SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_090663360.1 NCBI__GCF_900101615.1:WP_090663360.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6io1B Crystal structure of a novel thermostable (s)-enantioselective omega- transaminase from thermomicrobium roseum (see paper)
40% identity, 98% coverage: 8:443/443 of query aligns to 25:446/448 of 6io1B

query
sites
6io1B
S
 
Q
L
 
L
H
 
R
A
 
R
D
 
E
P
 
G
P
 
P
L
 
L
A
 
V
L
 
L
-
 
V
R
 
R
G
 
G
E
 
E
G
 
G
I
 
V
Y
 
W
L
 
V
Y
 
W
D
 
D
Q
 
A
S
 
E
G
 
G
R
 
K
A
 
R
I
 
Y
I
 
L
D
 
D
G
 
G
S
 
F
G
 
A
G
 
G
A
 
L
A
 
W
V
 
N
A
 
V
C
 
N
L
 
I
G
 
G
H
 
H
G
 
G
H
 
R
P
 
R
R
 
E
V
 
L
I
 
A
E
 
E
A
 
A
I
 
A
K
 
R
A
 
E
Q
 
Q
L
 
M
D
 
E
K
 
R
L
 
V
A
 
A
Y
 
F
A
 
V
H
 
P
T
 
T
A
 
F
L
 
F
-
 
G
F
 
L
S
 
A
C
 
S
E
 
P
S
 
P
A
 
T
E
 
I
E
 
E
L
 
L
A
 
A
D
 
A
I
 
R
M
 
L
V
 
A
G
 
E
H
 
L
R
 
F
P
 
P
G
 
G
G
 
P
L
 
L
T
 
D
H
 
H
A
 
F
Y
 
Q
F
 
F
C
 
T
S
 
S
S
x
G
G
|
G
S
x
A
E
 
E
G
 
S
N
|
N
E
 
E
A
 
T
A
 
A
I
 
I
K
 
K
M
 
I
A
 
A
R
 
R
Q
 
Y
Y
 
Y
F
 
W
L
 
W
E
 
L
I
 
K
G
 
G
Q
 
Q
P
 
P
E
 
E
R
 
R
T
 
V
R
 
K
F
 
I
I
 
L
A
 
S
R
 
R
R
 
R
Q
 
M
S
 
A
Y
|
Y
H
|
H
G
 
G
N
 
I
T
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
A
L
 
L
S
 
S
A
 
A
G
 
T
G
 
G
N
 
V
A
 
P
M
 
A
R
 
Y
R
 
W
A
 
E
P
 
G
Y
 
F
Q
 
G
P
 
P
L
 
R
L
 
-
S
 
P
P
 
P
A
 
G
F
 
F
S
 
I
H
 
H
V
 
L
S
 
T
P
 
A
C
 
P
Y
 
Y
A
 
K
Y
 
Y
R
 
R
D
 
-
R
 
F
A
 
G
E
 
E
G
 
G
E
 
L
S
 
T
D
 
D
E
 
E
Q
 
E
Y
 
F
V
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
L
A
 
V
D
 
Q
E
 
E
L
 
L
E
 
E
A
 
E
E
 
T
F
 
I
Q
 
E
R
 
R
L
 
E
G
 
G
P
 
S
D
 
E
T
 
T
V
 
I
I
 
A
A
 
A
F
 
F
M
 
I
A
 
G
E
 
E
T
 
P
V
 
V
V
 
Q
G
 
G
A
 
A
T
 
G
L
 
-
G
 
G
C
 
V
V
 
V
T
 
V
A
 
P
L
 
P
P
 
D
G
 
G
Y
 
Y
F
 
W
P
 
P
A
 
A
M
 
I
K
 
A
A
 
A
V
 
V
C
 
L
D
 
R
R
 
K
H
 
Y
G
 
G
A
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
I
L
 
L
D
|
D
E
 
E
V
|
V
M
x
I
S
 
T
G
 
G
M
 
F
G
 
G
R
 
R
C
 
T
G
 
G
A
 
T
L
 
L
H
 
F
T
 
G
W
 
M
E
 
Q
Q
 
Q
E
 
Y
G
 
G
V
 
V
T
 
Q
P
 
P
D
 
D
I
 
I
Q
 
V
I
 
T
V
 
F
A
 
A
K
|
K
G
 
G
L
 
I
G
 
T
G
 
S
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
V
P
 
P
I
 
L
G
 
G
G
 
G
I
 
V
L
 
G
V
 
V
H
 
S
G
 
D
R
 
E
V
 
I
I
 
A
E
 
E
G
 
T
L
 
L
T
 
A
G
 
S
G
 
A
T
 
D
G
 
R
A
 
V
F
 
F
M
 
M
H
 
H
G
 
G
H
 
F
T
 
T
Y
 
Y
Q
 
S
A
 
G
H
 
H
P
 
P
V
 
V
A
 
A
C
 
C
A
 
A
A
 
V
A
 
A
V
 
L
A
 
R
V
 
N
Q
 
L
K
 
D
V
 
I
I
 
L
A
 
L
E
 
A
E
 
E
R
 
R
L
 
L
L
 
W
D
 
E
N
 
N
V
 
A
Q
 
A
A
 
A
M
 
S
G
 
G
A
 
A
R
 
Y
L
 
L
E
 
L
Q
 
Q
R
 
E
L
 
L
T
 
-
E
 
K
R
 
R
F
 
L
G
 
E
N
 
E
H
 
R
R
 
P
H
 
Y
V
 
V
G
 
G
D
 
E
I
 
V
R
 
R
G
 
G
R
 
K
G
 
G
L
 
L
F
 
M
W
 
L
A
 
L
I
 
V
E
 
E
L
 
V
V
 
V
E
 
R
D
 
D
R
 
K
A
 
A
G
 
S
K
 
K
S
 
E
V
 
K
F
 
F
D
 
P
P
 
P
A
 
E
L
 
F
K
 
K
L
 
L
N
 
G
E
 
P
R
 
K
V
 
L
K
 
E
M
 
A
Q
 
A
A
 
T
Y
 
R
E
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
I
A
 
I
-
 
V
-
 
R
C
 
C
Y
 
T
P
 
P
M
 
-
G
 
-
G
 
-
T
 
-
I
 
-
D
 
-
G
 
-
R
 
-
R
 
-
G
 
-
D
 
D
H
 
G
A
 
I
I
 
V
L
 
M
A
 
A
P
 
P
P
 
P
Y
 
L
I
 
T
A
 
I
T
 
S
A
 
R
A
 
A
Q
 
E
I
 
C
D
 
D
E
 
V
I
 
L
V
 
I
D
 
-
R
 
-
F
 
-
G
 
-
E
 
E
A
 
G
V
 
V
D
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
S
S
 
D
L
 
V

Sites not aligning to the query:

5kr6B Directed evolution of transaminases by ancestral reconstruction. Using old proteins for new chemistries
37% identity, 96% coverage: 19:443/443 of query aligns to 40:460/460 of 5kr6B

query
sites
5kr6B
G
 
G
E
 
K
G
 
G
I
 
I
Y
 
R
L
 
I
Y
 
Q
D
 
D
Q
 
S
S
 
E
G
 
G
R
 
R
A
 
E
I
 
Y
I
 
I
D
 
D
G
 
A
S
 
F
G
 
A
G
 
G
A
 
L
A
 
Y
V
 
C
A
 
V
C
 
N
L
 
V
G
 
G
H
 
Y
G
 
G
H
 
R
P
 
T
R
 
E
V
 
I
I
 
A
E
 
D
A
 
A
I
 
I
K
 
Y
A
 
E
Q
 
Q
L
 
A
D
 
K
K
 
E
L
 
L
A
 
A
Y
 
Y
A
 
Y
H
 
H
T
 
T
A
 
Y
L
 
V
-
 
G
F
 
H
S
 
S
C
 
N
E
 
E
S
 
P
A
 
I
E
 
I
E
 
E
L
 
L
A
 
S
D
 
E
-
 
R
I
 
I
M
 
I
V
 
R
G
 
E
H
 
W
R
 
A
P
 
P
G
 
A
G
 
G
L
 
M
T
 
S
H
 
K
A
 
V
Y
 
Y
F
 
Y
C
 
G
S
 
M
S
|
S
G
|
G
S
|
S
E
 
D
G
 
A
N
 
N
E
 
E
A
 
T
A
 
Q
I
 
I
K
 
K
M
 
L
A
 
V
R
 
W
Q
 
Y
Y
 
Y
F
 
N
L
 
N
E
 
V
I
 
L
G
 
G
Q
 
R
P
 
P
E
 
Q
R
 
K
T
 
K
R
 
K
F
 
I
I
 
I
A
 
S
R
 
R
R
 
Q
Q
 
R
S
 
G
Y
|
Y
H
|
H
G
|
G
N
 
S
T
 
G
L
 
I
G
 
M
A
 
T
L
 
G
S
 
S
A
 
L
G
 
T
G
 
G
N
 
L
A
 
P
M
 
A
R
 
F
R
 
H
A
 
N
P
 
H
Y
 
F
Q
 
D
P
 
L
L
 
P
L
 
L
S
 
E
P
 
P
A
 
I
F
 
R
S
 
H
H
 
T
V
 
T
S
 
C
P
 
P
C
 
H
Y
 
Y
A
 
-
Y
 
Y
R
 
R
D
 
A
R
 
P
A
 
A
E
 
-
G
 
G
E
 
M
S
 
S
D
 
E
E
 
A
Q
 
E
Y
 
F
V
 
S
A
 
R
R
 
H
L
 
C
A
 
A
D
 
D
E
 
E
L
 
L
E
 
E
A
 
K
E
 
M
F
 
I
Q
 
L
R
 
A
L
 
E
G
 
G
P
 
P
D
 
D
T
 
T
V
 
V
I
 
A
A
 
A
F
 
F
M
 
I
A
 
G
E
|
E
T
 
P
V
 
V
V
 
M
G
 
G
A
 
-
T
 
T
L
 
G
G
 
G
C
 
I
V
 
V
T
 
P
A
 
P
L
 
P
P
 
E
G
 
G
Y
 
Y
F
 
W
P
 
E
A
 
A
M
 
I
K
 
Q
A
 
A
V
 
V
C
 
L
D
 
N
R
 
K
H
 
Y
G
 
D
A
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
I
L
 
A
D
|
D
E
 
E
V
|
V
M
 
V
S
 
C
G
 
G
M
 
F
G
 
G
R
 
R
C
 
T
G
 
G
A
 
S
L
 
M
H
 
F
T
 
G
W
 
S
E
 
H
Q
 
H
E
 
Y
G
 
G
V
 
M
T
 
K
P
 
P
D
 
D
I
 
L
Q
 
I
I
 
T
V
 
V
A
 
A
K
|
K
G
 
G
L
 
L
G
 
T
G
 
S
G
 
A
Y
 
Y
Q
 
A
P
 
P
I
 
L
G
 
S
G
 
G
I
 
V
L
 
I
V
 
V
H
 
G
G
 
E
R
 
K
V
 
V
I
 
W
E
 
K
G
 
V
L
 
L
T
 
E
G
 
Q
G
 
G
T
 
S
-
 
D
-
 
Q
-
 
Y
G
 
G
A
 
P
F
 
I
M
 
G
H
 
H
G
 
G
H
 
W
T
 
T
Y
 
Y
Q
 
S
A
 
G
H
 
H
P
 
P
V
 
I
A
 
C
C
 
A
A
 
A
A
 
A
A
 
A
V
 
L
A
 
A
V
 
N
Q
 
L
K
 
D
V
 
I
I
 
I
A
 
E
E
 
R
E
 
E
R
 
N
L
 
L
L
 
T
D
 
G
N
 
N
V
 
A
Q
 
A
A
 
D
M
 
T
G
 
G
A
 
A
R
 
Y
L
 
F
E
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
L
 
M
T
 
R
E
 
E
R
 
T
F
 
F
G
 
G
N
 
D
H
 
H
R
 
P
H
 
L
V
 
V
G
 
G
D
 
E
I
 
V
R
 
R
G
 
G
R
 
V
G
 
G
L
 
L
F
 
M
W
 
A
A
 
A
I
 
L
E
 
E
L
 
F
V
 
V
E
 
A
D
 
D
R
 
K
A
 
D
G
 
K
K
 
R
S
 
T
V
 
R
F
 
F
D
 
D
P
 
P
A
 
S
L
 
L
K
 
K
L
 
V
N
 
G
E
 
P
R
 
R
V
 
V
K
 
S
M
 
A
Q
 
A
A
 
C
Y
 
L
E
 
E
R
 
D
G
 
G
L
 
M
A
 
I
C
 
A
Y
 
R
P
 
A
M
 
M
G
 
-
G
 
-
T
 
-
I
 
-
D
 
-
G
 
-
R
 
P
R
 
H
G
 
G
D
 
D
H
 
I
A
 
L
I
 
G
L
 
F
A
 
A
P
 
P
P
 
P
Y
 
L
I
 
V
A
 
I
T
 
T
A
 
R
A
 
A
Q
 
E
I
 
V
D
 
D
E
 
E
I
 
I
V
 
V
D
 
D
R
 
I
F
 
A
G
 
K
E
 
Q
A
 
A
V
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
V
L
 
A
A
 
D
S
 
E
L
 
L

5lhaA Amine transaminase crystal structure from an uncultivated pseudomonas species in the pmp-bound form
37% identity, 93% coverage: 10:421/443 of query aligns to 21:428/447 of 5lhaA

query
sites
5lhaA
H
 
H
A
 
R
D
 
D
P
 
K
P
 
T
L
 
L
A
 
V
L
 
I
-
 
A
R
 
R
G
 
G
E
 
D
G
 
G
I
 
N
Y
 
Y
L
 
I
Y
 
T
D
 
D
Q
 
I
S
 
D
G
 
G
R
 
Q
A
 
R
I
 
M
I
 
L
D
 
D
G
 
G
S
 
V
G
 
G
G
 
G
A
 
L
A
 
W
V
 
N
A
 
V
C
 
N
L
 
I
G
 
G
H
 
H
G
 
N
H
 
R
P
 
A
R
 
S
V
 
V
I
 
K
E
 
A
A
 
A
I
 
I
K
 
A
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
D
 
D
K
 
E
L
 
L
A
 
A
Y
 
Y
-
 
Y
-
 
Q
-
 
T
-
 
F
-
 
D
-
 
G
-
 
I
A
 
A
H
 
H
T
 
P
A
 
R
L
 
V
F
 
F
S
 
-
C
 
-
E
 
D
S
 
L
A
 
A
E
 
E
E
 
R
L
 
L
A
 
T
D
 
G
I
 
M
M
 
F
V
 
A
G
 
Q
H
 
E
R
 
R
P
 
-
G
 
-
G
 
-
L
 
M
T
 
A
H
 
R
A
 
V
Y
 
L
F
 
F
C
 
S
S
 
S
S
 
G
G
|
G
S
|
S
E
 
D
G
 
A
N
 
V
E
 
E
A
 
T
A
 
A
I
 
L
K
 
K
M
 
M
A
 
A
R
 
R
Q
 
Q
Y
 
Y
F
 
W
L
 
I
E
 
A
I
 
S
G
 
G
Q
 
E
P
 
P
E
 
G
R
 
R
T
 
T
R
 
R
F
 
F
I
 
L
A
 
S
R
 
L
R
 
R
Q
 
N
S
 
G
Y
|
Y
H
|
H
G
|
G
N
 
V
T
 
H
L
 
M
G
 
G
A
 
G
L
 
T
S
 
S
A
 
V
G
 
G
G
 
G
N
 
N
A
 
G
M
 
V
R
 
Y
R
 
H
A
 
Y
P
 
N
Y
 
H
Q
 
G
P
 
Q
L
 
L
L
 
L
S
 
A
P
 
G
A
 
C
F
 
H
S
 
L
H
 
L
V
 
D
S
 
T
P
 
P
C
 
-
Y
 
W
A
 
L
Y
 
Y
R
 
R
D
 
N
R
 
P
A
 
W
E
 
D
G
 
C
E
 
R
S
 
D
D
 
P
E
 
Q
Q
 
A
Y
 
L
V
 
T
A
 
A
R
 
H
L
 
C
A
 
I
D
 
R
E
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
E
E
 
Q
F
 
I
Q
 
A
R
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
A
D
 
Q
T
 
T
V
 
I
I
 
A
A
 
A
F
 
L
M
 
I
A
 
A
E
|
E
T
 
P
V
 
V
V
 
Q
G
 
G
A
 
A
T
 
G
L
 
-
G
 
G
C
 
V
V
 
I
T
 
V
A
 
P
L
 
P
P
 
A
G
 
D
Y
 
Y
F
 
W
P
 
P
A
 
R
M
 
L
K
 
R
A
 
E
V
 
V
C
 
C
D
 
D
R
 
R
H
 
H
G
 
G
A
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
I
L
 
A
D
|
D
E
 
E
V
 
V
M
 
V
S
 
T
G
 
G
M
 
F
G
 
G
R
 
R
C
 
S
G
 
G
A
 
C
L
 
M
H
 
L
T
 
G
W
 
S
E
 
R
Q
 
G
E
 
W
G
 
G
V
 
V
T
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
Q
 
L
I
 
C
V
 
L
A
 
A
K
|
K
G
 
G
L
 
I
G
 
T
G
 
A
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
I
P
 
P
I
 
L
G
 
G
G
 
A
I
 
T
L
 
L
V
 
F
H
 
N
G
 
Q
R
 
R
V
 
I
I
 
A
E
 
D
G
 
A
L
 
I
T
 
E
G
 
N
G
 
G
T
 
Q
G
 
G
-
 
F
-
 
S
-
 
H
A
 
M
F
 
I
M
 
M
H
 
H
G
 
G
H
x
Y
T
|
T
Y
 
Y
Q
 
S
A
 
G
H
 
H
P
 
P
V
 
T
A
 
A
C
 
C
A
 
A
A
 
A
A
 
A
V
 
L
A
 
A
V
 
V
Q
 
L
K
 
D
V
 
I
I
 
V
A
 
E
E
 
A
E
 
E
R
 
D
L
 
L
L
 
P
D
 
G
N
 
N
V
 
A
Q
 
A
A
 
K
M
 
V
G
 
G
A
 
A
R
 
Q
L
 
L
E
 
L
Q
 
E
R
 
Q
L
 
L
T
 
Q
E
 
P
R
 
L
F
 
V
G
 
E
N
 
R
H
 
Y
R
 
A
H
 
V
V
 
V
G
 
G
D
 
E
I
 
V
R
 
R
G
 
G
R
 
K
G
 
G
L
 
L
F
 
M
W
 
I
A
 
A
I
 
L
E
 
D
L
 
L
V
 
V
E
 
S
D
 
D
R
 
K
A
 
R
G
 
T
K
 
R
S
 
Q
V
 
P
F
 
L
D
 
D
P
 
P
A
 
A
L
 
A
K
 
G
L
 
Q
N
 
P
E
 
S
R
 
R
V
 
I
K
 
A
M
 
D
Q
 
E
A
 
A
Y
 
R
E
 
R
R
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
L
C
 
V
Y
 
R
P
 
P
M
 
I
G
 
G
G
 
N
T
 
K
I
 
I
D
 
-
G
 
-
R
 
-
R
 
-
G
 
-
D
 
-
H
 
-
A
 
-
I
 
I
L
 
L
A
 
S
P
 
P
P
 
P
Y
 
L
I
 
T
A
 
L
T
 
T

5lh9D Amine transaminase crystal structure from an uncultivated pseudomonas species in the plp-bound (internal aldimine) form
37% identity, 93% coverage: 10:421/443 of query aligns to 23:430/449 of 5lh9D

query
sites
5lh9D
H
 
H
A
 
R
D
 
D
P
 
K
P
 
T
L
 
L
A
 
V
L
 
I
-
 
A
R
 
R
G
 
G
E
 
D
G
 
G
I
 
N
Y
 
Y
L
 
I
Y
 
T
D
 
D
Q
 
I
S
 
D
G
 
G
R
 
Q
A
 
R
I
 
M
I
 
L
D
 
D
G
 
G
S
 
V
G
 
G
G
 
G
A
 
L
A
 
W
V
 
N
A
 
V
C
 
N
L
 
I
G
 
G
H
 
H
G
 
N
H
 
R
P
 
A
R
 
S
V
 
V
I
 
K
E
 
A
A
 
A
I
 
I
K
 
A
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
D
 
D
K
 
E
L
 
L
A
 
A
Y
 
Y
-
 
Y
-
 
Q
-
 
T
-
 
F
-
 
D
-
 
G
-
 
I
A
 
A
H
 
H
T
 
P
A
 
R
L
 
V
F
 
F
S
 
-
C
 
-
E
 
D
S
 
L
A
 
A
E
 
E
E
 
R
L
 
L
A
 
T
D
 
G
I
 
M
M
 
F
V
 
A
G
 
Q
H
 
E
R
 
R
P
 
-
G
 
-
G
 
-
L
 
M
T
 
A
H
 
R
A
 
V
Y
 
L
F
 
F
C
 
S
S
 
S
S
 
G
G
|
G
S
|
S
E
 
D
G
 
A
N
 
V
E
 
E
A
 
T
A
 
A
I
 
L
K
 
K
M
 
M
A
 
A
R
 
R
Q
 
Q
Y
 
Y
F
 
W
L
 
I
E
 
A
I
 
S
G
 
G
Q
 
E
P
 
P
E
 
G
R
 
R
T
 
T
R
 
R
F
 
F
I
 
L
A
 
S
R
 
L
R
 
R
Q
 
N
S
 
G
Y
|
Y
H
|
H
G
|
G
N
 
V
T
 
H
L
 
M
G
 
G
A
 
G
L
 
T
S
 
S
A
 
V
G
 
G
G
 
G
N
 
N
A
 
G
M
 
V
R
 
Y
R
 
H
A
 
Y
P
 
N
Y
 
H
Q
 
G
P
 
Q
L
 
L
L
 
L
S
 
A
P
 
G
A
 
C
F
 
H
S
 
L
H
 
L
V
 
D
S
 
T
P
 
P
C
 
-
Y
 
W
A
 
L
Y
 
Y
R
 
R
D
 
N
R
 
P
A
 
W
E
 
D
G
 
C
E
 
R
S
 
D
D
 
P
E
 
Q
Q
 
A
Y
 
L
V
 
T
A
 
A
R
 
H
L
 
C
A
 
I
D
 
R
E
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
E
E
 
Q
F
 
I
Q
 
A
R
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
A
D
 
Q
T
 
T
V
 
I
I
 
A
A
 
A
F
 
L
M
 
I
A
 
A
E
|
E
T
 
P
V
 
V
V
 
Q
G
 
G
A
 
A
T
 
G
L
 
-
G
 
G
C
 
V
V
 
I
T
 
V
A
 
P
L
 
P
P
 
A
G
 
D
Y
 
Y
F
 
W
P
 
P
A
 
R
M
 
L
K
 
R
A
 
E
V
 
V
C
 
C
D
 
D
R
 
R
H
 
H
G
 
G
A
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
I
L
 
A
D
|
D
E
 
E
V
|
V
M
 
V
S
 
T
G
 
G
M
 
F
G
 
G
R
 
R
C
 
S
G
 
G
A
 
C
L
 
M
H
 
L
T
 
G
W
 
S
E
 
R
Q
 
G
E
 
W
G
 
G
V
 
V
T
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
Q
 
L
I
 
C
V
 
L
A
 
A
K
|
K
G
 
G
L
 
I
G
 
T
G
 
A
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
I
P
 
P
I
 
L
G
 
G
G
 
A
I
 
T
L
 
L
V
 
F
H
 
N
G
 
Q
R
 
R
V
 
I
I
 
A
E
 
D
G
 
A
L
 
I
T
 
E
G
 
N
G
 
G
T
 
Q
G
 
G
-
 
F
-
 
S
-
 
H
A
 
M
F
 
I
M
 
M
H
 
H
G
 
G
H
 
Y
T
|
T
Y
 
Y
Q
 
S
A
 
G
H
 
H
P
 
P
V
 
T
A
 
A
C
 
C
A
 
A
A
 
A
A
 
A
V
 
L
A
 
A
V
 
V
Q
 
L
K
 
D
V
 
I
I
 
V
A
 
E
E
 
A
E
 
E
R
 
D
L
 
L
L
 
P
D
 
G
N
 
N
V
 
A
Q
 
A
A
 
K
M
 
V
G
 
G
A
 
A
R
 
Q
L
 
L
E
 
L
Q
 
E
R
 
Q
L
 
L
T
 
Q
E
 
P
R
 
L
F
 
V
G
 
E
N
 
R
H
 
Y
R
 
A
H
 
V
V
 
V
G
 
G
D
 
E
I
 
V
R
 
R
G
 
G
R
 
K
G
 
G
L
 
L
F
 
M
W
 
I
A
 
A
I
 
L
E
 
D
L
 
L
V
 
V
E
 
S
D
 
D
R
 
K
A
 
R
G
 
T
K
 
R
S
 
Q
V
 
P
F
 
L
D
 
D
P
 
P
A
 
A
L
 
A
K
 
G
L
 
Q
N
 
P
E
 
S
R
 
R
V
 
I
K
 
A
M
 
D
Q
 
E
A
 
A
Y
 
R
E
 
R
R
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
L
C
 
V
Y
 
R
P
 
P
M
 
I
G
 
G
G
 
N
T
 
K
I
 
I
D
 
-
G
 
-
R
 
-
R
 
-
G
 
-
D
 
-
H
 
-
A
 
-
I
 
I
L
 
L
A
 
S
P
 
P
P
 
P
Y
 
L
I
 
T
A
 
L
T
 
T

6s54A Transaminase from pseudomonas fluorescens (see paper)
34% identity, 98% coverage: 3:438/443 of query aligns to 15:450/453 of 6s54A

query
sites
6s54A
H
 
H
L
 
M
V
 
M
H
 
H
-
 
P
-
x
M
-
 
Q
-
 
D
-
 
P
R
 
K
S
 
A
L
 
L
H
 
H
A
 
E
D
 
Q
P
 
R
P
 
P
L
 
L
A
 
I
L
 
I
R
 
Q
-
 
S
G
 
G
E
 
K
G
 
G
I
 
V
Y
 
H
L
 
I
Y
 
T
D
 
D
Q
 
V
S
 
D
G
 
G
R
 
R
A
 
R
I
 
F
I
 
I
D
 
D
G
 
C
S
 
Q
G
 
G
G
 
G
A
 
L
A
 
W
V
 
C
A
 
V
C
 
N
L
 
A
G
 
G
H
 
Y
G
 
G
H
 
R
P
 
R
R
 
E
V
 
I
I
 
I
E
 
D
A
 
A
I
 
V
K
 
T
A
 
R
Q
 
Q
L
 
M
D
 
E
K
 
E
L
 
L
A
 
A
Y
 
Y
A
 
-
H
 
-
T
 
Y
A
 
S
L
 
L
F
 
F
S
 
P
C
 
G
E
 
S
S
 
T
-
 
N
-
 
A
-
 
P
-
 
A
-
 
I
-
 
A
-
 
L
A
 
S
E
 
Q
E
 
K
L
 
L
A
 
T
D
 
E
I
 
V
M
 
A
V
 
A
G
 
E
H
 
E
R
 
-
P
 
-
G
 
-
G
 
G
L
 
M
T
 
V
H
 
K
A
 
A
Y
 
S
F
 
F
C
 
G
S
 
L
S
 
G
G
|
G
S
|
S
E
 
D
G
 
A
N
 
V
E
 
E
A
 
T
A
 
A
I
 
L
K
 
K
M
 
I
A
 
A
R
 
R
Q
 
Q
Y
 
Y
F
 
W
L
 
K
E
 
L
I
 
E
G
 
G
Q
 
Q
P
 
P
E
 
D
R
 
K
T
 
V
R
 
K
F
 
F
I
 
V
A
 
S
R
 
L
R
 
Y
Q
 
N
S
 
G
Y
|
Y
H
|
H
G
|
G
N
 
L
T
 
N
L
 
F
G
 
G
A
 
G
L
 
M
S
 
S
A
 
A
G
 
C
G
 
G
N
 
G
A
 
N
M
 
A
R
 
W
R
 
K
A
 
S
P
 
S
Y
 
Y
Q
 
E
P
 
P
L
 
L
L
 
M
S
 
-
P
 
P
A
 
G
F
 
F
S
 
F
H
 
Q
V
 
V
S
 
E
P
 
S
C
 
P
Y
 
H
A
 
L
Y
 
Y
R
 
R
D
 
N
R
 
P
A
 
F
E
 
T
G
 
N
E
 
D
S
 
P
D
 
-
E
 
E
Q
 
E
Y
 
L
V
 
A
A
 
E
R
 
I
L
 
C
A
 
A
D
 
Q
E
 
I
L
 
L
E
 
E
A
 
R
E
 
Q
F
 
I
Q
 
E
R
 
M
L
 
Q
G
 
A
P
 
P
D
 
G
T
 
T
V
 
V
I
 
A
A
 
A
F
 
L
M
 
I
A
 
A
E
|
E
T
 
P
V
 
I
V
 
Q
G
 
G
A
 
A
T
 
G
L
 
-
G
 
G
C
 
V
V
 
I
T
 
V
A
 
P
L
 
P
P
 
A
G
 
S
Y
 
Y
F
 
W
P
 
P
A
 
R
M
 
L
K
 
R
A
 
Q
V
 
I
C
 
C
D
 
D
R
 
K
H
 
Y
G
 
D
A
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
I
L
 
A
D
|
D
E
 
E
V
|
V
M
x
I
S
 
T
G
 
G
M
 
L
G
 
G
R
 
R
C
 
S
G
 
G
A
 
S
L
 
L
H
 
F
T
 
G
W
 
S
E
 
R
Q
 
G
E
 
W
G
 
G
V
 
V
T
 
K
P
 
P
D
 
D
I
 
I
Q
 
M
I
 
C
V
 
L
A
 
A
K
|
K
G
 
G
L
 
I
G
 
S
G
 
S
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
V
P
 
P
I
 
L
G
 
S
G
 
A
I
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
N
G
 
S
R
 
R
V
 
V
-
 
A
-
 
R
-
 
A
I
 
W
E
 
E
G
 
R
L
 
D
T
 
A
G
 
G
G
 
F
T
 
T
G
 
S
A
 
V
F
 
Y
M
 
M
H
 
H
G
 
G
H
 
Y
T
 
T
Y
 
Y
Q
 
S
A
 
G
H
 
H
P
 
P
V
 
V
A
 
S
C
 
C
A
 
A
A
 
A
A
 
A
V
 
L
A
 
A
V
 
A
Q
 
I
K
 
D
V
 
I
I
 
V
A
 
L
E
 
Q
E
 
E
R
 
N
L
 
L
L
 
A
D
 
E
N
 
N
V
 
A
Q
 
R
A
 
V
M
 
V
G
 
G
A
 
D
R
 
Y
L
 
F
E
 
L
Q
 
E
R
 
K
L
 
L
T
 
L
E
 
I
R
 
L
F
 
K
G
 
D
N
 
K
H
 
H
R
 
R
H
 
A
V
 
I
G
 
G
D
 
D
I
 
V
R
 
R
G
 
G
R
 
K
G
 
G
L
 
L
F
 
M
W
 
L
A
 
A
I
 
V
E
 
E
L
 
L
V
 
V
E
 
K
D
 
E
R
 
R
A
 
A
G
 
T
K
 
K
S
 
E
V
 
P
F
 
F
D
 
G
P
 
P
A
 
A
L
 
-
K
 
-
L
 
-
N
 
-
E
 
-
R
 
-
V
 
-
K
 
-
M
 
-
Q
 
D
A
 
A
Y
 
Y
E
 
P
R
 
L
G
 
A
L
 
I
-
 
S
-
 
E
A
 
A
C
 
C
Y
 
V
P
 
N
M
 
N
G
 
G
G
 
V
T
 
M
I
 
I
D
 
R
G
 
T
R
 
I
R
 
V
G
 
-
D
 
N
H
 
K
A
 
L
I
 
I
L
 
I
A
 
S
P
 
P
P
 
P
Y
 
L
I
 
T
A
 
F
T
 
T
A
 
T
A
 
E
Q
 
H
I
 
V
D
 
D
E
 
E
I
 
V
V
 
I
D
 
E
R
 
V
F
 
L
G
 
D
E
 
R
A
 
A
V
 
F
D
 
V
A
 
A

6g4fA Crystal structure of the omega transaminase from pseudomonas jessenii in complex with pmp (see paper)
36% identity, 96% coverage: 13:437/443 of query aligns to 26:443/451 of 6g4fA

query
sites
6g4fA
P
 
P
P
 
L
L
 
I
A
 
I
L
 
E
R
 
R
G
 
G
E
 
E
G
 
G
I
 
I
Y
 
Y
L
 
V
Y
 
Y
D
 
D
Q
 
D
S
 
Q
G
 
G
R
 
K
A
 
G
I
 
Y
I
 
I
D
 
E
G
 
A
S
 
M
G
 
A
G
 
G
A
 
L
A
 
W
V
 
S
A
 
A
C
 
A
L
 
L
G
 
G
H
 
F
G
 
S
H
 
N
P
 
Q
R
 
R
V
 
L
I
 
I
E
 
K
A
 
A
I
 
A
K
 
E
A
 
Q
Q
 
Q
L
 
F
D
 
N
K
 
T
L
 
L
A
 
P
Y
 
F
A
 
Y
H
 
H
T
 
-
A
 
-
L
 
L
F
 
F
S
 
S
C
 
H
E
 
K
S
 
S
-
 
H
-
 
R
-
 
P
A
 
S
E
 
I
E
 
E
L
 
L
A
 
A
D
 
E
I
 
K
M
 
L
V
 
I
G
 
E
H
 
M
R
 
A
P
 
P
G
 
V
G
 
P
L
 
M
T
 
S
H
 
K
A
 
V
Y
 
F
F
 
F
C
 
T
S
 
N
S
|
S
G
|
G
S
|
S
E
 
E
G
 
A
N
 
N
E
 
D
A
 
T
A
 
V
I
 
V
K
 
K
M
 
M
A
 
V
R
 
W
Q
 
Y
Y
 
L
F
 
N
L
 
N
E
 
A
I
 
L
G
 
G
Q
 
K
P
 
P
E
 
A
R
 
K
T
 
K
R
 
K
F
 
F
I
 
I
A
 
S
R
 
R
R
 
V
Q
 
N
S
 
G
Y
|
Y
H
|
H
G
 
G
N
 
I
T
 
T
L
 
V
G
 
A
A
 
S
L
 
A
S
 
S
A
 
L
G
 
T
G
 
G
-
 
L
N
 
P
A
 
G
M
 
N
R
 
Q
R
 
R
A
 
G
P
 
F
Y
 
D
Q
 
L
P
 
P
L
 
L
L
 
-
S
 
-
P
 
P
A
 
G
F
 
F
S
 
L
H
 
H
V
 
V
S
 
G
P
 
C
C
 
P
Y
 
H
A
 
H
Y
 
Y
R
 
R
D
 
F
R
 
A
A
 
L
E
 
A
G
 
G
E
 
E
S
 
S
D
 
E
E
 
E
Q
 
H
Y
 
F
V
 
A
A
 
D
R
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
V
E
 
E
L
 
L
E
 
E
A
 
Q
E
 
K
F
 
I
Q
 
L
R
 
A
L
 
E
G
 
G
P
 
P
D
 
E
T
 
T
V
 
I
I
 
A
A
 
A
F
 
F
M
 
I
A
 
G
E
|
E
T
 
P
V
 
L
V
 
M
G
 
G
A
 
A
T
 
G
L
 
-
G
 
G
C
 
V
V
 
I
T
 
V
A
 
P
L
 
P
P
 
R
G
 
T
Y
 
Y
F
 
W
P
 
E
A
 
K
M
 
I
K
 
Q
A
 
K
V
 
V
C
 
C
D
 
R
R
 
K
H
 
Y
G
 
D
A
 
I
L
 
L
L
 
V
I
 
I
L
 
A
D
|
D
E
 
E
V
|
V
M
x
I
S
 
C
G
 
G
M
 
F
G
 
G
R
 
R
C
 
T
G
 
G
A
 
Q
L
 
M
H
 
F
T
 
G
W
 
S
E
 
Q
Q
 
T
E
 
F
G
 
G
V
 
I
T
 
Q
P
 
P
D
 
D
I
 
I
Q
 
M
I
 
V
V
 
L
A
 
S
K
|
K
G
 
Q
L
 
L
G
 
S
G
 
S
G
 
S
Y
 
Y
Q
 
Q
P
 
P
I
 
I
G
 
A
G
 
A
I
 
I
L
 
L
V
 
I
H
 
N
G
 
A
R
 
P
V
 
V
I
 
F
E
 
E
G
 
G
L
 
I
-
 
A
-
 
D
-
 
Q
T
 
S
G
 
Q
G
 
A
T
 
L
G
 
G
A
 
A
F
 
L
M
 
G
H
 
H
G
 
G
H
 
F
T
 
T
Y
 
G
Q
 
S
A
 
G
H
 
H
P
 
P
V
 
V
A
 
A
C
 
T
A
 
A
A
 
V
A
 
A
V
 
L
A
 
E
V
 
N
Q
 
L
K
 
K
V
 
I
I
 
I
A
 
E
E
 
E
E
 
E
R
 
S
L
 
L
L
 
V
D
 
E
N
 
H
V
 
A
Q
 
A
A
 
Q
M
 
M
G
 
G
A
 
Q
R
 
L
L
 
L
E
 
R
Q
 
S
R
 
G
L
 
L
T
 
-
E
 
Q
R
 
H
F
 
F
G
 
I
N
 
D
H
 
H
R
 
P
H
 
L
V
 
V
G
 
G
D
 
E
I
 
I
R
 
R
G
 
G
R
 
C
G
 
G
L
 
L
F
 
I
W
 
A
A
 
A
I
 
V
E
 
E
L
 
L
V
 
V
E
 
G
D
 
D
R
 
R
A
 
V
G
 
S
K
 
K
S
 
A
V
 
P
F
 
Y
D
 
Q
P
 
A
A
 
L
L
 
G
K
 
T
L
 
L
N
 
G
E
 
R
R
 
Y
V
 
M
K
 
A
M
 
G
Q
 
R
A
 
A
Y
 
Q
E
 
E
R
 
H
G
 
G
L
 
M
A
 
I
C
 
T
Y
 
R
P
 
A
M
 
M
G
 
-
G
 
-
T
 
-
I
 
-
D
 
-
G
 
-
R
 
-
R
 
-
G
 
G
D
 
D
H
 
A
A
 
V
I
 
A
L
 
F
A
 
C
P
 
P
P
 
P
Y
 
L
I
 
I
A
 
V
T
 
N
A
 
E
A
 
Q
Q
 
E
I
 
V
D
 
G
E
 
M
I
 
I
V
 
V
D
 
E
R
 
R
F
 
F
G
 
A
E
 
R
A
 
A
V
 
L
D
 
D

Sites not aligning to the query:

6g4eA Crystal structure of the omega transaminase from pseudomonas jessenii in complex with plp and 6-aminohexanoate (6-aca) (see paper)
36% identity, 96% coverage: 13:437/443 of query aligns to 26:443/451 of 6g4eA

query
sites
6g4eA
P
 
P
P
 
L
L
 
I
A
 
I
L
 
E
R
 
R
G
 
G
E
 
E
G
 
G
I
 
I
Y
 
Y
L
 
V
Y
 
Y
D
 
D
Q
 
D
S
 
Q
G
 
G
R
 
K
A
 
G
I
 
Y
I
 
I
D
 
E
G
 
A
S
 
M
G
 
A
G
 
G
A
 
L
A
 
W
V
 
S
A
 
A
C
 
A
L
 
L
G
 
G
H
 
F
G
 
S
H
 
N
P
 
Q
R
 
R
V
 
L
I
 
I
E
 
K
A
 
A
I
 
A
K
 
E
A
 
Q
Q
 
Q
L
 
F
D
 
N
K
 
T
L
 
L
A
 
P
Y
 
F
A
 
Y
H
 
H
T
 
-
A
 
-
L
 
L
F
 
F
S
 
S
C
 
H
E
 
K
S
 
S
-
 
H
-
 
R
-
 
P
A
 
S
E
 
I
E
 
E
L
 
L
A
 
A
D
 
E
I
 
K
M
 
L
V
 
I
G
 
E
H
 
M
R
 
A
P
 
P
G
 
V
G
 
P
L
 
M
T
 
S
H
 
K
A
 
V
Y
 
F
F
 
F
C
 
T
S
 
N
S
|
S
G
|
G
S
|
S
E
 
E
G
 
A
N
 
N
E
 
D
A
 
T
A
 
V
I
 
V
K
 
K
M
 
M
A
 
V
R
 
W
Q
 
Y
Y
 
L
F
 
N
L
 
N
E
 
A
I
 
L
G
 
G
Q
 
K
P
 
P
E
 
A
R
 
K
T
 
K
R
 
K
F
 
F
I
 
I
A
 
S
R
 
R
R
 
V
Q
 
N
S
 
G
Y
|
Y
H
|
H
G
 
G
N
 
I
T
 
T
L
 
V
G
 
A
A
 
S
L
 
A
S
 
S
A
 
L
G
 
T
G
 
G
-
 
L
N
 
P
A
 
G
M
 
N
R
 
Q
R
 
R
A
 
G
P
 
F
Y
 
D
Q
 
L
P
 
P
L
 
L
L
 
-
S
 
-
P
 
P
A
 
G
F
 
F
S
 
L
H
 
H
V
 
V
S
 
G
P
 
C
C
 
P
Y
 
H
A
 
H
Y
 
Y
R
 
R
D
 
F
R
 
A
A
 
L
E
 
A
G
 
G
E
 
E
S
 
S
D
 
E
E
 
E
Q
 
H
Y
 
F
V
 
A
A
 
D
R
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
V
E
 
E
L
 
L
E
 
E
A
 
Q
E
 
K
F
 
I
Q
 
L
R
 
A
L
 
E
G
 
G
P
 
P
D
 
E
T
 
T
V
 
I
I
 
A
A
 
A
F
 
F
M
 
I
A
 
G
E
|
E
T
 
P
V
 
L
V
 
M
G
 
G
A
 
A
T
 
G
L
 
-
G
 
G
C
 
V
V
 
I
T
 
V
A
 
P
L
 
P
P
 
R
G
 
T
Y
 
Y
F
 
W
P
 
E
A
 
K
M
 
I
K
 
Q
A
 
K
V
 
V
C
 
C
D
 
R
R
 
K
H
 
Y
G
 
D
A
 
I
L
 
L
L
 
V
I
 
I
L
 
A
D
|
D
E
 
E
V
|
V
M
x
I
S
 
C
G
 
G
M
 
F
G
 
G
R
 
R
C
 
T
G
 
G
A
 
Q
L
 
M
H
 
F
T
 
G
W
 
S
E
 
Q
Q
 
T
E
 
F
G
 
G
V
 
I
T
 
Q
P
 
P
D
 
D
I
 
I
Q
 
M
I
 
V
V
 
L
A
 
S
K
|
K
G
 
Q
L
 
L
G
 
S
G
 
S
G
 
S
Y
 
Y
Q
 
Q
P
 
P
I
 
I
G
 
A
G
 
A
I
 
I
L
 
L
V
 
I
H
 
N
G
 
A
R
 
P
V
 
V
I
 
F
E
 
E
G
 
G
L
 
I
-
 
A
-
 
D
-
 
Q
T
 
S
G
 
Q
G
 
A
T
 
L
G
 
G
A
 
A
F
 
L
M
 
G
H
 
H
G
 
G
H
 
F
T
 
T
Y
 
G
Q
 
S
A
 
G
H
 
H
P
 
P
V
 
V
A
 
A
C
 
T
A
 
A
A
 
V
A
 
A
V
 
L
A
 
E
V
 
N
Q
 
L
K
 
K
V
 
I
I
 
I
A
 
E
E
 
E
E
 
E
R
 
S
L
 
L
L
 
V
D
 
E
N
 
H
V
 
A
Q
 
A
A
 
Q
M
 
M
G
 
G
A
 
Q
R
 
L
L
 
L
E
 
R
Q
 
S
R
 
G
L
 
L
T
 
-
E
 
Q
R
 
H
F
 
F
G
 
I
N
 
D
H
 
H
R
 
P
H
 
L
V
 
V
G
 
G
D
 
E
I
 
I
R
 
R
G
 
G
R
 
C
G
 
G
L
 
L
F
 
I
W
 
A
A
 
A
I
 
V
E
 
E
L
 
L
V
 
V
E
 
G
D
 
D
R
 
R
A
 
V
G
 
S
K
 
K
S
 
A
V
 
P
F
 
Y
D
 
Q
P
 
A
A
 
L
L
 
G
K
 
T
L
 
L
N
 
G
E
 
R
R
 
Y
V
 
M
K
 
A
M
 
G
Q
 
R
A
 
A
Y
 
Q
E
 
E
R
 
H
G
 
G
L
 
M
A
 
I
C
 
T
Y
x
R
P
 
A
M
|
M
G
 
-
G
 
-
T
 
-
I
 
-
D
 
-
G
 
-
R
 
-
R
 
-
G
 
G
D
 
D
H
 
A
A
 
V
I
 
A
L
 
F
A
 
C
P
 
P
P
 
P
Y
 
L
I
 
I
A
 
V
T
 
N
A
 
E
A
 
Q
Q
 
E
I
 
V
D
 
G
E
 
M
I
 
I
V
 
V
D
 
E
R
 
R
F
 
F
G
 
A
E
 
R
A
 
A
V
 
L
D
 
D

Sites not aligning to the query:

6g4dB Crystal structure of the omega transaminase from pseudomonas jessenii in complex with plp (see paper)
36% identity, 96% coverage: 13:437/443 of query aligns to 26:443/453 of 6g4dB

query
sites
6g4dB
P
 
P
P
 
L
L
 
I
A
 
I
L
 
E
R
 
R
G
 
G
E
 
E
G
 
G
I
 
I
Y
 
Y
L
 
V
Y
 
Y
D
 
D
Q
 
D
S
 
Q
G
 
G
R
 
K
A
 
G
I
 
Y
I
 
I
D
 
E
G
 
A
S
 
M
G
 
A
G
 
G
A
 
L
A
 
W
V
 
S
A
 
A
C
 
A
L
 
L
G
 
G
H
 
F
G
 
S
H
 
N
P
 
Q
R
 
R
V
 
L
I
 
I
E
 
K
A
 
A
I
 
A
K
 
E
A
 
Q
Q
 
Q
L
 
F
D
 
N
K
 
T
L
 
L
A
 
P
Y
 
F
A
 
Y
H
 
H
T
 
-
A
 
-
L
 
L
F
 
F
S
 
S
C
 
H
E
 
K
S
 
S
-
 
H
-
 
R
-
 
P
A
 
S
E
 
I
E
 
E
L
 
L
A
 
A
D
 
E
I
 
K
M
 
L
V
 
I
G
 
E
H
 
M
R
 
A
P
 
P
G
 
V
G
 
P
L
 
M
T
 
S
H
 
K
A
 
V
Y
 
F
F
 
F
C
 
T
S
 
N
S
|
S
G
|
G
S
|
S
E
 
E
G
 
A
N
 
N
E
 
D
A
 
T
A
 
V
I
 
V
K
 
K
M
 
M
A
 
V
R
 
W
Q
 
Y
Y
 
L
F
 
N
L
 
N
E
 
A
I
 
L
G
 
G
Q
 
K
P
 
P
E
 
A
R
 
K
T
 
K
R
 
K
F
 
F
I
 
I
A
 
S
R
 
R
R
 
V
Q
 
N
S
 
G
Y
|
Y
H
|
H
G
 
G
N
 
I
T
 
T
L
 
V
G
 
A
A
 
S
L
 
A
S
 
S
A
 
L
G
 
T
G
 
G
-
 
L
N
 
P
A
 
G
M
 
N
R
 
Q
R
 
R
A
 
G
P
 
F
Y
 
D
Q
 
L
P
 
P
L
 
L
L
 
-
S
 
-
P
 
P
A
 
G
F
 
F
S
 
L
H
 
H
V
 
V
S
 
G
P
 
C
C
 
P
Y
 
H
A
 
H
Y
 
Y
R
 
R
D
 
F
R
 
A
A
 
L
E
 
A
G
 
G
E
 
E
S
 
S
D
 
E
E
 
E
Q
 
H
Y
 
F
V
 
A
A
 
D
R
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
V
E
 
E
L
 
L
E
 
E
A
 
Q
E
 
K
F
 
I
Q
 
L
R
 
A
L
 
E
G
 
G
P
 
P
D
 
E
T
 
T
V
 
I
I
 
A
A
 
A
F
 
F
M
 
I
A
 
G
E
|
E
T
 
P
V
 
L
V
 
M
G
 
G
A
 
A
T
 
G
L
 
-
G
 
G
C
 
V
V
 
I
T
 
V
A
 
P
L
 
P
P
 
R
G
 
T
Y
 
Y
F
 
W
P
 
E
A
 
K
M
 
I
K
 
Q
A
 
K
V
 
V
C
 
C
D
 
R
R
 
K
H
 
Y
G
 
D
A
 
I
L
 
L
L
 
V
I
 
I
L
 
A
D
|
D
E
 
E
V
|
V
M
x
I
S
 
C
G
 
G
M
 
F
G
 
G
R
 
R
C
 
T
G
 
G
A
 
Q
L
 
M
H
 
F
T
 
G
W
 
S
E
 
Q
Q
 
T
E
 
F
G
 
G
V
 
I
T
 
Q
P
 
P
D
 
D
I
 
I
Q
 
M
I
 
V
V
 
L
A
 
S
K
|
K
G
 
Q
L
 
L
G
 
S
G
 
S
G
 
S
Y
 
Y
Q
 
Q
P
 
P
I
 
I
G
 
A
G
 
A
I
 
I
L
 
L
V
 
I
H
 
N
G
 
A
R
 
P
V
 
V
I
 
F
E
 
E
G
 
G
L
 
I
-
 
A
-
 
D
-
 
Q
T
 
S
G
 
Q
G
 
A
T
 
L
G
 
G
A
 
A
F
 
L
M
 
G
H
 
H
G
 
G
H
 
F
T
 
T
Y
 
G
Q
 
S
A
 
G
H
 
H
P
 
P
V
 
V
A
 
A
C
 
T
A
 
A
A
 
V
A
 
A
V
 
L
A
 
E
V
 
N
Q
 
L
K
 
K
V
 
I
I
 
I
A
 
E
E
 
E
E
 
E
R
 
S
L
 
L
L
 
V
D
 
E
N
 
H
V
 
A
Q
 
A
A
 
Q
M
 
M
G
 
G
A
 
Q
R
 
L
L
 
L
E
 
R
Q
 
S
R
 
G
L
 
L
T
 
-
E
 
Q
R
 
H
F
 
F
G
 
I
N
 
D
H
 
H
R
 
P
H
 
L
V
 
V
G
 
G
D
 
E
I
 
I
R
 
R
G
 
G
R
 
C
G
 
G
L
 
L
F
 
I
W
 
A
A
 
A
I
 
V
E
 
E
L
 
L
V
 
V
E
 
G
D
 
D
R
 
R
A
 
V
G
 
S
K
 
K
S
 
A
V
 
P
F
 
Y
D
 
Q
P
 
A
A
 
L
L
 
G
K
 
T
L
 
L
N
 
G
E
 
R
R
 
Y
V
 
M
K
 
A
M
 
G
Q
 
R
A
 
A
Y
 
Q
E
 
E
R
 
H
G
 
G
L
 
M
A
 
I
C
 
T
Y
 
R
P
 
A
M
 
M
G
 
-
G
 
-
T
 
-
I
 
-
D
 
-
G
 
-
R
 
-
R
 
-
G
 
G
D
 
D
H
 
A
A
 
V
I
 
A
L
 
F
A
 
C
P
 
P
P
 
P
Y
 
L
I
 
I
A
 
V
T
 
N
A
 
E
A
 
Q
Q
 
E
I
 
V
D
 
G
E
 
M
I
 
I
V
 
V
D
 
E
R
 
R
F
 
F
G
 
A
E
 
R
A
 
A
V
 
L
D
 
D

Sites not aligning to the query:

5kr5A Directed evolution of transaminases by ancestral reconstruction. Using old proteins for new chemistries
37% identity, 95% coverage: 19:437/443 of query aligns to 36:450/455 of 5kr5A

query
sites
5kr5A
G
 
G
E
 
K
G
 
G
I
 
I
Y
 
R
L
 
I
Y
 
E
D
 
D
Q
 
H
S
 
E
G
 
G
R
 
R
A
 
E
I
 
Y
I
 
I
D
 
D
G
 
A
S
 
F
G
 
A
G
 
G
A
 
L
A
 
Y
V
 
C
A
 
V
C
 
N
L
 
I
G
 
G
H
 
Y
G
 
G
H
 
R
P
x
E
R
 
E
V
 
V
I
 
A
E
x
D
A
 
A
I
 
I
K
 
Y
A
 
E
Q
 
Q
L
 
A
D
 
K
K
 
Q
L
 
L
A
 
A
Y
 
Y
A
 
Y
H
 
H
T
 
T
A
 
Y
L
 
V
-
 
G
F
 
H
S
 
S
C
 
N
E
 
D
S
 
P
A
 
V
E
 
I
E
 
E
L
 
L
A
 
S
D
 
S
-
 
R
I
 
I
M
 
I
V
 
E
G
 
D
H
 
W
R
 
A
P
 
P
G
 
A
G
 
G
L
 
M
T
 
K
H
 
K
A
 
V
Y
 
F
F
 
Y
C
 
G
S
 
M
S
|
S
G
|
G
S
|
S
E
 
D
G
 
A
N
 
N
E
 
E
A
 
T
A
 
Q
I
 
I
K
 
K
M
 
L
A
 
V
R
 
W
Q
 
Y
Y
 
Y
F
 
N
L
 
N
E
 
V
I
 
L
G
 
G
Q
 
R
P
 
P
E
 
N
R
 
K
T
 
K
R
 
K
F
 
I
I
 
I
A
 
A
R
 
R
R
 
E
Q
 
R
S
 
S
Y
|
Y
H
|
H
G
|
G
N
 
S
T
 
G
L
 
I
G
 
V
A
 
T
L
 
G
S
 
S
A
 
L
G
 
T
G
 
G
N
 
L
A
 
P
M
 
S
R
 
F
R
 
H
A
 
Q
P
 
H
Y
 
F
Q
 
D
P
 
L
L
 
P
L
 
I
S
 
D
P
 
R
A
 
V
F
 
K
S
 
H
H
 
T
V
 
V
S
 
-
P
 
-
C
 
C
Y
 
P
A
 
H
Y
 
W
R
 
Y
D
 
N
R
 
A
A
 
P
E
 
P
G
 
G
E
 
M
S
 
S
D
 
E
E
 
A
Q
 
Q
Y
 
F
V
 
V
A
 
A
R
 
Y
L
 
C
A
 
V
D
 
E
E
 
E
L
 
L
E
 
E
A
 
K
E
 
L
F
 
I
Q
 
A
R
 
R
L
 
E
G
 
G
P
 
A
D
 
D
T
 
T
V
 
I
I
 
A
A
 
A
F
 
F
M
 
I
A
 
A
E
|
E
T
 
P
V
 
V
V
 
M
G
 
G
A
 
-
T
 
T
L
 
G
G
 
G
C
 
I
V
 
V
T
 
P
A
 
P
L
 
P
P
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
F
 
W
P
 
E
A
 
A
M
 
I
K
 
Q
A
 
A
V
 
V
C
 
L
D
 
R
R
 
K
H
 
H
G
 
D
A
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
I
L
 
A
D
|
D
E
 
E
V
|
V
M
 
V
S
 
C
G
 
G
M
 
F
G
 
G
R
 
R
C
 
L
G
 
G
A
 
S
L
 
K
H
 
T
T
 
G
W
 
S
E
 
E
Q
 
H
E
 
Y
G
 
G
V
 
I
T
 
K
P
 
P
D
 
D
I
 
L
Q
 
I
I
 
T
V
 
V
A
 
A
K
|
K
G
 
G
L
 
L
G
 
T
G
 
S
G
 
A
Y
 
Y
Q
 
A
P
 
P
I
 
L
G
 
S
G
 
A
I
 
V
L
 
I
V
 
V
H
 
S
G
 
E
R
 
K
V
 
V
I
 
W
E
 
D
G
 
V
L
 
I
T
 
E
G
 
K
G
 
G
T
 
S
-
 
R
-
 
E
-
 
H
G
 
G
A
 
V
F
 
M
M
 
G
H
 
H
G
 
G
H
x
W
T
|
T
Y
 
Y
Q
 
S
A
 
G
H
 
H
P
 
P
V
 
V
A
 
C
C
 
A
A
 
A
A
 
A
A
 
A
V
 
L
A
 
A
V
 
N
Q
 
L
K
 
D
V
 
I
I
 
L
A
 
E
E
 
R
E
 
E
R
 
N
L
 
L
L
 
T
D
 
G
N
 
N
V
 
A
Q
 
A
A
 
D
M
 
V
G
 
G
A
 
A
R
 
Y
L
 
L
E
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
L
 
L
T
 
H
E
 
E
R
 
A
F
 
F
G
 
G
N
 
A
H
 
H
R
 
P
H
 
L
V
 
V
G
 
G
D
 
E
I
 
V
R
 
R
G
 
G
R
 
V
G
 
G
L
 
M
F
 
L
W
 
A
A
 
A
I
 
L
E
 
E
L
 
F
V
 
M
E
 
A
D
 
D
R
 
K
A
 
G
G
 
A
K
 
R
S
 
T
V
 
P
F
 
F
D
 
D
P
 
P
A
 
A
L
 
L
K
 
K
L
 
V
N
 
S
E
 
Q
R
 
K
V
 
V
K
 
A
M
 
A
Q
 
A
A
 
A
Y
 
L
E
 
E
R
x
D
G
 
G
L
 
L
A
 
I
C
 
V
Y
 
R
P
 
A
M
 
L
G
 
-
G
 
-
T
 
-
I
 
-
D
 
-
G
 
-
R
 
P
R
 
H
G
 
G
D
 
D
H
 
I
A
 
L
I
 
G
L
 
F
A
 
A
P
 
P
P
 
P
Y
 
L
I
 
V
A
 
T
T
 
T
A
 
R
A
 
A
Q
 
E
I
 
V
D
 
D
E
 
E
I
 
I
V
 
V
D
 
A
R
 
I
F
 
A
G
 
K
E
|
E
A
 
A
V
 
F
D
 
D

4e3qA Pmp-bound form of aminotransferase crystal structure from vibrio fluvialis (see paper)
34% identity, 96% coverage: 19:443/443 of query aligns to 35:451/452 of 4e3qA

query
sites
4e3qA
G
 
G
E
 
E
G
 
G
I
 
P
Y
 
Y
L
 
I
Y
 
V
D
 
D
Q
 
V
S
 
N
G
 
G
R
 
R
A
 
R
I
 
Y
I
 
L
D
 
D
G
 
A
S
 
N
G
 
S
G
 
G
A
 
L
A
 
W
V
 
N
A
 
M
C
 
V
L
 
A
G
 
G
H
 
F
G
 
D
H
 
H
P
 
K
R
 
G
V
 
L
I
 
I
E
 
D
A
 
A
I
 
A
K
 
K
A
 
A
Q
 
Q
L
 
Y
D
 
E
K
 
R
L
 
F
A
 
P
Y
 
G
A
 
Y
H
 
H
T
 
-
A
 
A
L
 
F
F
 
F
S
 
G
C
 
R
E
 
M
S
 
S
A
 
D
E
 
Q
E
 
T
-
 
V
-
 
M
L
 
L
A
 
S
D
 
E
I
 
K
M
 
L
V
 
V
G
 
E
H
 
V
R
 
S
P
 
P
G
 
F
G
 
D
L
 
S
T
 
G
H
 
R
A
 
V
Y
 
F
F
 
Y
C
 
T
S
 
N
S
|
S
G
|
G
S
|
S
E
 
E
G
 
A
N
 
N
E
 
D
A
 
T
A
 
M
I
 
V
K
 
K
M
 
M
A
 
L
R
 
W
Q
 
F
Y
 
L
F
 
H
L
 
A
E
 
A
I
 
E
G
 
G
Q
 
K
P
 
P
E
 
Q
R
 
K
T
 
R
R
 
K
F
 
I
I
 
L
A
 
T
R
 
R
R
 
W
Q
 
N
S
 
A
Y
|
Y
H
|
H
G
 
G
N
 
V
T
 
T
L
 
-
G
 
-
A
 
A
L
 
V
S
 
S
A
 
A
G
 
-
G
 
-
N
 
-
A
 
S
M
 
M
R
 
T
R
 
G
A
 
K
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
N
P
 
S
L
 
V
L
 
F
S
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
L
P
 
P
A
 
G
F
 
F
S
 
V
H
 
H
V
 
L
S
 
T
P
 
C
C
 
P
Y
 
H
A
 
Y
Y
 
W
R
 
R
D
 
Y
R
 
G
A
 
E
E
 
E
G
 
G
E
 
E
S
 
T
D
 
E
E
 
E
Q
 
Q
Y
 
F
V
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
R
E
 
E
L
 
L
E
 
E
A
 
E
E
 
T
F
 
I
Q
 
Q
R
 
R
L
 
E
G
 
G
P
 
A
D
 
D
T
 
T
V
 
I
I
 
A
A
 
G
F
 
F
M
 
F
A
 
A
E
|
E
T
 
P
V
 
V
V
 
M
G
 
G
A
 
A
T
 
G
L
 
-
G
 
G
C
 
V
V
 
I
T
 
P
A
 
P
L
 
A
P
 
K
G
 
G
Y
 
Y
F
 
F
P
 
Q
A
 
A
M
 
I
K
 
L
A
 
P
V
 
I
C
 
L
D
 
R
R
 
K
H
 
Y
G
 
D
A
 
I
L
 
P
L
 
V
I
 
I
L
 
S
D
|
D
E
 
E
V
|
V
M
x
I
S
 
C
G
 
G
M
 
F
G
 
G
R
 
R
C
 
T
G
 
G
A
 
-
L
 
-
H
 
N
T
 
T
W
 
W
-
 
G
-
 
C
E
 
V
Q
 
T
E
 
Y
G
 
D
V
 
F
T
 
T
P
 
P
D
 
D
I
 
A
Q
 
I
I
 
I
V
 
S
A
 
S
K
|
K
G
 
N
L
 
L
G
 
T
G
 
A
G
 
G
Y
 
F
Q
 
F
P
 
P
I
 
M
G
 
G
G
 
A
I
 
V
L
 
I
V
 
L
H
 
G
G
 
P
R
 
E
V
 
L
I
 
S
E
 
K
G
 
R
L
 
L
T
 
E
G
 
T
G
 
A
T
 
I
G
 
E
A
 
A
-
 
I
-
 
E
-
 
E
F
 
F
M
 
P
H
 
H
G
 
G
H
x
F
T
|
T
Y
 
A
Q
 
S
A
 
G
H
 
H
P
 
P
V
 
V
A
 
G
C
 
C
A
 
A
A
 
I
A
 
A
V
 
L
A
 
K
V
 
A
Q
 
I
K
 
D
V
 
V
I
 
V
A
 
M
E
 
N
E
 
E
R
 
G
L
 
L
L
 
A
D
 
E
N
 
N
V
 
V
Q
 
R
A
 
R
M
 
L
G
 
A
A
 
P
R
 
R
L
 
F
E
 
E
Q
 
E
R
 
R
L
 
L
T
 
-
E
 
K
R
 
H
F
 
I
G
 
A
N
 
E
H
 
R
R
 
P
H
 
N
V
 
I
G
 
G
D
 
E
I
 
Y
R
 
R
G
 
G
R
 
I
G
 
G
L
 
F
F
 
M
W
 
W
A
 
A
I
 
L
E
 
E
L
 
A
V
 
V
E
 
K
D
 
D
R
 
K
A
 
A
G
 
S
K
 
K
S
 
T
V
 
P
F
 
F
D
 
D
P
 
G
A
 
N
L
 
L
K
 
S
L
 
V
N
 
S
E
 
E
R
 
R
V
 
I
K
 
A
M
 
N
Q
 
T
A
 
C
Y
 
T
E
 
D
R
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
I
C
 
C
Y
 
R
P
 
P
M
 
L
G
 
G
G
 
Q
T
 
S
I
 
V
D
 
-
G
 
-
R
 
-
R
 
-
G
 
-
D
 
-
H
 
-
A
 
-
I
x
V
L
 
L
A
 
C
P
 
P
P
 
P
Y
 
F
I
 
I
A
 
L
T
 
T
A
 
E
A
 
A
Q
 
Q
I
 
M
D
 
D
E
 
E
I
 
M
V
 
F
D
 
D
R
 
K
F
 
L
G
 
E
E
 
K
A
 
A
V
 
L
D
 
D
A
 
K
A
 
V
L
 
F
A
 
A
S
 
E
L
 
V

Sites not aligning to the query:

5kr3A Directed evolution of transaminases by ancestral reconstruction. Using old proteins for new chemistries
35% identity, 98% coverage: 2:437/443 of query aligns to 14:451/458 of 5kr3A

query
sites
5kr3A
S
 
A
H
 
H
L
 
F
V
 
M
H
 
H
R
 
P
S
 
S
L
 
T
H
 
H
A
 
A
D
 
H
P
 
D
-
 
H
-
 
A
-
 
S
-
 
G
-
 
A
-
 
L
-
 
P
-
 
G
P
 
R
L
 
I
A
 
I
L
 
T
R
 
G
G
 
G
E
 
K
G
 
G
I
 
I
Y
 
R
L
 
I
Y
 
E
D
 
D
Q
 
H
S
 
E
G
 
G
R
 
R
A
 
E
I
 
Y
I
 
I
D
 
D
G
 
A
S
 
F
G
 
A
G
 
G
A
 
L
A
 
Y
V
 
C
A
 
V
C
 
N
L
 
I
G
 
G
H
 
Y
G
 
G
H
 
R
P
 
T
R
 
E
V
 
V
I
 
A
E
 
D
A
 
A
I
 
I
K
 
Y
A
 
E
Q
 
Q
L
 
A
D
 
K
K
 
Q
L
 
L
A
 
A
Y
 
Y
A
 
Y
H
 
H
T
 
T
A
 
Y
L
 
V
-
 
G
F
 
H
S
 
S
C
 
T
E
 
D
S
 
A
A
 
I
E
 
I
E
 
E
L
 
L
A
 
S
D
 
S
-
 
R
I
 
I
M
 
I
V
 
R
G
 
D
H
 
W
R
 
A
P
 
P
G
 
A
G
 
G
L
 
M
T
 
K
H
 
K
A
 
V
Y
 
Y
F
 
Y
C
 
G
S
 
M
S
|
S
G
|
G
S
|
S
E
 
D
G
 
A
N
 
N
E
 
E
A
 
T
A
 
Q
I
 
I
K
 
K
M
 
L
A
 
V
R
 
W
Q
 
Y
Y
 
Y
F
 
N
L
 
N
E
 
V
I
 
L
G
 
G
Q
 
R
P
 
P
E
 
N
R
 
K
T
 
K
R
 
K
F
 
I
I
 
I
A
 
S
R
 
R
R
 
E
Q
 
R
S
 
G
Y
|
Y
H
|
H
G
 
G
N
 
S
T
 
G
L
 
I
G
 
V
A
 
T
L
 
G
S
 
S
A
 
L
G
 
T
G
 
G
N
 
L
A
 
P
M
 
S
R
 
F
R
 
H
A
 
Q
P
 
H
Y
 
F
Q
 
D
P
 
L
L
 
P
L
 
I
S
 
D
P
 
R
A
 
V
F
 
K
S
 
H
H
 
T
V
 
V
S
 
C
P
 
P
C
 
H
Y
 
W
A
 
-
Y
 
Y
R
 
R
D
 
A
R
 
P
A
 
M
E
 
-
G
 
-
E
 
-
S
 
S
D
 
E
E
 
A
Q
 
Q
Y
 
F
V
 
V
A
 
A
R
 
Y
L
 
C
A
 
V
D
 
E
E
 
E
L
 
L
E
 
E
A
 
K
E
 
L
F
 
I
Q
 
A
R
 
R
L
 
E
G
 
G
P
 
A
D
 
D
T
 
T
V
 
I
I
 
A
A
 
A
F
 
F
M
 
I
A
 
A
E
|
E
T
 
P
V
 
V
V
 
M
G
 
G
A
 
-
T
 
T
L
 
G
G
 
G
C
 
I
V
 
I
T
 
P
A
 
P
L
 
P
P
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
F
 
W
P
 
E
A
 
A
M
<