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P13650 Quinoprotein glucose dehydrogenase B; Glucose dehydrogenase B [pyrroloquinoline-quinone]; Soluble glucose dehydrogenase; s-GDH; EC 1.1.5.2 from Acinetobacter calcoaceticus (see paper)
28% identity, 77% coverage: 108:474/479 of query aligns to 11:455/478 of P13650

query
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P13650

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Q100 (= Q190) binding D-glucose
D167 (≠ H255) binding D-glucose
Q192 (vs. gap) binding D-glucose
R252 (= R325) binding D-glucose
G271 (= G345) binding Ca(2+)
P272 (= P346) binding Ca(2+)
E277 (= E351) binding Ca(2+)
Y287 (= Y361) binding Ca(2+)
A293 (vs. gap) binding Ca(2+)
Y295 (vs. gap) binding Ca(2+)
D297 (vs. gap) binding Ca(2+)
E333 (≠ K380) binding Ca(2+)
Y367 (vs. gap) binding pyrroloquinoline quinone
T372 (≠ S396) binding pyrroloquinoline quinone
K401 (≠ R423) binding pyrroloquinoline quinone

8re0A Quinoprotein glucose dehydrogenase B (see paper)
29% identity, 72% coverage: 130:474/479 of query aligns to 13:431/452 of 8re0A

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8re0A

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binding 3-(3,5-dicarboxy-1~{H}-pyrrol-2-yl)pyridine-2,4,6-tricarboxylic acid: R228 (= R325), Q231 (= Q328), Q246 (≠ H344), T348 (≠ S396), L376 (= L422), K377 (≠ R423), R406 (= R449), R408 (= R451)
binding calcium ion: G247 (= G345), P248 (= P346), E253 (= E351), Y263 (= Y361), A269 (vs. gap), Y271 (vs. gap), D273 (vs. gap), E309 (≠ K380)

5minB Apo form of the soluble pqq-dependent glucose dehydrogenase from acinetobacter calcoaceticus
29% identity, 72% coverage: 130:474/479 of query aligns to 13:431/453 of 5minB

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1cruA Soluble quinoprotein glucose dehydrogenase from acinetobacter calcoaceticus in complex with pqq and methylhydrazine (see paper)
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binding calcium ion: G245 (= G345), P246 (= P346), E251 (= E351), Y261 (= Y361), A267 (vs. gap), Y269 (vs. gap), D271 (vs. gap), E307 (≠ K380)
binding methylhydrazine: Y341 (vs. gap), W344 (= W393)
binding pyrroloquinoline quinone: Q76 (= Q190), H142 (= H256), R226 (= R325), N227 (= N326), Q244 (≠ H344), Y341 (vs. gap), T346 (≠ S396), A348 (= A398), L374 (= L422), K375 (≠ R423), R404 (= R449), R406 (= R451)

1cq1A Soluble quinoprotein glucose dehydrogenase from acinetobacter calcoaceticus in complex with pqqh2 and glucose (see paper)
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active site: H138 (= H256), D157 (≠ E275), R222 (= R325), A263 (vs. gap), Y265 (vs. gap), D267 (vs. gap), E303 (≠ K380)
binding beta-D-glucopyranose: D137 (≠ H255), H138 (= H256), Q162 (vs. gap), Y337 (vs. gap)
binding calcium ion: G241 (= G345), P242 (= P346), E247 (= E351), Y257 (= Y361), A263 (vs. gap), Y265 (vs. gap), D267 (vs. gap), E303 (≠ K380)
binding pyrroloquinoline quinone: Q76 (= Q190), H138 (= H256), R222 (= R325), N223 (= N326), Q240 (≠ H344), Y337 (vs. gap), T342 (≠ S396), A344 (= A398), L370 (= L422), K371 (≠ R423), R400 (= R449), R402 (= R451)

1c9uA Crystal structure of the soluble quinoprotein glucose dehydrogenase in complex with pqq (see paper)
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active site: H138 (= H256), D157 (≠ E275), R222 (= R325), A263 (vs. gap), Y265 (vs. gap), D267 (vs. gap), E303 (≠ K380)
binding calcium ion: R222 (= R325), G241 (= G345), P242 (= P346), E247 (= E351), Y257 (= Y361), A263 (vs. gap), Y265 (vs. gap), D267 (vs. gap), E303 (≠ K380)
binding pyrroloquinoline quinone: Q76 (= Q190), H138 (= H256), R222 (= R325), N223 (= N326), Q240 (≠ H344), Y337 (vs. gap), W340 (= W393), T342 (≠ S396), L370 (= L422), K371 (≠ R423), R400 (= R449), R402 (= R451)

7pgmB Hhip-c in complex with heparin (see paper)
24% identity, 30% coverage: 192:333/479 of query aligns to 70:213/427 of 7pgmB

query
sites
7pgmB

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binding 2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid: K131 (≠ H255)

Sites not aligning to the query:

7pgnB Hhp-c in complex with glycosaminoglycan mimic sos (see paper)
24% identity, 30% coverage: 192:333/479 of query aligns to 70:218/438 of 7pgnB

query
sites
7pgnB

G

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binding calcium ion: D211 (≠ N326)
binding 2,3,4,6-tetra-O-sulfonato-alpha-D-glucopyranose: R130 (= R254), K131 (≠ H255)

Sites not aligning to the query:

7pgnA Hhp-c in complex with glycosaminoglycan mimic sos (see paper)
24% identity, 30% coverage: 192:333/479 of query aligns to 71:219/437 of 7pgnA

query
sites
7pgnA

G

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A

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binding 1,3,4,6-tetra-O-sulfo-beta-D-fructofuranose: K132 (≠ H255)

Sites not aligning to the query:

2wfxB Crystal structure of the complex between human hedgehog-interacting protein hip and sonic hedgehog in the presence of calcium (see paper)
24% identity, 30% coverage: 192:333/479 of query aligns to 67:213/417 of 2wfxB

query
sites
2wfxB

G

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D

binding zinc ion: D158 (vs. gap)

Sites not aligning to the query:

binding zinc ion: 417

Query Sequence

>WP_084596050.1 NCBI__GCF_000769915.1:WP_084596050.1
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GSIPAHNPFKDKNGKPTSLYCYGNRNPQSLAINPFTKELWETEHGPRGGDEINIITPGTN
YGWPLVSYGINYNGEVITDKTEAPGIQDPLHYWIPSIAPSGMAFVTSDVYKPWKGALLVG
SLRFKYLNLCYLDGAKVTHEEKLLKNIGRLRDVRQGPDGYIYVAVEDTDASVLRLIPVQ

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory