SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_087507695.1 NCBI__GCF_002165625.1:WP_087507695.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 4 hits to proteins with known functional sites (download)

3wkiA Crystal structure of cellobiose 2-epimerase in complex with cellobiitol (see paper)
21% identity, 91% coverage: 1:343/375 of query aligns to 21:377/407 of 3wkiA

query
sites
3wkiA
M
 
L
S
 
T
N
 
E
Q
 
N
A
 
I
L
 
L
P
 
K
L
 
F
W
 
W
T
 
A
S
 
T
T
 
R
G
 
T
I
 
H
E
 
D
P
 
P
S
 
V
S
 
H
N
 
G
A
 
G
V
 
F
Y
 
V
E
 
G
R
 
R
L
 
V
T
 
G
F
 
P
A
 
D
G
 
G
A
 
R
P
 
P
D
 
H
Q
 
P
A
 
E
I
 
A
A
 
P
K
 
R
R
 
G
V
 
A
R
 
I
V
 
L
Q
 
N
A
 
A
R
|
R
Q
 
I
M
 
L
F
 
W
S
 
T
F
 
F
C
 
A
V
 
A
A
 
A
E
 
Y
E
 
R
F
 
Q
G
 
L
W
 
G
T
 
T
G
 
P
S
 
L
N
 
Y
R
 
R
R
 
E
L
 
M
V
 
A
N
 
E
D
 
R
I
 
A
W
 
Y
R
 
R
F
 
Y
A
 
F
R
 
V
I
 
R
H
 
H
G
 
F
Q
 
V
H
 
D
P
 
A
E
 
E
H
 
H
S
 
G
H
 
G
S
 
V
Y
 
Y
A
 
W
H
 
-
L
 
M
V
 
V
D
 
A
A
 
A
S
 
D
N
 
G
Q
 
R
T
 
P
A
 
L
D
 
D
S
 
T
K
 
R
Q
 
K
D
 
H
L
 
V
Y
|
Y
D
 
A
I
 
Q
A
 
S
F
 
F
H
 
A
L
 
I
L
 
Y
A
 
A
A
 
L
G
 
S
T
 
E
R
 
W
F
 
H
R
 
R
L
 
A
Y
 
T
R
 
G
Q
 
G
A
 
E
I
 
A
D
 
A
I
 
L
D
 
A
H
 
L
A
 
A
E
 
R
Q
 
S
L
 
I
L
 
Y
A
 
D
H
 
L
I
 
I
D
 
E
E
 
T
H
 
H
F
 
C
A
 
A
A
 
D
D
 
R
-
 
V
N
 
H
G
 
G
G
 
G
W
 
Y
Y
 
V
E
 
E
G
 
A
-
 
C
-
 
D
-
 
R
-
 
A
-
 
W
-
 
R
-
 
P
-
 
L
-
 
E
-
 
D
-
 
A
-
 
R
-
 
L
-
x
S
D
 
A
Y
 
K
D
|
D
A
 
A
P
 
P
-
 
E
V
 
P
R
 
R
R
 
S
Q
 
M
N
|
N
P
 
T
H
 
H
M
 
L
H
|
H
L
 
V
F
 
L
E
 
E
A
 
A
F
 
Y
M
 
A
T
 
N
L
 
L
Y
 
Y
E
 
R
A
 
V
S
 
W
G
 
P
D
 
E
G
 
T
L
 
E
W
 
L
L
 
A
A
 
A
K
 
R
A
 
L
G
 
Q
E
 
A
I
 
L
F
 
I
T
 
E
L
 
L
F
 
F
R
 
L
N
 
R
V
 
A
F
 
I
F
 
Y
D
 
H
H
 
P
N
 
A
D
 
T
G
 
G
V
 
H
L
 
L
L
 
I
E
 
L
F
 
F
F
 
F
D
 
D
N
 
E
D
 
R
W
 
W
Q
 
R
P
 
P
A
 
R
L
 
-
V
 
-
D
 
-
G
 
-
Q
 
S
T
 
R
V
 
A
I
 
V
E
 
S
P
 
F
G
 
G
H
|
H
M
 
D
F
 
I
E
|
E
W
 
A
V
 
S
W
 
W
L
 
L
L
 
L
D
 
L
W
 
E
Y
 
A
S
 
V
S
 
D
L
 
V
T
 
L
G
 
G
-
 
Q
-
 
A
-
 
T
-
 
L
-
 
R
V
 
P
K
 
R
V
 
V
K
 
Q
H
 
Q
F
 
A
C
 
S
E
 
L
R
 
H
L
 
L
Y
 
A
E
 
R
N
 
A
G
 
T
L
 
L
L
 
A
I
 
E
G
 
G
K
 
R
E
 
A
S
 
P
S
 
D
S
 
G
G
 
S
L
 
L
I
 
Y
Y
 
Y
D
 
E
A
 
-
T
 
I
T
 
G
P
 
E
Q
 
Q
G
 
G
E
 
H
I
 
-
I
 
L
H
 
D
A
 
T
T
 
D
K
 
R
R
 
H
S
x
W
W
|
W
P
 
P
M
 
Q
T
 
A
E
 
E
L
 
A
I
 
L
K
 
V
A
 
G
S
 
F
L
 
L
V
 
N
M
 
A
A
 
Y
K
 
Q
W
 
E
Q
 
S
P
 
G
E
 
E
I
 
V
Y
 
L
E
 
F
Q
 
Y
K
 
E
A
 
A
A
 
A
D
 
E
A
 
D
I
 
V
A
 
W
L
 
R
L
 
Y
F
 
I
K
 
R
H
 
E
Y
 
R
I
 
Q
E
 
R
P
 
D
A
 
T
A
 
R
S
 
G
G
 
G
A
 
E
Y
 
W
V
 
F
D
 
A
Q
 
R
L
 
V
D
 
R
G
 
D
N
 
D
N
 
G
A
 
A
I
 
P
C
 
Y
S
 
P
D
 
D

Sites not aligning to the query:

3wkhA Crystal structure of cellobiose 2-epimerase in complex with epilactose (see paper)
21% identity, 91% coverage: 1:343/375 of query aligns to 21:377/410 of 3wkhA

query
sites
3wkhA
M
 
L
S
 
T
N
 
E
Q
 
N
A
 
I
L
 
L
P
 
K
L
 
F
W
 
W
T
 
A
S
 
T
T
 
R
G
 
T
I
 
H
E
 
D
P
 
P
S
 
V
S
 
H
N
 
G
A
 
G
V
 
F
Y
 
V
E
 
G
R
 
R
L
 
V
T
 
G
F
 
P
A
 
D
G
 
G
A
 
R
P
 
P
D
 
H
Q
 
P
A
 
E
I
 
A
A
 
P
K
 
R
R
 
G
V
 
A
R
 
I
V
 
L
Q
 
N
A
 
A
R
|
R
Q
 
I
M
 
L
F
 
W
S
 
T
F
 
F
C
 
A
V
 
A
A
 
A
E
 
Y
E
 
R
F
 
Q
G
 
L
W
 
G
T
 
T
G
 
P
S
 
L
N
 
Y
R
 
R
R
 
E
L
 
M
V
 
A
N
 
E
D
 
R
I
 
A
W
 
Y
R
 
R
F
 
Y
A
 
F
R
 
V
I
 
R
H
 
H
G
 
F
Q
 
V
H
 
D
P
 
A
E
 
E
H
 
H
S
 
G
H
 
G
S
 
V
Y
 
Y
A
 
W
H
 
-
L
 
M
V
 
V
D
 
A
A
 
A
S
 
D
N
 
G
Q
 
R
T
 
P
A
 
L
D
 
D
S
 
T
K
 
R
Q
 
K
D
 
H
L
 
V
Y
|
Y
D
 
A
I
 
Q
A
 
S
F
 
F
H
 
A
L
 
I
L
 
Y
A
 
A
A
 
L
G
 
S
T
 
E
R
 
W
F
 
H
R
 
R
L
 
A
Y
 
T
R
 
G
Q
 
G
A
 
E
I
 
A
D
 
A
I
 
L
D
 
A
H
 
L
A
 
A
E
 
R
Q
 
S
L
 
I
L
 
Y
A
 
D
H
 
L
I
 
I
D
 
E
E
 
T
H
 
H
F
 
C
A
 
A
A
 
D
D
 
R
-
 
V
N
 
H
G
 
G
G
 
G
W
 
Y
Y
 
V
E
 
E
G
 
A
-
 
C
-
 
D
-
 
R
-
 
A
-
 
W
-
 
R
-
 
P
-
 
L
-
 
E
-
 
D
-
 
A
-
 
R
-
 
L
-
x
S
D
 
A
Y
 
K
D
|
D
A
 
A
P
 
P
-
 
E
V
 
P
R
 
R
R
 
S
Q
 
M
N
|
N
P
 
T
H
 
H
M
 
L
H
|
H
L
 
V
F
 
L
E
 
E
A
 
A
F
 
Y
M
 
A
T
 
N
L
 
L
Y
 
Y
E
 
R
A
 
V
S
 
W
G
 
P
D
 
E
G
 
T
L
 
E
W
 
L
L
 
A
A
 
A
K
 
R
A
 
L
G
 
Q
E
 
A
I
 
L
F
 
I
T
 
E
L
 
L
F
 
F
R
 
L
N
 
R
V
 
A
F
 
I
F
 
Y
D
 
H
H
 
P
N
 
A
D
 
T
G
 
G
V
 
H
L
 
L
L
 
I
E
 
L
F
 
F
F
 
F
D
 
D
N
 
E
D
 
R
W
 
W
Q
 
R
P
 
P
A
 
R
L
 
-
V
 
-
D
 
-
G
 
-
Q
 
S
T
 
R
V
 
A
I
 
V
E
 
S
P
 
F
G
 
G
H
|
H
M
 
D
F
 
I
E
 
E
W
 
A
V
 
S
W
 
W
L
 
L
L
 
L
D
 
L
W
 
E
Y
 
A
S
 
V
S
 
D
L
 
V
T
 
L
G
 
G
-
 
Q
-
 
A
-
 
T
-
 
L
-
 
R
V
 
P
K
 
R
V
 
V
K
 
Q
H
 
Q
F
 
A
C
 
S
E
 
L
R
 
H
L
 
L
Y
 
A
E
 
R
N
 
A
G
 
T
L
 
L
L
 
A
I
 
E
G
 
G
K
 
R
E
 
A
S
 
P
S
 
D
S
 
G
G
 
S
L
 
L
I
 
Y
Y
 
Y
D
 
E
A
 
-
T
 
I
T
 
G
P
 
E
Q
 
Q
G
 
G
E
 
H
I
 
-
I
 
L
H
 
D
A
 
T
T
 
D
K
 
R
R
 
H
S
 
W
W
|
W
P
 
P
M
 
Q
T
 
A
E
 
E
L
 
A
I
 
L
K
 
V
A
 
G
S
 
F
L
 
L
V
 
N
M
 
A
A
 
Y
K
 
Q
W
 
E
Q
 
S
P
 
G
E
 
E
I
 
V
Y
 
L
E
 
F
Q
 
Y
K
 
E
A
 
A
A
 
A
D
 
E
A
 
D
I
 
V
A
 
W
L
 
R
L
 
Y
F
 
I
K
 
R
H
 
E
Y
 
R
I
 
Q
E
 
R
P
 
D
A
 
T
A
 
R
S
 
G
G
 
G
A
 
E
Y
 
W
V
 
F
D
 
A
Q
 
R
L
 
V
D
 
R
G
 
D
N
 
D
N
 
G
A
 
A
I
 
P
C
 
Y
S
 
P
D
 
D

Sites not aligning to the query:

3wkgA Crystal structure of cellobiose 2-epimerase in complex with glucosylmannose (see paper)
21% identity, 91% coverage: 1:343/375 of query aligns to 21:377/410 of 3wkgA

query
sites
3wkgA
M
 
L
S
 
T
N
 
E
Q
 
N
A
 
I
L
 
L
P
 
K
L
 
F
W
 
W
T
 
A
S
 
T
T
 
R
G
 
T
I
 
H
E
 
D
P
 
P
S
 
V
S
 
H
N
 
G
A
 
G
V
 
F
Y
 
V
E
 
G
R
 
R
L
 
V
T
 
G
F
 
P
A
 
D
G
 
G
A
 
R
P
 
P
D
 
H
Q
 
P
A
 
E
I
 
A
A
 
P
K
 
R
R
 
G
V
 
A
R
 
I
V
 
L
Q
 
N
A
 
A
R
|
R
Q
 
I
M
 
L
F
 
W
S
 
T
F
 
F
C
 
A
V
 
A
A
 
A
E
 
Y
E
 
R
F
 
Q
G
 
L
W
 
G
T
 
T
G
 
P
S
 
L
N
 
Y
R
 
R
R
 
E
L
 
M
V
 
A
N
 
E
D
 
R
I
 
A
W
 
Y
R
 
R
F
 
Y
A
 
F
R
 
V
I
 
R
H
 
H
G
 
F
Q
 
V
H
 
D
P
 
A
E
 
E
H
 
H
S
 
G
H
 
G
S
 
V
Y
 
Y
A
 
W
H
 
-
L
 
M
V
 
V
D
 
A
A
 
A
S
 
D
N
 
G
Q
 
R
T
 
P
A
 
L
D
 
D
S
 
T
K
 
R
Q
 
K
D
 
H
L
 
V
Y
|
Y
D
 
A
I
 
Q
A
 
S
F
 
F
H
 
A
L
 
I
L
 
Y
A
 
A
A
 
L
G
 
S
T
 
E
R
 
W
F
 
H
R
 
R
L
 
A
Y
 
T
R
 
G
Q
 
G
A
 
E
I
 
A
D
 
A
I
 
L
D
 
A
H
 
L
A
 
A
E
 
R
Q
 
S
L
 
I
L
 
Y
A
 
D
H
 
L
I
 
I
D
 
E
E
 
T
H
 
H
F
 
C
A
 
A
A
 
D
D
 
R
-
 
V
N
 
H
G
 
G
G
 
G
W
 
Y
Y
 
V
E
 
E
G
 
A
-
 
C
-
 
D
-
 
R
-
 
A
-
 
W
-
 
R
-
 
P
-
 
L
-
 
E
-
 
D
-
 
A
-
 
R
-
 
L
-
x
S
D
 
A
Y
 
K
D
|
D
A
 
A
P
 
P
-
 
E
V
 
P
R
 
R
R
 
S
Q
 
M
N
|
N
P
 
T
H
 
H
M
 
L
H
|
H
L
 
V
F
 
L
E
 
E
A
 
A
F
 
Y
M
 
A
T
 
N
L
 
L
Y
 
Y
E
 
R
A
 
V
S
 
W
G
 
P
D
 
E
G
 
T
L
 
E
W
 
L
L
 
A
A
 
A
K
 
R
A
 
L
G
 
Q
E
 
A
I
 
L
F
 
I
T
 
E
L
 
L
F
 
F
R
 
L
N
 
R
V
 
A
F
 
I
F
 
Y
D
 
H
H
 
P
N
 
A
D
 
T
G
 
G
V
 
H
L
 
L
L
 
I
E
 
L
F
 
F
F
 
F
D
 
D
N
 
E
D
 
R
W
 
W
Q
 
R
P
 
P
A
 
R
L
 
-
V
 
-
D
 
-
G
 
-
Q
 
S
T
 
R
V
 
A
I
 
V
E
 
S
P
 
F
G
 
G
H
|
H
M
 
D
F
 
I
E
 
E
W
 
A
V
 
S
W
 
W
L
 
L
L
 
L
D
 
L
W
 
E
Y
 
A
S
 
V
S
 
D
L
 
V
T
 
L
G
 
G
-
 
Q
-
 
A
-
 
T
-
 
L
-
 
R
V
 
P
K
 
R
V
 
V
K
 
Q
H
 
Q
F
 
A
C
 
S
E
 
L
R
 
H
L
 
L
Y
 
A
E
 
R
N
 
A
G
 
T
L
 
L
L
 
A
I
 
E
G
 
G
K
 
R
E
 
A
S
 
P
S
 
D
S
 
G
G
 
S
L
 
L
I
 
Y
Y
 
Y
D
 
E
A
 
-
T
 
I
T
 
G
P
 
E
Q
 
Q
G
 
G
E
 
H
I
 
-
I
 
L
H
 
D
A
 
T
T
 
D
K
 
R
R
 
H
S
 
W
W
|
W
P
 
P
M
 
Q
T
 
A
E
 
E
L
 
A
I
 
L
K
 
V
A
 
G
S
 
F
L
 
L
V
 
N
M
 
A
A
 
Y
K
 
Q
W
 
E
Q
 
S
P
 
G
E
 
E
I
 
V
Y
 
L
E
 
F
Q
 
Y
K
 
E
A
 
A
A
 
A
D
 
E
A
 
D
I
 
V
A
 
W
L
 
R
L
 
Y
F
 
I
K
 
R
H
 
E
Y
 
R
I
 
Q
E
 
R
P
 
D
A
 
T
A
 
R
S
 
G
G
 
G
A
 
E
Y
 
W
V
 
F
D
 
A
Q
 
R
L
 
V
D
 
R
G
 
D
N
 
D
N
 
G
A
 
A
I
 
P
C
 
Y
S
 
P
D
 
D

Sites not aligning to the query:

8h1lB Crystal structure of glucose-2-epimerase in complex with d-glucitol from runella slithyformis runsl_4512 (see paper)
22% identity, 79% coverage: 1:296/375 of query aligns to 17:346/423 of 8h1lB

query
sites
8h1lB
M
 
L
S
 
N
N
 
T
Q
 
G
A
 
L
L
 
L
P
 
P
L
 
F
W
 
W
T
 
I
S
 
T
T
 
R
G
 
T
I
 
V
E
 
D
P
 
K
S
 
E
S
 
N
N
 
G
A
 
G
V
 
F
Y
 
L
E
 
T
R
 
H
L
 
F
T
 
D
F
 
Q
A
 
F
G
 
G
A
 
N
P
 
D
D
 
S
Q
 
G
A
 
E
I
 
D
A
 
E
K
 
K
R
 
S
V
 
L
R
 
I
V
 
A
Q
 
Q
A
 
S
R
|
R
Q
 
S
M
 
V
F
 
F
S
 
T
F
 
Y
C
 
S
V
 
S
A
 
A
E
 
H
E
 
R
F
 
A
G
 
G
W
 
Y
T
 
G
G
 
G
S
 
G
N
 
V
-
 
L
-
 
A
-
 
E
-
 
M
-
 
A
-
 
R
-
 
H
-
 
G
-
 
V
R
 
D
R
 
Y
L
 
L
V
 
I
N
 
N
D
 
N
I
 
M
W
 
W
R
 
-
F
 
-
A
 
-
R
 
-
I
 
-
H
 
-
G
 
-
Q
 
-
H
 
D
P
 
N
E
 
E
H
 
H
S
 
G
H
 
G
S
 
F
Y
 
Y
A
 
W
H
 
M
L
 
T
V
 
N
D
 
R
A
 
K
S
 
G
N
 
E
Q
 
V
T
 
T
A
 
I
D
 
D
S
 
Q
K
 
K
Q
 
I
-
 
V
-
x
Y
-
 
G
-
 
L
-
 
S
-
 
F
D
 
C
L
 
I
Y
 
Y
D
 
S
I
 
L
A
 
S
F
 
E
H
 
Y
L
 
T
L
 
L
A
 
A
A
 
T
G
 
G
T
 
D
-
 
P
R
 
R
F
 
G
R
 
R
L
 
E
Y
 
Y
-
 
A
R
 
E
Q
 
K
A
 
T
I
 
F
D
 
D
I
 
L
D
 
L
H
 
Q
A
 
K
E
 
Y
Q
 
A
L
 
V
L
 
D
A
 
T
H
 
H
I
 
Y
D
 
G
E
 
G
H
 
Y
F
 
F
A
 
E
A
 
M
D
 
F
N
 
N
G
 
R
G
 
D
W
 
W
Y
 
T
-
 
L
-
 
K
-
 
G
E
 
P
G
 
G
D
 
A
Y
 
A
D
 
G
A
 
G
P
 
D
V
 
R
R
 
K
R
 
T
Q
 
L
N
x
D
P
 
V
H
 
H
M
 
M
H
|
H
L
 
L
F
 
M
E
 
E
A
 
A
F
 
Y
M
 
T
T
 
T
L
 
L
Y
 
Y
E
 
E
A
 
C
S
 
T
G
 
G
D
 
Q
G
 
E
L
 
I
W
 
H
L
 
R
A
 
R
K
 
K
A
 
L
G
 
L
E
 
E
I
 
T
F
 
I
T
 
E
L
 
L
F
 
L
R
 
V
N
 
N
V
 
K
F
 
V
F
 
M
D
 
H
H
 
P
N
 
E
D
 
Y
G
 
G
V
 
T
L
 
G
L
 
I
E
 
P
F
 
Q
F
 
F
D
 
W
N
 
A
D
 
D
W
 
W
Q
 
S
P
 
V
A
 
A
-
 
P
-
 
Q
-
 
I
-
 
K
-
 
F
-
 
D
L
 
I
V
 
V
D
 
W
G
 
G
Q
 
W
T
 
D
V
 
R
I
 
F
E
 
N
P
 
P
-
 
D
-
 
G
-
 
L
-
 
K
-
 
S
-
 
A
-
 
A
-
 
E
-
 
D
-
 
N
-
 
T
-
 
S
-
 
Y
G
 
G
H
|
H
M
 
N
F
 
S
E
|
E
W
 
F
V
 
A
W
 
W
L
 
L
L
 
L
D
 
M
W
 
H
Y
 
A
S
 
L
S
 
D
L
 
I
T
 
L
G
 
G
V
 
L
K
 
P
V
 
Y
K
 
D
H
 
T
F
 
Y
C
 
R
E
 
E
R
 
Q
L
 
I
-
 
T
-
 
K
-
 
S
Y
 
Y
E
 
T
N
 
H
G
 
A
L
 
V
L
 
E
I
 
N
G
 
G
K
 
V
E
 
D
S
 
W
S
 
E
S
 
F
G
 
G
L
 
G
I
 
V
Y
 
Y
D
 
V
A
 
E
T
 
G
T
 
S
P
 
H
Q
 
A
G
 
G
E
 
Q
I
 
V
I
 
Y
H
 
D
A
 
K
T
 
E
K
 
K
R
 
E
S
 
F
W
|
W
P
 
Q
M
 
Q
T
 
A
E
 
E
L
 
M
I
 
L
K
 
I
A
 
G
S
 
M
L
 
L

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_087507695.1 NCBI__GCF_002165625.1:WP_087507695.1
MSNQALPLWTSTGIEPSSNAVYERLTFAGAPDQAIAKRVRVQARQMFSFCVAEEFGWTGS
NRRLVNDIWRFARIHGQHPEHSHSYAHLVDASNQTADSKQDLYDIAFHLLAAGTRFRLYR
QAIDIDHAEQLLAHIDEHFAADNGGWYEGDYDAPVRRQNPHMHLFEAFMTLYEASGDGLW
LAKAGEIFTLFRNVFFDHNDGVLLEFFDNDWQPALVDGQTVIEPGHMFEWVWLLDWYSSL
TGVKVKHFCERLYENGLLIGKESSSGLIYDATTPQGEIIHATKRSWPMTELIKASLVMAK
WQPEIYEQKAADAIALLFKHYIEPAASGAYVDQLDGNNAICSDVAPASTLYHLIVALAES
VRYLDRSGLSQSSPL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory