SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_090662798.1 NCBI__GCF_900101615.1:WP_090662798.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

P20966 PTS system fructose-specific EIIB'BC component; EIIB'BC-Fru; EC 2.7.1.202 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
56% identity, 81% coverage: 107:563/566 of query aligns to 104:556/563 of P20966

query
sites
P20966
Q
 
K
R
 
R
I
 
V
V
 
V
A
 
A
I
 
V
T
 
T
S
 
A
C
|
C
P
 
P
T
 
T
G
 
G
I
 
V
A
 
A
H
 
H
T
 
T
F
 
F
M
 
M
A
 
A
A
 
A
E
 
E
G
 
A
L
 
I
E
 
E
G
 
T
A
 
E
A
 
A
K
 
K
A
 
K
L
 
R
G
 
G
H
 
W
Q
 
W
I
 
V
R
 
K
V
 
V
E
 
E
T
 
T
Q
 
R
G
 
G
S
 
S
V
 
V
G
 
G
A
 
A
Q
 
G
N
 
N
A
 
A
L
 
I
T
 
T
P
 
P
E
 
E
E
 
E
I
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
V
L
 
I
I
 
V
A
 
A
A
 
A
D
 
D
T
 
I
Q
 
E
V
 
V
D
 
D
L
 
L
S
 
A
R
 
K
F
 
F
G
 
A
A
 
G
K
 
K
R
 
P
V
 
M
F
 
Y
L
 
R
S
 
T
G
 
S
T
 
T
K
 
G
A
 
L
A
 
A
I
 
L
N
 
K
D
 
K
G
 
T
Q
 
A
A
 
Q
L
 
E
V
 
L
T
 
D
R
 
K
A
 
A
L
 
V
A
 
A
E
 
E
A
 
A
T
 
T
-
 
P
-
 
Y
E
 
E
Q
 
P
G
 
A
G
 
G
A
 
K
Q
 
A
A
 
Q
T
 
T
A
 
A
S
 
T
A
 
T
A
 
E
P
 
-
A
 
-
A
 
-
G
 
S
K
 
K
R
 
K
S
 
E
L
 
S
S
 
A
G
 
G
P
 
A
Y
 
Y
K
 
R
H
 
H
L
 
L
M
 
L
T
 
T
G
 
G
V
 
V
S
 
S
F
 
Y
M
 
M
L
 
L
P
 
P
F
 
M
T
 
V
V
 
V
A
 
A
G
 
G
G
 
G
L
 
L
L
 
C
I
 
I
A
 
A
L
 
L
A
 
S
F
 
F
A
 
A
L
 
F
G
 
G
G
 
-
I
 
I
Y
 
E
A
 
A
F
 
F
D
 
K
D
 
E
A
 
P
H
 
-
R
 
-
D
 
G
T
 
T
L
 
L
A
 
A
G
 
A
A
 
A
L
 
L
F
 
M
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
G
 
G
K
 
G
A
 
S
A
 
A
L
 
F
A
 
A
L
 
L
M
 
M
V
 
V
P
 
P
A
 
V
L
 
L
G
 
A
G
 
G
Y
 
Y
I
 
I
A
 
A
Y
 
F
S
 
S
I
 
I
A
 
A
D
 
D
R
 
R
P
 
P
G
 
G
I
 
L
A
 
T
P
 
P
G
 
G
M
 
L
I
 
I
G
 
G
G
 
G
M
 
M
I
 
L
A
 
A
A
 
V
Q
 
S
L
 
T
N
 
G
A
 
S
G
 
G
F
 
F
L
 
I
G
 
G
G
 
G
I
 
I
V
 
I
A
 
A
G
 
G
F
 
F
V
 
L
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
S
 
I
V
 
A
T
 
K
W
 
L
L
 
I
N
 
S
R
 
T
A
 
Q
L
 
L
R
 
K
L
 
L
P
 
P
R
 
Q
T
 
S
L
 
M
E
 
E
G
 
A
L
 
L
K
 
K
P
 
P
V
 
I
L
 
L
I
 
I
L
 
I
P
 
P
V
 
L
L
 
I
G
 
S
A
 
S
L
 
L
I
 
V
T
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
A
L
 
M
I
 
I
Y
 
Y
V
 
L
A
 
I
G
 
G
G
 
K
P
 
P
V
 
V
A
 
A
V
 
G
A
 
I
L
 
L
A
 
E
W
 
G
L
 
L
T
 
T
E
 
H
F
 
W
L
 
L
R
 
Q
G
 
T
M
 
M
Q
 
G
G
 
T
S
 
A
G
 
N
A
 
A
I
 
V
L
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
A
L
 
I
L
 
L
G
 
G
G
 
G
M
 
M
M
 
M
A
 
C
F
 
T
D
 
D
M
 
M
G
 
G
G
 
G
P
 
P
V
 
V
N
 
N
K
 
K
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
F
 
F
S
 
G
T
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
L
A
 
S
S
 
T
Q
 
Q
V
 
T
Y
 
Y
S
 
G
P
 
P
M
 
M
A
 
A
A
 
A
A
 
I
M
 
M
V
 
A
A
 
A
G
 
G
M
 
M
V
 
V
P
 
P
P
 
P
L
 
L
G
 
A
L
 
M
A
 
G
L
 
L
A
 
A
A
 
T
F
 
M
L
 
V
F
 
A
R
 
R
D
 
R
R
 
K
F
 
F
T
 
D
P
 
K
E
 
A
E
 
Q
R
 
Q
E
 
E
A
 
G
A
 
G
P
 
K
A
 
A
A
 
A
G
 
L
V
 
V
L
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
C
F
 
F
I
 
I
S
 
S
E
 
E
G
 
G
A
 
A
I
 
I
P
 
P
F
 
F
A
 
A
A
 
A
K
 
R
D
 
D
P
 
P
L
 
M
R
 
R
V
 
V
I
 
L
P
 
P
A
 
C
L
 
C
V
 
I
A
 
V
G
 
G
S
 
G
A
 
A
V
 
L
A
 
T
G
 
G
A
 
A
I
 
I
S
 
S
M
 
M
A
 
A
V
 
I
G
 
G
A
 
A
E
 
K
L
 
L
R
 
M
V
 
A
P
 
P
H
 
H
G
 
G
G
 
G
V
 
L
F
 
F
V
 
V
L
 
L
P
 
L
I
 
I
P
 
P
N
 
G
A
 
A
V
 
I
S
 
T
Q
 
P
L
 
V
G
 
L
G
 
G
Y
 
Y
V
 
L
V
 
V
A
 
A
L
 
I
L
 
I
A
 
A
G
 
G
T
 
T
V
 
L
V
 
V
T
 
A
A
 
G
L
 
L
A
 
A
L
 
Y
R
 
A
L
 
F
L
 
L
K
 
K
R
 
R
P
 
P
A
 
E
V
 
V

O31645 PTS system mannose-specific EIIBCA component; EIIBCA-Man; EII-Man; EC 2.7.1.191 from Bacillus subtilis (strain 168) (see 2 papers)
46% identity, 81% coverage: 108:564/566 of query aligns to 2:463/650 of O31645

query
sites
O31645
R
 
K
I
 
L
V
 
L
A
 
A
I
 
I
T
 
T
S
 
S
C
|
C
P
 
P
T
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
A
H
 
H
T
 
T
F
 
Y
M
 
M
A
 
A
A
 
A
E
 
E
G
 
N
L
 
L
E
 
Q
G
 
K
A
 
A
A
 
A
K
 
D
A
 
R
L
 
L
G
 
G
H
 
V
Q
 
S
I
 
I
R
 
K
V
 
V
E
 
E
T
 
T
Q
 
Q
G
 
G
S
 
G
V
 
I
G
 
G
A
 
V
Q
 
E
N
 
N
A
 
K
L
 
L
T
 
T
P
 
E
E
 
E
E
 
E
I
 
I
A
 
R
A
 
E
A
 
A
D
 
D
L
 
A
V
 
I
L
 
I
I
 
I
A
 
A
A
 
A
D
 
D
T
 
R
Q
 
S
V
 
V
D
 
N
L
 
K
S
 
D
R
 
R
F
 
F
G
 
I
A
 
G
K
 
K
R
 
K
V
 
L
F
 
L
L
 
S
S
 
V
G
 
G
T
 
V
K
 
Q
A
 
D
A
 
G
I
 
I
N
 
R
D
 
K
G
 
P
Q
 
E
A
 
E
L
 
L
V
 
I
T
 
Q
R
 
K
A
 
A
L
 
L
A
 
-
E
 
N
A
 
G
T
 
D
E
 
I
Q
 
P
G
 
V
G
 
Y
A
 
R
Q
 
S
A
 
A
T
 
T
A
 
K
S
 
S
A
 
E
A
 
S
P
 
G
A
 
N
A
 
H
G
 
Q
K
 
E
R
 
K
S
 
K
L
 
Q
S
 
N
G
 
P
P
 
I
Y
 
Y
K
 
R
H
 
H
L
 
L
M
 
M
T
 
N
G
 
G
V
 
V
S
 
S
F
 
F
M
 
M
L
 
V
P
 
P
F
 
F
T
 
I
V
 
V
A
 
V
G
 
G
G
 
G
L
 
L
L
 
L
I
 
I
A
 
A
L
 
V
A
 
A
F
 
L
A
 
T
L
 
L
G
 
G
G
 
G
-
 
E
-
 
K
-
 
T
-
 
P
-
 
K
-
 
G
I
 
L
Y
 
V
A
 
I
F
 
P
D
 
D
D
 
D
A
 
S
H
 
F
R
 
W
D
 
K
T
 
T
L
 
I
A
 
E
G
 
-
A
 
-
L
 
-
F
 
-
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
G
 
S
K
 
-
A
 
A
A
 
S
L
 
F
A
 
S
L
 
F
M
 
M
V
 
I
P
 
P
A
 
I
L
 
L
G
 
A
G
 
G
Y
 
Y
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
S
 
S
I
 
I
A
 
A
D
 
D
R
 
K
P
 
P
G
 
G
I
 
L
A
 
V
P
 
P
G
 
G
M
 
M
I
 
I
G
 
G
G
 
G
M
 
Y
I
 
I
A
 
A
A
 
A
Q
 
T
-
 
G
-
 
S
-
 
F
-
 
Y
-
 
D
-
 
S
-
 
A
L
 
S
N
 
G
A
 
A
G
 
G
F
 
F
L
 
L
G
 
G
G
 
G
I
 
I
V
 
I
A
 
A
G
 
G
F
 
F
V
 
L
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
S
 
A
V
 
A
T
 
L
W
 
W
L
 
I
N
 
K
R
 
K
A
 
-
L
 
L
R
 
K
L
 
V
P
 
P
R
 
K
T
 
A
L
 
I
E
 
Q
G
 
P
L
 
I
K
 
M
P
 
P
V
 
I
L
 
I
I
 
I
L
 
I
P
 
P
V
 
V
L
 
F
G
 
A
A
 
S
L
 
L
I
 
I
T
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
A
L
 
F
I
 
V
Y
 
F
V
 
L
A
 
I
G
 
G
G
 
A
P
 
P
V
 
V
A
 
A
V
 
Q
A
 
I
L
 
F
A
 
A
W
 
S
L
 
L
T
 
T
E
 
V
F
 
W
L
 
L
R
 
A
G
 
G
M
 
M
Q
 
K
G
 
G
S
 
S
G
 
S
A
 
S
I
 
I
L
 
L
L
 
L
G
 
A
L
 
L
L
 
I
L
 
L
G
 
G
G
 
A
M
 
M
M
 
I
A
 
S
F
 
F
D
 
D
M
 
M
G
 
G
G
 
G
P
 
P
V
 
V
N
 
N
K
 
K
A
 
V
A
 
A
Y
 
F
A
 
L
F
 
F
S
 
G
T
 
S
G
 
A
L
 
M
L
 
I
A
 
G
S
 
E
Q
 
G
V
 
N
Y
 
Y
S
 
E
P
 
I
M
 
M
A
 
G
A
 
P
A
 
I
M
 
A
V
 
V
A
 
A
G
 
I
M
 
C
V
 
I
P
 
P
P
 
P
L
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
G
L
 
I
A
 
A
A
 
T
F
 
F
L
 
L
F
 
G
R
 
K
D
 
R
R
 
K
F
 
F
T
 
E
P
 
A
E
x
S
E
 
Q
R
 
R
E
 
E
A
 
M
A
 
G
P
 
K
A
 
A
A
 
A
G
 
F
V
 
T
L
 
M
G
 
G
L
 
L
A
 
F
F
 
G
I
 
I
S
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
I
 
I
P
 
P
F
 
F
A
 
A
A
 
A
K
 
Q
D
 
D
P
 
P
L
 
L
R
 
R
V
 
V
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
I
V
 
M
A
 
A
G
 
G
S
 
S
A
 
M
V
 
T
A
 
G
G
 
S
A
 
V
I
 
I
S
 
A
M
 
M
A
 
I
V
 
G
G
 
N
A
 
V
E
 
G
L
 
D
R
 
R
V
 
V
P
 
A
H
 
H
G
 
G
G
 
G
V
 
P
F
 
I
V
 
V
L
 
-
P
 
A
I
 
V
P
 
L
N
 
G
A
 
A
V
 
V
S
 
D
Q
 
H
L
 
V
G
 
L
G
 
M
Y
 
F
V
 
F
V
 
I
A
 
A
L
 
V
L
 
I
A
 
A
G
 
G
T
 
S
V
 
L
V
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
A
 
F
L
 
V
R
 
N
L
 
V
L
 
L
K
 
K
R
 
K
P
 
D
A
 
I
V
 
T
A
 
A

Query Sequence

>WP_090662798.1 NCBI__GCF_900101615.1:WP_090662798.1
MSRIIAVVEAGGNPVQAMLAAEALRQAARRGGRDLAVEVRTERGVISPLPASPTADALLL
VGEAAAPAGLAGMQAIHAGIAEVLADPAGVLARLDGGVPAPAAARGQRIVAITSCPTGIA
HTFMAAEGLEGAAKALGHQIRVETQGSVGAQNALTPEEIAAADLVLIAADTQVDLSRFGA
KRVFLSGTKAAINDGQALVTRALAEATEQGGAQATASAAPAAGKRSLSGPYKHLMTGVSF
MLPFTVAGGLLIALAFALGGIYAFDDAHRDTLAGALFQIGGKAALALMVPALGGYIAYSI
ADRPGIAPGMIGGMIAAQLNAGFLGGIVAGFVAGYSVTWLNRALRLPRTLEGLKPVLILP
VLGALITGLALIYVAGGPVAVALAWLTEFLRGMQGSGAILLGLLLGGMMAFDMGGPVNKA
AYAFSTGLLASQVYSPMAAAMVAGMVPPLGLALAAFLFRDRFTPEEREAAPAAGVLGLAF
ISEGAIPFAAKDPLRVIPALVAGSAVAGAISMAVGAELRVPHGGVFVLPIPNAVSQLGGY
VVALLAGTVVTALALRLLKRPAVALA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory