SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_104485743.1 NCBI__GCF_002936955.1:WP_104485743.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 5 hits to proteins with known functional sites (download)

2dvzA Structure of a periplasmic transporter (see paper)
23% identity, 90% coverage: 33:326/328 of query aligns to 8:297/300 of 2dvzA

query
sites
2dvzA
E
 
R
C
 
V
I
 
I
A
 
V
P
 
P
A
x
F
K
 
A
P
 
P
G
 
G
G
 
G
G
 
S
F
x
T
D
 
D
L
 
I
T
 
I
C
 
A
R
 
R
I
 
L
L
 
V
T
 
T
S
 
Q
S
 
R
L
 
M
D
 
S
K
 
Q
S
 
E
G
 
-
L
 
-
L
 
L
E
 
G
E
 
Q
P
 
P
M
 
M
R
 
V
V
 
V
T
 
E
F
 
N
M
 
K
P
 
-
G
 
-
G
 
G
V
 
G
G
 
A
A
 
G
V
 
G
A
 
A
Y
 
I
T
 
G
H
 
A
M
 
S
N
 
E
S
 
A
N
 
A
R
 
R
R
 
A
T
 
E
D
 
P
N
 
D
N
 
G
A
 
Y
V
 
T
V
 
L
A
 
S
F
 
I
S
 
A
S
 
T
G
 
V
S
|
S
S
 
T
L
 
M
N
 
A
L
 
V
A
 
N
L
 
P
S
 
A
K
 
C
F
 
R
G
 
P
K
 
K
D
 
D
L
 
L
D
 
P
V
 
Y
D
 
D
-
 
P
-
 
I
-
 
K
D
 
D
A
 
F
R
 
Q
W
 
P
I
 
V
G
 
T
A
 
N
V
 
F
G
 
A
T
 
N
D
 
T
Y
 
A
G
 
N
A
 
V
I
 
V
I
 
A
V
 
V
K
 
N
A
 
P
D
 
K
A
 
F
P
 
P
W
 
A
N
 
K
S
 
D
L
 
F
E
 
K
E
 
G
L
 
F
A
 
L
D
 
E
E
 
E
I
 
L
K
 
K
S
 
K
N
 
N
P
 
P
-
 
G
S
 
K
L
 
Y
V
 
S
F
 
Y
G
 
G
A
 
S
G
x
S
G
 
G
T
 
T
V
 
C
G
 
G
S
x
V
Q
x
L
D
 
H
W
 
L
M
 
M
K
 
G
A
 
E
A
 
S
F
 
F
L
 
-
Y
 
K
R
 
M
S
 
A
L
 
T
G
 
G
L
 
T
D
 
D
P
 
-
R
 
-
T
 
-
M
 
I
R
 
V
Y
 
H
V
 
V
A
 
P
Y
 
Y
E
 
K
G
|
G
G
 
S
G
 
G
D
 
P
A
 
A
M
 
V
A
 
A
A
 
D
V
 
A
L
 
V
G
 
G
N
 
G
H
 
Q
I
 
I
Q
 
E
V
 
L
Y
 
I
P
 
F
G
 
D
D
x
N
M
 
L
S
 
P
E
 
S
I
 
S
K
 
M
G
 
P
Q
 
Q
L
 
I
D
 
Q
A
 
A
G
 
G
I
 
K
V
 
L
R
 
R
V
 
A
L
 
M
A
 
A
V
 
I
L
 
A
S
 
W
P
 
P
E
 
T
R
 
R
L
 
I
D
 
D
G
 
A
D
 
-
Y
 
I
A
 
K
G
 
D
I
 
V
P
 
P
T
 
T
A
 
F
Q
 
A
E
 
D
Q
 
A
G
 
G
F
 
F
D
 
P
-
 
V
M
 
L
E
 
N
W
 
Q
P
 
P
I
 
V
M
 
W
R
x
Y
G
 
G
F
 
L
Y
 
-
M
 
L
A
 
A
P
 
P
E
 
K
A
 
-
S
 
-
D
 
-
E
 
-
A
 
-
Y
 
-
G
 
G
Y
 
T
W
 
P
V
 
M
E
 
D
Q
 
V
F
 
V
N
 
N
D
 
K
L
 
L
-
 
R
-
 
D
-
 
A
-
 
A
-
 
V
-
 
V
-
 
A
Y
 
L
K
 
K
T
 
D
D
 
P
A
 
K
F
 
V
T
 
I
Q
 
K
V
 
A
R
 
L
N
 
D
N
 
D
Q
 
Q
G
 
G
L
 
S
F
 
A
P
 
P
L
 
S
S
 
G
M
 
N
A
 
T
G
 
P
D
 
E
E
 
E
F
 
F
E
 
A
A
 
K
Y
 
E
I
 
I
R
 
K
A
 
E
E
 
Q
I
 
Y
D
 
D
K
 
W
F
 
A
Q
 
Q
I
 
D
L
 
V
S
 
V
R
 
K
E
 
K
M
 
Q
G
 
N
L
 
I

7ndrD Crystal structure of tphc in an open conformation (see paper)
24% identity, 63% coverage: 111:318/328 of query aligns to 79:285/293 of 7ndrD

query
sites
7ndrD
K
 
Q
D
 
K
L
 
L
D
x
S
V
x
F
D
|
D
D
 
P
A
 
T
R
|
R
W
 
W
I
 
V
G
 
P
A
 
V
-
 
T
-
 
I
V
 
L
G
 
A
T
 
T
D
 
V
Y
 
P
G
 
N
A
 
V
I
 
L
I
 
V
V
 
I
K
 
N
A
 
P
D
 
K
A
 
L
P
 
P
W
 
V
N
 
K
S
 
S
L
 
L
E
 
G
E
 
E
L
 
F
A
 
I
D
 
A
E
 
Y
I
 
A
K
 
K
S
 
A
N
 
N
P
 
P
S
 
K
L
 
K
V
 
V
F
 
T
G
 
V
A
 
A
G
 
T
G
 
Q
T
 
G
V
 
D
G
 
G
S
 
S
Q
 
T
D
 
S
W
 
H
M
 
L
K
 
T
A
 
A
A
 
A
F
 
M
L
 
F
Y
 
M
R
 
Q
S
 
L
L
 
T
G
 
G
L
 
T
D
 
E
P
 
-
R
 
-
T
 
-
M
 
L
R
 
T
Y
 
V
V
 
I
A
 
P
Y
 
Y
E
 
K
G
 
G
G
 
T
G
 
A
D
 
P
A
 
A
M
 
L
A
 
I
A
 
D
V
 
L
L
 
I
G
 
G
N
 
G
H
 
N
I
 
V
Q
 
D
V
 
V
Y
 
F
P
 
F
G
 
D
D
 
N
M
 
I
S
 
S
E
 
S
I
 
S
K
 
A
G
 
T
Q
 
Y
L
 
H
D
 
Q
A
 
A
G
 
G
I
 
K
V
 
V
R
 
R
V
 
I
L
 
L
A
 
A
V
 
V
L
 
A
S
 
D
P
 
E
E
 
Q
R
 
R
L
 
-
D
 
S
G
 
Q
D
 
I
Y
 
L
A
 
P
G
 
Q
I
 
V
P
 
P
T
 
T
A
 
F
Q
 
A
E
 
E
Q
 
Q
G
 
-
F
 
-
D
 
-
M
 
-
E
 
Q
W
 
W
P
 
P
I
 
A
M
 
M
R
 
Q
G
 
A
F
 
V
Y
 
T
M
 
F
-
 
F
-
 
S
-
 
V
-
 
V
-
 
A
A
 
P
P
 
P
E
 
G
A
 
T
S
 
S
D
 
A
E
 
E
A
 
I
Y
 
A
G
 
Q
Y
 
K
W
 
L
V
 
Q
E
 
K
Q
 
Q
F
 
M
N
 
A
D
 
L
L
 
A
Y
 
L
K
 
S
T
 
S
D
 
N
A
 
D
F
 
I
T
 
R
Q
 
K
V
 
H
R
 
F
N
 
Q
N
 
E
Q
 
Q
G
 
G
L
 
A
F
 
V
P
 
P
L
 
C
S
 
G
M
 
W
A
 
D
G
 
P
D
 
S
E
 
K
F
 
T
E
 
A
A
 
Q
Y
 
F
I
 
I
R
 
R
A
 
Q
E
 
E
I
 
T
D
 
E
K
 
K
F
 
W
Q
 
K

Sites not aligning to the query:

7ndsA Crystal structure of tphc in a closed conformation (see paper)
24% identity, 63% coverage: 111:318/328 of query aligns to 79:285/294 of 7ndsA

query
sites
7ndsA
K
 
Q
D
 
K
L
 
L
D
 
S
V
 
F
D
 
D
D
 
P
A
 
T
R
 
R
W
 
W
I
 
V
G
 
P
A
 
V
-
 
T
-
 
I
V
 
L
G
 
A
T
 
T
D
 
V
Y
 
P
G
 
N
A
 
V
I
 
L
I
 
V
V
 
I
K
 
N
A
 
P
D
 
K
A
 
L
P
 
P
W
 
V
N
 
K
S
 
S
L
 
L
E
 
G
E
 
E
L
 
F
A
 
I
D
 
A
E
 
Y
I
 
A
K
 
K
S
 
A
N
 
N
P
 
P
S
 
K
L
 
K
V
 
V
F
 
T
G
 
V
A
 
A
G
 
T
G
x
Q
T
 
G
V
 
D
G
 
G
S
|
S
Q
x
T
D
 
S
W
 
H
M
 
L
K
 
T
A
 
A
A
 
A
F
 
M
L
 
F
Y
 
M
R
 
Q
S
 
L
L
 
T
G
 
G
L
 
T
D
 
E
P
 
-
R
 
-
T
 
-
M
 
L
R
 
T
Y
 
V
V
 
I
A
 
P
Y
 
Y
E
 
K
G
|
G
G
x
T
G
 
A
D
 
P
A
 
A
M
 
L
A
 
I
A
 
D
V
 
L
L
 
I
G
 
G
N
 
G
H
 
N
I
 
V
Q
 
D
V
 
V
Y
 
F
P
 
F
G
 
D
D
x
N
M
 
I
S
 
S
E
 
S
I
 
S
K
 
A
G
 
T
Q
 
Y
L
 
H
D
 
Q
A
 
A
G
 
G
I
 
K
V
 
V
R
 
R
V
 
I
L
 
L
A
 
A
V
 
V
L
 
A
S
 
D
P
 
E
E
 
Q
R
 
R
L
 
-
D
 
S
G
 
Q
D
 
I
Y
 
L
A
 
P
G
 
Q
I
 
V
P
 
P
T
 
T
A
 
F
Q
 
A
E
 
E
Q
 
Q
G
 
-
F
 
-
D
 
-
M
 
-
E
 
Q
W
 
W
P
 
P
I
 
A
M
 
M
R
 
Q
G
 
A
F
 
V
Y
x
T
M
 
F
-
x
F
-
 
S
-
 
V
-
 
V
-
 
A
A
 
P
P
 
P
E
 
G
A
 
T
S
 
S
D
 
A
E
 
E
A
 
I
Y
 
A
G
 
Q
Y
 
K
W
 
L
V
 
Q
E
 
K
Q
 
Q
F
 
M
N
 
A
D
 
L
L
 
A
Y
 
L
K
 
S
T
 
S
D
 
N
A
 
D
F
 
I
T
 
R
Q
 
K
V
 
H
R
 
F
N
 
Q
N
 
E
Q
 
Q
G
 
G
L
 
A
F
 
V
P
 
P
L
 
C
S
 
G
M
 
W
A
 
D
G
 
P
D
 
S
E
 
K
F
 
T
E
 
A
A
 
Q
Y
 
F
I
 
I
R
 
R
A
 
Q
E
 
E
I
 
T
D
 
E
K
 
K
F
 
W
Q
 
K

Sites not aligning to the query:

8hkbA Tpa bound-form of periplasmic terephthalate binding protein (tbp) from ideonella sakaiensis mutant k184d (see paper)
24% identity, 68% coverage: 28:250/328 of query aligns to 1:216/302 of 8hkbA

query
sites
8hkbA
T
 
T
P
 
P
K
 
Q
K
 
A
P
 
L
E
 
K
C
 
I
I
 
I
A
 
V
P
 
P
A
x
Y
K
 
P
P
 
A
G
 
G
G
|
G
G
 
T
F
x
A
D
 
D
L
 
I
T
 
L
C
 
P
R
 
R
I
 
V
L
 
V
T
 
A
S
 
E
S
 
K
L
 
L
D
 
R
-
 
A
-
 
Q
-
 
F
K
 
P
S
 
A
G
 
G
L
 
V
L
 
L
E
 
I
E
 
D
P
 
-
M
 
-
R
 
N
V
 
R
T
 
T
F
 
G
M
 
A
P
 
G
G
 
G
G
 
N
V
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
E
A
 
A
Y
 
V
T
 
F
H
 
R
M
 
A
N
 
E
S
 
P
N
 
-
R
 
-
R
 
-
T
 
-
D
 
D
N
 
G
N
 
N
A
 
T
V
 
L
V
 
L
A
 
A
F
 
S
S
x
P
S
 
P
G
 
G
S
 
P
-
 
I
S
 
A
L
 
I
N
 
N
L
 
H
A
 
H
L
 
L
S
 
Y
K
 
R
F
 
-
G
 
-
K
 
-
D
 
K
L
 
M
D
 
A
V
 
F
D
 
D
D
 
P
A
 
S
R
 
K
W
 
W
-
 
E
-
 
P
I
 
V
G
 
T
A
 
V
V
 
L
G
 
A
T
 
T
D
 
V
Y
 
P
G
 
N
A
 
V
I
 
L
I
 
V
V
 
V
K
 
N
A
 
P
D
 
R
A
 
L
P
 
P
W
 
V
N
 
K
S
 
N
L
 
V
E
 
Q
E
 
E
L
 
F
A
 
I
D
 
A
E
 
Y
I
 
A
K
 
K
S
 
A
N
 
N
P
 
P
-
 
G
S
 
K
L
 
V
V
 
T
F
 
Y
G
 
G
A
 
S
G
x
Q
G
 
G
T
 
N
V
 
-
G
 
G
S
x
T
Q
x
T
D
 
S
W
 
H
M
 
L
K
 
T
A
 
A
A
 
S
F
 
L
L
 
F
Y
 
M
R
 
Q
S
 
L
L
 
T
G
 
G
L
 
T
D
 
E
P
 
-
R
 
-
T
 
-
M
 
M
R
 
V
Y
 
H
V
 
V
A
 
P
Y
 
Y
E
 
D
G
|
G
G
x
T
G
 
A
D
 
P
A
 
A
M
 
L
A
 
V
A
 
D
V
 
L
L
 
V
G
 
G
N
 
G
H
 
Q
I
 
I
Q
 
D
V
 
V
Y
 
F
P
 
F
G
 
D
D
 
N
M
 
I
S
 
S
E
 
S
I
 
S
K
 
L
G
 
P
Q
 
F
L
 
H
D
 
Q
A
 
A
G
 
G
I
 
K
V
 
L
R
 
R
V
 
I
L
 
L
A
 
G
V
 
V
L
 
A
S
 
D
P
 
E
E
 
Q
R
 
R
L
 
-
D
 
S
G
 
A
D
 
A
Y
 
L
A
 
P
G
 
E
I
 
V
P
 
P
T
 
T
A
 
F
Q
 
A
E
 
E
Q
 
Q
G
 
G
F
 
L

Sites not aligning to the query:

2f5xB Structure of periplasmic binding protein bugd (see paper)
27% identity, 37% coverage: 131:250/328 of query aligns to 103:218/300 of 2f5xB

query
sites
2f5xB
I
 
I
I
 
I
V
 
A
K
 
R
A
 
G
D
 
D
A
 
F
P
 
P
W
 
P
N
 
N
S
 
N
L
 
I
E
 
K
E
 
E
L
 
L
A
 
A
D
 
E
E
 
Y
I
 
V
K
 
K
S
 
K
N
 
N
P
 
A
S
 
D
L
 
K
V
 
I
F
 
S
G
 
L
A
 
A
G
 
N
G
x
A
T
 
G
V
 
I
G
 
G
S
x
A
Q
x
A
D
x
S
W
 
H
M
 
L
K
 
C
A
 
G
A
 
T
F
 
M
L
 
L
Y
 
V
R
 
E
S
 
A
L
 
L
G
 
G
L
 
V
D
 
N
P
 
-
R
 
-
T
 
-
M
 
L
R
 
L
Y
 
T
V
 
I
A
 
P
Y
 
Y
E
 
K
G
|
G
G
x
T
G
 
A
D
 
P
A
 
A
M
 
M
A
 
N
A
 
D
V
 
L
L
 
L
G
 
G
N
 
K
H
 
Q
I
 
V
Q
 
D
V
 
L
Y
 
M
P
 
C
G
 
D
D
 
Q
M
 
T
S
 
T
E
 
N
I
 
T
K
 
T
G
 
Q
Q
 
Q
L
 
I
D
 
T
A
 
S
G
 
G
I
 
K
V
 
V
R
 
K
V
 
A
L
 
Y
A
 
A
V
 
V
L
 
T
S
 
S
P
 
L
E
 
K
R
 
R
L
 
V
D
 
P
G
 
-
D
 
T
Y
 
L
A
 
P
G
 
D
I
 
L
P
 
P
T
 
T
A
 
M
Q
 
D
E
 
E
Q
 
S
G
 
G
F
 
Y

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_104485743.1 NCBI__GCF_002936955.1:WP_104485743.1
MKSTPLVHAVLGAGLLVMAAGSAYADFTPKKPECIAPAKPGGGFDLTCRILTSSLDKSGL
LEEPMRVTFMPGGVGAVAYTHMNSNRRTDNNAVVAFSSGSSLNLALSKFGKDLDVDDARW
IGAVGTDYGAIIVKADAPWNSLEELADEIKSNPSLVFGAGGTVGSQDWMKAAFLYRSLGL
DPRTMRYVAYEGGGDAMAAVLGNHIQVYPGDMSEIKGQLDAGIVRVLAVLSPERLDGDYA
GIPTAQEQGFDMEWPIMRGFYMAPEASDEAYGYWVEQFNDLYKTDAFTQVRNNQGLFPLS
MAGDEFEAYIRAEIDKFQILSREMGLLK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory