SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_086510994.1 NCBI__GCF_002151265.1:WP_086510994.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 5 hits to proteins with known functional sites (download)

3bqbX Hexagonal kristal form of 2-keto-3-deoxyarabinonate dehydratase (see paper)
29% identity, 49% coverage: 177:363/382 of query aligns to 114:288/291 of 3bqbX

query
sites
3bqbX
E
 
E
V
 
I
F
 
F
T
 
F
K
 
K
A
 
A
Q
 
T
P
 
P
F
 
N
S
 
R
S
 
C
V
 
V
G
 
G
F
 
H
G
 
G
A
 
E
R
 
A
V
 
I
G
 
A
L
 
V
H
 
R
P
 
S
A
 
D
S
 
S
K
 
E
W
 
W
N
 
T
N
 
L
P
 
P
E
 
E
P
 
P
E
|
E
I
 
L
V
 
A
L
 
V
A
 
V
V
 
L
D
 
D
A
 
S
R
 
N
G
 
G
E
 
K
A
 
I
K
 
L
G
 
G
A
 
Y
T
 
T
L
 
I
G
 
M
N
 
D
D
|
D
V
 
V
N
 
S
L
 
A
R
 
R
D
 
D
I
 
L
E
 
E
G
 
A
R
 
E
S
 
N
A
 
P
L
 
L
L
 
Y
L
 
L
G
 
P
K
 
Q
A
 
S
K
 
K
D
 
I
N
 
Y
N
 
A
A
 
G
S
 
C
C
 
C
A
 
A
I
 
F
G
 
G
P
 
P
F
 
V
I
 
I
R
 
V
L
 
T
F
 
S
D
 
D
R
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
Y
-
 
S
-
 
L
D
 
D
F
 
I
T
 
T
L
 
L
D
 
K
S
 
I
V
 
V
R
 
R
Q
 
E
A
 
G
Q
 
R
V
 
V
T
 
-
L
 
-
R
 
-
I
 
-
Q
 
-
G
 
-
E
 
-
D
 
-
D
 
-
D
 
-
F
 
-
L
 
F
L
 
F
E
 
E
G
 
G
E
 
S
S
 
V
D
 
N
M
 
T
R
 
N
E
 
K
I
 
M
S
 
R
R
 
R
D
 
K
P
 
I
L
 
E
D
 
E
L
 
Q
V
 
I
R
 
-
Q
 
Q
T
 
Y
V
 
L
G
 
I
A
 
R
H
 
D
H
 
N
Q
 
P
Y
 
I
P
 
P
D
 
D
G
 
G
F
 
T
M
 
I
L
 
L
F
 
T
L
 
T
G
 
G
T
 
T
M
 
A
F
 
I
S
 
V
P
 
P
I
 
-
Q
 
-
D
 
-
R
 
-
D
 
-
G
 
G
E
 
R
G
 
D
Q
 
K
G
 
G
F
 
L
T
 
K
H
 
D
H
 
E
I
 
-
G
 
-
D
 
D
R
 
I
V
 
V
T
 
E
I
 
I
A
 
T
T
 
I
P
 
S
A
 
N
L
 
I
G
 
G
A
 
T
L
 
L
V
 
I
N
 
T
R
 
P
V
 
V
D
 
K
R
 
K

2q1cX 2-keto-3-deoxy-d-arabinonate dehydratase complexed with calcium and 2- oxobutyrate (see paper)
29% identity, 49% coverage: 177:363/382 of query aligns to 114:288/291 of 2q1cX

query
sites
2q1cX
E
 
E
V
 
I
F
 
F
T
 
F
K
 
K
A
 
A
Q
 
T
P
 
P
F
 
N
S
 
R
S
 
C
V
 
V
G
 
G
F
 
H
G
 
G
A
 
E
R
 
A
V
 
I
G
 
A
L
 
V
H
 
R
P
 
S
A
 
D
S
 
S
K
 
E
W
 
W
N
 
T
N
 
L
P
 
P
E
|
E
P
 
P
E
|
E
I
 
L
V
 
A
L
 
V
A
 
V
V
 
L
D
 
D
A
 
S
R
 
N
G
 
G
E
 
K
A
 
I
K
 
L
G
 
G
A
 
Y
T
 
T
L
 
I
G
 
M
N
 
D
D
|
D
V
 
V
N
 
S
L
 
A
R
 
R
D
 
D
I
 
L
E
 
E
G
 
A
R
 
E
S
 
N
A
 
P
L
 
L
L
 
Y
L
 
L
G
 
P
K
 
Q
A
 
S
K
 
K
D
 
I
N
 
Y
N
 
A
A
 
G
S
 
C
C
 
C
A
 
A
I
 
F
G
 
G
P
 
P
F
 
V
I
 
I
R
 
V
L
 
T
F
 
S
D
 
D
R
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
Y
-
 
S
-
 
L
D
 
D
F
 
I
T
 
T
L
 
L
D
 
K
S
 
I
V
 
V
R
 
R
Q
 
E
A
 
G
Q
 
R
V
 
V
T
 
-
L
 
-
R
 
-
I
 
-
Q
 
-
G
 
-
E
 
-
D
 
-
D
 
-
D
 
-
F
 
-
L
 
F
L
 
F
E
 
E
G
 
G
E
 
S
S
 
V
D
 
N
M
 
T
R
 
N
E
 
K
I
 
M
S
 
R
R
 
R
D
 
K
P
 
I
L
 
E
D
 
E
L
 
Q
V
 
I
R
 
-
Q
 
Q
T
 
Y
V
 
L
G
 
I
A
 
R
H
 
D
H
 
N
Q
 
P
Y
 
I
P
 
P
D
 
D
G
 
G
F
 
T
M
 
I
L
 
L
F
 
T
L
 
T
G
 
G
T
|
T
M
 
A
F
 
I
S
 
V
P
 
P
I
 
-
Q
 
-
D
 
-
R
 
-
D
 
-
G
 
G
E
 
R
G
 
D
Q
 
K
G
 
G
F
 
L
T
 
K
H
 
D
H
 
E
I
 
-
G
 
-
D
 
D
R
 
I
V
 
V
T
 
E
I
 
I
A
 
T
T
 
I
P
 
S
A
 
N
L
 
I
G
 
G
A
 
T
L
 
L
V
 
I
N
 
T
R
 
P
V
 
V
D
 
K
R
 
K

Sites not aligning to the query:

2q1aX 2-keto-3-deoxy-d-arabinonate dehydratase complexed with magnesium and 2-oxobutyrate (see paper)
29% identity, 49% coverage: 177:363/382 of query aligns to 114:288/291 of 2q1aX

query
sites
2q1aX
E
 
E
V
 
I
F
 
F
T
 
F
K
 
K
A
 
A
Q
 
T
P
 
P
F
 
N
S
 
R
S
 
C
V
 
V
G
 
G
F
 
H
G
 
G
A
 
E
R
 
A
V
 
I
G
 
A
L
 
V
H
 
R
P
 
S
A
 
D
S
 
S
K
 
E
W
 
W
N
 
T
N
 
L
P
 
P
E
|
E
P
 
P
E
|
E
I
 
L
V
 
A
L
 
V
A
 
V
V
 
L
D
 
D
A
 
S
R
 
N
G
 
G
E
 
K
A
 
I
K
 
L
G
 
G
A
 
Y
T
 
T
L
 
I
G
 
M
N
 
D
D
|
D
V
 
V
N
 
S
L
 
A
R
 
R
D
 
D
I
 
L
E
 
E
G
 
A
R
 
E
S
 
N
A
 
P
L
 
L
L
 
Y
L
 
L
G
 
P
K
 
Q
A
 
S
K
 
K
D
 
I
N
 
Y
N
 
A
A
 
G
S
 
C
C
 
C
A
 
A
I
 
F
G
 
G
P
 
P
F
 
V
I
 
I
R
 
V
L
 
T
F
 
S
D
 
D
R
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
Y
-
 
S
-
 
L
D
 
D
F
 
I
T
 
T
L
 
L
D
 
K
S
 
I
V
 
V
R
 
R
Q
 
E
A
 
G
Q
 
R
V
 
V
T
 
-
L
 
-
R
 
-
I
 
-
Q
 
-
G
 
-
E
 
-
D
 
-
D
 
-
D
 
-
F
 
-
L
 
F
L
 
F
E
 
E
G
 
G
E
 
S
S
 
V
D
 
N
M
 
T
R
 
N
E
 
K
I
 
M
S
 
R
R
 
R
D
 
K
P
 
I
L
 
E
D
 
E
L
 
Q
V
 
I
R
 
-
Q
 
Q
T
 
Y
V
 
L
G
 
I
A
 
R
H
 
D
H
 
N
Q
 
P
Y
 
I
P
 
P
D
 
D
G
 
G
F
 
T
M
 
I
L
 
L
F
 
T
L
 
T
G
|
G
T
|
T
M
 
A
F
 
I
S
 
V
P
 
P
I
 
-
Q
 
-
D
 
-
R
 
-
D
 
-
G
 
G
E
 
R
G
 
D
Q
 
K
G
 
G
F
 
L
T
 
K
H
 
D
H
 
E
I
 
-
G
 
-
D
 
D
R
 
I
V
 
V
T
 
E
I
 
I
A
 
T
T
 
I
P
 
S
A
 
N
L
 
I
G
 
G
A
 
T
L
 
L
V
 
I
N
 
T
R
 
P
V
 
V
D
 
K
R
 
K

Sites not aligning to the query:

2q1dX 2-keto-3-deoxy-d-arabinonate dehydratase complexed with magnesium and 2,5-dioxopentanoate (see paper)
29% identity, 49% coverage: 177:363/382 of query aligns to 104:278/281 of 2q1dX

query
sites
2q1dX
E
|
E
V
 
I
F
 
F
T
 
F
K
 
K
A
 
A
Q
 
T
P
 
P
F
 
N
S
 
R
S
 
C
V
 
V
G
 
G
F
 
H
G
 
G
A
 
E
R
 
A
V
 
I
G
 
A
L
 
V
H
 
R
P
 
S
A
 
D
S
 
S
K
 
E
W
 
W
N
 
T
N
 
L
P
 
P
E
|
E
P
 
P
E
|
E
I
 
L
V
 
A
L
 
V
A
 
V
V
 
L
D
 
D
A
 
S
R
 
N
G
 
G
E
 
K
A
 
I
K
 
L
G
 
G
A
 
Y
T
 
T
L
 
I
G
 
M
N
 
D
D
|
D
V
 
V
N
 
S
L
 
A
R
 
R
D
 
D
I
 
L
E
|
E
G
 
A
R
 
E
S
 
N
A
 
P
L
 
L
L
 
Y
L
|
L
G
 
P
K
 
Q
A
 
S
K
 
K
D
 
I
N
 
Y
N
 
A
A
 
G
S
 
C
C
 
C
A
 
A
I
 
F
G
 
G
P
 
P
F
 
V
I
 
I
R
 
V
L
 
T
F
 
S
D
 
D
R
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
Y
-
 
S
-
 
L
D
 
D
F
 
I
T
 
T
L
 
L
D
 
K
S
 
I
V
 
V
R
 
R
Q
 
E
A
 
G
Q
 
R
V
 
V
T
 
-
L
 
-
R
 
-
I
 
-
Q
 
-
G
 
-
E
 
-
D
 
-
D
 
-
D
 
-
F
 
-
L
 
F
L
 
F
E
 
E
G
 
G
E
 
S
S
 
V
D
 
N
M
 
T
R
 
N
E
 
K
I
 
M
S
 
R
R
 
R
D
 
K
P
 
I
L
 
E
D
 
E
L
 
Q
V
 
I
R
 
-
Q
 
Q
T
 
Y
V
 
L
G
 
I
A
 
R
H
 
D
H
 
N
Q
 
P
Y
 
I
P
 
P
D
 
D
G
 
G
F
 
T
M
 
I
L
 
L
F
 
T
L
 
T
G
|
G
T
|
T
M
 
A
F
 
I
S
 
V
P
 
P
I
 
-
Q
 
-
D
 
-
R
 
-
D
 
-
G
 
G
E
 
R
G
 
D
Q
 
K
G
 
G
F
 
L
T
 
K
H
 
D
H
 
E
I
 
-
G
 
-
D
 
D
R
 
I
V
 
V
T
 
E
I
 
I
A
 
T
T
 
I
P
 
S
A
 
N
L
 
I
G
 
G
A
 
T
L
 
L
V
 
I
N
 
T
R
 
P
V
 
V
D
 
K
R
 
K

Sites not aligning to the query:

Q97UA0 2-dehydro-3-deoxy-D-arabinonate dehydratase; 2-keto-3-deoxy-D-arabinonate dehydratase; KdaD; EC 4.2.1.141 from Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (Sulfolobus solfataricus) (see paper)
29% identity, 49% coverage: 177:363/382 of query aligns to 119:293/298 of Q97UA0

query
sites
Q97UA0
E
 
E
V
 
I
F
 
F
T
 
F
K
 
K
A
 
A
Q
 
T
P
 
P
F
 
N
S
 
R
S
 
C
V
 
V
G
 
G
F
 
H
G
 
G
A
 
E
R
 
A
V
 
I
G
 
A
L
 
V
H
 
R
P
 
S
A
 
D
S
 
S
K
 
E
W
 
W
N
 
T
N
 
L
P
 
P
E
|
E
P
 
P
E
|
E
I
 
L
V
 
A
L
 
V
A
 
V
V
 
L
D
 
D
A
 
S
R
 
N
G
 
G
E
 
K
A
 
I
K
 
L
G
 
G
A
 
Y
T
 
T
L
 
I
G
 
M
N
 
D
D
|
D
V
 
V
N
 
S
L
 
A
R
 
R
D
 
D
I
 
L
E
 
E
G
 
A
R
 
E
S
 
N
A
 
P
L
 
L
L
 
Y
L
 
L
G
 
P
K
 
Q
A
 
S
K
|
K
D
 
I
N
 
Y
N
 
A
A
 
G
S
 
C
C
 
C
A
 
A
I
 
F
G
 
G
P
 
P
F
 
V
I
 
I
R
 
V
L
 
T
F
 
S
D
 
D
R
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
Y
-
 
S
-
 
L
D
 
D
F
 
I
T
 
T
L
 
L
D
 
K
S
 
I
V
 
V
R
 
R
Q
 
E
A
 
G
Q
 
R
V
 
V
T
 
-
L
 
-
R
 
-
I
 
-
Q
 
-
G
 
-
E
 
-
D
 
-
D
 
-
D
 
-
F
 
-
L
 
F
L
 
F
E
 
E
G
 
G
E
 
S
S
 
V
D
 
N
M
 
T
R
 
N
E
 
K
I
 
M
S
 
R
R
 
R
D
 
K
P
 
I
L
 
E
D
 
E
L
 
Q
V
 
I
R
 
-
Q
 
Q
T
 
Y
V
 
L
G
 
I
A
 
R
H
 
D
H
 
N
Q
 
P
Y
 
I
P
 
P
D
 
D
G
 
G
F
 
T
M
 
I
L
 
L
F
 
T
L
 
T
G
 
G
T
|
T
M
 
A
F
 
I
S
 
V
P
 
P
I
 
-
Q
 
-
D
 
-
R
 
-
D
 
-
G
 
G
E
 
R
G
 
D
Q
 
K
G
 
G
F
 
L
T
 
K
H
 
D
H
 
E
I
 
-
G
 
-
D
 
D
R
 
I
V
 
V
T
 
E
I
 
I
A
 
T
T
 
I
P
 
S
A
 
N
L
 
I
G
 
G
A
 
T
L
 
L
V
 
I
N
 
T
R
 
P
V
 
V
D
 
K
R
 
K

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_086510994.1 NCBI__GCF_002151265.1:WP_086510994.1
MNDDNTTAYLPQDLDRALLVGRVWREDVPALVAVRQGEVIDISTQCDCMADLLDRGDAAD
FARSVEGESLGSVTALLQNSLAEPQVAPYLLAPCDVQAIKACGVTFAVSLLERVIEEQAG
GDAAKASQLRAELKEMIGQDLSRIAPGSDEAMALKTALQARGAWSQYMEVGLGPDAEVFT
KAQPFSSVGFGARVGLHPASKWNNPEPEIVLAVDARGEAKGATLGNDVNLRDIEGRSALL
LGKAKDNNASCAIGPFIRLFDRDFTLDSVRQAQVTLRIQGEDDDFLLEGESDMREISRDP
LDLVRQTVGAHHQYPDGFMLFLGTMFSPIQDRDGEGQGFTHHIGDRVTIATPALGALVNR
VDRSDELPPWTYGIRQWRAHRR

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory