SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_109939399.1 NCBI__GCF_003173335.1:WP_109939399.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 4 hits to proteins with known functional sites (download)

5b57A Inward-facing conformation of abc heme importer bhuuv from burkholderia cenocepacia (see paper)
36% identity, 78% coverage: 80:366/370 of query aligns to 33:328/330 of 5b57A

query
sites
5b57A
P
 
P
M
 
L
E
 
A
R
 
E
T
 
A
W
 
W
T
 
A
-
 
A
-
 
L
-
 
S
-
 
G
-
 
D
-
 
P
-
 
A
-
 
A
N
 
Q
A
 
Q
D
 
A
E
 
R
T
 
A
I
 
V
L
 
L
F
 
L
Q
x
D
V
 
I
R
 
R
F
 
A
P
 
P
R
 
R
I
 
V
I
 
V
A
 
L
A
 
A
V
 
L
I
x
L
V
 
V
G
 
G
A
 
G
A
 
G
L
 
F
S
 
G
M
 
A
A
 
T
G
 
G
A
 
A
A
 
A
Y
 
M
Q
 
Q
G
 
A
L
 
L
F
 
F
K
 
R
N
 
N
P
 
P
L
 
L
V
 
A
S
 
D
P
 
P
D
 
G
I
 
L
L
 
V
G
 
G
V
 
V
S
 
S
S
 
S
G
 
G
A
 
A
G
 
A
F
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
T
V
 
T
A
 
L
I
 
I
L
 
V
Y
 
L
S
 
G
T
 
P
A
 
A
A
 
S
W
 
A
M
 
A
I
 
A
Q
 
L
L
 
P
S
 
V
A
 
A
F
 
A
A
 
F
G
 
A
G
 
G
I
 
G
L
 
L
A
 
A
V
 
V
M
 
A
G
 
A
-
 
L
S
 
V
Y
 
Y
F
 
R
L
 
L
S
 
A
K
 
A
L
 
S
Y
 
R
K
 
G
S
 
R
G
 
L
Q
 
A
I
 
L
L
 
P
I
 
L
L
 
L
V
 
L
L
 
L
S
 
A
G
 
G
V
 
I
I
 
A
I
 
I
S
 
N
A
 
A
F
 
L
F
 
V
G
 
G
A
 
A
L
 
A
L
 
I
S
 
G
I
 
L
T
 
L
K
 
T
Y
 
F
V
 
V
A
 
A
D
 
D
P
 
D
Y
 
A
E
 
Q
K
 
-
L
 
L
P
 
R
T
 
S
I
 
L
V
 
T
F
 
F
W
 
W
L
 
S
M
 
L
G
 
G
S
 
S
L
 
L
S
 
G
S
 
G
V
 
A
R
 
Q
Y
x
W
S
 
P
D
 
T
I
 
L
Y
x
A
A
 
A
I
 
V
L
x
A
P
 
P
A
 
C
I
 
V
L
 
A
I
 
L
G
 
G
G
 
G
S
 
V
I
 
L
L
 
L
L
 
V
L
 
R
I
 
E
R
 
R
W
 
D
R
 
A
I
 
L
N
 
N
L
 
A
L
 
L
A
 
Q
L
 
L
S
 
G
P
 
E
D
 
T
E
 
E
A
 
A
K
 
L
T
 
H
L
 
L
G
 
G
I
 
V
D
 
P
L
 
V
K
 
Q
Q
 
R
I
 
L
T
 
K
R
 
R
V
 
R
I
 
V
I
 
L
V
 
V
C
 
A
A
 
V
T
 
A
L
 
L
L
 
A
T
 
V
A
 
G
A
 
A
S
 
L
V
 
V
C
 
S
I
 
C
S
 
A
G
 
G
I
 
I
I
 
I
G
 
G
W
 
F
V
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
V
V
 
A
P
 
P
H
 
H
L
 
C
G
 
V
R
 
R
M
 
L
I
 
A
T
 
C
G
 
G
P
 
P
D
 
D
Y
 
Q
K
 
R
K
 
I
L
 
V
L
 
L
P
 
P
L
 
G
T
 
A
I
 
A
V
 
L
M
 
L
G
 
G
S
 
A
S
 
L
Y
 
L
L
 
T
L
 
L
V
 
A
M
 
A
D
 
D
D
 
L
L
 
A
S
 
A
R
 
R
T
 
T
L
 
V
I
 
A
A
 
A
-
 
P
T
 
A
E
 
D
I
 
I
P
 
P
L
 
L
G
 
G
I
 
V
L
 
L
T
 
T
A
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
A
P
 
P
F
 
F
F
 
F
A
 
L
Y
 
A
L
 
L
L
 
L
W
 
W
R
 
K
R
 
N
K
 
R

P15029 Fe(3+) dicitrate transport system permease protein FecD; Iron(III) dicitrate transport system permease protein FecD from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
36% identity, 76% coverage: 85:366/370 of query aligns to 37:318/318 of P15029

query
sites
P15029
W
 
W
T
 
Q
N
 
A
A
 
G
D
 
H
E
 
E
T
 
H
-
 
Y
-
 
Y
I
 
V
L
 
L
F
 
M
Q
 
E
V
 
Y
R
|
R
F
 
L
P
 
P
R
|
R
I
 
L
I
 
L
A
 
L
A
 
A
V
 
L
I
 
F
V
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
A
L
 
L
S
 
A
M
 
V
A
 
A
G
 
G
A
 
V
A
 
L
Y
 
I
Q
 
Q
G
 
G
L
 
I
F
 
V
K
 
R
N
 
N
P
 
P
L
 
L
V
 
A
S
 
S
P
 
P
D
 
D
I
 
I
L
 
L
G
 
G
V
 
V
S
 
N
S
 
H
G
 
A
A
 
A
G
 
S
F
 
L
G
 
A
A
 
S
A
 
V
V
 
G
A
 
A
I
 
L
L
 
L
Y
 
L
-
 
M
-
 
P
S
 
S
T
 
L
A
 
P
A
 
V
W
 
M
M
 
V
I
 
L
Q
 
P
L
 
L
S
 
L
A
 
A
F
 
F
A
 
A
G
 
G
G
 
G
I
 
M
L
 
-
A
 
-
V
 
-
M
 
A
G
 
G
S
 
L
Y
 
I
F
 
L
L
 
L
S
 
K
K
 
M
L
 
L
Y
 
A
K
 
K
S
 
T
G
 
H
Q
 
Q
I
 
P
L
 
M
I
 
K
L
 
L
V
 
A
L
 
L
S
 
T
G
 
G
V
 
V
I
 
A
I
 
L
S
 
S
A
 
A
F
 
C
F
 
W
G
 
A
A
 
-
L
 
-
L
 
-
S
 
S
I
 
L
T
 
T
K
 
D
Y
 
Y
V
 
L
-
 
M
-
 
L
A
 
S
D
 
R
P
 
P
Y
 
-
E
 
Q
K
 
D
L
 
V
P
 
N
T
 
N
I
 
A
V
 
L
F
 
L
W
 
W
L
 
L
M
 
T
G
 
G
S
 
S
L
 
L
S
 
W
S
 
G
V
 
R
R
 
D
Y
 
W
S
 
S
D
 
F
I
 
V
Y
 
K
A
 
I
I
 
A
L
 
I
P
 
P
A
 
L
I
 
M
L
 
I
I
 
L
G
 
F
G
 
L
S
 
P
I
 
L
L
 
S
L
 
L
L
 
S
I
 
F
R
 
C
W
 
R
R
 
D
I
 
L
N
 
D
L
 
L
L
 
L
A
 
A
L
 
L
S
 
G
P
 
D
D
 
A
E
 
R
A
 
A
K
 
T
T
 
T
L
 
L
G
 
G
I
 
V
D
 
S
L
 
V
K
 
P
Q
 
H
I
 
T
T
 
R
R
 
F
V
 
W
I
 
A
I
 
L
V
 
L
C
 
L
A
 
A
T
 
V
L
 
A
L
 
M
T
 
T
A
 
S
A
 
T
S
 
G
V
 
V
C
 
A
I
 
A
S
 
C
G
 
G
I
 
P
I
 
I
G
 
S
W
 
F
V
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
V
V
 
V
P
 
P
H
 
H
L
 
M
G
 
M
R
 
R
M
 
S
I
 
I
T
 
T
G
 
G
P
 
G
D
 
R
Y
 
H
K
 
R
K
 
R
L
 
L
L
 
L
P
 
P
L
 
V
T
 
S
I
 
A
V
 
L
M
 
T
G
 
G
S
 
A
S
 
L
Y
 
L
L
 
L
L
 
V
V
 
V
M
 
A
D
 
D
D
 
L
L
 
L
S
 
A
R
|
R
T
 
I
L
 
I
I
 
H
A
 
P
T
 
P
-
 
L
E
 
E
I
 
L
P
 
P
L
 
V
G
 
G
I
 
V
L
 
L
T
 
T
A
 
A
L
 
I
L
 
I
G
 
G
A
 
A
P
 
P
F
 
W
F
 
F
A
 
V
Y
 
W
L
 
L
L
 
L
W
 
V
R
 
R
R
 
M
K
 
R

P15030 Fe(3+) dicitrate transport system permease protein FecC; Iron(III) dicitrate transport system permease protein FecC from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
33% identity, 87% coverage: 44:365/370 of query aligns to 8:331/332 of P15030

query
sites
P15030
I
 
V
L
 
L
L
 
L
F
 
W
I
 
G
L
 
L
P
 
P
F
 
V
A
 
A
-
 
A
-
 
L
-
 
I
V
 
I
M
 
I
F
 
F
W
 
W
-
 
L
S
 
S
L
 
L
F
 
F
I
 
C
G
 
-
R
 
-
Y
 
Y
E
 
S
V
 
A
E
 
I
P
 
P
V
 
V
T
 
S
-
 
G
-
 
A
-
 
D
V
 
A
V
 
T
K
 
R
I
 
A
L
 
L
L
 
L
S
 
P
Q
 
G
I
 
H
F
 
T
P
 
P
M
 
-
E
 
-
R
 
-
T
 
-
W
 
-
T
 
-
N
 
T
A
 
L
D
 
P
E
 
E
T
 
A
I
 
L
L
 
V
F
 
Q
Q
 
N
V
 
L
R
|
R
F
 
L
P
 
P
R
|
R
I
 
S
I
 
L
A
 
V
A
 
A
V
 
V
I
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
A
A
 
S
L
 
L
S
 
A
M
 
L
A
 
A
G
 
G
A
 
T
A
 
L
Y
 
L
Q
 
Q
G
 
T
L
 
L
F
 
T
K
 
H
N
 
N
P
 
P
L
 
M
V
 
A
S
 
S
P
 
P
D
 
S
I
 
L
L
 
L
G
 
G
V
 
I
S
 
N
S
 
S
G
 
G
A
 
A
G
 
A
F
 
L
G
 
A
A
 
M
A
 
A
V
 
L
A
 
T
I
 
S
L
 
A
Y
 
L
S
 
S
T
 
P
-
 
T
-
 
P
-
 
I
A
 
A
A
 
G
W
 
Y
M
 
S
I
 
L
Q
 
S
L
 
F
S
 
I
A
 
A
F
 
A
A
 
C
G
 
G
G
 
G
-
 
G
-
 
V
-
 
S
-
 
W
-
 
L
I
 
L
L
 
V
A
 
M
V
 
T
M
 
A
G
 
G
S
 
G
Y
 
G
F
 
F
L
 
R
S
 
H
K
 
T
L
 
H
Y
 
D
K
 
R
S
 
N
G
 
K
Q
 
-
I
 
-
L
 
-
I
 
-
L
 
L
V
 
I
L
 
L
S
 
A
G
 
G
V
 
I
I
 
A
I
 
L
S
 
S
A
 
A
F
 
F
F
 
C
G
 
M
A
 
G
L
 
L
L
 
T
S
 
R
I
 
I
T
 
T
K
 
L
Y
 
L
V
 
L
A
 
A
D
 
E
P
 
D
Y
 
H
E
 
A
K
 
Y
L
 
-
P
 
-
T
 
G
I
 
I
V
 
F
F
 
Y
W
 
W
L
 
L
M
 
A
G
 
G
S
 
G
L
 
V
S
 
S
S
 
H
V
 
A
R
 
R
Y
 
W
S
 
Q
D
 
D
I
 
V
Y
 
W
A
 
Q
I
 
L
L
 
L
P
 
P
A
 
V
I
 
V
L
 
V
I
 
T
G
 
A
G
 
V
S
 
P
I
 
V
L
 
V
L
 
L
L
 
L
I
 
L
R
 
A
W
 
N
R
 
Q
I
 
L
N
 
N
L
 
L
L
 
L
A
 
N
L
 
L
S
 
S
P
 
D
D
 
S
E
 
T
A
 
A
K
 
H
T
 
T
L
 
L
G
 
G
I
 
V
D
 
N
L
 
L
K
 
T
Q
 
R
I
 
L
T
 
R
R
 
L
V
 
V
I
 
I
I
 
N
V
 
M
C
 
L
A
 
V
T
 
L
L
 
L
L
 
L
T
 
V
A
 
G
A
 
A
S
 
C
V
 
V
C
 
S
I
 
V
S
 
A
G
 
G
I
 
P
I
 
V
G
 
A
W
 
F
V
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
L
V
 
V
P
 
P
H
 
H
L
 
L
G
 
A
R
 
R
M
 
F
I
 
W
T
 
A
G
 
G
P
 
F
D
 
D
Y
 
Q
K
 
R
K
 
N
L
 
V
L
 
L
P
 
P
L
 
V
T
 
S
I
 
M
V
 
L
M
 
L
G
 
G
S
 
A
S
 
T
Y
 
L
L
 
M
L
 
L
V
 
L
M
 
A
D
 
D
D
 
V
L
 
L
S
 
A
R
|
R
T
 
A
L
 
L
-
 
A
I
 
F
A
 
P
T
 
G
E
 
D
I
 
L
P
 
P
L
 
A
G
 
G
I
 
A
L
 
V
T
 
L
A
 
A
L
 
L
L
 
I
G
 
G
A
 
S
P
 
P
F
 
C
F
 
F
A
 
V
Y
 
W
L
 
L
L
 
V
W
 
R
R
 
R
R
 
R

P06972 Iron(3+)-hydroxamate import system permease protein FhuB; Ferric hydroxamate uptake protein B; Ferrichrome transport system permease protein FhuB; Ferrichrome uptake protein FhuB; Iron(III)-hydroxamate import system permease protein FhuB from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
27% identity, 76% coverage: 85:367/370 of query aligns to 375:659/660 of P06972

query
sites
P06972
W
 
W
T
 
T
N
 
W
A
 
A
D
 
S
E
 
G
T
 
A
I
 
L
L
 
L
F
 
E
Q
 
D
V
 
L
-
 
M
-
 
P
-
 
W
R
|
R
F
 
W
P
 
P
R
 
R
I
 
I
I
 
M
A
 
A
A
 
A
V
 
L
I
 
F
V
 
A
G
 
G
A
 
V
A
 
M
L
 
L
S
 
A
M
 
V
A
 
A
G
 
G
A
 
C
A
 
I
Y
 
I
Q
 
Q
G
 
R
L
 
L
F
 
T
K
 
G
N
 
N
P
 
P
L
 
M
V
 
A
S
 
S
P
 
P
D
 
E
I
 
V
L
 
L
G
 
G
V
 
I
S
 
S
S
 
S
G
 
G
A
 
A
G
 
A
F
 
F
G
 
G
A
 
V
A
 
V
V
 
L
A
 
M
I
 
L
L
 
F
Y
 
L
-
 
V
-
 
P
-
 
G
S
 
N
T
 
A
A
 
F
A
 
G
W
 
W
M
 
L
I
 
L
Q
 
P
L
 
A
S
 
G
A
 
S
F
 
L
A
 
G
G
 
A
G
 
A
-
 
V
-
 
T
-
 
L
-
 
L
-
 
I
-
 
I
-
 
M
I
 
I
L
 
A
A
 
A
V
 
G
M
 
R
G
 
G
S
 
G
Y
 
F
F
 
S
L
 
P
S
 
H
K
 
R
L
 
-
Y
 
-
K
 
-
S
 
-
G
 
-
Q
 
-
I
 
-
L
 
-
I
 
-
L
 
M
V
 
L
L
 
L
S
 
A
G
 
G
V
x
M
I
 
A
I
 
L
S
 
S
A
 
T
F
 
A
F
 
F
G
 
T
A
x
M
L
 
L
L
 
L
S
x
M
I
 
M
T
 
L
K
 
Q
Y
 
A
V
 
S
A
 
G
D
 
D
P
 
P
Y
 
-
E
 
-
K
 
R
L
 
M
P
 
A
T
x
Q
I
 
V
V
 
L
F
x
T
W
 
W
L
 
I
M
 
S
G
 
G
S
|
S
L
 
T
S
x
Y
S
 
N
V
 
A
R
 
T
Y
 
D
S
 
A
D
 
Q
I
 
V
Y
 
W
A
 
R
I
 
T
L
 
G
P
 
I
A
 
V
I
 
M
L
 
V
I
 
I
G
 
L
G
 
L
S
 
A
I
 
I
L
 
T
L
 
P
L
 
L
I
 
C
R
 
R
W
 
R
R
 
W
I
 
L
N
 
T
L
 
I
L
 
L
A
 
P
L
 
L
S
 
G
P
 
G
D
 
D
E
 
T
A
 
A
K
 
R
T
 
A
L
 
V
G
 
G
I
 
M
D
 
A
L
 
L
K
 
T
Q
 
P
I
 
-
T
 
T
R
 
R
V
 
I
I
 
A
I
 
L
V
 
L
C
 
L
A
 
L
T
 
A
L
 
A
L
 
C
T
 
L
A
 
T
A
 
A
S
 
T
V
 
A
C
 
T
I
 
M
S
 
T
-
 
I
G
 
G
I
 
P
I
 
L
G
 
S
W
 
F
V
 
V
G
 
G
L
 
L
V
 
M
V
 
A
P
 
P
H
 
H
L
 
I
G
 
A
R
 
R
M
 
M
I
 
M
T
 
-
G
 
-
P
 
-
D
 
G
Y
 
F
K
 
R
K
 
R
L
 
T
L
 
M
P
 
P
-
 
H
-
 
I
-
 
V
L
 
I
T
 
S
I
 
A
V
 
L
M
 
V
G
 
G
S
 
G
S
 
L
Y
 
L
L
 
L
L
 
V
V
 
F
M
 
A
D
 
D
D
 
W
L
 
C
S
 
G
R
 
R
-
 
M
T
 
V
L
 
L
I
 
F
A
 
P
T
 
F
E
x
Q
I
 
I
P
 
P
L
 
A
G
 
G
I
 
L
L
 
L
T
 
S
A
 
T
L
 
F
L
 
I
G
 
G
A
 
A
P
 
P
F
 
Y
F
 
F
A
 
I
Y
 
Y
L
 
L
L
 
L
W
 
-
R
 
R
R
 
K
K
 
Q
T
 
S

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_109939399.1 NCBI__GCF_003173335.1:WP_109939399.1
MDSVEHAPVKNNPVSSIESIRIPEIAYDLNVIKQKIHIARNVRILLFILPFAVMFWSLFI
GRYEVEPVTVVKILLSQIFPMERTWTNADETILFQVRFPRIIAAVIVGAALSMAGAAYQG
LFKNPLVSPDILGVSSGAGFGAAVAILYSTAAWMIQLSAFAGGILAVMGSYFLSKLYKSG
QILILVLSGVIISAFFGALLSITKYVADPYEKLPTIVFWLMGSLSSVRYSDIYAILPAIL
IGGSILLLIRWRINLLALSPDEAKTLGIDLKQITRVIIVCATLLTAASVCISGIIGWVGL
VVPHLGRMITGPDYKKLLPLTIVMGSSYLLVMDDLSRTLIATEIPLGILTALLGAPFFAY
LLWRRKTGWA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory