SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_093393429.1 NCBI__GCF_900114975.1:WP_093393429.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2g4oA Anomalous substructure of 3-isopropylmalate dehydrogenase (see paper)
53% identity, 97% coverage: 7:350/355 of query aligns to 3:334/337 of 2g4oA

query
sites
2g4oA
R
 
K
I
 
L
A
 
A
K
 
I
I
 
I
P
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
T
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
V
 
T
R
 
A
E
 
E
A
 
A
V
 
V
K
 
K
V
 
V
L
 
L
D
 
D
A
 
A
V
 
V
A
 
V
E
 
P
K
 
G
E
 
-
G
 
-
F
 
-
K
 
-
I
 
V
E
 
Q
W
 
K
V
 
T
E
 
S
Y
 
Y
D
 
D
L
 
L
G
 
G
G
 
A
E
 
R
R
 
R
Y
 
F
L
 
H
R
 
A
T
 
T
G
 
G
E
|
E
I
 
V
L
|
L
P
|
P
A
 
D
G
 
S
V
 
V
I
 
V
D
 
A
E
 
E
L
 
L
R
 
R
Q
 
N
M
 
H
D
 
D
A
 
A
I
 
I
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
I
G
 
G
H
 
D
P
 
P
D
 
S
V
 
V
K
 
P
P
 
S
G
 
G
V
 
V
L
 
L
E
 
E
R
 
R
G
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
L
E
 
R
L
 
L
R
 
R
F
 
F
Q
 
E
L
 
L
D
 
D
Q
 
H
Y
 
H
V
 
I
N
 
N
L
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
A
T
 
R
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
G
 
G
V
 
V
Y
 
A
T
 
S
P
 
P
V
 
L
K
 
S
D
 
-
K
 
-
G
 
G
P
 
N
E
 
P
D
 
G
I
 
I
D
 
D
F
 
F
V
 
V
V
 
V
V
 
V
R
 
R
E
 
E
N
 
G
T
 
T
E
 
E
G
 
G
L
 
P
Y
|
Y
A
 
T
G
 
G
A
 
N
G
 
G
G
 
G
I
 
A
L
 
I
R
 
R
K
 
V
G
 
G
T
 
T
P
 
P
H
 
N
E
 
E
V
 
V
A
 
A
V
 
T
Q
 
E
E
 
V
S
 
S
I
 
V
N
 
N
T
 
T
R
 
A
M
 
F
G
 
G
V
 
V
E
 
R
R
 
R
C
 
V
I
 
V
R
 
A
F
 
D
A
 
A
F
 
F
E
 
E
Y
 
R
C
 
A
R
 
R
K
 
R
R
 
R
N
 
-
K
 
-
K
 
R
K
 
K
K
 
H
V
 
L
T
 
T
L
 
L
C
 
V
G
 
H
K
|
K
T
 
T
N
 
N
V
 
V
L
 
L
I
 
T
Y
 
F
A
 
A
F
 
G
D
 
G
L
 
L
W
 
W
E
 
L
R
 
R
T
 
T
F
 
V
R
 
D
E
 
E
V
 
V
A
 
G
R
 
E
E
 
C
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
V
E
 
E
T
 
V
D
 
A
Y
 
Y
A
 
Q
H
 
H
V
 
V
D
|
D
A
 
A
I
 
A
C
 
T
M
 
I
W
 
H
M
 
M
V
 
I
K
 
T
N
 
D
P
 
P
E
 
G
W
 
R
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
I
V
 
V
T
 
T
D
 
D
N
 
N
M
 
L
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
I
 
I
T
 
T
D
|
D
L
 
L
G
 
A
A
 
A
M
 
A
I
 
V
Q
 
C
G
 
G
G
 
G
M
 
I
G
 
G
I
 
L
A
 
A
A
 
A
G
 
S
G
 
G
N
 
N
I
 
I
N
 
D
P
 
A
N
 
T
-
 
R
-
 
A
G
 
N
V
 
P
S
 
S
M
 
M
F
 
F
E
 
E
P
 
P
I
 
V
G
 
H
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
K
 
D
Y
 
I
T
 
A
G
 
G
K
 
Q
N
 
G
V
 
I
I
 
A
N
 
D
P
 
P
L
 
T
A
 
A
A
 
A
I
 
I
C
 
M
A
 
S
G
 
V
Q
 
A
M
 
L
M
 
L
L
 
L
E
 
S
H
 
H
L
 
L
G
 
G
E
 
E
E
 
H
K
 
D
A
 
A
A
 
A
Q
 
A
R
 
R
V
 
V
L
 
D
E
 
R
A
 
A
V
 
V
K
 
E
R
 
A
A
 
H
V
 
L
A
 
A
R
 
T
D
 
R
I
 
-
K
 
-
D
 
-
L
 
-
G
 
-
A
 
-
G
 
G
K
 
S
M
 
E
G
 
R
M
 
L
T
 
A
T
 
T
Q
 
S
E
 
D
V
 
V
G
 
G
D
 
E
L
 
R
V
 
I
A
 
A

3flkA Crystal structure of tartrate dehydrogenase from pseudomonas putida in complex with nadh, oxalate and metal ion (see paper)
43% identity, 97% coverage: 5:350/355 of query aligns to 1:353/359 of 3flkA

query
sites
3flkA
S
 
S
Y
 
F
R
 
R
I
 
I
A
 
A
K
 
A
I
 
I
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
T
x
I
G
 
G
P
 
L
E
 
E
V
 
V
V
 
L
R
 
P
E
 
E
A
 
G
V
 
I
K
 
R
V
 
V
L
 
L
D
 
E
A
 
A
V
 
A
A
 
A
E
 
L
K
 
K
E
 
H
G
 
G
F
 
L
K
 
A
I
 
L
E
 
E
W
 
F
V
 
D
E
 
T
Y
 
F
D
 
E
L
 
W
G
 
A
G
 
S
-
 
C
E
 
D
R
 
Y
Y
 
Y
L
 
L
R
 
Q
T
 
H
G
 
G
E
 
K
I
 
M
L
 
M
P
 
P
A
 
D
G
 
D
V
 
W
I
 
A
D
 
E
E
 
Q
L
 
L
R
 
K
Q
 
Q
M
 
Y
D
 
D
A
 
A
I
 
I
L
 
Y
L
 
F
G
 
G
A
|
A
I
x
V
G
|
G
H
 
W
P
 
P
D
 
D
V
 
K
K
 
V
P
 
P
G
x
D
V
 
H
L
 
I
E
 
S
-
 
L
R
 
W
G
 
G
L
 
S
L
|
L
L
 
L
E
 
K
L
 
F
R
|
R
F
 
R
Q
 
E
L
 
F
D
 
D
Q
 
Q
Y
 
Y
V
 
V
N
 
N
L
 
I
R
|
R
P
 
P
V
 
V
T
 
R
L
 
L
F
 
F
P
 
P
G
 
G
V
 
V
Y
 
P
T
 
C
P
 
A
V
 
L
K
 
A
D
 
N
K
 
R
G
 
K
P
 
V
E
 
G
D
 
D
I
 
I
D
 
D
F
 
F
V
 
V
V
 
V
V
 
V
R
|
R
E
 
E
N
 
N
T
 
T
E
 
E
G
 
G
L
 
E
Y
|
Y
A
 
S
G
 
S
A
 
L
G
 
G
G
 
G
I
 
I
L
 
M
R
 
F
K
 
E
G
 
N
T
 
T
P
 
E
H
 
N
E
 
E
V
 
I
A
 
V
V
 
I
Q
 
Q
E
 
E
S
 
S
I
 
I
N
 
F
T
 
T
R
 
R
M
 
R
G
 
G
V
 
V
E
 
D
R
 
R
C
 
I
I
 
L
R
 
K
F
 
Y
A
 
A
F
 
F
E
 
D
Y
 
L
C
 
A
R
 
E
K
 
K
R
 
R
N
 
-
K
 
E
K
 
R
K
 
K
K
 
H
V
 
V
T
 
T
L
 
S
C
 
A
G
 
T
K
|
K
T
 
S
N
|
N
V
 
G
L
 
M
I
 
A
Y
 
I
A
 
S
F
 
M
D
 
P
L
 
Y
W
 
W
E
 
D
R
 
K
T
 
R
F
 
T
R
 
E
E
 
A
V
 
M
A
 
A
R
 
A
E
 
H
Y
 
Y
P
 
P
D
 
H
I
 
V
E
 
S
T
 
W
D
 
D
Y
 
K
A
 
Q
H
 
H
V
 
I
D
|
D
A
x
I
I
 
L
C
 
C
M
 
A
W
x
R
M
 
F
V
 
V
K
 
L
N
 
Q
P
 
P
E
 
E
W
 
R
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
V
V
 
V
T
 
A
D
 
S
N
 
N
M
 
L
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
I
 
L
T
 
S
D
|
D
L
 
L
G
 
G
A
 
P
M
 
A
I
 
C
Q
 
A
G
 
G
G
 
T
M
x
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
A
 
P
G
 
S
G
 
A
N
 
N
I
 
L
N
 
N
P
 
P
-
 
E
-
 
R
N
 
N
G
 
F
V
 
P
S
 
S
M
 
L
F
 
F
E
 
E
P
 
P
I
 
V
G
x
H
G
|
G
S
|
S
A
|
A
P
 
P
K
 
D
Y
x
I
T
 
F
G
 
G
K
 
K
N
 
N
V
 
I
I
 
A
N
|
N
P
 
P
L
 
I
A
 
A
A
 
M
I
 
I
C
 
W
A
 
S
G
 
G
Q
 
A
M
 
L
M
 
M
L
 
L
E
 
E
H
 
F
L
 
L
G
 
G
E
 
Q
-
 
G
-
 
D
-
 
E
-
 
R
-
 
Y
E
 
Q
K
 
R
A
 
A
A
 
H
Q
 
D
R
 
D
V
 
M
L
 
L
E
 
N
A
 
A
V
 
I
K
 
E
R
 
R
A
 
V
V
 
I
A
 
A
R
 
D
D
 
G
-
 
S
-
 
V
I
 
T
K
 
P
D
 
D
L
 
M
G
 
G
A
 
G
G
 
-
K
 
-
M
 
-
G
 
T
M
 
L
T
 
S
T
 
T
Q
 
Q
E
 
Q
V
 
V
G
 
G
D
 
A
L
 
A
V
 
I
A
 
S

1cnzA 3-isopropylmalate dehydrogenase (ipmdh) from salmonella typhimurium (see paper)
38% identity, 99% coverage: 3:355/355 of query aligns to 2:361/363 of 1cnzA

query
sites
1cnzA
A
 
S
K
 
K
S
 
N
Y
 
Y
R
 
H
I
 
I
A
 
A
K
 
V
I
 
L
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
T
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
V
 
M
R
 
A
E
 
Q
A
 
A
V
 
L
K
 
K
V
 
V
L
 
M
D
 
D
A
 
A
V
 
V
A
 
R
E
 
S
K
 
R
E
 
F
G
 
D
F
 
M
K
 
R
I
 
I
E
 
T
W
 
T
V
 
S
E
 
H
Y
 
Y
D
 
D
L
 
V
G
 
G
G
 
G
E
 
I
R
 
A
Y
 
I
L
 
D
R
 
N
T
 
H
G
 
G
E
 
H
I
 
P
L
 
L
P
 
P
A
 
K
G
 
A
V
 
T
I
 
V
D
 
E
E
 
G
L
 
C
R
 
E
Q
 
Q
M
 
A
D
 
D
A
 
A
I
 
I
L
 
L
L
 
F
G
 
G
A
 
S
I
 
V
G
 
G
H
 
G
P
 
P
-
 
K
-
 
W
-
 
E
D
 
N
V
 
L
K
 
P
P
 
P
-
 
E
G
 
S
V
 
Q
L
 
P
E
 
E
R
 
R
G
 
G
L
 
A
L
 
L
L
 
L
E
 
P
L
 
L
R
 
R
F
 
K
Q
 
H
L
 
F
D
 
K
Q
 
L
Y
 
F
V
 
S
N
 
N
L
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
A
T
 
K
L
 
L
F
 
Y
P
 
Q
G
 
G
V
 
L
-
 
E
-
 
A
Y
 
F
T
 
C
P
 
P
V
 
L
K
 
R
-
 
A
D
 
D
K
 
I
G
 
A
P
 
A
E
 
N
D
 
G
I
 
F
D
 
D
F
 
I
V
 
L
V
 
C
V
 
V
R
 
R
E
 
E
N
 
L
T
 
T
E
 
G
G
 
G
L
 
I
Y
|
Y
A
 
F
G
 
G
A
 
Q
G
 
P
G
 
K
I
 
G
L
 
R
R
 
E
K
 
G
G
 
S
T
 
G
P
 
Q
H
 
Y
E
 
E
V
 
K
A
 
A
V
 
F
Q
 
D
E
 
T
S
 
E
I
 
V
N
 
Y
T
 
H
R
 
R
M
 
F
G
 
E
V
 
I
E
 
E
R
 
R
C
 
I
I
 
A
R
 
R
F
 
I
A
 
A
F
 
F
E
 
E
Y
 
S
C
 
A
R
 
R
K
 
K
R
 
R
N
 
-
K
 
-
K
 
R
K
 
R
K
 
K
V
 
V
T
 
T
L
 
S
C
 
I
G
 
D
K
|
K
T
 
A
N
 
N
V
 
V
L
 
L
I
 
Q
Y
 
S
A
 
S
F
 
I
D
 
-
L
 
L
W
 
W
E
 
R
R
 
E
T
 
I
F
 
V
R
 
N
E
 
D
V
 
V
A
 
A
R
 
K
E
 
T
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
V
E
 
E
T
 
L
D
 
A
Y
 
H
A
 
M
H
 
Y
V
 
I
D
|
D
A
 
N
I
 
A
C
 
T
M
 
M
W
 
Q
M
 
L
V
 
I
K
 
K
N
 
D
P
 
P
E
 
S
W
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
L
V
 
L
T
 
C
D
 
S
N
 
N
M
 
L
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
I
 
L
T
 
S
D
|
D
L
 
E
G
 
C
A
 
A
M
 
M
I
 
I
Q
 
T
G
 
G
G
 
S
M
 
M
G
 
G
I
 
M
A
 
L
A
 
P
G
 
S
G
 
A
N
 
S
I
 
L
N
 
N
P
 
E
N
 
Q
G
 
G
V
 
F
S
 
G
M
 
L
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
I
 
A
G
 
G
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
K
 
D
Y
 
I
T
 
A
G
 
G
K
 
K
N
 
N
V
 
I
I
 
A
N
 
N
P
 
P
L
 
I
A
 
A
A
 
Q
I
 
I
C
 
L
A
 
S
G
 
L
Q
 
A
M
 
L
M
 
L
L
 
L
E
 
R
H
 
Y
-
 
S
L
 
L
G
 
D
E
 
A
E
 
N
K
 
D
A
 
A
A
 
A
Q
 
T
R
 
A
V
 
I
L
 
E
E
 
Q
A
 
A
V
 
I
K
 
N
R
 
R
A
 
A
V
 
L
A
 
E
R
 
E
D
 
G
I
 
V
K
 
R
-
 
T
-
 
G
D
 
D
L
 
L
G
 
A
A
 
R
G
 
G
K
 
A
M
 
A
G
 
A
M
 
V
T
 
S
T
 
T
Q
 
D
E
 
E
V
 
M
G
 
G
D
 
D
L
 
I
V
 
I
A
 
A
R
 
R
Y
 
Y
A
 
V
V
 
A
E
 
E

P37412 3-isopropylmalate dehydrogenase; 3-IPM-DH; Beta-IPM dehydrogenase; IMDH; EC 1.1.1.85 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see paper)
38% identity, 99% coverage: 3:355/355 of query aligns to 2:361/363 of P37412

query
sites
P37412
A
 
S
K
 
K
S
 
N
Y
 
Y
R
 
H
I
 
I
A
 
A
K
 
V
I
 
L
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
T
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
V
 
M
R
 
A
E
 
Q
A
 
A
V
 
L
K
 
K
V
 
V
L
 
M
D
 
D
A
 
A
V
 
V
A
 
R
E
 
S
K
 
R
E
 
F
G
 
D
F
 
M
K
 
R
I
 
I
E
 
T
W
 
T
V
 
S
E
 
H
Y
 
Y
D
 
D
L
 
V
G
 
G
G
 
G
E
 
I
R
 
A
Y
 
I
L
 
D
R
 
N
T
 
H
G
 
G
E
 
H
I
 
P
L
 
L
P
 
P
A
 
K
G
 
A
V
 
T
I
 
V
D
 
E
E
 
G
L
 
C
R
 
E
Q
 
Q
M
 
A
D
 
D
A
 
A
I
 
I
L
 
L
L
 
F
G
 
G
A
 
S
I
 
V
G
 
G
H
 
G
P
 
P
-
 
K
-
 
W
-
 
E
D
 
N
V
 
L
K
 
P
P
 
P
-
 
E
G
 
S
V
 
Q
L
 
P
E
 
E
R
 
R
G
 
G
L
 
A
L
 
L
L
 
L
E
 
P
L
 
L
R
 
R
F
 
K
Q
 
H
L
 
F
D
 
K
Q
 
L
Y
 
F
V
 
S
N
 
N
L
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
A
T
 
K
L
 
L
F
 
Y
P
 
Q
G
 
G
V
 
L
-
 
E
-
 
A
Y
 
F
T
 
C
P
 
P
V
 
L
K
 
R
-
 
A
D
 
D
K
 
I
G
 
A
P
 
A
E
 
N
D
 
G
I
 
F
D
 
D
F
 
I
V
 
L
V
 
C
V
 
V
R
 
R
E
 
E
N
 
L
T
 
T
E
 
G
G
 
G
L
 
I
Y
 
Y
A
 
F
G
 
G
A
 
Q
G
 
P
G
 
K
I
 
G
L
 
R
R
 
E
K
 
G
G
 
S
T
 
G
P
 
Q
H
 
Y
E
 
E
V
 
K
A
 
A
V
 
F
Q
 
D
E
 
T
S
 
E
I
 
V
N
 
Y
T
 
H
R
 
R
M
 
F
G
 
E
V
 
I
E
 
E
R
 
R
C
 
I
I
 
A
R
 
R
F
 
I
A
 
A
F
 
F
E
 
E
Y
 
S
C
 
A
R
 
R
K
 
K
R
 
R
N
 
-
K
 
-
K
 
R
K
 
R
K
 
K
V
 
V
T
 
T
L
 
S
C
 
I
G
 
D
K
 
K
T
 
A
N
 
N
V
 
V
L
 
L
I
 
Q
Y
 
S
A
 
S
F
 
I
D
 
-
L
 
L
W
 
W
E
 
R
R
 
E
T
 
I
F
 
V
R
 
N
E
 
D
V
 
V
A
 
A
R
 
K
E
 
T
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
V
E
 
E
T
 
L
D
 
A
Y
 
H
A
 
M
H
 
Y
V
 
I
D
|
D
A
 
N
I
 
A
C
 
T
M
 
M
W
 
Q
M
 
L
V
 
I
K
 
K
N
 
D
P
 
P
E
 
S
W
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
L
V
 
L
T
 
C
D
 
S
N
 
N
M
 
L
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
I
 
L
T
 
S
D
|
D
L
 
E
G
 
C
A
 
A
M
 
M
I
 
I
Q
 
T
G
 
G
G
 
S
M
 
M
G
 
G
I
 
M
A
 
L
A
 
P
G
 
S
G
 
A
N
 
S
I
 
L
N
 
N
P
 
E
N
 
Q
G
 
G
V
 
F
S
 
G
M
 
L
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
I
 
A
G
 
G
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
K
 
D
Y
 
I
T
 
A
G
 
G
K
 
K
N
 
N
V
 
I
I
 
A
N
 
N
P
 
P
L
 
I
A
 
A
A
 
Q
I
 
I
C
 
L
A
 
S
G
 
L
Q
 
A
M
 
L
M
 
L
L
 
L
E
 
R
H
 
Y
-
 
S
L
 
L
G
 
D
E
 
A
E
 
N
K
 
D
A
 
A
A
 
A
Q
 
T
R
 
A
V
 
I
L
 
E
E
 
Q
A
 
A
V
 
I
K
 
N
R
 
R
A
 
A
V
 
L
A
 
E
R
 
E
D
 
G
I
 
V
K
 
R
-
 
T
-
 
G
D
 
D
L
 
L
G
 
A
A
 
R
G
 
G
K
 
A
M
 
A
G
 
A
M
 
V
T
 
S
T
 
T
Q
 
D
E
 
E
V
 
M
G
 
G
D
 
D
L
 
I
V
 
I
A
 
A
R
 
R
Y
 
Y
A
 
V
V
 
A
E
 
E

6xxyA Crystal structure of haemophilus influenzae 3-isopropylmalate dehydrogenase in complex with o-isobutenyl oxalylhydroxamate. (see paper)
39% identity, 98% coverage: 4:351/355 of query aligns to 2:356/358 of 6xxyA

query
sites
6xxyA
K
 
E
S
 
S
Y
 
Y
R
 
N
I
 
I
A
 
A
K
 
V
I
 
L
P
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
T
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
V
 
M
R
 
A
E
 
E
A
 
A
V
 
I
K
 
K
V
 
V
L
 
L
D
 
N
A
 
R
V
 
V
A
 
Q
E
 
E
K
 
K
E
 
F
G
 
G
F
 
F
K
 
K
I
 
L
E
 
N
W
 
F
V
 
N
E
 
E
Y
 
F
D
 
F
L
 
V
G
 
G
G
 
G
E
 
A
R
 
A
Y
 
I
L
 
E
R
 
H
T
 
C
G
 
G
E
 
Y
I
 
P
L
 
L
P
 
P
A
 
A
G
 
E
V
 
T
I
 
L
D
 
K
E
 
G
L
 
C
R
 
D
Q
 
Q
M
 
A
D
 
D
A
 
A
I
 
I
L
 
L
L
 
F
G
 
G
A
x
S
I
x
V
G
|
G
-
 
G
-
 
P
-
 
K
-
 
W
-
 
T
-
 
N
-
 
L
H
 
P
P
 
P
D
 
D
V
 
Q
K
 
Q
P
 
P
G
 
-
V
 
-
L
 
-
E
|
E
R
 
R
G
 
G
L
 
A
L
|
L
L
 
L
E
 
P
L
 
L
R
 
R
F
 
K
Q
 
H
L
 
F
D
 
K
Q
 
L
Y
 
F
V
 
C
N
 
N
L
 
L
R
|
R
P
 
P
V
 
A
T
 
T
L
 
L
F
 
Y
P
 
K
G
 
G
V
 
L
-
 
E
-
 
K
Y
 
F
T
 
C
P
 
P
V
 
L
K
 
R
-
 
A
D
 
D
K
 
I
G
 
A
P
 
A
E
 
K
D
 
G
I
 
F
D
 
D
F
 
M
V
 
V
V
 
V
V
 
V
R
|
R
E
 
E
N
 
L
T
 
T
E
 
G
G
 
G
L
 
I
Y
|
Y
A
 
F
G
 
G
A
 
Q
G
 
P
G
 
K
I
 
G
L
 
R
R
 
E
K
 
G
G
 
D
T
 
G
P
 
V
H
 
Q
E
 
T
V
 
K
A
 
A
V
 
F
Q
 
D
E
 
T
S
 
E
I
 
V
N
 
Y
T
 
Y
R
 
K
M
 
Y
G
 
E
V
 
I
E
 
E
R
 
R
C
 
I
I
 
A
R
 
R
F
 
A
A
 
A
F
 
F
E
 
E
Y
 
A
C
 
A
R
 
M
K
 
K
R
 
R
N
 
N
K
 
K
K
 
K
K
 
-
K
 
-
V
 
V
T
 
T
L
 
S
C
 
V
G
 
D
K
|
K
T
 
A
N
 
N
V
|
V
L
 
L
I
 
Q
Y
 
S
A
 
S
F
 
I
D
 
-
L
 
L
W
 
W
E
 
R
R
 
E
T
 
T
F
 
V
R
 
T
E
 
E
V
 
M
A
 
A
R
 
K
E
 
D
Y
 
Y
P
 
P
D
 
E
I
 
V
E
 
T
T
 
L
D
 
E
Y
 
H
A
 
I
H
x
Y
V
 
I
D
|
D
A
x
N
I
 
A
C
 
T
M
|
M
W
 
Q
M
 
L
V
 
I
K
 
K
N
 
S
P
 
P
E
 
E
W
 
S
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
L
V
 
L
T
 
C
D
 
S
N
 
N
M
 
I
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
I
 
I
T
 
S
D
|
D
L
 
E
G
 
A
A
 
A
M
 
M
I
 
I
Q
 
T
G
 
G
G
 
S
M
|
M
G
|
G
I
 
M
A
 
L
A
 
P
G
 
S
G
 
A
N
 
S
I
 
L
N
 
N
P
 
E
N
 
E
G
 
G
V
 
F
S
 
G
M
 
L
F
 
Y
E
|
E
P
 
P
I
 
A
G
|
G
G
|
G
S
|
S
A
|
A
P
|
P
K
x
D
Y
x
I
T
 
A
G
 
G
K
 
K
N
 
G
V
 
I
I
 
A
N
|
N
P
 
P
L
 
I
A
 
A
A
 
Q
I
 
I
C
 
L
A
 
S
G
 
A
Q
 
A
M
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
R
H
 
Y
-
 
S
L
 
F
G
 
N
E
 
L
E
 
N
K
 
E
A
 
A
A
 
A
Q
 
D
R
 
A
V
 
I
L
 
E
E
 
S
A
 
A
V
 
V
K
 
Q
R
 
K
A
 
V
V
 
L
A
 
A
-
 
S
-
 
G
R
 
H
D
 
R
I
 
T
K
 
A
D
|
D
L
 
L
G
 
A
A
 
D
G
 
D
K
 
S
M
 
T
G
 
P
M
 
V
T
 
S
T
 
T
Q
 
A
E
 
E
V
 
M
G
 
G
D
 
T
L
 
L
V
 
I
A
 
T
R
 
Q

6lkyA Crystal structure of isocitrate dehydrogenase from methylococcus capsulatus
41% identity, 90% coverage: 6:326/355 of query aligns to 2:308/339 of 6lkyA

query
sites
6lkyA
Y
 
H
R
 
K
I
 
I
A
 
T
K
 
L
I
 
I
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
T
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
S
V
 
I
V
 
V
R
 
D
E
 
A
A
 
A
V
 
V
K
 
K
V
 
V
L
 
I
D
 
E
A
 
A
V
 
T
A
 
-
E
 
-
K
 
-
E
 
-
G
 
G
F
 
V
K
 
Q
I
 
V
E
 
Q
W
 
W
V
 
D
E
 
T
Y
 
Q
D
 
S
L
 
A
G
 
G
G
 
M
E
 
A
R
 
A
Y
 
V
L
 
E
R
 
K
T
 
F
G
 
G
E
 
T
I
 
P
L
 
L
P
 
P
A
 
D
G
 
A
V
 
T
I
 
L
D
 
D
E
 
S
L
 
I
R
 
R
Q
 
A
M
 
N
D
 
R
A
 
I
I
 
C
L
 
F
L
 
K
G
 
G
A
x
P
I
x
L
G
 
T
H
x
T
P
 
P
D
 
-
V
 
-
K
 
-
P
 
V
G
 
G
V
 
G
L
 
G
E
 
Y
R
 
R
G
 
S
L
 
V
L
x
N
L
 
V
E
 
T
L
 
L
R
 
R
F
 
Q
Q
 
A
L
 
L
D
 
N
Q
 
L
Y
 
Y
V
 
A
N
 
N
L
 
V
R
 
R
P
 
P
V
 
A
T
 
I
L
 
S
F
 
F
P
 
E
G
 
G
V
 
T
Y
 
-
T
 
-
P
 
-
V
 
-
K
 
-
D
 
D
K
 
T
G
 
A
P
 
F
E
 
S
D
 
D
I
 
V
D
 
N
F
 
L
V
 
V
V
 
T
V
 
V
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
T
E
 
E
G
 
G
L
 
L
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
A
 
I
G
 
E
G
 
H
I
 
F
L
 
I
R
 
K
K
 
V
G
 
D
T
 
E
P
 
E
H
 
K
E
 
I
V
 
A
A
 
A
V
 
E
Q
 
S
E
 
I
S
 
A
I
 
V
N
 
V
T
 
T
R
 
R
M
 
K
G
 
G
V
 
S
E
 
E
R
 
R
C
 
I
I
 
I
R
 
R
F
 
Y
A
 
A
F
 
F
E
 
D
Y
 
Y
C
 
A
R
 
R
K
 
-
R
 
R
N
 
A
K
 
R
K
 
R
K
 
K
K
 
K
V
 
V
T
 
T
L
 
L
C
 
V
G
 
H
K
|
K
T
 
A
N
 
N
V
 
I
L
 
L
I
 
K
Y
 
C
A
 
T
F
 
S
D
 
G
L
 
L
W
 
F
E
 
L
R
 
E
T
 
I
F
 
G
R
 
R
E
 
E
V
 
I
A
 
A
R
 
K
E
 
E
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
E
 
E
T
 
F
D
 
D
Y
 
D
A
 
R
H
 
I
V
 
V
D
|
D
A
 
A
I
 
C
C
 
S
M
 
M
W
 
Q
M
 
M
V
 
V
K
 
M
N
 
Q
P
 
P
E
 
Q
W
 
R
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
L
V
 
V
T
 
T
D
 
T
N
 
N
M
 
L
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
I
 
L
T
 
S
D
 
D
L
 
L
G
 
A
A
 
A
M
 
G
I
 
L
Q
 
I
G
 
G
G
 
G
M
 
L
G
 
G
I
 
L
A
 
T
A
 
A
G
 
G
G
 
A
N
 
N
I
 
I
N
 
G
P
 
T
N
 
D
G
 
A
V
 
-
S
 
A
M
 
L
F
 
F
E
 
E
P
 
A
I
 
V
G
x
H
G
|
G
S
|
S
A
|
A
P
 
P
K
x
D
Y
x
I
T
 
A
G
 
D
K
 
K
N
 
G
V
 
I
I
 
A
N
|
N
P
 
P
L
 
T
A
 
A
A
 
M
I
 
I
C
 
M
A
 
A
G
 
G
Q
 
A
M
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
E
H
 
H
L
 
I
G
 
G
E
 
E
E
 
P
K
 
D
A
 
A
A
 
A
Q
 
R
R
 
R
V
 
I
L
 
E
E
 
R
A
 
A
V
 
V
K
 
R
R
 
E
A
 
V
V
 
I

3vkzA 3-isopropylmalate dehydrogenase from shewanella oneidensis mr-1 at atmospheric pressure (see paper)
37% identity, 98% coverage: 4:350/355 of query aligns to 1:357/364 of 3vkzA

query
sites
3vkzA
K
 
S
S
 
S
Y
 
Y
R
 
Q
I
 
I
A
 
A
K
 
V
I
 
L
P
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
T
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
V
 
M
R
 
A
E
 
E
A
 
A
V
 
R
K
 
K
V
 
V
L
 
L
D
 
K
A
 
A
V
 
V
A
 
E
E
 
A
K
 
R
E
 
F
G
 
G
F
 
L
K
 
N
I
 
I
E
 
E
W
 
Y
V
 
T
E
 
E
Y
 
Y
D
 
D
L
 
V
G
 
G
G
 
G
E
 
I
R
 
A
Y
 
I
L
 
D
R
 
N
T
 
H
G
 
G
E
 
C
I
 
P
L
 
L
P
 
P
A
 
E
G
 
A
V
 
T
I
 
L
D
 
K
E
 
G
L
 
C
R
 
E
Q
 
A
M
 
A
D
 
D
A
 
A
I
 
I
L
 
L
L
 
F
G
 
G
A
 
S
I
 
V
G
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
K
-
 
W
-
 
E
-
 
K
-
 
L
H
 
P
P
 
P
D
 
N
V
 
E
K
 
Q
P
 
P
G
 
-
V
 
-
L
 
-
E
 
E
R
 
R
G
 
G
L
 
A
L
 
L
L
 
L
E
 
P
L
 
L
R
|
R
F
 
G
Q
 
H
L
 
F
D
 
E
Q
 
L
Y
 
F
V
 
C
N
 
N
L
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
A
T
 
K
L
 
L
F
 
H
P
 
D
G
 
G
V
 
L
-
 
E
-
 
H
Y
 
M
T
 
S
P
 
P
V
 
L
K
 
R
-
 
S
D
 
D
K
 
I
G
 
S
P
 
A
E
 
R
D
 
G
I
 
F
D
 
D
F
 
V
V
 
L
V
 
C
V
 
V
R
|
R
E
 
E
N
 
L
T
 
T
E
 
G
G
 
G
L
 
I
Y
|
Y
A
 
F
G
 
G
A
 
K
G
 
-
G
 
-
I
 
-
L
 
-
R
 
P
K
 
K
G
 
G
T
 
R
P
 
Q
H
 
G
E
 
E
V
 
G
A
 
E
V
 
S
Q
 
E
E
 
E
S
 
A
I
 
F
N
 
D
T
 
T
-
 
M
-
 
R
-
 
Y
-
 
S
R
 
R
M
 
R
G
 
E
V
 
I
E
 
S
R
 
R
C
 
I
I
 
A
R
 
R
F
 
I
A
 
A
F
 
F
E
 
E
Y
 
A
C
 
A
R
 
R
K
 
G
R
 
R
N
 
-
K
 
-
K
 
R
K
 
K
K
 
K
V
 
V
T
 
T
L
 
S
C
 
V
G
 
D
K
|
K
T
 
A
N
 
N
V
 
V
L
 
L
I
 
A
Y
 
C
A
 
S
F
 
V
D
 
-
L
 
L
W
 
W
E
 
R
R
 
Q
T
 
V
F
 
V
R
 
E
E
 
E
V
 
V
A
 
A
R
 
V
E
 
D
Y
 
F
P
 
P
D
 
D
I
 
V
E
 
E
T
 
L
D
 
E
Y
 
H
A
 
I
H
 
Y
V
 
I
D
|
D
A
 
N
I
 
A
C
 
T
M
 
M
W
 
Q
M
 
L
V
 
L
K
 
R
N
 
R
P
 
P
E
 
D
W
 
E
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
M
V
 
L
T
 
C
D
 
S
N
 
N
M
 
L
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
I
 
L
T
 
S
D
|
D
L
 
E
G
 
I
A
 
A
M
 
M
I
 
L
Q
 
T
G
 
G
G
 
S
M
 
M
G
 
G
I
 
L
A
 
L
A
 
S
G
 
S
G
 
A
N
 
S
I
 
M
N
 
N
P
 
S
N
 
T
G
 
G
V
 
F
S
 
G
M
 
L
F
 
F
E
 
E
P
 
P
I
 
A
G
 
G
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
K
 
D
Y
 
I
T
 
A
G
 
G
K
 
K
N
 
G
V
 
I
I
 
A
N
 
N
P
 
P
L
 
I
A
 
A
A
 
Q
I
 
I
C
 
L
A
 
S
G
 
A
Q
 
A
M
 
L
M
 
M
L
 
L
E
 
R
H
 
H
-
 
S
L
 
L
G
 
K
E
 
Q
E
 
E
K
 
E
A
 
A
A
 
A
Q
 
S
R
 
A
V
 
I
L
 
E
E
 
R
A
 
A
V
 
V
K
 
T
R
 
K
A
 
A
V
 
L
A
 
N
R
 
S
-
 
G
-
 
Y
-
 
L
-
 
T
-
 
G
D
 
E
I
 
L
K
 
L
D
 
S
L
 
S
G
 
D
A
 
Q
G
 
R
K
 
H
M
 
K
G
 
A
M
 
K
T
 
T
T
 
T
Q
 
V
E
 
Q
V
 
M
G
 
G
D
 
D
L
 
F
V
 
I
A
 
A

3vmkA 3-isopropylmalate dehydrogenase from shewanella benthica db21 mt-2 (see paper)
36% identity, 99% coverage: 4:355/355 of query aligns to 7:368/369 of 3vmkA

query
sites
3vmkA
K
 
S
S
 
S
Y
 
Y
R
 
Q
I
 
I
A
 
A
K
 
V
I
 
L
P
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
T
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
V
 
M
R
 
A
E
 
E
A
 
A
V
 
R
K
 
K
V
 
V
L
 
L
D
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
E
E
 
K
K
 
R
E
 
F
G
 
D
F
 
L
K
 
S
I
 
I
E
 
E
W
 
Y
V
 
S
E
 
E
Y
 
Y
D
 
D
L
 
V
G
 
G
G
 
G
E
 
A
R
 
A
Y
 
I
L
 
D
R
 
N
T
 
H
G
 
G
E
 
C
I
 
P
L
 
L
P
 
P
A
 
E
G
 
A
V
 
T
I
 
L
D
 
K
E
 
G
L
 
C
R
 
E
Q
 
A
M
 
A
D
 
D
A
 
A
I
 
V
L
 
L
L
 
F
G
 
G
A
 
S
I
 
V
G
 
G
H
 
G
P
 
P
-
 
K
-
 
W
-
 
E
D
 
H
V
 
L
K
 
P
P
 
P
G
 
N
-
 
D
V
 
Q
L
 
P
E
 
E
R
 
R
G
 
G
L
 
A
L
 
L
L
 
L
E
 
P
L
 
L
R
|
R
F
 
G
Q
 
H
L
 
F
D
 
E
Q
 
L
Y
 
F
V
 
C
N
 
N
L
 
M
R
 
R
P
 
P
V
 
A
T
 
K
L
 
L
F
 
H
P
 
P
G
 
G
V
 
L
-
 
E
-
 
H
Y
 
M
T
 
S
P
 
P
V
 
L
K
 
R
-
 
S
D
 
D
K
 
I
G
 
S
P
 
E
E
 
K
D
 
G
I
 
F
D
 
D
F
 
I
V
 
L
V
 
C
V
 
V
R
|
R
E
 
E
N
 
L
T
 
T
E
 
G
G
 
G
L
 
I
Y
|
Y
A
 
F
G
 
G
A
 
K
G
 
-
G
 
-
I
 
-
L
 
-
R
 
P
K
 
K
G
 
G
T
 
R
P
 
Q
H
 
G
E
 
E
V
 
G
A
 
E
V
 
N
Q
 
E
E
 
E
S
 
A
I
 
F
N
 
D
T
 
T
-
 
M
-
 
R
-
 
Y
-
 
S
R
 
R
M
 
K
G
 
E
V
 
I
E
 
R
R
 
R
C
 
I
I
 
A
R
 
K
F
 
I
A
 
A
F
 
F
E
 
E
Y
 
S
C
 
A
R
 
Q
K
 
G
R
 
R
N
 
-
K
 
-
K
 
R
K
 
K
K
 
K
V
 
V
T
 
T
L
 
S
C
 
V
G
 
D
K
|
K
T
 
A
N
|
N
V
 
V
L
 
L
I
 
A
Y
 
C
A
 
S
F
 
V
D
 
-
L
 
L
W
 
W
E
 
R
R
 
E
T
 
V
F
 
V
R
 
E
E
 
E
V
 
V
A
 
A
R
 
K
E
 
D
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
V
E
 
E
T
 
L
D
 
E
Y
 
H
A
 
I
H
 
Y
V
 
I
D
|
D
A
 
N
I
 
A
C
 
T
M
 
M
W
 
Q
M
 
L
V
 
L
K
 
R
N
 
R
P
 
P
E
 
N
W
 
E
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
M
V
 
L
T
 
C
D
 
S
N
 
N
M
 
L
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
I
 
V
T
 
S
D
|
D
L
 
E
G
 
I
A
 
A
M
 
M
I
 
L
Q
 
T
G
 
G
G
 
S
M
 
M
G
 
G
I
 
L
A
 
L
A
 
A
G
 
S
G
 
I
N
 
S
I
 
M
N
 
N
P
 
S
N
 
Q
G
 
G
V
 
F
S
 
G
M
 
M
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
I
 
A
G
 
G
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
K
 
D
Y
 
I
T
 
A
G
 
G
K
 
Q
N
 
G
V
 
I
I
 
A
N
 
N
P
 
P
L
 
V
A
 
A
A
 
Q
I
 
I
C
 
L
A
 
S
G
 
A
Q
 
A
M
 
L
M
 
L
L
 
L
E
 
R
H
 
H
-
 
S
L
 
L
G
 
K
E
 
L
E
 
E
K
 
D
A
 
A
A
 
A
Q
 
L
R
 
A
V
 
I
L
 
E
E
 
A
A
 
A
V
 
V
K
 
S
R
 
K
A
 
A
V
 
L
A
 
S
R
 
D
-
 
G
-
 
Y
-
 
L
-
 
T
-
 
C
D
 
E
I
 
L
K
 
L
D
 
P
L
 
A
G
 
S
A
 
E
G
 
R
K
 
S
M
 
Q
G
 
A
M
 
K
T
 
S
T
 
T
Q
 
S
E
 
Q
V
 
M
G
 
G
D
 
D
L
 
Y
V
 
I
A
 
A
R
 
Q
Y
 
A
A
 
I
V
 
A
E
 
E

2y41A Structure of isopropylmalate dehydrogenase from thermus thermophilus - complex with ipm and mn (see paper)
38% identity, 91% coverage: 5:326/355 of query aligns to 1:320/346 of 2y41A

query
sites
2y41A
S
 
S
Y
 
M
R
 
K
I
 
V
A
 
A
K
 
V
I
 
L
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
T
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
V
 
T
R
 
E
E
 
A
A
 
A
V
 
L
K
 
K
V
 
V
L
 
L
D
 
R
A
 
A
V
 
L
A
 
D
E
 
E
K
 
A
E
 
E
G
 
G
F
 
L
K
 
G
I
 
L
E
 
A
W
 
Y
V
 
E
E
 
V
Y
 
F
D
 
P
L
 
F
G
 
G
G
 
G
E
 
A
R
 
A
Y
 
I
L
 
D
R
 
A
T
 
F
G
 
G
E
 
E
I
 
P
L
 
F
P
 
P
A
 
E
G
 
P
V
 
T
I
 
R
D
 
K
E
 
G
L
 
V
R
 
E
Q
 
E
M
 
A
D
 
E
A
 
A
I
 
V
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
S
I
 
V
G
 
G
H
 
G
P
 
P
D
 
K
-
 
W
-
 
D
-
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
R
-
 
K
V
 
I
K
 
R
P
 
P
G
 
-
V
 
-
L
 
-
E
 
E
R
 
T
G
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
-
E
 
S
L
 
L
R
|
R
F
 
K
Q
 
S
L
 
Q
D
 
D
Q
 
L
Y
 
F
V
 
A
N
 
N
L
 
L
R
|
R
P
 
P
V
 
A
T
 
K
L
 
V
F
 
F
P
 
P
G
 
G
V
 
L
-
 
E
-
 
R
Y
 
L
T
 
S
P
 
P
V
 
L
K
 
K
D
 
E
K
 
E
G
 
I
P
 
A
E
 
R
D
 
G
I
 
V
D
 
D
F
 
V
V
 
L
V
 
I
V
 
V
R
|
R
E
 
E
N
 
L
T
 
T
E
 
G
G
 
G
L
 
I
Y
|
Y
A
 
F
G
 
G
A
 
-
G
 
-
G
 
-
I
 
-
L
 
-
R
 
-
K
 
-
G
 
-
T
 
E
P
 
P
H
 
R
E
 
G
V
 
M
A
 
S
V
 
E
Q
 
A
E
 
E
S
 
A
I
 
W
N
 
N
T
 
T
-
 
E
-
 
R
-
 
Y
-
 
S
R
 
K
M
 
P
G
 
E
V
 
V
E
 
E
R
 
R
C
 
V
I
 
A
R
 
R
F
 
V
A
 
A
F
 
F
E
 
E
Y
 
A
C
 
A
R
 
R
K
 
K
R
 
R
N
 
-
K
 
-
K
 
R
K
 
K
K
 
H
V
 
V
T
 
V
L
 
S
C
 
V
G
 
D
K
|
K
T
 
A
N
 
N
V
 
V
L
 
L
I
 
E
Y
 
V
A
 
G
F
 
-
D
 
E
L
 
F
W
 
W
E
 
R
R
 
K
T
 
T
F
 
V
R
 
E
E
 
E
V
 
V
A
 
G
R
 
R
E
 
G
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
V
E
 
A
T
 
L
D
 
E
Y
 
H
A
 
Q
H
 
Y
V
 
V
D
|
D
A
 
A
I
 
M
C
 
A
M
 
M
W
 
H
M
 
L
V
 
V
K
 
R
N
 
S
P
 
P
E
 
A
W
 
R
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
V
V
 
V
T
 
T
D
 
G
N
 
N
M
 
I
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
I
 
L
T
 
S
D
|
D
L
 
L
G
 
A
A
 
S
M
 
V
I
 
L
Q
 
P
G
 
G
G
 
S
M
 
L
G
 
G
I
 
L
A
 
L
A
 
P
G
 
S
G
 
A
N
 
S
I
 
L
N
 
G
P
 
-
N
 
R
G
 
G
V
 
T
S
 
P
M
 
V
F
 
F
E
 
E
P
 
P
I
 
V
G
 
H
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
K
 
D
Y
 
I
T
 
A
G
 
G
K
 
K
N
 
G
V
 
I
I
 
A
N
 
N
P
 
P
L
 
T
A
 
A
A
 
A
I
 
I
C
 
L
A
 
S
G
 
A
Q
 
A
M
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
E
H
 
H
-
 
A
L
 
F
G
 
G
E
 
L
E
 
V
K
 
E
A
 
L
A
 
A
Q
 
R
R
 
K
V
 
V
L
 
E
E
 
D
A
 
A
V
 
V
K
 
A
R
 
K
A
 
A
V
 
L

2y42D Structure of isopropylmalate dehydrogenase from thermus thermophilus - complex with nadh and mn (see paper)
38% identity, 91% coverage: 5:326/355 of query aligns to 1:320/355 of 2y42D

query
sites
2y42D
S
 
S
Y
 
M
R
 
K
I
 
V
A
 
A
K
 
V
I
 
L
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
T
x
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
V
 
T
R
 
E
E
 
A
A
 
A
V
 
L
K
 
K
V
 
V
L
 
L
D
 
R
A
 
A
V
 
L
A
 
D
E
 
E
K
 
A
E
 
E
G
 
G
F
 
L
K
 
G
I
 
L
E
 
A
W
 
Y
V
 
E
E
 
V
Y
 
F
D
 
P
L
 
F
G
 
G
G
 
G
E
 
A
R
 
A
Y
 
I
L
 
D
R
 
A
T
 
F
G
 
G
E
 
E
I
 
P
L
 
F
P
 
P
A
 
E
G
 
P
V
 
T
I
 
R
D
 
K
E
 
G
L
 
V
R
 
E
Q
 
E
M
 
A
D
 
E
A
 
A
I
 
V
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
S
I
 
V
G
 
G
H
 
G
P
 
P
D
 
K
-
 
W
-
x
D
-
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
R
-
 
K
V
 
I
K
 
R
P
 
P
G
 
-
V
 
-
L
 
-
E
 
E
R
 
T
G
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
-
E
 
S
L
 
L
R
 
R
F
 
K
Q
 
S
L
 
Q
D
 
D
Q
 
L
Y
 
F
V
 
A
N
 
N
L
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
A
T
 
K
L
 
V
F
 
F
P
 
P
G
 
G
V
 
L
-
 
E
-
 
R
Y
 
L
T
 
S
P
 
P
V
 
L
K
 
K
D
 
E
K
 
E
G
 
I
P
 
A
E
 
R
D
 
G
I
 
V
D
 
D
F
 
V
V
 
L
V
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
N
 
L
T
 
T
E
 
G
G
 
G
L
 
I
Y
|
Y
A
 
F
G
 
G
A
 
-
G
 
-
G
 
-
I
 
-
L
 
-
R
 
-
K
 
-
G
 
-
T
 
E
P
 
P
H
 
R
E
 
G
V
 
M
A
 
S
V
 
E
Q
 
A
E
 
E
S
 
A
I
 
W
N
 
N
T
 
T
-
 
E
-
 
R
-
 
Y
-
 
S
R
 
K
M
 
P
G
 
E
V
 
V
E
 
E
R
 
R
C
 
V
I
 
A
R
 
R
F
 
V
A
 
A
F
 
F
E
 
E
Y
 
A
C
 
A
R
 
R
K
 
K
R
 
R
N
 
-
K
 
-
K
 
R
K
 
K
K
 
H
V
 
V
T
 
V
L
 
S
C
 
V
G
 
D
K
|
K
T
 
A
N
 
N
V
 
V
L
 
L
I
 
E
Y
 
V
A
 
G
F
 
-
D
 
E
L
 
F
W
 
W
E
 
R
R
 
K
T
 
T
F
 
V
R
 
E
E
 
E
V
 
V
A
 
G
R
 
R
E
 
G
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
V
E
 
A
T
 
L
D
 
E
Y
 
H
A
 
Q
H
 
Y
V
 
V
D
|
D
A
 
A
I
 
M
C
 
A
M
 
M
W
 
H
M
 
L
V
 
V
K
 
R
N
 
S
P
 
P
E
 
A
W
 
R
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
V
V
 
V
T
 
T
D
 
G
N
 
N
M
 
I
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
I
 
L
T
 
S
D
|
D
L
 
L
G
 
A
A
 
S
M
 
V
I
 
L
Q
 
P
G
 
G
G
 
S
M
 
L
G
 
G
I
 
L
A
 
L
A
 
P
G
 
S
G
 
A
N
 
S
I
 
L
N
 
G
P
 
-
N
 
R
G
 
G
V
 
T
S
 
P
M
 
V
F
 
F
E
 
E
P
 
P
I
 
V
G
x
H
G
|
G
S
 
S
A
|
A
P
 
P
K
x
D
Y
x
I
T
 
A
G
 
G
K
 
K
N
 
G
V
 
I
I
 
A
N
|
N
P
 
P
L
 
T
A
 
A
A
 
A
I
 
I
C
 
L
A
 
S
G
 
A
Q
 
A
M
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
E
H
 
H
-
 
A
L
 
F
G
 
G
E
 
L
E
 
V
K
 
E
A
 
L
A
 
A
Q
 
R
R
 
K
V
 
V
L
 
E
E
 
D
A
 
A
V
 
V
K
 
A
R
 
K
A
 
A
V
 
L

P93832 3-isopropylmalate dehydrogenase 2, chloroplastic; 3-IPM-DH 2; AtIMDH2; AtIMDH3; IMDH 2; Beta-IPM dehydrogenase 2; Isopropylmalate dehydrogenase 2; AtIMD2; EC 1.1.1.85 from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see 2 papers)
39% identity, 90% coverage: 4:322/355 of query aligns to 41:363/405 of P93832

query
sites
P93832
K
 
K
S
 
R
Y
 
Y
R
 
T
I
 
I
A
 
T
K
 
L
I
 
L
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
T
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
V
 
V
R
 
S
E
 
I
A
 
A
V
 
K
K
 
N
V
 
V
L
 
L
D
 
Q
A
 
Q
V
 
A
A
 
G
E
 
S
K
 
L
E
 
E
G
 
G
F
 
V
K
 
E
I
 
F
E
 
N
W
 
F
V
 
R
E
 
E
Y
 
M
D
 
P
L
 
I
G
 
G
G
 
G
E
 
A
R
 
A
Y
 
L
L
 
D
R
 
L
T
 
V
G
 
G
E
 
V
I
 
P
L
 
L
P
 
P
A
 
E
G
 
E
V
 
T
I
 
I
D
 
S
E
 
A
L
 
A
R
 
K
Q
 
E
M
 
S
D
 
D
A
 
A
I
 
V
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
|
I
G
|
G
-
x
G
-
x
Y
-
x
K
-
x
W
-
x
D
-
x
N
-
x
N
H
x
E
P
x
K
D
x
H
V
x
L
K
x
R
P
|
P
G
 
-
V
 
-
L
 
-
E
|
E
R
 
K
G
 
G
L
|
L
L
|
L
L
 
-
E
 
Q
L
 
I
R
|
R
F
 
A
Q
 
A
L
 
L
D
 
K
Q
 
V
Y
 
F
V
 
A
N
 
N
L
 
L
R
|
R
P
 
P
V
 
A
T
 
T
L
 
V
F
 
L
P
 
P
G
 
Q
V
 
L
Y
 
V
-
 
D
-
 
A
T
 
S
P
 
T
V
 
L
K
 
K
D
 
R
K
 
E
G
 
V
P
 
A
E
 
E
D
 
G
I
 
V
D
 
D
F
 
L
V
 
M
V
 
V
V
 
V
R
|
R
E
 
E
N
 
L
T
 
T
E
 
G
G
 
G
L
 
I
Y
|
Y
A
 
F
G
 
G
A
 
E
G
 
P
-
 
R
G
 
G
I
 
I
L
 
K
R
 
T
K
 
N
G
 
E
T
 
N
P
 
G
H
 
E
E
 
E
V
 
V
A
 
G
V
 
F
Q
 
N
E
 
T
S
 
E
I
 
V
N
 
Y
T
 
A
R
 
A
M
 
H
G
 
E
V
 
I
E
 
D
R
 
R
C
 
I
I
 
A
R
 
R
F
 
V
A
 
A
F
 
F
E
 
E
Y
 
T
C
 
A
R
 
R
K
 
K
R
 
R
N
 
R
K
 
G
K
 
K
K
 
-
K
 
-
V
 
-
T
 
-
L
 
L
C
 
C
G
 
S
-
 
V
-
 
D
K
|
K
T
 
A
N
|
N
V
|
V
L
 
L
I
 
-
Y
 
E
A
 
A
F
 
S
D
 
I
L
 
L
W
 
W
E
 
R
R
 
K
T
 
R
F
 
V
R
 
T
E
 
A
V
 
L
A
 
A
R
 
S
E
 
E
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
V
E
 
E
T
 
L
D
 
S
Y
 
H
A
 
M
H
 
Y
V
 
V
D
|
D
A
x
N
I
 
A
C
 
A
M
 
M
W
 
Q
M
 
L
V
 
V
K
 
R
N
 
D
P
 
P
E
 
K
W
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
T
I
 
I
V
 
V
T
 
T
D
 
N
N
 
N
M
 
I
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
I
 
L
T
 
S
D
|
D
L
 
E
G
 
A
A
 
S
M
 
M
I
 
I
Q
 
T
G
 
G
G
 
S
M
 
I
G
 
G
I
 
M
A
 
L
A
 
P
G
 
S
G
 
A
N
 
S
I
 
L
N
 
S
P
 
D
N
 
S
G
 
G
V
 
P
S
 
G
M
 
L
F
 
F
E
|
E
P
|
P
I
|
I
G
x
H
G
|
G
S
|
S
A
|
A
P
|
P
K
x
D
Y
x
I
T
x
A
G
|
G
K
x
Q
N
x
D
V
x
K
I
x
A
N
|
N
P
 
P
L
 
L
A
 
A
A
 
T
I
 
I
C
 
L
A
 
S
G
 
A
Q
 
A
M
 
M
M
 
L
L
 
L
E
 
K
H
 
Y
-
 
G
L
 
L
G
 
G
E
 
E
E
 
E
K
 
K
A
 
A
A
 
A
Q
 
K
R
 
R
V
 
I
L
 
E
E
 
D
A
 
A
V
 
V

5j32A Isopropylmalate dehydrogenase in complex with isopropylmalate (see paper)
39% identity, 90% coverage: 4:322/355 of query aligns to 11:333/369 of 5j32A

query
sites
5j32A
K
 
K
S
 
R
Y
 
Y
R
 
T
I
 
I
A
 
T
K
 
L
I
x
L
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
T
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
V
 
V
R
 
S
E
 
I
A
 
A
V
 
K
K
 
N
V
 
V
L
 
L
D
 
Q
A
 
Q
V
 
A
A
 
G
E
 
S
K
 
L
E
 
E
G
 
G
F
 
V
K
 
E
I
 
F
E
 
N
W
 
F
V
 
R
E
 
E
Y
 
M
D
 
P
L
 
I
G
 
G
G
 
G
E
 
A
R
 
A
Y
 
L
L
 
D
R
 
L
T
 
V
G
 
G
E
 
V
I
 
P
L
 
L
P
 
P
A
 
E
G
 
E
V
 
T
I
 
I
D
 
S
E
 
A
L
 
A
R
 
K
Q
 
E
M
 
S
D
 
D
A
 
A
I
 
V
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
I
G
 
G
-
 
G
-
 
Y
-
 
K
-
 
W
-
 
D
-
 
N
-
 
N
H
 
E
P
 
K
D
 
H
V
 
L
K
 
R
P
 
P
G
 
-
V
 
-
L
 
-
E
 
E
R
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
-
E
 
Q
L
 
I
R
|
R
F
 
A
Q
 
A
L
 
L
D
 
K
Q
 
V
Y
 
F
V
 
A
N
 
N
L
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
A
T
 
T
L
 
V
F
 
L
P
 
P
G
 
Q
V
 
L
Y
 
V
-
 
D
-
 
A
T
 
S
P
 
T
V
 
L
K
 
K
D
 
R
K
 
E
G
 
V
P
 
A
E
 
E
D
 
G
I
 
V
D
 
D
F
 
L
V
 
M
V
 
V
V
 
V
R
|
R
E
 
E
N
 
L
T
 
T
E
 
G
G
 
G
L
 
I
Y
|
Y
A
 
F
G
 
G
A
 
E
G
 
P
-
 
R
G
 
G
I
 
I
L
 
K
R
 
T
K
 
N
G
 
E
T
 
N
P
 
G
H
 
E
E
 
E
V
 
V
A
 
G
V
 
F
Q
 
N
E
 
T
S
 
E
I
 
V
N
 
Y
T
 
A
R
 
A
M
 
H
G
 
E
V
 
I
E
 
D
R
 
R
C
 
I
I
 
A
R
 
R
F
 
V
A
 
A
F
 
F
E
 
E
Y
 
T
C
 
A
R
 
R
K
 
K
R
 
R
N
 
R
K
 
G
K
 
K
K
 
-
K
 
-
V
 
-
T
 
-
L
 
L
C
 
C
G
 
S
-
 
V
-
 
D
K
|
K
T
 
A
N
 
N
V
 
V
L
 
L
I
 
-
Y
 
E
A
 
A
F
 
S
D
 
I
L
 
L
W
 
W
E
 
R
R
 
K
T
 
R
F
 
V
R
 
T
E
 
A
V
 
L
A
 
A
R
 
S
E
 
E
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
V
E
 
E
T
 
L
D
 
S
Y
 
H
A
 
M
H
 
Y
V
 
V
D
|
D
A
 
N
I
 
A
C
 
A
M
 
M
W
 
Q
M
 
L
V
 
V
K
 
R
N
 
D
P
 
P
E
 
K
W
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
T
I
 
I
V
 
V
T
 
T
D
 
N
N
 
N
M
 
I
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
I
 
L
T
 
S
D
|
D
L
 
E
G
 
A
A
 
S
M
 
M
I
 
I
Q
 
T
G
 
G
G
 
S
M
 
I
G
 
G
I
 
M
A
 
L
A
 
P
G
 
S
G
 
A
N
 
S
I
 
L
N
 
S
P
 
D
N
 
S
G
 
G
V
 
P
S
 
G
M
 
L
F
 
F
E
 
E
P
 
P
I
 
I
G
 
H
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
K
 
D
Y
 
I
T
 
A
G
 
G
K
 
Q
N
 
D
V
 
K
I
 
A
N
 
N
P
 
P
L
 
L
A
 
A
A
 
T
I
 
I
C
 
L
A
 
S
G
 
A
Q
 
A
M
 
M
M
 
L
L
 
L
E
 
K
H
 
Y
-
 
G
L
 
L
G
 
G
E
 
E
E
 
E
K
 
K
A
 
A
A
 
A
Q
 
K
R
 
R
V
 
I
L
 
E
E
 
D
A
 
A
V
 
V

5j33A Isopropylmalate dehydrogenase in complex with NAD+ (see paper)
39% identity, 90% coverage: 4:322/355 of query aligns to 1:323/360 of 5j33A

query
sites
5j33A
K
 
K
S
 
R
Y
 
Y
R
 
T
I
 
I
A
 
T
K
 
L
I
 
L
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
T
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
V
 
V
R
 
S
E
 
I
A
 
A
V
 
K
K
 
N
V
 
V
L
 
L
D
 
Q
A
 
Q
V
 
A
A
 
G
E
 
S
K
 
L
E
 
E
G
 
G
F
 
V
K
 
E
I
 
F
E
 
N
W
 
F
V
 
R
E
 
E
Y
 
M
D
 
P
L
 
I
G
 
G
G
 
G
E
 
A
R
 
A
Y
 
L
L
 
D
R
 
L
T
 
V
G
 
G
E
 
V
I
 
P
L
 
L
P
 
P
A
 
E
G
 
E
V
 
T
I
 
I
D
 
S
E
 
A
L
 
A
R
 
K
Q
 
E
M
 
S
D
 
D
A
 
A
I
 
V
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
|
I
G
 
G
-
 
G
-
 
Y
-
 
K
-
 
W
-
 
D
-
 
N
-
 
N
H
 
E
P
 
K
D
 
H
V
 
L
K
 
R
P
 
P
G
 
-
V
 
-
L
 
-
E
|
E
R
 
K
G
 
G
L
|
L
L
 
L
L
 
-
E
 
Q
L
 
I
R
 
R
F
 
A
Q
 
A
L
 
L
D
 
K
Q
 
V
Y
 
F
V
 
A
N
 
N
L
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
A
T
 
T
L
 
V
F
 
L
P
 
P
G
 
Q
V
 
L
Y
 
V
-
 
D
-
 
A
T
 
S
P
 
T
V
 
L
K
 
K
D
 
R
K
 
E
G
 
V
P
 
A
E
 
E
D
 
G
I
 
V
D
 
D
F
 
L
V
 
M
V
 
V
V
 
V
R
 
R
E
 
E
N
 
L
T
 
T
E
 
G
G
 
G
L
 
I
Y
|
Y
A
 
F
G
 
G
A
 
E
G
 
P
-
 
R
G
 
G
I
 
I
L
 
K
R
 
T
K
 
N
G
 
E
T
 
N
P
 
G
H
 
E
E
 
E
V
 
V
A
 
G
V
 
F
Q
 
N
E
 
T
S
 
E
I
 
V
N
 
Y
T
 
A
R
 
A
M
 
H
G
 
E
V
 
I
E
 
D
R
 
R
C
 
I
I
 
A
R
 
R
F
 
V
A
 
A
F
 
F
E
 
E
Y
 
T
C
 
A
R
 
R
K
 
K
R
 
R
N
 
R
K
 
G
K
 
K
K
 
-
K
 
-
V
 
-
T
 
-
L
 
L
C
 
C
G
 
S
-
 
V
-
 
D
K
|
K
T
 
A
N
 
N
V
 
V
L
 
L
I
 
-
Y
 
E
A
 
A
F
 
S
D
 
I
L
 
L
W
 
W
E
 
R
R
 
K
T
 
R
F
 
V
R
 
T
E
 
A
V
 
L
A
 
A
R
 
S
E
 
E
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
V
E
 
E
T
 
L
D
 
S
Y
 
H
A
 
M
H
 
Y
V
 
V
D
|
D
A
 
N
I
 
A
C
 
A
M
 
M
W
 
Q
M
 
L
V
 
V
K
 
R
N
 
D
P
 
P
E
 
K
W
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
T
I
 
I
V
 
V
T
 
T
D
 
N
N
 
N
M
 
I
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
I
 
L
T
 
S