SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_085123266.1 NCBI__GCF_900177295.1:WP_085123266.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

8wlbA X-ray structure of enterobacter cloacae allose-binding protein in complex with d-psicose (see paper)
31% identity, 79% coverage: 31:299/340 of query aligns to 6:267/288 of 8wlbA

query
sites
8wlbA
L
 
V
V
 
V
T
 
L
K
|
K
T
 
T
N
 
L
T
 
S
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
x
W
V
 
V
K
 
D
M
 
M
R
 
K
E
 
K
G
 
G
A
 
I
E
 
E
A
 
D
K
 
E
A
 
A
K
 
K
E
 
T
L
 
L
G
 
G
V
 
V
E
 
S
L
 
V
R
 
D
S
 
I
Y
 
F
A
 
A
G
 
S
K
 
P
Y
 
S
D
 
E
G
 
G
D
 
D
V
 
F
E
 
Q
S
 
S
Q
 
Q
V
 
L
E
 
Q
A
 
L
I
 
F
E
 
E
S
 
D
L
 
L
I
 
S
A
 
N
A
 
K
G
 
K
A
 
Y
K
 
K
G
 
G
I
 
I
L
 
A
I
 
F
T
 
A
P
 
P
S
 
L
D
 
S
S
 
S
A
 
V
A
 
N
V
 
L
V
 
V
P
 
M
A
 
P
L
 
V
A
 
A
R
 
R
A
 
A
R
 
W
K
 
Q
A
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
Y
V
 
L
I
 
V
A
 
N
L
 
L
D
|
D
T
x
E
P
 
K
L
 
I
D
 
D
P
 
M
A
 
D
S
 
N
A
 
L
A
 
K
D
 
K
A
 
A
-
 
G
-
 
G
-
 
N
-
 
V
-
 
E
-
 
G
T
 
F
F
 
V
A
 
T
T
 
T
D
 
D
N
 
N
F
 
V
K
 
A
A
 
V
G
 
G
Q
 
A
L
 
K
I
 
G
G
 
A
E
 
D
W
 
F
A
 
I
K
 
I
A
 
N
R
 
K
L
 
L
G
 
G
D
 
-
K
 
-
A
 
A
E
 
E
D
 
G
A
 
G
K
 
E
I
 
V
A
 
A
M
 
I
L
 
I
D
 
E
L
 
G
N
 
K
A
 
A
N
 
G
Q
 
N
I
 
A
S
|
S
V
 
G
D
 
E
V
 
-
A
 
A
R
|
R
D
 
R
Q
 
N
G
 
G
F
 
A
L
 
T
E
 
E
G
 
A
F
 
F
G
 
-
I
 
-
D
 
-
I
 
-
G
 
-
N
 
-
P
 
-
K
 
-
Q
 
-
I
 
-
G
 
-
D
 
-
E
 
-
K
 
K
D
 
K
G
 
A
R
 
N
I
 
Q
V
 
I
G
 
K
H
 
L
D
 
V
I
 
A
T
 
S
Q
 
Q
G
 
P
A
 
A
E
 
D
E
 
W
G
 
D
G
 
R
R
 
I
R
 
K
A
 
A
M
 
L
E
 
D
-
 
V
-
 
A
-
 
T
N
 
N
L
 
V
M
 
L
Q
 
Q
R
 
R
N
 
N
P
 
P
S
 
N
L
 
L
N
 
K
L
 
A
V
 
F
Y
 
Y
T
 
C
I
 
A
N
|
N
E
 
D
P
 
T
A
 
M
A
 
A
A
 
M
G
 
G
A
 
V
Y
 
A
E
 
Q
A
 
A
L
 
V
R
 
A
S
 
N
F
 
A
G
 
G
L
 
K
D
 
I
S
 
G
Q
 
K
A
 
V
T
 
L
I
 
V
V
 
V
S
 
G
I
 
T
D
|
D
G
 
G
G
 
I
C
 
P
P
 
E
G
 
A
V
 
R
K
 
K
N
 
M
V
 
V
K
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
Q
I
 
M
G
 
T
A
 
A
T
 
T
S
 
V
M
 
A
Q
|
Q
F
 
N
P
 
P
L
 
A
R
 
D
M
 
I
A
 
G
S
 
A
L
 
T
G
 
G
I
 
L
E
 
K
A
 
L
V
 
M
V
 
V
D
 
D
Y
 
A
A
 
A
R
 
K
T
 
T
G
 
G

8wl9A X-ray structure of enterobacter cloacae allose-binding protein in complex with d-ribose (see paper)
31% identity, 79% coverage: 31:299/340 of query aligns to 6:267/288 of 8wl9A

query
sites
8wl9A
L
 
V
V
 
V
T
 
L
K
 
K
T
 
T
N
 
L
T
 
S
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
 
W
V
 
V
K
 
D
M
 
M
R
 
K
E
 
K
G
 
G
A
 
I
E
 
E
A
 
D
K
 
E
A
 
A
K
 
K
E
 
T
L
 
L
G
 
G
V
 
V
E
 
S
L
 
V
R
 
D
S
 
I
Y
 
F
A
 
A
G
 
S
K
 
P
Y
 
S
D
 
E
G
 
G
D
 
D
V
 
F
E
 
Q
S
 
S
Q
 
Q
V
 
L
E
 
Q
A
 
L
I
 
F
E
 
E
S
 
D
L
 
L
I
 
S
A
 
N
A
 
K
G
 
K
A
 
Y
K
 
K
G
 
G
I
 
I
L
 
A
I
 
F
T
 
A
P
 
P
S
 
L
D
 
S
S
 
S
A
 
V
A
 
N
V
 
L
V
 
V
P
 
M
A
 
P
L
 
V
A
 
A
R
 
R
A
 
A
R
 
W
K
 
Q
A
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
Y
V
 
L
I
 
V
A
 
N
L
 
L
D
|
D
T
 
E
P
 
K
L
 
I
D
 
D
P
 
M
A
 
D
S
 
N
A
 
L
A
 
K
D
 
K
A
 
A
-
 
G
-
 
G
-
 
N
-
 
V
-
 
E
-
 
G
T
 
F
F
 
V
A
 
T
T
 
T
D
 
D
N
 
N
F
 
V
K
 
A
A
 
V
G
 
G
Q
 
A
L
 
K
I
 
G
G
 
A
E
 
D
W
 
F
A
 
I
K
 
I
A
 
N
R
 
K
L
 
L
G
 
G
D
 
-
K
 
-
A
 
A
E
 
E
D
 
G
A
 
G
K
 
E
I
 
V
A
 
A
M
 
I
L
 
I
D
 
E
L
 
G
N
 
K
A
 
A
N
 
G
Q
 
N
I
 
A
S
 
S
V
 
G
D
 
E
V
 
-
A
 
A
R
|
R
D
 
R
Q
 
N
G
 
G
F
 
A
L
 
T
E
 
E
G
 
A
F
 
F
G
 
-
I
 
-
D
 
-
I
 
-
G
 
-
N
 
-
P
 
-
K
 
-
Q
 
-
I
 
-
G
 
-
D
 
-
E
 
-
K
 
K
D
 
K
G
 
A
R
 
N
I
 
Q
V
 
I
G
 
K
H
 
L
D
 
V
I
 
A
T
 
S
Q
 
Q
G
 
P
A
 
A
E
 
D
E
x
W
G
 
D
G
 
R
R
 
I
R
 
K
A
 
A
M
 
L
E
 
D
-
 
V
-
 
A
-
 
T
N
 
N
L
 
V
M
 
L
Q
 
Q
R
 
R
N
 
N
P
 
P
S
 
N
L
 
L
N
 
K
L
 
A
V
 
F
Y
 
Y
T
 
C
I
 
A
N
|
N
E
 
D
P
 
T
A
 
M
A
 
A
A
 
M
G
 
G
A
 
V
Y
 
A
E
 
Q
A
 
A
L
 
V
R
 
A
S
 
N
F
 
A
G
 
G
L
 
K
D
 
I
S
 
G
Q
 
K
A
 
V
T
 
L
I
 
V
V
 
V
S
 
G
I
 
T
D
|
D
G
 
G
G
 
I
C
 
P
P
 
E
G
 
A
V
 
R
K
 
K
N
 
M
V
 
V
K
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
Q
I
 
M
G
 
T
A
 
A
T
 
T
S
 
V
M
 
A
Q
|
Q
F
 
N
P
 
P
L
 
A
R
 
D
M
 
I
A
 
G
S
 
A
L
 
T
G
 
G
I
 
L
E
 
K
A
 
L
V
 
M
V
 
V
D
 
D
Y
 
A
A
 
A
R
 
K
T
 
T
G
 
G

1rpjA Crystal structure of d-allose binding protein from escherichia coli (see paper)
30% identity, 79% coverage: 31:299/340 of query aligns to 6:267/288 of 1rpjA

query
sites
1rpjA
L
 
V
V
 
V
T
 
L
K
|
K
T
 
T
N
 
L
T
 
S
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
 
W
V
 
V
K
 
D
M
 
M
R
 
K
E
 
K
G
 
G
A
 
I
E
 
E
A
 
D
K
 
E
A
 
A
K
 
K
E
 
T
L
 
L
G
 
G
V
 
V
E
 
S
L
 
V
R
 
D
S
 
I
Y
 
F
A
 
A
G
 
S
K
 
P
Y
 
S
D
x
E
G
 
G
D
 
D
V
 
F
E
 
Q
S
 
S
Q
 
Q
V
 
L
E
 
Q
A
 
L
I
 
F
E
 
E
S
 
D
L
 
L
I
 
S
A
 
N
A
 
K
G
 
N
A
 
Y
K
 
K
G
 
G
I
 
I
L
 
A
I
 
F
T
 
A
P
 
P
S
 
L
D
 
S
S
 
S
A
 
V
A
 
N
V
 
L
V
 
V
P
 
M
A
 
P
L
 
V
A
 
A
R
 
R
A
 
A
R
 
W
K
 
K
A
 
K
G
 
G
L
 
I
L
 
Y
V
 
L
I
 
V
A
 
N
L
 
L
D
|
D
T
 
E
P
 
K
L
 
I
D
 
D
-
 
M
-
 
D
-
 
N
-
 
L
-
 
K
-
 
K
P
 
A
A
 
G
S
 
G
A
 
N
A
 
V
D
 
E
A
 
A
T
 
F
F
 
V
A
 
T
T
 
T
D
 
D
N
 
N
F
 
V
K
 
A
A
 
V
G
 
G
Q
 
A
L
 
K
I
 
G
G
 
A
E
 
S
W
 
F
A
 
I
K
 
I
A
 
D
R
 
K
L
 
L
G
 
G
D
 
-
K
 
-
A
 
A
E
 
E
D
 
G
A
 
G
K
 
E
I
 
V
A
 
A
M
 
I
L
 
I
D
 
E
L
 
G
N
 
K
A
 
A
N
 
G
Q
 
N
I
 
A
S
|
S
V
 
G
D
 
E
V
 
-
A
 
A
R
|
R
D
 
R
Q
 
N
G
 
G
F
 
A
L
 
T
E
 
E
G
 
A
F
 
F
G
 
-
I
 
-
D
 
-
I
 
-
G
 
-
N
 
-
P
 
-
K
 
-
Q
 
-
I
 
-
G
 
-
D
 
-
E
 
-
K
 
K
D
 
K
G
 
A
R
 
S
I
 
Q
V
 
I
G
 
K
H
 
L
D
 
V
I
 
A
T
 
S
Q
 
Q
G
 
P
A
 
A
E
 
D
E
x
W
G
 
D
G
 
R
R
 
I
R
 
K
A
 
A
M
 
L
E
 
D
-
 
V
-
 
A
-
 
T
N
 
N
L
 
V
M
 
L
Q
 
Q
R
 
R
N
 
N
P
 
P
S
 
N
L
 
I
N
 
K
L
 
A
V
 
I
Y
 
Y
T
 
C
I
 
A
N
|
N
E
 
D
P
 
T
A
 
M
A
 
A
A
 
M
G
 
G
A
 
V
Y
 
A
E
 
Q
A
 
A
L
 
V
R
 
A
S
 
N
F
 
A
G
 
G
L
 
K
D
 
T
S
 
G
Q
 
K
A
 
V
T
 
L
I
 
V
V
 
V
S
 
G
I
 
T
D
|
D
G
 
G
G
 
I
C
 
P
P
 
E
G
 
A
V
 
R
K
 
K
N
 
M
V
 
V
K
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
Q
I
 
M
G
 
T
A
 
A
T
 
T
S
 
V
M
 
A
Q
|
Q
F
 
N
P
 
P
L
 
A
R
 
D
M
 
I
A
 
G
S
 
A
L
 
T
G
 
G
I
 
L
E
 
K
A
 
L
V
 
M
V
 
V
D
 
D
Y
 
A
A
 
E
R
 
K
T
 
S
G
 
G

1gudA Hinge-bending motion of d-allose binding protein from escherichia coli: three open conformations (see paper)
30% identity, 79% coverage: 31:299/340 of query aligns to 6:267/288 of 1gudA

query
sites
1gudA
L
 
V
V
 
V
T
 
L
K
 
K
T
 
T
N
 
L
T
 
S
N
 
N
P
 
P
F
 
F
F
 
W
V
 
V
K
 
D
M
 
M
R
 
K
E
 
K
G
 
G
A
 
I
E
 
E
A
 
D
K
 
E
A
 
A
K
 
K
E
 
T
L
 
L
G
 
G
V
 
V
E
 
S
L
 
V
R
x
D
S
 
I
Y
 
F
A
 
A
G
 
S
K
 
P
Y
 
S
D
 
E
G
 
G
D
 
D
V
 
F
E
 
Q
S
 
S
Q
 
Q
V
 
L
E
 
Q
A
 
L
I
 
F
E
 
E
S
 
D
L
 
L
I
 
S
A
 
N
A
 
K
G
 
N
A
 
Y
K
 
K
G
 
G
I
 
I
L
 
A
I
 
F
T
 
A
P
 
P
S
 
L
D
 
S
S
 
S
A
 
V
A
 
N
V
 
L
V
 
V
P
 
M
A
 
P
L
 
V
A
 
A
R
 
R
A
 
A
R
 
W
K
 
K
A
 
K
G
 
G
L
 
I
L
 
Y
V
 
L
I
 
V
A
 
N
L
 
L
D
 
D
T
 
E
P
 
K
L
 
I
D
 
D
-
 
M
-
 
D
-
 
N
-
 
L
-
 
K
-
 
K
P
 
A
A
 
G
S
 
G
A
 
N
A
 
V
D
 
E
A
 
A
T
 
F
F
 
V
A
 
T
T
 
T
D
 
D
N
 
N
F
 
V
K
 
A
A
 
V
G
 
G
Q
 
A
L
 
K
I
 
G
G
 
A
E
 
S
W
 
F
A
 
I
K
 
I
A
 
D
R
 
K
L
 
L
G
 
G
D
 
-
K
 
-
A
 
A
E
 
E
D
 
G
A
 
G
K
 
E
I
 
V
A
 
A
M
 
I
L
 
I
D
 
E
L
 
G
N
 
K
A
 
A
N
 
G
Q
 
N
I
 
A
S
 
S
V
 
G
D
 
E
V
 
-
A
 
A
R
 
R
D
 
R
Q
 
N
G
 
G
F
 
A
L
 
T
E
 
E
G
 
A
F
 
F
G
 
-
I
 
-
D
 
-
I
 
-
G
 
-
N
 
-
P
 
-
K
 
-
Q
 
-
I
 
-
G
 
-
D
 
-
E
 
-
K
 
K
D
 
K
G
 
A
R
 
S
I
 
Q
V
 
I
G
 
K
H
 
L
D
 
V
I
 
A
T
 
S
Q
 
Q
G
 
P
A
 
A
E
 
D
E
 
W
G
 
D
G
 
R
R
 
I
R
 
K
A
 
A
M
 
L
E
 
D
-
 
V
-
 
A
-
 
T
N
 
N
L
 
V
M
 
L
Q
 
Q
R
 
R
N
 
N
P
 
P
S
 
N
L
 
I
N
 
K
L
 
A
V
 
I
Y
 
Y
T
 
C
I
 
A
N
 
N
E
 
D
P
 
T
A
 
M
A
 
A
A
 
M
G
 
G
A
 
V
Y
 
A
E
 
Q
A
 
A
L
 
V
R
 
A
S
 
N
F
 
A
G
 
G
L
 
K
D
 
T
S
 
G
Q
 
K
A
 
V
T
 
L
I
 
V
V
 
V
S
 
G
I
 
T
D
 
D
G
 
G
G
 
I
C
 
P
P
 
E
G
 
A
V
 
R
K
 
K
N
 
M
V
 
V
K
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
Q
I
 
M
G
 
T
A
 
A
T
 
T
S
 
V
M
 
A
Q
 
Q
F
 
N
P
 
P
L
 
A
R
 
D
M
 
I
A
 
G
S
 
A
L
 
T
G
 
G
I
 
L
E
 
K
A
 
L
V
 
M
V
 
V
D
 
D
Y
 
A
A
 
E
R
 
K
T
 
S
G
 
G

Sites not aligning to the query:

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
31% identity, 82% coverage: 29:306/340 of query aligns to 3:262/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
V
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
V
T
 
I
K
 
S
T
 
T
N
 
L
T
 
N
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
|
F
V
 
V
K
 
T
M
 
L
R
 
K
E
 
N
G
 
G
A
 
A
E
 
E
A
 
E
K
 
K
A
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
Y
E
 
K
L
 
I
R
 
I
S
 
V
Y
 
E
A
 
D
G
 
S
K
 
Q
Y
 
N
D
 
D
G
 
S
D
 
S
V
 
K
E
 
E
S
 
-
Q
 
-
V
 
L
E
 
S
A
 
N
I
 
V
E
 
E
S
 
D
L
 
L
I
 
I
A
 
Q
A
 
Q
G
 
K
A
 
V
K
 
D
G
 
V
I
 
L
L
 
L
I
 
I
T
 
N
P
 
P
S
 
V
D
 
D
S
 
S
A
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
V
P
 
T
A
 
A
L
 
I
A
 
K
R
 
E
A
 
A
R
 
N
K
 
S
A
 
K
G
 
N
L
 
I
L
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
T
L
 
I
D
|
D
T
x
R
P
 
S
L
 
A
D
 
N
P
 
G
A
 
G
S
 
D
A
 
V
A
 
V
D
 
-
A
 
C
T
 
H
F
 
I
A
 
A
T
 
S
D
 
D
N
 
N
F
 
V
K
 
K
A
 
G
G
 
G
Q
 
E
L
 
M
I
 
A
G
 
A
E
 
E
W
 
F
A
 
I
K
 
A
A
 
K
R
 
A
L
 
L
G
 
K
D
 
G
K
 
K
A
 
G
E
 
N
D
 
V
A
 
V
K
 
E
I
 
L
A
 
E
M
 
G
L
 
I
D
 
P
L
 
-
N
 
-
A
 
-
N
 
-
Q
 
-
I
 
-
S
 
G
V
 
A
D
 
S
V
x
A
A
 
A
R
 
R
D
 
D
Q
x
R
G
 
G
F
 
-
L
 
-
E
 
K
G
 
G
F
 
F
G
 
-
I
 
-
D
 
-
I
 
-
G
 
-
N
 
-
P
 
D
K
 
E
Q
 
A
I
 
I
G
 
A
D
 
K
E
 
Y
K
 
P
D
 
D
G
 
I
R
 
K
I
 
I
V
 
V
G
 
A
H
 
K
D
 
Q
I
 
A
T
 
A
Q
 
D
G
x
F
A
 
D
E
 
R
E
 
S
G
 
K
G
 
G
R
 
L
R
 
S
A
 
V
M
 
M
E
 
E
N
 
N
L
 
I
M
 
L
Q
 
Q
R
 
A
N
 
Q
P
 
P
S
 
K
L
 
I
N
 
D
L
 
A
V
 
V
Y
 
F
T
 
A
I
 
Q
N
|
N
E
 
D
P
 
E
A
 
M
A
 
A
A
 
L
G
 
G
A
 
A
Y
 
I
E
 
K
A
 
A
L
 
I
R
 
E
S
 
A
F
 
-
G
 
-
L
 
A
D
 
N
S
 
R
Q
 
Q
A
 
G
T
 
I
I
 
I
-
 
V
V
 
V
S
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
G
G
 
T
C
 
E
P
 
D
G
 
A
V
 
L
K
 
K
N
 
A
V
 
I
K
 
K
A
 
E
G
 
G
V
 
K
I
 
M
G
 
A
A
 
A
T
 
T
S
 
I
M
 
A
Q
|
Q
F
 
Q
P
 
P
L
 
A
R
 
L
M
 
M
A
 
G
S
 
S
L
 
L
G
 
G
I
 
V
E
 
E
A
 
M
V
 
A
V
 
D
D
 
K
Y
 
Y
A
 
L
R
 
K
T
 
G
G
 
E
A
 
K
R
 
I
P
 
P
K
 
N
P
 
F
T
 
I
P
 
P

5dteB Crystal structure of an abc transporter periplasmic solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z(asuc_0081, target efi-511065) with bound d-allose
29% identity, 77% coverage: 29:290/340 of query aligns to 5:257/287 of 5dteB

query
sites
5dteB
V
 
I
G
 
A
L
 
L
V
 
L
T
 
M
K
|
K
T
 
T
N
 
L
T
 
S
N
|
N
P
 
E
F
x
Y
F
 
F
V
 
I
K
 
S
M
 
M
R
 
R
E
 
Q
G
 
G
A
 
A
E
 
E
A
 
E
K
 
T
A
 
A
K
 
K
E
 
Q
L
 
K
G
 
D
V
 
I
E
 
D
L
 
L
R
 
I
S
 
V
Y
 
Q
A
 
V
G
 
A
K
 
E
Y
 
K
D
 
E
G
 
D
D
 
S
V
 
T
E
 
E
S
 
Q
Q
 
L
V
 
V
E
 
G
A
 
L
I
 
V
E
 
E
S
 
N
L
 
M
I
 
I
A
 
A
A
 
K
G
 
K
A
 
V
K
 
D
G
 
A
I
 
I
L
 
I
I
 
V
T
 
T
P
 
P
S
 
N
D
 
D
S
 
S
A
 
I
A
 
A
V
 
F
V
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
F
A
 
Q
R
 
K
A
 
A
R
 
E
K
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
I
L
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
D
L
 
L
D
|
D
T
 
V
P
 
R
L
 
L
D
 
D
P
 
-
A
 
A
S
 
K
A
 
A
A
 
A
D
 
E
A
 
A
T
 
A
-
 
G
-
 
L
-
 
K
-
 
F
-
 
N
-
 
Y
F
 
V
A
 
G
T
 
V
D
 
D
N
 
N
F
 
F
K
 
N
A
 
G
G
 
G
Q
 
Y
L
 
L
I
 
E
G
 
A
E
 
K
W
 
N
A
 
L
K
 
A
A
 
E
R
 
A
L
 
I
G
 
G
D
 
K
K
 
K
A
 
G
E
 
N
D
 
V
A
 
A
K
 
-
I
 
-
A
 
-
M
 
-
L
 
-
D
 
-
L
 
-
N
 
-
A
 
-
N
 
-
Q
 
-
I
 
-
S
 
-
V
 
-
D
 
-
V
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
-
Q
 
-
G
 
-
F
 
I
L
 
L
E
 
E
G
 
G
F
 
I
-
 
P
G
 
G
I
 
V
D
 
D
I
x
N
G
 
G
N
 
E
P
 
Q
K
x
R
Q
 
K
I
 
G
G
 
G
D
 
A
E
 
L
K
 
K
-
 
A
-
 
F
-
 
A
-
 
E
-
 
Y
-
 
P
D
 
D
G
 
I
R
 
K
I
 
I
V
 
V
G
 
A
H
 
S
D
 
Q
I
 
S
T
 
A
Q
 
N
G
x
W
A
 
E
E
 
T
E
 
E
G
 
Q
G
 
A
R
 
L
R
 
N
A
 
V
M
 
T
E
 
T
N
 
N
L
 
I
M
 
L
Q
 
T
R
 
A
N
 
N
P
 
P
S
 
N
L
 
I
N
 
N
L
 
G
V
 
I
Y
 
F
T
 
A
I
 
A
N
 
N
E
 
D
P
 
N
A
 
M
A
 
A
A
 
I
G
 
G
A
 
A
Y
 
V
E
 
T
A
 
A
L
 
V
R
 
E
S
 
N
F
 
A
G
 
G
L
 
L
D
 
A
S
 
G
Q
 
K
A
 
V
T
 
L
I
 
V
V
 
S
S
 
G
I
 
Y
D
|
D
G
 
G
G
 
I
C
 
P
P
 
L
G
 
A
V
 
I
K
 
E
N
 
Y
V
 
V
K
 
K
A
 
Q
G
 
G
V
 
K
I
 
M
G
 
Q
A
 
N
T
 
T
S
 
I
M
 
D
Q
|
Q
F
 
L
P
 
P
L
 
K
R
 
K
M
 
Q
A
 
V
S
 
A
L
 
I
G
 
A
I
 
I
E
 
E

4ry9B Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein veis_2079 from verminephrobacter eiseniae ef01-2, target efi-511009, a complex with d-talitol
29% identity, 82% coverage: 29:308/340 of query aligns to 5:276/297 of 4ry9B

query
sites
4ry9B
V
 
I
G
 
G
L
 
V
V
 
S
T
 
M
K
|
K
T
 
T
N
 
L
T
 
S
N
 
A
P
 
P
F
x
Y
F
|
F
V
 
A
K
 
A
M
 
Q
R
 
M
E
 
E
G
 
A
A
 
A
E
 
K
A
 
A
K
 
R
A
 
G
K
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
Y
E
 
E
L
 
V
R
 
-
S
 
-
Y
 
L
A
 
A
G
 
T
K
 
D
Y
 
A
D
 
Q
G
 
G
D
 
K
V
 
L
E
 
Q
S
 
K
Q
 
Q
V
 
I
E
 
S
A
 
D
I
 
V
E
 
E
S
 
D
L
 
L
I
 
V
A
 
T
A
 
R
G
 
G
A
 
V
K
 
K
G
 
L
I
 
L
L
 
I
I
 
I
T
 
N
P
 
P
S
 
A
D
|
D
S
|
S
A
 
E
A
 
G
V
 
L
V
 
V
P
 
N
A
 
A
L
 
V
A
 
N
R
 
N
A
 
A
R
 
S
K
 
A
A
 
N
G
 
G
L
 
V
L
 
K
V
 
V
I
 
V
A
 
V
L
 
I
D
|
D
T
x
S
P
x
T
L
 
L
D
 
N
P
 
P
A
 
R
S
 
A
A
 
N
A
 
F
D
 
V
A
 
T
T
 
Q
F
 
V
A
 
Q
T
 
S
D
 
S
N
 
N
F
 
S
K
 
I
A
 
N
G
 
G
Q
 
A
L
 
L
I
 
V
G
 
G
E
 
H
W
 
W
A
 
V
K
 
I
A
 
E
R
 
E
L
 
V
G
 
G
D
 
N
K
 
K
A
 
S
E
 
-
D
 
-
A
 
L
K
 
K
I
 
I
A
 
A
M
 
L
L
 
L
D
 
S
L
 
G
N
 
E
A
 
K
N
 
G
Q
x
N
I
 
-
S
x
P
V
 
V
D
 
G
V
 
Q
A
 
E
R
|
R
D
 
R
Q
 
L
G
 
G
F
 
V
L
 
L
E
 
S
G
 
-
F
 
-
G
 
G
I
 
I
D
 
I
I
 
E
G
 
A
N
 
Q
P
 
L
K
 
R
Q
 
K
I
 
F
G
 
G
D
 
-
E
 
K
K
 
A
D
 
D
G
 
L
R
 
T
I
 
V
V
 
V
G
 
G
H
 
Q
D
 
G
I
 
W
T
 
G
Q
 
H
G
x
W
A
 
N
E
 
D
E
 
E
G
 
G
G
 
G
R
 
L
R
 
K
A
 
A
M
 
M
E
 
E
N
 
D
L
 
L
M
 
L
Q
 
V
R
 
A
N
 
N
P
 
K
S
 
D
L
 
I
N
 
N
L
 
M
V
 
V
Y
 
L
T
 
G
I
 
E
N
|
N
E
 
D
P
 
S
A
 
M
A
 
V
A
 
L
G
 
G
A
 
A
Y
 
R
E
 
R
A
 
A
L
 
I
R
 
E
S
 
S
F
 
A
G
 
G
L
 
R
D
 
T
S
 
G
Q
 
I
A
 
L
T
 
L
I
 
V
V
 
A
S
 
A
I
 
A
D
|
D
G
 
A
G
 
Q
C
 
K
P
 
E
G
 
A
V
 
L
K
 
A
N
 
L
V
 
I
K
 
K
A
 
Q
G
 
G
V
 
K
I
 
Y
G
 
G
A
 
V
T
 
T
S
 
G
M
 
L
Q
 
N
F
 
D
P
 
P
L
 
A
R
 
L
M
 
V
A
 
A
S
 
R
L
 
T
G
 
A
I
 
I
E
 
D
A
 
L
V
 
G
V
 
V
D
 
K
Y
 
V
A
 
V
R
 
K
T
 
G
G
 
E
A
 
V
R
 
K
P
 
D
K
 
V
P
 
P
T
 
K
P
 
Q
G
 
T
L
 
L

4ry9A Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein veis_2079 from verminephrobacter eiseniae ef01-2, target efi-511009, a complex with d-talitol
29% identity, 82% coverage: 29:308/340 of query aligns to 5:276/297 of 4ry9A

query
sites
4ry9A
V
 
I
G
 
G
L
 
V
V
 
S
T
 
M
K
|
K
T
 
T
N
 
L
T
 
S
N
 
A
P
 
P
F
x
Y
F
|
F
V
 
A
K
 
A
M
 
Q
R
 
M
E
 
E
G
 
A
A
 
A
E
 
K
A
 
A
K
 
R
A
 
G
K
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
Y
E
 
E
L
 
V
R
 
-
S
 
-
Y
 
L
A
 
A
G
 
T
K
 
D
Y
 
A
D
 
Q
G
 
G
D
 
K
V
 
L
E
 
Q
S
 
K
Q
 
Q
V
 
I
E
 
S
A
 
D
I
 
V
E
 
E
S
 
D
L
 
L
I
 
V
A
 
T
A
 
R
G
 
G
A
 
V
K
 
K
G
 
L
I
 
L
L
 
I
I
 
I
T
 
N
P
 
P
S
 
A
D
 
D
S
 
S
A
 
E
A
 
G
V
 
L
V
 
V
P
 
N
A
 
A
L
 
V
A
 
N
R
 
N
A
 
A
R
 
S
K
 
A
A
 
N
G
 
G
L
 
V
L
 
K
V
 
V
I
 
V
A
 
V
L
 
I
D
|
D
T
x
S
P
 
T
L
 
L
D
 
N
P
 
P
A
 
R
S
 
A
A
 
N
A
 
F
D
 
V
A
 
T
T
 
Q
F
 
V
A
 
Q
T
 
S
D
 
S
N
 
N
F
 
S
K
 
I
A
 
N
G
 
G
Q
 
A
L
 
L
I
 
V
G
 
G
E
 
H
W
 
W
A
 
V
K
 
I
A
 
E
R
 
E
L
 
V
G
 
G
D
 
N
K
 
K
A
 
S
E
 
-
D
 
-
A
 
L
K
 
K
I
 
I
A
 
A
M
 
L
L
 
L
D
 
S
L
 
G
N
 
E
A
 
K
N
 
G
Q
x
N
I
 
-
S
 
P
V
 
V
D
 
G
V
 
Q
A
 
E
R
|
R
D
 
R
Q
 
L
G
 
G
F
 
V
L
 
L
E
 
S
G
 
-
F
 
-
G
 
G
I
 
I
D
 
I
I
 
E
G
 
A
N
 
Q
P
 
L
K
 
R
Q
 
K
I
 
F
G
 
G
D
 
-
E
 
K
K
 
A
D
 
D
G
 
L
R
 
T
I
 
V
V
 
V
G
 
G
H
 
Q
D
 
G
I
 
W
T
 
G
Q
 
H
G
x
W
A
 
N
E
 
D
E
 
E
G
 
G
G
 
G
R
 
L
R
 
K
A
 
A
M
 
M
E
 
E
N
 
D
L
 
L
M
 
L
Q
 
V
R
 
A
N
 
N
P
 
K
S
 
D
L
 
I
N
 
N
L
 
M
V
 
V
Y
 
L
T
 
G
I
 
E
N
|
N
E
 
D
P
 
S
A
 
M
A
 
V
A
 
L
G
 
G
A
 
A
Y
 
R
E
 
R
A
 
A
L
 
I
R
 
E
S
 
S
F
 
A
G
 
G
L
 
R
D
 
T
S
 
G
Q
 
I
A
 
L
T
 
L
I
 
V
V
 
A
S
 
A
I
 
A
D
|
D
G
 
A
G
 
Q
C
 
K
P
 
E
G
 
A
V
 
L
K
 
A
N
 
L
V
 
I
K
 
K
A
 
Q
G
 
G
V
 
K
I
 
Y
G
 
G
A
 
V
T
 
T
S
 
G
M
 
L
Q
 
N
F
 
D
P
 
P
L
 
A
R
 
L
M
 
V
A
 
A
S
 
R
L
 
T
G
 
A
I
 
I
E
 
D
A
 
L
V
 
G
V
 
V
D
 
K
Y
 
V
A
 
V
R
 
K
T
 
G
G
 
E
A
 
V
R
 
K
P
 
D
K
 
V
P
 
P
T
 
K
P
 
Q
G
 
T
L
 
L

2h3hA Crystal structure of the liganded form of thermotoga maritima glucose binding protein (see paper)
29% identity, 92% coverage: 29:340/340 of query aligns to 4:306/313 of 2h3hA

query
sites
2h3hA
V
 
I
G
 
G
L
 
V
V
 
I
T
 
G
K
|
K
T
 
S
N
 
-
T
 
V
N
 
H
P
 
P
F
 
Y
F
 
W
V
 
S
K
 
Q
M
 
V
R
 
E
E
 
Q
G
 
G
A
 
V
E
 
K
A
 
A
K
 
A
A
 
G
K
 
K
E
 
A
L
 
L
G
 
G
V
 
V
E
 
D
L
 
T
R
 
K
S
 
F
Y
 
F
A
 
V
G
 
P
K
 
Q
Y
 
K
D
 
E
G
 
-
D
 
D
V
 
I
E
 
N
S
 
A
Q
 
Q
V
 
L
E
 
Q
A
 
M
I
 
L
E
 
E
S
 
S
L
 
F
I
 
I
A
 
A
A
 
E
G
 
G
A
 
V
K
 
N
G
 
G
I
 
I
L
 
A
I
 
I
T
 
A
P
 
P
S
 
S
D
 
D
S
 
P
A
 
T
A
 
A
V
 
V
V
 
I
P
 
P
A
 
T
L
 
I
A
 
K
R
 
K
A
 
A
R
 
L
K
 
E
A
 
M
G
 
G
L
 
I
L
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
T
L
 
L
D
|
D
T
 
T
P
 
D
L
 
-
D
 
S
P
 
P
A
 
D
S
 
S
A
 
G
A
 
R
D
 
Y
A
 
V
T
 
Y
F
 
I
A
 
G
T
 
T
D
 
D
N
 
N
F
 
Y
K
 
Q
A
 
A
G
 
G
Q
 
Y
L
 
T
I
 
A
G
 
G
E
 
L
W
 
I
A
 
M
K
 
K
A
 
E
R
 
L
L
 
L
G
 
G
D
 
G
K
 
K
A
 
G
E
 
K
D
 
-
A
 
V
K
 
V
I
 
I
A
 
G
M
 
T
L
 
G
D
 
S
L
 
L
N
 
T
A
 
A
N
 
M
Q
x
N
I
 
-
S
 
-
V
 
-
D
 
S
V
 
L
A
 
Q
R
|
R
D
 
I
Q
 
Q
G
 
G
F
 
F
L
 
K
E
 
D
G
 
A
F
 
I
G
 
-
I
 
-
D
 
-
I
 
-
G
 
-
N
 
-
P
 
-
K
 
-
Q
 
-
I
 
-
G
 
-
D
 
-
E
 
-
K
 
K
D
 
D
G
 
S
R
 
E
I
 
I
V
 
E
G
 
I
H
 
V
D
 
D
I
 
I
T
 
L
Q
 
N
G
 
D
A
 
E
E
|
E
E
 
D
G
 
G
G
 
A
R
 
R
R
 
A
A
 
V
-
 
S
-
 
L
M
 
A
E
 
E
N
 
A
L
 
A
M
 
L
Q
 
N
R
 
A
N
 
H
P
 
P
S
 
D
L
 
L
N
 
D
L
 
A
-
 
F
-
 
F
-
 
G
V
 
V
Y
|
Y
T
x
A
I
 
Y
N
 
N
E
 
G
P
 
P
A
 
A
A
 
Q
A
 
A
G
 
-
A
 
-
Y
 
-
E
 
L
A
 
V
L
 
V
R
 
K
S
 
N
F
 
A
G
 
G
L
 
K
D
 
V
S
 
G
Q
 
K
A
 
V
T
 
K
I
 
I
V
 
V
S
 
C
I
 
F
D
|
D
G
 
T
G
 
T
C
 
P
P
 
D
G
 
I
V
 
L
K
 
Q
N
 
Y
V
 
V
K
 
K
A
 
E
G
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
Q
A
 
A
T
 
T
S
 
M
M
 
G
Q
|
Q
F
 
R
P
 
P
L
 
Y
R
 
M
M
 
M
A
 
G
S
 
Y
L
 
L
G
 
S
I
 
V
E
 
T
A
 
V
V
 
L
V
 
Y
D
 
L
Y
 
M
A
 
N
R
 
K
T
 
I
G
 
G
A
 
V
-
 
Q
-
 
N
-
 
T
-
 
L
-
 
M
-
 
M
-
 
L
-
 
P
R
 
K
P
 
V
K
 
K
P
 
V
T
 
D
P
 
G
G
 
K
L
 
V
D
 
D
F
 
Y
T
 
V
-
 
I
D
 
D
T
 
T
G
 
G
V
 
V
Q
 
D
L
 
V
V
 
V
T
 
T
D
 
P
K
 
E
P
 
N
I
 
L
D
 
D
G
 
E
I
 
Y
P
 
L
S
 
K
I
 
K
T
 
M
S
 
E
E
 
E
E
 
L
G
 
G
L
 
I
K
 
P
L
 
I
C
 
K
W
 
F
G
 
G

4zjpA Structure of an abc-transporter solute binding protein (sbp_ipr025997) from actinobacillus succinogenes (asuc_0197, target efi-511067) with bound beta-d-ribopyranose
32% identity, 77% coverage: 29:290/340 of query aligns to 5:246/270 of 4zjpA

query
sites
4zjpA
V
 
I
G
 
A
L
 
L
V
 
T
T
 
V
K
 
S
T
 
T
N
 
L
T
 
D
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
|
F
V
 
V
K
 
S
M
 
L
R
 
K
E
 
D
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
A
 
K
K
 
K
A
 
A
K
 
T
E
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
Y
E
 
K
L
 
L
R
 
V
S
 
V
Y
 
L
A
 
D
G
 
S
K
 
Q
Y
 
N
D
 
D
G
 
P
D
 
S
V
 
K
E
 
E
S
 
-
Q
 
-
V
 
L
E
 
S
A
 
N
I
 
V
E
 
E
S
 
D
L
 
L
I
 
T
A
 
V
A
 
R
G
 
G
A
 
A
K
 
K
G
 
V
I
 
L
L
 
L
I
 
I
T
 
N
P
 
P
S
 
T
D
 
D
S
 
S
A
 
A
A
 
A
V
 
V
V
 
S
P
 
N
A
 
A
L
 
V
A
 
A
R
 
I
A
 
A
R
 
N
K
 
R
A
 
N
G
 
K
L
 
I
L
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
T
L
 
L
D
|
D
T
x
R
P
 
G
L
 
A
D
 
A
P
 
K
A
 
G
S
 
E
A
 
V
A
 
V
D
 
-
A
 
S
T
 
H
F
 
I
A
 
A
T
 
S
D
 
D
N
 
N
F
 
V
K
 
A
A
 
G
G
 
G
Q
 
K
L
 
M
I
 
A
G
 
G
E
 
D
W
 
F
A
 
I
K
 
A
A
 
Q
R
 
K
L
 
L
G
 
G
D
 
D
K
 
-
A
 
-
E
 
-
D
 
G
A
 
A
K
 
K
I
 
V
A
 
I
M
 
Q
L
 
L
D
 
E
L
 
G
N
 
L
A
 
A
N
 
-
Q
 
-
I
 
-
S
 
G
V
 
T
D
 
S
V
 
A
A
 
A
R
 
R
D
 
E
Q
x
R
G
 
G
F
 
-
L
 
-
E
 
E
G
 
G
F
 
F
G
 
-
I
 
-
D
 
-
I
 
-
G
 
-
N
 
-
P
 
-
K
 
K
Q
 
Q
I
 
A
G
 
I
D
 
E
E
 
A
K
 
H
D
 
K
G
 
F
R
 
D
I
 
V
V
 
L
G
 
A
H
 
S
D
 
Q
I
 
P
T
 
A
Q
 
D
G
x
F
A
 
D
E
 
R
E
 
T
G
 
K
G
 
G
R
 
L
R
 
N
A
 
V
M
 
T
E
 
E
N
 
N
L
 
L
M
 
L
Q
 
A
R
 
S
N
 
K
P
 
G
S
 
S
L
 
V
N
 
Q
L
 
A
V
 
I
Y
 
F
T
 
A
I
 
Q
N
|
N
E
 
D
P
 
E
A
 
M
A
 
A
A
 
L
G
 
G
A
 
A
Y
 
L
E
 
R
A
 
A
L
 
I
R
 
S
S
 
A
F
 
A
G
 
G
L
 
-
D
 
-
S
 
K
Q
 
K
A
 
V
T
 
L
I
 
V
V
 
V
S
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
G
G
 
T
C
 
E
P
 
D
G
 
G
V
 
V
K
 
K
N
 
A
V
 
V
K
 
K
A
 
S
G
 
G
V
 
K
I
 
L
G
 
A
A
 
A
T
 
T
S
 
V
M
 
A
Q
|
Q
F
 
Q
P
 
P
L
 
E
R
 
L
M
 
I
A
 
G
S
 
S
L
 
L
G
 
G
I
 
V
E
 
E

2fn8A Thermotoga maritima ribose binding protein ribose bound form (see paper)
28% identity, 87% coverage: 29:324/340 of query aligns to 4:284/292 of 2fn8A

query
sites
2fn8A
V
 
M
G
 
A
L
 
I
V
 
V
T
 
I
K
 
S
T
 
T
N
 
L
T
 
N
N
|
N
P
 
P
F
x
W
F
|
F
V
 
V
K
 
V
M
 
L
R
 
A
E
 
E
G
 
T
A
 
A
E
 
K
A
 
Q
K
 
R
A
 
A
K
 
E
E
 
Q
L
 
L
G
 
G
V
 
Y
E
 
E
L
 
A
R
 
T
S
 
I
Y
 
F
A
 
D
G
 
S
K
 
Q
Y
 
N
D
 
D
G
 
T
D
 
A
V
 
K
E
 
E
S
 
S
Q
 
A
V
 
-
E
 
-
A
 
H
I
 
F
E
 
D
S
 
A
L
 
I
I
 
I
A
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
Y
K
 
D
G
 
A
I
 
I
L
 
I
I
 
F
T
 
N
P
 
P
S
 
T
D
 
D
S
 
A
A
 
D
A
 
G
V
 
S
V
 
I
P
 
A
A
 
N
L
 
V
A
 
K
R
 
R
A
 
A
R
 
K
K
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
I
L
 
P
V
 
V
I
 
F
A
 
C
L
 
V
D
|
D
T
x
R
P
 
G
L
 
I
D
 
N
P
 
A
A
 
R
S
 
G
A
 
L
A
 
A
D
 
V
A
 
A
T
 
Q
F
 
I
A
 
Y
T
 
S
D
 
D
N
 
N
F
 
Y
K
 
Y
A
 
G
G
 
G
Q
 
V
L
 
L
I
 
M
G
 
G
E
 
E
W
 
Y
A
 
F
K
 
V
A
 
K
R
 
F
L
 
L
G
 
K
D
 
E
K
 
K
A
 
Y
E
 
P
D
 
D
A
 
A
K
 
K
-
 
E
-
 
I
-
 
P
-
 
Y
I
 
A
A
 
E
M
 
L
L
 
L
D
 
G
L
 
I
N
 
L
A
 
S
N
 
A
Q
 
Q
I
 
P
S
 
T
V
 
W
D
 
D
V
 
-
A
 
-
R
|
R
D
 
S
Q
 
N
G
 
G
F
 
F
L
 
-
E
 
-
G
 
-
F
 
-
G
 
-
I
 
-
D
 
-
I
 
-
G
 
-
N
 
-
P
 
H
K
 
S
Q
 
V
I
 
V
G
 
D
D
 
Q
E
 
Y
K
 
P
D
 
E
G
 
F
R
 
K
I
 
M
V
 
V
G
 
A
H
 
Q
D
 
Q
I
 
S
T
 
A
Q
 
E
G
x
F
A
 
D
E
 
R
E
 
D
G
 
T
G
 
A
R
 
Y
R
 
K
A
 
V
M
 
T
E
 
E
N
 
Q
L
 
I
M
 
L
Q
 
Q
R
 
A
N
 
H
P
 
P
S
 
E
L
 
I
N
 
K
L
 
A
V
 
I
Y
 
W
T
 
C
I
 
G
N
|
N
E
 
D
P
 
A
A
 
M
A
 
A
A
 
L
G
 
G
A
 
A
Y
 
M
E
 
K
A
 
A
L
 
C
R
 
E
S
 
A
F
 
A
G
 
G
L
 
-
D
 
R
S
 
T
Q
 
D
A
 
I
T
 
Y
I
 
I
V
 
F
S
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
G
G
 
A
C
 
E
P
 
D
G
 
V
V
 
I
K
 
N
N
 
A
V
 
I
K
 
K
A
 
E
G
 
G
-
 
K
V
 
Q
I
 
I
G
 
V
A
 
A
T
 
T
S
 
I
M
 
M
Q
|
Q
F
 
F
P
 
P
L
 
K
R
 
L
M
 
M
A
 
A
S
 
R
L
 
L
G
 
A
I
 
V
E
 
E
A
 
W
V
 
A
V
 
D
D
 
Q
Y
 
Y
A
 
L
R
 
R
T
 
-
G
 
G
A
 
E
R
 
R
P
 
S
K
 
F
P
 
P
T
 
-
P
 
-
G
 
-
L
 
-
D
 
E
F
 
I
T
 
V
D
 
P
T
 
V
G
 
T
V
 
V
Q
 
E
L
 
L
V
 
V
T
 
T
D
 
R
K
 
E
P
 
N
I
 
I
D
 
D

3c6qC Apo and ligand-bound form of a thermophilic glucose/xylose binding protein
30% identity, 87% coverage: 29:324/340 of query aligns to 4:290/305 of 3c6qC

query
sites
3c6qC
V
 
I
G
 
G
L
 
V
V
 
I
T
 
G
K
|
K
T
 
S
N
 
-
T
 
V
N
 
H
P
 
P
F
 
Y
F
x
W
V
 
S
K
 
Q
M
 
V
R
 
E
E
 
Q
G
 
G
A
 
V
E
 
K
A
 
A
K
 
A
A
 
G
K
 
K
E
 
A
L
 
L
G
 
G
V
 
V
E
 
D
L
 
T
R
 
K
S
 
F
Y
 
F
A
 
V
G
 
P
K
 
Q
Y
 
-
D
 
K
G
 
C
D
 
D
V
 
I
E
 
N
S
 
A
Q
 
Q
V
 
L
E
 
Q
A
 
M
I
 
L
E
 
E
S
 
S
L
 
F
I
 
I
A
 
A
A
 
E
G
 
G
A
 
V
K
 
N
G
 
G
I
 
I
L
 
A
I
 
I
T
 
A
P
 
P
S
 
S
D
 
D
S
 
P
A
 
T
A
 
A
V
 
V
V
 
I
P
 
P
A
 
T
L
 
I
A
 
K
R
 
K
A
 
A
R
 
L
K
 
E
A
 
M
G
 
G
L
 
I
L
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
T
L
 
L
D
|
D
T
 
T
P
 
D
L
 
-
D
 
S
P
 
P
A
 
D
S
 
S
A
 
G
A
 
R
D
 
Y
A
 
V
T
 
Y
F
 
I
A
 
G
T
 
T
D
 
D
N
 
N
F
 
Y
K
 
Q
A
 
A
G
 
G
Q
 
Y
L
 
T
I
 
A
G
 
G
E
 
L
W
 
I
A
 
M
K
 
K
A
 
E
R
 
L
L
 
L
G
 
G
D
 
G
K
 
K
A
 
G
E
 
K
D
 
-
A
 
V
K
 
V
I
 
I
A
 
G
M
 
T
L
 
G
D
 
S
L
 
L
N
 
T
A
 
A
N
 
M
Q
x
N
I
 
-
S
 
-
V
 
-
D
 
S
V
 
L
A
 
Q
R
|
R
D
 
I
Q
 
Q
G
 
G
F
 
F
L
 
K
E
 
D
G
 
A
F
 
I
G
 
-
I
 
-
D
 
-
I
 
-
G
 
-
N
 
-
P
 
-
K
 
-
Q
 
-
I
 
-
G
 
-
D
 
-
E
 
-
K
 
K
D
 
D
G
 
S
R
 
E
I
 
I
V
 
E
G
 
I
H
 
V
D
 
D
I
 
I
T
 
L
Q
 
N
G
 
D
A
 
C
E
|
E
E
 
D
G
 
G
G
 
A
R
 
R
R
 
A
A
 
V
-
 
S
-
 
L
M
 
A
E
 
E
N
 
A
L
 
A
M
 
L
Q
 
N
R
 
A
N
 
H
P
 
P
S
 
D
L
 
L
N
 
D
L
 
A
-
 
F
-
 
F
-
 
G
V
 
V
Y
|
Y
T
x
A
I
 
Y
N
 
N
E
 
G
P
 
P
A
 
A
A
 
Q
A
 
A
G
 
-
A
 
-
Y
 
-
E
 
L
A
 
V
L
 
V
R
 
K
S
 
N
F
 
A
G
 
G
L
 
K
D
 
V
S
 
G
Q
 
K
A
 
V
T
 
K
I
 
I
V
 
V
S
 
C
I
 
F
D
|
D
G
 
T
G
 
T
C
 
P
P
 
D
G
 
I
V
 
L
K
 
Q
N
 
Y
V
 
V
K
 
K
A
 
E
G
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
Q
A
 
A
T
 
T
S
 
M
M
 
G
Q
|
Q
F
 
R
P
 
P
L
 
Y
R
 
M
M
 
M
A
 
G
S
 
Y
L
 
L
G
 
S
I
 
V
E
 
T
A
 
V
V
 
L
V
 
Y
D
 
L
Y
 
M
A
 
N
R
 
K
T
 
I
G
 
G
A
 
V
-
 
Q
-
 
N
-
 
T
-
 
L
-
 
M
-
 
M
-
 
L
-
 
P
R
 
K
P
 
V
K
 
K
P
 
V
T
 
D
P
 
G
G
 
K
L
 
V
D
 
D
F
 
Y
T
 
V
-
 
I
D
 
D
T
 
T
G
 
G
V
 
V
Q
 
D
L
 
V
V
 
V
T
 
T
D
 
P
K
 
E
P
 
N
I
 
L
D
 
D

5ibqA Crystal structure of an abc solute binding protein from rhizobium etli cfn 42 (rhe_pf00037,target efi-511357) in complex with alpha-d-apiose
27% identity, 83% coverage: 28:308/340 of query aligns to 4:267/287 of 5ibqA

query
sites
5ibqA
I
 
L
V
 
I
G
 
A
L
 
I
V
 
I
T
 
T
K
 
P
T
 
A
N
 
H
T
 
D
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
 
F
V
 
K
K
 
A
M
 
E
R
 
A
E
 
V
G
 
G
A
 
A
E
 
E
A
 
A
K
 
K
A
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
Y
E
 
E
L
 
-
R
 
-
S
 
T
Y
 
L
A
 
V
G
 
M
K
 
T
Y
 
H
D
 
D
G
 
D
D
 
D
V
 
A
E
 
N
S
 
K
Q
 
Q
V
 
S
E
 
E
A
 
M
I
 
I
E
 
D
S
 
T
L
 
A
I
 
I
A
 
G
A
 
R
G
 
G
A
 
A
K
 
K
G
 
A
I
 
I
L
 
I
I
 
L
T
 
D
P
 
N
S
 
A
D
 
G
S
 
A
A
 
D
A
 
A
V
 
S
V
 
V
P
 
A
A
 
A
L
 
V
A
 
K
R
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
D
A
 
A
G
 
G
L
 
I
L
 
P
V
 
S
I
 
F
A
 
L
L
 
I
D
|
D
T
x
R
P
 
E
L
 
I
D
 
N
P
 
A
A
 
T
S
 
G
A
 
V
A
 
A
D
 
V
A
 
A
T
 
Q
F
 
I
A
 
V
T
 
S
D
 
N
N
 
N
F
 
Y
K
 
Q
A
 
G
G
 
A
Q
 
Q
L
 
L
I
 
G
G
 
A
E
 
Q
W
 
E
A
 
F
K
 
V
A
 
K
R
 
L
L
 
M
G
 
G
D
 
E
K
 
K
A
 
G
E
 
N
D
 
Y
A
 
V
K
 
E
I
 
L
A
 
V
M
 
G
L
 
K
D
 
E
L
 
S
N
x
D
A
 
T
N
|
N
Q
 
A
I
 
-
S
 
-
V
 
-
D
 
-
V
 
G
A
 
I
R
|
R
D
 
S
Q
 
Q
G
 
G
F
 
Y
L
 
H
E
x
D
G
 
-
F
 
-
G
 
-
I
 
-
D
 
-
I
 
-
G
 
-
N
 
-
P
 
-
K
 
-
Q
 
V
I
 
I
G
x
D
D
|
D
E
 
Y
K
 
P
D
 
E
G
 
M
R
 
K
I
 
S
V
 
V
G
 
A
H
 
K
D
 
Q
I
 
S
T
 
A
Q
 
N
G
x
W
A
 
S
E
 
Q
E
 
T
G
 
E
G
 
A
R
 
Y
R
 
S
A
 
K
M
 
M
E
 
E
N
 
T
L
 
I
M
 
L
Q
 
Q
R
 
A
N
 
N
P
 
P
S
 
D
L
 
I
N
 
K
L
 
G
V
 
V
Y
 
I
T
 
S
I
 
G
N
|
N
E
 
D
P
 
T
A
 
M
A
 
A
A
 
M
G
 
G
A
 
A
Y
 
I
E
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
S
 
A
F
 
A
G
 
G
L
 
R
D
 
-
S
 
K
Q
 
D
A
 
V
T
 
I
I
 
V
V
 
V
S
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
G
G
 
S
C
 
N
P
 
D
G
 
V
V
 
R
K
 
D
N
 
S
V
 
I
K
 
K
A
 
S
G
 
G
V
 
G
I
 
I
G
 
K
A
 
A
T
 
T
S
 
V
M
 
L
Q
 
Q
F
 
P
P
 
A
L
 
Y
R
 
A
M
 
Q
A
 
A
S
 
Q
L
 
L
G
 
A
I
 
V
E
 
E
A
 
Q
V
 
A
V
 
D
D
 
A
Y
 
Y
A
 
I
R
 
K
T
 
N
G
 
K
A
 
T
R
 
T
P
 
P
K
 
K
P
 
E
T
 
E
P
 
K
G
 
Q
L
 
L

4ry0A Crystal structure of ribose transporter solute binding protein rhe_pf00037 from rhizobium etli cfn 42, target efi-511357, in complex with d-ribose
27% identity, 83% coverage: 28:308/340 of query aligns to 4:267/287 of 4ry0A

query
sites
4ry0A
I
 
L
V
 
I
G
 
A
L
 
I
V
 
I
T
 
T
K
 
P
T
 
A
N
 
H
T
 
D
N
|
N
P
 
P
F
 
F
F
|
F
V
 
K
K
 
A
M
 
E
R
 
A
E
 
V
G
 
G
A
 
A
E
 
E
A
 
A
K
 
K
A
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
Y
E
 
E
L
 
-
R
 
-
S
 
T
Y
 
L
A
 
V
G
 
M
K
 
T
Y
 
H
D
 
D
G
 
D
D
 
D
V
 
A
E
 
N
S
 
K
Q
 
Q
V
 
S
E
 
E
A
 
M
I
 
I
E
 
D
S
 
T
L
 
A
I
 
I
A
 
G
A
 
R
G
 
G
A
 
A
K
 
K
G
 
A
I
 
I
L
 
I
I
 
L
T
 
D
P
 
N
S
 
A
D
 
G
S
 
A
A
 
D
A
 
A
V
 
S
V
 
V
P
 
A
A
 
A
L
 
V
A
 
K
R
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
D
A
 
A
G
 
G
L
 
I
L
 
P
V
 
S
I
 
F
A
 
L
L
 
I
D
|
D
T
x
R
P
 
E
L
 
I
D
 
N
P
 
A
A
 
T
S
 
G
A
 
V
A
 
A
D
 
V
A
 
A
T
 
Q
F
 
I
A
 
V
T
 
S
D
 
N
N
 
N
F
 
Y
K
 
Q
A
 
G
G
 
A
Q
 
Q
L
 
L
I
 
G
G
 
A
E
 
Q
W
 
E
A
 
F
K
 
V
A
 
K
R
 
L
L
 
M
G
 
G
D
 
E
K
 
K
A
 
G
E
 
N
D
 
Y
A
 
V
K
 
E
I
 
L
A
 
V
M
 
G
L
 
K
D
 
E
L
 
S
N
x
D
A
 
T
N
 
N
Q
 
A
I
 
-
S
 
-
V
 
-
D
 
-
V
 
G
A
 
I
R
|
R
D
 
S
Q
 
Q
G
 
G
F
 
Y
L
 
H
E
x
D
G
 
-
F
 
-
G
 
-
I
 
-
D
 
-
I
 
-
G
 
-
N
 
-
P
 
-
K
 
-
Q
 
V
I
 
I
G
x
D
D
|
D
E
 
Y
K
 
P
D
 
E
G
 
M
R
 
K
I
 
S
V
 
V
G
 
A
H
 
K
D
 
Q
I
 
S
T
 
A
Q
 
N
G
x
W
A
 
S
E
 
Q
E
 
T
G
 
E
G
 
A
R
 
Y
R
 
S
A
 
K
M
 
M
E
 
E
N
 
T
L
 
I
M
 
L
Q
 
Q
R
 
A
N
 
N
P
 
P
S
 
D
L
 
I
N
 
K
L
 
G
V
 
V
Y
 
I
T
 
S
I
 
G
N
|
N
E
 
D
P
 
T
A
 
M
A
 
A
A
 
M
G
 
G
A
 
A
Y
 
I
E
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
S
 
A
F
 
A
G
 
G
L
 
R
D
 
-
S
 
K
Q
 
D
A
 
V
T
 
I
I
 
V
V
 
V
S
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
G
G
 
S
C
 
N
P
 
D
G
 
V
V
 
R
K
 
D
N
 
S
V
 
I
K
 
K
A
 
S
G
 
G
V
 
G
I
 
I
G
 
K
A
 
A
T
 
T
S
 
V
M
 
L
Q
|
Q
F
 
P
P
 
A
L
 
Y
R
 
A
M
 
Q
A
 
A
S
 
Q
L
 
L
G
 
A
I
 
V
E
 
E
A
 
Q
V
 
A
V
 
D
D
 
A
Y
 
Y
A
 
I
R
 
K
T
 
N
G
 
K
A
 
T
R
 
T
P
 
P
K
 
K
P
 
E
T
 
E
P
 
K
G
 
Q
L
 
L

7e7mC Crystal structure analysis of the streptococcus agalactiae ribose binding protein rbsb
27% identity, 83% coverage: 23:305/340 of query aligns to 5:267/284 of 7e7mC

query
sites
7e7mC
A
 
S
A
 
A
A
 
K
D
 
D
T
 
L
I
 
K
V
 
L
G
 
G
L
 
V
V
 
S
T
 
I
K
 
S
T
 
T
N
 
T
T
 
N
N
|
N
P
 
P
F
x
Y
F
|
F
V
 
V
K
 
A
M
 
M
R
 
K
E
 
D
G
 
G
A
 
I
E
 
D
A
 
K
K
 
Y
A
 
A
K
 
S
E
 
N
L
 
K
G
 
K
V
 
I
E
 
S
L
 
I
R
 
K
S
 
-
Y
 
-
A
 
V
G
 
A
K
 
D
Y
 
A
D
 
Q
G
 
D
D
 
D
V
 
A
E
 
A
S
 
R
Q
 
Q
V
 
A
E
 
D
A
 
D
I
 
V
E
 
Q
S
 
N
L
 
F
I
 
I
A
 
S
A
 
Q
G
 
N
A
 
V
K
 
D
G
 
A
I
 
I
L
 
L
I
 
I
T
 
N
P
 
P
S
 
V
D
 
D
S
 
S
A
 
K
A
 
A
V
 
I
V
 
V
P
 
T
A
 
A
L
 
I
A
 
K
R
 
S
A
 
A
R
 
N
K
 
N
A
 
A
G
 
N
L
 
I
L
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
L
L
 
M
D
|
D
T
x
R
P
 
G
L
 
S
D
 
E
P
 
G
A
 
G
S
 
K
A
 
V
A
 
L
D
 
-
A
 
T
T
 
T
F
 
V
A
 
A
T
 
S
D
 
D
N
 
N
F
 
V
K
 
A
A
 
A
G
 
G
Q
 
K
L
 
M
I
 
A
G
 
A
E
 
D
W
 
Y
A
 
A
K
 
V
A
 
K
R
 
K
L
 
L
G
 
G
D
 
K
K
 
K
A
 
A
E
 
K
D
 
A
A
 
F
K
 
E
I
 
L
A
 
S
M
 
G
L
 
V
D
 
P
L
 
-
N
 
-
A
 
-
N
 
-
Q
 
G
I
 
A
S
 
S
V
 
A
D
 
T
V
 
V
A
 
D
R
|
R
D
 
G
Q
 
K
G
 
G
F
 
F
L
 
-
E
 
-
G
 
-
F
 
-
G
 
-
I
 
-
D
 
-
I
 
-
G
 
-
N
 
-
P
 
-
K
 
H
Q
 
S
I
 
V
G
 
A
D
 
K
E
 
S
K
 
K
D
 
L
G
 
D
R
 
M
I
 
L
V
 
S
G
 
-
H
 
-
D
 
-
I
 
-
T
 
S
Q
 
Q
G
 
S
A
 
A
E
 
N
E
x
F
G
 
D
G
 
R
R
 
A
R
 
K
A
 
A
M
 
L
-
 
N
-
 
T
-
 
T
E
 
Q
N
 
N
L
 
M
M
 
I
Q
 
Q
R
 
G
N
 
H
P
 
K
S
 
D
L
 
V
N
 
Q
L
 
I
V
 
I
Y
 
F
T
 
A
I
 
Q
N
|
N
E
 
D
P
 
E
A
 
M
A
 
A
A
 
L
G
 
G
A
 
A
Y
 
A
E
 
Q
A
 
A
L
 
V
R
 
K
S
 
S
F
 
A
G
 
G
L
 
L
D
 
Q
S
 
N
Q
 
-
A
 
V
T
 
L
I
 
I
V
 
V
S
 
G
I
 
I
D
|
D
G
 
G
G
 
Q
C
 
P
P
 
D
G
 
A
V
 
H
K
 
D
N
 
A
V
 
I
K
 
K
A
 
K
G
 
G
V
 
D
I
 
I
G
 
S
A
 
A
T
 
T
S
 
I
M
 
A
Q
|
Q
F
 
Q
P
 
P
L
 
A
R
 
K
M
 
M
A
 
G
S
 
E
L
 
I
G
 
A
I
 
I
E
 
Q
A
 
A
V
 
A
V
 
I
D
 
D
Y
 
Y
A
 
Y
R
 
K
T
 
G
G
 
K
A
 
K
R
 
V
P
 
E
K
 
K
P
 
E
T
 
T

3ksmA Crystal structure of abc-type sugar transport system, periplasmic component from hahella chejuensis
29% identity, 85% coverage: 31:320/340 of query aligns to 5:276/276 of 3ksmA

query
sites
3ksmA
L
 
L
V
 
V
T
 
L
K
|
K
T
 
G
N
 
D
T
 
S
N
 
N
P
 
A
F
x
Y
F
 
W
V
 
R
K
 
Q
M
 
V
R
 
Y
E
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
A
 
K
K
 
A
A
 
A
K
 
D
E
 
E
L
 
A
G
 
G
V
 
V
E
 
T
L
 
L
R
 
L
S
 
H
Y
 
R
A
 
S
G
 
T
K
 
K
Y
 
D
D
 
D
G
 
G
D
 
D
V
 
I
E
 
A
S
 
G
Q
 
Q
V
 
I
E
 
Q
A
 
I
I
 
L
E
 
S
-
 
Y
S
 
H
L
 
L
I
 
S
A
 
Q
A
 
A
G
 
P
A
 
P
K
 
D
G
 
A
I
 
L
L
 
I
I
 
L
T
 
A
P
 
P
S
 
N
D
 
S
S
 
A
A
 
E
A
 
D
V
 
L
V
 
T
P
 
P
A
 
S
L
 
V
A
 
A
R
 
Q
A
 
Y
R
 
R
K
 
A
A
 
R
G
 
N
L
 
I
L
 
P
V
 
V
I
 
L
A
 
V
L
 
V
D
|
D
T
 
S
P
 
D
L
 
L
D
 
-
P
 
A
A
 
G
S
 
D
A
 
A
A
 
H
D
 
Q
A
 
G
T
 
L
F
 
V
A
 
A
T
 
T
D
 
D
N
 
N
F
 
Y
K
 
A
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
L
 
L
I
 
A
G
 
A
E
 
R
W
 
A
A
 
L
K
 
L
A
 
A
R
 
T
L
 
L
G
 
D
D
 
L
K
 
S
A
 
K
E
 
E
D
 
-
A
 
R
K
 
N
I
 
I
A
 
A
M
 
L
L
 
L
D
 
R
L
|
L
N
 
R
A
 
A
N
 
G
Q
x
N
I
 
A
S
|
S
V
 
T
D
 
D
V
 
-
A
 
Q
R
|
R
D
 
E
Q
 
Q
G
 
G
F
 
F
L
 
L
E
 
D
G
 
-
F
 
-
G
 
-
I
 
-
D
 
-
I
 
-
G
 
-
N
 
-
P
 
-
K
 
-
Q
 
V
I
 
L
G
 
R
D
 
K
E
 
H
K
 
D
D
 
K
G
 
I
R
 
R
I
 
I
V
 
I
G
 
A
H
 
A
D
 
P
I
 
Y
T
 
A
Q
 
G
G
 
D
A
 
D
E
 
R
E
 
G
G
 
A
G
 
A
R
 
R
R
 
S
A
 
E
M
 
M
E
 
L
N
 
R
L
 
L
M
 
L
Q
 
K
R
 
E
N
 
T
P
 
P
S
 
T
L
 
I
N
 
D
L
 
G
V
 
L
Y
 
F
T
 
T
I
 
P
N
|
N
E
 
E
P
 
S
A
 
T
A
 
T
A
 
I
G
 
G
A
 
A
Y
 
L
E
 
V
A
 
A
L
 
I
R
 
R
S
 
Q
F
 
S
G
 
G
L
 
M
D
 
S
S
 
K
Q
 
Q
A
 
F
T
 
G
I
 
F
V
 
I
S
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
Q
G
 
T
C
 
E
P
 
E
G
 
L
V
 
E
K
 
A
N
 
A
V
 
M
K
 
Y
A
 
A
G
 
G
V
 
E
I
 
I
G
 
S
A
 
N
T
 
L
S
 
V
M
 
V
Q
|
Q
F
 
N
P
 
P
L
 
E
R
 
Y
M
 
M
A
 
G
S
 
Y
L
 
L
G
 
A
I
 
V
E
 
Q
A
 
R
V
 
A
V
 
L
D
 
D
Y
 
L
A
 
V
R
 
R
T
 
G
G
 
-
A
 
-
R
 
-
P
 
-
K
 
K
P
 
P
T
 
I
P
 
P
G
 
A
L
 
-
D
 
-
F
 
F
T
 
T
D
 
D
T
 
T
G
 
G
V
 
V
Q
 
R
L
 
L
V
 
L
T
 
Q
D
 
E

1dbpA Identical mutations at corresponding positions in two homologous proteins with non-identical effects (see paper)
30% identity, 78% coverage: 26:290/340 of query aligns to 2:246/271 of 1dbpA

query
sites
1dbpA
D
 
D
T
 
T
I
 
I
V
 
-
G
 
A
L
 
L
V
 
V
T
 
V
K
 
S
T
 
T
N
 
L
T
 
N
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
 
F
V
 
V
K
 
S
M
 
L
R
 
K
E
 
D
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
A
 
K
K
 
E
A
 
A
K
 
D
E
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
Y
E
 
N
L
 
L
R
 
V
S
 
V
Y
 
L
A
 
D
G
 
S
K
 
Q
Y
 
-
D
 
-
G
 
N
D
 
N
V
 
P
E
 
A
S
 
K
Q
 
E
V
 
L
E
 
A
A
 
N
I
 
V
E
 
Q
S
 
D
L
 
L
I
 
T
A
 
V
A
 
R
G
 
G
A
 
T
K
 
K
G
 
I
I
 
L
L
 
L
I
 
I
T
 
N
P
 
P
S
 
T
D
 
D
S
 
S
A
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
D
P
 
N
A
 
A
L
 
V
A
 
K
R
 
M
A
 
A
R
 
N
K
 
Q
A
 
A
G
 
N
L
 
I
L
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
T
L
 
L
D
|
D
T
x
R
P
 
Q
L
 
A
D
 
T
P
 
K
A
 
G
S
 
E
A
 
V
A
 
V
D
 
-
A
 
S
T
 
H
F
 
I
A
 
A
T
 
S
D
 
D
N
 
N
F
 
V
K
 
L
A
 
G
G
 
G
Q
 
K
L
 
I
I
 
A
G
 
G
E
 
D
W
 
Y
A
 
I
K
 
A
A
 
K
R
 
K
L
 
A
G
 
G
D
 
-
K
 
-
A
 
-
E
 
E
D
 
G
A
 
A
K
 
K
I
 
V
A
 
I
M
 
E
L
 
L
D
 
Q
L
 
G
N
 
I
A
 
A
N
 
-
Q
 
-
I
 
-
S
 
G
V
 
T
D
 
S
V
 
A
A
 
A
R
 
R
D
 
E
Q
x
R
G
 
G
F
 
-
L
 
-
E
 
E
G
 
G
F
 
F
G
 
Q
I
 
Q
D
 
A
I
 
V
G
 
A
N
 
A
P
 
H
K
 
K
Q
 
-
I
 
-
G
 
-
D
 
-
E
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
F
R
 
N
I
 
V
V
 
L
G
 
A
H
 
S
D
 
Q
I
 
P
T
 
A
Q
 
D
G
x
F
A
 
D
E
 
R
E
 
I
G
 
K
G
 
G
R
 
L
R
 
N
A
 
V
M
 
M
E
 
Q
N
 
N
L
 
L
M
 
L
Q
 
T
R
 
A
N
 
H
P
 
P
S
 
D
L
 
V
N
 
Q
L
 
A
V
 
V
Y
 
F
T
 
A
I
 
Q
N
|
N
E
 
D
P
 
E
A
 
M
A
 
A
A
 
L
G
 
G
A
 
A
Y
 
L
E
 
R
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
S
 
T
F
 
A
G
 
G
L
 
-
D
 
K
S
 
S
Q
 
D
A
 
V
T
 
M
I
 
V
V
 
V
S
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
G
G
 
T
C
 
P
P
 
D
G
 
G
V
 
E
K
 
K
N
 
A
V
 
V
K
 
N
A
 
D
G
 
G
V
 
K
I
 
L
G
 
A
A
 
A
T
 
T
S
 
I
M
 
A
Q
 
Q
F
 
L
P
 
P
L
 
D
R
 
Q
M
 
I
A
 
G
S
 
A
L
 
K
G
 
G
I
 
V
E
 
E

4wutA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from agrobacterium vitis (avi_5133, target efi-511220) with bound d-fucose
26% identity, 87% coverage: 29:324/340 of query aligns to 3:281/290 of 4wutA

query
sites
4wutA
V
 
I
G
 
A
L
 
V
V
 
I
T
 
V
K
|
K
T
 
T
N
 
V
T
 
N
N
 
S
P
 
T
F
 
F
F
x
W
V
 
Q
K
 
N
M
 
V
R
 
Q
E
 
K
G
 
G
A
 
A
E
 
D
A
 
A
K
 
A
A
 
I
K
 
G
E
 
K
L
 
Q
G
 
K
V
 
A
E
 
H
L
 
T
R
 
I
S
 
T
Y
 
F
A
 
Q
G
 
G
-
 
P
K
 
A
Y
 
A
D
x
E
G
 
S
D
 
A
V
 
I
E
 
A
S
 
D
Q
 
Q
V
 
V
E
 
N
A
 
M
I
 
V
E
 
E
S
 
N
L
 
A
I
 
V
A
 
N
A
 
R
G
 
K
A
 
V
K
 
D
G
 
A
I
 
I
L
 
L
I
 
L
T
 
A
P
 
P
S
 
S
D
 
D
S
 
P
A
 
D
A
 
A
V
 
L
V
 
V
P
 
P
A
 
A
L
 
V
A
 
K
R
 
K
A
 
A
R
 
W
K
 
E
A
 
A
G
 
R
L
 
I
L
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
I
L
 
I
D
|
D
T
 
S
P
 
M
L
 
L
-
 
S
-
 
K
D
 
D
P
 
A
A
 
E
S
 
K
A
 
Y
A
 
Y
D
 
Q
A
 
A
T
 
F
F
 
L
A
 
A
T
 
T
D
 
D
N
 
N
F
 
K
K
 
A
A
 
A
G
 
G
Q
 
E
L
 
L
I
 
A
G
 
-
E
 
-
W
 
-
A
 
A
K
 
K
A
 
A
R
 
M
L
 
I
G
 
Q
D
 
K
K
 
V
A
 
G
E
 
T
D
 
E
A
 
G
K
 
K
I
 
I
A
 
A
M
 
V
L
 
M
D
 
S
L
 
Y
N
 
V
A
 
A
N
 
G
Q
 
A
I
 
G
S
 
S
V
 
-
D
 
E
V
 
I
A
 
G
R
|
R
D
 
V
Q
 
G
G
 
G
F
 
F
L
 
T
E
 
D
G
 
-
F
 
-
G
 
-
I
 
-
D
 
-
I
 
-
G
 
-
N
 
-
P
 
-
K
 
-
Q
 
Y
I
 
I
G
x
K
D
 
A
E
 
N
K
x
S
D
 
K
G
 
L
R
 
Q
I
 
I
V
 
V
G
 
G
H
 
P
D
 
Y
I
 
Y
T
 
S
Q
 
Q
G
 
S
A
 
Q
E
 
M
E
 
A
G
 
T
G
 
A
R
 
L
R
x
N
A
 
Q
M
 
T
E
 
T
N
x
D
L
 
V
M
 
L
Q
 
A
R
 
A
N
 
N
P
 
A
S
 
D
L
 
L
N
 
K
L
 
G
V
 
I
Y
 
F
T
 
G
I
 
A
N
|
N
E
 
E
P
 
P
A
 
T
A
 
A
A
 
I
G
 
G
A
 
M
Y
 
G
E
 
R
A
 
A
L
 
I
R
 
K
S
 
Q
F
 
A
G
 
G
L
 
K
D
 
A
S
 
G
Q
 
K
A
 
L
T
 
V
I
 
A
V
 
I
S
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
G
G
 
N
C
 
Q
P
 
D
G
 
L
V
 
Q
K
 
E
N
 
F
V
 
V
K
 
K
A
 
D
G
 
G
V
 
T
I
 
L
G
 
E
A
 
A
T
 
T
S
 
V
M
 
V
Q
|
Q
F
 
G
P
 
S
L
 
Y
R
 
Q
M
 
M
A
 
G
S
 
E
L
 
K
G
 
G
I
 
V
E
 
D
A
 
T
V
 
L
V
 
L
D
 
K
Y
 
L
A
 
L
R
 
S
T
 
K
G
 
E
A
 
K
R
 
V
P
 
E
K
 
K
P
 
-
T
 
-
P
 
-
G
 
-
L
 
-
D
 
-
F
 
F
T
 
I
D
 
D
T
 
T
G
 
G
V
 
V
Q
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
D
 
K
K
 
Q
P
 
N
I
 
I
D
 
D

6guqA Crystal structure of ganp, a glucose-galactose binding protein from geobacillus stearothermophilus, in complex with glucose
26% identity, 86% coverage: 31:323/340 of query aligns to 6:278/278 of 6guqA

query
sites
6guqA
L
 
L
V
 
V
T
 
P
K
x
E
T
 
E
N
 
L
T
 
D
N
|
N
P
 
D
F
x
Y
F
 
W
V
 
R
K
 
L
M
 
V
R
 
E
E
 
K
G
 
G
A
 
A
E
 
K
A
 
A
K
 
A
A
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
V
E
 
D
L
 
L
R
 
-
S
 
E
Y
 
Y
A
 
I
G
 
G
K
 
P
Y
 
R
D
 
Q
G
 
A
D
 
N
V
 
I
E
 
D
S
 
E
Q
 
H
V
 
L
E
 
R
A
 
I
I
 
L
E
 
K
S
 
K
L
 
A
I
 
A
A
 
A
A
 
A
G
 
K
A
 
V
K
 
D
G
 
G
I
 
I
L
 
I
I
 
T
T
 
Q
P
 
G
S
 
L
D
 
T
S
 
E
A
 
A
A
 
E
V
 
F
V
 
V
P
 
P
A
 
V
L
 
I
A
 
N
R
 
E
A
 
I
R
 
T
K
 
D
A
 
K
G
 
N
L
 
I
L
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
T
L
 
I
D
|
D
T
 
T
P
 
D
L
 
A
D
 
-
P
 
P
A
 
T
S
 
S
A
 
R
A
 
R
D
 
V
A
 
A
T
 
Y
F
 
V
A
 
G
T
 
T
D
 
D
N
 
N
F
 
Y
K
 
Y
A
 
A
G
 
G
Q
 
F
L
 
L
I
 
A
G
 
G
E
 
-
W
 
-
A
 
-
K
 
R
A
 
A
R
 
L
L
 
A
G
 
E
D
 
D
K
 
T
A
 
K
E
 
G
D
 
K
A
 
A
K
 
T
I
 
V
A
 
A
M
 
I
L
 
I
D
 
T
L
 
G
N
 
-
A
 
-
N
 
-
Q
 
-
I
 
-
S
 
S
V
 
L
D
 
T
V
 
A
A
 
A
R
x
H
D
 
Q
Q
 
Q
G
 
L
F
x
R
L
 
V
E
 
R
G
 
G
F
 
F
G
 
-
I
 
-
D
 
-
I
 
-
G
 
-
N
 
-
P
 
E
K
 
D
Q
 
A
I
 
V
G
 
R
D
 
Q
E
 
E
K
 
K
D
 
G
G
 
I
R
 
R
I
 
I
V
 
V
G
 
A
H
 
I
D
 
E
I
 
E
T
 
S
Q
 
H
G
x
I
A
 
T
E
 
R
E
 
V
G
 
Q
G
 
A
R
 
A
R
 
E
A
 
K
M
 
A
E
 
Y
N
 
T
L
 
I
M
 
L
Q
 
K
R
 
K
N
 
H
P
 
P
S
 
D
L
 
V
N
 
N
L
 
A
V
 
F
Y
 
Y
T
 
G
I
 
T
N
x
S
E
x
A
P
 
L
A
 
D
A
 
A
A
 
I
G
 
G
A
 
V
Y
 
A
E
 
K
A
 
V
L
 
V
R
 
E
S
 
Q
F
 
F
G
 
H
L
 
R
D
 
E
S
 
Q
Q
 
K
A
 
T
T
 
Y
I
 
I
V
 
I
S
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
T
G
 
L
C
 
P
P
 
E
G
 
T
V
 
I
K
 
R
N
 
Y
V
 
L
K
 
Q
A
 
K
G
 
G
V
 
T
I
 
I
G
 
A
A
 
A
T
 
T
S
 
V
M
 
V
Q
|
Q
F
 
E
P
 
P
L
 
Y
R
 
E
M
 
M
A
 
-
S
 
-
L
 
-
G
 
G
I
 
Y
E
 
K
A
 
A
V
 
V
V
 
K
D
 
M
Y
 
M
A
 
A
R
 
E
T
 
I
G
 
V
A
 
A
R
 
-
P
 
G
K
 
K
P
 
D
T
 
V
P
 
P
G
 
V
L
 
V
D
 
T
F
 
N
T
 
T
D
 
E
T
 
T
G
 
K
V
 
V
Q
 
I
L
 
R
V
 
K
T
 
K
D
 
D
K
 
L
P
 
P
I
 
L

6gt9A Crystal structure of ganp, a glucose-galactose binding protein from geobacillus stearothermophilus, in complex with galactose
26% identity, 86% coverage: 31:323/340 of query aligns to 11:283/283 of 6gt9A

query
sites
6gt9A
L
 
L
V
 
V
T
 
P
K
x
E
T
 
E
N
 
L
T
 
D
N
|
N
P
 
D
F
x
Y
F
x
W
V
 
R
K
 
L
M
 
V
R
 
E
E
 
K
G
 
G
A
 
A
E
 
K
A
 
A
K
 
A
A
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
V
E
 
D
L
 
L
R
 
-
S
 
E
Y
 
Y
A
 
I
G
 
G
K
 
P
Y
 
R
D
 
Q
G
 
A
D
 
N
V
 
I
E
 
D
S
 
E
Q
 
H
V
 
L
E
 
R
A
 
I
I
 
L
E
 
K
S
 
K
L
 
A
I
 
A
A
 
A
A
 
A
G
 
K
A
 
V
K
 
D
G
 
G
I
 
I
L
 
I
I
 
T
T
 
Q
P
 
G
S
 
L
D
 
T
S
 
E
A
 
A
A
 
E
V
 
F
V
 
V
P
 
P
A
 
V
L
 
I
A
 
N
R
 
E
A
 
I
R
 
T
K
 
D
A
 
K
G
 
N
L
 
I
L
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
T
L
 
I
D
|
D
T
 
T
P
 
D
L
 
A
D
 
-
P
 
P
A
 
T
S
 
S
A
 
R
A
 
R
D
 
V
A
 
A
T
 
Y
F
 
V
A
 
G
T
 
T
D
 
D
N
 
N
F
 
Y
K
 
Y
A
 
A
G
 
G
Q
 
F
L
 
L
I
 
A
G
 
G
E
 
-
W
 
-
A
 
-
K
 
R
A
 
A
R
 
L
L
 
A
G
 
E
D
 
D
K
 
T
A
 
K
E
 
G
D
 
K
A
 
A
K
 
T
I
 
V
A
 
A
M
 
I
L
 
I
D
 
T
L
 
G
N
 
-
A
 
-
N
 
-
Q
 
-
I
 
-
S
 
S
V
 
L
D
 
T
V
 
A
A
 
A
R
x
H
D
 
Q
Q
 
Q
G
 
L
F
x
R
L
 
V
E
 
R
G
 
G
F
 
F
G
 
-
I
 
-
D
 
-
I
 
-
G
 
-
N
 
-
P
 
E
K
 
D
Q
 
A
I
 
V
G
 
R
D
 
Q
E
 
E
K
 
K
D
 
G
G
 
I
R
 
R
I
 
I
V
 
V
G
 
A
H
 
I
D
 
E
I
 
E
T
 
S
Q
 
H
G
x
I
A
 
T
E
 
R
E
 
V
G
 
Q
G
 
A
R
 
A
R
 
E
A
 
K
M
 
A
E
 
Y
N
 
T
L
 
I
M
 
L
Q
 
K
R
 
K
N
 
H
P
 
P
S
 
D
L
 
V
N
 
N
L
 
A
V
 
F
Y
 
Y
T
 
G
I
 
T
N
x
S
E
x
A
P
 
L
A
 
D
A
 
A
A
 
I
G
 
G
A
 
V
Y
 
A
E
 
K
A
 
V
L
 
V
R
 
E
S
 
Q
F
 
F
G
 
H
L
 
R
D
 
E
S
 
Q
Q
 
K
A
 
T
T
 
Y
I
 
I
V
 
I
S
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
T
G
 
L
C
 
P
P
 
E
G
 
T
V
 
I
K
 
R
N
 
Y
V
 
L
K
 
Q
A
 
K
G
 
G
V
 
T
I
 
I
G
 
A
A
 
A
T
 
T
S
 
V
M
 
V
Q
|
Q
F
 
E
P
 
P
L
 
Y
R
 
E
M
 
M
A
 
-
S
 
-
L
 
-
G
 
G
I
 
Y
E
 
K
A
 
A
V
 
V
V
 
K
D
 
M
Y
 
M
A
 
A
R
 
E
T
 
I
G
 
V
A
 
A
R
 
-
P
 
G
K
 
K
P
 
D
T
 
V
P
 
P
G
 
V
L
 
V
D
 
T
F
 
N
T
 
T
D
 
E
T
 
T
G
 
K
V
 
V
Q
 
I
L
 
R
V
 
K
T
 
K
D
 
D
K
 
L
P
 
P
I
 
L

Query Sequence

>WP_085123266.1 NCBI__GCF_900177295.1:WP_085123266.1
MTRALRLMASTVLAACLAAGPAAAADTIVGLVTKTNTNPFFVKMREGAEAKAKELGVELR
SYAGKYDGDVESQVEAIESLIAAGAKGILITPSDSAAVVPALARARKAGLLVIALDTPLD
PASAADATFATDNFKAGQLIGEWAKARLGDKAEDAKIAMLDLNANQISVDVARDQGFLEG
FGIDIGNPKQIGDEKDGRIVGHDITQGAEEGGRRAMENLMQRNPSLNLVYTINEPAAAGA
YEALRSFGLDSQATIVSIDGGCPGVKNVKAGVIGATSMQFPLRMASLGIEAVVDYARTGA
RPKPTPGLDFTDTGVQLVTDKPIDGIPSITSEEGLKLCWG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory