SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_094506618.1 NCBI__GCF_002252445.1:WP_094506618.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 5 hits to proteins with known functional sites (download)

7w2jC Cryo-em structure of membrane-bound fructose dehydrogenase from gluconobacter japonicus
35% identity, 84% coverage: 43:304/313 of query aligns to 2:256/418 of 7w2jC

query
sites
7w2jC
A
 
S
K
 
R
G
 
G
E
 
H
Q
 
Y
V
 
L
F
 
A
W
 
I
A
 
A
G
 
A
G
 
D
C
|
C
A
 
A
S
 
A
C
|
C
H
|
H
A
 
T
A
 
-
P
 
-
G
 
-
A
 
-
T
 
N
G
 
G
D
 
R
A
 
D
R
 
G
K
 
Q
V
 
F
M
 
L
A
 
A
G
 
G
G
 
G
H
 
Y
E
 
A
L
 
I
A
 
S
S
 
S
D
 
P
F
 
M
G
 
G
T
 
N
F
 
I
I
 
Y
A
 
S
P
x
T
N
 
N
I
|
I
S
 
T
P
 
P
S
 
S
Q
 
K
-
 
T
Q
 
H
G
 
G
I
 
I
G
 
G
T
 
N
W
x
Y
T
 
T
L
 
L
H
 
E
D
 
Q
F
 
F
A
 
S
N
 
K
A
 
A
I
 
L
L
 
R
K
 
H
G
 
G
V
 
I
G
 
R
T
 
A
K
 
D
G
 
G
E
 
A
H
 
Q
L
|
L
Y
|
Y
P
 
P
S
x
A
F
x
M
P
 
P
Y
 
Y
T
 
D
S
 
A
Y
 
Y
A
 
N
K
 
R
M
 
L
Q
 
T
P
 
D
Q
 
E
D
 
D
V
 
V
A
 
K
D
 
S
L
 
L
F
 
Y
A
 
A
Y
 
Y
M
 
I
K
 
M
T
 
T
-
 
E
L
 
V
P
 
K
E
 
P
S
 
V
D
 
D
N
 
A
V
 
P
A
 
S
A
 
P
E
 
K
H
 
T
K
 
Q
L
 
L
G
 
P
F
 
F
P
 
P
F
 
F
N
 
S
I
 
I
R
|
R
R
 
A
G
 
S
L
 
L
G
 
G
L
 
I
W
 
W
K
 
K
-
 
I
Q
 
A
L
 
A
Y
 
R
L
 
I
S
 
E
D
 
G
K
 
K
P
 
P
V
 
Y
V
 
V
E
 
F
L
 
D
A
 
H
N
 
T
A
 
H
S
 
N
D
 
D
Q
 
D
V
 
W
K
 
N
R
 
R
G
 
G
K
 
R
Y
 
Y
L
 
L
T
 
V
E
 
D
A
 
E
L
 
L
G
 
A
H
|
H
C
|
C
A
 
G
E
 
E
C
|
C
H
|
H
T
 
T
P
 
P
R
 
R
S
 
N
V
 
F
I
 
L
G
 
L
G
 
A
L
 
P
D
 
N
T
 
Q
T
 
S
Q
 
A
W
 
Y
M
 
L
A
 
A
G
 
G
A
 
A
L
 
-
S
 
-
P
 
-
E
 
-
T
 
-
G
 
-
S
 
-
D
 
D
G
 
I
R
 
G
K
 
S
G
 
W
I
 
R
V
x
A
P
|
P
N
 
N
I
 
I
T
 
T
-
 
N
A
 
A
G
 
P
E
 
Q
G
 
S
G
 
G
I
 
I
G
 
G
D
 
S
W
 
W
S
 
S
E
 
D
N
 
Q
D
 
D
I
 
L
A
 
F
Y
 
Q
A
 
Y
L
 
L
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
F
 
K
T
 
T
P
 
A
D
 
H
F
 
A
D
x
R
S
 
A
L
 
A
G
 
G
G
x
P
S
x
M
M
 
A
T
 
E
D
 
A
V
 
I
V
 
E
T
 
H
N
 
S
M
 
L
A
 
Q
H
 
Y
L
 
L
T
 
P
D
 
D
A
 
A
D
 
D
R
 
I
E
 
S
A
 
A
I
 
I
A
 
V
A
 
T
Y
 
Y
L
 
L
K
 
R
A
 
S
I
 
V
P
 
P
A
 
A

Sites not aligning to the query:

8jejC Cryo-em structure of na-dithionite reduced membrane-bound fructose dehydrogenase from gluconobacter japonicus
35% identity, 84% coverage: 43:304/313 of query aligns to 2:256/413 of 8jejC

query
sites
8jejC
A
 
S
K
 
R
G
 
G
E
 
H
Q
 
Y
V
 
L
F
 
A
W
 
I
A
 
A
G
 
A
G
 
D
C
|
C
A
 
A
S
 
A
C
|
C
H
|
H
A
 
T
A
 
-
P
 
-
G
 
-
A
 
-
T
 
N
G
 
G
D
 
R
A
 
D
R
 
G
K
 
Q
V
 
F
M
 
L
A
 
A
G
 
G
G
 
G
H
 
Y
E
 
A
L
 
I
A
 
S
S
 
S
D
 
P
F
x
M
G
 
G
T
 
N
F
 
I
I
 
Y
A
 
S
P
x
T
N
 
N
I
|
I
S
 
T
P
 
P
S
 
S
Q
 
K
-
 
T
Q
 
H
G
 
G
I
 
I
G
 
G
T
 
N
W
 
Y
T
 
T
L
 
L
H
 
E
D
 
Q
F
|
F
A
 
S
N
 
K
A
 
A
I
x
L
L
 
R
K
 
H
G
 
G
V
 
I
G
 
R
T
 
A
K
 
D
G
 
G
E
 
A
H
 
Q
L
|
L
Y
|
Y
P
|
P
S
 
A
F
x
M
P
|
P
Y
 
Y
T
 
D
S
 
A
Y
|
Y
A
 
N
K
 
R
M
 
L
Q
 
T
P
 
D
Q
 
E
D
 
D
V
 
V
A
 
K
D
 
S
L
 
L
F
 
Y
A
 
A
Y
 
Y
M
 
I
K
 
M
T
 
T
-
 
E
L
 
V
P
 
K
E
 
P
S
 
V
D
 
D
N
 
A
V
 
P
A
 
S
A
 
P
E
 
K
H
 
T
K
 
Q
L
 
L
G
 
P
F
 
F
P
 
P
F
 
F
N
 
S
I
 
I
R
|
R
R
 
A
G
x
S
L
 
L
G
 
G
L
 
I
W
|
W
K
 
K
-
 
I
Q
 
A
L
 
A
Y
 
R
L
 
I
S
 
E
D
 
G
K
 
K
P
 
P
V
 
Y
V
 
V
E
 
F
L
 
D
A
 
H
N
 
T
A
 
H
S
 
N
D
 
D
Q
 
D
V
 
W
K
 
N
R
 
R
G
 
G
K
 
R
Y
 
Y
L
 
L
T
 
V
E
 
D
A
 
E
L
 
L
G
 
A
H
 
H
C
|
C
A
 
G
E
 
E
C
|
C
H
|
H
T
 
T
P
 
P
R
 
R
S
 
N
V
 
F
I
 
L
G
x
L
G
 
A
L
 
P
D
 
N
T
 
Q
T
 
S
Q
 
A
W
 
Y
M
 
L
A
 
A
G
 
G
A
 
A
L
 
-
S
 
-
P
 
-
E
 
-
T
 
-
G
 
-
S
 
-
D
 
D
G
x
I
R
 
G
K
 
S
G
x
W
I
 
R
V
x
A
P
|
P
N
 
N
I
|
I
T
 
T
-
 
N
A
 
A
G
 
P
E
 
Q
G
 
S
G
 
G
I
 
I
G
 
G
D
 
S
W
|
W
S
 
S
E
 
D
N
 
Q
D
 
D
I
 
L
A
 
F
Y
 
Q
A
x
Y
L
 
L
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
F
 
K
T
 
T
P
 
A
D
 
H
F
 
A
D
x
R
S
 
A
L
 
A
G
 
G
G
 
P
S
x
M
M
 
A
T
 
E
D
 
A
V
 
I
V
 
E
T
 
H
N
 
S
M
 
L
A
 
Q
H
 
Y
L
 
L
T
 
P
D
 
D
A
 
A
D
 
D
R
 
I
E
 
S
A
 
A
I
 
I
A
 
V
A
 
T
Y
 
Y
L
 
L
K
 
R
A
 
S
I
 
V
P
 
P
A
 
A

Sites not aligning to the query:

Q47945 Alcohol dehydrogenase (quinone), cytochrome c subunit; ADH; Alcohol dehydrogenase (quinone), subunit II; Cytochrome c-553; Cytochrome c553; Ethanol:Q2 reductase; G3-ADH subunit II; Quinohemoprotein-cytochrome c complex; Ubiquinol oxidase; EC 1.1.5.5 from Gluconobacter oxydans (strain 621H) (Gluconobacter suboxydans) (see paper)
33% identity, 85% coverage: 44:308/313 of query aligns to 46:309/478 of Q47945

query
sites
Q47945
K
 
R
G
 
G
E
 
E
Q
 
Y
V
 
V
F
 
A
W
 
R
A
 
L
G
 
S
G
 
D
C
 
C
A
 
I
S
 
A
C
 
C
H
 
H
A
 
T
A
 
A
P
 
L
G
 
H
A
 
G
T
 
-
G
 
-
D
 
-
A
 
-
R
 
-
K
 
Q
V
 
P
M
 
Y
A
 
A
G
 
G
G
 
G
H
 
L
E
 
E
L
 
I
A
 
K
S
 
S
D
 
P
F
 
I
G
 
G
T
 
T
F
 
I
I
 
Y
A
 
S
P
 
T
N
 
N
I
 
I
S
 
T
P
 
P
S
 
D
-
 
P
Q
 
E
Q
 
H
G
 
G
I
 
I
G
 
G
T
 
N
W
 
Y
T
 
T
L
 
L
H
 
E
D
 
D
F
 
F
A
 
T
N
 
K
A
 
A
I
 
L
L
 
R
K
 
K
G
 
G
V
 
I
G
 
R
T
 
K
K
 
D
G
 
G
E
 
A
H
 
T
L
 
V
Y
 
Y
P
 
P
S
 
A
F
 
M
P
 
P
Y
 
Y
T
 
P
S
 
E
Y
 
F
A
 
A
K
 
R
M
 
L
Q
 
S
P
 
D
Q
 
D
D
 
D
V
 
I
A
 
R
D
 
A
L
 
M
F
 
Y
A
 
A
Y
 
F
M
 
F
K
 
-
T
 
-
L
 
M
P
 
H
E
 
G
S
 
V
D
 
K
N
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
L
E
 
Q
H
 
N
K
 
K
-
 
A
-
 
P
-
 
D
L
 
I
G
 
S
F
 
W
P
 
P
F
 
L
N
 
S
I
 
M
R
 
R
R
 
W
G
 
P
L
 
L
G
 
G
L
 
M
W
 
W
K
 
R
Q
 
A
L
 
M
Y
 
F
L
 
V
-
 
P
S
 
S
D
 
M
K
 
T
P
 
P
V
 
G
V
 
V
E
 
D
L
 
K
A
 
S
N
 
I
A
 
S
S
 
D
D
 
P
Q
 
E
V
 
V
K
 
A
R
 
R
G
 
G
K
 
E
Y
 
Y
L
 
L
T
 
V
E
 
N
A
 
G
L
 
P
G
 
G
H
 
H
C
 
C
A
 
G
E
 
E
C
 
C
H
 
H
T
 
T
P
 
P
R
 
R
S
 
G
V
 
F
I
 
G
G
 
M
G
 
Q
L
 
V
D
 
K
T
 
A
T
 
Y
Q
 
G
W
 
T
M
 
A
A
 
G
G
 
G
A
 
N
L
 
A
S
 
Y
P
 
L
E
 
A
T
 
G
G
 
G
S
 
A
D
 
P
G
 
I
R
 
D
K
 
N
G
 
W
I
 
I
V
 
A
P
 
P
N
 
S
I
 
L
T
 
R
A
 
S
G
 
N
-
 
S
E
 
D
G
 
T
G
 
G
I
 
L
G
 
G
D
 
R
W
 
W
S
 
S
E
 
E
N
 
D
D
 
D
I
 
I
A
 
V
Y
 
T
A
 
F
L
 
L
Q
 
K
S
 
S
G
 
G
F
 
R
T
 
I
P
 
-
D
 
D
F
 
H
D
 
S
S
 
A
L
 
V
G
 
F
G
 
G
S
 
G
M
 
M
T
 
A
D
 
D
V
 
V
V
 
V
T
 
A
-
 
Y
N
 
S
M
 
T
A
 
Q
H
 
H
L
 
W
T
 
S
D
 
D
A
 
D
D
 
D
R
 
L
E
 
R
A
 
A
I
 
T
A
 
A
A
 
K
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
A
 
S
I
 
M
P
 
P
A
 
A
H
 
V
K
 
P
D
 
E
G
 
G

Sites not aligning to the query:

8gy2B Cryo-em structure of membrane-bound alcohol dehydrogenase from gluconobacter oxydans
33% identity, 85% coverage: 44:308/313 of query aligns to 8:271/433 of 8gy2B

query
sites
8gy2B
K
 
R
G
 
G
E
 
E
Q
 
Y
V
 
V
F
 
A
W
 
R
A
 
L
G
 
S
G
 
D
C
|
C
A
 
I
S
 
A
C
|
C
H
|
H
A
 
T
A
 
A
P
 
L
G
 
H
A
 
G
T
 
-
G
 
-
D
 
-
A
 
-
R
 
-
K
 
Q
V
 
P
M
 
Y
A
 
A
G
 
G
G
 
G
H
x
L
E
 
E
L
 
I
A
 
K
S
 
S
D
x
P
F
 
I
G
 
G
T
 
T
F
 
I
I
 
Y
A
 
S
P
x
T
N
 
N
I
|
I
S
 
T
P
 
P
S
 
D
-
 
P
Q
 
E
Q
 
H
G
 
G
I
 
I
G
 
G
T
 
N
W
x
Y
T
 
T
L
 
L
H
 
E
D
 
D
F
 
F
A
 
T
N
 
K
A
 
A
I
x
L
L
 
R
K
 
K
G
 
G
V
 
I
G
x
R
T
 
K
K
 
D
G
 
G
E
 
A
H
 
T
L
x
V
Y
|
Y
P
|
P
S
 
A
F
x
M
P
 
P
Y
 
Y
T
 
P
S
 
E
Y
x
F
A
 
A
K
 
R
M
 
L
Q
 
S
P
 
D
Q
 
D
D
 
D
V
 
I
A
 
R
D
 
A
L
 
M
F
 
Y
A
 
A
Y
 
F
M
 
F
K
 
-
T
 
-
L
 
M
P
 
H
E
 
G
S
 
V
D
 
K
N
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
L
E
 
Q
H
 
N
K
 
K
-
 
A
-
 
P
-
 
D
L
 
I
G
 
S
F
 
W
P
 
P
F
 
L
N
 
S
I
 
M
R
|
R
R
 
W
G
 
P
L
|
L
G
 
G
L
 
M
W
|
W
K
 
R
Q
 
A
L
 
M
Y
 
F
L
 
V
-
 
P
S
 
S
D
 
M
K
 
T
P
 
P
V
 
G
V
 
V
E
 
D
L
 
K
A
 
S
N
 
I
A
 
S
S
 
D
D
 
P
Q
 
E
V
 
V
K
 
A
R
 
R
G
 
G
K
 
E
Y
 
Y
L
 
L
T
 
V
E
 
N
A
 
G
L
 
P
G
 
G
H
|
H
C
|
C
A
 
G
E
|
E
C
|
C
H
|
H
T
 
T
P
 
P
R
|
R
S
 
G
V
 
F
I
 
G
G
 
M
G
 
Q
L
 
V
D
 
K
T
 
A
T
 
Y
Q
 
G
W
 
T
M
 
A
A
 
G
G
 
G
A
 
N
L
 
A
S
 
Y
P
 
L
E
 
A
T
 
G
G
 
G
S
 
A
D
 
P
G
x
I
R
 
D
K
 
N
G
 
W
I
|
I
V
x
A
P
|
P
N
 
S
I
x
L
T
 
R
A
 
S
G
 
N
-
 
S
E
 
D
G
 
T
G
 
G
I
 
L
G
 
G
D
 
R
W
|
W
S
 
S
E
 
E
N
 
D
D
 
D
I
 
I
A
 
V
Y
 
T
A
x
F
L
 
L
Q
 
K
S
 
S
G
 
G
F
 
R
T
 
I
P
 
-
D
 
D
F
 
H
D
 
S
S
x
A
L
x
V
G
x
F
G
 
G
S
 
G
M
|
M
T
 
A
D
|
D
V
 
V
V
 
V
T
 
A
-
 
Y
N
 
S
M
 
T
A
 
Q
H
 
H
L
 
W
T
 
S
D
 
D
A
 
D
D
 
D
R
 
L
E
 
R
A
 
A
I
 
T
A
 
A
A
 
K
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
A
 
S
I
 
M
P
 
P
A
 
A
H
 
V
K
 
P
D
 
E
G
 
G

Sites not aligning to the query:

8gy3A Cryo-em structure of membrane-bound aldehyde dehydrogenase from gluconobacter oxydans
33% identity, 82% coverage: 43:298/313 of query aligns to 42:291/440 of 8gy3A

query
sites
8gy3A
A
 
S
K
 
R
G
 
G
E
 
E
Q
 
I
V
 
V
F
 
A
W
 
N
A
 
G
G
 
G
G
x
Y
C
|
C
A
 
A
S
x
E
C
|
C
H
|
H
A
 
T
A
 
R
P
 
-
G
 
-
A
 
V
T
 
D
G
 
G
D
 
K
A
 
P
R
 
G
K
 
P
V
 
E
M
 
L
A
 
A
G
 
G
G
 
D
H
 
F
E
 
K
L
 
M
A
 
A
S
x
T
D
 
P
F
|
F
G
 
G
T
 
D
F
 
I
I
 
F
A
 
S
P
x
S
N
 
N
I
|
I
S
 
T
P
 
P
S
 
D
Q
 
E
Q
 
E
-
 
W
G
 
G
I
 
I
G
 
G
T
 
N
W
|
W
T
 
S
L
 
L
H
 
A
D
 
A
F
|
F
A
 
K
N
 
R
A
 
A
I
 
M
L
 
N
K
 
K
G
 
G
V
 
I
G
 
A
T
 
R
K
 
D
G
 
G
E
 
S
H
 
Q
L
|
L
Y
|
Y
P
|
P
S
 
A
F
|
F
P
 
P
Y
 
F
T
 
D
S
 
H
Y
x
F
A
 
T
K
 
K
M
 
V
Q
 
S
P
 
D
Q
 
Q
D
 
D
V
 
V
A
 
S
D
 
D
L
 
L
F
 
Y
A
 
A
Y
 
Y
M
 
L
K
 
M
T
 
T
L
 
R
P
 
P
E
 
A
S
 
V
D
 
H
N
 
L
V
 
K
A
 
P
A
 
R
E
 
D
H
 
N
K
 
T
L
 
V
G
 
P
F
 
F
P
 
P
F
x
I
N
 
N
I
 
I
R
|
R
R
 
L
-
 
I
G
|
G
L
x
Q
G
 
G
L
x
F
W
|
W
K
 
K
Q
 
L
L
 
L
Y
 
F
L
 
F
S
 
T
D
 
P
K
 
G
P
 
R
V
 
Y
V
 
Q
E
 
N
L
 
D
A
 
P
N
 
K
A
 
H
S
 
D
D
 
A
Q
 
Q
V
 
W
K
 
N
R
 
R
G
 
G
K
 
A
Y
 
Y
L
 
L
T
 
A
E
 
E
A
 
G
L
 
N
G
 
E
H
|
H
C
|
C
A
 
G
E
 
A
C
|
C
H
|
H
T
 
T
P
 
P
R
|
R
S
 
N
V
 
L
I
x
L
G
 
G
G
 
A
L
 
E
D
 
K
T
 
M
T
 
S
Q
 
S
W
 
V
M
 
Y
A
 
D
G
 
G
A
 
A
L
 
V
S
 
-
P
 
-
E
 
-
T
 
-
G
 
-
S
 
I
D
 
D
G
 
G
R
 
-
K
 
-
G
 
W
I
 
I
V
x
A
P
|
P
N
 
P
I
x
L
T
 
N
A
 
D
G
 
H
E
 
N
G
 
P
G
 
T
I
 
P
G
 
V
D
 
V
W
|
W
S
 
T
E
 
E
N
 
D
D
 
E
I
 
L
A
 
F
Y
 
Q
A
x
Y
L
|
L
Q
 
R
S
 
F
G
 
G
F
 
V
T
 
A
P
 
P
D
 
L
F
 
H
D
x
G
S
|
S
L
 
A
G
 
A
G
 
G
S
 
P
M
|
M
T
 
S
D
 
P
V
 
V
V
 
P
T
 
H
N
 
R
-
 
F
M
 
L
A
 
S
H
 
K
L
 
I
T
 
P
D
 
E
A
 
E
D
 
D
R
 
V
E
 
H
A
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
H
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_094506618.1 NCBI__GCF_002252445.1:WP_094506618.1
MVRKLAYAAGALIIIGAATFWVLTTPQTVDQTVIASLQPGDAAKGEQVFWAGGCASCHAA
PGATGDARKVMAGGHELASDFGTFIAPNISPSQQGIGTWTLHDFANAILKGVGTKGEHLY
PSFPYTSYAKMQPQDVADLFAYMKTLPESDNVAAEHKLGFPFNIRRGLGLWKQLYLSDKP
VVELANASDQVKRGKYLTEALGHCAECHTPRSVIGGLDTTQWMAGALSPETGSDGRKGIV
PNITAGEGGIGDWSENDIAYALQSGFTPDFDSLGGSMTDVVTNMAHLTDADREAIAAYLK
AIPAHKDGYPARN

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory