SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_092482331.1 NCBI__GCF_900115975.1:WP_092482331.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4pddA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from polaromonas sp js666 (bpro_0088, target efi-510167) bound to d- erythronate (see paper)
34% identity, 88% coverage: 43:344/345 of query aligns to 3:300/303 of 4pddA

query
sites
4pddA
I
 
I
I
 
L
K
 
K
L
 
I
A
 
G
H
 
Y
V
x
T
C
 
P
S
 
P
I
 
K
E
 
D
H
 
S
P
 
H
Y
|
Y
Q
 
G
Y
 
V
A
 
G
S
 
A
L
 
T
K
 
T
F
 
F
K
 
C
E
 
D
L
 
E
M
 
V
E
 
E
E
 
K
K
 
G
S
 
T
N
 
Q
G
 
E
R
 
R
V
 
Y
K
 
K
V
 
C
K
 
Q
I
 
H
Y
 
F
P
 
P
A
 
S
M
 
S
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
G
E
|
E
R
 
R
D
 
E
I
 
M
A
 
I
E
 
E
G
 
S
M
 
V
Q
 
Q
A
 
L
G
 
G
S
 
T
I
 
Q
D
 
D
M
 
L
N
 
V
L
 
N
L
 
T
T
 
S
L
 
T
G
 
G
V
 
P
G
 
L
A
 
G
S
 
N
F
 
F
I
 
V
P
 
P
E
 
E
L
 
T
N
 
R
A
 
I
F
 
V
A
 
D
L
 
I
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
K
 
R
G
 
D
S
 
Y
E
 
E
H
 
H
Y
 
A
Q
 
R
K
 
K
V
 
V
M
 
M
Y
 
D
G
 
G
D
 
A
I
 
I
G
 
G
K
 
Q
E
 
D
F
 
L
L
 
L
E
 
K
K
 
K
V
 
M
D
 
Q
M
 
A
K
 
K
Y
 
-
G
 
G
F
 
L
K
 
I
T
 
G
L
 
L
H
 
A
F
 
W
G
 
T
A
 
E
S
x
N
I
 
G
F
 
F
R
|
R
E
 
H
P
 
M
F
 
T
N
 
N
N
 
S
V
 
K
R
 
R
P
 
P
I
 
I
E
 
L
K
 
Q
P
 
A
E
 
S
D
 
D
F
 
A
K
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
V
R
|
R
L
 
T
M
|
M
E
 
E
V
 
N
P
 
K
L
 
V
H
 
H
M
 
M
D
 
D
S
 
G
Y
 
Y
K
 
K
A
 
T
M
 
F
G
 
G
A
 
L
N
 
L
P
 
P
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
A
Y
x
F
S
 
P
E
 
E
L
 
L
Y
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
L
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
Q
E
 
E
N
|
N
A
 
P
I
 
I
G
 
P
T
 
V
I
 
I
Y
 
L
A
 
S
D
 
S
K
 
K
L
 
F
Y
 
S
E
 
Q
N
 
V
A
 
Q
K
 
K
Y
 
H
I
 
L
T
 
S
R
 
L
M
 
T
P
 
G
V
 
H
V
 
V
A
 
Y
N
 
S
G
 
P
V
 
A
I
 
V
W
 
L
L
 
I
Y
 
L
S
 
S
A
 
S
N
 
R
N
 
V
W
 
W
E
 
D
K
 
K
L
 
L
P
 
S
Q
 
E
D
 
A
I
 
D
Q
 
K
E
 
K
L
 
V
I
 
F
I
 
V
E
 
A
V
 
A
M
 
A
P
 
Q
E
 
K
V
 
A
V
 
T
S
 
V
V
 
A
L
 
Q
D
 
R
K
 
K
E
 
R
Y
 
V
L
 
N
K
 
D
L
 
D
E
 
E
D
 
A
I
 
N
G
 
G
I
 
I
E
 
T
E
 
Q
M
 
L
K
 
K
K
 
K
A
 
D
G
 
G
I
 
M
Q
 
Q
F
 
V
N
 
V
K
 
E
P
 
K
E
 
V
D
 
D
F
 
G
E
 
E
P
 
S
F
 
F
I
 
R
K
 
K
C
 
A
V
 
V
K
 
A
P
 
P
V
 
A
W
 
Y
D
 
A
K
 
G
Y
 
F
L
 
A
A
 
K
E
 
E
Q
 
-
P
 
-
D
 
-
W
 
F
V
 
G
K
 
A
D
 
E
L
 
R
I
 
I
P
 
A
K
 
A
I
 
I
Q
 
Q
T
 
A
V
 
V

4nq8B Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from bordetella bronchispeptica (bb3421), target efi-510039, with density modeled as pantoate (see paper)
34% identity, 82% coverage: 44:326/345 of query aligns to 4:284/301 of 4nq8B

query
sites
4nq8B
I
 
L
K
 
K
L
 
M
A
 
A
H
 
Y
V
 
A
C
 
L
S
 
S
I
 
T
E
 
S
H
 
S
P
 
H
Y
|
Y
Q
 
G
Y
 
A
A
 
G
S
 
A
L
 
E
K
 
A
F
 
F
K
 
A
E
 
K
L
 
S
M
 
I
E
 
E
E
 
G
K
 
A
S
 
S
N
 
G
G
 
G
R
 
K
V
 
Y
K
 
K
V
 
V
K
 
Q
I
 
Q
Y
 
F
P
 
A
A
 
N
M
 
S
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
G
E
|
E
R
 
R
D
 
E
I
 
V
A
 
I
E
 
E
G
 
G
M
 
L
Q
 
Q
A
 
I
G
 
G
S
 
T
I
 
I
D
 
D
M
 
L
N
 
A
L
 
I
L
 
V
T
x
S
L
 
T
G
 
G
V
 
A
G
 
T
A
 
L
S
 
N
F
 
F
I
 
V
P
 
P
E
 
E
L
 
T
N
 
G
A
 
V
F
 
F
A
 
D
L
 
I
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
L
K
 
R
G
 
D
S
 
L
E
 
P
H
 
H
Y
 
A
Q
 
R
K
 
A
V
 
V
M
 
L
Y
 
D
G
 
S
D
 
K
I
 
I
G
 
G
K
 
Q
E
 
D
F
 
M
L
 
L
E
 
A
K
 
K
V
 
F
D
 
P
M
 
D
K
 
R
Y
 
-
G
 
G
F
 
I
K
 
I
T
 
A
L
 
L
H
 
A
F
 
W
G
 
G
A
 
E
S
x
Q
I
 
G
F
 
F
R
|
R
E
 
H
P
 
L
F
 
T
N
 
N
N
 
N
V
 
V
R
 
R
P
 
P
I
 
V
E
 
K
K
 
T
P
 
P
E
 
A
D
 
D
F
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
I
R
|
R
L
 
T
M
x
T
E
 
E
V
 
N
P
 
P
L
 
I
H
 
H
M
 
I
D
 
T
S
 
A
Y
 
F
K
 
R
A
 
Q
M
 
I
G
 
G
A
 
I
N
 
L
P
 
P
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
A
Y
x
W
S
 
P
E
 
E
L
 
V
Y
 
A
T
 
T
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
L
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
I
D
 
D
G
 
G
A
 
Q
E
 
E
N
|
N
A
 
P
I
 
L
G
 
S
T
 
V
I
 
I
Y
 
T
A
 
S
D
 
A
K
 
K
L
 
L
Y
 
S
E
 
Q
N
 
L
A
 
Q
K
 
K
Y
 
Y
I
 
L
T
 
S
R
 
L
M
 
T
P
 
G
V
 
H
V
 
V
A
 
Y
N
 
G
G
 
P
V
 
A
I
 
L
W
 
V
L
 
L
Y
 
M
S
 
S
A
 
A
N
 
N
N
 
V
W
 
Y
E
 
N
K
 
G
L
 
L
P
 
-
Q
 
S
D
 
D
I
 
A
Q
 
E
E
 
K
L
 
A
I
 
S
I
 
F
E
 
K
V
 
A
M
 
A
P
 
G
E
 
K
V
 
D
V
 
S
S
 
A
V
 
Q
L
 
A
D
 
M
K
 
R
E
 
A
Y
 
Y
L
 
V
-
 
D
K
 
N
L
 
I
E
 
E
D
 
Q
I
 
T
G
 
G
I
 
V
E
 
E
E
 
Q
M
 
L
K
 
K
K
 
K
A
 
E
G
 
G
I
 
M
Q
 
E
F
 
V
N
 
S
K
 
E
P
 
V
E
 
-
D
 
D
F
 
R
E
 
A
P
 
A
F
 
F
I
 
A
K
 
A
C
 
A
V
 
V
K
 
E
P
 
P
V
 
A
W
 
Y
D
 
A
K
 
E
Y
 
Y

4xeqB Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from desulfovibrio vulgaris (deval_0042, target efi-510114) bound to copurified (r)-pantoic acid
32% identity, 78% coverage: 62:330/345 of query aligns to 22:288/304 of 4xeqB

query
sites
4xeqB
K
 
R
F
 
F
K
 
A
E
 
Q
L
 
L
M
 
L
E
 
A
E
 
E
K
 
R
S
 
S
N
 
D
G
 
K
R
 
R
V
 
F
K
 
N
V
 
V
K
 
V
I
 
L
Y
 
H
P
 
H
A
 
S
M
 
A
Q
 
S
L
 
L
G
 
G
G
 
T
E
 
E
R
 
T
D
 
D
I
 
I
A
 
L
E
 
Q
G
 
Q
M
 
V
Q
 
Q
A
 
L
G
 
G
S
 
A
I
 
V
D
 
Q
M
 
M
N
 
A
L
 
I
L
 
V
T
|
T
L
 
T
G
 
G
V
 
T
G
 
L
A
 
D
S
 
A
F
 
F
I
 
V
P
 
P
E
 
E
L
 
M
N
 
A
A
 
A
F
 
L
A
 
D
L
 
F
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
K
 
T
G
 
D
S
 
T
E
 
T
H
 
T
Y
 
A
Q
 
D
K
 
R
V
 
V
M
 
L
Y
 
D
G
 
G
D
 
P
I
 
V
G
 
G
K
 
R
E
 
G
F
 
L
L
 
L
E
 
D
K
 
R
V
 
L
D
 
S
M
 
T
K
 
A
Y
 
-
G
 
G
F
 
F
K
 
K
T
 
G
L
 
L
H
 
H
F
 
F
G
 
S
A
 
E
S
 
N
I
 
G
F
 
F
R
|
R
E
 
H
P
 
L
F
 
T
N
 
N
N
 
S
V
 
I
R
 
R
P
 
P
I
 
V
E
 
M
K
 
T
P
 
P
E
 
D
D
 
D
F
 
V
K
 
R
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
I
R
|
R
L
 
V
M
|
M
E
 
E
V
 
S
P
 
Q
L
 
V
H
 
H
M
 
R
D
 
E
S
 
L
Y
 
W
K
 
R
A
 
T
M
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
P
 
P
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
G
Y
x
W
S
 
P
E
 
-
L
 
I
Y
 
Y
T
 
A
A
 
E
L
 
L
Q
 
Q
L
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
Q
E
 
E
N
|
N
A
 
P
I
 
L
G
 
W
T
 
V
I
 
I
Y
 
A
A
 
E
D
 
Y
K
 
R
L
 
L
Y
 
N
E
 
E
N
 
V
A
 
Q
K
 
K
Y
 
H
I
 
L
T
 
S
R
 
L
M
 
T
P
 
G
V
 
H
V
 
V
A
 
Y
N
 
S
G
 
T
V
 
H
I
 
T
W
 
D
L
 
L
Y
 
A
S
 
N
A
 
L
N
 
A
N
 
W
W
 
F
E
 
E
K
 
A
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
D
 
N
I
 
D
Q
 
R
E
 
R
L
 
L
I
 
L
I
 
A
E
 
S
V
 
C
M
 
M
P
 
Q
E
 
D
V
 
-
V
 
A
S
 
A
V
 
L
L
 
W
D
 
Q
K
 
R
E
 
T
Y
 
W
L
 
S
K
 
R
L
 
Q
E
 
R
D
 
D
I
 
A
G
 
A
-
 
Y
I
 
L
E
 
E
E
 
Q
M
 
L
K
 
R
K
 
T
A
 
A
G
 
G
I
 
M
Q
 
Q
F
 
V
N
 
I
K
 
E
P
 
R
E
 
P
D
 
D
F
 
I
E
 
A
P
 
T
F
 
F
I
 
R
K
 
Q
C
 
R
V
 
V
K
 
Q
P
 
P
V
 
L
W
 
S
D
 
G
K
 
S
Y
 
A
L
 
L
A
 
F
E
 
E
Q
 
H

Sites not aligning to the query:

4pdhA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from polaromonas sp js666 (bpro_1871, target efi-510164) bound to d- erythronate (see paper)
32% identity, 79% coverage: 49:322/345 of query aligns to 8:281/301 of 4pdhA

query
sites
4pdhA
V
 
I
C
 
S
S
 
T
I
 
S
E
 
Q
H
 
N
P
 
S
Y
 
H
Q
|
Q
Y
 
G
A
 
V
S
 
A
L
 
I
-
 
D
K
 
T
F
 
F
K
 
A
E
 
K
L
 
E
M
 
V
E
 
E
E
 
K
K
 
R
S
 
T
N
 
G
G
 
G
R
 
R
V
 
Y
K
 
K
V
 
V
K
 
Q
I
 
T
Y
 
F
P
 
Y
A
 
S
M
 
G
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
G
E
|
E
R
 
R
D
 
E
I
 
S
A
 
I
E
 
E
G
 
A
M
 
V
Q
 
Q
A
 
L
G
 
G
S
 
T
I
 
Q
D
 
E
M
 
L
N
 
A
L
 
F
L
 
S
T
 
S
L
 
T
G
 
G
V
 
P
G
 
V
A
 
P
S
 
N
F
 
F
I
 
V
P
 
P
E
 
E
L
 
T
N
 
K
A
 
I
F
 
L
A
 
D
L
 
V
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
K
 
R
G
 
D
S
 
K
E
 
A
H
 
H
Y
 
A
Q
 
R
K
 
A
V
 
V
M
 
L
Y
 
D
G
 
G
D
 
P
I
 
I
G
 
G
K
 
Q
E
 
D
F
 
L
L
 
L
E
 
G
K
 
K
V
 
F
D
 
D
M
 
A
K
 
K
Y
 
-
G
 
G
F
 
F
K
 
K
T
 
A
L
 
L
H
 
A
F
 
W
G
 
G
A
 
E
S
x
N
I
 
G
F
 
F
R
|
R
E
 
H
P
 
M
F
 
T
N
 
N
N
 
S
V
 
K
R
 
R
P
 
D
I
 
V
E
 
K
K
 
G
P
 
P
E
 
E
D
 
D
F
 
L
K
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
M
R
|
R
L
 
T
M
|
M
E
 
E
V
 
N
P
 
P
L
 
V
H
 
H
M
 
I
D
 
A
S
 
A
Y
 
Y
K
 
K
A
 
G
M
 
F
G
 
G
A
 
I
N
 
I
P
 
T
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
A
Y
x
F
S
 
P
E
 
E
L
 
V
Y
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
L
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
Q
E
 
E
N
|
N
A
 
P
I
 
L
G
 
S
T
 
V
I
 
I
Y
 
I
A
 
A
D
 
S
K
 
K
L
 
F
Y
 
D
E
 
Q
N
 
V
A
 
Q
K
 
K
Y
 
H
I
 
L
T
 
S
R
 
L
M
 
T
P
 
G
V
 
H
V
 
V
A
 
Y
N
 
S
G
 
P
V
 
C
I
 
I
W
 
W
L
 
V
Y
 
M
S
 
N
A
 
K
N
 
A
N
 
V
W
 
F
E
 
D
K
 
K
L
 
L
P
 
S
Q
 
A
D
 
A
I
 
D
Q
 
K
E
 
Q
L
 
A
I
 
F
I
 
L
E
 
D
V
 
A
M
 
A
P
 
K
E
 
E
V
 
G
V
 
T
S
 
K
V
 
A
L
 
N
D
 
R
K
 
A
E
 
R
Y
 
V
L
 
D
K
 
E
L
 
D
E
 
D
D
 
A
I
 
K
G
 
G
I
 
V
E
 
A
E
 
D
M
 
L
K
 
R
K
 
A
A
 
K
G
 
G
I
 
M
Q
 
T
F
 
V
N
 
I
K
 
D
P
 
N
E
 
I
D
 
D
F
 
K
E
 
S
P
 
K
F
 
F
I
 
V
K
 
T
C
 
A
V
 
L
K
 
A
P
 
P
V
 
V

4x8rA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from rhodobacter sphaeroides (rsph17029_2138, target efi-510205) with bound glucuronate
32% identity, 85% coverage: 50:342/345 of query aligns to 8:301/304 of 4x8rA

query
sites
4x8rA
C
 
S
S
 
S
I
 
D
E
 
T
H
|
H
P
 
P
Y
 
D
Q
 
G
Y
 
Y
A
 
P
S
 
T
L
 
V
K
 
E
F
 
G
K
 
V
E
 
K
L
 
F
M
 
M
E
 
A
E
 
E
K
 
R
-
 
A
-
 
K
-
 
E
-
 
L
S
 
S
N
 
N
G
 
G
R
 
R
V
 
I
K
 
C
V
 
I
K
 
E
I
 
V
Y
 
F
P
 
P
A
 
S
M
 
S
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
E
E
|
E
R
 
K
D
 
D
I
 
T
A
 
I
E
 
E
G
 
Q
M
 
T
Q
 
Q
A
 
F
G
 
G
S
 
V
I
 
I
D
 
D
M
 
M
N
 
V
L
x
R
L
 
A
T
 
S
L
 
F
G
 
G
V
 
S
G
 
F
A
 
N
S
 
D
F
 
I
I
 
V
P
 
P
E
 
E
L
 
A
N
 
Q
A
 
L
F
 
L
A
 
S
L
 
L
P
 
P
F
 
Y
L
 
L
F
 
F
K
 
R
G
 
S
S
 
E
E
 
E
H
 
H
Y
 
L
Q
 
H
K
x
N
V
 
V
M
 
M
Y
 
D
G
 
G
D
 
P
I
 
I
G
|
G
K
 
D
E
 
E
F
 
L
L
 
A
E
 
K
K
 
A
V
 
F
D
x
E
M
 
A
K
 
K
Y
 
D
G
 
L
F
 
I
K
 
A
T
 
V
L
 
A
H
 
Y
F
 
Y
-
 
D
G
 
G
A
 
G
S
 
S
I
 
-
F
 
-
R
|
R
E
 
S
P
 
F
F
 
Y
N
 
N
N
 
S
V
 
Q
R
 
K
P
 
P
I
 
I
E
 
T
K
 
K
P
 
V
E
 
E
D
 
D
F
 
L
K
 
K
G
 
G
L
 
M
K
 
K
I
 
F
R
|
R
L
 
V
M
|
M
E
 
Q
V
 
S
P
 
D
L
 
V
H
 
F
M
 
V
D
 
D
S
 
M
Y
 
M
K
 
S
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
P
 
A
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
P
Y
|
Y
S
 
G
E
 
E
L
 
V
Y
 
Y
T
 
S
A
 
S
L
 
I
Q
 
Q
L
 
T
G
 
G
T
 
V
V
 
I
D
 
D
G
 
G
A
 
A
E
 
E
N
|
N
A
 
N
I
 
W
G
 
P
T
x
S
I
 
Y
Y
 
D
A
 
S
D
 
S
K
 
G
L
 
H
Y
 
F
E
 
E
N
 
V
A
 
A
K
 
K
Y
 
Y
I
 
Y
T
 
T
R
 
L
M
 
D
P
 
Q
V
 
H
V
 
L
A
 
M
N
 
V
G
 
P
V
x
E
I
x
L
W
 
V
L
 
A
Y
 
I
S
 
S
A
 
K
N
 
I
N
 
K
W
 
W
E
 
D
K
 
A
L
 
L
P
 
S
Q
 
P
D
 
E
I
 
D
Q
 
Q
E
 
Q
L
 
V
I
 
L
I
 
R
E
 
Q
V
 
A
M
 
A
P
 
E
E
 
E
V
 
S
V
 
E
S
 
P
V
 
V
L
 
Q
D
 
R
K
 
K
E
 
L
Y
 
W
L
 
A
K
 
E
L
 
Q
E
 
E
D
 
K
I
 
A
G
 
S
I
 
E
E
 
E
E
 
K
M
 
V
K
 
V
K
 
A
A
 
S
G
 
G
I
 
A
Q
 
E
F
 
V
N
 
V
K
 
R
P
 
E
E
 
I
D
 
D
F
 
K
E
 
T
P
 
P
F
 
F
I
 
I
K
 
E
C
 
A
V
 
M
K
 
A
P
 
P
V
 
V
W
 
Y
D
 
E
K
 
K
Y
 
Y
L
 
V
A
 
T
E
 
K
Q
 
S
P
 
E
D
 
-
W
 
-
V
 
Y
K
 
Q
D
 
D
L
 
L
I
 
V
P
 
K
K
 
R
I
 
I
Q
 
Q

4p9kA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from verminephrobacter eiseniae ef01-2 (veis_3954, target efi-510324) a nephridial symbiont of the earthworm eisenia foetida, bound to d- erythronate with residual density suggestive of superposition with copurified alternative ligand. (see paper)
31% identity, 81% coverage: 48:326/345 of query aligns to 9:287/303 of 4p9kA

query
sites
4p9kA
H
 
N
V
 
I
C
 
S
S
 
T
I
 
A
E
 
Q
H
 
N
P
 
S
Y
 
H
Q
|
Q
Y
 
G
A
 
V
S
 
A
L
 
I
-
 
D
K
 
T
F
 
F
K
 
A
E
 
K
L
 
E
M
 
V
E
 
E
E
 
K
K
 
R
S
 
T
N
 
G
G
 
G
R
 
R
V
 
Y
K
 
K
V
 
V
K
 
Q
I
 
T
Y
 
F
P
 
Y
A
 
N
M
 
A
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
A
E
|
E
R
 
R
D
 
E
I
 
S
A
 
V
E
 
E
G
 
A
M
 
V
Q
 
Q
A
 
L
G
 
G
S
 
T
I
 
H
D
 
E
M
 
L
N
 
T
L
 
F
L
 
S
T
 
S
L
 
S
G
 
G
V
 
P
G
 
I
A
 
P
S
 
N
F
 
F
I
 
V
P
 
P
E
 
E
L
 
T
N
 
K
A
 
I
F
 
L
A
 
D
L
 
V
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
K
 
R
G
 
D
S
 
K
E
 
A
H
 
H
Y
 
A
Q
 
R
K
 
A
V
 
V
M
 
L
Y
 
D
G
 
G
D
 
P
I
 
I
G
 
G
K
 
Q
E
 
E
F
 
L
L
 
L
E
 
T
K
 
R
V
 
F
D
 
D
M
 
G
K
 
K
Y
 
-
G
 
G
F
 
F
K
 
K
T
 
A
L
 
L
H
 
A
F
 
W
G
 
A
A
 
E
S
x
N
I
 
G
F
 
F
R
|
R
E
 
H
P
 
M
F
 
S
N
 
N
N
 
S
V
 
K
R
 
R
P
 
A
I
 
V
E
 
K
K
 
E
P
 
P
E
 
G
D
 
D
F
 
L
K
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
M
R
|
R
L
 
T
M
|
M
E
 
E
V
 
N
P
 
P
L
 
V
H
 
H
M
 
I
D
 
A
S
 
A
Y
 
Y
K
 
K
A
 
G
M
 
F
G
 
G
A
 
I
N
 
V
P
 
T
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
A
Y
x
F
S
 
S
E
 
E
L
 
V
Y
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
L
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
Q
E
 
E
N
|
N
A
 
P
I
 
L
G
 
S
T
 
V
I
 
I
Y
 
I
A
 
S
D
 
A
K
 
K
L
 
F
Y
 
D
E
 
Q
N
 
V
A
 
Q
K
 
K
Y
 
H
I
 
L
T
 
T
R
 
L
M
 
T
P
 
G
V
 
H
V
 
V
A
 
Y
N
 
S
G
 
P
V
 
A
I
 
L
W
 
F
L
 
L
Y
 
M
S
 
N
A
 
K
N
 
A
N
 
L
W
 
F
E
 
D
K
 
K
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
D
 
A
I
 
D
Q
 
Q
E
 
Q
L
 
A
I
 
F
I
 
I
E
 
D
V
 
A
M
 
A
P
 
R
E
 
Q
V
 
G
V
 
A
S
 
K
V
 
-
L
 
L
D
 
N
K
 
R
E
 
A
Y
 
R
L
 
V
K
 
D
L
 
E
E
 
D
D
 
D
I
 
A
-
 
K
G
 
G
I
 
V
E
 
A
E
 
D
M
 
L
K
 
R
K
 
A
A
 
K
G
 
G
I
 
M
Q
 
T
F
 
V
N
 
I
K
 
D
P
 
N
E
 
I
D
 
D
F
 
K
E
 
A
P
 
R
F
 
F
I
 
V
K
 
A
C
 
A
V
 
L
K
 
A
P
 
P
V
 
V
W
 
N
D
 
A
K
 
Q
Y
 
F

4pakA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from verminephrobacter eiseniae ef01-2 (veis_3954, target efi-510324) a nephridial symbiont of the earthworm eisenia foetida, bound to (r)- pantoic acid (see paper)
31% identity, 81% coverage: 48:326/345 of query aligns to 10:288/304 of 4pakA

query
sites
4pakA
H
 
N
V
 
I
C
 
S
S
 
T
I
 
A
E
 
Q
H
 
N
P
 
S
Y
 
H
Q
|
Q
Y
 
G
A
 
V
S
 
A
L
 
I
-
 
D
K
 
T
F
 
F
K
 
A
E
 
K
L
 
E
M
 
V
E
 
E
E
 
K
K
 
R
S
 
T
N
 
G
G
 
G
R
 
R
V
 
Y
K
 
K
V
 
V
K
 
Q
I
 
T
Y
 
F
P
 
Y
A
 
N
M
 
A
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
A
E
|
E
R
 
R
D
 
E
I
 
S
A
 
V
E
 
E
G
 
A
M
 
V
Q
 
Q
A
 
L
G
 
G
S
 
T
I
 
H
D
 
E
M
 
L
N
 
T
L
 
F
L
 
S
T
 
S
L
 
S
G
 
G
V
 
P
G
 
I
A
 
P
S
 
N
F
 
F
I
 
V
P
 
P
E
 
E
L
 
T
N
 
K
A
 
I
F
 
L
A
 
D
L
 
V
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
K
 
R
G
 
D
S
 
K
E
 
A
H
 
H
Y
 
A
Q
 
R
K
 
A
V
 
V
M
 
L
Y
 
D
G
 
G
D
 
P
I
 
I
G
 
G
K
 
Q
E
 
E
F
 
L
L
 
L
E
 
T
K
 
R
V
 
F
D
 
D
M
 
G
K
 
K
Y
 
-
G
 
G
F
 
F
K
 
K
T
 
A
L
 
L
H
 
A
F
 
W
G
 
A
A
 
E
S
x
N
I
 
G
F
 
F
R
|
R
E
 
H
P
 
M
F
 
S
N
 
N
N
 
S
V
 
K
R
 
R
P
 
A
I
 
V
E
 
K
K
 
E
P
 
P
E
 
G
D
 
D
F
 
L
K
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
M
R
|
R
L
 
T
M
|
M
E
 
E
V
 
N
P
 
P
L
 
V
H
 
H
M
 
I
D
 
A
S
 
A
Y
 
Y
K
 
K
A
 
G
M
 
F
G
 
G
A
 
I
N
 
V
P
 
T
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
A
Y
x
F
S
 
S
E
 
E
L
 
V
Y
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
L
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
Q
E
 
E
N
|
N
A
 
P
I
 
L
G
 
S
T
x
V
I
 
I
Y
 
I
A
 
S
D
 
A
K
 
K
L
 
F
Y
 
D
E
 
Q
N
 
V
A
 
Q
K
 
K
Y
 
H
I
 
L
T
 
T
R
 
L
M
 
T
P
 
G
V
 
H
V
 
V
A
 
Y
N
 
S
G
 
P
V
 
A
I
 
L
W
 
F
L
 
L
Y
 
M
S
 
N
A
 
K
N
 
A
N
 
L
W
 
F
E
 
D
K
 
K
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
D
 
A
I
 
D
Q
 
Q
E
 
Q
L
 
A
I
 
F
I
 
I
E
 
D
V
 
A
M
 
A
P
 
R
E
 
Q
V
 
G
V
 
A
S
 
K
V
 
-
L
 
L
D
 
N
K
 
R
E
 
A
Y
 
R
L
 
V
K
 
D
L
 
E
E
 
D
D
 
D
I
 
A
-
 
K
G
 
G
I
 
V
E
 
A
E
 
D
M
 
L
K
 
R
K
 
A
A
 
K
G
 
G
I
 
M
Q
 
T
F
 
V
N
 
I
K
 
D
P
 
N
E
 
I
D
 
D
F
 
K
E
 
A
P
 
R
F
 
F
I
 
V
K
 
A
C
 
A
V
 
L
K
 
A
P
 
P
V
 
V
W
 
N
D
 
A
K
 
Q
Y
 
F

4x04A Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from citrobacter koseri (cko_04899, target efi-510094) with bound d- glucuronate
31% identity, 82% coverage: 43:326/345 of query aligns to 3:286/301 of 4x04A

query
sites
4x04A
I
 
V
I
 
I
K
 
K
L
 
A
A
 
A
H
 
D
V
 
V
C
x
H
S
 
P
I
 
Q
E
 
G
H
 
Y
P
 
P
Y
 
N
Q
 
V
Y
 
V
A
 
A
S
 
V
L
 
Q
K
 
K
F
 
M
K
 
G
E
 
E
L
 
K
M
 
L
E
 
K
E
 
Q
K
 
Q
S
 
T
N
 
D
G
 
G
R
 
K
V
 
L
K
 
E
V
 
I
K
 
K
I
 
V
Y
 
F
P
 
P
A
 
G
M
 
G
Q
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
D
E
|
E
R
 
K
D
 
Q
I
 
M
A
 
I
E
 
E
G
 
Q
M
 
A
Q
 
Q
A
 
I
G
 
G
S
 
A
I
 
I
D
 
D
M
 
M
N
 
I
L
x
R
L
 
V
T
x
S
L
 
M
G
 
A
V
 
P
G
 
V
A
 
A
S
 
A
F
 
I
I
 
L
P
 
P
E
 
D
L
 
I
N
 
E
A
 
V
F
 
F
A
 
T
L
 
L
P
 
P
F
 
Y
L
 
V
F
 
F
K
 
R
G
 
D
S
 
E
E
 
D
H
 
H
Y
 
M
Q
 
H
K
 
K
V
 
I
M
 
I
Y
 
D
G
 
G
D
 
D
I
 
I
G
 
G
K
 
K
E
 
S
F
 
I
L
 
G
E
 
D
K
 
K
V
 
L
D
 
T
M
 
N
K
 
N
Y
 
P
G
 
K
F
 
S
K
 
R
T
 
L
L
 
V
H
 
F
F
 
L
G
 
G
-
 
W
-
 
M
A
 
D
S
 
S
I
 
G
F
 
T
R
|
R
E
 
N
P
 
L
F
 
I
N
 
T
N
 
K
V
 
-
R
 
N
P
 
P
I
 
V
E
 
E
K
 
K
P
 
P
E
 
E
D
 
D
F
 
L
K
 
H
G
 
G
L
 
M
K
 
K
I
 
I
R
|
R
L
 
V
M
x
Q
E
 
G
V
 
S
P
 
P
L
 
V
H
 
A
M
 
L
D
 
D
S
 
T
Y
 
L
K
 
K
A
 
D
M
 
M
G
 
G
A
 
A
N
 
N
P
 
S
T
 
V
P
 
A
I
 
M
A
 
G
Y
x
V
S
 
S
E
 
E
L
 
V
Y
 
F
T
 
S
A
 
G
L
 
M
Q
 
Q
L
 
T
G
 
G
T
 
V
V
 
I
D
 
D
G
 
G
A
 
A
E
 
E
N
|
N
A
 
N
I
 
P
G
 
P
T
|
T
I
 
F
Y
 
V
A
 
A
D
 
H
K
 
N
L
 
Y
Y
 
M
E
 
P
N
 
V
A
 
A
K
 
K
Y
 
N
I
 
Y
T
 
T
R
 
L
M
 
S
P
 
G
V
 
H
V
 
F
A
 
I
N
 
T
G
 
P
V
x
E
I
 
M
W
 
L
L
 
L
Y
 
Y
S
 
S
A
 
K
N
 
V
N
 
K
W
 
W
E
 
D
K
 
K
L
 
L
P
 
T
Q
 
A
D
 
D
I
 
E
Q
 
Q
E
 
Q
L
 
K
I
 
I
I
 
L
E
 
T
V
 
L
M
 
A
P
 
R
E
 
E
V
 
A
V
 
Q
S
 
F
V
 
E
L
 
Q
D
 
R
K
 
K
E
 
L
Y
 
W
L
 
D
K
 
A
L
 
Y
E
 
N
D
 
Q
I
 
E
G
 
A
I
 
L
E
 
A
E
 
K
M
 
M
K
 
K
K
 
A
A
 
G
G
 
G
I
 
V
Q
 
Q
F
 
F
N
 
H
K
 
E
P
 
I
E
 
-
D
 
D
F
 
K
E
 
A
P
 
Y
F
 
F
I
 
V
K
 
K
C
 
A
V
 
T
K
 
E
P
 
P
V
 
V
W
 
R
D
 
A
K
 
Q
Y
 
Y

Q16BC9 Solute-binding protein RD1_1052 from Roseobacter denitrificans (strain ATCC 33942 / OCh 114) (Erythrobacter sp. (strain OCh 114)) (Roseobacter denitrificans) (see paper)
32% identity, 68% coverage: 40:275/345 of query aligns to 27:260/325 of Q16BC9

query
sites
Q16BC9
E
 
Q
P
 
E
I
 
M
I
 
T
I
 
L
K
 
K
L
 
L
A
 
G
H
 
H
V
 
L
C
 
A
S
 
N
I
 
E
E
 
Q
H
 
N
P
 
A
Y
 
W
Q
 
H
Y
 
L
A
 
A
S
 
A
L
 
V
K
 
K
F
 
F
K
 
G
E
 
E
L
 
E
M
 
L
E
 
S
E
 
T
K
 
L
S
 
T
N
 
D
G
 
G
R
 
R
V
 
I
K
 
A
V
 
V
K
 
E
I
 
V
Y
 
F
P
 
P
A
 
N
M
 
E
Q
 
S
L
 
L
G
 
G
G
 
K
E
|
E
R
 
I
D
 
D
I
 
L
A
 
I
E
 
N
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
A
 
L
G
 
G
S
 
T
I
 
V
D
 
D
M
 
M
N
 
T
L
 
I
L
 
T
T
x
G
L
x
E
G
x
S
V
 
L
G
 
-
A
 
Q
S
 
N
F
 
W
I
 
A
P
 
P
E
 
M
L
 
A
N
 
A
A
 
L
F
 
L
A
 
A
L
 
V
P
 
P
F
 
Y
L
 
A
F
 
Y
K
 
K
G
 
S
S
 
L
E
 
E
H
 
H
Y
 
M
Q
 
D
K
 
E
V
 
V
M
 
A
Y
 
S
G
 
G
D
 
E
I
 
I
G
 
G
K
 
E
E
 
Q
F
 
I
L
 
K
E
 
Q
K
 
Q
V
 
I
D
 
I
M
 
E
K
 
K
Y
 
A
G
 
Q
F
 
V
K
 
R
T
 
P
L
 
I
H
 
A
F
 
F
G
 
F
A
 
A
S
 
-
I
 
-
F
 
-
R
|
R
E
x
G
P
|
P
F
x
R
N
 
N
-
 
L
-
 
T
N
 
S
V
 
Q
R
 
R
P
 
P
I
 
I
E
 
T
K
 
S
P
 
P
E
 
A
D
 
D
F
 
L
K
 
D
G
 
G
L
 
M
K
 
K
I
 
M
R
|
R
L
 
V
M
 
P
E
 
N
V
 
V
P
 
P
L
 
L
H
 
F
M
 
V
D
 
D
S
 
V
Y
 
W
K
 
S
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
S
P
 
P
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
A
Y
 
F
S
 
S
E
 
E
L
 
V
Y
 
F
T
 
T
A
 
S
L
 
L
Q
 
Q
L
 
N
G
 
G
T
 
V
V
 
I
D
 
D
G
 
G
A
 
Q
E
 
E
N
|
N
A
 
P
I
 
L
G
 
A
T
 
L
I
 
I
Y
 
R
A
 
S
D
 
A
K
 
N
L
 
F
Y
 
N
E
 
E
N
 
V
A
 
Q
K
 
G
Y
 
Y
I
 
V
T
 
N
R
 
Q
M
 
T
P
 
E
V
 
H
V
 
V
A
 
R
N
 
S
G
 
W
V
 
I
I
 
Y
W
 
L
L
 
T
Y
 
I
S
 
A
A
 
E
N
 
S
N
 
T
W
 
W
E
 
A
K
 
K
L
 
L
P
 
S
Q
 
E
D
 
D
I
 
D
Q
 
Q
E
 
N
L
 
A
I
 
V
I
 
M
E
 
Q

4mmpA Structure of sialic acid binding protein from pasturella multocida (see paper)
33% identity, 82% coverage: 63:344/345 of query aligns to 25:305/308 of 4mmpA

query
sites
4mmpA
F
 
F
K
 
A
E
 
K
L
 
E
M
 
V
E
 
K
E
 
E
K
 
K
S
 
S
N
 
N
G
 
G
R
 
K
V
 
I
K
 
D
V
 
V
K
 
A
I
 
I
Y
 
F
P
 
P
A
 
S
M
 
S
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
D
E
x
D
R
 
R
D
 
V
I
 
M
A
 
I
E
 
K
G
 
Q
M
 
L
Q
 
K
A
 
D
G
 
G
S
 
A
I
 
L
D
 
D
M
 
-
N
 
-
L
 
-
L
 
F
T
 
T
L
|
L
G
 
G
V
x
E
G
 
S
A
 
A
S
x
R
F
 
F
-
 
Q
-
 
I
-
 
Y
I
 
F
P
 
P
E
 
E
L
 
A
N
 
E
A
 
V
F
 
F
A
 
A
L
 
L
P
 
P
F
 
Y
L
 
M
F
 
I
K
 
P
G
 
N
S
 
F
E
 
E
H
 
T
Y
 
S
Q
 
K
K
 
K
V
 
A
M
 
L
Y
 
L
G
 
D
D
 
T
-
 
K
I
 
F
G
 
G
K
 
Q
E
 
G
F
 
L
L
 
L
E
 
K
K
 
K
V
 
I
D
 
D
M
 
K
K
 
E
Y
 
L
G
 
N
F
 
V
K
 
Q
T
 
V
L
 
L
H
 
S
F
 
V
G
 
A
A
 
Y
S
 
N
I
 
G
F
 
T
R
|
R
E
 
Q
P
 
T
F
 
T
N
 
S
N
 
N
V
 
-
R
 
R
P
 
A
I
 
I
E
 
N
K
 
S
P
 
I
E
 
E
D
 
D
F
 
M
K
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
L
R
|
R
L
 
V
M
 
P
E
 
N
V
 
A
P
 
A
L
 
T
H
 
N
M
 
L
D
 
A
S
 
Y
Y
 
A
K
 
K
A
 
Y
M
 
V
G
 
G
A
 
A
N
 
A
P
 
P
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
A
Y
x
F
S
 
S
E
 
E
L
 
V
Y
 
Y
T
 
L
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
L
 
T
G
 
N
T
 
S
V
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
Q
E
 
E
N
|
N
A
 
P
I
 
L
G
 
P
T
 
T
I
 
I
Y
 
Q
A
 
A
D
 
Q
K
 
K
L
 
F
Y
 
Y
E
 
E
N
 
V
A
 
Q
K
 
K
Y
 
Y
I
 
L
T
 
A
R
 
L
M
 
T
P
 
N
V
 
H
V
 
I
A
 
L
N
 
N
G
 
D
V
x
Q
I
 
L
W
 
Y
L
 
L
Y
 
I
S
 
S
A
 
N
N
 
D
N
 
T
W
 
L
E
 
A
K
 
D
L
 
L
P
 
P
Q
 
E
D
 
D
I
 
L
Q
 
Q
E
 
K
L
 
V
I
 
V
I
 
K
E
 
D
V
 
A
M
 
A
P
 
A
E
 
K
V
 
A
V
 
A
S
 
E
V
 
Y
L
 
H
D
 
T
K
 
K
E
 
L
Y
 
F
L
 
V
K
 
D
L
 
G
E
 
E
D
 
N
I
 
S
G
 
L
I
 
V
E
 
E
E
 
F
M
 
F
K
 
K
K
 
S
A
 
Q
G
 
G
I
 
V
Q
 
T
F
 
V
N
 
T
K
 
Q
P
 
P
E
 
-
D
 
D
F
 
L
E
 
K
P
 
P
F
 
F
I
 
K
K
 
A
C
 
A
V
 
L
K
 
T
P
 
P
V
 
Y
W
 
Y
D
 
D
K
 
E
Y
 
Y
L
 
L
A
 
K
E
 
K
Q
 
N
P
 
G
D
 
E
W
 
V
V
 
G
K
 
K
D
 
M
L
 
A
I
 
I
P
 
E
K
 
E
I
 
I
Q
 
S
T
 
N
V
 
L

Sites not aligning to the query:

4pcdA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from roseobacter denitrificans och 114 (rd1_1052, target efi-510238) with bound l-galactonate (see paper)
32% identity, 68% coverage: 42:275/345 of query aligns to 5:236/300 of 4pcdA

query
sites
4pcdA
I
 
M
I
 
T
I
 
L
K
 
K
L
 
L
A
 
G
H
 
H
V
 
L
C
 
A
S
 
N
I
 
E
E
 
Q
H
 
N
P
 
A
Y
 
W
Q
 
H
Y
 
L
A
 
A
S
 
A
L
 
V
K
 
K
F
 
F
K
 
G
E
 
E
L
 
E
M
 
L
E
 
S
E
 
T
K
 
L
S
 
T
N
 
D
G
 
G
R
 
R
V
 
I
K
 
A
V
 
V
K
 
E
I
 
V
Y
 
F
P
 
P
A
 
N
M
 
E
Q
 
S
L
 
L
G
 
G
G
 
K
E
|
E
R
 
I
D
 
D
I
 
L
A
 
I
E
 
N
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
A
 
L
G
 
G
S
 
T
I
 
V
D
 
D
M
 
M
N
 
T
L
 
I
L
 
T
T
x
G
L
x
E
G
x
S
V
 
L
G
 
-
A
 
Q
S
 
N
F
 
W
I
 
A
P
 
P
E
 
M
L
 
A
N
 
A
A
 
L
F
 
L
A
 
A
L
 
V
P
 
P
F
 
Y
L
 
A
F
 
Y
K
 
K
G
 
S
S
 
L
E
 
E
H
 
H
Y
 
M
Q
 
D
K
 
E
V
 
V
M
 
A
Y
 
S
G
 
G
D
 
E
I
 
I
G
 
G
K
 
E
E
 
Q
F
 
I
L
 
K
E
 
Q
K
 
Q
V
 
I
D
 
I
M
 
E
K
 
K
Y
 
A
G
 
Q
F
 
V
K
 
R
T
 
P
L
 
I
H
 
A
F
 
F
G
 
F
A
 
A
S
 
-
I
 
-
F
 
-
R
|
R
E
 
G
P
 
P
F
x
R
N
 
N
-
 
L
-
 
T
N
 
S
V
 
Q
R
 
R
P
 
P
I
 
I
E
 
T
K
 
S
P
 
P
E
 
A
D
 
D
F
 
L
K
 
D
G
 
G
L
 
M
K
 
K
I
 
M
R
|
R
L
 
V
M
 
P
E
 
N
V
 
V
P
 
P
L
 
L
H
 
F
M
 
V
D
 
D
S
 
V
Y
 
W
K
 
S
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
S
P
 
P
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
A
Y
 
F
S
 
S
E
 
E
L
 
V
Y
 
F
T
 
T
A
 
S
L
 
L
Q
 
Q
L
 
N
G
 
G
T
 
V
V
 
I
D
 
D
G
 
G
A
 
Q
E
 
E
N
|
N
A
 
P
I
 
L
G
 
A
T
x
L
I
 
I
Y
 
R
A
 
S
D
 
A
K
 
N
L
 
F
Y
 
N
E
 
E
N
 
V
A
 
Q
K
 
G
Y
 
Y
I
 
V
T
 
N
R
 
Q
M
 
T
P
 
E
V
 
H
V
 
V
A
 
R
N
 
S
G
 
W
V
 
I
I
 
Y
W
 
L
L
 
T
Y
 
I
S
 
A
A
 
E
N
 
S
N
 
T
W
 
W
E
 
A
K
 
K
L
 
L
P
 
S
Q
 
E
D
 
D
I
 
D
Q
 
Q
E
 
N
L
 
A
I
 
V
I
 
M
E
 
Q

4pc9A Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from rosenbacter denitrificans och 114 (rd1_1052, target efi-510238) with bound d-mannonate (see paper)
32% identity, 68% coverage: 42:275/345 of query aligns to 5:236/300 of 4pc9A

query
sites
4pc9A
I
 
M
I
 
T
I
 
L
K
 
K
L
 
L
A
 
G
H
 
H
V
x
L
C
 
A
S
 
N
I
 
E
E
 
Q
H
 
N
P
 
A
Y
 
W
Q
 
H
Y
 
L
A
 
A
S
 
A
L
 
V
K
 
K
F
 
F
K
 
G
E
 
E
L
 
E
M
 
L
E
 
S
E
 
T
K
 
L
S
 
T
N
 
D
G
 
G
R
 
R
V
 
I
K
 
A
V
 
V
K
 
E
I
 
V
Y
 
F
P
 
P
A
 
N
M
 
E
Q
 
S
L
 
L
G
 
G
G
 
K
E
|
E
R
 
I
D
 
D
I
 
L
A
 
I
E
 
N
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
A
 
L
G
 
G
S
 
T
I
 
V
D
 
D
M
 
M
N
 
T
L
 
I
L
 
T
T
x
G
L
x
E
G
x
S
V
 
L
G
 
-
A
 
Q
S
 
N
F
 
W
I
 
A
P
 
P
E
 
M
L
 
A
N
 
A
A
 
L
F
 
L
A
 
A
L
 
V
P
 
P
F
 
Y
L
 
A
F
 
Y
K
 
K
G
 
S
S
 
L
E
 
E
H
 
H
Y
 
M
Q
 
D
K
 
E
V
 
V
M
 
A
Y
 
S
G
 
G
D
 
E
I
 
I
G
 
G
K
 
E
E
 
Q
F
 
I
L
 
K
E
 
Q
K
 
Q
V
 
I
D
 
I
M
 
E
K
 
K
Y
 
A
G
 
Q
F
 
V
K
 
R
T
 
P
L
 
I
H
 
A
F
 
F
G
 
F
A
 
A
S
 
-
I
 
-
F
 
-
R
|
R
E
 
G
P
 
P
F
x
R
N
 
N
-
 
L
-
 
T
N
 
S
V
 
Q
R
 
R
P
 
P
I
 
I
E
 
T
K
 
S
P
 
P
E
 
A
D
 
D
F
 
L
K
 
D
G
 
G
L
 
M
K
 
K
I
 
M
R
|
R
L
 
V
M
x
P
E
 
N
V
 
V
P
 
P
L
 
L
H
 
F
M
 
V
D
 
D
S
 
V
Y
 
W
K
 
S
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
S
P
 
P
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
A
Y
x
F
S
 
S
E
 
E
L
 
V
Y
 
F
T
 
T
A
 
S
L
 
L
Q
 
Q
L
 
N
G
 
G
T
 
V
V
 
I
D
 
D
G
 
G
A
 
Q
E
 
E
N
|
N
A
 
P
I
 
L
G
 
A
T
x
L
I
 
I
Y
 
R
A
 
S
D
 
A
K
 
N
L
 
F
Y
 
N
E
 
E
N
 
V
A
 
Q
K
 
G
Y
 
Y
I
 
V
T
 
N
R
 
Q
M
 
T
P
 
E
V
 
H
V
 
V
A
 
R
N
 
S
G
 
W
V
 
I
I
 
Y
W
 
L
L
 
T
Y
 
I
S
 
A
A
 
E
N
 
S
N
 
T
W
 
W
E
 
A
K
 
K
L
 
L
P
 
S
Q
 
E
D
 
D
I
 
D
Q
 
Q
E
 
N
L
 
A
I
 
V
I
 
M
E
 
Q

4n8yA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from bradyrhizobium sp. Btai1 b (bbta_0128), target efi-510056 (bbta_0128), complex with alpha/beta-d-galacturonate (see paper)
30% identity, 84% coverage: 54:342/345 of query aligns to 9:298/300 of 4n8yA

query
sites
4n8yA
H
|
H
P
 
P
Y
 
A
Q
 
D
Y
 
Y
A
 
P
S
 
T
L
 
V
K
 
E
F
 
A
K
 
V
E
 
K
L
 
F
M
 
M
E
 
G
E
 
K
K
 
Q
-
 
L
-
 
A
-
 
A
-
 
A
S
 
S
N
 
G
G
 
G
R
 
K
V
 
L
K
 
G
V
 
V
K
 
K
I
 
V
Y
 
F
P
 
P
A
 
N
M
 
G
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
S
E
|
E
R
 
K
D
 
D
I
 
T
A
 
I
E
 
E
G
 
Q
M
 
L
Q
 
K
A
 
I
G
 
G
S
 
A
I
 
L
D
 
D
M
 
M
N
 
M
L
x
R
L
 
I
T
 
N
L
 
S
G
 
S
V
 
P
G
 
L
A
 
N
S
 
N
F
 
F
I
 
V
P
 
P
E
 
E
L
 
T
N
 
V
A
 
A
F
 
L
A
 
C
L
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
V
F
 
F
K
 
R
G
 
D
S
 
T
E
 
Q
H
 
H
Y
 
M
Q
 
R
K
 
N
V
 
V
M
 
L
Y
 
D
G
 
G
D
 
P
I
 
I
G
 
G
K
 
D
E
 
E
F
 
I
L
 
L
E
 
A
K
 
A
V
 
M
D
 
E
M
 
-
K
 
P
Y
 
A
G
 
G
F
 
L
K
 
V
T
 
G
L
 
L
H
 
A
F
 
Y
G
 
Y
A
 
D
S
 
S
I
 
G
F
 
A
R
|
R
E
 
S
P
 
I
F
 
Y
N
 
T
N
 
V
V
 
K
R
 
A
P
 
P
I
 
V
E
 
K
K
 
S
P
 
L
E
 
A
D
 
D
F
 
L
K
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
I
R
|
R
L
 
V
M
x
Q
E
 
Q
V
 
S
P
 
D
L
 
L
H
 
W
M
 
V
D
 
G
S
 
M
Y
 
I
K
 
Q
A
 
S
M
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
P
 
P
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
P
Y
|
Y
S
 
G
E
 
E
L
 
V
Y
 
Y
T
 
T
A
 
A
L
 
L
Q
 
K
L
 
T
G
 
G
T
 
L
V
 
V
D
 
D
G
 
A
A
 
A
E
 
E
N
|
N
A
 
N
I
 
W
G
 
P
T
x
S
I
 
Y
Y
 
E
A
 
S
D
 
S
K
 
R
L
 
H
Y
 
F
E
 
E
N
 
A
A
 
A
K
 
K
Y
 
F
-
 
Y
-
 
N
I
 
I
T
 
T
R
 
E
M
 
H
P
 
S
V
 
L
V
 
A
A
 
P
N
x
E
G
 
-
V
 
-
I
 
V
W
 
L
L
 
V
Y
 
M
S
 
S
A
 
K
N
 
K
N
 
V
W
 
W
E
 
D
K
 
T
L
 
L
P
 
S
Q
 
K
D
 
E
I
 
D
Q
 
Q
E
 
A
L
 
L
I
 
V
I
 
R
E
 
K
V
 
A
M
 
A
P
 
K
E
 
D
V
 
S
V
 
V
S
 
P
V
 
V
L
 
M
D
 
R
K
 
K
E
 
L
Y
 
W
L
 
D
K
 
E
L
 
R
E
 
E
D
 
Q
I
 
A
G
 
S
I
 
R
E
 
K
E
 
A
M
 
V
K
 
E
K
 
A
A
 
A
G
 
G
I
 
V
Q
 
Q
F
 
V
N
 
V
K
 
T
P
 
V
E
 
A
D
 
N
F
 
K
E
 
Q
P
 
E
F
 
F
I
 
V
K
 
D
C
 
A
V
 
M
K
 
K
P
 
P
V
 
V
W
 
Y
D
 
Q
K
 
K
Y
 
F
L
 
A
A
 
G
E
 
D
Q
 
E
P
 
K
D
 
-
W
 
-
V
 
L
K
 
S
D
 
S
L
 
L
I
 
V
P
 
K
K
 
R
I
 
I
Q
 
Q

P44542 Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP; Extracytoplasmic solute receptor protein SiaP; N-acetylneuraminic-binding protein; Neu5Ac-binding protein from Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (see 2 papers)
28% identity, 82% coverage: 63:345/345 of query aligns to 47:328/329 of P44542

query
sites
P44542
F
 
F
K
 
A
E
 
K
L
 
E
M
 
V
E
 
K
E
 
E
K
 
K
S
 
S
N
 
Q
G
 
G
R
 
K
V
 
I
K
 
E
V
 
I
K
 
S
I
 
L
Y
 
Y
P
 
P
A
 
S
M
 
S
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
D
E
x
D
R
 
R
D
 
A
I
 
M
A
 
L
E
 
K
G
 
Q
M
 
L
Q
 
K
A
 
D
G
 
G
S
 
S
I
 
L
D
 
D
M
 
F
N
x
T
L
 
F
L
 
A
T
x
E
L
 
S
G
 
A
V
 
R
G
 
F
A
 
Q
S
 
L
F
 
F
I
 
Y
P
 
P
E
 
E
L
 
A
N
 
A
A
 
V
F
 
F
A
 
A
L
 
L
P
 
P
F
 
Y
L
 
V
F
 
I
K
 
S
G
 
N
S
 
Y
E
 
N
H
 
V
Y
 
A
Q
 
Q
K
 
K
V
 
A
M
 
L
Y
 
F
G
 
D
-
 
T
D
 
E
I
 
F
G
 
G
K
 
K
E
 
D
F
 
L
L
 
I
E
 
K
K
 
K
V
 
M
D
 
D
M
 
K
K
 
D
Y
 
L
G
 
G
F
 
V
K
 
T
T
 
L
L
 
L
H
 
S
F
 
Q
G
 
A
A
 
Y
S
 
N
I
 
G
F
 
T
R
|
R
E
 
Q
P
 
T
F
 
T
N
 
S
N
 
N
V
 
-
R
 
R
P
 
A
I
 
I
E
 
N
K
 
S
P
 
I
E
 
A
D
 
D
F
 
M
K
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
L
R
|
R
L
 
V
M
 
P
E
 
N
V
 
A
P
 
A
L
 
T
H
 
N
M
 
L
D
 
A
S
 
Y
Y
 
A
K
 
K
A
 
Y
M
 
V
G
 
G
A
 
A
N
 
S
P
 
P
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
A
Y
 
F
S
 
S
E
 
E
L
 
V
Y
 
Y
T
 
L
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
L
 
T
G
 
N
T
 
A
V
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
Q
E
 
E
N
|
N
A
 
P
I
 
L
G
 
A
T
 
A
I
 
V
Y
 
Q
A
 
A
D
 
Q
K
 
K
L
 
F
Y
 
Y
E
 
E
N
 
V
A
 
Q
K
 
K
Y
 
F
I
 
L
T
 
A
R
 
M
M
 
T
P
 
N
V
 
H
V
 
I
A
 
L
N
 
N
G
 
D
V
 
Q
I
 
L
W
 
Y
L
 
L
Y
 
V
S
 
S
A
 
N
N
 
E
N
 
T
W
 
Y
E
 
K
K
 
E
L
 
L
P
 
P
Q
 
E
D
 
D
I
 
L
Q
 
Q
E
 
K
L
 
V
I
 
V
I
 
K
E
 
D
V
 
A
M
 
A
P
 
E
E
 
N
V
 
A
V
 
A
S
 
K
V
 
Y
L
 
H
D
 
T
K
 
K
E
 
L
Y
 
F
L
 
V
K
 
D
L
 
G
E
 
E
D
 
K
I
 
D
G
 
L
I
 
V
E
 
T
E
 
F
M
 
F
K
 
E
K
 
K
A
 
Q
G
 
G
I
 
V
Q
 
K
F
 
I
N
 
T
K
 
H
P
 
P
E
 
-
D
 
D
F
 
L
E
 
V
P
 
P
F
 
F
I
 
K
K
 
E
C
 
S
V
 
M
K
 
K
P
 
P
V
 
Y
W
 
Y
D
 
A
K
 
E
Y
 
F
L
 
V
A
 
K
E
 
Q
Q
 
T
P
 
G
D
 
Q
W
 
K
V
 
G
K
 
E
D
 
S
L
 
A
I
 
L
P
 
K
K
 
Q
I
 
I
Q
 
E
T
 
A
V
 
I
D
 
N

Sites not aligning to the query:

2v4cA Structure of sialic acid binding protein (siap) in the presence of kdn (see paper)
28% identity, 82% coverage: 63:345/345 of query aligns to 24:305/309 of 2v4cA

query
sites
2v4cA
F
 
F
K
 
A
E
 
K
L
 
E
M
 
V
E
 
K
E
 
E
K
 
K
S
 
S
N
 
Q
G
 
G
R
 
K
V
 
I
K
 
E
V
 
I
K
 
S
I
 
L
Y
 
Y
P
 
P
A
 
S
M
 
S
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
D
E
x
D
R
 
R
D
 
A
I
 
M
A
 
L
E
 
K
G
 
Q
M
 
L
Q
 
K
A
 
D
G
 
G
S
 
S
I
 
L
D
 
D
M
 
F
N
 
T
L
 
F
L
 
A
T
x
E
L
 
S
G
 
A
V
 
R
G
 
F
A
 
Q
S
 
L
F
 
F
I
 
Y
P
 
P
E
 
E
L
 
A
N
 
A
A
 
V
F
 
F
A
 
A
L
 
L
P
 
P
F
 
Y
L
 
V
F
 
I
K
 
S
G
 
N
S
 
Y
E
 
N
H
 
V
Y
 
A
Q
 
Q
K
 
K
V
 
A
M
 
L
Y
 
F
G
 
D
-
 
T
D
 
E
I
 
F
G
 
G
K
 
K
E
 
D
F
 
L
L
 
I
E
 
K
K
 
K
V
 
M
D
 
D
M
 
K
K
 
D
Y
 
L
G
 
G
F
 
V
K
 
T
T
 
L
L
 
L
H
 
S
F
 
Q
G
 
A
A
 
Y
S
 
N
I
 
G
F
 
T
R
|
R
E
 
Q
P
 
T
F
 
T
N
 
S
N
 
N
V
 
-
R
 
R
P
 
A
I
 
I
E
 
N
K
 
S
P
 
I
E
 
A
D
 
D
F
 
M
K
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
L
R
|
R
L
 
V
M
 
P
E
 
N
V
 
A
P
 
A
L
 
T
H
 
N
M
 
L
D
 
A
S
 
Y
Y
 
A
K
 
K
A
 
Y
M
 
V
G
 
G
A
 
A
N
 
S
P
 
P
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
A
Y
x
F
S
 
S
E
 
E
L
 
V
Y
 
Y
T
 
L
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
L
 
T
G
 
N
T
 
A
V
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
Q
E
 
E
N
|
N
A
 
P
I
 
L
G
 
A
T
 
A
I
 
V
Y
 
Q
A
 
A
D
 
Q
K
 
K
L
 
F
Y
 
Y
E
 
E
N
 
V
A
 
Q
K
 
K
Y
 
F
I
 
L
T
 
A
R
 
M
M
 
T
P
 
N
V
 
H
V
 
I
A
 
L
N
 
N
G
 
D
V
 
Q
I
 
L
W
 
Y
L
 
L
Y
 
V
S
 
S
A
 
N
N
 
E
N
 
T
W
 
Y
E
 
K
K
 
E
L
 
L
P
 
P
Q
 
E
D
 
D
I
 
L
Q
 
Q
E
 
K
L
 
V
I
 
V
I
 
K
E
 
D
V
 
A
M
 
A
P
 
E
E
 
N
V
 
A
V
 
A
S
 
K
V
 
Y
L
 
H
D
 
T
K
 
K
E
 
L
Y
 
F
L
 
V
K
 
D
L
 
G
E
 
E
D
 
K
I
 
D
G
 
L
I
 
V
E
 
T
E
 
F
M
 
F
K
 
E
K
 
K
A
 
Q
G
 
G
I
 
V
Q
 
K
F
 
I
N
 
T
K
 
H
P
 
P
E
 
-
D
 
D
F
 
L
E
 
V
P
 
P
F
 
F
I
 
K
K
 
E
C
 
S
V
 
M
K
 
K
P
 
P
V
 
Y
W
 
Y
D
 
A
K
 
E
Y
 
F
L
 
V
A
 
K
E
 
Q
Q
 
T
P
 
G
D
 
Q
W
 
K
V
 
G
K
 
E
D
 
S
L
 
A
I
 
L
P
 
K
K
 
Q
I
 
I
Q
 
E
T
 
A
V
 
I
D
 
N

2wx9A Crystal structure of the sialic acid binding periplasmic protein siap (see paper)
28% identity, 82% coverage: 63:345/345 of query aligns to 24:305/308 of 2wx9A

query
sites
2wx9A
F
 
F
K
 
A
E
 
K
L
 
E
M
 
V
E
 
K
E
 
E
K
 
K
S
 
S
N
 
Q
G
 
G
R
 
K
V
 
I
K
 
E
V
 
I
K
 
S
I
 
L
Y
 
Y
P
 
P
A
 
S
M
 
S
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
D
E
x
D
R
 
R
D
 
A
I
 
M
A
 
L
E
 
K
G
 
Q
M
 
L
Q
 
K
A
 
D
G
 
G
S
 
S
I
 
L
D
 
D
M
 
F
N
 
T
L
x
F
L
x
A
T
x
E
L
 
S
G
 
A
V
 
R
G
 
F
A
 
Q
S
 
L
F
 
F
I
 
Y
P
 
P
E
 
E
L
 
A
N
 
A
A
 
V
F
 
F
A
 
A
L
 
L
P
 
P
F
 
Y
L
 
V
F
 
I
K
 
S
G
 
N
S
 
Y
E
 
N
H
 
V
Y
 
A
Q
 
Q
K
 
K
V
 
A
M
 
L
Y
 
F
G
 
D
-
 
T
D
 
E
I
 
F
G
 
G
K
 
K
E
 
D
F
 
L
L
 
I
E
 
K
K
 
K
V
 
M
D
 
D
M
 
K
K
 
D
Y
 
L
G
 
G
F
 
V
K
 
T
T
 
L
L
 
L
H
 
S
F
 
Q
G
 
A
A
 
Y
S
 
N
I
 
G
F
 
T
R
|
R
E
 
Q
P
 
T
F
 
T
N
 
S
N
 
N
V
 
-
R
 
R
P
 
A
I
 
I
E
 
N
K
 
S
P
 
I
E
 
A
D
 
D
F
 
M
K
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
L
R
|
R
L
 
V
M
 
P
E
 
N
V
 
A
P
 
A
L
 
T
H
 
N
M
 
L
D
 
A
S
 
Y
Y
 
A
K
 
K
A
 
Y
M
 
V
G
 
G
A
 
A
N
 
S
P
 
P
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
A
Y
x
F
S
 
S
E
 
E
L
 
V
Y
 
Y
T
 
L
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
L
 
T
G
 
N
T
 
A
V
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
Q
E
 
E
N
|
N
A
 
P
I
 
L
G
 
A
T
 
A
I
 
V
Y
 
Q
A
 
A
D
 
Q
K
 
K
L
 
F
Y
 
Y
E
 
E
N
 
V
A
 
Q
K
 
K
Y
 
F
I
 
L
T
 
A
R
 
M
M
 
T
P
 
N
V
 
H
V
 
I
A
 
L
N
 
N
G
 
D
V
x
Q
I
 
L
W
 
Y
L
 
L
Y
 
V
S
 
S
A
 
N
N
 
E
N
 
T
W
 
Y
E
 
K
K
 
E
L
 
L
P
 
P
Q
 
E
D
 
D
I
 
L
Q
 
Q
E
 
K
L
 
V
I
 
V
I
 
K
E
 
D
V
 
A
M
 
A
P
 
E
E
 
N
V
 
A
V
 
A
S
 
K
V
 
Y
L
 
H
D
 
T
K
 
K
E
 
L
Y
 
F
L
 
V
K
 
D
L
 
G
E
 
E
D
 
K
I
 
D
G
 
L
I
 
V
E
 
T
E
 
F
M
 
F
K
 
E
K
 
K
A
 
Q
G
 
G
I
 
V
Q
 
K
F
 
I
N
 
T
K
 
H
P
 
P
E
 
-
D
 
D
F
 
L
E
 
V
P
 
P
F
 
F
I
 
K
K
 
E
C
 
S
V
 
M
K
 
K
P
 
P
V
 
Y
W
 
Y
D
 
A
K
 
E
Y
 
F
L
 
V
A
 
K
E
 
Q
Q
 
T
P
 
G
D
 
Q
W
 
K
V
 
G
K
 
E
D
 
S
L
 
A
I
 
L
P
 
K
K
 
Q
I
 
I
Q
 
E
T
 
A
V
 
I
D
 
N

Sites not aligning to the query:

2cexB Structure of a sialic acid binding protein (siap) in the presence of the sialic acid acid analogue neu5ac2en (see paper)
28% identity, 82% coverage: 63:345/345 of query aligns to 23:304/305 of 2cexB

query
sites
2cexB
F
 
F
K
 
A
E
 
K
L
 
E
M
 
V
E
 
K
E
 
E
K
 
K
S
 
S
N
 
Q
G
 
G
R
 
K
V
 
I
K
 
E
V
 
I
K
 
S
I
 
L
Y
 
Y
P
 
P
A
 
S
M
 
S
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
D
E
 
D
R
 
R
D
 
A
I
 
M
A
 
L
E
 
K
G
 
Q
M
 
L
Q
 
K
A
 
D
G
 
G
S
 
S
I
 
L
D
 
D
M
 
F
N
 
T
L
 
F
L
 
A
T
x
E
L
 
S
G
 
A
V
 
R
G
 
F
A
 
Q
S
 
L
F
 
F
I
 
Y
P
 
P
E
 
E
L
 
A
N
 
A
A
 
V
F
 
F
A
 
A
L
 
L
P
 
P
F
 
Y
L
 
V
F
 
I
K
 
S
G
 
N
S
 
Y
E
 
N
H
 
V
Y
 
A
Q
 
Q
K
 
K
V
 
A
M
 
L
Y
 
F
G
 
D
-
 
T
D
 
E
I
 
F
G
 
G
K
 
K
E
 
D
F
 
L
L
 
I
E
 
K
K
 
K
V
 
M
D
 
D
M
 
K
K
 
D
Y
 
L
G
 
G
F
 
V
K
 
T
T
 
L
L
 
L
H
 
S
F
 
Q
G
 
A
A
 
Y
S
 
N
I
 
G
F
 
T
R
 
R
E
 
Q
P
 
T
F
 
T
N
 
S
N
 
N
V
 
-
R
 
R
P
 
A
I
 
I
E
 
N
K
 
S
P
 
I
E
 
A
D
 
D
F
 
M
K
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
L
R
|
R
L
 
V
M
 
P
E
 
N
V
 
A
P
 
A
L
 
T
H
 
N
M
 
L
D
 
A
S
 
Y
Y
 
A
K
 
K
A
 
Y
M
 
V
G
 
G
A
 
A
N
 
S
P
 
P
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
A
Y
x
F
S
 
S
E
 
E
L
 
V
Y
 
Y
T
 
L
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
L
 
T
G
 
N
T
 
A
V
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
Q
E
 
E
N
|
N
A
 
P
I
 
L
G
 
A
T
 
A
I
 
V
Y
 
Q
A
 
A
D
 
Q
K
 
K
L
 
F
Y
 
Y
E
 
E
N
 
V
A
 
Q
K
 
K
Y
 
F
I
 
L
T
 
A
R
 
M
M
 
T
P
 
N
V
 
H
V
 
I
A
 
L
N
 
N
G
 
D
V
 
Q
I
 
L
W
 
Y
L
 
L
Y
 
V
S
 
S
A
 
N
N
 
E
N
 
T
W
 
Y
E
 
K
K
 
E
L
 
L
P
 
P
Q
 
E
D
 
D
I
 
L
Q
 
Q
E
 
K
L
 
V
I
 
V
I
 
K
E
 
D
V
 
A
M
 
A
P
 
E
E
 
N
V
 
A
V
 
A
S
 
K
V
 
Y
L
 
H
D
 
T
K
 
K
E
 
L
Y
 
F
L
 
V
K
 
D
L
 
G
E
 
E
D
 
K
I
 
D
G
 
L
I
 
V
E
 
T
E
 
F
M
 
F
K
 
E
K
 
K
A
 
Q
G
 
G
I
 
V
Q
 
K
F
 
I
N
 
T
K
 
H
P
 
P
E
 
-
D
 
D
F
 
L
E
 
V
P
 
P
F
 
F
I
 
K
K
 
E
C
 
S
V
 
M
K
 
K
P
 
P
V
 
Y
W
 
Y
D
 
A
K
 
E
Y
 
F
L
 
V
A
 
K
E
 
Q
Q
 
T
P
 
G
D
 
Q
W
 
K
V
 
G
K
 
E
D
 
S
L
 
A
I
 
L
P
 
K
K
 
Q
I
 
I
Q
 
E
T
 
A
V
 
I
D
 
N

Sites not aligning to the query:

4p3lA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from chromohalobacter salexigens dsm 3043 (csal_2479), target efi-510085, with bound glucuronate, spg p6122 (see paper)
30% identity, 84% coverage: 54:342/345 of query aligns to 9:299/303 of 4p3lA

query
sites
4p3lA
H
|
H
P
 
P
Y
 
P
Q
 
S
Y
 
Y
A
 
P
S
 
N
L
 
G
K
 
K
-
 
A
-
 
L
-
 
E
-
 
S
F
 
F
K
 
A
E
 
K
L
 
E
M
 
V
E
 
A
E
 
E
K
 
K
S
 
T
N
 
E
G
 
G
R
 
R
V
 
V
K
 
E
V
 
P
K
 
K
I
 
V
Y
 
Y
P
 
H
A
 
N
M
 
A
Q
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
D
E
x
Q
R
 
P
D
 
D
I
 
A
A
 
I
E
 
E
G
 
Q
M
 
T
Q
 
R
A
 
S
G
 
G
S
 
A
I
 
L
D
 
D
M
 
F
N
 
A
L
 
N
L
 
F
T
x
N
L
 
M
G
 
G
V
 
P
G
 
M
A
 
G
S
 
P
F
 
I
I
 
V
P
 
P
E
 
A
L
 
A
N
 
N
A
 
V
F
 
L
A
 
S
L
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
I
F
 
F
K
 
K
G
 
S
S
 
P
E
 
D
H
 
D
Y
 
M
Q
 
Y
K
 
R
V
 
I
M
 
M
Y
 
D
G
 
G
D
 
E
I
 
I
G
 
G
K
 
E
E
 
R
F
 
F
L
 
A
E
 
D
K
 
A
V
 
L
D
 
A
M
 
E
K
 
K
Y
 
N
G
 
L
F
 
I
K
 
V
T
 
L
L
 
S
H
 
W
F
 
F
G
 
G
A
 
S
S
 
G
I
 
A
F
 
-
R
|
R
E
 
S
P
 
L
F
 
Y
N
 
N
N
 
T
V
 
D
R
 
H
P
 
P
I
 
V
E
 
E
K
 
T
P
 
P
E
 
D
D
 
D
F
 
V
K
 
E
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
V
R
|
R
L
 
V
M
|
M
E
 
N
V
 
N
P
 
D
L
 
L
H
 
Y
M
 
V
D
 
Q
S
 
M
Y
 
I
K
 
D
A
 
E
M
 
M
G
 
G
A
 
G
N
 
N
P
 
A
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
A
Y
|
Y
S
 
G
E
 
E
L
 
V
Y
 
Y
T
 
Q
A
 
S
L
 
L
Q
 
K
L
 
T
G
 
G
T
 
V
V
 
I
D
 
D
G
 
G
A
 
A
E
 
E
N
|
N
A
 
N
I
 
Y
G
 
P
T
x
S
I
 
Y
Y
 
E
A
 
S
D
 
S
K
 
G
L
 
H
Y
 
Y
E
 
E
N
 
V
A
 
A
K
 
N
Y
 
Y
I
 
Y
T
 
S
R
 
L
M
 
T
P
 
E
V
 
H
V
 
L
A
 
I
N
 
L
G
 
P
V
x
E
I
 
C
W
 
L
L
 
C
Y
 
V
S
 
A
A
 
K
N
 
A
N
 
S
W
 
W
E
 
E
K
 
E
L
 
L
P
 
S
Q
 
E
D
 
K
I
 
D
Q
 
R
E
 
Q
L
 
A
I
 
I
I
 
R
E
 
E
V
 
A
M
 
A
P
 
E
E
 
D
V
 
A
V
 
A
S
 
-
V
 
-
L
 
-
D
 
-
K
 
K
E
 
E
Y
 
Q
L
 
R
K
 
A
L
 
L
E
 
W
D
 
E
I
 
E
G
 
G
I
 
V
E
 
Q
E
 
A
M
 
S
K
 
K
K
 
Q
-
 
K
-
 
I
-
 
L
-
 
D
A
 
A
G
 
G
I
 
V
Q
 
K
F
 
I
N
 
N
K
 
E
P
 
V
E
 
D
D
 
D
F
 
K
E
 
S
P
 
A
F
 
F
I
 
Q
K
 
A
C
 
K
V
 
M
K
 
Q
P
 
P
V
 
I
W
 
Y
D
 
D
K
 
Q
Y
 
F
L
 
V
A
 
Q
E
 
E
Q
 
H
P
 
P
D
 
E
W
 
-
V
 
L
K
 
E
D
 
S
L
 
L
I
 
V
P
 
T
K
 
D
I
 
I
Q
 
Q

Sites not aligning to the query:

3b50A Structure of h. Influenzae sialic acid binding protein bound to neu5ac. (see paper)
28% identity, 82% coverage: 63:345/345 of query aligns to 24:305/310 of 3b50A

query
sites
3b50A
F
 
F
K
 
A
E
 
K
L
 
E
M
 
V
E
 
K
E
 
E
K
 
K
S
 
S
N
 
Q
G
 
G
R
 
K
V
 
I
K
 
E
V
 
I
K
 
S
I
 
L
Y
 
Y
P
 
P
A
 
S
M
 
S
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
D
E
x
D
R
 
R
D
 
A
I
 
M
A
 
L
E
 
K
G
 
Q
M
 
L
Q
 
K
A
 
D
G
 
G
S
 
S
I
 
L
D
 
D
M
 
F
N
 
T
L
x
F
L
 
A
T
x
E
L
 
S
G
 
A
V
x
R
G
 
F
A
 
Q
S
 
L
F
 
F
I
 
Y
P
 
P
E
 
E
L
 
A
N
 
A
A
 
V
F
 
F
A
 
A
L
 
L
P
 
P
F
 
Y
L
 
V
F
 
I
K
 
S
G
 
N
S
 
Y
E
 
N
H
 
V
Y
 
A
Q
 
Q
K
 
K
V
 
A
M
 
L
Y
 
F
G
 
D
-
 
T
D
 
E
I
 
F
G
 
G
K
 
K
E
 
D
F
 
L
L
 
I
E
 
K
K
 
K
V
 
M
D
 
D
M
 
K
K
 
D
Y
 
L
G
 
G
F
 
V
K
 
T
T
 
L
L
 
L
H
 
S
F
 
Q
G
 
A
A
 
Y
S
 
N
I
 
G
F
 
T
R
|
R
E
 
Q
P
 
T
F
 
T
N
 
S
N
 
N
V
 
-
R
 
R
P
 
A
I
 
I
E
 
N
K
 
S
P
 
I
E
 
A
D
 
D
F
 
M
K
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
L
R
|
R
L
 
V
M
 
P
E
 
N
V
 
A
P
 
A
L
 
T
H
 
N
M
 
L
D
 
A
S
 
Y
Y
 
A
K
 
K
A
 
Y
M
 
V
G
 
G
A
 
A
N
 
S
P
 
P
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
A
Y
x
F
S
 
S
E
 
E
L
 
V
Y
 
Y
T
 
L
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
L
 
T
G
 
N
T
 
A
V
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
Q
E
 
E
N
|
N
A
 
P
I
 
L
G
 
A
T
 
A
I
 
V
Y
 
Q
A
 
A
D
 
Q
K
 
K
L
 
F
Y
 
Y
E
 
E
N
 
V
A
 
Q
K
 
K
Y
 
F
I
 
L
T
 
A
R
 
M
M
 
T
P
 
N
V
 
H
V
 
I
A
 
L
N
 
N
G
 
D
V
x
Q
I
 
L
W
 
Y
L
 
L
Y
 
V
S
 
S
A
 
N
N
 
E
N
 
T
W
 
Y
E
 
K
K
 
E
L
 
L
P
 
P
Q
 
E
D
 
D
I
 
L
Q
 
Q
E
 
K
L
 
V
I
 
V
I
 
K
E
 
D
V
 
A
M
 
A
P
 
E
E
 
N
V
 
A
V
 
A
S
 
K
V
 
Y
L
 
H
D
 
T
K
 
K
E
 
L
Y
 
F
L
 
V
K
 
D
L
 
G
E
 
E
D
 
K
I
 
D
G
 
L
I
 
V
E
 
T
E
 
F
M
 
F
K
 
E
K
 
K
A
 
Q
G
 
G
I
 
V
Q
 
K
F
 
I
N
 
T
K
 
H
P
 
P
E
 
-
D
 
D
F
 
L
E
 
V
P
 
P
F
 
F
I
 
K
K
 
E
C
 
S
V
 
M
K
 
K
P
 
P
V
 
Y
W
 
Y
D
 
A
K
 
E
Y
 
F
L
 
V
A
 
K
E
 
Q
Q
 
T
P
 
G
D
 
Q
W
 
K
V
 
G
K
 
E
D
 
S
L
 
A
I
 
L
P
 
K
K
 
Q
I
 
I
Q
 
E
T
 
A
V
 
I
D
 
N

Sites not aligning to the query:

2cexA Structure of a sialic acid binding protein (siap) in the presence of the sialic acid acid analogue neu5ac2en (see paper)
28% identity, 82% coverage: 63:345/345 of query aligns to 23:304/304 of 2cexA

query
sites
2cexA
F
 
F
K
 
A
E
 
K
L
 
E
M
 
V
E
 
K
E
 
E
K
 
K
S
 
S
N
 
Q
G
 
G
R
 
K
V
 
I
K
 
E
V
 
I
K
 
S
I
 
L
Y
 
Y
P
 
P
A
 
S
M
 
S
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
D
E
 
D
R
 
R
D
 
A
I
 
M
A
 
L
E
 
K
G
 
Q
M
 
L
Q
 
K
A
 
D
G
 
G
S
 
S
I
 
L
D
 
D
M
 
F
N
 
T
L
 
F
L
 
A
T
 
E
L
 
S
G
 
A
V
 
R
G
 
F
A
 
Q
S
 
L
F
 
F
I
 
Y
P
 
P
E
 
E
L
 
A
N
 
A
A
 
V
F
 
F
A
 
A
L
 
L
P
 
P
F
 
Y
L
 
V
F
 
I
K
 
S
G
 
N
S
 
Y
E
 
N
H
 
V
Y
 
A
Q
 
Q
K
 
K
V
 
A
M
 
L
Y
 
F
G
 
D
-
 
T
D
 
E
I
 
F
G
 
G
K
 
K
E
 
D
F
 
L
L
 
I
E
 
K
K
 
K
V
 
M
D
 
D
M
 
K
K
 
D
Y
 
L
G
 
G
F
 
V
K
 
T
T
 
L
L
 
L
H
 
S
F
 
Q
G
 
A
A
 
Y
S
 
N
I
 
G
F
 
T
R
 
R
E
 
Q
P
 
T
F
 
T
N
 
S
N
 
N
V
 
-
R
 
R
P
 
A
I
 
I
E
 
N
K
 
S
P
 
I
E
 
A
D
 
D
F
 
M
K
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
L
R
 
R
L
 
V
M
 
P
E
 
N
V
 
A
P
 
A
L
 
T
H
 
N
M
 
L
D
 
A
S
 
Y
Y
 
A
K
 
K
A
 
Y
M
 
V
G
 
G
A
 
A
N
 
S
P
 
P
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
A
Y
 
F
S
 
S
E
 
E
L
 
V
Y
 
Y
T
 
L
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
L
 
T
G
 
N
T
 
A
V
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
Q
E
 
E
N
 
N
A
 
P
I
 
L
G
 
A
T
 
A
I
 
V
Y
 
Q
A
 
A
D
 
Q
K
 
K
L
 
F
Y
 
Y
E
 
E
N
 
V
A
 
Q
K
 
K
Y
 
F
I
 
L
T
 
A
R
 
M
M
 
T
P
 
N
V
 
H
V
 
I
A
 
L
N
 
N
G
 
D
V
 
Q
I
 
L
W
 
Y
L
 
L
Y
 
V
S
 
S
A
 
N
N
 
E
N
 
T
W
 
Y
E
 
K
K
 
E
L
 
L
P
 
P
Q
 
E
D
 
D
I
 
L
Q
 
Q
E
 
K
L
 
V
I
 
V
I
 
K
E
 
D
V
 
A
M
 
A
P
 
E
E
 
N
V
 
A
V
 
A
S
 
K
V
 
Y
L
 
H
D
 
T
K
 
K
E
 
L
Y
 
F
L
 
V
K
 
D
L
 
G
E
 
E
D
 
K
I
 
D
G
 
L
I
 
V
E
 
T
E
 
F
M
 
F
K
 
E
K
 
K
A
 
Q
G
 
G
I
 
V
Q
 
K
F
 
I
N
 
T
K
 
H
P
 
P
E
 
-
D
 
D
F
 
L
E
 
V
P
 
P
F
 
F
I
 
K
K
 
E
C
 
S
V
 
M
K
 
K
P
 
P
V
 
Y
W
 
Y
D
 
A
K
 
E
Y
 
F
L
 
V
A
 
K
E
 
Q
Q
 
T
P
 
G
D
 
Q
W
 
K
V
 
G
K
 
E
D
 
S
L
 
A
I
 
L
P
 
K
K
 
Q
I
 
I
Q
 
E
T
 
A
V
 
I
D
 
N

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_092482331.1 NCBI__GCF_900115975.1:WP_092482331.1
MRLNKAKCIILLMSLLIASLFLFGCQSSKATEDGQATQEEPIIIKLAHVCSIEHPYQYAS
LKFKELMEEKSNGRVKVKIYPAMQLGGERDIAEGMQAGSIDMNLLTLGVGASFIPELNAF
ALPFLFKGSEHYQKVMYGDIGKEFLEKVDMKYGFKTLHFGASIFREPFNNVRPIEKPEDF
KGLKIRLMEVPLHMDSYKAMGANPTPIAYSELYTALQLGTVDGAENAIGTIYADKLYENA
KYITRMPVVANGVIWLYSANNWEKLPQDIQELIIEVMPEVVSVLDKEYLKLEDIGIEEMK
KAGIQFNKPEDFEPFIKCVKPVWDKYLAEQPDWVKDLIPKIQTVD

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory