SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_094509571.1 NCBI__GCF_002252445.1:WP_094509571.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

4ymwC Crystal structure of an amino acid abc transporter with histidines (see paper)
35% identity, 94% coverage: 6:225/233 of query aligns to 7:214/214 of 4ymwC

query
sites
4ymwC
K
 
S
I
 
M
I
 
V
E
 
K
F
 
Y
L
 
T
P
 
P
P
 
L
L
 
F
I
 
I
K
 
S
A
 
G
L
 
L
P
 
I
L
 
M
T
 
T
L
 
L
L
 
K
L
 
L
T
 
T
A
 
F
T
 
L
A
 
A
G
 
V
V
 
T
I
 
I
G
 
G
L
 
V
V
 
L
F
 
M
G
 
G
T
 
L
L
 
F
S
 
I
A
 
A
L
 
L
A
 
M
L
 
K
L
 
M
S
 
S
K
 
S
R
 
I
R
 
K
I
 
P
L
 
I
K
 
K
W
 
L
P
 
V
A
 
A
F
 
S
S
 
S
Y
 
Y
T
 
I
F
 
E
I
 
V
F
 
I
R
 
R
G
 
G
T
 
T
P
 
P
L
 
L
L
 
L
V
 
V
Q
 
Q
L
 
L
Y
 
L
L
 
L
I
 
I
Y
 
Y
Y
 
N
G
 
G
L
 
L
G
 
M
Q
 
Q
I
 
F
L
 
-
P
 
-
G
 
G
T
 
M
W
 
N
V
 
I
R
 
-
H
 
-
S
 
-
F
 
-
L
 
-
W
 
-
P
 
P
Y
 
A
M
 
F
R
 
T
D
 
A
G
 
G
L
 
-
W
 
-
Y
 
-
A
 
-
V
 
V
F
 
S
A
 
A
L
 
L
S
 
A
L
 
I
N
|
N
Q
 
S
G
 
S
A
 
A
Y
|
Y
N
 
V
A
 
A
E
 
E
V
 
I
I
 
I
R
 
R
G
 
A
A
 
G
I
 
I
K
 
Q
S
 
A
I
 
V
P
 
D
R
 
P
G
 
G
Q
 
Q
I
 
N
E
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
R
S
 
S
I
 
L
G
 
G
M
 
M
S
 
T
R
 
H
F
 
A
K
 
M
V
 
A
L
 
M
R
 
R
R
 
Y
I
 
V
T
 
I
L
 
I
P
 
P
L
 
Q
A
 
A
F
 
I
R
 
K
H
 
N
C
 
I
M
 
L
P
 
P
V
 
A
L
 
L
T
 
G
S
 
N
D
x
E
L
 
F
I
 
I
I
 
V
L
 
M
L
 
L
K
 
K
S
x
E
T
 
S
S
 
A
L
 
I
A
 
V
S
 
S
T
 
V
I
 
I
T
 
G
I
 
F
M
 
A
E
 
D
V
 
L
M
 
T
G
 
R
T
 
Q
A
 
A
R
 
D
A
 
I
L
 
I
Q
 
Q
R
 
S
S
 
V
S
 
T
L
 
Y
S
 
R
I
 
Y
F
 
F
E
 
E
P
 
P
L
 
Y
I
 
I
A
 
I
A
 
I
G
 
A
I
 
A
L
 
I
Y
 
Y
F
 
F
T
 
V
V
 
M
V
 
T
F
 
L
I
 
T
L
 
F
T
 
S
R
 
K
I
 
L
M
 
L
N
 
S
V
 
L
V
 
F
E
 
E
R
 
R
R
 
R
M
 
L

4ymtC Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines (see paper)
35% identity, 94% coverage: 7:225/233 of query aligns to 8:214/215 of 4ymtC

query
sites
4ymtC
I
 
M
I
 
V
E
 
K
F
 
Y
L
 
T
P
 
P
P
 
L
L
 
F
I
 
I
K
 
S
A
 
G
L
 
L
P
 
I
L
 
M
T
 
T
L
 
L
L
 
K
L
 
L
T
 
T
A
 
F
T
 
L
A
 
A
G
 
V
V
 
T
I
 
I
G
 
G
L
 
V
V
 
L
F
 
M
G
 
G
T
 
L
L
 
F
S
 
I
A
 
A
L
 
L
A
 
M
L
 
K
L
 
M
S
 
S
K
 
S
R
 
I
R
 
K
I
 
P
L
 
I
K
 
K
W
 
L
P
 
V
A
 
A
F
 
S
S
 
S
Y
 
Y
T
 
I
F
 
E
I
 
V
F
 
I
R
 
R
G
 
G
T
 
T
P
|
P
L
|
L
L
 
L
V
 
V
Q
 
Q
L
 
L
Y
 
L
L
 
L
I
 
I
Y
 
Y
Y
 
N
G
 
G
L
 
L
G
 
M
Q
 
Q
I
 
F
L
 
-
P
 
-
G
 
G
T
 
M
W
 
N
V
 
I
R
 
-
H
 
-
S
 
-
F
 
-
L
 
-
W
 
-
P
 
P
Y
 
A
M
 
F
R
 
T
D
 
A
G
 
G
L
 
-
W
 
-
Y
 
-
A
 
-
V
 
V
F
 
S
A
 
A
L
 
L
S
 
A
L
 
I
N
|
N
Q
 
S
G
 
S
A
 
A
Y
|
Y
N
 
V
A
 
A
E
 
E
V
 
I
I
 
I
R
 
R
G
 
A
A
 
G
I
 
I
K
 
Q
S
 
A
I
 
V
P
 
D
R
 
P
G
 
G
Q
 
Q
I
 
N
E
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
R
S
 
S
I
 
L
G
 
G
M
 
M
S
 
T
R
 
H
F
 
A
K
 
M
V
 
A
L
 
M
R
 
R
R
 
Y
I
 
V
T
 
I
L
 
I
P
 
P
L
 
Q
A
 
A
F
 
I
R
 
K
H
 
N
C
 
I
M
 
L
P
 
P
V
 
A
L
 
L
T
 
G
S
 
N
D
x
E
L
 
F
I
 
I
I
 
V
L
x
M
L
 
L
K
|
K
S
x
E
T
 
S
S
 
A
L
 
I
A
 
V
S
 
S
T
 
V
I
 
I
T
 
G
I
 
F
M
 
A
E
 
D
V
 
L
M
 
T
G
 
R
T
 
Q
A
 
A
R
 
D
A
 
I
L
 
I
Q
 
Q
R
 
S
S
 
V
S
 
T
L
 
Y
S
 
R
I
 
Y
F
 
F
E
 
E
P
 
P
L
 
Y
I
 
I
A
 
I
A
 
I
G
 
A
I
 
A
L
 
I
Y
 
Y
F
 
F
T
 
V
V
 
M
V
 
T
F
 
L
I
 
T
L
 
F
T
 
S
R
 
K
I
 
L
M
 
L
N
 
S
V
 
L
V
 
F
E
 
E
R
 
R
R
 
R
M
 
L

Query Sequence

>WP_094509571.1 NCBI__GCF_002252445.1:WP_094509571.1
MESITKIIEFLPPLIKALPLTLLLTATAGVIGLVFGTLSALALLSKRRILKWPAFSYTFI
FRGTPLLVQLYLIYYGLGQILPGTWVRHSFLWPYMRDGLWYAVFALSLNQGAYNAEVIRG
AIKSIPRGQIEAALSIGMSRFKVLRRITLPLAFRHCMPVLTSDLIILLKSTSLASTITIM
EVMGTARALQRSSLSIFEPLIAAGILYFTVVFILTRIMNVVERRMSGSRASMV

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory