SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_083821745.1 NCBI__GCF_000225705.1:WP_083821745.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 5 hits to proteins with known functional sites (download)

P69801 PTS system mannose-specific EIIC component; EII-P-Man; EIIC-Man; Mannose permease IIC component from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
35% identity, 99% coverage: 2:266/267 of query aligns to 1:266/266 of P69801

query
sites
P69801
M
 
M
F
 
E
V
 
I
Q
 
T
A
 
T
L
 
L
L
 
Q
V
 
I
A
 
V
L
 
L
V
 
V
G
 
F
I
 
I
I
 
V
A
 
A
T
 
C
I
 
I
D
 
A
Y
 
G
N
 
M
G
 
G
P
 
S
L
 
I
-
 
L
-
 
D
-
 
E
F
 
F
M
 
Q
I
 
F
H
 
H
R
 
R
P
 
P
L
 
L
V
 
I
T
 
A
G
 
C
T
 
T
L
 
L
T
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
L
 
L
G
 
G
D
 
D
M
 
M
T
 
K
Q
 
T
G
 
G
V
 
I
I
 
I
I
 
I
G
 
G
S
 
G
S
 
T
L
 
L
E
 
E
L
 
M
M
 
I
W
 
A
L
 
L
G
 
G
V
 
W
T
 
M
G
x
N
I
 
I
G
 
G
G
 
A
Y
 
A
T
 
V
P
 
A
P
 
P
D
 
D
T
 
A
I
 
A
S
 
L
G
 
A
A
 
S
I
 
I
V
 
I
G
 
S
T
 
T
A
 
I
L
 
L
G
 
V
I
 
I
L
 
A
S
 
G
G
 
H
Q
 
Q
G
 
S
A
 
I
T
 
G
A
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
I
 
L
A
 
A
V
 
I
P
 
P
V
 
L
A
 
A
V
 
A
V
 
A
T
 
G
Q
 
Q
Q
 
V
L
 
L
D
 
T
V
 
I
L
 
I
A
 
V
K
 
R
T
 
T
A
 
I
D
 
T
I
 
V
A
 
A
F
 
F
V
 
Q
K
 
H
K
 
A
A
 
A
D
 
D
A
 
K
A
 
A
A
 
A
E
 
D
R
 
N
G
 
G
D
 
N
I
 
L
S
 
T
K
 
A
I
 
I
G
 
S
L
 
W
Y
 
I
Q
 
H
Y
 
V
A
 
S
S
 
S
L
 
L
G
 
F
I
 
L
I
 
Q
V
 
A
L
 
M
F
 
R
K
 
V
V
 
A
V
 
I
P
 
P
-
 
A
I
 
V
F
 
I
L
 
V
A
 
A
V
 
L
L
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
T
E
 
S
Y
 
E
V
 
V
Q
 
Q
S
 
N
L
 
M
F
 
L
D
 
N
M
 
A
I
 
I
P
 
P
D
 
E
V
 
V
V
 
V
M
 
T
K
 
N
G
 
G
L
 
L
N
 
N
V
 
I
A
 
A
G
 
G
G
 
G
L
 
M
L
 
I
P
 
V
A
 
V
I
 
V
G
 
G
F
 
Y
G
 
A
M
 
M
L
 
V
L
 
I
N
 
N
M
 
M
M
 
M
L
 
R
K
 
A
K
 
G
K
 
Y
M
 
L
W
 
M
V
 
P
F
 
F
L
 
F
L
 
Y
V
 
L
G
 
G
F
 
F
I
 
V
A
 
T
S
 
A
A
 
A
F
 
F
L
 
T
G
 
N
M
 
F
S
 
N
T
 
L
I
 
V
G
 
A
I
 
L
T
 
G
F
 
V
V
 
I
G
 
G
V
 
T
A
 
V
V
 
M
A
 
A
Y
 
V
L
 
L
T
 
Y
V
 
I
M
 
Q
M
 
L
G
 
S
N
 
P
G
 
K
F
 
Y
G
 
N
S
 
R
E
 
V
T
 
A
P
 
G
A
 
A
P
 
P
V
 
A
A
 
Q
A
 
A
Q
 
-
T
 
-
E
 
-
S
 
A
A
 
G
S
 
N
N
 
N
D
 
D
D
 
L
D
 
D
E
 
N
V
 
E
Y
 
L
D
 
D

7dyrY Cryoem structure of mannose transporter manyz and microcin e492 (mcea) complex (see paper)
36% identity, 89% coverage: 2:238/267 of query aligns to 1:241/248 of 7dyrY

query
sites
7dyrY
M
 
M
F
 
E
V
 
I
Q
 
T
A
 
T
L
 
L
L
 
Q
V
 
I
A
 
V
L
 
L
V
 
V
G
 
F
I
 
I
I
 
V
A
 
A
T
 
C
I
 
I
D
 
A
Y
 
G
N
 
M
G
 
G
P
 
S
L
 
I
-
 
L
-
 
D
-
 
E
F
 
F
M
 
Q
I
 
F
H
 
H
R
 
R
P
 
P
L
 
L
V
 
I
T
 
A
G
 
C
T
 
T
L
 
L
T
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
L
 
L
G
 
G
D
 
D
M
 
M
T
 
K
Q
 
T
G
 
G
V
 
I
I
 
I
I
 
I
G
 
G
S
 
G
S
 
T
L
 
L
E
 
E
L
 
M
M
 
I
W
 
A
L
 
L
G
 
G
V
 
W
T
 
M
G
x
N
I
 
I
G
|
G
G
 
A
Y
 
A
T
 
V
P
 
A
P
 
P
D
 
D
T
 
A
I
 
A
S
 
L
G
 
A
A
 
S
I
 
I
V
 
I
G
 
S
T
 
T
A
 
I
L
 
L
G
 
V
I
 
I
L
 
A
S
 
G
G
 
H
Q
 
Q
G
 
S
A
 
I
T
 
G
A
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
I
 
L
A
 
A
V
 
I
P
 
P
V
 
L
A
 
A
V
 
A
V
 
A
T
 
G
Q
 
Q
Q
 
V
L
 
L
D
 
T
V
 
I
L
 
I
A
 
V
K
 
R
T
 
T
A
 
I
D
 
T
I
 
V
A
 
A
F
 
F
V
 
Q
K
 
H
K
 
A
A
 
A
D
 
D
A
 
K
A
 
A
A
 
A
E
 
D
R
 
N
G
 
G
D
 
N
I
 
L
S
 
T
K
 
A
I
 
I
G
 
S
L
 
W
Y
 
I
Q
 
H
Y
 
V
A
 
S
S
 
S
L
 
L
G
 
F
I
 
L
I
 
Q
V
 
A
L
 
M
F
 
R
K
 
V
V
 
A
V
 
I
P
 
P
-
 
A
I
 
V
F
 
I
L
 
V
A
 
A
V
 
L
L
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
T
E
 
S
Y
 
E
V
 
V
Q
 
Q
S
 
N
L
 
M
F
 
L
D
 
N
M
 
A
I
 
I
P
 
P
D
 
E
V
 
V
V
 
V
M
 
T
K
 
N
G
 
G
L
 
L
N
 
N
V
 
I
A
 
A
G
 
G
G
 
G
L
 
M
L
 
I
P
 
V
A
 
V
I
 
V
G
 
G
F
 
Y
G
 
A
M
 
M
L
 
V
L
 
I
N
 
N
M
 
M
M
 
M
L
 
R
K
 
A
K
 
G
K
 
Y
M
 
L
W
 
M
V
 
P
F
 
F
L
 
F
L
 
Y
V
 
L
G
 
G
F
 
F
I
 
V
A
 
T
S
 
A
A
 
A
F
 
F
L
 
T
G
 
N
M
 
F
S
 
N
T
 
L
I
 
V
G
 
A
I
 
L
T
 
G
F
 
V
V
 
I
G
 
G
V
 
T
A
 
V
V
 
M
A
 
A
Y
 
V
L
 
L
T
 
Y
V
 
I
M
 
Q
M
 
L

7vlxY Cryo-em structures of listeria monocytogenes man-pts (see paper)
31% identity, 90% coverage: 1:241/267 of query aligns to 1:247/247 of 7vlxY

query
sites
7vlxY
M
 
M
M
 
S
F
 
V
V
 
I
Q
 
S
A
 
I
L
 
I
L
 
L
V
 
V
A
 
V
L
 
L
V
 
I
G
 
A
I
 
F
I
 
L
A
 
A
T
 
G
I
 
I
D
 
E
Y
 
G
N
 
I
G
 
L
P
 
D
L
 
E
F
 
F
M
 
Q
I
 
F
H
 
H
R
 
Q
P
 
P
L
 
L
V
 
I
T
 
A
G
 
C
T
 
T
L
 
L
T
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
V
L
 
T
G
 
G
D
 
N
M
 
L
T
 
T
Q
 
A
G
 
C
V
 
I
I
 
I
I
 
L
G
 
G
S
 
G
S
 
T
L
 
L
E
 
Q
L
 
M
M
 
I
W
 
A
L
 
L
G
 
G
V
 
W
T
 
A
G
x
N
I
 
I
G
|
G
G
 
A
Y
 
A
T
 
V
P
 
A
P
 
P
D
 
D
T
 
A
I
 
A
S
 
L
G
 
A
A
 
S
I
 
V
V
 
A
G
 
S
T
 
A
A
 
I
L
 
I
G
 
L
I
 
V
L
 
L
S
 
G
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
A
 
V
T
 
A
-
 
G
-
 
I
-
 
P
A
 
S
G
 
A
I
 
I
A
 
A
I
 
I
A
 
A
V
 
I
P
 
P
V
 
L
A
 
A
V
 
V
V
 
A
T
 
G
Q
 
L
Q
 
F
L
 
L
D
 
T
V
 
M
L
 
I
A
 
V
K
 
R
T
 
T
A
 
L
D
 
A
I
 
V
A
 
P
F
 
I
V
 
V
K
 
H
K
 
L
A
 
M
D
 
D
A
 
R
A
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
K
G
 
G
D
 
N
I
 
I
S
 
R
K
 
S
I
 
V
G
 
E
L
 
W
Y
 
L
Q
 
H
Y
 
I
A
 
S
S
 
A
L
 
I
G
 
C
I
 
M
I
 
Q
V
 
G
L
 
I
F
 
R
K
 
I
V
 
A
V
 
I
P
 
P
I
 
A
F
 
A
L
 
A
A
 
L
V
 
L
L
 
F
V
 
I
G
 
P
G
 
A
E
 
D
Y
 
S
V
 
V
Q
 
Q
S
 
S
L
 
F
F
 
L
D
 
E
M
 
A
I
 
M
P
 
P
D
 
A
V
 
W
V
 
L
M
 
T
K
 
D
G
 
G
L
 
M
N
 
A
V
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
L
 
M
L
 
V
P
 
V
A
 
A
I
 
V
G
 
G
F
 
Y
G
 
A
M
 
L
L
 
V
L
 
I
N
 
N
M
 
M
M
 
M
L
 
A
K
 
T
K
 
K
K
 
E
M
 
V
W
 
W
V
 
P
F
 
F
L
 
F
L
 
V
V
 
I
G
 
G
F
 
F
I
 
V
A
 
V
S
 
A
A
 
A
F
 
I
L
 
S
G
 
Q
M
 
L
S
 
T
T
 
L
I
 
I
G
 
A
I
 
I
T
 
G
F
 
A
V
 
L
G
 
G
V
 
V
A
 
A
V
 
L
A
 
A
-
 
L
-
 
I
Y
 
Y
L
 
L
T
 
N
V
 
L
-
 
S
M
 
K
M
 
M
G
 
G
N
 
G
G
 
G

7xtgD Cryo-em structure of listeria monocytogenes man-pts complexed with pediocin pa-1 (see paper)
31% identity, 87% coverage: 3:234/267 of query aligns to 4:238/248 of 7xtgD

query
sites
7xtgD
F
 
F
V
 
I
Q
 
Q
A
 
V
L
 
I
L
 
L
V
 
V
A
 
I
L
 
F
V
 
V
G
 
A
I
 
F
I
 
L
A
 
A
T
 
G
I
 
V
D
 
E
Y
 
G
N
 
I
G
 
L
P
 
D
L
 
Q
F
 
F
M
 
H
I
 
F
H
 
H
R
 
Q
P
 
P
L
 
V
V
 
I
T
 
A
G
 
C
T
 
T
L
 
L
T
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
V
L
 
T
G
 
G
D
 
N
M
 
L
T
 
L
Q
 
P
G
 
C
V
 
L
I
 
I
I
 
L
G
 
G
S
 
G
S
 
T
L
 
L
E
 
Q
L
 
M
M
 
I
W
 
A
L
 
L
G
 
G
V
 
W
T
 
A
G
x
N
I
x
V
G
|
G
G
 
A
Y
 
A
T
 
V
P
 
A
P
 
P
D
 
D
T
 
A
I
 
A
S
 
L
G
 
A
A
 
S
I
 
I
V
 
A
G
 
S
T
 
A
A
 
I
L
 
I
G
 
L
I
 
V
L
 
L
S
 
G
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
A
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
V
T
 
T
A
 
S
G
 
A
I
 
I
A
 
A
I
 
I
A
 
A
V
 
V
P
 
P
V
 
L
A
 
A
V
 
V
V
 
A
T
 
G
Q
 
L
Q
 
L
L
 
L
D
 
T
V
 
I
L
 
I
A
 
V
K
 
R
T
 
T
A
 
L
D
 
A
I
 
T
A
 
G
F
 
I
V
 
V
K
 
H
K
 
I
A
 
M
D
 
D
A
 
A
A
 
A
A
 
A
E
 
K
R
 
E
G
 
G
D
 
N
I
 
F
S
 
R
K
 
K
I
 
I
G
 
E
L
 
M
Y
 
W
Q
 
Q
Y
 
Y
A
 
I
S
 
A
L
 
I
G
 
I
I
 
M
I
 
Q
V
 
G
L
 
V
F
 
R
K
 
I
V
 
A
V
 
I
P
 
P
I
 
A
F
 
G
L
 
L
A
 
I
V
 
L
L
 
A
V
 
I
G
 
G
G
 
A
E
 
G
Y
 
P
V
 
V
Q
 
K
S
 
E
L
 
M
F
 
L
D
 
T
M
 
A
I
 
M
P
 
P
D
 
V
V
 
W
V
 
L
M
 
T
K
 
D
G
 
G
L
 
L
N
 
A
V
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
L
 
M
L
 
V
P
 
V
A
 
A
I
 
V
G
 
G
F
 
Y
G
 
A
M
 
M
L
 
V
L
 
I
N
 
N
M
 
M
M
 
M
L
 
A
K
 
T
K
 
K
K
 
E
M
 
V
W
 
W
V
 
P
F
 
F
L
 
F
L
 
A
V
 
I
G
 
G
F
 
F
I
 
V
A
 
L
S
 
A
A
 
T
F
 
I
L
 
S
G
 
Q
M
 
L
S
 
T
T
 
L
I
 
I
G
 
G
I
 
L
T
 
G
F
 
A
V
 
I
G
 
G
V
 
I
A
 
S
V
 
L
A
 
A
Y
 
L
L
 
I

8hfsY The structure of lcna, lcia, and the man-pts of lactococcus lactis (see paper)
28% identity, 78% coverage: 25:232/267 of query aligns to 27:239/249 of 8hfsY

query
sites
8hfsY
F
 
W
M
 
Q
I
 
F
H
 
H
R
 
Q
P
 
P
L
 
I
V
 
I
T
 
A
G
 
C
T
 
S
L
 
L
T
 
I
G
 
G
L
 
I
V
 
V
L
 
T
G
 
G
D
 
H
M
 
A
T
 
S
Q
 
A
G
 
G
V
 
I
I
 
I
I
 
L
G
 
G
S
 
G
S
 
S
L
 
L
E
 
Q
L
 
L
M
 
I
W
 
A
L
 
L
G
 
G
V
 
W
T
 
A
G
x
N
I
 
V
G
|
G
G
 
A
Y
 
A
T
 
V
P
 
A
P
 
P
D
 
D
T
 
A
I
 
A
S
 
L
G
 
A
A
 
S
I
 
I
V
 
A
G
 
S
T
 
S
A
 
I
L
 
L
G
 
M
I
 
V
L
 
Q
S
 
S
G
 
N
Q
 
N
-
 
F
G
 
D
A
 
L
T
 
T
A
 
H
G
 
I
I
 
M
A
 
G
I
 
T
A
 
I
V
 
V
P
 
P
V
 
A
A
 
A
V
 
I
V
 
L
T
 
L
Q
 
A
Q
 
T
-
 
A
-
 
G
-
 
L
-
 
V
L
 
L
D
 
T
V
 
T
L
 
L
A
 
V
K
 
R
T
 
M
A
 
L
D
 
S
I
 
V
A
 
V
F
 
L
V
 
V
K
 
H
K
 
Q
A
 
A
D
 
D
A
 
R
A
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
N
G
 
G
D
 
S
I
 
Y
S
 
S
K
 
G
I
 
V
G
 
E
L
 
M
Y
 
W
Q
 
H
Y
 
F
A
 
I
S
 
A
L
 
L
G
 
I
I
 
C
I
 
Q
V
 
G
L
 
L
F
 
R
K
 
I
V
 
A
V
 
I
P
 
P
I
 
A
F
 
G
L
 
L
A
 
L
V
 
L
L
 
V
V
 
I
G
 
S
G
 
P
E
 
D
Y
 
A
V
 
I
Q
 
Q
S
 
K
L
 
A
F
 
L
D
 
A
M
 
A
I
 
I
P
 
P
D
 
P
V
 
V
V
 
I
M
 
S
K
 
G
G
 
G
L
 
L
N
 
A
V
 
V
A
 
G
G
 
G
G
 
G
L
 
M
L
 
V
P
 
V
A
 
A
I
 
V
G
 
G
F
 
Y
G
 
A
M
 
M
L
 
V
L
 
I
N
 
N
M
 
L
M
 
M
L
 
A
K
 
T
K
 
R
K
 
E
M
 
V
W
 
W
V
 
P
F
 
F
L
 
F
L
 
F
V
 
L
G
 
G
F
 
F
I
 
A
A
 
L
S
 
A
A
 
P
F
 
I
L
 
S
G
 
E
M
 
L
S
 
T
T
 
L
I
 
I
G
 
A
I
 
T
T
 
G
F
 
V
V
 
L
G
 
G
V
 
V
A
 
V
V
 
I
A
 
A

Query Sequence

>WP_083821745.1 NCBI__GCF_000225705.1:WP_083821745.1
MMFVQALLVALVGIIATIDYNGPLFMIHRPLVTGTLTGLVLGDMTQGVIIGSSLELMWLG
VTGIGGYTPPDTISGAIVGTALGILSGQGATAGIAIAVPVAVVTQQLDVLAKTADIAFVK
KADAAAERGDISKIGLYQYASLGIIVLFKVVPIFLAVLVGGEYVQSLFDMIPDVVMKGLN
VAGGLLPAIGFGMLLNMMLKKKMWVFLLVGFIASAFLGMSTIGITFVGVAVAYLTVMMGN
GFGSETPAPVAAQTESASNDDDEVYDL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory