SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_106712464.1 NCBI__GCF_003010955.1:WP_106712464.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 3 hits to proteins with known functional sites (download)

1sz2B Crystal structure of e. Coli glucokinase in complex with glucose (see paper)
38% identity, 91% coverage: 16:325/342 of query aligns to 5:313/320 of 1sz2B

query
sites
1sz2B
L
 
L
V
 
V
G
 
G
D
 
D
I
 
V
G
 
G
G
 
G
T
 
T
N
 
N
A
 
A
R
 
R
F
 
L
A
 
A
I
 
L
L
 
C
V
 
D
D
 
I
A
 
A
Y
 
S
A
 
G
E
 
E
P
 
I
K
 
S
E
 
Q
F
 
A
P
 
K
I
 
T
I
 
Y
Q
 
S
T
 
G
A
 
L
D
 
D
Y
 
Y
P
 
P
T
 
S
I
 
L
D
 
-
E
 
E
A
 
A
I
 
V
Q
 
I
N
 
R
A
 
V
I
 
Y
L
 
L
D
 
E
H
 
E
T
 
H
S
 
K
I
 
V
Q
 
E
P
 
V
R
 
K
S
 
D
A
 
G
V
 
C
L
 
I
A
 
A
I
 
I
A
 
A
G
x
C
P
|
P
V
 
I
E
 
T
G
 
G
D
 
D
E
 
W
I
 
V
D
 
A
L
 
M
T
 
T
N
 
N
C
 
H
A
 
T
W
 
W
V
 
A
V
 
F
K
 
S
P
 
I
R
 
A
Q
 
E
M
 
M
M
 
K
E
 
K
T
 
N
L
 
L
G
 
G
L
 
F
S
 
S
D
 
H
I
 
L
T
 
E
V
 
I
L
 
I
N
|
N
D
|
D
F
 
F
E
 
T
A
 
A
Q
 
V
A
 
S
L
 
M
A
 
A
V
 
I
V
 
P
S
 
M
L
 
L
E
 
K
P
 
K
K
 
E
H
 
H
L
 
L
E
 
I
K
 
Q
L
 
F
G
 
G
G
 
G
G
 
A
P
 
E
G
 
P
D
 
V
P
 
E
H
 
G
G
 
K
S
 
P
R
 
I
A
 
A
V
 
V
L
 
Y
G
 
G
P
 
A
G
 
G
T
 
T
G
 
G
L
|
L
G
|
G
V
 
V
A
 
A
G
 
H
M
 
L
V
 
V
R
 
H
S
 
V
R
 
D
N
 
K
S
 
R
W
 
W
V
 
V
P
 
S
V
 
L
P
 
P
G
 
G
E
|
E
G
 
G
G
 
G
H
|
H
V
 
V
D
 
D
M
 
F
G
 
A
P
 
P
R
 
N
T
 
S
A
 
E
R
 
E
D
 
E
L
 
A
E
 
I
L
 
I
F
 
L
P
 
E
H
 
I
I
 
L
E
 
R
H
 
A
I
 
E
E
 
I
G
 
G
R
 
H
I
 
V
S
 
S
G
 
A
E
|
E
Q
 
R
L
 
V
L
 
L
C
 
S
G
 
G
R
 
P
G
 
G
L
 
L
Q
 
V
N
 
N
I
 
L
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
I
 
I
C
 
V
K
 
K
V
 
A
-
 
D
N
 
N
G
 
R
T
 
L
P
 
P
A
 
E
S
 
N
L
 
L
Q
 
K
T
 
-
P
 
P
A
 
K
E
 
D
I
 
I
T
 
T
A
 
E
A
 
R
G
 
A
L
 
L
S
 
A
G
 
D
E
 
S
S
 
C
A
 
T
E
 
D
A
 
C
K
 
R
E
 
R
T
 
A
L
 
L
A
 
S
L
 
L
F
 
F
V
 
C
V
 
V
Y
 
I
L
 
M
G
 
G
R
 
R
L
 
F
A
 
G
G
 
G
D
 
N
F
 
L
A
 
A
L
 
L
T
 
N
F
 
L
M
 
G
A
 
T
R
 
F
G
 
G
G
 
G
V
 
V
Y
 
F
L
 
I
A
 
A
G
 
G
G
 
G
I
 
I
V
 
V
Q
 
P
K
 
R
I
 
F
V
 
L
A
 
E
P
 
F
L
 
F
K
 
K
D
 
A
P
 
S
S
 
G
F
 
F
R
 
R
Q
 
A
A
 
A
F
 
F
E
 
E
D
 
D
K
 
K
A
 
G
P
 
R
H
 
F
G
 
K
E
 
E
I
 
Y
L
 
V
R
 
H
E
 
D
T
 
I
P
 
P
V
 
V
Y
 
Y
I
 
L
I
 
I
T
 
V
H
 
H
P
 
D
L
 
N
A
 
P
A
 
G
L
 
L
S
 
L
G
 
G
L
 
S
S
 
G
A
 
A
F
 
H
S
 
L
R
 
R

6da0A Crystal structure of glucokinase (nfhk) from naegleria fowleri (see paper)
26% identity, 76% coverage: 13:273/342 of query aligns to 25:318/378 of 6da0A

query
sites
6da0A
F
 
F
P
 
Q
I
 
Y
L
 
I
V
 
V
G
 
G
-
 
V
D
 
D
I
 
V
G
|
G
G
 
A
T
|
T
N
|
N
A
 
T
R
 
R
F
 
I
A
 
A
I
 
I
L
 
Q
V
 
F
-
 
I
-
 
I
-
 
N
-
 
E
-
 
D
-
 
Q
D
 
D
A
 
D
Y
 
E
A
 
V
E
 
F
P
 
M
K
 
T
E
 
K
F
 
F
P
 
P
I
 
C
I
 
N
Q
 
T
T
 
S
A
 
T
D
 
H
Y
 
L
P
 
A
T
 
N
I
 
Y
D
 
L
E
 
A
A
 
A
I
 
Y
Q
 
G
N
 
K
A
 
A
I
 
M
L
 
V
D
 
K
H
 
A
T
 
V
S
 
G
I
 
K
Q
 
G
P
 
S
R
 
A
S
 
A
A
 
G
V
 
S
L
 
I
A
 
A
I
 
L
A
 
A
G
|
G
P
 
P
V
 
V
E
 
T
G
 
G
D
 
D
E
 
K
I
 
V
D
 
R
L
 
I
T
|
T
N
 
N
C
 
Y
A
 
K
W
 
E
V
 
H
V
 
D
K
 
Q
P
 
E
-
 
F
-
 
F
-
 
Y
R
 
S
Q
 
Q
M
 
L
M
 
P
E
 
D
T
 
T
L
 
L
G
 
F
-
 
P
L
 
A
S
 
S
D
 
K
I
 
N
T
 
T
V
 
F
L
 
L
N
|
N
D
|
D
F
 
L
E
 
E
A
 
A
Q
 
S
A
 
C
L
 
Y
A
 
G
V
 
I
V
 
I
S
 
N
L
 
V
E
 
G
P
 
T
K
 
N
H
 
N
L
 
R
E
 
L
K
 
H
L
 
E
G
 
F
G
 
F
G
 
C
P
 
P
G
 
I
D
 
D
P
 
A
H
 
L
G
 
N
S
 
N
-
 
Y
-
 
A
-
 
T
-
 
S
-
 
Q
-
 
T
-
 
V
-
 
R
-
 
L
-
 
S
-
 
D
-
 
T
-
 
S
-
 
E
R
 
Y
A
 
A
V
 
V
L
 
L
G
 
A
P
 
M
G
|
G
T
|
T
G
|
G
L
|
L
G
|
G
V
 
T
A
 
G
G
 
L
M
 
I
V
 
V
R
 
G
S
 
S
R
 
A
-
 
G
N
 
G
S
 
K
W
 
F
V
 
N
P
 
V
V
 
I
P
 
P
G
 
L
E
|
E
G
 
A
G
 
G
H
|
H
V
 
V
D
 
H
M
 
I
-
 
A
-
 
T
-
 
P
G
 
G
P
 
V
R
 
N
T
 
S
A
 
E
R
 
H
D
 
F
L
 
K
E
 
E
L
 
E
F
 
R
P
 
E
H
 
R
I
 
I
E
 
E
H
 
F
I
 
L
E
 
S
G
 
Q
R
 
K
I
 
I
S
 
Y
G
 
G
-
 
G
-
 
A
-
 
Y
-
 
P
-
 
I
-
 
E
-
 
Y
E
|
E
Q
 
D
L
 
I
L
 
C
C
 
S
G
|
G
R
 
R
G
 
G
L
 
L
Q
 
E
N
 
F
I
 
C
Y
 
Y
R
 
E
A
 
F
I
 
-
C
 
-
K
 
E
V
 
I
N
 
R
G
 
N
T
 
D
P
 
P
A
 
N
S
 
A
L
 
V
Q
 
R
T
 
K
P
 
T
A
|
A
E
 
S
I
 
Q
T
 
I
A
|
A
A
 
E
G
 
S
L
 
Y
S
 
S
G
 
T
E
 
D
S
 
T
A
 
Y
E
 
-
A
 
A
K
 
R
E
 
Q
T
 
A
L
 
M
A
 
I
L
 
T
F
 
H
V
 
Y
V
 
R
Y
 
Y
L
 
L
G
 
M
R
 
K
L
 
A
A
 
A
G
 
Q
D
 
N
F
 
I
A
 
A
L
 
V
T
 
L
F
 
I
M
 
P
A
 
T
R
 
C
G
 
R
G
 
G
V
 
V
Y
 
F
L
 
F
A
 
A
G
 
G

Sites not aligning to the query:

6vzzA Crystal structure of glucokinase from balamuthia mandrillaris in complex with glucose (see paper)
24% identity, 87% coverage: 19:314/342 of query aligns to 30:361/374 of 6vzzA

query
sites
6vzzA
D
 
D
I
 
I
G
 
G
G
 
G
T
 
T
N
 
N
A
 
T
R
 
R
F
 
L
A
 
A
I
 
L
L
 
A
V
 
R
-
 
A
-
 
E
-
 
D
-
 
H
D
 
D
A
 
T
Y
 
F
A
 
L
E
 
Q
P
 
V
K
 
L
E
 
K
F
 
V
P
 
K
I
 
A
I
 
D
Q
 
D
T
 
T
A
 
R
D
 
K
Y
 
L
P
 
I
T
 
A
I
 
F
D
 
F
E
 
D
A
 
S
I
 
V
Q
 
S
N
 
D
A
 
S
I
 
I
L
 
R
D
 
D
H
 
L
T
 
L
S
 
G
I
 
V
Q
 
E
P
 
A
R
 
S
S
 
G
A
 
A
V
 
C
L
 
L
A
 
A
I
 
G
A
|
A
G
|
G
P
 
R
V
 
I
-
 
S
-
 
P
E
 
D
G
 
G
D
 
E
E
 
V
I
 
L
D
 
D
L
 
V
T
|
T
N
 
N
C
 
F
A
 
H
W
 
G
V
 
D
V
 
A
K
 
T
P
 
H
R
 
R
Q
 
R
M
 
L
M
 
K
E
 
R
T
 
S
-
 
E
-
 
L
-
 
P
-
 
S
-
 
F
-
 
L
L
 
F
G
 
P
L
 
P
S
 
T
D
 
K
I
 
T
T
 
H
V
 
F
L
 
I
N
|
N
D
|
D
F
 
L
E
 
E
A
 
G
Q
 
T
A
 
C
L
 
Y
A
 
G
V
 
V
V
 
S
S
 
S
L
 
M
E
 
N
P
 
A
K
 
S
H
 
D
-
 
A
L
 
L
E
 
D
K
 
Q
L
 
C
G
 
F
G
 
K
G
 
P
P
 
L
G
 
W
D
 
G
P
 
P
H
 
A
G
 
S
S
 
S
R
 
D
A
 
K
-
 
V
-
 
T
-
 
L
-
 
Q
-
x
P
-
x
D
-
 
H
-
 
Y
-
 
L
V
 
V
L
 
L
G
 
A
P
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
L
|
L
G
|
G
V
 
I
A
 
A
G
 
T
M
 
L
V
 
L
R
 
S
S
 
L
R
 
R
N
 
G
S
 
G
W
 
F
V
 
Q
P
 
V
V
 
M
P
 
P
G
 
M
E
|
E
G
 
F
G
 
G
H
|
H
V
 
V
D
 
A
M
 
I
-
 
S
-
 
P
-
 
V
G
 
G
P
 
P
R
 
A
T
 
N
A
 
A
R
 
A
D
 
Y
L
 
A
E
 
E
L
 
E
F
 
T
P
 
R
H
 
L
I
 
L
E
 
E
H
 
Y
I
 
I
-
 
S
-
x
E
-
 
K
-
 
L
-
 
Y
-
x
N
-
 
K
E
 
E
G
 
H
R
 
A
I
 
I
S
 
E
G
 
Y
E
|
E
Q
 
D
L
 
I
L
 
V
C
 
S
G
 
G
R
 
R
G
 
G
L
 
L
Q
 
V
N
 
I
I
 
T
Y
 
Y
R
 
K
A
 
W
I
 
V
C
 
L
-
 
D
K
 
E
V
 
A
N
 
N
G
 
V
T
 
Q
P
 
D
A
 
E
S
 
S
L
 
L
Q
 
R
T
 
S
-
 
L
-
 
D
P
 
A
A
 
G
E
 
K
I
 
I
T
 
A
A
 
K
A
 
N
G
 
A
L
 
T
S
 
N
G
 
S
E
 
E
S
 
A
A
 
C
-
 
P
E
 
Y
A
 
A
K
 
H
E
 
K
T
 
A
L
 
M
A
 
M
L
 
L
F
 
H
V
 
F
V
 
K
Y
 
F
L
 
L
G
 
M
R
 
R
L
 
I
A
 
A
G
 
K
D
 
N
F
 
L
A
 
C
L
 
I
T
 
G
F
 
L
M
 
Q
A
 
V
R
 
R
G
 
-
G
 
G
V
 
M
Y
 
L
L
 
L
A
 
A
G
 
G
G
 
D
-
 
N
-
 
Q
I
 
V
V
 
N
Q
 
N
K
 
N
I
 
L
V
 
F
A
 
L
P
 
E
L
 
Q
K
 
N
D
 
L
P
 
E
S
 
S
F
 
L
R
 
R
Q
 
A
A
 
E
F
 
F
E
 
F
D
 
D
K
 
H
A
 
-
P
 
P
H
 
K
G
 
K
E
 
A
I
 
W
L
 
I
R
 
E
E
 
D
T
 
I
P
 
D
V
 
L
Y
 
F
I
 
T
I
 
Q
T
 
T
H
 
K
P
 
P
L
 
V

Query Sequence

>WP_106712464.1 NCBI__GCF_003010955.1:WP_106712464.1
MVTQADTDHIMKFPILVGDIGGTNARFAILVDAYAEPKEFPIIQTADYPTIDEAIQNAIL
DHTSIQPRSAVLAIAGPVEGDEIDLTNCAWVVKPRQMMETLGLSDITVLNDFEAQALAVV
SLEPKHLEKLGGGPGDPHGSRAVLGPGTGLGVAGMVRSRNSWVPVPGEGGHVDMGPRTAR
DLELFPHIEHIEGRISGEQLLCGRGLQNIYRAICKVNGTPASLQTPAEITAAGLSGESAE
AKETLALFVVYLGRLAGDFALTFMARGGVYLAGGIVQKIVAPLKDPSFRQAFEDKAPHGE
ILRETPVYIITHPLAALSGLSAFSRTPTRFGVSTEGRRWRRD

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory