SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_085638029.1 NCBI__GCF_002115805.1:WP_085638029.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

1us4A Putative glur0 ligand binding core with l-glutamate (see paper)
24% identity, 87% coverage: 30:313/327 of query aligns to 3:293/297 of 1us4A

query
sites
1us4A
E
 
E
S
 
F
F
 
I
T
 
T
V
 
I
G
 
G
T
 
S
G
 
G
S
 
S
Q
 
T
G
 
T
G
 
G
T
x
V
Y
|
Y
F
 
F
G
 
P
Y
 
V
G
 
A
S
 
T
G
 
G
W
 
I
A
 
A
G
 
K
I
 
L
V
 
V
S
 
N
E
 
D
V
 
A
-
 
N
L
 
V
G
 
G
V
 
I
S
 
R
G
 
A
G
 
N
A
 
A
E
 
R
V
 
S
T
 
T
G
 
G
G
 
G
P
x
S
M
 
V
Q
 
A
N
 
N
M
 
I
A
 
N
L
 
A
V
 
I
H
 
N
T
 
A
G
 
G
D
 
E
L
 
F
P
 
E
F
 
M
G
 
A
M
 
L
T
 
A
T
x
Q
M
 
N
G
 
D
P
 
I
A
 
A
A
 
Y
E
 
Y
S
 
A
I
 
Y
A
 
Q
G
 
G
S
 
C
N
 
C
-
 
I
P
 
P
I
 
A
A
 
F
P
 
E
G
 
G
L
 
K
P
 
P
M
 
V
T
 
K
N
 
T
A
 
I
C
 
R
A
 
A
M
 
L
F
 
A
P
 
A
M
 
L
Y
 
Y
Q
 
P
T
x
E
P
 
V
F
 
V
S
 
H
V
 
V
T
 
V
A
 
A
L
 
R
S
 
K
S
 
D
S
 
A
G
 
G
I
 
I
T
 
R
S
 
T
I
 
V
S
 
A
E
 
D
I
 
L
P
 
-
D
 
K
G
 
G
A
 
K
R
 
R
I
 
V
G
 
V
F
 
V
G
 
G
P
 
D
A
 
V
G
 
G
S
|
S
T
x
G
S
x
T
D
 
E
T
 
Q
Y
 
N
F
 
A
P
 
R
R
 
Q
M
 
I
M
 
L
E
 
E
E
 
A
L
 
Y
G
 
G
V
 
L
N
 
T
F
 
F
E
 
D
R
 
D
R
 
L
N
 
G
G
 
Q
G
 
A
W
 
I
S
 
R
D
 
V
L
 
S
G
 
A
G
 
S
Q
 
Q
-
 
G
-
 
I
-
 
Q
-
 
L
L
 
M
Q
 
Q
D
 
D
G
 
K
L
 
R
L
 
A
D
 
D
V
 
A
I
 
L
A
 
F
F
 
Y
A
x
T
A
x
V
G
 
G
V
 
L
P
 
G
V
 
A
P
 
S
A
 
A
V
 
I
S
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
E
 
A
V
 
L
Q
 
T
T
 
T
D
 
P
I
 
I
N
 
A
I
 
L
I
 
V
E
 
A
F
 
V
T
 
D
E
 
L
E
 
N
E
 
R
Q
 
I
A
 
Q
K
 
A
I
 
I
T
 
A
A
 
K
A
 
K
F
 
Y
P
 
P
V
 
F
-
 
Y
A
 
V
N
 
G
F
 
F
E
 
N
I
 
I
S
 
P
A
 
G
D
 
G
A
 
T
Y
 
Y
T
 
K
T
 
G
L
 
V
E
 
D
A
 
V
P
 
T
A
 
T
R
 
P
S
 
T
V
 
V
S
 
A
M
 
V
W
 
Q
N
 
A
F
 
M
A
 
L
I
 
I
A
 
A
N
 
S
C
 
E
D
 
R
L
 
L
P
 
S
E
 
E
T
 
E
F
 
T
V
 
V
Y
 
Y
E
 
K
V
 
F
V
 
M
N
 
K
A
 
A
V
 
V
M
 
F
S
 
G
D
 
N
N
 
L
E
 
E
R
 
A
M
 
F
V
 
K
N
 
K
T
 
I
H
 
H
R
 
-
A
 
-
A
 
-
R
 
-
S
 
P
T
 
N
L
 
L
P
 
E
E
 
R
F
 
F
W
 
F
D
 
G
R
 
L
N
 
E
T
 
K
V
 
A
M
 
V
K
 
K
-
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
I
-
 
P
W
 
L
H
 
H
P
 
P
G
 
G
A
 
A
A
 
E
R
 
R
W
 
F
F
 
Y
T
 
K
E
 
E

Sites not aligning to the query:

8s4jA Structure, substrate selectivity determinants and membrane interactions of a glutamate-specific taxi trap binding protein from vibrio cholerae. (see paper)
23% identity, 86% coverage: 32:313/327 of query aligns to 6:295/300 of 8s4jA

query
sites
8s4jA
F
 
I
T
 
T
V
 
I
G
 
G
T
 
T
G
 
G
S
 
S
Q
 
V
G
 
T
G
 
G
T
x
V
Y
|
Y
F
 
Y
G
 
P
Y
 
T
G
 
G
S
 
G
G
 
A
W
 
I
A
 
C
G
 
K
I
 
L
V
 
V
S
 
N
E
 
K
V
 
D
L
 
R
-
 
K
-
 
D
-
 
H
G
 
N
V
 
I
S
 
R
G
 
C
G
 
S
A
 
V
E
 
E
V
 
S
T
 
T
G
 
G
G
 
G
P
x
S
M
 
I
Q
 
Y
N
 
N
M
 
V
A
 
N
L
 
T
V
 
I
H
 
R
T
 
S
G
 
G
D
 
E
L
 
L
P
 
D
F
 
F
G
 
G
M
 
I
T
 
V
T
x
Q
M
 
S
G
 
D
P
 
W
A
 
Q
A
 
Y
E
 
H
S
 
G
I
 
Y
A
 
N
G
 
G
S
 
T
N
 
S
P
 
E
I
 
F
A
 
A
P
 
E
G
 
Q
L
 
G
P
 
P
M
 
Y
T
 
K
N
 
K
A
 
L
C
 
R
A
 
A
M
 
V
F
 
F
P
 
S
M
 
M
Y
 
H
Q
 
T
T
x
E
P
 
P
F
 
F
S
 
N
V
 
I
T
 
I
A
 
A
L
 
R
S
 
A
S
 
D
S
 
S
G
 
G
I
 
I
T
 
E
S
 
N
I
 
V
S
 
K
E
 
D
I
 
L
P
 
A
D
 
-
G
 
G
A
 
K
R
 
R
I
 
V
G
 
N
F
 
I
G
 
G
P
 
N
A
 
P
G
 
G
S
|
S
T
x
G
S
x
D
D
 
R
T
 
A
Y
 
T
F
 
M
P
 
Q
R
 
V
M
 
V
M
 
M
E
 
D
E
 
A
L
 
F
G
 
G
V
 
W
N
 
N
F
 
N
E
 
D
R
 
S
R
 
F
N
 
K
G
 
L
G
 
A
W
 
A
S
 
E
D
 
L
L
 
K
G
 
G
G
 
S
Q
 
E
-
 
R
-
 
S
-
 
Q
-
 
A
L
 
L
Q
 
C
D
 
D
G
 
N
L
 
K
L
 
I
D
 
D
V
 
A
I
 
F
A
 
I
F
 
Y
A
x
M
A
x
V
G
 
G
V
 
H
P
 
P
V
 
N
P
 
G
A
 
A
V
 
I
S
 
K
Q
 
E
L
 
A
E
 
T
V
 
T
Q
 
S
T
 
C
D
 
A
I
 
A
N
 
K
I
 
L
I
 
V
E
 
P
F
 
A
T
 
T
E
 
G
E
 
P
E
 
E
Q
 
I
A
 
E
K
 
K
I
 
I
T
 
V
A
 
A
A
 
N
F
 
N
P
 
P
V
 
Y
A
 
Y
N
 
A
F
 
Y
E
 
S
-
 
V
I
 
V
S
 
P
A
 
A
D
 
G
A
 
M
Y
 
Y
T
 
S
T
 
G
L
 
T
E
 
D
A
 
Q
P
 
E
A
 
V
R
 
K
S
 
S
V
 
F
S
 
G
M
 
V
W
 
A
N
 
A
F
 
T
A
 
L
I
 
V
A
 
T
N
 
T
C
 
E
D
 
E
L
 
V
P
 
S
E
 
E
T
 
A
F
 
V
V
 
V
Y
 
Y
E
 
N
V
 
L
V
 
T
N
 
K
A
 
A
V
 
V
M
 
F
S
 
E
D
 
N
N
 
F
E
 
D
R
 
T
M
 
F
V
 
T
N
 
R
T
 
L
H
 
H
R
 
P
A
 
A
-
 
F
A
 
A
R
 
N
S
 
L
T
 
K
L
 
K
P
 
E
E
 
D
F
 
M
W
 
V
D
 
T
R
 
A
N
 
G
T
 
N
V
 
S
M
 
I
K
 
P
W
 
L
H
 
H
P
 
P
G
 
G
A
 
A
A
 
V
R
 
K
W
 
Y
F
 
Y
T
 
K
E
 
E

Query Sequence

>WP_085638029.1 NCBI__GCF_002115805.1:WP_085638029.1
MKFTALTGAVVVAAFTATMSVAQDRTGWPESFTVGTGSQGGTYFGYGSGWAGIVSEVLGV
SGGAEVTGGPMQNMALVHTGDLPFGMTTMGPAAESIAGSNPIAPGLPMTNACAMFPMYQT
PFSVTALSSSGITSISEIPDGARIGFGPAGSTSDTYFPRMMEELGVNFERRNGGWSDLGG
QLQDGLLDVIAFAAGVPVPAVSQLEVQTDINIIEFTEEEQAKITAAFPVANFEISADAYT
TLEAPARSVSMWNFAIANCDLPETFVYEVVNAVMSDNERMVNTHRAARSTLPEFWDRNTV
MKWHPGAARWFTENAGAEIAADMIHGG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory