SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_085770499.1 NCBI__GCF_002117405.1:WP_085770499.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1ji0A Crystal structure analysis of the abc transporter from thermotoga maritima
45% identity, 92% coverage: 4:247/266 of query aligns to 3:238/240 of 1ji0A

query
sites
1ji0A
T
 
S
E
 
D
T
 
I
L
 
V
L
 
L
E
 
E
L
 
V
R
 
Q
D
 
S
V
 
L
E
 
H
A
 
V
S
 
Y
Y
|
Y
N
 
G
Q
 
-
A
 
A
I
 
I
V
 
H
A
 
A
L
 
I
R
 
K
D
 
G
V
 
I
S
 
D
L
 
L
K
 
K
V
 
V
R
 
P
R
 
R
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
V
 
V
A
 
T
L
 
L
L
 
I
G
 
G
A
 
A
N
 
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
I
 
T
L
 
L
N
 
S
A
 
A
T
 
I
S
 
A
R
 
G
L
 
L
L
 
V
A
 
R
A
 
A
E
 
Q
R
 
K
G
 
G
Q
 
-
I
 
-
T
 
-
S
 
-
G
 
-
K
 
K
I
 
I
L
 
I
F
 
F
D
 
N
G
 
G
R
 
Q
S
 
D
T
 
I
S
 
T
K
 
N
S
 
K
S
 
P
T
 
A
A
 
H
E
 
V
L
 
I
A
 
N
Q
 
R
K
 
M
G
 
G
L
 
I
V
 
A
Q
 
L
V
 
V
L
 
P
E
|
E
G
 
G
R
 
R
R
 
R
V
 
I
F
 
F
R
 
P
S
 
E
L
 
L
T
 
T
V
 
V
E
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
L
A
 
M
S
 
M
G
 
G
A
 
A
L
 
Y
A
 
N
R
 
R
R
 
K
S
 
-
N
 
D
R
 
K
R
 
E
E
 
G
L
 
I
R
 
K
D
 
R
D
 
D
L
 
L
D
 
E
Y
 
W
V
 
I
Y
 
F
G
 
S
V
 
L
F
 
F
P
 
P
Q
 
R
L
 
L
K
 
K
H
 
E
R
 
R
R
 
L
R
 
K
S
 
Q
L
 
L
A
 
G
G
 
G
L
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
T
 
L
A
 
A
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
M
 
L
M
 
M
T
 
S
H
 
R
P
 
P
R
 
K
L
 
L
L
 
L
I
 
M
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
S
M
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
I
V
 
L
V
 
V
E
 
S
E
 
E
I
 
V
Y
 
F
Q
 
E
V
 
V
L
 
I
G
 
Q
A
 
K
L
 
I
N
 
N
R
 
Q
M
 
-
K
 
E
G
 
G
L
 
T
S
 
T
L
 
I
L
 
L
V
 
L
A
 
V
E
 
E
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
Y
 
L
V
 
G
A
 
A
L
 
L
R
 
K
H
 
V
A
 
A
H
 
H
R
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
V
 
L
E
 
E
N
 
T
G
 
G
V
 
Q
V
 
I
V
 
V
L
 
L
E
 
E
G
 
G
A
 
K
A
 
A
A
 
S
T
 
E
L
 
L
Q
 
L
E
 
D
R
 
N
E
 
E
D
 
M
V
 
V
K
 
R
D
 
K
F
 
A
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
30% identity, 78% coverage: 23:230/266 of query aligns to 19:232/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
A
 
A
L
 
L
R
 
D
D
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
I
K
 
S
V
 
V
R
 
N
R
 
K
G
 
G
E
 
D
I
 
V
V
 
T
A
 
L
L
 
I
L
 
I
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
I
 
L
L
 
I
N
 
N
A
 
V
T
 
I
S
 
T
R
 
G
L
 
F
L
 
L
A
 
K
A
 
A
E
 
D
R
 
E
G
 
G
Q
 
-
I
 
-
T
 
-
S
 
-
G
 
-
K
 
R
I
 
V
L
 
Y
F
 
F
D
 
E
G
 
N
R
 
K
S
 
D
T
 
I
S
 
T
K
 
N
S
 
K
S
 
E
T
 
P
A
 
A
E
 
E
L
 
L
A
 
Y
Q
 
H
K
 
Y
G
 
G
L
 
I
V
 
V
Q
 
R
V
 
T
L
 
F
E
 
Q
G
 
T
R
 
P
R
 
Q
V
 
P
F
 
L
R
 
K
S
 
E
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
A
 
L
S
 
I
G
 
G
A
 
E
L
 
I
A
 
C
R
 
P
R
 
G
S
 
E
N
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
-
 
L
-
 
F
-
 
Y
R
 
K
R
 
K
E
 
W
L
 
I
R
 
P
D
 
K
D
 
E
L
 
E
D
 
E
Y
 
M
V
 
V
Y
 
E
G
 
K
V
 
A
F
 
F
P
 
K
-
 
I
-
 
L
-
 
E
-
 
F
-
 
L
Q
 
K
L
 
L
K
 
S
H
 
H
R
 
L
R
 
Y
R
 
D
S
 
R
L
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
M
Q
 
K
M
 
L
T
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
M
 
L
M
 
M
T
 
T
H
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
M
L
 
I
I
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
I
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
A
P
 
P
L
 
G
V
 
L
V
 
A
E
 
H
E
 
D
I
 
I
Y
 
F
Q
 
N
V
 
H
L
 
V
G
 
L
A
 
E
L
 
L
N
 
-
R
 
K
M
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
I
S
 
T
L
 
F
L
 
L
V
 
I
A
 
I
E
 
E
Q
 
H
N
 
R
A
 
L
Y
 
D
V
 
I
A
 
V
L
 
L
R
 
N
H
 
Y
A
 
I
H
 
D
R
 
H
G
 
L
Y
 
Y
V
 
V
V
 
M
E
 
F
N
 
N
G
 
G
V
 
Q
V
 
I
V
 
I
L
 
A
E
 
E
G
 
G

Sites not aligning to the query:

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
30% identity, 78% coverage: 23:230/266 of query aligns to 19:232/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
A
 
A
L
 
L
R
 
D
D
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
I
K
 
S
V
 
V
R
 
C
R
 
K
G
 
G
E
 
D
I
 
V
V
 
T
A
 
L
L
 
I
L
 
I
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
I
 
L
L
 
I
N
 
N
A
 
V
T
 
I
S
 
T
R
 
G
L
 
F
L
 
L
A
 
K
A
 
A
E
 
D
R
 
E
G
 
G
Q
 
-
I
 
-
T
 
-
S
 
-
G
 
-
K
 
R
I
 
V
L
 
Y
F
 
F
D
 
E
G
 
N
R
 
K
S
 
D
T
 
I
S
 
T
K
 
N
S
 
K
S
 
E
T
 
P
A
 
A
E
 
E
L
 
L
A
 
Y
Q
 
H
K
 
Y
G
 
G
L
 
I
V
 
V
Q
 
R
V
 
T
L
 
F
E
 
Q
G
 
T
R
 
P
R
 
Q
V
 
P
F
 
L
R
 
K
S
 
E
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
A
 
L
S
 
I
G
 
G
-
 
E
-
 
I
-
 
N
-
 
P
-
 
G
-
 
E
-
 
S
A
 
P
L
 
L
A
 
N
R
 
S
R
 
L
S
 
F
N
 
Y
R
 
K
R
 
K
E
 
W
L
 
I
R
 
P
D
 
K
D
 
E
L
 
E
D
 
E
Y
 
M
V
 
V
Y
 
E
G
 
K
V
 
A
F
 
F
P
 
K
-
 
I
-
 
L
-
 
E
-
 
F
-
 
L
Q
 
K
L
 
L
K
 
S
H
 
H
R
 
L
R
 
Y
R
 
D
S
 
R
L
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
M
Q
 
K
M
 
L
T
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
M
 
L
M
 
M
T
 
T
H
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
M
L
 
I
I
 
V
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
I
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
A
P
 
P
L
 
G
V
 
L
V
 
A
E
 
H
E
 
D
I
 
I
Y
 
F
Q
 
N
V
 
H
L
 
V
G
 
L
A
 
E
L
 
L
N
 
-
R
 
K
M
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
I
S
 
T
L
 
F
L
 
L
V
 
I
A
 
I
E
 
E
Q
 
H
N
 
R
A
 
L
Y
 
D
V
 
I
A
 
V
L
 
L
R
 
N
H
 
Y
A
 
I
H
 
D
R
 
H
G
 
L
Y
 
Y
V
 
V
V
 
M
E
 
F
N
 
N
G
 
G
V
 
Q
V
 
I
V
 
I
L
 
A
E
 
E
G
 
G

Sites not aligning to the query:

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
32% identity, 92% coverage: 7:251/266 of query aligns to 2:239/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
L
 
I
L
 
L
E
 
K
L
 
A
R
 
Q
D
 
H
V
 
L
E
 
A
A
 
K
S
 
S
Y
 
Y
N
 
K
Q
 
K
A
 
R
I
 
K
V
 
V
A
 
-
L
 
V
R
 
S
D
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
K
 
Q
V
 
V
R
 
E
R
 
S
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
 
G
S
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
I
 
S
L
 
F
N
 
Y
A
 
M
T
 
I
S
 
V
R
 
G
L
 
L
L
 
V
A
 
A
A
 
R
E
 
D
R
 
E
G
 
G
Q
 
T
I
 
I
T
 
T
S
 
-
G
 
-
K
 
-
I
 
-
L
 
-
F
 
I
D
 
D
G
 
D
R
 
N
S
 
D
T
 
I
S
 
S
K
 
I
S
 
L
S
 
P
T
 
M
A
 
H
E
 
S
L
 
R
A
 
S
Q
 
R
K
 
M
G
 
G
L
 
I
V
 
G
Q
 
Y
V
 
L
L
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
V
 
I
F
 
F
R
 
R
S
 
K
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
E
E
 
D
N
 
N
L
 
I
A
 
M
S
 
A
G
 
V
A
 
L
L
 
Q
A
 
T
R
 
R
R
 
E
S
 
E
-
 
L
N
 
T
R
 
H
R
x
E
E
 
E
L
 
R
R
 
Q
D
|
D
D
 
K
L
 
L
D
 
E
Y
 
D
V
 
L
Y
 
L
G
 
E
V
 
E
F
 
F
P
 
-
Q
 
H
L
 
I
K
 
Q
H
 
H
R
 
I
R
 
R
R
 
K
S
 
S
L
 
A
A
 
G
G
 
M
L
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
T
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
M
 
L
M
 
A
T
 
A
H
 
N
P
 
P
R
 
Q
L
 
F
L
 
I
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
V
 
S
V
 
V
E
 
I
E
 
D
I
 
I
Y
 
K
Q
 
K
V
 
I
L
 
I
G
 
E
A
 
H
L
 
L
N
 
-
R
 
R
M
 
D
K
 
R
G
 
G
L
 
L
S
 
G
L
 
V
L
 
L
V
 
I
A
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
Y
 
R
V
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
D
H
 
V
A
 
C
H
 
E
R
 
K
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
V
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
V
 
R
V
 
L
V
 
I
L
 
A
E
 
E
G
 
G
A
 
T
A
 
P
A
 
Q
T
 
D
L
 
V
Q
 
L
E
 
N
R
 
N
E
 
E
D
 
Q
V
 
V
K
 
K
D
 
Q
F
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
R
 
E
N
 
Q
T
 
F
R
 
R

6z4wA Ftse structure from streptococcus pneumoniae in complex with adp (space group p 1) (see paper)
32% identity, 83% coverage: 6:227/266 of query aligns to 2:218/230 of 6z4wA

query
sites
6z4wA
T
 
S
L
 
I
L
 
I
E
 
E
L
 
M
R
 
R
D
 
D
V
 
V
E
 
V
A
 
K
S
 
K
Y
|
Y
N
 
D
Q
 
N
A
 
G
I
x
T
V
 
T
A
|
A
L
 
L
R
 
R
D
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
V
K
 
S
V
 
V
R
 
Q
R
 
P
G
 
G
E
 
E
I
 
F
V
 
A
A
 
Y
L
 
I
L
 
V
G
 
G
A
 
P
N
 
S
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
I
 
F
L
 
I
N
 
R
A
 
S
T
 
L
S
 
Y
R
 
R
L
 
E
L
 
V
A
 
K
A
 
I
E
 
D
R
 
K
G
 
G
Q
 
S
I
 
L
T
 
S
S
 
V
G
 
A
K
 
G
I
 
F
L
 
N
F
 
L
D
 
-
G
 
-
R
 
-
S
 
V
T
 
K
S
 
I
K
 
K
S
 
K
S
 
K
T
 
D
A
 
V
E
 
P
L
 
L
A
 
L
Q
 
R
K
 
R
G
 
S
L
 
V
V
 
G
Q
 
V
V
 
V
L
 
F
E
 
Q
G
 
D
R
 
Y
R
 
K
V
 
L
F
 
L
R
 
P
S
 
K
L
 
K
T
 
T
V
 
V
E
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
I
A
 
A
S
 
Y
G
 
A
A
 
M
L
 
E
A
 
V
R
 
I
R
 
G
S
 
E
N
 
N
R
 
R
R
 
R
E
 
N
L
 
I
R
 
K
-
 
R
-
 
R
-
 
V
-
 
M
D
 
E
D
 
V
L
 
L
D
 
D
Y
 
L
V
 
V
Y
 
-
G
 
-
V
 
-
F
 
-
P
 
-
Q
 
G
L
 
L
K
 
K
H
 
H
R
 
K
R
 
V
R
 
R
S
 
S
L
 
F
A
 
P
G
 
N
L
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
T
 
I
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
M
 
I
M
 
V
T
 
N
H
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
V
L
 
L
I
 
I
L
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
M
 
G
G
 
N
L
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
D
V
 
N
V
 
S
E
 
W
E
 
E
I
 
I
Y
 
M
Q
 
N
V
 
L
L
 
L
G
 
E
A
 
R
L
 
I
N
 
N
R
 
-
M
 
L
K
 
Q
G
 
G
L
 
T
S
 
T
L
 
I
L
 
L
V
 
M
A
 
A
E
 
T
Q
 
H
N
 
N
A
 
S
Y
 
Q
V
 
I
A
 
V
L
 
N
R
 
T
H
 
L
A
 
R
H
 
H
R
 
R
G
 
V
Y
 
I
V
 
A
V
 
I
E
 
E
N
 
N
G
 
G
V
 
R
V
 
V
V
 
V

A0A0H2ZM82 Cell division ATP-binding protein FtsE from Streptococcus pneumoniae serotype 2 (strain D39 / NCTC 7466) (see paper)
32% identity, 83% coverage: 6:227/266 of query aligns to 2:218/230 of A0A0H2ZM82

query
sites
A0A0H2ZM82
T
 
S
L
 
I
L
 
I
E
 
E
L
 
M
R
 
R
D
 
D
V
 
V
E
 
V
A
 
K
S
 
K
Y
 
Y
N
 
D
Q
 
N
A
 
G
I
 
T
V
 
T
A
 
A
L
 
L
R
 
R
D
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
V
K
 
S
V
 
V
R
 
Q
R
 
P
G
 
G
E
 
E
I
 
F
V
 
A
A
 
Y
L
 
I
L
 
V
G
 
G
A
 
P
N
 
S
G
 
G
S
 
A
G
 
G
K
|
K
T
 
S
T
 
T
I
 
F
L
 
I
N
 
R
A
 
S
T
 
L
S
 
Y
R
 
R
L
 
E
L
 
V
A
 
K
A
 
I
E
 
D
R
 
K
G
 
G
Q
 
S
I
 
L
T
 
S
S
 
V
G
 
A
K
 
G
I
 
F
L
 
N
F
 
L
D
 
-
G
 
-
R
 
-
S
 
V
T
 
K
S
 
I
K
 
K
S
 
K
S
 
K
T
 
D
A
 
V
E
 
P
L
 
L
A
 
L
Q
 
R
K
 
R
G
 
S
L
 
V
V
 
G
Q
 
V
V
 
V
L
 
F
E
 
Q
G
 
D
R
 
Y
R
 
K
V
 
L
F
 
L
R
 
P
S
 
K
L
 
K
T
 
T
V
 
V
E
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
I
A
 
A
S
 
Y
G
 
A
A
 
M
L
 
E
A
 
V
R
 
I
R
 
G
S
 
E
N
 
N
R
 
R
R
 
R
E
 
N
L
 
I
R
 
K
-
 
R
-
 
R
-
 
V
-
 
M
D
 
E
D
 
V
L
 
L
D
 
D
Y
 
L
V
 
V
Y
 
-
G
 
-
V
 
-
F
 
-
P
 
-
Q
 
G
L
 
L
K
 
K
H
 
H
R
 
K
R
 
V
R
 
R
S
 
S
L
 
F
A
 
P
G
 
N
L
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
T
 
I
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
M
 
I
M
 
V
T
 
N
H
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
V
L
 
L
I
 
I
L
 
A
D
|
D
E
|
E
P
 
P
S
 
T
M
 
G
G
 
N
L
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
D
V
 
N
V
 
S
E
 
W
E
 
E
I
 
I
Y
 
M
Q
 
N
V
 
L
L
 
L
G
 
E
A
 
R
L
 
I
N
 
N
R
 
-
M
 
L
K
 
Q
G
 
G
L
 
T
S
 
T
L
 
I
L
 
L
V
 
M
A
 
A
E
 
T
Q
 
H
N
 
N
A
 
S
Y
 
Q
V
 
I
A
 
V
L
 
N
R
 
T
H
 
L
A
 
R
H
 
H
R
 
R
G
 
V
Y
 
I
V
 
A
V
 
I
E
 
E
N
 
N
G
 
G
V
 
R
V
 
V
V
 
V

6z67B Ftse structure of streptococcus pneumoniae in complex with amppnp at 2.4 a resolution (see paper)
32% identity, 83% coverage: 6:227/266 of query aligns to 2:218/229 of 6z67B

query
sites
6z67B
T
 
S
L
 
I
L
 
I
E
 
E
L
 
M
R
 
R
D
 
D
V
 
V
E
 
V
A
 
K
S
 
K
Y
|
Y
N
 
D
Q
 
N
A
x
G
I
 
T
V
 
T
A
|
A
L
 
L
R
 
R
D
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
V
K
 
S
V
 
V
R
 
Q
R
 
P
G
 
G
E
 
E
I
 
F
V
 
A
A
 
Y
L
 
I
L
 
V
G
 
G
A
 
P
N
x
S
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
I
 
F
L
 
I
N
 
R
A
 
S
T
 
L
S
 
Y
R
 
R
L
 
E
L
 
V
A
 
K
A
 
I
E
 
D
R
 
K
G
 
G
Q
 
S
I
 
L
T
 
S
S
 
V
G
 
A
K
 
G
I
 
F
L
 
N
F
 
L
D
 
-
G
 
-
R
 
-
S
 
V
T
 
K
S
 
I
K
 
K
S
 
K
S
 
K
T
 
D
A
 
V
E
 
P
L
 
L
A
 
L
Q
 
R
K
 
R
G
 
S
L
 
V
V
 
G
Q
 
V
V
 
V
L
 
F
E
 
Q
G
 
D
R
 
Y
R
 
K
V
 
L
F
 
L
R
 
P
S
 
K
L
 
K
T
 
T
V
 
V
E
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
I
A
 
A
S
 
Y
G
 
A
A
 
M
L
 
E
A
 
V
R
 
I
R
 
G
S
 
E
N
 
N
R
 
R
R
 
R
E
 
N
L
 
I
R
 
K
-
 
R
-
 
R
-
 
V
-
 
M
D
 
E
D
 
V
L
 
L
D
 
D
Y
 
L
V
 
V
Y
 
-
G
 
-
V
 
-
F
 
-
P
 
-
Q
 
G
L
 
L
K
 
K
H
 
H
R
 
K
R
 
V
R
 
R
S
 
S
L
 
F
A
 
P
G
 
N
L
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
T
 
I
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
M
 
I
M
 
V
T
 
N
H
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
V
L
 
L
I
 
I
L
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
M
 
G
G
 
N
L
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
D
V
 
N
V
 
S
E
 
W
E
 
E
I
 
I
Y
 
M
Q
 
N
V
 
L
L
 
L
G
 
E
A
 
R
L
 
I
N
 
N
R
 
-
M
 
L
K
 
Q
G
 
G
L
 
T
S
 
T
L
 
I
L
 
L
V
 
M
A
 
A
E
 
T
Q
 
H
N
 
N
A
 
S
Y
 
Q
V
 
I
A
 
V
L
 
N
R
 
T
H
 
L
A
 
R
H
 
H
R
 
R
G
 
V
Y
 
I
V
 
A
V
 
I
E
 
E
N
 
N
G
 
G
V
 
R
V
 
V
V
 
V

6mbnA Lptb e163q in complex with atp (see paper)
32% identity, 86% coverage: 24:251/266 of query aligns to 19:240/241 of 6mbnA

query
sites
6mbnA
L
 
V
R
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
K
 
T
V
 
V
R
 
N
R
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
I
 
T
L
 
F
N
 
Y
A
 
M
T
 
V
S
 
V
R
 
G
L
 
I
L
 
V
A
 
P
A
 
R
E
 
D
R
 
-
G
 
-
Q
 
-
I
 
-
T
 
-
S
 
A
G
 
G
K
 
N
I
 
I
L
 
I
F
 
I
D
 
D
G
 
D
R
 
D
S
 
D
T
 
I
S
 
S
K
 
L
S
 
L
S
 
P
T
 
L
A
 
H
E
 
A
L
 
R
A
 
A
Q
 
R
K
 
R
G
 
G
L
 
I
V
 
G
Q
 
Y
V
 
L
L
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
V
 
I
F
 
F
R
 
R
S
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
A
 
M
S
 
A
G
 
V
A
 
L
L
 
Q
A
 
I
R
 
R
R
 
D
S
 
D
N
 
L
R
 
S
R
 
A
E
 
E
L
 
Q
R
 
R
D
 
E
D
 
D
L
 
R
D
 
A
Y
 
N
V
 
E
Y
 
L
G
 
M
V
 
E
F
 
E
P
 
F
Q
 
H
L
 
I
K
 
E
H
 
H
R
 
L
R
 
R
R
 
D
S
 
S
L
 
M
A
 
G
G
 
Q
L
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
T
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
M
 
L
M
 
A
T
 
A
H
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
V
 
S
V
 
V
E
 
I
E
 
D
I
 
I
Y
 
K
Q
 
R
V
 
I
L
 
I
G
 
E
A
 
H
L
 
L
N
 
-
R
 
R
M
 
D
K
 
S
G
 
G
L
 
L
S
 
G
L
 
V
L
 
L
V
 
I
A
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
A
 
V
Y
 
R
V
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
A
H
 
V
A
 
C
H
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
V
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
V
 
H
V
 
L
V
 
I
L
 
A
E
 
H
G
 
G
A
 
T
A
 
P
A
 
T
T
 
E
L
 
I
Q
 
L
E
 
Q
R
 
D
E
 
E
D
 
H
V
 
V
K
 
K
D
 
R
F
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
R
 
E
N
 
D
T
 
F
R
 
R

Sites not aligning to the query:

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
32% identity, 85% coverage: 24:249/266 of query aligns to 18:237/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
L
 
V
R
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
K
 
T
V
 
V
R
 
N
R
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
 
G
S
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
I
 
T
L
 
F
N
 
Y
A
 
M
T
 
V
S
 
V
R
 
G
L
 
I
L
 
V
A
 
P
A
 
R
E
 
D
R
 
-
G
 
-
Q
 
-
I
 
-
T
 
-
S
 
A
G
 
G
K
 
N
I
 
I
L
 
I
F
 
I
D
 
D
G
 
D
R
 
D
S
 
D
T
 
I
S
 
S
K
 
L
S
 
L
S
 
P
T
 
L
A
 
H
E
 
A
L
 
R
A
 
A
Q
 
R
K
 
R
G
 
G
L
 
I
V
 
G
Q
 
Y
V
 
L
L
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
V
 
I
F
 
F
R
|
R
S
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
A
 
M
S
 
A
G
 
V
A
 
L
L
 
Q
A
 
I
R
 
R
R
 
D
S
 
D
N
 
L
R
 
S
R
 
A
E
 
E
L
 
Q
R
 
R
D
 
E
D
 
D
L
 
R
D
 
A
Y
 
N
V
 
E
Y
 
L
G
 
M
V
 
E
F
 
E
P
 
F
Q
 
H
L
 
I
K
 
E
H
 
H
R
 
L
R
 
R
R
 
D
S
 
S
L
x
M
A
x
G
G
x
Q
L
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
T
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
M
 
L
M
 
A
T
 
A
H
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
V
 
S
V
 
V
E
 
I
E
 
D
I
 
I
Y
 
K
Q
 
R
V
 
I
L
 
I
G
 
E
A
 
H
L
 
L
N
 
-
R
 
R
M
 
D
K
 
S
G
 
G
L
 
L
S
 
G
L
 
V
L
 
L
V
 
I
A
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
Y
 
R
V
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
A
H
 
V
A
 
C
H
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
V
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
V
 
H
V
 
L
V
 
I
L
 
A
E
 
H
G
 
G
A
 
T
A
 
P
A
 
T
T
 
E
L
 
I
Q
 
L
E
 
Q
R
 
D
E
 
E
D
 
H
V
 
V
K
 
K
D
 
R
F
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
R
 
E
N
 
D

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
32% identity, 85% coverage: 24:249/266 of query aligns to 18:237/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
L
 
V
R
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
K
 
T
V
 
V
R
 
N
R
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
 
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
I
 
T
L
 
F
N
 
Y
A
 
M
T
 
V
S
 
V
R
 
G
L
 
I
L
 
V
A
 
P
A
 
R
E
 
D
R
 
-
G
 
-
Q
 
-
I
 
-
T
 
-
S
 
A
G
 
G
K
 
N
I
 
I
L
 
I
F
 
I
D
 
D
G
 
D
R
 
D
S
 
D
T
 
I
S
 
S
K
 
L
S
 
L
S
 
P
T
 
L
A
 
H
E
 
A
L
 
R
A
 
A
Q
 
R
K
 
R
G
 
G
L
 
I
V
 
G
Q
 
Y
V
 
L
L
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
V
 
I
F
 
F
R
 
R
S
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
A
 
M
S
 
A
G
 
V
A
 
L
L
 
Q
A
 
I
R
 
R
R
 
D
S
 
D
N
 
L
R
 
S
R
 
A
E
 
E
L
 
Q
R
 
R
D
 
E
D
 
D
L
 
R
D
 
A
Y
 
N
V
 
E
Y
 
L
G
 
M
V
 
E
F
 
E
P
 
F
Q
 
H
L
 
I
K
 
E
H
 
H
R
 
L
R
 
R
R
 
D
S
 
S
L
 
M
A
 
G
G
 
Q
L
x
S
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
|
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
T
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
M
 
L
M
 
A
T
 
A
H
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
V
 
S
V
 
V
E
 
I
E
 
D
I
 
I
Y
 
K
Q
 
R
V
 
I
L
 
I
G
 
E
A
 
H
L
 
L
N
 
-
R
 
R
M
 
D
K
 
S
G
 
G
L
 
L
S
 
G
L
 
V
L
 
L
V
 
I
A
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
Y
 
R
V
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
A
H
 
V
A
 
C
H
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
V
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
V
 
H
V
 
L
V
 
I
L
 
A
E
 
H
G
 
G
A
 
T
A
 
P
A
 
T
T
 
E
L
 
I
Q
 
L
E
 
Q
R
 
D
E
 
E
D
 
H
V
 
V
K
 
K
D
 
R
F
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
R
 
E
N
 
D

Sites not aligning to the query:

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
32% identity, 84% coverage: 24:247/266 of query aligns to 18:235/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
L
 
V
R
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
K
 
T
V
 
V
R
 
N
R
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
I
 
T
L
 
F
N
 
Y
A
 
M
T
 
V
S
 
V
R
 
G
L
 
I
L
 
V
A
 
P
A
 
R
E
 
D
R
 
-
G
 
-
Q
 
-
I
 
-
T
 
-
S
 
A
G
 
G
K
 
N
I
 
I
L
 
I
F
 
I
D
 
D
G
 
D
R
 
D
S
 
D
T
 
I
S
 
S
K
 
L
S
 
L
S
 
P
T
 
L
A
 
H
E
 
A
L
 
R
A
 
A
Q
 
R
K
 
R
G
 
G
L
 
I
V
 
G
Q
 
Y
V
 
L
L
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
V
 
I
F
 
F
R
 
R
S
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
A
 
M
S
 
A
G
 
V
A
 
L
L
 
Q
A
 
I
R
 
R
R
 
D
S
 
D
N
 
L
R
 
S
R
 
A
E
 
E
L
 
Q
R
 
R
D
 
E
D
 
D
L
 
R
D
 
A
Y
 
N
V
 
E
Y
 
L
G
 
M
V
 
E
F
 
E
P
 
F
Q
 
H
L
 
I
K
 
E
H
 
H
R
 
L
R
 
R
R
 
D
S
 
S
L
 
M
A
 
G
G
 
Q
L
x
S
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
T
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
M
 
L
M
 
A
T
 
A
H
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
|
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
V
 
S
V
 
V
E
 
I
E
 
D
I
 
I
Y
 
K
Q
 
R
V
 
I
L
 
I
G
 
E
A
 
H
L
 
L
N
 
-
R
 
R
M
 
D
K
 
S
G
 
G
L
 
L
S
 
G
L
 
V
L
 
L
V
 
I
A
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
A
 
V
Y
 
R
V
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
A
H
 
V
A
 
C
H
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
V
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
V
 
H
V
 
L
V
 
I
L
 
A
E
 
H
G
 
G
A
 
T
A
 
P
A
 
T
T
 
E
L
 
I
Q
 
L
E
 
Q
R
 
D
E
 
E
D
 
H
V
 
V
K
 
K
D
 
R
F
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

Sites not aligning to the query:

7arlD Lolcde in complex with lipoprotein and adp (see paper)
33% identity, 78% coverage: 7:213/266 of query aligns to 2:208/222 of 7arlD

query
sites
7arlD
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
L
 
C
R
 
D
D
 
N
V
 
L
E
 
C
A
 
K
S
 
R
Y
 
Y
N
 
Q
Q
 
E
A
 
G
I
 
S
V
 
V
-
 
Q
-
 
T
-
 
D
A
 
V
L
 
L
R
 
H
D
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
F
K
 
S
V
 
V
R
 
G
R
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
M
V
 
M
A
 
A
L
 
I
L
 
V
G
 
G
A
 
S
N
 
S
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
 
T
I
 
L
L
 
L
N
 
H
A
 
L
T
 
L
S
 
G
R
 
G
L
 
L
L
 
D
A
 
T
A
 
P
E
 
-
R
 
-
G
 
-
Q
 
-
I
 
-
T
 
T
S
 
S
G
 
G
K
 
D
I
 
V
L
 
I
F
 
F
D
 
N
G
 
G
R
 
Q
S
 
P
T
 
M
S
 
S
K
 
K
S
 
L
S
 
S
T
 
S
A
 
A
-
 
A
-
 
K
-
 
A
E
 
E
L
 
L
A
 
R
Q
 
N
K
 
Q
G
 
K
L
 
L
V
 
G
Q
 
F
V
 
I
L
 
Y
E
 
Q
G
 
F
R
 
H
R
 
H
V
 
L
F
 
L
R
 
P
S
 
D
L
 
F
T
 
T
V
 
A
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
V
A
 
A
S
 
M
G
 
P
A
 
L
L
 
L
A
 
I
R
 
G
R
 
K
S
 
K
N
 
K
R
 
P
R
 
A
E
 
E
L
 
I
R
 
N
D
 
S
-
 
R
D
 
A
L
 
L
D
 
E
Y
 
M
V
 
L
Y
 
K
G
 
A
V
 
V
F
 
-
P
 
-
Q
 
G
L
 
L
K
 
D
H
 
H
R
 
R
R
 
A
R
 
N
S
 
H
L
 
R
A
 
P
G
 
S
L
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
Q
M
 
R
T
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
M
 
L
M
 
V
T
 
N
H
 
N
P
 
P
R
 
R
L
 
L
L
 
V
I
 
L
L
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
M
 
G
G
 
N
L
 
L
A
 
D
P
 
A
L
 
R
V
 
N
V
 
A
E
 
D
E
 
S
I
 
I
Y
 
F
Q
 
Q
V
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
E
L
 
L
N
 
N
R
 
R
M
 
L
K
 
Q
G
 
G
L
 
T
S
 
A
L
 
F
L
 
L
V
 
V
A
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
D
A
 
L
Y
 
Q
V
 
L
A
 
A
L
 
K
R
 
R

P75957 Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD; EC 7.6.2.- from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
33% identity, 79% coverage: 4:213/266 of query aligns to 2:211/233 of P75957

query
sites
P75957
T
 
N
E
 
K
T
 
I
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
L
 
C
R
 
D
D
 
N
V
 
L
E
 
C
A
 
K
S
 
R
Y
 
Y
N
 
Q
Q
 
E
A
 
G
I
 
S
V
 
V
-
 
Q
-
 
T
-
 
D
A
 
V
L
 
L
R
 
H
D
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
F
K
 
S
V
 
V
R
 
G
R
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
M
V
 
M
A
 
A
L
 
I
L
 
V
G
|
G
A
 
S
N
 
S
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
K
T
 
S
T
 
T
I
 
L
L
 
L
N
 
H
A
 
L
T
 
L
S
 
G
R
 
G
L
 
L
L
 
D
A
 
T
A
 
P
E
 
-
R
 
-
G
 
-
Q
 
-
I
 
-
T
 
T
S
 
S
G
 
G
K
 
D
I
 
V
L
 
I
F
 
F
D
 
N
G
 
G
R
 
Q
S
 
P
T
 
M
S
 
S
K
 
K
S
 
L
S
 
S
T
 
S
A
 
A
-
 
A
-
 
K
-
 
A
E
 
E
L
 
L
A
 
R
Q
 
N
K
 
Q
G
 
K
L
 
L
V
 
G
Q
 
F
V
 
I
L
 
Y
E
 
Q
G
 
F
R
 
H
R
 
H
V
 
L
F
 
L
R
 
P
S
 
D
L
 
F
T
 
T
V
 
A
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
V
A
 
A
S
 
M
G
 
P
A
 
L
L
 
L
A
 
I
R
 
G
R
 
K
S
 
K
N
 
K
R
 
P
R
 
A
E
 
E
L
 
I
R
 
N
D
 
S
-
 
R
D
 
A
L
 
L
D
 
E
Y
 
M
V
 
L
Y
 
K
G
 
A
V
 
V
F
 
-
P
 
-
Q
 
G
L
 
L
K
 
D
H
 
H
R
 
R
R
 
A
R
 
N
S
 
H
L
 
R
A
 
P
G
 
S
L
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
Q
M
 
R
T
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
M
 
L
M
 
V
T
 
N
H
 
N
P
 
P
R
 
R
L
 
L
L
 
V
I
 
L
L
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
M
 
G
G
 
N
L
 
L
A
 
D
P
 
A
L
 
R
V
 
N
V
 
A
E
 
D
E
 
S
I
 
I
Y
 
F
Q
 
Q
V
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
E
L
 
L
N
 
N
R
 
R
M
 
L
K
 
Q
G
 
G
L
 
T
S
 
A
L
 
F
L
 
L
V
 
V
A
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
D
A
 
L
Y
 
Q
V
 
L
A
 
A
L
 
K
R
 
R

7mdyC Lolcde nucleotide-bound
33% identity, 78% coverage: 7:213/266 of query aligns to 2:208/226 of 7mdyC

query
sites
7mdyC
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
L
 
C
R
 
D
D
 
N
V
 
L
E
 
C
A
 
K
S
 
R
Y
|
Y
N
 
Q
Q
 
E
A
 
G
I
 
S
V
 
V
-
 
Q
-
 
T
-
 
D
A
 
V
L
 
L
R
 
H
D
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
F
K
 
S
V
 
V
R
 
G
R
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
M
V
 
M
A
 
A
L
 
I
L
 
V
G
 
G
A
 
S
N
 
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
I
 
L
L
 
L
N
 
H
A
 
L
T
 
L
S
 
G
R
 
G
L
 
L
L
 
D
A
 
T
A
 
P
E
 
-
R
 
-
G
 
-
Q
 
-
I
 
-
T
 
T
S
 
S
G
 
G
K
 
D
I
 
V
L
 
I
F
 
F
D
 
N
G
 
G
R
 
Q
S
 
P
T
 
M
S
 
S
K
 
K
S
 
L
S
 
S
T
 
S
A
 
A
-
 
A
-
 
K
-
 
A
E
 
E
L
 
L
A
 
R
Q
 
N
K
 
Q
G
 
K
L
 
L
V
 
G
Q
 
F
V
 
I
L
 
Y
E
x
Q
G
 
F
R
 
H
R
 
H
V
 
L
F
 
L
R
 
P
S
 
D
L
 
F
T
 
T
V
 
A
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
V
A
 
A
S
 
M
G
 
P
A
 
L
L
 
L
A
 
I
R
 
G
R
 
K
S
 
K
N
 
K
R
 
P
R
 
A
E
 
E
L
 
I
R
 
N
D
 
S
-
 
R
D
 
A
L
 
L
D
 
E
Y
 
M
V
 
L
Y
 
K
G
 
A
V
 
V
F
 
-
P
 
-
Q
 
G
L
 
L
K
 
D
H
 
H
R
 
R
R
 
A
R
 
N
S
x
H
L
 
R
A
 
P
G
 
S
L
x
E
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
Q
M
 
R
T
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
M
 
L
M
 
V
T
 
N
H
 
N
P
 
P
R
 
R
L
 
L
L
 
V
I
 
L
L
 
A
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
T
M
 
G
G
x
N
L
 
L
A
 
D
P
 
A
L
 
R
V
 
N
V
 
A
E
 
D
E
 
S
I
 
I
Y
 
F
Q
 
Q
V
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
E
L
 
L
N
 
N
R
 
R
M
 
L
K
 
Q
G
 
G
L
 
T
S
 
A
L
 
F
L
 
L
V
 
V
A
 
V
E
 
T
Q
x
H
N
 
D
A
 
L
Y
 
Q
V
 
L
A
 
A
L
 
K
R
 
R

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
32% identity, 84% coverage: 24:246/266 of query aligns to 18:234/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
L
 
V
R
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
K
 
T
V
 
V
R
 
N
R
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
I
 
T
L
 
F
N
 
Y
A
 
M
T
 
V
S
 
V
R
 
G
L
 
I
L
 
V
A
 
P
A
 
R
E
 
D
R
 
-
G
 
-
Q
 
-
I
 
-
T
 
-
S
 
A
G
 
G
K
 
N
I
 
I
L
 
I
F
 
I
D
 
D
G
 
D
R
 
D
S
 
D
T
 
I
S
 
S
K
 
L
S
 
L
S
 
P
T
x
L
A
x
H
E
 
A
L
 
R
A
 
A
Q
 
R
K
 
R
G
 
G
L
 
I
V
 
G
Q
 
Y
V
 
L
L
x
P
E
x
Q
G
 
E
R
x
A
R
x
S
V
 
I
F
|
F
R
|
R
S
x
R
L
|
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
A
 
M
S
 
A
G
x
V
A
 
L
L
 
Q
A
 
I
R
 
R
R
 
D
S
 
D
N
 
L
R
 
S
R
 
A
E
 
E
L
 
Q
R
 
R
D
 
E
D
 
D
L
 
R
D
 
A
Y
 
N
V
 
E
Y
 
L
G
 
M
V
 
E
F
 
E
P
 
F
Q
 
H
L
 
I
K
 
E
H
 
H
R
 
L
R
 
R
R
 
D
S
 
S
L
 
M
A
 
G
G
x
Q
L
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
T
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
|
R
A
 
A
M
 
L
M
 
A
T
 
A
H
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
V
 
S
V
 
V
E
 
I
E
 
D
I
 
I
Y
 
K
Q
 
R
V
 
I
L
 
I
G
 
E
A
 
H
L
 
L
N
 
-
R
 
R
M
 
D
K
 
S
G
 
G
L
 
L
S
 
G
L
 
V
L
 
L
V
 
I
A
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
Y
 
R
V
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
A
H
 
V
A
 
C
H
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
V
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
V
 
H
V
 
L
V
 
I
L
 
A
E
 
H
G
 
G
A
 
T
A
 
P
A
 
T
T
 
E
L
 
I
Q
 
L
E
 
Q
R
 
D
E
 
E
D
 
H
V
 
V
K
 
K
D
 
R
F
 
V
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
32% identity, 84% coverage: 24:246/266 of query aligns to 18:234/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
L
 
V
R
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
K
 
T
V
 
V
R
 
N
R
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
I
 
T
L
 
F
N
 
Y
A
 
M
T
 
V
S
 
V
R
 
G
L
 
I
L
 
V
A
 
P
A
 
R
E
 
D
R
 
-
G
 
-
Q
 
-
I
 
-
T
 
-
S
 
A
G
 
G
K
 
N
I
 
I
L
 
I
F
 
I
D
 
D
G
 
D
R
 
D
S
 
D
T
 
I
S
 
S
K
 
L
S
 
L
S
 
P
T
 
L
A
 
H
E
 
A
L
 
R
A
 
A
Q
 
R
K
 
R
G
 
G
L
 
I
V
 
G
Q
 
Y
V
 
L
L
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
V
 
I
F
 
F
R
 
R
S
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
A
 
M
S
 
A
G
 
V
A
 
L
L
 
Q
A
 
I
R
 
R
R
 
D
S
 
D
N
 
L
R
 
S
R
 
A
E
 
E
L
 
Q
R
 
R
D
 
E
D
 
D
L
 
R
D
 
A
Y
 
N
V
 
E
Y
 
L
G
 
M
V
 
E
F
 
E
P
 
F
Q
 
H
L
 
I
K
 
E
H
 
H
R
 
L
R
 
R
R
 
D
S
 
S
L
 
M
A
 
G
G
 
Q
L
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
T
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
M
 
L
M
 
A
T
 
A
H
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
V
 
S
V
 
V
E
 
I
E
 
D
I
 
I
Y
 
K
Q
 
R
V
 
I
L
 
I
G
 
E
A
 
H
L
 
L
N
 
-
R
 
R
M
 
D
K
 
S
G
 
G
L
 
L
S
 
G
L
 
V
L
 
L
V
 
I
A
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
Y
 
R
V
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
A
H
 
V
A
 
C
H
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
V
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
V
 
H
V
 
L
V
 
I
L
 
A
E
 
H
G
 
G
A
 
T
A
 
P
A
 
T
T
 
E
L
 
I
Q
 
L
E
 
Q
R
 
D
E
 
E
D
 
H
V
 
V
K
 
K
D
 
R
F
 
V
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

7v8iD Lolcd(e171q)e with bound amppnp in nanodiscs (see paper)
32% identity, 79% coverage: 4:213/266 of query aligns to 1:210/229 of 7v8iD

query
sites
7v8iD
T
 
N
E
 
K
T
 
I
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
L
 
C
R
 
D
D
 
N
V
 
L
E
 
C
A
 
K
S
 
R
Y
 
Y
N
 
Q
Q
 
E
A
 
G
I
 
S
V
 
V
-
 
Q
-
 
T
-
 
D
A
x
V
L
 
L
R
 
H
D
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
F
K
 
S
V
 
V
R
 
G
R
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
M
V
 
M
A
 
A
L
 
I
L
 
V
G
 
G
A
 
S
N
x
S
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
I
 
L
L
 
L
N
 
H
A
 
L
T
 
L
S
 
G
R
 
G
L
 
L
L
 
D
A
 
T
A
 
P
E
 
-
R
 
-
G
 
-
Q
 
-
I
 
-
T
 
T
S
 
S
G
 
G
K
 
D
I
 
V
L
 
I
F
 
F
D
 
N
G
 
G
R
 
Q
S
 
P
T
 
M
S
 
S
K
 
K
S
 
L
S
 
S
T
 
S
A
 
A
-
 
A
-
 
K
-
 
A
E
 
E
L
 
L
A
 
R
Q
 
N
K
 
Q
G
 
K
L
 
L
V
 
G
Q
 
F
V
 
I
L
 
Y
E
x
Q
G
 
F
R
 
H
R
 
H
V
 
L
F
 
L
R
 
P
S
 
D
L
 
F
T
 
T
V
 
A
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
V
A
 
A
S
 
M
G
 
P
A
 
L
L
 
L
A
 
I
R
 
G
R
 
K
S
 
K
N
 
K
R
 
P
R
 
A
E
 
E
L
 
I
R
 
N
D
 
S
-
 
R
D
 
A
L
 
L
D
 
E
Y
 
M
V
 
L
Y
 
K
G
 
A
V
 
V
F
 
-
P
 
-
Q
 
G
L
 
L
K
 
D
H
 
H
R
|
R
R
 
A
R
 
N
S
x
H
L
 
R
A
 
P
G
 
S
L
x
E
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
E
|
E
Q
 
R
Q
 
Q
M
 
R
T
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
M
 
L
M
 
V
T
 
N
H
 
N
P
 
P
R
 
R
L
 
L
L
 
V
I
 
L
L
 
A
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
S
 
T
M
 
G
G
 
N
L
 
L
A
 
D
P
 
A
L
 
R
V
 
N
V
 
A
E
 
D
E
 
S
I
 
I
Y
 
F
Q
 
Q
V
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
E
L
 
L
N
 
N
R
 
R
M
 
L
K
 
Q
G
 
G
L
 
T
S
 
A
L
 
F
L
 
L
V
 
V
A
 
V
E
 
T
Q
x
H
N
 
D
A
 
L
Y
 
Q
V
 
L
A
 
A
L
 
K
R
 
R

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
32% identity, 83% coverage: 24:245/266 of query aligns to 18:233/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
L
 
V
R
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
K
 
T
V
 
V
R
 
N
R
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
I
 
T
L
 
F
N
 
Y
A
 
M
T
 
V
S
 
V
R
 
G
L
 
I
L
 
V
A
 
P
A
 
R
E
 
D
R
 
-
G
 
-
Q
 
-
I
 
-
T
 
-
S
 
A
G
 
G
K
 
N
I
 
I
L
 
I
F
 
I
D
 
D
G
 
D
R
 
D
S
 
D
T
 
I
S
 
S
K
 
L
S
 
L
S
 
P
T
 
L
A
 
H
E
 
A
L
 
R
A
 
A
Q
 
R
K
 
R
G
 
G
L
 
I
V
 
G
Q
 
Y
V
 
L
L
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
V
 
I
F
|
F
R
|
R
S
x
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
A
 
M
S
 
A
G
 
V
A
 
L
L
 
Q
A
 
I
R
 
R
R
 
D
S
 
D
N
 
L
R
 
S
R
 
A
E
 
E
L
 
Q
R
 
R
D
 
E
D
 
D
L
 
R
D
 
A
Y
 
N
V
 
E
Y
 
L
G
 
M
V
 
E
F
 
E
P
 
F
Q
 
H
L
 
I
K
 
E
H
 
H
R
 
L
R
 
R
R
 
D
S
 
S
L
 
M
A
 
G
G
 
Q
L
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
T
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
M
 
L
M
 
A
T
 
A
H
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
V
 
S
V
 
V
E
 
I
E
 
D
I
 
I
Y
 
K
Q
 
R
V
 
I
L
 
I
G
 
E
A
 
H
L
 
L
N
 
-
R
 
R
M
 
D
K
 
S
G
 
G
L
 
L
S
 
G
L
 
V
L
 
L
V
 
I
A
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
Y
 
R
V
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
A
H
 
V
A
 
C
H
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
V
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
V
 
H
V
 
L
V
 
I
L
 
A
E
 
H
G
 
G
A
 
T
A
 
P
A
 
T
T
 
E
L
 
I
Q
 
L
E
 
Q
R
 
D
E
 
E
D
 
H
V
 
V
K
 
K
D
 
R
F
 
V
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
27% identity, 92% coverage: 7:251/266 of query aligns to 1:231/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
L
 
M
L
 
I
E
 
F
L
 
V
R
 
N
D
 
D
V
 
V
E
 
Y
A
 
K
S
 
N
Y
x
F
N
 
G
Q
 
-
A
 
S
I
 
L
V
 
E
A
x
V
L
 
L
R
 
K
D
 
G
V
 
V
S
 
T
L
 
L
K
 
K
V
 
V
R
 
N
R
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
V
V
 
V
A
 
V
L
 
I
L
 
I
G
 
G
A
 
P
N
x
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
I
 
L
L
 
L
N
 
R
A
 
C
T
 
I
S
 
N
R
 
L
L
 
L
L
 
-
A
 
-
A
 
-
E
 
-
R
 
-
G
 
E
Q
 
E
I
 
P
T
 
T
S
 
K
G
 
G
K
 
E
I
 
V
L
 
F
F
 
I
D
 
D
G
 
G
R
 
V
S
 
K
T
 
I
S
 
N
-
 
N
-
 
G
K
 
K
S
 
V
S
 
N
T
 
I
A
 
N
E
 
K
L
 
V
A
 
R
Q
 
Q
K
 
K
G
 
-
L
 
V
V
 
G
Q
 
M
V
 
V
L
 
F
E
 
Q
G
 
H
R
 
F
R
 
N
V
 
L
F
 
F
R
 
P
S
 
H
L
 
L
T
 
T
V
 
A
E
 
I
E
 
E
N
 
N
L
 
I
A
 
T
S
 
L
G
 
A
A
 
P
L
 
V
-
 
K
A
 
V
R
 
K
R
 
K
S
 
M
N
 
N
R
 
K
R
 
K
E
 
E
L
 
A
R
 
E
D
 
E
-
 
L
-
 
A
-
 
V
D
 
D
L
 
L
D
 
L
Y
 
A
V
 
K
Y
 
V
G
 
G
V
 
-
F
 
-
P
 
-
Q
 
-
L
 
L
K
 
L
H
 
D
R
 
K
R
 
K
R
 
D
S
 
Q
L
 
Y
A
 
P
G
 
I
L
 
K
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
M
 
R
T
 
L
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
M
 
L
M
 
A
T
 
M
H
 
Q
P
 
P
R
 
E
L
 
V
L
 
M
I
 
L
L
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
T
M
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
E
V
 
M
V
 
V
E
 
K
E
 
E
I
 
V
Y
 
L
Q
 
N
V
 
V
L
 
M
G
 
K
A
 
Q
L
 
L
N
 
A
R
 
N
M
 
-
K
 
E
G
 
G
L
 
M
S
 
T
L
 
M
L
 
V
V
 
V
A
 
V
E
 
T
Q
x
H
N
 
E
A
 
M
Y
 
G
V
 
F
A
 
A
L
 
R
R
 
E
H
 
V
A
 
G
H
 
D
R
 
R
G
 
V
Y
 
I
V
 
F
V
 
M
E
 
D
N
 
D
G
 
G
V
 
V
V
 
I
V
 
V
L
 
E
E
 
E
G
 
G
A
 
T
A
 
P
A
 
E
T
 
E
L
 
I
Q
 
-
E
 
-
R
 
-
E
 
-
D
 
-
V
 
-
K
 
-
D
 
-
F
 
F
Y
 
Y
L
 
R
G
 
A
R
 
K
N
 
N
T
 
E
R
 
R

8i6rB Cryo-em structure of pseudomonas aeruginosa ftse(e163q)x/envc complex with atp in peptidisc (see paper)
29% identity, 83% coverage: 7:227/266 of query aligns to 1:216/222 of 8i6rB

query
sites
8i6rB
L
 
M
L
 
I
E
 
R
L
 
F
R
 
E
D
 
Q
V
 
V
E
 
G
A
 
K
S
 
R
Y
|
Y
N
 
P
Q
 
N
A
 
G
I
x
H
V
 
V
A
 
G
L
 
L
R
 
H
D
 
E
V
 
V
S
 
S
L
 
F
K
 
R
V
 
V
R
 
H
R
 
R
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
L
A
 
F
L
 
V
L
 
T
G
 
G
A
 
H
N
x
S
G
 
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
I
 
L
L
 
L
N
 
R
A
 
L
T
 
-
S
 
-
R
 
-
L
 
I
L
 
L
A
 
A
A
 
M
E
 
E
R
 
R
G
 
P
Q
 
-
I
 
-
T
 
T
S
 
S
G
 
G
K
 
K
I
 
L
L
 
L
F
 
L
D
 
G
G
 
G
R
 
Q
S
 
D
T
 
L
S
 
G
K
 
R
S
 
I
S
 
T
T
 
T
A
 
A
E
 
Q
L
 
I
A
 
P
-
 
F
-
 
L
Q
 
R
K
 
R
G
 
Q
L
 
I
V
 
G
Q
 
V
V
 
V
L
 
F
E
 
Q
G
 
N
R
 
H
R
 
Q
V
 
L
F
 
L
R
 
T
S
 
D
L
 
R
T
 
T
V
 
V
E
 
A
E
 
D
N
 
N
L
 
I
A
 
A
S
 
L
G
 
P
-
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
L
A
 
G
L
 
M
A
 
P
R
 
K
R
 
P
S
 
E
N
 
I
R
 
A
R
 
K
E
 
R
L
 
V
R
 
A
D
 
S
D
 
A
L
 
L
D
 
E
Y
 
R
V
 
V
Y
 
-
G
 
-
V
 
-
F
 
-
P
 
-
Q
 
N
L
 
L
K
 
K
H
 
E
R
 
K
R
 
G
R
 
E
S
 
A
L
 
L
A
 
P
G
 
S