SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_104912863.1 NCBI__GCF_002950575.1:WP_104912863.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5ux5A Structure of proline utilization a (puta) from corynebacterium freiburgense (see paper)
45% identity, 88% coverage: 127:1169/1180 of query aligns to 28:961/963 of 5ux5A

query
sites
5ux5A
L
 
L
K
 
R
T
 
Q
L
 
M
I
 
V
G
 
S
H
 
H
L
 
L
I
 
V
I
 
L
D
 
D
A
 
A
S
 
E
D
 
G
A
 
K
S
 
A
L
 
L
E
 
N
R
 
K
T
 
L
L
 
L
K
 
D
R
 
E
L
 
S
T
 
K
K
 
A
R
 
K
G
 
G
D
 
Y
Q
 
R
L
 
L
N
 
N
I
 
V
N
 
N
L
 
L
L
 
L
G
 
G
E
 
E
A
 
A
V
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
D
G
 
G
E
 
E
A
 
A
T
 
N
K
 
N
R
 
R
L
 
L
E
 
T
G
 
R
I
 
T
E
 
M
R
 
E
L
 
L
I
 
L
E
 
K
R
 
N
R
 
P
D
 
R
V
 
V
T
 
D
Y
 
Y
V
 
V
S
 
S
V
 
I
K
 
K
V
 
A
S
 
T
S
 
S
V
 
V
V
 
V
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
S
 
N
M
 
P
W
 
W
S
 
D
Y
 
I
D
 
D
Q
 
G
T
 
N
V
 
T
E
 
E
R
 
L
V
 
L
V
 
K
E
 
E
K
 
R
L
 
L
V
 
R
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
E
 
R
K
 
L
A
 
A
A
 
L
A
 
Q
T
 
R
N
 
S
P
 
P
P
 
H
T
 
P
F
 
F
I
 
I
N
 
N
L
 
L
D
|
D
M
|
M
E
 
E
E
 
E
Y
 
Y
R
 
K
D
 
D
L
 
L
E
 
H
M
 
V
T
 
T
L
 
I
D
 
R
V
 
L
F
 
F
Q
 
E
R
 
E
V
 
L
L
 
L
G
 
M
R
 
E
E
 
E
S
 
E
L
 
F
H
 
L
H
 
G
Y
 
L
Y
 
E
G
 
A
G
 
G
I
 
I
V
 
V
M
 
L
Q
 
Q
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
E
 
D
A
 
S
L
 
F
D
 
Q
A
 
A
M
 
L
K
 
Q
R
 
Q
L
 
L
S
 
A
A
 
D
F
 
F
A
 
A
T
 
K
E
 
R
R
 
R
V
 
A
A
 
A
K
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
Q
 
K
L
 
I
K
 
K
V
 
I
R
|
R
V
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
A
|
A
N
 
N
L
|
L
Q
 
S
M
 
M
E
 
E
Q
 
K
V
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
E
L
 
L
H
 
H
D
 
G
W
 
W
P
 
Y
V
 
P
A
 
A
V
 
P
L
 
Y
P
 
A
S
x
T
K
|
K
Q
 
E
E
 
E
S
x
V
D
 
D
T
 
A
N
 
N
Y
 
F
K
 
L
R
 
R
V
 
M
L
 
M
E
 
D
W
 
Y
S
 
I
L
 
L
S
 
R
P
 
P
E
 
E
R
 
H
A
 
-
K
 
E
A
 
N
I
 
V
R
 
R
I
 
V
G
 
G
V
 
I
A
 
A
G
x
S
H
 
H
N
|
N
L
 
L
F
 
F
D
 
S
L
 
V
A
 
A
F
 
S
S
 
A
H
 
Y
L
 
E
L
 
L
A
 
S
T
 
V
S
 
E
R
 
R
G
 
G
V
 
V
R
 
E
E
 
T
H
 
Q
V
 
L
D
 
D
F
 
V
E
|
E
M
|
M
L
 
L
V
 
Q
G
 
G
M
 
M
A
 
A
P
 
P
D
 
A
Q
 
Q
A
 
A
D
 
E
A
 
A
V
 
V
R
 
R
E
 
Q
T
 
A
V
 
V
G
 
G
P
 
T
L
 
V
I
 
I
L
 
L
Y
 
Y
T
 
T
P
 
P
V
 
V
V
 
V
H
 
H
S
 
A
H
 
E
E
 
D
F
 
F
D
 
D
A
 
V
A
 
A
V
 
V
G
 
S
Y
 
Y
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
R
L
 
L
D
 
E
E
 
E
N
|
N
A
 
-
S
 
-
P
 
-
E
 
-
N
 
-
F
 
-
M
 
-
S
 
-
A
 
-
V
 
-
F
 
-
D
 
-
L
 
-
H
 
-
D
 
-
H
 
-
S
 
-
D
 
-
V
 
-
F
 
L
A
 
T
R
 
E
E
 
Q
E
 
E
A
 
A
R
 
R
F
 
F
R
 
R
A
 
E
S
 
S
L
 
V
D
 
-
A
 
A
M
 
Q
T
 
R
Q
 
W
K
 
K
A
 
V
P
 
A
T
 
E
P
 
D
S
 
S
R
 
R
T
 
R
Q
 
L
D
 
-
R
 
-
T
 
-
L
 
-
E
 
-
T
 
S
R
 
T
P
 
P
R
 
E
T
 
T
L
 
F
P
 
-
A
 
-
V
 
-
D
 
-
E
 
-
F
 
-
H
 
-
N
 
N
E
 
A
P
 
S
D
 
D
T
 
S
D
 
D
L
 
P
A
 
A
L
 
L
P
 
L
A
 
S
N
 
T
Q
 
L
E
 
E
W
 
W
A
 
A
R
 
R
G
 
-
I
 
-
Y
 
-
R
 
-
H
 
-
A
 
-
A
 
-
S
 
T
L
 
L
E
 
E
G
 
D
Q
 
P
A
 
Q
A
 
P
G
 
-
L
 
-
D
 
-
T
 
-
L
 
-
Q
 
K
G
 
W
G
 
R
L
 
L
I
 
I
S
 
T
D
 
D
D
 
-
L
 
-
G
 
-
P
 
-
I
 
-
D
 
-
G
 
-
R
 
V
I
 
E
E
 
E
I
 
V
D
 
D
S
 
K
I
 
T
V
 
V
E
 
A
K
 
G
M
 
L
R
 
L
R
 
K
G
 
S
G
 
P
K
 
R
K
 
L
W
 
D
A
 
I
A
 
A
R
 
E
G
 
-
A
 
-
E
 
-
G
 
-
R
 
R
G
 
T
K
 
A
I
 
L
L
 
L
L
 
Q
K
 
R
A
 
A
A
 
A
A
 
D
E
 
E
L
 
L
G
 
E
V
 
N
R
 
I
R
 
R
G
 
Q
E
 
D
I
 
L
M
 
L
S
 
G
V
 
V
M
 
M
M
 
T
Q
 
H
E
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
L
 
I
A
 
A
E
 
E
S
 
A
D
 
D
P
 
P
E
 
E
I
 
V
S
 
S
E
 
E
A
 
A
I
 
I
D
 
D
F
 
F
A
 
A
R
 
R
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
S
 
R
Q
 
C
A
 
A
V
 
N
E
 
A
M
 
L
E
 
N
Q
 
T
L
 
P
N
 
G
G
 
H
A
 
S
K
 
K
F
 
F
T
 
T
P
 
P
V
 
H
G
 
N
L
 
L
T
 
V
M
 
V
V
 
V
A
 
A
P
x
S
P
 
P
W
|
W
N
 
N
F
 
F
P
 
P
V
 
V
A
 
A
I
 
I
P
 
P
T
 
L
G
 
G
S
 
G
V
 
V
T
 
F
S
 
A
A
 
S
L
 
L
A
 
A
A
 
A
G
 
G
S
 
A
A
 
K
V
 
A
I
 
I
I
 
L
K
|
K
P
 
P
A
|
A
P
 
P
Q
 
E
V
 
V
R
 
R
R
 
R
C
 
C
A
 
A
A
 
E
V
 
V
M
 
A
V
 
L
E
 
T
A
 
A
L
 
L
W
 
R
A
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
I
P
 
G
K
 
E
D
 
D
V
 
L
L
 
V
H
 
Q
L
 
L
A
 
M
D
 
H
V
 
T
S
 
D
E
|
E
G
 
A
E
 
D
L
 
A
G
|
G
R
 
R
A
 
R
L
 
L
I
 
M
S
 
S
H
 
H
Q
 
P
G
 
D
V
 
V
D
 
D
R
 
A
V
 
I
I
 
I
L
 
L
T
 
T
G
|
G
A
|
A
F
 
S
E
 
E
T
|
T
A
 
A
A
 
S
L
 
L
F
|
F
R
 
R
S
 
G
W
 
W
R
 
K
A
 
P
D
 
E
L
 
M
P
 
N
V
 
I
L
 
H
A
 
A
E
 
E
T
 
T
S
 
S
G
 
G
K
 
K
N
 
N
A
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
V
T
 
T
P
 
P
S
 
S
A
 
A
D
 
D
I
 
P
D
 
D
L
 
L
A
 
A
V
 
V
A
 
A
D
 
D
L
 
V
V
 
Y
K
 
K
S
 
S
A
 
A
F
 
F
G
 
G
H
 
H
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
C
|
C
S
 
S
A
 
A
A
 
A
S
 
S
L
 
L
V
 
V
I
 
I
L
 
L
V
 
V
G
 
G
S
 
D
V
 
V
A
 
G
K
 
-
S
 
-
E
 
-
R
 
R
F
 
F
W
 
T
R
 
D
Q
 
Q
L
 
L
E
 
I
D
 
D
A
 
A
V
 
T
N
 
R
T
 
T
L
 
L
D
 
R
V
 
V
G
 
G
W
 
Y
P
 
-
D
 
G
A
 
H
R
 
E
P
 
L
E
 
S
T
 
T
T
 
T
M
 
M
N
 
N
P
 
G
I
 
L
I
 
I
E
 
S
P
 
P
P
 
P
G
 
G
A
 
E
K
 
K
L
 
L
R
 
H
Q
 
R
G
 
G
L
 
L
T
 
T
E
 
T
L
 
L
G
 
E
A
 
T
G
 
G
E
 
E
E
 
S
W
 
W
L
 
L
A
 
V
E
 
K
P
 
P
R
 
E
Q
 
K
L
 
L
D
 
N
D
 
D
T
 
E
E
 
G
R
 
T
L
 
L
W
 
W
S
 
S
P
 
P
G
 
G
V
 
I
R
 
R
L
 
D
G
 
N
V
 
V
R
 
R
P
 
P
G
 
G
S
 
S
T
 
W
F
 
F
H
 
H
Q
 
T
T
 
H
E
 
E
Y
 
C
F
|
F
G
 
G
P
 
P
L
 
V
L
 
L
G
 
G
V
 
I
M
 
M
T
 
H
A
 
A
R
 
E
T
 
S
L
 
L
Q
 
E
D
 
Q
A
 
A
V
 
I
E
 
E
Y
 
W
Q
 
Q
N
 
N
S
 
S
V
 
T
E
 
G
Y
 
F
G
 
G
L
 
L
T
 
T
A
 
G
G
 
G
I
 
I
H
 
H
S
 
S
L
 
L
D
 
D
P
 
E
D
 
D
E
 
E
V
 
V
S
 
E
Y
 
L
W
 
W
L
 
K
D
 
E
H
 
K
V
 
V
H
 
E
A
 
V
G
 
G
N
 
N
L
 
A
Y
 
Y
V
 
I
N
 
N
R
 
R
G
 
G
I
 
I
T
 
T
G
 
G
A
 
A
I
 
I
V
 
V
R
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
P
 
P
F
 
F
G
 
G
G
 
G
W
 
W
K
 
K
K
 
N
S
 
S
S
 
S
V
 
V
G
 
G
P
 
V
T
 
G
A
 
A
K
|
K
A
 
A
G
 
G
G
 
G
P
 
P
N
 
N
Y
 
Y
L
 
V
F
 
A
G
 
Q
L
 
L
G
 
G
S
 
T
L
 
W
T
 
-
S
 
-
A
 
-
P
 
-
V
 
-
N
 
-
R
 
E
D
 
D
L
 
I
V
 
E
G
 
S
S
 
D
V
 
V
E
 
P
D
 
S
I
 
V
A
 
S
-
 
L
-
 
P
P
 
P
E
 
A
F
 
Y
L
 
R
E
 
E
V
 
L
V
 
A
A
 
N
A
 
T
A
 
-
G
 
-
E
 
-
T
 
-
L
 
-
T
 
-
P
 
-
E
 
-
E
 
-
R
 
-
E
 
E
S
 
F
L
 
L
T
 
K
H
 
R
A
 
A
L
 
A
L
 
A
S
 
L
D
 
D
Q
 
E
H
 
I
A
 
A
Y
 
W
S
 
R
H
 
T
H
 
E
Y
 
F
G
 
G
A
 
V
S
 
E
V
 
Q
D
 
D
V
 
F
S
 
T
E
 
G
V
 
L
G
 
R
V
 
C
E
 
E
R
 
S
N
 
N
V
 
V
F
 
F
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
P
 
P
F
 
L
E
 
E
A
 
T
V
 
L
V
 
Y
R
 
V
A
 
V
S
 
G
S
 
D
L
 
D
T
 
E
P
 
E
L
 
Q
V
 
F
D
 
N
V
 
-
L
 
-
R
 
R
V
 
L
V
 
K
L
 
L
A
 
A
G
 
A
L
 
L
R
 
R
T
 
T
G
 
G
S
 
-
V
 
-
V
 
-
H
 
-
L
 
-
S
 
-
S
 
-
S
 
-
D
 
-
S
 
-
L
 
-
P
 
-
D
 
-
P
 
-
V
 
-
M
 
-
R
 
-
V
 
-
L
 
-
G
 
-
S
 
-
P
 
-
S
 
-
G
 
-
N
 
-
R
 
-
P
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
S
 
-
V
 
-
H
 
-
V
 
-
E
 
-
S
 
T
E
 
E
L
 
L
E
 
R
F
 
K
V
 
L
E
 
E
R
 
T
V
 
H
R
 
E
R
 
W
N
 
F
P
 
P
P
 
P
Q
 
H
-
 
S
R
 
R
I
 
I
R
 
R
L
 
A
L
 
I
G
 
G
G
 
D
-
 
A
-
 
P
-
 
V
-
 
P
N
 
T
A
 
T
N
 
I
V
 
Y
M
 
E
Y
 
W
V
 
A
H
 
A
F
 
L
D
 
N
G
 
G
S
 
S
P
 
-
A
 
-
V
 
-
A
 
V
V
 
V
W
 
I
D
 
D
D
 
G
E
 
P
V
 
V
T
 
L
Q
 
A
S
 
D
G
 
G
R
 
R
V
 
R
E
 
E
M
 
L
L
 
L
P
 
H
F
 
F
V
 
L
R
 
K
E
 
E
Q
 
Q
A
 
A
V
 
V
S
 
S
I
 
T
T
 
T
G
 
N
H
 
H
R
 
R
F
 
F
G
 
G

5ur2B Crystal structure of proline utilization a (puta) from bdellovibrio bacteriovorus inactivated by n-propargylglycine (see paper)
31% identity, 69% coverage: 147:958/1180 of query aligns to 106:937/959 of 5ur2B

query
sites
5ur2B
L
 
L
K
 
K
R
 
K
L
 
A
T
 
R
K
 
K
R
 
N
G
 
K
D
 
M
Q
 
T
L
 
F
N
 
T
I
 
V
N
 
D
L
 
I
L
 
L
G
 
G
E
 
E
A
 
A
V
 
T
L
 
L
G
 
S
A
 
E
G
 
K
E
 
E
A
 
A
-
 
Q
-
 
D
-
 
Y
-
 
S
T
 
N
K
 
K
R
 
Y
L
 
M
E
 
E
G
 
L
I
 
V
E
 
T
R
 
W
L
 
L
I
 
A
E
 
K
R
 
D
-
 
A
-
 
E
-
 
K
-
 
W
-
 
D
-
 
E
-
 
V
-
 
P
-
 
Q
-
 
I
-
 
D
R
 
R
D
 
D
-
 
H
-
 
E
-
 
G
-
 
A
-
 
L
-
 
P
V
 
K
T
 
V
Y
 
N
V
 
V
S
 
S
V
 
V
K
|
K
V
 
M
S
 
T
S
 
A
V
 
L
V
 
Y
A
 
S
Q
 
Q
L
 
I
S
 
K
M
 
D
W
 
A
S
 
A
Y
 
W
D
 
D
Q
 
E
T
 
S
V
 
K
E
 
K
R
 
I
V
 
L
V
 
K
E
 
D
K
 
R
L
 
L
V
 
R
P
 
P
L
 
V
Y
 
F
E
 
R
K
 
-
A
 
-
A
 
L
A
 
G
T
 
M
N
 
E
P
 
K
P
 
G
T
 
V
F
 
F
I
 
V
N
 
N
L
 
L
D
|
D
M
|
M
E
 
E
E
 
Q
Y
 
Y
R
 
S
D
 
V
L
 
K
E
 
H
M
 
L
T
 
T
L
 
L
D
 
E
V
 
V
F
 
F
Q
 
T
R
 
E
V
 
L
L
 
I
G
 
N
R
 
E
E
 
P
S
 
E
L
 
F
H
 
K
H
 
N
Y
 
Y
-
 
K
Y
 
F
G
 
F
G
 
G
I
 
I
V
 
V
M
 
I
Q
|
Q
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
P
 
R
E
 
D
A
 
S
L
 
F
D
 
E
A
 
D
M
 
V
K
 
K
R
 
S
L
 
L
S
 
T
A
 
E
F
 
F
A
 
A
T
 
Q
E
 
K
R
 
R
V
 
-
A
 
-
K
 
-
G
 
-
G
 
G
A
 
T
Q
 
P
L
 
F
K
 
W
V
 
V
R
 
R
V
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
A
|
A
N
 
Y
L
x
W
Q
 
D
M
 
Y
E
 
E
Q
 
T
V
 
I
D
 
E
A
 
A
A
 
E
L
 
Q
H
 
R
D
 
G
W
 
W
P
 
P
V
 
V
A
 
P
V
 
V
L
x
Y
P
x
T
S
x
N
K
|
K
Q
 
A
E
 
E
S
|
S
D
 
D
T
 
A
N
 
N
Y
 
Y
K
 
E
R
 
L
V
 
C
L
 
A
E
 
K
W
 
Y
S
 
L
L
 
L
S
 
-
P
 
-
E
 
E
R
 
N
A
 
I
K
 
K
A
 
F
I
 
I
R
 
R
I
 
P
G
 
A
V
 
F
A
|
A
G
x
S
H
|
H
N
|
N
L
 
V
F
 
R
D
 
T
L
 
L
A
 
A
F
 
A
S
 
C
H
 
M
L
 
L
L
 
Y
A
 
A
T
 
E
S
 
K
R
 
L
G
 
N
V
 
I
-
 
P
R
 
K
E
 
E
H
 
A
V
 
L
D
 
E
F
 
F
E
x
Q
M
|
M
L
|
L
V
 
Y
G
 
G
M
 
M
A
 
A
P
 
E
D
 
P
Q
 
I
A
 
K
D
 
K
A
 
T
V
 
I
R
 
V
E
 
D
T
 
M
V
 
G
G
 
Y
P
 
R
L
 
M
I
 
R
L
 
E
Y
|
Y
T
 
A
P
 
P
V
 
V
V
 
-
H
 
-
S
 
-
H
 
G
E
 
E
F
 
L
D
 
I
A
 
P
A
 
G
V
 
M
G
 
A
Y
 
Y
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
R
L
 
L
D
 
L
E
|
E
N
 
N
A
 
T
S
 
S
P
 
N
E
|
E
N
 
S
F
x
W
M
 
L
S
 
R
A
 
G
V
 
K
F
 
F
D
 
-
L
 
-
H
 
-
D
 
-
H
 
-
S
 
-
D
 
-
V
 
-
F
 
-
A
 
-
R
 
-
E
 
-
E
 
-
A
 
-
R
 
-
F
 
-
R
 
-
A
 
A
S
 
D
L
 
N
D
 
K
A
 
S
M
 
M
T
 
A
Q
 
E
K
 
L
A
 
L
P
 
K
T
 
D
P
 
P
S
 
A
R
 
Q
T
 
G
Q
 
L
D
 
T
R
 
P
T
 
T
L
 
S
E
 
P
T
 
V
R
 
I
P
 
P
R
 
K
T
 
K
L
 
-
P
 
P
A
 
G
V
 
-
D
 
-
E
 
K
F
 
F
H
 
Y
N
 
N
E
 
E
P
 
P
D
 
L
T
 
L
D
 
D
L
 
F
A
 
A
L
 
V
P
 
K
A
 
A
N
 
D
Q
 
R
E
 
E
-
 
K
W
 
M
A
 
L
R
 
K
G
 
A
I
 
L
Y
 
A
R
 
E
H
 
A
A
 
K
A
 
A
S
 
S
L
 
L
E
 
P
-
 
V
-
 
N
-
 
V
G
 
N
Q
 
I
A
 
V
A
 
I
G
 
N
L
 
N
D
 
K
T
 
E
L
 
L
Q
 
Q
G
 
S
G
 
G
L
 
K
I
 
I
S
 
F
D
 
D
D
 
R
L
 
V
G
 
N
P
 
P
-
 
S
-
 
Q
-
 
S
-
 
D
-
 
Q
I
 
I
D
 
V
G
 
G
R
 
K
I
 
I
E
 
Q
I
 
M
D
 
A
S
 
T
I
 
T
V
 
E
E
 
Q
K
 
A
M
 
E
R
 
Q
R
 
A
-
 
M
-
 
Q
-
 
A
-
 
A
-
 
Q
-
 
T
G
 
A
G
 
Y
K
 
K
K
 
T
W
 
W
A
 
K
A
 
N
R
 
V
G
 
P
A
 
C
E
 
E
G
 
Q
R
 
R
G
 
A
K
 
A
I
 
L
L
 
V
L
 
D
K
 
K
A
 
L
A
 
A
A
 
D
E
 
I
L
 
M
G
 
T
V
 
R
R
 
D
R
 
R
G
 
F
E
 
K
I
 
L
M
 
I
S
 
A
V
 
T
M
 
Q
M
 
V
Q
 
L
E
 
E
A
 
V
G
 
G
K
 
K
T
 
P
L
 
W
A
 
A
E
 
E
S
 
A
D
 
D
P
 
G
E
 
D
I
 
I
S
 
G
E
 
E
A
 
A
I
 
I
D
 
D
F
 
F
A
 
C
R
 
R
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
S
 
R
Q
 
H
A
 
M
V
 
R
E
 
E
M
 
L
E
 
Q
-
 
K
-
 
P
-
 
L
-
 
R
-
 
V
-
 
G
-
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
G
Q
 
E
L
 
L
N
 
S
G
 
H
A
 
Y
K
 
I
F
 
Y
T
 
K
P
 
S
V
 
R
G
 
G
L
 
V
T
 
T
M
 
A
V
 
V
A
 
I
P
 
A
P
 
P
W
 
W
N
|
N
F
 
F
P
 
P
V
 
L
A
 
A
I
 
I
P
 
L
T
 
A
G
 
G
S
 
M
V
 
V
T
 
T
S
 
A
A
 
A
L
 
A
A
 
V
A
 
A
G
 
G
S
 
N
A
 
T
V
 
V
I
 
V
I
 
M
K
|
K
P
 
P
A
 
A
P
 
E
Q
 
Q
V
 
S
R
 
T
R
 
V
C
 
V
A
 
A
A
 
W
V
 
G
M
 
L
V
 
M
E
 
K
A
 
M
L
 
I
W
 
Q
A
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
F
P
 
P
K
 
Q
D
 
G
V
 
V
L
 
I
H
 
N
L
 
F
A
 
L
D
 
P
V
 
G
S
 
Y
E
 
G
G
 
E
E
 
E
L
 
V
G
 
G
R
 
E
A
 
Y
L
 
I
I
 
V
S
 
N
H
 
H
Q
 
K
G
 
Y
V
 
T
D
 
T
R
 
T
V
 
I
I
 
A
L
 
F
T
 
T
G
 
G
A
 
S
-
 
K
-
 
A
-
 
V
-
 
G
-
 
L
-
 
H
-
 
I
F
 
M
E
 
N
T
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
V
F
 
V
R
 
Q
S
 
P
W
 
G
R
 
Q
A
 
Q
D
 
H
L
 
V
P
 
K
-
 
R
V
 
C
L
 
I
A
 
I
E
|
E
T
 
M
S
 
G
G
 
G
K
 
K
N
 
N
A
 
A
L
 
V
V
 
I
I
 
I
T
 
D
P
 
N
S
 
D
A
 
A
D
 
D
I
 
L
D
 
D
L
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
D
D
 
G
L
 
V
V
 
I
K
 
Y
S
 
S
A
 
A
F
 
F
G
 
G
H
 
F
A
 
S
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
C
|
C
S
 
S
A
 
A
A
 
A
S
 
S
L
 
R
V
 
V
I
 
I
L
 
V
V
 
L
G
 
D
S
 
E
V
 
V
A
 
-
K
 
-
S
 
Y
E
 
D
R
 
R
F
 
F
W
 
V
R
 
D
Q
 
R
L
 
L
E
 
V
D
 
E
A
 
T
V
 
A
N
 
K
T
 
S
L
 
I
D
 
E
V
 
I
G
 
H
W
 
-
P
 
P
D
 
A
A
 
E
R
 
N
P
 
P
E
 
K
T
 
A
T
 
Y
M
 
M
N
 
G
P
 
P
I
 
V
I
 
V
E
 
D
P
 
K
P
 
E
G
 
A
A
 
Y
-
 
D
K
 
R
L
 
I
R
 
L
Q
 
G
G
 
T
L
 
I
T
 
A
E
 
E
L
 
A
G
 
E
A
 
K
G
 
N
E
 
H
E
 
K
W
 
L
L
 
L
A
 
F
E
 
K
P
 
G
R
 
S
Q
 
V
L
 
P
D
 
G
D
 
G
T
 
G
E
 
-
R
 
-
L
 
F
W
 
F
S
 
A
P
 
P
G
 
P
V
 
T
R
 
I
L
 
F
G
 
G
V
 
D
R
 
V
P
 
P
G
 
G
-
 
D
S
 
A
T
 
K
F
 
L
H
 
A
Q
 
Q
T
 
A
E
|
E
Y
 
I
F
 
F
G
 
G
P
 
P
L
 
V
L
 
V
G
 
A
V
 
V
M
 
I
T
 
R
A
 
A
R
 
K
T
 
N
L
 
L
Q
 
D
D
 
Q
A
 
A
V
 
L
E
 
D
Y
 
I
Q
 
A
N
 
N
S
 
S
V
 
T
E
 
E
Y
 
Y
G
 
A
L
 
L
T
 
T
A
 
G
G
 
G
I
 
V
H
 
F
S
 
S
L
 
R
D
 
S
P
 
P
D
 
A
E
 
N
V
 
I
S
 
N
Y
 
R
W
 
V
L
 
K
D
 
E
H
 
E
V
 
L
H
 
E
A
 
V
G
 
G
N
 
N
L
 
L
Y
 
Y
V
 
V
N
 
N
R
 
R
G
 
G
I
 
I
T
 
T
G
 
G
A
 
A
I
 
M
V
 
V
R
 
D
R
 
R
Q
 
H
P
 
P
F
 
F
G
 
G
G
 
G
W
 
F
K
 
K
K
 
M
S
 
S
S
 
G
V
 
I
G
 
G
P
 
-
T
 
-
A
 
S
K
 
K
A
x
T
G
 
G
G
 
G
P
 
P
N
 
D
Y
 
Y
L
 
L

4nmaA Crystal structure of proline utilization a (puta) from geobacter sulfurreducens pca in complex with l-tetrahydro-2-furoic acid (see paper)
29% identity, 72% coverage: 115:959/1180 of query aligns to 82:950/977 of 4nmaA

query
sites
4nmaA
L
 
M
P
 
P
A
 
A
I
 
F
V
 
L
V
 
N
P
 
K
I
 
V
A
 
L
R
 
T
K
 
S
A
 
N
L
 
I
K
 
E
T
 
E
L
 
M
I
 
A
G
 
R
H
 
Q
L
 
F
I
 
I
I
 
V
D
 
G
A
 
E
S
 
T
D
 
T
A
 
K
S
 
E
L
 
A
E
 
V
R
 
K
T
 
N
L
 
L
K
 
E
R
 
K
L
 
L
T
 
R
K
 
K
R
 
D
G
 
G
D
 
F
Q
 
A
L
 
A
N
 
V
I
 
V
N
 
D
L
 
V
L
 
L
G
 
G
E
 
E
A
 
A
V
 
T
L
 
L
G
 
S
A
 
E
G
 
E
E
 
E
A
 
A
-
 
E
-
 
V
-
 
Y
-
 
T
T
 
N
K
 
T
R
 
Y
L
 
L
E
 
E
G
 
L
I
 
L
E
 
E
R
 
A
L
 
L
I
 
K
E
 
K
R
 
E
R
 
Q
D
 
G
V
 
S
-
 
W
-
 
K
-
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
G
-
 
K
-
 
G
-
 
G
-
 
D
-
 
P
-
 
G
-
 
L
-
 
D
-
 
W
-
 
G
-
 
H
-
 
A
-
 
P
-
 
K
T
 
V
Y
 
N
V
 
I
S
 
A
V
 
V
K
|
K
V
 
P
S
 
T
S
 
A
V
 
L
V
 
F
A
 
C
Q
 
L
L
 
A
S
 
N
M
 
P
W
 
Q
S
 
D
Y
 
F
D
 
E
Q
 
G
T
 
S
V
 
V
E
 
V
R
 
A
V
 
I
V
 
L
E
 
D
K
 
R
L
 
M
V
 
R
P
 
R
L
 
I
Y
 
F
E
 
K
K
 
K
A
 
V
A
 
M
A
 
E
T
 
L
N
 
N
P
 
-
P
 
-
T
 
G
F
 
F
I
 
L
N
 
C
L
 
I
D
|
D
M
|
M
E
 
E
E
 
S
Y
 
Y
R
 
R
D
 
H
L
 
K
E
 
E
M
 
I
T
 
I
L
 
L
D
 
E
V
 
V
F
 
F
Q
 
R
R
 
R
V
 
-
L
 
L
G
 
K
R
 
L
E
 
E
S
 
Y
L
 
R
H
 
D
H
 
Y
Y
 
P
Y
 
H
G
 
L
G
 
G
I
 
I
V
 
V
M
 
L
Q
|
Q
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
P
 
K
E
 
D
A
 
N
L
 
D
D
 
K
A
 
D
M
 
L
K
 
D
R
 
D
L
 
L
S
 
L
A
 
A
F
 
W
A
 
A
T
 
K
E
 
E
R
 
H
V
 
-
A
 
-
K
 
-
G
 
-
G
 
K
A
 
V
Q
 
Q
L
 
I
K
 
S
V
 
V
R
|
R
V
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
A
|
A
N
x
Y
L
x
W
Q
 
D
M
 
Y
E
 
E
Q
 
T
V
 
V
D
 
K
A
 
A
A
 
K
L
 
Q
H
 
N
D
 
D
W
 
W
P
 
E
V
 
V
A
 
P
V
 
V
L
x
W
P
x
T
S
x
I
K
|
K
Q
 
A
E
 
E
S
|
S
D
 
D
T
 
A
N
 
A
Y
 
Y
K
 
E
R
 
R
V
 
Q
L
 
A
E
 
R
W
 
K
S
 
I
L
 
L
S
 
-
P
 
-
E
 
E
R
 
N
A
 
H
K
 
Q
A
 
I
I
 
C
R
 
H
I
 
F
G
 
A
V
 
C
A
|
A
G
x
S
H
|
H
N
|
N
L
 
I
F
 
R
D
 
T
L
 
I
A
 
S
F
 
A
S
 
V
H
 
M
L
 
E
L
 
M
A
 
A
T
 
R
S
 
E
R
 
L
G
 
N
V
 
V
R
 
P
E
 
E
-
 
D
H
 
R
V
 
Y
D
 
E
F
 
F
E
x
Q
M
 
V
L
|
L
V
 
Y
G
 
G
M
 
M
A
 
A
P
 
E
D
 
P
Q
 
V
A
 
R
D
 
K
A
 
G
V
 
I
R
 
L
E
 
K
T
 
V
V
 
A
G
 
G
P
 
R
L
 
I
I
 
R
L
 
L
Y
|
Y
T
 
A
P
 
P
V
 
Y
V
 
G
H
 
N
S
 
-
H
 
-
E
 
-
F
 
M
D
 
V
A
 
P
A
 
G
V
 
M
G
 
G
Y
|
Y
L
 
L
V
 
V
R
|
R
R
|
R
L
 
L
D
 
L
E
|
E
N
 
N
A
 
T
S
 
A
P
 
N
E
 
E
N
x
S
F
|
F
M
 
L
S
 
R
A
 
Q
V
 
S
F
 
F
D
 
-
L
 
-
H
 
-
D
 
-
H
 
-
S
 
-
D
 
-
V
 
-
F
 
-
A
 
-
R
 
A
E
 
E
E
 
D
A
 
A
R
 
Q
F
 
I
R
 
E
A
 
R
S
 
L
L
 
L
D
 
E
A
 
-
M
 
-
T
 
-
Q
 
-
K
 
-
A
 
-
P
 
-
T
 
D
P
 
P
S
 
A
R
 
V
T
 
T
Q
 
V
D
 
E
R
 
R
T
 
E
L
 
R
E
 
A
T
 
A
R
 
R
P
 
A
R
 
-
T
 
A
L
 
L
P
 
G
A
 
G
V
 
L
D
 
P
E
 
P
F
 
F
H
 
N
N
 
N
E
 
E
P
 
A
D
 
M
T
 
V
D
 
D
L
 
F
A
 
T
L
 
R
P
 
A
A
 
D
N
 
H
Q
 
R
E
 
A
W
 
-
A
 
-
R
 
-
G
 
A
I
 
F
Y
 
P
R
 
K
H
 
H
A
 
I
A
 
A
S
 
Q
L
 
V
E
 
R
G
 
T
Q
 
Q
A
 
L
A
 
G
-
 
K
-
 
T
-
 
Y
-
 
P
-
 
L
-
 
F
-
 
I
-
 
N
G
 
G
L
 
K
D
 
E
T
 
V
L
 
R
Q
 
T
G
 
N
G
 
D
L
 
L
I
 
I
-
 
P
-
 
T
-
 
V
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
 
K
-
 
P
S
 
S
D
 
E
D
 
V
L
 
L
G
 
G
P
 
Q
I
 
I
D
 
C
-
 
Q
-
 
A
G
 
G
R
 
T
I
 
T
E
 
E
I
 
V
D
 
G
S
 
D
I
 
A
V
 
I
E
 
A
K
 
A
M
 
A
R
 
K
R
 
A
G
 
A
G
 
F
K
 
P
K
 
A
W
 
W
A
 
R
A
 
D
R
 
T
G
 
D
A
 
P
E
 
R
G
 
T
R
 
R
G
 
A
K
 
E
I
 
Y
L
 
L
L
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
Q
E
 
A
L
 
A
G
 
R
V
 
K
R
 
R
R
 
L
G
 
F
E
 
E
I
 
L
M
 
S
S
 
A
V
 
W
M
 
Q
M
 
V
Q
 
L
E
 
E
A
 
I
G
 
G
K
 
K
T
 
Q
L
 
W
A
 
D
E
 
Q
S
 
A
D
 
Y
P
 
A
E
 
D
I
 
V
S
 
T
E
 
E
A
 
A
I
 
I
D
 
D
F
 
F
A
 
L
R
 
E
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
S
 
R
Q
 
E
A
 
M
V
 
I
E
 
R
M
 
L
E
 
G
Q
 
Q
-
 
P
-
 
Q
-
 
R
-
 
V
-
 
G
-
 
H
-
 
A
-
 
P
-
 
G
-
 
E
L
 
L
N
 
N
G
 
H
A
 
Y
K
 
F
F
 
Y
T
 
E
P
 
P
V
 
K
G
 
G
L
 
V
T
 
A
M
 
A
V
 
V
A
 
I
P
 
A
P
 
P
W
 
W
N
|
N
F
 
F
P
 
P
V
 
L
A
 
A
I
 
I
P
 
S
T
 
M
G
 
G
S
 
M
V
 
A
T
 
S
S
 
A
A
 
A
L
 
I
A
 
V
A
 
T
G
 
G
S
 
N
A
 
C
V
 
V
I
 
V
I
 
F
K
|
K
P
 
P
A
 
S
P
 
G
Q
 
I
V
 
T
R
 
S
R
 
I
C
 
I
A
 
G
A
 
W
V
 
H
M
 
L
V
 
V
E
 
E
A
 
L
L
 
F
W
 
R
A
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
L
P
 
P
K
 
E
D
 
G
V
 
V
L
 
F
H
 
N
L
 
F
A
 
T
D
 
P
V
 
G
S
 
R
E
 
G
G
 
S
E
 
V
L
 
M
G
 
G
R
 
D
A
 
Y
L
 
L
I
 
V
S
 
D
H
 
H
Q
 
P
G
 
D
V
 
I
D
 
S
R
 
L
V
 
I
I
 
A
L
 
F
T
 
T
G
 
G
A
 
S
F
 
M
E
 
E
T
 
T
-
 
G
-
 
L
-
 
R
-
 
I
-
 
I
-
 
E
-
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
K
F
 
V
R
 
H
S
 
P
W
 
G
R
 
Q
A
 
A
D
 
N
L
 
V
P
 
K
-
 
K
V
 
I
L
 
I
A
 
S
E
|
E
T
 
M
S
 
G
G
 
G
K
 
K
N
 
N
A
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
I
T
 
D
P
 
D
S
 
D
A
 
A
D
 
D
I
 
L
D
 
D
L
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
P
D
 
H
L
 
V
V
 
L
K
 
Y
S
 
S
A
 
A
F
 
F
G
 
G
H
 
F
A
 
Q
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
C
|
C
S
 
S
A
 
A
A
 
C
S
 
S
L
 
R
V
 
V
I
 
I
L
 
V
V
 
L
G
 
D
S
 
A
V
 
V
A
 
-
K
 
-
S
 
Y
E
 
D
R
 
K
F
 
F
W
 
I
R
 
E
Q
 
R
L
 
L
E
 
V
D
 
S
A
 
M
V
 
A
N
 
K
T
 
A
L
 
T
D
 
K
V
 
V
G
 
G
W
 
-
P
 
P
D
 
S
A
 
E
R
 
D
P
 
P
E
 
A
T
 
N
T
 
Y
M
 
M
N
 
G
P
 
A
I
 
V
I
 
A
E
 
D
P
 
D
P
 
K
G
 
A
A
 
M
K
 
K
L
 
S
R
 
I
Q
 
K
G
 
E
L
 
Y
T
 
A
E
 
E
L
 
I
G
 
G
A
 
K
G
 
R
E
 
E
E
 
G
W
 
H
L
 
V
A
 
L
E
 
Y
P
 
E
R
 
S
Q
 
P
L
 
V
D
 
P
D
 
A
T
 
G
E
 
E
R
 
G
L
 
Y
W
 
F
S
 
V
P
 
P
G
 
M
V
 
T
R
 
I
L
 
I
G
 
G
-
 
G
V
 
I
R
 
K
P
 
P
G
 
E
S
 
H
T
 
R
F
 
I
H
 
A
Q
 
Q
T
 
E
E
|
E
Y
 
I
F
 
F
G
 
G
P
 
P
L
 
V
L
 
L
G
 
A
V
 
V
M
 
M
T
 
R
A
 
A
R
 
K
T
 
D
L
 
F
Q
 
D
D
 
Q
A
 
A
V
 
I
E
 
E
Y
 
W
Q
 
A
N
 
N
S
 
S
V
 
T
E
 
Q
Y
 
F
G
 
A
L
 
L
T
 
T
A
 
G
G
 
G
I
 
I
H
 
F
S
 
S
L
 
R
D
 
S
P
 
P
D
 
E
E
 
H
V
 
L
S
 
A
Y
 
K
W
 
A
L
 
R
D
 
R
H
 
E
V
 
F
H
 
R
A
 
V
G
 
G
N
 
N
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
N
 
N
R
 
R
G
 
N
I
 
N
T
 
T
G
 
G
A
 
A
I
 
L
V
 
V
R
 
E
R
 
R
Q
 
Q
P
 
P
F
 
F
G
 
G
G
 
G
W
 
A
K
 
R
K
 
M
S
 
S
S
 
G
V
 
V
G
 
G
P
 
-
T
 
-
A
 
T
K
 
K
A
|
A
G
 
G
G
 
G
P
 
P
N
 
D
Y
 
Y
L
 
L
F
 
L

4nmdA Crystal structure of proline utilization a (puta) from geobacter sulfurreducens pca reduced with dithionite (see paper)
29% identity, 72% coverage: 113:959/1180 of query aligns to 80:952/979 of 4nmdA

query
sites
4nmdA
P
 
P
L
 
A
L
 
F
P
 
M
A
 
A
I
 
V
V
 
L
V
 
N
P
 
K
I
 
V
A
 
L
R
 
T
K
 
S
A
 
N
L
 
I
K
 
E
T
 
E
L
 
M
I
 
A
G
 
R
H
 
Q
L
 
F
I
 
I
I
 
V
D
 
G
A
 
E
S
 
T
D
 
T
A
 
K
S
 
E
L
 
A
E
 
V
R
 
K
T
 
N
L
 
L
K
 
E
R
 
K
L
 
L
T
 
R
K
 
K
R
 
D
G
 
G
D
 
F
Q
 
A
L
 
A
N
 
V
I
 
V
N
 
D
L
 
V
L
 
L
G
 
G
E
 
E
A
 
A
V
 
T
L
 
L
G
 
S
A
 
E
G
 
E
E
 
E
A
 
A
-
 
E
-
 
V
-
 
Y
-
 
T
T
 
N
K
 
T
R
 
Y
L
 
L
E
 
E
G
 
L
I
 
L
E
 
E
R
 
A
L
 
L
I
 
K
E
 
K
R
 
E
R
 
Q
D
 
G
V
 
S
-
 
W
-
 
K
-
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
G
-
 
K
-
 
G
-
 
G
-
 
D
-
 
P
-
 
G
-
 
L
-
 
D
-
 
W
-
 
G
-
 
H
-
 
A
-
 
P
-
 
K
T
 
V
Y
 
N
V
 
I
S
 
A
V
 
V
K
 
K
V
 
P
S
 
T
S
 
A
V
 
L
V
 
F
A
 
C
Q
 
L
L
 
A
S
 
N
M
 
P
W
 
Q
S
 
D
Y
 
F
D
 
E
Q
 
G
T
 
S
V
 
V
E
 
V
R
 
A
V
 
I
V
 
L
E
 
D
K
 
R
L
 
M
V
 
R
P
 
R
L
 
I
Y
 
F
E
 
K
K
 
K
A
 
V
A
 
M
A
 
E
T
 
L
N
 
N
P
 
-
P
 
-
T
 
G
F
 
F
I
 
L
N
 
C
L
 
I
D
|
D
M
|
M
E
 
E
E
 
S
Y
 
Y
R
 
R
D
 
H
L
 
K
E
 
E
M
 
I
T
 
I
L
 
L
D
 
E
V
 
V
F
 
F
Q
 
R
R
 
R
V
 
-
L
 
L
G
 
K
R
 
L
E
 
E
S
 
Y
L
 
R
H
 
D
H
 
Y
Y
 
P
Y
 
H
G
 
L
G
 
G
I
 
I
V
|
V
M
 
L
Q
|
Q
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
P
 
K
E
 
D
A
 
N
L
 
D
D
 
K
A
 
D
M
 
L
K
 
D
R
 
D
L
 
L
S
 
L
A
 
A
F
 
W
A
 
A
T
 
K
E
 
E
R
 
H
V
 
-
A
 
-
K
 
-
G
 
-
G
 
K
A
 
V
Q
 
Q
L
 
I
K
 
S
V
 
V
R
|
R
V
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
A
|
A
N
 
Y
L
x
W
Q
 
D
M
 
Y
E
 
E
Q
 
T
V
 
V
D
 
K
A
 
A
A
 
K
L
 
Q
H
 
N
D
 
D
W
 
W
P
 
E
V
 
V
A
 
P
V
 
V
L
x
W
P
x
T
S
x
I
K
|
K
Q
 
A
E
 
E
S
|
S
D
 
D
T
 
A
N
 
A
Y
 
Y
K
 
E
R
 
R
V
 
Q
L
 
A
E
 
R
W
 
K
S
 
I
L
 
L
S
 
-
P
 
-
E
 
E
R
 
N
A
 
H
K
 
Q
A
 
I
I
 
C
R
 
H
I
 
F
G
 
A
V
 
C
A
|
A
G
x
S
H
|
H
N
|
N
L
 
I
F
 
R
D
 
T
L
 
I
A
 
S
F
 
A
S
 
V
H
 
M
L
 
E
L
 
M
A
 
A
T
 
R
S
 
E
R
 
L
G
 
N
V
 
V
R
 
P
E
 
E
-
 
D
H
 
R
V
 
Y
D
 
E
F
 
F
E
x
Q
M
x
V
L
|
L
V
 
Y
G
 
G
M
 
M
A
 
A
P
 
E
D
 
P
Q
 
V
A
 
R
D
 
K
A
 
G
V
 
I
R
 
L
E
 
K
T
 
V
V
 
A
G
 
G
P
 
R
L
 
I
I
 
R
L
 
L
Y
|
Y
T
 
A
P
 
P
V
 
Y
V
 
G
H
 
N
S
 
-
H
 
-
E
 
-
F
 
M
D
 
V
A
 
P
A
 
G
V
 
M
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
R
L
 
L
D
 
L
E
 
E
N
 
N
A
 
T
S
 
A
P
 
N
E
 
E
N
 
S
F
|
F
M
 
L
S
 
R
A
 
Q
V
 
S
F
 
F
D
 
-
L
 
-
H
 
-
D
 
-
H
 
-
S
 
-
D
 
-
V
 
-
F
 
-
A
 
-
R
 
A
E
 
E
E
 
D
A
 
A
R
 
Q
F
 
I
R
 
E
A
 
R
S
 
L
L
 
L
D
 
E
A
 
-
M
 
-
T
 
-
Q
 
-
K
 
-
A
 
-
P
 
-
T
 
D
P
 
P
S
 
A
R
 
V
T
 
T
Q
 
V
D
 
E
R
 
R
T
 
E
L
 
R
E
 
A
T
 
A
R
 
R
P
 
A
-
 
A
R
 
K
T
 
G
L
 
L
P
 
G
A
 
G
V
 
L
D
 
P
E
 
P
F
 
F
H
 
N
N
 
N
E
 
E
P
 
A
D
 
M
T
 
V
D
 
D
L
 
F
A
 
T
L
 
R
P
 
A
A
 
D
N
 
H
Q
 
R
E
 
A
W
 
-
A
 
-
R
 
-
G
 
A
I
 
F
Y
 
P
R
 
K
H
 
H
A
 
I
A
 
A
S
 
Q
L
 
V
E
 
R
G
 
T
Q
 
Q
A
 
L
A
 
G
-
 
K
-
 
T
-
 
Y
-
 
P
-
 
L
-
 
F
-
 
I
-
 
N
G
 
G
L
 
K
D
 
E
T
 
V
L
 
R
Q
 
T
G
 
N
G
 
D
L
 
L
I
 
I
-
 
P
-
 
T
-
 
V
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
 
K
-
 
P
S
 
S
D
 
E
D
 
V
L
 
L
G
 
G
P
 
Q
I
 
I
D
 
C
-
 
Q
-
 
A
G
 
G
R
 
T
I
 
T
E
 
E
I
 
V
D
 
G
S
 
D
I
 
A
V
 
I
E
 
A
K
 
A
M
 
A
R
 
K
R
 
A
G
 
A
G
 
F
K
 
P
K
 
A
W
 
W
A
 
R
A
 
D
R
 
T
G
 
D
A
 
P
E
 
R
G
 
T
R
 
R
G
 
A
K
 
E
I
 
Y
L
 
L
L
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
Q
E
 
A
L
 
A
G
 
R
V
 
K
R
 
R
R
 
L
G
 
F
E
 
E
I
 
L
M
 
S
S
 
A
V
 
W
M
 
Q
M
 
V
Q
 
L
E
 
E
A
 
I
G
 
G
K
 
K
T
 
Q
L
 
W
A
 
D
E
 
Q
S
 
A
D
 
Y
P
 
A
E
 
D
I
 
V
S
 
T
E
 
E
A
 
A
I
 
I
D
 
D
F
 
F
A
 
L
R
 
E
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
S
 
R
Q
 
E
A
 
M
V
 
I
E
 
R
M
 
L
E
 
G
Q
 
Q
-
 
P
-
 
Q
-
 
R
-
 
V
-
 
G
-
 
H
-
 
A
-
 
P
-
 
G
-
 
E
L
 
L
N
 
N
G
 
H
A
 
Y
K
 
F
F
 
Y
T
 
E
P
 
P
V
 
K
G
 
G
L
 
V
T
 
A
M
 
A
V
 
V
A
 
I
P
 
A
P
 
P
W
 
W
N
|
N
F
 
F
P
 
P
V
 
L
A
 
A
I
 
I
P
 
S
T
 
M
G
 
G
S
 
M
V
 
A
T
 
S
S
 
A
A
 
A
L
 
I
A
 
V
A
 
T
G
 
G
S
 
N
A
 
C
V
 
V
I
 
V
I
 
F
K
|
K
P
 
P
A
 
S
P
 
G
Q
 
I
V
 
T
R
 
S
R
 
I
C
 
I
A
 
G
A
 
W
V
 
H
M
 
L
V
 
V
E
 
E
A
 
L
L
 
F
W
 
R
A
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
L
P
 
P
K
 
E
D
 
G
V
 
V
L
 
F
H
 
N
L
 
F
A
 
T
D
 
P
V
 
G
S
 
R
E
 
G
G
 
S
E
 
V
L
 
M
G
 
G
R
 
D
A
 
Y
L
 
L
I
 
V
S
 
D
H
 
H
Q
 
P
G
 
D
V
 
I
D
 
S
R
 
L
V
 
I
I
 
A
L
 
F
T
 
T
G
 
G
A
 
S
F
 
M
E
 
E
T
 
T
-
 
G
-
 
L
-
 
R
-
 
I
-
 
I
-
 
E
-
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
K
F
 
V
R
 
H
S
 
P
W
 
G
R
 
Q
A
 
A
D
 
N
L
 
V
P
 
K
-
 
K
V
 
I
L
 
I
A
 
S
E
|
E
T
 
M
S
 
G
G
 
G
K
 
K
N
 
N
A
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
I
T
 
D
P
 
D
S
 
D
A
 
A
D
 
D
I
 
L
D
 
D
L
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
P
D
 
H
L
 
V
V
 
L
K
 
Y
S
 
S
A
 
A
F
 
F
G
 
G
H
 
F
A
 
Q
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
C
|
C
S
 
S
A
 
A
A
 
C
S
 
S
L
 
R
V
 
V
I
 
I
L
 
V
V
 
L
G
 
D
S
 
A
V
 
V
A
 
-
K
 
-
S
 
Y
E
 
D
R
 
K
F
 
F
W
 
I
R
 
E
Q
 
R
L
 
L
E
 
V
D
 
S
A
 
M
V
 
A
N
 
K
T
 
A
L
 
T
D
 
K
V
 
V
G
 
G
W
 
-
P
 
P
D
 
S
A
 
E
R
 
D
P
 
P
E
 
A
T
 
N
T
 
Y
M
 
M
N
 
G
P
 
A
I
 
V
I
 
A
E
 
D
P
 
D
P
 
K
G
 
A
A
 
M
K
 
K
L
 
S
R
 
I
Q
 
K
G
 
E
L
 
Y
T
 
A
E
 
E
L
 
I
G
 
G
A
 
K
G
 
R
E
 
E
E
 
G
W
 
H
L
 
V
A
 
L
E
 
Y
P
 
E
R
 
S
Q
 
P
L
 
V
D
 
P
D
 
A
T
 
G
E
 
E
R
 
G
L
 
Y
W
 
F
S
 
V
P
 
P
G
 
M
V
 
T
R
 
I
L
 
I
G
 
G
-
 
G
V
 
I
R
 
K
P
 
P
G
 
E
S
 
H
T
 
R
F
 
I
H
 
A
Q
 
Q
T
 
E
E
|
E
Y
 
I
F
 
F
G
 
G
P
 
P
L
 
V
L
 
L
G
 
A
V
 
V
M
 
M
T
 
R
A
 
A
R
 
K
T
 
D
L
 
F
Q
 
D
D
 
Q
A
 
A
V
 
I
E
 
E
Y
 
W
Q
 
A
N
 
N
S
 
S
V
 
T
E
 
Q
Y
 
F
G
 
A
L
 
L
T
 
T
A
 
G
G
 
G
I
 
I
H
 
F
S
 
S
L
 
R
D
 
S
P
 
P
D
 
E
E
 
H
V
 
L
S
 
A
Y
 
K
W
 
A
L
 
R
D
 
R
H
 
E
V
 
F
H
 
R
A
 
V
G
 
G
N
 
N
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
N
 
N
R
 
R
G
 
N
I
 
N
T
 
T
G
 
G
A
 
A
I
 
L
V
 
V
R
 
E
R
 
R
Q
 
Q
P
 
P
F
 
F
G
 
G
G
 
G
W
 
A
K
 
R
K
 
M
S
 
S
S
 
G
V
 
V
G
 
G
P
 
-
T
 
-
A
 
T
K
 
K
A
|
A
G
 
G
G
 
G
P
 
P
N
 
D
Y
 
Y
L
 
L
F
 
L

4nmfB Crystal structure of proline utilization a (puta) from geobacter sulfurreducens pca inactivated by n-propargylglycine and complexed with menadione bisulfite (see paper)
28% identity, 72% coverage: 113:959/1180 of query aligns to 79:952/979 of 4nmfB

query
sites
4nmfB
P
 
P
L
 
A
L
 
F
P
 
M
A
 
A
I
 
V
V
 
L
V
 
N
P
 
K
I
 
V
A
 
L
R
 
T
K
 
S
A
 
N
L
 
I
K
 
E
T
 
E
L
 
M
I
 
A
G
 
R
H
 
Q
L
 
F
I
 
I
I
 
V
D
 
G
A
 
E
S
 
T
D
 
T
A
 
K
S
 
E
L
 
A
E
 
V
R
 
K
T
 
N
L
 
L
K
 
E
R
 
K
L
 
L
T
 
R
K
 
K
R
 
D
G
 
G
D
 
F
Q
 
A
L
 
A
N
 
V
I
 
V
N
 
D
L
 
V
L
 
L
G
 
G
E
 
E
A
 
A
V
 
T
L
 
L
G
 
S
A
 
E
G
 
E
E
 
E
A
 
A
-
 
E
-
 
V
-
 
Y
-
 
T
T
 
N
K
 
T
R
 
Y
L
 
L
E
 
E
G
 
L
I
 
L
E
 
E
R
 
A
L
 
L
I
 
K
E
 
K
R
 
E
R
 
Q
D
 
G
V
 
S
-
 
W
-
 
K
-
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
G
-
 
K
-
 
G
-
 
G
-
 
D
-
 
P
-
 
G
-
 
L
-
 
D
-
 
W
-
 
G
-
 
H
-
 
A
-
 
P
-
 
K
T
 
V
Y
 
N
V
 
I
S
 
A
V
 
V
K
|
K
V
 
P
S
 
T
S
 
A
V
 
L
V
 
F
A
 
C
Q
 
L
L
 
A
S
 
N
M
 
P
W
 
Q
S
 
D
Y
 
F
D
 
E
Q
 
G
T
 
S
V
 
V
E
 
V
R
 
A
V
 
I
V
 
L
E
 
D
K
 
R
L
 
M
V
 
R
P
 
R
L
 
I
Y
 
F
E
 
K
K
 
K
A
 
V
A
 
M
A
 
E
T
 
L
N
 
N
P
 
-
P
 
-
T
 
G
F
 
F
I
 
L
N
 
C
L
 
I
D
|
D
M
|
M
E
 
E
E
 
S
Y
 
Y
R
 
R
D
 
H
L
 
K
E
 
E
M
 
I
T
 
I
L
 
L
D
 
E
V
 
V
F
 
F
Q
 
R
R
 
R
V
 
-
L
 
L
G
 
K
R
 
L
E
 
E
S
 
Y
L
 
R
H
 
D
H
 
Y
Y
 
P
Y
 
H
G
 
L
G
 
G
I
 
I
V
|
V
M
 
L
Q
|
Q
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
P
 
K
E
 
D
A
 
N
L
 
D
D
 
K
A
 
D
M
 
L
K
 
D
R
 
D
L
 
L
S
 
L
A
 
A
F
 
W
A
 
A
T
 
K
E
 
E
R
 
H
V
 
-
A
 
-
K
 
-
G
 
-
G
 
K
A
 
V
Q
 
Q
L
 
I
K
 
S
V
 
V
R
|
R
V
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
A
|
A
N
x
Y
L
x
W
Q
 
D
M
 
Y
E
 
E
Q
 
T
V
 
V
D
 
K
A
 
A
A
 
K
L
 
Q
H
 
N
D
 
D
W
 
W
P
 
E
V
 
V
A
 
P
V
 
V
L
x
W
P
x
T
S
x
I
K
|
K
Q
 
A
E
 
E
S
|
S
D
 
D
T
 
A
N
 
A
Y
 
Y
K
 
E
R
 
R
V
 
Q
L
 
A
E
 
R
W
 
K
S
 
I
L
 
L
S
 
-
P
 
-
E
 
E
R
 
N
A
 
H
K
 
Q
A
 
I
I
 
C
R
 
H
I
 
F
G
 
A
V
 
C
A
|
A
G
x
S
H
|
H
N
|
N
L
 
I
F
 
R
D
 
T
L
 
I
A
 
S
F
 
A
S
 
V
H
 
M
L
 
E
L
 
M
A
 
A
T
 
R
S
 
E
R
 
L
G
 
N
V
 
V
R
 
P
E
 
E
-
 
D
H
 
R
V
 
Y
D
 
E
F
 
F
E
x
Q
M
 
V
L
|
L
V
 
Y
G
 
G
M
 
M
A
 
A
P
 
E
D
 
P
Q
 
V
A
 
R
D
 
K
A
 
G
V
 
I
R
 
L
E
 
K
T
 
V
V
 
A
G
 
G
P
 
R
L
 
I
I
 
R
L
 
L
Y
|
Y
T
 
A
P
 
P
V
 
Y
V
 
G
H
 
N
S
 
-
H
 
-
E
 
-
F
 
M
D
 
V
A
 
P
A
 
G
V
 
M
G
 
G
Y
|
Y
L
 
L
V
 
V
R
|
R
R
|
R
L
 
L
D
 
L
E
|
E
N
 
N
A
 
T
S
 
A
P
 
N
E
|
E
N
x
S
F
|
F
M
 
L
S
 
R
A
 
Q
V
 
S
F
 
F
D
 
-
L
 
-
H
 
-
D
 
-
H
 
-
S
 
-
D
 
-
V
 
-
F
 
-
A
 
-
R
 
A
E
 
E
E
 
D
A
 
A
R
 
Q
F
 
I
R
 
E
A
 
R
S
 
L
L
 
L
D
 
E
A
 
D
M
 
-
T
 
-
Q
 
-
K
 
-
A
 
-
P
 
P
T
 
A
P
 
V
S
 
T
R
 
V
T
 
E
Q
 
R
D
 
E
R
 
R
T
 
A
L
 
A
E
 
R
T
 
A
R
 
A
P
 
R
R
 
K
T
 
G
L
 
L
P
 
G
A
 
G
V
 
L
D
 
P
E
 
P
F
 
F
H
 
N
N
 
N
E
 
E
P
 
A
D
 
M
T
 
V
D
 
D
L
 
F
A
 
T
L
 
R
P
 
A
A
 
D
N
 
H
Q
 
R
E
 
A
W
 
-
A
 
-
R
 
-
G
 
A
I
 
F
Y
 
P
R
 
K
H
 
H
A
 
I
A
 
A
S
 
Q
L
 
V
E
 
R
G
 
T
Q
 
Q
A
 
L
A
 
G
-
 
K
-
 
T
-
 
Y
-
 
P
-
 
L
-
 
F
-
 
I
-
 
N
G
 
G
L
 
K
D
 
E
T
 
V
L
 
R
Q
 
T
G
 
N
G
 
D
L
 
L
I
 
I
-
 
P
-
 
T
-
 
V
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
 
K
-
 
P
S
 
S
D
 
E
D
 
V
L
 
L
G
 
G
P
 
Q
I
 
I
D
 
C
-
 
Q
-
 
A
G
 
G
R
 
T
I
 
T
E
 
E
I
 
V
D
 
G
S
 
D
I
 
A
V
 
I
E
 
A
K
 
A
M
 
A
R
 
K
R
 
A
G
 
A
G
 
F
K
 
P
K
 
A
W
 
W
A
 
R
A
 
D
R
 
T
G
 
D
A
 
P
E
 
R
G
 
T
R
 
R
G
 
A
K
 
E
I
 
Y
L
 
L
L
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
Q
E
 
A
L
 
A
G
 
R
V
 
K
R
 
R
R
 
L
G
 
F
E
 
E
I
 
L
M
 
S
S
 
A
V
 
W
M
 
Q
M
 
V
Q
 
L
E
 
E
A
 
I
G
 
G
K
 
K
T
 
Q
L
 
W
A
 
D
E
 
Q
S
 
A
D
 
Y
P
 
A
E
 
D
I
 
V
S
 
T
E
 
E
A
 
A
I
 
I
D
 
D
F
 
F
A
 
L
R
 
E
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
S
 
R
Q
 
E
A
 
M
V
 
I
E
 
R
M
 
L
E
 
G
Q
 
Q
-
 
P
-
 
Q
-
 
R
-
 
V
-
 
G
-
 
H
-
 
A
-
 
P
-
 
G
-
 
E
L
 
L
N
 
N
G
 
H
A
 
Y
K
 
F
F
 
Y
T
 
E
P
 
P
V
 
K
G
 
G
L
 
V
T
 
A
M
 
A
V
 
V
A
 
I
P
 
A
P
 
P
W
 
W
N
|
N
F
 
F
P
 
P
V
 
L
A
 
A
I
 
I
P
 
S
T
 
M
G
 
G
S
 
M
V
 
A
T
 
S
S
 
A
A
 
A
L
 
I
A
 
V
A
 
T
G
 
G
S
 
N
A
 
C
V
 
V
I
 
V
I
 
F
K
|
K
P
 
P
A
 
S
P
 
G
Q
 
I
V
 
T
R
 
S
R
 
I
C
 
I
A
 
G
A
 
W
V
 
H
M
 
L
V
 
V
E
 
E
A
 
L
L
 
F
W
 
R
A
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
L
P
 
P
K
 
E
D
 
G
V
 
V
L
 
F
H
 
N
L
 
F
A
 
T
D
 
P
V
 
G
S
 
R
E
 
G
G
 
S
E
 
V
L
 
M
G
 
G
R
 
D
A
 
Y
L
 
L
I
 
V
S
 
D
H
 
H
Q
 
P
G
 
D
V
 
I
D
 
S
R
 
L
V
 
I
I
 
A
L
 
F
T
 
T
G
 
G
A
 
S
F
 
M
E
 
E
T
 
T
-
 
G
-
 
L
-
 
R
-
 
I
-
 
I
-
 
E
-
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
K
F
 
V
R
 
H
S
 
P
W
 
G
R
 
Q
A
 
A
D
 
N
L
 
V
P
 
K
-
 
K
V
 
I
L
 
I
A
 
S
E
|
E
T
 
M
S
 
G
G
 
G
K
 
K
N
 
N
A
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
I
T
 
D
P
 
D
S
 
D
A
 
A
D
 
D
I
 
L
D
 
D
L
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
P
D
 
H
L
 
V
V
 
L
K
 
Y
S
 
S
A
 
A
F
 
F
G
 
G
H
 
F
A
 
Q
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
C
|
C
S
 
S
A
 
A
A
 
C
S
 
S
L
 
R
V
 
V
I
 
I
L
 
V
V
 
L
G
 
D
S
 
A
V
 
V
A
 
-
K
 
-
S
 
Y
E
 
D
R
 
K
F
 
F
W
 
I
R
 
E
Q
 
R
L
 
L
E
 
V
D
 
S
A
 
M
V
 
A
N
 
K
T
 
A
L
 
T
D
 
K
V
 
V
G
 
G
W
 
-
P
 
P
D
 
S
A
 
E
R
 
D
P
 
P
E
 
A
T
 
N
T
 
Y
M
 
M
N
 
G
P
 
A
I
 
V
I
 
A
E
 
D
P
 
D
P
 
K
G
 
A
A
 
M
K
 
K
L
 
S
R
 
I
Q
 
K
G
 
E
L
 
Y
T
 
A
E
 
E
L
 
I
G
 
G
A
 
K
G
 
R
E
 
E
E
 
G
W
 
H
L
 
V
A
 
L
E
 
Y
P
 
E
R
 
S
Q
 
P
L
 
V
D
 
P
D
 
A
T
 
G
E
 
E
R
 
G
L
 
Y
W
 
F
S
 
V
P
 
P
G
 
M
V
 
T
R
 
I
L
 
I
G
 
G
-
 
G
V
 
I
R
 
K
P
 
P
G
 
E
S
 
H
T
 
R
F
 
I
H
 
A
Q
 
Q
T
 
E
E
|
E
Y
 
I
F
 
F
G
 
G
P
 
P
L
 
V
L
 
L
G
 
A
V
 
V
M
 
M
T
 
R
A
 
A
R
 
K
T
 
D
L
 
F
Q
 
D
D
 
Q
A
 
A
V
 
I
E
 
E
Y
 
W
Q
 
A
N
 
N
S
 
S
V
 
T
E
 
Q
Y
 
F
G
 
A
L
 
L
T
 
T
A
 
G
G
 
G
I
 
I
H
 
F
S
 
S
L
 
R
D
 
S
P
 
P
D
 
E
E
 
H
V
 
L
S
 
A
Y
 
K
W
 
A
L
 
R
D
 
R
H
 
E
V
 
F
H
 
R
A
 
V
G
 
G
N
 
N
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
N
 
N
R
 
R
G
 
N
I
 
N
T
 
T
G
 
G
A
 
A
I
 
L
V
 
V
R
 
E
R
 
R
Q
 
Q
P
 
P
F
 
F
G
 
G
G
 
G
W
 
A
K
 
R
K
 
M
S
 
S
S
 
G
V
 
V
G
 
G
P
 
-
T
 
-
A
 
T
K
 
K
A
|
A
G
 
G
G
 
G
P
 
P
N
 
D
Y
 
Y
L
 
L
F
 
L

4nmfA Crystal structure of proline utilization a (puta) from geobacter sulfurreducens pca inactivated by n-propargylglycine and complexed with menadione bisulfite (see paper)
28% identity, 72% coverage: 113:959/1180 of query aligns to 76:946/973 of 4nmfA

query
sites
4nmfA
P
 
P
L
 
A
L
 
F
P
 
M
A
 
A
I
 
V
V
 
L
V
 
N
P
 
K
I
 
V
A
 
L
R
 
T
K
 
S
A
 
N
L
 
I
K
 
E
T
 
E
L
 
M
I
 
A
G
 
R
H
 
Q
L
 
F
I
 
I
I
 
V
D
 
G
A
 
E
S
 
T
D
 
T
A
 
K
S
 
E
L
 
A
E
 
V
R
 
K
T
 
N
L
 
L
K
 
E
R
 
K
L
 
L
T
 
R
K
 
K
R
 
D
G
 
G
D
 
F
Q
 
A
L
 
A
N
 
V
I
 
V
N
 
D
L
 
V
L
 
L
G
 
G
E
 
E
A
 
A
V
 
T
L
 
L
G
 
S
A
 
E
G
 
E
E
 
E
A
 
A
-
 
E
-
 
V
-
 
Y
-
 
T
T
 
N
K
 
T
R
 
Y
L
 
L
E
 
E
G
 
L
I
 
L
E
 
E
R
 
A
L
 
L
I
 
K
E
 
K
R
 
E
R
 
Q
D
 
G
V
 
S
-
 
W
-
 
K
-
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
G
-
 
K
-
 
G
-
 
G
-
 
D
-
 
P
-
 
G
-
 
L
-
 
D
-
 
W
-
 
G
-
 
H
-
 
A
-
 
P
-
 
K
T
 
V
Y
 
N
V
 
I
S
 
A
V
 
V
K
|
K
V
 
P
S
 
T
S
 
A
V
 
L
V
 
F
A
 
C
Q
 
L
L
 
A
S
 
N
M
 
P
W
 
Q
S
 
D
Y
 
F
D
 
E
Q
 
G
T
 
S
V
 
V
E
 
V
R
 
A
V
 
I
V
 
L
E
 
D
K
 
R
L
 
M
V
 
R
P
 
R
L
 
I
Y
 
F
E
 
K
K
 
K
A
 
V
A
 
M
A
 
E
T
 
L
N
 
N
P
 
-
P
 
-
T
 
G
F
 
F
I
 
L
N
 
C
L
 
I
D
|
D
M
|
M
E
 
E
E
 
S
Y
 
Y
R
 
R
D
 
H
L
 
K
E
 
E
M
 
I
T
 
I
L
 
L
D
 
E
V
 
V
F
 
F
Q
 
R
R
 
R
V
 
-
L
 
L
G
 
K
R
 
L
E
 
E
S
 
Y
L
 
R
H
 
D
H
 
Y
Y
 
P
Y
 
H
G
 
L
G
 
G
I
 
I
V
|
V
M
 
L
Q
|
Q
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
P
 
K
E
 
D
A
 
N
L
 
D
D
 
K
A
 
D
M
 
L
K
 
D
R
 
D
L
 
L
S
 
L
A
 
A
F
 
W
A
 
A
T
 
K
E
 
E
R
 
H
V
 
-
A
 
-
K
 
-
G
 
-
G
 
K
A
 
V
Q
 
Q
L
 
I
K
 
S
V
 
V
R
|
R
V
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
A
|
A
N
x
Y
L
x
W
Q
 
D
M
 
Y
E
 
E
Q
 
T
V
 
V
D
 
K
A
 
A
A
 
K
L
 
Q
H
 
N
D
 
D
W
 
W
P
 
E
V
 
V
A
 
P
V
 
V
L
x
W
P
x
T
S
x
I
K
|
K
Q
 
A
E
 
E
S
|
S
D
 
D
T
 
A
N
 
A
Y
 
Y
K
 
E
R
 
R
V
 
Q
L
 
A
E
 
R
W
 
K
S
 
I
L
 
L
S
 
-
P
 
-
E
 
E
R
 
N
A
 
H
K
 
Q
A
 
I
I
 
C
R
 
H
I
 
F
G
 
A
V
 
C
A
|
A
G
x
S
H
|
H
N
|
N
L
 
I
F
 
R
D
 
T
L
 
I
A
 
S
F
 
A
S
 
V
H
 
M
L
 
E
L
 
M
A
 
A
T
 
R
S
 
E
R
 
L
G
 
N
V
 
V
R
 
P
E
 
E
-
 
D
H
 
R
V
 
Y
D
 
E
F
 
F
E
x
Q
M
x
V
L
|
L
V
 
Y
G
 
G
M
 
M
A
 
A
P
 
E
D
 
P
Q
 
V
A
 
R
D
 
K
A
 
G
V
 
I
R
 
L
E
 
K
T
 
V
V
 
A
G
 
G
P
 
R
L
 
I
I
 
R
L
 
L
Y
|
Y
T
 
A
P
 
P
V
 
Y
V
 
G
H
 
N
S
 
-
H
 
-
E
 
-
F
 
M
D
 
V
A
 
P
A
 
G
V
 
M
G
 
G
Y
|
Y
L
 
L
V
 
V
R
|
R
R
|
R
L
 
L
D
 
L
E
|
E
N
 
N
A
 
T
S
 
A
P
 
N
E
|
E
N
 
S
F
|
F
M
 
L
S
 
R
A
 
Q
V
 
S
F
 
F
D
 
-
L
 
-
H
 
-
D
 
-
H
 
-
S
 
-
D
 
-
V
 
-
F
 
-
A
 
-
R
 
-
E
 
-
E
 
-
A
 
-
R
 
-
F
 
-
R
 
-
A
 
A
S
 
Q
L
 
I
D
 
E
A
 
R
M
 
L
T
 
L
Q
 
E
K
 
D
A
 
-
P
 
P
T
 
A
P
 
V
S
 
T
R
 
V
T
 
E
Q
 
R
D
 
E
R
 
R
T
 
A
L
 
A
E
 
R
T
 
A
R
 
A
P
 
R
R
 
K
T
 
G
L
 
L
P
 
G
A
 
G
V
 
L
D
 
P
E
 
P
F
 
F
H
 
N
N
 
N
E
 
E
P
 
A
D
 
M
T
 
V
D
 
D
L
 
F
A
 
T
L
 
R
P
 
A
A
 
D
N
 
H
Q
 
R
E
 
A
W
 
-
A
 
-
R
 
-
G
 
A
I
 
F
Y
 
P
R
 
K
H
 
H
A
 
I
A
 
A
S
 
Q
L
 
V
E
 
R
G
 
T
Q
 
Q
A
 
L
A
 
G
-
 
K
-
 
T
-
 
Y
-
 
P
-
 
L
-
 
F
-
 
I
-
 
N
G
 
G
L
 
K
D
 
E
T
 
V
L
 
R
Q
 
T
G
 
N
G
 
D
L
 
L
I
 
I
-
 
P
-
 
T
-
 
V
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
 
K
-
 
P
S
 
S
D
 
E
D
 
V
L
 
L
G
 
G
P
 
Q
I
 
I
D
 
C
-
 
Q
-
 
A
G
 
G
R
 
T
I
 
T
E
 
E
I
 
V
D
 
G
S
 
D
I
 
A
V
 
I
E
 
A
K
 
A
M
 
A
R
 
K
R
 
A
G
 
A
G
 
F
K
 
P
K
 
A
W
 
W
A
 
R
A
 
D
R
 
T
G
 
D
A
 
P
E
 
R
G
 
T
R
 
R
G
 
A
K
 
E
I
 
Y
L
 
L
L
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
Q
E
 
A
L
 
A
G
 
R
V
 
K
R
 
R
R
 
L
G
 
F
E
 
E
I
 
L
M
 
S
S
 
A
V
 
W
M
 
Q
M
 
V
Q
 
L
E
 
E
A
 
I
G
 
G
K
 
K
T
 
Q
L
 
W
A
 
D
E
 
Q
S
 
A
D
 
Y
P
 
A
E
 
D
I
 
V
S
 
T
E
 
E
A
 
A
I
 
I
D
 
D
F
 
F
A
 
L
R
 
E
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
S
 
R
Q
 
E
A
 
M
V
 
I
E
 
R
M
 
L
E
 
G
Q
 
Q
-
 
P
-
 
Q
-
 
R
-
 
V
-
 
G
-
 
H
-
 
A
-
 
P
-
 
G
-
 
E
L
 
L
N
 
N
G
 
H
A
 
Y
K
 
F
F
 
Y
T
 
E
P
 
P
V
 
K
G
 
G
L
 
V
T
 
A
M
 
A
V
 
V
A
 
I
P
 
A
P
 
P
W
 
W
N
|
N
F
 
F
P
 
P
V
 
L
A
 
A
I
 
I
P
 
S
T
 
M
G
 
G
S
 
M
V
 
A
T
 
S
S
 
A
A
 
A
L
 
I
A
 
V
A
 
T
G
 
G
S
 
N
A
 
C
V
 
V
I
 
V
I
 
F
K
|
K
P
 
P
A
 
S
P
 
G
Q
 
I
V
 
T
R
 
S
R
 
I
C
 
I
A
 
G
A
 
W
V
 
H
M
 
L
V
 
V
E
 
E
A
 
L
L
 
F
W
 
R
A
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
L
P
 
P
K
 
E
D
 
G
V
 
V
L
 
F
H
 
N
L
 
F
A
 
T
D
 
P
V
 
G
S
 
R
E
 
G
G
 
S
E
 
V
L
 
M
G
 
G
R
 
D
A
 
Y
L
 
L
I
 
V
S
 
D
H
 
H
Q
 
P
G
 
D
V
 
I
D
 
S
R
 
L
V
 
I
I
 
A
L
 
F
T
 
T
G
 
G
A
 
S
F
 
M
E
 
E
T
 
T
-
 
G
-
 
L
-
 
R
-
 
I
-
 
I
-
 
E
-
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
K
F
 
V
R
 
H
S
 
P
W
 
G
R
 
Q
A
 
A
D
 
N
L
 
V
P
 
K
-
 
K
V
 
I
L
 
I
A
 
S
E
|
E
T
 
M
S
 
G
G
 
G
K
 
K
N
 
N
A
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
I
T
 
D
P
 
D
S
 
D
A
 
A
D
 
D
I
 
L
D
 
D
L
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
P
D
 
H
L
 
V
V
 
L
K
 
Y
S
 
S
A
 
A
F
 
F
G
 
G
H
 
F
A
 
Q
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
C
|
C
S
 
S
A
 
A
A
 
C
S
 
S
L
 
R
V
 
V
I
 
I
L
 
V
V
 
L
G
 
D
S
 
A
V
 
V
A
 
-
K
 
-
S
 
Y
E
 
D
R
 
K
F
 
F
W
 
I
R
 
E
Q
 
R
L
 
L
E
 
V
D
 
S
A
 
M
V
 
A
N
 
K
T
 
A
L
 
T
D
 
K
V
 
V
G
 
G
W
 
-
P
 
P
D
 
S
A
 
E
R
 
D
P
 
P
E
 
A
T
 
N
T
 
Y
M
 
M
N
 
G
P
 
A
I
 
V
I
 
A
E
 
D
P
 
D
P
 
K
G
 
A
A
 
M
K
 
K
L
 
S
R
 
I
Q
 
K
G
 
E
L
 
Y
T
 
A
E
 
E
L
 
I
G
 
G
A
 
K
G
 
R
E
 
E
E
 
G
W
 
H
L
 
V
A
 
L
E
 
Y
P
 
E
R
 
S
Q
 
P
L
 
V
D
 
P
D
 
A
T
 
G
E
 
E
R
 
G
L
 
Y
W
 
F
S
 
V
P
 
P
G
 
M
V
 
T
R
 
I
L
 
I
G
 
G
-
 
G
V
 
I
R
 
K
P
 
P
G
 
E
S
 
H
T
 
R
F
 
I
H
 
A
Q
 
Q
T
 
E
E
|
E
Y
 
I
F
 
F
G
 
G
P
 
P
L
 
V
L
 
L
G
 
A
V
 
V
M
 
M
T
 
R
A
 
A
R
 
K
T
 
D
L
 
F
Q
 
D
D
 
Q
A
 
A
V
 
I
E
 
E
Y
 
W
Q
 
A
N
 
N
S
 
S
V
 
T
E
 
Q
Y
 
F
G
 
A
L
 
L
T
 
T
A
 
G
G
 
G
I
 
I
H
 
F
S
 
S
L
 
R
D
 
S
P
 
P
D
 
E
E
 
H
V
 
L
S
 
A
Y
 
K
W
 
A
L
 
R
D
 
R
H
 
E
V
 
F
H
 
R
A
 
V
G
 
G
N
 
N
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
N
 
N
R
 
R
G
 
N
I
 
N
T
 
T
G
 
G
A
 
A
I
 
L
V
 
V
R
 
E
R
 
R
Q
 
Q
P
 
P
F
 
F
G
 
G
G
 
G
W
 
A
K
 
R
K
 
M
S
 
S
S
 
G
V
 
V
G
 
G
P
 
-
T
 
-
A
 
T
K
 
K
A
|
A
G
 
G
G
 
G
P
 
P
N
 
D
Y
 
Y
L
 
L
F
 
L

4nmeA Crystal structure of proline utilization a (puta) from geobacter sulfurreducens pca inactivated by n-propargylglycine (see paper)
29% identity, 72% coverage: 115:959/1180 of query aligns to 79:945/972 of 4nmeA

query
sites
4nmeA
L
 
M
P
 
P
A
 
A
I
 
F
V
 
V
V
 
L
-
 
N
P
 
K
I
 
V
A
 
L
R
 
T
K
 
S
A
 
N
L
 
I
K
 
E
T
 
E
L
 
M
I
 
A
G
 
R
H
 
Q
L
 
F
I
 
I
I
 
V
D
 
G
A
 
E
S
 
T
D
 
T
A
 
K
S
 
E
L
 
A
E
 
V
R
 
K
T
 
N
L
 
L
K
 
E
R
 
K
L
 
L
T
 
R
K
 
K
R
 
D
G
 
G
D
 
F
Q
 
A
L
 
A
N
 
V
I
 
V
N
 
D
L
 
V
L
 
L
G
 
G
E
 
E
A
 
A
V
 
T
L
 
L
G
 
S
A
 
E
G
 
E
E
 
E
A
 
A
-
 
E
-
 
V
-
 
Y
-
 
T
T
 
N
K
 
T
R
 
Y
L
 
L
E
 
E
G
 
L
I
 
L
E
 
E
R
 
A
L
 
L
I
 
K
E
 
K
R
 
E
R
 
Q
D
 
G
V
 
S
-
 
W
-
 
K
-
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
G
-
 
K
-
 
G
-
 
G
-
 
D
-
 
P
-
 
G
-
 
L
-
 
D
-
 
W
-
 
G
-
 
H
-
 
A
-
 
P
-
 
K
T
 
V
Y
 
N
V
 
I
S
 
A
V
 
V
K
|
K
V
 
P
S
 
T
S
 
A
V
 
L
V
 
F
A
 
C
Q
 
L
L
 
A
S
 
N
M
 
P
W
 
Q
S
 
D
Y
 
F
D
 
E
Q
 
G
T
 
S
V
 
V
E
 
V
R
 
A
V
 
I
V
 
L
E
 
D
K
 
R
L
 
M
V
 
R
P
 
R
L
 
I
Y
 
F
E
 
K
K
 
K
A
 
V
A
 
M
A
 
E
T
 
L
N
 
N
P
 
-
P
 
-
T
 
G
F
 
F
I
 
L
N
 
C
L
 
I
D
|
D
M
|
M
E
 
E
E
 
S
Y
 
Y
R
 
R
D
 
H
L
 
K
E
 
E
M
 
I
T
 
I
L
 
L
D
 
E
V
 
V
F
 
F
Q
 
R
R
 
R
V
 
-
L
 
L
G
 
K
R
 
L
E
 
E
S
 
Y
L
 
R
H
 
D
H
 
Y
Y
 
P
Y
 
H
G
 
L
G
 
G
I
 
I
V
|
V
M
 
L
Q
|
Q
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
P
 
K
E
 
D
A
 
N
L
 
D
D
 
K
A
 
D
M
 
L
K
 
D
R
 
D
L
 
L
S
 
L
A
 
A
F
 
W
A
 
A
T
 
K
E
 
E
R
 
H
V
 
-
A
 
-
K
 
-
G
 
-
G
 
K
A
 
V
Q
 
Q
L
 
I
K
 
S
V
 
V
R
|
R
V
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
A
|
A
N
 
Y
L
x
W
Q
 
D
M
 
Y
E
 
E
Q
 
T
V
 
V
D
 
K
A
 
A
A
 
K
L
 
Q
H
 
N
D
 
D
W
 
W
P
 
E
V
 
V
A
 
P
V
 
V
L
x
W
P
x
T
S
x
I
K
|
K
Q
 
A
E
 
E
S
|
S
D
 
D
T
 
A
N
 
A
Y
 
Y
K
 
E
R
 
R
V
 
Q
L
 
A
E
 
R
W
 
K
S
 
I
L
 
L
S
 
-
P
 
-
E
 
E
R
 
N
A
 
H
K
 
Q
A
 
I
I
 
C
R
 
H
I
 
F
G
 
A
V
 
C
A
|
A
G
x
S
H
|
H
N
|
N
L
 
I
F
 
R
D
 
T
L
 
I
A
 
S
F
 
A
S
 
V
H
 
M
L
 
E
L
 
M
A
 
A
T
 
R
S
 
E
R
 
L
G
 
N
V
 
V
R
 
P
E
 
E
-
 
D
H
 
R
V
 
Y
D
 
E
F
 
F
E
x
Q
M
 
V
L
|
L
V
 
Y
G
 
G
M
 
M
A
 
V
P
 
-
D
 
-
Q
 
-
A
 
R
D
 
K
A
 
G
V
 
I
R
 
L
E
 
K
T
 
V
V
 
A
G
 
G
P
 
R
L
 
I
I
 
R
L
 
L
Y
|
Y
T
 
A
P
 
P
V
 
Y
V
 
G
H
 
N
S
 
-
H
 
-
E
 
-
F
 
M
D
 
V
A
 
P
A
 
G
V
 
M
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
R
L
 
L
D
 
L
E
|
E
N
 
N
A
 
T
S
 
A
P
 
N
E
 
E
N
 
S
F
|
F
M
 
L
S
 
R
A
 
Q
V
 
S
F
 
F
D
 
A
L
 
-
H
 
-
D
 
-
H
 
-
S
 
-
D
 
-
V
 
-
F
 
-
A
 
-
R
 
-
E
 
E
E
 
D
A
 
A
R
 
Q
F
 
I
R
 
E
A
 
R
S
 
L
L
 
L
D
 
E
A
 
-
M
 
-
T
 
-
Q
 
-
K
 
-
A
 
-
P
 
-
T
 
D
P
 
P
S
 
A
R
 
V
T
 
T
Q
 
V
D
 
E
R
 
R
T
 
E
L
 
R
E
 
A
T
 
A
R
 
R
P
 
-
R
 
K
T
 
G
L
 
L
P
 
G
A
 
G
V
 
L
D
 
P
E
 
P
F
 
F
H
 
N
N
 
N
E
 
E
P
 
A
D
 
M
T
 
V
D
 
D
L
 
F
A
 
T
L
 
R
P
 
A
A
 
D
N
 
H
Q
 
R
E
 
A
W
 
-
A
 
-
R
 
-
G
 
A
I
 
F
Y
 
P
R
 
K
H
 
H
A
 
I
A
 
A
S
 
Q
L
 
V
E
 
R
G
 
T
Q
 
Q
A
 
L
A
 
G
-
 
K
-
 
T
-
 
Y
-
 
P
-
 
L
-
 
F
-
 
I
-
 
N
G
 
G
L
 
K
D
 
E
T
 
V
L
 
R
Q
 
T
G
 
N
G
 
D
L
 
L
I
 
I
-
 
P
-
 
T
-
 
V
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
 
K
-
 
P
S
 
S
D
 
E
D
 
V
L
 
L
G
 
G
P
 
Q
I
 
I
D
 
C
-
 
Q
-
 
A
G
 
G
R
 
T
I
 
T
E
 
E
I
 
V
D
 
G
S
 
D
I
 
A
V
 
I
E
 
A
K
 
A
M
 
A
R
 
K
R
 
A
G
 
A
G
 
F
K
 
P
K
 
A
W
 
W
A
 
R
A
 
D
R
 
T
G
 
D
A
 
P
E
 
R
G
 
T
R
 
R
G
 
A
K
 
E
I
 
Y
L
 
L
L
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
Q
E
 
A
L
 
A
G
 
R
V
 
K
R
 
R
R
 
L
G
 
F
E
 
E
I
 
L
M
 
S
S
 
A
V
 
W
M
 
Q
M
 
V
Q
 
L
E
 
E
A
 
I
G
 
G
K
 
K
T
 
Q
L
 
W
A
 
D
E
 
Q
S
 
A
D
 
Y
P
 
A
E
 
D
I
 
V
S
 
T
E
 
E
A
 
A
I
 
I
D
 
D
F
 
F
A
 
L
R
 
E
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
S
 
R
Q
 
E
A
 
M
V
 
I
E
 
R
M
 
L
E
 
G
Q
 
Q
-
 
P
-
 
Q
-
 
R
-
 
V
-
 
G
-
 
H
-
 
A
-
 
P
-
 
G
-
 
E
L
 
L
N
 
N
G
 
H
A
 
Y
K
 
F
F
 
Y
T
 
E
P
 
P
V
 
K
G
 
G
L
 
V
T
 
A
M
 
A
V
 
V
A
 
I
P
 
A
P
 
P
W
 
W
N
|
N
F
 
F
P
 
P
V
 
L
A
 
A
I
 
I
P
 
S
T
 
M
G
 
G
S
 
M
V
 
A
T
 
S
S
 
A
A
 
A
L
 
I
A
 
V
A
 
T
G
 
G
S
 
N
A
 
C
V
 
V
I
 
V
I
 
F
K
|
K
P
 
P
A
 
S
P
 
G
Q
 
I
V
 
T
R
 
S
R
 
I
C
 
I
A
 
G
A
 
W
V
 
H
M
 
L
V
 
V
E
 
E
A
 
L
L
 
F
W
 
R
A
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
L
P
 
P
K
 
E
D
 
G
V
 
V
L
 
F
H
 
N
L
 
F
A
 
T
D
 
P
V
 
G
S
 
R
E
 
G
G
 
S
E
 
V
L
 
M
G
 
G
R
 
D
A
 
Y
L
 
L
I
 
V
S
 
D
H
 
H
Q
 
P
G
 
D
V
 
I
D
 
S
R
 
L
V
 
I
I
 
A
L
 
F
T
 
T
G
 
G
A
 
S
F
 
M
E
 
E
T
 
T
-
 
G
-
 
L
-
 
R
-
 
I
-
 
I
-
 
E
-
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
K
F
 
V
R
 
H
S
 
P
W
 
G
R
 
Q
A
 
A
D
 
N
L
 
V
P
 
K
-
 
K
V
 
I
L
 
I
A
 
S
E
|
E
T
 
M
S
 
G
G
 
G
K
 
K
N
 
N
A
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
I
T
 
D
P
 
D
S
 
D
A
 
A
D
 
D
I
 
L
D
 
D
L
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
P
D
 
H
L
 
V
V
 
L
K
 
Y
S
 
S
A
 
A
F
 
F
G
 
G
H
 
F
A
 
Q
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
C
|
C
S
 
S
A
 
A
A
 
C
S
 
S
L
 
R
V
 
V
I
 
I
L
 
V
V
 
L
G
 
D
S
 
A
V
 
V
A
 
-
K
 
-
S
 
Y
E
 
D
R
 
K
F
 
F
W
 
I
R
 
E
Q
 
R
L
 
L
E
 
V
D
 
S
A
 
M
V
 
A
N
 
K
T
 
A
L
 
T
D
 
K
V
 
V
G
 
G
W
 
-
P
 
P
D
 
S
A
 
E
R
 
D
P
 
P
E
 
A
T
 
N
T
 
Y
M
 
M
N
 
G
P
 
A
I
 
V
I
 
A
E
 
D
P
 
D
P
 
K
G
 
A
A
 
M
K
 
K
L
 
S
R
 
I
Q
 
K
G
 
E
L
 
Y
T
 
A
E
 
E
L
 
I
G
 
G
A
 
K
G
 
R
E
 
E
E
 
G
W
 
H
L
 
V
A
 
L
E
 
Y
P
 
E
R
 
S
Q
 
P
L
 
V
D
 
P
D
 
A
T
 
G
E
 
E
R
 
G
L
 
Y
W
 
F
S
 
V
P
 
P
G
 
M
V
 
T
R
 
I
L
 
I
G
 
G
-
 
G
V
 
I
R
 
K
P
 
P
G
 
E
S
 
H
T
 
R
F
 
I
H
 
A
Q
 
Q
T
 
E
E
|
E
Y
 
I
F
 
F
G
 
G
P
 
P
L
 
V
L
 
L
G
 
A
V
 
V
M
 
M
T
 
R
A
 
A
R
 
K
T
 
D
L
 
F
Q
 
D
D
 
Q
A
 
A
V
 
I
E
 
E
Y
 
W
Q
 
A
N
 
N
S
 
S
V
 
T
E
 
Q
Y
 
F
G
 
A
L
 
L
T
 
T
A
 
G
G
 
G
I
 
I
H
 
F
S
 
S
L
 
R
D
 
S
P
 
P
D
 
E
E
 
H
V
 
L
S
 
A
Y
 
K
W
 
A
L
 
R
D
 
R
H
 
E
V
 
F
H
 
R
A
 
V
G
 
G
N
 
N
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
N
 
N
R
 
R
G
 
N
I
 
N
T
 
T
G
 
G
A
 
A
I
 
L
V
 
V
R
 
E
R
 
R
Q
 
Q
P
 
P
F
 
F
G
 
G
G
 
G
W
 
A
K
 
R
K
 
M
S
 
S
S
 
G
V
 
V
G
 
G
P
 
-
T
 
-
A
 
T
K
 
K
A
|
A
G
 
G
G
 
G
P
 
P
N
 
D
Y
 
Y
L
 
L
F
 
L

7na0A Structure of geobacter sulfurreducens proline utilization a (puta) variant a206w (see paper)
28% identity, 72% coverage: 115:959/1180 of query aligns to 81:953/981 of 7na0A

query
sites
7na0A
L
 
M
P
 
P
A
 
A
I
 
F
V
 
M
V
 
L
-
 
N
P
 
K
I
 
V
A
 
L
R
 
T
K
 
S
A
 
N
L
 
I
K
 
E
T
 
E
L
 
M
I
 
A
G
 
R
H
 
Q
L
 
F
I
 
I
I
 
V
D
 
G
A
 
E
S
 
T
D
 
T
A
 
K
S
 
E
L
 
A
E
 
V
R
 
K
T
 
N
L
 
L
K
 
E
R
 
K
L
 
L
T
 
R
K
 
K
R
 
D
G
 
G
D
 
F
Q
 
A
L
 
A
N
 
V
I
 
V
N
 
D
L
 
V
L
 
L
G
 
G
E
 
E
A
 
A
V
 
T
L
 
L
G
 
S
A
 
E
G
 
E
E
 
E
A
 
A
-
 
E
-
 
V
-
 
Y
-
 
T
T
 
N
K
 
T
R
 
Y
L
 
L
E
 
E
G
 
L
I
 
L
E
 
E
R
 
A
L
 
L
I
 
K
E
 
K
R
 
E
R
 
Q
D
 
G
V
 
S
-
 
W
-
 
K
-
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
G
-
 
K
-
 
G
-
 
G
-
 
D
-
 
P
-
 
G
-
 
L
-
 
D
-
 
W
-
 
G
-
 
H
-
 
A
-
 
P
-
 
K
T
 
V
Y
 
N
V
 
I
S
 
A
V
 
V
K
 
K
V
 
P
S
 
T
S
 
W
V
 
L
V
 
F
A
 
C
Q
 
L
L
 
A
S
 
N
M
 
P
W
 
Q
S
 
D
Y
 
F
D
 
E
Q
 
G
T
 
S
V
 
V
E
 
V
R
 
A
V
 
I
V
 
L
E
 
D
K
 
R
L
 
M
V
 
R
P
 
R
L
 
I
Y
 
F
E
 
K
K
 
K
A
 
V
A
 
M
A
 
E
T
 
L
N
 
N
P
 
-
P
 
-
T
 
G
F
 
F
I
 
L
N
 
C
L
 
I
D
|
D
M
|
M
E
 
E
E
 
S
Y
 
Y
R
 
R
D
 
H
L
 
K
E
 
E
M
 
I
T
 
I
L
 
L
D
 
E
V
 
V
F
 
F
Q
 
R
R
 
R
V
 
-
L
 
L
G
 
K
R
 
L
E
 
E
S
 
Y
L
 
R
H
 
D
H
 
Y
Y
 
P
Y
 
H
G
 
L
G
 
G
I
 
I
V
|
V
M
 
L
Q
|
Q
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
P
 
K
E
 
D
A
 
N
L
 
D
D
 
K
A
 
D
M
 
L
K
 
D
R
 
D
L
 
L
S
 
L
A
 
A
F
 
W
A
 
A
T
 
K
E
 
E
R
 
H
V
 
-
A
 
-
K
 
-
G
 
-
G
 
K
A
 
V
Q
 
Q
L
 
I
K
 
S
V
 
V
R
|
R
V
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
A
|
A
N
x
Y
L
x
W
Q
 
D
M
 
Y
E
 
E
Q
 
T
V
 
V
D
 
K
A
 
A
A
 
K
L
 
Q
H
 
N
D
 
D
W
 
W
P
 
E
V
 
V
A
 
P
V
 
V
L
x
W
P
x
T
S
x
I
K
|
K
Q
 
A
E
 
E
S
|
S
D
 
D
T
 
A
N
 
A
Y
 
Y
K
 
E
R
 
R
V
 
Q
L
 
A
E
 
R
W
 
K
S
 
I
L
 
L
S
 
-
P
 
-
E
 
E
R
 
N
A
 
H
K
 
Q
A
 
I
I
 
C
R
 
H
I
 
F
G
 
A
V
 
C
A
|
A
G
x
S
H
|
H
N
|
N
L
 
I
F
 
R
D
 
T
L
 
I
A
 
S
F
 
A
S
 
V
H
 
M
L
 
E
L
 
M
A
 
A
T
 
R
S
 
E
R
 
L
G
 
N
V
 
V
R
 
P
E
 
E
-
 
D
H
 
R
V
 
Y
D
 
E
F
 
F
E
 
Q
M
 
V
L
|
L
V
 
Y
G
 
G
M
 
M
A
 
A
P
 
E
D
 
P
Q
 
V
A
 
R
D
 
K
A
 
G
V
 
I
R
 
L
E
 
K
T
 
V
V
 
A
G
 
G
P
 
R
L
 
I
I
 
R
L
 
L
Y
|
Y
T
 
A
P
 
P
V
 
Y
V
 
G
H
 
N
S
 
-
H
 
-
E
 
-
F
 
M
D
 
V
A
 
P
A
 
G
V
 
M
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
R
L
 
L
D
 
L
E
|
E
N
 
N
A
 
T
S
 
A
P
 
N
E
 
E
N
x
S
F
|
F
M
 
L
S
 
R
A
 
Q
V
 
S
F
 
F
D
 
-
L
 
-
H
 
-
D
 
-
H
 
-
S
 
-
D
 
-
V
 
-
F
 
-
A
 
-
R
 
A
E
 
E
E
 
D
A
 
A
R
 
Q
F
 
I
R
 
E
A
 
R
S
 
L
L
 
L
D
 
E
A
 
D
M
 
-
T
 
-
Q
 
-
K
 
-
A
 
-
P
 
P
T
 
A
P
 
V
S
 
T
R
 
V
T
 
E
Q
 
R
D
 
E
R
 
R
T
 
A
L
 
A
E
 
R
T
 
A
R
 
A
P
 
R
R
 
K
T
 
G
L
 
L
P
 
G
A
 
G
V
 
L
D
 
P
E
 
P
F
 
F
H
 
N
N
 
N
E
 
E
P
 
A
D
 
M
T
 
V
D
 
D
L
 
F
A
 
T
L
 
R
P
 
A
A
 
D
N
 
H
Q
 
R
E
 
A
W
 
-
A
 
-
R
 
-
G
 
A
I
 
F
Y
 
P
R
 
K
H
 
H
A
 
I
A
 
A
S
 
Q
L
 
V
E
 
R
G
 
T
Q
 
Q
A
 
L
A
 
G
-
 
K
-
 
T
-
 
Y
-
 
P
-
 
L
-
 
F
-
 
I
-
 
N
G
 
G
L
 
K
D
 
E
T
 
V
L
 
R
Q
 
T
G
 
N
G
 
D
L
 
L
I
 
I
-
 
P
-
 
T
-
 
V
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
 
K
-
 
P
S
 
S
D
 
E
D
 
V
L
 
L
G
 
G
P
 
Q
I
 
I
D
 
C
-
 
Q
-
 
A
G
 
G
R
 
T
I
 
T
E
 
E
I
 
V
D
 
G
S
 
D
I
 
A
V
 
I
E
 
A
K
 
A
M
 
A
R
 
K
R
 
A
G
 
A
G
 
F
K
 
P
K
 
A
W
 
W
A
 
R
A
 
D
R
 
T
G
 
D
A
 
P
E
 
R
G
 
T
R
 
R
G
 
A
K
 
E
I
 
Y
L
 
L
L
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
Q
E
 
A
L
 
A
G
 
R
V
 
K
R
 
R
R
 
L
G
 
F
E
 
E
I
 
L
M
 
S
S
 
A
V
 
W
M
 
Q
M
 
V
Q
 
L
E
 
E
A
 
I
G
 
G
K
 
K
T
 
Q
L
 
W
A
 
D
E
 
Q
S
 
A
D
 
Y
P
 
A
E
 
D
I
 
V
S
 
T
E
 
E
A
 
A
I
 
I
D
 
D
F
 
F
A
 
L
R
 
E
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
S
 
R
Q
 
E
A
 
M
V
 
I
E
 
R
M
 
L
E
 
G
Q
 
Q
-
 
P
-
 
Q
-
 
R
-
 
V
-
 
G
-
 
H
-
 
A
-
 
P
-
 
G
-
 
E
L
 
L
N
 
N
G
 
H
A
 
Y
K
 
F
F
 
Y
T
 
E
P
 
P
V
 
K
G
 
G
L
 
V
T
 
A
M
 
A
V
 
V
A
 
I
P
 
A
P
 
P
W
 
W
N
 
N
F
 
F
P
 
P
V
 
L
A
 
A
I
 
I
P
 
S
T
 
M
G
 
G
S
 
M
V
 
A
T
 
S
S
 
A
A
 
A
L
 
I
A
 
V
A
 
T
G
 
G
S
 
N
A
 
C
V
 
V
I
 
V
I
 
F
K
 
K
P
 
P
A
 
S
P
 
G
Q
 
I
V
 
T
R
 
S
R
 
I
C
 
I
A
 
G
A
 
W
V
 
H
M
 
L
V
 
V
E
 
E
A
 
L
L
 
F
W
 
R
A
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
L
P
 
P
K
 
E
D
 
G
V
 
V
L
 
F
H
 
N
L
 
F
A
 
T
D
 
P
V
 
G
S
 
R
E
 
G
G
 
S
E
 
V
L
 
M
G
 
G
R
 
D
A
 
Y
L
 
L
I
 
V
S
 
D
H
 
H
Q
 
P
G
 
D
V
 
I
D
 
S
R
 
L
V
 
I
I
 
A
L
 
F
T
 
T
G
 
G
A
 
S
F
 
M
E
 
E
T
 
T
-
 
G
-
 
L
-
 
R
-
 
I
-
 
I
-
 
E
-
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
K
F
 
V
R
 
H
S
 
P
W
 
G
R
 
Q
A
 
A
D
 
N
L
 
V
P
 
K
-
 
K
V
 
I
L
 
I
A
 
S
E
 
E
T
 
M
S
 
G
G
 
G
K
 
K
N
 
N
A
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
I
T
 
D
P
 
D
S
 
D
A
 
A
D
 
D
I
 
L
D
 
D
L
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
P
D
 
H
L
 
V
V
 
L
K
 
Y
S
 
S
A
 
A
F
 
F
G
 
G
H
 
F
A
 
Q
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
C
 
C
S
 
S
A
 
A
A
 
C
S
 
S
L
 
R
V
 
V
I
 
I
L
 
V
V
 
L
G
 
D
S
 
A
V
 
V
A
 
-
K
 
-
S
 
Y
E
 
D
R
 
K
F
 
F
W
 
I
R
 
E
Q
 
R
L
 
L
E
 
V
D
 
S
A
 
M
V
 
A
N
 
K
T
 
A
L
 
T
D
 
K
V
 
V
G
 
G
W
 
-
P
 
P
D
 
S
A
 
E
R
 
D
P
 
P
E
 
A
T
 
N
T
 
Y
M
 
M
N
 
G
P
 
A
I
 
V
I
 
A
E
 
D
P
 
D
P
 
K
G
 
A
A
 
M
K
 
K
L
 
S
R
 
I
Q
 
K
G
 
E
L
 
Y
T
 
A
E
 
E
L
 
I
G
 
G
A
 
K
G
 
R
E
 
E
E
 
G
W
 
H
L
 
V
A
 
L
E
 
Y
P
 
E
R
 
S
Q
 
P
L
 
V
D
 
P
D
 
A
T
 
G
E
 
E
R
 
G
L
 
Y
W
 
F
S
 
V
P
 
P
G
 
M
V
 
T
R
 
I
L
 
I
G
 
G
-
 
G
V
 
I
R
 
K
P
 
P
G
 
E
S
 
H
T
 
R
F
 
I
H
 
A
Q
 
Q
T
 
E
E
 
E
Y
 
I
F
 
F
G
 
G
P
 
P
L
 
V
L
 
L
G
 
A
V
 
V
M
 
M
T
 
R
A
 
A
R
 
K
T
 
D
L
 
F
Q
 
D
D
 
Q
A
 
A
V
 
I
E
 
E
Y
 
W
Q
 
A
N
 
N
S
 
S
V
 
T
E
 
Q
Y
 
F
G
 
A
L
 
L
T
 
T
A
 
G
G
 
G
I
 
I
H
 
F
S
 
S
L
 
R
D
 
S
P
 
P
D
 
E
E
 
H
V
 
L
S
 
A
Y
 
K
W
 
A
L
 
R
D
 
R
H
 
E
V
 
F
H
 
R
A
 
V
G
 
G
N
 
N
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
N
 
N
R
 
R
G
 
N
I
 
N
T
 
T
G
 
G
A
 
A
I
 
L
V
 
V
R
 
E
R
 
R
Q
 
Q
P
 
P
F
 
F
G
 
G
G
 
G
W
 
A
K
 
R
K
 
M
S
 
S
S
 
G
V
 
V
G
 
G
P
 
-
T
 
-
A
 
T
K
 
K
A
 
A
G
 
G
G
 
G
P
 
P
N
 
D
Y
 
Y
L
 
L
F
 
L

4nmcA Crystal structure of oxidized proline utilization a (puta) from geobacter sulfurreducens pca complexed with zwittergent 3-12 (see paper)
28% identity, 74% coverage: 91:959/1180 of query aligns to 51:915/941 of 4nmcA

query
sites
4nmcA
Q
 
Q
K
 
D
P
 
M
P
 
P
A
 
A
F
 
F
L
 
M
T
 
S
G
 
T
I
 
G
L
 
A
R
 
K
W
 
V
L
 
A
L
 
G
M
 
M
V
 
L
G
 
G
S
 
S
W
 
F
F
 
G
A
 
G
P
 
A
L
 
V
L
 
L
P
 
N
A
 
K
I
 
V
V
 
L
V
 
T
P
 
-
I
 
-
A
 
-
R
 
-
K
 
S
A
 
N
L
 
I
K
 
E
T
 
E
L
 
M
I
 
A
G
 
R
H
 
Q
L
 
F
I
 
I
I
 
V
D
 
G
A
 
E
S
 
T
D
 
T
A
 
K
S
 
E
L
 
A
E
 
V
R
 
K
T
 
N
L
 
L
K
 
E
R
 
K
L
 
L
T
 
R
K
 
K
R
 
D
G
 
G
D
 
F
Q
 
A
L
 
A
N
 
V
I
 
V
N
 
D
L
 
V
L
 
L
G
 
G
E
 
E
A
 
A
V
 
T
L
 
L
G
 
S
A
 
E
G
 
E
E
 
E
A
 
A
-
 
E
-
 
V
-
 
Y
-
 
T
T
 
N
K
 
T
R
 
Y
L
 
L
E
 
E
G
 
L
I
 
L
E
 
E
R
 
A
L
 
L
I
 
K
E
 
K
R
 
E
R
 
Q
D
 
G
V
 
S
-
 
W
-
 
K
-
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
G
-
 
K
-
 
G
-
 
G
-
 
D
-
 
P
-
 
G
-
 
L
-
 
D
-
 
W
-
 
G
-
 
H
-
 
A
-
 
P
-
 
K
T
 
V
Y
 
N
V
 
I
S
 
A
V
 
V
K
 
K
V
 
P
S
 
T
S
 
A
V
 
L
V
 
F
A
 
C
Q
 
L
L
 
A
S
 
N
M
 
P
W
 
Q
S
 
D
Y
 
F
D
 
E
Q
 
G
T
 
S
V
 
V
E
 
V
R
 
A
V
 
I
V
 
L
E
 
D
K
 
R
L
 
M
V
 
R
P
 
R
L
 
I
Y
 
F
E
 
K
K
 
K
A
 
V
A
 
M
A
 
E
T
 
L
N
 
N
P
 
-
P
 
-
T
 
G
F
 
F
I
 
L
N
 
C
L
 
I
D
|
D
M
|
M
E
 
E
E
 
S
Y
 
Y
R
 
R
D
 
H
L
 
K
E
 
E
M
 
I
T
 
I
L
 
L
D
 
E
V
 
V
F
 
F
Q
 
R
R
 
R
V
 
-
L
 
L
G
 
K
R
 
L
E
 
E
S
 
Y
L
 
R
H
 
D
H
 
Y
Y
 
P
Y
 
H
G
 
L
G
 
G
I
 
I
V
|
V
M
 
L
Q
|
Q
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
P
 
K
E
 
D
A
 
N
L
 
D
D
 
K
A
 
D
M
 
L
K
 
D
R
 
D
L
 
L
S
 
L
A
 
A
F
 
W
A
 
A
T
 
K
E
 
E
R
 
H
V
 
-
A
 
-
K
 
-
G
 
-
G
 
K
A
 
V
Q
 
Q
L
 
I
K
 
S
V
 
V
R
|
R
V
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
A
|
A
N
 
Y
L
x
W
Q
 
D
M
 
Y
E
 
E
Q
 
T
V
 
V
D
 
K
A
 
A
A
 
K
L
 
Q
H
 
N
D
 
D
W
 
W
P
 
E
V
 
V
A
 
P
V
 
V
L
x
W
P
x
T
S
x
I
K
|
K
Q
 
A
E
 
E
S
|
S
D
 
D
T
 
A
N
 
A
Y
 
Y
K
 
E
R
 
R
V
 
Q
L
 
A
E
 
R
W
 
K
S
 
I
L
 
L
S
 
-
P
 
-
E
 
E
R
 
N
A
 
H
K
 
Q
A
 
I
I
 
C
R
 
H
I
 
F
G
 
A
V
 
C
A
|
A
G
x
S
H
|
H
N
|
N
L
 
I
F
 
R
D
 
T
L
 
I
A
 
S
F
 
A
S
 
V
H
 
M
L
 
E
L
 
M
A
 
A
T
 
R
S
 
E
R
 
L
G
 
N
V
 
V
R
 
P
E
 
E
-
 
D
H
 
R
V
 
Y
D
 
E
F
 
F
E
 
Q
M
 
V
L
|
L
V
 
Y
G
 
G
M
 
M
A
 
A
P
 
E
D
 
P
Q
 
V
A
 
R
D
 
K
A
 
G
V
 
I
R
 
L
E
 
K
T
 
V
V
 
A
G
 
G
P
 
R
L
 
I
I
 
R
L
 
L
Y
|
Y
T
 
A
P
 
P
V
 
Y
V
 
G
H
 
N
S
 
-
H
 
-
E
 
-
F
 
M
D
 
V
A
 
P
A
 
G
V
 
M
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
V
 
E
R
 
R
R
 
L
L
 
L
D
 
E
E
 
D
N
 
P
A
 
A
-
 
V
-
 
T
-
 
V
-
 
E
-
 
R
-
 
E
-
 
R
-
 
A
-
 
A
-
 
R
-
 
K
-
 
G
-
 
L
-
 
G
-
 
G
-
 
L
S
 
P
P
 
P
E
 
F
N
 
N
F
 
N
M
 
E
S
 
A
A
 
M
V
 
V
-
 
D
F
 
F
D
 
T
L
 
R
H
 
A
D
 
D
H
 
H
S
 
R
D
 
A
V
 
A
F
 
F
A
 
P
R
 
K
E
 
H
E
 
I
A
 
A
R
 
Q
F
 
V
R
 
R
A
 
T
S
 
Q
L
 
L
D
 
G
A
 
K
M
 
T
T
 
Y
Q
 
-
K
 
-
A
 
-
P
 
-
T
 
-
P
 
P
S
 
L
R
 
F
T
 
I
Q
 
N
D
 
G
R
 
K
T
 
E
L
 
V
E
 
R
T
 
T
R
 
N
P
 
D
R
 
-
T
 
L
L
 
I
P
 
P
A
 
T
V
 
V
D
 
N
E
 
P
F
 
-
H
 
-
N
 
N
E
 
K
P
 
P
D
 
-
T
 
-
D
 
-
L
 
-
A
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
-
N
 
-
Q
 
-
E
 
-
W
 
-
A
 
-
R
 
-
G
 
-
I
 
-
Y
 
-
R
 
-
H
 
-
A
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
E
 
-
G
 
-
Q
 
-
A
 
-
A
 
-
G
 
-
L
 
-
D
 
-
T
 
-
L
 
-
Q
 
-
G
 
-
G
 
-
L
 
-
I
 
-
S
 
S
D
 
E
D
 
V
L
 
L
G
 
G
P
 
Q
I
 
I
D
 
C
-
 
Q
-
 
A
G
 
G
R
 
T
I
 
T
E
 
E
I
 
V
D
 
G
S
 
D
I
 
A
V
 
I
E
 
A
K
 
A
M
 
A
R
 
K
R
 
A
G
 
A
G
 
F
K
 
P
K
 
A
W
 
W
A
 
R
A
 
D
R
 
T
G
 
D
A
 
P
E
 
R
G
 
T
R
 
R
G
 
A
K
 
E
I
 
Y
L
 
L
L
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
Q
E
 
A
L
 
A
G
 
R
V
 
K
R
 
R
R
 
L
G
 
F
E
 
E
I
 
L
M
 
S
S
 
A
V
 
W
M
 
Q
M
 
V
Q
 
L
E
 
E
A
 
I
G
 
G
K
 
K
T
 
Q
L
 
W
A
 
D
E
 
Q
S
 
A
D
 
Y
P
 
A
E
 
D
I
 
V
S
 
T
E
 
E
A
 
A
I
 
I
D
 
D
F
 
F
A
 
L
R
 
E
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
S
 
R
Q
 
E
A
 
M
V
 
I
E
 
R
M
 
L
E
 
G
Q
 
Q
-
 
P
-
 
Q
-
 
R
-
 
V
-
 
G
-
 
H
-
 
A
-
 
P
-
 
G
-
 
E
L
 
L
N
 
N
G
 
H
A
 
Y
K
 
F
F
 
Y
T
 
E
P
 
P
V
 
K
G
 
G
L
 
V
T
 
A
M
 
A
V
 
V
A
 
I
P
 
A
P
 
P
W
 
W
N
|
N
F
 
F
P
 
P
V
 
L
A
 
A
I
 
I
P
 
S
T
 
M
G
 
G
S
 
M
V
 
A
T
 
S
S
 
A
A
 
A
L
 
I
A
 
V
A
 
T
G
 
G
S
 
N
A
 
C
V
 
V
I
 
V
I
 
F
K
|
K
P
 
P
A
 
S
P
 
G
Q
 
I
V
 
T
R
 
S
R
 
I
C
 
I
A
 
G
A
 
W
V
 
H
M
 
L
V
 
V
E
 
E
A
 
L
L
 
F
W
 
R
A
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
L
P
 
P
K
 
E
D
 
G
V
 
V
L
 
F
H
 
N
L
 
F
A
 
T
D
 
P
V
 
G
S
 
R
E
 
G
G
 
S
E
 
V
L
 
M
G
 
G
R
 
D
A
 
Y
L
 
L
I
 
V
S
 
D
H
 
H
Q
 
P
G
 
D
V
 
I
D
 
S
R
 
L
V
 
I
I
 
A
L
 
F
T
 
T
G
 
G
A
 
S
F
 
M
E
 
E
T
 
T
-
 
G
-
 
L
-
 
R
-
 
I
-
 
I
-
 
E
-
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
K
F
 
V
R
 
H
S
 
P
W
 
G
R
 
Q
A
 
A
D
 
N
L
 
V
P
 
K
-
 
K
V
 
I
L
 
I
A
 
S
E
|
E
T
 
M
S
 
G
G
 
G
K
 
K
N
 
N
A
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
I
T
 
D
P
 
D
S
 
D
A
 
A
D
 
D
I
 
L
D
 
D
L
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
P
D
 
H
L
 
V
V
 
L
K
 
Y
S
 
S
A
 
A
F
 
F
G
 
G
H
 
F
A
 
Q
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
C
|
C
S
 
S
A
 
A
A
 
C
S
 
S
L
 
R
V
 
V
I
 
I
L
 
V
V
 
L
G
 
D
S
 
A
V
 
V
A
 
-
K
 
-
S
 
Y
E
 
D
R
 
K
F
 
F
W
 
I
R
 
E
Q
 
R
L
 
L
E
 
V
D
 
S
A
 
M
V
 
A
N
 
K
T
 
A
L
 
T
D
 
K
V
 
V
G
 
G
W
 
-
P
 
P
D
 
S
A
 
E
R
 
D
P
 
P
E
 
A
T
 
N
T
 
Y
M
 
M
N
 
G
P
 
A
I
 
V
I
 
A
E
 
D
P
 
D
P
 
K
G
 
A
A
 
M
K
 
K
L
 
S
R
 
I
Q
 
K
G
 
E
L
 
Y
T
 
A
E
 
E
L
 
I
G
 
G
A
 
K
G
 
R
E
 
E
E
 
G
W
 
H
L
 
V
A
 
L
E
 
Y
P
 
E
R
 
S
Q
 
P
L
 
V
D
 
P
D
 
A
T
 
G
E
 
E
R
 
G
L
 
Y
W
 
F
S
 
V
P
 
P
G
 
M
V
 
T
R
 
I
L
 
I
G
 
G
-
 
G
V
 
I
R
 
K
P
 
P
G
 
E
S
 
H
T
 
R
F
 
I
H
 
A
Q
 
Q
T
 
E
E
|
E
Y
 
I
F
 
F
G
 
G
P
 
P
L
 
V
L
 
L
G
 
A
V
 
V
M
 
M
T
 
R
A
 
A
R
 
K
T
 
D
L
 
F
Q
 
D
D
 
Q
A
 
A
V
 
I
E
 
E
Y
 
W
Q
 
A
N
 
N
S
 
S
V
 
T
E
 
Q
Y
 
F
G
 
A
L
 
L
T
 
T
A
 
G
G
 
G
I
 
I
H
 
F
S
 
S
L
 
R
D
 
S
P
 
P
D
 
E
E
 
H
V
 
L
S
 
A
Y
 
K
W
 
A
L
 
R
D
 
R
H
 
E
V
 
F
H
 
R
A
 
V
G
 
G
N
 
N
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
N
 
N
R
 
R
G
 
N
I
 
N
T
 
T
G
 
G
A
 
A
I
 
L
V
 
V
R
 
E
R
 
R
Q
 
Q
P
 
P
F
 
F
G
 
G
G
 
G
W
 
A
K
 
R
K
 
M
S
 
S
S
 
G
V
 
V
G
 
G
P
 
-
T
 
-
A
 
T
K
 
K
A
|
A
G
 
G
G
 
G
P
 
P
N
 
D
Y
 
Y
L
 
L
F
 
L

9e5wA Proline utilization a (puta) from sinorhizobium meliloti inactivated by n-propargylglycine (see paper)
30% identity, 66% coverage: 191:969/1180 of query aligns to 243:1018/1212 of 9e5wA

query
sites
9e5wA
V
 
I
S
 
S
V
 
I
K
|
K
V
 
L
S
 
S
S
 
A
V
 
L
V
 
H
A
 
P
Q
 
R
L
 
Y
S
 
S
M
 
R
W
 
-
S
 
-
Y
 
-
D
 
-
Q
 
A
T
 
Q
V
 
A
E
 
A
R
 
R
V
 
V
V
 
M
E
 
G
K
 
E
L
 
L
V
 
L
P
 
P
L
 
R
Y
 
V
E
 
K
K
 
A
A
 
L
A
 
A
-
 
L
-
 
L
A
 
A
T
 
K
N
 
N
P
 
Y
P
 
D
T
 
I
F
 
G
I
 
L
N
 
N
L
 
I
D
|
D
M
x
A
E
 
E
E
 
E
Y
 
A
R
 
D
D
 
R
L
 
L
E
 
E
M
 
L
T
 
S
L
 
L
D
 
D
V
 
L
F
 
L
Q
 
E
R
 
V
V
 
L
L
 
C
G
 
L
R
 
D
E
 
G
S
 
D
L
 
L
H
 
S
H
 
G
Y
 
W
Y
 
N
G
 
G
-
 
M
G
 
G
I
 
F
V
|
V
M
 
V
Q
|
Q
A
 
A
Y
 
Y
-
 
G
-
 
K
-
 
R
L
 
C
P
 
P
E
 
F
A
 
V
L
 
L
D
 
D
A
 
-
M
 
-
K
 
-
R
 
-
L
 
-
S
 
-
A
 
-
F
 
F
A
 
I
T
 
I
E
 
D
R
 
L
V
 
A
A
 
R
K
 
R
G
 
S
G
 
G
A
 
R
Q
 
R
L
 
I
K
 
M
V
 
V
R
|
R
V
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
A
|
A
-
 
Y
-
x
W
-
 
D
-
 
A
N
 
E
L
 
I
Q
 
K
M
 
R
E
 
A
Q
 
Q
V
 
L
D
 
D
A
 
G
A
 
-
L
 
L
H
 
A
D
 
D
W
 
F
P
 
P
V
 
V
A
 
-
V
 
-
L
x
F
P
x
T
S
x
R
K
|
K
Q
 
I
E
 
H
S
x
T
D
 
D
T
 
V
N
 
S
Y
 
Y
K
 
I
R
 
A
V
 
C
L
 
A
E
 
A
W
 
K
S
 
L
L
 
L
S
 
A
P
 
A
E
 
-
R
 
-
A
 
T
K
 
D
A
 
V
I
 
V
R
 
F
I
 
P
G
 
Q
V
 
F
A
|
A
G
x
T
H
|
H
N
|
N
L
 
A
F
 
Q
D
 
T
L
 
L
A
 
A
F
 
A
S
 
I
H
 
Y
L
 
H
L
 
M
A
 
A
T
 
G
S
 
K
R
 
D
G
 
F
V
 
H
R
 
V
E
 
G
H
 
K
V
 
Y
D
 
E
F
 
F
E
x
Q
M
x
C
L
|
L
V
 
H
G
 
G
M
 
M
A
 
G
P
 
E
D
 
P
Q
 
L
A
 
Y
D
 
E
A
 
-
V
 
-
R
 
-
E
 
E
T
 
V
V
 
V
G
 
G
-
 
R
-
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
D
-
 
R
P
 
P
L
 
C
I
 
R
L
 
I
Y
|
Y
T
 
A
P
 
P
V
 
V
V
 
-
H
 
G
S
 
T
H
 
H
E
 
E
F
 
-
D
 
-
A
 
T
A
 
L
V
 
L
G
 
A
Y
 
Y
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
R
L
 
L
D
 
L
E
 
E
N
 
N
A
 
G
S
 
A
P
 
N
E
 
S
N
x
S
F
 
F
M
 
V
S
 
H
A
 
R
V
 
I
F
 
N
D
 
D
L
 
P
H
 
K
D
 
V
H
 
S
S
 
I
D
 
D
V
 
E
F
 
L
A
 
I
R
 
A
E
 
D
E
 
P
A
 
V
R
 
E
F
 
-
R
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
-
M
 
V
T
 
V
Q
 
R
K
 
A
A
 
M
P
 
P
T
 
V
P
 
V
S
 
G
R
 
A
T
 
K
Q
 
H
D
 
D
R
 
R
T
 
I
L
 
-
E
 
-
T
 
-
R
 
-
P
 
-
R
 
-
T
 
A
L
 
L
P
 
P
A
 
A
V
 
E
-
 
L
-
 
F
-
 
G
D
 
D
E
 
A
F
 
R
H
 
T
N
 
N
E
 
S
P
 
A
D
 
G
T
 
L
D
 
D
L
 
L
A
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
S
N
 
N
Q
 
E
E
 
E
W
 
T
A
 
L
R
 
A
G
 
S
I
 
L
-
 
T
-
 
E
-
 
A
Y
 
L
R
 
R
H
 
E
A
 
S
A
 
A
S
 
A
L
 
M
E
 
K
G
 
W
Q
 
T
A
 
A
A
 
-
G
 
-
L
 
L
D
 
P
T
 
Q
L
 
L
Q
 
A
G
 
T
G
 
G
L
 
P
I
 
A
S
 
A
D
 
G
D
 
E
-
 
T
-
 
R
-
 
T
-
 
V
L
 
L
G
 
N
P
 
P
I
 
G
D
 
D
G
 
H
R
 
R
I
 
D
E
 
V
I
 
V
D
 
G
S
 
S
I
 
V
V
 
T
E
 
E
K
 
T
M
 
S
R
 
E
R
 
E
G
 
D
G
 
A
K
 
R
K
 
R
W
 
-
A
 
A
A
 
V
R
 
R
G
 
L
A
 
A
E
 
A
G
 
D
-
 
A
-
 
A
-
 
P
-
 
D
-
 
W
-
 
A
-
 
A
-
 
V
-
 
P
-
 
P
-
 
S
-
 
E
R
 
R
G
 
A
K
 
A
I
 
C
L
 
L
L
 
D
K
 
R
A
 
A
A
 
A
A
 
E
E
 
L
L
 
M
G
 
Q
V
 
A
R
 
R
R
 
M
G
 
P
E
 
T
I
 
L
M
 
L
S
 
G
V
 
L
M
 
I
M
 
I
Q
 
R
E
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
S
L
 
A
A
 
L
E
 
N
S
 
A
D
 
I
P
 
A
E
 
E
I
 
V
S
 
R
E
 
E
A
 
A
I
 
I
D
 
D
F
 
F
A
 
L
R
 
R
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
S
 
E
Q
 
Q
A
 
T
V
 
-
E
 
-
M
 
-
E
 
R
Q
 
R
L
 
T
N
 
L
G
 
G
A
 
P
K
 
G
F
 
H
T
 
G
P
 
P
V
 
L
G
 
G
L
 
P
T
 
I
M
 
V
V
 
C
A
x
I
P
x
S
P
|
P
W
|
W
N
|
N
F
 
F
P
 
P
V
 
L
A
 
A
I
|
I
P
 
F
T
 
T
G
 
G
S
 
Q
V
 
I
T
 
A
S
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
V
A
 
A
G
 
G
S
 
N
A
 
P
V
 
V
I
 
L
I
 
A
K
|
K
P
 
P
A
|
A
P
x
E
Q
 
E
V
 
T
R
 
P
R
 
L
C
 
I
A
 
A
A
 
A
V
 
E
M
 
G
V
 
V
E
 
R
A
 
I
L
 
L
W
 
R
A
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
I
P
 
P
K
 
A
D
 
S
V
 
A
L
 
L
H
 
Q
L
 
L
A
 
L
D
 
P
V
 
-
S
 
G
E
 
D
G
|
G
E
 
R
L
 
V
G
|
G
R
x
A
A
 
A
L
 
L
I
 
V
S
 
A
H
 
A
Q
 
A
G
 
E
V
 
T
D
 
A
R
 
G
V
 
V
I
 
M
L
 
F
T
|
T
G
|
G
A
x
S
F
 
T
E
 
E
T
x
V
A
 
A
A
 
R
L
 
L
F
x
I
R
 
Q
S
 
A
W
 
Q
R
 
L
A
 
A
D
 
D
-
 
R
-
 
L
-
 
S
-
 
P
-
 
A
-
 
G
-
 
R
-
 
P
L
 
I
P
 
P
V
 
L
L
 
I
A
 
A
E
|
E
T
|
T
S
 
G
G
 
G
K
 
Q
N
 
N
A
 
A
L
 
M
V
 
I
I
 
V
T
 
D
P
 
S
S
 
S
A
 
A
D
 
L
I
 
A
D
 
E
L
 
Q
A
 
V
V
 
V
A
 
G
D
 
D
L
 
V
V
 
I
K
 
T
S
 
S
A
 
A
F
 
F
G
 
D
H
 
S
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
K
 
R
C
|
C
S
 
S
A
 
A
A
 
L
S
 
R
L
 
V
V
 
L
I
 
C
L
 
L
V
 
Q
G
 
E
S
 
D
V
 
V
A
 
A
K
 
-
S
 
-
E
 
D
R
 
R
F
 
I
W
 
L
R
 
T
Q
 
M
L
 
L
E
 
K
D
 
G
A
 
A
V
 
L
N
 
H
T
 
E
L
 
L
D
 
H
V
 
I
G
 
G
W
 
R
P
 
T
D
 
D
A
 
-
R
 
R
P
 
L
E
 
S
T
 
V
T
 
D
M
 
V
N
 
G
P
 
P
I
 
V
I
 
I
E
 
T
P
 
S
P
 
E
-
 
A
-
 
K
-
 
D
-
 
N
-
 
I
-
 
E
-
 
K
-
 
H
-
 
I
-
 
E
-
 
R
-
 
M
-
 
R
-
 
G
-
 
L
G
 
G
A
 
R
K
 
K
L
 
V
R
 
E
Q
 
Q
-
 
I
G
 
G
L
 
L
-
 
A
T
 
S
E
 
E
L
 
T
G
 
G
A
 
V
G
 
G
E
 
T
-
 
F
-
 
V
-
 
P
E
 
P
W
 
T
L
 
I
A
 
I
E
 
E
P
 
L
R
 
E
Q
 
K
L
 
L
D
 
S
D
 
D
T
 
L
E
 
Q
R
 
R
L
 
-
W
 
-
S
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
-
L
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
-
P
 
-
G
 
-
S
 
-
T
 
-
F
 
-
H
 
-
Q
 
-
T
 
-
E
|
E
Y
 
V
F
|
F
G
 
G
P
 
P
L
 
V
L
 
L
G
 
H
V
 
V
M
 
I
-
 
R
-
 
Y
T
 
R
A
 
R
R
 
D
T
 
D
L
 
L
Q
 
D
D
 
R
A
 
L
V
 
V
E
 
D
Y
 
D
Q
 
V
N
 
N
S
 
A
V
 
T
E
 
G
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
T
 
T
A
 
F
G
 
G
I
 
L
H
 
H
S
 
T
L
 
R
D
 
L
P
 
D
D
 
E
E
 
T
V
 
I
S
 
A
Y
 
H
W
 
V
L
 
T
D
 
S
H
 
R
V
 
I
H
 
K
A
 
A
G
 
G
N
 
N
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
N
 
N
R
 
R
G
 
N
I
 
I
T
 
I
G
 
G
A
 
A
I
 
V
V
 
V
R
 
G
R
 
V
Q
 
Q
P
 
P
F
|
F
G
 
G
G
 
G
W
 
R
K
 
G
K
 
L
S
 
S
S
 
G
V
 
T
G
 
G
P
 
P
T
 
-
A
 
-
K
 
K
A
 
A
G
 
G
G
 
G
P
 
P
N
 
L
Y
 
Y
L
 
L
F
 
G
G
 
R
L
 
L
G
 
-
S
 
-
L
 
V
T
 
T
S
 
T
A
 
A
P
 
P
V
 
V

6x99A Structure of proline utilization a with d-proline bound in the l- glutamate-gamma-semialdehyde dehydrogenase active site (see paper)
30% identity, 66% coverage: 191:969/1180 of query aligns to 245:1020/1216 of 6x99A

query
sites
6x99A
V
 
I
S
 
S
V
 
I
K
 
K
V
 
L
S
 
S
S
 
A
V
 
L
V
 
H
A
 
P
Q
 
R
L
 
Y
S
 
S
M
 
R
W
 
-
S
 
-
Y
 
-
D
 
-
Q
 
A
T
 
Q
V
 
A
E
 
A
R
 
R
V
 
V
V
 
M
E
 
G
K
 
E
L
 
L
V
 
L
P
 
P
L
 
R
Y
 
V
E
 
K
K
 
A
A
 
L
A
 
A
-
 
L
-
 
L
A
 
A
T
 
K
N
 
N
P
 
Y
P
 
D
T
 
I
F
 
G
I
 
L
N
 
N
L
 
I
D
|
D
M
x
A
E
 
E
E
 
E
Y
 
A
R
 
D
D
 
R
L
 
L
E
 
E
M
 
L
T
 
S
L
 
L
D
 
D
V
 
L
F
 
L
Q
 
E
R
 
V
V
 
L
L
 
C
G
 
L
R
 
D
E
 
G
S
 
D
L
 
L
H
 
S
H
 
G
Y
 
W
Y
 
N
G
 
G
-
 
M
G
 
G
I
 
F
V
|
V
M
 
V
Q
 
Q
A
 
A
Y
 
Y
-
 
G
-
 
K
-
 
R
L
 
C
P
 
P
E
 
F
A
 
V
L
 
L
D
 
D
A
 
-
M
 
-
K
 
-
R
 
-
L
 
-
S
 
-
A
 
-
F
 
F
A
 
I
T
 
I
E
 
D
R
 
L
V
 
A
A
 
R
K
 
R
G
 
S
G
 
G
A
 
R
Q
 
R
L
 
I
K
 
M
V
 
V
R
|
R
V
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
A
|
A
-
x
Y
-
x
W
-
 
D
-
 
A
N
 
E
L
 
I
Q
 
K
M
 
R
E
 
A
Q
 
Q
V
 
L
D
 
D
A
 
G
A
 
-
L
 
L
H
 
A
D
 
D
W
 
F
P
 
P
V
 
V
A
 
-
V
 
-
L
x
F
P
x
T
S
x
R
K
|
K
Q
 
I
E
 
H
S
x
T
D
 
D
T
 
V
N
 
S
Y
 
Y
K
 
I
R
 
A
V
 
C
L
 
A
E
 
A
W
 
K
S
 
L
L
 
L
S
 
A
P
 
A
E
 
-
R
 
-
A
 
T
K
 
D
A
 
V
I
 
V
R
 
F
I
 
P
G
 
Q
V
 
F
A
|
A
G
x
T
H
|
H
N
|
N
L
 
A
F
 
Q
D
 
T
L
 
L
A
 
A
F
 
A
S
 
I
H
 
Y
L
 
H
L
 
M
A
 
A
T
 
G
S
 
K
R
 
D
G
 
F
V
 
H
R
 
V
E
 
G
H
 
K
V
 
Y
D
 
E
F
 
F
E
x
Q
M
x
C
L
 
L
V
 
H
G
 
G
M
 
M
A
 
G
P
 
E
D
 
P
Q
 
L
A
 
Y
D
 
E
A
 
-
V
 
-
R
 
-
E
 
E
T
 
V
V
 
V
G
 
G
-
 
R
-
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
D
-
 
R
P
 
P
L
 
C
I
 
R
L
 
I
Y
|
Y
T
 
A
P
 
P
V
 
V
V
 
-
H
 
G
S
 
T
H
 
H
E
 
E
F
 
-
D
 
-
A
 
T
A
 
L
V
 
L
G
 
A
Y
 
Y
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
R
L
 
L
D
 
L
E
|
E
N
 
N
A
 
G
S
 
A
P
 
N
E
 
S
N
x
S
F
|
F
M
 
V
S
 
H
A
 
R
V
 
I
F
 
N
D
 
D
L
 
P
H
 
K
D
 
V
H
 
S
S
 
I
D
 
D
V
 
E
F
 
L
A
 
I
R
 
A
E
 
D
E
 
P
A
 
V
R
 
E
F
 
-
R
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
-
M
 
V
T
 
V
Q
 
R
K
 
A
A
 
M
P
 
P
T
 
V
P
 
V
S
 
G
R
 
A
T
 
K
Q
 
H
D
 
D
R
 
R
T
 
I
L
 
-
E
 
-
T
 
-
R
 
-
P
 
-
R
 
-
T
 
A
L
 
L
P
 
P
A
 
A
V
 
E
-
 
L
-
 
F
-
 
G
D
 
D
E
 
A
F
 
R
H
 
T
N
 
N
E
 
S
P
 
A
D
 
G
T
 
L
D
 
D
L
 
L
A
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
S
N
 
N
Q
 
E
E
 
E
W
 
T
A
 
L
R
 
A
G
 
S
I
 
L
-
 
T
-
 
E
-
 
A
Y
 
L
R
 
R
H
 
E
A
 
S
A
 
A
S
 
A
L
 
M
E
 
K
G
x
W
Q
x
T
A
 
A
A
 
-
G
 
-
L
 
L
D
 
P
T
 
Q
L
 
L
Q
 
A
G
 
T
G
 
G
L
 
P
I
 
A
S
 
A
D
 
G
D
 
E
-
 
T
-
 
R
-
 
T
-
 
V
L
 
L
G
 
N
P
 
P
I
 
G
D
 
D
G
 
H
R
 
R
I
 
D
E
 
V
I
 
V
D
 
G
S
 
S
I
 
V
V
 
T
E
 
E
K
 
T
M
 
S
R
 
E
R
 
E
G
 
D
G
 
A
K
 
R
K
 
R
W
 
-
A
 
A
A
 
V
R
 
R
G
 
L
A
 
A
E
 
A
G
 
D
-
 
A
-
 
A
-
 
P
-
 
D
-
 
W
-
 
A
-
 
A
-
 
V
-
 
P
-
 
P
-
 
S
-
 
E
R
 
R
G
 
A
K
 
A
I
 
C
L
 
L
L
 
D
K
 
R
A
 
A
A
 
A
A
 
E
E
 
L
L
 
M
G
 
Q
V
 
A
R
 
R
R
 
M
G
 
P
E
 
T
I
 
L
M
 
L
S
 
G
V
 
L
M
 
I
M
 
I
Q
 
R
E
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
S
L
 
A
A
 
L
E
 
N
S
 
A
D
 
I
P
 
A
E
 
E
I
 
V
S
 
R
E
|
E
A
 
A
I
 
I
D
 
D
F
 
F
A
 
L
R
 
R
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
S
 
E
Q
 
Q
A
 
T
V
 
-
E
 
-
M
 
-
E
 
R
Q
 
R
L
 
T
N
 
L
G
 
G
A
 
P
K
 
G
F
 
H
T
 
G
P
 
P
V
 
L
G
 
G
L
 
P
T
 
I
M
 
V
V
 
C
A
 
I
P
 
S
P
 
P
W
 
W
N
|
N
F
|
F
P
 
P
V
 
L
A
 
A
I
 
I
P
 
F
T
 
T
G
 
G
S
 
Q
V
 
I
T
 
A
S
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
V
A
 
A
G
 
G
S
 
N
A
 
P
V
 
V
I
 
L
I
 
A
K
|
K
P
 
P
A
 
A
P
 
E
Q
 
E
V
 
T
R
 
P
R
 
L
C
 
I
A
 
A
A
 
A
V
 
E
M
 
G
V
 
V
E
x
R
A
 
I
L
 
L
W
 
R
A
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
I
P
 
P
K
 
A
D
 
S
V
 
A
L
 
L
H
 
Q
L
 
L
A
 
L
D
 
P
V
 
-
S
 
G
E
 
D
G
 
G
E
 
R
L
 
V
G
 
G
R
 
A
A
 
A
L
 
L
I
 
V
S
 
A
H
 
A
Q
 
A
G
 
E
V
 
T
D
 
A
R
 
G
V
 
V
I
 
M
L
 
F
T
 
T
G
 
G
A
 
S
F
 
T
E
 
E
T
 
V
A
 
A
A
 
R
L
 
L
F
 
I
R
 
Q
S
 
A
W
 
Q
R
 
L
A
 
A
D
 
D
-
 
R
-
 
L
-
 
S
-
 
P
-
 
A
-
 
G
-
 
R
-
 
P
L
 
I
P
 
P
V
 
L
L
 
I
A
 
A
E
|
E
T
 
T
S
 
G
G
 
G
K
 
Q
N
 
N
A
 
A
L
 
M
V
 
I
I
 
V
T
 
D
P
 
S
S
 
S
A
 
A
D
 
L
I
 
A
D
 
E
L
 
Q
A
 
V
V
 
V
A
 
G
D
 
D
L
 
V
V
 
I
K
 
T
S
 
S
A
 
A
F
 
F
G
 
D
H
 
S
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
K
x
R
C
|
C
S
|
S
A
 
A
A
 
L
S
 
R
L
 
V
V
 
L
I
 
C
L
 
L
V
 
Q
G
 
E
S
 
D
V
 
V
A
 
A
K
 
-
S
 
-
E
 
D
R
 
R
F
 
I
W
 
L
R
 
T
Q
 
M
L
 
L
E
 
K
D
 
G
A
 
A
V
 
L
N
 
H
T
 
E
L
 
L
D
 
H
V
 
I
G
 
G
W
 
R
P
 
T
D
 
D
A
 
-
R
 
R
P
 
L
E
 
S
T
 
V
T
 
D
M
 
V
N
 
G
P
 
P
I
 
V
I
 
I
E
 
T
P
 
S
P
 
E
-
 
A
-
 
K
-
 
D
-
 
N
-
 
I
-
 
E
-
 
K
-
 
H
-
 
I
-
 
E
-
 
R
-
 
M
-
 
R
-
 
G
-
 
L
G
 
G
A
 
R
K
 
K
L
 
V
R
 
E
Q
 
Q
-
 
I
G
 
G
L
 
L
-
 
A
T
 
S
E
 
E
L
 
T
G
 
G
A
 
V
G
 
G
E
 
T
-
 
F
-
 
V
-
 
P
E
 
P
W
 
T
L
 
I
A
 
I
E
 
E
P
 
L
R
 
E
Q
 
K
L
 
L
D
 
S
D
 
D
T
 
L
E
 
Q
R
 
R
L
 
-
W
 
-
S
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
-
L
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
-
P
 
-
G
 
-
S
 
-
T
 
-
F
 
-
H
 
-
Q
 
-
T
 
-
E
|
E
Y
 
V
F
 
F
G
 
G
P
 
P
L
 
V
L
 
L
G
 
H
V
 
V
M
 
I
-
 
R
-
 
Y
T
 
R
A
 
R
R
 
D
T
 
D
L
 
L
Q
 
D
D
 
R
A
 
L
V
 
V
E
 
D
Y
 
D
Q
 
V
N
 
N
S
 
A
V
 
T
E
 
G
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
T
 
T
A
 
F
G
 
G
I
 
L
H
 
H
S
 
T
L
 
R
D
 
L
P
 
D
D
 
E
E
 
T
V
 
I
S
 
A
Y
 
H
W
 
V
L
 
T
D
 
S
H
 
R
V
 
I
H
 
K
A
 
A
G
 
G
N
 
N
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
N
 
N
R
 
R
G
 
N
I
 
I
T
 
I
G
|
G
A
|
A
I
 
V
V
 
V
R
 
G
R
 
V
Q
 
Q
P
 
P
F
|
F
G
 
G
G
 
G
W
 
R
K
 
G
K
 
L
S
 
S
S
 
G
V
 
T
G
 
G
P
 
P
T
 
-
A
 
-
K
 
K
A
|
A
G
 
G
G
 
G
P
 
P
N
 
L
Y
 
Y
L
 
L
F
 
G
G
 
R
L
 
L
G
 
-
S
 
-
L
 
V
T
 
T
S
 
T
A
 
A
P
 
P
V
 
V

5kf6A Structure of proline utilization a from sinorhizobium meliloti complexed with l-tetrahydrofuroic acid and NAD+ in space group p21 (see paper)
30% identity, 66% coverage: 191:969/1180 of query aligns to 238:1013/1207 of 5kf6A

query
sites
5kf6A
V
 
I
S
 
S
V
 
I
K
|
K
V
 
L
S
 
S
S
 
A
V
 
L
V
 
H
A
 
P
Q
 
R
L
 
Y
S
 
S
M
 
R
W
 
-
S
 
-
Y
 
-
D
 
-
Q
 
A
T
 
Q
V
 
A
E
 
A
R
 
R
V
 
V
V
 
M
E
 
G
K
 
E
L
 
L
V
 
L
P
 
P
L
 
R
Y
 
V
E
 
K
K
 
A
A
 
L
A
 
A
-
 
L
-
 
L
A
 
A
T
 
K
N
 
N
P
 
Y
P
 
D
T
 
I
F
 
G
I
 
L
N
 
N
L
 
I
D
|
D
M
x
A
E
 
E
E
 
E
Y
 
A
R
 
D
D
 
R
L
 
L
E
 
E
M
 
L
T
 
S
L
 
L
D
 
D
V
 
L
F
 
L
Q
 
E
R
 
V
V
 
L
L
 
C
G
 
L
R
 
D
E
 
G
S
 
D
L
 
L
H
 
S
H
 
G
Y
 
W
Y
 
N
G
 
G
-
 
M
G
 
G
I
 
F
V
|
V
M
 
V
Q
|
Q
A
 
A
Y
 
Y
-
 
G
-
 
K
-
 
R
L
 
C
P
 
P
E
 
F
A
 
V
L
 
L
D
 
D
A
 
-
M
 
-
K
 
-
R
 
-
L
 
-
S
 
-
A
 
-
F
 
F
A
 
I
T
 
I
E
 
D
R
 
L
V
 
A
A
 
R
K
 
R
G
 
S
G
 
G
A
 
R
Q
 
R
L
 
I
K
 
M
V
 
V
R
|
R
V
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
A
|
A
-
x
Y
-
x
W
-
 
D
-
 
A
N
 
E
L
 
I
Q
 
K
M
 
R
E
 
A
Q
 
Q
V
 
L
D
 
D
A
 
G
A
 
-
L
 
L
H
 
A
D
 
D
W
 
F
P
 
P
V
 
V
A
 
-
V
 
-
L
x
F
P
x
T
S
x
R
K
|
K
Q
 
I
E
 
H
S
x
T
D
 
D
T
 
V
N
 
S
Y
 
Y
K
 
I
R
 
A
V
 
C
L
 
A
E
 
A
W
 
K
S
 
L
L
 
L
S
 
A
P
 
A
E
 
-
R
 
-
A
 
T
K
 
D
A
 
V
I
 
V
R
 
F
I
 
P
G
 
Q
V
 
F
A
|
A
G
x
T
H
|
H
N
|
N
L
 
A
F
 
Q
D
 
T
L
 
L
A
 
A
F
 
A
S
 
I
H
 
Y
L
 
H
L
 
M
A
 
A
T
 
G
S
 
K
R
 
D
G
 
F
V
 
H
R
 
V
E
 
G
H
 
K
V
 
Y
D
 
E
F
 
F
E
x
Q
M
x
C
L
|
L
V
 
H
G
 
G
M
 
M
A
 
G
P
 
E
D
 
P
Q
 
L
A
 
Y
D
 
E
A
 
-
V
 
-
R
 
-
E
 
E
T
 
V
V
 
V
G
 
G
-
 
R
-
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
D
-
 
R
P
 
P
L
 
C
I
 
R
L
 
I
Y
|
Y
T
 
A
P
 
P
V
 
V
V
 
-
H
 
G
S
 
T
H
 
H
E
 
E
F
 
-
D
 
-
A
 
T
A
 
L
V
 
L
G
 
A
Y
 
Y
L
 
L
V
 
V
R
|
R
R
|
R
L
 
L
D
 
L
E
|
E
N
 
N
A
 
G
S
 
A
P
 
N
E
 
S
N
x
S
F
|
F
M
 
V
S
 
H
A
 
R
V
 
I
F
 
N
D
 
D
L
 
P
H
 
K
D
 
V
H
 
S
S
 
I
D
 
D
V
 
E
F
 
L
A
 
I
R
 
A
E
 
D
E
 
P
A
 
V
R
 
E
F
 
-
R
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
-
M
 
V
T
 
V
Q
 
R
K
 
A
A
 
M
P
 
P
T
 
V
P
 
V
S
 
G
R
 
A
T
 
K
Q
 
H
D
 
D
R
 
R
T
 
I
L
 
-
E
 
-
T
 
-
R
 
-
P
 
-
R
 
-
T
 
A
L
 
L
P
 
P
A
 
A
V
 
E
-
 
L
-
 
F
-
 
G
D
 
D
E
 
A
F
 
R
H
 
T
N
 
N
E
 
S
P
 
A
D
 
G
T
 
L
D
 
D
L
 
L
A
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
S
N
 
N
Q
 
E
E
 
E
W
 
T
A
 
L
R
 
A
G
 
S
I
 
L
-
 
T
-
 
E
-
 
A
Y
 
L
R
 
R
H
 
E
A
 
S
A
 
A
S
 
A
L
 
M
E
 
K
G
 
W
Q
 
T
A
 
A
A
 
-
G
 
-
L
 
L
D
 
P
T
 
Q
L
 
L
Q
 
A
G
 
T
G
 
G
L
 
P
I
 
A
S
 
A
D
 
G
D
 
E
-
 
T
-
 
R
-
 
T
-
 
V
L
 
L
G
 
N
P
 
P
I
 
G
D
 
D
G
 
H
R
 
R
I
 
D
E
 
V
I
 
V
D
 
G
S
 
S
I
 
V
V
 
T
E
 
E
K
 
T
M
 
S
R
 
E
R
 
E
G
 
D
G
 
A
K
 
R
K
 
R
W
 
-
A
 
A
A
 
V
R
 
R
G
 
L
A
 
A
E
 
A
G
 
D
-
 
A
-
 
A
-
 
P
-
 
D
-
 
W
-
 
A
-
 
A
-
 
V
-
 
P
-
 
P
-
 
S
-
 
E
R
 
R
G
 
A
K
 
A
I
 
C
L
 
L
L
 
D
K
 
R
A
 
A
A
 
A
A
 
E
E
 
L
L
 
M
G
 
Q
V
 
A
R
 
R
R
 
M
G
 
P
E
 
T
I
 
L
M
 
L
S
 
G
V
 
L
M
 
I
M
 
I
Q
 
R
E
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
S
L
 
A
A
 
L
E
 
N
S
 
A
D
 
I
P
 
A
E
 
E
I
 
V
S
 
R
E
 
E
A
 
A
I
 
I
D
 
D
F
 
F
A
 
L
R
 
R
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
S
 
E
Q
 
Q
A
 
T
V
 
-
E
 
-
M
 
-
E
 
R
Q
 
R
L
 
T
N
 
L
G
 
G
A
 
P
K
 
G
F
 
H
T
 
G
P
 
P
V
 
L
G
 
G
L
 
P
T
 
I
M
 
V
V
 
C
A
x
I
P
x
S
P
|
P
W
|
W
N
|
N
F
 
F
P
 
P
V
 
L
A
 
A
I
|
I
P
 
F
T
 
T
G
 
G
S
 
Q
V
 
I
T
 
A
S
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
V
A
 
A
G
 
G
S
 
N
A
 
P
V
 
V
I
 
L
I
 
A
K
|
K
P
 
P
A
|
A
P
x
E
Q
 
E
V
 
T
R
 
P
R
 
L
C
 
I
A
 
A
A
 
A
V
 
E
M
 
G
V
 
V
E
 
R
A
 
I
L
 
L
W
 
R
A
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
I
P
 
P
K
 
A
D
 
S
V
 
A
L
 
L
H
 
Q
L
 
L
A
 
L
D
 
P
V
 
-
S
 
G
E
 
D
G
|
G
E
 
R
L
 
V
G
|
G
R
x
A
A
 
A
L
 
L
I
 
V
S
 
A
H
 
A
Q
 
A
G
 
E
V
 
T
D
 
A
R
 
G
V
 
V
I
 
M
L
x
F
T
|
T
G
|
G
A
x
S
F
 
T
E
 
E
T
x
V
A
 
A
A
 
R
L
 
L
F
x
I
R
 
Q
S
 
A
W
 
Q
R
 
L
A
 
A
D
 
D
-
 
R
-
 
L
-
 
S
-
 
P
-
 
A
-
 
G
-
 
R
-
 
P
L
 
I
P
 
P
V
 
L
L
 
I
A
 
A
E
|
E
T
|
T
S
 
G
G
 
G
K
 
Q
N
 
N
A
 
A
L
 
M
V
 
I
I
 
V
T
 
D
P
 
S
S
 
S
A
 
A
D
 
L
I
 
A
D
 
E
L
 
Q
A
 
V
V
 
V
A
 
G
D
 
D
L
 
V
V
 
I
K
 
T
S
 
S
A
 
A
F
 
F
G
 
D
H
 
S
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
K
 
R
C
|
C
S
 
S
A
 
A
A
 
L
S
 
R
L
 
V
V
 
L
I
 
C
L
 
L
V
 
Q
G
 
E
S
 
D
V
 
V
A
 
A
K
 
-
S
 
-
E
 
D
R
 
R
F
 
I
W
 
L
R
 
T
Q
 
M
L
 
L
E
 
K
D
 
G
A
 
A
V
 
L
N
 
H
T
 
E
L
 
L
D
 
H
V
 
I
G
 
G
W
 
R
P
 
T
D
 
D
A
 
-
R
 
R
P
 
L
E
 
S
T
 
V
T
 
D
M
 
V
N
 
G
P
 
P
I
 
V
I
 
I
E
 
T
P
 
S
P
 
E
-
 
A
-
 
K
-
 
D
-
 
N
-
 
I
-
 
E
-
 
K
-
 
H
-
 
I
-
 
E
-
 
R
-
 
M
-
 
R
-
 
G
-
 
L
G
 
G
A
 
R
K
 
K
L
 
V
R
 
E
Q
 
Q
-
 
I
G
 
G
L
 
L
-
 
A
T
 
S
E
 
E
L
 
T
G
 
G
A
 
V
G
 
G
E
 
T
-
 
F
-
 
V
-
 
P
E
 
P
W
 
T
L
 
I
A
 
I
E
 
E
P
 
L
R
 
E
Q
 
K
L
 
L
D
 
S
D
 
D
T
 
L
E
 
Q
R
 
R
L
 
-
W
 
-
S
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
-
L
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
-
P
 
-
G
 
-
S
 
-
T
 
-
F
 
-
H
 
-
Q
 
-
T
 
-
E
|
E
Y
 
V
F
|
F
G
 
G
P
 
P
L
 
V
L
 
L
G
 
H
V
 
V
M
 
I
-
 
R
-
 
Y
T
 
R
A
 
R
R
 
D
T
 
D
L
 
L
Q
 
D
D
 
R
A
 
L
V
 
V
E
 
D
Y
 
D
Q
 
V
N
 
N
S
 
A
V
 
T
E
 
G
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
T
 
T
A
 
F
G
 
G
I
 
L
H
 
H
S
 
T
L
 
R
D
 
L
P
 
D
D
 
E
E
 
T
V
 
I
S
 
A
Y
 
H
W
 
V
L
 
T
D
 
S
H
 
R
V
 
I
H
 
K
A
 
A
G
 
G
N
 
N
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
N
 
N
R
 
R
G
 
N
I
 
I
T
 
I
G
 
G
A
 
A
I
 
V
V
 
V
R
 
G
R
 
V
Q
 
Q
P
 
P
F
|
F
G
 
G
G
 
G
W
 
R
K
 
G
K
 
L
S
 
S
S
 
G
V
 
T
G
 
G
P
 
P
T
 
-
A
 
-
K
 
K
A
|
A
G
 
G
G
 
G
P
 
P
N
 
L
Y
 
Y
L
 
L
F
 
G
G
 
R
L
 
L
G
 
-
S
 
-
L
 
V
T
 
T
S
 
T
A
 
A
P
 
P
V
 
V

7my9A Structure of proline utilization a with 1,3-dithiolane-2-carboxylate bound in the proline dehydrogenase active site (see paper)
30% identity, 66% coverage: 191:969/1180 of query aligns to 245:1020/1216 of 7my9A

query
sites
7my9A
V
 
I
S
 
S
V
 
I
K
 
K
V
 
L
S
 
S
S
 
A
V
 
L
V
 
H
A
 
P
Q
 
R
L
 
Y
S
 
S
M
 
R
W
 
-
S
 
-
Y
 
-
D
 
-
Q
 
A
T
 
Q
V
 
A
E
 
A
R
 
R
V
 
V
V
 
M
E
 
G
K
 
E
L
 
L
V
 
L
P
 
P
L
 
R
Y
 
V
E
 
K
K
 
A
A
 
L
A
 
A
-
 
L
-
 
L
A
 
A
T
 
K
N
 
N
P
 
Y
P
 
D
T
 
I
F
 
G
I
 
L
N
 
N
L
 
I
D
|
D
M
x
A
E
 
E
E
 
E
Y
 
A
R
 
D
D
 
R
L
 
L
E
 
E
M
 
L
T
 
S
L
 
L
D
 
D
V
 
L
F
 
L
Q
 
E
R
 
V
V
 
L
L
 
C
G
 
L
R
 
D
E
 
G
S
 
D
L
 
L
H
 
S
H
 
G
Y
 
W
Y
 
N
G
 
G
-
 
M
G
 
G
I
 
F
V
|
V
M
 
V
Q
|
Q
A
 
A
Y
 
Y
-
 
G
-
 
K
-
 
R
L
 
C
P
 
P
E
 
F
A
 
V
L
 
L
D
 
D
A
 
-
M
 
-
K
 
-
R
 
-
L
 
-
S
 
-
A
 
-
F
 
F
A
 
I
T
 
I
E
 
D
R
 
L
V
 
A
A
 
R
K
 
R
G
 
S
G
 
G
A
 
R
Q
 
R
L
 
I
K
 
M
V
 
V
R
|
R
V
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
A
|
A
-
x
Y
-
x
W
-
 
D
-
 
A
N
 
E
L
 
I
Q
 
K
M
 
R
E
 
A
Q
 
Q
V
 
L
D
 
D
A
 
G
A
 
-
L
 
L
H
 
A
D
 
D
W
 
F
P
 
P
V
 
V
A
 
-
V
 
-
L
x
F
P
x
T
S
x
R
K
|
K
Q
 
I
E
 
H
S
x
T
D
 
D
T
 
V
N
 
S
Y
 
Y
K
 
I
R
 
A
V
 
C
L
 
A
E
 
A
W
 
K
S
 
L
L
 
L
S
 
A
P
 
A
E
 
-
R
 
-
A
 
T
K
 
D
A
 
V
I
 
V
R
 
F
I
 
P
G
 
Q
V
 
F
A
|
A
G
x
T
H
|
H
N
|
N
L
 
A
F
 
Q
D
 
T
L
 
L
A
 
A
F
 
A
S
 
I
H
 
Y
L
 
H
L
 
M
A
 
A
T
 
G
S
 
K
R
 
D
G
 
F
V
 
H
R
 
V
E
 
G
H
 
K
V
 
Y
D
 
E
F
 
F
E
 
Q
M
x
C
L
|
L
V
 
H
G
 
G
M
 
M
A
 
G
P
 
E
D
 
P
Q
 
L
A
 
Y
D
 
E
A
 
-
V
 
-
R
 
-
E
 
E
T
 
V
V
 
V
G
 
G
-
 
R
-
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
D
-
 
R
P
 
P
L
 
C
I
 
R
L
 
I
Y
|
Y
T
 
A
P
 
P
V
 
V
V
 
-
H
 
G
S
 
T
H
 
H
E
 
E
F
 
-
D
 
-
A
 
T
A
 
L
V
 
L
G
 
A
Y
|
Y
L
 
L
V
 
V
R
|
R
R
|
R
L
 
L
D
 
L
E
|
E
N
 
N
A
 
G
S
 
A
P
 
N
E
 
S
N
x
S
F
|
F
M
 
V
S
 
H
A
 
R
V
 
I
F
 
N
D
 
D
L
 
P
H
 
K
D
 
V
H
 
S
S
 
I
D
 
D
V
 
E
F
 
L
A
 
I
R
 
A
E
 
D
E
 
P
A
 
V
R
 
E
F
 
-
R
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
-
M
 
V
T
 
V
Q
 
R
K
 
A
A
 
M
P
 
P
T
 
V
P
 
V
S
 
G
R
 
A
T
 
K
Q
 
H
D
 
D
R
 
R
T
 
I
L
 
-
E
 
-
T
 
-
R
 
-
P
 
-
R
 
-
T
 
A
L
 
L
P
 
P
A
 
A
V
 
E
-
 
L
-
 
F
-
 
G
D
 
D
E
 
A
F
 
R
H
 
T
N
 
N
E
 
S
P
 
A
D
 
G
T
 
L
D
 
D
L
 
L
A
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
S
N
 
N
Q
 
E
E
 
E
W
 
T
A
 
L
R
 
A
G
 
S
I
 
L
-
 
T
-
 
E
-
 
A
Y
 
L
R
 
R
H
 
E
A
 
S
A
 
A
S
 
A
L
 
M
E
 
K
G
 
W
Q
 
T
A
 
A
A
 
-
G
 
-
L
 
L
D
 
P
T
 
Q
L
 
L
Q
 
A
G
 
T
G
 
G
L
 
P
I
 
A
S
 
A
D
 
G
D
 
E
-
 
T
-
 
R
-
 
T
-
 
V
L
 
L
G
 
N
P
 
P
I
 
G
D
 
D
G
 
H
R
 
R
I
 
D
E
 
V
I
 
V
D
 
G
S
 
S
I
 
V
V
 
T
E
 
E
K
 
T
M
 
S
R
 
E
R
 
E
G
 
D
G
 
A
K
 
R
K
 
R
W
 
-
A
 
A
A
 
V
R
 
R
G
 
L
A
 
A
E
 
A
G
 
D
-
 
A
-
 
A
-
 
P
-
 
D
-
 
W
-
 
A
-
 
A
-
 
V
-
 
P
-
 
P
-
 
S
-
 
E
R
 
R
G
 
A
K
 
A
I
 
C
L
 
L
L
 
D
K
 
R
A
 
A
A
 
A
A
 
E
E
 
L
L
 
M
G
 
Q
V
 
A
R
 
R
R
 
M
G
 
P
E
 
T
I
 
L
M
 
L
S
 
G
V
 
L
M
 
I
M
 
I
Q
 
R
E
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
S
L
 
A
A
 
L
E
 
N
S
 
A
D
 
I
P
 
A
E
 
E
I
 
V
S
 
R
E
 
E
A
 
A
I
 
I
D
 
D
F
 
F
A
 
L
R
 
R
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
S
 
E
Q
 
Q
A
 
T
V
 
-
E
 
-
M
 
-
E
 
R
Q
 
R
L
 
T
N
 
L
G
 
G
A
 
P
K
 
G
F
 
H
T
 
G
P
 
P
V
 
L
G
 
G
L
 
P
T
 
I
M
 
V
V
 
C
A
x
I
P
x
S
P
|
P
W
|
W
N
|
N
F
 
F
P
 
P
V
 
L
A
 
A
I
|
I
P
 
F
T
 
T
G
 
G
S
 
Q
V
 
I
T
 
A
S
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
V
A
 
A
G
 
G
S
 
N
A
 
P
V
 
V
I
 
L
I
 
A
K
|
K
P
 
P
A
|
A
P
x
E
Q
 
E
V
 
T
R
 
P
R
 
L
C
 
I
A
 
A
A
 
A
V
 
E
M
 
G
V
 
V
E
 
R
A
 
I
L
 
L
W
 
R
A
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
I
P
 
P
K
 
A
D
 
S
V
 
A
L
 
L
H
 
Q
L
 
L
A
 
L
D
 
P
V
 
-
S
 
G
E
 
D
G
|
G
E
 
R
L
 
V
G
|
G
R
x
A
A
 
A
L
 
L
I
 
V
S
 
A
H
 
A
Q
 
A
G
 
E
V
 
T
D
 
A
R
 
G
V
 
V
I
 
M
L
 
F
T
|
T
G
|
G
A
x
S
F
 
T
E
 
E
T
x
V
A
 
A
A
 
R
L
 
L
F
 
I
R
 
Q
S
 
A
W
 
Q
R
 
L
A
 
A
D
 
D
-
 
R
-
 
L
-
 
S
-
 
P
-
 
A
-
 
G
-
 
R
-
 
P
L
 
I
P
 
P
V
 
L
L
 
I
A
 
A
E
|
E
T
|
T
S
 
G
G
 
G
K
 
Q
N
 
N
A
 
A
L
 
M
V
 
I
I
 
V
T
 
D
P
 
S
S
 
S
A
 
A
D
 
L
I
 
A
D
 
E
L
 
Q
A
 
V
V
 
V
A
 
G
D
 
D
L
 
V
V
 
I
K
 
T
S
 
S
A
 
A
F
 
F
G
 
D
H
 
S
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
K
 
R
C
|
C
S
 
S
A
 
A
A
 
L
S
 
R
L
 
V
V
 
L
I
 
C
L
 
L
V
 
Q
G
 
E
S
 
D
V
 
V
A
 
A
K
 
-
S
 
-
E
 
D
R
 
R
F
 
I
W
 
L
R
 
T
Q
 
M
L
 
L
E
 
K
D
 
G
A
 
A
V
 
L
N
 
H
T
 
E
L
 
L
D
 
H
V
 
I
G
 
G
W
 
R
P
 
T
D
 
D
A
 
-
R
 
R
P
 
L
E
 
S
T
 
V
T
 
D
M
 
V
N
 
G
P
 
P
I
 
V
I
 
I
E
 
T
P
 
S
P
 
E
-
 
A
-
 
K
-
 
D
-
 
N
-
 
I
-
 
E
-
 
K
-
 
H
-
 
I
-
 
E
-
 
R
-
 
M
-
 
R
-
 
G
-
 
L
G
 
G
A
 
R
K
 
K
L
 
V
R
 
E
Q
 
Q
-
 
I
G
 
G
L
 
L
-
 
A
T
 
S
E
 
E
L
 
T
G
 
G
A
 
V
G
 
G
E
 
T
-
 
F
-
 
V
-
 
P
E
 
P
W
 
T
L
 
I
A
 
I
E
 
E
P
 
L
R
 
E
Q
 
K
L
 
L
D
 
S
D
 
D
T
 
L
E
 
Q
R
 
R
L
 
-
W
 
-
S
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
-
L
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
-
P
 
-
G
 
-
S
 
-
T
 
-
F
 
-
H
 
-
Q
 
-
T
 
-
E
|
E
Y
 
V
F
|
F
G
 
G
P
 
P
L
 
V
L
 
L
G
 
H
V
 
V
M
 
I
-
 
R
-
 
Y
T
 
R
A
 
R
R
 
D
T
 
D
L
 
L
Q
 
D
D
 
R
A
 
L
V
 
V
E
 
D
Y
 
D
Q
 
V
N
 
N
S
 
A
V
 
T
E
 
G
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
T
 
T
A
 
F
G
 
G
I
 
L
H
 
H
S
 
T
L
 
R
D
 
L
P
 
D
D
 
E
E
 
T
V
 
I
S
 
A
Y
 
H
W
 
V
L
 
T
D
 
S
H
 
R
V
 
I
H
 
K
A
 
A
G
 
G
N
 
N
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
N
 
N
R
 
R
G
 
N
I
 
I
T
 
I
G
 
G
A
 
A
I
 
V
V
 
V
R
 
G
R
 
V
Q
 
Q
P
 
P
F
|
F
G
 
G
G
 
G
W
 
R
K
 
G
K
 
L
S
 
S
S
 
G
V
 
T
G
 
G
P
 
P
T
 
-
A
 
-
K
 
K
A
 
A
G
 
G
G
 
G
P
 
P
N
 
L
Y
 
Y
L
 
L
F
 
G
G
 
R
L
 
L
G
 
-
S
 
-
L
 
V
T
 
T
S
 
T
A
 
A
P
 
P
V
 
V

7mybA Structure of proline utilization a with tetrahydrothiophene-2- carboxylate bound in the proline dehydrogenase active site (see paper)
30% identity, 66% coverage: 191:969/1180 of query aligns to 246:1021/1217 of 7mybA

query
sites
7mybA
V
 
I
S
 
S
V
 
I
K
|
K
V
 
L
S
 
S
S
 
A
V
 
L
V
 
H
A
 
P
Q
 
R
L
 
Y
S
 
S
M
 
R
W
 
-
S
 
-
Y
 
-
D
 
-
Q
 
A
T
 
Q
V
 
A
E
 
A
R
 
R
V
 
V
V
 
M
E
 
G
K
 
E
L
 
L
V
 
L
P
 
P
L
 
R
Y
 
V
E
 
K
K
 
A
A
 
L
A
 
A
-
 
L
-
 
L
A
 
A
T
 
K
N
 
N
P
 
Y
P
 
D
T
 
I
F
 
G
I
 
L
N
 
N
L
 
I
D
|
D
M
x
A
E
 
E
E
 
E
Y
 
A
R
 
D
D
 
R
L
 
L
E
 
E
M
 
L
T
 
S
L
 
L
D
 
D
V
 
L
F
 
L
Q
 
E
R
 
V
V
 
L
L
 
C
G
 
L
R
 
D
E
 
G
S
 
D
L
 
L
H
 
S
H
 
G
Y
 
W
Y
 
N
G
 
G
-
 
M
G
 
G
I
 
F
V
|
V
M
 
V
Q
|
Q
A
 
A
Y
 
Y
-
 
G
-
 
K
-
 
R
L
 
C
P
 
P
E
 
F
A
 
V
L
 
L
D
 
D
A
 
-
M
 
-
K
 
-
R
 
-
L
 
-
S
 
-
A
 
-
F
 
F
A
 
I
T
 
I
E
 
D
R
 
L
V
 
A
A
 
R
K
 
R
G
 
S
G
 
G
A
 
R
Q
 
R
L
 
I
K
 
M
V
 
V
R
|
R
V
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
A
|
A
-
x
Y
-
x
W
-
 
D
-
 
A
N
 
E
L
 
I
Q
 
K
M
 
R
E
 
A
Q
 
Q
V
 
L
D
 
D
A
 
G
A
 
-
L
 
L
H
 
A
D
 
D
W
 
F
P
 
P
V
 
V
A
 
-
V
 
-
L
x
F
P
x
T
S
x
R
K
|
K
Q
 
I
E
 
H
S
x
T
D
 
D
T
 
V
N
 
S
Y
 
Y
K
 
I
R
 
A
V
 
C
L
 
A
E
 
A
W
 
K
S
 
L
L
 
L
S
 
A
P
 
A
E
 
-
R
 
-
A
 
T
K
 
D
A
 
V
I
 
V
R
 
F
I
 
P
G
 
Q
V
 
F
A
|
A
G
x
T
H
|
H
N
|
N
L
 
A
F
 
Q
D
 
T
L
 
L
A
 
A
F
 
A
S
 
I
H
 
Y
L
 
H
L
 
M
A
 
A
T
 
G
S
 
K
R
 
D
G
 
F
V
 
H
R
 
V
E
 
G
H
 
K
V
 
Y
D
 
E
F
 
F
E
 
Q
M
x
C
L
|
L
V
 
H
G
 
G
M
 
M
A
 
G
P
 
E
D
 
P
Q
 
L
A
 
Y
D
 
E
A
 
-
V
 
-
R
 
-
E
 
E
T
 
V
V
 
V
G
 
G
-
 
R
-
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
D
-
 
R
P
 
P
L
 
C
I
 
R
L
 
I
Y
|
Y
T
 
A
P
 
P
V
 
V
V
 
-
H
 
G
S
 
T
H
 
H
E
 
E
F
 
-
D
 
-
A
 
T
A
 
L
V
 
L
G
 
A
Y
|
Y
L
 
L
V
 
V
R
|
R
R
|
R
L
 
L
D
 
L
E
|
E
N
 
N
A
 
G
S
 
A
P
 
N
E
 
S
N
x
S
F
|
F
M
 
V
S
 
H
A
 
R
V
 
I
F
 
N
D
 
D
L
 
P
H
 
K
D
 
V
H
 
S
S
 
I
D
 
D
V
 
E
F
 
L
A
 
I
R
 
A
E
 
D
E
 
P
A
 
V
R
 
E
F
 
-
R
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
-
M
 
V
T
 
V
Q
 
R
K
 
A
A
 
M
P
 
P
T
 
V
P
 
V
S
 
G
R
 
A
T
 
K
Q
 
H
D
 
D
R
 
R
T
 
I
L
 
-
E
 
-
T
 
-
R
 
-
P
 
-
R
 
-
T
 
A
L
 
L
P
 
P
A
 
A
V
 
E
-
 
L
-
 
F
-
 
G
D
 
D
E
 
A
F
 
R
H
 
T
N
 
N
E
 
S
P
 
A
D
 
G
T
 
L
D
 
D
L
 
L
A
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
S
N
 
N
Q
 
E
E
 
E
W
 
T
A
 
L
R
 
A
G
 
S
I
 
L
-
 
T
-
 
E
-
 
A
Y
 
L
R
 
R
H
 
E
A
 
S
A
 
A
S
 
A
L
 
M
E
 
K
G
 
W
Q
 
T
A
 
A
A
 
-
G
 
-
L
 
L
D
 
P
T
 
Q
L
 
L
Q
 
A
G
 
T
G
 
G
L
 
P
I
 
A
S
 
A
D
 
G
D
 
E
-
 
T
-
 
R
-
 
T
-
 
V
L
 
L
G
 
N
P
 
P
I
 
G
D
 
D
G
 
H
R
 
R
I
 
D
E
 
V
I
 
V
D
 
G
S
 
S
I
 
V
V
 
T
E
 
E
K
 
T
M
 
S
R
 
E
R
 
E
G
 
D
G
 
A
K
 
R
K
 
R
W
 
-
A
 
A
A
 
V
R
 
R
G
 
L
A
 
A
E
 
A
G
 
D
-
 
A
-
 
A
-
 
P
-
 
D
-
 
W
-
 
A
-
 
A
-
 
V
-
 
P
-
 
P
-
 
S
-
 
E
R
 
R
G
 
A
K
 
A
I
 
C
L
 
L
L
 
D
K
 
R
A
 
A
A
 
A
A
 
E
E
 
L
L
 
M
G
 
Q
V
 
A
R
 
R
R
 
M
G
 
P
E
 
T
I
 
L
M
 
L
S
 
G
V
 
L
M
 
I
M
 
I
Q
 
R
E
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
S
L
 
A
A
 
L
E
 
N
S
 
A
D
 
I
P
 
A
E
 
E
I
 
V
S
 
R
E
 
E
A
 
A
I
 
I
D
 
D
F
 
F
A
 
L
R
 
R
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
S
 
E
Q
 
Q
A
 
T
V
 
-
E
 
-
M
 
-
E
 
R
Q
 
R
L
 
T
N
 
L
G
 
G
A
 
P
K
 
G
F
 
H
T
 
G
P
 
P
V
 
L
G
 
G
L
 
P
T
 
I
M
 
V
V
 
C
A
x
I
P
x
S
P
|
P
W
|
W
N
|
N
F
 
F
P
 
P
V
 
L
A
 
A
I
|
I
P
 
F
T
 
T
G
 
G
S
 
Q
V
 
I
T
 
A
S
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
V
A
 
A
G
 
G
S
 
N
A
 
P
V
 
V
I
 
L
I
 
A
K
|
K
P
 
P
A
 
A
P
x
E
Q
 
E
V
 
T
R
 
P
R
 
L
C
 
I
A
 
A
A
 
A
V
 
E
M
 
G
V
 
V
E
 
R
A
 
I
L
 
L
W
 
R
A
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
I
P
 
P
K
 
A
D
 
S
V
 
A
L
 
L
H
 
Q
L
 
L
A
 
L
D
 
P
V
 
-
S
 
G
E
 
D
G
|
G
E
 
R
L
 
V
G
|
G
R
 
A
A
 
A
L
 
L
I
 
V
S
 
A
H
 
A
Q
 
A
G
 
E
V
 
T
D
 
A
R
 
G
V
 
V
I
 
M
L
 
F
T
|
T
G
|
G
A
x
S
F
 
T
E
 
E
T
x
V
A
 
A
A
 
R
L
 
L
F
x
I
R
 
Q
S
 
A
W
 
Q
R
 
L
A
 
A
D
 
D
-
 
R
-
 
L
-
 
S
-
 
P
-
 
A
-
 
G
-
 
R
-
 
P
L
 
I
P
 
P
V
 
L
L
 
I
A
 
A
E
|
E
T
|
T
S
 
G
G
 
G
K
 
Q
N
 
N
A
 
A
L
 
M
V
 
I
I
 
V
T
 
D
P
 
S
S
 
S
A
 
A
D
 
L
I
 
A
D
 
E
L
 
Q
A
 
V
V
 
V
A
 
G
D
 
D
L
 
V
V
 
I
K
 
T
S
 
S
A
 
A
F
 
F
G
 
D
H
 
S
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
K
 
R
C
|
C
S
 
S
A
 
A
A
 
L
S
 
R
L
 
V
V
 
L
I
 
C
L
 
L
V
 
Q
G
 
E
S
 
D
V
 
V
A
 
A
K
 
-
S
 
-
E
 
D
R
 
R
F
 
I
W
 
L
R
 
T
Q
 
M
L
 
L
E
 
K
D
 
G
A
 
A
V
 
L
N
 
H
T
 
E
L
 
L
D
 
H
V
 
I
G
 
G
W
 
R
P
 
T
D
 
D
A
 
-
R
 
R
P
 
L
E
 
S
T
 
V
T
 
D
M
 
V
N
 
G
P
 
P
I
 
V
I
 
I
E
 
T
P
 
S
P
 
E
-
 
A
-
 
K
-
 
D
-
 
N
-
 
I
-
 
E
-
 
K
-
 
H
-
 
I
-
 
E
-
 
R
-
 
M
-
 
R
-
 
G
-
 
L
G
 
G
A
 
R
K
 
K
L
 
V
R
 
E
Q
 
Q
-
 
I
G
 
G
L
 
L
-
 
A
T
 
S
E
 
E
L
 
T
G
 
G
A
 
V
G
 
G
E
 
T
-
 
F
-
 
V
-
 
P
E
 
P
W
 
T
L
 
I
A
 
I
E
 
E
P
 
L
R
 
E
Q
 
K
L
 
L
D
 
S
D
 
D
T
 
L
E
 
Q
R
 
R
L
 
-
W
 
-
S
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
-
L
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
-
P
 
-
G
 
-
S
 
-
T
 
-
F
 
-
H
 
-
Q
 
-
T
 
-
E
|
E
Y
 
V
F
|
F
G
 
G
P
 
P
L
 
V
L
 
L
G
 
H
V
 
V
M
 
I
-
 
R
-
 
Y
T
 
R
A
 
R
R
 
D
T
 
D
L
 
L
Q
 
D
D
 
R
A
 
L
V
 
V
E
 
D
Y
 
D
Q
 
V
N
 
N
S
 
A
V
 
T
E
 
G
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
T
 
T
A
 
F
G
 
G
I
 
L
H
 
H
S
 
T
L
 
R
D
 
L
P
 
D
D
 
E
E
 
T
V
 
I
S
 
A
Y
 
H
W
 
V
L
 
T
D
 
S
H
 
R
V
 
I
H
 
K
A
 
A
G
 
G
N
 
N
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
N
 
N
R
 
R
G
 
N
I
 
I
T
 
I
G
 
G
A
 
A
I
 
V
V
 
V
R
 
G
R
 
V
Q
 
Q
P
 
P
F
|
F
G
 
G
G
 
G
W
 
R
K
 
G
K
 
L
S
 
S
S
 
G
V
 
T
G
 
G
P
 
P
T
 
-
A
 
-
K
 
K
A
 
A
G
 
G
G
 
G
P
 
P
N
 
L
Y
 
Y
L
 
L
F
 
G
G
 
R
L
 
L
G
 
-
S
 
-
L
 
V
T
 
T
S
 
T
A
 
A
P
 
P
V
 
V

7myaA Structure of proline utilization a with the fad covalently-modified by 1,3-dithiolane (see paper)
30% identity, 66% coverage: 191:969/1180 of query aligns to 246:1021/1217 of 7myaA

query
sites
7myaA
V
 
I
S
 
S
V
 
I
K
 
K
V
 
L
S
 
S
S
 
A
V
 
L
V
 
H
A
 
P
Q
 
R
L
 
Y
S
 
S
M
 
R
W
 
-
S
 
-
Y
 
-
D
 
-
Q
 
A
T
 
Q
V
 
A
E
 
A
R
 
R
V
 
V
V
 
M
E
 
G
K
 
E
L
 
L
V
 
L
P
 
P
L
 
R
Y
 
V
E
 
K
K
 
A
A
 
L
A
 
A
-
 
L
-
 
L
A
 
A
T
 
K
N
 
N
P
 
Y
P
 
D
T
 
I
F
 
G
I
 
L
N
 
N
L
 
I
D
|
D
M
x
A
E
 
E
E
 
E
Y
 
A
R
 
D
D
 
R
L
 
L
E
 
E
M
 
L
T
 
S
L
 
L
D
 
D
V
 
L
F
 
L
Q
 
E
R
 
V
V
 
L
L
 
C
G
 
L
R
 
D
E
 
G
S
 
D
L
 
L
H
 
S
H
 
G
Y
 
W
Y
 
N
G
 
G
-
 
M
G
 
G
I
 
F
V
|
V
M
 
V
Q
|
Q
A
 
A
Y
 
Y
-
 
G
-
 
K
-
 
R
L
 
C
P
 
P
E
 
F
A
 
V
L
 
L
D
 
D
A
 
-
M
 
-
K
 
-
R
 
-
L
 
-
S
 
-
A
 
-
F
 
F
A
 
I
T
 
I
E
 
D
R
 
L
V
 
A
A
 
R
K
 
R
G
 
S
G
 
G
A
 
R
Q
 
R
L
 
I
K
 
M
V
 
V
R
 
R
V
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
A
|
A
-
 
Y
-
x
W
-
 
D
-
 
A
N
 
E
L
 
I
Q
 
K
M
 
R
E
 
A
Q
 
Q
V
 
L
D
 
D
A
 
G
A
 
-
L
 
L
H
 
A
D
 
D
W
 
F
P
 
P
V
 
V
A
 
-
V
 
-
L
x
F
P
x
T
S
x
R
K
|
K
Q
 
I
E
 
H
S
x
T
D
 
D
T
 
V
N
 
S
Y
 
Y
K
 
I
R
 
A
V
 
C
L
 
A
E
 
A
W
 
K
S
 
L
L
 
L
S
 
A
P
 
A
E
 
-
R
 
-
A
 
T
K
 
D
A
 
V
I
 
V
R
 
F
I
 
P
G
 
Q
V
 
F
A
|
A
G
x
T
H
|
H
N
|
N
L
 
A
F
 
Q
D
 
T
L
 
L
A
 
A
F
 
A
S
 
I
H
 
Y
L
 
H
L
 
M
A
 
A
T
 
G
S
 
K
R
 
D
G
 
F
V
 
H
R
 
V
E
 
G
H
 
K
V
 
Y
D
 
E
F
 
F
E
x
Q
M
x
C
L
|
L
V
 
H
G
 
G
M
 
M
A
 
G
P
 
E
D
 
P
Q
 
L
A
 
Y
D
 
E
A
 
-
V
 
-
R
 
-
E
 
E
T
 
V
V
 
V
G
 
G
-
 
R
-
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
D
-
 
R
P
 
P
L
 
C
I
 
R
L
 
I
Y
|
Y
T
 
A
P
 
P
V
 
V
V
 
-
H
 
G
S
 
T
H
 
H
E
 
E
F
 
-
D
 
-
A
 
T
A
 
L
V
 
L
G
 
A
Y
 
Y
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
R
L
 
L
D
 
L
E
|
E
N
 
N
A
 
G
S
 
A
P
 
N
E
 
S
N
 
S
F
 
F
M
 
V
S
 
H
A
 
R
V
 
I
F
 
N
D
 
D
L
 
P
H
 
K
D
 
V
H
 
S
S
 
I
D
 
D
V
 
E
F
 
L
A
 
I
R
 
A
E
 
D
E
 
P
A
 
V
R
 
E
F
 
-
R
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
-
M
 
V
T
 
V
Q
 
R
K
 
A
A
 
M
P
 
P
T
 
V
P
 
V
S
 
G
R
 
A
T
 
K
Q
 
H
D
 
D
R
 
R
T
 
I
L
 
-
E
 
-
T
 
-
R
 
-
P
 
-
R
 
-
T
 
A
L
 
L
P
 
P
A
 
A
V
 
E
-
 
L
-
 
F
-
 
G
D
 
D
E
 
A
F
 
R
H
 
T
N
 
N
E
 
S
P
 
A
D
 
G
T
 
L
D
 
D
L
 
L
A
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
S
N
 
N
Q
 
E
E
 
E
W
 
T
A
 
L
R
 
A
G
 
S
I
 
L
-
 
T
-
 
E
-
 
A
Y
 
L
R
 
R
H
 
E
A
 
S
A
 
A
S
 
A
L
 
M
E
 
K
G
 
W
Q
 
T
A
 
A
A
 
-
G
 
-
L
 
L
D
 
P
T
 
Q
L
 
L
Q
 
A
G
 
T
G
 
G
L
 
P
I
 
A
S
 
A
D
 
G
D
 
E
-
 
T
-
 
R
-
 
T
-
 
V
L
 
L
G
 
N
P
 
P
I
 
G
D
 
D
G
 
H
R
 
R
I
 
D
E
 
V
I
 
V
D
 
G
S
 
S
I
 
V
V
 
T
E
 
E
K
 
T
M
 
S
R
 
E
R
 
E
G
 
D
G
 
A
K
 
R
K
 
R
W
 
-
A
 
A
A
 
V
R
 
R
G
 
L
A
 
A
E
 
A
G
 
D
-
 
A
-
 
A
-
 
P
-
 
D
-
 
W
-
 
A
-
 
A
-
 
V
-
 
P
-
 
P
-
 
S
-
 
E
R
 
R
G
 
A
K
 
A
I
 
C
L
 
L
L
 
D
K
 
R
A
 
A
A
 
A
A
 
E
E
 
L
L
 
M
G
 
Q
V
 
A
R
 
R
R
 
M
G
 
P
E
 
T
I
 
L
M
 
L
S
 
G
V
 
L
M
 
I
M
 
I
Q
 
R
E
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
S
L
 
A
A
 
L
E
 
N
S
 
A
D
 
I
P
 
A
E
 
E
I
 
V
S
 
R
E
 
E
A
 
A
I
 
I
D
 
D
F
 
F
A
 
L
R
 
R
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
S
 
E
Q
 
Q
A
 
T
V
 
-
E
 
-
M
 
-
E
 
R
Q
 
R
L
 
T
N
 
L
G
 
G
A
 
P
K
 
G
F
 
H
T
 
G
P
 
P
V
 
L
G
 
G
L
 
P
T
 
I
M
 
V
V
 
C
A
x
I
P
x
S
P
|
P
W
|
W
N
|
N
F
 
F
P
 
P
V
 
L
A
 
A
I
|
I
P
 
F
T
 
T
G
 
G
S
 
Q
V
 
I
T
 
A
S
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
V
A
 
A
G
 
G
S
 
N
A
 
P
V
 
V
I
 
L
I
 
A
K
|
K
P
 
P
A
|
A
P
x
E
Q
 
E
V
 
T
R
 
P
R
 
L
C
 
I
A
 
A
A
 
A
V
 
E
M
 
G
V
 
V
E
 
R
A
 
I
L
 
L
W
 
R
A
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
I
P
 
P
K
 
A
D
 
S
V
 
A
L
 
L
H
 
Q
L
 
L
A
 
L
D
 
P
V
 
-
S
 
G
E
 
D
G
|
G
E
 
R
L
 
V
G
|
G
R
x
A
A
 
A
L
 
L
I
 
V
S
 
A
H
 
A
Q
 
A
G
 
E
V
 
T
D
 
A
R
 
G
V
 
V
I
 
M
L
 
F
T
|
T
G
|
G
A
x
S
F
 
T
E
 
E
T
x
V
A
 
A
A
 
R
L
 
L
F
 
I
R
 
Q
S
 
A
W
 
Q
R
 
L
A
 
A
D
 
D
-
 
R
-
 
L
-
 
S
-
 
P
-
 
A
-
 
G
-
 
R
-
 
P
L
 
I
P
 
P
V
 
L
L
 
I
A
 
A
E
|
E
T
|
T
S
 
G
G
 
G
K
 
Q
N
 
N
A
 
A
L
 
M
V
 
I
I
 
V
T
 
D
P
 
S
S
 
S
A
 
A
D
 
L
I
 
A
D
 
E
L
 
Q
A
 
V
V
 
V
A
 
G
D
 
D
L
 
V
V
 
I
K
 
T
S
 
S
A
 
A
F
 
F
G
 
D
H
 
S
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
K
 
R
C
|
C
S
 
S
A
 
A
A
 
L
S
 
R
L
 
V
V
 
L
I
 
C
L
 
L
V
 
Q
G
 
E
S
 
D
V
 
V
A
 
A
K
 
-
S
 
-
E
 
D
R
 
R
F
 
I
W
 
L
R
 
T
Q
 
M
L
 
L
E
 
K
D
 
G
A
 
A
V
 
L
N
 
H
T
 
E
L
 
L
D
 
H
V
 
I
G
 
G
W
 
R
P
 
T
D
 
D
A
 
-
R
 
R
P
 
L
E
 
S
T
 
V
T
 
D
M
 
V
N
 
G
P
 
P
I
 
V
I
 
I
E
 
T
P
 
S
P
 
E
-
 
A
-
 
K
-
 
D
-
 
N
-
 
I
-
 
E
-
 
K
-
 
H
-
 
I
-
 
E
-
 
R
-
 
M
-
 
R
-
 
G
-
 
L
G
 
G
A
 
R
K
 
K
L
 
V
R
 
E
Q
 
Q
-
 
I
G
 
G
L
 
L
-
 
A
T
 
S
E
 
E
L
 
T
G
 
G
A
 
V
G
 
G
E
 
T
-
 
F
-
 
V
-
 
P
E
 
P
W
 
T
L
 
I
A
 
I
E
 
E
P
 
L
R
 
E
Q
 
K
L
 
L
D
 
S
D
 
D
T
 
L
E
 
Q
R
 
R
L
 
-
W
 
-
S
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
-
L
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
-
P
 
-
G
 
-
S
 
-
T
 
-
F
 
-
H
 
-
Q
 
-
T
 
-
E
|
E
Y
 
V
F
|
F
G
 
G
P
 
P
L
 
V
L
 
L
G
 
H
V
 
V
M
 
I
-
 
R
-
 
Y
T
 
R
A
 
R
R
 
D
T
 
D
L
 
L
Q
 
D
D
 
R
A
 
L
V
 
V
E
 
D
Y
 
D
Q
 
V
N
 
N
S
 
A
V
 
T
E
 
G
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
T
 
T
A
 
F
G
 
G
I
 
L
H
 
H
S
 
T
L
 
R
D
 
L
P
 
D
D
 
E
E
 
T
V
 
I
S
 
A
Y
 
H
W
 
V
L
 
T
D
 
S
H
 
R
V
 
I
H
 
K
A
 
A
G
 
G
N
 
N
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
N
 
N
R
 
R
G
 
N
I
 
I
T
 
I
G
 
G
A
 
A
I
 
V
V
 
V
R
 
G
R
 
V
Q
 
Q
P
 
P
F
|
F
G
 
G
G
 
G
W
 
R
K
 
G
K
 
L
S
 
S
S
 
G
V
 
T
G
 
G
P
 
P
T
 
-
A
 
-
K
 
K
A
 
A
G
 
G
G
 
G
P
 
P
N
 
L
Y
 
Y
L
 
L
F
 
G
G
 
R
L
 
L
G
 
-
S
 
-
L
 
V
T
 
T
S
 
T
A
 
A
P
 
P
V
 
V

Sites not aligning to the query:

9dl6A Bifunctional protein PutA (see paper)
30% identity, 66% coverage: 191:969/1180 of query aligns to 247:1022/1218 of 9dl6A

query
sites
9dl6A
V
 
I
S
 
S
V
 
I
K
 
K
V
 
L
S
 
S
S
 
A
V
 
L
V
 
H
A
 
P
Q
 
R
L
 
Y
S
 
S
M
 
R
W
 
-
S
 
-
Y
 
-
D
 
-
Q
 
A
T
 
Q
V
 
A
E
 
A
R
 
R
V
 
V
V
 
M
E
 
G
K
 
E
L
 
L
V
 
L
P
 
P
L
 
R
Y
 
V
E
 
K
K
 
A
A
 
L
A
 
A
-
 
L
-
 
L
A
 
A
T
 
K
N
 
N
P
 
Y
P
 
D
T
 
I
F
 
G
I
 
L
N
 
N
L
 
I
D
|
D
M
x
A
E
 
E
E
 
E
Y
 
A
R
 
D
D
 
R
L
 
L
E
 
E
M
 
L
T
 
S
L
 
L
D
 
D
V
 
L
F
 
L
Q
 
E
R
 
V
V
 
L
L
 
C
G
 
L
R
 
D
E
 
G
S
 
D
L
 
L
H
 
S
H
 
G
Y
 
W
Y
 
N
G
 
G
-
 
M
G
 
G
I
 
F
V
|
V
M
 
V
Q
 
Q
A
 
A
Y
 
Y
-
 
G
-
 
K
-
 
R
L
 
C
P
 
P
E
 
F
A
 
V
L
 
L
D
 
D
A
 
-
M
 
-
K
 
-
R
 
-
L
 
-
S
 
-
A
 
-
F
 
F
A
 
I
T
 
I
E
 
D
R
 
L
V
 
A
A
 
R
K
 
R
G
 
S
G
 
G
A
 
R
Q
 
R
L
 
I
K
 
M
V
 
V
R
|
R
V
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
A
|
A
-
 
Y
-
x
W
-
 
D
-
 
A
N
 
E
L
 
I
Q
 
K
M
 
R
E
 
A
Q
 
Q
V
 
L
D
 
D
A
 
G
A
 
-
L
 
L
H
 
A
D
 
D
W
 
F
P
 
P
V
 
V
A
 
-
V
 
-
L
x
F
P
x
T
S
x
R
K
|
K
Q
 
I
E
 
H
S
x
T
D
 
D
T
 
V
N
 
S
Y
 
Y
K
 
I
R
 
A
V
 
C
L
 
A
E
 
A
W
 
K
S
 
L
L
 
L
S
 
A
P
 
A
E
 
-
R
 
-
A
 
T
K
 
D
A
 
V
I
 
V
R
 
F
I
 
P
G
 
Q
V
 
F
A
|
A
G
x
T
H
|
H
N
|
N
L
 
A
F
 
Q
D
 
T
L
 
L
A
 
A
F
 
A
S
 
I
H
 
Y
L
 
H
L
 
M
A
 
A
T
 
G
S
 
K
R
 
D
G
 
F
V
 
H
R
 
V
E
 
G
H
 
K
V
 
Y
D
 
E
F
 
F
E
x
Q
M
x
C
L
 
L
V
 
H
G
 
G
M
 
M
A
 
G
P
 
E
D
 
P
Q
 
L
A
 
Y
D
 
E
A
 
-
V
 
-
R
 
-
E
 
E
T
 
V
V
 
V
G
 
G
-
 
R
-
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
D
-
 
R
P
 
P
L
 
C
I
 
R
L
 
I
Y
|
Y
T
 
A
P
 
P
V
 
V
V
 
-
H
 
G
S
 
T
H
 
H
E
 
E
F
 
-
D
 
-
A
 
T
A
 
L
V
 
L
G
 
A
Y
 
Y
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
R
L
 
L
D
 
L
E
|
E
N
 
N
A
 
G
S
 
A
P
 
N
E
 
S
N
x
S
F
|
F
M
 
V
S
 
H
A
 
R
V
 
I
F
 
N
D
 
D
L
 
P
H
 
K
D
 
V
H
 
S
S
 
I
D
 
D
V
 
E
F
 
L
A
 
I
R
 
A
E
 
D
E
 
P
A
 
V
R
 
E
F
 
-
R
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
-
M
 
V
T
 
V
Q
 
R
K
 
A
A
 
M
P
 
P
T
 
V
P
 
V
S
 
G
R
 
A
T
 
K
Q
 
H
D
 
D
R
 
R
T
 
I
L
 
-
E
 
-
T
 
-
R
 
-
P
 
-
R
 
-
T
 
A
L
 
L
P
 
P
A
 
A
V
 
E
-
 
L
-
 
F
-
 
G
D
 
D
E
 
A
F
 
R
H
 
T
N
 
N
E
 
S
P
 
A
D
 
G
T
 
L
D
 
D
L
 
L
A
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
S
N
 
N
Q
 
E
E
 
E
W
 
T
A
 
L
R
 
A
G
 
S
I
 
L
-
 
T
-
 
E
-
 
A
Y
 
L
R
 
R
H
 
E
A
 
S
A
 
A
S
 
A
L
 
M
E
 
K
G
 
W
Q
 
T
A
 
A
A
 
-
G
 
-
L
 
L
D
 
P
T
 
Q
L
 
L
Q
 
A
G
 
T
G
 
G
L
 
P
I
 
A
S
 
A
D
 
G
D
 
E
-
 
T
-
 
R
-
 
T
-
 
V
L
 
L
G
 
N
P
 
P
I
 
G
D
 
D
G
 
H
R
 
R
I
 
D
E
 
V
I
 
V
D
 
G
S
 
S
I
 
V
V
 
T
E
 
E
K
 
T
M
 
S
R
 
E
R
 
E
G
 
D
G
 
A
K
 
R
K
 
R
W
 
-
A
 
A
A
 
V
R
 
R
G
 
L
A
 
A
E
 
A
G
 
D
-
 
A
-
 
A
-
 
P
-
 
D
-
 
W
-
 
A
-
 
A
-
 
V
-
 
P
-
 
P
-
 
S
-
 
E
R
 
R
G
 
A
K
 
A
I
 
C
L
 
L
L
 
D
K
 
R
A
 
A
A
 
A
A
 
E
E
 
L
L
 
M
G
 
Q
V
 
A
R
 
R
R
 
M
G
 
P
E
 
T
I
 
L
M
 
L
S
 
G
V
 
L
M
 
I
M
 
I
Q
 
R
E
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
S
L
 
A
A
 
L
E
 
N
S
 
A
D
 
I
P
 
A
E
 
E
I
 
V
S
 
R
E
|
E
A
 
A
I
 
I
D
 
D
F
 
F
A
 
L
R
 
R
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
S
 
E
Q
 
Q
A
 
T
V
 
-
E
 
-
M
 
-
E
 
R
Q
 
R
L
 
T
N
 
L
G
 
G
A
 
P
K
 
G
F
 
H
T
 
G
P
 
P
V
 
L
G
 
G
L
 
P
T
 
I
M
 
V
V
 
C
A
x
I
P
x
S
P
|
P
W
|
W
N
|
N
F
|
F
P
 
P
V
 
L
A
 
A
I
|
I
P
 
F
T
 
T
G
 
G
S
 
Q
V
 
I
T
 
A
S
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
V
A
 
A
G
 
G
S
 
N
A
 
P
V
 
V
I
 
L
I
 
A
K
|
K
P
 
P
A
|
A
P
x
E
Q
 
E
V
 
T
R
 
P
R
 
L
C
 
I
A
 
A
A
 
A
V
 
E
M
 
G
V
 
V
E
 
R
A
 
I
L
 
L
W
 
R
A
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
I
P
 
P
K
 
A
D
 
S
V
 
A
L
 
L
H
 
Q
L
 
L
A
 
L
D
 
P
V
 
-
S
 
G
E
 
D
G
|
G
E
 
R
L
 
V
G
|
G
R
x
A
A
 
A
L
 
L
I
 
V
S
 
A
H
 
A
Q
 
A
G
 
E
V
 
T
D
 
A
R
 
G
V
 
V
I
 
M
L
 
F
T
|
T
G
|
G
A
x
S
F
 
T
E
 
E
T
x
V
A
 
A
A
 
R
L
 
L
F
x
I
R
 
Q
S
 
A
W
 
Q
R
 
L
A
 
A
D
 
D
-
 
R
-
 
L
-
 
S
-
 
P
-
 
A
-
 
G
-
 
R
-
 
P
L
 
I
P
 
P
V
 
L
L
 
I
A
 
A
E
|
E
T
|
T
S
 
G
G
 
G
K
 
Q
N
 
N
A
 
A
L
 
M
V
 
I
I
 
V
T
 
D
P
 
S
S
 
S
A
 
A
D
 
L
I
 
A
D
 
E
L
 
Q
A
 
V
V
 
V
A
 
G
D
 
D
L
 
V
V
 
I
K
 
T
S
 
S
A
 
A
F
 
F
G
 
D
H
 
S
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
K
x
R
C
|
C
S
|
S
A
 
A
A
 
L
S
 
R
L
 
V
V
 
L
I
 
C
L
 
L
V
 
Q
G
 
E
S
 
D
V
 
V
A
 
A
K
 
-
S
 
-
E
 
D
R
 
R
F
 
I
W
 
L
R
 
T
Q
 
M
L
 
L
E
 
K
D
 
G
A
 
A
V
 
L
N
 
H
T
 
E
L
 
L
D
 
H
V
 
I
G
 
G
W
 
R
P
 
T
D
 
D
A
 
-
R
 
R
P
 
L
E
 
S
T
 
V
T
 
D
M
 
V
N
 
G
P
 
P
I
 
V
I
 
I
E
 
T
P
 
S
P
 
E
-
 
A
-
 
K
-
 
D
-
 
N
-
 
I
-
 
E
-
 
K
-
 
H
-
 
I
-
 
E
-
 
R
-
 
M
-
 
R
-
 
G
-
 
L
G
 
G
A
 
R
K
 
K
L
 
V
R
 
E
Q
 
Q
-
 
I
G
 
G
L
 
L
-
 
A
T
 
S
E
 
E
L
 
T
G
 
G
A
 
V
G
 
G
E
 
T
-
 
F
-
 
V
-
 
P
E
 
P
W
 
T
L
 
I
A
 
I
E
 
E
P
 
L
R
 
E
Q
 
K
L
 
L
D
 
S
D
 
D
T
 
L
E
 
Q
R
 
R
L
 
-
W
 
-
S
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
-
L
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
-
P
 
-
G
 
-
S
 
-
T
 
-
F
 
-
H
 
-
Q
 
-
T
 
-
E
|
E
Y
 
V
F
|
F
G
 
G
P
 
P
L
 
V
L
 
L
G
 
H
V
 
V
M
 
I
-
 
R
-
 
Y
T
 
R
A
 
R
R
 
D
T
 
D
L
 
L
Q
 
D
D
 
R
A
 
L
V
 
V
E
 
D
Y
 
D
Q
 
V
N
 
N
S
 
A
V
 
T
E
 
G
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
T
 
T
A
 
F
G
 
G
I
 
L
H
 
H
S
 
T
L
 
R
D
 
L
P
 
D
D
 
E
E
 
T
V
 
I
S
 
A
Y
 
H
W
 
V
L
 
T
D
 
S
H
 
R
V
 
I
H
 
K
A
 
A
G
 
G
N
 
N
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
N
 
N
R
 
R
G
 
N
I
 
I
T
 
I
G
|
G
A
|
A
I
 
V
V
 
V
R
 
G
R
 
V
Q
 
Q
P
 
P
F
|
F
G
 
G
G
 
G
W
 
R
K
 
G
K
 
L
S
 
S
S
 
G
V
 
T
G
 
G
P
 
P
T
 
-
A
 
-
K
 
K
A
 
A
G
 
G
G
 
G
P
 
P
N
 
L
Y
 
Y
L
 
L
F
 
G
G
 
R
L
 
L
G
 
-
S
 
-
L
 
V
T
 
T
S
 
T
A
 
A
P
 
P
V
 
V

6x9dA Structure of proline utilization a with trans-4-hydroxy-l-proline bound in the l-glutamate-gamma-semialdehyde dehydrogenase active site (see paper)
30% identity, 66% coverage: 191:969/1180 of query aligns to 247:1022/1218 of 6x9dA

query
sites
6x9dA
V
 
I
S
 
S
V
 
I
K
 
K
V
 
L
S
 
S
S
 
A
V
 
L
V
 
H
A
 
P
Q
 
R
L
 
Y
S
 
S
M
 
R
W
 
-
S
 
-
Y
 
-
D
 
-
Q
 
A
T
 
Q
V
 
A
E
 
A
R
 
R
V
 
V
V
 
M
E
 
G
K
 
E
L
 
L
V
 
L
P
 
P
L
 
R
Y
 
V
E
 
K
K
 
A
A
 
L
A
 
A
-
 
L
-
 
L
A
 
A
T
 
K
N
 
N
P
 
Y
P
 
D
T
 
I
F
 
G
I
 
L
N
 
N
L
 
I
D
|
D
M
x
A
E
 
E
E
 
E
Y
 
A
R
 
D
D
 
R
L
 
L
E
 
E
M
 
L
T
 
S
L
 
L
D
 
D
V
 
L
F
 
L
Q
 
E
R
 
V
V
 
L
L
 
C
G
 
L
R
 
D
E
 
G
S
 
D
L
 
L
H
 
S
H
 
G
Y
 
W
Y
 
N
G
 
G
-
 
M
G
 
G
I
 
F
V
|
V
M
 
V
Q
|
Q
A
 
A
Y
 
Y
-
 
G
-
 
K
-
 
R
L
 
C
P
 
P
E
 
F
A
 
V
L
 
L
D
 
D
A
 
-
M
 
-
K
 
-
R
 
-
L
 
-
S
 
-
A
 
-
F
 
F
A
 
I
T
 
I
E
 
D
R
 
L
V
 
A
A
 
R
K
 
R
G
 
S
G
 
G
A
 
R
Q
 
R
L
 
I
K
 
M
V
 
V
R
|
R
V
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
A
|
A
-
x
Y
-
x
W
-
 
D
-
 
A
N
 
E
L
 
I
Q
 
K
M
 
R
E
 
A
Q
 
Q
V
 
L
D
 
D
A
 
G
A
 
-
L
 
L
H
 
A
D
 
D
W
 
F
P
 
P
V
 
V
A
 
-
V
 
-
L
x
F
P
x
T
S
x
R
K
|
K
Q
 
I
E
 
H
S
x
T
D
 
D
T
 
V
N
 
S
Y
 
Y
K
 
I
R
 
A
V
 
C
L
 
A
E
 
A
W
 
K
S
 
L
L
 
L
S
 
A
P
 
A
E
 
-
R
 
-
A
 
T
K
 
D
A
 
V
I
 
V
R
 
F
I
 
P
G
 
Q
V
 
F
A
|
A
G
x
T
H
|
H
N
|
N
L
 
A
F
 
Q
D
 
T
L
 
L
A
 
A
F
 
A
S
 
I
H
 
Y
L
 
H
L
 
M
A
 
A
T
 
G
S
 
K
R
 
D
G
 
F
V
 
H
R
 
V
E
 
G
H
 
K
V
 
Y
D
 
E
F
 
F
E
x
Q
M
x
C
L
 
L
V
 
H
G
 
G
M
 
M
A
 
G
P
 
E
D
 
P
Q
 
L
A
 
Y
D
 
E
A
 
-
V
 
-
R
 
-
E
 
E
T
 
V
V
 
V
G
 
G
-
 
R
-
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
D
-
 
R
P
 
P
L
 
C
I
 
R
L
 
I
Y
 
Y
T
 
A
P
 
P
V
 
V
V
 
-
H
 
G
S
 
T
H
 
H
E
 
E
F
 
-
D
 
-
A
 
T
A
 
L
V
 
L
G
 
A
Y
 
Y
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
R
L
 
L
D
 
L
E
|
E
N
 
N
A
 
G
S
 
A
P
 
N
E
 
S
N
x
S
F
|
F
M
 
V
S
 
H
A
 
R
V
 
I
F
 
N
D
 
D
L
 
P
H
 
K
D
 
V
H
 
S
S
 
I
D
 
D
V
 
E
F
 
L
A
 
I
R
 
A
E
 
D
E
 
P
A
 
V
R
 
E
F
 
-
R
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
-
M
 
V
T
 
V
Q
 
R
K
 
A
A
 
M
P
 
P
T
 
V
P
 
V
S
 
G
R
 
A
T
 
K
Q
 
H
D
 
D
R
 
R
T
 
I
L
 
-
E
 
-
T
 
-
R
 
-
P
 
-
R
 
-
T
 
A
L
 
L
P
 
P
A
 
A
V
 
E
-
 
L
-
 
F
-
 
G
D
 
D
E
 
A
F
 
R
H
 
T
N
 
N
E
 
S
P
 
A
D
 
G
T
 
L
D
 
D
L
 
L
A
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
S
N
 
N
Q
 
E
E
 
E
W
 
T
A
 
L
R
 
A
G
 
S
I
 
L
-
 
T
-
 
E
-
 
A
Y
 
L
R
 
R
H
 
E
A
 
S
A
 
A
S
 
A
L
 
M
E
 
K
G
 
W
Q
 
T
A
 
A
A
 
-
G
 
-
L
 
L
D
 
P
T
 
Q
L
 
L
Q
 
A
G
 
T
G
 
G
L
 
P
I
 
A
S
 
A
D
 
G
D
 
E
-
 
T
-
 
R
-
 
T
-
 
V
L
 
L
G
 
N
P
 
P
I
 
G
D
 
D
G
 
H
R
 
R
I
 
D
E
 
V
I
 
V
D
 
G
S
 
S
I
 
V
V
 
T
E
 
E
K
 
T
M
 
S
R
 
E
R
 
E
G
 
D
G
 
A
K
 
R
K
 
R
W
 
-
A
 
A
A
 
V
R
 
R
G
 
L
A
 
A
E
 
A
G
 
D
-
 
A
-
 
A
-
 
P
-
 
D
-
 
W
-
 
A
-
 
A
-
 
V
-
 
P
-
 
P
-
 
S
-
 
E
R
 
R
G
 
A
K
 
A
I
 
C
L
 
L
L
 
D
K
 
R
A
 
A
A
 
A
A
 
E
E
 
L
L
 
M
G
 
Q
V
 
A
R
 
R
R
 
M
G
 
P
E
 
T
I
 
L
M
 
L
S
 
G
V
 
L
M
 
I
M
 
I
Q
 
R
E
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
S
L
 
A
A
 
L
E
 
N
S
 
A
D
 
I
P
 
A
E
 
E
I
 
V
S
 
R
E
|
E
A
 
A
I
 
I
D
 
D
F
 
F
A
 
L
R
 
R
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
S
 
E
Q
 
Q
A
 
T
V
 
-
E
 
-
M
 
-
E
 
R
Q
 
R
L
 
T
N
 
L
G
 
G
A
 
P
K
 
G
F
 
H
T
 
G
P
 
P
V
 
L
G
 
G
L
 
P
T
 
I
M
 
V
V
 
C
A
x
I
P
x
S
P
|
P
W
|
W
N
|
N
F
|
F
P
 
P
V
 
L
A
 
A
I
|
I
P
 
F
T
 
T
G
 
G
S
 
Q
V
 
I
T
 
A
S
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
V
A
 
A
G
 
G
S
 
N
A
 
P
V
 
V
I
 
L
I
 
A
K
|
K
P
 
P
A
|
A
P
x
E
Q
 
E
V
 
T
R
 
P
R
 
L
C
 
I
A
 
A
A
 
A
V
 
E
M
 
G
V
 
V
E
 
R
A
 
I
L
 
L
W
 
R
A
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
I
P
 
P
K
 
A
D
 
S
V
 
A
L
 
L
H
 
Q
L
 
L
A
 
L
D
 
P
V
 
-
S
 
G
E
 
D
G
|
G
E
 
R
L
 
V
G
|
G
R
x
A
A
 
A
L
 
L
I
 
V
S
 
A
H
 
A
Q
 
A
G
 
E
V
 
T
D
 
A
R
 
G
V
 
V
I
 
M
L
 
F
T
|
T
G
|
G
A
x
S
F
 
T
E
 
E
T
x
V
A
 
A
A
 
R
L
 
L
F
 
I
R
 
Q
S
 
A
W
 
Q
R
 
L
A
 
A
D
 
D
-
 
R
-
 
L
-
 
S
-
 
P
-
 
A
-
 
G
-
 
R
-
 
P
L
 
I
P
 
P
V
 
L
L
 
I
A
 
A
E
|
E
T
|
T
S
 
G
G
 
G
K
 
Q
N
 
N
A
 
A
L
 
M
V
 
I
I
 
V
T
 
D
P
 
S
S
 
S
A
 
A
D
 
L
I
 
A
D
 
E
L
 
Q
A
 
V
V
 
V
A
 
G
D
 
D
L
 
V
V
 
I
K
 
T
S
 
S
A
 
A
F
 
F
G
 
D
H
 
S
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
K
x
R
C
|
C
S
|
S
A
 
A
A
 
L
S
 
R
L
 
V
V
 
L
I
 
C
L
 
L
V
 
Q
G
 
E
S
 
D
V
 
V
A
 
A
K
 
-
S
 
-
E
 
D
R
 
R
F
 
I
W
 
L
R
 
T
Q
 
M
L
 
L
E
 
K
D
 
G
A
 
A
V
 
L
N
 
H
T
 
E
L
 
L
D
 
H
V
 
I
G
 
G
W
 
R
P
 
T
D
 
D
A
 
-
R
 
R
P
 
L
E
 
S
T
 
V
T
 
D
M
 
V
N
 
G
P
 
P
I
 
V
I
 
I
E
 
T
P
 
S
P
 
E
-
 
A
-
 
K
-
 
D
-
 
N
-
 
I
-
 
E
-
 
K
-
 
H
-
 
I
-
 
E
-
 
R
-
 
M
-
 
R
-
 
G
-
 
L
G
 
G
A
 
R
K
 
K
L
 
V
R
 
E
Q
 
Q
-
 
I
G
 
G
L
 
L
-
 
A
T
 
S
E
 
E
L
 
T
G
 
G
A
 
V
G
 
G
E
 
T
-
 
F
-
 
V
-
 
P
E
 
P
W
 
T
L
 
I
A
 
I
E
 
E
P
 
L
R
 
E
Q
 
K
L
 
L
D
 
S
D
 
D
T
 
L
E
 
Q
R
 
R
L
 
-
W
 
-
S
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
-
L
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
-
P
 
-
G
 
-
S
 
-
T
 
-
F
 
-
H
 
-
Q
 
-
T
 
-
E
|
E
Y
 
V
F
|
F
G
 
G
P
 
P
L
 
V
L
 
L
G
 
H
V
 
V
M
 
I
-
 
R
-
 
Y
T
 
R
A
 
R
R
 
D
T
 
D
L
 
L
Q
 
D
D
 
R
A
 
L
V
 
V
E
 
D
Y
 
D
Q
 
V
N
 
N
S
 
A
V
 
T
E
 
G
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
T
 
T
A
 
F
G
 
G
I
 
L
H
 
H
S
 
T
L
 
R
D
 
L
P
 
D
D
 
E
E
 
T
V
 
I
S
 
A
Y
 
H
W
 
V
L
 
T
D
 
S
H
 
R
V
 
I
H
 
K
A
 
A
G
 
G
N
 
N
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
N
 
N
R
 
R
G
 
N
I
 
I
T
 
I
G
|
G
A
|
A
I
 
V
V
 
V
R
 
G
R
 
V
Q
 
Q
P
 
P
F
|
F
G
 
G
G
 
G
W
 
R
K
 
G
K
 
L
S
 
S
S
 
G
V
 
T
G
 
G
P
 
P
T
 
-
A
 
-
K
 
K
A
|
A
G
 
G
G
 
G
P
 
P
N
 
L
Y
 
Y
L
 
L
F
 
G
G
 
R
L
 
L
G
 
-
S
 
-
L
 
V
T
 
T
S
 
T
A
 
A
P
 
P
V
 
V

6x9cA Structure of proline utilization a with l-proline bound in the l- glutamate-gamma-semialdehyde dehydrogenase active site (see paper)
30% identity, 66% coverage: 191:969/1180 of query aligns to 242:1017/1209 of 6x9cA

query
sites
6x9cA
V
 
I
S
 
S
V
 
I
K
 
K
V
 
L
S
 
S
S
 
A
V
 
L
V
 
H
A
 
P
Q
 
R
L
 
Y
S
 
S
M
 
R
W
 
-
S
 
-
Y
 
-
D
 
-
Q
 
A
T
 
Q
V
 
A
E
 
A
R
 
R
V
 
V
V
 
M
E
 
G
K
 
E
L
 
L
V
 
L
P
 
P
L
 
R
Y
 
V
E
 
K
K
 
A
A
 
L
A
 
A
-
 
L
-
 
L
A
 
A
T
 
K
N
 
N
P
 
Y
P
 
D
T
 
I
F
 
G
I
 
L
N
 
N
L
 
I
D
|
D
M
x
A
E
 
E
E
 
E
Y
 
A
R
 
D
D
 
R
L
 
L
E
 
E
M
 
L
T
 
S
L
 
L
D
 
D
V
 
L
F
 
L
Q
 
E
R
 
V
V
 
L
L
 
C
G
 
L
R
 
D
E
 
G
S
 
D
L
 
L
H
 
S
H
 
G
Y
 
W
Y
 
N
G
 
G
-
 
M
G
 
G
I
 
F
V
|
V
M
 
V
Q
|
Q
A
 
A
Y
 
Y
-
 
G
-
 
K
-
 
R
L
 
C
P
 
P
E
 
F
A
 
V
L
 
L
D
 
D
A
 
-
M
 
-
K
 
-
R
 
-
L
 
-
S
 
-
A
 
-
F
 
F
A
 
I
T
 
I
E
 
D
R
 
L
V
 
A
A
 
R
K
 
R
G
 
S
G
 
G
A
 
R
Q
 
R
L
 
I
K
 
M
V
 
V
R
|
R
V
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
A
|
A
-
x
Y
-
x
W
-
 
D
-
 
A
N
 
E
L
 
I
Q
 
K
M
 
R
E
 
A
Q
 
Q
V
 
L
D
 
D
A
 
G
A
 
-
L
 
L
H
 
A
D
 
D
W
 
F
P
 
P
V
 
V
A
 
-
V
 
-
L
x
F
P
x
T
S
x
R
K
|
K
Q
 
I
E
 
H
S
x
T
D
 
D
T
 
V
N
 
S
Y
 
Y
K
 
I
R
 
A
V
 
C
L
 
A
E
 
A
W
 
K
S
 
L
L
 
L
S
 
A
P
 
A
E
 
-
R
 
-
A
 
T
K
 
D
A
 
V
I
 
V
R
 
F
I
 
P
G
 
Q
V
 
F
A
|
A
G
x
T
H
|
H
N
|
N
L
 
A
F
 
Q
D
 
T
L
 
L
A
 
A
F
 
A
S
 
I
H
 
Y
L
 
H
L
 
M
A
 
A
T
 
G
S
 
K
R
 
D
G
 
F
V
 
H
R
 
V
E
 
G
H
 
K
V
 
Y
D
 
E
F
 
F
E
x
Q
M
x
C
L
 
L
V
 
H
G
 
G
M
 
M
A
 
G
P
 
E
D
 
P
Q
 
L
A
 
Y
D
 
E
A
 
-
V
 
-
R
 
-
E
 
E
T
 
V
V
 
V
G
 
G
-
 
R
-
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
D
-
 
R
P
 
P
L
 
C
I
 
R
L
 
I
Y
 
Y
T
 
A
P
 
P
V
 
V
V
 
-
H
 
G
S
 
T
H
 
H
E
 
E
F
 
-
D
 
-
A
 
T
A
 
L
V
 
L
G
 
A
Y
 
Y
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
R
L
 
L
D
 
L
E
|
E
N
 
N
A
 
G
S
 
A
P
 
N
E
 
S
N
x
S
F
|
F
M
 
V
S
 
H
A
 
R
V
 
I
F
 
N
D
 
D
L
 
P
H
 
K
D
 
V
H
 
S
S
 
I
D
 
D
V
 
E
F
 
L
A
 
I
R
 
A
E
 
D
E
 
P
A
 
V
R
 
E
F
 
-
R
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
-
M
 
V
T
 
V
Q
 
R
K
 
A
A
 
M
P
 
P
T
 
V
P
 
V
S
 
G
R
 
A
T
 
K
Q
 
H
D
 
D
R
 
R
T
 
I
L
 
-
E
 
-
T
 
-
R
 
-
P
 
-
R
 
-
T
 
A
L
 
L
P
 
P
A
 
A
V
 
E
-
 
L
-
 
F
-
 
G
D
 
D
E
 
A
F
 
R
H
 
T
N
 
N
E
 
S
P
 
A
D
 
G
T
 
L
D
 
D
L
 
L
A
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
S
N
 
N
Q
 
E
E
 
E
W
 
T
A
 
L
R
 
A
G
 
S
I
 
L
-
 
T
-
 
E
-
 
A
Y
 
L
R
 
R
H
 
E
A
 
S
A
 
A
S
 
A
L
 
M
E
 
K
G
 
W
Q
 
T
A
 
A
A
 
-
G
 
-
L
 
L
D
 
P
T
 
Q
L
 
L
Q
 
A
G
 
T
G
 
G
L
 
P
I
 
A
S
 
A
D
 
G
D
 
E
-
 
T
-
 
R
-
 
T
-
 
V
L
 
L
G
 
N
P
 
P
I
 
G
D
 
D
G
 
H
R
 
R
I
 
D
E
 
V
I
 
V
D
 
G
S
 
S
I
 
V
V
 
T
E
 
E
K
 
T
M
 
S
R
 
E
R
 
E
G
 
D
G
 
A
K
 
R
K
 
R
W
 
-
A
 
A
A
 
V
R
 
R
G
 
L
A
 
A
E
 
A
G
 
D
-
 
A
-
 
A
-
 
P
-
 
D
-
 
W
-
 
A
-
 
A
-
 
V
-
 
P
-
 
P
-
 
S
-
 
E
R
 
R
G
 
A
K
 
A
I
 
C
L
 
L
L
 
D
K
 
R
A
 
A
A
 
A
A
 
E
E
 
L
L
 
M
G
 
Q
V
 
A
R
 
R
R
 
M
G
 
P
E
 
T
I
 
L
M
 
L
S
 
G
V
 
L
M
 
I
M
 
I
Q
 
R
E
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
S
L
 
A
A
 
L
E
 
N
S
 
A
D
 
I
P
 
A
E
 
E
I
 
V
S
 
R
E
 
E
A
 
A
I
 
I
D
 
D
F
 
F
A
 
L
R
 
R
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
S
 
E
Q
 
Q
A
 
T
V
 
-
E
 
-
M
 
-
E
 
R
Q
 
R
L
 
T
N
 
L
G
 
G
A
 
P
K
 
G
F
 
H
T
 
G
P
 
P
V
 
L
G
 
G
L
 
P
T
 
I
M
 
V
V
 
C
A
x
I
P
x
S
P
|
P
W
|
W
N
|
N
F
 
F
P
 
P
V
 
L
A
 
A
I
 
I
P
 
F
T
 
T
G
 
G
S
 
Q
V
 
I
T
 
A
S
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
V
A
 
A
G
 
G
S
 
N
A
 
P
V
 
V
I
 
L
I
 
A
K
|
K
P
 
P
A
 
A
P
x
E
Q
 
E
V
 
T
R
 
P
R
 
L
C
 
I
A
 
A
A
 
A
V
 
E
M
 
G
V
 
V
E
 
R
A
 
I
L
 
L
W
 
R
A
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
I
P
 
P
K
 
A
D
 
S
V
 
A
L
 
L
H
 
Q
L
 
L
A
 
L
D
 
P
V
 
-
S
 
G
E
 
D
G
|
G
E
 
R
L
 
V
G
|
G
R
x
A
A
 
A
L
 
L
I
 
V
S
 
A
H
 
A
Q
 
A
G
 
E
V
 
T
D
 
A
R
 
G
V
 
V
I
 
M
L
x
F
T
 
T
G
|
G
A
x
S
F
 
T
E
 
E
T
x
V
A
 
A
A
 
R
L
 
L
F
 
I
R
 
Q
S
 
A
W
 
Q
R
 
L
A
 
A
D
 
D
-
 
R
-
 
L
-
 
S
-
 
P
-
 
A
-
 
G
-
 
R
-
 
P
L
 
I
P
 
P
V
 
L
L
 
I
A
 
A
E
|
E
T
 
T
S
 
G
G
 
G
K
 
Q
N
 
N
A
 
A
L
 
M
V
 
I
I
 
V
T
 
D
P
 
S
S
 
S
A
 
A
D
 
L
I
 
A
D
 
E
L
 
Q
A
 
V
V
 
V
A
 
G
D
 
D
L
 
V
V
 
I
K
 
T
S
 
S
A
 
A
F
 
F
G
 
D
H
 
S
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
K
x
R
C
|
C
S
|
S
A
 
A
A
 
L
S
 
R
L
 
V
V
 
L
I
 
C
L
 
L
V
 
Q
G
 
E
S
 
D
V
 
V
A
 
A
K
 
-
S
 
-
E
 
D
R
 
R
F
 
I
W
 
L
R
 
T
Q
 
M
L
 
L
E
 
K
D
 
G
A
 
A
V
 
L
N
 
H
T
 
E
L
 
L
D
 
H
V
 
I
G
 
G
W
 
R
P
 
T
D
 
D
A
 
-
R
 
R
P
 
L
E
 
S
T
 
V
T
 
D
M
 
V
N
 
G
P
 
P
I
 
V
I
 
I
E
 
T
P
 
S
P
 
E
-
 
A
-
 
K
-
 
D
-
 
N
-
 
I
-
 
E
-
 
K
-
 
H
-
 
I
-
 
E
-
 
R
-
 
M
-
 
R
-
 
G
-
 
L
G
 
G
A
 
R
K
 
K
L
 
V
R
 
E
Q
 
Q
-
 
I
G
 
G
L
 
L
-
 
A
T
 
S
E
 
E
L
 
T
G
 
G
A
 
V
G
 
G
E
 
T
-
 
F
-
 
V
-
 
P
E
 
P
W
 
T
L
 
I
A
 
I
E
 
E
P
 
L
R
 
E
Q
 
K
L
 
L
D
 
S
D
 
D
T
 
L
E
 
Q
R
 
R
L
 
-
W
 
-
S
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
-
L
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
-
P
 
-
G
 
-
S
 
-
T
 
-
F
 
-
H
 
-
Q
 
-
T
 
-
E
|
E
Y
 
V
F
|
F
G
 
G
P
 
P
L
 
V
L
 
L
G
 
H
V
 
V
M
 
I
-
 
R
-
 
Y
T
 
R
A
 
R
R
 
D
T
 
D
L
 
L
Q
 
D
D
 
R
A
 
L
V
 
V
E
 
D
Y
 
D
Q
 
V
N
 
N
S
 
A
V
 
T
E
 
G
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
T
 
T
A
 
F
G
 
G
I
 
L
H
 
H
S
 
T
L
 
R
D
 
L
P
 
D
D
 
E
E
 
T
V
 
I
S
 
A
Y
 
H
W
 
V
L
 
T
D
 
S
H
 
R
V
 
I
H
 
K
A
 
A
G
 
G
N
 
N
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
N
 
N
R
 
R
G
 
N
I
 
I
T
 
I
G
|
G
A
|
A
I
 
V
V
 
V
R
 
G
R
 
V
Q
 
Q
P
 
P
F
|
F
G
 
G
G
 
G
W
 
R
K
 
G
K
 
L
S
 
S
S
 
G
V
 
T
G
 
G
P
 
P
T
 
-
A
 
-
K
 
K
A
|
A
G
 
G
G
 
G
P
 
P
N
 
L
Y
 
Y
L
 
L
F
 
G
G
 
R
L
 
L
G
 
-
S
 
-
L
 
V
T
 
T
S
 
T
A
 
A
P
 
P
V
 
V

9e0cA Bifunctional protein PutA (see paper)
30% identity, 66% coverage: 191:969/1180 of query aligns to 245:1020/1216 of 9e0cA

query
sites
9e0cA
V
 
I
S
 
S
V
 
I
K
|
K
V
 
L
S
 
S
S
 
A
V
 
L
V
 
H
A
 
P
Q
 
R
L
 
Y
S
 
S
M
 
R
W
 
-
S
 
-
Y
 
-
D
 
-
Q
 
A
T
 
Q
V
 
A
E
 
A
R
 
R
V
 
V
V
 
M
E
 
G
K
 
E
L
 
L
V
 
L
P
 
P
L
 
R
Y
 
V
E
 
K
K
 
A
A
 
L
A
 
A
-
 
L
-
 
L
A
 
A
T
 
K
N
 
N
P
 
Y
P
 
D
T
 
I
F
 
G
I
 
L
N
 
N
L
 
I
D
|
D
M
x
A
E
 
E
E
 
E
Y
 
A
R
 
D
D
 
R
L
 
L
E
 
E
M
 
L
T
 
S
L
 
L
D
 
D
V
 
L
F
 
L
Q
 
E
R
 
V
V
 
L
L
 
C
G
 
L
R
 
D
E
 
G
S
 
D
L
 
L
H
 
S
H
 
G
Y
 
W
Y
 
N
G
 
G
-
 
M
G
 
G
I
 
F
V
|
V
M
 
V
Q
 
Q
A
 
A
Y
 
Y
-
 
G
-
 
K
-
 
R
L
 
C
P
 
P
E
 
F
A
 
V
L
 
L
D
 
D
A
 
-
M
 
-
K
 
-
R
 
-
L
 
-
S
 
-
A
 
-
F
 
F
A
 
I
T
 
I
E
 
D
R
 
L
V
 
A
A
 
R
K
 
R
G
 
S
G
 
G
A
 
R
Q
 
R
L
 
I
K
 
M
V
 
V
R
|
R
V
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
A
|
A
-
x
Y
-
x
W
-
 
D
-
 
A
N
 
E
L
 
I
Q
 
K
M
 
R
E
 
A
Q
 
Q
V
 
L
D
 
D
A
 
G
A
 
-
L
 
L
H
 
A
D
 
D
W
 
F
P
 
P
V
 
V
A
 
-
V
 
-
L
x
F
P
x
T
S
x
R
K
|
K
Q
 
I
E
 
H
S
x
T
D
 
D
T
 
V
N
 
S
Y
 
Y
K
 
I
R
 
A
V
 
C
L
 
A
E
 
A
W
 
K
S
 
L
L
 
L
S
 
A
P
 
A
E
 
-
R
 
-
A
 
T
K
 
D
A
 
V
I
 
V
R
 
F
I
 
P
G
 
Q
V
 
F
A
|
A
G
x
T
H
|
H
N
|
N
L
 
A
F
 
Q
D
 
T
L
 
L
A
 
A
F
 
A
S
 
I
H
 
Y
L
 
H
L
 
M
A
 
A
T
 
G
S
 
K
R
 
D
G
 
F
V
 
H
R
 
V
E
 
G
H
 
K
V
 
Y
D
 
E
F
 
F
E
x
Q
M
x
C
L
 
L
V
 
H
G
 
G
M
 
M
A
 
G
P
 
E
D
 
P
Q
 
L
A
 
Y
D
 
E
A
 
-
V
 
-
R
 
-
E
 
E
T
 
V
V
 
V
G
 
G
-
 
R
-
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
D
-
 
R
P
 
P
L
 
C
I
 
R
L
 
I
Y
|
Y
T
 
A
P
 
P
V
 
V
V
 
-
H
 
G
S
 
T
H
 
H
E
 
E
F
 
-
D
 
-
A
 
T
A
 
L
V
 
L
G
 
A
Y
 
Y
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
R
L
 
L
D
 
L
E
|
E
N
 
N
A
 
G
S
 
A
P
 
N
E
 
S
N
x
S
F
|
F
M
 
V
S
 
H
A
 
R
V
 
I
F
 
N
D
 
D
L
 
P
H
 
K
D
 
V
H
 
S
S
 
I
D
 
D
V
 
E
F
 
L
A
 
I
R
 
A
E
 
D
E
 
P
A
 
V
R
 
E
F
 
-
R
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
-
M
 
V
T
 
V
Q
 
R
K
 
A
A
 
M
P
 
P
T
 
V
P
 
V
S
 
G
R
 
A
T
 
K
Q
 
H
D
 
D
R
 
R
T
 
I
L
 
-
E
 
-
T
 
-
R
 
-
P
 
-
R
 
-
T
 
A
L
 
L
P
 
P
A
 
A
V
 
E
-
 
L
-
 
F
-
 
G
D
 
D
E
 
A
F
 
R
H
 
T
N
 
N
E
 
S
P
 
A
D
 
G
T
 
L
D
 
D
L
 
L
A
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
S
N
 
N
Q
 
E
E
 
E
W
 
T
A
 
L
R
 
A
G
 
S
I
 
L
-
 
T
-
 
E
-
 
A
Y
 
L
R
 
R
H
 
E
A
 
S
A
 
A
S
 
A
L
 
M
E
 
K
G
 
W
Q
 
T
A
 
A
A
 
-
G
 
-
L
 
L
D
 
P
T
 
Q
L
 
L
Q
 
A
G
 
T
G
 
G
L
 
P
I
 
A
S
 
A
D
 
G
D
 
E
-
 
T
-
 
R
-
 
T
-
 
V
L
 
L
G
 
N
P
 
P
I
 
G
D
 
D
G
 
H
R
 
R
I
 
D
E
 
V
I
 
V
D
 
G
S
 
S
I
 
V
V
 
T
E
 
E
K
 
T
M
 
S
R
 
E
R
 
E
G
 
D
G
 
A
K
 
R
K
 
R
W
 
-
A
 
A
A
 
V
R
 
R
G
 
L
A
 
A
E
 
A
G
 
D
-
 
A
-
 
A
-
 
P
-
 
D
-
 
W
-
 
A
-
 
A
-
 
V
-
 
P
-
 
P
-
 
S
-
 
E
R
 
R
G
 
A
K
 
A
I
 
C
L
 
L
L
 
D
K
 
R
A
 
A
A
 
A
A
 
E
E
 
L
L
 
M
G
 
Q
V
 
A
R
 
R
R
 
M
G
 
P
E
 
T
I
 
L
M
 
L
S
 
G
V
 
L
M
 
I
M
 
I
Q
 
R
E
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
S
L
 
A
A
 
L
E
 
N
S
 
A
D
 
I
P
 
A
E
 
E
I
 
V
S
 
R
E
 
E
A
 
A
I
 
I
D
 
D
F
 
F
A
 
L
R
 
R
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
S
 
E
Q
 
Q
A
 
T
V
 
-
E
 
-
M
 
-
E
 
R
Q
 
R
L
 
T
N
 
L
G
 
G
A
 
P
K
 
G
F
 
H
T
 
G
P
 
P
V
 
L
G
 
G
L
 
P
T
 
I
M
 
V
V
 
C
A
x
I
P
x
S
P
|
P
W
|
W
N
|
N
F
 
F
P
 
P
V
 
L
A
 
A
I
|
I
P
 
F
T
 
T
G
 
G
S
 
Q
V
 
I
T
 
A
S
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
V
A
 
A
G
 
G
S
 
N
A
 
P
V
 
V
I
 
L
I
 
A
K
|
K
P
 
P
A
|
A
P
x
E
Q
 
E
V
 
T
R
 
P
R
 
L
C
 
I
A
 
A
A
 
A
V
 
E
M
 
G
V
 
V
E
 
R
A
 
I
L
 
L
W
 
R
A
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
I
P
 
P
K
 
A
D
 
S
V
 
A
L
 
L
H
 
Q
L
 
L
A
 
L
D
 
P
V
 
-
S
 
G
E
 
D
G
|
G
E
 
R
L
 
V
G
|
G
R
x
A
A
 
A
L
 
L
I
 
V
S
 
A
H
 
A
Q
 
A
G
 
E
V
 
T
D
 
A
R
 
G
V
 
V
I
 
M
L
x
F
T
|
T
G
|
G
A
x
S
F
 
T
E
 
E
T
x
V
A
 
A
A
 
R
L
 
L
F
x
I
R
 
Q
S
 
A
W
 
Q
R
 
L
A
 
A
D
 
D
-
 
R
-
 
L
-
 
S
-
 
P
-
 
A
-
 
G
-
 
R
-
 
P
L
 
I
P
 
P
V
 
L
L
 
I
A
 
A
E
|
E
T
|
T
S
 
G
G
 
G
K
 
Q
N
 
N
A
 
A
L
 
M
V
 
I
I
 
V
T
 
D
P
 
S
S
 
S
A
 
A
D
 
L
I
 
A
D
 
E
L
 
Q
A
 
V
V
 
V
A
 
G
D
 
D
L
 
V
V
 
I
K
 
T
S
 
S
A
 
A
F
 
F
G
 
D
H
 
S
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
K
 
R
C
|
C
S
 
S
A
 
A
A
 
L
S
 
R
L
 
V
V
 
L
I
 
C
L
 
L
V
 
Q
G
 
E
S
 
D
V
 
V
A
 
A
K
 
-
S
 
-
E
 
D
R
 
R
F
 
I
W
 
L
R
 
T
Q
 
M
L
 
L
E
 
K
D
 
G
A
 
A
V
 
L
N
 
H
T
 
E
L
 
L
D
 
H
V
 
I
G
 
G
W
 
R
P
 
T
D
 
D
A
 
-
R
 
R
P
 
L
E
 
S
T
 
V
T
 
D
M
 
V
N
 
G
P
 
P
I
 
V
I
 
I
E
 
T
P
 
S
P
 
E
-
 
A
-
 
K
-
 
D
-
 
N
-
 
I
-
 
E
-
 
K
-
 
H
-
 
I
-
 
E
-
 
R
-
 
M
-
 
R
-
 
G
-
 
L
G
 
G
A
 
R
K
 
K
L
 
V
R
 
E
Q
 
Q
-
 
I
G
 
G
L
 
L
-
 
A
T
 
S
E
 
E
L
 
T
G
 
G
A
 
V
G
 
G
E
 
T
-
 
F
-
 
V
-
 
P
E
 
P
W
 
T
L
 
I
A
 
I
E
 
E
P
 
L
R
 
E
Q
 
K
L
 
L
D
 
S
D
 
D
T
 
L
E
 
Q
R
 
R
L
 
-
W
 
-
S
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
-
L
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
-
P
 
-
G
 
-
S
 
-
T
 
-
F
 
-
H
 
-
Q
 
-
T
 
-
E
|
E
Y
 
V
F
|
F
G
 
G
P
 
P
L
 
V
L
 
L
G
 
H
V
 
V
M
 
I
-
 
R
-
 
Y
T
 
R
A
 
R
R
 
D
T
 
D
L
 
L
Q
 
D
D
 
R
A
 
L
V
 
V
E
 
D
Y
 
D
Q
 
V
N
 
N
S
 
A
V
 
T
E
 
G
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
T
 
T
A
 
F
G
 
G
I
 
L
H
 
H
S
 
T
L
 
R
D
 
L
P
 
D
D
 
E
E
 
T
V
 
I
S
 
A
Y
 
H
W
 
V
L
 
T
D
 
S
H
 
R
V
 
I
H
 
K
A
 
A
G
 
G
N
 
N
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
N
 
N
R
 
R
G
 
N
I
 
I
T
 
I
G
 
G
A
 
A
I
 
V
V
 
V
R
 
G
R
 
V
Q
 
Q
P
 
P
F
|
F
G
 
G
G
 
G
W
 
R
K
 
G
K
 
L
S
 
S
S
 
G
V
 
T
G
 
G
P
 
P
T
 
-
A
 
-
K
 
K
A
 
A
G
 
G
G
 
G
P
 
P
N
 
L
Y
 
Y
L
 
L
F
 
G
G
 
R
L
 
L
G
 
-
S
 
-
L
 
V
T
 
T
S
 
T
A
 
A
P
 
P
V
 
V

9dl2A Structure of proline utilization a complexed with 2,3-dihydro-1,4- benzodioxine-5-carboxylic acid (see paper)
30% identity, 66% coverage: 191:969/1180 of query aligns to 245:1020/1216 of 9dl2A

query
sites
9dl2A
V
 
I
S
 
S
V
 
I
K
 
K
V
 
L
S
 
S
S
 
A
V
 
L
V
 
H
A
 
P
Q
 
R
L
 
Y
S
 
S
M
 
R
W
 
-
S
 
-
Y
 
-
D
 
-
Q
 
A
T
 
Q
V
 
A
E
 
A
R
 
R
V
 
V
V
 
M
E
 
G
K
 
E
L
 
L
V
 
L
P
 
P
L
 
R
Y
 
V
E
 
K
K
 
A
A
 
L
A
 
A
-
 
L
-
 
L
A
 
A
T
 
K
N
 
N
P
 
Y
P
 
D
T
 
I
F
 
G
I
 
L
N
 
N
L
 
I
D
|
D
M
x
A
E
 
E
E
 
E
Y
 
A
R
 
D
D
 
R
L
 
L
E
 
E
M
 
L
T
 
S
L
 
L
D
 
D
V
 
L
F
 
L
Q
 
E
R
 
V
V
 
L
L
 
C
G
 
L
R
 
D
E
 
G
S
 
D
L
 
L
H
 
S
H
 
G
Y
 
W
Y
 
N
G
 
G
-
 
M
G
 
G
I
 
F
V
|
V
M
 
V
Q
 
Q
A
 
A
Y
 
Y
-
 
G
-
 
K
-
 
R
L
 
C
P
 
P
E
 
F
A
 
V
L
 
L
D
 
D
A
 
-
M
 
-
K
 
-
R
 
-
L
 
-
S
 
-
A
 
-
F
 
F
A
 
I
T
 
I
E
 
D
R
 
L
V
 
A
A
 
R
K
 
R
G
 
S
G
 
G
A
 
R
Q
 
R
L
 
I
K
 
M
V
 
V
R
|
R
V
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
A
|
A
-
x
Y
-
x
W
-
 
D
-
 
A
N
 
E
L
 
I
Q
 
K
M
 
R
E
 
A
Q
 
Q
V
 
L
D
 
D
A
 
G
A
 
-
L
 
L
H
 
A
D
 
D
W
 
F
P
 
P
V
 
V
A
 
-
V
 
-
L
x
F
P
x
T
S
x
R
K
|
K
Q
 
I
E
 
H
S
x
T
D
 
D
T
 
V
N
 
S
Y
 
Y
K
 
I
R
 
A
V
 
C
L
 
A
E
 
A
W
 
K
S
 
L
L
 
L
S
 
A
P
 
A
E
 
-
R
 
-
A
 
T
K
 
D
A
 
V
I
 
V
R
 
F
I
 
P
G
 
Q
V
 
F
A
|
A
G
x
T
H
|
H
N
|
N
L
 
A
F
 
Q
D
 
T
L
 
L
A
 
A
F
 
A
S
 
I
H
 
Y
L
 
H
L
 
M
A
 
A
T
 
G
S
 
K
R
 
D
G
 
F
V
 
H
R
 
V
E
 
G
H
 
K
V
 
Y
D
 
E
F
 
F
E
x
Q
M
x
C
L
 
L
V
 
H
G
 
G
M
 
M
A
 
G
P
 
E
D
 
P
Q
 
L
A
 
Y
D
 
E
A
 
-
V
 
-
R
 
-
E
 
E
T
 
V
V
 
V
G
 
G
-
 
R
-
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
D
-
 
R
P
 
P
L
 
C
I
 
R
L
 
I
Y
 
Y
T
 
A
P
 
P
V
 
V
V
 
-
H
 
G
S
 
T
H
 
H
E
 
E
F
 
-
D
 
-
A
 
T
A
 
L
V
 
L
G
 
A
Y
 
Y
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
R
L
 
L
D
 
L
E
|
E
N
|
N
A
 
G
S
 
A
P
 
N
E
 
S
N
x
S
F
|
F
M
 
V
S
 
H
A
 
R
V
 
I
F
 
N
D
 
D
L
 
P
H
 
K
D
 
V
H
 
S
S
 
I
D
 
D
V
 
E
F
 
L
A
 
I
R
 
A
E
 
D
E
 
P
A
 
V
R
 
E
F
 
-
R
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
-
M
 
V
T
 
V
Q
 
R
K
 
A
A
 
M
P
 
P
T
 
V
P
 
V
S
 
G
R
 
A
T
 
K
Q
 
H
D
 
D
R
 
R
T
 
I
L
 
-
E
 
-
T
 
-
R
 
-
P
 
-
R
 
-
T
 
A
L
 
L
P
 
P
A
 
A
V
 
E
-
 
L
-
 
F
-
 
G
D
 
D
E
 
A
F
 
R
H
 
T
N
 
N
E
 
S
P
 
A
D
 
G
T
 
L
D
 
D
L
 
L
A
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
S
N
 
N
Q
 
E
E
 
E
W
 
T
A
 
L
R
 
A
G
 
S
I
 
L
-
 
T
-
 
E
-
 
A
Y
 
L
R
 
R
H
 
E
A
 
S
A
 
A
S
 
A
L
 
M
E
 
K
G
 
W
Q
 
T
A
 
A
A
 
-
G
 
-
L
 
L
D
 
P
T
 
Q
L
 
L
Q
 
A
G
 
T
G
 
G
L
 
P
I
 
A
S
 
A
D
 
G
D
 
E
-
 
T
-
 
R
-
 
T
-
 
V
L
 
L
G
 
N
P
 
P
I
 
G
D
 
D
G
 
H
R
 
R
I
 
D
E
 
V
I
 
V
D
 
G
S
 
S
I
 
V
V
 
T
E
 
E
K
 
T
M
 
S
R
 
E
R
 
E
G
 
D
G
 
A
K
 
R
K
 
R
W
 
-
A
 
A
A
 
V
R
 
R
G
 
L
A
 
A
E
 
A
G
 
D
-
 
A
-
 
A
-
 
P
-
 
D
-
 
W
-
 
A
-
 
A
-
 
V
-
 
P
-
 
P
-
 
S
-
 
E
R
 
R
G
 
A
K
 
A
I
 
C
L
 
L
L
 
D
K
 
R
A
 
A
A
 
A
A
 
E
E
 
L
L
 
M
G
 
Q
V
 
A
R
 
R
R
 
M
G
 
P
E
 
T
I
 
L
M
 
L
S
 
G
V
 
L
M
 
I
M
 
I
Q
 
R
E
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
S
L
 
A
A
 
L
E
 
N
S
 
A
D
 
I
P
 
A
E
 
E
I
 
V
S
 
R
E
|
E
A
 
A
I
 
I
D
 
D
F
 
F
A
 
L
R
 
R
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
S
 
E
Q
 
Q
A
 
T
V
 
-
E
 
-
M
 
-
E
 
R
Q
 
R
L
 
T
N
 
L
G
 
G
A
 
P
K
 
G
F
 
H
T
 
G
P
 
P
V
 
L
G
 
G
L
 
P
T
 
I
M
 
V
V
 
C
A
x
I
P
x
S
P
|
P
W
|
W
N
|
N
F
|
F
P
 
P
V
 
L
A
|
A
I
|
I
P
 
F
T
 
T
G
 
G
S
 
Q
V
 
I
T
 
A
S
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
V
A
 
A
G
 
G
S
 
N
A
 
P
V
 
V
I
 
L
I
 
A
K
|
K
P
 
P
A
|
A
P
x
E
Q
 
E
V
 
T
R
 
P
R
 
L
C
 
I
A
 
A
A
 
A
V
 
E
M
 
G
V
 
V
E
 
R
A
 
I
L
 
L
W
 
R
A
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
I
P
 
P
K
 
A
D
 
S
V
 
A
L
 
L
H
 
Q
L
 
L
A
 
L
D
 
P
V
 
-
S
 
G
E
 
D
G
|
G
E
 
R
L
 
V
G
|
G
R
 
A
A
 
A
L
 
L
I
 
V
S
 
A
H
 
A
Q
 
A
G
 
E
V
 
T
D
 
A
R
 
G
V
 
V
I
 
M
L
x
F
T
|
T
G
|
G
A
x
S
F
 
T
E
 
E
T
x
V
A
 
A
A
 
R
L
 
L
F
x
I
R
 
Q
S
 
A
W
 
Q
R
 
L
A
 
A
D
 
D
-
 
R
-
 
L
-
 
S
-
 
P
-
 
A
-
 
G
-
 
R
-
 
P
L
 
I
P
 
P
V
 
L
L
 
I
A
 
A
E
|
E
T
|
T
S
 
G
G
 
G
K
 
Q
N
 
N
A
 
A
L
 
M
V
 
I
I
 
V
T
 
D
P
 
S
S
 
S
A
 
A
D
 
L
I
 
A
D
 
E
L
 
Q
A
 
V
V
 
V
A
 
G
D
 
D
L
 
V
V
 
I
K
 
T
S
 
S
A
 
A
F
 
F
G
 
D
H
 
S
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
K
x
R
C
|
C
S
|
S
A
 
A
A
 
L
S
 
R
L
 
V
V
 
L
I
 
C
L
 
L
V
 
Q
G
 
E
S
 
D
V
 
V
A
 
A
K
 
-
S
 
-
E
 
D
R
 
R
F
 
I
W
 
L
R
 
T
Q
 
M
L
 
L
E
 
K
D
 
G
A
 
A
V
 
L
N
 
H
T
 
E
L
 
L
D
 
H
V
 
I
G
 
G
W
 
R
P
 
T
D
 
D
A
 
-
R
 
R
P
 
L
E
 
S
T
 
V
T
 
D
M
 
V
N
 
G
P
 
P
I
 
V
I
 
I
E
 
T
P
 
S
P
 
E
-
 
A
-
 
K
-
 
D
-
 
N
-
 
I
-
 
E
-
 
K
-
 
H
-
 
I
-
 
E
-
 
R
-
 
M
-
 
R
-
 
G
-
 
L
G
 
G
A
 
R
K
 
K
L
 
V
R
 
E
Q
 
Q
-
 
I
G
 
G
L
 
L
-
 
A
T
 
S
E
 
E
L
 
T
G
 
G
A
 
V
G
 
G
E
 
T
-
 
F
-
 
V
-
 
P
E
 
P
W
 
T
L
 
I
A
 
I
E
 
E
P
 
L
R
 
E
Q
 
K
L
 
L
D
 
S
D
 
D
T
 
L
E
 
Q
R
 
R
L
 
-
W
 
-
S
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
-
L
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
-
P
 
-
G
 
-
S
 
-
T
 
-
F
 
-
H
 
-
Q
 
-
T
 
-
E
|
E
Y
 
V
F
|
F
G
 
G
P
 
P
L
 
V
L
 
L
G
 
H
V
 
V
M
 
I
-
 
R
-
 
Y
T
 
R
A
 
R
R
 
D
T
 
D
L
 
L
Q
 
D
D
 
R
A
 
L
V
 
V
E
 
D
Y
 
D
Q
 
V
N
 
N
S
 
A
V
 
T
E
 
G
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
T
 
T
A
 
F
G
 
G
I
 
L
H
 
H
S
 
T
L
 
R
D
 
L
P
 
D
D
 
E
E
 
T
V
 
I
S
 
A
Y
 
H
W
 
V
L
 
T
D
 
S
H
 
R
V
 
I
H
 
K
A
 
A
G
 
G
N
 
N
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
N
 
N
R
 
R
G
 
N
I
 
I
T
 
I
G
|
G
A
|
A
I
 
V
V
 
V
R
 
G
R
 
V
Q
 
Q
P
 
P
F
|
F
G
 
G
G
 
G
W
 
R
K
 
G
K
 
L
S
 
S
S
 
G
V
 
T
G
 
G
P
 
P
T
 
-
A
 
-
K
 
K
A
 
A
G
 
G
G
 
G
P
 
P
N
 
L
Y
 
Y
L
 
L
F
 
G
G
 
R
L
 
L
G
 
-
S
 
-
L
 
V
T
 
T
S
 
T
A
 
A
P
 
P
V
 
V

Query Sequence

>WP_104912863.1 NCBI__GCF_002950575.1:WP_104912863.1
MSLTVSKSNTAQVSTKGVRGAKTLSDDCVELVHQWLDRAATLHKKPHASSQRLADLLKDP
DGPAFALGFVDRVLRPEDLTVAARALRELGQKPPAFLTGILRWLLMVGSWFAPLLPAIVV
PIARKALKTLIGHLIIDASDASLERTLKRLTKRGDQLNINLLGEAVLGAGEATKRLEGIE
RLIERRDVTYVSVKVSSVVAQLSMWSYDQTVERVVEKLVPLYEKAAATNPPTFINLDMEE
YRDLEMTLDVFQRVLGRESLHHYYGGIVMQAYLPEALDAMKRLSAFATERVAKGGAQLKV
RVVKGANLQMEQVDAALHDWPVAVLPSKQESDTNYKRVLEWSLSPERAKAIRIGVAGHNL
FDLAFSHLLATSRGVREHVDFEMLVGMAPDQADAVRETVGPLILYTPVVHSHEFDAAVGY
LVRRLDENASPENFMSAVFDLHDHSDVFAREEARFRASLDAMTQKAPTPSRTQDRTLETR
PRTLPAVDEFHNEPDTDLALPANQEWARGIYRHAASLEGQAAGLDTLQGGLISDDLGPID
GRIEIDSIVEKMRRGGKKWAARGAEGRGKILLKAAAELGVRRGEIMSVMMQEAGKTLAES
DPEISEAIDFARYYASQAVEMEQLNGAKFTPVGLTMVAPPWNFPVAIPTGSVTSALAAGS
AVIIKPAPQVRRCAAVMVEALWAAGVPKDVLHLADVSEGELGRALISHQGVDRVILTGAF
ETAALFRSWRADLPVLAETSGKNALVITPSADIDLAVADLVKSAFGHAGQKCSAASLVIL
VGSVAKSERFWRQLEDAVNTLDVGWPDARPETTMNPIIEPPGAKLRQGLTELGAGEEWLA
EPRQLDDTERLWSPGVRLGVRPGSTFHQTEYFGPLLGVMTARTLQDAVEYQNSVEYGLTA
GIHSLDPDEVSYWLDHVHAGNLYVNRGITGAIVRRQPFGGWKKSSVGPTAKAGGPNYLFG
LGSLTSAPVNRDLVGSVEDIAPEFLEVVAAAGETLTPEERESLTHALLSDQHAYSHHYGA
SVDVSEVGVERNVFRYRPFEAVVRASSLTPLVDVLRVVLAGLRTGSVVHLSSSDSLPDPV
MRVLGSPSGNRPALASVHVESELEFVERVRRNPPQRIRLLGGNANVMYVHFDGSPAVAVW
DDEVTQSGRVEMLPFVREQAVSITGHRFGAPDPRFLSLPV

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory