SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_084037139.1 NCBI__GCF_000504245.1:WP_084037139.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 17 hits to proteins with known functional sites (download)

P77836 Pyrimidine-nucleoside phosphorylase; PYNP; Py-NPase; EC 2.4.2.2 from Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) (see paper)
48% identity, 94% coverage: 27:444/446 of query aligns to 4:432/433 of P77836

query
sites
P77836
V
 
V
D
 
D
I
 
L
I
 
I
G
 
E
A
 
K
K
 
K
R
 
R
D
 
D
G
 
G
A
 
H
P
 
A
L
 
L
P
 
T
G
 
K
E
 
E
W
 
E
I
 
I
D
 
Q
W
 
F
V
 
I
V
 
I
D
 
E
A
 
G
Y
 
Y
T
 
T
K
 
K
G
 
G
M
 
D
V
 
I
T
 
P
E
 
D
A
 
Y
Q
 
Q
M
 
M
A
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
M
A
 
A
I
 
I
R
 
F
I
 
F
H
 
R
G
 
G
M
 
M
D
 
N
S
 
E
A
 
E
E
 
E
T
 
T
A
 
A
H
 
E
W
 
L
T
 
T
T
 
M
A
 
A
M
 
M
I
 
V
D
 
H
S
 
S
G
 
G
E
 
D
R
 
T
L
 
I
W
 
D
L
 
L
P
 
S
-
 
R
V
 
I
D
 
E
R
 
G
P
 
I
T
 
K
V
 
V
D
 
D
K
|
K
H
|
H
S
|
S
T
 
T
G
 
G
G
 
G
V
 
V
G
|
G
D
 
D
K
x
T
V
 
T
T
|
T
L
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
G
P
 
P
L
 
L
V
 
V
A
 
A
A
 
S
C
 
V
G
 
G
A
 
V
A
 
P
V
 
V
P
 
A
Q
x
K
L
x
M
S
|
S
G
 
G
R
 
R
G
 
G
L
 
L
G
 
G
H
 
H
T
 
T
G
 
G
G
 
G
T
|
T
L
 
I
D
 
D
K
 
K
L
 
L
E
 
E
S
 
S
I
 
V
P
 
P
G
 
G
W
 
F
R
 
H
A
 
V
N
 
E
L
 
I
S
 
T
T
 
N
A
 
D
E
 
E
M
 
F
I
 
I
S
 
D
Q
 
L
L
 
V
T
 
N
N
 
K
I
 
N
R
 
K
A
 
I
V
 
A
V
 
V
A
 
V
A
 
G
A
 
Q
S
 
S
T
 
G
A
 
N
L
 
L
A
 
T
P
 
P
A
 
A
D
 
D
R
 
K
K
 
K
L
 
L
Y
 
Y
A
 
A
L
 
L
R
|
R
D
 
D
V
 
V
T
 
T
A
 
A
T
 
T
V
 
V
E
 
N
S
 
S
I
 
I
P
 
P
L
 
L
I
 
I
A
 
A
S
 
S
S
 
S
I
 
I
M
 
M
S
 
S
K
|
K
K
 
K
I
 
I
A
 
A
A
 
A
G
 
G
P
 
A
Q
 
D
S
 
A
L
 
I
V
 
V
L
 
L
D
 
D
V
 
V
K
 
K
V
 
T
G
 
G
S
 
V
G
 
G
A
 
A
F
 
F
M
 
M
K
 
K
S
 
D
R
 
L
E
 
N
Q
 
D
A
 
A
A
 
K
E
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
K
T
 
A
M
 
M
V
 
V
E
 
D
I
 
I
G
 
G
R
 
N
S
 
R
H
 
V
G
 
G
V
 
R
A
 
K
T
 
T
T
 
M
A
 
A
L
 
I
L
 
I
T
 
S
D
 
D
M
 
M
A
 
S
T
 
Q
P
 
P
L
|
L
G
 
G
R
 
Y
T
x
A
A
 
I
G
 
G
N
 
N
A
 
A
V
 
L
E
 
E
V
 
V
A
 
K
E
|
E
A
 
A
V
 
I
D
 
D
V
 
T
L
 
L
R
 
K
G
 
G
A
 
E
G
 
G
P
 
P
D
 
E
D
 
D
V
 
F
V
 
Q
E
 
E
L
 
L
T
 
C
L
 
L
T
 
V
L
 
L
A
 
G
R
 
S
E
 
H
M
 
M
L
 
V
H
 
Y
L
 
L
A
 
A
-
 
E
-
 
K
-
 
A
-
 
S
G
 
S
L
 
L
P
 
E
D
 
E
V
 
A
D
 
R
-
 
H
-
 
M
L
 
L
E
 
E
P
 
K
I
 
A
L
 
M
A
 
K
S
 
D
G
 
G
Q
 
S
A
 
A
Y
 
L
E
 
Q
V
 
T
W
 
F
C
 
K
K
 
T
M
 
F
I
 
L
R
 
A
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
G
 
G
D
 
D
P
 
A
-
 
S
-
 
V
-
 
V
D
 
D
A
 
D
P
 
P
-
 
S
-
 
K
L
 
L
P
 
P
S
 
Q
P
 
A
K
 
K
H
 
Y
I
 
I
H
 
I
V
 
E
L
 
L
E
 
E
A
 
A
D
 
K
D
 
E
D
 
D
G
 
G
I
 
Y
V
 
V
S
 
S
E
 
E
M
 
I
D
 
V
A
 
A
L
 
D
A
 
A
V
 
V
G
 
G
I
 
T
S
 
A
A
 
A
W
 
M
R
 
W
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
A
A
 
T
P
 
K
G
 
E
A
 
S
T
 
T
V
 
I
Q
 
D
H
 
L
A
 
A
A
 
V
G
 
G
V
 
L
R
 
V
L
 
L
L
 
R
V
 
K
T
 
K
E
 
V
G
 
G
D
 
D
R
 
A
I
 
V
S
 
K
S
 
K
G
 
G
Q
 
E
P
 
S
L
 
L
A
 
V
E
 
T
L
 
I
H
 
Y
T
 
S
D
 
N
T
 
R
P
 
-
D
 
E
A
 
Q
V
 
V
P
 
D
A
 
D
A
 
V
V
 
K
S
 
Q
A
 
K
L
 
L
S
 
Y
A
 
E
G
 
N
I
 
I
V
 
R
I
 
I
S
 
S
K
 
A
T
 
T
P
 
P
P
 
V
T
 
Q
R
 
A
R
 
P
P
 
T
L
 
L
V
 
I
I
 
Y
D
 
D
V
 
K
I
 
I

1brwB The crystal structure of pyrimidine nucleoside phosphorylase in a closed conformation (see paper)
48% identity, 94% coverage: 27:444/446 of query aligns to 4:432/433 of 1brwB

query
sites
1brwB
V
 
V
D
 
D
I
 
L
I
 
I
G
 
A
A
 
K
K
 
K
R
 
R
D
 
D
G
 
G
A
 
K
P
 
A
L
 
L
P
 
T
G
 
K
E
 
E
W
 
E
I
 
I
D
 
E
W
 
W
V
 
I
V
 
V
D
 
R
A
 
G
Y
 
Y
T
 
T
K
 
N
G
 
G
M
 
D
V
 
I
T
 
P
E
 
D
A
 
Y
Q
 
Q
M
 
M
A
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
M
A
 
A
I
 
I
R
 
Y
I
 
F
H
 
R
G
 
G
M
 
M
D
 
T
S
 
E
A
 
E
E
 
E
T
 
T
A
 
A
H
 
A
W
 
L
T
 
T
T
 
M
A
 
A
M
 
M
I
 
V
D
 
Q
S
 
S
G
 
G
E
 
E
R
 
M
L
 
L
W
 
D
L
 
L
P
 
S
V
 
S
D
 
I
R
 
R
P
 
G
T
 
V
-
 
K
V
 
V
D
|
D
K
|
K
H
|
H
S
|
S
T
|
T
G
 
G
G
 
G
V
 
V
G
|
G
D
 
D
K
 
T
V
 
T
T
|
T
L
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
G
P
 
P
L
 
L
V
 
V
A
 
A
A
 
S
C
 
V
G
 
G
A
 
V
A
 
P
V
 
V
P
 
A
Q
x
K
L
 
M
S
|
S
G
 
G
R
 
R
G
 
G
L
|
L
G
 
G
H
 
H
T
 
T
G
 
G
G
 
G
T
|
T
L
 
I
D
 
D
K
 
K
L
 
L
E
 
E
S
 
S
I
 
V
P
 
P
G
 
G
W
 
F
R
 
H
A
 
V
N
 
E
L
 
I
S
 
S
T
 
K
A
 
D
E
 
E
M
 
F
I
 
I
S
 
-
Q
 
R
L
 
L
T
 
V
N
 
N
I
 
E
R
 
N
A
 
G
V
 
I
V
 
A
A
 
I
A
 
I
A
 
G
S
 
Q
T
 
T
A
 
G
-
 
D
L
 
L
A
 
T
P
 
P
A
 
A
D
|
D
R
 
K
K
 
K
L
 
L
Y
|
Y
A
 
A
L
 
L
R
|
R
D
 
D
V
 
V
T
 
T
A
 
A
T
 
T
V
 
V
E
 
N
S
 
S
I
 
I
P
 
P
L
 
L
I
|
I
A
 
A
S
 
S
S
|
S
I
|
I
M
 
M
S
 
S
K
|
K
K
|
K
I
 
I
A
 
A
A
 
A
G
 
G
P
 
A
Q
 
D
S
 
A
L
 
I
V
 
V
L
 
L
D
 
D
V
 
V
K
 
K
V
 
T
G
 
G
S
 
A
G
 
G
A
 
A
F
 
F
M
 
M
K
 
K
S
 
K
R
 
L
E
 
D
Q
 
E
A
 
A
A
 
R
E
 
R
L
 
L
A
 
A
Q
 
R
T
 
V
M
 
M
V
 
V
E
 
D
I
 
I
G
 
G
R
 
K
S
 
R
H
 
V
G
 
G
V
 
R
A
 
R
T
 
T
T
 
M
A
 
A
L
 
V
L
 
I
T
 
S
D
 
D
M
 
M
A
 
S
T
 
Q
P
 
P
L
|
L
G
 
G
R
 
Y
T
x
A
A
 
V
G
 
G
N
 
N
A
 
A
V
 
L
E
 
E
V
 
V
A
 
K
E
|
E
A
 
A
V
 
I
D
 
E
V
 
T
L
 
L
R
 
K
G
 
G
A
 
N
G
 
G
P
 
P
D
 
H
D
 
D
V
 
L
V
 
T
E
 
E
L
 
L
T
 
C
L
 
L
T
 
T
L
 
L
A
 
G
R
 
S
E
 
H
M
 
M
L
 
V
H
 
Y
L
 
L
A
 
A
-
 
E
G
 
K
L
 
A
P
 
P
D
 
S
V
 
L
D
 
D
-
 
E
-
 
A
-
 
R
-
 
R
-
 
L
L
 
L
E
 
E
P
 
E
I
 
A
L
 
I
A
 
R
S
 
S
G
 
G
Q
 
A
A
 
A
Y
 
I
E
 
A
V
 
A
W
 
F
C
 
K
K
 
T
M
 
F
I
 
L
R
 
A
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
G
 
G
D
 
D
P
 
A
D
 
S
A
 
V
-
 
V
-
 
D
-
 
D
-
 
L
-
 
D
P
 
K
L
 
L
P
 
P
S
 
K
P
 
A
K
 
A
H
 
Y
I
 
T
H
 
S
V
 
T
L
 
V
E
 
T
A
 
A
D
 
A
D
 
A
D
 
D
G
 
G
I
 
Y
V
 
V
S
 
A
E
 
E
M
 
M
D
 
A
A
 
A
L
 
D
A
 
D
V
 
I
G
 
G
I
 
T
S
 
A
A
 
A
W
 
M
R
 
W
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
A
A
 
K
P
 
K
G
 
E
A
 
D
T
 
V
V
 
I
Q
 
D
H
 
L
A
 
A
A
 
V
G
 
G
V
 
I
R
 
V
L
 
L
L
 
H
V
 
K
T
 
K
E
 
I
G
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
V
S
 
Q
S
 
K
G
 
G
Q
 
E
P
 
A
L
 
L
A
 
A
E
 
T
L
 
I
H
 
H
T
 
S
D
 
N
T
 
R
P
 
P
D
 
D
A
 
V
V
 
L
P
 
D
A
 
V
A
 
K
V
 
-
S
 
E
A
 
K
L
 
I
S
 
E
A
 
A
G
 
A
I
 
I
V
 
R
I
 
L
S
 
S
K
 
P
T
 
Q
P
 
P
P
 
V
T
 
A
R
 
R
R
 
P
P
 
P
L
 
L
V
 
I
I
 
Y
D
 
E
V
 
T
I
 
I

1brwA The crystal structure of pyrimidine nucleoside phosphorylase in a closed conformation (see paper)
48% identity, 94% coverage: 27:444/446 of query aligns to 4:432/433 of 1brwA

query
sites
1brwA
V
 
V
D
 
D
I
 
L
I
 
I
G
 
A
A
 
K
K
 
K
R
 
R
D
 
D
G
 
G
A
 
K
P
 
A
L
 
L
P
 
T
G
 
K
E
 
E
W
 
E
I
 
I
D
 
E
W
 
W
V
 
I
V
 
V
D
 
R
A
 
G
Y
 
Y
T
 
T
K
 
N
G
 
G
M
 
D
V
 
I
T
 
P
E
 
D
A
 
Y
Q
 
Q
M
 
M
A
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
M
A
 
A
I
 
I
R
 
Y
I
 
F
H
 
R
G
 
G
M
 
M
D
 
T
S
 
E
A
 
E
E
 
E
T
 
T
A
 
A
H
 
A
W
 
L
T
 
T
T
 
M
A
 
A
M
 
M
I
 
V
D
 
Q
S
 
S
G
 
G
E
 
E
R
 
M
L
 
L
W
 
D
L
 
L
P
 
S
V
 
S
D
 
I
R
 
R
P
 
G
T
 
V
-
 
K
V
 
V
D
 
D
K
|
K
H
|
H
S
|
S
T
 
T
G
 
G
G
 
G
V
 
V
G
|
G
D
 
D
K
x
T
V
 
T
T
|
T
L
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
G
P
 
P
L
 
L
V
 
V
A
 
A
A
 
S
C
 
V
G
 
G
A
 
V
A
 
P
V
 
V
P
 
A
Q
x
K
L
 
M
S
 
S
G
 
G
R
 
R
G
 
G
L
 
L
G
 
G
H
 
H
T
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
I
D
 
D
K
 
K
L
 
L
E
 
E
S
 
S
I
 
V
P
 
P
G
 
G
W
 
F
R
 
H
A
 
V
N
 
E
L
 
I
S
 
S
T
 
K
A
 
D
E
 
E
M
 
F
I
 
I
S
 
-
Q
 
R
L
 
L
T
 
V
N
 
N
I
 
E
R
 
N
A
 
G
V
 
I
V
 
A
A
 
I
A
 
I
A
 
G
S
 
Q
T
 
T
A
 
G
-
 
D
L
 
L
A
 
T
P
 
P
A
 
A
D
|
D
R
 
K
K
 
K
L
 
L
Y
 
Y
A
 
A
L
 
L
R
|
R
D
 
D
V
 
V
T
 
T
A
 
A
T
 
T
V
 
V
E
 
N
S
 
S
I
 
I
P
 
P
L
 
L
I
 
I
A
 
A
S
 
S
S
|
S
I
 
I
M
 
M
S
 
S
K
|
K
K
 
K
I
 
I
A
 
A
A
 
A
G
 
G
P
 
A
Q
 
D
S
 
A
L
 
I
V
 
V
L
 
L
D
 
D
V
 
V
K
 
K
V
 
T
G
 
G
S
 
A
G
 
G
A
 
A
F
 
F
M
 
M
K
 
K
S
 
K
R
 
L
E
 
D
Q
 
E
A
 
A
A
 
R
E
 
R
L
 
L
A
 
A
Q
 
R
T
 
V
M
 
M
V
 
V
E
 
D
I
 
I
G
 
G
R
 
K
S
 
R
H
 
V
G
 
G
V
 
R
A
 
R
T
 
T
T
 
M
A
 
A
L
 
V
L
 
I
T
 
S
D
 
D
M
 
M
A
 
S
T
 
Q
P
 
P
L
|
L
G
 
G
R
 
Y
T
x
A
A
 
V
G
 
G
N
 
N
A
 
A
V
 
L
E
 
E
V
 
V
A
 
K
E
|
E
A
 
A
V
 
I
D
 
E
V
 
T
L
 
L
R
 
K
G
 
G
A
 
N
G
 
G
P
 
P
D
 
H
D
 
D
V
 
L
V
 
T
E
 
E
L
 
L
T
 
C
L
 
L
T
 
T
L
 
L
A
 
G
R
 
S
E
 
H
M
 
M
L
 
V
H
 
Y
L
 
L
A
 
A
-
 
E
G
 
K
L
 
A
P
 
P
D
 
S
V
 
L
D
 
D
-
 
E
-
 
A
-
 
R
-
 
R
-
 
L
L
 
L
E
 
E
P
 
E
I
 
A
L
 
I
A
 
R
S
 
S
G
 
G
Q
 
A
A
 
A
Y
 
I
E
 
A
V
 
A
W
 
F
C
 
K
K
 
T
M
 
F
I
 
L
R
 
A
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
G
 
G
D
 
D
P
 
A
D
 
S
A
 
V
-
 
V
-
 
D
-
 
D
-
 
L
-
 
D
P
 
K
L
 
L
P
 
P
S
 
K
P
 
A
K
 
A
H
 
Y
I
 
T
H
 
S
V
 
T
L
 
V
E
 
T
A
 
A
D
 
A
D
 
A
D
 
D
G
 
G
I
 
Y
V
 
V
S
 
A
E
 
E
M
 
M
D
 
A
A
 
A
L
 
D
A
 
D
V
 
I
G
 
G
I
 
T
S
 
A
A
 
A
W
 
M
R
 
W
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
A
A
 
K
P
 
K
G
 
E
A
 
D
T
 
V
V
 
I
Q
 
D
H
 
L
A
 
A
A
 
V
G
 
G
V
 
I
R
 
V
L
 
L
L
 
H
V
 
K
T
 
K
E
 
I
G
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
V
S
 
Q
S
 
K
G
 
G
Q
 
E
P
 
A
L
 
L
A
 
A
E
 
T
L
 
I
H
 
H
T
 
S
D
 
N
T
 
R
P
 
P
D
 
D
A
 
V
V
 
L
P
 
D
A
 
V
A
 
K
V
 
-
S
 
E
A
 
K
L
 
I
S
 
E
A
 
A
G
 
A
I
 
I
V
 
R
I
 
L
S
 
S
K
 
P
T
 
Q
P
 
P
P
 
V
T
 
A
R
 
R
R
 
P
P
 
P
L
 
L
V
 
I
I
 
Y
D
 
E
V
 
T
I
 
I

7m7kB Crystal structure of uridine bound to geobacillus thermoglucosidasius pyrimidine nucleoside phosphorylase pynp
46% identity, 94% coverage: 25:444/446 of query aligns to 1:431/432 of 7m7kB

query
sites
7m7kB
H
 
H
A
 
H
V
 
V
D
 
D
I
 
L
I
 
I
G
 
A
A
 
K
K
 
K
R
 
R
D
 
D
G
 
G
A
 
Y
P
 
E
L
 
L
P
 
S
G
 
K
E
 
E
W
 
E
I
 
I
D
 
D
W
 
F
V
 
I
V
 
I
D
 
R
A
 
G
Y
 
Y
T
 
T
K
 
N
G
 
G
M
 
D
V
 
I
T
 
P
E
 
D
A
 
Y
Q
 
Q
M
 
M
A
 
S
A
 
A
L
 
F
A
 
A
M
 
M
A
 
A
I
 
V
R
 
F
I
 
F
H
 
R
G
 
G
M
 
M
D
 
T
S
 
E
A
 
E
E
 
E
T
 
T
A
 
A
H
 
A
W
 
L
T
 
T
T
 
M
A
 
A
M
 
M
I
 
V
D
 
R
S
 
S
G
 
G
E
 
D
R
 
V
L
 
I
W
 
D
L
 
L
-
 
S
P
 
K
V
 
I
D
 
E
R
 
G
P
 
M
T
 
K
V
 
V
D
 
D
K
 
K
H
 
H
S
 
S
T
|
T
G
 
G
G
 
G
V
 
V
G
 
G
D
 
D
K
 
T
V
 
T
T
 
T
L
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
G
P
 
P
L
 
L
V
 
V
A
 
A
A
 
S
C
 
V
G
 
G
A
 
V
A
 
P
V
 
V
P
 
A
Q
 
K
L
 
M
S
 
S
G
 
G
R
 
R
G
 
G
L
 
L
G
 
G
H
 
H
T
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
I
D
 
D
K
 
K
L
 
L
E
 
E
S
 
S
I
 
V
P
 
P
G
 
G
W
 
F
R
 
H
A
 
V
N
 
E
L
 
I
S
 
D
T
 
N
A
 
E
E
 
Q
M
 
F
I
 
I
S
 
E
Q
 
L
L
 
V
T
 
N
N
 
K
I
 
N
R
 
K
A
 
I
V
 
A
V
 
I
A
 
I
A
 
G
A
 
Q
S
 
T
T
 
G
A
 
N
L
 
L
A
 
T
P
 
P
A
 
A
D
 
D
R
 
K
K
 
K
L
 
L
Y
|
Y
A
 
A
L
 
L
R
|
R
D
 
D
V
 
V
T
 
T
A
 
A
T
 
T
V
 
V
E
 
D
S
 
S
I
 
I
P
 
P
L
 
L
I
 
I
A
 
A
S
 
S
S
|
S
I
 
I
M
 
M
S
 
S
K
|
K
K
 
K
I
 
I
A
 
A
A
 
A
G
 
G
P
 
A
Q
 
D
S
 
A
L
 
I
V
 
V
L
 
L
D
 
D
V
 
V
K
 
K
V
 
T
G
 
G
S
 
A
G
 
G
A
 
A
F
|
F
M
 
M
K
 
K
S
 
D
R
 
F
E
 
A
Q
 
G
A
 
A
A
 
K
E
 
R
L
 
L
A
 
A
Q
 
T
T
 
A
M
 
M
V
 
V
E
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
K
S
 
R
H
 
V
G
 
G
V
 
R
A
 
K
T
 
T
T
 
M
A
 
A
L
 
V
L
 
I
T
 
S
D
 
D
M
 
M
A
 
S
T
 
Q
P
 
P
L
 
L
G
 
G
R
 
Y
T
 
A
A
 
V
G
 
G
N
 
N
A
 
A
V
 
L
E
 
E
V
 
V
A
 
K
E
 
E
A
 
A
V
 
I
D
 
D
V
 
T
L
 
L
R
 
K
G
 
G
A
 
K
G
 
G
P
 
P
D
 
E
D
 
D
V
 
L
V
 
Q
E
 
E
L
 
L
T
 
C
L
 
L
T
 
T
L
 
L
A
 
G
R
 
S
E
 
Y
M
 
M
L
 
V
H
 
Y
L
 
L
A
 
A
-
 
E
-
 
K
-
 
A
-
 
S
G
 
S
L
 
L
P
 
E
D
 
E
V
 
A
D
 
R
-
 
A
-
 
L
L
 
L
E
 
E
P
 
A
I
 
S
L
 
I
A
 
R
S
 
E
G
 
G
Q
 
K
A
 
A
Y
 
L
E
 
E
V
 
T
W
 
F
C
 
K
K
 
V
M
 
F
I
 
L
R
 
S
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
G
 
G
D
 
D
P
 
A
-
 
S
-
 
V
-
 
V
D
 
D
A
 
D
P
 
P
-
 
T
-
 
K
L
 
L
P
 
P
S
 
Q
P
 
A
K
 
K
H
 
Y
I
 
R
H
 
W
V
 
E
L
 
L
E
 
E
A
 
A
D
 
P
D
 
E
D
 
D
G
 
G
I
 
Y
V
 
V
S
 
A
E
 
E
M
 
I
D
 
V
A
 
A
L
 
D
A
 
E
V
 
V
G
 
G
I
 
T
S
 
A
A
 
A
W
 
M
R
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
A
A
 
T
P
 
K
G
 
E
A
 
A
T
 
T
V
 
I
Q
 
D
H
 
L
A
 
S
A
 
V
G
 
G
V
 
L
R
 
V
L
 
L
L
 
H
V
 
K
T
 
K
E
 
V
G
 
G
D
 
D
R
 
A
I
 
V
S
 
K
S
 
K
G
 
G
Q
 
E
P
 
S
L
 
L
A
 
V
E
 
T
L
 
I
H
 
Y
T
 
S
D
 
N
T
 
T
P
 
E
D
 
N
A
 
-
V
 
I
P
 
E
A
 
E
A
 
V
V
 
K
S
 
Q
A
 
K
L
 
L
S
 
A
A
 
K
G
 
S
I
 
I
V
 
R
I
 
L
S
 
S
K
 
S
T
 
I
P
 
P
P
 
V
T
 
A
R
 
K
R
 
P
P
 
T
L
 
L
V
 
I
I
 
Y
D
 
E
V
 
T
I
 
I

5olnB X-ray structure of the complex pyrimidine-nucleoside phosphorylase from bacillus subtilis at 1.88 a (see paper)
48% identity, 86% coverage: 27:411/446 of query aligns to 5:401/434 of 5olnB

query
sites
5olnB
V
 
V
D
 
D
I
 
I
I
 
I
G
 
I
A
 
K
K
 
K
R
 
Q
D
 
N
G
 
G
A
 
K
P
 
E
L
 
L
P
 
T
G
 
T
E
 
E
W
 
E
I
 
I
D
 
Q
W
 
F
V
 
F
V
 
V
D
 
N
A
 
G
Y
 
Y
T
 
T
K
 
D
G
 
G
M
 
S
V
 
I
T
 
P
E
 
D
A
 
Y
Q
 
Q
M
 
A
A
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
M
A
 
A
I
 
I
R
 
F
I
 
F
H
 
Q
G
 
D
M
 
M
D
 
S
S
 
D
A
 
R
E
 
E
T
 
R
A
 
A
H
 
D
W
 
L
T
 
T
T
 
M
A
 
A
M
 
M
I
 
V
D
 
N
S
 
S
G
 
G
E
 
E
R
 
T
L
 
I
W
 
D
L
 
L
P
 
S
-
 
A
V
 
I
D
 
E
R
 
G
P
 
I
T
 
K
V
 
V
D
 
D
K
 
K
H
|
H
S
 
S
T
 
T
G
 
G
G
 
G
V
 
V
G
 
G
D
 
D
K
 
T
V
 
T
T
|
T
L
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
L
V
 
V
A
 
A
A
 
A
C
 
L
G
 
D
A
 
V
A
 
P
V
 
V
P
 
A
Q
 
K
L
 
M
S
|
S
G
 
G
R
 
R
G
 
G
L
 
L
G
 
G
H
 
H
T
 
T
G
 
G
G
 
G
T
|
T
L
 
I
D
 
D
K
 
K
L
 
L
E
 
E
S
 
A
I
 
I
P
 
M
G
 
G
W
 
F
R
 
H
A
 
V
N
 
E
L
 
L
S
 
T
T
 
K
A
 
D
E
 
E
M
 
F
I
 
I
S
 
K
Q
 
L
L
 
V
T
 
N
N
 
R
I
 
D
R
 
K
A
 
V
V
 
A
V
 
V
A
 
I
A
 
G
A
 
Q
S
 
S
T
 
G
A
 
N
L
 
L
A
 
T
P
 
P
A
 
A
D
|
D
R
 
K
K
 
K
L
 
L
Y
|
Y
A
 
A
L
 
L
R
|
R
D
 
D
V
 
V
T
 
T
A
 
G
T
 
T
V
 
V
E
 
N
S
 
S
I
 
I
P
 
P
L
 
L
I
|
I
A
 
A
S
 
S
S
|
S
I
 
I
M
 
M
S
 
S
K
|
K
K
 
K
I
 
I
A
 
A
A
 
A
G
 
G
P
 
A
Q
 
D
S
 
A
L
 
I
V
 
V
L
 
L
D
 
D
V
 
V
K
 
K
V
 
T
G
 
G
S
 
A
G
 
G
A
 
A
F
 
F
M
 
M
K
 
K
S
 
T
R
 
E
E
 
E
Q
 
D
A
 
A
A
 
A
E
 
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
K
T
 
A
M
 
M
V
 
V
E
 
R
I
 
I
G
 
G
R
 
N
S
 
N
H
 
V
G
 
G
V
 
R
A
 
Q
T
 
T
T
 
M
A
 
A
L
 
V
L
 
I
T
 
S
D
 
D
M
 
M
A
 
S
T
 
Q
P
 
P
L
 
L
G
 
G
R
 
F
T
 
A
A
 
I
G
 
G
N
 
N
A
 
A
V
 
L
E
 
E
V
 
V
A
 
K
E
 
E
A
 
A
V
 
I
D
 
D
V
 
T
L
 
L
R
 
K
G
 
G
A
 
E
G
 
G
P
 
P
D
 
E
D
 
D
V
 
L
V
 
H
E
 
E
L
 
L
T
 
V
L
 
L
T
 
T
L
 
L
A
 
G
R
 
S
E
 
Q
M
 
M
L
 
V
H
 
V
L
 
L
A
 
A
G
 
K
L
 
K
P
 
A
D
 
D
V
 
T
-
 
L
-
 
D
-
 
E
-
 
A
-
 
R
-
 
A
D
 
K
L
 
L
E
 
E
P
 
E
I
 
V
L
 
M
A
 
K
S
 
N
G
 
G
Q
 
K
A
 
A
Y
 
L
E
 
E
V
 
K
W
 
F
C
 
K
K
 
D
M
 
F
I
 
L
R
 
K
A
 
N
Q
 
Q
G
 
G
G
 
G
D
 
D
P
 
S
-
 
S
-
 
I
-
 
V
D
 
D
A
 
D
P
 
P
L
 
S
P
 
K
S
 
L
P
 
P
K
 
Q
H
 
A
I
 
A
H
 
Y
V
 
Q
L
 
I
E
 
D
-
 
V
-
 
P
A
 
A
D
 
K
D
 
E
D
 
A
G
 
G
I
 
V
V
 
V
S
 
S
E
 
E
M
 
I
D
 
V
A
 
A
L
 
D
A
 
E
V
 
I
G
 
G
I
 
V
S
 
A
A
 
A
W
 
M
R
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
A
A
 
T
P
 
K
G
 
E
A
 
D
T
 
E
V
 
I
Q
 
D
H
 
L
A
 
A
A
 
V
G
 
G
V
 
I
R
 
M
L
 
L
L
 
R
V
 
K
T
 
K
E
 
V
G
 
G
D
 
D
R
 
K
I
 
V
S
 
E
S
 
K
G
 
G
Q
 
E
P
 
P
L
 
L
A
 
V
E
 
T
L
 
L
H
 
Y
T
 
A
D
 
N

4lhmA Thymidine phosphorylase from e.Coli with 3'-azido-3'-deoxythymidine (see paper)
44% identity, 86% coverage: 26:409/446 of query aligns to 4:403/440 of 4lhmA

query
sites
4lhmA
A
 
A
V
 
Q
D
 
E
I
 
I
I
 
I
G
 
R
A
 
K
K
 
K
R
 
R
D
 
D
G
 
G
A
 
H
P
 
A
L
 
L
P
 
S
G
 
D
E
 
E
W
 
E
I
 
I
D
 
R
W
 
F
V
 
F
V
 
I
D
 
N
A
 
G
Y
 
I
T
 
R
K
 
D
G
 
N
M
 
T
V
 
I
T
 
S
E
 
E
A
 
G
Q
 
Q
M
 
I
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
M
A
 
T
I
 
I
R
 
F
I
 
F
H
 
H
G
 
D
M
 
M
D
 
T
S
 
M
A
 
P
E
 
E
T
 
R
A
 
V
H
 
S
W
 
L
T
 
T
T
 
M
A
 
A
M
 
M
I
 
R
D
 
D
S
 
S
G
 
G
E
 
T
R
 
V
L
 
L
-
 
D
W
 
W
-
 
K
-
 
S
L
 
L
P
 
H
V
 
L
D
 
N
R
 
G
P
 
P
T
 
I
V
 
V
D
|
D
K
|
K
H
|
H
S
|
S
T
|
T
G
 
G
G
 
G
V
 
V
G
 
G
D
 
D
K
 
V
V
 
T
T
x
S
L
 
L
V
 
M
L
 
L
A
 
G
P
 
P
L
 
M
V
 
V
A
 
A
A
 
A
C
 
C
G
 
G
A
 
G
A
 
Y
V
 
I
P
 
P
Q
 
M
L
 
I
S
|
S
G
 
G
R
 
R
G
 
G
L
 
L
G
 
G
H
 
H
T
 
T
G
 
G
G
 
G
T
|
T
L
 
L
D
 
D
K
 
K
L
 
L
E
 
E
S
 
S
I
 
I
P
 
P
G
 
G
W
 
F
R
 
D
A
 
I
N
 
F
L
 
P
S
 
D
T
 
D
A
 
N
E
 
R
M
 
F
I
 
R
S
 
E
Q
 
I
L
 
I
T
 
K
N
 
D
I
 
V
R
 
G
A
 
V
V
 
A
V
 
I
A
 
I
A
 
G
A
 
Q
S
 
T
T
 
S
A
 
S
L
 
L
A
 
A
P
 
P
A
 
A
D
|
D
R
 
K
K
 
R
L
 
F
Y
|
Y
A
 
A
L
 
T
R
|
R
D
 
D
V
 
I
T
 
T
A
|
A
T
 
T
V
|
V
E
x
D
S
 
S
I
 
I
P
 
P
L
 
L
I
 
I
A
 
T
S
 
A
S
|
S
I
 
I
M
 
L
S
 
A
K
|
K
K
|
K
I
 
L
A
 
A
A
 
E
G
 
G
P
 
L
Q
 
D
S
 
A
L
 
L
V
 
V
L
 
M
D
 
D
V
 
V
K
 
K
V
 
V
G
 
G
S
 
S
G
 
G
A
 
A
F
|
F
M
 
M
K
 
P
S
 
T
R
 
Y
E
 
E
Q
 
L
A
 
S
A
 
E
E
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
E
T
 
A
M
 
I
V
 
V
E
 
G
I
 
V
G
 
A
R
 
N
S
 
G
H
 
A
G
 
G
V
 
V
A
x
R
T
 
T
T
 
T
A
 
A
L
 
L
L
 
L
T
 
T
D
 
D
M
 
M
A
 
N
T
 
Q
P
 
V
L
 
L
G
 
A
R
 
S
T
 
S
A
 
A
G
 
G
N
 
N
A
 
A
V
 
V
E
 
E
V
 
V
A
x
R
E
 
E
A
 
A
V
 
V
D
 
Q
V
 
F
L
 
L
R
 
T
G
 
G
A
 
E
G
 
Y
P
 
R
D
 
N
-
 
P
D
 
R
V
 
L
V
 
F
E
 
D
L
 
V
T
 
T
L
 
M
T
 
A
L
 
L
A
 
C
R
 
V
E
 
E
M
 
M
L
 
L
H
 
I
L
 
S
A
 
G
G
x
K
L
 
L
P
 
A
D
 
K
V
 
D
D
 
D
-
 
A
-
 
E
-
 
A
-
 
R
-
 
A
-
 
K
L
 
L
E
 
Q
P
 
A
I
 
V
L
 
L
A
 
D
S
 
N
G
 
G
Q
 
K
A
 
A
Y
 
A
E
 
E
V
 
V
W
 
F
C
 
G
K
 
R
M
 
M
I
 
V
R
 
A
A
 
A
Q
 
Q
G
 
K
G
 
G
D
 
P
P
 
T
D
 
D
-
 
F
-
 
V
-
 
E
-
 
N
-
 
Y
-
 
A
A
 
K
P
 
Y
L
 
L
P
 
P
S
 
T
P
 
A
K
 
M
H
 
L
I
 
T
H
 
K
V
 
A
L
 
V
E
 
Y
A
 
A
D
 
D
D
 
T
D
 
E
G
 
G
I
 
F
V
 
V
S
 
S
E
 
E
M
 
M
D
 
D
A
 
T
L
 
R
A
 
A
V
 
L
G
 
G
I
 
M
S
 
A
A
 
V
W
 
V
R
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
G
G
 
G
R
 
R
I
 
R
A
 
Q
P
 
A
G
 
S
A
 
D
T
 
T
V
 
I
Q
 
D
H
 
Y
A
 
S
A
 
V
G
 
G
V
 
F
R
 
T
L
 
D
L
 
M
V
 
A
T
 
R
E
 
L
G
 
G
D
 
D
R
 
Q
I
 
V
S
 
D
S
 
G
G
 
Q
Q
 
R
P
 
P
L
 
L
A
 
A
E
 
V
L
 
I
H
|
H

Sites not aligning to the query:

4eadA Thymidine phosphorylase from e.Coli with 3'-azido-2'-fluoro- dideoxyuridine
44% identity, 86% coverage: 26:409/446 of query aligns to 4:403/440 of 4eadA

query
sites
4eadA
A
 
A
V
 
Q
D
 
E
I
 
I
I
 
I
G
 
R
A
 
K
K
 
K
R
 
R
D
 
D
G
 
G
A
 
H
P
 
A
L
 
L
P
 
S
G
 
D
E
 
E
W
 
E
I
 
I
D
 
R
W
 
F
V
 
F
V
 
I
D
 
N
A
 
G
Y
 
I
T
 
R
K
 
D
G
 
N
M
 
T
V
 
I
T
 
S
E
 
E
A
 
G
Q
 
Q
M
 
I
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
M
A
 
T
I
 
I
R
 
F
I
 
F
H
 
H
G
 
D
M
 
M
D
 
T
S
 
M
A
 
P
E
 
E
T
 
R
A
 
V
H
 
S
W
 
L
T
 
T
T
 
M
A
 
A
M
 
M
I
 
R
D
 
D
S
 
S
G
 
G
E
 
T
R
 
V
L
 
L
-
 
D
W
 
W
-
 
K
-
 
S
L
 
L
P
 
H
V
 
L
D
 
N
R
 
G
P
 
P
T
 
I
V
 
V
D
|
D
K
|
K
H
|
H
S
|
S
T
|
T
G
 
G
G
 
G
V
 
V
G
 
G
D
 
D
K
 
V
V
 
T
T
 
S
L
 
L
V
 
M
L
 
L
A
 
G
P
 
P
L
 
M
V
 
V
A
 
A
A
 
A
C
 
C
G
 
G
A
 
G
A
 
Y
V
 
I
P
 
P
Q
 
M
L
 
I
S
 
S
G
 
G
R
 
R
G
 
G
L
 
L
G
 
G
H
 
H
T
 
T
G
 
G
G
 
G
T
|
T
L
 
L
D
 
D
K
 
K
L
 
L
E
 
E
S
 
S
I
 
I
P
 
P
G
 
G
W
 
F
R
 
D
A
 
I
N
 
F
L
 
P
S
 
D
T
 
D
A
 
N
E
 
R
M
 
F
I
 
R
S
 
E
Q
 
I
L
 
I
T
 
K
N
 
D
I
 
V
R
 
G
A
 
V
V
 
A
V
 
I
A
 
I
A
 
G
A
 
Q
S
 
T
T
 
S
A
 
S
L
 
L
A
 
A
P
 
P
A
 
A
D
|
D
R
 
K
K
 
R
L
 
F
Y
|
Y
A
 
A
L
 
T
R
|
R
D
 
D
V
 
I
T
 
T
A
 
A
T
 
T
V
|
V
E
 
D
S
 
S
I
 
I
P
 
P
L
 
L
I
 
I
A
 
T
S
 
A
S
|
S
I
 
I
M
 
L
S
 
A
K
|
K
K
|
K
I
 
L
A
 
A
A
 
E
G
 
G
P
 
L
Q
 
D
S
 
A
L
 
L
V
 
V
L
 
M
D
 
D
V
 
V
K
 
K
V
 
V
G
 
G
S
 
S
G
 
G
A
 
A
F
|
F
M
 
M
K
 
P
S
 
T
R
 
Y
E
 
E
Q
 
L
A
 
S
A
 
E
E
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
E
T
 
A
M
 
I
V
 
V
E
 
G
I
 
V
G
 
A
R
 
N
S
 
G
H
 
A
G
 
G
V
 
V
A
 
R
T
 
T
T
 
T
A
 
A
L
 
L
L
 
L
T
 
T
D
 
D
M
 
M
A
 
N
T
 
Q
P
 
V
L
 
L
G
 
A
R
 
S
T
 
S
A
 
A
G
 
G
N
 
N
A
 
A
V
 
V
E
 
E
V
 
V
A
 
R
E
 
E
A
 
A
V
 
V
D
 
Q
V
 
F
L
 
L
R
 
T
G
 
G
A
 
E
G
 
Y
P
 
R
D
 
N
-
 
P
D
 
R
V
 
L
V
 
F
E
 
D
L
 
V
T
 
T
L
 
M
T
 
A
L
 
L
A
 
C
R
 
V
E
 
E
M
 
M
L
 
L
H
 
I
L
 
S
A
 
G
G
 
K
L
 
L
P
 
A
D
 
K
V
 
D
D
 
D
-
 
A
-
 
E
-
 
A
-
 
R
-
 
A
-
 
K
L
 
L
E
 
Q
P
 
A
I
 
V
L
 
L
A
 
D
S
 
N
G
 
G
Q
 
K
A
 
A
Y
 
A
E
 
E
V
 
V
W
 
F
C
 
G
K
 
R
M
 
M
I
 
V
R
 
A
A
 
A
Q
 
Q
G
 
K
G
 
G
D
 
P
P
 
T
D
 
D
-
 
F
-
 
V
-
 
E
-
 
N
-
 
Y
-
 
A
A
 
K
P
 
Y
L
 
L
P
 
P
S
 
T
P
 
A
K
 
M
H
 
L
I
 
T
H
 
K
V
 
A
L
 
V
E
 
Y
A
 
A
D
 
D
D
 
T
D
 
E
G
 
G
I
 
F
V
 
V
S
 
S
E
 
E
M
 
M
D
 
D
A
 
T
L
 
R
A
 
A
V
 
L
G
 
G
I
 
M
S
 
A
A
 
V
W
 
V
R
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
G
G
 
G
R
 
R
I
 
R
A
 
Q
P
 
A
G
 
S
A
 
D
T
 
T
V
 
I
Q
 
D
H
 
Y
A
 
S
A
 
V
G
 
G
V
 
F
R
 
T
L
 
D
L
 
M
V
 
A
T
 
R
E
 
L
G
 
G
D
 
D
R
 
Q
I
 
V
S
 
D
S
 
G
G
 
Q
Q
 
R
P
 
P
L
 
L
A
 
A
E
 
V
L
 
I
H
 
H

5ey3A X-ray structure of the thymidine phosphorylase from salmonella typhimurium in complex with cytidine and sulphate
44% identity, 86% coverage: 26:409/446 of query aligns to 6:405/442 of 5ey3A

query
sites
5ey3A
A
 
A
V
 
Q
D
 
E
I
 
I
I
 
I
G
 
R
A
 
K
K
 
K
R
 
R
D
 
D
G
 
G
A
 
H
P
 
A
L
 
L
P
 
S
G
 
D
E
 
E
W
 
E
I
 
I
D
 
R
W
 
F
V
 
F
V
 
I
D
 
N
A
 
G
Y
 
I
T
 
R
K
 
D
G
 
N
M
 
T
V
 
I
T
 
S
E
 
E
A
 
G
Q
 
Q
M
 
I
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
M
A
 
T
I
 
I
R
 
F
I
 
F
H
 
H
G
 
D
M
 
M
D
 
T
S
 
M
A
 
P
E
 
E
T
 
R
A
 
V
H
 
S
W
 
L
T
 
T
T
 
M
A
 
A
M
 
M
I
 
R
D
 
D
S
 
S
G
 
G
E
 
T
R
 
V
L
 
L
-
 
D
W
 
W
-
 
K
-
 
S
L
 
L
P
 
N
V
 
L
D
 
N
R
 
G
P
 
P
T
 
I
V
 
V
D
|
D
K
|
K
H
|
H
S
|
S
T
 
T
G
 
G
G
 
G
V
 
V
G
 
G
D
 
D
K
 
V
V
 
T
T
 
S
L
 
L
V
 
M
L
 
L
A
 
G
P
 
P
L
 
M
V
 
V
A
 
A
A
 
A
C
 
C
G
 
G
A
 
G
A
 
Y
V
 
V
P
 
P
Q
 
M
L
 
I
S
 
S
G
 
G
R
|
R
G
 
G
L
 
L
G
 
G
H
 
H
T
 
T
G
 
G
G
 
G
T
|
T
L
 
L
D
 
D
K
 
K
L
 
L
E
|
E
S
 
A
I
 
I
P
 
P
G
 
G
W
 
F
R
 
D
A
 
I
N
 
F
L
 
P
S
 
D
T
 
D
A
 
N
E
 
R
M
 
F
I
 
R
S
 
E
Q
 
I
L
 
I
T
 
Q
N
 
D
I
 
V
R
 
G
A
 
V
V
 
A
V
 
I
A
 
I
A
 
G
A
 
Q
S
 
T
T
 
S
A
 
S
L
 
L
A
 
A
P
 
P
A
 
A
D
|
D
R
 
K
K
 
R
L
 
F
Y
 
Y
A
 
A
L
 
T
R
|
R
D
 
D
V
 
I
T
 
T
A
 
A
T
 
T
V
 
V
E
 
D
S
 
S
I
 
I
P
 
P
L
 
L
I
 
I
A
 
T
S
 
G
S
|
S
I
 
I
M
 
L
S
 
A
K
|
K
K
|
K
I
 
L
A
 
A
A
 
E
G
 
G
P
 
L
Q
 
D
S
 
A
L
 
L
V
 
V
L
 
M
D
 
D
V
 
V
K
 
K
V
 
V
G
 
G
S
 
S
G
 
G
A
 
A
F
 
F
M
 
M
K
 
P
S
 
T
R
 
Y
E
 
E
Q
 
L
A
 
S
A
 
E
E
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
E
T
 
A
M
 
I
V
 
V
E
 
G
I
 
V
G
 
A
R
 
N
S
 
G
H
 
A
G
 
G
V
 
V
A
 
R
T
 
T
T
 
T
A
 
A
L
 
L
L
 
L
T
 
T
D
 
D
M
 
M
A
 
N
T
 
Q
P
 
V
L
 
L
G
 
A
R
 
S
T
 
S
A
 
A
G
 
G
N
 
N
A
 
A
V
 
V
E
 
E
V
 
V
A
 
R
E
 
E
A
 
A
V
 
V
D
 
Q
V
 
F
L
 
L
R
 
T
G
 
G
A
 
E
G
 
Y
P
 
R
D
 
N
-
 
P
D
 
R
V
 
L
V
 
F
E
 
D
L
 
V
T
 
T
L
 
M
T
 
A
L
 
L
A
 
C
R
 
V
E
 
E
M
 
M
L
 
L
H
 
I
L
 
S
A
 
G
G
 
Q
L
 
L
P
 
A
D
 
K
V
 
D
D
 
D
-
 
A
-
 
E
-
 
A
-
 
R
-
 
A
-
 
K
L
 
L
E
 
Q
P
 
A
I
 
V
L
 
L
A
 
D
S
 
N
G
 
G
Q
 
K
A
 
A
Y
 
A
E
 
E
V
 
V
W
 
F
C
 
G
K
 
R
M
 
M
I
 
V
R
 
A
A
 
A
Q
 
Q
G
 
K
G
 
G
-
 
P
-
 
S
-
 
D
-
 
F
-
 
V
-
 
E
D
 
N
P
 
Y
D
 
D
A
 
K
P
 
Y
L
 
L
P
 
P
S
 
T
P
 
A
K
 
M
H
 
L
I
 
S
H
 
K
V
 
A
L
 
V
E
 
Y
A
 
A
D
 
D
D
 
T
D
 
E
G
 
G
I
 
F
V
 
I
S
 
S
E
 
A
M
 
M
D
 
D
A
 
T
L
 
R
A
 
A
V
 
L
G
 
G
I
 
M
S
 
A
A
 
V
W
 
V
R
 
S
L
 
M
G
 
G
A
 
G
G
 
G
R
 
R
I
 
R
A
 
Q
P
 
A
G
 
S
A
 
D
T
 
T
V
 
I
Q
 
D
H
 
Y
A
 
S
A
 
V
G
 
G
V
 
F
R
 
T
L
 
D
L
 
M
V
 
A
T
 
R
E
 
L
G
 
G
D
 
D
R
 
S
I
 
I
S
 
D
S
 
G
G
 
Q
Q
 
R
P
 
P
L
 
L
A
 
A
E
 
V
L
 
I
H
 
H

4yyyB X-ray structure of the thymidine phosphorylase from salmonella typhimurium in complex with uridine (see paper)
44% identity, 86% coverage: 26:409/446 of query aligns to 4:403/440 of 4yyyB

query
sites
4yyyB
A
 
A
V
 
Q
D
 
E
I
 
I
I
 
I
G
 
R
A
 
K
K
 
K
R
 
R
D
 
D
G
 
G
A
 
H
P
 
A
L
 
L
P
 
S
G
 
D
E
 
E
W
 
E
I
 
I
D
 
R
W
 
F
V
 
F
V
 
I
D
 
N
A
 
G
Y
 
I
T
 
R
K
 
D
G
 
N
M
 
T
V
 
I
T
 
S
E
 
E
A
 
G
Q
 
Q
M
 
I
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
M
A
 
T
I
 
I
R
 
F
I
 
F
H
 
H
G
 
D
M
 
M
D
 
T
S
 
M
A
 
P
E
 
E
T
 
R
A
 
V
H
 
S
W
 
L
T
 
T
T
 
M
A
 
A
M
 
M
I
 
R
D
 
D
S
 
S
G
 
G
E
 
T
R
 
V
L
 
L
-
 
D
W
 
W
-
 
K
-
 
S
L
 
L
P
 
N
V
 
L
D
 
N
R
 
G
P
 
P
T
 
I
V
 
V
D
|
D
K
|
K
H
|
H
S
|
S
T
|
T
G
 
G
G
 
G
V
 
V
G
 
G
D
 
D
K
 
V
V
 
T
T
 
S
L
 
L
V
 
M
L
 
L
A
 
G
P
 
P
L
 
M
V
 
V
A
 
A
A
 
A
C
 
C
G
 
G
A
 
G
A
 
Y
V
 
V
P
 
P
Q
 
M
L
 
I
S
 
S
G
 
G
R
 
R
G
 
G
L
 
L
G
|
G
H
 
H
T
 
T
G
 
G
G
 
G
T
|
T
L
 
L
D
 
D
K
 
K
L
 
L
E
 
E
S
 
A
I
 
I
P
 
P
G
 
G
W
 
F
R
 
D
A
 
I
N
 
F
L
 
P
S
 
D
T
 
D
A
 
N
E
 
R
M
 
F
I
 
R
S
 
E
Q
 
I
L
 
I
T
 
Q
N
 
D
I
 
V
R
 
G
A
 
V
V
 
A
V
 
I
A
 
I
A
 
G
A
 
Q
S
 
T
T
 
S
A
 
S
L
 
L
A
 
A
P
 
P
A
 
A
D
|
D
R
 
K
K
 
R
L
 
F
Y
|
Y
A
 
A
L
 
T
R
|
R
D
 
D
V
 
I
T
 
T
A
 
A
T
 
T
V
 
V
E
 
D
S
 
S
I
 
I
P
 
P
L
 
L
I
 
I
A
 
T
S
 
G
S
|
S
I
|
I
M
 
L
S
 
A
K
|
K
K
|
K
I
 
L
A
 
A
A
 
E
G
 
G
P
 
L
Q
 
D
S
 
A
L
 
L
V
 
V
L
 
M
D
 
D
V
 
V
K
 
K
V
 
V
G
 
G
S
 
S
G
 
G
A
 
A
F
 
F
M
 
M
K
 
P
S
 
T
R
 
Y
E
 
E
Q
 
L
A
 
S
A
 
E
E
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
E
T
 
A
M
 
I
V
 
V
E
 
G
I
 
V
G
 
A
R
 
N
S
 
G
H
 
A
G
 
G
V
 
V
A
 
R
T
 
T
T
 
T
A
 
A
L
 
L
L
 
L
T
 
T
D
 
D
M
 
M
A
 
N
T
 
Q
P
 
V
L
 
L
G
 
A
R
x
S
T
 
S
A
 
A
G
 
G
N
 
N
A
 
A
V
 
V
E
 
E
V
 
V
A
 
R
E
 
E
A
 
A
V
 
V
D
x
Q
V
 
F
L
 
L
R
 
T
G
 
G
A
 
E
G
x
Y
P
 
R
D
 
N
-
 
P
D
 
R
V
 
L
V
 
F
E
 
D
L
 
V
T
 
T
L
 
M
T
 
A
L
 
L
A
 
C
R
 
V
E
 
E
M
 
M
L
 
L
H
 
I
L
 
S
A
 
G
G
 
Q
L
 
L
P
 
A
D
 
K
V
 
D
D
 
D
-
 
A
-
 
E
-
 
A
-
 
R
-
 
A
-
 
K
L
 
L
E
 
Q
P
 
A
I
 
V
L
 
L
A
 
D
S
 
N
G
 
G
Q
 
K
A
 
A
Y
 
A
E
 
E
V
 
V
W
 
F
C
 
G
K
 
R
M
 
M
I
 
V
R
 
A
A
 
A
Q
 
Q
G
 
K
G
 
G
-
 
P
-
 
S
-
 
D
-
 
F
-
 
V
-
 
E
D
 
N
P
 
Y
D
 
D
A
 
K
P
 
Y
L
 
L
P
 
P
S
 
T
P
 
A
K
 
M
H
 
L
I
 
S
H
 
K
V
 
A
L
 
V
E
 
Y
A
 
A
D
 
D
D
 
T
D
 
E
G
 
G
I
 
F
V
 
I
S
 
S
E
 
A
M
 
M
D
 
D
A
 
T
L
 
R
A
 
A
V
 
L
G
 
G
I
 
M
S
 
A
A
 
V
W
 
V
R
 
S
L
 
M
G
 
G
A
 
G
G
 
G
R
 
R
I
 
R
A
 
Q
P
 
A
G
 
S
A
 
D
T
 
T
V
 
I
Q
 
D
H
 
Y
A
 
S
A
 
V
G
 
G
V
 
F
R
 
T
L
 
D
L
 
M
V
 
A
T
 
R
E
 
L
G
 
G
D
 
D
R
 
S
I
 
I
S
 
D
S
 
G
G
 
Q
Q
 
R
P
 
P
L
 
L
A
 
A
E
 
V
L
 
I
H
 
H

4yekA X-ray structure of the thymidine phosphorylase from salmonella typhimurium in complex with thymidine (see paper)
44% identity, 86% coverage: 26:409/446 of query aligns to 4:403/440 of 4yekA

query
sites
4yekA
A
 
A
V
 
Q
D
 
E
I
 
I
I
 
I
G
 
R
A
 
K
K
 
K
R
 
R
D
 
D
G
 
G
A
 
H
P
 
A
L
 
L
P
 
S
G
 
D
E
 
E
W
 
E
I
 
I
D
 
R
W
 
F
V
 
F
V
 
I
D
 
N
A
 
G
Y
 
I
T
 
R
K
 
D
G
 
N
M
 
T
V
 
I
T
 
S
E
 
E
A
 
G
Q
 
Q
M
 
I
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
M
A
 
T
I
 
I
R
 
F
I
 
F
H
 
H
G
 
D
M
 
M
D
 
T
S
 
M
A
 
P
E
 
E
T
 
R
A
 
V
H
 
S
W
 
L
T
 
T
T
 
M
A
 
A
M
 
M
I
 
R
D
 
D
S
 
S
G
 
G
E
 
T
R
 
V
L
 
L
-
 
D
W
 
W
-
 
K
-
 
S
L
 
L
P
 
N
V
 
L
D
 
N
R
 
G
P
 
P
T
 
I
V
 
V
D
|
D
K
|
K
H
|
H
S
|
S
T
|
T
G
 
G
G
 
G
V
 
V
G
 
G
D
 
D
K
 
V
V
 
T
T
 
S
L
 
L
V
 
M
L
 
L
A
 
G
P
 
P
L
 
M
V
 
V
A
 
A
A
 
A
C
 
C
G
 
G
A
 
G
A
 
Y
V
 
V
P
 
P
Q
 
M
L
 
I
S
 
S
G
 
G
R
 
R
G
 
G
L
 
L
G
 
G
H
 
H
T
 
T
G
 
G
G
 
G
T
|
T
L
 
L
D
 
D
K
 
K
L
 
L
E
 
E
S
 
A
I
 
I
P
 
P
G
 
G
W
 
F
R
 
D
A
 
I
N
 
F
L
 
P
S
 
D
T
 
D
A
 
N
E
 
R
M
 
F
I
 
R
S
 
E
Q
 
I
L
 
I
T
 
Q
N
 
D
I
 
V
R
 
G
A
 
V
V
 
A
V
 
I
A
 
I
A
 
G
A
 
Q
S
 
T
T
 
S
A
 
S
L
 
L
A
 
A
P
 
P
A
 
A
D
|
D
R
 
K
K
 
R
L
 
F
Y
|
Y
A
 
A
L
 
T
R
|
R
D
 
D
V
 
I
T
 
T
A
 
A
T
 
T
V
 
V
E
 
D
S
 
S
I
 
I
P
 
P
L
 
L
I
 
I
A
 
T
S
 
G
S
|
S
I
 
I
M
 
L
S
 
A
K
|
K
K
|
K
I
 
L
A
 
A
A
 
E
G
 
G
P
 
L
Q
 
D
S
 
A
L
 
L
V
 
V
L
 
M
D
 
D
V
 
V
K
 
K
V
 
V
G
 
G
S
 
S
G
 
G
A
 
A
F
|
F
M
 
M
K
 
P
S
 
T
R
 
Y
E
 
E
Q
 
L
A
 
S
A
 
E
E
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
E
T
 
A
M
 
I
V
 
V
E
 
G
I
 
V
G
 
A
R
 
N
S
 
G
H
 
A
G
 
G
V
 
V
A
 
R
T
 
T
T
 
T
A
 
A
L
 
L
L
 
L
T
 
T
D
 
D
M
 
M
A
 
N
T
 
Q
P
 
V
L
 
L
G
 
A
R
x
S
T
 
S
A
 
A
G
 
G
N
 
N
A
 
A
V
 
V
E
 
E
V
 
V
A
 
R
E
 
E
A
 
A
V
 
V
D
x
Q
V
 
F
L
 
L
R
 
T
G
 
G
A
 
E
G
x
Y
P
 
R
D
 
N
-
 
P
D
 
R
V
 
L
V
 
F
E
 
D
L
 
V
T
 
T
L
 
M
T
 
A
L
 
L
A
 
C
R
 
V
E
 
E
M
 
M
L
 
L
H
 
I
L
 
S
A
 
G
G
 
Q
L
 
L
P
 
A
D
 
K
V
 
D
D
 
D
-
 
A
-
 
E
-
 
A
-
 
R
-
 
A
-
 
K
L
 
L
E
 
Q
P
 
A
I
 
V
L
 
L
A
 
D
S
 
N
G
 
G
Q
 
K
A
 
A
Y
 
A
E
 
E
V
 
V
W
 
F
C
 
G
K
 
R
M
 
M
I
 
V
R
 
A
A
 
A
Q
 
Q
G
 
K
G
 
G
-
 
P
-
 
S
-
 
D
-
 
F
-
 
V
-
 
E
D
 
N
P
 
Y
D
 
D
A
 
K
P
 
Y
L
 
L
P
 
P
S
 
T
P
 
A
K
 
M
H
 
L
I
 
S
H
 
K
V
 
A
L
 
V
E
 
Y
A
 
A
D
 
D
D
 
T
D
 
E
G
 
G
I
 
F
V
 
I
S
 
S
E
 
A
M
 
M
D
 
D
A
 
T
L
 
R
A
 
A
V
 
L
G
 
G
I
 
M
S
 
A
A
 
V
W
 
V
R
 
S
L
 
M
G
 
G
A
 
G
G
 
G
R
 
R
I
 
R
A
 
Q
P
 
A
G
 
S
A
 
D
T
 
T
V
 
I
Q
 
D
H
 
Y
A
 
S
A
 
V
G
 
G
V
 
F
R
x
T
L
x
D
L
 
M
V
 
A
T
 
R
E
 
L
G
 
G
D
 
D
R
 
S
I
 
I
S
 
D
S
 
G
G
 
Q
Q
 
R
P
 
P
L
 
L
A
 
A
E
 
V
L
 
I
H
 
H

2j0fA Structural basis for non-competitive product inhibition in human thymidine phosphorylase: implication for drug design (see paper)
43% identity, 92% coverage: 28:439/446 of query aligns to 5:438/446 of 2j0fA

query
sites
2j0fA
D
 
E
I
 
L
I
 
I
G
 
R
A
 
M
K
 
K
R
 
R
D
 
D
G
 
G
A
 
G
P
 
R
L
 
L
P
 
S
G
 
E
E
 
A
W
 
D
I
 
I
D
 
R
W
 
G
V
 
F
V
 
V
D
 
A
A
 
A
Y
 
V
T
 
V
K
 
N
G
 
G
M
 
S
V
 
A
T
 
Q
E
 
G
A
 
A
Q
 
Q
M
 
I
A
 
G
A
 
A
L
 
M
A
 
L
M
 
M
A
 
A
I
 
I
R
 
R
I
 
L
H
 
R
G
 
G
M
 
M
D
 
D
S
 
L
A
 
E
E
 
E
T
 
T
A
 
S
H
 
V
W
 
L
T
 
T
T
 
Q
A
 
A
M
 
L
I
 
A
D
 
Q
S
 
S
G
 
G
E
 
Q
R
 
Q
L
 
L
W
 
E
L
 
W
P
 
P
V
 
E
-
 
A
-
 
W
D
 
R
R
 
Q
P
 
Q
T
 
L
V
 
V
D
|
D
K
|
K
H
|
H
S
|
S
T
|
T
G
 
G
G
 
G
V
 
V
G
 
G
D
 
D
K
 
K
V
 
V
T
 
S
L
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
A
V
 
L
A
 
A
A
 
A
C
 
C
G
 
G
A
 
C
A
 
K
V
 
V
P
 
P
Q
 
M
L
 
I
S
 
S
G
 
G
R
 
R
G
 
G
L
|
L
G
 
G
H
 
H
T
 
T
G
 
G
G
 
G
T
|
T
L
 
L
D
 
D
K
 
K
L
 
L
E
 
E
S
 
S
I
 
I
P
 
P
G
 
G
W
 
F
R
 
N
A
 
V
N
 
I
L
 
Q
S
 
S
T
 
P
A
 
E
E
 
Q
M
 
M
I
 
Q
S
 
V
Q
 
L
L
 
L
T
 
D
N
 
Q
I
 
A
R
 
G
A
 
C
V
 
C
V
 
I
A
 
V
A
 
G
A
 
Q
S
 
S
T
 
E
A
 
Q
L
 
L
A
 
V
P
 
P
A
 
A
D
|
D
R
 
G
K
 
I
L
 
L
Y
|
Y
A
 
A
L
 
A
R
|
R
D
 
D
V
 
V
T
 
T
A
 
A
T
 
T
V
 
V
E
 
D
S
 
S
I
 
L
P
 
P
L
 
L
I
|
I
A
 
T
S
 
A
S
|
S
I
 
I
M
 
L
S
 
S
K
|
K
K
|
K
I
 
L
A
 
V
A
 
E
G
 
G
P
 
L
Q
 
S
S
 
A
L
 
L
V
 
V
L
 
V
D
 
D
V
 
V
K
 
K
V
 
F
G
 
G
S
 
A
G
 
G
A
 
A
F
 
V
M
 
F
K
 
P
S
 
N
R
 
Q
E
 
E
Q
 
Q
A
 
A
A
 
R
E
 
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
K
T
 
T
M
 
L
V
 
V
E
 
G
I
 
V
G
 
G
R
 
A
S
 
S
H
 
L
G
 
G
V
 
L
A
 
R
T
 
V
T
 
A
A
 
A
L
 
A
L
 
L
T
 
T
D
 
A
M
 
M
A
 
D
T
 
K
P
 
P
L
 
L
G
 
G
R
 
R
T
 
C
A
 
V
G
 
G
N
 
H
A
 
A
V
 
L
E
 
E
V
 
V
A
 
E
E
 
E
A
 
A
V
 
L
D
 
L
V
 
C
L
 
M
R
 
D
G
 
G
A
 
A
G
 
G
P
 
P
D
 
P
D
 
D
V
 
L
V
 
R
E
 
D
L
 
L
T
 
V
L
 
T
T
 
T
L
 
L
A
 
G
R
 
G
E
 
A
M
 
L
L
 
L
H
 
W
L
 
L
A
 
S
G
 
G
L
 
H
P
 
A
D
 
G
V
 
T
D
 
Q
-
 
A
-
 
Q
-
 
G
-
 
A
-
 
A
-
 
R
L
 
V
E
 
A
P
 
A
I
 
A
L
 
L
A
 
D
S
 
D
G
 
G
Q
 
S
A
 
A
Y
 
L
E
 
G
V
 
R
W
 
F
C
 
E
K
 
R
M
 
M
I
 
L
R
 
A
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
G
 
V
D
 
D
P
 
P
D
 
G
A
 
L
P
 
A
-
 
R
-
 
A
-
 
L
-
 
C
-
 
S
-
 
G
-
 
S
-
 
P
-
 
A
-
 
E
-
 
R
-
 
R
-
 
Q
-
 
L
L
 
L
P
 
P
S
 
R
P
 
A
K
 
R
H
 
E
I
 
Q
H
 
E