SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_085218433.1 NCBI__GCF_900177405.1:WP_085218433.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2pg0A Crystal structure of acyl-coa dehydrogenase from geobacillus kaustophilus
53% identity, 97% coverage: 13:380/380 of query aligns to 8:378/380 of 2pg0A

query
sites
2pg0A
E
 
E
H
 
H
G
 
H
L
 
M
F
 
F
R
 
R
D
 
A
Q
 
A
V
 
F
R
 
R
R
 
K
F
 
F
F
 
L
D
 
E
K
 
K
A
 
E
L
 
A
I
 
Y
P
 
P
H
 
H
L
 
Y
D
 
N
R
 
D
W
 
W
E
 
E
E
 
K
E
 
R
G
 
G
I
 
I
V
 
I
D
 
P
R
 
R
D
 
S
L
 
F
W
 
W
T
 
A
Q
 
K
C
 
M
G
 
G
E
 
E
T
 
N
G
 
G
L
 
F
L
 
L
C
 
C
P
 
P
T
 
W
V
 
V
P
 
D
E
 
E
E
 
K
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
L
 
L
G
 
N
L
 
A
D
 
D
F
 
F
R
 
A
Y
 
Y
N
 
S
A
 
V
V
 
V
I
 
I
D
 
N
E
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
E
Y
 
K
A
 
V
G
 
G
S
 
S
T
 
S
-
 
L
A
 
V
G
 
G
I
 
I
T
 
G
L
 
L
H
 
H
S
 
N
D
 
D
I
 
I
V
 
V
A
 
T
D
 
P
Y
 
Y
I
 
I
V
 
A
V
 
S
Y
 
Y
G
 
G
S
 
T
E
 
E
A
 
E
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
H
 
K
W
 
W
L
 
L
P
 
P
R
 
K
M
 
C
I
 
V
S
 
T
G
 
G
E
 
E
T
 
L
P
 
I
T
 
T
A
 
A
I
|
I
A
 
A
M
|
M
T
|
T
E
 
E
P
 
P
G
 
G
A
 
A
G
|
G
S
|
S
D
 
D
L
 
L
Q
 
A
G
 
N
V
 
I
R
 
S
T
 
T
T
 
T
A
 
A
I
 
V
R
 
K
D
 
D
G
 
G
D
 
D
S
 
Y
Y
 
Y
V
 
I
I
 
V
N
 
N
G
 
G
S
 
Q
K
 
K
T
 
T
Y
x
F
I
|
I
T
|
T
N
 
N
G
 
G
Q
 
I
H
 
H
A
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
I
I
 
V
V
 
V
V
 
A
A
 
C
K
 
K
T
 
T
D
 
D
P
 
P
S
 
Q
Q
 
A
G
 
K
A
 
P
-
 
P
-
 
H
K
 
R
G
 
G
T
 
I
S
 
S
L
 
L
I
 
L
L
 
V
V
 
V
E
 
E
A
 
R
D
 
D
R
 
T
E
 
P
G
 
G
F
 
F
A
 
T
R
 
R
G
 
G
R
 
R
N
 
K
L
 
L
D
 
E
K
 
K
I
 
V
G
 
G
L
 
L
H
 
H
S
 
A
Q
 
Q
D
 
D
T
 
T
S
 
A
E
 
E
M
 
L
F
 
F
F
 
F
N
 
Q
D
 
D
V
 
A
R
 
K
V
 
V
P
 
P
A
 
A
D
 
Y
N
 
N
L
 
L
L
 
L
G
 
G
Q
 
E
E
 
E
G
 
G
A
 
K
G
 
G
F
 
F
A
 
Y
Y
 
Y
L
 
L
M
 
M
N
 
E
Q
 
K
L
 
L
P
 
Q
Q
 
Q
E
|
E
R
 
R
L
 
L
S
 
V
I
 
V
A
 
A
C
 
I
S
 
A
A
 
A
Q
 
Q
G
 
T
A
 
A
A
 
A
Q
 
E
R
 
V
A
 
M
F
 
F
D
 
S
E
 
L
A
 
T
L
 
K
A
 
Q
F
 
Y
T
 
V
R
 
K
D
 
Q
R
|
R
K
 
T
A
 
A
F
|
F
G
 
G
K
 
K
S
 
R
V
 
V
L
 
S
D
 
E
F
|
F
Q
 
Q
N
 
T
T
 
V
R
 
Q
F
 
F
T
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
E
L
 
M
A
 
A
T
 
T
K
 
E
L
 
I
Q
 
A
V
 
L
G
 
G
W
 
R
A
 
T
H
 
F
L
 
V
D
 
D
W
 
R
A
 
V
I
 
I
T
 
E
R
 
E
H
 
H
V
 
M
A
 
A
G
 
G
E
 
K
L
 
Q
T
 
I
A
 
V
T
 
T
E
 
E
A
 
V
S
 
S
A
 
M
A
 
A
K
 
K
L
 
W
W
 
W
H
 
I
T
 
T
E
 
E
L
 
M
Q
 
A
G
 
K
E
 
R
A
 
V
C
 
A
D
 
A
T
 
E
A
 
A
L
 
M
Q
|
Q
L
|
L
H
 
H
G
|
G
G
|
G
A
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
M
 
M
N
 
E
E
 
E
Y
 
Y
L
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
L
 
R
W
 
Y
R
 
R
D
 
D
A
 
I
R
 
P
V
|
V
T
 
S
R
 
A
I
|
I
F
x
Y
G
x
A
G
 
G
T
|
T
N
 
N
E
|
E
I
x
M
M
 
M
K
 
K
E
 
T
V
 
I
I
 
I
G
 
A
R
|
R
G
 
Q
L
 
L

P51174 Long-chain specific acyl-CoA dehydrogenase, mitochondrial; LCAD; EC 1.3.8.8 from Mus musculus (Mouse) (see paper)
49% identity, 100% coverage: 1:380/380 of query aligns to 44:426/430 of P51174

query
sites
P51174
M
 
L
L
 
T
D
 
D
T
 
V
A
 
G
R
 
I
R
 
R
T
 
R
A
 
I
F
 
F
D
 
S
A
 
S
E
 
E
H
 
H
G
 
D
L
 
I
F
 
F
R
 
R
D
 
E
Q
 
S
V
 
V
R
 
R
R
 
K
F
 
F
F
 
F
D
 
Q
K
 
E
A
 
E
L
 
V
I
 
I
P
 
P
H
 
H
L
 
H
D
 
T
R
 
E
W
 
W
E
 
E
E
 
K
E
 
A
G
 
G
I
 
E
V
 
V
D
 
S
R
 
R
D
 
E
L
 
V
W
 
W
T
 
E
Q
 
K
C
 
A
G
 
G
E
 
K
T
 
Q
G
 
G
L
 
L
L
 
L
C
 
G
P
 
I
T
 
N
V
 
I
P
 
A
E
 
E
E
 
K
Y
 
H
G
 
G
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
G
D
 
D
F
 
L
R
 
L
Y
 
S
N
 
T
A
 
A
V
 
V
I
 
T
D
 
W
E
 
E
E
 
E
L
 
Q
A
 
A
Y
 
Y
A
 
S
G
 
N
S
 
C
T
 
T
-
 
G
A
 
P
G
 
G
I
 
F
T
 
S
L
 
L
H
 
H
S
 
S
D
 
D
I
 
I
V
 
V
A
 
M
D
 
P
Y
 
Y
I
 
I
V
 
A
V
 
N
Y
 
Y
G
 
G
S
 
T
E
 
K
A
 
E
Q
 
Q
K
 
I
Q
 
E
H
 
K
W
 
F
L
 
I
P
 
P
R
 
Q
M
 
M
I
 
T
S
 
A
G
 
G
E
 
K
T
 
C
P
 
I
T
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
A
M
 
M
T
 
T
E
 
E
P
 
P
G
 
G
A
 
A
G
 
G
S
 
S
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
R
 
R
T
 
T
T
 
N
A
 
A
I
 
K
R
 
R
D
 
S
G
 
G
D
 
S
S
 
D
Y
 
W
V
 
I
I
 
L
N
 
N
G
 
G
S
 
S
K
 
K
T
 
V
Y
 
F
I
 
I
T
 
T
N
 
N
G
 
G
Q
 
W
H
 
L
A
 
S
D
 
D
L
 
L
V
 
V
I
 
I
V
 
V
V
 
V
A
 
A
K
 
V
T
 
T
D
 
N
-
 
R
-
 
E
P
 
A
S
 
R
Q
 
S
G
 
P
A
 
A
K
 
H
G
 
G
T
 
I
S
 
S
L
 
L
I
 
F
L
 
L
V
 
V
E
 
E
A
 
N
D
 
G
R
 
M
E
 
K
G
 
G
F
 
F
A
 
I
R
 
K
G
 
G
R
 
R
N
 
K
L
 
L
D
 
H
K
 
K
I
 
M
G
 
G
L
 
M
H
 
K
S
 
A
Q
 
Q
D
 
D
T
 
T
S
 
A
E
 
E
M
 
L
F
 
F
F
 
F
N
 
E
D
 
D
V
 
V
R
 
R
V
 
L
P
 
P
A
 
A
D
 
N
N
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
G
Q
 
E
E
 
E
G
 
N
A
 
K
G
 
G
F
 
F
A
 
Y
Y
 
Y
L
 
L
M
 
M
N
 
Q
Q
 
E
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
E
 
E
R
 
R
L
 
L
S
 
L
I
 
I
A
 
A
C
 
E
S
 
L
A
 
A
Q
 
I
G
 
S
A
 
A
A
 
C
Q
 
E
R
 
F
A
 
M
F
 
F
D
 
E
E
 
E
A
 
T
L
 
R
A
 
N
F
 
Y
T
 
V
R
 
K
D
 
Q
R
 
R
K
|
K
A
 
A
F
 
F
G
 
G
K
|
K
S
 
T
V
 
V
L
 
A
D
 
H
F
 
I
Q
 
Q
N
 
T
T
 
V
R
 
Q
F
 
H
T
 
K
L
 
L
A
 
A
D
 
E
L
 
L
A
 
K
T
 
T
K
 
H
L
 
I
Q
 
C
V
 
V
G
 
T
W
 
R
A
 
A
H
 
F
L
 
V
D
 
D
W
 
S
A
 
C
I
 
L
T
 
Q
R
 
L
H
 
H
V
 
E
A
 
T
G
 
K
E
 
R
L
 
L
T
 
D
A
 
S
T
 
G
E
 
S
A
 
A
S
 
S
A
 
M
A
 
A
K
 
K
L
 
Y
W
 
W
H
 
A
T
 
S
E
 
E
L
 
L
Q
 
Q
G
 
N
E
 
S
A
 
V
C
 
A
D
 
Y
T
 
E
A
 
C
L
 
V
Q
 
Q
L
 
L
H
 
H
G
 
G
G
 
G
A
 
W
G
 
G
Y
 
Y
M
 
M
N
 
W
E
 
E
Y
 
Y
L
 
P
I
 
I
A
 
A
R
 
K
L
 
A
W
 
Y
R
 
V
D
 
D
A
 
A
R
 
R
V
 
V
T
 
Q
R
 
P
I
 
I
F
 
Y
G
 
G
G
 
G
T
 
T
N
 
N
E
 
E
I
 
I
M
 
M
K
 
K
E
 
E
V
 
L
I
 
I
G
 
A
R
 
R
G
 
Q
L
 
I

Sites not aligning to the query:

8w0uA Human lcad complexed with acetoacetyl coenzyme a (see paper)
48% identity, 99% coverage: 1:378/380 of query aligns to 12:392/398 of 8w0uA

query
sites
8w0uA
M
 
L
L
 
T
D
 
D
T
 
I
A
 
G
R
 
I
R
 
R
T
 
R
A
 
I
F
 
F
D
 
S
A
 
P
E
 
E
H
 
H
G
 
D
L
 
I
F
 
F
R
 
R
D
 
K
Q
 
S
V
 
V
R
 
R
R
 
K
F
 
F
F
 
F
D
 
Q
K
 
E
A
 
E
L
 
V
I
 
I
P
 
P
H
 
H
L
 
H
D
 
S
R
 
E
W
 
W
E
 
E
E
 
K
E
 
A
G
 
G
I
 
E
V
 
V
D
 
S
R
 
R
D
 
E
L
 
V
W
 
W
T
 
E
Q
 
K
C
 
A
G
 
G
E
 
K
T
 
Q
G
 
G
L
 
L
L
 
L
C
 
G
P
 
V
T
 
N
V
 
I
P
 
A
E
 
E
E
 
H
Y
 
L
G
 
G
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
G
D
 
D
F
 
L
R
 
Y
Y
 
S
N
 
A
A
 
A
V
 
I
I
 
V
D
 
W
E
 
E
E
 
E
L
 
Q
A
 
A
Y
 
Y
A
 
S
G
 
N
-
 
C
S
 
S
T
 
G
A
 
P
G
 
G
I
 
F
T
 
S
L
 
I
H
 
H
S
 
S
D
 
G
I
 
I
V
 
V
A
 
M
D
 
S
Y
 
Y
I
 
I
V
 
T
V
 
N
Y
 
H
G
 
G
S
 
S
E
 
E
A
 
E
Q
 
Q
K
 
I
Q
 
K
H
 
H
W
 
F
L
 
I
P
 
P
R
 
Q
M
 
M
I
 
T
S
 
A
G
 
G
E
 
K
T
 
C
P
 
I
T
 
G
A
 
A
I
|
I
A
 
A
M
|
M
T
|
T
E
 
E
P
 
P
G
 
G
A
 
A
G
|
G
S
|
S
D
 
D
L
 
L
Q
|
Q
G
 
G
V
 
I
R
 
K
T
 
T
T
 
N
A
 
A
I
 
K
R
 
K
D
 
D
G
 
G
D
 
S
S
 
D
Y
 
W
V
 
I
I
 
L
N
 
N
G
 
G
S
 
S
K
 
K
T
 
V
Y
x
F
I
 
I
T
x
S
N
 
N
G
 
G
Q
 
S
H
 
L
A
 
S
D
 
D
L
 
V
V
 
V
I
 
I
V
 
V
V
 
V
A
 
A
K
 
V
T
 
T
D
 
N
-
 
H
-
 
E
-
 
A
P
 
P
S
|
S
Q
 
P
G
 
-
A
 
A
K
x
H
G
 
G
T
 
I
S
 
S
L
 
L
I
 
F
L
 
L
V
 
V
E
 
E
A
 
N
D
 
G
R
 
M
E
 
K
G
 
G
F
 
F
A
 
I
R
 
K
G
 
G
R
 
R
N
 
K
L
 
L
D
 
H
K
 
K
I
 
M
G
 
G
L
 
L
H
 
K
S
 
A
Q
 
Q
D
 
D
T
 
T
S
 
A
E
 
E
M
 
L
F
 
F
F
 
F
N
 
E
D
 
D
V
 
I
R
 
R
V
 
L
P
 
P
A
 
A
D
 
S
N
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
G
Q
 
E
E
 
E
G
 
N
A
 
K
G
 
G
F
 
F
A
x
Y
Y
 
Y
L
 
I
M
 
M
N
 
K
Q
 
E
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
E
|
E
R
|
R
L
 
L
S
 
L
I
 
I
A
 
A
C
 
D
S
 
V
A
 
A
Q
 
I
G
 
S
A
 
A
A
 
S
Q
 
E
R
 
F
A
 
M
F
 
F
D
 
E
E
 
E
A
 
T
L
 
R
A
 
N
F
 
Y
T
 
V
R
 
K
D
 
Q
R
|
R
K
 
K
A
 
A
F
|
F
G
 
G
K
 
K
S
 
T
V
 
V
L
 
A
D
 
H
F
x
L
Q
 
Q
N
 
T
T
 
V
R
 
Q
F
 
H
T
 
K
L
 
L
A
 
A
D
 
E
L
 
L
A
 
K
T
 
T
K
 
H
L
 
I
Q
 
C
V
 
V
G
 
T
W
 
R
A
 
A
H
 
F
L
 
V
D
 
D
W
 
N
A
 
C
I
 
L
T
 
Q
R
 
L
H
 
H
V
 
E
A
 
A
G
 
K
E
 
R
L
 
L
T
 
D
A
 
S
T
 
A
E
 
T
A
 
A
S
 
C
A
 
M
A
 
A
K
 
K
L
 
Y
W
 
W
H
 
A
T
 
S
E
 
E
L
 
L
Q
 
Q
G
 
N
E
 
S
A
 
V
C
 
A
D
 
Y
T
 
D
A
 
C
L
 
V
Q
|
Q
L
|
L
H
 
H
G
 
G
G
|
G
A
 
W
G
 
G
Y
 
Y
M
 
M
N
 
W
E
 
E
Y
 
Y
L
 
P
I
 
I
A
 
A
R
 
K
L
 
A
W
 
Y
R
 
V
D
 
D
A
 
A
R
 
R
V
|
V
T
 
Q
R
 
P
I
 
I
F
x
Y
G
|
G
G
|
G
T
|
T
N
 
N
E
|
E
I
|
I
M
 
M
K
 
K
E
 
E
V
x
L
I
 
I
G
 
A
R
|
R

8w0tA Human lcad (see paper)
48% identity, 99% coverage: 1:378/380 of query aligns to 12:392/398 of 8w0tA

query
sites
8w0tA
M
 
L
L
 
T
D
 
D
T
 
I
A
 
G
R
 
I
R
 
R
T
 
R
A
 
I
F
 
F
D
 
S
A
 
P
E
 
E
H
 
H
G
 
D
L
 
I
F
 
F
R
 
R
D
 
K
Q
 
S
V
 
V
R
 
R
R
 
K
F
 
F
F
 
F
D
 
Q
K
 
E
A
 
E
L
 
V
I
 
I
P
 
P
H
 
H
L
 
H
D
 
S
R
 
E
W
 
W
E
 
E
E
 
K
E
 
A
G
 
G
I
 
E
V
 
V
D
 
S
R
 
R
D
 
E
L
 
V
W
 
W
T
 
E
Q
 
K
C
 
A
G
 
G
E
 
K
T
 
Q
G
 
G
L
 
L
L
 
L
C
 
G
P
 
V
T
 
N
V
 
I
P
 
A
E
 
E
E
 
H
Y
 
L
G
 
G
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
G
D
 
D
F
 
L
R
 
Y
Y
 
S
N
 
A
A
 
A
V
 
I
I
 
V
D
 
W
E
 
E
E
 
E
L
 
Q
A
 
A
Y
 
Y
A
 
S
G
 
N
-
 
C
S
 
S
T
 
G
A
 
P
G
 
G
I
 
F
T
 
S
L
 
I
H
 
H
S
 
S
D
 
G
I
 
I
V
 
V
A
 
M
D
 
S
Y
 
Y
I
 
I
V
 
T
V
 
N
Y
 
H
G
 
G
S
 
S
E
 
E
A
 
E
Q
 
Q
K
 
I
Q
 
K
H
 
H
W
 
F
L
 
I
P
 
P
R
 
Q
M
 
M
I
 
T
S
 
A
G
 
G
E
 
K
T
 
C
P
 
I
T
 
G
A
 
A
I
|
I
A
 
A
M
|
M
T
|
T
E
 
E
P
 
P
G
 
G
A
 
A
G
|
G
S
|
S
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
V
 
I
R
 
K
T
 
T
T
 
N
A
 
A
I
 
K
R
 
K
D
 
D
G
 
G
D
 
S
S
 
D
Y
 
W
V
 
I
I
 
L
N
 
N
G
 
G
S
 
S
K
 
K
T
 
V
Y
x
F
I
|
I
T
x
S
N
 
N
G
 
G
Q
 
S
H
 
L
A
 
S
D
 
D
L
 
V
V
 
V
I
 
I
V
 
V
V
 
V
A
 
A
K
 
V
T
 
T
D
 
N
-
 
H
-
 
E
-
 
A
P
 
P
S
 
S
Q
 
P
G
 
-
A
 
A
K
 
H
G
 
G
T
 
I
S
 
S
L
 
L
I
 
F
L
 
L
V
 
V
E
 
E
A
 
N
D
 
G
R
 
M
E
 
K
G
 
G
F
 
F
A
 
I
R
 
K
G
 
G
R
 
R
N
 
K
L
 
L
D
 
H
K
 
K
I
 
M
G
 
G
L
 
L
H
 
K
S
 
A
Q
 
Q
D
 
D
T
 
T
S
 
A
E
 
E
M
 
L
F
 
F
F
 
F
N
 
E
D
 
D
V
 
I
R
 
R
V
 
L
P
 
P
A
 
A
D
 
S
N
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
G
Q
 
E
E
 
E
G
 
N
A
 
K
G
 
G
F
 
F
A
 
Y
Y
 
Y
L
 
I
M
 
M
N
 
K
Q
 
E
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
E
 
E
R
 
R
L
 
L
S
 
L
I
 
I
A
 
A
C
 
D
S
 
V
A
 
A
Q
 
I
G
 
S
A
 
A
A
 
S
Q
 
E
R
 
F
A
 
M
F
 
F
D
 
E
E
 
E
A
 
T
L
 
R
A
 
N
F
 
Y
T
 
V
R
 
K
D
 
Q
R
|
R
K
 
K
A
 
A
F
|
F
G
 
G
K
 
K
S
 
T
V
 
V
L
 
A
D
 
H
F
x
L
Q
 
Q
N
 
T
T
 
V
R
 
Q
F
 
H
T
 
K
L
 
L
A
 
A
D
 
E
L
 
L
A
 
K
T
 
T
K
 
H
L
 
I
Q
 
C
V
 
V
G
 
T
W
 
R
A
 
A
H
 
F
L
 
V
D
 
D
W
 
N
A
 
C
I
 
L
T
 
Q
R
 
L
H
 
H
V
 
E
A
 
A
G
 
K
E
 
R
L
 
L
T
 
D
A
 
S
T
 
A
E
 
T
A
 
A
S
 
C
A
 
M
A
 
A
K
 
K
L
 
Y
W
 
W
H
 
A
T
 
S
E
 
E
L
 
L
Q
 
Q
G
 
N
E
 
S
A
 
V
C
 
A
D
 
Y
T
 
D
A
 
C
L
 
V
Q
|
Q
L
|
L
H
 
H
G
|
G
G
|
G
A
 
W
G
 
G
Y
 
Y
M
 
M
N
 
W
E
 
E
Y
 
Y
L
 
P
I
 
I
A
 
A
R
 
K
L
 
A
W
 
Y
R
 
V
D
 
D
A
 
A
R
 
R
V
|
V
T
 
Q
R
 
P
I
 
I
F
 
Y
G
 
G
G
 
G
T
|
T
N
 
N
E
|
E
I
|
I
M
 
M
K
 
K
E
 
E
V
 
L
I
 
I
G
 
A
R
 
R

P28330 Long-chain specific acyl-CoA dehydrogenase, mitochondrial; LCAD; EC 1.3.8.8 from Homo sapiens (Human) (see 2 papers)
48% identity, 99% coverage: 1:378/380 of query aligns to 44:424/430 of P28330

query
sites
P28330
M
 
L
L
 
T
D
 
D
T
 
I
A
 
G
R
 
I
R
 
R
T
 
R
A
 
I
F
 
F
D
 
S
A
 
P
E
 
E
H
 
H
G
 
D
L
 
I
F
 
F
R
 
R
D
 
K
Q
 
S
V
 
V
R
 
R
R
 
K
F
 
F
F
 
F
D
 
Q
K
 
E
A
 
E
L
 
V
I
 
I
P
 
P
H
 
H
L
 
H
D
 
S
R
 
E
W
 
W
E
 
E
E
 
K
E
 
A
G
 
G
I
 
E
V
 
V
D
 
S
R
 
R
D
 
E
L
 
V
W
 
W
T
 
E
Q
 
K
C
 
A
G
 
G
E
 
K
T
 
Q
G
 
G
L
 
L
L
 
L
C
 
G
P
 
V
T
 
N
V
 
I
P
 
A
E
 
E
E
 
H
Y
 
L
G
 
G
G
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
G
D
 
D
F
 
L
R
 
Y
Y
 
S
N
 
A
A
 
A
V
 
I
I
 
V
D
 
W
E
 
E
E
 
E
L
 
Q
A
 
A
Y
 
Y
A
 
S
G
 
N
-
 
C
S
 
S
T
 
G
A
 
P
G
 
G
I
 
F
T
 
S
L
 
I
H
 
H
S
 
S
D
 
G
I
 
I
V
 
V
A
 
M
D
 
S
Y
 
Y
I
 
I
V
 
T
V
 
N
Y
 
H
G
 
G
S
 
S
E
 
E
A
 
E
Q
 
Q
K
 
I
Q
 
K
H
 
H
W
 
F
L
 
I
P
 
P
R
 
Q
M
 
M
I
 
T
S
 
A
G
 
G
E
 
K
T
 
C
P
 
I
T
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
A
M
 
M
T
 
T
E
 
E
P
 
P
G
 
G
A
 
A
G
 
G
S
 
S
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
V
 
I
R
 
K
T
 
T
T
 
N
A
 
A
I
 
K
R
 
K
D
 
D
G
 
G
D
 
S
S
 
D
Y
 
W
V
 
I
I
 
L
N
 
N
G
 
G
S
 
S
K
 
K
T
 
V
Y
 
F
I
 
I
T
 
S
N
 
N
G
 
G
Q
 
S
H
 
L
A
 
S
D
 
D
L
 
V
V
 
V
I
 
I
V
 
V
V
 
V
A
 
A
K
 
V
T
 
T
D
 
N
-
 
H
-
 
E
-
 
A
P
 
P
S
 
S
Q
 
P
G
 
-
A
 
A
K
 
H
G
 
G
T
 
I
S
 
S
L
 
L
I
 
F
L
 
L
V
 
V
E
 
E
A
 
N
D
 
G
R
 
M
E
 
K
G
 
G
F
 
F
A
 
I
R
 
K
G
 
G
R
 
R
N
 
K
L
 
L
D
 
H
K
 
K
I
 
M
G
 
G
L
 
L
H
 
K
S
 
A
Q
 
Q
D
 
D
T
 
T
S
 
A
E
 
E
M
 
L
F
 
F
F
 
F
N
 
E
D
 
D
V
 
I
R
 
R
V
 
L
P
 
P
A
 
A
D
 
S
N
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
G
Q
 
E
E
 
E
G
 
N
A
 
K
G
 
G
F
 
F
A
 
Y
Y
 
Y
L
 
I
M
 
M
N
 
K
Q
 
E
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
E
|
E
R
 
R
L
 
L
S
 
L
I
 
I
A
 
A
C
 
D
S
 
V
A
 
A
Q
 
I
G
 
S
A
 
A
A
x
S
Q
 
E
R
 
F
A
 
M
F
 
F
D
 
E
E
 
E
A
 
T
L
 
R
A
 
N
F
 
Y
T
 
V
R
 
K
D
 
Q
R
 
R
K
 
K
A
 
A
F
 
F
G
 
G
K
 
K
S
 
T
V
 
V
L
 
A
D
 
H
F
 
L
Q
 
Q
N
 
T
T
 
V
R
 
Q
F
 
H
T
x
K
L
 
L
A
 
A
D
 
E
L
 
L
A
 
K
T
 
T
K
 
H
L
 
I
Q
 
C
V
 
V
G
 
T
W
 
R
A
 
A
H
 
F
L
 
V
D
 
D
W
 
N
A
 
C
I
 
L
T
 
Q
R
 
L
H
 
H
V
 
E
A
 
A
G
 
K
E
 
R
L
 
L
T
 
D
A
 
S
T
 
A
E
 
T
A
 
A
S
 
C
A
 
M
A
 
A
K
 
K
L
 
Y
W
 
W
H
 
A
T
 
S
E
 
E
L
 
L
Q
 
Q
G
 
N
E
 
S
A
 
V
C
 
A
D
 
Y
T
 
D
A
 
C
L
 
V
Q
 
Q
L
 
L
H
 
H
G
 
G
G
 
G
A
 
W
G
 
G
Y
 
Y
M
 
M
N
 
W
E
 
E
Y
 
Y
L
 
P
I
 
I
A
 
A
R
 
K
L
 
A
W
 
Y
R
 
V
D
 
D
A
 
A
R
 
R
V
 
V
T
 
Q
R
 
P
I
 
I
F
 
Y
G
 
G
G
 
G
T
 
T
N
 
N
E
 
E
I
 
I
M
 
M
K
 
K
E
 
E
V
 
L
I
 
I
G
 
A
R
 
R

4l1fA Electron transferring flavoprotein of acidaminococcus fermentans: towards a mechanism of flavin-based electron bifurcation (see paper)
37% identity, 96% coverage: 16:380/380 of query aligns to 11:377/380 of 4l1fA

query
sites
4l1fA
L
 
M
F
 
I
R
 
K
D
 
D
Q
 
M
V
 
A
R
 
A
R
 
E
F
 
F
F
 
A
D
 
E
K
 
K
A
 
F
L
 
L
I
 
A
P
 
P
H
 
T
L
 
V
D
 
E
R
 
E
W
 
R
E
 
D
E
 
K
E
 
A
G
 
H
I
 
I
V
 
W
D
 
D
R
 
R
D
 
K
L
 
L
W
 
I
T
 
D
Q
 
K
C
 
M
G
 
G
E
 
E
T
 
A
G
 
G
L
 
F
L
 
C
C
 
G
P
 
I
T
 
C
V
 
F
P
 
P
E
 
E
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
L
 
M
G
 
G
L
 
L
D
 
D
F
 
V
R
 
L
Y
 
S
N
 
Y
A
 
I
V
 
L
I
 
A
D
 
V
E
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
S
Y
 
K
A
 
V
G
 
D
S
 
D
T
 
G
A
 
T
G
 
G
I
 
I
T
 
T
L
 
L
H
 
S
S
 
A
D
 
N
I
 
V
-
 
S
-
 
L
V
 
C
A
 
A
D
 
T
Y
 
P
I
 
I
V
 
Y
V
 
M
Y
 
F
G
 
G
S
 
T
E
 
E
A
 
E
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
H
 
K
W
 
Y
L
 
L
P
 
A
R
 
P
M
 
I
I
 
A
S
 
E
G
 
G
E
 
T
T
 
H
P
 
V
T
 
G
A
 
A
I
x
F
A
 
G
M
x
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
G
 
S
A
 
A
G
|
G
S
x
T
D
 
D
L
 
A
Q
 
S
G
 
A
V
 
Q
R
 
Q
T
 
T
T
 
T
A
 
A
I
 
V
R
 
L
D
 
K
G
 
G
D
 
D
S
 
K
Y
 
Y
V
 
I
I
 
L
N
 
N
G
 
G
S
 
S
K
 
K
T
 
I
Y
x
F
I
|
I
T
|
T
N
 
N
G
 
G
Q
 
K
H
 
E
A
 
A
D
 
D
L
 
T
V
 
Y
I
 
V
V
 
V
V
 
F
A
 
A
K
 
M
T
 
T
D
 
D
P
 
K
S
 
S
Q
 
Q
G
 
G
A
 
V
K
x
H
G
 
G
T
 
I
S
 
S
L
 
A
I
 
F
L
 
I
V
 
L
E
 
E
A
 
K
D
 
G
R
 
M
E
 
P
G
 
G
F
 
F
A
 
R
R
 
F
G
 
G
R
 
K
N
 
I
L
 
E
D
 
D
K
 
K
I
 
M
G
 
G
L
 
G
H
 
H
S
 
T
Q
 
S
D
 
I
T
 
T
S
 
A
E
 
E
M
 
L
F
 
I
F
 
F
N
 
E
D
 
D
V
 
C
R
 
E
V
 
V
P
 
P
A
 
K
D
 
E
N
 
N
L
 
L
L
 
L
G
 
G
Q
 
K
E
 
E
G
 
G
A
 
E
G
 
G
F
|
F
A
 
K
Y
 
I
L
 
A
M
|
M
N
x
E
Q
 
T
L
|
L
P
x
D
Q
 
G
E
x
G
R
|
R
L
 
I
S
 
G
I
 
V
A
 
A
C
 
A
S
 
Q
A
 
A
Q
 
L
G
 
G
A
 
I
A
 
A
Q
 
E
R
 
G
A
 
A
F
 
L
D
 
A
E
 
A
A
 
A
L
 
V
A
 
K
F
 
Y
T
 
S
R
 
K
D
 
E
R
|
R
K
 
E
A
x
Q
F
|
F
G
 
G
K
 
R
S
 
S
V
x
I
L
 
S
D
 
K
F
|
F
Q
 
Q
N
 
A
T
x
L
R
 
Q
F
 
F
T
 
M
L
 
M
A
 
A
D
 
D
L
 
M
A
 
A
T
 
T
K
 
K
L
 
I
Q
 
E
V
 
A
G
 
A
W
 
R
A
 
Y
H
 
L
L
 
V
D
 
Y
W
 
H
A
 
A
I
 
A
T
 
M
R
 
L
H
 
K
V
 
N
A
 
E
G
 
G
E
 
K
L
 
P
T
 
Y
A
 
S
T
 
E
E
 
A
A
 
A
S
 
A
A
 
M
A
 
A
K
 
K
L
 
C
W
 
F
H
 
A
T
 
S
E
 
D
L
 
V
Q
 
A
G
 
M
E
 
E
A
 
V
C
 
T
D
 
T
T
 
D
A
 
A
L
 
V
Q
|
Q
L
x
I
H
 
F
G
 
G
G
|
G
A
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
M
 
T
N
 
V
E
 
D
Y
 
Y
L
 
P
I
 
A
A
 
E
R
 
R
L
 
Y
W
 
M
R
 
R
D
 
N
A
 
A
R
 
K
V
x
I
T
 
T
R
 
Q
I
 
I
F
x
Y
G
x
E
G
|
G
T
|
T
N
 
N
E
x
Q
I
 
V
M
 
M
K
 
R
E
 
I
V
 
V
I
 
T
G
 
S
R
|
R
G
 
A
L
 
L

Sites not aligning to the query:

5ol2F The electron transferring flavoprotein/butyryl-coa dehydrogenase complex from clostridium difficile (see paper)
38% identity, 96% coverage: 13:376/380 of query aligns to 7:372/378 of 5ol2F

query
sites
5ol2F
E
 
K
H
 
Y
G
 
Q
L
 
M
F
 
L
R
 
K
D
 
E
Q
 
L
V
 
Y
R
 
V
R
 
S
F
 
F
F
 
A
D
 
E
K
 
N
A
 
E
L
 
V
I
 
K
P
 
P
H
 
L
L
 
A
D
 
T
R
x
E
W
 
L
E
 
D
E
 
E
E
|
E
G
 
E
I
x
R
V
 
F
D
 
P
R
 
Y
D
 
E
L
 
T
W
 
V
T
 
E
Q
 
K
C
 
M
G
 
A
E
 
K
T
 
A
G
 
G
L
 
M
L
 
M
C
 
G
P
 
I
T
 
P
V
 
Y
P
 
P
E
 
K
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
L
 
E
G
 
G
L
 
G
D
 
D
F
 
T
R
 
V
Y
 
G
N
 
Y
A
 
I
V
 
M
I
 
A
D
 
V
E
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
S
Y
 
R
A
 
V
G
 
C
S
 
G
T
 
T
A
 
T
G
 
G
I
 
V
T
 
I
L
 
L
-
 
S
-
 
A
H
 
H
S
 
T
D
 
S
I
 
L
V
 
G
A
 
S
D
 
W
Y
 
P
I
 
I
V
 
Y
V
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
S
 
N
E
 
E
A
 
E
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
H
 
K
W
 
F
L
 
L
P
 
R
R
 
P
M
 
L
I
 
A
S
 
S
G
 
G
E
 
E
T
 
K
P
 
L
T
 
G
A
 
A
I
x
F
A
 
G
M
x
L
T
|
T
E
 
E
P
|
P
G
 
N
A
 
A
G
 
G
S
x
T
D
 
D
L
 
A
Q
 
S
G
 
G
V
 
Q
R
 
Q
T
 
T
T
 
T
A
 
A
I
 
V
R
 
L
D
 
D
G
 
G
D
 
D
S
 
E
Y
 
Y
V
 
I
I
 
L
N
 
N
G
 
G
S
 
S
K
 
K
T
 
I
Y
x
F
I
|
I
T
|
T
N
 
N
G
 
A
Q
 
I
H
 
A
A
 
G
D
 
D
L
 
I
V
 
Y
I
 
V
V
 
V
V
 
M
A
 
A
K
 
M
T
 
T
D
 
D
P
 
K
S
 
S
Q
 
K
G
 
G
A
 
N
K
 
K
G
 
G
T
 
I
S
 
S
L
 
A
I
 
F
L
 
I
V
 
V
E
 
E
A
 
K
D
 
G
R
 
T
E
 
P
G
 
G
F
 
F
A
 
S
R
 
F
G
 
G
R
 
V
N
 
K
L
x
E
D
 
K
K
 
K
I
 
M
G
 
G
L
 
I
H
 
R
S
 
G
Q
 
S
D
 
A
T
 
T
S
 
S
E
 
E
M
 
L
F
 
I
F
 
F
N
 
E
D
 
D
V
 
C
R
 
R
V
 
I
P
 
P
A
 
K
D
 
E
N
 
N
L
 
L
L
 
L
G
 
G
Q
 
K
E
 
E
G
 
G
A
 
Q
G
 
G
F
 
F
A
 
K
Y
 
I
L
 
A
M
 
M
N
 
S
Q
 
T
L
|
L
P
 
D
Q
 
G
E
x
G
R
|
R
L
 
I
S
 
G
I
 
I
A
 
A
C
 
A
S
 
Q
A
 
A
Q
 
L
G
 
G
A
 
L
A
 
A
Q
 
Q
R
 
G
A
 
A
F
 
L
D
 
D
E
 
E
A
 
T
L
 
V
A
 
K
F
 
Y
T
 
V
R
 
K
D
 
E
R
|
R
K
 
V
A
 
Q
F
|
F
G
 
G
K
 
R
S
 
P
V
x
L
L
 
S
D
 
K
F
|
F
Q
 
Q
N
 
N
T
 
T
R
 
Q
F
 
F
T
 
Q
L
 
L
A
 
A
D
 
D
L
 
M
A
 
E
T
 
V
K
 
K
L
 
V
Q
 
Q
V
 
A
G
 
A
W
 
R
A
 
H
H
 
L
L
 
V
D
 
Y
W
 
Q
A
 
A
I
 
A
T
 
I
R
 
N
H
 
K
V
 
D
A
 
L
G
 
G
E
 
K
L
 
P
T
 
Y
A
 
G
T
 
V
E
 
E
A
 
A
S
 
A
A
 
M
A
 
A
K
 
K
L
 
L
W
 
F
H
 
A
T
 
A
E
 
E
L
 
T
Q
 
A
G
 
M
E
 
E
A
 
V
C
 
T
D
 
T
T
 
K
A
 
A
L
 
V
Q
|
Q
L
|
L
H
 
H
G
|
G
G
|
G
A
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
M
 
T
N
 
R
E
 
D
Y
 
Y
L
 
P
I
 
V
A
 
E
R
 
R
L
 
M
W
 
M
R
 
R
D
 
D
A
 
A
R
 
K
V
 
I
T
 
T
R
 
E
I
 
I
F
x
Y
G
x
E
G
|
G
T
|
T
N
 
S
E
|
E
I
 
V
M
 
Q
K
 
R
E
 
M
V
 
V
I
 
I

Sites not aligning to the query:

3r7kA Crystal structure of a probable acyl coa dehydrogenase from mycobacterium abscessus atcc 19977 / dsm 44196 (see paper)
39% identity, 94% coverage: 22:378/380 of query aligns to 17:375/378 of 3r7kA

query
sites
3r7kA
R
 
R
R
 
S
F
 
F
F
 
V
D
 
E
K
 
R
A
 
E
L
 
I
I
 
A
P
 
P
H
 
K
L
 
L
D
 
A
R
 
E
W
 
W
E
 
E
E
 
H
E
 
V
G
 
G
I
 
E
V
 
I
D
 
P
R
 
R
D
 
D
L
 
L
W
 
H
T
 
L
Q
 
N
C
 
A
G
 
A
E
 
E
T
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
L
C
 
G
P
 
I
T
 
G
V
 
F
P
 
P
E
 
E
E
 
E
Y
 
V
G
 
G
G
 
G
L
 
S
G
 
G
L
 
G
D
 
N
F
 
A
R
 
I
Y
 
D
N
 
S
A
 
A
V
 
L
I
 
V
D
 
T
E
 
E
E
 
A
L
 
I
A
 
L
Y
 
A
A
 
A
G
 
G
S
 
G
T
 
S
A
 
T
G
 
G
I
 
V
T
 
C
-
 
A
-
 
A
-
 
L
L
 
F
H
 
T
S
 
H
D
 
G
I
 
I
V
 
A
A
 
L
D
 
P
Y
 
H
I
 
I
V
 
A
V
 
A
Y
 
N
G
 
G
S
 
S
E
 
D
A
 
A
Q
 
L
K
 
I
Q
 
E
H
 
R
W
 
Y
L
 
V
P
 
R
R
 
P
M
 
T
I
 
L
S
 
A
G
 
G
E
 
K
T
 
M
P
 
I
T
 
G
A
 
S
I
 
L
A
 
G
M
x
V
T
|
T
E
 
E
P
 
P
G
 
G
A
 
A
G
|
G
S
|
S
D
 
D
L
 
V
Q
 
A
G
 
N
V
 
L
R
 
R
T
 
T
T
 
R
A
 
A
I
 
V
R
 
R
D
 
E
G
 
G
D
 
D
S
 
T
Y
 
Y
V
 
V
I
 
V
N
 
N
G
 
G
S
 
A
K
 
K
T
 
T
Y
x
F
I
|
I
T
|
T
N
 
S
G
 
G
Q
 
V
H
 
R
A
 
A
D
 
D
L
 
F
V
 
V
I
 
T
V
 
T
V
 
A
A
 
V
K
 
R
T
 
T
D
 
G
P
 
-
S
 
G
Q
 
P
G
 
G
A
 
Y
K
 
G
G
 
G
T
 
V
S
 
S
L
 
L
I
 
L
L
 
V
V
 
I
E
 
D
A
 
K
D
 
N
R
 
S
E
 
P
G
 
G
F
 
F
A
 
E
R
 
V
G
 
S
R
 
R
N
 
R
L
 
L
D
 
D
K
 
K
I
 
M
G
 
G
L
 
W
H
 
R
S
 
C
Q
 
S
D
 
D
T
 
T
S
 
A
E
 
E
M
 
L
F
 
S
F
 
F
N
 
V
D
 
D
V
 
V
R
 
R
V
 
V
P
 
P
A
 
A
D
 
D
N
 
N
L
 
L
L
 
V
G
 
G
Q
 
A
E
 
E
G
 
N
A
 
S
G
 
G
F
 
F
A
 
L
Y
 
Q
L
 
I
M
 
M
N
 
Q
Q
 
Q
L
 
F
P
 
Q
Q
 
A
E
|
E
R
 
R
L
 
L
S
 
G
I
 
I
A
 
A
C
 
V
S
 
Q
A
 
A
Q
 
Y
G
 
A
A
 
T
A
 
A
Q
 
G
R
 
R
A
 
A
F
 
L
D
 
D
E
 
L
A
 
A
L
 
K
A
 
S
F
 
W
T
 
A
R
 
R
D
 
E
R
|
R
K
 
E
A
x
T
F
|
F
G
 
G
K
 
R
S
 
P
V
x
L
L
 
T
D
 
G
F
x
R
Q
 
Q
N
 
I
T
x
I
R
 
R
F
 
H
T
 
K
L
 
L
A
 
A
D
 
E
L
 
M
A
 
A
T
 
R
K
 
Q
L
 
V
Q
 
D
V
 
V
G
 
A
W
 
C
A
 
T
H
 
Y
L
 
T
D
 
R
W
 
A
A
 
V
I
 
M
T
 
Q
R
 
R
H
 
W
V
 
L
A
 
A
G
 
G
E
 
E
L
 
D
T
 
V
A
 
V
T
 
A
E
 
E
A
 
V
S
 
S
A
 
M
A
 
A
K
 
K
L
 
N
W
 
T
H
 
A
T
 
V
E
 
Y
L
 
A
Q
 
C
G
 
D
E
 
Y
A
 
V
C
 
V
D
 
N
T
 
E
A
 
A
L
 
V
Q
|
Q
L
x
I
H
 
F
G
 
G
G
|
G
A
 
M
G
 
G
Y
 
Y
M
 
M
N
 
R
E
 
E
Y
 
S
L
 
E
I
 
I
A
 
E
R
 
R
L
 
H
W
 
Y
R
 
R
D
 
D
A
 
C
R
 
R
V
x
I
T
 
L
R
 
G
I
 
I
F
 
G
G
|
G
G
 
G
T
|
T
N
 
N
E
|
E
I
 
I
M
 
M
K
 
N
E
 
E
V
 
V
I
 
I
G
 
A
R
x
K

6fahD Molecular basis of the flavin-based electron-bifurcating caffeyl-coa reductase reaction (see paper)
36% identity, 97% coverage: 10:376/380 of query aligns to 3:372/379 of 6fahD

query
sites
6fahD
F
 
F
D
 
S
A
 
E
E
 
Q
H
 
N
G
 
K
L
 
M
F
 
I
R
 
R
D
 
K
Q
 
L
V
 
A
R
 
R
R
 
D
F
 
F
F
 
A
D
 
E
K
 
K
A
 
E
L
 
L
I
 
T
P
 
T
H
 
E
-
 
I
L
 
L
D
 
D
R
 
E
W
 
V
E
 
E
E
 
E
E
 
S
G
 
G
I
 
E
V
 
F
D
 
P
R
 
Q
D
 
E
L
 
I
W
 
L
T
 
D
Q
 
K
C
 
M
G
 
A
E
 
K
T
 
F
G
 
G
L
 
F
L
 
F
C
 
G
P
 
I
T
 
K
V
 
I
P
 
P
E
 
K
E
 
S
Y
 
L
G
 
G
G
 
G
L
 
S
G
 
G
L
 
G
D
 
D
F
 
H
R
 
M
Y
 
S
N
 
Y
A
 
V
V
 
I
I
 
C
D
 
M
E
 
E
E
 
E
L
 
F
A
 
A
Y
 
R
A
 
V
G
 
S
S
 
G
T
 
V
A
 
A
G
 
S
I
 
V
T
 
Y
L
 
L
H
 
S
S
 
S
-
 
P
-
 
N
D
 
S
I
 
L
V
 
A
A
 
G
D
 
G
Y
 
P
I
 
L
V
 
L
V
 
L
Y
 
S
G
 
G
S
 
T
E
 
E
A
 
E
Q
 
Q
K
 
I
Q
 
E
H
 
K
W
 
Y
L
 
L
P
 
K
R
 
P
M
 
I
I
 
I
S
 
T
G
 
G
E
 
K
T
 
K
P
 
K
T
 
L
A
 
A
I
x
F
A
 
A
M
x
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
G
 
G
A
 
A
G
 
G
S
 
S
D
 
D
L
 
A
Q
 
G
G
 
G
V
 
M
R
 
S
T
 
T
T
 
T
A
 
A
I
 
V
R
 
D
D
 
M
G
 
G
D
 
D
S
 
Y
Y
 
Y
V
 
L
I
 
L
N
 
N
G
 
G
S
x
R
K
 
K
T
 
T
Y
x
F
I
 
I
T
|
T
N
 
M
G
 
A
Q
 
P
H
 
L
A
 
C
D
 
D
L
 
D
V
 
A
I
 
V
V
 
I
V
 
Y
A
 
A
K
 
K
T
 
T
D
 
D
P
 
M
S
 
S
Q
 
K
G
 
G
A
 
T
K
 
R
G
 
G
T
 
I
S
 
S
L
 
A
I
 
F
L
 
I
V
 
V
E
 
D
A
 
L
D
 
K
R
 
S
E
 
E
G
 
G
F
 
V
A
 
S
R
 
M
G
 
G
R
 
K
N
 
N
L
x
E
D
 
H
K
 
K
I
 
M
G
 
G
L
 
L
H
 
I
S
 
G
Q
 
C
D
 
A
T
 
T
S
 
S
E
 
D
M
 
I
F
 
I
F
 
M
N
 
E
D
 
D
V
 
V
R
 
K
V
 
V
P
 
P
A
 
K
D
 
E
N
 
N
L
 
R
L
 
L
G
 
G
Q
 
E
E
 
V
G
 
N
A
 
K
G
 
G
F
 
F
A
 
S
Y
 
N
L
 
A
M
 
M
N
 
K
Q
 
T
L
 
L
P
 
D
Q
 
V
E
x
G
R
 
R
L
 
L
S
 
G
I
 
V
A
 
A
C
 
S
S
 
Q
A
 
S
Q
 
I
G
 
G
A
 
V
A
 
A
Q
 
Q
R
 
G
A
 
A
F
 
L
D
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
I
A
 
K
F
 
Y
T
 
A
R
 
K
D
 
E
R
|
R
K
 
K
A
x
Q
F
|
F
G
 
G
K
 
K
S
 
R
V
x
I
L
 
A
D
 
D
F
|
F
Q
 
Q
N
 
A
T
 
I
R
 
A
F
 
F
T
 
M
L
 
I
A
 
A
D
 
D
L
 
M
A
 
A
T
 
T
K
 
K
L
 
L
Q
 
E
V
 
A
G
 
A
W
 
K
A
 
L
H
 
L
L
 
V
D
 
Y
W
 
N
A
 
A
I
 
A
T
 
S
R
 
L
H
 
M
V
 
D
A
 
N
G
 
K
E
 
K
L
 
N
T
 
A
A
 
T
T
 
K
E
 
E
A
 
A
S
 
S
A
 
M
A
 
A
K
 
K
L
 
F
W
 
Y
H
 
A
T
 
S
E
 
E
L
 
I
Q
 
C
G
 
N
E
 
E
A
 
I
C
 
C
D
 
A
T
 
K
A
 
A
L
 
V
Q
|
Q
L
x
I
H
 
H
G
 
G
G
|
G
A
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
M
 
I
N
 
K
E
 
E
Y
 
Y
L
 
K
I
 
V
A
 
E
R
 
R
L
 
M
W
 
Y
R
 
R
D
 
D
A
 
C
R
 
R
V
 
V
T
 
F
R
 
T
I
 
I
F
x
Y
G
 
E
G
 
G
T
|
T
N
 
S
E
x
Q
I
 
V
M
 
Q
K
 
Q
E
 
M
V
 
V
I
 
I

Sites not aligning to the query:

4iv6B X-ray crystal structure of an isovaleryl-coa dehydrogenase from mycobacterium smegmatis (see paper)
40% identity, 98% coverage: 9:380/380 of query aligns to 1:375/383 of 4iv6B

query
sites
4iv6B
A
 
A
F
 
L
D
 
T
A
 
A
E
 
E
H
 
E
G
 
E
L
 
T
F
 
I
R
 
V
D
 
K
Q
 
T
V
 
V
R
 
H
R
 
D
F
 
F
F
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
Q
L
 
V
I
 
K
P
 
P
H
 
V
L
 
V
D
 
R
R
 
E
W
 
L
E
 
E
E
 
H
E
 
A
G
 
N
I
 
T
V
 
Y
D
 
P
R
 
E
D
 
E
L
 
L
W
 
I
T
 
E
Q
 
T
C
 
M
G
 
K
E
 
E
T
 
I
G
 
G
L
 
I
L
 
F
C
 
G
P
 
L
T
 
A
V
 
I
P
 
P
E
 
E
E
 
P
Y
 
Y
G
 
G
G
 
F
L
 
G
G
 
A
L
 
V
D
 
S
F
 
M
R
 
P
Y
 
C
N
 
Y
A
 
V
V
 
Q
I
 
V
D
 
A
E
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
A
Y
 
R
A
 
G
-
 
W
G
 
M
S
 
S
T
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
A
T
 
M
L
 
G
H
 
G
S
 
H
D
 
T
I
 
V
V
 
V
A
 
S
D
 
K
Y
 
L
I
 
L
V
 
L
V
 
L
Y
 
F
G
 
G
S
 
T
E
 
E
A
 
E
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
H
 
K
W
 
Y
L
 
L
P
 
P
R
 
R
M
 
M
I
 
A
S
 
T
G
 
G
E
 
E
T
 
L
P
 
R
T
 
A
A
 
T
I
 
M
A
 
A
M
x
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
G
 
G
A
x
G
G
|
G
S
|
S
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
G
 
A
V
 
M
R
 
R
T
 
T
T
 
V
A
 
A
I
 
R
R
 
R
D
 
D
G
 
G
D
 
D
S
 
D
Y
 
Y
V
 
V
I
 
I
N
 
N
G
 
G
S
 
S
K
 
K
T
 
T
Y
x
W
I
|
I
T
x
S
N
 
N
G
 
A
Q
 
R
H
 
R
A
 
S
D
 
D
L
 
L
V
 
V
I
 
A
V
 
L
V
 
M
A
 
C
K
 
K
T
 
T
D
 
D
P
 
P
-
 
D
S
 
A
Q
 
Q
G
 
P
A
 
A
-
 
H
K
 
K
G
 
G
T
 
V
S
 
S
L
 
I
I
 
L
L
 
L
V
 
V
E
 
E
A
 
-
D
 
K
R
 
V
E
 
P
G
 
G
F
 
F
A
 
D
R
 
V
G
 
S
R
 
R
N
 
D
L
 
L
D
 
P
K
 
K
I
 
L
G
 
G
L
 
Y
H
 
K
S
 
G
Q
 
V
D
 
E
T
 
S
S
 
C
E
 
E
M
 
L
F
 
N
F
 
F
N
 
T
D
 
D
V
 
A
R
 
R
V
 
V
P
 
P
A
 
V
D
 
S
N
 
S
L
 
L
L
 
L
G
 
G
-
 
D
Q
 
D
E
 
E
G
 
G
A
 
R
G
 
G
F
 
F
A
 
A
Y
 
Q
L
 
M
M
 
M
N
 
K
Q
 
G
L
 
L
P
 
E
Q
 
V
E
x
G
R
 
R
L
 
L
S
 
Q
I
 
V
A
 
A
C
 
A
S
 
R
A
 
A
Q
 
T
G
 
G
A
 
V
A
 
A
Q
 
R
R
 
A
A
 
A
F
 
F
D
 
E
E
 
D
A
 
A
L
 
L
A
 
R
F
 
Y
T
 
S
R
 
Q
D
 
E
R
|
R
K
 
E
A
x
S
F
|
F
G
 
G
K
 
K
S
 
P
V
x
I
L
 
W
D
 
Q
F
x
H
Q
 
Q
N
 
S
T
x
V
R
 
G
F
 
N
T
 
M
L
 
L
A
 
A
D
 
D
L
 
M
A
 
G
T
 
T
K
 
K
L
 
L
Q
 
Y
V
 
A
G
 
A
W
 
R
A
 
S
H
 
L
L
 
L
D
 
L
W
 
S
A
 
A
I
 
A
T
 
E
R
 
K
H
 
F
V
 
D
A
 
A
G
 
G
E
 
Q
L
 
R
T
 
C
A
 
D
T
 
M
E
 
E
A
 
A
S
 
G
A
 
M
A
 
A
K
 
K
L
 
L
W
 
F
H
 
A
T
 
S
E
 
E
L
 
T
Q
 
A
G
 
M
E
 
Q
A
 
I
C
 
A
D
 
L
T
 
D
A
 
A
L
 
V
Q
x
R
L
x
V
H
 
H
G
 
G
G
|
G
A
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
M
 
S
N
 
T
E
 
E
Y
 
Y
L
 
D
I
 
V
A
 
E
R
 
R
L
 
Y
W
 
F
R
 
R
D
 
D
A
 
A
R
 
P
V
x
L
T
 
M
R
 
I
I
 
V
F
x
G
G
x
E
G
 
G
T
|
T
N
 
N
E
|
E
I
|
I
M
 
Q
K
 
R
E
 
N
V
 
V
I
 
I
G
 
A
R
x
K
G
 
Q
L
 
L

4n5fA Crystal structure of a putative acyl-coa dehydrogenase with bound fadh2 from burkholderia cenocepacia j2315
38% identity, 96% coverage: 16:380/380 of query aligns to 12:378/378 of 4n5fA

query
sites
4n5fA
L
 
M
F
 
I
R
 
R
D
 
D
Q
 
A
V
 
A
R
 
R
R
 
A
F
 
F
F
 
A
D
 
T
K
 
E
A
 
M
L
 
L
I
 
A
P
 
P
H
 
N
L
 
A
D
 
A
R
 
Q
W
 
W
E
 
D
E
 
H
E
 
D
G
 
A
I
 
H
V
 
L
D
 
P
R
 
D
D
 
A
L
 
I
W
 
V
T
 
A
Q
 
Q
C
 
L
G
 
G
E
 
E
T
 
L
G
 
G
L
 
L
L
 
L
C
 
G
P
 
M
T
 
I
V
 
V
P
 
P
E
 
Q
E
 
E
Y
 
L
G
 
G
G
 
G
L
 
S
G
 
Y
L
 
T
D
 
D
F
 
Y
R
 
V
Y
 
A
N
 
Y
A
 
A
V
 
L
I
 
A
D
 
M
E
 
E
E
 
E
L
 
V
A
 
A
Y
 
-
A
 
A
G
 
G
S
 
D
T
 
A
A
 
A
G
 
C
I
 
A
T
 
T
L
 
M
-
 
M
-
 
S
-
 
V
H
 
H
S
 
N
D
 
S
I
 
V
V
 
G
A
 
C
D
 
G
Y
 
P
I
 
I
V
 
L
V
 
G
Y
 
F
G
 
G
S
 
T
E
 
P
A
 
A
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
D
H
 
R
W
 
W
L
 
L
P
 
A
R
 
D
M
 
M
I
 
A
S
 
A
G
 
G
E
 
R
T
 
V
P
 
I
T
 
G
A
 
A
I
 
F
A
 
C
M
x
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
G
 
H
A
 
A
G
|
G
S
|
S
D
 
E
L
 
A
Q
 
N
G
 
N
V
 
L
R
 
R
T
 
T
T
 
R
A
 
A
-
 
E
I
 
L
R
 
R
D
 
D
G
 
G
D
 
-
S
 
Q
Y
 
W
V
 
V
I
 
L
N
 
N
G
 
G
S
 
A
K
 
K
T
 
Q
Y
x
F
I
 
V
T
|
T
N
 
N
G
 
G
Q
 
Q
H
 
R
A
 
A
D
 
G
L
 
V
V
 
A
I
 
I
V
 
V
V
 
F
A
 
A
K
 
M
T
 
T
D
 
D
P
 
P
S
 
E
Q
 
A
G
 
G
A
 
K
K
 
R
G
 
G
T
 
I
S
 
S
L
 
A
I
 
F
L
 
L
V
 
V
E
 
P
A
 
T
D
 
D
R
 
T
E
 
P
G
 
G
F
 
F
A
 
I
R
 
V
G
 
G
R
 
K
N
 
P
L
 
E
D
 
K
K
 
K
I
 
M
G
 
G
L
 
I
H
 
R
S
 
A
Q
 
S
D
 
D
T
|
T
S
 
C
E
 
P
M
 
I
F
 
T
F
 
F
N
 
E
D
 
N
V
 
C
R
 
A
V
 
I
P
 
P
A
 
E
D
 
D
N
 
N
L
 
L
L
 
L
G
 
G
Q
 
N
E
 
R
G
 
G
A
 
E
G
 
G
F
 
L
A
 
K
Y
 
I
L
 
A
M
 
L
N
 
S
Q
 
N
L
 
L
P
 
E
Q
 
G
E
x
G
R
 
R
L
 
I
S
 
G
I
 
I
A
 
A
C
 
A
S
 
Q
A
 
A
Q
 
L
G
 
G
A
 
I
A
 
A
Q
 
R
R
 
A
A
 
A
F
 
F
D
 
D
E
 
K
A
 
A
L
 
R
A
 
R
F
 
Y
T
 
A
R
 
G
D
 
E
R
 
R
K
 
V
A
 
Q
F
 
F
G
 
G
K
 
K
S
 
P
V
 
I
L
 
A
D
 
E
F
 
H
Q
 
Q
N
 
A
T
 
I
R
 
Q
F
 
Q
T
 
K
L
 
L
A
 
A
D
 
D
L
 
M
A
 
A
T
 
V
K
 
Q
L
 
I
Q
 
N
V
 
A
G
 
A
W
 
R
A
 
L
H
 
L
L
 
V
D
 
H
W
 
H
A
 
A
I
 
A
T
 
K
R
 
L
H
 
R
V
 
T
A
 
A
G
 
G
E
 
L
L
 
P
T
 
C
A
 
L
T
 
S
E
 
E
A
 
A
S
 
S
A
 
Q
A
 
A
K
 
K
L
 
L
W
 
F
H
 
A
T
 
S
E
 
E
L
 
M
Q
 
A
G
 
E
E
 
R
A
 
V
C
 
C
D
 
S
T
 
D
A
 
A
L
 
I
Q
 
Q
L
 
I
H
 
H
G
 
G
G
 
G
A
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
M
 
L
N
 
V
E
 
D
Y
 
Y
L
 
E
I
 
V
A
 
E
R
 
R
L
 
H
W
 
Y
R
 
R
D
 
D
A
 
A
R
 
R
V
 
I
T
 
T
R
 
Q
I
 
I
F
x
Y
G
x
E
G
 
G
T
|
T
N
 
S
E
|
E
I
 
V
M
 
Q
K
 
R
E
x
M
V
 
V
I
 
I
G
 
A
R
|
R
G
 
Q
L
 
L

1ukwB Crystal structure of medium-chain acyl-coa dehydrogenase from thermus thermophilus hb8
36% identity, 94% coverage: 22:378/380 of query aligns to 17:374/379 of 1ukwB

query
sites
1ukwB
R
 
R
R
 
R
F
 
F
F
 
A
D
 
K
K
 
E
A
 
V
L
 
I
I
 
L
P
 
P
H
 
V
L
 
A
D
 
Q
R
 
E
W
 
Y
E
 
D
E
 
E
E
 
K
G
 
E
I
 
E
V
 
V
D
 
P
R
 
W
D
 
P
L
 
V
W
 
I
T
 
E
Q
 
K
C
 
L
G
 
H
E
 
E
T
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
L
C
 
N
P
 
A
T
 
I
V
 
I
P
 
P
E
 
E
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
L
 
M
G
 
G
L
 
L
D
 
K
F
 
M
R
 
L
Y
 
D
N
 
E
A
 
V
V
 
I
I
 
V
D
 
G
E
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
G
 
C
-
 
M
S
 
G
T
 
I
A
 
Y
G
 
T
I
 
I
T
 
P
L
 
M
H
 
A
S
 
S
D
 
D
I
 
L
V
 
G
A
 
I
D
 
T
Y
 
P
I
 
V
V
 
L
V
 
L
Y
 
A
G
 
G
S
 
T
E
 
E
A
 
E
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
E
H
 
R
W
 
F
L
 
L
P
 
R
R
 
P
M
 
L
I
 
T
S
 
E
G
 
K
E
 
P
T
 
A
P
 
L
T
 
A
A
 
A
I
x
F
A
 
A
M
x
L
T
x
S
E
 
E
P
 
P
G
 
G
A
 
N
G
|
G
S
|
S
D
 
D
L
 
A
Q
 
A
G
 
A
V
 
L
R
 
K
T
 
T
T
 
R
A
 
A
I
 
I
R
 
R
D
 
Q
G
 
G
D
|
D
S
x
H
Y
 
Y
V
 
V
I
 
L
N
 
N
G
 
G
S
 
T
K
 
K
T
 
M
Y
x
W
I
 
I
T
x
S
N
 
N
G
 
G
Q
 
G
H
 
E
A
 
A
D
 
E
L
 
W
V
 
V
I
 
V
V
 
V
V
 
F
A
 
A
K
 
T
T
 
V
D
 
N
P
 
P
S
 
E
Q
 
L
G
 
R
A
 
H
K
 
K
G
 
G
T
 
V
S
 
V
L
 
A
I
 
L
L
 
V
V
 
V
E
 
E
A
 
R
D
 
G
R
 
T
E
 
P
G
 
G
F
 
F
A
 
K
R
 
A
G
 
I
R
 
K
N
 
I
L
 
H
D
 
G
K
|
K
I
 
M
G
 
G
L
 
Q
H
 
R
S
 
A
Q
 
S
D
 
G
T
 
T
S
 
Y
E
 
E
M
 
L
F
 
V
F
 
F
N
 
E
D
 
D
V
 
V
R
 
K
V
 
V
P
 
P
A
 
V
D
 
E
N
 
N
L
 
R
L
 
L
G
 
G
Q
 
E
E
 
E
G
 
G
A
 
E
G
 
G
F
 
F
A
 
K
Y
 
I
L
 
A
M
 
M
N
 
Q
Q
 
T
L
 
L
P
 
N
Q
 
K
E
x
T
R
 
R
L
 
I
S
 
P
I
 
V
A
 
A
C
 
A
S
 
G
A
 
S
Q
 
V
G
 
G
A
 
V
A
 
A
Q
 
R
R
 
R
A
 
A
F
 
L
D
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
R
A
 
K
F
 
Y
T
 
A
R
 
K
D
 
E
R
 
R
K
 
E
A
 
A
F
 
F
G
 
G
K
 
E
S
 
P
V
 
I
L
 
A
D
 
N
F
 
F
Q
 
Q
N
 
A
T
 
I
R
 
Q
F
 
F
T
 
K
L
 
L
A
 
V
D
 
D
L
 
M
A
 
L
T
 
I
K
 
G
L
 
I
Q
 
E
V
 
T
G
 
A
W
 
R
A
 
M
H
 
Y
L
 
T
D
 
Y
W
 
Y
A
 
A
I
 
A
T
 
W
R
 
L
H
 
A
V
 
D
A
 
Q
G
 
G
E
 
L
L
 
P
T
 
H
A
 
A
T
 
H
E
 
A
A
 
S
S
 
A
A
 
I
A
 
A
K
 
K
L
 
A
W
 
Y
H
 
A
T
 
S
E
 
E
L
 
I
Q
 
A
G
 
F
E
 
E
A
 
A
C
 
A
D
 
N
T
 
Q
A
 
A
L
 
I
Q
 
Q
L
 
I
H
 
H
G
 
G
G
 
G
A
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
M
 
V
N
 
R
E
 
E
Y
 
F
L
 
P
I
 
V
A
 
E
R
 
K
L
 
L
W
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
V
R
 
K
V
x
L
T
 
N
R
 
Q
I
 
I
F
x
Y
G
x
E
G
 
G
T
|
T
N
 
N
E
|
E
I
 
I
M
 
Q
K
 
R
E
x
L
V
 
I
I
 
I
G
 
A
R
|
R

1ukwA Crystal structure of medium-chain acyl-coa dehydrogenase from thermus thermophilus hb8
36% identity, 94% coverage: 22:378/380 of query aligns to 17:374/379 of 1ukwA

query
sites
1ukwA
R
 
R
R
 
R
F
 
F
F
 
A
D
 
K
K
 
E
A
 
V
L
 
I
I
 
L
P
 
P
H
 
V
L
 
A
D
 
Q
R
 
E
W
 
Y
E
 
D
E
 
E
E
 
K
G
 
E
I
 
E
V
 
V
D
 
P
R
 
W
D
 
P
L
 
V
W
 
I
T
 
E
Q
 
K
C
 
L
G
 
H
E
 
E
T
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
L
C
 
N
P
 
A
T
 
I
V
 
I
P
 
P
E
 
E
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
L
 
M
G
 
G
L
 
L
D
 
K
F
 
M
R
 
L
Y
 
D
N
 
E
A
 
V
V
 
I
I
 
V
D
 
G
E
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
G
 
C
-
 
M
S
 
G
T
 
I
A
 
Y
G
 
T
I
 
I
T
 
P
L
 
M
H
 
A
S
 
S
D
 
D
I
 
L
V
 
G
A
 
I
D
 
T
Y
 
P
I
 
V
V
 
L
V
 
L
Y
 
A
G
 
G
S
 
T
E
 
E
A
 
E
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
E
H
 
R
W
 
F
L
 
L
P
 
R
R
 
P
M
 
L
I
 
T
S
 
E
G
 
K
E
 
P
T
 
A
P
 
L
T
 
A
A
 
A
I
x
F
A
 
A
M
x
L
T
x
S
E
 
E
P
 
P
G
 
G
A
 
N
G
|
G
S
|
S
D
 
D
L
 
A
Q
 
A
G
 
A
V
 
L
R
 
K
T
 
T
T
 
R
A
 
A
I
 
I
R
 
R
D
 
Q
G
 
G
D
 
D
S
 
H
Y
 
Y
V
 
V
I
 
L
N
 
N
G
 
G
S
 
T
K
 
K
T
 
M
Y
x
W
I
 
I
T
x
S
N
 
N
G
 
G
Q
 
G
H
 
E
A
 
A
D
 
E
L
 
W
V
 
V
I
 
V
V
 
V
V
 
F
A
 
A
K
 
T
T
 
V
D
 
N
P
 
P
S
 
E
Q
 
L
G
 
R
A
 
H
K
 
K
G
 
G
T
 
V
S
 
V
L
 
A
I
 
L
L
 
V
V
 
V
E
 
E
A
 
R
D
 
G
R
 
T
E
 
P
G
 
G
F
 
F
A
 
K
R
 
A
G
 
I
R
 
K
N
 
I
L
 
H
D
 
G
K
 
K
I
 
M
G
 
G
L
 
Q
H
 
R
S
 
A
Q
 
S
D
 
G
T
 
T
S
 
Y
E
 
E
M
 
L
F
 
V
F
 
F
N
 
E
D
 
D
V
 
V
R
 
K
V
 
V
P
 
P
A
 
V
D
 
E
N
 
N
L
 
R
L
 
L
G
 
G
Q
 
E
E
 
E
G
 
G
A
 
E
G
 
G
F
 
F
A
 
K
Y
 
I
L
 
A
M
 
M
N
 
Q
Q
 
T
L
 
L
P
 
N
Q
 
K
E
x
T
R
 
R
L
 
I
S
 
P
I
 
V
A
 
A
C
 
A
S
 
G
A
 
S
Q
 
V
G
 
G
A
 
V
A
 
A
Q
 
R
R
 
R
A
 
A
F
 
L
D
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
R
A
 
K
F
 
Y
T
 
A
R
 
K
D
 
E
R
 
R
K
 
E
A
 
A
F
 
F
G
 
G
K
 
E
S
 
P
V
 
I
L
 
A
D
 
N
F
 
F
Q
 
Q
N
 
A
T
 
I
R
 
Q
F
 
F
T
 
K
L
 
L
A
 
V
D
 
D
L
 
M
A
 
L
T
 
I
K
 
G
L
 
I
Q
 
E
V
 
T
G
 
A
W
 
R
A
 
M
H
 
Y
L
 
T
D
 
Y
W
 
Y
A
 
A
I
 
A
T
 
W
R
 
L
H
 
A
V
 
D
A
 
Q
G
 
G
E
 
L
L
 
P
T
 
H
A
 
A
T
 
H
E
 
A
A
 
S
S
 
A
A
 
I
A
 
A
K
 
K
L
 
A
W
 
Y
H
 
A
T
 
S
E
 
E
L
 
I
Q
 
A
G
 
F
E
 
E
A
 
A
C
 
A
D
 
N
T
 
Q
A
 
A
L
 
I
Q
 
Q
L
 
I
H
 
H
G
 
G
G
 
G
A
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
M
 
V
N
 
R
E
 
E
Y
 
F
L
 
P
I
 
V
A
 
E
R
 
K
L
 
L
W
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
V
R
 
K
V
x
L
T
 
N
R
 
Q
I
 
I
F
x
Y
G
x
E
G
 
G
T
|
T
N
 
N
E
|
E
I
 
I
M
 
Q
K
 
R
E
x
L
V
 
I
I
 
I
G
 
A
R
|
R

5lnxD Crystal structure of mmgc, an acyl-coa dehydrogenase from bacillus subtilis.
37% identity, 97% coverage: 13:380/380 of query aligns to 5:372/374 of 5lnxD

query
sites
5lnxD
E
 
E
H
 
Q
G
 
V
L
 
M
F
 
M
R
 
R
D
 
K
Q
 
M
V
 
V
R
 
R
R
 
D
F
 
F
F
 
A
D
 
R
K
 
K
A
 
E
L
 
I
I
 
A
P
 
P
H
 
A
L
 
A
D
 
E
R
 
I
W
 
M
E
 
E
E
 
K
E
 
T
G
 
D
I
 
E
V
 
F
D
 
P
R
 
F
D
 
Q
L
 
L
W
 
I
T
 
K
Q
 
K
C
 
M
G
 
G
E
 
K
T
 
H
G
 
G
L
 
L
L
 
M
C
 
G
P
 
I
T
 
P
V
 
V
P
 
P
E
 
E
E
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
L
 
A
G
 
G
L
 
A
D
 
D
F
 
V
R
 
V
Y
 
S
N
 
Y
A
 
I
V
 
L
I
 
A
D
 
I
E
 
H
E
 
E
L
 
I
A
 
S
Y
 
R
A
 
I
G
 
S
S
 
A
T
 
A
A
 
V
G
 
G
I
 
V
T
 
I
L
 
L
-
 
S
-
 
V
H
 
H
S
 
T
D
 
S
I
 
V
V
 
G
A
 
T
D
 
N
Y
 
P
I
 
I
V
 
L
V
 
Y
Y
 
F
G
 
G
S
 
N
E
 
E
A
 
E
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
M
H
 
K
W
 
Y
L
 
I
P
 
P
R
 
N
M
 
L
I
 
A
S
 
S
G
 
G
E
 
D
T
 
H
P
 
L
T
 
G
A
 
A
I
 
F
A
 
A
M
x
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
G
 
H
A
 
S
G
|
G
S
|
S
D
 
D
L
 
A
Q
 
G
G
 
S
V
 
L
R
 
R
T
 
T
T
 
T
A
 
A
I
 
I
R
 
K
D
 
K
G
 
N
D
 
G
S
 
K
Y
 
Y
V
 
L
I
 
L
N
 
N
G
 
G
S
 
S
K
 
K
T
 
I
Y
x
F
I
 
I
T
|
T
N
 
N
G
 
G
Q
 
G
H
 
A
A
 
A
D
 
D
L
 
I
V
 
Y
I
 
I
V
 
T
V
 
F
A
 
A
K
 
L
T
 
T
D
 
A
P
 
P
S
 
D
Q
 
Q
G
 
G
A
 
R
K
 
H
G
 
G
T
 
I
S
 
S
L
 
A
I
 
F
L
 
I
V
 
V
E
 
E
A
 
K
D
 
N
R
 
T
E
 
P
G
 
G
F
 
F
A
 
T
R
 
V
G
 
G
R
 
K
N
 
K
L
 
E
D
 
R
K
 
K
I
 
L
G
 
G
L
 
L
H
 
Y
S
 
G
Q
 
S
D
 
N
T
 
T
S
 
T
E
 
E
M
 
L
F
 
I
F
 
F
N
 
D
D
 
N
V
 
A
R
 
E
V
 
V
P
 
P
A
 
E
D
 
A
N
 
N
L
 
L
L
 
L
G
 
G
Q
 
K
E
 
E
G
 
G
A
 
D
G
 
G
F
 
F
A
 
H
Y
 
I
L
 
A
M
 
M
N
 
A
Q
 
N
L
 
L
P
 
N
Q
 
V
E
x
G
R
 
R
L
 
I
S
 
G
I
 
I
A
 
A
C
 
A
S
 
Q
A
 
A
Q
 
L
G
 
G
A
 
I
A
 
A
Q
 
E
R
 
A
A
 
A
F
 
L
D
 
E
E
 
H
A
 
A
L
 
V
A
 
D
F
 
Y
T
 
A
R
 
K
D
 
Q
R
|
R
K
 
V
A
x
Q
F
|
F
G
 
G
K
 
R
S
 
P
V
x
I
L
 
A
D
 
A
F
x
N
Q
 
Q
N
 
G
T
x
I
R
 
S
F
 
F
T
 
K
L
 
L
A
 
A
D
 
D
L
 
M
A
 
A
T
 
T
K
 
R
L
 
A
Q
 
E
V
 
A
G
 
A
W
 
R
A
 
H
H
 
L
L
 
V
D
 
Y
W
 
H
A
 
A
I
 
A
T
 
D
R
 
L
H
 
H
V
 
-
A
 
-
G
 
N
E
 
R
L
 
L
T
 
N
A
 
C
-
 
G
T
 
K
E
 
E
A
 
A
S
 
S
A
 
M
A
 
A
K
 
K
L
 
Q
W
 
F
H
 
A
T
 
S
E
 
D
L
 
A
Q
 
A
G
 
V
E
 
K
A
 
A
C
 
L
D
 
D
T
 
-
A
 
A
L
 
V
Q
|
Q
L
x
I
H
 
Y
G
 
G
G
|
G
A
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
M
 
M
N
 
K
E
 
D
Y
 
Y
L
 
P
I
 
V
A
 
E
R
 
R
L
 
L
W
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
A
R
 
K
V
 
V
T
 
T
R
 
Q
I
 
I
F
x
Y
G
x
E
G
 
G
T
|
T
N
 
N
E
|
E
I
 
I
M
 
Q
K
 
R
E
 
L
V
 
I
I
 
I
G
 
S
R
x
K
G
 
Y
L
 
L

3pfdC Crystal structure of an acyl-coa dehydrogenase from mycobacterium thermoresistibile bound to reduced flavin adenine dinucleotide solved by combined iodide ion sad mr (see paper)
35% identity, 97% coverage: 14:380/380 of query aligns to 1:367/369 of 3pfdC

query
sites
3pfdC
H
 
H
G
 
I
L
 
A
F
 
L
R
 
R
D
 
E
Q
 
A
V
 
I
R
 
R
R
 
A
F
 
L
F
 
A
D
 
E
K
 
K
A
 
E
L
 
I
I
 
A
P
 
P
H
 
Y
L
 
A
D
 
A
R
 
E
W
 
V
E
 
D
E
 
E
E
 
K
G
 
A
I
 
R
V
 
F
D
 
P
R
 
E
D
 
E
L
 
A
W
 
L
T
 
A
Q
 
A
C
 
L
G
 
N
E
 
S
T
 
S
G
 
G
L
 
F
L
 
S
C
 
A
P
 
I
T
 
H
V
 
V
P
 
P
E
 
E
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
L
 
Q
G
 
G
L
 
A
D
 
D
F
 
S
R
 
V
Y
 
A
N
 
T
A
 
C
V
 
I
I
 
V
D
 
I
E
 
E
E
 
E
L
 
V
A
 
A
Y
 
R
A
 
V
G
 
D
S
 
C
T
 
S
A
 
A
G
 
S
I
 
L
T
 
I
L
 
P
H
 
A
S
 
V
D
 
N
I
 
K
V
 
L
A
 
G
D
 
T
Y
 
M
-
 
G
I
 
L
V
 
I
V
 
L
Y
 
R
G
 
G
S
 
S
E
 
E
A
 
E
Q
 
L
K
 
K
Q
 
K
H
 
Q
W
 
V
L
 
L
P
 
P
R
 
A
M
 
V
I
 
A
S
 
S
G
 
G
E
 
E
T
 
A
P
 
M
T
 
A
A
 
S
I
x
Y
A
 
A
M
x
L
T
x
S
E
 
E
P
 
R
G
 
E
A
 
A
G
|
G
S
|
S
D
 
D
L
 
A
Q
 
A
G
 
S
V
 
M
R
 
R
T
 
T
T
 
R
A
 
A
I
 
V
R
 
A
D
 
D
G
 
G
D
 
D
S
 
D
Y
 
W
V
 
I
I
 
L
N
 
N
G
 
G
S
 
S
K
 
K
T
 
C
Y
x
W
I
|
I
T
|
T
N
 
N
G
 
G
Q
 
G
H
 
K
A
 
S
D
 
T
L
 
W
V
 
Y
I
 
T
V
 
V
V
 
M
A
 
A
K
 
V
T
 
T
D
 
D
P
 
P
S
 
D
Q
 
K
G
 
G
A
 
A
K
 
N
G
 
G
T
 
I
S
 
S
L
 
A
I
 
F
L
 
M
V
 
V
E
 
H
A
 
K
D
 
D
R
 
D
E
 
E
G
 
G
F
 
F
A
 
T
R
 
V
G
 
G
R
 
P
N
 
K
L
 
E
D
 
R
K
 
K
I
 
L
G
 
G
L
 
I
H
 
K
S
 
G
Q
 
S
D
 
P
T
 
T
S
 
T
E
 
E
M
 
L
F
 
Y
F
 
F
N
 
E
D
 
N
V
 
C
R
 
R
V
 
I
P
 
P
A
 
G
D
 
D
N
 
R
L
 
I
L
 
I
G
 
G
Q
 
E
E
 
P
G
 
G
A
 
T
G
 
G
F
 
F
A
 
K
Y
 
T
L
 
A
M
 
L
N
 
A
Q
 
T
L
 
L
P
 
D
Q
 
H
E
x
T
R
 
R
L
 
P
S
 
T
I
 
I
A
 
G
C
 
A
S
 
Q
A
 
A
Q
 
V
G
 
G
A
 
I
A
 
A
Q
 
Q
R
 
G
A
 
A
F
 
L
D
 
D
E
 
A
A
 
A
L
 
I
A
 
A
F
 
Y
T
 
T
R
 
K
D
 
E
R
|
R
K
 
K
A
 
Q
F
|
F
G
 
G
K
 
R
S
 
P
V
|
V
L
 
S
D
 
D
F
x
N
Q
 
Q
N
 
G
T
 
V
R
 
Q
F
 
F
T
 
M
L
 
L
A
 
A
D
 
D
L
 
M
A
 
A
T
 
M
K
 
K
L
 
I
Q
 
E
V
 
A
G
 
A
W
 
R
A
 
L
H
 
M
L
 
V
D
 
Y
W
 
S
A
 
A
I
 
A
T
 
A
R
 
R
H
 
A
V
 
E
A
 
R
G
 
G
E
 
D
L
 
L
T
 
G
A
 
F
T
 
I
E
 
S
A
 
A
S
 
-
A
 
A
A
 
S
K
 
K
L
 
C
W
 
F
H
 
A
T
 
S
E
 
D
L
 
V
Q
 
A
G
 
M
E
 
E
A
 
V
C
 
T
D
 
T
T
 
D
A
 
A
L
 
V
Q
|
Q
L
|
L
H
 
F
G
 
G
G
|
G
A
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
M
 
T
N
 
Q
E
 
D
Y
 
F
L
 
P
I
 
V
A
 
E
R
 
R
L
 
M
W
 
M
R
 
R
D
 
D
A
 
A
R
 
K
V
x
I
T
 
T
R
 
Q
I
 
I
F
x
Y
G
x
E
G
 
G
T
|
T
N
 
N
E
x
Q
I
 
I
M
 
Q
K
 
R
E
 
V
V
 
V
I
 
M
G
 
S
R
|
R
G
 
A
L
 
L

8sgrA Human liver mitochondrial isovaleryl-coa dehydrogenase (see paper)
35% identity, 97% coverage: 11:378/380 of query aligns to 7:386/393 of 8sgrA

query
sites
8sgrA
D
 
D
A
 
A
E
 
I
H
 
N
G
 
G
L
 
L
-
 
S
-
 
E
-
 
E
-
 
Q
-
 
R
-
 
Q
F
 
L
R
 
R
D
 
Q
Q
 
T
V
 
M
R
 
A
R
 
K
F
 
F
F
 
L
D
 
Q
K
 
E
A
 
H
L
 
L
I
 
A
P
 
P
-
 
K
-
 
A
-
 
Q
H
 
E
L
 
I
D
 
D
R
 
R
W
 
S
E
 
N
E
 
E
E
 
F
G
 
K
I
 
N
V
 
L
D
 
-
R
 
R
D
 
E
L
 
F
W
 
W
T
 
K
Q
 
Q
C
 
L
G
 
G
E
 
N
T
 
L
G
 
G
L
 
V
L
 
L
C
 
G
P
 
I
T
 
T
V
 
A
P
 
P
E
 
V
E
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
L
 
S
G
 
G
L
 
L
D
 
G
F
 
Y
R
 
L
Y
 
E
N
 
H
A
 
V
V
 
L
I
 
V
D
 
M
E
 
E
E
 
E
L
 
I
A
 
S
Y
 
R
A
 
A
G
 
S
S
 
G
T
 
A
A
 
V
G
 
G
I
 
L
T
 
S
L
 
Y
-
 
G
-
 
A
H
 
H
S
 
S
D
 
N
I
 
L
V
 
C
A
 
I
D
 
N
Y
 
Q
I
 
L
V
 
V
V
 
R
Y
 
N
G
 
G
S
 
N
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
E
H
 
K
W
 
Y
L
 
L
P
 
P
R
 
K
M
 
L
I
 
I
S
 
S
G
 
G
E
 
E
T
 
Y
P
 
I
T
 
G
A
 
A
I
 
L
A
 
A
M
 
M
T
x
S
E
 
E
P
 
P
G
 
N
A
 
A
G
|
G
S
|
S
D
 
D
L
 
V
Q
 
V
G
 
S
V
 
M
R
 
K
T
 
L
T
 
K
A
 
A
I
 
E
R
 
K
D
 
K
G
 
G
D
 
N
S
 
H
Y
 
Y
V
 
I
I
 
L
N
 
N
G
 
G
S
 
N
K
 
K
T
 
F
Y
x
W
I
 
I
T
|
T
N
 
N
G
 
G
Q
 
P
H
 
D
A
 
A
D
 
D
L
 
V
V
 
L
I
 
I
V
 
V
V
 
Y
A
 
A
K
 
K
T
 
T
D
 
D
P
 
L
S
 
A
-
 
A
-
 
V
Q
 
P
G
 
A
A
 
S
K
 
R
G
 
G
T
 
I
S
 
T
L
 
A
I
 
F
L
 
I
V
 
V
E
 
E
A
 
K
D
 
G
R
 
M
E
 
P
G
 
G
F
 
F
A
 
S
R
 
T
G
 
S
R
 
K
N
 
K
L
 
L
D
 
D
K
 
K
I
 
L
G
 
G
L
 
M
H
 
R
S
 
G
Q
 
S
D
 
N
T
 
T
S
 
C
E
 
E
M
 
L
F
 
I
F
 
F
N
 
E
D
 
D
V
 
C
R
 
K
V
 
I
P
 
P
A
 
A
D
 
A
N
 
N
L
 
I
L
 
L
G
 
G
Q
 
H
E
 
E
G
 
N
A
 
K
G
 
G
F
 
V
A
 
Y
Y
 
V
L
 
L
M
 
M
N
 
S
Q
 
G
L
 
L
P
 
D
Q
 
L
E
 
E
R
 
R
L
 
L
S
 
V
I
 
L
A
 
A
C
 
G
S
 
G
A
 
P
Q
 
L
G
 
G
A
 
L
A
 
M
Q
 
Q
R
 
A
A
 
V
F
 
L
D
 
D
E
 
H
A
 
T
L
 
I
A
 
P
F
 
Y
T
 
L
R
 
H
D
 
V
R
|
R
K
 
E
A
 
A
F
|
F
G
 
G
K
 
Q
S
 
K
V
x
I
L
 
G
D
 
H
F
|
F
Q
 
Q
N
 
L
T
 
M
R
 
Q
F
 
G
T
 
K
L
 
M
A
 
A
D
 
D
L
 
M
A
 
Y
T
 
T
K
 
R
L
 
L
Q
 
M
V
 
A
G
 
C
W
 
R
A
 
Q
H
 
Y
L
 
V
D
 
Y
W
 
N
A
 
V
I
 
A
T
 
K
R
 
A
H
 
C
V
 
D
A
 
E
G
 
G
E
 
H
L
 
C
T
 
T
A
 
A
T
 
K
E
 
D
A
 
C
S
 
A
A
 
G
A
 
V
K
 
I
L
 
L
W
 
Y
H
 
S
T
 
A
E
 
E
L
 
C
Q
 
A
G
 
T
E
 
Q
A
 
V
C
 
A
D
 
L
T
 
D
A
 
G
L
 
I
Q
|
Q
L
x
C
H
 
F
G
 
G
G
|
G
A
 
N
G
 
G
Y
 
Y
M
 
I
N
 
N
E
 
D
Y
 
F
L
 
P
I
 
M
A
 
G
R
 
R
L
 
F
W
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
A
R
 
K
V
x
L
T
 
Y
R
 
E
I
 
I
F
 
G
G
 
A
G
|
G
T
|
T
N
 
S
E
 
E
I
 
V
M
 
R
K
 
R
E
x
L
V
 
V
I
 
I
G
 
G
R
 
R

1ivhA Structure of human isovaleryl-coa dehydrogenase at 2.6 angstroms resolution: structural basis for substrate specificity (see paper)
35% identity, 97% coverage: 11:378/380 of query aligns to 3:382/387 of 1ivhA

query
sites
1ivhA
D
 
D
A
 
A
E
 
I
H
 
N
G
 
G
L
 
L
-
 
S
-
 
E
-
 
E
-
 
Q
-
 
R
-
 
Q
F
 
L
R
 
R
D
 
Q
Q
 
T
V
 
M
R
 
A
R
 
K
F
 
F
F
 
L
D
 
Q
K
 
E
A
 
H
L
 
L
I
 
A
P
 
P
-
 
K
-
 
A
-
 
Q
H
 
E
L
 
I
D
 
D
R
 
R
W
 
S
E
 
N
E
 
E
E
 
F
G
 
K
I
 
N
V
 
L
D
 
-
R
 
R
D
 
E
L
 
F
W
 
W
T
 
K
Q
 
Q
C
 
L
G
 
G
E
 
N
T
 
L
G
 
G
L
 
V
L
 
L
C
 
G
P
 
I
T
 
T
V
 
A
P
 
P
E
 
V
E
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
L
 
S
G
 
G
L
 
L
D
 
G
F
 
Y
R
 
L
Y
 
E
N
 
H
A
 
V
V
 
L
I
 
V
D
 
M
E
 
E
E
 
E
L
 
I
A
 
S
Y
 
R
A
 
A
G
 
S
S
 
G
T
 
A
A
 
V
G
 
G
I
 
L
T
 
S
L
 
Y
-
 
G
-
 
A
H
 
H
S
 
S
D
 
N
I
 
L
V
 
C
A
 
I
D
 
N
Y
 
Q
I
 
L
V
 
V
V
 
R
Y
 
N
G
 
G
S
 
N
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
E
H
 
K
W
 
Y
L
 
L
P
 
P
R
 
K
M
 
L
I
 
I
S
 
S
G
 
G
E
 
E
T
 
Y
P
 
I
T
 
G
A
 
A
I
x
L
A
 
A
M
|
M
T
x
S
E
 
E
P
 
P
G
 
N
A
 
A
G
|
G
S
|
S
D
 
D
L
 
V
Q
 
V
G
 
S
V
 
M
R
 
K
T
 
L
T
 
K
A
 
A
I
 
E
R
 
K
D
 
K
G
 
G
D
 
N
S
 
H
Y
 
Y
V
 
I
I
 
L
N
 
N
G
 
G
S
 
N
K
 
K
T
 
F
Y
x
W
I
 
I
T
|
T
N
 
N
G
 
G
Q
 
P
H
 
D
A
 
A
D
 
D
L
 
V
V
 
L
I
 
I
V
 
V
V
 
Y
A
 
A
K
 
K
T
 
T
D
 
D
P
 
L
S
 
A
-
 
A
-
 
V
Q
 
P
G
 
A
A
x
S
K
x
R
G
 
G
T
 
I
S
 
T
L
 
A
I
 
F
L
 
I
V
 
V
E
 
E
A
 
K
D
 
G
R
 
M
E
 
P
G
 
G
F
 
F
A
 
S
R
 
T
G
 
S
R
 
K
N
 
K
L
 
L
D
 
D
K
 
K
I
 
L
G
 
G
L
 
M
H
 
R
S
 
G
Q
 
S
D
 
N
T
 
T
S
 
C
E
 
E
M
 
L
F
 
I
F
 
F
N
 
E
D
 
D
V
 
C
R
 
K
V
 
I
P
 
P
A
 
A
D
 
A
N
 
N
L
 
I
L
 
L
G
 
G
Q
 
H
E
 
E
G
 
N
A
 
K
G
 
G
F
x
V
A
x
Y
Y
 
V
L
 
L
M
|
M
N
 
S
Q
 
G
L
 
L
P
 
D
Q
 
L
E
|
E
R
|
R
L
 
L
S
 
V
I
 
L
A
 
A
C
 
G
S
 
G
A
 
P
Q
 
L
G
 
G
A
 
L
A
 
M
Q
 
Q
R
 
A
A
 
V
F
 
L
D
 
D
E
 
H
A
 
T
L
 
I
A
 
P
F
 
Y
T
 
L
R
 
H
D
 
V
R
|
R
K
 
E
A
 
A
F
|
F
G
 
G
K
 
Q
S
 
K
V
 
I
L
 
G
D
 
H
F
|
F
Q
 
Q
N
 
L
T
x
M
R
 
Q
F
 
G
T
 
K
L
 
M
A
 
A
D
 
D
L
 
M
A
 
Y
T
 
T
K
 
R
L
 
L
Q
 
M
V
 
A
G
 
C
W
 
R
A
 
Q
H
 
Y
L
 
V
D
 
Y
W
 
N
A
 
V
I
 
A
T
 
K
R
 
A
H
 
C
V
 
D
A
 
E
G
 
G
E
 
H
L
 
C
T
 
T
A
 
A
T
 
K
E
 
D
A
 
C
S
 
A
A
 
G
A
 
V
K
 
I
L
 
L
W
 
Y
H
 
S
T
 
A
E
 
E
L
 
C
Q
 
A
G
 
T
E
 
Q
A
 
V
C
 
A
D
 
L
T
 
D
A
 
G
L
 
I
Q
|
Q
L
x
C
H
 
F
G
 
G
G
|
G
A
 
N
G
 
G
Y
 
Y
M
 
I
N
 
N
E
 
D
Y
 
F
L
 
P
I
 
M
A
 
G
R
 
R
L
 
F
W
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
A
R
 
K
V
 
L
T
 
Y
R
 
E
I
 
I
F
x
G
G
x
A
G
|
G
T
|
T
N
 
S
E
|
E
I
x
V
M
 
R
K
 
R
E
 
L
V
 
V
I
 
I
G
 
G
R
|
R

P26440 Isovaleryl-CoA dehydrogenase, mitochondrial; IVD; Butyryl-CoA dehydrogenase; EC 1.3.8.4; EC 1.3.8.1 from Homo sapiens (Human) (see 5 papers)
34% identity, 97% coverage: 11:380/380 of query aligns to 40:421/426 of P26440

query
sites
P26440
D
 
D
A
 
A
E
 
I
H
 
N
G
 
G
L
 
L
-
 
S
-
 
E
-
 
E
-
 
Q
-
 
R
-
 
Q
F
 
L
R
 
R
D
 
Q
Q
 
T
V
 
M
R
 
A
R
 
K
F
 
F
F
 
L
D
 
Q
K
 
E
A
 
H
L
 
L
I
 
A
P
 
P
-
 
K
-
 
A
-
 
Q
H
 
E
L
 
I
D
 
D
R
 
R
W
 
S
E
 
N
E
 
E
E
 
F
G
 
K
I
 
N
V
 
L
D
 
-
R
 
R
D
 
E
L
 
F
W
 
W
T
 
K
Q
 
Q
C
 
L
G
 
G
E
 
N
T
 
L
G
 
G
L
 
V
L
 
L
C
 
G
P
 
I
T
 
T
V
 
A
P
 
P
E
 
V
E
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
L
 
S
G
 
G
L
 
L
D
 
G
F
 
Y
R
 
L
Y
 
E
N
 
H
A
 
V
V
 
L
I
 
V
D
 
M
E
 
E
E
 
E
L
 
I
A
 
S
Y
 
R
A
 
A
G
 
S
S
 
G
T
 
A
A
 
V
G
 
G
I
 
L
T
 
S
L
 
Y
-
 
G
-
 
A
H
 
H
S
 
S
D
 
N
I
 
L
V
 
C
A
 
I
D
 
N
Y
 
Q
I
 
L
V
 
V
V
 
R
Y
 
N
G
 
G
S
 
N
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
E
H
 
K
W
 
Y
L
 
L
P
 
P
R
 
K
M
 
L
I
 
I
S
 
S
G
 
G
E
 
E
T
 
Y
P
 
I
T
 
G
A
 
A
I
x
L
A
|
A
M
|
M
T
x
S
E
|
E
P
|
P
G
x
N
A
|
A
G
|
G
S
|
S
D
 
D
L
 
V
Q
 
V
G
 
S
V
 
M
R
 
K
T
 
L
T
 
K
A
 
A
I
 
E
R
 
K
D
 
K
G
 
G
D
 
N
S
 
H
Y
 
Y
V
 
I
I
 
L
N
 
N
G
 
G
S
 
N
K
 
K
T
 
F
Y
x
W
I
|
I
T
|
T
N
 
N
G
 
G
Q
 
P
H
 
D
A
 
A
D
 
D
L
 
V
V
 
L
I
 
I
V
 
V
V
 
Y
A
 
A
K
 
K
T
 
T
D
 
D
P
 
L
S
 
A
-
 
A
-
 
V
Q
 
P
G
 
A
A
x
S
K
x
R
G
 
G
T
 
I
S
 
T
L
 
A
I
 
F
L
 
I
V
 
V
E
 
E
A
 
K
D
 
G
R
 
M
E
 
P
G
 
G
F
 
F
A
 
S
R
 
T
G
 
S
R
 
K
N
 
K
L
 
L
D
 
D
K
 
K
I
 
L
G
 
G
L
 
M
H
 
R
S
x
G
Q
 
S
D
 
N
T
 
T
S
 
C
E
 
E
M
 
L
F
 
I
F
 
F
N
 
E
D
 
D
V
 
C
R
 
K
V
 
I
P
 
P
A
 
A
D
 
A
N
 
N
L
 
I
L
 
L
G
 
G
Q
 
H
E
 
E
G
 
N
A
 
K
G
 
G
F
 
V
A
x
Y
Y
 
V
L
 
L
M
 
M
N
 
S
Q
 
G
L
 
L
P
x
D
Q
x
L
E
|
E
R
|
R
L
 
L
S
 
V
I
 
L
A
|
A
C
 
G
S
 
G
A
 
P
Q
 
L
G
 
G
A
 
L
A
 
M
Q
 
Q
R
 
A
A
 
V
F
 
L
D
 
D
E
 
H
A
 
T
L
 
I
A
 
P
F
 
Y
T
 
L
R
 
H
D
 
V
R
|
R
K
 
E
A
 
A
F
 
F
G
 
G
K
 
Q
S
 
K
V
 
I
L
 
G
D
 
H
F
 
F
Q
|
Q
N
 
L
T
 
M
R
 
Q
F
 
G
T
 
K
L
 
M
A
 
A
D
 
D
L
 
M
A
 
Y
T
 
T
K
 
R
L
 
L
Q
 
M
V
 
A
G
 
C
W
 
R
A
 
Q
H
 
Y
L
 
V
D
 
Y
W
 
N
A
 
V
I
 
A
T
 
K
R
 
A
H
 
C
V
 
D
A
 
E
G
 
G
E
 
H
L
 
C
T
 
T
A
 
A
T
 
K
E
 
D
A
 
C
S
 
A
A
 
G
A
 
V
K
 
I
L
 
L
W
 
Y
H
 
S
T
 
A
E
 
E
L
 
C
Q
 
A
G
 
T
E
 
Q
A
 
V
C
 
A
D
 
L
T
 
D
A
 
G
L
x
I
Q
|
Q
L
x
C
H
x
F
G
|
G
G
|
G
A
 
N
G
 
G
Y
 
Y
M
 
I
N
 
N
E
 
D
Y
 
F
L
 
P
I
 
M
A
 
G
R
 
R
L
 
F
W
 
L
R
|
R
D
 
D
A
 
A
R
 
K
V
 
L
T
x
Y
R
 
E
I
 
I
F
 
G
G
x
A
G
|
G
T
|
T
N
x
S
E
|
E
I
 
V
M
 
R
K
 
R
E
 
L
V
 
V
I
 
I
G
 
G
R
 
R
G
 
A
L
 
F

Sites not aligning to the query:

7p9xA Structure of cyclohex-1-ene-1-carboxyl-coa dehydrogenase complexed with cyclohex-1-ene-1-carboxyl-coa (see paper)
37% identity, 97% coverage: 13:380/380 of query aligns to 5:375/378 of 7p9xA

query
sites
7p9xA
E
 
E
H
 
Q
G
 
K
L
 
L
F
 
T
R
 
L
D
 
D
Q
 
M
V
 
V
R
 
R
R
 
D
F
 
V
F
 
A
D
 
T
K
 
R
A
 
E
L
 
I
I
 
A
P
 
P
H
 
R
L
 
A
D
 
L
R
 
E
W
 
L
E
 
D
E
 
E
E
 
K
G
 
S
I
 
L
V
 
F
D
 
P
-
 
E
-
 
Y
-
 
A
R
 
R
D
 
D
L
 
L
W
 
F
T
 
A
Q
 
K
C
 
L
G
 
G
E
 
-
T
 
-
G
 
-
L
 
L
L
 
L
C
 
N
P
 
P
T
 
L
V
 
L
P
 
P
E
 
A
E
 
A
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
L
 
T
G
 
E
L
 
M
D
 
G
F
 
V
R
 
L
Y
 
T
N
 
L
A
 
A
V
 
L
I
 
I
D
 
L
E
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
G
Y
 
R
A
 
V
G
 
C
S
 
A
T
 
S
A
 
T
G
 
A
I
x
L
T
 
L
L
 
L
H
 
I
S
 
A
D
 
Q
I
 
T
V
x
D
A
 
G
D
 
M
Y
 
L
I
 
P
V
 
I
V
 
I
Y
 
H
G
 
G
S
 
G
E
 
S
A
 
P
Q
 
E
K
 
L
Q
 
K
H
 
E
W
 
R
L
 
Y
P
 
L
R
 
R
M
 
R
I
 
F
S
 
A
G
 
G
E
 
E
T
 
S
P
 
T
-
 
L
-
 
L
T
 
T
A
 
A
I
 
L
A
 
A
M
x
A
T
|
T
E
 
E
P
 
P
G
 
A
A
 
A
G
|
G
S
|
S
D
 
D
L
|
L
Q
 
L
G
 
A
V
 
M
R
 
K
T
 
T
T
 
R
A
 
A
I
 
V
R
 
R
D
 
Q
G
 
G
D
 
D
S
 
K
Y
 
Y
V
 
V
I
 
I
N
 
N
G
 
G
S
 
Q
K
 
K
T
 
C
Y
x
F
I
|
I
T
|
T
N
 
N
G
 
G
Q
 
S
H
 
V
A
 
A
D
 
D
L
 
V
V
 
I
I
 
V
V
 
V
V
 
Y
A
 
A
K
 
Y
T
 
T
D
 
D
P
 
P
S
 
E
Q
 
K
G
 
G
A
 
S
K
|
K
G
 
G
T
 
I
S
 
S
L
 
A
I
 
F
L
 
V
V
 
V
E
 
E
A
 
K
D
 
G
R
 
T
E
 
P
G
 
G
F
 
L
A
 
V
R
 
Y
G
 
G
R
 
R
N
 
N
L
 
E
D
 
S
K
 
K
I
 
M
G
 
G
L
 
M
H
 
R
S
 
G
Q
 
S
D
 
I
T
x
N
S
 
S
E
 
E
M
 
L
F
 
F
F
 
F
N
 
E
D
 
N
V
 
M
R
 
E
V
 
V
P
 
P
A
 
A
D
 
E
N
 
N
L
 
I
L
 
I
G
 
G
Q
 
A
E
 
E
G
 
G
A
 
T
G
 
G
F
|
F
A
 
A
Y
 
N
L
 
L
M
|
M
N
 
Q
Q
 
T
L
|
L
P
 
S
Q
 
T
E
 
N
R
|
R
L
 
V
S
 
F
I
 
C
A
 
A
C
 
A
S
 
Q
A
 
A
Q
 
V
G
 
G
A
 
I
A
 
A
Q
 
Q
R
 
G
A
 
A
F
 
L
D
 
D
E
 
I
A
 
A
L
 
V
A
 
R
F
 
H
T
 
T
R
 
Q
D
 
D
R
 
R
K
 
V
A
 
Q
F
 
F
G
 
G
K
 
K
S
 
P
V
 
I
L
 
A
D
 
H
F
 
L
Q
 
A
N
 
P
T
 
V
R
 
Q
F
 
F
T
 
M
L
 
V
A
 
A
D
 
D
L
 
M
A
 
A
T
 
T
K
 
A
L
 
V
Q
 
E
V
 
A
G
 
-
W
 
-
A
 
-
H
 
-
L
 
-
D
 
S
W
 
R
A
 
L
I
 
L
T
 
T
R
 
R
H
 
K
V
 
-
A
 
A
G
 
A
E
 
E
L
 
L
T
 
L
A
 
D
T
 
D
E
 
G
A
 
D
S
 
K
A
 
K
A
 
A
K
 
V
L
 
L
W
 
Y
H
 
G
T
 
S
E
 
M
L
 
A
Q
 
K
G
 
T
E
 
M
A
 
A
C
 
S
D
 
D
T
 
T
A
 
A
L
 
M
-
 
R
-
 
V
-
 
T
-
 
T
-
 
D
-
 
A
-
 
V
Q
 
Q
L
 
V
H
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
S
G
 
G
Y
 
Y
M
 
M
N
 
K
E
 
E
Y
 
N
L
 
G
I
 
V
A
 
E
R
 
R
L
 
M
W
 
M
R
 
R
D
 
D
A
 
A
R
 
K
V
x
L
T
 
T
R
 
Q
I
 
I
F
x
Y
G
x
T
G
|
G
T
|
T
N
 
N
E
x
Q
I
|
I
M
 
T
K
 
R
E
 
M
V
 
V
I
 
T
G
 
G
R
|
R
G
 
A
L
 
L

7p9aA Structure of cyclohex-1-ene-1-carboxyl-coa dehydrogenase complexed with cyclohex-1,5-diene-1-carboxyl-coa (see paper)
37% identity, 97% coverage: 13:380/380 of query aligns to 7:377/380 of 7p9aA

query
sites
7p9aA
E
 
E
H
 
Q
G
 
K
L
 
L
F
 
T
R
 
L
D
 
D
Q
 
M
V
 
V
R
 
R
R
 
D
F
 
V
F
 
A
D
 
T
K
 
R
A
 
E
L
 
I
I
 
A
P
 
P
H
 
R
L
 
A
D
 
L
R
 
E
W
 
L
E
 
D
E
 
E
E
 
K
G
 
S
I
 
L
V
 
F
D
 
P
-
 
E
-
 
Y
-
 
A
R
 
R
D
 
D
L
 
L
W
 
F
T
 
A
Q
 
K
C
 
L
G
 
G
E
 
-
T
 
-
G
 
-
L
 
L
L
 
L
C
 
N
P
 
P
T
 
L
V
 
L
P
 
P
E
 
A
E
 
A
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
L
 
T
G
 
E
L
 
M
D
 
G
F
 
V
R
 
L
Y
 
T
N
 
L
A
 
A
V
 
L
I
 
I
D
 
L
E
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
G
Y
 
R
A
 
V
G
 
C
S
 
A
T
 
S
A
 
T
G
 
A
I
 
L
T
 
L
L
 
L
H
 
I
S
 
A
D
 
Q
I
 
T
V
 
D
A
 
G
D
 
M
Y
 
L
I
 
P
V
 
I
V
 
I
Y
 
H
G
 
G
S
 
G
E
 
S
A
 
P
Q
 
E
K
 
L
Q
 
K
H
 
E
W
 
R
L
 
Y
P
 
L
R
 
R
M
 
R
I
 
F
S
 
A
G
 
G
E
 
E
T
 
S
P
 
T
-
 
L
-
 
L
T
 
T
A
 
A
I
x
L
A
 
A
M
x
A
T
|
T
E
 
E
P
 
P
G
 
A
A
 
A
G
|
G
S
|
S
D
 
D
L
|
L
Q
 
L
G
 
A
V
 
M
R
 
K
T
 
T
T
 
R
A
 
A
I
 
V
R
 
R
D
 
Q
G
 
G
D
 
D
S
 
K
Y
 
Y
V
 
V
I
 
I
N
 
N
G
 
G
S
 
Q
K
 
K
T
 
C
Y
x
F
I
|
I
T
|
T
N
 
N
G
 
G
Q
 
S
H
 
V
A
 
A
D
 
D
L
 
V
V
 
I
I
 
V
V
 
V
V
 
Y
A
 
A
K
 
Y
T
 
T
D
 
D
P
 
P
S
 
E
Q
 
K
G
 
G
A
 
S
K
|
K
G
 
G
T
 
I
S
 
S
L
 
A
I
 
F
L
 
V
V
 
V
E
 
E
A
 
K
D
 
G
R
 
T
E
 
P
G
 
G
F
 
L
A
 
V
R
 
Y
G
 
G
R
 
R
N
 
N
L
 
E
D
 
S
K
|
K
I
 
M
G
 
G
L
 
M
H
 
R
S
 
G
Q
 
S
D
 
I
T
x
N
S
 
S
E
 
E
M
 
L
F
 
F
F
 
F
N
 
E
D
 
N
V
 
M
R
 
E
V
 
V
P
 
P
A
 
A
D
 
E
N
 
N
L
 
I
L
 
I
G
 
G
Q
 
A
E
 
E
G
 
G
A
 
T
G
 
G
F
|
F
A
 
A
Y
 
N
L
 
L
M
|
M
N
 
Q
Q
 
T
L
|
L
P
 
S
Q
 
T
E
x
N
R
|
R
L
 
V
S
 
F
I
 
C
A
 
A
C
 
A
S
 
Q
A
 
A
Q
 
V
G
 
G
A
 
I
A
 
A
Q
 
Q
R
 
G
A
 
A
F
 
L
D
 
D
E
 
I
A
 
A
L
 
V
A
 
R
F
 
H
T
 
T
R
 
Q
D
 
D
R
 
R
K
 
V
A
 
Q
F
 
F
G
 
G
K
 
K
S
 
P
V
 
I
L
 
A
D
 
H
F
 
L
Q
 
A
N
 
P
T
 
V
R
 
Q
F
 
F
T
 
M
L
 
V
A
 
A
D
 
D
L
 
M
A
 
A
T
 
T
K
 
A
L
 
V
Q
 
E
V
 
A
G
 
-
W
 
-
A
 
-
H
 
-
L
 
-
D
 
S
W
 
R
A
 
L
I
 
L
T
 
T
R
 
R
H
 
K
V
 
-
A
 
A
G
 
A
E
 
E
L
 
L
T
 
L
A
 
D
T
 
D
E
 
G
A
 
D
S
 
K
A
 
K
A
 
A
K
 
V
L
 
L
W
 
Y
H
 
G
T
 
S
E
 
M
L
 
A
Q
 
K
G
 
T
E
 
M
A
 
A
C
 
S
D
 
D
T
 
T
A
 
A
L
 
M
-
 
R
-
 
V
-
 
T
-
 
T
-
 
D
-
 
A
-
 
V
Q
 
Q
L
 
V
H
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
S
G
 
G
Y
 
Y
M
 
M
N
 
K
E
 
E
Y
 
N
L
 
G
I
 
V
A
 
E
R
 
R
L
 
M
W
 
M
R
 
R
D
 
D
A
 
A
R
 
K
V
x
L
T
 
T
R
 
Q
I
 
I
F
x
Y
G
x
T
G
|
G
T
|
T
N
 
N
E
x
Q
I
|
I
M
 
T
K
 
R
E
 
M
V
 
V
I
 
T
G
 
G
R
|
R
G
 
A
L
 
L

Query Sequence

>WP_085218433.1 NCBI__GCF_900177405.1:WP_085218433.1
MLDTARRTAFDAEHGLFRDQVRRFFDKALIPHLDRWEEEGIVDRDLWTQCGETGLLCPTV
PEEYGGLGLDFRYNAVIDEELAYAGSTAGITLHSDIVADYIVVYGSEAQKQHWLPRMISG
ETPTAIAMTEPGAGSDLQGVRTTAIRDGDSYVINGSKTYITNGQHADLVIVVAKTDPSQG
AKGTSLILVEADREGFARGRNLDKIGLHSQDTSEMFFNDVRVPADNLLGQEGAGFAYLMN
QLPQERLSIACSAQGAAQRAFDEALAFTRDRKAFGKSVLDFQNTRFTLADLATKLQVGWA
HLDWAITRHVAGELTATEASAAKLWHTELQGEACDTALQLHGGAGYMNEYLIARLWRDAR
VTRIFGGTNEIMKEVIGRGL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory