SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_084057261.1 NCBI__GCF_900176285.1:WP_084057261.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

8z1wD Cryo-em structure of escherichia coli dppbcdf complex bound to atpgammas
43% identity, 98% coverage: 3:322/326 of query aligns to 4:315/326 of 8z1wD

query
sites
8z1wD
V
 
L
L
 
L
Q
 
Q
V
 
A
E
 
I
N
 
D
L
 
L
K
 
K
Q
 
K
H
 
H
F
x
Y
Y
 
P
L
 
V
Q
 
K
P
 
K
G
 
G
L
 
M
L
 
F
-
 
A
-
 
P
E
 
E
R
 
R
V
 
L
L
 
-
S
 
-
G
 
-
K
 
-
K
 
-
P
 
-
S
 
-
V
 
-
I
 
V
K
 
K
A
 
A
V
 
L
D
 
D
D
 
G
V
 
V
S
 
S
F
 
F
T
 
N
V
 
L
E
 
E
A
 
R
G
 
G
E
 
K
I
 
T
L
 
L
G
 
A
L
 
V
A
 
V
G
 
G
E
 
E
S
 
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
 
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
C
 
G
L
 
R
A
 
L
I
 
L
A
 
T
N
 
M
L
 
I
R
 
E
R
 
M
P
 
P
T
 
T
A
 
G
G
 
G
S
 
E
I
 
L
R
 
Y
Y
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
S
 
Q
D
 
D
L
 
L
G
 
L
R
 
K
M
 
H
S
 
D
V
 
P
Q
 
Q
E
 
A
Q
 
Q
K
 
K
D
 
L
Y
 
R
R
 
R
R
 
Q
K
 
K
V
 
I
Q
 
Q
L
 
I
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
D
 
N
P
 
P
F
 
Y
E
 
G
S
 
S
L
 
L
N
 
N
P
 
P
R
 
R
F
 
K
T
 
K
V
 
V
Y
 
G
D
 
Q
L
 
I
V
 
L
A
 
E
E
 
E
P
 
P
L
 
L
R
 
L
A
 
I
F
 
N
K
 
T
I
 
S
G
 
L
S
 
S
R
 
K
Q
 
E
E
 
Q
K
 
R
R
 
R
D
 
E
R
 
K
V
 
A
R
 
L
E
 
S
T
 
M
L
 
M
T
 
A
R
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
L
S
 
K
P
 
T
D
 
E
D
 
H
Y
 
Y
L
 
-
D
 
D
R
 
R
Y
 
Y
P
 
P
H
 
H
Q
 
M
M
 
F
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
I
G
 
A
I
 
I
A
 
A
Q
 
R
A
 
G
L
 
L
V
 
M
L
 
L
D
 
D
P
 
P
Q
 
D
L
 
V
V
 
V
I
 
I
A
 
A
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
L
 
V
S
 
S
M
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
V
S
 
S
I
 
V
R
 
R
A
 
A
G
 
Q
I
 
V
L
 
L
D
 
N
L
 
L
I
 
M
R
 
M
D
 
D
L
 
L
S
 
Q
E
 
Q
Q
 
E
M
 
L
H
 
G
F
 
L
S
 
S
C
 
Y
I
 
V
Y
 
F
V
 
I
S
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
L
S
 
S
I
 
V
L
 
V
S
 
E
N
 
H
I
 
I
S
 
A
E
 
D
R
 
E
L
 
V
M
 
M
I
 
V
M
 
M
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
R
 
R
V
 
C
M
 
V
E
 
E
L
 
K
G
 
G
A
 
T
T
 
K
K
 
D
D
 
Q
V
 
I
I
 
F
T
 
N
K
 
N
P
 
P
L
 
R
H
 
H
P
 
P
Y
 
Y
A
 
T
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
I
 
L
S
 
S
A
 
A
V
 
T
P
 
P
I
 
R
P
 
L
D
 
N
P
 
P
E
 
D
Y
 
D
R
 
R
R
 
R
P
 
E
I
 
R
P
 
I
E
 
K
I
 
L
H
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
L
S
 
P
Q
 
S
P
 
P
I
 
L
D
 
N
P
 
P
P
 
P
P
 
P
G
 
G
C
|
C
R
 
A
F
 
F
Q
x
N
S
 
A
R
 
R
C
|
C
L
 
R
K
x
R
V
 
R
M
 
F
E
 
G
H
 
P
C
|
C
R
 
T
T
 
Q
D
 
L
T
 
Q
P
 
P
L
 
Q
L
 
L
K
 
K
E
 
D
V
 
Y
E
 
G
P
 
-
G
 
G
H
 
Q
H
 
L
V
 
V
A
 
A
C
|
C

Sites not aligning to the query:

8z1xD Cryo-em structure of escherichia coli dppbcdf complex bound to amppnp
43% identity, 98% coverage: 3:322/326 of query aligns to 3:314/325 of 8z1xD

query
sites
8z1xD
V
 
L
L
 
L
Q
 
Q
V
 
A
E
 
I
N
 
D
L
 
L
K
 
K
Q
 
K
H
 
H
F
x
Y
Y
 
P
L
 
V
Q
 
K
P
 
K
G
 
G
L
 
M
L
 
F
-
 
A
-
 
P
E
 
E
R
 
R
V
 
L
L
 
-
S
 
-
G
 
-
K
 
-
K
 
-
P
 
-
S
 
-
V
 
-
I
x
V
K
 
K
A
 
A
V
 
L
D
 
D
D
 
G
V
 
V
S
 
S
F
 
F
T
 
N
V
 
L
E
 
E
A
 
R
G
 
G
E
 
K
I
 
T
L
 
L
G
 
A
L
 
V
A
 
V
G
 
G
E
 
E
S
|
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
C
 
G
L
 
R
A
 
L
I
 
L
A
 
T
N
 
M
L
 
I
R
 
E
R
 
M
P
 
P
T
 
T
A
 
G
G
 
G
S
 
E
I
 
L
R
 
Y
Y
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
S
 
Q
D
 
D
L
 
L
G
 
L
R
 
K
M
 
H
S
 
D
V
 
P
Q
 
Q
E
 
A
Q
 
Q
K
 
K
D
 
L
Y
 
R
R
 
R
R
 
Q
K
 
K
V
 
I
Q
 
Q
L
 
I
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
D
 
N
P
 
P
F
 
Y
E
 
G
S
 
S
L
 
L
N
 
N
P
 
P
R
 
R
F
 
K
T
 
K
V
 
V
Y
 
G
D
 
Q
L
 
I
V
 
L
A
 
E
E
 
E
P
 
P
L
 
L
R
 
L
A
 
I
F
 
N
K
 
T
I
 
S
G
 
L
S
 
S
R
 
K
Q
 
E
E
 
Q
K
 
R
R
 
R
D
 
E
R
 
K
V
 
A
R
 
L
E
 
S
T
 
M
L
 
M
T
 
A
R
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
L
S
 
K
P
 
T
D
 
E
D
 
H
Y
 
Y
L
 
-
D
 
D
R
 
R
Y
 
Y
P
 
P
H
 
H
Q
 
M
M
 
F
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
I
G
 
A
I
 
I
A
 
A
Q
 
R
A
 
G
L
 
L
V
 
M
L
 
L
D
 
D
P
 
P
Q
 
D
L
 
V
V
 
V
I
 
I
A
 
A
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
L
 
V
S
 
S
M
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
V
S
 
S
I
 
V
R
 
R
A
 
A
G
 
Q
I
 
V
L
 
L
D
 
N
L
 
L
I
 
M
R
 
M
D
 
D
L
 
L
S
 
Q
E
 
Q
Q
 
E
M
 
L
H
 
G
F
 
L
S
 
S
C
 
Y
I
 
V
Y
 
F
V
 
I
S
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
L
S
 
S
I
 
V
L
 
V
S
 
E
N
 
H
I
 
I
S
 
A
E
 
D
R
 
E
L
 
V
M
 
M
I
 
V
M
 
M
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
R
 
R
V
 
C
M
 
V
E
 
E
L
 
K
G
 
G
A
 
T
T
 
K
K
 
D
D
 
Q
V
 
I
I
 
F
T
 
N
K
 
N
P
 
P
L
 
R
H
|
H
P
 
P
Y
 
Y
A
 
T
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
I
 
L
S
 
S
A
 
A
V
 
T
P
 
P
I
 
R
P
 
L
D
 
N
P
 
P
E
 
D
Y
 
D
R
 
R
R
 
R
P
 
E
I
 
R
P
 
I
E
 
K
I
 
L
H
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
L
S
 
P
Q
 
S
P
|
P
I
 
L
D
 
N
P
 
P
P
 
P
P
 
P
G
 
G
C
|
C
R
 
A
F
 
F
Q
x
N
S
 
A
R
 
R
C
|
C
L
 
R
K
x
R
V
 
R
M
 
F
E
 
G
H
 
P
C
|
C
R
 
T
T
 
Q
D
 
L
T
 
Q
P
 
P
L
 
Q
L
 
L
K
 
K
E
 
D
V
 
Y
E
 
G
P
 
-
G
 
G
H
 
Q
H
 
L
V
 
V
A
 
A
C
|
C

Sites not aligning to the query:

8j5qD Cryo-em structure of mycobacterium tuberculosis oppabcd in the pre- translocation state (see paper)
43% identity, 83% coverage: 3:271/326 of query aligns to 348:610/611 of 8j5qD

query
sites
8j5qD
V
 
V
L
 
V
Q
 
R
V
 
V
E
 
R
N
 
H
L
 
L
K
 
V
Q
 
K
H
 
T
F
 
Y
Y
 
R
L
 
L
Q
 
A
P
 
K
G
 
G
L
 
V
L
 
V
E
 
L
R
 
R
V
 
R
L
 
A
S
 
I
G
 
G
K
 
E
K
 
-
P
 
-
S
 
-
V
 
-
I
 
V
K
 
R
A
 
A
V
 
V
D
 
D
D
 
G
V
 
I
S
 
S
F
 
L
T
 
E
V
 
L
E
 
R
A
 
Q
G
 
G
E
 
R
I
 
T
L
 
L
G
 
G
L
 
I
A
 
V
G
 
G
E
 
E
S
 
S
G
 
G
C
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
T
C
 
L
L
 
H
A
 
E
I
 
I
A
 
L
N
 
E
L
 
L
R
 
A
R
 
A
P
 
P
T
 
Q
A
 
S
G
 
G
S
 
S
I
 
I
R
 
E
Y
 
V
Q
 
L
G
 
G
S
 
T
D
 
D
L
 
V
G
 
A
R
 
T
M
 
L
S
 
G
V
 
T
Q
 
A
E
 
E
Q
 
R
K
 
R
D
 
S
Y
 
L
R
 
R
R
 
R
K
 
D
V
 
I
Q
 
Q
L
 
V
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
D
 
D
P
 
P
F
 
V
E
 
A
S
 
S
L
 
L
N
 
D
P
 
P
R
 
R
F
 
L
T
 
P
V
 
V
Y
 
F
D
 
D
L
 
L
V
 
I
A
 
A
E
 
E
P
 
P
L
 
L
R
 
Q
A
 
A
F
 
N
K
 
G
I
 
F
G
 
G
S
 
-
R
 
K
Q
 
N
E
 
E
K
 
T
R
 
H
D
 
A
R
 
R
V
 
V
R
 
A
E
 
E
T
 
L
L
 
L
T
 
D
R
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
S
 
R
P
 
H
D
 
G
D
 
D
Y
 
A
L
 
-
D
 
S
R
 
R
Y
 
Y
P
 
P
H
 
A
Q
 
E
M
 
F
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
L
 
L
D
 
Q
P
 
P
Q
 
K
L
 
I
V
 
L
I
 
A
A
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
V
S
 
S
M
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
V
S
 
S
I
 
I
R
 
Q
A
 
A
G
 
G
I
 
I
L
 
I
D
 
N
L
 
L
I
 
L
R
 
L
D
 
D
L
 
L
S
 
Q
E
 
E
Q
 
Q
M
 
F
H
 
G
F
 
L
S
 
S
C
 
Y
I
 
L
Y
 
F
V
 
V
S
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
L
S
 
S
I
 
V
L
 
V
S
 
K
N
 
H
I
 
L
S
 
A
E
 
H
R
 
Q
L
 
V
M
 
A
I
 
V
M
 
M
Y
 
L
L
 
A
G
 
G
R
 
T
V
 
V
M
 
V
E
 
E
L
 
Q
G
 
G
A
 
D
T
 
S
K
 
E
D
 
E
V
 
V
I
 
F
T
 
G
K
 
N
P
 
P
L
 
K
H
 
H
P
 
E
Y
 
Y
A
 
T
Q
 
R
A
 
R
L
 
L
I
 
L
S
 
G
A
 
A
V
 
V
P
 
P
I
 
Q
P
 
P
D
 
D
P
 
P
E
 
A
Y
 
R
R
 
R

Sites not aligning to the query:

8j5tD Cryo-em structure of mycobacterium tuberculosis oppabcd in the catalytic intermediate state (see paper)
43% identity, 82% coverage: 3:268/326 of query aligns to 348:607/608 of 8j5tD

query
sites
8j5tD
V
 
V
L
 
V
Q
 
R
V
 
V
E
 
R
N
 
H
L
 
L
K
 
V
Q
 
K
H
 
T
F
x
Y
Y
 
R
L
 
L
Q
 
A
P
 
K
G
 
G
L
 
V
L
 
V
E
 
L
R
 
R
V
 
R
L
 
A
S
 
I
G
 
G
K
 
E
K
 
-
P
 
-
S
 
-
V
 
-
I
 
V
K
 
R
A
 
A
V
 
V
D
 
D
D
 
G
V
 
I
S
 
S
F
 
L
T
 
E
V
 
L
E
 
R
A
 
Q
G
 
G
E
 
R
I
 
T
L
 
L
G
 
G
L
 
I
A
 
V
G
 
G
E
 
E
S
|
S
G
|
G
C
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
T
C
 
L
L
 
H
A
 
E
I
 
I
A
 
L
N
 
E
L
 
L
R
 
A
R
 
A
P
 
P
T
 
Q
A
 
S
G
 
G
S
 
S
I
 
I
R
 
E
Y
 
V
Q
 
L
G
 
G
S
 
T
D
 
D
L
 
V
G
 
A
R
 
T
M
 
L
S
 
G
V
 
T
Q
 
A
E
 
E
Q
 
R
K
 
R
D
 
S
Y
 
L
R
 
R
R
 
R
K
 
D
V
 
I
Q
 
Q
L
 
V
V
 
V
F
 
F
Q
|
Q
D
 
D
P
 
P
F
 
V
E
 
A
S
 
S
L
 
L
N
 
D
P
 
P
R
 
R
F
 
L
T
 
P
V
 
V
Y
 
F
D
 
D
L
 
L
V
 
I
A
 
A
E
 
E
P
 
P
L
 
L
R
 
Q
A
 
A
F
 
N
K
 
G
I
 
F
G
 
G
S
 
-
R
 
K
Q
 
N
E
 
E
K
 
T
R
 
H
D
 
A
R
 
R
V
 
V
R
 
A
E
 
E
T
 
L
L
 
L
T
 
D
R
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
S
 
R
P
 
H
D
 
G
D
 
D
Y
 
A
L
 
-
D
 
S
R
|
R
Y
 
Y
P
 
P
H
 
A
Q
x
E
M
 
F
S
|
S
G
 
G
G
|
G
E
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
L
 
L
D
 
Q
P
 
P
Q
 
K
L
 
I
V
 
L
I
 
A
A
 
L
D
 
D
E
 
D
P
 
P
L
 
V
S
 
S
M
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
V
S
 
S
I
 
I
R
 
Q
A
 
A
G
 
G
I
 
I
L
 
I
D
 
N
L
 
L
I
 
L
R
 
L
D
 
D
L
 
L
S
 
Q
E
 
E
Q
 
Q
M
 
F
H
 
G
F
 
L
S
 
S
C
 
Y
I
 
L
Y
 
F
V
 
V
S
 
S
H
|
H
D
 
D
L
 
L
S
 
S
I
 
V
L
 
V
S
 
K
N
 
H
I
 
L
S
 
A
E
 
H
R
 
Q
L
 
V
M
 
A
I
 
V
M
 
M
Y
 
L
L
 
A
G
 
G
R
 
T
V
 
V
M
 
V
E
 
E
L
 
Q
G
 
G
A
 
D
T
 
S
K
 
E
D
 
E
V
 
V
I
 
F
T
 
G
K
 
N
P
 
P
L
 
K
H
 
H
P
 
E
Y
 
Y
A
 
T
Q
 
R
A
 
R
L
 
L
I
 
L
S
 
G
A
 
A
V
 
V
P
 
P
I
 
Q
P
 
P
D
 
D
P
 
P

Sites not aligning to the query:

8j5sD Cryo-em structure of mycobacterium tuberculosis oppabcd in the pre- catalytic intermediate state (see paper)
43% identity, 82% coverage: 3:268/326 of query aligns to 348:607/608 of 8j5sD

query
sites
8j5sD
V
 
V
L
 
V
Q
 
R
V
 
V
E
 
R
N
 
H
L
 
L
K
 
V
Q
 
K
H
 
T
F
x
Y
Y
 
R
L
 
L
Q
 
A
P
 
K
G
 
G
L
 
V
L
 
V
E
 
L
R
 
R
V
 
R
L
 
A
S
 
I
G
 
G
K
 
E
K
 
-
P
 
-
S
 
-
V
 
-
I
 
V
K
 
R
A
|
A
V
 
V
D
 
D
D
 
G
V
 
I
S
 
S
F
 
L
T
 
E
V
 
L
E
 
R
A
 
Q
G
 
G
E
 
R
I
 
T
L
 
L
G
 
G
L
 
I
A
 
V
G
 
G
E
 
E
S
 
S
G
|
G
C
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
T
C
 
L
L
 
H
A
 
E
I
 
I
A
 
L
N
 
E
L
 
L
R
 
A
R
 
A
P
 
P
T
 
Q
A
 
S
G
 
G
S
 
S
I
 
I
R
 
E
Y
 
V
Q
 
L
G
 
G
S
 
T
D
 
D
L
 
V
G
 
A
R
 
T
M
 
L
S
 
G
V
 
T
Q
 
A
E
 
E
Q
 
R
K
 
R
D
 
S
Y
 
L
R
 
R
R
 
R
K
 
D
V
 
I
Q
 
Q
L
 
V
V
 
V
F
 
F
Q
|
Q
D
 
D
P
 
P
F
 
V
E
 
A
S
 
S
L
 
L
N
 
D
P
 
P
R
 
R
F
 
L
T
 
P
V
 
V
Y
 
F
D
 
D
L
 
L
V
 
I
A
 
A
E
 
E
P
 
P
L
 
L
R
 
Q
A
 
A
F
 
N
K
 
G
I
 
F
G
 
G
S
 
-
R
 
K
Q
 
N
E
 
E
K
 
T
R
 
H
D
 
A
R
 
R
V
 
V
R
 
A
E
 
E
T
 
L
L
 
L
T
 
D
R
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
S
 
R
P
 
H
D
 
G
D
 
D
Y
 
A
L
 
-
D
 
S
R
 
R
Y
 
Y
P
 
P
H
 
A
Q
 
E
M
 
F
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
L
 
L
D
 
Q
P
 
P
Q
 
K
L
 
I
V
 
L
I
 
A
A
 
L
D
 
D
E
 
D
P
 
P
L
 
V
S
 
S
M
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
V
S
 
S
I
 
I
R
 
Q
A
 
A
G
 
G
I
 
I
L
 
I
D
 
N
L
 
L
I
 
L
R
 
L
D
 
D
L
 
L
S
 
Q
E
 
E
Q
 
Q
M
 
F
H
 
G
F
 
L
S
 
S
C
 
Y
I
 
L
Y
 
F
V
 
V
S
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
L
S
 
S
I
 
V
L
 
V
S
 
K
N
 
H
I
 
L
S
 
A
E
 
H
R
 
Q
L
 
V
M
 
A
I
 
V
M
 
M
Y
 
L
L
 
A
G
 
G
R
 
T
V
 
V
M
 
V
E
 
E
L
 
Q
G
 
G
A
 
D
T
 
S
K
 
E
D
 
E
V
 
V
I
 
F
T
 
G
K
 
N
P
 
P
L
 
K
H
 
H
P
 
E
Y
 
Y
A
 
T
Q
 
R
A
 
R
L
 
L
I
 
L
S
 
G
A
 
A
V
 
V
P
 
P
I
 
Q
P
 
P
D
 
D
P
 
P

Sites not aligning to the query:

8z1yC Cryo-em structure of escherichia coli dppabcdf in the pre-catalytic state
35% identity, 99% coverage: 2:323/326 of query aligns to 1:315/324 of 8z1yC

query
sites
8z1yC
A
 
A
V
 
L
L
 
L
Q
 
N
V
 
V
E
 
D
N
 
K
L
 
L
K
 
S
Q
 
V
H
 
H
F
|
F
Y
 
-
L
 
-
Q
 
-
P
 
-
G
 
-
L
 
-
L
 
-
E
 
-
R
 
-
V
 
-
L
 
-
S
 
-
G
 
G
K
 
D
K
 
E
P
 
S
S
 
A
V
 
P
I
x
F
K
 
R
A
|
A
V
 
V
D
 
D
D
 
R
V
 
I
S
 
S
F
 
Y
T
 
S
V
 
V
E
 
K
A
 
Q
G
 
G
E
 
E
I
 
V
L
 
V
G
 
G
L
 
I
A
 
V
G
 
G
E
 
E
S
|
S
G
|
G
C
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
x
V
L
 
S
C
 
S
L
 
L
A
 
A
I
 
I
A
 
M
N
 
G
L
 
L
-
 
I
-
 
D
-
 
Y
-
 
P
R
 
G
R
 
R
P
 
V
T
 
M
A
 
A
G
 
E
S
 
K
I
 
L
R
 
E
Y
 
F
Q
 
N
G
 
G
S
 
Q
D
 
D
L
 
L
G
 
Q
R
 
R
M
 
I
S
 
S
V
 
E
Q
 
K
E
 
E
Q
 
R
K
 
R
D
 
N
Y
 
L
-
 
V
R
 
G
R
 
A
K
 
E
V
 
V
Q
 
A
L
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
|
Q
D
 
D
P
 
P
F
 
M
E
 
T
S
 
S
L
 
L
N
 
N
P
 
P
R
 
C
F
 
Y
T
 
T
V
 
V
Y
 
G
D
 
F
L
 
Q
V
 
I
A
 
M
E
 
E
P
 
A
L
 
I
R
 
K
A
 
V
F
 
H
K
 
Q
I
 
G
G
 
G
S
 
N
R
 
K
Q
 
S
E
 
T
K
 
R
R
 
R
D
 
Q
R
 
R
V
 
A
R
 
I
E
 
D
T
 
L
L
 
L
T
 
N
R
 
Q
V
 
V
G
 
G
L
 
I
-
 
P
S
 
D
P
 
P
D
 
A
D
 
S
Y
x
R
L
 
L
D
 
D
R
 
V
Y
 
Y
P
 
P
H
 
H
Q
|
Q
M
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
E
 
M
R
 
S
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
M
I
 
I
A
 
A
Q
 
M
A
 
A
L
 
I
V
 
A
L
 
C
D
 
R
P
 
P
Q
 
K
L
 
L
V
 
L
I
 
I
A
 
A
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
L
 
T
S
 
T
M
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
V
S
 
T
I
 
I
R
 
Q
A
 
A
G
 
Q
I
 
I
L
 
I
D
 
E
L
 
L
I
 
L
R
 
L
D
 
E
L
 
L
S
 
Q
E
 
Q
Q
 
K
M
 
E
H
 
N
F
 
M
S
 
A
C
 
L
I
 
V
Y
 
L
V
 
I
S
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
L
S
 
A
I
 
L
L
 
V
S
 
A
N
 
E
I
 
A
S
 
A
E
 
H
R
 
K
L
 
I
M
 
I
I
 
V
M
 
M
Y
 
Y
L
 
A
G
 
G
R
 
Q
V
 
V
M
 
V
E
 
E
L
 
T
G
 
G
A
 
D
T
 
A
K
 
H
D
 
A
V
 
I
I
 
F
T
 
H
K
 
A
P
 
P
L
 
R
H
|
H
P
|
P
Y
 
Y
A
 
T
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
I
 
L
S
 
R
A
 
A
V
 
L
P
 
P
I
 
E
P
 
F
D
 
A
P
 
Q
E
 
D
Y
 
K
R
 
E
R
 
R
P
 
-
I
 
L
P
 
A
E
 
S
I
 
L
H
 
P
G
 
G
E
 
V
V
 
V
S
 
P
Q
 
G
P
 
K
I
 
Y
D
 
D
P
 
R
P
 
P
P
 
N
G
 
G
C
|
C
R
 
L
F
 
L
Q
 
N
S
 
P
R
 
R
C
|
C
L
 
P
K
 
Y
V
 
A
M
 
T
E
 
D
H
 
R
C
|
C
R
 
R
T
 
A
D
 
E
T
 
E
P
 
P
L
 
A
L
 
L
K
 
N
E
 
M
V
 
L
E
 
A
P
 
D
G
 
G
H
 
R
H
 
Q
V
 
S
A
 
K
C
|
C
H
|
H

8z1xC Cryo-em structure of escherichia coli dppbcdf complex bound to amppnp
35% identity, 99% coverage: 2:323/326 of query aligns to 1:315/326 of 8z1xC

query
sites
8z1xC
A
 
A
V
 
L
L
 
L
Q
 
N
V
 
V
E
 
D
N
 
K
L
 
L
K
 
S
Q
 
V
H
 
H
F
 
F
Y
 
-
L
 
-
Q
 
-
P
 
-
G
 
-
L
 
-
L
 
-
E
 
-
R
 
-
V
 
-
L
 
-
S
 
-
G
 
G
K
 
D
K
 
E
P
 
S
S
 
A
V
 
P
I
 
F
K
 
R
A
 
A
V
 
V
D
 
D
D
 
R
V
 
I
S
 
S
F
 
Y
T
 
S
V
 
V
E
 
K
A
 
Q
G
 
G
E
 
E
I
 
V
L
 
V
G
 
G
L
 
I
A
 
V
G
 
G
E
 
E
S
 
S
G
 
G
C
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
V
L
 
S
C
 
S
L
 
L
A
 
A
I
 
I
A
 
M
N
 
G
L
 
L
-
 
I
-
 
D
-
 
Y
-
 
P
R
 
G
R
 
R
P
 
V
T
 
M
A
 
A
G
 
E
S
 
K
I
 
L
R
 
E
Y
 
F
Q
 
N
G
 
G
S
 
Q
D
 
D
L
 
L
G
 
Q
R
 
R
M
 
I
S
 
S
V
 
E
Q
 
K
E
 
E
Q
 
R
K
 
R
D
 
N
Y
 
L
-
 
V
R
 
G
R
 
A
K
 
E
V
 
V
Q
 
A
L
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
D
 
D
P
 
P
F
 
M
E
 
T
S
 
S
L
 
L
N
 
N
P
 
P
R
 
C
F
 
Y
T
 
T
V
 
V
Y
 
G
D
 
F
L
 
Q
V
 
I
A
 
M
E
 
E
P
 
A
L
 
I
R
 
K
A
 
V
F
 
H
K
 
Q
I
 
G
G
 
G
S
 
N
R
 
K
Q
 
S
E
 
T
K
 
R
R
 
R
D
 
Q
R
 
R
V
 
A
R
 
I
E
 
D
T
 
L
L
 
L
T
 
N
R
 
Q
V
 
V
G
 
G
L
 
I
-
 
P
S
 
D
P
 
P
D
 
A
D
 
S
Y
 
R
L
 
L
D
 
D
R
 
V
Y
 
Y
P
 
P
H
 
H
Q
 
Q
M
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
M
R
 
S
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
M
I
 
I
A
 
A
Q
 
M
A
 
A
L
 
I
V
 
A
L
 
C
D
 
R
P
 
P
Q
 
K
L
 
L
V
 
L
I
 
I
A
 
A
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
L
 
T
S
 
T
M
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
V
S
 
T
I
 
I
R
 
Q
A
 
A
G
 
Q
I
 
I
L
 
I
D
 
E
L
 
L
I
 
L
R
 
L
D
 
E
L
 
L
S
 
Q
E
 
Q
Q
 
K
M
 
E
H
 
N
F
 
M
S
 
A
C
 
L
I
 
V
Y
 
L
V
 
I
S
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
L
S
 
A
I
 
L
L
 
V
S
 
A
N
 
E
I
 
A
S
 
A
E
 
H
R
 
K
L
 
I
M
 
I
I
 
V
M
 
M
Y
 
Y
L
 
A
G
 
G
R
 
Q
V
 
V
M
 
V
E
 
E
L
 
T
G
 
G
A
 
D
T
 
A
K
 
H
D
 
A
V
 
I
I
 
F
T
 
H
K
 
A
P
 
P
L
 
R
H
 
H
P
 
P
Y
 
Y
A
 
T
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
I
 
L
S
 
R
A
 
A
V
 
L
P
 
P
I
 
E
P
 
F
D
 
A
P
 
Q
E
 
D
Y
 
K
R
 
E
R
 
R
P
 
-
I
 
L
P
 
A
E
 
S
I
 
L
H
 
P
G
 
G
E
 
V
V
 
V
S
 
P
Q
 
G
P
 
K
I
 
Y
D
 
D
P
 
R
P
 
P
P
 
N
G
 
G
C
|
C
R
 
L
F
 
L
Q
x
N
S
 
P
R
 
R
C
|
C
L
 
P
K
 
Y
V
 
A
M
 
T
E
 
D
H
 
R
C
|
C
R
 
R
T
 
A
D
 
E
T
 
E
P
 
P
L
 
A
L
 
L
K
 
N
E
 
M
V
 
L
E
 
A
P
 
D
G
 
G
H
 
R
H
 
Q
V
 
S
A
 
K
C
|
C
H
|
H

8xfcD Cryo-em structure of the atp-bound mtb dppabcd with the d445a mutation of dppa
40% identity, 71% coverage: 33:264/326 of query aligns to 283:514/517 of 8xfcD

query
sites
8xfcD
K
 
R
A
 
A
V
 
V
D
 
D
D
 
G
V
 
V
S
 
S
F
 
F
T
 
R
V
 
L
E
 
P
A
 
R
G
 
A
E
 
S
I
 
T
L
 
L
G
 
A
L
 
I
A
 
V
G
 
G
E
 
E
S
 
S
G
|
G
C
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
 
T
L
 
L
C
 
A
L
 
R
A
 
M
I
 
V
A
 
L
N
 
G
L
 
L
R
 
L
R
 
Q
P
 
P
T
 
T
A
 
S
G
 
G
S
 
T
I
 
V
R
 
V
Y
 
F
Q
 
D
G
 
G
S
 
T
-
 
Y
D
 
D
L
 
V
G
 
G
R
 
A
M
 
L
S
 
A
V
 
R
Q
 
D
E
 
Q
Q
 
V
K
 
L
D
 
A
Y
 
F
R
 
R
R
 
R
K
 
R
V
 
V
Q
 
Q
L
 
P
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
D
 
N
P
 
P
F
 
Y
E
 
S
S
 
S
L
 
L
N
 
D
P
 
P
R
 
M
F
 
Y
T
 
S
V
 
V
Y
 
F
D
 
R
L
 
A
V
 
I
A
 
E
E
 
E
P
 
P
L
 
L
R
 
R
A
 
V
F
 
H
K
 
H
I
 
V
G
 
G
S
 
D
R
 
R
Q
 
R
E
 
Q
K
 
R
R
 
Q
D
 
R
R
 
A
V
 
V
R
 
R
E
 
E
T
 
L
L
 
V
T
 
D
R
 
Q
V
 
V
G
 
A
L
 
L
S
 
-
P
 
P
D
 
S
D
 
S
Y
 
I
L
 
L
D
 
G
R
 
R
Y
 
R
P
 
P
H
 
R
Q
 
E
M
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
A
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
L
 
L
D
 
R
P
 
P
Q
 
E
L
 
V
V
 
L
I
 
V
A
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
L
 
V
S
 
S
M
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
V
S
 
L
I
 
V
R
 
Q
A
 
A
G
 
Q
I
 
I
L
 
L
D
 
D
L
 
L
I
 
L
R
 
A
D
 
D
L
 
L
S
 
Q
E
 
A
Q
 
D
M
 
L
H
 
G
F
 
L
S
 
T
C
 
Y
I
 
L
Y
 
F
V
 
I
S
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
L
S
 
A
I
 
V
L
 
I
S
 
R
N
 
Q
I
 
I
S
 
A
E
 
D
R
 
D
L
 
V
M
 
L
I
 
V
M
 
M
Y
 
R
L
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
V
M
 
V
E
 
E
L
 
H
G
 
A
A
 
S
T
 
T
K
 
E
D
 
E
V
 
V
I
 
F
T
 
S
K
 
R
P
 
P
L
 
R
H
 
H
P
 
E
Y
 
Y
A
 
T
Q
 
R
A
 
Q
L
 
L
I
 
L
S
 
Q
A
 
A
V
 
I
P
 
P

Sites not aligning to the query:

8wdbD Cryo-em structure of the atp-bound dppabcd complex
40% identity, 71% coverage: 33:264/326 of query aligns to 282:513/513 of 8wdbD

query
sites
8wdbD
K
 
R
A
 
A
V
 
V
D
 
D
D
 
G
V
 
V
S
 
S
F
 
F
T
 
R
V
 
L
E
 
P
A
 
R
G
 
A
E
 
S
I
 
T
L
 
L
G
 
A
L
 
I
A
 
V
G
 
G
E
 
E
S
|
S
G
 
G
C
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
C
 
A
L
 
R
A
 
M
I
 
V
A
 
L
N
 
G
L
 
L
R
 
L
R
 
Q
P
 
P
T
 
T
A
 
S
G
 
G
S
 
T
I
 
V
R
 
V
Y
 
F
Q
 
D
G
 
G
S
 
T
-
 
Y
D
 
D
L
 
V
G
 
G
R
 
A
M
 
L
S
 
A
V
 
R
Q
 
D
E
 
Q
Q
 
V
K
 
L
D
 
A
Y
 
F
R
 
R
R
 
R
K
 
R
V
 
V
Q
 
Q
L
 
P
V
 
V
F
 
F
Q
|
Q
D
 
N
P
 
P
F
 
Y
E
 
S
S
 
S
L
 
L
N
 
D
P
 
P
R
 
M
F
 
Y
T
 
S
V
 
V
Y
 
F
D
 
R
L
 
A
V
 
I
A
 
E
E
 
E
P
 
P
L
 
L
R
 
R
A
 
V
F
 
H
K
 
H
I
 
V
G
 
G
S
 
D
R
 
R
Q
 
R
E
 
Q
K
 
R
R
 
Q
D
 
R
R
 
A
V
 
V
R
 
R
E
 
E
T
 
L
L
 
V
T
 
D
R
 
Q
V
 
V
G
 
A
L
 
L
S
 
-
P
 
P
D
 
S
D
 
S
Y
 
I
L
 
L
D
 
G
R
|
R
Y
 
R
P
 
P
H
 
R
Q
x
E
M
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
A
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
L
 
L
D
 
R
P
 
P
Q
 
E
L
 
V
V
 
L
I
 
V
A
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
L
 
V
S
 
S
M
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
V
S
 
L
I
 
V
R
 
Q
A
 
A
G
 
Q
I
 
I
L
 
L
D
 
D
L
 
L
I
 
L
R
 
A
D
 
D
L
 
L
S
 
Q
E
 
A
Q
 
D
M
 
L
H
 
G
F
 
L
S
 
T
C
 
Y
I
 
L
Y
 
F
V
 
I
S
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
L
S
 
A
I
 
V
L
 
I
S
 
R
N
 
Q
I
 
I
S
 
A
E
 
D
R
 
D
L
 
V
M
 
L
I
 
V
M
 
M
Y
 
R
L
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
V
M
 
V
E
 
E
L
 
H
G
 
A
A
 
S
T
 
T
K
 
E
D
 
E
V
 
V
I
 
F
T
 
S
K
 
R
P
 
P
L
 
R
H
 
H
P
 
E
Y
 
Y
A
 
T
Q
 
R
A
 
Q
L
 
L
I
 
L
S
 
Q
A
 
A
V
 
I
P
 
P

Sites not aligning to the query:

Q8RDH4 Dipeptide transport ATP-binding protein DppD; EC 7.4.2.9 from Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (strain DSM 15242 / JCM 11007 / NBRC 100824 / MB4) (Thermoanaerobacter tengcongensis) (see paper)
33% identity, 99% coverage: 3:325/326 of query aligns to 4:319/326 of Q8RDH4

query
sites
Q8RDH4
V
 
I
L
 
I
Q
 
R
V
 
V
E
 
E
N
 
D
L
 
L
K
 
R
Q
 
A
H
 
V
F
 
Y
Y
 
L
L
 
V
Q
 
R
P
 
E
G
 
G
L
 
-
L
 
-
E
 
-
R
 
-
V
 
-
L
 
-
S
 
-
G
 
-
K
 
-
K
 
-
P
 
-
S
 
-
V
 
T
I
 
I
K
 
K
A
 
A
V
 
A
D
 
D
D
 
G
V
 
I
S
 
S
F
 
L
T
 
D
V
 
I
E
 
L
A
 
E
G
 
N
E
 
S
I
 
V
L
 
T
G
 
A
L
 
I
A
 
V
G
 
G
E
 
E
S
 
S
G
x
A
C
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
I
C
 
I
L
 
E
A
 
A
I
 
M
A
 
T
N
 
K
L
 
T
R
 
L
R
 
P
P
 
P
T
x
N
-
 
G
-
 
R
-
 
I
-
 
L
A
 
S
G
 
G
S
 
R
I
 
V
R
 
L
Y
 
Y
Q
 
K
G
 
G
S
 
K
D
 
D
L
 
L
G
 
L
R
 
T
M
 
M
S
 
R
V
 
E
Q
 
E
E
 
E
Q
 
L
K
 
R
D
 
K
Y
 
I
R
 
R
R
 
W
K
 
K
-
 
E
V
 
I
Q
 
A
L
 
L
V
 
V
F
 
P
Q
|
Q
D
 
A
P
 
A
F
 
Q
E
 
Q
S
 
S
L
 
L
N
 
N
P
 
P
R
 
T
F
 
M
T
 
K
V
 
V
Y
 
I
D
 
E
L
 
H
V
 
F
A
 
K
E
 
D
P
 
T
L
 
V
R
 
E
A
 
A
F
 
H
K
 
G
I
 
V
-
 
R
G
 
W
S
 
S
R
 
H
Q
 
S
E
 
E
K
 
L
R
 
I
D
 
E
R
 
K
V
 
A
R
 
S
E
 
E
T
 
K
L
 
L
T
 
R
R
 
M
V
 
V
G
 
R
L
 
L
S
 
N
P
 
P
D
 
E
D
 
A
Y
 
V
L
 
L
D
 
N
R
 
S
Y
 
Y
P
 
P
H
 
L
Q
 
Q
M
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
M
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
L
I
 
I
A
 
A
Q
 
L
A
 
A
L
 
L
V
 
L
L
 
L
D
 
D
P
 
P
Q
 
V
L
 
V
V
 
L
I
 
I
A
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
T
S
 
S
M
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
V
S
 
L
I
 
T
R
 
Q
A
 
A
G
 
H
I
 
I
L
 
I
D
 
Q
L
 
L
I
 
L
R
 
K
D
 
E
L
 
L
S
 
K
E
 
K
Q
 
M
M
 
L
H
 
K
F
 
I
S
 
T
C
 
L
I
 
I
Y
 
F
V
 
V
S
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
I
S
 
A
I
 
V
L
 
A
S
 
A
N
 
E
I
 
L
S
 
A
E
 
D
R
 
K
L
 
V
M
 
A
I
 
V
M
 
I
Y
 
Y
L
 
G
G
 
G
R
 
N
V
 
L
M
 
V
E
 
E
L
 
Y
G
 
N
A
 
S
T
 
T
K
 
F
D
 
Q
V
 
I
I
 
F
T
 
K
K
 
N
P
 
P
L
 
L
H
 
H
P
 
P
Y
 
Y
A
 
T
Q
 
R
A
 
G
L
 
L
I
 
I
S
 
N
A
 
S
V
 
I
P
 
M
I
 
A
P
 
V
D
 
N
P
 
A
E
 
D
Y
 
M
R
 
S
-
 
K
-
 
V
R
 
K
P
 
P
I
 
I
P
 
P
E
 
-
I
 
-
H
 
-
G
 
G
E
 
D
V
 
P
S
 
P
Q
 
S
P
 
L
I
 
L
D
 
N
P
 
P
P
 
P
P
 
S
G
 
G
C
|
C
R
 
R
F
 
F
Q
 
H
S
 
P
R
 
R
C
|
C
L
 
E
K
 
Y
V
 
A
M
 
M
E
 
E
H
 
I
C
|
C
R
 
K
T
 
K
D
 
E
T
 
K
P
 
P
L
 
K
L
 
W
K
 
I
E
 
R
V
 
L
E
 
D
P
 
G
G
 
E
H
 
A
H
 
H
V
 
V
A
 
A
C
|
C
H
 
H
L
 
L
Y
 
Y

4fwiB Crystal structure of the nucleotide-binding domain of a dipeptide abc transporter (see paper)
33% identity, 99% coverage: 3:325/326 of query aligns to 3:308/310 of 4fwiB

query
sites
4fwiB
V
 
I
L
 
I
Q
 
R
V
 
V
E
 
E
N
 
D
L
 
L
K
 
R
Q
 
A
H
 
V
F
x
Y
Y
 
L
L
 
V
Q
 
R
P
 
E
G
 
G
L
 
-
L
 
-
E
 
-
R
 
-
V
 
-
L
 
-
S
 
-
G
 
-
K
 
-
K
 
-
P
 
-
S
 
-
V
 
T
I
 
I
K
 
K
A
 
A
V
 
A
D
 
D
D
 
G
V
 
I
S
 
S
F
 
L
T
 
D
V
 
I
E
 
L
A
 
E
G
 
N
E
 
S
I
 
V
L
 
T
G
 
A
L
 
I
A
 
V
G
 
G
E
 
E
S
|
S
G
x
A
C
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
I
C
 
I
L
 
E
A
 
A
I
 
M
A
 
T
N
 
K
L
 
T
R
 
L
R
 
P
P
 
P
T
x
N
-
 
G
-
 
R
-
 
I
-
 
L
A
 
S
G
 
G
S
 
R
I
 
V
R
 
L
Y
 
Y
Q
 
K
G
 
G
S
 
K
D
 
D
L
 
L
G
 
L
R
 
T
M
 
M
S
 
R
V
 
E
Q
 
E
E
 
E
Q
 
L
K
 
R
D
 
K
Y
 
I
R
 
R
R
 
W
K
 
K
-
 
E
V
 
I
Q
 
A
L
 
L
V
 
V
F
 
P
Q
|
Q
D
 
A
P
 
A
F
 
Q
E
 
Q
S
 
S
L
 
L
N
 
N
P
 
P
R
 
T
F
 
M
T
 
K
V
 
V
Y
 
I
D
 
E
L
 
H
V
 
F
A
 
K
E
 
D
P
 
T
L
 
V
R
 
E
A
 
A
F
 
H
K
 
G
I
 
V
-
 
R
G
 
W
S
 
S
R
 
H
Q
 
S
E
 
E
K
 
L
R
 
I
D
 
E
R
 
K
V
 
A
R
 
S
E
 
E
T
 
K
L
 
L
T
 
R
R
 
M
V
 
V
G
 
R
L
 
L
S
 
N
P
 
P
D
 
E
D
 
A
Y
 
V
L
 
L
D
 
N
R
 
S
Y
 
Y
P
 
P
H
 
L
Q
 
Q
M
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
M
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
L
I
 
I
A
 
A
Q
 
L
A
 
A
L
 
L
V
 
L
L
 
L
D
 
D
P
 
P
Q
 
V
L
 
V
V
 
L
I
 
I
A
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
T
S
 
S
M
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
V
S
 
L
I
 
T
R
 
Q
A
 
A
G
 
H
I
 
I
L
 
I
D
 
Q
L
 
L
I
 
L
R
 
K
D
 
E
L
 
L
S
 
K
E
 
K
Q
 
M
M
 
L
H
 
K
F
 
I
S
 
T
C
 
L
I
 
I
Y
 
F
V
 
V
S
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
I
S
 
A
I
 
V
L
 
A
S
 
A
N
 
E
I
 
L
S
 
A
E
 
D
R
 
K
L
 
V
M
 
A
I
 
V
M
 
I
Y
 
Y
L
 
G
G
 
G
R
 
N
V
 
L
M
 
V
E
 
E
L
 
Y
G
 
N
A
 
S
T
 
T
K
 
F
D
 
Q
V
 
I
I
 
F
T
 
K
K
 
N
P
 
P
L
 
L
H
|
H
P
|
P
Y
 
Y
A
 
T
Q
 
R
A
 
G
L
 
L
I
 
I
S
 
N
A
 
S
V
 
I
P
 
-
I
 
-
P
 
-
D
 
-
P
 
-
E
 
-
Y
 
-
R
 
-
R
 
M
P
 
P
I
 
I
P
 
P
E
 
-
I
 
-
H
 
-
G
 
G
E
 
D
V
 
P
S
 
P
Q
 
S
P
 
L
I
 
L
D
 
N
P
 
P
P
 
P
P
 
S
G
 
G
C
|
C
R
 
R
F
 
F
Q
x
H
S
 
P
R
 
R
C
|
C
L
 
E
K
x
Y
V
 
A
M
 
M
E
 
E
H
 
I
C
|
C
R
 
K
T
 
K
D
 
E
T
 
K
P
 
P
L
 
K
L
 
W
K
 
I
E
 
R
V
 
L
E
 
D
P
 
G
G
 
E
H
 
A
H
 
H
V
 
V
A
 
A
C
|
C
H
|
H
L
 
L
Y
 
Y

P0AAH4 Putrescine export system ATP-binding protein SapD from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
34% identity, 90% coverage: 32:324/326 of query aligns to 20:323/330 of P0AAH4

query
sites
P0AAH4
I
 
V
K
 
K
A
 
A
V
 
V
D
 
D
D
 
R
V
 
V
S
 
S
F
 
M
T
 
T
V
 
L
E
 
T
A
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
I
L
 
R
G
 
G
L
 
L
A
 
V
G
 
G
E
 
E
S
 
S
G
 
G
C
 
S
G
 
G
K
|
K
S
 
S
T
 
L
L
 
I
C
 
A
L
 
K
A
 
A
I
 
I
A
 
C
N
 
G
L
 
V
R
 
N
-
 
K
-
 
D
-
 
N
-
 
W
R
 
R
P
 
V
T
 
T
A
 
A
G
 
D
S
 
R
I
 
M
R
 
R
Y
 
F
Q
 
D
G
 
D
S
 
I
D
 
D
L
 
L
G
 
L
R
 
R
M
 
L
S
 
S
V
 
A
Q
 
R
E
 
E
Q
 
R
K
 
R
D
 
K
Y
 
L
-
 
V
R
 
G
R
 
H
K
 
N
V
 
V
Q
 
S
L
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
D
 
E
P
 
P
F
 
Q
E
 
S
S
 
C
L
 
L
N
 
D
P
 
P
R
 
S
F
 
E
T
 
R
V
 
V
Y
 
G
D
 
R
L
 
Q
V
 
L
A
 
M
E
 
Q
P
 
N
L
 
I
R
 
P
A
 
A
F
 
W
K
 
T
I
 
Y
G
 
K
S
 
G
R
 
R
Q
 
W
E
 
W
K
 
Q
R
 
R
-
 
F
-
 
G
-
 
W
-
 
R
-
 
K
D
 
R
R
 
R
V
 
A
R
 
I
E
 
E
T
 
L
L
 
L
T
 
H
R
 
R
V
 
V
G
 
G
L
 
I
S
 
K
P
 
D
-
 
H
D
 
K
D
 
D
Y
 
A
L
 
M
D
 
R
R
 
S
Y
 
F
P
 
P
H
 
Y
Q
 
E
M
 
L
S
 
T
G
 
E
G
|
G
E
 
E
R
 
C
Q
|
Q
R
 
K
V
 
V
G
 
M
I
 
I
A
 
A
Q
 
I
A
 
A
L
 
L
V
 
A
L
 
N
D
 
Q
P
 
P
Q
 
R
L
 
L
V
 
L
I
 
I
A
 
A
D
|
D
E
 
E
P
 
P
L
 
T
S
 
N
M
 
S
L
 
M
D
 
E
V
 
P
S
 
T
I
 
T
R
 
Q
A
 
A
G
 
Q
I
 
I
L
 
F
D
 
R
L
 
L
I
 
L
R
 
T
D
 
R
L
 
L
S
 
N
E
 
Q
Q
 
N
M
 
S
H
 
N
F
 
T
S
 
T
C
 
I
I
 
L
Y
 
L
V
 
I
S
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
L
S
 
Q
I
 
M
L
 
L
S
 
S
N
 
Q
I
 
W
S
 
A
E
 
D
R
 
K
L
 
I
M
 
N
I
 
V
M
 
L
Y
 
Y
L
 
C
G
 
G
R
 
Q
V
 
T
M
 
V
E
 
E
L
 
T
G
 
A
A
 
P
T
 
S
K
 
K
D
 
E
V
 
L
I
 
V
T
 
T
K
 
M
P
 
P
L
 
H
H
 
H
P
 
P
Y
 
Y
A
 
T
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
I
 
I
S
 
R
A
 
A
V
 
I
P
 
P
-
 
D
-
 
F
-
 
G
-
 
S
-
 
A
I
 
M
P
 
P
D
 
H
P
 
K
E
 
S
Y
 
R
R
 
L
R
 
N
P
 
T
I
 
L
P
 
P
E
 
-
I
 
-
H
 
-
G
 
G
E
 
A
V
 
I
S
 
P
Q
 
L
P
 
L
I
 
E
D
 
Q
P
 
L
P
 
P
P
 
I
G
 
G
C
 
C
R
 
R
F
 
L
Q
 
G
S
 
P
R
 
R
C
 
C
L
 
P
K
 
Y
V
 
A
M
 
Q
E
 
R
H
 
E
C
 
C
R
 
I
T
 
V
D
 
-
T
 
T
P
 
P
L
 
R
L
 
L
K
 
T
E
 
G
V
 
A
E
 
K
P
 
-
G
 
N
H
 
H
H
 
L
V
 
Y
A
 
A
C
 
C
H
 
H
L
 
F

7z18I E. Coli c-p lyase bound to a phnk abc dimer and atp (see paper)
37% identity, 71% coverage: 33:263/326 of query aligns to 17:247/250 of 7z18I

query
sites
7z18I
K
 
K
A
 
G
V
 
F
D
 
S
D
 
D
V
 
V
S
 
S
F
 
F
T
 
D
V
 
L
E
 
W
A
 
P
G
 
G
E
 
E
I
 
V
L
 
L
G
 
G
L
 
I
A
 
V
G
 
G
E
 
E
S
|
S
G
|
G
C
x
S
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
L
C
 
L
L
 
K
A
 
S
I
 
I
A
 
S
N
 
A
L
 
R
R
 
L
R
 
T
P
 
P
T
 
Q
A
 
Q
G
 
G
S
 
E
I
 
I
R
 
H
Y
 
Y
Q
 
E
G
 
N
S
 
R
D
 
S
L
 
L
G
 
Y
R
 
A
M
 
M
S
 
S
V
 
E
Q
 
A
E
 
D
Q
 
R
K
 
R
D
 
R
Y
 
L
-
 
L
R
 
R
R
 
T
K
 
E
V
 
W
Q
 
G
L
 
V
V
 
V
F
 
H
Q
|
Q
D
 
H
P
 
P
F
 
L
E
 
D
S
 
G
L
 
L
N
 
R
P
 
R
R
 
Q
F
 
V
T
 
S
V
 
A
Y
 
G
D
 
G
L
 
N
V
 
I
A
 
G
E
 
E
P
 
R
L
 
L
R
 
M
A
 
A
F
 
T
K
 
G
I
 
A
G
 
R
S
 
H
R
 
Y
Q
 
G
E
 
D
K
 
I
R
 
R
D
 
A
R
 
T
V
 
A
R
 
Q
E
 
K
T
 
W
L
 
L
T
 
E
R
 
E
V
 
V
G
 
E
L
 
I
S
 
-
P
 
P
D
 
A
D
 
N
Y
x
R
L
 
I
D
 
D
R
 
D
Y
 
L
P
 
P
H
 
T
Q
x
T
M
 
F
S
|
S
G
 
G
G
|
G
E
x
M
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
L
G
 
Q
I
 
I
A
 
A
Q
 
R
A
 
N
L
 
L
V
 
V
L
 
T
D
 
H
P
 
P
Q
 
K
L
 
L
V
 
V
I
 
F
A
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
T
S
 
G
M
 
G
L
 
L
D
 
D
V
 
V
S
 
S
I
 
V
R
 
Q
A
 
A
G
 
R
I
 
L
L
 
L
D
 
D
L
 
L
I
 
L
R
 
R
D
 
G
L
 
L
S
 
V
E
 
V
Q
 
E
M
 
L
H
 
N
F
 
L
S
 
A
C
 
V
I
 
V
Y
 
I
V
 
V
S
 
T
H
|
H
D
 
D
L
 
L
S
 
G
I
 
V
L
 
A
S
 
R
N
 
L
I
 
L
S
 
A
E
 
D
R
 
R
L
 
L
M
 
L
I
 
V
M
 
M
Y
 
K
L
 
Q
G
 
G
R
 
Q
V
 
V
M
 
V
E
 
E
L
 
S
G
 
G
A
 
L
T
 
T
K
 
D
D
 
R
V
 
V
I
 
L
T
 
D
K
 
D
P
 
P
L
 
H
H
 
H
P
 
P
Y
 
Y
A
 
T
Q
 
Q
A
 
L
L
 
L
I
 
V
S
 
S
A
 
S
V
 
V

Sites not aligning to the query:

7z15I E. Coli c-p lyase bound to a phnk/phnl dual abc dimer and adp + pi (see paper)
37% identity, 71% coverage: 33:263/326 of query aligns to 17:247/253 of 7z15I

query
sites
7z15I
K
|
K
A
x
G
V
 
F
D
 
S
D
 
D
V
 
V
S
 
S
F
 
F
T
 
D
V
 
L
E
 
W
A
 
P
G
 
G
E
 
E
I
 
V
L
 
L
G
 
G
L
 
I
A
 
V
G
 
G
E
 
E
S
|
S
G
|
G
C
 
S
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
L
C
 
L
L
 
K
A
 
S
I
 
I
A
 
S
N
 
A
L
 
R
R
 
L
R
 
T
P
 
P
T
 
Q
A
 
Q
G
 
G
S
 
E
I
 
I
R
 
H
Y
 
Y
Q
 
E
G
 
N
S
 
R
D
 
S
L
 
L
G
 
Y
R
 
A
M
 
M
S
 
S
V
 
E
Q
 
A
E
 
D
Q
 
R
K
 
R
D
 
R
Y
 
L
-
 
L
R
 
R
R
 
T
K
 
E
V
 
W
Q
 
G
L
 
V
V
 
V
F
 
H
Q
|
Q
D
 
H
P
 
P
F
 
L
E
 
D
S
 
G
L
 
L
N
 
R
P
 
R
R
 
Q
F
 
V
T
 
S
V
 
A
Y
 
G
D
 
G
L
 
N
V
 
I
A
 
G
E
 
E
P
 
R
L
 
L
R
 
M
A
 
A
F
 
T
K
 
G
I
 
A
G
 
R
S
 
H
R
 
Y
Q
 
G
E
 
D
K
 
I
R
 
R
D
 
A
R
 
T
V
 
A
R
 
Q
E
 
K
T
 
W
L
 
L
T
 
E
R
 
E
V
 
V
G
 
E
L
 
I
S
 
-
P
 
P
D
 
A
D
 
N
Y
x
R
L
 
I
D
 
D
R
 
D
Y
 
L
P
 
P
H
 
T
Q
x
T
M
 
F
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
x
M
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
L
G
 
Q
I
 
I
A
 
A
Q
 
R
A
 
N
L
 
L
V
 
V
L
 
T
D
 
H
P
 
P
Q
 
K
L
 
L
V
 
V
I
 
F
A
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
T
S
 
G
M
 
G
L
 
L
D
 
D
V
 
V
S
 
S
I
 
V
R
 
Q
A
 
A
G
 
R
I
 
L
L
 
L
D
 
D
L
 
L
I
 
L
R
 
R
D
 
G
L
 
L
S
 
V
E
 
V
Q
 
E
M
 
L
H
 
N
F
 
L
S
 
A
C
 
V
I
 
V
Y
 
I
V
 
V
S
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
L
S
 
G
I
 
V
L
 
A
S
 
R
N
 
L
I
 
L
S
 
A
E
 
D
R
 
R
L
 
L
M
 
L
I
 
V
M
 
M
Y
 
K
L
 
Q
G
 
G
R
 
Q
V
 
V
M
 
V
E
 
E
L
 
S
G
 
G
A
 
L
T
 
T
K
 
D
D
 
R
V
 
V
I
 
L
T
 
D
K
 
D
P
 
P
L
 
H
H
 
H
P
 
P
Y
 
Y
A
 
T
Q
 
Q
A
 
L
L
 
L
I
 
V
S
 
S
A
 
S
V
 
V

Sites not aligning to the query:

7z16I E. Coli c-p lyase bound to phnk/phnl dual abc dimer with amppnp and phnk e171q mutation (see paper)
36% identity, 71% coverage: 33:263/326 of query aligns to 17:247/250 of 7z16I

query
sites
7z16I
K
|
K
A
 
G
V
 
F
D
 
S
D
 
D
V
 
V
S
 
S
F
 
F
T
 
D
V
 
L
E
 
W
A
 
P
G
 
G
E
 
E
I
 
V
L
 
L
G
 
G
L
 
I
A
 
V
G
 
G
E
 
E
S
|
S
G
|
G
C
x
S
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
L
C
 
L
L
 
K
A
 
S
I
 
I
A
 
S
N
 
A
L
 
R
R
 
L
R
 
T
P
 
P
T
 
Q
A
 
Q
G
 
G
S
 
E
I
 
I
R
 
H
Y
 
Y
Q
 
E
G
 
N
S
 
R
D
 
S
L
 
L
G
 
Y
R
 
A
M
 
M
S
 
S
V
 
E
Q
 
A
E
 
D
Q
 
R
K
 
R
D
 
R
Y
 
L
-
 
L
R
 
R
R
 
T
K
 
E
V
 
W
Q
 
G
L
 
V
V
 
V
F
 
H
Q
 
Q
D
 
H
P
 
P
F
 
L
E
 
D
S
 
G
L
 
L
N
 
R
P
 
R
R
 
Q
F
 
V
T
 
S
V
 
A
Y
 
G
D
 
G
L
 
N
V
 
I
A
 
G
E
 
E
P
 
R
L
 
L
R
 
M
A
 
A
F
 
T
K
 
G
I
 
A
G
 
R
S
 
H
R
 
Y
Q
 
G
E
 
D
K
 
I
R
 
R
D
 
A
R
 
T
V
 
A
R
 
Q
E
 
K
T
 
W
L
 
L
T
 
E
R
 
E
V
 
V
G
 
E
L
 
I
S
 
-
P
 
P
D
 
A
D
 
N
Y
x
R
L
 
I
D
 
D
R
 
D
Y
 
L
P
 
P
H
 
T
Q
x
T
M
 
F
S
|
S
G
 
G
G
|
G
E
x
M
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
L
G
 
Q
I
 
I
A
 
A
Q
 
R
A
 
N
L
 
L
V
 
V
L
 
T
D
 
H
P
 
P
Q
 
K
L
 
L
V
 
V
I
 
F
A
 
M
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
L
 
T
S
 
G
M
 
G
L
 
L
D
 
D
V
 
V
S
 
S
I
 
V
R
 
Q
A
 
A
G
 
R
I
 
L
L
 
L
D
 
D
L
 
L
I
 
L
R
 
R
D
 
G
L
 
L
S
 
V
E
 
V
Q
 
E
M
 
L
H
 
N
F
 
L
S
 
A
C
 
V
I
 
V
Y
 
I
V
 
V
S
 
T
H
|
H
D
 
D
L
 
L
S
 
G
I
 
V
L
 
A
S
 
R
N
 
L
I
 
L
S
 
A
E
 
D
R
 
R
L
 
L
M
 
L
I
 
V
M
 
M
Y
 
K
L
 
Q
G
 
G
R
 
Q
V
 
V
M
 
V
E
 
E
L
 
S
G
 
G
A
 
L
T
 
T
K
 
D
D
 
R
V
 
V
I
 
L
T
 
D
K
 
D
P
 
P
L
 
H
H
 
H
P
 
P
Y
 
Y
A
 
T
Q
 
Q
A
 
L
L
 
L
I
 
V
S
 
S
A
 
S
V
 
V

Sites not aligning to the query:

P30750 Methionine import ATP-binding protein MetN; EC 7.4.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
34% identity, 87% coverage: 31:314/326 of query aligns to 17:286/343 of P30750

query
sites
P30750
V
 
T
I
 
I
K
 
Q
A
 
A
V
 
L
D
 
N
D
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
L
T
 
H
V
 
V
E
 
P
A
 
A
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
L
 
Y
G
 
G
L
 
V
A
 
I
G
 
G
E
 
A
S
|
S
G
|
G
C
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
C
 
I
L
 
R
A
 
C
I
 
V
A
 
N
N
 
L
L
 
L
R
 
E
R
 
R
P
 
P
T
 
T
A
 
E
G
 
G
S
 
S
I
 
V
R
 
L
Y
 
V
Q
 
D
G
 
G
S
 
Q
D
 
E
L
 
L
G
 
T
R
 
T
M
 
L
S
 
S
V
 
E
Q
 
S
E
 
E
Q
 
L
K
 
T
D
 
K
Y
 
A
R
 
R
R
 
R
K
 
Q
V
 
I
Q
 
G
L
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
D
 
H
P
 
-
F
 
F
E
 
N
S
 
L
L
 
L
N
 
S
P
 
S
R
 
R
F
 
-
T
 
T
V
 
V
Y
 
F
D
 
G
L
 
N
V
 
V
A
 
A
E
 
L
P
 
P
L
 
L
R
 
E
A
 
L
F
 
D
K
 
N
I
 
T
G
 
P
S
 
K
R
 
D
Q
 
E
E
 
V
K
 
K
R
 
R
D
 
-
R
 
R
V
 
V
R
 
T
E
 
E
T
 
L
L
 
L
T
 
S
R
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
S
 
G
P
 
-
D
 
-
D
 
D
Y
 
K
L
 
H
D
 
D
R
 
S
Y
 
Y
P
 
P
H
 
S
Q
 
N
M
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
A
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
L
 
S
D
 
N
P
 
P
Q
 
K
L
 
V
V
 
L
I
 
L
A
 
C
D
 
D
E
|
E
P
 
A
L
 
T
S
 
S
M
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
P
S
 
A
I
 
T
R
 
T
A
 
R
G
 
S
I
 
I
L
 
L
D
 
E
L
 
L
I
 
L
R
 
K
D
 
D
L
 
I
S
 
N
E
 
R
Q
 
R
M
 
L
H
 
G
F
 
L
S
 
T
C
 
I
I
 
L
Y
 
L
V
 
I
S
 
T
H
 
H
D
 
E
L
 
M
S
 
D
I
 
V
L
 
V
S
 
K
N
 
R
I
 
I
S
 
C
E
 
D
R
 
C
L
 
V
M
 
A
I
 
V
M
 
I
Y
 
S
L
 
N
G
 
G
R
 
E
V
 
L
M
 
I
E
 
E
L
 
Q
G
 
D
A
 
T
T
 
V
K
 
S
D
 
E
V
 
V
I
 
F
T
 
S
K
 
H
P
 
P
L
 
K
H
 
T
P
 
P
Y
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
K
L
 
F
I
 
I
S
 
Q
A
 
S
V
 
T
P
 
L
I
 
H
P
 
L
D
 
D
P
 
-
E
 
-
Y
 
-
R
 
-
R
 
-
P
 
-
I
 
I
P
 
P
E
 
E
I
 
D
H
 
Y
G
 
Q
E
 
E
V
 
R
S
 
L
Q
 
Q
P
 
A
-
 
E
-
 
P
-
 
F
I
 
T
D
 
D
P
 
C
P
 
V
P
 
P
G
 
M
C
 
L
R
 
R
F
 
L
Q
 
E
S
 
F
R
 
T
C
 
G
L
 
Q
K
 
S
V
|
V
M
 
-
E
 
-
H
 
-
C
 
-
R
 
-
T
 
-
D
|
D
T
x
A
P
|
P
L
|
L
L
|
L
K
 
S
E
 
E
V
 
T

Sites not aligning to the query:

6cvlD Crystal structure of the escherichia coli atpgs-bound metni methionine abc transporter in complex with its metq binding protein (see paper)
34% identity, 87% coverage: 31:314/326 of query aligns to 18:287/344 of 6cvlD

query
sites
6cvlD
V
 
T
I
|
I
K
 
Q
A
 
A
V
 
L
D
 
N
D
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
L
T
 
H
V
 
V
E
 
P
A
 
A
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
L
 
Y
G
 
G
L
 
V
A
 
I
G
 
G
E
 
A
S
|
S
G
|
G
C
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
C
 
I
L
 
R
A
 
C
I
 
V
A
 
N
N
 
L
L
 
L
R
 
E
R
 
R
P
 
P
T
 
T
A
 
E
G
 
G
S
 
S
I
 
V
R
 
L
Y
 
V
Q
 
D
G
 
G
S
 
Q
D
 
E
L
 
L
G
 
T
R
 
T
M
 
L
S
 
S
V
 
E
Q
 
S
E
 
E
Q
 
L
K
 
T
D
 
K
Y
 
A
R
 
R
R
 
R
K
 
Q
V
 
I
Q
 
G
L
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
D
 
H
P
 
-
F
 
F
E
 
N
S
 
L
L
 
L
N
 
S
P
 
S
R
 
R
F
 
-
T
 
T
V
 
V
Y
 
F
D
 
G
L
 
N
V
 
V
A
 
A
E
 
L
P
 
P
L
 
L
R
 
E
A
 
L
F
 
D
K
 
N
I
 
T
G
 
P
S
 
K
R
 
D
Q
 
E
E
 
V
K
 
K
R
 
R
D
 
-
R
 
R
V
 
V
R
 
T
E
 
E
T
 
L
L
 
L
T
 
S
R
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
S
 
G
P
 
-
D
 
-
D
 
D
Y
 
K
L
 
H
D
 
D
R
 
S
Y
 
Y
P
 
P
H
 
S
Q
x
N
M
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
x
Q
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
A
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
L
 
S
D
 
N
P
 
P
Q
 
K
L
 
V
V
 
L
I
 
L
A
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
L
 
T
S
 
S
M
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
P
S
 
A
I
 
T
R
 
T
A
 
R
G
 
S
I
 
I
L
 
L
D
 
E
L
 
L
I
 
L
R
 
K
D
 
D
L
 
I
S
 
N
E
 
R
Q
 
R
M
 
L
H
 
G
F
 
L
S
 
T
C
 
I
I
 
L
Y
 
L
V
 
I
S
 
T
H
|
H
D
 
E
L
 
M
S
 
D
I
 
V
L
 
V
S
 
K
N
 
R
I
 
I
S
 
C
E
 
D
R
 
C
L
 
V
M
 
A
I
 
V
M
 
I
Y
 
S
L
 
N
G
 
G
R
 
E
V
 
L
M
 
I
E
 
E
L
 
Q
G
 
D
A
 
T
T
 
V
K
 
S
D
 
E
V
 
V
I
 
F
T
 
S
K
 
H
P
 
P
L
 
K
H
 
T
P
 
P
Y
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
K
L
 
F
I
 
I
S
 
Q
A
 
S
V
 
T
P
 
L
I
 
H
P
 
L
D
 
D
P
 
-
E
 
-
Y
 
-
R
 
-
R
 
-
P
 
-
I
 
I
P
 
P
E
 
E
I
 
D
H
 
Y
G
 
Q
E
 
E
V
 
R
S
 
L
Q
 
Q
P
 
A
-
 
E
-
 
P
-
 
F
I
 
T
D
 
D
P
 
C
P
 
V
P
 
P
G
 
M
C
 
L
R
 
R
F
 
L
Q
 
E
S
 
F
R
 
T
C
 
G
L
 
Q
K
 
S
V
 
V
M
 
-
E
 
-
H
 
-
C
 
-
R
 
-
T
 
-
D
 
D
T
 
A
P
 
P
L
 
L
L
 
L
K
 
S
E
 
E
V
 
T

Sites not aligning to the query:

3tuzC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 semet soak crystal form (see paper)
34% identity, 87% coverage: 31:314/326 of query aligns to 18:287/344 of 3tuzC

query
sites
3tuzC
V
 
T
I
 
I
K
 
Q
A
 
A
V
 
L
D
 
N
D
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
L
T
 
H
V
 
V
E
 
P
A
 
A
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
L
 
Y
G
 
G
L
 
V
A
 
I
G
 
G
E
 
A
S
 
S
G
|
G
C
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
C
 
I
L
 
R
A
 
C
I
 
V
A
 
N
N
 
L
L
 
L
R
 
E
R
 
R
P
 
P
T
 
T
A
 
E
G
 
G
S
 
S
I
 
V
R
 
L
Y
 
V
Q
 
D
G
 
G
S
 
Q
D
 
E
L
 
L
G
 
T
R
 
T
M
 
L
S
 
S
V
 
E
Q
 
S
E
 
E
Q
 
L
K
 
T
D
 
K
Y
 
A
R
 
R
R
 
R
K
 
Q
V
 
I
Q
 
G
L
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
D
 
H
P
 
-
F
 
F
E
 
N
S
 
L
L
 
L
N
 
S
P
 
S
R
 
R
F
 
-
T
 
T
V
 
V
Y
 
F
D
 
G
L
 
N
V
 
V
A
 
A
E
 
L
P
 
P
L
 
L
R
 
E
A
 
L
F
 
D
K
 
N
I
 
T
G
 
P
S
 
K
R
 
D
Q
 
E
E
 
V
K
 
K
R
 
R
D
 
-
R
 
R
V
 
V
R
 
T
E
 
E
T
 
L
L
 
L
T
 
S
R
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
S
 
G
P
 
-
D
 
-
D
 
D
Y
 
K
L
 
H
D
 
D
R
 
S
Y
 
Y
P
 
P
H
 
S
Q
 
N
M
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
A
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
L
 
S
D
 
N
P
 
P
Q
 
K
L
 
V
V
 
L
I
 
L
A
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
L
 
T
S
 
S
M
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
P
S
 
A
I
 
T
R
 
T
A
 
R
G
 
S
I
 
I
L
 
L
D
 
E
L
 
L
I
 
L
R
 
K
D
 
D
L
 
I
S
 
N
E
 
R
Q
 
R
M
 
L
H
 
G
F
 
L
S
 
T
C
 
I
I
 
L
Y
 
L
V
 
I
S
 
T
H
 
H
D
 
E
L
 
M
S
 
D
I
 
V
L
 
V
S
 
K
N
 
R
I
 
I
S
 
C
E
 
D
R
 
C
L
 
V
M
 
A
I
 
V
M
 
I
Y
 
S
L
 
N
G
 
G
R
 
E
V
 
L
M
 
I
E
 
E
L
 
Q
G
 
D
A
 
T
T
 
V
K
 
S
D
 
E
V
 
V
I
 
F
T
 
S
K
 
H
P
 
P
L
 
K
H
 
T
P
 
P
Y
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
K
L
 
F
I
 
I
S
 
Q
A
 
S
V
 
T
P
 
L
I
 
H
P
 
L
D
 
D
P
 
-
E
 
-
Y
 
-
R
 
-
R
 
-
P
 
-
I
 
I
P
 
P
E
 
E
I
 
D
H
 
Y
G
 
Q
E
 
E
V
 
R
S
 
L
Q
 
Q
P
 
A
-
 
E
-
 
P
-
 
F
I
 
T
D
 
D
P
 
C
P
 
V
P
 
P
G
 
M
C
 
L
R
 
R
F
 
L
Q
 
E
S
x
F
R
 
T
C
 
G
L
 
Q
K
 
S
V
|
V
M
 
-
E
 
-
H
 
-
C
 
-
R
 
-
T
 
-
D
 
D
T
x
A
P
|
P
L
|
L
L
|
L
K
 
S
E
 
E
V
 
T

Sites not aligning to the query:

3tuiC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 native crystal form (see paper)
34% identity, 87% coverage: 31:314/326 of query aligns to 18:287/344 of 3tuiC

query
sites
3tuiC
V
 
T
I
 
I
K
 
Q
A
 
A
V
 
L
D
 
N
D
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
L
T
 
H
V
 
V
E
 
P
A
 
A
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
L
 
Y
G
 
G
L
 
V
A
 
I
G
 
G
E
 
A
S
 
S
G
|
G
C
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
C
 
I
L
 
R
A
 
C
I
 
V
A
 
N
N
 
L
L
 
L
R
 
E
R
 
R
P
 
P
T
 
T
A
 
E
G
 
G
S
 
S
I
 
V
R
 
L
Y
 
V
Q
 
D
G
 
G
S
 
Q
D
 
E
L
 
L
G
 
T
R
 
T
M
 
L
S
 
S
V
 
E
Q
 
S
E
 
E
Q
 
L
K
 
T
D
 
K
Y
 
A
R
 
R
R
 
R
K
 
Q
V
 
I
Q
 
G
L
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
D
 
H
P
 
-
F
 
F
E
 
N
S
 
L
L
 
L
N
 
S
P
 
S
R
 
R
F
 
-
T
 
T
V
 
V
Y
 
F
D
 
G
L
 
N
V
 
V
A
 
A
E
 
L
P
 
P
L
 
L
R
 
E
A
 
L
F
 
D
K
 
N
I
 
T
G
 
P
S
 
K
R
 
D
Q
 
E
E
 
V
K
 
K
R
 
R
D
 
-
R
 
R
V
 
V
R
 
T
E
 
E
T
 
L
L
 
L
T
 
S
R
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
S
 
G
P
 
-
D
 
-
D
 
D
Y
 
K
L
 
H
D
 
D
R
 
S
Y
 
Y
P
 
P
H
 
S
Q
 
N
M
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
A
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
L
 
S
D
 
N
P
 
P
Q
 
K
L
 
V
V
 
L
I
 
L
A
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
L
 
T
S
 
S
M
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
P
S
 
A
I
 
T
R
 
T
A
 
R
G
 
S
I
 
I
L
 
L
D
 
E
L
 
L
I
 
L
R
 
K
D
 
D
L
 
I
S
 
N
E
 
R
Q
 
R
M
 
L
H
 
G
F
 
L
S
 
T
C
 
I
I
 
L
Y
 
L
V
 
I
S
 
T
H
 
H
D
 
E
L
 
M
S
 
D
I
 
V
L
 
V
S
 
K
N
 
R
I
 
I
S
 
C
E
 
D
R
 
C
L
 
V
M
 
A
I
 
V
M
 
I
Y
 
S
L
 
N
G
 
G
R
 
E
V
 
L
M
 
I
E
 
E
L
 
Q
G
 
D
A
 
T
T
 
V
K
 
S
D
 
E
V
 
V
I
 
F
T
 
S
K
 
H
P
 
P
L
 
K
H
 
T
P
 
P
Y
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
K
L
 
F
I
 
I
S
 
Q
A
 
S
V
 
T
P
 
L
I
 
H
P
 
L
D
 
D
P
 
-
E
 
-
Y
 
-
R
 
-
R
 
-
P
 
-
I
 
I
P
 
P
E
 
E
I
 
D
H
 
Y
G
 
Q
E
 
E
V
 
R
S
 
L
Q
 
Q
P
 
A
-
 
E
-
 
P
-
 
F
I
 
T
D
 
D
P
 
C
P
 
V
P
 
P
G
 
M
C
 
L
R
 
R
F
 
L
Q
 
E
S
 
F
R
 
T
C
 
G
L
 
Q
K
 
S
V
 
V
M
 
-
E
 
-
H
 
-
C
 
-
R
 
-
T
 
-
D
 
D
T
 
A
P
 
P
L
 
L
L
 
L
K
 
S
E
 
E
V
 
T

Sites not aligning to the query:

2d62A Crystal structure of multiple sugar binding transport atp-binding protein
34% identity, 72% coverage: 32:265/326 of query aligns to 19:248/375 of 2d62A

query
sites
2d62A
I
 
V
K
 
T
A
 
A
V
 
V
D
 
K
D
 
D
V
 
L
S
 
S
F
 
L
T
 
E
V
 
I
E
 
K
A
 
D
G
 
G
E
 
E
I
 
F
L
 
L
G
 
V
L
 
L
A
 
L
G
 
G
E
 
P
S
 
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
C
 
L
L
 
R
A
 
M
I
 
I
A
 
A
N
 
G
L
 
L
R
 
E
R
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
R
G
 
G
S
 
Q
I
 
I
R
 
Y
Y
 
I
Q
 
E
G
 
D
S
 
N
D
 
-
L
 
-
G
 
-
R
 
-
M
 
L
S
 
V
V
 
A
Q
 
D
E
 
P
Q
 
E
K
 
K
D
 
G
Y
 
V
-
 
F
-
 
V
-
 
P
-
 
P
-
 
K
R
 
E
R
 
R
K
 
D
V
 
V
Q
 
A
L
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
D
 
S
P
 
-
F
 
-
E
 
Y
S
 
A
L
 
L
N
 
Y
P
 
P
R
 
H
F
 
M
T
 
T
V
 
V
Y
 
Y
D
 
D
L
 
N
V
 
I
A
 
A
E
 
F
P
 
P
L
 
L
R
 
K
A
 
L
F
 
R
K
 
K
I
 
V
G
 
-
S
 
P
R
 
K
Q
 
Q
E
 
E
K
 
I
R
 
D
D
 
K
R
 
R
V
 
V
R
 
R
E
 
E
T
 
V
L
 
A
T
 
E
R
 
M
V
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
T
P
 
-
D
 
-
D
 
E
Y
 
L
L
 
L
D
 
N
R
 
R
Y
 
K
P
 
P
H
 
R
Q
 
E
M
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
L
A
 
G
Q
 
R
A
 
A
L
 
I
V
 
I
L
 
R
D
 
R
P
 
P
Q
 
K
L
 
V
V
 
F
I
 
L
A
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
L
S
 
S
M
 
N
L
 
L
D
 
D
V
 
A
S
 
K
I
 
L
R
 
R
A
 
V
G
 
K
I
 
M
L
 
R
D
 
A
L
 
E
I
 
L
R
 
K
D
 
K
L
 
L
S
 
Q
E
 
R
Q
 
Q
M
 
L
H
 
G
F
 
V
S
 
T
C
 
T
I
 
I
Y
 
Y
V
 
V
S
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
Q
S
 
V
I
 
E
L
 
A
S
 
M
N
 
T
I
 
M
S
 
G
E
 
D
R
 
R
L
 
I
M
 
A
I
 
V
M
 
M
Y
 
N
L
 
K
G
 
G
R
 
E
V
 
L
M
 
Q
E
 
Q
L
 
V
G
 
G
A
 
T
T
 
P
K
 
D
D
 
E
V
 
V
I
 
Y
T
 
Y
K
 
K
P
 
P
L
 
V
H
 
N
P
 
T
Y
 
F
A
 
V
Q
 
A
A
 
G
L
 
F
I
 
I
S
 
G
A
 
S
V
 
P
P
 
P
I
 
M

Query Sequence

>WP_084057261.1 NCBI__GCF_900176285.1:WP_084057261.1
MAVLQVENLKQHFYLQPGLLERVLSGKKPSVIKAVDDVSFTVEAGEILGLAGESGCGKST
LCLAIANLRRPTAGSIRYQGSDLGRMSVQEQKDYRRKVQLVFQDPFESLNPRFTVYDLVA
EPLRAFKIGSRQEKRDRVRETLTRVGLSPDDYLDRYPHQMSGGERQRVGIAQALVLDPQL
VIADEPLSMLDVSIRAGILDLIRDLSEQMHFSCIYVSHDLSILSNISERLMIMYLGRVME
LGATKDVITKPLHPYAQALISAVPIPDPEYRRPIPEIHGEVSQPIDPPPGCRFQSRCLKV
MEHCRTDTPLLKEVEPGHHVACHLYA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory