SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_094508898.1 NCBI__GCF_002252445.1:WP_094508898.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5ol2F The electron transferring flavoprotein/butyryl-coa dehydrogenase complex from clostridium difficile (see paper)
36% identity, 87% coverage: 29:362/385 of query aligns to 30:360/378 of 5ol2F

query
sites
5ol2F
I
 
L
D
 
D
E
 
E
E
|
E
R
 
E
A
x
R
Y
 
F
P
 
P
D
 
Y
E
 
E
F
 
T
V
 
V
A
 
E
A
 
K
L
 
M
T
 
A
R
 
K
E
 
A
G
 
G
W
 
M
M
 
M
A
 
G
A
 
I
L
 
P
I
 
Y
P
 
P
E
 
K
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
A
 
E
G
 
G
L
 
G
G
 
D
L
 
T
T
 
V
E
 
G
A
 
Y
S
 
I
V
 
M
I
 
A
M
 
V
E
 
E
E
 
E
I
 
L
N
 
S
R
 
R
A
 
V
G
 
C
G
 
G
N
 
T
S
 
T
G
 
G
A
 
V
C
 
I
H
 
L
G
 
S
Q
 
A
M
 
H
Y
 
T
N
 
S
M
 
L
N
 
G
T
 
S
-
 
W
-
 
P
L
 
I
V
 
Y
R
 
Q
H
 
Y
G
 
G
S
 
N
E
 
E
E
 
E
Q
 
Q
R
 
K
R
 
Q
H
 
K
Y
 
F
L
 
L
P
 
R
K
 
P
I
 
L
A
 
A
S
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
-
R
 
K
L
 
L
Q
 
G
S
 
A
M
x
F
G
 
G
V
x
L
T
|
T
E
 
E
P
|
P
T
 
N
T
 
A
G
 
G
T
|
T
D
 
D
T
 
A
T
 
S
R
 
G
I
 
Q
K
 
Q
T
 
T
T
 
T
A
 
A
I
 
V
K
 
L
K
 
D
G
 
G
D
 
D
R
 
E
Y
 
Y
V
 
I
I
 
L
N
 
N
G
 
G
Q
 
S
K
 
K
V
 
I
W
x
F
I
|
I
S
x
T
R
 
N
I
 
A
Q
 
I
H
 
A
S
 
G
D
 
D
L
 
I
M
 
Y
V
 
V
L
 
V
L
 
M
A
 
A
R
 
M
T
 
T
T
 
D
P
 
K
L
 
-
D
 
-
Q
 
-
V
 
-
K
 
S
K
 
K
K
 
G
S
 
N
E
 
K
G
 
G
L
 
I
S
 
S
I
 
A
F
 
F
L
 
I
V
 
V
D
 
E
I
 
K
-
 
G
K
 
T
D
 
P
A
 
G
I
 
F
K
 
S
Q
 
F
G
 
G
M
 
V
E
 
K
V
x
E
R
 
K
P
 
K
I
 
M
R
 
-
N
 
G
M
 
I
V
 
R
N
 
G
H
 
S
E
 
A
T
 
T
N
 
S
E
 
E
L
 
L
F
 
I
F
 
F
D
 
E
D
 
D
L
 
C
E
 
R
I
 
I
P
 
P
A
 
K
E
 
E
N
 
N
L
 
L
I
 
L
G
 
G
E
 
K
E
 
E
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
F
 
F
K
 
K
Y
 
I
I
 
A
L
 
M
T
 
S
G
 
T
L
|
L
N
 
D
A
 
G
E
x
G
R
|
R
A
 
I
L
 
G
I
 
I
A
 
A
A
 
A
E
 
Q
C
 
A
I
 
L
G
 
G
D
 
L
G
 
A
Y
 
Q
W
 
G
F
 
A
I
 
L
D
 
D
K
 
E
V
 
T
V
 
V
E
 
K
Y
 
Y
T
 
V
K
 
K
E
 
E
R
|
R
I
 
V
V
 
Q
F
|
F
G
 
G
R
 
R
P
 
P
I
x
L
G
 
S
Q
 
K
N
x
F
Q
 
Q
G
 
N
V
 
T
Q
 
Q
F
 
F
P
 
Q
I
 
L
A
 
A
Q
 
D
A
 
M
H
 
E
I
 
V
E
 
K
I
 
V
E
 
Q
A
 
A
A
 
A
N
 
R
L
 
H
M
 
L
R
 
V
Y
 
Y
Q
 
Q
A
 
A
C
 
A
R
 
I
L
 
N
Y
 
K
D
 
D
A
 
L
G
 
G
R
 
K
P
 
P
C
 
Y
G
 
G
A
 
V
E
 
E
A
 
A
N
 
A
M
 
M
A
 
A
K
 
K
Y
 
L
L
 
F
A
 
A
A
 
A
Q
 
E
A
 
T
S
 
A
W
 
M
E
 
E
A
 
V
A
 
T
N
 
T
A
 
K
C
 
A
I
 
V
Q
|
Q
F
x
L
H
 
H
G
|
G
G
|
G
F
 
Y
G
 
G
F
 
Y
A
 
T
S
 
R
E
 
D
Y
 
Y
D
 
P
V
 
V
E
 
E
R
 
R
K
 
M
F
 
M
R
 
R
E
 
D
T
 
A
R
 
K
L
 
I
Y
 
T
Q
 
E
V
 
I

Sites not aligning to the query:

P45954 Short/branched chain specific acyl-CoA dehydrogenase, mitochondrial; SBCAD; 2-methyl branched chain acyl-CoA dehydrogenase; 2-MEBCAD; 2-methylbutyryl-coenzyme A dehydrogenase; 2-methylbutyryl-CoA dehydrogenase; EC 1.3.8.5 from Homo sapiens (Human) (see 6 papers)
32% identity, 98% coverage: 3:378/385 of query aligns to 53:428/432 of P45954

query
sites
P45954
P
 
P
N
 
L
E
 
Q
A
 
T
F
 
F
A
 
T
D
 
D
-
 
E
-
 
E
-
 
M
-
 
M
I
 
I
R
 
K
D
 
S
G
 
S
I
 
V
R
 
K
T
 
K
L
 
F
C
 
A
Q
 
Q
S
 
E
F
 
Q
P
 
I
A
 
A
E
 
P
Y
 
L
H
 
V
R
 
S
R
 
T
I
 
M
D
 
D
E
 
E
E
 
N
R
 
S
A
 
K
Y
 
M
P
 
E
D
 
K
E
 
S
F
 
V
V
 
I
A
 
Q
A
 
G
L
 
L
T
 
F
R
 
Q
E
 
Q
G
 
G
W
 
L
M
 
M
A
 
G
A
 
I
L
 
E
I
 
V
P
 
D
E
 
P
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
A
 
T
G
 
G
L
 
A
G
 
S
L
 
F
T
 
L
E
 
S
A
 
T
S
 
V
V
 
L
I
 
V
M
 
I
E
 
E
E
 
E
I
 
L
N
 
A
R
 
K
A
 
V
G
 
D
G
 
A
N
 
S
S
 
V
G
 
A
A
x
V
-
x
F
C
 
C
H
 
E
G
 
I
Q
 
Q
M
 
N
Y
 
T
N
 
L
M
 
I
N
 
N
T
 
T
L
 
L
V
 
I
R
 
R
-
 
K
H
 
H
G
 
G
S
 
T
E
 
E
E
 
E
Q
 
Q
R
 
K
R
 
A
H
 
T
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
K
 
Q
I
 
L
A
 
T
S
 
T
G
 
E
E
 
-
L
 
-
R
 
K
L
 
V
Q
 
G
S
 
S
M
x
F
G
x
C
V
x
L
T
x
S
E
|
E
P
x
A
T
x
G
T
x
A
G
|
G
T
x
S
D
 
D
T
 
S
T
 
F
R
 
A
I
 
L
K
 
K
T
 
T
T
 
R
A
 
A
I
 
D
K
 
K
K
 
E
G
 
G
D
 
D
R
 
Y
Y
 
Y
V
 
V
I
 
L
N
 
N
G
 
G
Q
 
S
K
 
K
V
 
M
W
|
W
I
|
I
S
|
S
R
x
S
I
 
A
Q
 
E
H
 
H
S
 
A
D
 
G
L
 
L
M
 
F
V
 
L
L
 
V
L
 
M
A
 
A
R
 
N
T
 
V
T
 
D
P
 
P
L
 
T
D
 
I
Q
 
G
V
x
Y
K
 
K
K
 
-
K
 
-
S
 
-
E
 
-
G
 
G
L
 
I
S
 
T
I
 
S
F
 
F
L
 
L
V
 
V
D
 
D
I
 
-
K
 
R
D
 
D
A
 
T
I
 
-
K
 
-
Q
 
P
G
 
G
M
 
L
E
 
H
V
 
I
R
 
G
P
 
K
I
 
P
R
 
E
N
 
N
M
 
K
V
 
L
N
 
G
-
x
L
-
 
R
-
 
A
H
 
S
E
 
S
T
 
T
N
 
C
E
 
P
L
 
L
F
 
T
F
 
F
D
 
E
D
 
N
L
 
V
E
 
K
I
 
V
P
 
P
A
 
E
E
 
A
N
 
N
L
 
I
I
 
L
G
 
G
E
 
Q
E
 
I
G
 
G
Q
 
H
G
 
G
F
x
Y
K
 
K
Y
 
Y
I
 
A
L
 
I
T
 
G
G
 
S
L
 
L
N
|
N
A
x
E
E
x
G
R
|
R
A
 
I
L
 
G
I
 
I
A
 
A
A
 
A
E
 
Q
C
 
M
I
 
L
G
 
G
D
 
L
G
 
A
Y
 
Q
W
 
G
F
 
C
I
 
F
D
 
D
K
 
Y
V
 
T
V
 
I
E
 
P
Y
 
Y
T
x
I
K
 
K
E
 
E
R
|
R
I
 
I
V
 
Q
F
 
F
G
 
G
R
 
K
P
 
R
I
 
L
G
 
F
Q
 
D
N
 
F
Q
|
Q
G
 
G
V
 
L
Q
 
Q
F
 
H
P
 
Q
I
 
V
A
 
A
Q
 
H
A
 
V
H
 
A
I
 
T
E
 
Q
I
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
N
 
R
L
 
L
M
 
L
R
 
T
Y
 
Y
Q
 
N
A
 
A
C
 
A
R
 
R
L
 
L
Y
 
L
D
 
E
A
 
A
G
 
G
R
 
K
P
 
P
C
 
F
G
 
I
A
 
K
E
 
E
A
 
A
N
 
S
M
 
M
A
 
A
K
 
K
Y
 
Y
L
 
Y
A
 
A
A
 
S
Q
 
E
A
 
I
S
 
A
W
 
G
E
 
Q
A
 
T
A
 
T
N
 
S
A
 
K
C
 
C
I
 
I
Q
x
E
F
x
W
H
x
M
G
|
G
G
|
G
F
 
V
G
 
G
F
 
Y
A
 
T
S
 
K
E
 
D
Y
 
Y
D
 
P
V
 
V
E
 
E
R
 
K
K
 
Y
F
 
F
R
 
R
E
 
D
T
 
A
R
 
K
L
 
I
Y
 
G
Q
 
T
V
 
I
A
 
Y
P
 
E
I
 
G
S
x
A
T
x
S
N
|
N
L
 
I
I
 
Q
F
 
L
S
 
N
Y
 
T
V
 
I
A
 
A
E
 
K
H
 
H
V
 
I

Sites not aligning to the query:

2jifA Structure of human short-branched chain acyl-coa dehydrogenase (acadsb)
32% identity, 98% coverage: 3:378/385 of query aligns to 2:377/381 of 2jifA

query
sites
2jifA
P
 
P
N
 
L
E
 
Q
A
 
T
F
 
F
A
 
T
D
 
D
-
 
E
-
 
E
-
 
M
-
 
M
I
 
I
R
 
K
D
 
S
G
 
S
I
 
V
R
 
K
T
 
K
L
 
F
C
 
A
Q
 
Q
S
 
E
F
 
Q
P
 
I
A
 
A
E
 
P
Y
 
L
H
 
V
R
 
S
R
 
T
I
 
M
D
 
D
E
 
E
E
 
N
R
 
S
A
 
K
Y
 
M
P
 
E
D
 
K
E
 
S
F
 
V
V
 
I
A
 
Q
A
 
G
L
 
L
T
 
F
R
 
Q
E
 
Q
G
 
G
W
 
L
M
 
M
A
 
G
A
 
I
L
 
E
I
 
V
P
 
D
E
 
P
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
A
 
T
G
 
G
L
 
A
G
 
S
L
 
F
T
 
L
E
 
S
A
 
T
S
 
V
V
 
L
I
 
V
M
 
I
E
 
E
E
 
E
I
 
L
N
 
A
R
 
K
A
 
V
G
 
D
G
 
A
N
 
S
S
 
V
G
 
A
A
 
V
-
 
F
C
 
C
H
 
E
G
 
I
Q
 
Q
M
 
N
Y
 
T
N
 
L
M
 
I
N
 
N
T
 
T
L
 
L
V
 
I
R
 
R
-
 
K
H
 
H
G
 
G
S
 
T
E
 
E
E
 
E
Q
 
Q
R
 
K
R
 
A
H
 
T
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
K
 
Q
I
 
L
A
 
T
S
 
T
G
 
E
E
 
-
L
 
-
R
 
K
L
 
V
Q
 
G
S
 
S
M
x
F
G
 
C
V
x
L
T
x
S
E
 
E
P
 
A
T
 
G
T
 
A
G
|
G
T
x
S
D
 
D
T
x
S
T
 
F
R
 
A
I
 
L
K
 
K
T
 
T
T
 
R
A
 
A
I
 
D
K
 
K
K
 
E
G
 
G
D
 
D
R
 
Y
Y
 
Y
V
 
V
I
 
L
N
 
N
G
 
G
Q
 
S
K
 
K
V
 
M
W
|
W
I
|
I
S
|
S
R
 
S
I
 
A
Q
 
E
H
 
H
S
 
A
D
 
G
L
 
L
M
 
F
V
 
L
L
 
V
L
 
M
A
 
A
R
 
N
T
 
V
T
 
D
P
 
P
L
 
T
D
 
I
Q
 
G
V
x
Y
K
 
K
K
 
-
K
 
-
S
 
-
E
 
-
G
 
G
L
 
I
S
 
T
I
 
S
F
 
F
L
 
L
V
 
V
D
 
D
I
 
-
K
 
R
D
 
D
A
 
T
I
 
-
K
 
-
Q
 
P
G
 
G
M
 
L
E
 
H
V
 
I
R
 
G
P
 
K
I
 
P
R
 
E
N
 
N
M
x
K
V
 
L
N
 
G
-
 
L
-
 
R
-
 
A
H
 
S
E
 
S
T
|
T
N
 
C
E
 
P
L
 
L
F
 
T
F
 
F
D
 
E
D
 
N
L
 
V
E
 
K
I
 
V
P
 
P
A
 
E
E
 
A
N
 
N
L
 
I
I
 
L
G
 
G
E
 
Q
E
 
I
G
 
G
Q
 
H
G
 
G
F
x
Y
K
 
K
Y
 
Y
I
 
A
L
x
I
T
 
G
G
 
S
L
|
L
N
|
N
A
 
E
E
x
G
R
|
R
A
 
I
L
 
G
I
 
I
A
 
A
A
 
A
E
 
Q
C
 
M
I
 
L
G
 
G
D
 
L
G
 
A
Y
 
Q
W
 
G
F
 
C
I
 
F
D
 
D
K
 
Y
V
 
T
V
 
I
E
 
P
Y
 
Y
T
 
I
K
 
K
E
 
E
R
|
R
I
 
I
V
 
Q
F
|
F
G
 
G
R
 
K
P
 
R
I
x
L
G
 
F
Q
 
D
N
x
F
Q
 
Q
G
 
G
V
x
L
Q
 
Q
F
 
H
P
 
Q
I
 
V
A
 
A
Q
 
H
A
 
V
H
 
A
I
 
T
E
 
Q
I
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
N
 
R
L
 
L
M
 
L
R
 
T
Y
 
Y
Q
 
N
A
 
A
C
 
A
R
 
R
L
 
L
Y
 
L
D
 
E
A
 
A
G
 
G
R
 
K
P
 
P
C
 
F
G
 
I
A
 
K
E
 
E
A
 
A
N
 
S
M
 
M
A
 
A
K
 
K
Y
 
Y
L
 
Y
A
 
A
A
 
S
Q
 
E
A
 
I
S
 
A
W
 
G
E
 
Q
A
 
T
A
 
T
N
 
S
A
 
K
C
 
C
I
 
I
Q
x
E
F
x
W
H
 
M
G
 
G
G
|
G
F
 
V
G
 
G
F
 
Y
A
 
T
S
 
K
E
 
D
Y
 
Y
D
 
P
V
 
V
E
 
E
R
 
K
K
 
Y
F
 
F
R
 
R
E
 
D
T
 
A
R
 
K
L
 
I
Y
 
G
Q
 
T
V
 
I
A
x
Y
P
x
E
I
x
G
S
 
A
T
 
S
N
|
N
L
x
I
I
 
Q
F
 
L
S
 
N
Y
 
T
V
 
I
A
 
A
E
x
K
H
 
H
V
 
I

3pfdC Crystal structure of an acyl-coa dehydrogenase from mycobacterium thermoresistibile bound to reduced flavin adenine dinucleotide solved by combined iodide ion sad mr (see paper)
34% identity, 92% coverage: 10:362/385 of query aligns to 4:351/369 of 3pfdC

query
sites
3pfdC
I
 
L
R
 
R
D
 
E
G
 
A
I
 
I
R
 
R
T
 
A
L
 
L
C
 
A
Q
 
E
S
 
K
F
 
E
P
 
I
A
 
A
E
 
P
Y
 
Y
H
 
A
R
 
A
R
 
E
I
 
V
D
 
D
E
 
E
E
 
K
R
 
A
A
 
R
Y
 
F
P
 
P
D
 
E
E
 
E
F
 
A
V
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
L
T
 
N
R
 
S
E
 
S
G
 
G
W
 
F
M
 
S
A
 
A
A
 
I
L
 
H
I
 
V
P
 
P
E
 
E
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
A
 
Q
G
 
G
L
 
A
G
 
D
L
 
S
T
 
V
E
 
A
A
 
T
S
 
C
V
 
I
I
 
V
M
 
I
E
 
E
E
 
E
I
 
V
N
 
A
R
 
R
A
 
V
G
 
D
G
 
C
N
 
S
S
 
A
G
 
S
A
 
L
C
 
I
H
 
P
G
 
A
-
 
V
-
 
N
Q
 
K
M
 
L
Y
 
G
N
 
T
M
 
M
N
 
G
T
 
L
L
 
I
V
 
L
R
 
R
H
 
-
G
 
G
S
 
S
E
 
E
E
 
E
Q
 
L
R
 
K
R
 
K
H
 
Q
Y
 
V
L
 
L
P
 
P
K
 
A
I
 
V
A
 
A
S
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
A
R
 
-
L
 
M
Q
 
A
S
 
S
M
x
Y
G
 
A
V
x
L
T
x
S
E
 
E
P
 
R
T
 
E
T
 
A
G
|
G
T
x
S
D
 
D
T
 
A
T
 
A
R
 
S
I
 
M
K
 
R
T
 
T
T
 
R
A
 
A
I
 
V
K
 
A
K
 
D
G
 
G
D
 
D
R
 
D
Y
 
W
V
 
I
I
 
L
N
 
N
G
 
G
Q
 
S
K
 
K
V
 
C
W
|
W
I
|
I
S
x
T
R
 
N
I
 
G
Q
 
G
H
 
K
S
 
S
D
 
T
L
 
W
M
 
Y
V
 
T
L
 
V
L
 
M
A
 
A
R
 
V
T
 
T
T
 
D
P
 
P
L
 
-
D
 
-
Q
 
-
V
 
-
K
 
D
K
 
K
K
 
G
S
 
A
E
 
N
G
 
G
L
 
I
S
 
S
I
 
A
F
 
F
L
 
M
V
 
V
D
 
H
I
 
K
K
 
D
D
 
D
A
 
-
I
 
-
K
 
-
Q
 
E
G
 
G
M
 
F
E
 
T
V
 
V
R
 
G
P
 
P
I
 
K
R
 
E
N
 
R
M
 
K
V
 
L
N
 
G
-
 
I
-
 
K
-
 
G
H
 
S
E
 
P
T
 
T
N
 
T
E
 
E
L
 
L
F
 
Y
F
 
F
D
 
E
D
 
N
L
 
C
E
 
R
I
 
I
P
 
P
A
 
G
E
 
D
N
 
R
L
 
I
I
 
I
G
 
G
E
 
E
E
 
P
G
 
G
Q
 
T
G
 
G
F
 
F
K
 
K
Y
 
T
I
 
A
L
 
L
T
 
A
G
 
T
L
 
L
N
 
D
A
 
H
E
x
T
R
 
R
A
 
P
L
 
T
I
 
I
A
 
G
A
 
A
E
 
Q
C
 
A
I
 
V
G
 
G
D
 
I
G
 
A
Y
 
Q
W
 
G
F
 
A
I
 
L
D
 
D
K
 
A
V
 
A
V
 
I
E
 
A
Y
 
Y
T
 
T
K
 
K
E
 
E
R
|
R
I
 
K
V
 
Q
F
|
F
G
 
G
R
 
R
P
 
P
I
x
V
G
 
S
Q
 
D
N
|
N
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
Q
 
Q
F
 
F
P
 
M
I
 
L
A
 
A
Q
 
D
A
 
M
H
 
A
I
 
M
E
 
K
I
 
I
E
 
E
A
 
A
A
 
A
N
 
R
L
 
L
M
 
M
R
 
V
Y
 
Y
Q
 
S
A
 
A
C
 
A
R
 
A
L
 
R
Y
 
A
D
 
E
A
 
R
G
 
G
R
 
-
P
 
D
C
 
L
G
 
G
A
 
F
E
 
I
A
 
S
N
 
A
M
 
A
A
 
S
K
 
K
Y
 
C
L
 
F
A
 
A
A
 
S
Q
 
D
A
 
V
S
 
A
W
 
M
E
 
E
A
 
V
A
 
T
N
 
T
A
 
D
C
 
A
I
 
V
Q
|
Q
F
x
L
H
 
F
G
 
G
G
|
G
F
 
Y
G
 
G
F
 
Y
A
 
T
S
 
Q
E
 
D
Y
 
F
D
 
P
V
 
V
E
 
E
R
 
R
K
 
M
F
 
M
R
 
R
E
 
D
T
 
A
R
 
K
L
x
I
Y
 
T
Q
 
Q
V
 
I

Sites not aligning to the query:

5lnxD Crystal structure of mmgc, an acyl-coa dehydrogenase from bacillus subtilis.
34% identity, 93% coverage: 23:380/385 of query aligns to 25:374/374 of 5lnxD

query
sites
5lnxD
A
 
A
E
 
E
Y
 
I
H
 
M
R
 
E
R
 
K
I
 
T
D
 
D
E
 
E
E
 
-
R
 
-
A
 
-
Y
 
F
P
 
P
D
 
F
E
 
Q
F
 
L
V
 
I
A
 
K
A
 
K
L
 
M
T
 
G
R
 
K
E
 
H
G
 
G
W
 
L
M
 
M
A
 
G
A
 
I
L
 
P
I
 
V
P
 
P
E
 
E
E
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
G
L
 
A
G
 
D
L
 
V
T
 
V
E
 
S
A
 
Y
S
 
I
V
 
L
I
 
A
M
 
I
E
 
H
E
 
E
I
 
I
N
 
S
R
 
R
A
 
I
G
 
S
G
 
A
N
 
A
S
 
V
G
 
G
-
 
V
-
 
I
-
 
L
A
 
S
C
 
V
H
 
H
G
 
T
Q
 
S
M
 
V
Y
 
-
N
 
G
M
 
T
N
 
N
T
 
P
L
 
I
V
 
L
R
 
Y
H
 
F
G
 
G
S
 
N
E
 
E
E
 
E
Q
 
Q
R
 
K
R
 
M
H
 
K
Y
 
Y
L
 
I
P
 
P
K
 
N
I
 
L
A
 
A
S
 
S
G
 
G
E
 
D
L
 
-
R
 
H
L
 
L
Q
 
G
S
 
A
M
 
F
G
 
A
V
x
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
T
 
H
T
 
S
G
|
G
T
x
S
D
 
D
T
 
A
T
 
G
R
 
S
I
 
L
K
 
R
T
 
T
T
 
T
A
 
A
I
 
I
K
 
K
K
 
K
G
 
N
D
 
G
R
 
K
Y
 
Y
V
 
L
I
 
L
N
 
N
G
 
G
Q
 
S
K
 
K
V
 
I
W
x
F
I
 
I
S
x
T
R
 
N
I
 
G
Q
 
G
H
 
A
S
 
A
D
 
D
L
 
I
M
 
Y
V
 
I
L
 
T
L
 
F
A
 
A
R
 
L
T
 
T
T
 
A
P
 
P
L
 
-
D
 
D
Q
 
Q
V
 
G
K
 
R
K
 
-
K
 
-
S
 
-
E
 
H
G
 
G
L
 
I
S
 
S
I
 
A
F
 
F
L
 
I
V
 
V
D
 
E
I
 
K
K
 
N
D
 
T
-
 
P
A
 
G
I
 
F
K
 
T
Q
 
V
G
 
G
M
 
K
E
 
K
V
 
E
R
 
R
P
 
K
I
 
L
R
 
-
N
 
G
M
 
L
V
 
Y
N
 
G
H
 
S
E
 
N
T
 
T
N
 
T
E
 
E
L
 
L
F
 
I
F
 
F
D
 
D
D
 
N
L
 
A
E
 
E
I
 
V
P
 
P
A
 
E
E
 
A
N
 
N
L
 
L
I
 
L
G
 
G
E
 
K
E
 
E
G
 
G
Q
 
D
G
 
G
F
 
F
K
 
H
Y
 
I
I
 
A
L
 
M
T
 
A
G
 
N
L
 
L
N
 
N
A
 
V
E
x
G
R
 
R
A
 
I
L
 
G
I
 
I
A
 
A
A
 
A
E
 
Q
C
 
A
I
 
L
G
 
G
D
 
I
G
 
A
Y
 
E
W
 
A
F
 
A
I
 
L
D
 
E
K
 
H
V
 
A
V
 
V
E
 
D
Y
 
Y
T
 
A
K
 
K
E
 
Q
R
|
R
I
 
V
V
x
Q
F
|
F
G
 
G
R
 
R
P
 
P
I
|
I
G
 
A
Q
 
A
N
|
N
Q
 
Q
G
 
G
V
x
I
Q
 
S
F
 
F
P
 
K
I
 
L
A
 
A
Q
 
D
A
 
M
H
 
A
I
 
T
E
 
R
I
 
A
E
 
E
A
 
A
A
 
A
N
 
R
L
 
H
M
 
L
R
 
V
Y
 
Y
Q
 
H
A
 
A
C
 
A
R
 
D
L
 
L
Y
 
H
D
 
N
A
 
R
G
 
-
R
 
L
P
 
N
C
 
C
G
 
G
A
 
K
E
 
E
A
 
A
N
 
S
M
 
M
A
 
A
K
 
K
Y
 
Q
L
 
F
A
 
A
A
 
S
Q
 
D
A
 
A
S
 
A
W
 
V
E
 
K
A
 
A
A
 
L
N
 
D
A
 
A
C
 
-
I
 
V
Q
|
Q
F
x
I
H
 
Y
G
 
G
G
|
G
F
 
Y
G
 
G
F
 
Y
A
 
M
S
 
K
E
 
D
Y
 
Y
D
 
P
V
 
V
E
 
E
R
 
R
K
 
L
F
 
L
R
 
R
E
 
D
T
 
A
R
 
K
L
 
V
Y
 
T
Q
 
Q
V
 
I
A
x
Y
P
x
E
I
 
G
S
x
T
T
 
N
N
x
E
L
 
I
I
 
Q
F
 
R
S
 
L
Y
 
I
V
 
I
A
 
S
E
x
K
H
 
Y
V
 
L
L
 
L
G
 
G

4iv6B X-ray crystal structure of an isovaleryl-coa dehydrogenase from mycobacterium smegmatis (see paper)
34% identity, 92% coverage: 27:379/385 of query aligns to 26:376/383 of 4iv6B

query
sites
4iv6B
R
 
R
R
 
E
I
 
L
D
 
E
E
 
H
E
 
A
R
 
N
A
 
T
Y
 
Y
P
 
P
D
 
E
E
 
E
F
 
L
V
 
I
A
 
E
A
 
T
L
 
M
T
 
K
R
 
E
E
 
I
G
 
G
W
 
I
M
 
F
A
 
G
A
 
L
L
 
A
I
 
I
P
 
P
E
 
E
E
 
P
Y
 
Y
G
 
G
G
 
F
A
 
G
G
 
A
L
 
V
G
 
S
L
 
M
T
 
P
E
 
C
A
 
Y
S
 
V
V
 
Q
I
 
V
M
 
A
E
 
E
E
 
E
I
 
L
N
 
A
R
 
R
A
 
G
G
 
W
G
 
M
N
 
S
-
 
L
S
 
A
G
 
G
A
 
A
C
 
M
H
 
G
G
 
G
Q
 
H
M
 
T
Y
 
V
N
 
V
M
 
S
N
 
K
T
 
L
L
 
L
V
 
L
R
 
L
H
 
F
G
 
G
S
 
T
E
 
E
E
 
E
Q
 
Q
R
 
K
R
 
Q
H
 
K
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
K
 
R
I
 
M
A
 
A
S
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
L
R
 
R
L
 
-
Q
 
A
S
 
T
M
 
M
G
 
A
V
x
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
T
 
G
T
x
G
G
|
G
T
x
S
D
 
D
T
 
L
T
 
Q
R
 
A
I
 
M
K
 
R
T
 
T
T
 
V
A
 
A
I
 
R
K
 
R
K
 
D
G
 
G
D
 
D
R
 
D
Y
 
Y
V
 
V
I
 
I
N
 
N
G
 
G
Q
 
S
K
 
K
V
 
T
W
|
W
I
|
I
S
|
S
R
 
N
I
 
A
Q
 
R
H
 
R
S
 
S
D
 
D
L
 
L
M
 
V
V
 
A
L
 
L
L
 
M
A
 
C
R
 
K
T
 
T
T
 
D
P
 
P
L
 
D
D
 
A
Q
 
Q
V
 
P
K
 
A
K
 
H
K
 
K
S
 
-
E
 
-
G
 
G
L
 
V
S
 
S
I
 
I
F
 
L
L
 
L
V
 
V
D
 
E
I
 
K
K
 
V
D
 
P
A
 
G
I
 
F
K
 
D
Q
 
V
G
 
S
M
 
R
E
 
D
V
 
L
R
 
-
P
 
P
I
 
K
R
 
L
N
 
G
M
 
Y
V
 
K
N
 
G
H
 
V
E
 
E
T
 
S
N
 
C
E
 
E
L
 
L
F
 
N
F
 
F
D
 
T
D
 
D
L
 
A
E
 
R
I
 
V
P
 
P
A
 
V
E
 
S
N
 
S
L
 
L
I
 
L
G
 
G
E
 
D
-
 
D
E
 
E
G
 
G
Q
 
R
G
 
G
F
 
F
K
 
A
Y
 
Q
I
 
M
L
 
M
T
 
K
G
 
G
L
 
L
N
 
E
A
 
V
E
x
G
R
 
R
A
 
L
L
 
Q
I
 
V
A
 
A
A
 
A
E
 
R
C
 
A
I
 
T
G
 
G
D
 
V
G
 
A
Y
 
R
W
 
A
F
 
A
I
 
F
D
 
E
K
 
D
V
 
A
V
 
L
E
 
R
Y
 
Y
T
 
S
K
 
Q
E
 
E
R
|
R
I
 
E
V
x
S
F
|
F
G
 
G
R
 
K
P
 
P
I
|
I
G
 
W
Q
 
Q
N
x
H
Q
 
Q
G
 
S
V
|
V
Q
 
G
F
 
N
P
 
M
I
 
L
A
 
A
Q
 
D
A
 
M
H
 
G
I
 
T
E
 
K
I
 
L
E
 
Y
A
 
A
A
 
A
N
 
R
L
 
S
M
 
L
R
 
L
Y
 
L
Q
 
S
A
 
A
C
 
A
R
 
E
L
 
K
Y
 
F
D
 
D
A
 
A
G
 
G
R
 
Q
P
 
R
C
 
C
G
 
D
A
 
M
E
 
E
A
 
A
N
 
G
M
 
M
A
 
A
K
 
K
Y
 
L
L
 
F
A
 
A
A
 
S
Q
 
E
A
 
T
S
 
A
W
 
M
E
 
Q
A
 
I
A
 
A
N
 
L
A
 
D
C
 
A
I
 
V
Q
x
R
F
x
V
H
 
H
G
 
G
G
|
G
F
 
Y
G
 
G
F
 
Y
A
 
S
S
 
T
E
 
E
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
E
 
E
R
 
R
K
 
Y
F
 
F
R
 
R
E
 
D
T
 
A
R
 
P
L
|
L
Y
 
M
Q
 
I
V
 
V
A
x
G
P
x
E
I
 
G
S
x
T
T
 
N
N
x
E
L
x
I
I
 
Q
F
 
R
S
 
N
Y
 
V
V
 
I
A
 
A
E
x
K
H
 
Q
V
 
L
L
 
V

7p9xA Structure of cyclohex-1-ene-1-carboxyl-coa dehydrogenase complexed with cyclohex-1-ene-1-carboxyl-coa (see paper)
31% identity, 96% coverage: 12:382/385 of query aligns to 11:378/378 of 7p9xA

query
sites
7p9xA
D
 
D
G
 
M
I
 
V
R
 
R
T
 
D
L
 
V
C
 
A
Q
 
T
S
 
R
F
 
E
P
 
I
A
 
A
E
 
P
Y
 
R
H
 
A
R
 
L
R
 
E
I
 
L
D
 
D
E
 
E
E
 
K
R
 
S
A
 
L
Y
 
F
P
 
P
D
 
E
E
 
Y
F
 
A
V
 
R
A
 
D
A
 
L
L
 
F
T
 
A
R
 
K
E
 
L
G
 
G
W
 
L
M
 
L
A
 
N
A
 
P
L
 
L
I
 
L
P
 
P
E
 
A
E
 
A
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
A
 
T
G
 
E
L
 
M
G
 
G
L
 
V
T
 
L
E
 
T
A
 
L
S
 
A
V
 
L
I
 
I
M
 
L
E
 
E
E
 
E
I
 
L
N
 
G
R
 
R
A
 
V
G
 
C
G
 
A
N
 
S
S
 
T
G
 
A
A
x
L
C
 
L
H
 
L
-
 
I
G
 
A
Q
 
Q
M
 
T
Y
x
D
N
 
G
M
 
M
N
 
L
T
 
P
L
 
I
V
 
I
R
 
H
H
 
G
G
 
G
S
 
S
E
 
P
E
 
E
Q
 
L
R
 
K
R
 
E
H
 
R
Y
 
Y
L
 
L
P
 
R
K
 
R
I
 
F
A
 
A
S
 
G
G
 
E
E
 
S
L
 
T
R
 
L
L
 
L
Q
 
T
S
 
A
M
 
L
G
 
A
V
x
A
T
|
T
E
 
E
P
 
P
T
 
A
T
 
A
G
|
G
T
x
S
D
 
D
T
x
L
T
 
L
R
 
A
I
 
M
K
 
K
T
 
T
T
 
R
A
 
A
I
 
V
K
 
R
K
 
Q
G
 
G
D
 
D
R
 
K
Y
 
Y
V
 
V
I
 
I
N
 
N
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
V
 
C
W
x
F
I
|
I
S
x
T
R
 
N
I
 
G
Q
 
S
H
 
V
S
 
A
D
 
D
L
 
V
M
 
I
V
 
V
L
 
V
L
 
Y
A
 
A
R
 
Y
T
 
T
T
 
D
P
 
P
L
 
-
D
 
-
Q
 
-
V
 
-
K
 
E
K
 
K
K
 
G
S
 
S
E
x
K
G
 
G
L
 
I
S
 
S
I
 
A
F
 
F
L
 
V
V
 
V
D
 
E
I
 
K
-
 
G
-
 
T
-
 
P
-
 
G
-
 
L
-
 
V
-
 
Y
-
 
G
K
 
R
D
 
N
A
 
E
I
 
S
K
 
K
Q
 
M
G
 
G
M
 
M
E
 
-
V
 
-
R
 
-
P
 
-
I
 
-
R
 
R
N
 
G
M
 
S
V
 
I
N
|
N
H
 
-
E
 
-
T
 
-
N
 
S
E
 
E
L
 
L
F
 
F
F
 
F
D
 
E
D
 
N
L
 
M
E
 
E
I
 
V
P
 
P
A
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
I
I
 
I
G
 
G
E
 
A
E
 
E
G
 
G
Q
 
T
G
 
G
F
|
F
K
 
A
Y
 
N
I
 
L
L
x
M
T
 
Q
G
 
T
L
|
L
N
 
S
A
 
T
E
 
N
R
|
R
A
 
V
L
 
F
I
 
C
A
 
A
A
 
A
E
 
Q
C
 
A
I
 
V
G
 
G
D
 
I
G
 
A
Y
 
Q
W
 
G
F
 
A
I
 
L
D
 
D
K
 
I
V
 
A
V
 
V
E
 
R
Y
 
H
T
 
T
K
 
Q
E
 
D
R
 
R
I
 
V
V
 
Q
F
 
F
G
 
G
R
 
K
P
 
P
I
 
I
G
 
A
Q
 
H
N
 
L
Q
 
A
G
 
P
V
 
V
Q
 
Q
F
 
F
P
 
M
I
 
V
A
 
A
Q
 
D
A
 
M
H
 
A
I
 
T
E
 
A
I
 
V
E
 
E
A
 
A
A
 
S
N
 
R
L
 
L
M
 
L
R
 
T
Y
 
R
Q
 
K
A
 
A
C
 
A
R
 
E
L
 
L
Y
 
L
D
 
D
A
 
D
G
 
G
-
 
D
R
 
K
P
 
K
C
 
A
G
 
V
A
 
L
E
 
Y
A
 
G
N
 
S
M
 
M
A
 
A
K
 
K
Y
 
T
L
 
M
A
 
A
A
 
S
Q
 
D
A
 
T
S
 
A
W
 
M
E
 
R
A
 
V
A
 
T
N
 
T
A
 
D
C
 
A
I
 
V
Q
 
Q
F
 
V
H
 
L
G
 
G
G
 
G
F
 
S
G
 
G
F
 
Y
A
 
M
S
 
K
E
 
E
Y
 
N
D
 
G
V
 
V
E
 
E
R
 
R
K
 
M
F
 
M
R
 
R
E
 
D
T
 
A
R
 
K
L
|
L
Y
 
T
Q
 
Q
V
 
I
A
x
Y
P
 
-
I
x
T
S
x
G
T
|
T
N
 
N
L
x
Q
I
|
I
F
 
T
S
 
R
Y
 
M
V
 
V
A
 
T
E
 
G
H
x
R
V
 
A
L
 
L
G
 
L
L
 
F
P
 
P

7p9aA Structure of cyclohex-1-ene-1-carboxyl-coa dehydrogenase complexed with cyclohex-1,5-diene-1-carboxyl-coa (see paper)
31% identity, 96% coverage: 12:382/385 of query aligns to 13:380/380 of 7p9aA

query
sites
7p9aA
D
 
D
G
 
M
I
 
V
R
 
R
T
 
D
L
 
V
C
 
A
Q
 
T
S
 
R
F
 
E
P
 
I
A
 
A
E
 
P
Y
 
R
H
 
A
R
 
L
R
 
E
I
 
L
D
 
D
E
 
E
E
 
K
R
 
S
A
 
L
Y
 
F
P
 
P
D
 
E
E
 
Y
F
 
A
V
 
R
A
 
D
A
 
L
L
 
F
T
 
A
R
 
K
E
 
L
G
 
G
W
 
L
M
 
L
A
 
N
A
 
P
L
 
L
I
 
L
P
 
P
E
 
A
E
 
A
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
A
 
T
G
 
E
L
 
M
G
 
G
L
 
V
T
 
L
E
 
T
A
 
L
S
 
A
V
 
L
I
 
I
M
 
L
E
 
E
E
 
E
I
 
L
N
 
G
R
 
R
A
 
V
G
 
C
G
 
A
N
 
S
S
 
T
G
 
A
A
 
L
C
 
L
H
 
L
-
 
I
G
 
A
Q
 
Q
M
 
T
Y
 
D
N
 
G
M
 
M
N
 
L
T
 
P
L
 
I
V
 
I
R
 
H
H
 
G
G
 
G
S
 
S
E
 
P
E
 
E
Q
 
L
R
 
K
R
 
E
H
 
R
Y
 
Y
L
 
L
P
 
R
K
 
R
I
 
F
A
 
A
S
 
G
G
 
E
E
 
S
L
 
T
R
 
L
L
 
L
Q
 
T
S
 
A
M
x
L
G
 
A
V
x
A
T
|
T
E
 
E
P
 
P
T
 
A
T
 
A
G
|
G
T
x
S
D
 
D
T
x
L
T
 
L
R
 
A
I
 
M
K
 
K
T
 
T
T
 
R
A
 
A
I
 
V
K
 
R
K
 
Q
G
 
G
D
 
D
R
 
K
Y
 
Y
V
 
V
I
 
I
N
 
N
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
V
 
C
W
x
F
I
|
I
S
x
T
R
 
N
I
 
G
Q
 
S
H
 
V
S
 
A
D
 
D
L
 
V
M
 
I
V
 
V
L
 
V
L
 
Y
A
 
A
R
 
Y
T
 
T
T
 
D
P
 
P
L
 
-
D
 
-
Q
 
-
V
 
-
K
 
E
K
 
K
K
 
G
S
 
S
E
x
K
G
 
G
L
 
I
S
 
S
I
 
A
F
 
F
L
 
V
V
 
V
D
 
E
I
 
K
-
 
G
-
 
T
-
 
P
-
 
G
-
 
L
-
 
V
-
 
Y
-
 
G
K
 
R
D
 
N
A
 
E
I
 
S
K
|
K
Q
 
M
G
 
G
M
 
M
E
 
-
V
 
-
R
 
-
P
 
-
I
 
-
R
 
R
N
 
G
M
 
S
V
 
I
N
|
N
H
 
-
E
 
-
T
 
-
N
 
S
E
 
E
L
 
L
F
 
F
F
 
F
D
 
E
D
 
N
L
 
M
E
 
E
I
 
V
P
 
P
A
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
I
I
 
I
G
 
G
E
 
A
E
 
E
G
 
G
Q
 
T
G
 
G
F
|
F
K
 
A
Y
 
N
I
 
L
L
x
M
T
 
Q
G
 
T
L
|
L
N
 
S
A
 
T
E
x
N
R
|
R
A
 
V
L
 
F
I
 
C
A
 
A
A
 
A
E
 
Q
C
 
A
I
 
V
G
 
G
D
 
I
G
 
A
Y
 
Q
W
 
G
F
 
A
I
 
L
D
 
D
K
 
I
V
 
A
V
 
V
E
 
R
Y
 
H
T
 
T
K
 
Q
E
 
D
R
 
R
I
 
V
V
 
Q
F
 
F
G
 
G
R
 
K
P
 
P
I
 
I
G
 
A
Q
 
H
N
 
L
Q
 
A
G
 
P
V
 
V
Q
 
Q
F
 
F
P
 
M
I
 
V
A
 
A
Q
 
D
A
 
M
H
 
A
I
 
T
E
 
A
I
 
V
E
 
E
A
 
A
A
 
S
N
 
R
L
 
L
M
 
L
R
 
T
Y
 
R
Q
 
K
A
 
A
C
 
A
R
 
E
L
 
L
Y
 
L
D
 
D
A
 
D
G
 
G
-
 
D
R
 
K
P
 
K
C
 
A
G
 
V
A
 
L
E
 
Y
A
 
G
N
 
S
M
 
M
A
 
A
K
 
K
Y
 
T
L
 
M
A
 
A
A
 
S
Q
 
D
A
 
T
S
 
A
W
 
M
E
 
R
A
 
V
A
 
T
N
 
T
A
 
D
C
 
A
I
 
V
Q
 
Q
F
 
V
H
 
L
G
 
G
G
 
G
F
 
S
G
 
G
F
 
Y
A
 
M
S
 
K
E
 
E
Y
 
N
D
 
G
V
 
V
E
 
E
R
 
R
K
 
M
F
 
M
R
 
R
E
 
D
T
 
A
R
 
K
L
|
L
Y
 
T
Q
 
Q
V
 
I
A
x
Y
P
 
-
I
x
T
S
x
G
T
|
T
N
 
N
L
x
Q
I
|
I
F
 
T
S
 
R
Y
 
M
V
 
V
A
 
T
E
 
G
H
x
R
V
 
A
L
 
L
G
 
L
L
 
F
P
 
P

1ukwB Crystal structure of medium-chain acyl-coa dehydrogenase from thermus thermophilus hb8
32% identity, 91% coverage: 30:379/385 of query aligns to 32:377/379 of 1ukwB

query
sites
1ukwB
D
 
D
E
 
E
E
 
K
R
 
E
A
 
E
Y
 
V
P
 
P
D
 
W
E
 
P
F
 
V
V
 
I
A
 
E
A
 
K
L
 
L
T
 
H
R
 
E
E
 
V
G
 
G
W
 
L
M
 
L
A
 
N
A
 
A
L
 
I
I
 
I
P
 
P
E
 
E
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
A
 
M
G
 
G
L
 
L
G
 
K
L
 
M
T
 
L
E
 
D
A
 
E
S
 
V
V
 
I
I
 
V
M
 
G
E
 
E
E
 
E
I
 
L
N
 
-
R
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
-
N
 
-
S
 
A
G
 
Y
A
 
A
C
 
C
H
 
M
G
 
G
Q
 
-
M
 
I
Y
 
Y
N
 
T
M
 
I
-
 
P
-
 
M
-
 
A
-
 
S
-
 
D
-
 
L
-
 
G
-
 
I
N
 
T
T
 
P
L
 
V
V
 
L
R
 
L
H
 
A
G
 
G
S
 
T
E
 
E
E
 
E
Q
 
Q
R
 
K
R
 
E
H
 
R
Y
 
F
L
 
L
P
 
R
K
 
P
I
 
L
A
 
T
S
 
E
G
 
-
E
 
K
L
 
P
R
 
A
L
 
L
Q
 
A
S
 
A
M
x
F
G
 
A
V
x
L
T
x
S
E
 
E
P
 
P
T
 
G
T
 
N
G
|
G
T
x
S
D
 
D
T
 
A
T
 
A
R
 
A
I
 
L
K
 
K
T
 
T
T
 
R
A
 
A
I
 
I
K
 
R
K
 
Q
G
 
G
D
|
D
R
x
H
Y
 
Y
V
 
V
I
 
L
N
 
N
G
 
G
Q
 
T
K
 
K
V
 
M
W
|
W
I
 
I
S
|
S
R
 
N
I
 
G
Q
 
G
H
 
E
S
 
A
D
 
E
L
 
W
M
 
V
V
 
V
L
 
V
L
 
F
A
 
A
R
 
T
T
 
V
T
 
N
P
 
P
L
 
-
D
 
-
Q
 
-
V
 
-
K
 
E
K
 
L
K
 
R
S
 
H
E
 
K
G
 
G
L
 
V
S
 
V
I
 
A
F
 
L
L
 
V
V
 
V
D
 
E
I
 
R
K
 
G
D
 
T
A
 
P
I
 
G
K
 
F
Q
 
K
G
 
A
M
 
I
E
 
K
V
 
I
R
 
H
P
 
G
I
x
K
R
 
M
N
 
G
M
 
Q
V
 
R
N
 
A
H
 
S
E
 
G
T
 
T
N
 
Y
E
 
E
L
 
L
F
 
V
F
 
F
D
 
E
D
 
D
L
 
V
E
 
K
I
 
V
P
 
P
A
 
V
E
 
E
N
 
N
L
 
R
I
 
L
G
 
G
E
 
E
E
 
E
G
 
G
Q
 
E
G
 
G
F
 
F
K
 
K
Y
 
I
I
 
A
L
 
M
T
 
Q
G
 
T
L
 
L
N
 
N
A
 
K
E
x
T
R
 
R
A
 
I
L
 
P
I
 
V
A
 
A
A
 
A
E
 
G
C
 
S
I
 
V
G
 
G
D
 
V
G
 
A
Y
 
R
W
 
R
F
 
A
I
 
L
D
 
D
K
 
E
V
 
A
V
 
R
E
 
K
Y
 
Y
T
 
A
K
 
K
E
 
E
R
 
R
I
 
E
V
 
A
F
 
F
G
 
G
R
 
E
P
 
P
I
 
I
G
 
A
Q
 
N
N
 
F
Q
 
Q
G
 
A
V
 
I
Q
 
Q
F
 
F
P
 
K
I
 
L
A
 
V
Q
 
D
A
 
M
H
 
L
I
 
I
E
 
G
I
 
I
E
 
E
A
 
T
A
 
A
N
 
R
L
 
M
M
 
Y
R
 
T
Y
 
Y
Q
 
Y
A
 
A
C
 
A
R
 
W
L
 
L
Y
 
A
D
 
D
A
 
Q
G
 
G
R
 
L
P
 
P
C
 
H
G
 
A
A
 
H
E
 
A
A
 
S
N
 
A
M
 
I
A
 
A
K
 
K
Y
 
A
L
 
Y
A
 
A
A
 
S
Q
 
E
A
 
I
S
 
A
W
 
F
E
 
E
A
 
A
A
 
A
N
 
N
A
 
Q
C
 
A
I
 
I
Q
 
Q
F
 
I
H
 
H
G
 
G
G
 
G
F
 
Y
G
 
G
F
 
Y
A
 
V
S
 
R
E
 
E
Y
 
F
D
 
P
V
 
V
E
 
E
R
 
K
K
 
L
F
 
L
R
 
R
E
 
D
T
 
V
R
 
K
L
|
L
Y
 
N
Q
 
Q
V
 
I
A
x
Y
P
x
E
I
 
G
S
x
T
T
 
N
N
x
E
L
 
I
I
 
Q
F
 
R
S
x
L
Y
 
I
V
 
I
A
 
A
E
x
R
H
 
H
V
 
I
L
 
L

1ukwA Crystal structure of medium-chain acyl-coa dehydrogenase from thermus thermophilus hb8
32% identity, 91% coverage: 30:379/385 of query aligns to 32:377/379 of 1ukwA

query
sites
1ukwA
D
 
D
E
 
E
E
 
K
R
 
E
A
 
E
Y
 
V
P
 
P
D
 
W
E
 
P
F
 
V
V
 
I
A
 
E
A
 
K
L
 
L
T
 
H
R
 
E
E
 
V
G
 
G
W
 
L
M
 
L
A
 
N
A
 
A
L
 
I
I
 
I
P
 
P
E
 
E
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
A
 
M
G
 
G
L
 
L
G
 
K
L
 
M
T
 
L
E
 
D
A
 
E
S
 
V
V
 
I
I
 
V
M
 
G
E
 
E
E
 
E
I
 
L
N
 
-
R
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
-
N
 
-
S
 
A
G
 
Y
A
 
A
C
 
C
H
 
M
G
 
G
Q
 
-
M
 
I
Y
 
Y
N
 
T
M
 
I
-
 
P
-
 
M
-
 
A
-
 
S
-
 
D
-
 
L
-
 
G
-
 
I
N
 
T
T
 
P
L
 
V
V
 
L
R
 
L
H
 
A
G
 
G
S
 
T
E
 
E
E
 
E
Q
 
Q
R
 
K
R
 
E
H
 
R
Y
 
F
L
 
L
P
 
R
K
 
P
I
 
L
A
 
T
S
 
E
G
 
-
E
 
K
L
 
P
R
 
A
L
 
L
Q
 
A
S
 
A
M
x
F
G
 
A
V
x
L
T
x
S
E
 
E
P
 
P
T
 
G
T
 
N
G
|
G
T
x
S
D
 
D
T
 
A
T
 
A
R
 
A
I
 
L
K
 
K
T
 
T
T
 
R
A
 
A
I
 
I
K
 
R
K
 
Q
G
 
G
D
 
D
R
 
H
Y
 
Y
V
 
V
I
 
L
N
 
N
G
 
G
Q
 
T
K
 
K
V
 
M
W
|
W
I
 
I
S
|
S
R
 
N
I
 
G
Q
 
G
H
 
E
S
 
A
D
 
E
L
 
W
M
 
V
V
 
V
L
 
V
L
 
F
A
 
A
R
 
T
T
 
V
T
 
N
P
 
P
L
 
-
D
 
-
Q
 
-
V
 
-
K
 
E
K
 
L
K
 
R
S
 
H
E
 
K
G
 
G
L
 
V
S
 
V
I
 
A
F
 
L
L
 
V
V
 
V
D
 
E
I
 
R
K
 
G
D
 
T
A
 
P
I
 
G
K
 
F
Q
 
K
G
 
A
M
 
I
E
 
K
V
 
I
R
 
H
P
 
G
I
 
K
R
 
M
N
 
G
M
 
Q
V
 
R
N
 
A
H
 
S
E
 
G
T
 
T
N
 
Y
E
 
E
L
 
L
F
 
V
F
 
F
D
 
E
D
 
D
L
 
V
E
 
K
I
 
V
P
 
P
A
 
V
E
 
E
N
 
N
L
 
R
I
 
L
G
 
G
E
 
E
E
 
E
G
 
G
Q
 
E
G
 
G
F
 
F
K
 
K
Y
 
I
I
 
A
L
 
M
T
 
Q
G
 
T
L
 
L
N
 
N
A
 
K
E
x
T
R
 
R
A
 
I
L
 
P
I
 
V
A
 
A
A
 
A
E
 
G
C
 
S
I
 
V
G
 
G
D
 
V
G
 
A
Y
 
R
W
 
R
F
 
A
I
 
L
D
 
D
K
 
E
V
 
A
V
 
R
E
 
K
Y
 
Y
T
 
A
K
 
K
E
 
E
R
 
R
I
 
E
V
 
A
F
 
F
G
 
G
R
 
E
P
 
P
I
 
I
G
 
A
Q
 
N
N
 
F
Q
 
Q
G
 
A
V
 
I
Q
 
Q
F
 
F
P
 
K
I
 
L
A
 
V
Q
 
D
A
 
M
H
 
L
I
 
I
E
 
G
I
 
I
E
 
E
A
 
T
A
 
A
N
 
R
L
 
M
M
 
Y
R
 
T
Y
 
Y
Q
 
Y
A
 
A
C
 
A
R
 
W
L
 
L
Y
 
A
D
 
D
A
 
Q
G
 
G
R
 
L
P
 
P
C
 
H
G
 
A
A
 
H
E
 
A
A
 
S
N
 
A
M
 
I
A
 
A
K
 
K
Y
 
A
L
 
Y
A
 
A
A
 
S
Q
 
E
A
 
I
S
 
A
W
 
F
E
 
E
A
 
A
A
 
A
N
 
N
A
 
Q
C
 
A
I
 
I
Q
 
Q
F
 
I
H
 
H
G
 
G
G
 
G
F
 
Y
G
 
G
F
 
Y
A
 
V
S
 
R
E
 
E
Y
 
F
D
 
P
V
 
V
E
 
E
R
 
K
K
 
L
F
 
L
R
 
R
E
 
D
T
 
V
R
 
K
L
|
L
Y
 
N
Q
 
Q
V
 
I
A
x
Y
P
x
E
I
 
G
S
x
T
T
 
N
N
x
E
L
 
I
I
 
Q
F
 
R
S
x
L
Y
 
I
V
 
I
A
 
A
E
x
R
H
 
H
V
 
I
L
 
L

4l1fA Electron transferring flavoprotein of acidaminococcus fermentans: towards a mechanism of flavin-based electron bifurcation (see paper)
31% identity, 96% coverage: 10:379/385 of query aligns to 12:377/380 of 4l1fA

query
sites
4l1fA
I
 
I
R
 
K
D
 
D
G
 
M
I
 
A
R
 
A
T
 
E
L
 
F
C
 
A
Q
 
E
S
 
K
F
 
F
P
 
L
A
 
A
E
 
P
Y
 
T
H
 
V
R
 
E
R
 
E
I
 
R
D
 
D
E
 
K
E
 
A
R
 
H
A
 
I
Y
 
W
P
 
D
D
 
R
E
 
K
F
 
L
V
 
I
A
 
D
A
 
K
L
 
M
T
 
G
R
 
E
E
 
A
G
 
G
W
 
F
M
 
C
A
 
G
A
 
I
L
 
C
I
 
F
P
 
P
E
 
E
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
A
 
M
G
 
G
L
 
L
G
 
D
L
 
V
T
 
L
E
 
S
A
 
Y
S
 
I
V
 
L
I
 
A
M
 
V
E
 
E
E
 
E
I
 
L
N
 
S
R
 
K
A
 
V
G
 
D
G
 
D
N
 
G
S
 
T
G
 
G
A
 
I
C
 
T
H
 
L
G
 
S
Q
 
A
M
 
N
Y
 
V
N
 
S
M
 
L
-
 
C
-
 
A
N
 
T
T
 
P
L
 
I
V
 
Y
R
 
M
H
 
F
G
 
G
S
 
T
E
 
E
E
 
E
Q
 
Q
R
 
K
R
 
Q
H
 
K
Y
 
Y
L
 
L
P
 
A
K
 
P
I
 
I
A
 
A
S
 
E
G
 
G
E
 
-
L
 
T
R
 
H
L
 
V
Q
 
G
S
 
A
M
x
F
G
 
G
V
x
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
T
 
S
T
 
A
G
|
G
T
|
T
D
 
D
T
 
A
T
 
S
R
 
A
I
 
Q
K
 
Q
T
 
T
T
 
T
A
 
A
I
 
V
K
 
L
K
 
K
G
 
G
D
 
D
R
 
K
Y
 
Y
V
 
I
I
 
L
N
 
N
G
 
G
Q
 
S
K
 
K
V
 
I
W
x
F
I
|
I
S
x
T
R
 
N
I
 
G
Q
 
K
H
 
E
S
 
A
D
 
D
L
 
T
M
 
Y
V
 
V
L
 
V
L
 
F
A
 
A
R
 
M
T
 
T
T
 
-
P
 
-
L
 
-
D
 
-
Q
 
-
V
 
-
K
 
-
K
 
D
K
 
K
S
 
S
E
 
Q
G
 
G
L
 
V
S
x
H
I
 
G
F
 
I
L
 
S
V
 
A
D
 
F
I
 
I
K
 
L
D
 
E
A
 
K
I
 
G
K
 
M
Q
 
P
G
 
G
M
 
F
E
 
R
V
 
F
R
 
G
P
 
K
I
 
I
R
 
E
N
 
D
M
 
K
V
 
M
N
 
G
H
 
G
E
 
H
T
 
T
N
 
S
-
 
I
-
 
T
-
 
A
E
 
E
L
 
L
F
 
I
F
 
F
D
 
E
D
 
D
L
 
C
E
 
E
I
 
V
P
 
P
A
 
K
E
 
E
N
 
N
L
 
L
I
 
L
G
 
G
E
 
K
E
 
E
G
 
G
Q
 
E
G
 
G
F
|
F
K
 
K
Y
 
I
I
 
A
L
x
M
T
x
E
G
 
T
L
|
L
N
x
D
A
 
G
E
x
G
R
|
R
A
 
I
L
 
G
I
 
V
A
 
A
A
 
A
E
 
Q
C
 
A
I
 
L
G
 
G
D
 
I
G
 
A
Y
 
E
W
 
G
F
 
A
I
 
L
D
 
A
K
 
A
V
 
A
V
 
V
E
 
K
Y
 
Y
T
 
S
K
 
K
E
 
E
R
|
R
I
 
E
V
x
Q
F
|
F
G
 
G
R
 
R
P
 
S
I
|
I
G
 
S
Q
 
K
N
x
F
Q
 
Q
G
 
A
V
x
L
Q
 
Q
F
 
F
P
 
M
I
 
M
A
 
A
Q
 
D
A
 
M
H
 
A
I
 
T
E
 
K
I
 
I
E
 
E
A
 
A
A
 
A
N
 
R
L
 
Y
M
 
L
R
 
V
Y
 
Y
Q
 
H
A
 
A
C
 
A
R
 
M
L
 
L
Y
 
K
D
 
N
A
 
E
G
 
G
R
 
K
P
 
P
C
 
Y
G
 
S
A
 
E
E
 
A
A
 
A
N
 
A
M
 
M
A
 
A
K
 
K
Y
 
C
L
 
F
A
 
A
A
 
S
Q
 
D
A
 
V
S
 
A
W
 
M
E
 
E
A
 
V
A
 
T
N
 
T
A
 
D
C
 
A
I
 
V
Q
|
Q
F
x
I
H
 
F
G
 
G
G
|
G
F
 
Y
G
 
G
F
 
Y
A
 
T
S
 
V
E
 
D
Y
 
Y
D
 
P
V
 
A
E
 
E
R
 
R
K
 
Y
F
 
M
R
 
R
E
 
N
T
 
A
R
 
K
L
x
I
Y
 
T
Q
 
Q
V
 
I
A
x
Y
P
x
E
I
 
-
S
x
G
T
|
T
N
 
N
L
x
Q
I
 
V
F
 
M
S
 
R
Y
 
I
V
 
V
A
 
T
E
 
S
H
x
R
V
 
A
L
 
L

Sites not aligning to the query:

6fahD Molecular basis of the flavin-based electron-bifurcating caffeyl-coa reductase reaction (see paper)
31% identity, 92% coverage: 7:362/385 of query aligns to 3:360/379 of 6fahD

query
sites
6fahD
F
 
F
A
 
S
D
 
E
I
 
Q
R
 
N
D
 
K
G
 
M
I
 
I
R
 
R
T
 
K
L
 
L
C
 
A
Q
 
R
S
 
D
F
 
F
P
 
A
-
 
E
-
 
K
-
 
E
-
 
L
-
 
T
A
 
T
E
 
E
Y
 
I
H
 
L
R
 
D
R
 
E
I
 
V
D
 
E
E
 
E
E
 
S
R
 
G
A
 
E
Y
 
F
P
 
P
D
 
Q
E
 
E
F
 
I
V
 
L
A
 
D
A
 
K
L
 
M
T
 
A
R
 
K
E
 
F
G
 
G
W
 
F
M
 
F
A
 
G
A
 
I
L
 
K
I
 
I
P
 
P
E
 
K
E
 
S
Y
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
S
G
 
G
L
 
G
G
 
D
L
 
H
T
 
M
E
 
S
A
 
Y
S
 
V
V
 
I
I
 
C
M
 
M
E
 
E
E
 
E
I
 
F
N
 
A
R
 
R
A
 
V
G
 
-
G
 
-
N
 
-
S
 
S
G
 
G
A
 
V
C
 
A
H
 
S
G
 
V
Q
 
Y
M
 
L
Y
 
S
N
 
S
M
 
P
N
 
N
T
 
S
L
 
L
-
 
A
-
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
L
V
 
L
R
 
L
H
 
S
G
 
G
S
 
T
E
 
E
E
 
E
Q
 
Q
R
 
I
R
 
E
H
 
K
Y
 
Y
L
 
L
P
 
K
K
 
P
I
 
I
A
 
I
S
 
T
G
 
G
E
 
K
L
 
K
R
 
K
L
 
L
Q
 
-
S
 
A
M
x
F
G
 
A
V
x
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
T
 
G
T
 
A
G
 
G
T
 
S
D
 
D
T
 
A
T
 
G
R
 
G
I
 
M
K
 
S
T
 
T
T
 
T
A
 
A