SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_108358556.1 NCBI__GCF_003063475.1:WP_108358556.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6aonA 1.72 angstrom resolution crystal structure of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex subunit dihydrolipoamide dehydrogenase from bordetella pertussis in complex with fad
75% identity, 100% coverage: 3:475/475 of query aligns to 1:473/473 of 6aonA

query
sites
6aonA
K
 
K
Q
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
V
V
 
V
V
 
V
I
|
I
G
 
G
G
 
A
G
|
G
P
|
P
G
|
G
G
 
G
Y
 
Y
I
 
I
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
F
 
M
Q
 
S
V
 
V
A
 
A
C
 
C
I
 
I
D
|
D
E
x
A
W
|
W
K
 
Q
N
 
N
A
 
G
A
 
Q
G
 
G
G
 
G
P
 
P
A
 
A
P
|
P
G
 
G
G
|
G
T
|
T
C
|
C
T
 
T
N
 
N
V
 
V
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
S
|
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
Q
 
Q
S
 
S
S
 
S
E
 
E
H
 
H
F
 
Y
D
 
E
H
 
Q
A
 
A
N
 
N
H
 
H
H
 
H
F
 
F
A
 
A
E
 
E
H
 
H
G
 
G
I
 
I
S
 
E
A
 
V
K
 
K
D
 
G
V
 
V
K
 
S
M
 
L
D
 
K
V
 
L
A
 
D
K
 
T
M
 
L
I
 
I
A
 
G
R
 
R
K
 
K
D
 
N
N
 
T
V
 
V
V
 
V
K
 
K
Q
 
Q
N
 
N
N
 
N
D
 
D
G
 
G
I
 
I
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
F
 
F
K
 
K
K
 
K
N
 
N
K
 
K
V
 
V
T
 
T
F
 
Y
F
 
F
H
 
H
G
 
G
R
x
K
G
|
G
S
 
A
F
 
F
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
A
 
V
E
 
D
G
 
G
G
 
G
Y
 
W
T
 
S
V
 
I
N
 
K
V
 
V
A
 
T
G
 
G
K
 
T
T
 
T
E
 
D
E
 
A
S
 
D
I
 
L
T
 
V
A
 
A
K
 
K
Q
 
H
V
 
V
I
 
I
I
 
V
A
 
A
T
|
T
G
|
G
S
 
S
N
 
S
A
 
A
R
 
R
A
 
E
L
 
L
P
 
P
G
 
G
T
 
L
P
 
P
F
 
F
D
 
D
E
 
E
V
 
K
N
 
N
V
 
I
L
 
L
S
 
S
N
|
N
D
 
D
G
 
G
A
 
A
L
 
L
R
 
N
V
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
P
 
P
K
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
G
L
 
V
I
 
I
G
 
G
S
 
A
G
 
G
V
|
V
I
|
I
G
 
G
L
 
L
E
|
E
M
 
M
G
 
G
S
 
S
V
 
V
W
 
W
R
 
R
R
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
E
V
 
V
T
 
T
I
 
I
L
 
L
E
 
E
G
 
A
L
 
M
P
 
P
T
 
E
F
 
F
L
 
L
G
x
A
A
 
A
V
x
A
D
 
D
E
x
Q
Q
 
Q
I
 
V
A
 
A
K
 
K
E
 
E
A
 
A
K
 
L
K
 
K
A
 
S
F
 
F
D
 
A
K
 
K
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
K
 
D
I
 
I
E
 
Q
L
 
T
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
I
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
K
N
 
A
G
 
A
K
 
A
K
 
K
G
 
S
V
 
I
T
 
T
V
 
V
N
 
P
Y
 
Y
T
 
V
N
 
D
A
 
A
K
 
K
G
 
G
E
 
A
A
 
E
I
 
Q
V
 
K
L
 
L
E
 
V
A
 
V
D
 
D
K
 
K
L
 
L
I
 
I
V
 
V
S
 
S
I
 
I
G
 
G
R
|
R
V
 
V
P
 
P
N
x
Y
T
 
T
I
 
G
G
 
G
L
 
L
N
 
N
A
 
A
E
 
E
A
 
A
I
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
K
V
 
L
D
 
D
E
 
E
R
 
R
G
 
G
A
 
F
I
 
V
V
 
A
V
 
V
D
 
D
G
 
E
D
 
D
C
 
C
K
 
K
T
 
T
N
 
N
V
 
L
P
 
P
G
 
N
V
 
V
W
 
W
A
 
A
V
 
V
G
|
G
D
|
D
V
 
V
V
 
V
R
 
R
G
 
G
P
 
P
M
|
M
L
|
L
A
|
A
H
|
H
K
 
K
A
 
A
E
 
E
E
 
E
E
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
A
V
 
V
A
 
A
E
 
E
R
 
R
I
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
H
 
H
G
 
G
H
 
H
V
 
V
N
 
N
F
 
F
N
 
A
T
 
T
I
 
V
P
 
P
W
 
W
V
 
V
I
 
I
Y
 
Y
T
 
T
S
 
S
P
 
P
E
 
E
I
 
I
A
 
A
W
 
W
V
 
V
G
 
G
R
 
K
T
 
T
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
K
 
K
A
 
A
D
 
E
G
 
G
V
 
R
A
 
E
Y
 
Y
K
 
K
A
 
A
G
 
G
T
 
S
F
 
F
P
 
P
F
 
F
L
 
M
A
 
A
N
 
N
G
 
G
R
 
R
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
G
 
G
D
 
D
T
 
T
T
 
T
G
 
G
M
 
F
V
 
A
K
 
K
F
 
V
L
 
I
A
 
A
D
 
D
A
 
A
T
 
K
T
 
T
D
 
D
E
 
E
I
 
V
L
 
L
G
 
G
V
 
V
H
 
H
M
 
I
V
 
I
G
 
G
P
 
P
Q
 
M
V
 
A
S
 
S
E
 
E
L
 
L
I
 
I
S
 
S
E
 
E
A
 
A
V
 
V
V
 
T
A
 
I
M
 
M
E
 
E
F
 
F
K
 
R
A
 
G
S
 
A
A
 
A
E
 
E
D
 
D
I
 
I
A
 
A
R
 
R
I
 
I
C
 
C
H
|
H
A
 
A
H
|
H
P
 
P
S
 
T
L
 
L
S
 
S
E
|
E
A
 
A
T
 
V
K
 
K
E
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
A
V
 
V
D
 
D
K
 
K
R
 
R
T
 
T
L
 
L
N
 
N
F
 
F

P14218 Dihydrolipoyl dehydrogenase; Dihydrolipoamide dehydrogenase; E3 component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex; EC 1.8.1.4 from Pseudomonas fluorescens (see 2 papers)
56% identity, 100% coverage: 1:475/475 of query aligns to 1:472/478 of P14218

query
sites
P14218
M
|
M
S
 
S
K
 
Q
Q
 
K
F
 
F
D
 
D
V
 
V
V
 
V
V
 
V
I
 
I
G
 
G
G
 
A
G
 
G
P
 
P
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
I
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
F
 
L
Q
 
K
V
 
T
A
 
A
C
 
C
I
 
I
D
x
E
E
x
K
W
x
Y
K
x
I
N
x
G
A
x
K
A
x
E
G
|
G
G
x
K
P
x
V
A
|
A
P
x
L
G
|
G
G
|
G
T
|
T
C
|
C
T
 
L
N
 
N
V
 
V
G
 
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
S
 
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
Q
 
D
S
 
S
S
 
S
E
 
Y
H
 
K
F
 
Y
D
 
H
H
 
E
A
 
A
N
 
K
H
 
E
H
 
A
F
 
F
A
 
K
E
 
V
H
 
H
G
 
G
I
 
I
S
 
E
A
 
A
K
 
K
D
 
G
V
 
V
K
 
T
M
 
I
D
 
D
V
 
V
A
 
P
K
 
A
M
 
M
I
 
V
A
 
A
R
 
R
K
 
K
D
 
A
N
 
N
V
 
I
V
 
V
K
 
K
Q
 
N
N
 
L
N
 
T
D
 
G
G
 
G
I
 
I
L
 
A
Y
 
T
L
 
L
F
 
F
K
 
K
K
 
A
N
 
N
K
 
G
V
 
V
T
 
T
F
 
S
F
 
F
H
 
E
G
 
G
R
 
H
G
|
G
S
 
K
F
 
L
A
 
L
G
 
A
K
 
N
A
 
K
E
 
Q
G
 
V
G
 
E
Y
 
V
T
 
T
V
 
-
N
 
G
V
 
L
A
 
D
G
 
G
K
 
K
T
 
T
E
 
Q
E
 
-
S
 
V
I
 
L
T
 
E
A
 
A
K
 
E
Q
 
N
V
 
V
I
 
I
I
 
I
A
 
A
T
 
S
G
 
G
S
 
S
N
 
R
A
 
P
R
 
V
A
 
E
L
 
I
P
 
P
G
 
P
T
 
A
P
 
P
F
 
L
D
 
S
E
 
D
V
 
D
N
 
I
V
 
I
L
 
V
S
 
D
N
 
S
D
 
T
G
 
G
A
 
A
L
 
L
R
 
E
V
 
F
G
 
Q
A
 
A
V
 
V
P
 
P
K
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
G
L
 
V
I
 
I
G
 
G
S
 
A
G
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
G
L
 
L
E
 
E
M
 
L
G
 
G
S
 
S
V
 
V
W
 
W
R
 
A
R
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
E
V
 
V
T
 
T
I
 
V
L
 
L
E
 
E
G
 
A
L
 
L
P
 
D
T
 
K
F
 
F
L
 
L
G
 
P
A
 
A
V
 
A
D
 
D
E
 
E
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
K
 
K
E
 
E
A
 
A
K
 
L
K
 
K
A
 
V
F
 
L
D
 
T
K
 
K
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
K
 
N
I
 
I
E
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
A
K
 
R
V
 
V
G
 
T
E
 
A
I
 
S
V
 
E
N
 
V
G
 
K
K
 
K
K
 
K
G
 
Q
V
 
V
T
 
T
V
 
V
N
 
T
Y
 
F
T
 
T
N
 
D
A
 
A
K
 
N
G
 
G
E
 
E
A
 
Q
I
 
-
V
 
K
L
 
E
E
 
T
A
 
F
D
 
D
K
 
K
L
 
L
I
 
I
V
 
V
S
 
A
I
 
V
G
 
G
R
 
R
V
 
R
P
 
P
N
 
V
T
 
T
I
 
T
G
 
D
L
 
L
N
 
L
A
 
A
E
 
A
A
 
D
I
 
S
G
 
G
L
 
V
A
 
T
V
 
L
D
 
D
E
 
E
R
 
R
G
 
G
A
 
F
I
 
I
V
 
Y
V
 
V
D
 
D
G
 
D
D
 
H
C
 
C
K
 
K
T
 
T
N
 
S
V
 
V
P
 
P
G
 
G
V
 
V
W
 
F
A
 
A
V
 
I
G
 
G
D
|
D
V
 
V
V
 
V
R
 
R
G
 
G
P
 
A
M
 
M
L
 
L
A
|
A
H
 
H
K
 
K
A
 
A
E
 
S
E
 
E
E
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
M
V
 
V
A
 
A
E
 
E
R
 
R
I
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
H
H
 
K
G
 
A
H
 
Q
V
 
M
N
 
N
F
 
Y
N
 
D
T
 
L
I
 
I
P
 
P
W
 
S
V
 
V
I
 
I
Y
 
Y
T
 
T
S
 
H
P
 
P
E
 
E
I
 
I
A
 
A
W
 
W
V
 
V
G
 
G
R
 
K
T
 
T
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
T
L
 
L
K
 
K
A
 
A
D
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
E
Y
 
V
K
 
N
A
 
V
G
 
G
T
 
T
F
 
F
P
 
P
F
 
F
L
 
A
A
 
A
N
 
S
G
 
G
R
 
R
A
 
A
R
 
M
A
 
A
L
 
A
G
 
N
D
 
D
T
 
T
T
 
T
G
 
G
M
 
L
V
 
V
K
 
K
F
 
V
L
 
I
A
 
A
D
 
D
A
 
A
T
 
K
T
 
T
D
 
D
E
 
R
I
 
V
L
 
L
G
 
G
V
 
V
H
 
H
M
 
V
V
 
I
G
 
G
P
 
P
Q
 
S
V
 
A
S
 
A
E
 
E
L
 
L
I
 
V
S
 
Q
E
 
Q
A
 
G
V
 
A
V
 
I
A
 
G
M
 
M
E
 
E
F
 
F
K
 
G
A
 
T
S
 
S
A
 
A
E
 
E
D
 
D
I
 
L
A
 
G
R
 
M
I
 
M
C
 
V
H
 
F
A
 
S
H
 
H
P
 
P
S
 
T
L
 
L
S
 
S
E
 
E
A
 
A
T
 
L
K
 
H
E
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
A
V
 
V
D
 
N
K
 
G
R
 
H
T
 
A
L
 
I
N
 
H
F
 
I

5u8uD Dihydrolipoamide dehydrogenase (lpdg) from pseudomonas aeruginosa (see paper)
56% identity, 100% coverage: 1:475/475 of query aligns to 3:474/477 of 5u8uD

query
sites
5u8uD
M
 
M
S
 
S
K
 
Q
Q
 
K
F
 
F
D
 
D
V
 
V
V
 
V
V
 
V
I
|
I
G
 
G
G
 
A
G
|
G
P
|
P
G
|
G
G
 
G
Y
 
Y
I
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
F
 
L
Q
 
K
V
 
T
A
 
A
C
 
C
I
 
I
D
x
E
E
x
K
W
 
Y
K
 
I
N
 
G
A
 
K
A
 
E
G
 
G
G
 
K
P
 
V
A
 
A
P
x
L
G
 
G
G
|
G
T
|
T
C
|
C
T
 
L
N
 
N
V
 
V
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
S
|
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
Q
 
D
S
 
S
S
 
S
E
 
Y
H
 
K
F
 
Y
D
 
H
H
 
E
A
 
A
N
 
K
H
 
E
H
 
A
F
 
F
A
 
K
E
 
V
H
 
H
G
 
G
I
 
I
S
 
E
A
 
A
K
 
K
D
x
G
V
|
V
K
 
T
M
 
I
D
 
D
V
 
V
A
 
P
K
 
A
M
 
M
I
 
V
A
 
A
R
 
R
K
 
K
D
 
A
N
 
N
V
 
I
V
 
V
K
 
K
Q
 
N
N
 
L
N
 
T
D
 
G
G
 
G
I
 
I
L
 
A
Y
 
T
L
 
L
F
 
F
K
 
K
K
 
A
N
 
N
K
 
G
V
 
V
T
 
T
F
 
S
F
 
F
H
 
E
G
 
G
R
x
H
G
|
G
S
 
K
F
 
L
A
 
L
G
 
A
K
 
N
A
 
K
E
 
Q
G
 
V
G
 
E
Y
 
V
T
 
T
V
 
-
N
 
G
V
 
L
A
 
D
G
 
G
K
 
K
T
 
T
E
 
Q
E
 
-
S
 
V
I
 
L
T
 
E
A
 
A
K
 
E
Q
 
N
V
 
V
I
 
I
I
 
I
A
|
A
T
x
S
G
|
G
S
 
S
N
 
R
A
 
P
R
 
V
A
 
E
L
 
I
P
 
P
G
 
P
T
 
A
P
 
P
F
 
L
D
 
T
E
 
D
V
 
D
N
 
I
V
 
I
L
 
V
S
 
D
N
 
S
D
 
T
G
 
G
A
 
A
L
 
L
R
 
E
V
 
F
G
 
Q
A
 
A
V
 
V
P
 
P
K
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
G
L
 
V
I
 
I
G
 
G
S
 
A
G
 
G
V
|
V
I
|
I
G
 
G
L
 
L
E
|
E
M
 
L
G
 
G
S
 
S
V
 
V
W
 
W
R
 
A
R
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
E
V
 
V
T
 
T
I
 
V
L
 
L
E
 
E
G
 
A
L
 
L
P
 
D
T
 
K
F
 
F
L
 
L
G
 
P
A
 
A
V
 
A
D
 
D
E
 
E
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
K
 
K
E
 
E
A
 
A
K
 
L
K
 
K
A
 
V
F
 
L
D
 
T
K
 
K
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
K
 
N
I
 
I
E
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
A
K
 
R
V
 
V
G
 
T
E
 
A
I
 
S
V
 
E
N
 
V
G
 
K
K
 
K
K
 
K
G
 
Q
V
 
V
T
 
T
V
 
V
N
 
T
Y
 
F
T
 
T
N
 
D
A
 
A
K
 
N
G
 
G
E
 
E
A
 
Q
I
 
-
V
 
K
L
 
E
E
 
T
A
 
F
D
 
D
K
 
K
L
 
L
I
 
I
V
 
V
S
 
A
I
 
V
G
 
G
R
|
R
V
 
R
P
 
P
N
 
V
T
 
T
I
 
T
G
 
D
L
 
L
N
 
L
A
 
A
E
 
A
A
 
D
I
 
S
G
 
G
L
 
V
A
 
T
V
 
L
D
 
D
E
 
E
R
 
R
G
 
G
A
 
F
I
 
I
V
 
Y
V
 
V
D
 
D
G
 
D
D
 
H
C
 
C
K
 
K
T
 
T
N
 
S
V
 
V
P
 
P
G
 
G
V
 
V
W
 
F
A
 
A
V
 
I
G
|
G
D
|
D
V
 
V
V
 
V
R
 
R
G
 
G
P
 
A
M
|
M
L
|
L
A
|
A
H
|
H
K
 
K
A
 
A
E
x
S
E
 
E
E
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
M
V
 
V
A
 
A
E
 
E
R
 
R
I
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
H
H
 
K
G
 
A
H
 
Q
V
 
M
N
 
N
F
 
Y
N
 
D
T
 
L
I
 
I
P
 
P
W
 
S
V
 
V
I
 
I
Y
 
Y
T
 
T
S
 
H
P
 
P
E
 
E
I
 
I
A
 
A
W
 
W
V
 
V
G
 
G
R
 
K
T
 
T
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
T
L
 
L
K
 
K
A
 
A
D
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
E
Y
 
V
K
 
N
A
 
V
G
 
G
T
 
T
F
 
F
P
 
P
F
 
F
L
 
A
A
 
A
N
 
S
G
 
G
R
 
R
A
 
A
R
 
M
A
 
A
L
 
A
G
 
N
D
 
D
T
 
T
T
 
T
G
 
G
M
 
L
V
 
V
K
 
K
F
 
V
L
 
I
A
 
A
D
 
D
A
 
A
T
 
K
T
 
T
D
 
D
E
 
R
I
 
V
L
 
L
G
 
G
V
 
V
H
 
H
M
 
V
V
 
I
G
 
G
P
 
P
Q
 
S
V
 
A
S
 
A
E
 
E
L
 
L
I
 
V
S
 
Q
E
 
Q
A
 
G
V
 
A
V
 
I
A
 
G
M
 
M
E
 
E
F
 
F
K
 
G
A
 
T
S
 
S
A
 
A
E
 
E
D
 
D
I
 
L
A
 
G
R
 
M
I
 
M
C
 
V
H
x
F
A
 
S
H
|
H
P
|
P
S
 
T
L
 
L
S
 
S
E
|
E
A
 
A
T
 
L
K
 
H
E
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
A
V
 
V
D
 
N
K
 
G
R
 
H
T
 
A
L
 
I
N
 
H
F
 
I

Sites not aligning to the query:

5u8wA Dihydrolipoamide dehydrogenase (lpdg) from pseudomonas aeruginosa bound to nadh (see paper)
56% identity, 100% coverage: 2:475/475 of query aligns to 1:471/473 of 5u8wA

query
sites
5u8wA
S
 
S
K
 
Q
Q
 
K
F
 
F
D
 
D
V
 
V
V
 
V
V
 
V
I
|
I
G
 
G
G
 
A
G
|
G
P
|
P
G
|
G
G
 
G
Y
 
Y
I
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
F
 
L
Q
 
K
V
 
T
A
 
A
C
 
C
I
 
I
D
x
E
E
x
K
W
 
Y
K
 
I
N
 
G
A
 
K
A
 
E
G
 
G
G
 
K
P
 
V
A
 
A
P
x
L
G
 
G
G
|
G
T
|
T
C
|
C
T
 
L
N
 
N
V
 
V
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
S
|
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
Q
 
D
S
 
S
S
 
S
E
 
Y
H
 
K
F
 
Y
D
 
H
H
 
E
A
 
A
N
 
K
H
 
E
H
 
A
F
 
F
A
 
K
E
 
V
H
 
H
G
 
G
I
 
I
S
 
E
A
 
A
K
 
K
D
x
G
V
|
V
K
 
T
M
 
I
D
 
D
V
 
V
A
 
P
K
 
A
M
 
M
I
 
V
A
 
A
R
 
R
K
 
K
D
 
A
N
 
N
V
 
I
V
 
V
K
 
K
Q
 
N
N
 
L
N
 
T
D
 
G
G
 
G
I
 
I
L
 
A
Y
 
T
L
 
L
F
 
F
K
 
K
K
 
A
N
 
N
K
 
G
V
 
V
T
 
T
F
 
S
F
 
F
H
 
E
G
 
G
R
x
H
G
|
G
S
 
K
F
 
L
A
 
L
G
 
A
K
 
N
A
 
K
E
 
Q
G
 
V
G
 
E
Y
 
V
T
 
T
V
 
-
N
 
G
V
 
L
A
 
D
G
 
G
K
 
K
T
 
T
E
 
Q
E
 
-
S
 
V
I
 
L
T
 
E
A
 
A
K
 
E
Q
 
N
V
 
V
I
 
I
I
 
I
A
|
A
T
x
S
G
|
G
S
 
S
N
 
R
A
 
P
R
 
V
A
 
E
L
 
I
P
 
P
G
 
P
T
 
A
P
 
P
F
 
L
D
 
T
E
 
D
V
 
D
N
 
I
V
 
I
L
 
V
S
 
D
N
x
S
D
 
T
G
 
G
A
 
A
L
 
L
R
 
E
V
 
F
G
 
Q
A
 
A
V
 
V
P
 
P
K
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
G
L
 
V
I
|
I
G
 
G
S
 
A
G
|
G
V
|
V
I
|
I
G
 
G
L
 
L
E
|
E
M
 
L
G
 
G
S
 
S
V
 
V
W
 
W
R
 
A
R
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
E
V
 
V
T
 
T
I
 
V
L
 
L
E
|
E
G
x
A
L
|
L
P
 
D
T
 
K
F
 
F
L
 
L
G
 
P
A
 
A
V
 
A
D
 
D
E
 
E
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
K
 
K
E
 
E
A
 
A
K
 
L
K
 
K
A
 
V
F
 
L
D
 
T
K
 
K
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
K
 
N
I
 
I
E
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
A
K
 
R
V
 
V
G
 
T
E
 
A
I
 
S
V
 
E
N
 
V
G
 
K
K
 
K
K
 
K
G
 
Q
V
 
V
T
 
T
V
 
V
N
 
T
Y
 
F
T
 
T
N
 
D
A
 
A
K
 
N
G
 
G
E
 
E
A
 
Q
I
 
-
V
 
K
L
 
E
E
 
T
A
 
F
D
 
D
K
 
K
L
 
L
I
 
I
V
 
V
S
x
A
I
x
V
G
|
G
R
|
R
V
 
R
P
 
P
N
 
V
T
 
T
I
 
T
G
 
D
L
 
L
N
 
L
A
 
A
E
 
A
A
 
D
I
 
S
G
 
G
L
 
V
A
 
T
V
 
L
D
 
D
E
 
E
R
 
R
G
 
G
A
 
F
I
 
I
V
 
Y
V
 
V
D
 
D
G
 
D
D
 
H
C
 
C
K
 
K
T
 
T
N
 
S
V
 
V
P
 
P
G
 
G
V
 
V
W
 
F
A
 
A
V
 
I
G
|
G
D
|
D
V
 
V
V
 
V
R
 
R
G
 
G
P
 
A
M
|
M
L
|
L
A
|
A
H
|
H
K
 
K
A
 
A
E
x
S
E
 
E
E
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
M
V
 
V
A
 
A
E
 
E
R
 
R
I
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
H
H
 
K
G
 
A
H
 
Q
V
 
M
N
 
N
F
 
Y
N
 
D
T
 
L
I
 
I
P
 
P
W
 
S
V
|
V
I
 
I
Y
|
Y
T
 
T
S
 
H
P
 
P
E
 
E
I
 
I
A
 
A
W
 
W
V
 
V
G
 
G
R
 
K
T
 
T
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
T
L
 
L
K
 
K
A
 
A
D
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
E
Y
 
V
K
 
N
A
 
V
G
 
G
T
 
T
F
 
F
P
 
P
F
 
F
L
 
A
A
 
A
N
 
S
G
 
G
R
 
R
A
 
A
R
 
M
A
 
A
L
 
A
G
 
N
D
 
D
T
 
T
T
 
T
G
 
G
M
 
L
V
 
V
K
 
K
F
 
V
L
 
I
A
 
A
D
 
D
A
 
A
T
 
K
T
 
T
D
 
D
E
 
R
I
 
V
L
 
L
G
 
G
V
 
V
H
 
H
M
 
V
V
 
I
G
 
G
P
 
P
Q
 
S
V
 
A
S
 
A
E
 
E
L
 
L
I
 
V
S
 
Q
E
 
Q
A
 
G
V
 
A
V
 
I
A
 
G
M
 
M
E
 
E
F
 
F
K
 
G
A
 
T
S
 
S
A
 
A
E
 
E
D
 
D
I
 
L
A
 
G
R
 
M
I
 
M
C
 
V
H
x
F
A
 
S
H
|
H
P
|
P
S
 
T
L
 
L
S
 
S
E
|
E
A
 
A
T
 
L
K
 
H
E
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
A
V
 
V
D
 
N
K
 
G
R
 
H
T
 
A
L
 
I
N
 
H
F
 
I

Sites not aligning to the query:

5u8vA Dihydrolipoamide dehydrogenase (lpdg) from pseudomonas aeruginosa bound to NAD+ (see paper)
56% identity, 100% coverage: 3:475/475 of query aligns to 1:470/472 of 5u8vA

query
sites
5u8vA
K
 
Q
Q
 
K
F
 
F
D
 
D
V
 
V
V
 
V
V
 
V
I
|
I
G
 
G
G
 
A
G
|
G
P
|
P
G
|
G
G
 
G
Y
 
Y
I
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
F
 
L
Q
 
K
V
 
T
A
 
A
C
 
C
I
 
I
D
x
E
E
 
K
W
 
Y
K
 
I
N
 
G
A
 
K
A
 
E
G
 
G
G
 
K
P
 
V
A
 
A
P
x
L
G
 
G
G
|
G
T
|
T
C
|
C
T
 
L
N
 
N
V
 
V
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
S
|
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
Q
 
D
S
 
S
S
 
S
E
 
Y
H
 
K
F
 
Y
D
 
H
H
 
E
A
 
A
N
 
K
H
 
E
H
 
A
F
 
F
A
 
K
E
 
V
H
 
H
G
 
G
I
 
I
S
 
E
A
 
A
K
 
K
D
x
G
V
|
V
K
 
T
M
 
I
D
 
D
V
 
V
A
 
P
K
 
A
M
 
M
I
 
V
A
 
A
R
 
R
K
 
K
D
 
A
N
 
N
V
 
I
V
 
V
K
 
K
Q
 
N
N
 
L
N
 
T
D
 
G
G
 
G
I
 
I
L
 
A
Y
 
T
L
 
L
F
 
F
K
 
K
K
 
A
N
 
N
K
 
G
V
 
V
T
 
T
F
 
S
F
 
F
H
 
E
G
 
G
R
x
H
G
|
G
S
 
K
F
 
L
A
 
L
G
 
A
K
 
N
A
 
K
E
 
Q
G
 
V
G
 
E
Y
 
V
T
 
T
V
 
-
N
 
G
V
 
L
A
 
D
G
 
G
K
 
K
T
 
T
E
 
Q
E
 
-
S
 
V
I
 
L
T
 
E
A
 
A
K
 
E
Q
 
N
V
 
V
I
 
I
I
 
I
A
|
A
T
x
S
G
|
G
S
 
S
N
 
R
A
 
P
R
 
V
A
 
E
L
 
I
P
 
P
G
 
P
T
 
A
P
 
P
F
 
L
D
 
T
E
 
D
V
 
D
N
 
I
V
 
I
L
 
V
S
 
D
N
x
S
D
 
T
G
 
G
A
 
A
L
 
L
R
 
E
V
 
F
G
 
Q
A
 
A
V
 
V
P
 
P
K
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
G
L
 
V
I
|
I
G
|
G
S
 
A
G
|
G
V
|
V
I
|
I
G
 
G
L
 
L
E
|
E
M
 
L
G
 
G
S
 
S
V
 
V
W
 
W
R
 
A
R
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
E
V
 
V
T
 
T
I
 
V
L
|
L
E
|
E
G
x
A
L
 
L
P
 
D
T
 
K
F
 
F
L
 
L
G
 
P
A
 
A
V
 
A
D
 
D
E
 
E
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
K
 
K
E
 
E
A
 
A
K
 
L
K
 
K
A
 
V
F
 
L
D
 
T
K
 
K
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
K
 
N
I
 
I
E
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
A
K
 
R
V
|
V
G
 
T
E
 
A
I
 
S
V
 
E
N
 
V
G
 
K
K
 
K
K
 
K
G
 
Q
V
 
V
T
 
T
V
 
V
N
 
T
Y
 
F
T
 
T
N
 
D
A
 
A
K
 
N
G
 
G
E
 
E
A
 
Q
I
 
-
V
 
K
L
 
E
E
 
T
A
 
F
D
 
D
K
 
K
L
 
L
I
 
I
V
 
V
S
 
A
I
x
V
G
|
G
R
|
R
V
 
R
P
 
P
N
 
V
T
 
T
I
 
T
G
 
D
L
 
L
N
 
L
A
 
A
E
 
A
A
 
D
I
 
S
G
 
G
L
 
V
A
 
T
V
 
L
D
 
D
E
 
E
R
 
R
G
 
G
A
 
F
I
 
I
V
 
Y
V
 
V
D
 
D
G
 
D
D
 
H
C
 
C
K
 
K
T
 
T
N
 
S
V
 
V
P
 
P
G
 
G
V
 
V
W
 
F
A
 
A
V
 
I
G
|
G
D
|
D
V
 
V
V
 
V
R
 
R
G
 
G
P
 
A
M
|
M
L
|
L
A
|
A
H
|
H
K
 
K
A
 
A
E
x
S
E
 
E
E
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
M
V
 
V
A
 
A
E
 
E
R
 
R
I
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
H
H
 
K
G
 
A
H
 
Q
V
 
M
N
 
N
F
 
Y
N
 
D
T
 
L
I
 
I
P
 
P
W
 
S
V
 
V
I
 
I
Y
 
Y
T
 
T
S
 
H
P
 
P
E
 
E
I
 
I
A
 
A
W
 
W
V
 
V
G
 
G
R
 
K
T
 
T
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
T
L
 
L
K
 
K
A
 
A
D
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
E
Y
 
V
K
 
N
A
 
V
G
 
G
T
 
T
F
 
F
P
 
P
F
 
F
L
 
A
A
 
A
N
 
S
G
 
G
R
 
R
A
 
A
R
 
M
A
 
A
L
 
A
G
 
N
D
 
D
T
 
T
T
 
T
G
 
G
M
 
L
V
 
V
K
 
K
F
 
V
L
 
I
A
 
A
D
 
D
A
 
A
T
 
K
T
 
T
D
 
D
E
 
R
I
 
V
L
 
L
G
 
G
V
 
V
H
 
H
M
 
V
V
 
I
G
 
G
P
 
P
Q
 
S
V
 
A
S
 
A
E
 
E
L
 
L
I
 
V
S
 
Q
E
 
Q
A
 
G
V
 
A
V
 
I
A
 
G
M
 
M
E
 
E
F
 
F
K
 
G
A
 
T
S
 
S
A
 
A
E
 
E
D
 
D
I
 
L
A
 
G
R
 
M
I
 
M
C
 
V
H
x
F
A
 
S
H
|
H
P
|
P
S
 
T
L
 
L
S
 
S
E
|
E
A
 
A
T
 
L
K
 
H
E
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
A
V
 
V
D
 
N
K
 
G
R
 
H
T
 
A
L
 
I
N
 
H
F
 
I

Sites not aligning to the query:

6awaA 1.83 angstrom resolution crystal structure of dihydrolipoyl dehydrogenase from pseudomonas putida in complex with fad and adenosine-5'-monophosphate.
55% identity, 99% coverage: 1:469/475 of query aligns to 1:466/475 of 6awaA

query
sites
6awaA
M
 
M
S
 
T
K
 
Q
Q
 
K
F
 
F
D
 
D
V
 
V
V
 
V
V
 
V
I
|
I
G
 
G
G
 
A
G
|
G
P
|
P
G
|
G
G
 
G
Y
 
Y
I
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
K
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
F
 
L
Q
 
K
V
 
T
A
 
A
C
 
C
I
 
I
D
x
E
E
x
K
W
 
Y
K
 
T
N
 
D
A
 
A
A
 
E
G
 
G
G
 
K
P
 
L
A
 
A
P
x
L
G
 
G
G
 
G
T
|
T
C
|
C
T
 
L
N
 
N
V
 
V
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
S
|
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
Q
 
D
S
 
S
S
 
S
E
 
W
H
 
K
F
 
Y
D
 
K
H
 
E
A
 
A
N
 
K
H
 
E
H
 
S
F
 
F
A
 
N
E
 
V
H
 
H
G
 
G
I
 
I
S
 
S
A
 
T
K
 
G
D
 
E
V
 
V
K
 
K
M
 
M
D
 
D
V
 
V
A
 
A
K
 
A
M
 
M
I
 
V
A
 
G
R
 
R
K
 
K
D
 
A
N
 
G
V
 
I
V
 
V
K
 
K
Q
 
N
N
 
L
N
 
T
D
 
G
G
 
G
I
 
V
L
 
A
Y
 
T
L
 
L
F
 
F
K
 
K
K
 
A
N
 
N
K
 
G
V
 
V
T
 
T
F
 
S
F
 
I
H
 
Q
G
 
G
R
x
H
G
|
G
S
 
K
F
 
L
-
 
L
A
 
A
G
 
G
K
 
K
A
 
K
E
 
-
G
 
-
G
 
-
Y
 
V
T
 
E
V
 
V
N
 
T
V
 
K
A
 
A
G
 
D
K
 
G
T
 
T
E
 
T
E
 
E
S
 
V
I
 
I
T
 
E
A
 
A
K
 
E
Q
 
N
V
 
V
I
 
I
I
 
L
A
 
A
T
x
S
G
|
G
S
 
S
N
 
R
A
 
P
R
 
I
A
 
D
L
 
I
P
 
P
G
 
P
T
 
A
P
 
P
F
 
V
D
 
D
E
 
Q
V
 
N
N
 
V
V
 
I
L
 
V
S
 
D
N
 
S
D
 
T
G
 
G
A
 
A
L
 
L
R
 
E
V
 
F
G
 
Q
A
 
A
V
 
V
P
 
P
K
 
K
K
 
R
L
 
L
A
 
G
L
 
V
I
|
I
G
 
G
S
 
A
G
 
G
V
|
V
I
|
I
G
 
G
L
 
L
E
|
E
M
 
L
G
 
G
S
 
S
V
 
V
W
 
W
R
 
A
R
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
E
V
 
V
T
 
T
I
 
V
L
 
L
E
|
E
G
x
A
L
|
L
P
 
D
T
 
T
F
 
F
L
 
L
G
 
M
A
 
A
V
 
A
D
 
D
E
 
T
Q
 
A
I
 
V
A
 
S
K
 
K
E
 
E
A
 
A
K
 
Q
K
 
K
A
 
T
F
 
L
D
 
T
K
 
K
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
K
 
D
I
 
I
E
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
A
K
 
R
V
|
V
-
 
T
G
 
G
E
 
S
I
 
K
V
 
V
N
 
N
G
 
G
K
 
N
K
 
E
G
 
-
V
 
V
T
 
E
V
 
V
N
 
T
Y
 
Y
T
 
T
N
 
N
A
 
A
K
 
E
G
 
G
E
 
E
A
 
Q
I
 
K
V
 
I
L
 
-
E
 
T
A
 
F
D
 
D
K
 
K
L
 
L
I
 
I
V
 
V
S
 
A
I
x
V
G
 
G
R
|
R
V
 
R
P
 
P
N
 
V
T
 
T
I
 
T
G
 
D
L
 
L
N
 
L
A
 
A
E
 
S
A
 
D
I
 
S
G
 
G
L
 
V
A
 
T
V
 
I
D
 
D
E
 
E
R
 
R
G
 
G
A
 
Y
I
 
I
V
 
F
V
 
V
D
 
D
G
 
D
D
 
Y
C
 
C
K
 
A
T
 
T
N
 
S
V
 
V
P
 
P
G
 
G
V
 
V
W
 
Y
A
 
A
V
 
I
G
|
G
D
|
D
V
 
V
V
 
V
R
 
R
G
 
G
P
 
M
M
|
M
L
|
L
A
|
A
H
 
H
K
 
K
A
 
A
E
 
S
E
 
E
E
 
E
G
 
G
V
 
I
A
 
M
V
 
V
A
 
V
E
 
E
R
 
R
I
 
I
A
 
K
G
 
G
Q
 
H
H
 
K
G
 
A
H
 
Q
V
 
M
N
 
N
F
 
Y
N
 
D
T
 
L
I
 
I
P
 
P
W
 
S
V
 
V
I
 
I
Y
|
Y
T
 
T
S
 
H
P
 
P
E
 
E
I
 
I
A
 
A
W
 
W
V
 
V
G
 
G
R
 
K
T
 
T
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
A
L
 
L
K
 
K
A
 
A
D
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
E
Y
 
V
K
 
N
A
 
V
G
 
G
T
 
T
F
 
F
P
 
P
F
 
F
L
 
A
A
 
A
N
 
S
G
 
G
R
 
R
A
 
A
R
 
M
A
 
A
L
 
A
G
 
N
D
 
D
T
 
T
T
 
G
G
 
G
M
 
F
V
 
V
K
 
K
F
 
V
L
 
I
A
 
A
D
 
D
A
 
A
T
 
K
T
 
T
D
 
D
E
 
R
I
 
V
L
 
L
G
 
G
V
 
V
H
 
H
M
 
V
V
 
I
G
 
G
P
 
P
Q
 
S
V
 
A
S
 
A
E
 
E
L
 
L
I
 
V
S
 
Q
E
 
Q
A
 
G
V
 
A
V
 
I
A
 
A
M
 
M
E
 
E
F
 
F
K
 
G
A
 
T
S
 
S
A
 
A
E
 
E
D
 
D
I
 
L
A
 
G
R
 
M
I
 
M
C
 
V
H
x
F
A
 
S
H
|
H
P
 
P
S
 
T
L
 
L
S
 
S
E
|
E
A
 
A
T
 
L
K
 
H
E
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
A
V
 
V
D
 
N

Sites not aligning to the query:

6uziC Crystal structure of dihydrolipoyl dehydrogenase from elizabethkingia anophelis nuhp1
53% identity, 99% coverage: 4:475/475 of query aligns to 6:470/470 of 6uziC

query
sites
6uziC
Q
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
V
V
 
A
V
 
V
I
|
I
G
|
G
G
 
S
G
|
G
P
|
P
G
|
G
G
 
G
Y
 
Y
I
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
C
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
F
 
F
Q
 
K
V
 
T
A
 
V
C
 
I
I
 
I
D
x
E
E
x
K
W
 
Y
K
 
S
N
 
T
A
 
L
A
 
-
G
 
-
G
 
-
P
 
-
A
 
-
P
 
-
G
 
G
G
|
G
T
|
T
C
|
C
T
 
L
N
 
N
V
 
V
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
S
|
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
Q
 
D
S
 
S
S
 
S
E
 
E
H
 
H
F
 
F
D
 
E
H
 
N
A
 
A
N
 
K
H
 
H
H
 
T
F
 
F
A
 
A
E
 
T
H
 
H
G
 
G
I
 
I
S
 
L
A
 
I
K
 
D
D
 
E
V
 
P
K
 
K
M
 
V
D
 
D
V
 
I
A
 
A
K
 
Q
M
 
M
I
 
I
A
 
S
R
 
R
K
 
K
D
 
N
N
 
D
V
 
V
V
 
V
K
 
D
Q
 
Q
N
 
T
N
 
T
D
 
K
G
 
G
I
 
I
L
 
N
Y
 
F
L
 
L
F
 
M
K
 
D
K
 
K
N
 
N
K
 
K
V
 
I
T
 
T
F
 
V
F
 
L
H
 
Q
G
 
G
R
x
V
G
|
G
S
 
S
F
 
F
A
 
E
G
 
S
K
 
A
A
 
T
E
 
Q
G
 
-
G
 
-
Y
 
I
T
 
K
V
 
V
N
 
T
V
 
K
A
 
A
G
 
D
K
 
G
T
 
S
E
 
S
E
 
E
S
 
V
I
 
I
T
 
E
A
 
A
K
 
K
Q
 
N
V
 
T
I
 
I
I
 
I
A
 
A
T
|
T
G
|
G
S
 
S
N
 
K
A
 
P
R
 
S
A
 
S
L
 
L
P
 
P
G
 
F
T
 
I
P
 
T
F
 
L
D
 
D
E
 
K
V
 
E
N
 
R
V
 
V
L
 
I
S
 
T
N
 
S
D
 
T
G
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
N
V
 
L
G
 
K
A
 
E
V
 
V
P
 
P
K
 
K
K
 
H
L
 
L
A
 
I
L
 
V
I
 
I
G
 
G
S
 
G
G
 
G
V
|
V
I
|
I
G
 
G
L
 
L
E
|
E
M
 
L
G
 
G
S
 
S
V
 
V
W
 
Y
R
 
L
R
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
S
D
 
D
V
 
V
T
 
T
I
 
V
L
 
V
E
 
E
G
 
Y
L
 
L
P
 
D
T
 
K
F
 
I
L
 
I
G
 
P
A
 
G
V
 
M
D
 
D
E
 
G
Q
 
T
I
 
L
A
 
S
K
 
K
E
 
E
A
 
L
K
 
Q
K
 
K
A
 
T
F
 
L
D
 
K
K
 
K
Q
 
Q
G
 
G
L
 
M
K
 
K
I
 
F
E
 
M
L
 
L
G
 
S
V
 
T
K
 
A
V
 
V
G
 
S
E
 
G
I
 
V
V
 
E
N
 
R
G
 
N
K
 
G
K
 
D
G
 
T
V
 
V
T
 
K
V
 
V
N
 
T
Y
 
A
T
 
K
N
 
D
A
 
K
K
 
K
G
 
G
E
 
E
A
 
D
I
 
V
V
 
V
L
 
V
E
 
E
A
 
G
D
 
D
K
 
Y
L
 
C
I
 
L
V
 
V
S
 
S
I
 
V
G
 
G
R
|
R
V
 
R
P
 
P
N
 
Y
T
 
T
I
 
D
G
 
G
L
 
L
N
 
G
A
 
L
E
 
E
A
 
K
I
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
E
V
 
L
D
 
D
E
 
E
R
 
R
G
 
G
A
 
R
I
 
V
V
 
K
V
 
T
D
 
N
G
 
D
D
 
H
C
 
L
K
 
Q
T
 
T
N
 
N
V
 
V
P
 
P
G
 
N
V
 
I
W
 
Y
A
 
A
V
 
I
G
 
G
D
|
D
V
 
V
V
 
V
R
 
K
G
 
G
P
 
A
M
|
M
L
|
L
A
|
A
H
 
H
K
 
K
A
 
A
E
 
E
E
 
E
E
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
F
V
 
V
A
 
A
E
 
E
R
 
T
I
 
L
A
 
A
G
 
G
Q
 
E
H
 
K
G
 
P
H
 
H
V
 
V
N
 
N
F
 
Y
N
 
N
T
 
L
I
 
I
P
 
P
W
 
G
V
 
V
I
 
V
Y
 
Y
T
 
T
S
 
W
P
 
P
E
 
E
I
 
V
A
 
A
W
 
G
V
 
V
G
 
G
R
 
K
T
 
T
E
 
E
Q
 
E
Q
 
Q
L
 
L
K
 
K
A
 
E
D
 
A
G
 
G
V
 
V
A
 
A
Y
 
Y
K
 
K
A
 
T
G
 
G
T
 
S
F
 
F
P
 
P
F
 
M
L
 
R
A
 
A
N
 
L
G
 
G
R
 
R
A
 
S
R
 
R
A
 
A
L
 
S
G
 
M
D
 
D
T
 
T
T
 
D
G
 
G
M
 
V
V
 
I
K
 
K
F
 
I
L
 
L
A
 
A
D
 
D
A
 
E
T
 
K
T
 
T
D
 
D
E
 
E
I
 
I
L
 
L
G
 
G
V
 
V
H
 
H
M
 
M
V
 
I
G
 
G
P
 
A
Q
 
R
V
 
A
S
 
A
E
 
D
L
 
M
I
 
I
S
 
A
E
 
E
A
 
A
V
 
V
V
 
V
A
 
A
M
 
M
E
 
E
F
 
F
K
 
R
A
 
A
S
 
S
A
 
A
E
 
E
D
 
D
I
 
I
A
 
A
R
 
R
I
 
I
C
 
S
H
 
H
A
 
A
H
|
H
P
 
P
S
 
T
L
 
Y
S
 
T
E
|
E
A
 
A
T
 
I
K
 
K
E
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
L
-
 
D
A
 
A
V
 
T
D
 
G
K
 
K
R
 
R
T
 
A
L
 
I
N
 
H
F
 
M

P18925 Dihydrolipoyl dehydrogenase; Dihydrolipoamide dehydrogenase; E3 component of pyruvate complex; EC 1.8.1.4 from Azotobacter vinelandii (see 2 papers)
54% identity, 100% coverage: 1:474/475 of query aligns to 1:471/477 of P18925

query
sites
P18925
M
 
M
S
 
S
K
 
Q
Q
 
K
F
 
F
D
 
D
V
 
V
V
 
I
V
 
V
I
 
I
G
 
G
G
 
A
G
 
G
P
 
P
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
I
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
K
A
 
S
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
F
 
L
Q
 
K
V
 
T
A
 
A
C
 
L
I
 
I
D
x
E
E
x
K
W
x
Y
K
|
K
N
x
G
A
x
K
A
x
E
G
|
G
G
x
K
P
x
T
A
|
A
P
x
L
G
|
G
G
|
G
T
|
T
C
|
C
T
 
L
N
 
N
V
 
V
G
 
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
S
 
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
Q
 
D
S
 
S
S
 
S
E
 
Y
H
 
K
F
 
F
D
 
H
H
 
E
A
 
A
N
 
H
H
 
E
H
 
S
F
 
F
A
 
K
E
 
L
H
 
H
G
 
G
I
 
I
S
 
S
A
 
T
K
 
G
D
 
E
V
 
V
K
 
A
M
 
I
D
 
D
V
 
V
A
 
P
K
 
T
M
 
M
I
 
I
A
 
A
R
 
R
K
 
K
D
 
D
N
 
Q
V
 
I
V
 
V
K
 
R
Q
 
N
N
 
L
N
 
T
D
 
G
G
 
G
I
 
V
L
 
A
Y
 
S
L
 
L
F
 
I
K
 
K
K
 
A
N
 
N
K
 
G
V
 
V
T
 
T
F
 
L
F
 
F
H
 
E
G
 
G
R
 
H
G
 
G
S
 
K
F
 
L
-
 
L
A
 
A
G
 
G
K
 
K
A
 
K
E
 
-
G
 
-
G
 
-
Y
 
V
T
 
E
V
 
V
N
 
T
V
 
A
A
 
A
G
 
D
K
 
G
T
 
S
E
 
S
E
 
Q
S
 
V
I
 
L
T
 
D
A
 
T
K
 
E
Q
 
N
V
 
V
I
 
I
I
 
L
A
 
A
T
 
S
G
 
G
S
 
S
N
 
K
A
 
P
R
 
V
A
 
E
L
 
I
P
 
P
G
 
P
T
 
A
P
 
P
F
 
V
D
 
D
E
 
Q
V
 
D
N
 
V
V
 
I
L
 
V
S
 
D
N
 
S
D
 
T
G
 
G
A
 
A
L
 
L
R
 
D
V
 
F
G
 
Q
A
 
N
V
 
V
P
 
P
K
 
G
K
 
K
L
 
L
A
 
G
L
 
V
I
 
I
G
 
G
S
 
A
G
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
G
L
 
L
E
 
E
M
 
L
G
 
G
S
 
S
V
 
V
W
 
W
R
 
A
R
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
E
V
 
V
T
 
T
I
 
V
L
 
L
E
 
E
G
 
A
L
 
M
P
 
D
T
 
K
F
 
F
L
 
L
G
 
P
A
 
A
V
 
V
D
 
D
E
 
E
Q
 
Q
I
 
V
A
 
A
K
 
K
E
 
E
A
 
A
K
 
Q
K
 
K
A
 
I
F
 
L
D
 
T
K
 
K
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
I
E
 
L
L
 
L
G
 
G
V
 
A
K
 
R
V
 
V
G
 
T
E
 
G
I
 
T
V
 
E
N
 
V
G
 
K
K
 
N
K
 
K
G
 
Q
V
 
V
T
 
T
V
 
V
N
 
K
Y
 
F
T
 
V
N
 
D
A
 
A
K
 
E
G
 
G
E
 
E
A
 
K
I
 
-
V
 
S
L
 
Q
E
 
A
A
 
F
D
 
D
K
 
K
L
 
L
I
 
I
V
 
V
S
 
A
I
 
V
G
 
G
R
 
R
V
 
R
P
 
P
N
 
V
T
 
T
I
 
T
G
 
D
L
 
L
N
 
L
A
 
A
E
 
A
A
 
D
I
 
S
G
 
G
L
 
V
A
 
T
V
 
L
D
 
D
E
 
E
R
 
R
G
 
G
A
 
F
I
 
I
V
 
Y
V
 
V
D
 
D
G
 
D
D
 
Y
C
 
C
K
 
A
T
 
T
N
 
S
V
 
V
P
 
P
G
 
G
V
 
V
W
 
Y
A
 
A
V
 
I
G
 
G
D
|
D
V
 
V
V
 
V
R
 
R
G
 
G
P
 
A
M
 
M
L
 
L
A
|
A
H
 
H
K
 
K
A
 
A
E
 
S
E
 
E
E
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
V
V
 
V
A
 
A
E
 
E
R
 
R
I
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
H
H
 
K
G
 
A
H
 
Q
V
 
M
N
 
N
F
 
Y
N
 
D
T
 
L
I
 
I
P
 
P
W
 
A
V
 
V
I
 
I
Y
 
Y
T
 
T
S
 
H
P
 
P
E
 
E
I
 
I
A
 
A
W
 
G
V
 
V
G
 
G
R
 
K
T
 
T
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
A
L
 
L
K
 
K
A
 
A
D
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
A
Y
 
I
K
 
N
A
 
V
G
 
G
T
 
V
F
 
F
P
 
P
F
 
F
L
 
A
A
 
A
N
 
S
G
 
G
R
 
R
A
 
A
R
 
M
A
 
A
L
 
A
G
 
N
D
 
D
T
 
T
T
 
A
G
 
G
M
 
F
V
 
V
K
 
K
F
 
V
L
 
I
A
 
A
D
 
D
A
 
A
T
 
K
T
 
T
D
 
D
E
 
R
I
 
V
L
 
L
G
 
G
V
 
V
H
 
H
M
 
V
V
 
I
G
 
G
P
 
P
Q
 
S
V
 
A
S
 
A
E
 
E
L
 
L
I
 
V
S
 
Q
E
 
Q
A
 
G
V
 
A
V
 
I
A
 
A
M
 
M
E
 
E
F
 
F
K
 
G
A
 
T
S
 
S
A
 
A
E
 
E
D
 
D
I
 
L
A
 
G
R
 
M
I
 
M
C
 
V
H
 
F
A
 
A
H
 
H
P
 
P
S
 
A
L
 
L
S
 
S
E
 
E
A
 
A
T
 
L
K
 
H
E
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
A
V
 
V
D
 
S
K
 
G
R
 
H
T
 
A
L
 
I
N
 
H

3ladA Refined crystal structure of lipoamide dehydrogenase from azotobacter vinelandii at 2.2 angstroms resolution. A comparison with the structure of glutathione reductase (see paper)
54% identity, 100% coverage: 2:474/475 of query aligns to 1:470/472 of 3ladA

query
sites
3ladA
S
 
S
K
 
Q
Q
 
K
F
 
F
D
 
D
V
 
V
V
 
I
V
 
V
I
|
I
G
|
G
G
 
A
G
|
G
P
|
P
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
I
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
K
A
 
S
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
F
 
L
Q
 
K
V
 
T
A
 
A
C
 
L
I
 
I
D
x
E
E
x
K
W
 
Y
K
 
K
N
 
G
A
 
K
A
 
E
G
 
G
G
 
K
P
 
T
A
 
A
P
x
L
G
 
G
G
|
G
T
|
T
C
|
C
T
 
L
N
 
N
V
 
V
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
S
|
S
K
 
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
Q
 
D
S
 
S
S
 
S
E
 
Y
H
 
K
F
 
F
D
 
H
H
 
E
A
 
A
N
 
H
H
 
E
H
 
S
F
 
F
A
 
K
E
 
L
H
 
H
G
 
G
I
 
I
S
 
S
A
 
T
K
 
G
D
 
E
V
 
V
K
 
A
M
 
I
D
 
D
V
 
V
A
 
P
K
 
T
M
 
M
I
 
I
A
 
A
R
 
R
K
 
K
D
 
D
N
 
Q
V
 
I
V
 
V
K
 
R
Q
 
N
N
 
L
N
 
T
D
 
G
G
 
G
I
 
V
L
 
A
Y
 
S
L
 
L
F
 
I
K
 
K
K
 
A
N
 
N
K
 
G
V
 
V
T
 
T
F
 
L
F
 
F
H
 
E
G
 
G
R
x
H
G
|
G
S
 
K
F
 
L
-
 
L
A
 
A
G
 
G
K
 
K
A
 
K
E
 
-
G
 
-
G
 
-
Y
 
V
T
 
E
V
 
V
N
 
T
V
 
A
A
 
A
G
 
D
K
 
G
T
 
S
E
 
S
E
 
Q
S
 
V
I
 
L
T
 
D
A
 
T
K
 
E
Q
 
N
V
 
V
I
 
I
I
 
L
A
|
A
T
x
S
G
|
G
S
 
S
N
 
K
A
 
P
R
 
V
A
 
E
L
 
I
P
 
P
G
 
P
T
 
A
P
 
P
F
 
V
D
 
D
E
 
Q
V
 
D
N
 
V
V
 
I
L
 
V
S
 
D
N
 
S
D
 
T
G
 
G
A
 
A
L
 
L
R
 
D
V
 
F
G
 
Q
A
 
N
V
 
V
P
 
P
K
 
G
K
 
K
L
 
L
A
 
G
L
 
V
I
 
I
G
 
G
S
 
A
G
 
G
V
|
V
I
|
I
G
 
G
L
 
L
E
|
E
M
 
L
G
 
G
S
 
S
V
 
V
W
 
W
R
 
A
R
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
E
V
 
V
T
 
T
I
 
V
L
 
L
E
 
E
G
 
A
L
 
M
P
 
D
T
 
K
F
 
F
L
 
L
G
 
P
A
 
A
V
 
V
D
 
D
E
 
E
Q
 
Q
I
 
V
A
 
A
K
 
K
E
 
E
A
 
A
K
 
Q
K
 
K
A
 
I
F
 
L
D
 
T
K
 
K
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
I
E
 
L
L
 
L
G
 
G
V
 
A
K
 
R
V
 
V
G
 
T
E
 
G
I
 
T
V
 
E
N
 
V
G
 
K
K
 
N
K
 
K
G
 
Q
V
 
V
T
 
T
V
 
V
N
 
K
Y
 
F
T
 
V
N
 
D
A
 
A
K
 
E
G
 
G
E
 
E
A
 
K
I
 
-
V
 
S
L
 
Q
E
 
A
A
 
F
D
 
D
K
 
K
L
 
L
I
 
I
V
 
V
S
 
A
I
 
V
G
 
G
R
|
R
V
 
R
P
 
P
N
 
V
T
 
T
I
 
T
G
 
D
L
 
L
N
 
L
A
 
A
E
 
A
A
 
D
I
 
S
G
 
G
L
 
V
A
 
T
V
 
L
D
 
D
E
 
E
R
 
R
G
 
G
A
 
F
I
 
I
V
 
Y
V
 
V
D
 
D
G
 
D
D
 
Y
C
 
C
K
 
A
T
 
T
N
 
S
V
 
V
P
 
P
G
 
G
V
 
V
W
 
Y
A
 
A
V
 
I
G
 
G
D
|
D
V
 
V
V
 
V
R
 
R
G
 
G
P
 
A
M
 
M
L
|
L
A
|
A
H
 
H
K
 
K
A
 
A
E
 
S
E
 
E
E
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
V
V
 
V
A
 
A
E
 
E
R
 
R
I
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
H
H
 
K
G
 
A
H
 
Q
V
 
M
N
 
N
F
 
Y
N
 
D
T
 
L
I