SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_089303491.1 NCBI__GCF_900188115.1:WP_089303491.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1ji0A Crystal structure analysis of the abc transporter from thermotoga maritima
42% identity, 86% coverage: 35:270/275 of query aligns to 3:239/240 of 1ji0A

query
sites
1ji0A
S
 
S
E
 
D
V
 
I
I
 
V
L
 
L
D
 
E
A
 
-
V
 
V
E
 
Q
V
 
S
V
 
L
A
 
H
G
 
V
Y
 
Y
V
x
Y
P
 
G
E
 
A
V
 
I
N
 
H
V
 
A
L
 
I
T
 
K
G
 
G
C
 
I
S
 
D
L
 
L
E
 
K
L
 
V
G
 
P
E
 
R
G
 
G
E
 
Q
L
 
I
V
 
V
G
 
T
V
 
L
I
 
I
G
 
G
P
 
A
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
I
 
L
K
 
S
A
 
A
M
 
I
F
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
V
P
 
R
V
 
A
R
 
Q
G
 
K
G
 
G
S
 
K
V
 
I
R
 
I
F
 
F
R
 
N
G
 
G
A
 
Q
D
 
D
I
 
I
T
 
T
G
 
N
A
 
K
Q
 
P
T
 
A
H
 
H
T
 
V
L
 
I
V
 
N
Q
 
R
H
 
M
G
 
G
L
 
I
G
 
A
Y
 
L
V
 
V
P
 
P
Q
x
E
R
 
G
D
 
R
N
 
R
V
 
I
F
 
F
P
 
P
A
 
E
L
 
L
T
 
T
V
 
V
E
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
L
R
 
M
M
 
M
G
 
G
T
 
A
F
 
Y
-
 
N
L
 
R
K
 
K
P
 
D
R
 
K
E
 
E
-
 
G
F
 
I
E
 
K
R
 
R
R
 
D
F
 
L
A
 
E
W
 
W
V
 
I
T
 
F
E
 
S
L
 
L
F
 
F
S
 
P
R
 
R
L
 
L
A
 
K
E
 
E
R
 
R
R
 
L
K
 
K
Q
 
Q
R
 
L
A
 
G
G
 
G
S
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
L
 
L
A
 
A
M
 
I
G
 
G
R
 
R
T
 
A
L
 
L
M
 
M
A
 
S
E
 
R
P
 
P
E
 
K
V
 
L
L
 
L
F
 
M
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
S
A
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
A
P
 
P
A
 
I
N
 
L
Q
 
V
D
 
S
Q
 
E
V
 
V
F
 
F
G
 
E
Q
 
V
V
 
I
Q
 
Q
R
 
K
I
 
I
N
 
N
D
 
Q
T
 
E
G
 
G
V
 
T
S
 
T
I
 
I
V
 
L
M
 
L
V
 
V
E
 
E
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
R
 
L
R
 
G
C
 
A
L
 
L
Q
 
K
I
 
V
C
 
A
D
 
H
R
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
L
 
L
D
 
E
Q
 
T
G
 
G
R
 
Q
N
 
I
A
 
V
Y
 
L
S
 
E
G
 
G
A
 
K
G
 
A
H
 
S
D
 
E
L
 
L
L
 
L
H
 
D
D
 
N
P
 
E
K
 
M
V
 
V
I
 
R
E
 
K
Y
 
A
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
T
 
V

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
32% identity, 84% coverage: 38:269/275 of query aligns to 2:235/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
I
 
I
L
 
L
D
 
K
A
 
A
V
 
Q
E
 
H
V
 
L
V
 
A
A
 
K
G
 
S
Y
 
Y
V
 
-
P
 
K
E
 
K
V
 
R
N
 
K
V
 
V
L
 
V
T
 
S
G
 
D
C
 
V
S
 
S
L
 
L
E
 
Q
L
 
V
G
 
E
E
 
S
G
 
G
E
 
Q
L
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
S
I
 
F
K
 
Y
A
 
M
M
 
I
F
 
V
G
 
G
L
 
L
V
 
V
P
 
A
V
 
R
R
 
D
G
 
E
G
 
G
S
 
T
V
 
I
R
 
T
F
 
I
R
 
D
G
 
D
A
 
N
D
 
D
I
 
I
T
 
S
G
 
I
A
 
L
Q
 
P
T
 
M
H
 
H
T
 
S
L
 
R
V
 
S
Q
 
R
H
 
M
G
 
G
L
 
I
G
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
 
Q
R
 
E
D
 
A
N
 
S
V
 
I
F
 
F
P
 
R
A
 
K
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
E
E
 
D
N
 
N
L
 
I
R
 
M
M
 
-
G
 
-
T
 
A
F
 
V
L
 
L
K
 
Q
P
 
T
R
 
R
E
 
E
-
 
E
-
 
L
-
 
T
F
 
H
E
|
E
R
 
E
R
 
R
F
 
Q
A
x
D
W
 
K
V
 
L
T
 
E
E
 
D
L
 
L
F
 
L
S
 
E
-
 
E
-
 
F
R
 
H
L
 
I
A
 
Q
E
 
H
R
 
I
R
 
R
K
 
K
Q
 
S
R
 
A
A
 
G
G
 
M
S
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
M
 
I
G
 
A
R
 
R
T
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
E
 
Q
V
 
F
L
 
I
F
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
S
 
F
A
 
A
G
 
G
L
 
V
S
 
D
P
 
P
A
 
I
N
 
S
Q
 
V
D
 
I
Q
 
D
V
 
I
F
 
K
G
 
K
Q
 
I
V
 
I
Q
 
E
R
 
H
I
 
L
N
 
R
D
 
D
T
 
R
G
 
G
V
 
L
S
 
G
I
 
V
V
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
R
 
R
R
 
E
C
 
T
L
 
L
Q
 
D
I
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
K
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
R
N
 
L
A
 
I
Y
 
A
S
 
E
G
 
G
A
 
T
G
 
P
H
 
Q
D
 
D
L
 
V
L
 
L
H
 
N
D
 
N
P
 
E
K
 
Q
V
 
V
I
 
K
E
 
Q
Y
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
31% identity, 83% coverage: 43:269/275 of query aligns to 8:253/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
E
 
E
V
 
N
V
 
I
A
 
V
G
 
K
Y
 
Y
V
x
F
P
 
G
E
 
E
V
x
F
N
 
K
V
 
A
L
 
L
T
 
D
G
 
G
C
 
V
S
 
S
L
 
I
E
 
S
L
 
V
G
 
N
E
 
K
G
 
G
E
 
D
L
 
V
V
 
T
G
 
L
V
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
K
 
N
A
 
V
M
 
I
F
 
T
G
 
G
L
 
F
V
 
L
P
 
K
V
 
A
R
 
D
G
 
E
G
 
G
S
 
R
V
 
V
R
 
Y
F
 
F
R
 
E
G
 
N
A
 
K
D
 
D
I
 
I
T
 
T
G
 
N
A
 
K
Q
 
E
T
 
P
H
 
A
T
 
E
L
 
L
V
 
Y
Q
 
H
H
 
Y
G
 
G
L
 
I
G
 
V
Y
 
R
V
 
T
P
 
F
Q
 
Q
R
 
T
D
 
P
N
 
Q
V
 
P
F
 
L
P
 
K
A
 
E
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
R
 
L
M
 
I
G
 
G
-
 
E
-
 
I
-
 
C
-
 
P
-
 
G
-
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
T
 
L
F
 
F
L
 
Y
K
 
K
-
 
K
-
 
W
-
 
I
P
 
P
R
 
K
E
 
E
-
 
E
-
 
E
-
 
M
F
 
V
E
 
E
R
 
K
R
 
A
F
 
F
A
 
K
W
 
I
V
 
L
T
 
E
E
 
-
L
 
-
F
 
F
S
 
L
R
 
K
L
 
L
A
 
S
E
 
H
R
 
L
R
 
Y
K
 
D
Q
 
R
R
 
K
A
 
A
G
 
G
S
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
M
Q
 
K
M
 
L
L
 
V
A
 
E
M
 
I
G
 
G
R
 
R
T
 
A
L
 
L
M
 
M
A
 
T
E
 
N
P
 
P
E
 
K
V
 
M
L
 
I
F
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
V
S
 
A
P
 
P
A
 
G
N
 
L
Q
 
A
D
 
H
Q
 
D
V
 
I
F
 
F
G
 
N
Q
 
H
V
 
V
Q
 
L
R
 
E
I
 
L
N
 
K
D
 
A
T
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
T
I
 
F
V
 
L
M
 
I
V
 
I
E
 
E
Q
 
H
N
 
R
A
 
L
R
 
D
R
 
I
C
 
V
L
 
L
Q
 
N
I
 
Y
C
 
I
D
 
D
R
 
H
G
 
L
Y
 
Y
V
 
V
L
 
M
D
 
F
Q
 
N
G
 
G
R
 
Q
N
 
I
A
 
I
Y
 
A
S
 
E
G
 
G
A
 
R
G
 
G
H
 
E
-
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
K
D
 
N
L
 
V
L
 
L
H
 
S
D
 
D
P
 
P
K
 
K
V
 
V
I
 
V
E
 
E
Y
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
31% identity, 83% coverage: 43:269/275 of query aligns to 8:253/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
E
 
E
V
 
N
V
 
I
A
 
V
G
 
K
Y
 
Y
V
x
F
P
 
G
E
 
E
V
x
F
N
 
K
V
 
A
L
 
L
T
 
D
G
 
G
C
 
V
S
 
S
L
 
I
E
 
S
L
 
V
G
 
C
E
 
K
G
 
G
E
 
D
L
 
V
V
 
T
G
 
L
V
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
K
 
N
A
 
V
M
 
I
F
 
T
G
 
G
L
 
F
V
 
L
P
 
K
V
 
A
R
 
D
G
 
E
G
 
G
S
 
R
V
 
V
R
 
Y
F
 
F
R
 
E
G
 
N
A
 
K
D
 
D
I
 
I
T
 
T
G
 
N
A
 
K
Q
 
E
T
 
P
H
 
A
T
 
E
L
 
L
V
 
Y
Q
 
H
H
 
Y
G
 
G
L
 
I
G
 
V
Y
 
R
V
 
T
P
 
F
Q
 
Q
R
 
T
D
 
P
N
 
Q
V
 
P
F
 
L
P
 
K
A
 
E
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
R
 
L
M
 
I
G
 
G
-
 
E
-
 
I
-
 
N
-
 
P
-
 
G
-
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
T
 
L
F
 
F
L
 
Y
K
 
K
-
 
K
-
 
W
-
 
I
P
 
P
R
 
K
E
 
E
-
 
E
-
 
E
-
 
M
F
 
V
E
 
E
R
 
K
R
 
A
F
 
F
A
 
K
W
 
I
V
 
L
T
 
E
E
 
-
L
 
-
F
 
F
S
 
L
R
 
K
L
 
L
A
 
S
E
 
H
R
 
L
R
 
Y
K
 
D
Q
 
R
R
 
K
A
 
A
G
 
G
S
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
M
Q
 
K
M
 
L
L
 
V
A
 
E
M
 
I
G
 
G
R
 
R
T
 
A
L
 
L
M
 
M
A
 
T
E
 
N
P
 
P
E
 
K
V
 
M
L
 
I
F
 
V
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
V
S
 
A
P
 
P
A
 
G
N
 
L
Q
 
A
D
 
H
Q
 
D
V
 
I
F
 
F
G
 
N
Q
 
H
V
 
V
Q
 
L
R
 
E
I
 
L
N
 
K
D
 
A
T
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
T
I
 
F
V
 
L
M
 
I
V
 
I
E
 
E
Q
 
H
N
 
R
A
 
L
R
 
D
R
 
I
C
 
V
L
 
L
Q
 
N
I
 
Y
C
 
I
D
 
D
R
 
H
G
 
L
Y
 
Y
V
 
V
L
 
M
D
 
F
Q
 
N
G
 
G
R
 
Q
N
 
I
A
 
I
Y
 
A
S
 
E
G
 
G
A
 
R
G
 
G
H
 
E
-
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
K
D
 
N
L
 
V
L
 
L
H
 
S
D
 
D
P
 
P
K
 
K
V
 
V
I
 
V
E
 
E
Y
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
33% identity, 79% coverage: 54:269/275 of query aligns to 17:235/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
V
 
V
L
 
V
T
 
E
G
 
D
C
 
V
S
 
S
L
 
L
E
 
T
L
 
V
G
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
T
I
 
F
K
 
Y
A
 
M
M
 
V
F
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
P
 
P
V
 
R
R
 
D
G
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
R
 
D
G
 
D
A
 
D
D
 
D
I
 
I
T
 
S
G
 
L
A
 
L
Q
 
P
T
 
L
H
 
H
T
 
A
L
 
R
V
 
A
Q
 
R
H
 
R
G
 
G
L
 
I
G
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
 
Q
R
 
E
D
 
A
N
 
S
V
 
I
F
 
F
P
x
R
A
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
-
 
M
-
 
A
-
 
V
-
 
L
R
 
Q
M
 
I
G
 
R
T
 
D
F
 
D
L
 
L
K
 
S
P
 
A
R
 
E
E
 
Q
F
 
R
E
 
E
R
 
D
R
 
R
F
 
A
A
 
N
W
 
E
V
 
L
T
 
M
E
 
E
L
 
E
F
 
F
S
 
-
R
 
H
L
 
I
A
 
E
E
 
H
R
 
L
R
 
R
K
 
D
Q
 
S
R
x
M
A
x
G
G
x
Q
S
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
M
 
I
G
 
A
R
 
R
T
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
E
 
K
V
 
F
L
 
I
F
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
A
 
A
G
 
G
L
 
V
S
 
D
P
 
P
A
 
I
N
 
S
Q
 
V
D
 
I
Q
 
D
V
 
I
F
 
K
G
 
R
Q
 
I
V
 
I
Q
 
E
R
 
H
I
 
L
N
 
R
D
 
D
T
 
S
G
 
G
V
 
L
S
 
G
I
 
V
V
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
R
 
R
R
 
E
C
 
T
L
 
L
Q
 
A
I
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
N
 
L
A
 
I
Y
 
A
S
 
H
G
 
G
A
 
T
G
 
P
H
 
T
D
 
E
L
 
I
L
 
L
H
 
Q
D
 
D
P
 
E
K
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
Y
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
33% identity, 79% coverage: 54:269/275 of query aligns to 17:235/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
V
 
V
L
 
V
T
 
E
G
 
D
C
 
V
S
 
S
L
 
L
E
 
T
L
 
V
G
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
 
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
I
 
F
K
 
Y
A
 
M
M
 
V
F
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
P
 
P
V
 
R
R
 
D
G
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
R
 
D
G
 
D
A
 
D
D
 
D
I
 
I
T
 
S
G
 
L
A
 
L
Q
 
P
T
 
L
H
 
H
T
 
A
L
 
R
V
 
A
Q
 
R
H
 
R
G
 
G
L
 
I
G
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
|
Q
R
 
E
D
 
A
N
 
S
V
 
I
F
 
F
P
 
R
A
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
-
 
M
-
 
A
-
 
V
-
 
L
R
 
Q
M
 
I
G
 
R
T
 
D
F
 
D
L
 
L
K
 
S
P
 
A
R
 
E
E
 
Q
F
 
R
E
 
E
R
 
D
R
 
R
F
 
A
A
 
N
W
 
E
V
 
L
T
 
M
E
 
E
L
 
E
F
 
F
S
 
-
R
 
H
L
 
I
A
 
E
E
 
H
R
 
L
R
 
R
K
 
D
Q
 
S
R
 
M
A
 
G
G
 
Q
S
|
S
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
|
E
R
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
M
 
I
G
 
A
R
 
R
T
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
E
 
K
V
 
F
L
 
I
F
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
A
 
A
G
 
G
L
 
V
S
 
D
P
 
P
A
 
I
N
 
S
Q
 
V
D
 
I
Q
 
D
V
 
I
F
 
K
G
 
R
Q
 
I
V
 
I
Q
 
E
R
 
H
I
 
L
N
 
R
D
 
D
T
 
S
G
 
G
V
 
L
S
 
G
I
 
V
V
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
R
 
R
R
 
E
C
 
T
L
 
L
Q
 
A
I
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
N
 
L
A
 
I
Y
 
A
S
 
H
G
 
G
A
 
T
G
 
P
H
 
T
D
 
E
L
 
I
L
 
L
H
 
Q
D
 
D
P
 
E
K
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
Y
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

Sites not aligning to the query:

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
33% identity, 79% coverage: 54:269/275 of query aligns to 17:235/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
V
 
V
L
 
V
T
 
E
G
 
D
C
 
V
S
 
S
L
 
L
E
 
T
L
 
V
G
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
I
 
F
K
 
Y
A
 
M
M
 
V
F
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
P
 
P
V
 
R
R
 
D
G
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
R
 
D
G
 
D
A
 
D
D
 
D
I
 
I
T
 
S
G
 
L
A
 
L
Q
 
P
T
 
L
H
 
H
T
 
A
L
 
R
V
 
A
Q
 
R
H
 
R
G
 
G
L
 
I
G
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
|
Q
R
 
E
D
 
A
N
 
S
V
 
I
F
 
F
P
 
R
A
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
-
 
M
-
 
A
-
 
V
-
 
L
R
 
Q
M
 
I
G
 
R
T
 
D
F
 
D
L
 
L
K
 
S
P
 
A
R
 
E
E
 
Q
F
 
R
E
 
E
R
 
D
R
 
R
F
 
A
A
 
N
W
 
E
V
 
L
T
 
M
E
 
E
L
 
E
F
 
F
S
 
-
R
 
H
L
 
I
A
 
E
E
 
H
R
 
L
R
 
R
K
 
D
Q
 
S
R
 
M
A
 
G
G
 
Q
S
|
S
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
M
 
I
G
 
A
R
 
R
T
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
E
 
K
V
 
F
L
 
I
F
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
F
A
 
A
G
|
G
L
 
V
S
 
D
P
 
P
A
 
I
N
 
S
Q
 
V
D
 
I
Q
 
D
V
 
I
F
 
K
G
 
R
Q
 
I
V
 
I
Q
 
E
R
 
H
I
 
L
N
 
R
D
 
D
T
 
S
G
 
G
V
 
L
S
 
G
I
 
V
V
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
A
 
V
R
 
R
R
 
E
C
 
T
L
 
L
Q
 
A
I
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
N
 
L
A
 
I
Y
 
A
S
 
H
G
 
G
A
 
T
G
 
P
H
 
T
D
 
E
L
 
I
L
 
L
H
 
Q
D
 
D
P
 
E
K
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
Y
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

Sites not aligning to the query:

6mbnA Lptb e163q in complex with atp (see paper)
33% identity, 79% coverage: 54:269/275 of query aligns to 18:236/241 of 6mbnA

query
sites
6mbnA
V
|
V
L
 
V
T
 
E
G
 
D
C
 
V
S
 
S
L
 
L
E
 
T
L
 
V
G
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
I
 
F
K
 
Y
A
 
M
M
 
V
F
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
P
 
P
V
 
R
R
 
D
G
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
R
 
D
G
 
D
A
 
D
D
 
D
I
 
I
T
 
S
G
 
L
A
 
L
Q
 
P
T
 
L
H
 
H
T
 
A
L
 
R
V
 
A
Q
 
R
H
 
R
G
 
G
L
 
I
G
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
 
Q
R
 
E
D
 
A
N
 
S
V
 
I
F
 
F
P
 
R
A
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
-
 
M
-
 
A
-
 
V
-
 
L
R
 
Q
M
 
I
G
 
R
T
 
D
F
 
D
L
 
L
K
 
S
P
 
A
R
 
E
E
 
Q
F
 
R
E
 
E
R
 
D
R
 
R
F
 
A
A
 
N
W
 
E
V
 
L
T
 
M
E
 
E
L
 
E
F
 
F
S
 
-
R
 
H
L
 
I
A
 
E
E
 
H
R
 
L
R
 
R
K
 
D
Q
 
S
R
 
M
A
 
G
G
 
Q
S
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
M
 
I
G
 
A
R
 
R
T
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
E
 
K
V
 
F
L
 
I
F
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
S
 
F
A
 
A
G
 
G
L
 
V
S
 
D
P
 
P
A
 
I
N
 
S
Q
 
V
D
 
I
Q
 
D
V
 
I
F
 
K
G
 
R
Q
 
I
V
 
I
Q
 
E
R
 
H
I
 
L
N
 
R
D
 
D
T
 
S
G
 
G
V
 
L
S
 
G
I
 
V
V
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
A
 
V
R
 
R
R
 
E
C
 
T
L
 
L
Q
 
A
I
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
N
 
L
A
 
I
Y
 
A
S
 
H
G
 
G
A
 
T
G
 
P
H
 
T
D
 
E
L
 
I
L
 
L
H
 
Q
D
 
D
P
 
E
K
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
Y
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

Sites not aligning to the query:

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
33% identity, 78% coverage: 54:268/275 of query aligns to 17:234/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
V
|
V
L
 
V
T
 
E
G
 
D
C
 
V
S
 
S
L
 
L
E
 
T
L
 
V
G
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
I
 
F
K
 
Y
A
 
M
M
 
V
F
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
P
 
P
V
 
R
R
 
D
G
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
R
 
D
G
 
D
A
 
D
D
 
D
I
 
I
T
 
S
G
 
L
A
 
L
Q
 
P
T
x
L
H
|
H
T
 
A
L
 
R
V
 
A
Q
 
R
H
 
R
G
 
G
L
 
I
G
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
|
P
Q
|
Q
R
 
E
D
x
A
N
x
S
V
 
I
F
|
F
P
x
R
A
x
R
L
|
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
-
 
M
-
 
A
-
x
V
-
 
L
R
 
Q
M
 
I
G
 
R
T
 
D
F
 
D
L
 
L
K
 
S
P
 
A
R
 
E
E
 
Q
F
 
R
E
 
E
R
 
D
R
 
R
F
 
A
A
 
N
W
 
E
V
 
L
T
 
M
E
 
E
L
 
E
F
 
F
S
 
-
R
 
H
L
 
I
A
 
E
E
 
H
R
 
L
R
 
R
K
 
D
Q
 
S
R
 
M
A
 
G
G
x
Q
S
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
M
 
I
G
 
A
R
|
R
T
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
E
 
K
V
 
F
L
 
I
F
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
A
 
A
G
 
G
L
 
V
S
 
D
P
 
P
A
 
I
N
 
S
Q
 
V
D
 
I
Q
 
D
V
 
I
F
 
K
G
 
R
Q
 
I
V
 
I
Q
 
E
R
 
H
I
 
L
N
 
R
D
 
D
T
 
S
G
 
G
V
 
L
S
 
G
I
 
V
V
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
R
 
R
R
 
E
C
 
T
L
 
L
Q
 
A
I
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
N
 
L
A
 
I
Y
 
A
S
 
H
G
 
G
A
 
T
G
 
P
H
 
T
D
 
E
L
 
I
L
 
L
H
 
Q
D
 
D
P
 
E
K
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
Y
 
V
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
33% identity, 78% coverage: 54:268/275 of query aligns to 17:234/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
V
|
V
L
 
V
T
 
E
G
 
D
C
 
V
S
 
S
L
 
L
E
 
T
L
 
V
G
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
I
 
F
K
 
Y
A
 
M
M
 
V
F
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
P
 
P
V
 
R
R
 
D
G
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
R
 
D
G
 
D
A
 
D
D
 
D
I
 
I
T
 
S
G
 
L
A
 
L
Q
 
P
T
 
L
H
 
H
T
 
A
L
 
R
V
 
A
Q
 
R
H
 
R
G
 
G
L
 
I
G
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
|
Q
R
 
E
D
 
A
N
 
S
V
 
I
F
 
F
P
 
R
A
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
-
 
M
-
 
A
-
 
V
-
 
L
R
 
Q
M
 
I
G
 
R
T
 
D
F
 
D
L
 
L
K
 
S
P
 
A
R
 
E
E
 
Q
F
 
R
E
 
E
R
 
D
R
 
R
F
 
A
A
 
N
W
 
E
V
 
L
T
 
M
E
 
E
L
 
E
F
 
F
S
 
-
R
 
H
L
 
I
A
 
E
E
 
H
R
 
L
R
 
R
K
 
D
Q
 
S
R
 
M
A
 
G
G
 
Q
S
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
M
 
I
G
 
A
R
 
R
T
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
E
 
K
V
 
F
L
 
I
F
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
A
 
A
G
 
G
L
 
V
S
 
D
P
 
P
A
 
I
N
 
S
Q
 
V
D
 
I
Q
 
D
V
 
I
F
 
K
G
 
R
Q
 
I
V
 
I
Q
 
E
R
 
H
I
 
L
N
 
R
D
 
D
T
 
S
G
 
G
V
 
L
S
 
G
I
 
V
V
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
R
 
R
R
 
E
C
 
T
L
 
L
Q
 
A
I
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
N
 
L
A
 
I
Y
 
A
S
 
H
G
 
G
A
 
T
G
 
P
H
 
T
D
 
E
L
 
I
L
 
L
H
 
Q
D
 
D
P
 
E
K
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
Y
 
V
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
33% identity, 78% coverage: 54:267/275 of query aligns to 17:233/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
V
|
V
L
 
V
T
 
E
G
 
D
C
 
V
S
 
S
L
 
L
E
 
T
L
 
V
G
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
I
 
F
K
 
Y
A
 
M
M
 
V
F
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
P
 
P
V
 
R
R
 
D
G
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
R
 
D
G
 
D
A
 
D
D
 
D
I
 
I
T
 
S
G
 
L
A
 
L
Q
 
P
T
 
L
H
 
H
T
 
A
L
 
R
V
 
A
Q
 
R
H
 
R
G
 
G
L
 
I
G
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
 
Q
R
 
E
D
 
A
N
 
S
V
 
I
F
|
F
P
x
R
A
x
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
-
 
M
-
 
A
-
 
V
-
 
L
R
 
Q
M
 
I
G
 
R
T
 
D
F
 
D
L
 
L
K
 
S
P
 
A
R
 
E
E
 
Q
F
 
R
E
 
E
R
 
D
R
 
R
F
 
A
A
 
N
W
 
E
V
 
L
T
 
M
E
 
E
L
 
E
F
 
F
S
 
-
R
 
H
L
 
I
A
 
E
E
 
H
R
 
L
R
 
R
K
 
D
Q
 
S
R
 
M
A
 
G
G
 
Q
S
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
M
 
I
G
 
A
R
 
R
T
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
E
 
K
V
 
F
L
 
I
F
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
A
 
A
G
 
G
L
 
V
S
 
D
P
 
P
A
 
I
N
 
S
Q
 
V
D
 
I
Q
 
D
V
 
I
F
 
K
G
 
R
Q
 
I
V
 
I
Q
 
E
R
 
H
I
 
L
N
 
R
D
 
D
T
 
S
G
 
G
V
 
L
S
 
G
I
 
V
V
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
R
 
R
R
 
E
C
 
T
L
 
L
Q
 
A
I
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
N
 
L
A
 
I
Y
 
A
S
 
H
G
 
G
A
 
T
G
 
P
H
 
T
D
 
E
L
 
I
L
 
L
H
 
Q
D
 
D
P
 
E
K
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
Y
 
V
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

2awnB Crystal structure of the adp-mg-bound e. Coli malk (crystallized with atp-mg) (see paper)
34% identity, 77% coverage: 51:261/275 of query aligns to 14:224/374 of 2awnB

query
sites
2awnB
E
 
E
V
 
V
N
 
V
V
|
V
L
 
S
T
 
K
G
 
D
C
 
I
S
 
N
L
 
L
E
 
D
L
 
I
G
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
F
V
 
V
G
 
V
V
 
F
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
I
 
L
K
 
R
A
 
M
M
 
I
F
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
E
P
 
T
V
 
I
R
 
T
G
 
S
G
 
G
S
 
D
V
 
L
R
 
F
F
 
I
-
 
G
-
 
E
-
 
K
R
 
R
G
 
M
A
 
N
D
 
D
I
 
T
T
 
P
G
 
P
A
 
A
Q
 
E
T
 
-
H
 
-
T
 
-
L
 
-
V
 
-
Q
 
-
H
 
R
G
 
G
L
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
R
 
S
D
 
Y
N
 
A
V
 
L
F
 
Y
P
 
P
A
 
H
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
R
 
S
M
 
F
G
 
G
T
 
L
F
 
K
L
 
L
-
 
A
-
 
G
-
 
A
K
 
K
P
 
K
R
 
E
E
 
V
F
 
I
E
 
N
R
 
Q
R
 
R
F
 
V
A
 
N
W
 
Q
V
 
V
T
 
A
E
 
E
L
 
V
F
 
L
S
 
-
R
 
Q
L
 
L
A
 
A
E
 
H
R
 
L
R
 
L
K
 
D
Q
 
R
R
 
K
A
 
P
G
 
K
S
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
I
G
 
G
R
 
R
T
 
T
L
 
L
M
 
V
A
 
A
E
 
E
P
 
P
E
 
S
V
 
V
L
 
F
F
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
L
A
 
S
G
 
N
L
 
L
S
 
D
P
 
A
A
 
A
N
 
L
Q
 
R
D
 
V
Q
 
Q
V
 
M
F
 
R
G
 
I
Q
 
E
V
 
I
Q
 
S
R
 
R
I
 
L
N
 
H
D
 
K
-
 
R
T
 
L
G
 
G
V
 
R
S
 
T
I
 
M
V
 
I
M
 
Y
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
D
A
 
Q
R
 
V
R
 
E
C
 
A
L
 
M
Q
 
T
I
 
L
C
 
A
D
 
D
R
 
K
G
 
I
Y
 
V
V
 
V
L
 
L
D
 
D
Q
 
A
G
 
G
R
 
R
N
 
V
A
 
A
Y
 
Q
S
 
V
G
 
G
A
 
K
G
 
P
H
 
L
D
 
E
L
 
L
L
 
Y
H
 
H
D
 
Y
P
 
P

Sites not aligning to the query:

P68187 Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK; EC 7.5.2.1 from Escherichia coli (strain K12) (see 5 papers)
34% identity, 77% coverage: 51:261/275 of query aligns to 15:225/371 of P68187

query
sites
P68187
E
 
E
V
 
V
N
 
V
V
 
V
L
 
S
T
 
K
G
 
D
C
 
I
S
 
N
L
 
L
E
 
D
L
 
I
G
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
F
V
 
V
G
 
V
V
 
F
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
A
 
C
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
I
 
L
K
 
R
A
 
M
M
 
I
F
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
E
P
 
T
V
 
I
R
 
T
G
 
S
G
 
G
S
 
D
V
 
L
R
 
F
F
 
I
-
 
G
-
 
E
-
 
K
R
 
R
G
 
M
A
 
N
D
 
D
I
 
T
T
 
P
G
 
P
A
 
A
Q
 
E
T
 
-
H
 
-
T
 
-
L
 
-
V
 
-
Q
 
-
H
 
R
G
 
G
L
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
R
 
S
D
 
Y
N
x
A
V
 
L
F
 
Y
P
 
P
A
 
H
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
R
 
S
M
 
F
G
 
G
T
 
L
F
 
K
L
 
L
-
 
A
-
 
G
-
 
A
K
|
K
P
 
K
R
 
E
E
 
V
F
 
I
E
 
N
R
 
Q
R
 
R
F
x
V
A
 
N
W
 
Q
V
|
V
T
 
A
E
|
E
L
 
V
F
 
L
S
 
-
R
 
Q
L
 
L
A
|
A
E
 
H
R
 
L
R
 
L
K
 
D
Q
 
R
R
 
K
A
 
P
G
 
K
S
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
|
G
E
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
I
G
 
G
R
 
R
T
 
T
L
 
L
M
 
V
A
 
A
E
 
E
P
 
P
E
 
S
V
 
V
L
 
F
F
 
L
L
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
P
S
 
L
A
 
S
G
 
N
L
 
L
S
 
D
P
 
A
A
 
A
N
 
L
Q
 
R
D
 
V
Q
 
Q
V
 
M
F
 
R
G
 
I
Q
 
E
V
 
I
Q
 
S
R
 
R
I
 
L
N
 
H
D
 
K
-
 
R
T
 
L
G
 
G
V
 
R
S
 
T
I
 
M
V
 
I
M
 
Y
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
D
A
 
Q
R
 
V
R
 
E
C
 
A
L
 
M
Q
 
T
I
 
L
C
 
A
D
 
D
R
 
K
G
 
I
Y
 
V
V
 
V
L
 
L
D
 
D
Q
 
A
G
 
G
R
 
R
N
 
V
A
 
A
Y
 
Q
S
 
V
G
 
G
A
 
K
G
 
P
H
 
L
D
 
E
L
 
L
L
 
Y
H
 
H
D
 
Y
P
 
P

Sites not aligning to the query:

P19566 Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK; EC 7.5.2.1 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see paper)
34% identity, 77% coverage: 51:261/275 of query aligns to 15:225/369 of P19566

query
sites
P19566
E
 
D
V
 
V
N
 
V
V
 
V
L
 
S
T
 
K
G
 
D
C
 
I
S
 
N
L
 
L
E
 
D
L
 
I
G
 
H
E
 
D
G
 
G
E
 
E
L
 
F
V
 
V
G
 
V
V
 
F
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
A
 
C
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
I
 
L
K
 
R
A
 
M
M
 
I
F
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
E
P
 
T
V
 
I
R
 
T
G
 
S
G
 
G
S
 
D
V
 
L
R
 
F
F
 
I
-
 
G
-
 
E
-
 
T
R
 
R
G
 
M
A
 
N
D
 
D
I
 
I
T
 
P
G
 
P
A
 
A
Q
 
E
T
 
-
H
 
-
T
 
-
L
 
-
V
 
-
Q
 
-
H
 
R
G
 
G
L
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
R
 
S
D
 
Y
N
 
A
V
x
L
F
 
Y
P
 
P
A
 
H
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
R
 
S
M
 
F
G
 
G
T
 
L
F
 
K
L
 
L
-
 
A
-
 
G
-
 
A
K
 
K
P
 
K
R
 
E
E
 
V
F
 
M
E
 
N
R
 
Q
R
 
R
F
 
V
A
 
N
W
 
Q
V
 
V
T
 
A
E
 
E
L
 
V
F
 
L
S
 
-
R
 
Q
L
 
L
A
 
A
E
 
H
R
 
L
R
 
L
K
 
E
Q
 
R
R
 
K
A
 
P
G
 
K
S
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
I
G
 
G
R
 
R
T
 
T
L
 
L
M
 
V
A
 
A
E
 
E
P
 
P
E
 
R
V
 
V
L
 
F
F
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
|
P
S
 
L
A
 
S
G
 
N
L
 
L
S
x
D
P
 
A
A
 
A
N
 
L
Q
 
R
D
 
V
Q
 
Q
V
 
M
F
 
R
G
 
I
Q
 
E
V
 
I
Q
 
S
R
 
R
I
 
L
N
 
H
D
 
K
-
 
R
T
 
L
G
 
G
V
 
R
S
 
T
I
 
M
V
 
I
M
 
Y
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
D
A
 
Q
R
 
V
R
 
E
C
 
A
L
 
M
Q
 
T
I
 
L
C
 
A
D
 
D
R
 
K
G
 
I
Y
 
V
V
 
V
L
 
L
D
 
D
Q
 
A
G
 
G
R
 
R
N
 
V
A
 
A
Y
 
Q
S
 
V
G
 
G
A
 
K
G
 
P
H
 
L
D
 
E
L
 
L
L
 
Y
H
 
H
D
 
Y
P
 
P

Sites not aligning to the query:

3puyA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to amp-pnp after crystal soaking of the pretranslocation state (see paper)
34% identity, 77% coverage: 51:261/275 of query aligns to 14:224/371 of 3puyA

query
sites
3puyA
E
 
E
V
 
V
N
 
V
V
 
V
L
 
S
T
 
K
G
 
D
C
 
I
S
 
N
L
 
L
E
 
D
L
 
I
G
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
F
V
 
V
G
 
V
V
 
F
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
I
 
L
K
 
R
A
 
M
M
 
I
F
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
E
P
 
T
V
 
I
R
 
T
G
 
S
G
 
G
S
 
D
V
 
L
R
 
F
F
 
I
-
 
G
-
 
E
-
 
K
R
 
R
G
 
M
A
 
N
D
 
D
I
 
T
T
 
P
G
 
P
A
 
A
Q
 
E
T
 
-
H
 
-
T
 
-
L
 
-
V
 
-
Q
 
-
H
 
R
G
 
G
L
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
|
Q
R
 
S
D
 
Y
N
 
A
V
 
L
F
 
Y
P
 
P
A
 
H
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
R
 
S
M
 
F
G
 
G
T
 
L
F
 
K
L
 
L
-
 
A
-
 
G
-
 
A
K
 
K
P
 
K
R
 
E
E
 
V
F
 
I
E
 
N
R
 
Q
R
 
R
F
 
V
A
 
N
W
 
Q
V
 
V
T
 
A
E
 
E
L
 
V
F
 
L
S
 
-
R
 
Q
L
 
L
A
 
A
E
 
H
R
 
L
R
 
L
K
 
D
Q
x
R
R
 
K
A
 
P
G
 
K
S
x
A
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
E
x
Q
R
 
R
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
I
G
 
G
R
 
R
T
 
T
L
 
L
M
 
V
A
 
A
E
 
E
P
 
P
E
 
S
V
 
V
L
 
F
F
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
L
A
 
S
G
 
N
L
 
L
S
 
D
P
 
A
A
 
A
N
 
L
Q
 
R
D
 
V
Q
 
Q
V
 
M
F
 
R
G
 
I
Q
 
E
V
 
I
Q
 
S
R
 
R
I
 
L
N
 
H
D
 
K
-
 
R
T
 
L
G
 
G
V
 
R
S
 
T
I
 
M
V
 
I
M
 
Y
V
 
V
E
 
T
Q
x
H
N
 
D
A
 
Q
R
 
V
R
 
E
C
 
A
L
 
M
Q
 
T
I
 
L
C
 
A
D
 
D
R
 
K
G
 
I
Y
 
V
V
 
V
L
 
L
D
 
D
Q
 
A
G
 
G
R
 
R
N
 
V
A
 
A
Y
 
Q
S
 
V
G
 
G
A
 
K
G
 
P
H
 
L
D
 
E
L
 
L
L
 
Y
H
 
H
D
 
Y
P
 
P

Sites not aligning to the query:

3puxA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to adp-bef3 (see paper)
34% identity, 77% coverage: 51:261/275 of query aligns to 14:224/371 of 3puxA

query
sites
3puxA
E
 
E
V
 
V
N
 
V
V
 
V
L
 
S
T
 
K
G
 
D
C
 
I
S
 
N
L
 
L
E
 
D
L
 
I
G
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
F
V
 
V
G
 
V
V
 
F
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
I
 
L
K
 
R
A
 
M
M
 
I
F
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
E
P
 
T
V
 
I
R
 
T
G
 
S
G
 
G
S
 
D
V
 
L
R
 
F
F
 
I
-
 
G
-
 
E
-
 
K
R
 
R
G
 
M
A
 
N
D
 
D
I
 
T
T
 
P
G
 
P
A
 
A
Q
 
E
T
 
-
H
 
-
T
 
-
L
 
-
V
 
-
Q
 
-
H
 
R
G
 
G
L
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
|
Q
R
 
S
D
 
Y
N
 
A
V
 
L
F
 
Y
P
 
P
A
 
H
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
R
 
S
M
 
F
G
 
G
T
 
L
F
 
K
L
 
L
-
 
A
-
 
G
-
 
A
K
 
K
P
 
K
R
 
E
E
 
V
F
 
I
E
 
N
R
 
Q
R
 
R
F
 
V
A
 
N
W
 
Q
V
 
V
T
 
A
E
 
E
L
 
V
F
 
L
S
 
-
R
 
Q
L
 
L
A
 
A
E
 
H
R
 
L
R
 
L
K
 
D
Q
x
R
R
 
K
A
 
P
G
 
K
S
 
A
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
E
x
Q
R
 
R
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
I
G
 
G
R
 
R
T
 
T
L
 
L
M
 
V
A
 
A
E
 
E
P
 
P
E
 
S
V
 
V
L
 
F
F
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
L
A
 
S
G
 
N
L
 
L
S
 
D
P
 
A
A
 
A
N
 
L
Q
 
R
D
 
V
Q
 
Q
V
 
M
F
 
R
G
 
I
Q
 
E
V
 
I
Q
 
S
R
 
R
I
 
L
N
 
H
D
 
K
-
 
R
T
 
L
G
 
G
V
 
R
S
 
T
I
 
M
V
 
I
M
 
Y
V
 
V
E
 
T
Q
x
H
N
 
D
A
 
Q
R
 
V
R
 
E
C
 
A
L
 
M
Q
 
T
I
 
L
C
 
A
D
 
D
R
 
K
G
 
I
Y
 
V
V
 
V
L
 
L
D
 
D
Q
 
A
G
 
G
R
 
R
N
 
V
A
 
A
Y
 
Q
S
 
V
G
 
G
A
 
K
G
 
P
H
 
L
D
 
E
L
 
L
L
 
Y
H
 
H
D
 
Y
P
 
P

Sites not aligning to the query:

3puwA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to adp-alf4 (see paper)
34% identity, 77% coverage: 51:261/275 of query aligns to 14:224/371 of 3puwA

query
sites
3puwA
E
 
E
V
 
V
N
 
V
V
|
V
L
 
S
T
 
K
G
 
D
C
 
I
S
 
N
L
 
L
E
 
D
L
 
I
G
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
F
V
 
V
G
 
V
V
 
F
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
I
 
L
K
 
R
A
 
M
M
 
I
F
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
E
P
 
T
V
 
I
R
 
T
G
 
S
G
 
G
S
 
D
V
 
L
R
 
F
F
 
I
-
 
G
-
 
E
-
 
K
R
 
R
G
 
M
A
 
N
D
 
D
I
 
T
T
 
P
G
 
P
A
 
A
Q
 
E
T
 
-
H
 
-
T
 
-
L
 
-
V
 
-
Q
 
-
H
 
R
G
 
G
L
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
|
Q
R
 
S
D
 
Y
N
 
A
V
 
L
F
 
Y
P
 
P
A
 
H
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
R
 
S
M
 
F
G
 
G
T
 
L
F
 
K
L
 
L
-
 
A
-
 
G
-
 
A
K
 
K
P
 
K
R
 
E
E
 
V
F
 
I
E
 
N
R
 
Q
R
 
R
F
 
V
A
 
N
W
 
Q
V
 
V
T
 
A
E
 
E
L
 
V
F
 
L
S
 
-
R
 
Q
L
 
L
A
 
A
E
 
H
R
 
L
R
 
L
K
 
D
Q
x
R
R
 
K
A
 
P
G
 
K
S
x
A
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
x
Q
R
 
R
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
I
G
 
G
R
 
R
T
 
T
L
 
L
M
 
V
A
 
A
E
 
E
P
 
P
E
 
S
V
 
V
L
 
F
F
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
L
A
 
S
G
 
N
L
 
L
S
 
D
P
 
A
A
 
A
N
 
L
Q
 
R
D
 
V
Q
 
Q
V
 
M
F
 
R
G
 
I
Q
 
E
V
 
I
Q
 
S
R
 
R
I
 
L
N
 
H
D
 
K
-
 
R
T
 
L
G
 
G
V
 
R
S
 
T
I
 
M
V
 
I
M
 
Y
V
 
V
E
 
T
Q
x
H
N
 
D
A
 
Q
R
 
V
R
 
E
C
 
A
L
 
M
Q
 
T
I
 
L
C
 
A
D
 
D
R
 
K
G
 
I
Y
 
V
V
 
V
L
 
L
D
 
D
Q
 
A
G
 
G
R
 
R
N
 
V
A
 
A
Y
 
Q
S
 
V
G
 
G
A
 
K
G
 
P
H
 
L
D
 
E
L
 
L
L
 
Y
H
 
H
D
 
Y
P
 
P

Sites not aligning to the query:

3puvA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to adp-vo4 (see paper)
34% identity, 77% coverage: 51:261/275 of query aligns to 14:224/371 of 3puvA

query
sites
3puvA
E
 
E
V
 
V
N
 
V
V
|
V
L
 
S
T
 
K
G
 
D
C
 
I
S
 
N
L
 
L
E
 
D
L
 
I
G
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
F
V
 
V
G
 
V
V
 
F
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
I
 
L
K
 
R
A
 
M
M
 
I
F
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
E
P
 
T
V
 
I
R
 
T
G
 
S
G
 
G
S
 
D
V
 
L
R
 
F
F
 
I
-
 
G
-
 
E
-
 
K
R
 
R
G
 
M
A
 
N
D
 
D
I
 
T
T
 
P
G
 
P
A
 
A
Q
 
E
T
 
-
H
 
-
T
 
-
L
 
-
V
 
-
Q
 
-
H
 
R
G
 
G
L
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
|
Q
R
 
S
D
 
Y
N
 
A
V
 
L
F
 
Y
P
 
P
A
 
H
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
R
 
S
M
 
F
G
 
G
T
 
L
F
 
K
L
 
L
-
 
A
-
 
G
-
 
A
K
 
K
P
 
K
R
 
E
E
 
V
F
 
I
E
 
N
R
 
Q
R
 
R
F
 
V
A
 
N
W
 
Q
V
 
V
T
 
A
E
 
E
L
 
V
F
 
L
S
 
-
R
 
Q
L
 
L
A
 
A
E
 
H
R
 
L
R
 
L
K
 
D
Q
x
R
R
 
K
A
 
P
G
 
K
S
x
A
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
x
Q
R
 
R
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
I
G
 
G
R
 
R
T
 
T
L
 
L
M
 
V
A
 
A
E
 
E
P
 
P
E
 
S
V
 
V
L
 
F
F
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
L
A
 
S
G
 
N
L
 
L
S
 
D
P
 
A
A
 
A
N
 
L
Q
 
R
D
 
V
Q
 
Q
V
 
M
F
 
R
G
 
I
Q
 
E
V
 
I
Q
 
S
R
 
R
I
 
L
N
 
H
D
 
K
-
 
R
T
 
L
G
 
G
V
 
R
S
 
T
I
 
M
V
 
I
M
 
Y
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
D
A
 
Q
R
 
V
R
 
E
C
 
A
L
 
M
Q
 
T
I
 
L
C
 
A
D
 
D
R
 
K
G
 
I
Y
 
V
V
 
V
L
 
L
D
 
D
Q
 
A
G
 
G
R
 
R
N
 
V
A
 
A
Y
 
Q
S
 
V
G
 
G
A
 
K
G
 
P
H
 
L
D
 
E
L
 
L
L
 
Y
H
 
H
D
 
Y
P
 
P

Sites not aligning to the query:

1q12A Crystal structure of the atp-bound e. Coli malk (see paper)
34% identity, 77% coverage: 51:261/275 of query aligns to 12:222/367 of 1q12A

query
sites
1q12A
E
 
E
V
 
V
N
 
V
V
 
V
L
 
S
T
 
K
G
 
D
C
 
I
S
 
N
L
 
L
E
 
D
L
 
I
G
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
F
V
 
V
G
 
V
V
 
F
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
I
 
L
K
 
R
A
 
M
M
 
I
F
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
E
P
 
T
V
 
I
R
 
T
G
 
S
G
 
G
S
 
D
V
 
L
R
 
F
F
 
I
-
 
G
-
 
E
-
 
K
R
 
R
G
 
M
A
 
N
D
 
D
I
 
T
T
 
P
G
 
P
A
 
A
Q
 
E
T
 
-
H
 
-
T
 
-
L
 
-
V
 
-
Q
 
-
H
 
R
G
 
G
L
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
R
 
S
D
 
Y
N
 
A
V
 
L
F
 
Y
P
 
P
A
 
H
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
R
 
S
M
 
F
G
 
G
T
 
L
F
 
K
L
 
L
-
 
A
-
 
G
-
 
A
K
 
K
P
 
K
R
 
E
E
 
V
F
 
I
E
 
N
R
 
Q
R
 
R
F
 
V
A
 
N
W
 
Q
V
 
V
T
 
A
E
 
E
L
 
V
F
 
L
S
 
-
R
 
Q
L
 
L
A
 
A
E
 
H
R
 
L
R
 
L
K
 
D
Q
x
R
R
 
K
A
 
P
G
 
K
S
x
A
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
E
x
Q
R
 
R
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
I
G
 
G
R
 
R
T
 
T
L
 
L
M
 
V
A
 
A
E
 
E
P
 
P
E
 
S
V
 
V
L
 
F
F
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
L
A
 
S
G
 
N
L
 
L
S
 
D
P
 
A
A
 
A
N
 
L
Q
 
R
D
 
V
Q
 
Q
V
 
M
F
 
R
G
 
I
Q
 
E
V
 
I
Q
 
S
R
 
R
I
 
L
N
 
H
D
 
K
-
 
R
T
 
L
G
 
G
V
 
R
S
 
T
I
 
M
V
 
I
M
 
Y
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
D
A
 
Q
R
 
V
R
 
E
C
 
A
L
 
M
Q
 
T
I
 
L
C
 
A
D
 
D
R
 
K
G
 
I
Y
 
V
V
 
V
L
 
L
D
 
D
Q
 
A
G
 
G
R
 
R
N
 
V
A
 
A
Y
 
Q
S
 
V
G
 
G
A
 
K
G
 
P
H
 
L
D
 
E
L
 
L
L
 
Y
H
 
H
D
 
Y
P
 
P

Sites not aligning to the query:

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
30% identity, 76% coverage: 54:262/275 of query aligns to 16:228/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
V
|
V
L
 
L
T
 
K
G
 
G
C
 
V
S
 
T
L
 
L
E
 
K
L
 
V
G
 
N
E
 
K
G
 
G
E
 
E
L
 
V
V
 
V
G
 
V
V
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
I
 
L
K
 
R
A
 
C
M
 
I
F
 
N
G
 
L
L
 
L
V
 
E
P
 
E
V
 
P
R
 
T
G
 
K
G
 
G
S
 
E
V
 
V
R
 
F
F
 
I
R
 
D
G
 
G
A
 
V
D
 
K
I
 
I
T
 
N
G
 
N
A
 
G
Q
 
K
T
 
V
H
 
N
-
 
I
T
 
N
L
 
K
V
 
V
Q
 
R
H
 
Q
G
 
K
L
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
R
 
H
D
 
F
N
 
N
V
 
L
F
 
F
P
 
P
A
 
H
L
 
L
T
 
T
V
 
A
E
 
I
E
 
E
N
 
N
L
 
I
R
 
T
M
 
L
G
 
A
T
 
P
F
 
-
L
 
V
K
 
K
P
 
V
R
 
K
E
 
K
F
 
M
E
 
N
R
 
K
R
 
K
F
 
E
A
 
A
-
 
E
-
 
E
W
 
L
V
 
A
T
 
V
E
 
D
L
 
L
F
 
L
S
 
A
R
 
K
-
 
V
-
 
G
L
 
L
A
 
L
E
 
D
R
 
K
R
 
K
K
 
D
Q
 
Q
R
 
Y
A
 
P
G
 
I
S
 
K
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
M
 
R
L
 
L
A
 
A
M
 
I
G
 
A
R
 
R
T
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
M
E
 
Q
P
 
P
E
 
E
V
 
V
L
 
M
F
 
L
L
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
T
A
 
S
G
 
A
L
 
L
S
 
D
P
 
P
A
 
E
N
 
M
Q
 
V
D
 
K
Q
 
E
V
 
V
F
 
L
G
 
N
Q
 
V
V
 
M
Q
 
K
R
 
Q
I
 
L
N
 
A
D
 
N
T
 
E
G
 
G
V
 
M
S
 
T
I
 
M
V
 
V
M
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
x
H
N
 
E
A
 
M
R
 
G
R
 
F
C
 
A
L
 
R
Q
 
E
I
 
V
C
 
G
D
 
D
R
 
R
G
 
V
Y
 
I
V
 
F
L
 
M
D
 
D
Q
 
D
G
 
G
R
 
V
N
 
I
A
 
V
Y
 
E
S
 
E
G
 
G
A
 
T
G
 
P
H
 
E
D
 
E
L
 
I
L
 
F
H
 
Y
D
 
R
P
 
A
K
 
K

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_089303491.1 NCBI__GCF_900188115.1:WP_089303491.1
MSTEEPAQQDRGESTAAPEGAAAADSGAAERSTGSEVILDAVEVVAGYVPEVNVLTGCSL
ELGEGELVGVIGPNGAGKSTLIKAMFGLVPVRGGSVRFRGADITGAQTHTLVQHGLGYVP
QRDNVFPALTVEENLRMGTFLKPREFERRFAWVTELFSRLAERRKQRAGSLSGGERQMLA
MGRTLMAEPEVLFLDEPSAGLSPANQDQVFGQVQRINDTGVSIVMVEQNARRCLQICDRG
YVLDQGRNAYSGAGHDLLHDPKVIEYYLGTLATVD

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory