SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_085121159.1 NCBI__GCF_900177295.1:WP_085121159.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

Q07607 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; Protein MosA; EC 4.3.3.7 from Rhizobium meliloti (Ensifer meliloti) (Sinorhizobium meliloti) (see paper)
38% identity, 91% coverage: 8:279/299 of query aligns to 2:274/292 of Q07607

query
sites
Q07607
L
 
F
S
 
E
G
 
G
L
 
S
F
 
I
T
 
T
A
 
A
L
 
L
V
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
F
Q
 
-
A
 
A
D
 
D
G
 
D
S
 
R
L
 
I
D
 
D
R
 
E
A
 
V
A
 
A
L
 
L
T
 
H
A
 
D
L
 
L
V
 
V
E
 
E
R
 
W
Q
 
Q
I
 
I
A
 
E
A
 
E
G
 
G
A
 
S
A
 
F
G
 
G
V
 
L
V
 
V
P
 
P
I
 
C
G
 
G
G
 
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
Y
 
S
P
 
P
A
 
T
L
 
L
S
 
S
R
 
K
A
 
S
E
 
E
R
 
H
A
 
E
E
 
Q
V
 
V
V
 
V
R
 
E
L
 
I
C
 
T
V
 
I
E
 
K
A
 
T
A
 
A
G
 
N
G
 
G
R
 
R
-
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
I
P
 
A
G
 
G
V
 
A
L
 
G
S
 
S
T
 
N
G
 
S
F
 
T
A
 
A
D
 
E
A
 
A
V
 
I
E
 
A
A
 
F
G
 
V
R
 
R
D
 
H
F
 
A
A
 
Q
A
 
N
A
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
A
 
G
V
 
V
M
 
L
T
 
I
V
 
V
T
 
S
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
N
A
 
K
G
 
P
P
 
T
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
M
 
I
R
 
Y
R
 
Q
Y
 
H
F
 
F
K
 
K
E
 
A
Y
 
I
R
 
D
D
 
A
A
 
A
V
 
S
G
 
T
L
 
I
P
 
P
V
 
I
L
 
I
L
 
V
Y
 
Y
E
 
N
I
 
I
P
 
P
R
 
G
R
 
R
T
 
S
T
 
A
V
 
I
A
 
E
M
 
I
K
 
H
A
 
V
E
 
E
T
 
T
I
 
L
Q
 
A
A
 
R
M
 
I
A
 
F
E
 
E
D
 
D
G
 
C
-
 
P
S
 
N
I
 
V
I
 
K
G
 
G
M
 
V
K
|
K
Y
 
D
S
 
A
S
 
T
Y
 
G
D
 
N
L
 
L
-
 
L
-
 
R
P
 
P
E
 
S
F
 
L
I
 
E
R
 
R
V
 
M
I
 
A
R
 
-
L
 
-
A
 
C
G
 
G
S
 
E
K
 
D
M
 
F
A
 
N
V
 
L
L
 
L
S
 
T
G
 
G
E
 
E
E
 
D
P
 
G
L
 
T
F
 
A
A
 
L
T
 
G
H
 
Y
M
 
M
A
 
A
L
 
H
G
 
G
A
 
G
R
 
H
G
 
G
G
 
C
V
 
I
L
 
S
A
 
V
T
 
T
A
 
A
N
 
N
V
 
V
Y
 
A
P
 
P
E
 
A
R
 
L
W
 
C
I
 
A
E
 
D
V
 
F
L
 
Q
E
 
Q
L
 
A
A
 
C
G
 
L
K
 
N
G
 
G
G
 
D
L
 
F
R
 
A
D
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
K
R
 
L
Q
 
Q
A
 
D
D
 
R
L
 
L
D
 
M
E
 
P
L
 
L
A
 
H
T
 
R
A
 
A
V
 
L
F
 
F
A
 
L
E
 
E
V
 
T
N
 
N
P
 
P
G
 
A
P
 
G
L
 
A
K
 
K
R
 
Y
Y
 
A
M
 
L
A
 
Q
M
 
R
A
 
L
G
 
G
M
 
R
P
 
M
V
 
R
G
 
G
G
 
D
V
 
L
R
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
L
V
 
V
E
 
T
P
 
I
S
 
S

4dxvA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii complexed with mg and cl ions at 1.80 a resolution
35% identity, 90% coverage: 8:275/299 of query aligns to 2:270/291 of 4dxvA

query
sites
4dxvA
L
 
I
S
 
Q
G
 
G
L
 
S
F
 
I
T
 
V
A
 
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
M
Q
 
L
A
 
K
D
 
D
G
 
G
S
 
G
L
 
V
D
 
D
R
 
W
A
 
K
A
 
S
L
 
L
T
 
E
A
 
K
L
 
L
V
 
V
E
 
E
R
 
W
Q
 
H
I
 
I
A
 
E
A
 
Q
G
 
G
A
 
T
A
 
N
G
 
S
V
 
I
V
 
V
P
 
A
I
 
V
G
 
G
G
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
Y
 
A
P
 
S
A
 
T
L
 
L
S
 
S
R
 
M
A
 
E
E
 
E
R
 
H
A
 
T
E
 
Q
V
 
V
V
 
I
R
 
K
L
 
E
C
 
I
V
 
I
E
 
R
A
 
V
A
 
A
G
 
N
G
 
K
R
 
R
-
 
I
P
 
P
V
 
I
I
 
I
P
 
A
G
 
G
V
 
T
L
 
G
S
 
A
T
 
N
G
 
S
F
 
T
A
 
R
D
 
E
A
 
A
V
 
I
E
 
E
A
 
L
G
 
T
R
 
K
D
 
A
F
 
A
A
 
K
A
 
D
A
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
D
A
 
A
V
 
A
M
 
L
T
 
L
V
 
V
T
|
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
A
 
N
A
 
K
G
 
P
P
 
T
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
M
 
L
R
 
Y
R
 
Q
Y
 
H
F
 
Y
K
 
K
E
 
A
Y
 
I
R
 
A
D
 
E
A
 
A
V
 
V
G
 
E
L
 
L
P
 
P
V
 
L
L
 
I
L
 
L
Y
|
Y
E
x
N
I
x
V
P
|
P
R
 
G
R
|
R
T
|
T
T
 
G
V
 
V
A
 
D
M
 
L
K
 
S
A
 
N
E
 
D
T
 
T
I
 
A
Q
 
V
A
 
R
M
 
L
A
 
A
E
 
E
D
 
I
G
 
P
S
 
N
I
 
I
I
 
V
G
 
G
M
 
I
K
|
K
Y
 
D
S
 
A
S
 
T
Y
 
G
D
 
D
L
 
V
P
 
P
E
 
R
F
 
G
I
 
K
R
 
A
V
 
L
I
 
I
R
 
D
L
 
A
A
 
L
G
 
N
S
 
G
K
 
K
M
 
M
A
 
A
V
 
V
L
 
Y
S
 
S
G
 
G
E
 
D
E
 
D
P
 
E
L
 
T
F
 
A
A
 
W
T
 
E
H
 
L
M
 
M
A
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
A
R
 
D
G
 
G
G
 
N
V
x
I
L
 
S
A
 
V
T
 
T
A
 
A
N
 
N
V
 
I
Y
 
A
P
 
P
E
 
K
R
 
A
W
 
M
I
 
S
E
 
E
V
 
V
L
 
C
E
 
A
L
 
V
A
 
A
G
 
I
K
 
A
G
 
K
G
 
D
L
 
E
R
 
Q
D
 
Q
A
 
A
L
 
K
A
 
T
R
 
L
Q
 
N
A
 
N
D
 
K
L
 
I
D
 
A
E
 
N
L
 
L
A
 
H
T
 
N
A
 
I
V
 
L
F
 
F
A
 
C
E
 
E
V
 
S
N
 
N
P
 
P
G
 
I
P
 
P
L
 
V
K
 
K
R
 
W
Y
 
A
M
 
L
A
 
H
M
 
E
A
 
M
G
 
G
M
 
L
P
 
I
V
 
D
G
 
T
G
 
G
V
 
I
R
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
L

3u8gA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with oxalic acid at 1.80 a resolution
35% identity, 90% coverage: 8:275/299 of query aligns to 2:270/291 of 3u8gA

query
sites
3u8gA
L
 
I
S
 
Q
G
 
G
L
 
S
F
 
I
T
 
V
A
|
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
M
Q
 
L
A
 
K
D
 
D
G
 
G
S
 
G
L
 
V
D
 
D
R
 
W
A
 
K
A
 
S
L
 
L
T
 
E
A
 
K
L
 
L
V
 
V
E
 
E
R
 
W
Q
 
H
I
 
I
A
 
E
A
 
Q
G
 
G
A
 
T
A
 
N
G
 
S
V
 
I
V
 
V
P
 
A
I
 
V
G
|
G
G
x
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
Y
 
A
P
 
S
A
 
T
L
 
L
S
 
S
R
 
M
A
 
E
E
 
E
R
 
H
A
 
T
E
 
Q
V
 
V
V
 
I
R
 
K
L
 
E
C
 
I
V
 
I
E
 
R
A
 
V
A
 
A
G
 
N
G
 
K
R
 
R
-
 
I
P
 
P
V
 
I
I
 
I
P
 
A
G
 
G
V
 
T
L
 
G
S
 
A
T
 
N
G
 
S
F
 
T
A
 
R
D
 
E
A
 
A
V
 
I
E
 
E
A
 
L
G
 
T
R
 
K
D
 
A
F
 
A
A
 
K
A
 
D
A
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
D
A
 
A
V
 
A
M
x
L
T
 
L
V
 
V
T
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
A
 
N
A
 
K
G
 
P
P
 
T
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
M
 
L
R
 
Y
R
 
Q
Y
 
H
F
 
Y
K
 
K
E
 
A
Y
 
I
R
 
A
D
 
E
A
 
A
V
 
V
G
 
E
L
 
L
P
 
P
V
 
L
L
 
I
L
 
L
Y
|
Y
E
 
N
I
 
V
P
 
P
R
 
G
R
|
R
T
 
T
T
 
G
V
 
V
A
 
D
M
 
L
K
 
S
A
 
N
E
 
D
T
 
T
I
 
A
Q
 
V
A
 
R
M
 
L
A
 
A
E
 
E
D
 
I
G
 
P
S
 
N
I
 
I
I
 
V
G
 
G
M
 
I
K
|
K
Y
 
D
S
 
A
S
 
T
Y
 
G
D
 
D
L
 
V
P
 
P
E
 
R
F
 
G
I
 
K
R
 
A
V
 
L
I
 
I
R
 
D
L
 
A
A
 
L
G
 
N
S
 
G
K
 
K
M
 
M
A
 
A
V
 
V
L
 
Y
S
 
S
G
 
G
E
 
D
E
 
D
P
 
E
L
 
T
F
 
A
A
 
W
T
 
E
H
 
L
M
 
M
A
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
A
R
 
D
G
 
G
G
 
N
V
x
I
L
 
S
A
 
V
T
 
T
A
 
A
N
 
N
V
 
I
Y
 
A
P
 
P
E
 
K
R
 
A
W
 
M
I
 
S
E
 
E
V
 
V
L
 
C
E
 
A
L
 
V
A
 
A
G
 
I
K
 
A
G
 
K
G
 
D
L
 
E
R
 
Q
D
 
Q
A
 
A
L
 
K
A
 
T
R
 
L
Q
 
N
A
 
N
D
 
K
L
 
I
D
 
A
E
 
N
L
 
L
A
 
H
T
 
N
A
 
I
V
 
L
F
 
F
A
 
C
E
 
E
V
 
S
N
 
N
P
 
P
G
 
I
P
 
P
L
 
V
K
 
K
R
 
W
Y
 
A
M
 
L
A
 
H
M
 
E
A
 
M
G
 
G
M
 
L
P
 
I
V
 
D
G
 
T
G
 
G
V
 
I
R
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
L

3tdfA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with 2-ketobutanoic acid at 1.99 a resolution
35% identity, 90% coverage: 8:275/299 of query aligns to 2:270/291 of 3tdfA

query
sites
3tdfA
L
 
I
S
 
Q
G
 
G
L
 
S
F
 
I
T
 
V
A
|
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
M
Q
 
L
A
 
K
D
 
D
G
 
G
S
 
G
L
 
V
D
 
D
R
 
W
A
 
K
A
 
S
L
 
L
T
 
E
A
 
K
L
 
L
V
 
V
E
 
E
R
 
W
Q
 
H
I
 
I
A
 
E
A
 
Q
G
 
G
A
 
T
A
 
N
G
 
S
V
 
I
V
 
V
P
 
A
I
 
V
G
 
G
G
x
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
Y
 
A
P
 
S
A
 
T
L
 
L
S
 
S
R
 
M
A
 
E
E
 
E
R
 
H
A
 
T
E
 
Q
V
 
V
V
 
I
R
 
K
L
 
E
C
 
I
V
 
I
E
 
R
A
 
V
A
 
A
G
 
N
G
 
K
R
 
R
-
 
I
P
 
P
V
 
I
I
 
I
P
 
A
G
 
G
V
 
T
L
 
G
S
 
A
T
 
N
G
 
S
F
 
T
A
 
R
D
 
E
A
 
A
V
 
I
E
 
E
A
 
L
G
 
T
R
 
K
D
 
A
F
 
A
A
 
K
A
 
D
A
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
D
A
 
A
V
 
A
M
 
L
T
 
L
V
 
V
T
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
A
 
N
A
 
K
G
 
P
P
 
T
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
M
 
L
R
 
Y
R
 
Q
Y
 
H
F
 
Y
K
 
K
E
 
A
Y
 
I
R
 
A
D
 
E
A
 
A
V
 
V
G
 
E
L
 
L
P
 
P
V
 
L
L
 
I
L
 
L
Y
|
Y
E
 
N
I
 
V
P
 
P
R
 
G
R
|
R
T
 
T
T
 
G
V
 
V
A
 
D
M
 
L
K
 
S
A
 
N
E
 
D
T
 
T
I
 
A
Q
 
V
A
 
R
M
 
L
A
 
A
E
 
E
D
 
I
G
 
P
S
 
N
I
 
I
I
 
V
G
 
G
M
 
I
K
|
K
Y
 
D
S
 
A
S
 
T
Y
 
G
D
 
D
L
 
V
P
 
P
E
 
R
F
 
G
I
 
K
R
 
A
V
 
L
I
 
I
R
 
D
L
 
A
A
 
L
G
 
N
S
 
G
K
 
K
M
 
M
A
 
A
V
 
V
L
 
Y
S
 
S
G
 
G
E
 
D
E
 
D
P
 
E
L
 
T
F
 
A
A
 
W
T
 
E
H
 
L
M
 
M
A
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
A
R
 
D
G
 
G
G
 
N
V
x
I
L
 
S
A
 
V
T
 
T
A
 
A
N
 
N
V
 
I
Y
 
A
P
 
P
E
 
K
R
 
A
W
 
M
I
 
S
E
 
E
V
 
V
L
 
C
E
 
A
L
 
V
A
 
A
G
 
I
K
 
A
G
 
K
G
 
D
L
 
E
R
 
Q
D
 
Q
A
 
A
L
 
K
A
 
T
R
 
L
Q
 
N
A
 
N
D
 
K
L
 
I
D
 
A
E
 
N
L
 
L
A
 
H
T
 
N
A
 
I
V
 
L
F
 
F
A
 
C
E
 
E
V
 
S
N
 
N
P
 
P
G
 
I
P
 
P
L
 
V
K
 
K
R
 
W
Y
 
A
M
 
L
A
 
H
M
 
E
A
 
M
G
 
G
M
 
L
P
 
I
V
 
D
G
 
T
G
 
G
V
 
I
R
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
L

3tceA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with 5-hydroxylysine at 2.6 a resolution
35% identity, 90% coverage: 8:275/299 of query aligns to 2:270/291 of 3tceA

query
sites
3tceA
L
 
I
S
 
Q
G
 
G
L
 
S
F
 
I
T
 
V
A
 
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
M
Q
 
L
A
 
K
D
 
D
G
 
G
S
 
G
L
 
V
D
 
D
R
 
W
A
 
K
A
 
S
L
 
L
T
 
E
A
 
K
L
 
L
V
 
V
E
 
E
R
 
W
Q
 
H
I
 
I
A
 
E
A
 
Q
G
 
G
A
 
T
A
 
N
G
 
S
V
 
I
V
 
V
P
 
A
I
 
V
G
 
G
G
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
Y
 
A
P
x
S
A
 
T
L
|
L
S
 
S
R
 
M
A
 
E
E
 
E
R
x
H
A
 
T
E
 
Q
V
 
V
V
 
I
R
 
K
L
 
E
C
 
I
V
 
I
E
 
R
A
 
V
A
 
A
G
 
N
G
 
K
R
 
R
-
 
I
P
 
P
V
 
I
I
 
I
P
 
A
G
 
G
V
 
T
L
 
G
S
 
A
T
 
N
G
 
S
F
 
T
A
 
R
D
 
E
A
 
A
V
 
I
E
 
E
A
 
L
G
 
T
R
 
K
D
 
A
F
 
A
A
 
K
A
 
D
A
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
D
A
 
A
V
 
A
M
 
L
T
 
L
V
 
V
T
 
T
P
 
P
Y
|
Y
Y
|
Y
A
 
N
A
 
K
G
 
P
P
 
T
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
M
 
L
R
 
Y
R
 
Q
Y
 
H
F
 
Y
K
 
K
E
 
A
Y
 
I
R
 
A
D
 
E
A
 
A
V
 
V
G
 
E
L
 
L
P
 
P
V
 
L
L
 
I
L
 
L
Y
|
Y
E
 
N
I
 
V
P
 
P
R
 
G
R
|
R
T
 
T
T
 
G
V
 
V
A
 
D
M
 
L
K
 
S
A
 
N
E
 
D
T
 
T
I
 
A
Q
 
V
A
 
R
M
 
L
A
 
A
E
 
E
D
 
I
G
 
P
S
 
N
I
 
I
I
 
V
G
 
G
M
 
I
K
|
K
Y
 
D
S
 
A
S
 
T
Y
 
G
D
 
D
L
 
V
P
 
P
E
 
R
F
 
G
I
 
K
R
 
A
V
 
L
I
 
I
R
 
D
L
 
A
A
 
L
G
 
N
S
 
G
K
 
K
M
 
M
A
 
A
V
 
V
L
 
Y
S
 
S
G
 
G
E
 
D
E
 
D
P
 
E
L
 
T
F
 
A
A
 
W
T
 
E
H
 
L
M
 
M
A
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
A
R
 
D
G
 
G
G
 
N
V
x
I
L
 
S
A
 
V
T
 
T
A
 
A
N
 
N
V
 
I
Y
 
A
P
 
P
E
 
K
R
 
A
W
 
M
I
 
S
E
 
E
V
 
V
L
 
C
E
 
A
L
 
V
A
 
A
G
 
I
K
 
A
G
 
K
G
 
D
L
 
E
R
 
Q
D
 
Q
A
 
A
L
 
K
A
 
T
R
 
L
Q
 
N
A
 
N
D
 
K
L
 
I
D
 
A
E
 
N
L
 
L
A
 
H
T
 
N
A
 
I
V
 
L
F
 
F
A
 
C
E
 
E
V
 
S
N
 
N
P
 
P
G
 
I
P
 
P
L
 
V
K
 
K
R
 
W
Y
 
A
M
 
L
A
 
H
M
 
E
A
 
M
G
 
G
M
 
L
P
 
I
V
 
D
G
 
T
G
 
G
V
 
I
R
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
L

3rk8A Crystal structure of the chloride inhibited dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii complexed with pyruvate at 1.8 a resolution
35% identity, 90% coverage: 8:275/299 of query aligns to 2:270/291 of 3rk8A

query
sites
3rk8A
L
 
I
S
 
Q
G
 
G
L
 
S
F
 
I
T
 
V
A
 
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
M
Q
 
L
A
 
K
D
 
D
G
 
G
S
 
G
L
 
V
D
 
D
R
 
W
A
 
K
A
 
S
L
 
L
T
 
E
A
 
K
L
 
L
V
 
V
E
 
E
R
 
W
Q
 
H
I
 
I
A
 
E
A
 
Q
G
 
G
A
 
T
A
 
N
G
 
S
V
 
I
V
 
V
P
 
A
I
 
V
G
 
G
G
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
Y
 
A
P
 
S
A
 
T
L
 
L
S
 
S
R
 
M
A
 
E
E
 
E
R
 
H
A
 
T
E
 
Q
V
 
V
V
 
I
R
 
K
L
 
E
C
 
I
V
 
I
E
 
R
A
 
V
A
 
A
G
 
N
G
 
K
R
 
R
-
 
I
P
 
P
V
 
I
I
 
I
P
 
A
G
 
G
V
 
T
L
 
G
S
 
A
T
 
N
G
 
S
F
 
T
A
 
R
D
 
E
A
 
A
V
 
I
E
 
E
A
 
L
G
 
T
R
 
K
D
 
A
F
 
A
A
 
K
A
 
D
A
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
D
A
 
A
V
 
A
M
 
L
T
 
L
V
 
V
T
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
A
 
N
A
 
K
G
 
P
P
 
T
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
M
 
L
R
 
Y
R
 
Q
Y
 
H
F
 
Y
K
 
K
E
 
A
Y
 
I
R
 
A
D
 
E
A
 
A
V
 
V
G
 
E
L
 
L
P
 
P
V
 
L
L
 
I
L
 
L
Y
|
Y
E
 
N
I
 
V
P
 
P
R
 
G
R
|
R
T
 
T
T
 
G
V
 
V
A
 
D
M
 
L
K
 
S
A
 
N
E
 
D
T
 
T
I
 
A
Q
 
V
A
 
R
M
 
L
A
 
A
E
 
E
D
 
I
G
 
P
S
 
N
I
 
I
I
 
V
G
 
G
M
 
I
K
|
K
Y
 
D
S
 
A
S
 
T
Y
 
G
D
 
D
L
 
V
P
 
P
E
 
R
F
 
G
I
 
K
R
 
A
V
 
L
I
 
I
R
 
D
L
 
A
A
 
L
G
 
N
S
 
G
K
 
K
M
 
M
A
 
A
V
 
V
L
 
Y
S
 
S
G
|
G
E
 
D
E
 
D
P
 
E
L
 
T
F
 
A
A
 
W
T
 
E
H
 
L
M
 
M
A
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
A
R
 
D
G
 
G
G
 
N
V
x
I
L
 
S
A
 
V
T
 
T
A
 
A
N
 
N
V
 
I
Y
 
A
P
 
P
E
 
K
R
 
A
W
 
M
I
 
S
E
 
E
V
 
V
L
 
C
E
 
A
L
 
V
A
 
A
G
 
I
K
 
A
G
 
K
G
 
D
L
 
E
R
 
Q
D
 
Q
A
 
A
L
 
K
A
 
T
R
 
L
Q
 
N
A
 
N
D
 
K
L
 
I
D
 
A
E
 
N
L
 
L
A
 
H
T
 
N
A
 
I
V
 
L
F
|
F
A
 
C
E
 
E
V
 
S
N
 
N
P
 
P
G
 
I
P
 
P
L
 
V
K
 
K
R
 
W
Y
 
A
M
 
L
A
 
H
M
 
E
A
 
M
G
 
G
M
 
L
P
 
I
V
 
D
G
 
T
G
 
G
V
 
I
R
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
L

3pueB Crystal structure of the complex of dhydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with lysine at 2.6a resolution
35% identity, 90% coverage: 8:275/299 of query aligns to 2:270/291 of 3pueB

query
sites
3pueB
L
 
I
S
 
Q
G
 
G
L
 
S
F
 
I
T
 
V
A
 
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
M
Q
 
L
A
 
K
D
 
D
G
 
G
S
 
G
L
 
V
D
 
D
R
 
W
A
 
K
A
 
S
L
 
L
T
 
E
A
 
K
L
 
L
V
 
V
E
 
E
R
 
W
Q
 
H
I
 
I
A
 
E
A
 
Q
G
 
G
A
 
T
A
 
N
G
 
S
V
 
I
V
 
V
P
 
A
I
 
V
G
 
G
G
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
Y
 
A
P
 
S
A
 
T
L
 
L
S
 
S
R
 
M
A
 
E
E
 
E
R
 
H
A
 
T
E
 
Q
V
 
V
V
 
I
R
 
K
L
 
E
C
 
I
V
 
I
E
 
R
A
 
V
A
 
A
G
 
N
G
 
K
R
 
R
-
 
I
P
 
P
V
 
I
I
 
I
P
 
A
G
 
G
V
 
T
L
 
G
S
 
A
T
 
N
G
 
S
F
 
T
A
 
R
D
 
E
A
 
A
V
 
I
E
 
E
A
 
L
G
 
T
R
 
K
D
 
A
F
 
A
A
 
K
A
 
D
A
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
D
A
 
A
V
 
A
M
 
L
T
 
L
V
 
V
T
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
A
 
N
A
 
K
G
 
P
P
 
T
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
M
 
L
R
 
Y
R
 
Q
Y
 
H
F
 
Y
K
 
K
E
 
A
Y
 
I
R
 
A
D
 
E
A
 
A
V
 
V
G
 
E
L
 
L
P
 
P
V
 
L
L
 
I
L
 
L
Y
|
Y
E
 
N
I
 
V
P
 
P
R
 
G
R
|
R
T
 
T
T
 
G
V
 
V
A
 
D
M
 
L
K
 
S
A
 
N
E
 
D
T
 
T
I
 
A
Q
 
V
A
 
R
M
 
L
A
 
A
E
 
E
D
 
I
G
 
P
S
 
N
I
 
I
I
 
V
G
 
G
M
 
I
K
|
K
Y
 
D
S
 
A
S
 
T
Y
 
G
D
 
D
L
 
V
P
 
P
E
 
R
F
 
G
I
 
K
R
 
A
V
 
L
I
 
I
R
 
D
L
 
A
A
 
L
G
 
N
S
 
G
K
 
K
M
 
M
A
 
A
V
 
V
L
 
Y
S
 
S
G
 
G
E
 
D
E
 
D
P
 
E
L
 
T
F
 
A
A
 
W
T
 
E
H
 
L
M
 
M
A
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
A
R
 
D
G
 
G
G
 
N
V
x
I
L
 
S
A
 
V
T
 
T
A
 
A
N
 
N
V
 
I
Y
 
A
P
 
P
E
 
K
R
 
A
W
 
M
I
 
S
E
 
E
V
 
V
L
 
C
E
 
A
L
 
V
A
 
A
G
 
I
K
 
A
G
 
K
G
 
D
L
 
E
R
 
Q
D
 
Q
A
 
A
L
 
K
A
 
T
R
 
L
Q
 
N
A
 
N
D
 
K
L
 
I
D
 
A
E
 
N
L
 
L
A
 
H
T
 
N
A
 
I
V
 
L
F
|
F
A
 
C
E
 
E
V
 
S
N
|
N
P
 
P
G
 
I
P
 
P
L
 
V
K
 
K
R
 
W
Y
 
A
M
 
L
A
 
H
M
 
E
A
 
M
G
 
G
M
 
L
P
 
I
V
 
D
G
 
T
G
 
G
V
 
I
R
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
L

2atsA Dihydrodipicolinate synthase co-crystallised with (s)-lysine
32% identity, 95% coverage: 8:290/299 of query aligns to 2:286/292 of 2atsA

query
sites
2atsA
L
 
F
S
 
T
G
 
G
L
 
S
F
 
I
T
 
V
A
 
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
M
Q
 
D
A
 
E
D
 
K
G
 
G
S
 
N
L
 
V
D
 
C
R
 
R
A
 
A
A
 
S
L
 
L
T
 
K
A
 
K
L
 
L
V
 
I
E
 
D
R
 
Y
Q
 
H
I
 
V
A
 
A
A
 
S
G
 
G
A
 
T
A
 
S
G
 
A
V
 
I
V
 
V
P
 
S
I
 
V
G
 
G
G
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
Y
 
S
P
x
A
A
 
T
L
|
L
S
 
N
R
x
H
A
 
D
E
 
E
R
x
H
A
 
A
E
 
D
V
 
V
V
 
V
R
 
M
L
 
M
C
 
T
V
 
L
E
 
D
A
 
L
A
 
A
G
 
D
G
 
G
R
 
R
-
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
P
 
A
G
 
G
V
 
T
L
 
G
S
 
A
T
x
N
G
 
A
F
 
T
A
 
A
D
x
E
A
 
A
V
 
I
E
 
S
A
 
L
G
 
T
R
 
Q
D
 
R
F
 
F
A
 
N
A
 
D
A
 
S
G
 
G
A
 
I
A
 
V
A
 
G
V
 
C
M
 
L
T
 
T
V
 
V
T
 
T
P
 
P
Y
|
Y
Y
|
Y
A
 
N
A
 
R
G
 
P
P
 
S
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
M
 
L
R
 
Y
R
 
Q
Y
 
H
F
 
F
K
 
K
E
 
A
Y
 
I
R
 
A
D
 
E
A
 
H
V
 
T
G
 
D
L
 
L
P
 
P
V
 
Q
L
 
I
L
 
L
Y
|
Y
E
 
N
I
 
V
P
 
P
R
 
S
R
|
R
T
 
T
T
 
G
V
 
C
A
 
D
M
 
L
K
 
L
A
 
P
E
 
E
T
 
T
I
 
V
Q
 
G
A
 
R
M
 
L
A
 
A
E
 
K
D
 
V
G
 
K
S
 
N
I
 
I
I
 
I
G
 
G
M
 
I
K
|
K
Y
 
E
S
 
A
S
 
T
Y
 
G
D
 
N
L
 
L
P
 
T
E
 
R
F
 
V
I
 
N
R
 
Q
V
 
I
I
 
K
R
 
E
L
 
L
A
 
V
G
 
S
S
 
D
K
 
D
M
 
F
A
 
V
V
 
L
L
 
L
S
 
S
G
 
G
E
 
D
E
 
D
P
 
A
L
 
S
F
 
A
A
 
L
T
 
D
H
 
F
M
 
M
A
 
Q
L
 
L
G
 
G
A
 
G
R
 
H
G
 
G
G
 
V
V
x
I
L
 
S
A
 
V
T
 
T
A
 
A
N
 
N
V
 
V
Y
 
A
P
 
A
E
 
R
R
 
D
W
 
M
I
 
A
E
 
Q
V
 
M
L
 
C
E
 
K
L
 
L
A
 
A
G
 
A
K
 
E
G
 
G
G
 
H
L
 
F
R
 
A
D
 
E
A
 
A
L
 
R
A
 
V
R
 
I
Q
 
N
A
 
Q
D
 
R
L
 
L
D
 
M
E
 
P
L
 
L
A
 
H
T
 
N
A
 
K
V
 
L
F
 
F
A
 
V
E
 
E
V
 
P
N
 
N
P
 
P
G
 
I
P
 
P
L
 
V
K
 
K
R
 
W
Y
 
A
M
 
C
A
 
K
M
 
E
A
 
L
G
 
G
M
 
L
-
 
V
P
 
A
V
 
T
G
 
D
G
 
T
V
 
L
R
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
M
V
 
T
E
 
P
P
 
I
S
 
T
E
 
D
A
 
S
T
 
G
V
 
R
A
 
E
G
 
T
L
 
V
S
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
L

P0A6L2 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; EC 4.3.3.7 from Escherichia coli (strain K12) (see 7 papers)
32% identity, 95% coverage: 8:290/299 of query aligns to 2:286/292 of P0A6L2

query
sites
P0A6L2
L
 
F
S
 
T
G
 
G
L
 
S
F
 
I
T
 
V
A
 
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
M
Q
 
D
A
 
E
D
 
K
G
 
G
S
 
N
L
 
V
D
 
C
R
 
R
A
 
A
A
 
S
L
 
L
T
 
K
A
 
K
L
 
L
V
 
I
E
 
D
R
 
Y
Q
 
H
I
 
V
A
 
A
A
 
S
G
 
G
A
 
T
A
 
S
G
 
A
V
 
I
V
 
V
P
 
S
I
 
V
G
 
G
G
x
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
Y
 
S
P
 
A
A
 
T
L
 
L
S
 
N
R
 
H
A
 
D
E
 
E
R
 
H
A
 
A
E
 
D
V
 
V
V
 
V
R
 
M
L
 
M
C
 
T
V
 
L
E
 
D
A
 
L
A
 
A
G
 
D
G
 
G
R
 
R
-
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
P
 
A
G
 
G
V
 
T
L
 
G
S
 
A
T
 
N
G
 
A
F
 
T
A
 
A
D
 
E
A
 
A
V
 
I
E
 
S
A
 
L
G
 
T
R
 
Q
D
 
R
F
 
F
A
 
N
A
 
D
A
 
S
G
 
G
A
 
I
A
 
V
A
 
G
V
 
C
M
 
L
T
 
T
V
 
V
T
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
A
 
N
A
 
R
G
 
P
P
 
S
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
M
 
L
R
 
Y
R
 
Q
Y
 
H
F
 
F
K
 
K
E
 
A
Y
 
I
R
 
A
D
 
E
A
 
H
V
 
T
G
 
D
L
 
L
P
 
P
V
 
Q
L
 
I
L
 
L
Y
|
Y
E
 
N
I
 
V
P
 
P
R
 
S
R
|
R
T
 
T
T
 
G
V
 
C
A
 
D
M
 
L
K
 
L
A
 
P
E
 
E
T
 
T
I
 
V
Q
 
G
A
 
R
M
 
L
A
 
A
E
 
K
D
 
V
G
 
K
S
 
N
I
 
I
I
 
I
G
 
G
M
 
I
K
|
K
Y
 
E
S
 
A
S
 
T
Y
 
G
D
 
N
L
 
L
P
 
T
E
 
R
F
 
V
I
 
N
R
 
Q
V
 
I
I
 
K
R
 
E
L
 
L
A
 
V
G
 
S
S
 
D
K
 
D
M
 
F
A
 
V
V
 
L
L
 
L
S
 
S
G
 
G
E
 
D
E
 
D
P
 
A
L
 
S
F
 
A
A
 
L
T
 
D
H
 
F
M
 
M
A
 
Q
L
|
L
G
 
G
A
 
G
R
 
H
G
 
G
G
 
V
V
x
I
L
 
S
A
 
V
T
 
T
A
 
A
N
 
N
V
 
V
Y
 
A
P
 
A
E
 
R
R
 
D
W
 
M
I
 
A
E
 
Q
V
 
M
L
 
C
E
 
K
L
 
L
A
 
A
G
 
A
K
 
E
G
 
G
G
 
H
L
 
F
R
 
A
D
 
E
A
 
A
L
 
R
A
 
V
R
 
I
Q
 
N
A
 
Q
D
 
R
L
 
L
D
 
M
E
 
P
L
 
L
A
 
H
T
 
N
A
 
K
V
 
L
F
 
F
A
 
V
E
 
E
V
 
P
N
 
N
P
 
P
G
 
I
P
 
P
L
 
V
K
 
K
R
 
W
Y
 
A
M
 
C
A
 
K
M
 
E
A
 
L
G
 
G
M
 
L
-
 
V
P
 
A
V
 
T
G
 
D
G
 
T
V
 
L
R
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
M
V
 
T
E
 
P
P
 
I
S
 
T
E
 
D
A
 
S
T
 
G
V
 
R
A
 
E
G
 
T
L
 
V
S
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
L

5t25A Kinetic, spectral and structural characterization of the slow binding inhibitor acetopyruvate with dihydrodipicolinate synthase from escherichia coli.
32% identity, 95% coverage: 8:290/299 of query aligns to 3:287/293 of 5t25A

query
sites
5t25A
L
 
F
S
 
T
G
 
G
L
 
S
F
 
I
T
 
V
A
 
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
M
Q
 
D
A
 
E
D
 
K
G
 
G
S
 
N
L
 
V
D
 
C
R
 
R
A
 
A
A
 
S
L
 
L
T
 
K
A
 
K
L
 
L
V
 
I
E
 
D
R
 
Y
Q
 
H
I
 
V
A
 
A
A
 
S
G
 
G
A
 
T
A
 
S
G
 
A
V
 
I
V
 
V
P
 
S
I
 
V
G
 
G
G
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
Y
 
S
P
x
A
A
 
T
L
|
L
S
 
N
R
x
H
A
 
D
E
 
E
R
 
H
A
 
A
E
 
D
V
 
V
V
 
V
R
 
M
L
 
M
C
 
T
V
 
L
E
 
D
A
 
L
A
 
A
G
 
D
G
 
G
R
 
R
-
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
P
 
A
G
 
G
V
 
T
L
 
G
S
 
A
T
x
N
G
 
A
F
 
T
A
 
A
D
x
E
A
 
A
V
 
I
E
 
S
A
 
L
G
 
T
R
 
Q
D
 
R
F
 
F
A
 
N
A
 
D
A
 
S
G
 
G
A
 
I
A
 
V
A
 
G
V
 
C
M
 
L
T
 
T
V
 
V
T
 
T
P
 
P
Y
|
Y
Y
|
Y
A
 
N
A
 
R
G
 
P
P
 
S
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
M
 
L
R
 
Y
R
 
Q
Y
 
H
F
 
F
K
 
K
E
 
A
Y
 
I
R
 
A
D
 
E
A
 
H
V
 
T
G
 
D
L
 
L
P
 
P
V
 
Q
L
 
I
L
 
L
Y
|
Y
E
 
N
I
 
V
P
 
P
R
 
S
R
|
R
T
 
T
T
 
G
V
 
C
A
 
D
M
 
L
K
 
L
A
 
P
E
 
E
T
 
T
I
 
V
Q
 
G
A
 
R
M
 
L
A
 
A
E
 
K
D
 
V
G
 
K
S
 
N
I
 
I
I
 
I
G
 
G
M
 
I
K
|
K
Y
 
E
S
 
A
S
 
T
Y
 
G
D
 
N
L
 
L
P
 
T
E
 
R
F
 
V
I
 
N
R
 
Q
V
 
I
I
 
K
R
 
E
L
 
L
A
 
V
G
 
S
S
 
D
K
 
D
M
 
F
A
 
V
V
 
L
L
 
L
S
 
S
G
 
G
E
 
D
E
 
D
P
 
A
L
 
S
F
 
A
A
 
L
T
 
D
H
 
F
M
 
M
A
 
Q
L
 
L
G
 
G
A
 
G
R
 
H
G
 
G
G
 
V
V
x
I
L
 
S
A
 
V
T
 
T
A
 
A
N
 
N
V
 
V
Y
 
A
P
 
A
E
 
R
R
 
D
W
 
M
I
 
A
E
 
Q
V
 
M
L
 
C
E
 
K
L
 
L
A
 
A
G
 
A
K
 
E
G
 
G
G
 
H
L
 
F
R
 
A
D
 
E
A
 
A
L
 
R
A
 
V
R
 
I
Q
 
N
A
 
Q
D
 
R
L
 
L
D
 
M
E
 
P
L
 
L
A
 
H
T
 
N
A
 
K
V
 
L
F
 
F
A
 
V
E
 
E
V
 
P
N
 
N
P
 
P
G
 
I
P
 
P
L
 
V
K
 
K
R
 
W
Y
 
A
M
 
C
A
 
K
M
 
E
A
 
L
G
 
G
M
 
L
-
 
V
P
 
A
V
 
T
G
 
D
G
 
T
V
 
L
R
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
M
V
 
T
E
 
P
P
 
I
S
 
T
E
 
D
A
 
S
T
 
G
V
 
R
A
 
E
G
 
T
L
 
V
S
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
L

Q8UGL3 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; EC 4.3.3.7 from Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (Agrobacterium tumefaciens (strain C58)) (see paper)
38% identity, 95% coverage: 8:290/299 of query aligns to 2:287/294 of Q8UGL3

query
sites
Q8UGL3
L
 
F
S
 
K
G
 
G
L
 
S
F
 
I
T
 
P
A
 
A
L
 
L
V
 
I
T
 
T
P
 
P
F
 
F
Q
 
T
A
 
D
D
 
N
G
 
G
S
 
S
L
 
V
D
 
D
R
 
E
A
 
K
A
 
A
L
 
F
T
 
A
A
 
A
L
 
H
V
 
V
E
 
E
R
 
W
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
A
 
E
G
 
G
A
 
S
A
 
N
G
 
G
V
 
L
V
 
V
P
 
P
I
 
V
G
 
G
G
 
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
Y
 
S
P
|
P
A
 
T
L
 
L
S
 
S
R
 
H
A
 
D
E
 
E
R
x
H
A
 
K
E
 
R
V
 
V
V
 
V
R
 
E
L
 
L
C
 
C
V
 
I
E
 
E
A
 
V
A
 
A
G
 
A
G
 
K
R
 
R
-
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
I
P
 
A
G
 
G
V
 
A
L
 
G
S
 
S
T
x
N
G
 
N
F
 
T
A
 
D
D
x
E
A
 
A
V
 
I
E
 
E
A
 
L
G
 
A
R
 
L
D
 
H
F
 
A
A
 
Q
A
 
E
A
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
A
 
A
V
 
L
M
 
L
T
 
V
V
 
V
T
 
T
P
 
P
Y
|
Y
Y
 
Y
A
 
N
A
 
K
G
 
P
P
 
T
Q
 
Q
E
 
K
G
 
G
M
 
L
R
 
F
R
 
A
Y
 
H
F
 
F
K
 
S
E
 
A
Y
 
V
R
 
A
D
 
E
A
 
A
V
 
V
G
 
K
L
 
L
P
 
P
V
 
I
L
 
V
L
 
I
Y
 
Y
E
 
N
I
 
I
P
 
P
R
 
P
R
 
R
T
 
S
T
 
V
V
 
V
A
 
D
M
 
M
K
 
S
A
 
P
E
 
E
T
 
T
I
 
M
Q
 
G
A
 
A
M
 
L
A
 
V
E
 
K
-
 
A
D
 
H
G
 
K
S
 
N
I
 
I
I
 
I
G
 
G
M
 
V
K
|
K
Y
 
D
S
 
A
S
 
T
Y
 
G
D
 
K
L
 
L
P
 
D
E
 
R
F
 
V
I
 
S
R
 
E
V
 
Q
I
 
R
R
 
I
L
 
S
A
 
C
G
 
G
S
 
K
K
 
D
M
 
F
A
 
V
V
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
E
 
E
E
 
D
P
 
G
L
 
T
F
 
A
A
 
L
T
 
G
H
 
F
M
 
N
A
 
A
L
 
H
G
 
G
A
 
G
R
 
V
G
 
G
G
 
C
V
 
I
L
 
S
A
 
V
T
 
T
A
 
A
N
 
N
V
 
V
Y
 
A
P
 
P
E
 
R
R
 
L
W
 
C
I
 
S
E
 
E
V
 
F
L
 
Q
E
 
A
L
 
A
A
 
M
G
 
L
K
 
A
G
 
G
G
 
D
L
 
Y
R
 
A
D
 
K
A
 
A
L
 
L
A
 
E
R
 
Y
Q
 
Q
A
 
D
D
 
R
L
 
L
D
 
M
E
 
P
L
 
L
A
 
H
T
 
R
A
 
A
V
 
I
F
 
F
A
 
M
E
 
E
V
 
-
N
 
-
P
 
P
G
 
G
P
 
V
L
 
C
K
 
G
R
 
T
Y
 
K
M
 
Y
A
 
A
M
 
L
A
 
S
G
 
K
M
 
T
P
 
R
V
 
G
G
 
G
G
 
N
-
 
R
-
 
R
V
 
V
R
 
R
L
 
S
P
 
P
L
 
L
V
 
M
E
 
S
P
 
T
S
 
L
E
 
E
-
 
P
A
 
A
T
 
T
V
 
E
A
 
A
G
 
A
L
 
I
S
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
L

3i7sA Dihydrodipicolinate synthase mutant - k161a - with the substrate pyruvate bound in the active site. (see paper)
31% identity, 95% coverage: 8:290/299 of query aligns to 2:286/292 of 3i7sA

query
sites
3i7sA
L
 
F
S
 
T
G
 
G
L
 
S
F
 
I
T
 
V
A
|
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
M
Q
 
D
A
 
E
D
 
K
G
 
G
S
 
N
L
 
V
D
 
C
R
 
R
A
 
A
A
 
S
L
 
L
T
 
K
A
 
K
L
 
L
V
 
I
E
 
D
R
 
Y
Q
 
H
I
 
V
A
 
A
A
 
S
G
 
G
A
 
T
A
 
S
G
 
A
V
 
I
V
 
V
P
 
S
I
 
V
G
 
G
G
x
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
Y
 
S
P
 
A
A
 
T
L
 
L
S
 
N
R
 
H
A
 
D
E
 
E
R
 
H
A
 
A
E
 
D
V
 
V
V
 
V
R
 
M
L
 
M
C
 
T
V
 
L
E
 
D
A
 
L
A
 
A
G
 
D
G
 
G
R
 
R
-
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
P
 
A
G
 
G
V
 
T
L
 
G
S
 
A
T
 
N
G
 
A
F
 
T
A
 
A
D
 
E
A
 
A
V
 
I
E
 
S
A
 
L
G
 
T
R
 
Q
D
 
R
F
 
F
A
 
N
A
 
D
A
 
S
G
 
G
A
 
I
A
 
V
A
 
G
V
 
C
M
 
L
T
 
T
V
 
V
T
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
A
 
N
A
 
R
G
 
P
P
 
S
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
M
 
L
R
 
Y
R
 
Q
Y
 
H
F
 
F
K
 
K
E
 
A
Y
 
I
R
 
A
D
 
E
A
 
H
V
 
T
G
 
D
L
 
L
P
 
P
V
 
Q
L
 
I
L
 
L
Y
|
Y
E
 
N
I
 
V
P
 
P
R
 
S
R
|
R
T
 
T
T
 
G
V
 
C
A
 
D
M
 
L
K
 
L
A
 
P
E
 
E
T
 
T
I
 
V
Q
 
G
A
 
R
M
 
L
A
 
A
E
 
K
D
 
V
G
 
K
S
 
N
I
 
I
I
 
I
G
 
G
M
 
I
K
x
R
Y
 
E
S
 
A
S
 
T
Y
 
G
D
 
N
L
 
L
P
 
T
E
 
R
F
 
V
I
 
N
R
 
Q
V
 
I
I
 
K
R
 
E
L
 
L
A
 
V
G
 
S
S
 
D
K
 
D
M
 
F
A
 
V
V
 
L
L
 
L
S
 
S
G
 
G
E
 
D
E
 
D
P
 
A
L
 
S
F
 
A
A
 
L
T
 
D
H
 
F
M
 
M
A
 
Q
L
 
L
G
 
G
A
 
G
R
 
H
G
 
G
G
 
V
V
x
I
L
 
S
A
 
V
T
 
T
A
 
A
N
 
N
V
 
V
Y
 
A
P
 
A
E
 
R
R
 
D
W
 
M
I
 
A
E
 
Q
V
 
M
L
 
C
E
 
K
L
 
L
A
 
A
G
 
A
K
 
E
G
 
G
G
 
H
L
 
F
R
 
A
D
 
E
A
 
A
L
 
R
A
 
V
R
 
I
Q
 
N
A
 
Q
D
 
R
L
 
L
D
 
M
E
 
P
L
 
L
A
 
H
T
 
N
A
 
K
V
 
L
F
 
F
A
 
V
E
 
E
V
 
P
N
 
N
P
 
P
G
 
I
P
 
P
L
 
V
K
 
K
R
 
W
Y
 
A
M
 
C
A
 
K
M
 
E
A
 
L
G
 
G
M
 
L
-
 
V
P
 
A
V
 
T
G
 
D
G
 
T
V
 
L
R
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
M
V
 
T
E
 
P
P
 
I
S
 
T
E
 
D
A
 
S
T
 
G
V
 
R
A
 
E
G
 
T
L
 
V
S
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
L

4i7wA Agrobacterium tumefaciens dhdps with lysine and pyruvate
36% identity, 95% coverage: 8:290/299 of query aligns to 2:287/294 of 4i7wA

query
sites
4i7wA
L
 
F
S
 
K
G
 
G
L
 
S
F
 
I
T
 
P
A
 
A
L
 
L
V
 
I
T
 
T
P
 
P
F
 
F
Q
 
T
A
 
D
D
 
N
G
 
G
S
 
A
L
 
V
D
 
D
R
 
E
A
 
Q
A
 
A
L
 
F
T
 
A
A
 
A
L
 
H
V
 
V
E
 
E
R
 
W
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
A
 
E
G
 
G
A
 
S
A
 
N
G
 
G
V
 
L
V
 
V
P
 
P
I
 
V
G
 
G
G
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
Y
x
S
P
|
P
A
 
T
L
|
L
S
 
S
R
 
H
A
 
D
E
 
E
R
x
H
A
 
K
E
 
R
V
 
V
V
 
V
R
 
E
L
 
L
C
 
C
V
 
I
E
 
E
A
 
V
A
 
A
G
 
A
G
 
K
R
 
R
-
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
I
P
 
A
G
 
G
V
 
A
L
 
G
S
 
S
T
x
N
G
 
N
F
 
T
A
 
D
D
x
E
A
 
A
V
 
I
E
 
E
A
 
L
G
 
A
R
 
L
D
 
H
F
 
A
A
 
Q
A
 
D
A
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
A
 
A
V
 
L
M
 
L
T
 
V
V
 
V
T
 
T
P
 
P
Y
|
Y
Y
|
Y
A
 
N
A
 
K
G
 
P
P
 
T
Q
 
Q
E
 
K
G
 
G
M
 
L
R
 
F
R
 
A
Y
 
H
F
 
F
K
 
S
E
 
A
Y
 
V
R
 
A
D
 
E
A
 
A
V
 
V
G
 
K
L
 
L
P
 
P
V
 
I
L
 
V
L
 
I
Y
|
Y
E
 
N
I
 
I
P
 
P
R
 
P
R
|
R
T
 
S
T
 
V
V
 
V
A
 
D
M
 
M
K
 
S
A
 
P
E
 
E
T
 
T
I
 
M
Q
 
G
A
 
A
M
 
L
A
 
V
E
 
K
-
 
A
D
 
H
G
 
K
S
 
N
I
 
I
I
 
V
G
 
G
M
 
V
K
|
K
Y
 
D
S
 
A
S
 
T
Y
 
G
D
 
K
L
 
L
P
 
D
E
 
R
F
 
V
I
 
S
R
 
E
V
 
Q
I
 
R
R
 
I
L
 
S
A
 
C
G
 
G
S
 
K
K
 
D
M
 
F
A
 
I
V
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
E
 
E
E
 
D
P
 
S
L
 
T
F
 
A
A
 
L
T
 
G
H
 
F
M
 
N
A
 
A
L
 
H
G
 
G
A
 
G
R
 
V
G
 
G
G
 
C
V
x
I
L
 
S
A
 
V
T
 
S
A
 
A
N
 
N
V
 
V
Y
 
A
P
 
P
E
 
R
R
 
L
W
 
C
I
 
S
E
 
E
V
 
F
L
 
Q
E
 
A
L
 
A
A
 
M
G
 
L
K
 
A
G
 
G
G
 
D
L
 
Y
R
 
A
D
 
K
A
 
A
L
 
L
A
 
E
R
 
Y
Q
 
Q
A
 
D
D
 
R
L
 
L
D
 
M
E
 
P
L
 
L
A
 
H
T
 
R
A
 
A
V
 
I
F
 
F
A
 
M
E
 
E
V
 
P
N
 
G
P
 
V
G
 
C
P
 
G
L
 
T
K
 
K
R
 
Y
Y
 
A
M
 
L
A
 
S
M
 
K
A
 
T
G
 
R
M
 
G
P
 
C
V
 
N
G
 
R
G
 
K
V
 
V
R
 
R
L
 
S
P
 
P
L
 
L
V
 
M
E
 
S
P
 
T
S
 
L
E
 
E
-
 
P
A
 
A
T
 
T
V
 
E
A
 
A
G
 
A
L
 
I
S
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
L

3s8hA Structure of dihydrodipicolinate synthase complexed with 3- hydroxypropanoic acid(hpa)at 2.70 a resolution
36% identity, 90% coverage: 8:275/299 of query aligns to 2:270/292 of 3s8hA

query
sites
3s8hA
L
 
I
S
 
A
G
 
G
L
 
S
F
 
M
T
 
V
A
|
A
L
|
L
V
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
F
Q
 
D
A
 
A
D
 
Q
G
 
G
S
 
R
L
 
L
D
 
D
R
 
W
A
 
D
A
 
S
L
 
L
T
 
A
A
 
K
L
 
L
V
 
V
E
 
D
R
 
F
Q
 
H
I
 
L
A
 
Q
A
 
D
G
 
G
A
 
T
A
 
N
G
 
A
V
 
I
V
|
V
P
 
A
I
 
V
G
|
G
G
x
T
T
|
T
G
|
G
E
 
E
Y
 
S
P
 
A
A
 
T
L
 
L
S
 
D
R
 
V
A
 
E
E
 
E
R
 
H
A
 
I
E
 
Q
V
 
V
V
 
V
R
 
R
L
 
R
C
 
V
V
 
V
E
 
D
A
 
Q
A
 
V
G
 
K
G
 
G
R
 
R
-
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
P
 
A
G
 
G
V
 
T
L
 
G
S
 
A
T
 
N
G
 
S
F
 
T
A
 
R
D
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
A
A
 
L
G
 
T
R
 
E
D
 
A
F
 
A
A
 
K
A
 
S
A
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
D
A
 
A
V
 
C
M
 
L
T
 
L
V
 
V
T
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
A
 
N
A
 
K
G
 
P
P
 
T
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
M
 
M
R
 
Y
R
 
Q
Y
 
H
F
 
F
K
 
R
E
 
H
Y
 
I
R
 
A
D
 
E
A
 
A
V
 
V
G
 
A
L
 
I
P
 
P
V
 
Q
L
 
I
L
 
L
Y
|
Y
E
 
N
I
 
V
P
 
P
R
 
G
R
|
R
T
 
T
T
 
S
V
 
C
A
 
D
M
 
M
K
 
L
A
 
P
E
 
E
T
 
T
I
 
V
Q
 
E
A
 
R
M
 
L
A
 
S
E
 
K
D
 
V
G
 
P
S
 
N
I
 
I
I
 
I
G
 
G
M
 
I
K
|
K
Y
 
E
S
 
A
S
 
T
Y
 
G
D
 
D
L
 
L
P
 
Q
E
 
R
F
 
A
I
 
K
R
 
E
V
 
V
I
 
I
R
 
E
L
 
R
A
 
V
G
 
G
S
 
K
K
 
D
M
 
F
A
 
L
V
 
V
L
 
Y
S
 
S
G
 
G
E
 
D
E
 
D
P
 
A
L
 
T
F
 
A
A
 
V
T
 
E
H
 
L
M
 
M
A
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
G
R
 
K
G
 
G
G
 
N
V
x
I
L
 
S
A
 
V
T
 
T
A
 
A
N
 
N
V
 
V
Y
 
A
P
 
P
E
 
R
R
 
A
W
 
M
I
 
S
E
 
D
V
 
L
L
 
C
E
 
A
L
 
A
A
 
A
G
 
M
K
 
R
G
 
G
G
 
D
L
 
A
R
 
A
D
 
A
A
 
A
L
 
R
A
 
A
R
 
I
Q
 
N
A
 
D
D
 
R
L
 
L
D
 
M
E
 
P
L
 
L
A
 
H
T
 
K
A
 
A
V
 
L
F
 
F
A
 
I
E
 
E
V
 
S
N
 
N
P
 
P
G
 
I
P
 
P
L
 
V
K
 
K
R
 
W
Y
 
A
M
 
L
A
 
H
M
 
E
A
 
M
G
 
G
M
 
L
P
 
I
V
 
P
G
 
E
G
 
G
V
 
I
R
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
L

3puoA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from pseudomonas aeruginosa(psdhdps)complexed with l-lysine at 2.65a resolution (see paper)
36% identity, 90% coverage: 8:275/299 of query aligns to 2:270/292 of 3puoA

query
sites
3puoA
L
 
I
S
 
A
G
 
G
L
 
S
F
 
M
T
 
V
A
 
A
L
 
L
V
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
F
Q
 
D
A
 
A
D
 
Q
G
 
G
S
 
R
L
 
L
D
 
D
R
 
W
A
 
D
A
 
S
L
 
L
T
 
A
A
 
K
L
 
L
V
 
V
E
 
D
R
 
F
Q
 
H
I
 
L
A
 
Q
A
 
D
G
 
G
A
 
T
A
 
N
G
 
A
V
 
I
V
 
V
P
 
A
I
 
V
G
 
G
G
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
Y
x
S
P
x
A
A
 
T
L
|
L
S
x
D
R
x
V
A
 
E
E
 
E
R
 
H
A
 
I
E
 
Q
V
 
V
V
 
V
R
 
R
L
 
R
C
 
V
V
 
V
E
 
D
A
 
Q
A
 
V
G
 
K
G
 
G
R
 
R
-
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
P
 
A
G
 
G
V
 
T
L
 
G
S
 
A
T
 
N
G
 
S
F
 
T
A
 
R
D
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
A
A
 
L
G
 
T
R
 
E
D
 
A
F
 
A
A
 
K
A
 
S
A
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
D
A
 
A
V
 
C
M
 
L
T
 
L
V
 
V
T
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
A
 
N
A
 
K
G
 
P
P
 
T
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
M
 
M
R
 
Y
R
 
Q
Y
 
H
F
 
F
K
 
R
E
 
H
Y
 
I
R
 
A
D
 
E
A
 
A
V
 
V
G
 
A
L
 
I
P
 
P
V
 
Q
L
 
I
L
 
L
Y
|
Y
E
 
N
I
 
V
P
 
P
R
 
G
R
|
R
T
 
T
T
 
S
V
 
C
A
 
D
M
 
M
K
 
L
A
 
P
E
 
E
T
 
T
I
 
V
Q
 
E
A
 
R
M
 
L
A
 
S
E
 
K
D
 
V
G
 
P
S
 
N
I
 
I
I
 
I
G
 
G
M
 
I
K
|
K
Y
 
E
S
 
A
S
 
T
Y
 
G
D
 
D
L
 
L
P
 
Q
E
 
R
F
 
A
I
 
K
R
 
E
V
 
V
I
 
I
R
 
E
L
 
R
A
 
V
G
 
G
S
 
K
K
 
D
M
 
F
A
 
L
V
 
V
L
 
Y
S
 
S
G
 
G
E
 
D
E
 
D
P
 
A
L
 
T
F
 
A
A
 
V
T
 
E
H
 
L
M
 
M
A
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
G
R
 
K
G
 
G
G
 
N
V
x
I
L
 
S
A
 
V
T
 
T
A
 
A
N
 
N
V
 
V
Y
 
A
P
 
P
E
 
R
R
 
A
W
 
M
I
 
S
E
 
D
V
 
L
L
 
C
E
 
A
L
 
A
A
 
A
G
 
M
K
 
R
G
 
G
G
 
D
L
 
A
R
 
A
D
 
A
A
 
A
L
 
R
A
 
A
R
 
I
Q
 
N
A
 
D
D
 
R
L
 
L
D
 
M
E
 
P
L
 
L
A
 
H
T
 
K
A
 
A
V
 
L
F
 
F
A
 
I
E
 
E
V
 
S
N
 
N
P
 
P
G
 
I
P
 
P
L
 
V
K
 
K
R
 
W
Y
 
A
M
 
L
A
 
H
M
 
E
A
 
M
G
 
G
M
 
L
P
 
I
V
 
P
G
 
E
G
 
G
V
x
I
R
 
R
L
|
L
P
 
P
L
|
L

Sites not aligning to the query:

1xxxA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase (dapa, rv2753c) from mycobacterium tuberculosis (see paper)
33% identity, 96% coverage: 8:294/299 of query aligns to 8:293/296 of 1xxxA

query
sites
1xxxA
L
 
L
S
 
G
G
 
T
L
 
L
F
 
L
T
 
T
A
 
A
L
 
M
V
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
F
Q
 
S
A
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
L
 
L
D
 
D
R
 
T
A
 
A
A
 
T
L
 
A
T
 
A
A
 
R
L
 
L
V
 
A
E
 
N
R
 
H
Q
 
L
I
 
V
A
 
D
A
 
Q
G
 
G
A
 
C
A
 
D
G
 
G
V
 
L
V
 
V
P
 
V
I
 
S
G
 
G
G
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
Y
 
S
P
 
P
A
 
T
L
 
T
S
 
T
R
 
D
A
 
G
E
 
E
R
 
K
A
 
I
E
 
E
V
 
L
V
 
L
R
 
R
L
 
A
C
 
V
V
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
V
G
 
G
G
 
D
R
 
R
P
 
A
-
 
R
V
 
V
I
 
I
P
 
A
G
 
G
V
 
A
L
 
G
S
 
T
T
 
Y
G
 
D
F
 
T
A
 
A
D
 
H
A
 
S
V
 
I
E
 
R
A
 
L
G
 
A
R
 
K
D
 
A
F
 
C
A
 
A
A
 
A
A
 
E
G
 
G
A
 
A
A
 
H
A
 
G
V
 
L
M
 
L
T
 
V
V
 
V
T
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
A
 
S
A
 
K
G
 
P
P
 
P
Q
 
Q
E
 
R
G
 
G
M
 
L
R
 
Q
R
 
A
Y
 
H
F
 
F
K
 
T
E
 
A
Y
 
V
R
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
T
G
 
E
L
 
L
P
 
P
V
 
M
L
 
L
L
 
L
Y
|
Y
E
 
D
I
 
I
P
 
P
R
 
G
R
|
R
T
 
S
T
 
A
V
 
V
A
 
P
M
 
I
K
 
E
A
 
P
E
 
D
T
 
T
I
 
I
Q
 
R
A
 
A
M
 
L
A
|
A
E
 
S
D
x
H
G
 
P
S
 
N
I
|
I
I
 
V
G
 
G
M
 
V
K
|
K
Y
 
D
S
 
A
S
 
K
Y
 
A
D
 
D
L
 
L
P
 
H
E
 
S
F
 
G
I
 
A
R
 
Q
V
 
I
I
 
-
R
 
-
L
 
M
A
 
A
G
 
D
S
 
T
K
 
G
M
 
L
A
 
A
V
 
Y
L
 
Y
S
 
S
G
 
G
E
 
D
E
 
D
P
 
A
L
 
L
F
 
N
A
 
L
T
 
P
H
 
W
M
 
L
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
A
R
 
T
G
 
G
G
 
F
V
x
I
L
 
S
A
 
V
T
 
I
A
 
A
N
 
H
V
 
L
Y
 
A
P
 
A
E
 
G
R
 
Q
W
 
L
I
 
R
E
 
E
V
 
L
L
 
L
E
 
S
L
 
A
A
 
F
G
 
G
K
 
S
G
 
G
G
 
-
L
 
-
R
 
-
D
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
Q
 
-
A
 
-
D
 
-
L
 
-
D
 
-
E
 
D
L
 
I
A
 
A
T
 
T
A
 
A
V
 
R
F
 
K
A
 
I
E
 
N
V
 
I
N
 
A
P
 
V
G
 
A
P
 
P
L
 
L
K
 
C
R
 
N
Y
 
A
M
 
M
A
 
S
-
 
R
-
 
L
-
 
G
-
 
G
-
 
V
-
 
T
-
 
L
-
 
S
-
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
L
-
 
R
M
 
L
A
 
Q
G
 
G
M
 
I
P
 
D
V
 
V
G
 
G
G
 
D
V
 
P
R
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
Q
V
 
V
E
 
A
P
 
A
S
 
T
E
 
P
A
 
E
T
 
Q
V
 
I
A
 
D
G
 
A
L
 
L
S
 
A
A
 
A
A
 
D
L
 
M
A
 
R
A
 
A
M
 
A
S
 
S

5j5dA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from mycobacterium tuberculosis in complex with alpha-ketopimelic acid (see paper)
33% identity, 96% coverage: 8:294/299 of query aligns to 9:294/297 of 5j5dA