SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_084934353.1 NCBI__GCF_002095475.1:WP_084934353.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

4ymtC Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines (see paper)
33% identity, 98% coverage: 1:226/231 of query aligns to 1:215/215 of 4ymtC

query
sites
4ymtC
M
 
M
A
 
T
L
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
L
S
 
S
V
 
M
I
 
V
T
 
-
G
 
-
H
 
K
Y
 
Y
G
 
T
Q
 
P
M
 
L
I
 
F
V
 
I
D
 
S
G
 
G
T
 
L
V
 
I
V
 
M
T
 
T
L
 
L
E
 
K
L
 
L
A
 
T
L
 
F
G
 
L
A
 
A
W
 
V
L
 
T
L
 
I
A
 
G
M
 
V
A
 
L
I
 
M
A
 
G
L
 
L
L
 
F
L
 
I
V
 
A
V
 
L
I
 
M
R
 
K
L
 
M
T
 
S
E
 
S
-
 
I
N
 
K
P
 
P
I
 
I
A
 
K
V
 
L
G
 
-
L
 
V
V
 
A
K
 
S
A
 
S
Y
 
Y
V
 
I
S
 
E
Y
 
V
H
 
I
R
 
R
N
 
G
V
 
T
P
|
P
T
x
L
L
 
L
I
 
V
Q
 
Q
L
 
L
M
 
L
M
 
L
W
 
I
Y
 
Y
F
 
N
A
 
G
I
 
L
P
 
-
T
 
-
L
 
-
L
 
-
P
 
-
E
 
M
S
 
Q
V
 
F
Q
 
G
M
 
M
A
 
N
I
 
I
V
 
P
D
 
A
F
 
F
N
 
T
A
 
A
E
 
-
F
 
-
L
 
-
F
 
-
S
 
G
L
 
V
I
 
S
A
 
A
L
 
L
G
 
A
L
 
I
C
x
N
Q
 
S
A
 
S
A
 
A
Y
|
Y
F
 
V
S
 
A
E
 
E
D
 
I
I
 
I
R
 
R
S
 
A
G
 
G
L
 
I
R
 
Q
A
 
A
I
 
V
P
 
D
D
 
P
G
 
G
Q
 
Q
N
 
N
E
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
S
L
 
L
G
 
G
M
 
M
S
 
T
Y
 
H
V
 
A
R
 
M
A
 
A
M
 
M
R
 
R
S
 
Y
V
 
V
I
 
I
L
 
I
P
 
P
Q
 
Q
G
 
A
V
 
I
R
 
K
N
 
N
A
 
I
L
 
L
P
 
P
S
 
A
V
 
L
V
 
G
N
 
N
H
x
E
T
 
F
V
 
I
L
 
V
L
x
M
F
 
L
K
|
K
N
x
E
T
 
S
S
 
A
L
 
I
A
 
V
M
 
S
V
 
V
I
 
I
G
 
G
V
 
F
A
 
A
D
 
D
L
 
L
T
 
T
Y
 
R
V
 
Q
T
 
A
R
 
D
D
 
I
I
 
I
E
 
Q
N
 
S
Q
 
V
T
 
T
F
 
Y
R
 
R
T
 
Y
F
 
F
E
 
E
S
 
P
Y
 
Y
L
 
I
V
 
I
A
 
I
T
 
A
V
 
A
G
 
I
Y
 
Y
L
 
F
F
 
V
F
 
M
S
 
T
L
 
L
L
 
T
L
 
F
M
 
S
G
 
K
L
 
L
G
 
L
A
 
S
L
 
L
L
 
F
A
 
E
R
 
R
R
 
R
F
 
L
Q
 
R

4ymwC Crystal structure of an amino acid abc transporter with histidines (see paper)
33% identity, 97% coverage: 1:224/231 of query aligns to 1:213/214 of 4ymwC

query
sites
4ymwC
M
 
M
A
 
T
L
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
L
S
 
S
V
 
M
I
 
V
T
 
-
G
 
-
H
 
K
Y
 
Y
G
 
T
Q
 
P
M
 
L
I
 
F
V
 
I
D
 
S
G
 
G
T
 
L
V
 
I
V
 
M
T
 
T
L
 
L
E
 
K
L
 
L
A
 
T
L
 
F
G
 
L
A
 
A
W
 
V
L
 
T
L
 
I
A
 
G
M
 
V
A
 
L
I
 
M
A
 
G
L
 
L
L
 
F
L
 
I
V
 
A
V
 
L
I
 
M
R
 
K
L
 
M
T
 
S
E
 
S
-
 
I
N
 
K
P
 
P
I
 
I
A
 
K
V
 
L
G
 
-
L
 
V
V
 
A
K
 
S
A
 
S
Y
 
Y
V
 
I
S
 
E
Y
 
V
H
 
I
R
 
R
N
 
G
V
 
T
P
 
P
T
 
L
L
 
L
I
 
V
Q
 
Q
L
 
L
M
 
L
M
 
L
W
 
I
Y
 
Y
F
 
N
A
 
G
I
 
L
P
 
-
T
 
-
L
 
-
L
 
-
P
 
-
E
 
M
S
 
Q
V
 
F
Q
 
G
M
 
M
A
 
N
I
 
I
V
 
P
D
 
A
F
 
F
N
 
T
A
 
A
E
 
-
F
 
-
L
 
-
F
 
-
S
 
G
L
 
V
I
 
S
A
 
A
L
 
L
G
 
A
L
 
I
C
x
N
Q
 
S
A
 
S
A
 
A
Y
|
Y
F
 
V
S
 
A
E
 
E
D
 
I
I
 
I
R
 
R
S
 
A
G
 
G
L
 
I
R
 
Q
A
 
A
I
 
V
P
 
D
D
 
P
G
 
G
Q
 
Q
N
 
N
E
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
S
L
 
L
G
 
G
M
 
M
S
 
T
Y
 
H
V
 
A
R
 
M
A
 
A
M
 
M
R
 
R
S
 
Y
V
 
V
I
 
I
L
 
I
P
 
P
Q
 
Q
G
 
A
V
 
I
R
 
K
N
 
N
A
 
I
L
 
L
P
 
P
S
 
A
V
 
L
V
 
G
N
 
N
H
x
E
T
 
F
V
 
I
L
 
V
L
 
M
F
 
L
K
 
K
N
x
E
T
 
S
S
 
A
L
 
I
A
 
V
M
 
S
V
 
V
I
 
I
G
 
G
V
 
F
A
 
A
D
 
D
L
 
L
T
 
T
Y
 
R
V
 
Q
T
 
A
R
 
D
D
 
I
I
 
I
E
 
Q
N
 
S
Q
 
V
T
 
T
F
 
Y
R
 
R
T
 
Y
F
 
F
E
 
E
S
 
P
Y
 
Y
L
 
I
V
 
I
A
 
I
T
 
A
V
 
A
G
 
I
Y
 
Y
L
 
F
F
 
V
F
 
M
S
 
T
L
 
L
L
 
T
L
 
F
M
 
S
G
 
K
L
 
L
G
 
L
A
 
S
L
 
L
L
 
F
A
 
E
R
 
R
R
 
R

Query Sequence

>WP_084934353.1 NCBI__GCF_002095475.1:WP_084934353.1
MALDFSSVITGHYGQMIVDGTVVTLELALGAWLLAMAIALLLVVIRLTENPIAVGLVKAY
VSYHRNVPTLIQLMMWYFAIPTLLPESVQMAIVDFNAEFLFSLIALGLCQAAYFSEDIRS
GLRAIPDGQNEAARALGMSYVRAMRSVILPQGVRNALPSVVNHTVLLFKNTSLAMVIGVA
DLTYVTRDIENQTFRTFESYLVATVGYLFFSLLLMGLGALLARRFQRVYAR

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory