SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_093395253.1 NCBI__GCF_900114975.1:WP_093395253.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

Q8TPT4 L-aspartate semialdehyde sulfurtransferase; EC 2.8.1.16 from Methanosarcina acetivorans (strain ATCC 35395 / DSM 2834 / JCM 12185 / C2A) (see 2 papers)
51% identity, 98% coverage: 3:379/384 of query aligns to 2:362/500 of Q8TPT4

query
sites
Q8TPT4
V
 
V
V
 
E
K
 
K
T
 
S
Y
 
V
E
 
H
E
 
E
I
 
I
N
 
N
E
 
K
K
 
K
I
 
I
K
 
E
S
 
D
G
 
G
K
 
S
V
 
V
V
 
N
V
 
V
V
 
V
T
 
T
A
 
A
E
 
E
E
 
E
M
 
M
T
 
V
R
 
G
I
 
I
V
 
V
R
 
E
E
 
N
K
 
L
G
 
G
E
 
V
K
 
E
R
 
G
A
 
A
A
 
A
E
 
R
E
 
E
V
 
V
D
 
D
V
 
V
V
 
V
T
 
T
T
 
T
G
 
G
T
 
T
F
 
F
A
 
G
P
 
A
M
 
M
C
|
C
S
 
S
S
 
S
G
 
G
V
 
L
F
 
M
I
 
L
N
 
N
F
 
L
G
 
G
H
 
H
T
 
S
K
 
E
P
 
P
P
 
P
I
 
I
K
 
K
A
 
I
H
 
Q
R
 
K
V
 
L
L
 
W
L
 
F
N
 
N
N
 
N
V
 
V
P
 
E
A
 
A
Y
 
Y
A
 
S
G
 
G
L
 
L
A
 
A
A
 
A
V
 
V
D
 
D
I
 
A
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
A
 
A
T
 
A
E
 
Q
P
 
-
A
 
-
L
 
I
E
 
S
D
 
D
P
 
T
L
 
R
N
 
G
K
 
-
I
 
-
H
 
-
P
 
-
G
 
-
L
 
-
F
 
I
E
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
G
 
A
H
 
H
V
 
V
I
 
I
H
 
E
D
 
D
L
 
L
V
 
L
S
 
R
G
 
G
K
 
K
P
 
E
V
 
L
V
 
D
L
 
V
K
 
H
A
 
A
E
 
T
A
 
S
Y
 
Y
G
 
G
T
 
T
D
 
D
C
|
C
Y
 
Y
P
 
P
N
 
R
R
 
K
Y
 
V
V
 
L
E
 
D
K
 
T
T
 
R
V
 
I
Y
 
T
L
 
L
K
 
D
D
 
D
L
 
L
P
 
N
N
 
E
A
 
A
V
 
V
L
 
L
C
 
L
N
 
N
P
 
P
R
 
R
N
 
N
A
 
A
Y
 
Y
Q
 
Q
N
 
K
Y
 
Y
N
 
A
C
 
A
A
 
A
V
 
T
N
 
N
L
 
S
S
 
S
R
 
K
K
 
R
T
 
I
L
 
L
Y
 
N
T
 
T
Y
 
Y
M
 
M
G
 
G
V
 
E
L
 
L
K
 
L
P
 
P
K
 
N
L
 
F
G
 
G
N
 
N
A
 
V
N
 
T
Y
 
Y
S
 
S
T
 
G
S
 
A
G
 
G
A
 
V
L
 
L
S
 
S
P
 
P
L
 
L
L
 
S
N
 
N
D
 
D
P
 
P
Y
 
D
Y
 
Y
R
 
E
T
 
T
I
 
I
G
 
G
M
 
M
G
 
G
T
 
T
R
 
R
I
 
I
F
 
F
L
 
M
G
 
G
G
 
G
G
 
A
I
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
V
 
I
V
 
I
W
 
G
H
 
N
G
 
G
T
 
T
Q
 
Q
H
 
H
N
 
S
P
 
P
N
 
S
V
 
-
P
 
-
R
 
-
N
 
-
D
 
-
R
 
-
G
 
-
I
 
-
P
 
-
R
 
-
G
 
S
P
 
S
A
 
F
G
 
G
T
 
T
L
 
L
M
 
M
V
 
L
L
 
K
G
 
G
D
 
N
L
 
L
K
 
K
Q
 
E
M
 
M
Q
 
S
P
 
S
R
 
D
W
 
Y
L
 
L
V
 
R
G
 
A
V
 
A
S
 
S
I
 
F
L
 
A
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
C
 
T
S
 
T
L
 
L
A
 
Y
V
 
M
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
P
 
P
I
 
I
P
 
P
V
 
I
L
 
L
D
 
N
E
 
E
E
 
K
M
 
I
A
 
A
Y
 
A
Y
 
S
T
 
T
G
 
A
V
 
V
S
 
R
D
 
D
E
 
E
D
 
D
I
 
I
V
 
F
T
 
T
Q
 
D
V
 
I
K
 
L
D
 
D
Y
 
Y
S
 
A
F
 
V
-
 
G
T
 
S
E
 
R
S
 
D
E
 
K
P
 
P
-
 
V
L
 
I
G
 
K
E
 
Q
V
 
V
S
 
N
Y
 
Y
A
 
A
E
 
E
L
 
L
K
 
R
K
 
S
G
 
G
V
 
S
I
 
I
R
 
E
I
 
L
R
 
E
G
 
G
K
 
K
E
 
N
V
 
T
P
 
P
T
 
T
V
 
S
P
 
S
L
 
L
S
 
S
S
 
S
Y
 
F
L
 
K
R
 
N
A
 
A
R
 
R
E
 
K
I
 
I
A
 
A
E
 
N
I
 
E
L
 
L
K
 
K
N
 
E
W
 
W
I
 
V
K
 
K
S
 
H
G
 
G
S
 
K
F
 
F
L
 
F
L
 
V
G
 
S
K
 
M
P
 
P
Q
 
V
E
 
E
Y
 
K
L
 
L

Q57564 L-aspartate semialdehyde sulfurtransferase; EC 2.8.1.16 from Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (Methanococcus jannaschii) (see paper)
54% identity, 96% coverage: 3:372/384 of query aligns to 2:368/509 of Q57564

query
sites
Q57564
V
 
I
V
 
M
K
 
K
T
 
T
Y
 
I
E
 
K
E
 
E
I
 
I
N
 
N
E
 
E
K
 
K
I
 
I
K
 
K
S
 
K
G
 
G
K
 
E
V
 
A
V
 
V
V
 
V
V
 
V
T
 
T
A
 
A
E
 
E
E
 
E
M
 
M
T
 
I
R
 
K
I
 
I
V
 
V
R
 
E
E
 
E
K
 
E
G
 
G
E
 
A
K
 
K
R
 
R
A
 
A
A
 
A
E
 
D
E
 
Y
V
 
V
D
 
D
V
 
V
V
 
V
T
 
T
T
 
T
G
 
G
T
 
T
F
 
F
A
 
G
P
 
A
M
 
M
C
 
C
S
 
S
S
 
S
G
 
G
V
 
V
F
 
F
I
 
I
N
 
N
F
 
F
G
 
G
H
 
H
T
 
S
K
 
D
P
 
P
P
 
P
I
 
I
K
 
K
A
 
M
H
 
L
R
 
R
V
 
I
L
 
Y
L
 
L
N
 
N
N
 
N
V
 
V
P
 
E
A
 
A
Y
 
Y
A
 
G
G
 
G
L
 
L
A
 
A
A
 
A
V
 
V
D
 
D
I
 
A
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G
A
 
A
T
 
A
E
 
Q
P
 
P
A
 
N
L
 
-
E
 
E
D
 
D
P
 
P
L
 
D
N
 
V
K
 
D
I
 
I
H
 
-
P
 
-
G
 
-
L
 
-
F
 
-
E
 
D
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
G
 
A
H
 
H
V
 
V
I
 
I
H
 
E
D
 
D
L
 
L
V
 
V
S
 
R
G
 
G
K
 
K
P
 
E
V
 
V
V
 
E
L
 
L
K
 
Y
A
 
A
E
 
E
A
 
G
Y
 
Y
G
 
T
T
 
T
D
 
D
C
 
C
Y
 
Y
P
 
P
N
 
R
R
 
K
Y
 
E
V
 
V
E
 
N
K
 
V
T
 
R
V
 
I
Y
 
T
L
 
L
K
 
D
D
 
D
L
 
V
P
 
N
N
 
Q
A
 
A
V
 
I
L
 
M
C
 
V
N
 
N
P
 
P
R
 
R
N
 
N
A
 
C
Y
 
Y
Q
 
Q
N
 
T
Y
 
Y
N
 
A
C
 
A
A
 
A
V
 
T
N
 
N
L
 
S
S
 
R
R
 
E
K
 
E
T
 
K
L
 
I
Y
 
Y
T
 
T
Y
 
Y
M
 
M
G
 
G
V
 
I
L
 
L
K
 
L
P
 
P
K
 
E
L
 
Y
G
 
N
N
 
N
A
 
V
N
 
H
Y
 
Y
S
 
S
T
 
G
S
 
A
G
 
G
A
 
Q
L
 
L
S
 
N
P
 
P
L
 
L
L
 
Q
N
 
N
D
 
D
-
 
Y
-
 
N
-
 
P
-
 
E
-
 
T
P
 
K
Y
 
S
Y
 
F
R
 
N
T
 
T
I
 
I
G
 
G
M
 
I
G
 
G
T
 
T
R
 
R
I
 
I
F
 
F
L
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
V
 
I
W
 
G
H
 
E
G
 
G
T
 
T
Q
 
Q
H
 
H
N
 
N
P
 
P
N
 
-
V
 
-
P
 
-
R
 
-
N
 
-
D
 
-
R
 
-
G
 
-
I
 
-
P
 
-
R
 
-
G
 
-
P
 
P
A
 
F
G
 
G
T
 
T
L
 
L
M
 
M
V
 
V
L
 
K
G
 
G
D
 
D
L
 
L
K
 
K
Q
 
Q
M
 
M
Q
 
N
P
 
P
R
 
K
W
 
F
L
 
I
V
 
R
G
 
A
V
 
A
S
 
T
I
 
M
L
 
P
G
 
R
Y
 
Y
G
 
G
C
 
S
S
 
T
L
 
L
A
 
Y
V
 
V
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
P
 
P
I
 
I
P
 
P
V
 
V
L
 
L
D
 
N
E
 
E
E
 
K
M
 
I
A
 
A
Y
 
E
Y
 
R
T
 
C
G
 
A
V
 
I
S
 
R
D
 
D
E
 
E
D
 
D
I
 
I
V
 
E
T
 
V
Q
 
P
V
 
I
K
 
Y
D
 
D
Y
 
Y
S
 
G
F
 
F
T
 
P
E
 
R
S
 
R
E
 
D
-
 
R
P
 
P
L
 
L
-
 
I
G
 
A
E
 
K
V
 
T
S
 
N
Y
 
Y
A
 
K
E
 
V
L
 
L
K
 
R
K
 
S
G
 
G
V
 
K
I
 
I
-
 
T
-
 
L
-
 
N
-
 
V
R
 
N
I
 
I
R
 
D
G
 
G
K
 
K
E
 
D
-
 
V
-
 
E
-
 
K
-
 
T
V
 
V
P
 
K
T
 
T
V
 
G
P
 
S
L
 
V
S
 
S
S
 
S
Y
 
Y
L
 
K
R
 
M
A
 
A
R
 
R
E
 
E
I
 
V
A
 
A
E
 
E
I
 
T
L
 
L
K
 
K
N
 
Q
W
 
W
I
 
I
K
 
L
S
 
D
G
 
G
S
 
K
F
 
F
L
 
L
L
 
L

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_093395253.1 NCBI__GCF_900114975.1:WP_093395253.1
MAVVKTYEEINEKIKSGKVVVVTAEEMTRIVREKGEKRAAEEVDVVTTGTFAPMCSSGVF
INFGHTKPPIKAHRVLLNNVPAYAGLAAVDIYLGATEPALEDPLNKIHPGLFEYGGGHVI
HDLVSGKPVVLKAEAYGTDCYPNRYVEKTVYLKDLPNAVLCNPRNAYQNYNCAVNLSRKT
LYTYMGVLKPKLGNANYSTSGALSPLLNDPYYRTIGMGTRIFLGGGIGYVVWHGTQHNPN
VPRNDRGIPRGPAGTLMVLGDLKQMQPRWLVGVSILGYGCSLAVGIGIPIPVLDEEMAYY
TGVSDEDIVTQVKDYSFTESEPLGEVSYAELKKGVIRIRGKEVPTVPLSSYLRAREIAEI
LKNWIKSGSFLLGKPQEYLPGCPQ

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory