L
 
L
H
 
A
A
 
E
A
 
A
L
 
I
Q
 
K
T
 
V
A
 
A
A
 
L
A
 
A
A
 
N
P
 
T
D
 
D
K
 
G
L
 
P
V
 
T
L
 
L
I
 
I
E
 
E
M
 
C
C
 
F
V
 
I
Q
 
G
K
 
R
L
 
E
D
 
D
C
 
C
S
 
T
A
 
E
G
 
E
L
 
L
R
 
V
R
 
K
L
 
W
G
 
G

2wvaA Structural insights into the pre-reaction state of pyruvate decarboxylase from zymomonas mobilis (see paper)
35% identity, 96% coverage: 19:557/563 of query aligns to 3:551/565 of 2wvaA

query
sites
2wvaA
T
 
T
V
 
V
S
 
G
T
 
T
Y
 
Y
L
 
L
L
 
A
Q
 
E
R
 
R
L
 
L
K
 
V
E
 
Q
L
 
I
G
 
G
V
 
L
N
 
K
H
 
H
L
 
H
F
 
F
G
 
A
V
 
V
P
x
A
G
 
G
D
|
D
Y
|
Y
V
 
N
L
 
L
D
 
V
F
 
L
L
 
L
D
 
D
Q
 
N
V
 
L
I
 
L
E
 
L
S
 
N
P
 
K
-
 
N
L
 
M
A
 
E
W
 
Q
V
 
V
G
 
Y
T
 
C
C
 
C
N
 
N
E
|
E
L
 
L
N
 
N
A
 
C
G
 
G
Y
 
F
A
 
S
A
 
A
D
 
E
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
R
 
R
L
 
A
N
 
K
G
 
G
L
 
A
G
 
A
G
 
A
A
 
A
V
 
V
V
 
V
T
 
T
Y
|
Y
G
 
S
V
|
V
G
 
G
G
 
A
F
 
L
S
 
S
I
 
A
L
 
F
N
 
D
A
 
A
V
 
I
A
 
G
G
 
G
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
E
 
E
M
 
N
V
 
L
P
 
P
L
 
V
V
 
I
L
 
L
I
 
I
S
 
S
G
 
G
A
 
A
P
 
P
P
 
N
T
 
N
G
 
N
R
 
D
R
 
H
K
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
H
L
 
V
V
 
L
H
|
H
H
|
H
L
 
A
V
x
L
A
x
G
-
 
K
-
 
T
D
 
D
Y
 
Y
N
 
H
R
 
Y
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
I
 
M
F
 
A
Q
 
K
K
 
N
V
 
I
T
 
T
V
 
A
D
 
A
A
 
A
A
 
E
L
 
A
L
 
I
D
 
Y
N
 
T
P
 
P
E
 
E
T
 
E
A
 
A
P
 
P
A
 
A
L
 
K
I
 
I
D
 
D
R
 
H
L
 
V
L
 
I
A
 
K
T
 
T
C
 
A
I
 
L
S
 
R
R
 
E
K
 
K
L
 
K
P
 
P
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
E
 
E
L
 
I
P
 
A
A
x
C
D
 
N
M
 
I
A
 
A
R
 
S
A
 
M
A
 
P
C
 
C
L
 
A
P
 
A
P
 
P
S
 
G
-
 
P
A
 
A
P
 
S
L
 
A
L
 
L
P
 
F
A
 
N
A
 
D
R
 
E
S
 
A
S
 
S
A
 
D
P
 
E
D
 
A
S
 
S
L
 
L
K
 
N
A
 
A
C
 
A
A
 
V
D
 
E
A
 
E
A
 
T
A
 
L
A
 
K
L
 
F
L
 
I
N
 
A
R
 
N
A
 
R
V
 
D
N
 
K
P
 
V
A
 
A
I
 
V
L
 
L
A
 
V
G
 
G
I
 
S
E
 
K
V
 
L
S
 
R
R
 
A
F
 
A
G
 
G
L
 
A
G
 
E
P
 
E
A
 
A
L
 
A
L
 
V
Q
 
K
L
 
F
V
 
A
E
 
D
Q
 
A
A
 
L
E
 
G
L
 
G
P
 
A
F
 
V
A
 
A
T
 
T
M
 
M
L
 
A
S
 
A
S
 
A
K
 
K
S
 
S
V
 
F
L
 
F
P
 
P
E
 
E
L
 
E
H
 
N
P
 
P
Q
 
H
F
 
Y
I
 
I
G
 
G
L
 
T
Y
 
S
Q
 
W
G
 
G
G
 
E
W
 
V
S
 
S
R
 
Y
P
 
P
A
 
G
V
 
V
Q
 
E
Q
 
K
Q
 
T
I
 
M
E
 
K
S
 
E
A
 
A
D
 
D
C
 
A
L
 
V
L
 
I
S
 
A
L
 
L
G
 
A
A
 
P
W
 
V
M
 
F
T
 
N
D
 
D
L
x
Y
D
 
S
T
 
T
G
 
T
I
 
G
F
 
W
S
 
T
I
 
D
H
 
I
I
 
P
D
 
D
P
 
P
Q
 
K
R
 
K
V
 
L
I
 
V
E
 
L
V
 
A
G
 
E
R
 
P
D
 
R
A
 
S
V
 
V
R
 
V
I
 
V
G
 
N
D
 
G
R
 
I
Q
 
R
Y
 
F
P
 
P
D
 
S
I
 
V
L
 
H
P
 
L
G
 
K
D
 
D
L
 
Y
I
 
L
R
 
T
E
 
R
L
 
L
V
 
A
P
 
Q
R
 
K
L
 
V
R
 
S
P
 
K
R
 
K
S
 
T
-
 
G
-
 
A
-
 
L
-
 
D
-
 
F
Y
 
F
L
 
K
E
 
S
L
 
L
H
 
N
P
 
A
G
 
G
E
 
E
P
 
L
R
 
K
A
 
K
A
 
A
C
 
A
G
 
P
A
 
A
F
 
-
V
 
-
P
 
-
D
 
D
T
 
P
A
 
S
T
 
A
A
 
P
L
 
L
T
 
V
A
 
N
A
 
A
R
 
E
M
 
I
Y
 
A
E
 
R
A
 
Q
I
 
V
H
 
E
G
 
A
F
 
L
L
 
L
D
 
T
D
 
P
S
 
N
M
 
T
I
 
T
L
 
V
L
 
I
A
 
A
E
 
E
P
x
T
G
 
G
D
|
D
A
 
S
F
 
W
C
 
F
A
 
N
A
 
A
P
 
Q
E
 
R
F
 
M
T
 
K
I
 
L
E
 
P
E
 
N
A
 
G
E
 
A
R
 
R
F
 
V
I
 
E
V
 
Y
Q
 
E
S
 
M
F
 
Q
Y
 
W
S
x
G
S
x
H
I
|
I
G
 
G
Y
 
W
C
 
S
T
 
V
P
 
P
A
 
A
A
 
A
L
 
F
G
 
G
A
 
Y
R
 
A
L
 
V
A
 
G
R
 
A
P
 
P
G
 
E
R
 
R
R
 
R
P
 
N
V
 
I
V
 
L
M
 
M
T
 
V
G
|
G
D
|
D
G
|
G
A
x
S
F
 
F
Q
 
Q
M
 
L
T
 
T
A
 
A
Q
 
Q
E
 
E
V
 
V
S
 
A
T
 
Q
L
 
M
V
 
V
R
 
R
L
 
L
Q
 
K
I
 
L
P
 
P
A
 
V
V
 
I
V
 
I
L
 
F
V
 
L
I
 
I
N
 
N
N
|
N
D
 
Y
G
|
G
Y
|
Y
L
x
T
V
x
I
E
|
E
R
 
V
M
 
M
L
 
I
H
 
H
E
 
-
D
 
D
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
N
 
N
D
 
N
I
 
I
R
 
K
M
 
N
W
 
W
R
 
D
Y
 
Y
A
 
A
A
 
G
L
 
L
P
 
M
E
 
E
L
 
V
F
 
F
N
 
N
A
 
G
G
 
N
S
 
G
G
 
G
-
 
Y
-
 
D
-
 
S
-
 
G
-
 
A
G
 
G
L
 
K
G
 
G
I
 
L
R
 
K
V
 
A
T
 
K
T
 
T
E
 
G
G
 
G
E
 
E
L
 
L
H
 
A
A
 
E
A
 
A
L
 
I
Q
 
K
T
 
V
A
 
A
A
 
L
A
 
A
A
 
N
P
 
T
D
 
D
K
 
G
L
 
P
V
 
T
L
 
L
I
 
I
E
 
E
M
 
C
C
 
F
V
 
I
Q
 
G
K
 
R
L
 
E
D
 
D
C
 
C
S
 
T
A
 
E
G
 
E
L
 
L
R
 
V
R
 
K
L
 
W
G
 
G

P06672 Pyruvate decarboxylase; PDC; EC 4.1.1.1 from Zymomonas mobilis subsp. mobilis (strain ATCC 31821 / ZM4 / CP4) (see 2 papers)
35% identity, 96% coverage: 19:557/563 of query aligns to 4:552/568 of P06672

query
sites
P06672
T
 
T
V
 
V
S
 
G
T
 
T
Y
 
Y
L
 
L
L
 
A
Q
 
E
R
 
R
L
 
L
K
 
V
E
 
Q
L
 
I
G
 
G
V
 
L
N
 
K
H
 
H
L
 
H
F
 
F
G
 
A
V
 
V
P
 
A
G
 
G
D
 
D
Y
 
Y
V
 
N
L
 
L
D
 
V
F
 
L
L
 
L
D
 
D
Q
 
N
V
 
L
I
 
L
E
 
L
S
 
N
P
 
K
-
 
N
L
 
M
A
 
E
W
 
Q
V
 
V
G
 
Y
T
 
C
C
 
C
N
 
N
E
|
E
L
 
L
N
 
N
A
 
C
G
 
G
Y
 
F
A
 
S
A
 
A
D
 
E
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
R
 
R
L
 
A
N
 
K
G
 
G
L
 
A
G
 
A
G
 
A
A
 
A
V
 
V
V
 
V
T
 
T
Y
 
Y
G
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
A
F
 
L
S
 
S
I
 
A
L
 
F
N
 
D
A
 
A
V
 
I
A
 
G
G
 
G
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
E
 
E
M
 
N
V
 
L
P
 
P
L
 
V
V
 
I
L
 
L
I
 
I
S
 
S
G
 
G
A
 
A
P
 
P
P
 
N
T
 
N
G
 
N
R
 
D
R
 
H
K
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
H
L
 
V
V
 
L
H
 
H
H
 
H
L
 
A
V
 
L
A
 
G
-
 
K
-
 
T
D
 
D
Y
 
Y
N
 
H
R
 
Y
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
I
 
M
F
 
A
Q
 
K
K
 
N
V
 
I
T
 
T
V
 
A
D
 
A
A
 
A
A
 
E
L
 
A
L
 
I
D
 
Y
N
 
T
P
 
P
E
 
E
T
 
E
A
 
A
P
 
P
A
 
A
L
 
K
I
 
I
D
 
D
R
 
H
L
 
V
L
 
I
A
 
K
T
 
T
C
 
A
I
 
L
S
 
R
R
 
E
K
 
K
L
 
K
P
 
P
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
E
 
E
L
 
I
P
 
A
A
 
C
D
 
N
M
 
I
A
 
A
R
 
S
A
 
M
A
 
P
C
 
C
L
 
A
P
 
A
P
 
P
S
 
G
-
 
P
A
 
A
P
 
S
L
 
A
L
 
L
P
 
F
A
 
N
A
 
D
R
 
E
S
 
A
S
 
S
A
 
D
P
 
E
D
 
A
S
 
S
L
 
L
K
 
N
A
 
A
C
 
A
A
 
V
D
 
E
A
 
E
A
 
T
A
 
L
A
 
K
L
 
F
L
 
I
N
 
A
R
 
N
A
 
R
V
 
D
N
 
K
P
 
V
A
 
A
I
 
V
L
 
L
A
 
V
G
 
G
I
 
S
E
 
K
V
 
L
S
 
R
R
 
A
F
 
A
G
 
G
L
 
A
G
 
E
P
 
E
A
 
A
L
 
A
L
 
V
Q
 
K
L
 
F
V
 
A
E
 
D
Q
 
A
A
 
L
E
 
G
L
 
G
P
 
A
F
 
V
A
 
A
T
 
T
M
 
M
L
 
A
S
 
A
S
 
A
K
 
K
S
 
S
V
 
F
L
 
F
P
 
P
E
 
E
L
 
E
H
 
N
P
 
P
Q
 
H
F
 
Y
I
 
I
G
 
G
L
 
T
Y
 
S
Q
 
W
G
 
G
G
 
E
W
 
V
S
 
S
R
 
Y
P
 
P
A
 
G
V
 
V
Q
 
E
Q
 
K
Q
 
T
I
 
M
E
 
K
S
 
E
A
 
A
D
 
D
C
 
A
L
 
V
L
 
I
S
 
A
L
 
L
G
 
A
A
 
P
W
 
V
M
 
F
T
 
N
D
 
D
L
 
Y
D
 
S
T
 
T
G
 
T
I
 
G
F
 
W
S
 
T
I
 
D
H
 
I
I
 
P
D
 
D
P
 
P
Q
 
K
R
 
K
V
 
L
I
 
V
E
 
L
V
 
A
G
 
E
R
 
P
D
 
R
A
 
S
V
 
V
R
 
V
I
 
V
G
 
N
D
 
G
R
 
I
Q
 
R
Y
 
F
P
 
P
D
 
S
I
 
V
L
 
H
P
 
L
G
 
K
D
 
D
L
 
Y
I
 
L
R
 
T
E
 
R
L
 
L
V
 
A
P
 
Q
R
 
K
L
 
V
R
 
S
P
 
K
R
 
K
S
 
T
-
 
G
-
 
A
-
 
L
-
 
D
-
 
F
Y
 
F
L
 
K
E
 
S
L
 
L
H
 
N
P
 
A
G
 
G
E
 
E
P
 
L
R
 
K
A
 
K
A
 
A
C
 
A
G
 
P
A
 
A
F
 
-
V
 
-
P
 
-
D
 
D
T
 
P
A
 
S
T
 
A
A
 
P
L
 
L
T
 
V
A
 
N
A
 
A
R
 
E
M
 
I
Y
 
A
E
 
R
A
 
Q
I
 
V
H
 
E
G
 
A
F
 
L
L
 
L
D
 
T
D
 
P
S
 
N
M
 
T
I
 
T
L
 
V
L
 
I
A
 
A
E
 
E
P
 
T
G
 
G
D
 
D
A
 
S
F
 
W
C
 
F
A
 
N
A
 
A
P
 
Q
E
 
R
F
 
M
T
 
K
I
 
L
E
 
P
E
 
N
A
 
G
E
 
A
R
 
R
F
 
V
I
 
E
V
 
Y
Q
 
E
S
 
M
F
 
Q
Y
 
W
S
 
G
S
 
H
I
 
I
G
 
G
Y
 
W
C
 
S
T
 
V
P
 
P
A
 
A
A
 
A
L
 
F
G
 
G
A
 
Y
R
 
A
L
 
V
A
 
G
R
 
A
P
 
P
G
 
E
R
 
R
R
 
R
P
 
N
V
 
I
V
 
L
M
 
M
T
 
V
G
 
G
D
 
D
G
 
G
A
 
S
F
 
F
Q
 
Q
M
 
L
T
 
T
A
 
A
Q
 
Q
E
 
E
V
 
V
S
 
A
T
 
Q
L
 
M
V
 
V
R
 
R
L
 
L
Q
 
K
I
 
L
P
 
P
A
 
V
V
 
I
V
 
I
L
 
F
V
 
L
I
 
I
N
 
N
N
 
N
D
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
L
 
T
V
 
I
E
 
E
R
 
V
M
 
M
L
 
I
H
 
H
E
 
-
D
 
D
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
N
 
N
D
 
N
I
 
I
R
 
K
M
 
N
W
 
W
R
 
D
Y
 
Y
A
 
A
A
 
G
L
 
L
P
 
M
E
 
E
L
 
V
F
 
F
N
 
N
A
 
G
G
 
N
S
 
G
G
 
G
-
 
Y
-
 
D
-
 
S
-
 
G
-
 
A
G
 
G
L
 
K
G
 
G
I
 
L
R
 
K
V
 
A
T
 
K
T
 
T
E
 
G
G
 
G
E
 
E
L
 
L
H
 
A
A
 
E
A
 
A
L
 
I
Q
 
K
T
 
V
A
 
A
A
 
L
A
 
A
A
 
N
P
 
T
D
 
D
K
 
G
L
 
P
V
 
T
L
 
L
I
 
I
E
 
E
M
 
C
C
 
F
V
 
I
Q
 
G
K
 
R
L
 
E
D
 
D
C
 
C
S
 
T
A
 
E
G
 
E
L
 
L
R
 
V
R
 
K
L
 
W
G
 
G

3oe1A Pyruvate decarboxylase variant glu473asp from z. Mobilis in complex with reaction intermediate 2-lactyl-thdp (see paper)
35% identity, 96% coverage: 19:557/563 of query aligns to 3:551/565 of 3oe1A

query
sites
3oe1A
T
 
T
V
 
V
S
 
G
T
 
T
Y
 
Y
L
 
L
L
 
A
Q
 
E
R
 
R
L
 
L
K
 
V
E
 
Q
L
 
I
G
 
G
V
 
L
N
 
K
H
 
H
L
 
H
F
 
F
G
 
A
V
 
V
P
x
A
G
|
G
D
|
D
Y
|
Y
V
 
N
L
 
L
D
 
V
F
 
L
L
 
L
D
 
D
Q
 
N
V
 
L
I
 
L
E
 
L
S
 
N
P
 
K
-
 
N
L
 
M
A
 
E
W
 
Q
V
 
V
G
 
Y
T
 
C
C
 
C
N
 
N
E
|
E
L
 
L
N
 
N
A
 
C
G
 
G
Y
 
F
A
 
S
A
 
A
D
 
E
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
R
 
R
L
 
A
N
 
K
G
 
G
L
 
A
G
 
A
G
 
A
A
 
A
V
 
V
V
 
V
T
 
T
Y
|
Y
G
 
S
V
|
V
G
 
G
G
 
A
F
 
L
S
 
S
I
 
A
L
 
F
N
 
D
A
 
A
V
 
I
A
 
G
G
 
G
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
E
 
E
M
 
N
V
 
L
P
 
P
L
 
V
V
 
I
L
 
L
I
 
I
S
 
S
G
 
G
A
 
A
P
 
P
P
 
N
T
 
N
G
 
N
R
 
D
R
 
H
K
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
H
L
 
V
V
 
L
H
|
H
H
|
H
L
 
A
V
x
L
A
x
G
-
 
K
-
 
T
D
 
D
Y
 
Y
N
 
H
R
 
Y
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
I
 
M
F
 
A
Q
 
K
K
 
N
V
 
I
T
 
T
V
 
A
D
 
A
A
 
A
A
 
E
L
 
A
L
 
I
D
 
Y
N
 
T
P
 
P
E
 
E
T
 
E
A
 
A
P
 
P
A
 
A
L
 
K
I
 
I
D
 
D
R
 
H
L
 
V
L
 
I
A
 
K
T
 
T
C
 
A
I
 
L
S
 
R
R
 
E
K
 
K
L
 
K
P
 
P
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
E
 
E
L
 
I
P
 
A
A
x
C
D
 
N
M
 
I
A
 
A
R
 
S
A
 
M
A
 
P
C
 
C
L
 
A
P
 
A
P
 
P
S
 
G
-
 
P
A
 
A
P
 
S
L
 
A
L
 
L
P
 
F
A
 
N
A
 
D
R
 
E
S
 
A
S
 
S
A
 
D
P
 
E
D
 
A
S
 
S
L
 
L
K
 
N
A
 
A
C
 
A
A
 
V
D
 
E
A
 
E
A
 
T
A
 
L
A
 
K
L
 
F
L
 
I
N
 
A
R
 
N
A
 
R
V
 
D
N
 
K
P
 
V
A
 
A
I
 
V
L
 
L
A
 
V
G
 
G
I
 
S
E
 
K
V
 
L
S
 
R
R
 
A
F
 
A
G
 
G
L
 
A
G
 
E
P
 
E
A
 
A
L
 
A
L
 
V
Q
 
K
L
 
F
V
 
A
E
 
D
Q
 
A
A
 
L
E
 
G
L
 
G
P
 
A
F
 
V
A
 
A
T
 
T
M
 
M
L
 
A
S
 
A
S
 
A
K
 
K
S
 
S
V
 
F
L
 
F
P
 
P
E
 
E
L
 
E
H
 
N
P
 
P
Q
 
H
F
 
Y
I
 
I
G
 
G
L
 
T
Y
 
S
Q
 
W
G
 
G
G
 
E
W
 
V
S
 
S
R
 
Y
P
 
P
A
 
G
V
 
V
Q
 
E
Q
 
K
Q
 
T
I
 
M
E
 
K
S
 
E
A
 
A
D
 
D
C
 
A
L
 
V
L
 
I
S
 
A
L
 
L
G
 
A
A
 
P
W
 
V
M
 
F
T
 
N
D
 
D
L
x
Y
D
 
S
T
 
T
G
 
T
I
 
G
F
 
W
S
 
T
I
 
D
H
 
I
I
 
P
D
 
D
P
 
P
Q
 
K
R
 
K
V
 
L
I
 
V
E
 
L
V
 
A
G
 
E
R
 
P
D
 
R
A
 
S
V
 
V
R
 
V
I
 
V
G
 
N
D
 
G
R
 
I
Q
 
R
Y
 
F
P
 
P
D
 
S
I
 
V
L
 
H
P
 
L
G
 
K
D
 
D
L
 
Y
I
 
L
R
 
T
E
 
R
L
 
L
V
 
A
P
 
Q
R
 
K
L
 
V
R
 
S
P
 
K
R
 
K
S
 
T
-
 
G
-
 
A
-
 
L
-
 
D
-
 
F
Y
 
F
L
 
K
E
 
S
L
 
L
H
 
N
P
 
A
G
 
G
E
 
E
P
 
L
R
 
K
A
 
K
A
 
A
C
 
A
G
 
P
A
 
A
F
 
-
V
 
-
P
 
-
D
 
D
T
 
P
A
 
S
T
 
A
A
 
P
L
 
L
T
 
V
A
 
N
A
 
A
R
 
E
M
 
I
Y
 
A
E
 
R
A
 
Q
I
 
V
H
 
E
G
 
A
F
 
L
L
 
L
D
 
T
D
 
P
S
 
N
M
 
T
I
 
T
L
 
V
L
 
I
A
 
A
E
 
E
P
x
T
G
|
G
D
|
D
A
 
S
F
 
W
C
 
F
A
 
N
A
 
A
P
 
Q
E
 
R
F
 
M
T
 
K
I
 
L
E
 
P
E
 
N
A
 
G
E
 
A
R
 
R
F
 
V
I
 
E
V
 
Y
Q
 
E
S
 
M
F
 
Q
Y
 
W
S
x
G
S
x
H
I
|
I
G
 
G
Y
 
W
C
 
S
T
 
V
P
 
P
A
 
A
A
 
A
L
 
F
G
 
G
A
 
Y
R
 
A
L
 
V
A
 
G
R
 
A
P
 
P
G
 
E
R
 
R
R
 
R
P
 
N
V
 
I
V
 
L
M
 
M
T
 
V
G
 
G
D
|
D
G
|
G
A
x
S
F
 
F
Q
 
Q
M
 
L
T
 
T
A
 
A
Q
 
Q
E
 
E
V
 
V
S
 
A
T
 
Q
L
 
M
V
 
V
R
 
R
L
 
L
Q
 
K
I
 
L
P
 
P
A
 
V
V
 
I
V
 
I
L
 
F
V
 
L
I
 
I
N
 
N
N
|
N
D
 
Y
G
|
G
Y
|
Y
L
x
T
V
x
I
E
x
D
R
 
V
M
 
M
L
 
I
H
 
H
E
 
-
D
 
D
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
N
 
N
D
 
N
I
 
I
R
 
K
M
 
N
W
 
W
R
 
D
Y
 
Y
A
 
A
A
 
G
L
 
L
P
 
M
E
 
E
L
 
V
F
 
F
N
 
N
A
 
G
G
 
N
S
 
G
G
 
G
-
 
Y
-
 
D
-
 
S
-
 
G
-
 
A
G
 
G
L
 
K
G
 
G
I
 
L
R
 
K
V
 
A
T
 
K
T
 
T
E
 
G
G
 
G
E
 
E
L
 
L
H
 
A
A
 
E
A
 
A
L
 
I
Q
 
K
T
 
V
A
 
A
A
 
L
A
 
A
A
 
N
P
 
T
D
 
D
K
 
G
L
 
P
V
 
T
L
 
L
I
 
I
E
 
E
M
 
C
C
 
F
V
 
I
Q
 
G
K
 
R
L
 
E
D
 
D
C
 
C
S
 
T
A
 
E
G
 
E
L
 
L
R
 
V
R
 
K
L
 
W
G
 
G

1zpdA Pyruvate decarboxylase from zymomonas mobilis (see paper)
35% identity, 96% coverage: 19:557/563 of query aligns to 3:551/565 of 1zpdA

query
sites
1zpdA
T
 
T
V
 
V
S
 
G
T
 
T
Y
 
Y
L
 
L
L
 
A
Q
 
E
R
 
R
L
 
L
K
 
V
E
 
Q
L
 
I
G
 
G
V
 
L
N
 
K
H
 
H
L
 
H
F
 
F
G
 
A
V
 
V
P
x
A
G
 
G
D
|
D
Y
|
Y
V
 
N
L
 
L
D
 
V
F
 
L
L
 
L
D
 
D
Q
 
N
V
 
L
I
 
L
E
 
L
S
 
N
P
 
K
-
 
N
L
 
M
A
 
E
W
 
Q
V
 
V
G
 
Y
T
 
C
C
 
C
N
 
N
E
|
E
L
 
L
N
 
N
A
 
C
G
 
G
Y
 
F
A
 
S
A
 
A
D
 
E
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
R
 
R
L
 
A
N
 
K
G
 
G
L
 
A
G
 
A
G
 
A
A
 
A
V
 
V
V
 
V
T
 
T
Y
|
Y
G
 
S
V
|
V
G
 
G
G
 
A
F
 
L
S
 
S
I
 
A
L
 
F
N
 
D
A
 
A
V
 
I
A
 
G
G
 
G
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
E
 
E
M
 
N
V
 
L
P
 
P
L
 
V
V
 
I
L
 
L
I
 
I
S
 
S
G
 
G
A
 
A
P
 
P
P
 
N
T
 
N
G
 
N
R
 
D
R
 
H
K
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
H
L
 
V
V
 
L
H
|
H
H
|
H
L
 
A
V
x
L
A
x
G
-
 
K
-
 
T
D
 
D
Y
 
Y
N
 
H
R
 
Y
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
I
 
M
F
 
A
Q
 
K
K
 
N
V
 
I
T
 
T
V
 
A
D
 
A
A
 
A
A
 
E
L
 
A
L
 
I
D
 
Y
N
 
T
P
 
P
E
 
E
T
 
E
A
 
A
P
 
P
A
 
A
L
 
K
I
 
I
D
 
D
R
 
H
L
 
V
L
 
I
A
 
K
T
 
T
C
 
A
I
 
L
S
 
R
R
 
E
K
 
K
L
 
K
P
 
P
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
E
 
E
L
 
I
P
 
A
A
x
C
D
 
N
M
 
I
A
 
A
R
 
S
A
 
M
A
 
P
C
 
C
L
 
A
P
 
A
P
 
P
S
 
G
-
 
P
A
 
A
P
 
S
L
 
A
L
 
L
P
 
F
A
 
N
A
 
D
R
 
E
S
 
A
S
 
S
A
 
D
P
 
E
D
 
A
S
 
S
L
 
L
K
 
N
A
 
A
C
 
A
A
 
V
D
 
D
A
 
E
A
 
T
A
 
L
A
 
K
L
 
F
L
 
I
N
 
A
R
 
N
A
 
R
V
 
D
N
 
K
P
 
V
A
 
A
I
 
V
L
 
L
A
 
V
G
 
G
I
 
S
E
 
K
V
 
L
S
 
R
R
 
A
F
 
A
G
 
G
L
 
A
G
 
E
P
 
E
A
 
A
L
 
A
L
 
V
Q
 
K
L
 
F
V
 
T
E
 
D
Q
 
A
A
 
L
E
 
G
L
 
G
P
 
A
F
 
V
A
 
A
T
 
T
M
 
M
L
 
A
S
 
A
S
 
A
K
 
K
S
 
S
V
 
F
L
 
F
P
 
P
E
 
E
L
 
E
H
 
N
P
 
A
Q
 
L
F
 
Y
I
 
I
G
 
G
L
 
T
Y
 
S
Q
 
W
G
 
G
G
 
E
W
 
V
S
 
S
R
 
Y
P
 
P
A
 
G
V
 
V
Q
 
E
Q
 
K
Q
 
T
I
 
M
E
 
K
S
 
E
A
 
A
D
 
D
C
 
A
L
 
V
L
 
I
S
 
A
L
 
L
G
 
A
A
 
P
W
 
V
M
 
F
T
 
N
D
 
D
L
x
Y
D
 
S
T
 
T
G
 
T
I
 
G
F
 
W
S
 
T
I
 
D
H
 
I
I
 
P
D
 
D
P
 
P
Q
 
K
R
 
K
V
 
L
I
 
V
E
 
L
V
 
A
G
 
E
R
 
P
D
 
R
A
 
S
V
 
V
R
 
V
I
 
V
G
 
N
D
 
G
R
 
I
Q
 
R
Y
 
F
P
 
P
D
 
S
I
 
V
L
 
H
P
 
L
G
 
K
D
 
D
L
 
Y
I
 
L
R
 
T
E
 
R
L
 
L
V
 
A
P
 
Q
R
 
K
L
 
V
R
 
S
P
 
K
R
 
K
S
 
T
-
 
G
-
 
S
-
 
L
-
 
D
-
 
F
Y
 
F
L
 
K
E
 
S
L
 
L
H
 
N
P
 
A
G
 
G
E
 
E
P
 
L
R
 
K
A
 
K
A
 
A
C
 
A
G
 
P
A
 
A
F
 
-
V
 
-
P
 
-
D
 
D
T
 
P
A
 
S
T
 
A
A
 
P
L
 
L
T
 
V
A
 
N
A
 
A
R
 
E
M
 
I
Y
 
A
E
 
R
A
 
Q
I
 
V
H
 
E
G
 
A
F
 
L
L
 
L
D
 
T
D
 
P
S
 
N
M
 
T
I
 
T
L
 
V
L
 
I
A
 
A
E
 
E
P
x
T
G
 
G
D
|
D
A
 
S
F
 
W
C
 
F
A
 
N
A
 
A
P
 
Q
E
 
R
F
 
M
T
 
K
I
 
L
E
 
P
E
 
N
A
 
G
E
 
A
R
 
R
F
 
V
I
 
E
V
 
Y
Q
 
E
S
 
M
F
 
Q
Y
 
W
S
x
G
S
x
H
I
|
I
G
 
G
Y
 
W
C
 
S
T
 
V
P
 
P
A
 
A
A
 
A
L
 
F
G
 
G
A
 
Y
R
 
A
L
 
V
A
 
G
R
 
A
P
 
P
G
 
E
R
 
R
R
 
R
P
 
N
V
 
I
V
 
L
M
 
M
T
 
V
G
|
G
D
|
D
G
|
G
A
x
S
F
 
F
Q
 
Q
M
 
L
T
 
T
A
 
A
Q
 
Q
E
 
E
V
 
V
S
 
A
T
 
Q
L
 
M
V
 
V
R
 
R
L
 
L
Q
 
K
I
 
L
P
 
P
A
 
V
V
 
I
V
 
I
L
 
F
V
 
L
I
 
I
N
 
N
N
|
N
D
 
Y
G
|
G
Y
|
Y
L
x
T
V
x
I
E
|
E
R
 
V
M
 
M
L
 
I
H
 
H
E
 
-
D
 
D
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
N
 
N
D
 
N
I
 
I
R
 
K
M
 
N
W
 
W
R
 
D
Y
 
Y
A
 
A
A
 
G
L
 
L
P
 
M
E
 
E
L
 
V
F
 
F
N
 
N
A
 
-
G
 
G
S
 
N
G
 
G
G
 
G
L
 
Y
-
 
D
-
 
S
-
 
G
-
 
A
-
 
A
-
 
K
G
 
G
I
 
L
R
 
K
V
 
A
T
 
K
T
 
T
E
 
G
G
 
G
E
 
E
L
 
L
H
 
A
A
 
E
A
 
A
L
 
I
Q
 
K
T
 
V
A
 
A
A
 
L
A
 
A
A
 
N
P
 
T
D
 
D
K
 
G
L
 
P
V
 
T
L
 
L
I
 
I
E
 
E
M
 
C
C
 
F
V
 
I
Q
 
G
K
 
R
L
 
E
D
 
D
C
 
C
S
 
T
A
 
E
G
 
E
L
 
L
R
 
V
R
 
K
L
 
W
G
 
G

Q92345 Probable pyruvate decarboxylase C1F8.07c; EC 4.1.1.1 from Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (Fission yeast) (see paper)
33% identity, 96% coverage: 19:561/563 of query aligns to 10:558/569 of Q92345

query
sites
Q92345
T
 
T
V
 
V
S
 
G
T
 
T
Y
 
Y
L
 
L
L
 
A
Q
 
Q
R
 
R
L
 
L
K
 
V
E
 
E
L
 
I
G
 
G
V
 
I
N
 
K
H
 
N
L
 
H
F
 
F
G
 
V
V
 
V
P
 
P
G
 
G
D
 
D
Y
 
Y
V
 
N
L
 
L
D
 
R
F
 
L
L
 
L
D
 
D
Q
 
F
V
 
L
I
 
E
E
 
Y
S
 
Y
P
 
P
-
 
G
L
 
L
A
 
S
W
 
E
V
 
I
G
 
G
T
 
C
C
 
C
N
 
N
E
 
E
L
 
L
N
 
N
A
 
C
G
 
A
Y
 
F
A
 
A
A
 
A
D
 
E
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
R
 
R
L
 
S
N
 
N
G
 
G
L
 
I
G
 
A
G
 
C
A
 
A
V
 
V
V
 
V
T
 
T
Y
 
Y
G
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
A
F
 
L
S
 
T
I
 
A
L
 
F
N
 
D
A
 
G
V
 
I
A
 
G
G
 
G
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
E
 
E
M
 
N
V
 
L
P
 
P
L
 
V
V
 
I
L
 
L
I
 
V
S
 
S
G
 
G
A
 
S
P
 
P
P
 
N
T
 
T
G
 
N
R
 
D
R
 
L
K
 
S
A
 
S
G
 
G
A
 
H
L
 
L
V
 
L
H
 
H
H
 
H
L
 
T
V
 
L
A
 
G
-
 
T
-
 
H
D
 
D
Y
 
F
N
 
E
R
 
Y
Q
 
Q
L
 
M
E
 
E
I
 
I
F
 
A
Q
 
K
K
 
K
V
 
L
T
 
T
V
 
C
D
 
A
A
 
A
A
 
V
L
 
A
L
 
I
D
 
K
N
 
R
P
 
A
E
 
E
T
 
D
A
 
A
P
 
P
A
 
V
L
 
M
I
 
I
D
 
D
R
 
H
L
 
A
L
 
I
A
 
R
T
 
Q
C
 
A
I
 
I
S
 
L
R
 
Q
K
 
H
L
 
K
P
 
P
V
 
V
Y
 
Y
L
 
I
E
 
E
L
 
I
P
 
P
A
 
T
D
 
N
M
 
M
A
 
A
R
 
N
A
 
Q
A
 
P
C
 
C
L
 
P
P
 
V
P
 
P
-
 
G
-
 
P
-
 
I
S
 
S
A
 
A
P
 
V
L
 
I
L
 
S
P
 
P
A
 
-
A
 
-
R
 
E
S
 
I
S
 
S
A
 
D
P
 
K
D
 
E
S
 
S
L
 
L
K
 
E
A
 
K
C
 
A
A
 
T
D
 
D
A
 
I
A
 
A
A
 
A
A
 
E
L
 
L
L
 
I
N
 
S
R
 
K
A
 
K
V
 
E
N
 
K
P
 
P
A
 
I
I
 
L
L
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
P
E
 
K
V
 
L
S
 
R
R
 
A
F
 
A
G
 
G
L
 
A
G
 
E
P
x
S
A
 
A
L
 
F
L
 
V
Q
 
K
L
 
L
V
 
A
E
 
E
Q
 
A
A
 
L
E
 
N
L
 
C
P
 
A
F
 
A
A
 
F
T
 
I
M
 
M
L
 
P
S
 
A
S
 
A
K
 
K
S
 
G
V
 
F
L
 
Y
P
 
S
E
 
E
L
 
E
H
 
H
P
 
K
Q
 
N
F
 
Y
I
 
A
G
 
G
L
 
V
Y
 
Y
Q
 
W
G
 
G
G
 
E
W
 
V
S
 
S
R
 
S
P
 
S
A
 
E
V
 
T
Q
 
T
Q
 
K
Q
 
A
I
 
V
-
 
Y
E
 
E
S
 
S
A
 
S
D
 
D
C
 
L
L
 
V
L
 
I
S
 
G
L
 
A
G
 
G
A
 
V
W
 
L
M
 
F
T
 
N
D
 
D
L
 
Y
D
 
S
T
 
T
G
 
V
I
 
G
F
 
W
S
 
R
I
 
A
H
 
A
I
 
P
D
 
N
P
 
P
Q
 
N
R
 
I
V
 
L
I
 
L
E
 
N
V
 
S
G
 
D
R
 
Y
D
 
T
A
 
S
V
 
V
R
 
S
I
 
I
G
 
P
D
 
G
R
 
Y
Q
 
V
Y
 
F
P
 
S
D
 
R
I
 
V
L
 
Y
P
 
M
G
 
A
D
 
E
L
 
F
I
 
L
R
 
E
E
 
L
L
 
L
V
 
A
P
 
K
R
 
K
L
 
V
-
 
S
-
 
K
R
 
K
P
 
P
R
 
A
S
 
T
Y
 
L
L
 
E
E
 
A
L
 
Y
H
 
N
P
 
K
G
 
A
E
 
R
P
 
P
R
 
Q
A
 
T
A
 
V
C
 
-
G
 
-
A
 
-
F
 
-
V
 
V
P
 
P
D
 
K
T
 
A
A
 
A
-
 
E
-
 
P
-
 
K
T
 
A
A
 
A
L
 
L
T
 
N
A
 
R
A
 
V
R
 
E
M
 
V
Y
 
M
E
 
R
A
 
Q
I
 
I
H
 
Q
G
 
G
F
 
L
L
 
V
D
 
D
D
 
S
S
 
N
M
 
T
I
 
T
L
 
L
L
 
Y
A
 
A
E
 
E
P
 
T
G
 
G
D
 
D
A
 
S
F
 
W
C
 
F
A
 
N
A
 
G
P
 
L
E
 
Q
F
 
M
T
 
K
I
 
L
E
 
P
E
 
A
A
 
G
E
 
A
R
 
K
F
 
F
I
 
E
V
 
V
Q
 
E
S
 
M
F
 
Q
Y
 
W
S
 
G
S
 
H
I
 
I
G
 
G
Y
 
W
C
 
S
T
 
V
P
 
P
A
 
S
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
Y
R
 
A
L
 
V
A
 
A
R
 
A
P
 
P
G
 
E
R
 
R
R
 
R
P
 
T
V
 
I
V
 
V
M
 
M
T
 
V
G
 
G
D
 
D
G
 
G
A
 
S
F
 
F
Q
 
Q
M
 
L
T
 
T
A
 
G
Q
 
Q
E
 
E
V
 
I
S
 
S
T
 
Q
L
 
M
V
 
I
R
 
R
L
 
H
Q
 
K
I
 
L
P
 
P
A
 
V
V
 
L
V
 
I
L
 
F
V
 
L
I
 
L
N
 
N
N
 
N
D
 
R
G
 
G
Y
 
Y
L
 
T
V
 
I
E
 
E
R
 
I
M
 
Q
L
 
I
H
 
H
E
 
-
D
 
D
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
N
 
N
D
 
R
I
 
I
R
 
Q
M
 
N
W
 
W
R
 
D
Y
 
F
A
 
A
A
 
A
L
 
F
P
 
C
E
 
E
L
 
S
F
 
L
N
 
N
A
 
G
G
 
E
S
 
T
G
 
G
-
 
K
G
 
A
L
 
K
G
 
G
I
 
L
R
 
H
V
 
A
T
 
K
T
 
T
E
 
G
G
 
E
E
 
E
L
 
L
H
x
T
A
x
S
A
 
A
L
 
I
Q
 
K
T
 
V
A
 
A
A
 
L
A
 
Q
A
 
N
P
 
K
D
 
E
K
 
G
L
 
P
V
 
T
L
 
L
I
 
I
E
 
E
M
 
C
C
 
A
V
 
I
Q
 
D
K
 
T
L
 
D
D
 
D
C
 
C
S
 
T
A
 
Q
G
 
E
L
 
L
R
 
V
R
 
D
L
 
W
G
 
G
A
 
K
T
 
A
M
 
V
R
 
R

4cokB Functional and structural characterization of pyruvate decarboxylase from gluconoacetobacter diazotrophicus (see paper)
37% identity, 96% coverage: 19:557/563 of query aligns to 4:537/549 of 4cokB

query
sites
4cokB
T
 
T
V
 
V
S
 
G
T
 
R
Y
 
Y
L
 
L
L
 
A
Q
 
D
R
 
R
L
 
L
K
 
A
E
 
Q
L
 
I
G
 
G
V
 
L
N
 
K
H
 
H
L
 
H
F
 
F
G
 
A
V
 
V
P
x
A
G
|
G
D
|
D
Y
|
Y
-
x
N
V
 
L
L
 
V
D
 
L
F
 
L
L
 
D
D
 
Q
Q
 
L
V
 
L
I
 
L
E
 
N
S
 
T
P
 
D
L
 
M
A
 
Q
W
 
Q
V
 
I
G
 
Y
T
 
C
C
 
S
N
 
N
E
|
E
L
 
L
N
 
N
A
 
C
G
 
G
Y
 
F
A
 
S
A
 
A
D
 
E
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
R
 
R
L
 
A
N
 
N
G
 
G
L
 
A
G
 
A
G
 
A
A
 
A
V
 
I
V
 
V
T
|
T
Y
 
F
G
 
S
V
|
V
G
 
G
G
 
A
F
 
L
S
 
S
I
 
A
L
 
F
N
 
N
A
 
A
V
 
L
A
 
G
G
 
G
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
E
 
E
M
 
N
V
 
L
P
 
P
L
 
V
V
 
I
L
 
L
I
 
I
S
 
S
G
 
G
A
 
A
P
 
P
P
 
N
T
 
A
G
 
N
R
 
D
R
 
H
K
 
G
A
 
T
G
 
G
A
 
H
L
 
I
V
 
L
H
|
H
H
|
H
L
 
T
V
x
L
A
x
G
-
 
T
-
 
T
D
 
D
Y
 
Y
N
 
G
R
 
Y
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
I
 
M
F
 
A
Q
 
R
K
 
H
V
 
I
T
 
T
V
 
C
D
 
A
A
 
A
A
 
E
L
 
S
L
 
I
D
 
V
N
 
A
P
 
A
E
 
E
T
 
D
A
 
A
P
 
P
A
 
A
L
 
K
I
 
I
D
 
D
R
 
H
L
 
V
L
 
I
A
 
R
T
 
T
C
 
A
I
 
L
S
 
R
R
 
E
K
 
K
L
 
K
P
 
P
V
 
A
Y
 
Y
L
 
L
E
 
E
L
 
I
P
 
A
A
x
C
D
 
N
M
 
V
A
 
A
R
 
G
A
 
A
A
 
P
C
 
C
L
 
V
P
 
R
P
 
P
S
 
G
A
 
G
P
 
I
L
 
D
L
 
A
P
 
D
A
 
E
A
 
A
R
 
-
S
 
-
S
 
-
A
 
-
P
 
-
D
 
-
S
 
S
L
 
L
K
 
K
A
 
A
C
 
A
A
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
A
 
L
A
 
A
L
 
F
L
 
I
N
 
E
R
 
Q
A
 
R
V
 
G
N
 
S
P
 
V
A
 
T
I
 
M
L
 
L
A
 
V
G
 
G
I
 
S
E
 
R
V
 
I
S
 
R
R
 
A
F
 
A
G
 
G
L
 
A
G
 
Q
P
 
A
A
 
Q
L
 
A
L
 
V
Q
 
A
L
 
L
V
 
A
E
 
D
Q
 
A
A
 
L
E
 
G
L
 
C
P
 
A
F
 
V
A
 
T
T
 
T
M
 
M
L
 
A
S
 
A
S
 
A
K
 
K
S
 
S
V
 
F
L
 
F
P
 
P
E
 
E
L
 
D
H
 
H
P
 
P
Q
 
G
F
 
Y
I
 
R
G
 
G
L
 
H
Y
 
Y
Q
 
W
G
 
G
G
 
E
W
 
V
S
 
S
R
 
S
P
 
P
A
 
G
V
 
A
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
A
I
 
V
E
 
E
S
 
G
A
 
A
D
 
D
C
 
G
L
 
V
L
 
I
S
 
C
L
 
L
G
 
A
A
 
P
W
 
V
M
 
F
T
 
N
D
 
D
L
 
Y
D
x
A
T
 
T
G
 
V
I
 
G
F
 
W
S
 
S
I
 
A
H
 
W
I
 
P
D
 
K
P
 
G
Q
 
D
R
 
N
V
 
V
I
 
M
E
 
L
V
 
V
G
 
E
R
 
R
D
 
H
A
 
A
V
 
V
R
 
T
I
 
V
G
 
G
D
 
G
R
 
V
Q
 
A
Y
 
Y
P
 
A
D
 
G
I
 
I
L
 
D
P
 
M
G
 
R
D
 
D
L
 
F
I
 
L
R
 
T
E
 
R
L
 
L
V
 
A
P
 
A
R
 
H
L
 
T
R
 
V
P
 
R
R
 
R
S
 
-
Y
 
-
L
 
-
E
 
-
L
 
-
H
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
D
P
 
A
R
 
T
A
 
A
A
 
R
C
 
G
G
 
G
A
 
A
F
 
Y
V
 
V
-
 
T
P
 
P
D
 
Q
T
 
T
A
 
P
T
 
A
A
 
A
-
 
A
-
 
P
-
 
T
-
 
A
-
 
P
L
 
L
T
 
N
A
 
N
A
 
A
R
 
E
M
 
M
Y
 
A
E
 
R
A
 
Q
I
 
I
H
 
G
G
 
A
F
 
L
L
 
L
D
 
T
D
 
P
S
 
R
M
 
T
I
 
T
L
 
L
L
 
T
A
 
A
E
|
E
P
x
T
G
 
G
D
|
D
A
 
S
F
 
W
C
 
F
A
 
N
A
 
A
P
 
V
E
 
R
F
 
M
T
 
K
I
 
L
E
 
P
E
 
H
A
 
G
E
 
A
R
 
R
F
 
V
I
 
E
V
 
L
Q
 
E
S
 
M
F
 
Q
Y
 
W
S
x
G
S
x
H
I
|
I
G
 
G
Y
 
W
C
 
S
T
 
V
P
 
P
A
 
A
A
 
A
L
 
F
G
 
G
A
 
N
R
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
A
P
 
P
G
 
E
R
 
R
R
 
Q
P
 
H
V
 
V
V
 
L
M
 
M
T
 
V
G
|
G
D
|
D
G
|
G
A
x
S
F
 
F
Q
 
Q
M
 
L
T
 
T
A
 
A
Q
 
Q
E
 
E
V
 
V
S
 
A
T
 
Q
L
 
M
V
 
I
R
 
R
L
 
H
Q
 
D
I
 
L
P
 
P
A
 
V
V
 
I
V
 
I
L
 
F
V
 
L
I
 
I
N
 
N
N
|
N
D
 
H
G
|
G
Y
|
Y
L
x
T
V
x
I
E
|
E
R
 
V
M
 
M
L
 
I
H
 
H
E
 
-
D
 
D
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
N
 
N
D
 
N
I
 
V
R
 
K
M
 
N
W
 
W
R
 
D
Y
 
Y
A
 
A
A
 
G
L
 
L
P
 
M
E
 
E
L
 
V
F
 
F
N
 
N
A
 
A
G
 
G
S
 
E
G
 
G
-
 
N
G
 
G
L
 
L
G
 
G
I
 
L
R
 
R
V
 
A
T
 
R
T
 
T
E
 
G
G
 
G
E
 
E
L
 
L
H
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
I
Q
 
E
T
 
Q
A
 
A
A
 
R
A
 
A
A
 
N
P
 
R
D
 
N
K
 
G
L
 
P
V
 
T
L
 
L
I
 
I
E
 
E
M
 
C
C
 
T
V
 
L
Q
 
D
K
x
R
L
 
D
D
 
D
C
 
C
S
 
T
A
 
Q
G
 
E
L
 
L
R
 
V
R
 
T
L
 
W
G
 
G

5tmaA Zymomonas mobilis pyruvate decarboxylase mutant pdc-2.3 (see paper)
34% identity, 96% coverage: 19:557/563 of query aligns to 4:552/567 of 5tmaA

query
sites
5tmaA
T
 
T
V
 
V
S
 
G
T
 
T
Y
 
Y
L
 
L
L
 
A
Q
 
E
R
 
R
L
 
L
K
 
V
E
 
Q
L
 
I
G
 
G
V
 
L
N
 
K
H
 
H
L
 
H
F
 
F
G
 
A
V
 
V
P
 
A
G
 
G
D
|
D
Y
|
Y
V
 
N
L
 
L
D
 
V
F
 
L
L
 
L
D
 
D
Q
 
N
V
 
L
I
 
L
E
 
D
S
 
N
P
 
K
-
 
N
L
 
M
A
 
E
W
 
Q
V
 
V
G
 
Y
T
 
C
C
 
C
N
 
N
E
|
E
L
 
L
N
 
N
A
 
C
G
 
G
Y
 
F
A
 
S
A
 
A
D
 
E
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
R
 
R
L
 
A
N
 
K
G
 
G
L
 
A
G
 
A
G
 
A
A
 
A
V
 
V
V
 
V
T
 
T
Y
|
Y
G
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
A
F
 
L
S
 
S
I
 
A
L
 
F
N
 
D
A
 
A
V
 
I
A
 
G
G
 
G
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
E
 
E
M
 
N
V
 
L
P
 
P
L
 
V
V
 
I
L
 
L
I
 
I
S
 
S
G
 
G
A
 
A
P
 
P
P
 
N
T
 
N
G
 
N
R
 
D
R
 
H
K
 
A
A
 
A
G
 
A
A
 
H
L
 
V
V
 
L
H
|
H
H
|
H
L
 
A
V
x
L
-
x
G
-
 
K
A
 
T
D
 
D
Y
 
Y
N
 
H
R
 
Y
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
I
 
M
F
 
A
Q
 
K
K
 
N
V
 
I
T
 
T
V
 
A
D
 
A
A
 
A
A
 
E
L
 
A
L
 
I
D
 
Y
N
 
T
P
 
P
E
 
E
T
 
E
A
 
A
P
 
P
A
 
A
L
 
K
I
 
I
D
 
D
R
 
H
L
 
V
L
 
I
A
 
K
T
 
T
C
 
A
I
 
L
S
 
R
R
 
E
K
 
K
L
 
K
P
 
P
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
E
 
E
L
 
I
P
 
A
A
x
C
D
 
N
M
 
I
A
 
A
R
 
S
A
 
M
A
 
P
C
 
C
L
 
A
P
 
A
P
 
P
S
 
G
-
 
P
A
 
A
P
 
S
L
 
A
L
 
L
P
 
F
A
 
N
A
 
D
R
 
E
S
 
A
S
 
S
A
 
D
P
 
E
D
 
A
S
 
S
L
 
L
K
 
N
A
 
A
C
 
A
A
 
V
D
 
E
A
 
E
A
 
T
A
 
L
A
 
K
L
 
F
L
 
I
N
 
E
R
 
N
A
 
R
V
 
D
N
 
K
P
 
V
A
 
A
I
 
V
L
 
L
A
 
V
G
 
G
I
 
S
E
 
K
V
 
L
S
 
R
R
 
A
F
 
A
G
 
A
L
 
A
G
 
E
P
 
E
A
 
A
L
 
A
L
 
V
Q
 
K
L
 
F
V
 
A
E
 
D
Q
 
A
A
 
L
E
 
G
L
 
G
P
 
A
F
 
V
A
 
A
T
 
T
M
 
M
L
 
A
S
 
A
S
 
A
K
 
K
S
 
S
V
 
F
L
 
F
P
 
P
E
 
E
L
 
E
H
 
N
P
 
P
Q
 
H
F
 
Y
I
 
I
G
 
G
L
 
T
Y
 
S
Q
 
W
G
 
G
G
 
E
W
 
V
S
 
S
R
 
Y
P
 
P
A
 
G
V
 
V
Q
 
E
Q
 
K
Q
 
T
I
 
M
E
 
K
S
 
E
A
 
A
D
 
D
C
 
A
L
 
V
L
 
I
S
 
A
L
 
L
G
 
A
A
 
P
W
 
V
M
 
F
T
 
N
D
 
D
L
x
Y
D
 
S
T
 
T
G
 
T
I
 
G
F
 
W
S
 
T
I
 
D
H
 
I
I
 
P
D
 
D
P
 
P
Q
 
K
R
 
K
V
 
L
I
 
V
E
 
L
V
 
A
G
 
E
R
 
P
D
 
R
A
 
S
V
 
V
R
 
V
I
 
V
G
 
N
D
 
G
R
 
I
Q
 
R
Y
 
F
P
 
P
D
 
S
I
 
V
L
 
H
P
 
L
G
 
K
D
 
D
L
 
Y
I
 
L
R
 
T
E
 
R
L
 
L
V
 
A
P
 
E
R
 
K
L
 
V
R
 
S
P
 
K
R
 
K
S
 
T
-
 
G
-
 
A
-
 
L
-
 
D
-
 
F
Y
 
F
L
 
K
E
 
S
L
 
L
H
 
N
P
 
A
G
 
G
E
 
E
P
 
L
R
 
K
A
 
K
A
 
A
C
 
D
G
 
P
A
 
A
F
 
-
V
 
-
P
 
-
D
 
D
T
 
P
A
 
S
T
 
A
A
 
P
L
 
L
T
 
V
A
 
N
A
 
A
R
 
E
M
 
I
Y
 
A
E
 
R
A
 
Q
I
 
I
H
 
E
G
 
D
F
 
L
L
 
L
D
 
T
D
 
P
S
 
N
M
 
T
I
 
T
L
 
V
L
 
I
A
 
A
E
 
E
P
x
T
G
 
G
D
|
D
A
 
S
F
 
W
C
 
F
A
 
N
A
 
A
P
 
Q
E
 
R
F
 
M
T
 
K
I
 
L
E
 
P
E
 
N
A
 
G
E
 
A
R
 
R
F
 
V
I
 
E
V
 
Y
Q
 
E
S
 
M
F
 
Q
Y
 
W
S
x
G
S
x
H
I
|
I
G
 
G
Y
 
W
C
 
S
T
 
V
P
 
P
A
 
A
A
 
A
L
 
F
G
 
G
A
 
Y
R
 
A
L
 
V
A
 
G
R
 
A
P
 
P
G
 
E
R
 
R
R
 
R
P
 
N
V
 
I
V
 
L
M
 
M
T
 
V
G
|
G
D
|
D
G
|
G
A
x
S
F
 
F
Q
 
Q
M
 
L
T
 
T
A
 
A
Q
 
Q
E
 
E
V
 
V
S
 
A
T
 
Q
L
 
M
V
 
V
R
 
R
L
 
L
Q
 
K
I
 
L
P
 
P
A
 
V
V
 
I
V
 
I
L
 
F
V
 
L
I
 
I
N
 
N
N
|
N
D
 
Y
G
|
G
Y
|
Y
L
x
T
V
x
I
E
|
E
R
 
V
M
 
M
L
 
I
H
 
H
E
 
-
D
 
D
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
N
 
N
D
 
N
I
 
I
R
 
K
M
 
N
W
 
W
R
 
D
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
L
 
L
P
 
M
E
 
E
L
 
V
F
 
F
N
 
N
A
 
G
G
 
N
S
 
G
G
 
G
-
 
Y
-
 
D
-
 
S
-
 
G
-
 
A
G
 
G
L
 
K
G
 
G
I
 
L
R
 
K
V
 
A
T
 
K
T
 
T
E
 
A
G
 
A
E
 
E
L
 
L
H
 
E
A
 
E
A
 
A
L
 
I
Q
 
K
T
 
V
A
 
A
A
 
L
A
 
D
A
 
N
P
 
T
D
 
D
K
 
G
L
 
P
V
 
T
L
 
L
I
 
I
E
 
E
M
 
C
C
 
F
V
 
I
Q
 
A
K
 
R
L
 
E
D
 
D
C
 
C
S
 
T
A
 
E
G
 
E
L
 
L
R
 
V
R
 
K
L
 
W
G
 
G

5eujE Pyruvate decarboxylase (see paper)
33% identity, 97% coverage: 19:562/563 of query aligns to 3:552/556 of 5eujE

query
sites
5eujE
T
 
T
V
 
V
S
 
G
T
 
M
Y
 
Y
L
 
L
L
 
A
Q
 
E
R
 
R
L
 
L
K
 
A
E
 
Q
L
 
I
G
 
G
V
 
L
N
 
K
H
 
H
L
 
H
F
 
F
G
 
A
V
 
V
P
x
A
G
|
G
D
|
D
Y
|
Y
-
x
N
V
 
L
L
 
V
D
 
L
F
 
L
L
 
D
D
 
Q
Q
 
L
V
 
L
I
 
L
E
 
N
S
 
K
P
 
D
L
 
M
A
 
E
W
 
Q
V
 
V
G
 
Y
T
 
C
C
 
C
N
 
N
E
|
E
L
 
L
N
 
N
A
 
C
G
 
G
Y
 
F
A
 
S
A
 
A
D
 
E
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
R
 
R
L
 
A
N
 
R
G
 
G
L
 
A
G
 
A
G
 
A
A
 
A
V
 
I
V
 
V
T
|
T
Y
 
F
G
 
S
V
|
V
G
 
G
G
 
A
F
 
I
S
 
S
I
 
A
L
 
M
N
 
N
A
 
A
V
 
I
A
 
G
G
 
G
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
E
 
E
M
 
N
V
 
L
P
 
P
L
 
V
V
 
I
L
 
L
I
 
I
S
 
S
G
 
G
A
 
S
P
 
P
P
 
N
T
 
T
G
 
N
R
 
D
R
 
Y
K
 
G
A
 
T
G
 
G
A
 
H
L
 
I
V
 
L
H
|
H
H
|
H
L
 
T
V
x
I
A
x
G
-
 
T
-
 
T
D
 
D
Y
 
Y
N
 
N
R
 
Y
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
I
 
M
F
 
V
Q
 
K
K
 
H
V
 
V
T
 
T
V
 
C
D
 
A
A
 
A
A
 
E
L
 
S
L
 
I
D
 
V
N
 
S
P
 
A
E
 
E
T
 
E
A
 
A
P
 
P
A
 
A
L
 
K
I
 
I
D
 
D
R
 
H
L
 
V
L
 
I
A
 
R
T
 
T
C
 
A
I
 
L
S
 
R
R
 
E
K
 
R
L
 
K
P
 
P
V
 
A
Y
 
Y
L
 
L
E
 
E
L
 
I
P
 
A
A
x
C
D
 
N
M
 
V
A
 
A
R
 
G
A
 
A
A
 
E
C
 
C
L
 
V
P
 
R
P
 
P
S
 
-
A
 
G
P
 
P
L
 
I
L
 
N
P
 
S
A
 
L
A
 
L
R
 
R
S
 
E
S
 
L
A
 
E
P
 
V
D
 
D
-
 
Q
-
 
T
S
 
S
L
 
V
K
 
T
A
 
A
C
 
A
A
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
A
 
V
A
 
E
L
 
W
L
 
L
N
 
Q
R
 
D
A
 
R
V
 
Q
N
 
N
P
 
V
A
 
V
I
 
M
L
 
L
A
 
V
G
 
G
I
 
S
E
 
K
V
 
L
S
 
R
R
 
A
F
 
A
G
 
A
L
 
A
G
 
E
P
 
K
A
 
Q
L
 
A
L
 
V
Q
 
A
L
 
L
V
 
A
E
 
D
Q
 
R
A
 
L
E
 
G
L
 
C
P
 
A
F
 
V
A
 
T
T
 
I
M
 
M
L
 
A
S
 
A
S
 
A
K
 
K
S
 
G
V
 
F
L
 
F
P
 
P
E
 
E
L
 
D
H
 
H
P
 
P
Q
 
N
F
 
F
I
 
R
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
Q
 
W
G
 
G
G
x
E
W
 
V
S
 
S
R
 
S
P
 
E
A
 
G
V
 
A
Q
 
Q
Q
 
E
Q
 
L
I
 
V
E
 
E
S
 
N
A
 
A
D
 
D
C
 
A
L
 
I
L
 
L
S
 
C
L
 
L
G
 
A
A
 
P
W
 
V
M
 
F
T
 
N
D
 
D
L
x
Y
D
x
A
T
 
T
G
 
V
I
 
G
F
 
W
S
 
N
I
 
S
H
 
W
I
 
P
D
 
K
P
 
G
Q
 
D
R
 
N
V
 
V
I
 
M
E
 
V
V
 
M
G
 
D
R
 
T
D
 
D
A
 
R
V
 
V
R
 
T
I
 
F
G
 
A
D
 
G
R
 
Q
Q
 
S
Y
 
F
P
 
E
D
 
G
I
 
L
L
 
S
P
 
L
G
 
S
D
 
T
L
 
F
I
 
A
R
 
A
E
 
A
L
 
L
V
 
A
P
 
E
R
 
K
L
 
A
R
 
P
P
 
S
R
 
R
S
 
P
Y
 
A
L
 
T
E
 
T
L
 
Q
H
 
G
P
 
T
G
 
Q
E
 
A
P
 
P
R
 
V
A
 
L
A
 
G
C
 
I
G
 
E
A
 
A
F
 
A
V
 
E
P
 
P
D
 
N
T
 
A
A
 
P
T
 
-
A
 
-
L
 
L
T
 
T
A
 
N
A
 
D
R
 
E
M
 
M
Y
 
T
E
 
R
A
 
Q
I
 
I
H
 
Q
G
 
S
F
 
L
L
 
I
D
 
T
D
 
S
S
 
D
M
 
T
I
 
T
L
 
L
L
 
T
A
 
A
E
|
E
P
x
T
G
|
G
D
|
D
A
 
S
F
 
W
C
 
F
A
 
N
A
 
A
P
 
S
E
 
R
F
 
M
T
 
P
I
 
I
E
 
P
E
 
G
A
 
G
E
 
A
R
 
R
F
 
V
I
 
E
V
 
L
Q
 
E
S
 
M
F
 
Q
Y
 
W
S
x
G
S
x
H
I
|
I
G
 
G
Y
 
W
C
 
S
T
 
V
P
 
P
A
 
S
A
 
A
L
 
F
G
 
G
A
 
N
R
 
A
L
 
V
A
 
G
R
 
S
P
 
P
G
 
E
R
 
R
R
 
R
P
 
H
V
 
I
V
 
M
M
 
M
T
 
V
G
|
G
D
|
D
G
|
G
A
x
S
F
 
F
Q
 
Q
M
 
L
T
 
T
A
 
A
Q
 
Q
E
 
E
V
 
V
S
 
A
T
 
Q
L
 
M
V
 
I
R
 
R
L
 
Y
Q
 
E
I
 
I
P
 
P
A
 
V
V
 
I
V
 
I
L
 
F
V
 
L
I
 
I
N
 
N
N
|
N
D
 
R
G
|
G
Y
|
Y
L
x
V
V
x
I
E
|
E
R
 
I
M
 
A
L
 
I
H
 
H
E
 
-
D
 
D
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
N
 
N
D
 
Y
I
 
I
R
 
K
M
 
N
W
 
W
R
 
N
Y
 
Y
A
 
A
A
 
G
L
 
L
P
 
I
E
 
D
L
 
V
F
 
F
N
 
N
A
 
D
G
 
E
S
 
D
G
 
G
-
 
H
G
 
G
L
 
L
G
 
G
I
 
L
R
 
K
V
 
A
T
 
S
T
 
T
E
 
G
G
 
A
E
 
E
L
 
L
H
 
E
A
 
G
A
 
A
L
 
I
Q
 
K
T
 
K
A
 
A
A
 
L
A
 
D
A
 
N
P
 
R
D
 
R
K
 
G
L
 
P
V
 
T
L
 
L
I
 
I
E
 
E
M
 
C
C
 
N
V
 
I
Q
 
A
K
 
Q
L
 
D
D
 
D
C
 
C
S
 
T
A
 
E
G
 
T
L
 
L
-
 
I
-
 
A
-
 
W
-
 
G
R
 
K
R
 
R
L
 
V
G
 
A
A
 
A
T
 
T
M
 
N
R
 
S
K
 
R

P06169 Pyruvate decarboxylase isozyme 1; Thiamine pyrophosphate-dependent 2-oxo-acid decarboxylase; 2ODC; EC 4.1.1.-; EC 4.1.1.43; EC 4.1.1.72; EC 4.1.1.74 from Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (Baker's yeast) (see 5 papers)
33% identity, 96% coverage: 16:553/563 of query aligns to 2:549/563 of P06169

query
sites
P06169
T
x
S
E
 
E
S
 
I
T
 
T
V
 
L
S
 
G
T
 
K
Y
 
Y
L
 
L
L
 
F
Q
 
E
R
 
R
L
 
L
K
 
K
E
 
Q
L
 
V
G
 
N
V
 
V
N
 
N
H
 
T
L
 
V
F
 
F
G
 
G
V
 
L
P
 
P
G
 
G
D
 
D
Y
 
F
V
 
N
L
 
L
D
 
S
F
 
L
L
 
L
D
 
D
Q
 
K
V
 
I
I
 
Y
E
 
E
-
 
V
S
 
E
P
 
G
L
 
M
A
 
R
W
 
W
V
 
A
G
 
G
T
 
N
C
 
A
N
 
N
E
 
E
L
 
L
N
 
N
A
 
A
G
 
A
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
R
 
R
L
 
I
N
 
K
G
 
G
L
 
M
G
 
S
G
 
C
A
 
I
V
 
I
V
 
T
T
 
T
Y
 
F
G
 
G
V
 
V
G
 
G
G
 
E
F
 
L
S
 
S
I
 
A
L
 
L
N
 
N
A
 
G
V
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
S
F
 
Y
A
 
A
E
 
E
M
 
H
V
 
V
P
 
G
L
 
V
V
 
L
L
 
H
I
 
V
S
 
V
G
 
G
A
 
V
P
 
P
P
 
S
T
 
I
G
 
S
R
 
A
R
 
Q
K
 
A
A
 
K
G
 
Q
A
 
L
L
 
L
V
 
L
H
 
H
H
 
H
L
 
T
V
 
L
A
 
G
D
 
-
Y
 
-
N
 
N
R
 
G
Q
 
D
L
 
F
E
 
T
I
 
V
F
 
F
Q
 
H
K
 
R
V
 
M
T
 
S
V
 
A
D
 
N
-
 
I
-
 
S
-
 
E
-
 
T
A
 
T
A
 
A
L
 
M
L
 
I
D
 
T
N
 
D
P
 
I
E
 
A
T
 
T
A
 
A
P
 
P
A
 
A
L
 
E
I
 
I
D
 
D
R
 
R
L
 
C
L
 
I
A
 
R
T
 
T
C
 
T
I
 
Y
S
 
V
R
 
T
K
 
Q
L
x
R
P
 
P
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
E
 
G
L
 
L
P
 
P
A
 
A
D
 
N
M
 
L
A
 
V
R
 
D
A
 
L
A
 
-
C
 
N
L
 
V
P
 
P
P
 
A
S
 
K
A
 
L
P
 
L
L
 
Q
L
 
T
P
 
P
A
 
I
A
 
D
R
 
M
S
 
S
S
 
L
A
 
K
P
 
P
D
 
N
-
 
D
-
 
A
-
 
E
S
 
S
L
 
E
K
 
K
A
 
E
C
 
V
A
 
I
D
 
D
A
 
T
A
 
I
A
 
L
A
 
A
L
 
L
L
 
V
N
 
K
R
 
D
A
 
A
V
 
K
N
 
N
P
 
P
A
 
V
I
 
I
L
 
L
A
 
A
G
 
D
I
 
A
E
 
C
V
 
C
S
 
S
R
 
R
F
 
H
G
 
D
L
 
V
G
 
K
P
 
A
A
 
E
L
 
T
L
 
K
Q
 
K
L
 
L
V
 
I
E
 
D
Q
 
L
A
 
T
E
 
Q
L
 
F
P
 
P
F
 
A
A
 
F
T
 
V
M
 
T
L
 
P
S
 
M
S
 
G
K
 
K
S
 
G
V
 
S
L
 
I
P
 
D
E
 
E
L
 
Q
H
 
H
P
 
P
Q
 
R
F
 
Y
I
 
G
G
 
G
L
 
V
Y
 
Y
Q
 
V
G
 
G
G
 
T
W
 
L
S
 
S
R
 
K
P
 
P
A
 
E
V
 
V
Q
 
K
Q
 
E
Q
 
A
I
 
V
E
 
E
S
 
S
A
 
A
D
 
D
C
 
L
L
 
I
L
 
L
S
 
S
L
 
V
G
 
G
A
 
A
W
 
L
M
 
L
T
 
S
D
|
D
L
 
F
D
 
N
T
 
T
G
 
G
I
 
S
F
 
F
S
 
S
I
 
Y
H
 
S
I
 
Y
D
 
K
P
 
T
Q
 
K
R
 
N
V
 
I
I
 
V
E
 
E
V
 
F
G
 
H
R
 
S
D
 
D
A
 
H
V
 
M
R
 
K
I
 
I
G
 
R
D
 
N
R
 
A
Q
 
T
Y
 
F
P
 
P
D
 
G
I
 
V
L
 
Q
P
 
M
G
 
K
D
 
F
L
 
V
I
 
L
R
 
Q
E
 
K
L
 
L
V
 
L
P
 
T
R
 
T
L
 
I
R
 
A
P
 
D
R
 
A
S
 
A
Y
 
K
L
 
G
E
 
Y
L
 
K
H
 
P
P
 
V
G
 
A
E
 
V
P
 
P
-
 
A
R
 
R
A
 
T
A
 
P
C
 
A
G
 
N
A
 
A
F
 
A
V
 
V
P
 
P
D
 
-
T
 
A
A
 
S
T
 
T
A
 
P
L
 
L
T
 
K
A
 
Q
A
 
E
R
 
W
M
 
M
Y
 
W
E
 
N
A
 
Q
I
 
L
H
 
G
G
 
N
F
 
F
L
 
L
D
 
Q
D
 
E
S
 
G
M
 
D
I
 
V
L
 
V
L
 
I
A
 
A
E
 
E
P
 
T
G
 
G
D
x
T
A
 
S
F
 
A
C
 
F
A
 
G
A
 
I
P
 
N
E
 
Q
F
 
T
T
 
T
I
 
F
E
 
P
E
 
N
A
 
N
E
 
T
R
 
Y
F
 
G
I
 
I
V
 
S
Q
 
Q
S
 
V
F
 
L
Y
 
W
S
x
G
S
|
S
I
|
I
G
 
G
Y
 
F
C
 
T
T
 
T
P
 
G
A
 
A
A
 
T
L
 
L
G
 
G
A
 
A
R
 
A
L
 
F
A
 
A
-
 
A
-
 
E
-
 
E
-
 
I
R
 
D
P
 
P
G
 
K
R
 
K
R
 
R
P
 
V
V
 
I
V
 
L
M
 
F
T
 
I
G
 
G
D
|
D
G
|
G
A
x
S
F
 
L
Q
 
Q
M
 
L
T
 
T
A
 
V
Q
 
Q
E
 
E
V
 
I
S
 
S
T
 
T
L
 
M
V
 
I
R
 
R
L
 
W
Q
 
G
I
 
L
P
 
K
A
 
P
V
 
Y
V
 
L
L
 
F
V
 
V
I
 
L
N
 
N
N
|
N
D
|
D
G
|
G
Y
|
Y
L
x
T
V
x
I
E
 
E
R
 
K
M
 
L
L
 
I
H
 
H
E
 
-
D
 
-
G
 
G
P
 
P
-
 
K
-
 
A
-
 
Q
Y
 
Y
N
 
N
D
 
E
I
 
I
R
 
Q
M
 
G
W
 
W
R
 
D
Y
 
H
A
 
L
A
 
S
L
 
L
P
 
L
E
 
P
L
 
T
F
 
F
N
 
G
A
 
A
G
 
K
S
 
D
G
 
Y
G
 
E
L
 
T
G
 
H
I
 
-
R
 
R
V
 
V
T
 
A
T
 
T
E
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
W
H
 
D
A
 
K
A
 
L
L
 
T
Q
 
Q
T
 
D
A
 
K
A
 
S
A
 
F
A
 
N
P
 
D
D
 
N
-
 
S
K
 
K
L
 
I
V
 
R
L
 
M
I
 
I
E
 
E
M
 
I
C
 
M
V
 
L
Q
 
P
K
 
V
L
 
F
D
 
D
C
 
A
S
 
P
A
 
Q
G
 
N
L
 
L

Sites not aligning to the query:

1qpbA Pyruvate decarboyxlase from yeast (form b) complexed with pyruvamide (see paper)
32% identity, 96% coverage: 16:553/563 of query aligns to 1:548/555 of 1qpbA

query
sites
1qpbA
T
 
S
E
 
E
S
 
I
T
 
T
V
 
L
S
 
G
T
 
K
Y
 
Y
L
 
L
L
 
F
Q
 
E
R
 
R
L
 
L
K
 
K
E
 
Q
L
 
V
G
 
N
V
 
V
N
 
N
H
 
T
L
 
V
F
 
F
G
 
G
V
x
L
P
|
P
G
|
G
D
|
D
Y
x
F
V
x
N
L
 
L
D
 
S
F
 
L
L
 
L
D
 
D
Q
 
K
V
 
I
I
 
Y
E
 
E
-
 
V
S
 
E
P
 
G
L
 
M
A
 
R
W
 
W
V
 
A
G
 
G
T
 
N
C
 
A
N
 
N
E
|
E
L
 
L
N
 
N
A
 
A
G
 
A
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
R
 
R
L
 
I
N
 
K
G
 
G
L
 
M
G
 
S
G
 
C
A
 
I
V
 
I
V
 
T
T
|
T
Y
 
F
G
 
G
V
|
V
G
 
G
G
 
E
F
 
L
S
 
S
I
 
A
L
 
L
N
 
N
A
 
G
V
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
S
F
 
Y
A
 
A
E
 
E
M
 
H
V
 
V
P
 
G
L
 
V
V
 
L
L
 
H
I
 
V
S
 
V
G
 
G
A
 
V
P
 
P
P
 
S
T
 
I
G
 
S
R
 
A
R
 
Q
K
 
A
A
 
K
G
 
Q
A
 
L
L
 
L
V
 
L
H
|
H
H
|
H
L
 
T
V
x
L
A
x
G
D
 
-
Y
 
-
N
 
N
R
 
G
Q
 
D
L
 
F
E
 
T
I
 
V
F
 
F
Q
 
H
K
 
R
V
 
M
T
 
S
V
 
A
D
 
N
-
 
I
-
 
S
-
 
E
-
 
T
A
 
T
A
 
A
L
 
M
L
 
I
D
 
T
N
 
D
P
 
I
E
 
A
T
 
T
A
 
A
P
 
P
A
 
A
L
 
E
I
 
I
D
 
D
R
 
R
L
 
C
L
 
I
A
 
R
T
 
T
C
 
T
I
x
Y
S
 
V
R
 
T
K
 
Q
L
 
R
P
 
P
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
E
 
G
L
 
L
P
 
P
A
|
A
D
 
N
M
 
L
A
 
V
R
 
D
A
 
L
A
 
-
C
 
N
L
 
V
P
 
P
P
 
A
S
 
K
A
 
L
P
 
L
L
 
Q
L
 
T
P
 
P
A
 
I
A
 
D
R
 
M
S
 
S
S
 
L
A
 
K
P
 
P
D
 
N
-
 
D
-
 
A
-
 
E
S
 
S
L
 
E
K
 
K
A
 
E
C
 
V
A
 
I
D
 
D
A
 
T
A
 
I
A
 
L
A
 
V
L
 
L
L
 
I
N
 
K
R
 
D
A
 
A
V
 
K
N
 
N
P
 
P
A
 
V
I
 
I
L
 
L
A
 
A
G
 
D
I
 
A
E
 
C
V
 
C
S
 
S
R
 
R
F
x
H
G
x
D
L
 
V
G
 
K
P
 
A
A
 
E
L
 
T
L
 
K
Q
 
K
L
 
L
V
 
I
E
 
D
Q
 
L
A
 
T
E
 
Q
L
 
F
P
 
P
F
 
A
A
 
F
T
 
V
M
 
T
L
 
P
S
 
M
S
 
G
K
 
K
S
 
G
V
 
S
L
 
I
P
 
D
E
 
E
L
 
Q
H
 
H
P
 
P
Q
 
R
F
 
Y
I
 
G
G
 
G
L
 
V
Y
 
Y
Q
 
V
G
 
G
G
x
T
W
 
L
S
 
S
R
 
K
P
 
P
A
 
E
V
 
V
Q
 
K
Q
 
E
Q
 
A
I
 
V
E
 
E
S
 
S
A
 
A
D
 
D
C
 
L
L
 
I
L
 
L
S
 
S
L
 
V
G
 
G
A
 
A
W
 
L
M
 
L
T
 
S
D
 
D
L
 
F
D
x
N
T
 
T
G
 
G
I
 
S
F
 
F
S
 
S
I
 
Y
H
 
S
I
 
Y
D
 
K
P
 
T
Q
 
K
R
 
N
V
 
I
I
 
V
E
 
E
V
 
F
G
 
H
R
 
S
D
 
D
A
 
H
V
 
M
R
 
K
I
 
I
G
 
R
D
 
N
R
 
A
Q
 
T
Y
 
F
P
 
P
D
 
G
I
 
V
L
 
Q
P
 
M
G
 
K
D
 
F
L
 
V
I
 
L
R
 
Q
E
 
K
L
 
L
V
 
L
P
 
T
R
 
A
L
 
I
R
 
A
P
 
D
R
 
A
S
 
A
Y
 
K
L
 
G
E
 
Y
L
 
K
H
 
P
P
 
V
G
 
A
E
 
V
P
 
P
-
 
A
R
 
R
A
 
T
A
 
P
C
 
A
G
 
N
A
 
A
F
 
A
V
 
V
P
 
P
D
 
-
T
 
A
A
 
S
T
 
T
A
 
P
L
 
L
T
 
K
A
 
Q
A
 
E
R
 
W
M
 
M
Y
 
W
E
 
N
A
 
Q
I
 
L
H
 
G
G
 
N
F
 
F
L
 
L
D
 
Q
D
 
E
S
 
G
M
 
D
I
 
V
L
 
V
L
 
I
A
 
A
E
 
E
P
x
T
G
 
G
D
x
T
A
 
S
F
 
A
C
 
F
A
 
G
A
 
I
P
 
N
E
 
Q
F
 
T
T
 
T
I
 
F
E
 
P
E
 
N
A
 
N
E
 
T
R
 
Y
F
 
G
I
 
I
V
 
S
Q
 
Q
S
 
V
F
 
L
Y
 
W
S
x
G
S
 
S
I
|
I
G
 
G
Y
 
F
C
 
T
T
 
T
P
 
G
A
 
A
A
 
T
L
 
L
G
 
G
A
 
A
R
 
A
L
 
F
A
 
A
-
 
A
-
 
E
-
 
E
-
 
I
R
 
D
P
 
P
G
 
K
R
 
K
R
 
R
P
 
V
V
 
I
V
 
L
M
 
F
T
 
I
G
|
G
D
|
D
G
|
G
A
x
S
F
 
L
Q
 
Q
M
 
L
T
 
T
A
 
V
Q
 
Q
E
 
E
V
 
I
S
 
S
T
 
T
L
 
M
V
 
I
R
 
R
L
 
W
Q
 
G
I
 
L
P
 
K
A
 
P
V
 
Y
V
 
L
L
 
F
V
 
V
I
 
L
N
 
N
N
|
N
D
 
D
G
|
G
Y
|
Y
L
x
T
V
x
I
E
|
E
R
 
K
M
 
L
L
x
I
H
 
H
E
 
-
D
 
-
G
 
G
P
 
P
-
 
K
-
 
A
-
 
Q
Y
 
Y
N
 
N
D
 
E
I
 
I
R
 
Q
M
 
G
W
 
W
R
 
D
Y
 
H
A
 
L
A
 
S
L
 
L
P
 
L
E
 
P
L
 
T
F
 
F
N
 
G
A
 
A
G
 
K
S
 
D
G
 
Y
G
 
E
L
 
T
G
 
H
I
 
-
R
 
R
V
 
V
T
 
A
T
 
T
E
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
W
H
 
D
A
 
K
A
 
L
L
 
T
Q
 
Q
T
 
D
A
 
K
A
 
S
A
 
F
A
 
N
P
 
D
D
 
N
-
 
S
K
 
K
L
 
I
V
 
R
L
 
M
I
 
I
E
 
E
M
 
V
C
 
M
V
 
L
Q
 
P
K
x
V
L
 
F
D
 
D
C
 
A
S
 
P
A
 
Q
G
 
N
L
 
L

2vjyA Pyruvate decarboxylase from kluyveromyces lactis in complex with the substrate analogue methyl acetylphosphonate (see paper)
32% identity, 96% coverage: 16:555/563 of query aligns to 1:550/562 of 2vjyA

query
sites
2vjyA
T
 
S
E
 
E
S
 
I
T
 
T
V
 
L
S
 
G
T
 
R
Y
 
Y
L
 
L
L
 
F
Q
 
E
R
 
R
L
 
L
K
 
K
E
 
Q
L
 
V
G
x
E
V
 
V
N
 
Q
H
 
T
L
 
I
F
 
F
G
 
G
V
x
L
P
|
P
G
|
G
D
|
D
Y
x
F
V
x
N
L
 
L
D
 
S
F
 
L
L
 
L
D
 
D
Q
 
N
V
 
I
I
 
Y
E
 
E
S
 
V
P
 
P
-
 
G
L
 
M
A
 
R
W
 
W
V
 
A
G
 
G
T
 
N
C
 
A
N
 
N
E
|
E
L
 
L
N
 
N
A
 
A
G
 
A
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
R
 
R
L
 
L
N
x
K
G
 
G
L
 
M
G
 
S
G
 
C
A
 
I
V
 
I
V
 
T
T
|
T
Y
 
F
G
 
G
V
|
V
G
 
G
G
 
E
F
 
L
S
 
S
I
 
A
L
 
L
N
 
N
A
 
G
V
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
S
F
 
Y
A
 
A
E
 
E
M
x
H
V
 
V
P
 
G
L
 
V
V
 
L
L
 
H
I
 
V
S
 
V
G
 
G
A
 
V
P
 
P
P
 
S
T
 
V
G
 
S
R
 
S
R
 
Q
K
 
A
A
 
K
G
 
Q
A
 
L
L
 
L
V
 
L
H
|
H
H
|
H
L
 
T
V
x
L
A
x
G
D
 
-
Y
 
-
N
 
N
R
 
G
Q
 
D
L
 
F
E
 
T
I
 
V
F
 
F
Q
 
H
K
 
R
V
 
M
T
 
S
V
 
S
D
 
N
-
 
I
-
 
S
-
 
E
-
 
T
A
 
T
A
 
A
L
 
M
L
 
I
D
 
T
N
 
D
P
 
I
E
 
N
T
 
T
A
 
A
P
 
P
A
 
A
L
 
E
I
 
I
D
 
D
R
 
R
L
 
C
L
 
I
A
 
R
T
 
T
C
 
T
I
x
Y
S
 
V
R
 
S
K
 
Q
L
 
R
P
 
P
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
E
 
G
L
 
L
P
 
P
A
|
A
D
 
N
M
 
L
A
 
V
R
 
D
A
 
-
A
 
L
C
 
T
L
 
V
P
 
P
P
 
A
S
 
S
-
 
L
-
 
L
-
 
D
A
 
T
P
 
P
L
 
I
L
 
D
P
 
L
A
 
S
A
 
L
R
 
K
S
 
P
S
 
N
A
 
D
P
 
P
D
 
E
S
 
A
L
 
E
K
 
E
A
 
E
C
 
V
A
 
I
D
 
E
A
 
N
A
 
V
A
 
L
A
 
Q
L
 
L
L
 
I
N
 
K
R
 
E
A
 
A
V
 
K
N
 
N
P
 
P
A
 
V
I
 
I
L
 
L
A
 
A
G
 
D
I
 
A
E
x
C
V
 
C
S
 
S
R
 
R
F
x
H
G
 
D
L
 
A
G
 
K
P
 
A
A
 
E
L
 
T
L
 
K
Q
 
K
L
 
L
V
 
I
E
 
D
Q
 
L
A
 
T
E
 
Q
L
 
F
P
 
P
F
 
A
A
 
F
T
 
V
M
 
T
L
 
P
S
 
M
S
 
G
K
 
K
S
 
G
V
 
S
L
 
I
P
 
D
E
 
E
L
 
K
H
 
H
P
 
P
Q
 
R
F
 
F
I
 
G
G
 
G
L
 
V
Y
 
Y
Q
 
V
G
 
G
G
x
T
W
 
L
S
 
S
R
 
S
P
 
P
A
 
A
V
 
V
Q
 
K
Q
 
E
Q
 
A
I
 
V
E
 
E
S
 
S
A
 
A
D
 
D
C
 
L
L
 
V
L
 
L
S
 
S
L
 
V
G
|
G
A
|
A
W
 
L
M
 
L
T
 
S
D
 
D
L
x
F
D
x
N
T
 
T
G
 
G
I
 
S
F
 
F
S
 
S
I
 
Y
H
 
S
I
 
Y
D
 
K
P
 
T
Q
 
K
R
 
N
V
 
I
I
 
V
E
 
E
V
 
F
G
x
H
R
x
S
D
 
D
A
 
Y
V
 
T
R
 
K
I
 
I
G
 
R
D
 
S
R
 
A
Q
 
T
Y
 
F
P
 
P
D
 
G
I
 
V
L
 
Q
P
 
M
G
 
K
D
 
F
L
 
A
I
 
L
R
 
Q
E
 
K
L
 
L
V
 
L
P
 
T
R
 
K
L
 
V
-
 
A
-
 
D
R
 
A
P
 
A
R
 
K
S
 
G
Y
 
Y
L
 
K
E
 
P
L
 
V
H
 
P
-
 
V
P
 
P
G
 
S
E
 
E
P
 
P
R
 
E
A
 
H
A
 
-
C
 
-
G
 
N
A
 
E
F
 
A
V
 
V
P
 
A
D
 
D
T
 
-
A
 
S
T
 
T
A
 
P
L
 
L
T
 
K
A
 
Q
A
 
E
R
 
W
M
 
V
Y
 
W
E
 
T
A
 
Q
I
 
V
H
 
G
G
 
E
F
 
F
L
 
L
D
 
R
D
 
E
S
 
G
M
 
D
I
 
V
L
 
V
L
 
I
A
 
T
E
 
E
P
x
T
G
 
G
D
x
T
A
 
S
F
 
A
C
 
F
A
 
G
A
 
I
P
 
N
E
 
Q
F
 
T
T
 
H
I
 
F
E
 
P
E
 
N
A
 
N
E
 
T
R
 
Y
F
 
G
I
 
I
V
 
S
Q
 
Q
S
 
V
F
 
L
Y
 
W
S
x
G
S
|
S
I
|
I
G
 
G
Y
 
F
C
 
T
T
 
T
P
 
G
A
 
A
A
 
T
L
 
L
G
 
G
A
 
A
R
 
A
L
 
F
A
 
A
-
 
A
-
 
E
-
 
E
-
 
I
R
 
D
P
 
P
G
 
K
R
 
K
R
 
R
P
 
V
V
 
I
V
 
L
M
 
F
T
 
I
G
|
G
D
|
D
G
|
G
A
x
S
F
 
L
Q
 
Q
M
 
L
T
 
T
A
 
V
Q
 
Q
E
 
E
V
 
I
S
 
S
T
 
T
L
 
M
V
 
I
R
 
R
L
 
W
Q
 
G
I
 
L
P
 
K
A
 
P
V
 
Y
V
 
L
L
 
F
V
 
V
I
 
L
N
 
N
N
|
N
D
 
D
G
|
G
Y
|
Y
L
x
T
V
x
I
E
|
E
R
 
R
M
 
L
L
x
I
H
 
H
-
 
G
E
 
E
D
 
T
G
 
A
P
 
Q
Y
 
Y
N
 
N
D
 
C
I
 
I
R
 
Q
M
 
N
W
 
W
R
 
Q
Y
 
H
A
 
L
A
 
E
L
 
L
P
 
L
E
 
P
L
 
T
F
 
F
N
 
G
A
 
A
G
 
K
S
 
D
G
 
Y
G
 
E
L
 
-
G
 
A
I
 
V
R
 
R
V
 
V
T
 
S
T
 
T
E
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
W
H
 
N
A
 
-
A
 
K
L
 
L
Q
 
T
T
 
T
A
 
D
A
 
E
A
 
K
A
 
F
P
 
Q
D
 
D
-
 
N
-
 
T
K
 
R
L
 
I
V
 
R
L
 
L
I
 
I
E
 
E
M
 
V
C
 
M
V
 
L
Q
 
P
K
x
T
L
 
M
D
 
D
C
 
A
S
 
P
A
 
S
G
 
N
L
 
L
R
 
V
R
 
K

Query Sequence

>WP_083768615.1 NCBI__GCF_000020385.1:WP_083768615.1
MTIQISDGRGHQEMPTESTVSTYLLQRLKELGVNHLFGVPGDYVLDFLDQVIESPLAWVG
TCNELNAGYAADGYARLNGLGGAVVTYGVGGFSILNAVAGAFAEMVPLVLISGAPPTGRR
KAGALVHHLVADYNRQLEIFQKVTVDAALLDNPETAPALIDRLLATCISRKLPVYLELPA
DMARAACLPPSAPLLPAARSSAPDSLKACADAAAALLNRAVNPAILAGIEVSRFGLGPAL
LQLVEQAELPFATMLSSKSVLPELHPQFIGLYQGGWSRPAVQQQIESADCLLSLGAWMTD
LDTGIFSIHIDPQRVIEVGRDAVRIGDRQYPDILPGDLIRELVPRLRPRSYLELHPGEPR
AACGAFVPDTATALTAARMYEAIHGFLDDSMILLAEPGDAFCAAPEFTIEEAERFIVQSF
YSSIGYCTPAALGARLARPGRRPVVMTGDGAFQMTAQEVSTLVRLQIPAVVLVINNDGYL
VERMLHEDGPYNDIRMWRYAALPELFNAGSGGLGIRVTTEGELHAALQTAAAAPDKLVLI
EMCVQKLDCSAGLRRLGATMRKG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory