SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_110207572.1 NCBI__GCF_003194585.1:WP_110207572.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5ol2F The electron transferring flavoprotein/butyryl-coa dehydrogenase complex from clostridium difficile (see paper)
38% identity, 97% coverage: 4:375/383 of query aligns to 7:377/378 of 5ol2F

query
sites
5ol2F
E
 
K
F
 
Y
A
 
Q
E
 
M
I
 
L
R
 
K
E
 
E
L
 
L
A
 
Y
A
 
V
R
 
S
V
 
F
A
 
A
R
 
E
D
 
N
V
 
E
Y
 
V
G
 
K
P
 
P
I
 
L
A
 
A
E
 
T
T
x
E
M
 
L
D
 
D
V
 
E
N
x
E
-
 
E
R
|
R
T
 
F
P
 
P
V
 
-
T
 
-
L
 
Y
E
 
E
Q
 
T
R
 
V
K
 
E
Q
 
K
L
 
M
G
 
A
E
 
K
L
 
A
G
 
G
F
 
M
L
 
M
G
 
G
I
 
I
A
 
P
H
 
Y
P
 
P
E
 
K
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
S
 
E
G
 
G
A
 
G
P
 
D
L
 
T
A
 
V
Q
 
G
A
 
Y
L
 
I
A
 
M
V
 
A
V
 
V
E
 
E
E
 
E
F
 
L
A
 
S
K
 
R
V
 
V
C
 
C
R
 
G
P
 
T
A
 
T
A
 
G
F
 
V
Q
 
I
I
 
L
F
 
S
E
 
A
S
 
H
N
 
T
T
 
S
G
 
L
P
 
G
A
 
S
Q
 
W
V
 
P
I
 
I
N
 
Y
H
 
Q
L
 
Y
G
 
G
T
 
N
P
 
E
E
 
E
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
R
 
K
W
 
F
L
 
L
P
 
R
S
 
P
I
 
L
I
 
A
S
 
S
G
 
G
E
 
E
K
 
K
T
 
L
M
 
G
A
 
A
V
x
F
G
 
G
I
x
L
S
x
T
E
 
E
P
|
P
D
 
N
A
 
A
G
 
G
S
x
T
A
 
D
A
 
A
T
 
S
D
 
G
M
 
Q
R
 
Q
T
 
T
T
 
T
A
 
A
K
 
V
V
 
L
T
 
D
D
 
G
G
 
D
T
 
E
V
 
Y
V
 
I
V
 
L
N
 
N
G
 
G
S
 
S
K
 
K
R
 
I
W
x
F
I
|
I
S
x
T
N
 
N
G
 
A
G
 
I
E
 
A
A
 
G
D
 
D
L
 
I
Y
 
Y
V
 
V
V
 
V
Y
 
M
S
 
A
R
 
M
L
 
T
S
 
D
D
 
K
A
 
S
P
 
K
G
 
G
S
 
N
K
 
K
G
 
G
I
 
I
G
 
S
A
 
A
V
 
F
V
 
I
V
 
V
E
 
E
K
 
K
G
 
G
T
 
T
P
 
P
G
 
G
F
 
F
S
 
S
F
 
F
G
 
G
A
 
V
S
 
K
E
|
E
R
 
K
L
 
K
M
 
M
G
 
G
F
 
I
R
 
R
G
 
G
I
 
S
P
 
A
S
 
T
A
 
S
D
 
E
L
 
L
Y
 
I
F
 
F
D
 
E
G
 
D
V
 
C
E
 
R
V
 
I
P
 
P
E
 
K
E
 
E
N
 
N
I
 
L
V
 
L
V
 
G
P
 
K
A
 
E
G
 
G
-
 
Q
G
 
G
F
 
F
G
 
K
K
 
I
L
 
A
F
 
M
G
 
S
I
 
T
F
x
L
S
 
D
I
 
G
E
x
G
R
|
R
L
 
I
G
 
G
N
 
I
T
 
A
T
 
A
M
 
Q
S
 
A
L
 
L
A
 
G
I
 
L
G
 
A
Q
 
Q
E
 
G
A
 
A
L
 
L
T
 
D
R
 
E
T
 
T
L
 
V
K
 
K
Y
 
Y
V
 
V
E
 
K
E
 
E
R
|
R
E
 
V
Q
 
Q
F
|
F
G
 
G
K
 
R
P
 
P
L
|
L
I
 
S
E
 
K
F
|
F
Q
 
Q
S
 
N
I
 
T
Q
 
Q
V
 
F
L
 
Q
V
 
L
A
 
A
D
 
D
M
 
M
V
 
E
L
 
V
A
 
K
V
 
V
E
 
Q
A
 
A
A
 
A
R
 
R
L
 
H
L
 
L
R
 
V
D
 
Y
E
 
Q
A
 
A
A
 
A
A
 
-
S
 
-
V
 
I
G
 
N
A
 
K
D
 
D
-
 
L
G
 
G
L
 
K
P
 
P
D
 
Y
P
 
G
L
 
V
K
 
E
V
 
A
S
 
A
L
 
M
A
 
A
K
 
K
C
 
L
T
 
F
A
 
A
N
 
A
E
 
E
M
 
T
A
 
A
K
 
M
R
 
E
V
 
V
T
 
T
D
 
T
L
 
K
A
 
A
M
 
V
Q
|
Q
I
x
L
H
 
H
G
|
G
G
|
G
N
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
E
 
R
E
 
D
Y
 
Y
G
 
P
L
 
V
E
 
E
R
 
R
L
 
M
H
 
M
R
 
R
D
 
D
A
 
A
H
 
K
G
 
I
W
 
T
A
 
E
I
 
I
A
x
Y
G
x
E
G
|
G
T
|
T
P
 
S
T
x
E
M
 
V
Q
 
Q
R
 
R
V
 
M
R
 
V
I
 
I
V
 
S
S
x
G
E
 
K
V
 
L
L
 
L

4l1fA Electron transferring flavoprotein of acidaminococcus fermentans: towards a mechanism of flavin-based electron bifurcation (see paper)
38% identity, 97% coverage: 8:377/383 of query aligns to 12:379/380 of 4l1fA

query
sites
4l1fA
I
 
I
R
 
K
E
 
D
L
 
M
A
 
A
A
 
A
R
 
E
V
 
F
A
 
A
R
 
E
D
 
K
V
 
F
Y
 
L
G
 
A
P
 
P
I
 
T
A
 
V
E
 
E
T
 
-
M
 
-
D
 
-
V
 
-
N
 
E
R
 
R
T
 
D
P
 
K
V
 
A
T
 
H
L
 
I
E
 
W
Q
 
D
R
 
R
K
 
K
-
 
L
-
 
I
-
 
D
Q
 
K
L
 
M
G
 
G
E
 
E
L
 
A
G
 
G
F
 
F
L
 
C
G
 
G
I
 
I
A
 
C
H
 
F
P
 
P
E
 
E
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
S
 
M
G
 
G
A
 
L
P
 
D
L
 
V
A
 
L
Q
 
S
A
 
Y
L
 
I
A
 
L
V
 
A
V
 
V
E
 
E
E
 
E
F
 
L
A
 
S
K
 
K
V
 
V
C
 
D
R
 
D
P
 
G
A
 
T
A
 
G
F
 
I
Q
 
T
I
 
L
F
 
S
E
 
A
S
 
N
N
 
V
T
 
S
G
 
L
P
 
C
A
 
A
Q
 
T
V
 
P
I
 
I
N
 
Y
H
 
M
L
 
F
G
 
G
T
 
T
P
 
E
E
 
E
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
R
 
K
W
 
Y
L
 
L
P
 
A
S
 
P
I
 
I
I
 
A
S
 
E
G
 
G
E
 
T
K
 
H
T
 
V
M
 
G
A
 
A
V
x
F
G
 
G
I
x
L
S
x
T
E
 
E
P
 
P
D
 
S
A
 
A
G
|
G
S
x
T
A
 
D
A
 
A
T
 
S
D
 
A
M
 
Q
R
 
Q
T
 
T
T
 
T
A
 
A
K
 
V
V
 
L
T
 
K
D
 
G
G
 
D
T
 
K
V
 
Y
V
 
I
V
 
L
N
 
N
G
 
G
S
 
S
K
 
K
R
 
I
W
x
F
I
|
I
S
x
T
N
 
N
G
 
G
G
 
K
E
 
E
A
 
A
D
 
D
L
 
T
Y
 
Y
V
 
V
V
 
V
Y
 
F
S
 
A
R
 
M
L
 
T
S
 
D
D
 
K
A
 
S
P
 
Q
G
 
G
S
 
V
K
x
H
G
 
G
I
 
I
G
 
S
A
 
A
V
 
F
V
 
I
V
 
L
E
 
E
K
 
K
G
 
G
T
 
M
P
 
P
G
 
G
F
 
F
S
 
R
F
 
F
G
 
G
A
 
K
S
 
I
E
 
E
R
 
D
L
 
K
M
 
M
G
 
G
F
 
G
R
 
H
G
 
T
I
 
S
P
 
I
S
 
T
A
 
A
D
 
E
L
 
L
Y
 
I
F
 
F
D
 
E
G
 
D
V
 
C
E
 
E
V
 
V
P
 
P
E
 
K
E
 
E
N
 
N
I
 
L
V
 
L
V
 
G
P
 
K
A
 
E
G
 
G
-
 
E
G
 
G
F
|
F
G
 
K
K
 
I
L
 
A
F
x
M
G
x
E
I
 
T
F
x
L
S
x
D
I
 
G
E
x
G
R
|
R
L
 
I
G
 
G
N
 
V
T
 
A
T
 
A
M
 
Q
S
 
A
L
 
L
A
 
G
I
 
I
G
 
A
Q
 
E
E
 
G
A
 
A
L
 
L
T
 
A
R
 
A
T
 
A
L
 
V
K
 
K
Y
 
Y
V
 
S
E
 
K
E
 
E
R
|
R
E
 
E
Q
|
Q
F
|
F
G
 
G
K
 
R
P
 
S
L
x
I
I
 
S
E
 
K
F
|
F
Q
 
Q
S
 
A
I
x
L
Q
 
Q
V
 
F
L
 
M
V
 
M
A
 
A
D
 
D
M
 
M
V
 
A
L
 
T
A
 
K
V
 
I
E
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
R
L
 
Y
L
 
L
R
 
V
D
 
Y
E
 
H
A
 
A
A
 
A
A
 
M
S
 
-
V
 
L
G
 
K
A
 
N
D
 
E
G
 
G
L
 
K
P
 
P
D
 
Y
P
 
S
L
 
E
K
 
A
V
 
A
S
 
A
L
 
M
A
 
A
K
 
K
C
 
C
T
 
F
A
 
A
N
 
S
E
 
D
M
 
V
A
 
A
K
 
M
R
 
E
V
 
V
T
 
T
D
 
T
L
 
D
A
 
A
M
 
V
Q
|
Q
I
|
I
H
 
F
G
 
G
G
|
G
N
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
E
 
V
E
 
D
Y
 
Y
G
 
P
L
 
A
E
 
E
R
 
R
L
 
Y
H
 
M
R
 
R
D
 
N
A
 
A
H
 
K
G
x
I
W
 
T
A
 
Q
I
 
I
A
x
Y
G
x
E
G
|
G
T
|
T
P
 
N
T
x
Q
M
 
V
Q
 
M
R
 
R
V
 
I
R
 
-
I
 
V
V
 
T
S
 
S
E
x
R
V
 
A
L
 
L
G
 
L
R
 
R

Sites not aligning to the query:

5lnxD Crystal structure of mmgc, an acyl-coa dehydrogenase from bacillus subtilis.
36% identity, 98% coverage: 2:376/383 of query aligns to 3:374/374 of 5lnxD

query
sites
5lnxD
V
 
V
D
 
Q
E
 
E
F
 
Q
A
 
V
E
 
M
I
 
M
R
 
R
E
 
K
L
 
M
A
 
V
A
 
R
R
 
D
V
 
F
A
 
A
R
 
R
D
 
K
V
 
E
Y
 
I
G
 
A
P
 
P
I
 
A
A
 
A
E
 
E
T
 
I
M
 
M
D
 
E
-
 
K
V
 
T
N
 
D
R
 
E
T
 
F
P
 
P
V
 
F
T
 
Q
L
 
L
E
 
-
Q
 
-
R
 
I
K
 
K
Q
 
K
L
 
M
G
 
G
E
 
K
L
 
H
G
 
G
F
 
L
L
 
M
G
 
G
I
 
I
A
 
P
H
 
V
P
 
P
E
 
E
E
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
S
 
A
G
 
G
A
 
A
P
 
D
L
 
V
A
 
V
Q
 
S
A
 
Y
L
 
I
A
 
L
V
 
A
V
 
I
E
 
H
E
 
E
F
 
I
A
 
S
K
 
R
V
 
I
C
 
S
R
 
A
P
 
A
A
 
V
A
 
G
F
 
V
Q
 
I
I
 
L
F
 
S
E
 
V
S
 
H
N
 
T
T
 
S
G
 
V
P
 
G
A
 
T
Q
 
N
V
 
P
I
 
I
N
 
L
H
 
Y
L
 
F
G
 
G
T
 
N
P
 
E
E
 
E
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
M
R
 
K
W
 
Y
L
 
I
P
 
P
S
 
N
I
 
L
I
 
A
S
 
S
G
 
G
E
 
D
K
 
H
T
 
L
M
 
G
A
 
A
V
 
F
G
 
A
I
x
L
S
x
T
E
 
E
P
 
P
D
 
H
A
 
S
G
|
G
S
|
S
A
 
D
A
 
A
T
 
G
D
 
S
M
 
L
R
 
R
T
 
T
T
 
T
A
 
A
K
 
I
V
 
K
T
 
K
D
 
N
G
 
G
T
 
K
V
 
Y
V
 
L
V
 
L
N
 
N
G
 
G
S
 
S
K
 
K
R
 
I
W
x
F
I
 
I
S
x
T
N
 
N
G
 
G
G
 
G
E
 
A
A
 
A
D
 
D
L
 
I
Y
 
Y
V
 
I
V
 
T
Y
 
F
S
 
A
R
 
L
L
 
T
S
 
A
D
 
P
A
 
D
P
 
Q
G
 
G
S
 
R
K
 
H
G
 
G
I
 
I
G
 
S
A
 
A
V
 
F
V
 
I
V
 
V
E
 
E
K
 
K
G
 
N
T
 
T
P
 
P
G
 
G
F
 
F
S
 
T
F
 
V
G
 
G
A
 
K
S
 
K
E
 
E
R
 
R
L
 
K
M
 
L
G
 
G
F
 
L
R
 
Y
G
 
G
I
 
S
P
 
N
S
 
T
A
 
T
D
 
E
L
 
L
Y
 
I
F
 
F
D
 
D
G
 
N
V
 
A
E
 
E
V
 
V
P
 
P
E
 
E
E
 
A
N
 
N
I
 
L
V
 
L
V
 
G
P
 
K
A
 
E
G
 
G
-
 
D
G
 
G
F
 
F
G
 
H
K
 
I
L
 
A
F
 
M
G
 
A
I
 
N
F
 
L
S
 
N
I
 
V
E
x
G
R
 
R
L
 
I
G
 
G
N
 
I
T
 
A
T
 
A
M
 
Q
S
 
A
L
 
L
A
 
G
I
 
I
G
 
A
Q
 
E
E
 
A
A
 
A
L
 
L
T
 
E
R
 
H
T
 
A
L
 
V
K
 
D
Y
 
Y
V
 
A
E
 
K
E
 
Q
R
|
R
E
 
V
Q
|
Q
F
|
F
G
 
G
K
 
R
P
 
P
L
x
I
I
 
A
E
 
A
F
x
N
Q
 
Q
S
 
G
I
|
I
Q
 
S
V
 
F
L
 
K
V
 
L
A
 
A
D
 
D
M
 
M
V
 
A
L
 
T
A
 
R
V
 
A
E
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
R
L
 
H
L
 
L
R
 
V
D
 
Y
E
 
H
A
 
A
A
 
A
A
 
D
S
 
L
V
 
-
G
 
-
A
 
H
D
 
N
G
 
R
L
 
L
P
 
N
D
 
C
P
 
G
L
 
K
K
 
E
V
 
A
S
 
S
L
 
M
A
 
A
K
 
K
C
 
Q
T
 
F
A
 
A
N
 
S
E
 
D
M
 
A
A
 
A
K
 
V
R
 
K
V
 
A
T
 
L
D
 
D
L
 
-
A
 
A
M
 
V
Q
|
Q
I
|
I
H
 
Y
G
 
G
G
|
G
N
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
T
 
M
E
 
K
E
 
D
Y
 
Y
G
 
P
L
 
V
E
 
E
R
 
R
L
 
L
H
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
A
H
 
K
G
 
V
W
 
T
A
 
Q
I
 
I
A
x
Y
G
x
E
G
 
G
T
|
T
P
 
N
T
x
E
M
 
I
Q
 
Q
R
 
R
V
 
L
R
 
I
I
 
I
V
 
S
S
x
K
E
 
Y
V
 
L
L
 
L
G
 
G

7p9xA Structure of cyclohex-1-ene-1-carboxyl-coa dehydrogenase complexed with cyclohex-1-ene-1-carboxyl-coa (see paper)
39% identity, 86% coverage: 39:368/383 of query aligns to 39:369/378 of 7p9xA

query
sites
7p9xA
R
 
R
K
 
D
Q
 
L
L
 
F
G
 
A
E
 
K
L
 
L
G
 
G
F
 
L
L
 
L
G
 
N
I
 
P
A
 
L
H
 
L
P
 
P
E
 
A
E
 
A
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
S
 
T
G
 
E
A
 
M
P
 
G
L
 
V
A
 
L
Q
 
T
A
 
L
L
 
A
A
 
L
V
 
I
V
 
L
E
 
E
E
 
E
F
 
L
A
 
G
K
 
R
V
 
V
C
 
C
R
 
A
P
 
S
A
 
T
A
 
A
F
x
L
Q
 
L
I
 
L
F
 
I
E
 
A
S
 
Q
N
 
T
T
x
D
G
 
G
P
 
M
A
 
L
Q
 
P
V
 
I
I
 
I
N
 
-
H
 
H
L
 
G
G
 
G
T
 
S
P
 
P
E
 
E
Q
 
L
K
 
K
Q
 
E
R
 
R
W
 
Y
L
 
L
P
 
R
S
 
R
I
 
F
I
 
-
S
 
A
G
 
G
E
 
E
K
 
S
T
 
T
M
 
L
-
 
L
-
 
T
A
 
A
V
 
L
G
 
A
I
x
A
S
x
T
E
 
E
P
 
P
D
 
A
A
 
A
G
|
G
S
|
S
A
 
D
A
x
L
T
 
L
D
 
A
M
 
M
R
 
K
T
 
T
T
 
R
A
 
A
K
 
V
V
 
R
T
 
Q
D
 
G
G
 
D
T
 
K
V
 
Y
V
 
V
V
 
I
N
 
N
G
 
G
S
 
Q
K
 
K
R
 
C
W
x
F
I
|
I
S
x
T
N
 
N
G
 
G
G
 
S
E
 
V
A
 
A
D
 
D
L
 
V
Y
 
I
V
 
V
V
 
V
Y
 
Y
S
 
A
R
 
Y
L
 
T
S
 
D
D
 
P
A
 
E
P
 
K
G
 
G
S
 
S
K
|
K
G
 
G
I
 
I
G
 
S
A
 
A
V
 
F
V
 
V
V
 
V
E
 
E
K
 
K
G
 
G
T
 
T
P
 
P
G
 
G
F
 
L
S
 
V
F
 
Y
G
 
G
A
 
R
S
 
N
E
 
E
R
 
S
L
 
K
M
 
M
G
 
G
F
 
M
R
 
R
G
 
G
I
 
S
P
 
I
S
x
N
A
 
S
D
 
E
L
 
L
Y
 
F
F
 
F
D
 
E
G
 
N
V
 
M
E
 
E
V
 
V
P
 
P
E
 
A
E
 
E
N
 
N
I
 
I
V
 
I
V
 
G
P
 
A
A
 
E
G
 
G
-
 
T
G
 
G
F
|
F
G
 
A
K
 
N
L
 
L
F
x
M
G
 
Q
I
 
T
F
x
L
S
 
S
I
 
T
E
 
N
R
|
R
L
 
V
G
 
F
N
 
C
T
 
A
T
 
A
M
 
Q
S
 
A
L
 
V
A
 
G
I
 
I
G
 
A
Q
 
Q
E
 
G
A
 
A
L
 
L
T
 
D
R
 
I
T
 
A
L
 
V
K
 
R
Y
 
H
V
 
T
E
 
Q
E
 
D
R
 
R
E
 
V
Q
 
Q
F
 
F
G
 
G
K
 
K
P
 
P
L
 
I
I
 
A
E
 
H
F
 
L
Q
 
A
S
 
P
I
 
V
Q
 
Q
V
 
F
L
 
M
V
 
V
A
 
A
D
 
D
M
 
M
V
 
A
L
 
T
A
 
A
V
 
V
E
 
E
A
 
A
A
 
S
R
 
R
L
 
L
L
 
L
R
 
T
D
 
R
E
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
E
S
 
L
V
 
L
G
 
D
A
 
D
D
 
G
G
 
D
L
 
K
P
 
K
D
 
A
P
 
V
L
 
L
K
 
Y
V
 
G
S
 
S
L
 
M
A
 
A
K
 
K
C
 
T
T
 
M
A
 
A
N
 
S
E
 
D
M
 
T
A
 
A
K
 
M
R
 
R
V
 
V
T
 
T
D
 
T
L
 
D
A
 
A
M
 
V
Q
 
Q
I
 
V
H
 
L
G
 
G
G
 
G
N
 
S
G
 
G
Y
 
Y
T
 
M
E
 
K
E
 
E
Y
 
N
G
 
G
L
 
V
E
 
E
R
 
R
L
 
M
H
 
M
R
 
R
D
 
D
A
 
A
H
 
K
G
x
L
W
 
T
A
 
Q
I
 
I
A
x
Y
G
x
T
G
|
G
T
|
T
P
 
N
T
x
Q
M
x
I
Q
 
T
R
 
R
V
 
M

Sites not aligning to the query:

7p9aA Structure of cyclohex-1-ene-1-carboxyl-coa dehydrogenase complexed with cyclohex-1,5-diene-1-carboxyl-coa (see paper)
39% identity, 86% coverage: 39:368/383 of query aligns to 41:371/380 of 7p9aA

query
sites
7p9aA
R
 
R
K
 
D
Q
 
L
L
 
F
G
 
A
E
 
K
L
 
L
G
 
G
F
 
L
L
 
L
G
 
N
I
 
P
A
 
L
H
 
L
P
 
P
E
 
A
E
 
A
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
S
 
T
G
 
E
A
 
M
P
 
G
L
 
V
A
 
L
Q
 
T
A
 
L
L
 
A
A
 
L
V
 
I
V
 
L
E
 
E
E
 
E
F
 
L
A
 
G
K
 
R
V
 
V
C
 
C
R
 
A
P
 
S
A
 
T
A
 
A
F
 
L
Q
 
L
I
 
L
F
 
I
E
 
A
S
 
Q
N
 
T
T
 
D
G
 
G
P
 
M
A
 
L
Q
 
P
V
 
I
I
 
I
N
 
-
H
 
H
L
 
G
G
 
G
T
 
S
P
 
P
E
 
E
Q
 
L
K
 
K
Q
 
E
R
 
R
W
 
Y
L
 
L
P
 
R
S
 
R
I
 
F
I
 
-
S
 
A
G
 
G
E
 
E
K
 
S
T
 
T
M
 
L
-
 
L
-
 
T
A
 
A
V
x
L
G
 
A
I
x
A
S
x
T
E
 
E
P
 
P
D
 
A
A
 
A
G
|
G
S
|
S
A
 
D
A
x
L
T
 
L
D
 
A
M
 
M
R
 
K
T
 
T
T
 
R
A
 
A
K
 
V
V
 
R
T
 
Q
D
 
G
G
 
D
T
 
K
V
 
Y
V
 
V
V
 
I
N
 
N
G
 
G
S
 
Q
K
 
K
R
 
C
W
x
F
I
|
I
S
x
T
N
 
N
G
 
G
G
 
S
E
 
V
A
 
A
D
 
D
L
 
V
Y
 
I
V
 
V
V
 
V
Y
 
Y
S
 
A
R
 
Y
L
 
T
S
 
D
D
 
P
A
 
E
P
 
K
G
 
G
S
 
S
K
|
K
G
 
G
I
 
I
G
 
S
A
 
A
V
 
F
V
 
V
V
 
V
E
 
E
K
 
K
G
 
G
T
 
T
P
 
P
G
 
G
F
 
L
S
 
V
F
 
Y
G
 
G
A
 
R
S
 
N
E
 
E
R
 
S
L
x
K
M
 
M
G
 
G
F
 
M
R
 
R
G
 
G
I
 
S
P
 
I
S
x
N
A
 
S
D
 
E
L
 
L
Y
 
F
F
 
F
D
 
E
G
 
N
V
 
M
E
 
E
V
 
V
P
 
P
E
 
A
E
 
E
N
 
N
I
 
I
V
 
I
V
 
G
P
 
A
A
 
E
G
 
G
-
 
T
G
 
G
F
|
F
G
 
A
K
 
N
L
 
L
F
x
M
G
 
Q
I
 
T
F
x
L
S
 
S
I
 
T
E
x
N
R
|
R
L
 
V
G
 
F
N
 
C
T
 
A
T
 
A
M
 
Q
S
 
A
L
 
V
A
 
G
I
 
I
G
 
A
Q
 
Q
E
 
G
A
 
A
L
 
L
T
 
D
R
 
I
T
 
A
L
 
V
K
 
R
Y
 
H
V
 
T
E
 
Q
E
 
D
R
 
R
E
 
V
Q
 
Q
F
 
F
G
 
G
K
 
K
P
 
P
L
 
I
I
 
A
E
 
H
F
 
L
Q
 
A
S
 
P
I
 
V
Q
 
Q
V
 
F
L
 
M
V
 
V
A
 
A
D
 
D
M
 
M
V
 
A
L
 
T
A
 
A
V
 
V
E
 
E
A
 
A
A
 
S
R
 
R
L
 
L
L
 
L
R
 
T
D
 
R
E
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
E
S
 
L
V
 
L
G
 
D
A
 
D
D
 
G
G
 
D
L
 
K
P
 
K
D
 
A
P
 
V
L
 
L
K
 
Y
V
 
G
S
 
S
L
 
M
A
 
A
K
 
K
C
 
T
T
 
M
A
 
A
N
 
S
E
 
D
M
 
T
A
 
A
K
 
M
R
 
R
V
 
V
T
 
T
D
 
T
L
 
D
A
 
A
M
 
V
Q
 
Q
I
 
V
H
 
L
G
 
G
G
 
G
N
 
S
G
 
G
Y
 
Y
T
 
M
E
 
K
E
 
E
Y
 
N
G
 
G
L
 
V
E
 
E
R
 
R
L
 
M
H
 
M
R
 
R
D
 
D
A
 
A
H
 
K
G
x
L
W
 
T
A
 
Q
I
 
I
A
x
Y
G
x
T
G
|
G
T
|
T
P
 
N
T
x
Q
M
x
I
Q
 
T
R
 
R
V
 
M

Sites not aligning to the query:

Q39QF5 Cyclohex-1-ene-1-carbonyl-CoA dehydrogenase; CHeneCoA dehydrogenase; EC 1.3.8.10 from Geobacter metallireducens (strain ATCC 53774 / DSM 7210 / GS-15) (see paper)
39% identity, 86% coverage: 39:368/383 of query aligns to 41:371/380 of Q39QF5

query
sites
Q39QF5
R
 
R
K
 
D
Q
 
L
L
 
F
G
 
A
E
 
K
L
 
L
G
 
G
F
 
L
L
 
L
G
 
N
I
 
P
A
 
L
H
 
L
P
 
P
E
 
A
E
 
A
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
S
 
T
G
 
E
A
 
M
P
 
G
L
 
V
A
 
L
Q
 
T
A
 
L
L
 
A
A
 
L
V
 
I
V
 
L
E
 
E
E
 
E
F
 
L
A
 
G
K
 
R
V
 
V
C
 
C
R
 
A
P
 
S
A
 
T
A
 
A
F
 
L
Q
 
L
I
 
L
F
 
I
E
 
A
S
 
Q
N
 
T
T
x
D
G
 
G
P
 
M
A
 
L
Q
 
P
V
 
I
I
 
I
N
 
-
H
 
H
L
 
G
G
 
G
T
 
S
P
 
P
E
 
E
Q
 
L
K
 
K
Q
 
E
R
 
R
W
 
Y
L
 
L
P
 
R
S
 
R
I
 
F
I
 
-
S
 
A
G
 
G
E
 
E
K
 
S
T
 
T
M
 
L
-
 
L
-
 
T
A
 
A
V
x
L
G
 
A
I
x
A
S
x
T
E
 
E
P
 
P
D
 
A
A
 
A
G
 
G
S
|
S
A
 
D
A
 
L
T
 
L
D
 
A
M
 
M
R
 
K
T
 
T
T
 
R
A
 
A
K
 
V
V
 
R
T
 
Q
D
 
G
G
 
D
T
 
K
V
 
Y
V
 
V
V
 
I
N
 
N
G
 
G
S
 
Q
K
 
K
R
 
C
W
 
F
I
 
I
S
x
T
N
 
N
G
 
G
G
 
S
E
 
V
A
 
A
D
 
D
L
 
V
Y
 
I
V
 
V
V
 
V
Y
 
Y
S
 
A
R
 
Y
L
 
T
S
 
D
D
 
P
A
 
E
P
 
K
G
 
G
S
 
S
K
|
K
G
 
G
I
 
I
G
 
S
A
 
A
V
 
F
V
 
V
V
 
V
E
 
E
K
 
K
G
 
G
T
 
T
P
 
P
G
 
G
F
 
L
S
 
V
F
 
Y
G
 
G
A
 
R
S
 
N
E
 
E
R
 
S
L
 
K
M
 
M
G
 
G
F
 
M
R
 
R
G
 
G
I
 
S
P
 
I
S
 
N
A
 
S
D
 
E
L
 
L
Y
 
F
F
 
F
D
 
E
G
 
N
V
 
M
E
 
E
V
 
V
P
 
P
E
 
A
E
 
E
N
 
N
I
 
I
V
 
I
V
 
G
P
 
A
A
 
E
G
 
G
-
 
T
G
 
G
F
 
F
G
 
A
K
 
N
L
 
L
F
 
M
G
 
Q
I
 
T
F
 
L
S
 
S
I
 
T
E
x
N
R
|
R
L
 
V
G
 
F
N
 
C
T
 
A
T
 
A
M
 
Q
S
 
A
L
 
V
A
 
G
I
 
I
G
 
A
Q
 
Q
E
 
G
A
 
A
L
 
L
T
 
D
R
 
I
T
 
A
L
 
V
K
 
R
Y
 
H
V
 
T
E
 
Q
E
 
D
R
 
R
E
 
V
Q
 
Q
F
 
F
G
 
G
K
 
K
P
 
P
L
 
I
I
 
A
E
 
H
F
 
L
Q
 
A
S
 
P
I
 
V
Q
 
Q
V
 
F
L
 
M
V
 
V
A
 
A
D
 
D
M
 
M
V
 
A
L
 
T
A
 
A
V
 
V
E
 
E
A
 
A
A
 
S
R
 
R
L
 
L
L
 
L
R
 
T
D
 
R
E
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
E
S
 
L
V
 
L
G
 
D
A
 
D
D
 
G
G
 
D
L
 
K
P
 
K
D
 
A
P
 
V
L
 
L
K
 
Y
V
 
G
S
 
S
L
 
M
A
 
A
K
 
K
C
 
T
T
 
M
A
 
A
N
 
S
E
 
D
M
 
T
A
 
A
K
 
M
R
 
R
V
 
V
T
 
T
D
 
T
L
 
D
A
 
A
M
 
V
Q
 
Q
I
 
V
H
 
L
G
 
G
G
 
G
N
 
S
G
 
G
Y
 
Y
T
 
M
E
 
K
E
 
E
Y
 
N
G
 
G
L
 
V
E
 
E
R
 
R
L
 
M
H
 
M
R
 
R
D
 
D
A
 
A
H
 
K
G
 
L
W
 
T
A
 
Q
I
 
I
A
 
Y
G
x
T
G
 
G
T
|
T
P
 
N
T
x
Q
M
 
I
Q
 
T
R
 
R
V
 
M

Sites not aligning to the query:

K4L7X3 3-sulfinopropanoyl-CoA desulfinase; 3-sulfinopropionyl coenzyme A desulfinase; 3-sulfinopropionyl-CoA desulfinase; 3SP-CoA desulfinase; EC 3.13.1.4 from Advenella mimigardefordensis (strain DSM 17166 / LMG 22922 / DPN7) (see paper)
35% identity, 97% coverage: 12:383/383 of query aligns to 15:389/401 of K4L7X3

query
sites
K4L7X3
A
 
A
A
 
R
R
 
E
V
 
L
A
 
A
R
 
Q
D
 
S
V
 
V
Y
 
F
G
 
A
P
 
S
I
 
T
A
 
A
E
 
V
T
 
Q
M
 
T
D
 
D
V
 
L
N
 
T
R
 
E
T
 
Q
P
 
-
V
 
Y
T
 
P
L
 
W
E
 
D
Q
 
N
R
 
V
K
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
R
E
 
D
L
 
A
G
 
G
F
 
F
L
 
M
G
 
G
I
 
M
A
 
M
H
 
L
P
 
P
E
 
T
E
 
S
Y
 
V
G
 
G
G
 
G
S
 
R
G
 
G
A
 
L
P
 
S
L
 
T
A
 
L
Q
 
D
A
 
T
L
 
V
A
 
I
V
 
V
V
 
I
E
 
E
E
 
E
F
 
M
A
 
A
K
 
K
V
 
A
C
 
C
R
 
A
P
 
T
A
 
M
A
 
G
F
x
R
Q
 
I
I
 
T
F
 
V
E
 
D
S
 
S
N
 
N
T
 
L
G
 
G
P
 
A
A
 
I
Q
 
G
V
 
A
I
 
I
N
 
T
H
 
K
L
 
Y
G
 
G
T
 
S
P
 
E
E
 
E
Q
 
Q
K
 
I
Q
 
K
R
 
L
W
 
A
L
 
A
P
 
D
S
 
L
I
 
V
I
 
L
S
 
A
G
 
G
E
 
D
K
 
K
T
 
P
M
 
-
A
 
A
V
x
I
G
x
C
I
|
I
S
|
S
E
 
E
P
 
P
D
 
N
A
 
A
G
 
G
S
|
S
A
 
A
A
 
A
T
 
S
D
 
E
M
 
M
R
 
T
T
 
T
T
 
R
A
 
A
K
 
D
V
 
K
T
 
N
D
 
G
G
 
D
T
 
H
V
 
Y
V
 
I
V
 
L
N
 
N
G
 
G
S
 
E
K
 
K
R
x
Y
W
|
W
I
|
I
S
x
T
N
 
G
G
 
G
G
 
G
E
 
V
A
 
S
D
 
K
L
 
L
Y
 
H
V
 
L
V
 
I
Y
 
F
S
 
A
R
 
R
L
 
V
S
 
F
D
 
D
A
 
D
P
 
G
G
 
V
S
 
E
K
 
Q
G
 
G
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
F
V
 
I
V
 
T
-
 
V
-
 
L
-
 
D
E
 
D
K
 
H
G
 
G
T
 
P
P
 
E
G
 
G
F
 
L
S
 
K
F
 
V
G
 
G
A
 
R
S
 
R
E
 
L
R
 
Y
L
 
A
M
 
M
G
 
G
F
 
V
R
 
R
G
 
G
I
 
I
P
 
P
S
 
E
A
 
T
D
 
H
L
 
L
Y
 
E
F
 
F
D
 
H
G
 
D
V
 
L
E
 
K
V
 
I
P
 
H
E
 
K
E
 
S
N
 
M
I
 
M
V
 
I
V
 
T
-
 
F
P
 
P
A
 
D
G
 
G
-
 
L
-
 
K
-
 
R
G
 
G
F
 
F
G
 
A
K
 
A
L
 
L
F
 
M
G
 
S
I
 
A
F
 
Y
S
 
N
I
 
A
E
x
Q
R
 
R
L
 
V
G
 
G
N
 
A
T
 
G
T
 
A
M
 
V
S
 
A
L
 
L
A
 
G
I
 
I
G
 
A
Q
 
Q
E
 
C
A
 
A
L
 
F
T
 
E
R
 
E
T
 
G
L
 
V
K
 
A
Y
 
Y
V
 
L
E
 
K
E
 
R
R
|
R
E
 
E
Q
 
Q
F
 
F
G
 
G
K
 
R
P
 
P
L
 
L
I
 
A
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
S
 
G
I
 
L
Q
 
Q
V
 
W
L
 
M
V
 
V
A
 
A
D
 
D
M
 
M
V
 
S
L
 
V
A
 
Q
V
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
R
L
 
L
L
 
M
R
 
L
D
 
R
E
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
-
S
 
-
V
 
V
G
 
S
A
 
G
D
 
E
G
 
T
L
 
F
P
 
P
D
 
D
P
 
I
L
 
N
K
 
K
V
 
A
S
 
A
L
 
Q
A
 
A
K
 
K
C
 
I
T
 
F
A
 
A
N
 
A
E
 
E
M
 
T
A
 
A
K
 
N
R
 
K
V
 
V
T
 
T
D
 
N
L
 
D
A
 
A
M
 
L
Q
|
Q
I
 
F
H
 
F
G
 
G
G
x
S
N
 
S
G
 
G
Y
 
Y
T
 
G
E
 
R
E
 
H
Y
 
N
G
 
P
L
 
M
E
 
E
R
 
R
L
 
H
H
 
V
R
 
R
D
 
D
A
 
A
H
 
R
G
 
M
W
 
F
A
 
T
I
 
I
A
 
A
G
|
G
G
|
G
T
|
T
P
x
A
T
x
Q
M
 
I
Q
 
L
R
 
R
V
 
T
R
 
Q
I
 
V
V
 
A
S
 
S
E
 
K
V
 
I
L
 
L
G
 
D
R
 
M
K
 
K
F
 
L
D
 
P
Q
|
Q
R
 
T
R
 
R

5af7B 3-sulfinopropionyl-coenzyme a (3sp-coa) desulfinase from advenella mimigardefordensis dpn7t: crystal structure and function of a desulfinase with an acyl-coa dehydrogenase fold. Native crystal structure (see paper)
35% identity, 97% coverage: 12:383/383 of query aligns to 13:387/391 of 5af7B

query
sites
5af7B
A
 
A
A
 
R
R
 
E
V
 
L
A
 
A
R
 
Q
D
 
S
V
 
V
Y
 
F
G
 
A
P
 
S
I
 
T
A
 
A
E
 
V
T
 
Q
M
 
T
D
 
D
V
 
L
N
 
T
R
 
E
T
 
Q
P
 
-
V
 
Y
T
 
P
L
 
W
E
 
D
Q
 
N
R
 
V
K
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
R
E
 
D
L
 
A
G
 
G
F
 
F
L
 
M
G
 
G
I
 
M
A
 
M
H
 
L
P
 
P
E
 
T
E
 
S
Y
 
V
G
 
G
G
 
G
S
 
R
G
 
G
A
 
L
P
 
S
L
 
T
A
 
L
Q
 
D
A
 
T
L
 
V
A
 
I
V
 
V
V
 
I
E
 
E
E
 
E
F
 
M
A
 
A
K
 
K
V
 
A
C
 
C
R
 
A
P
 
T
A
 
M
A
 
G
F
 
R
Q
 
I
I
 
T
F
 
V
E
 
D
S
 
S
N
 
N
T
 
L
G
 
G
P
 
A
A
 
I
Q
 
G
V
 
A
I
 
I
N
 
T
H
 
K
L
 
Y
G
 
G
T
 
S
P
 
E
E
 
E
Q
 
Q
K
 
I
Q
 
K
R
 
L
W
 
A
L
 
A
P
 
D
S
 
L
I
 
V
I
 
L
S
 
A
G
 
G
E
 
D
K
 
K
T
 
P
M
 
-
A
 
A
V
x
I
G
 
C
I
|
I
S
|
S
E
 
E
P
 
P
D
 
N
A
 
A
G
|
G
S
|
S
A
 
A
A
 
A
T
 
S
D
 
E
M
 
M
R
 
T
T
 
T
T
 
R
A
 
A
K
 
D
V
 
K
T
 
N
D
 
G
G
 
D
T
 
H
V
 
Y
V
 
I
V
 
L
N
 
N
G
 
G
S
 
E
K
 
K
R
 
Y
W
|
W
I
 
I
S
x
T
N
 
G
G
 
G
G
 
G
E
 
V
A
 
S
D
 
K
L
 
L
Y
 
H
V
 
L
V
 
I
Y
 
F
S
 
A
R
 
R
L
 
V
S
 
F
D
 
D
A
 
D
P
 
G
G
 
V
S
 
E
K
 
Q
G
 
G
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
F
V
 
I
V
 
T
-
 
V
-
 
L
-
 
D
E
 
D
K
 
H
G
 
G
T
 
P
P
 
E
G
 
G
F
 
L
S
 
K
F
 
V
G
 
G
A
 
R
S
 
R
E
 
L
R
 
Y
L
 
A
M
 
M
G
 
G
F
 
V
R
 
R
G
 
G
I
 
I
P
 
P
S
x
E
A
 
T
D
 
H
L
 
L
Y
 
E
F
 
F
D
 
H
G
 
D
V
 
L
E
 
K
V
 
I
P
 
H
E
 
K
E
 
S
N
 
M
I
 
M
V
 
I
V
 
T
-
 
F
P
 
P
A
 
D
G
 
G
-
 
L
-
 
K
-
 
R
G
 
G
F
 
F
G
 
A
K
 
A
L
 
L
F
 
M
G
 
S
I
 
A
F
 
Y
S
 
N
I
 
A
E
x
Q
R
 
R
L
 
V
G
 
G
N
 
A
T
 
G
T
 
A
M
 
V
S
 
A
L
 
L
A
 
G
I
 
I
G
 
A
Q
 
Q
E
 
C
A
 
A
L
 
F
T
 
E
R
 
E
T
 
G
L
 
V
K
 
A
Y
 
Y
V
 
L
E
 
K
E
 
R
R
|
R
E
 
E
Q
 
Q
F
|
F
G
 
G
K
 
R
P
 
P
L
|
L
I
 
A
E
 
E
F
|
F
Q
 
Q
S
 
G
I
x
L
Q
 
Q
V
 
W
L
 
M
V
 
V
A
 
A
D
 
D
M
 
M
V
 
S
L
 
V
A
 
Q
V
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
R
L
 
L
L
 
M
R
 
L
D
 
R
E
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
-
S
 
-
V
 
V
G
 
S
A
 
G
D
 
E
G
 
T
L
 
F
P
 
P
D
 
D
P
 
I
L
 
N
K
 
K
V
 
A
S
 
A
L
 
Q
A
 
A
K
 
K
C
 
I
T
 
F
A
 
A
N
 
A
E
 
E
M
 
T
A
 
A
K
 
N
R
 
K
V
 
V
T
 
T
D
 
N
L
 
D
A
 
A
M
 
L
Q
|
Q
I
x
F
H
 
F
G
|
G
G
x
S
N
 
S
G
 
G
Y
 
Y
T
 
G
E
 
R
E
 
H
Y
 
N
G
 
P
L
 
M
E
 
E
R
 
R
L
 
H
H
 
V
R
 
R
D
 
D
A
 
A
H
 
R
G
x
M
W
 
F
A
 
T
I
 
I
A
|
A
G
|
G
G
 
G
T
|
T
P
 
A
T
x
Q
M
x
I
Q
 
L
R
 
R
V
 
T
R
 
Q
I
 
V
V
 
A
S
|
S
E
 
K
V
 
I
L
 
L
G
 
D
R
 
M
K
 
K
F
 
L
D
 
P
Q
|
Q
R
 
T
R
 
R

5ahsA 3-sulfinopropionyl-coenzyme a (3sp-coa) desulfinase from advenella mimgardefordensis dpn7t: holo crystal structure with the substrate analog succinyl-coa (see paper)
35% identity, 97% coverage: 12:383/383 of query aligns to 14:388/391 of 5ahsA

query
sites
5ahsA
A
 
A
A
 
R
R
 
E
V
 
L
A
 
A
R
 
Q
D
 
S
V
 
V
Y
 
F
G
 
A
P
 
S
I
 
T
A
 
A
E
 
V
T
 
Q
M
 
T
D
 
D
V
 
L
N
 
T
R
 
E
T
 
Q
P
 
-
V
 
Y
T
 
P
L
 
W
E
 
D
Q
 
N
R
 
V
K
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
R
E
 
D
L
 
A
G
 
G
F
 
F
L
 
M
G
 
G
I
 
M
A
 
M
H
 
L
P
 
P
E
 
T
E
 
S
Y
 
V
G
 
G
G
 
G
S
 
R
G
 
G
A
 
L
P
 
S
L
 
T
A
 
L
Q
 
D
A
 
T
L
 
V
A
 
I
V
 
V
V
 
I
E
 
E
E
 
E
F
 
M
A
 
A
K
 
K
V
 
A
C
 
C
R
 
A
P
 
T
A
 
M
A
 
G
F
 
R
Q
 
I
I
 
T
F
 
V
E
 
D
S
 
S
N
 
N
T
 
L
G
 
G
P
 
A
A
 
I
Q
 
G
V
 
A
I
 
I
N
 
T
H
 
K
L
 
Y
G
 
G
T
 
S
P
 
E
E
 
E
Q
 
Q
K
 
I
Q
 
K
R
 
L
W
 
A
L
 
A
P
 
D
S
 
L
I
 
V
I
 
L
S
 
A
G
 
G
E
 
D
K
 
K
T
 
P
M
 
-
A
 
A
V
x
I
G
 
C
I
|
I
S
|
S
E
 
E
P
 
P
D
 
N
A
 
A
G
|
G
S
|
S
A
 
A
A
 
A
T
 
S
D
 
E
M
 
M
R
 
T
T
 
T
T
 
R
A
 
A
K
 
D
V
 
K
T
 
N
D
 
G
G
 
D
T
 
H
V
 
Y
V
 
I
V
 
L
N
 
N
G
 
G
S
 
E
K
 
K
R
 
Y
W
|
W
I
 
I
S
x
T
N
 
G
G
 
G
G
 
G
E
 
V
A
 
S
D
 
K
L
 
L
Y
 
H
V
 
L
V
 
I
Y
 
F
S
 
A
R
 
R
L
 
V
S
 
F
D
 
D
A
 
D
P
 
G
G
 
V
S
 
E
K
 
Q
G
 
G
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
F
V
 
I
V
 
T
-
 
V
-
 
L
-
 
D
E
 
D
K
 
H
G
 
G
T
 
P
P
 
E
G
 
G
F
 
L
S
 
K
F
 
V
G
 
G
A
 
R
S
 
R
E
 
L
R
 
Y
L
 
A
M
 
M
G
 
G
F
 
V
R
 
R
G
 
G
I
 
I
P
 
P
S
x
E
A
 
T
D
 
H
L
 
L
Y
 
E
F
 
F
D
 
H
G
 
D
V
 
L
E
 
K
V
 
I
P
 
H
E
 
K
E
 
S
N
 
M
I
 
M
V
 
I
V
 
T
-
 
F
P
 
P
A
 
D
G
 
G
-
 
L
-
 
K
-
 
R
G
 
G
F
 
F
G
x
A
K
 
A
L
 
L
F
x
M
G
x
S
I
 
A
F
x
Y
S
x
N
I
 
A
E
x
Q
R
|
R
L
 
V
G
 
G
N
 
A
T
 
G
T
 
A
M
 
V
S
 
A
L
 
L
A
 
G
I
 
I
G
 
A
Q
 
Q
E
 
C
A
 
A
L
 
F
T
 
E
R
 
E
T
 
G
L
 
V
K
 
A
Y
 
Y
V
 
L
E
 
K
E
 
R
R
|
R
E
 
E
Q
|
Q
F
|
F
G
 
G
K
 
R
P
 
P
L
|
L
I
 
A
E
 
E
F
|
F
Q
 
Q
S
 
G
I
x
L
Q
 
Q
V
 
W
L
 
M
V
 
V
A
 
A
D
 
D
M
 
M
V
 
S
L
 
V
A
 
Q
V
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
R
L
 
L
L
 
M
R
 
L
D
 
R
E
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
-
S
 
-
V
 
V
G
 
S
A
 
G
D
 
E
G
 
T
L
 
F
P
 
P
D
 
D
P
x
I
L
 
N
K
 
K
V
 
A
S
 
A
L
 
Q
A
 
A
K
 
K
C
 
I
T
 
F
A
 
A
N
 
A
E
 
E
M
 
T
A
 
A
K
 
N
R
 
K
V
 
V
T
 
T
D
 
N
L
 
D
A
 
A
M
 
L
Q
|
Q
I
x
F
H
 
F
G
|
G
G
x
S
N
 
S
G
 
G
Y
 
Y
T
 
G
E
 
R
E
 
H
Y
 
N
G
 
P
L
 
M
E
 
E
R
 
R
L
 
H
H
 
V
R
 
R
D
 
D
A
 
A
H
 
R
G
x
M
W
 
F
A
 
T
I
 
I
A
|
A
G
|
G
G
 
G
T
|
T
P
 
A
T
x
Q
M
x
I
Q
 
L
R
 
R
V
 
T
R
 
Q
I
 
V
V
 
A
S
|
S
E
 
K
V
 
I
L
 
L
G
 
D
R
 
M
K
 
K
F
 
L
D
 
P
Q
|
Q
R
 
T
R
 
R

4n5fA Crystal structure of a putative acyl-coa dehydrogenase with bound fadh2 from burkholderia cenocepacia j2315
37% identity, 96% coverage: 8:374/383 of query aligns to 13:378/378 of 4n5fA

query
sites
4n5fA
I
 
I
R
 
R
E
 
D
L
 
A
A
 
A
A
 
R
R
 
A
V
 
F
A
 
A
R
 
T
D
 
E
V
 
M
Y
 
L
G
 
A
P
 
P
I
 
N
A
 
A
E
 
A
T
 
Q
M
 
W
D
 
D
V
 
H
N
 
D
-
 
A
R
 
H
T
 
L
P
 
P
V
 
D
T
 
A
L
 
I
E
 
V
Q
 
-
R
 
-
K
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
E
 
E
L
 
L
G
 
G
F
 
L
L
 
L
G
 
G
I
 
M
A
 
I
H
 
V
P
 
P
E
 
Q
E
 
E
Y
 
L
G
 
G
G
 
G
S
 
S
G
 
Y
A
 
T
P
 
D
-
 
Y
L
 
V
A
 
A
Q
 
Y
A
 
A
L
 
L
A
 
A
V
 
M
V
 
E
E
 
E
E
 
V
F
 
A
A
 
A
K
 
G
V
 
D
C
 
A
R
 
A
P
 
C
A
 
A
A
 
T
F
 
M
Q
 
M
I
 
S
F
 
V
E
 
H
S
 
N
N
 
S
T
 
V
G
 
G
P
 
C
A
 
G
Q
 
P
V
 
I
I
 
L
N
 
G
H
 
-
L
 
F
G
 
G
T
 
T
P
 
P
E
 
A
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
D
R
 
R
W
 
W
L
 
L
P
 
A
S
 
D
I
 
M
I
 
A
S
 
A
G
 
G
E
 
R
K
 
V
T
 
I
M
 
G
A
 
A
V
 
F
G
 
C
I
x
L
S
x
T
E
 
E
P
 
P
D
 
H
A
 
A
G
|
G
S
|
S
A
 
E
A
 
A
T
 
N
D
 
N
M
 
L
R
 
R
T
 
T
T
 
R
A
 
A
K
 
E
V
 
L
T
 
R
D
 
D
G
 
G
T
 
Q
V
 
W
V
 
V
V
 
L
N
 
N
G
 
G
S
 
A
K
 
K
R
 
Q
W
x
F
I
 
V
S
x
T
N
 
N
G
 
G
G
 
Q
E
 
R
A
 
A
D
 
G
L
 
V
Y
 
A
V
 
I
V
 
V
Y
 
F
S
 
A
R
 
M
L
 
T
S
 
D
D
 
P
A
 
E
P
 
A
G
 
G
S
 
K
K
 
R
G
 
G
I
 
I
G
 
S
A
 
A
V
 
F
V
 
L
V
 
V
E
 
P
K
 
T
G
 
D
T
 
T
P
 
P
G
 
G
F
 
F
S
 
I
F
 
V
G
 
G
A
 
K
S
 
P
E
 
E
R
 
K
L
 
K
M
 
M
G
 
G
F
 
I
R
 
R
G
 
A
I
 
S
P
 
D
S
x
T
A
 
C
D
 
P
L
 
I
Y
 
T
F
 
F
D
 
E
G
 
N
V
 
C
E
 
A
V
 
I
P
 
P
E
 
E
E
 
D
N
 
N
I
 
L
V
 
L
V
 
G
P
 
N
A
 
R
G
 
G
G
 
E
F
 
-
G
 
G
K
 
L
L
 
K
F
 
I
G
 
A
I
 
L
F
 
S
S
 
N
I
 
L
E
 
E
-
 
G
-
x
G
R
 
R
L
 
I
G
 
G
N
 
I
T
 
A
T
 
A
M
 
Q
S
 
A
L
 
L
A
 
G
I
 
I
G
 
A
Q
 
R
E
 
A
A
 
A
L
 
F
T
 
D
R
 
K
T
 
A
L
 
R
K
 
R
Y
 
Y
V
 
A
E
 
G
E
 
E
R
 
R
E
 
V
Q
 
Q
F
 
F
G
 
G
K
 
K
P
 
P
L
 
I
I
 
A
E
 
E
F
 
H
Q
 
Q
S
 
A
I
 
I
Q
 
Q
V
 
Q
L
 
K
V
 
L
A
 
A
D
 
D
M
 
M
V
 
A
L
 
V
A
 
Q
V
 
I
E
 
N
A
 
A
A
 
A
R
 
R
L
 
L
L
 
L
R
 
V
D
 
H
E
 
H
A
 
-
A
 
A
A
 
A
S
 
K
V
 
L
G
 
R
A
 
T
D
 
A
G
 
G
L
 
L
P
 
P
D
 
C
P
 
L
L
 
S
K
 
E
V
 
A
S
 
S
L
 
Q
A
 
A
K
 
K
C
 
L
T
 
F
A
 
A
N
 
S
E
 
E
M
 
M
A
 
A
K
 
E
R
 
R
V
 
V
T
 
C
D
 
S
L
 
D
A
 
A
M
 
I
Q
 
Q
I
 
I
H
 
H
G
 
G
G
 
G
N
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
T
 
L
E
 
V
E
 
D
Y
 
Y
G
 
E
L
 
V
E
 
E
R
 
R
L
 
H
H
 
Y
R
 
R
D
 
D
A
 
A
H
 
R
G
 
I
W
 
T
A
 
Q
I
 
I
A
x
Y
G
x
E
G
 
G
T
|
T
P
 
S
T
x
E
M
 
V
Q
 
Q
R
 
R
V
x
M
R
 
V
I
 
I
V
 
A
S
x
R
E
 
Q
V
 
L

8i4rA Crystal structure of acyl-coa dehydrogenase complexed with acetyl-coa from thermobifida fusca
36% identity, 97% coverage: 3:375/383 of query aligns to 8:380/381 of 8i4rA

query
sites
8i4rA
D
 
E
E
 
E
F
 
H
A
 
E
E
 
A
I
 
L
R
 
R
E
 
E
L
 
A
A
 
I
A
 
R
R
 
S
V
 
V
A
 
A
R
 
E
D
 
D
V
 
K
Y
 
I
G
 
A
P
 
P
I
 
H
A
 
A
E
 
A
T
 
D
M
 
V
D
 
D
V
 
-
N
 
E
R
 
Q
T
 
S
P
 
R
V
 
F
T
 
P
L
 
Q
E
 
E
Q
 
A
R
 
Y
K
 
E
Q
 
A
L
 
L
G
 
R
E
 
A
L
 
S
G
 
D
F
 
F
L
 
H
G
 
A
I
 
P
A
 
H
H
 
V
P
 
A
E
 
E
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
S
 
V
G
 
G
A
 
A
P
 
D
L
 
A
A
 
L
Q
 
A
A
 
T
L
 
C
A
 
I
V
 
V
V
 
I
E
 
E
E
 
E
F
 
I
A
 
A
K
 
R
V
 
V
C
 
C
R
 
A
P
 
S
A
 
S
A
 
S
F
 
L
Q
 
I
I
 
P
F
 
A
E
 
V
S
 
N
N
 
K
T
 
L
G
 
G
P
 
S
A
 
M
Q
 
P
V
 
L
I
 
I
N
 
L
H
 
S
L
 
-
G
 
G
T
 
S
P
 
D
E
 
E
Q
 
V
K
 
K
Q
 
Q
R
 
R
W
 
Y
L
 
L
P
 
P
S
 
E
I
 
L
I
 
A
S
 
S
G
 
G
E
 
E
K
 
A
T
 
M
M
 
F
A
 
S
V
x
Y
G
 
G
I
x
L
S
|
S
E
 
E
P
 
R
D
 
E
A
 
A
G
|
G
S
|
S
A
 
D
A
x
T
T
 
A
D
 
S
M
 
M
R
 
R
T
 
T
T
 
R
A
 
A
K
 
V
V
 
R
T
 
D
D
 
G
G
 
D
T
 
D
V
 
W
V
 
I
V
 
L
N
 
N
G
 
G
S
 
Q
K
 
K
R
 
S
W
|
W
I
|
I
S
x
T
N
 
N
G
 
A
G
 
G
E
 
I
A
 
S
D
 
K
L
 
Y
Y
 
Y
V
 
T
V
 
V
Y
 
M
S
 
A
R
 
V
L
 
T
S
 
D
-
 
P
D
 
D
A
 
G
P
 
P
G
 
R
S
 
G
K
x
R
G
 
N
I
 
I
G
 
S
A
 
A
V
 
F
V
 
V
V
 
V
E
 
H
K
 
I
G
 
D
T
 
D
P
 
P
G
 
G
F
 
F
S
 
S
F
 
F
G
 
G
A
 
E
S
 
P
E
 
E
R
 
R
L
 
K
M
 
L
G
 
G
F
 
I
R
 
K
G
 
G
I
 
S
P
 
P
S
 
T
A
 
R
D
 
E
L
 
L
Y
 
I
F
 
F
D
 
D
G
 
N
V
 
V
E
 
R
V
 
I
P
 
P
E
 
G
E
 
D
N
 
R
I
 
L
V
 
V
V
 
G
P
 
K
A
 
V
G
 
G
-
 
E
G
 
G
F
 
L
G
x
R
K
 
T
L
 
A
F
x
L
G
x
R
I
 
T
F
x
L
S
x
D
I
 
H
E
 
T
R
|
R
L
 
V
G
 
T
N
 
I
T
 
G
T
 
A
M
 
Q
S
 
A
L
 
V
A
 
G
I
 
I
G
 
A
Q
 
Q
E
 
G
A
 
A
L
 
L
T
 
D
R
 
Y
T
 
A
L
 
L
K
 
G
Y
 
Y
V
 
V
E
 
K
E
 
E
R
 
R
E
 
K
Q
 
Q
F
 
F
G
 
G
K
 
K
P
 
A
L
 
I
I
 
A
E
 
D
F
 
F
Q
 
Q
S
 
G
I
 
I
Q
 
Q
V
 
F
L
 
M
V
 
L
A
 
A
D
 
D
M
 
M
V
 
A
L
 
M
A
 
K
V
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
R
L
 
Q
L
 
M
R
 
V
D
 
Y
E
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
A
S
 
K
V
 
S
G
 
E
A
 
R
D
 
D
G
 
D
L
 
A
P
 
D
D
 
L
P
 
S
L
 
F
K
 
Y
V
 
G
S
 
A
L
 
A
A
 
A
K
 
K
C
 
C
T
 
F
A
 
A
N
 
S
E
 
D
M
 
V
A
 
A
K
 
M
R
 
E
V
 
I
T
 
T
D
 
T
L
 
D
A
 
A
M
 
V
Q
 
Q
I
 
L
H
 
L
G
 
G
G
 
G
N
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
E
 
R
E
 
D
Y
 
Y
G
 
P
L
 
V
E
 
E
R
 
R
L
 
M
H
 
M
R
 
R
D
 
D
A
 
A
H
 
K
G
x
I
W
 
T
A
 
Q
I
 
I
A
 
Y
G
x
E
G
|
G
T
|
T
P
 
N
T
x
Q
M
 
I
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
R
 
V
I
 
M
V
 
A
S
x
R
E
 
Q
V
 
L
L
 
L

8i4pA Crystal structure of acyl-coa dehydrogenase from thermobifida fusca
36% identity, 97% coverage: 3:375/383 of query aligns to 8:380/381 of 8i4pA

query
sites
8i4pA
D
 
E
E
 
E
F
 
H
A
 
E
E
 
A
I
 
L
R
 
R
E
 
E
L
 
A
A
 
I
A
 
R
R
 
S
V
 
V
A
 
A
R
 
E
D
 
D
V
 
K
Y
 
I
G
 
A
P
 
P
I
 
H
A
 
A
E
 
A
T
 
D
M
 
V
D
 
D
V
 
-
N
 
E
R
 
Q
T
 
S
P
 
R
V
 
F
T
 
P
L
 
Q
E
 
E
Q
 
A
R
 
Y
K
 
E
Q
 
A
L
 
L
G
 
R
E
 
A
L
 
S
G
 
D
F
 
F
L
 
H
G
 
A
I
 
P
A
 
H
H
 
V
P
 
A
E
 
E
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
S
 
V
G
 
G
A
 
A
P
 
D
L
 
A
A
 
L
Q
 
A
A
 
T
L
 
C
A
 
I
V
 
V
V
 
I
E
 
E
E
 
E
F
 
I
A
 
A
K
 
R
V
 
V
C
 
C
R
 
A
P
 
S
A
 
S
A
 
S
F
 
L
Q
 
I
I
 
P
F
 
A
E
 
V
S
 
N
N
 
K
T
 
L
G
 
G
P
 
S
A
 
M
Q
 
P
V
 
L
I
 
I
N
 
L
H
 
S
L
 
-
G
 
G
T
 
S
P
 
D
E
 
E
Q
 
V
K
 
K
Q
 
Q
R
 
R
W
 
Y
L
 
L
P
 
P
S
 
E
I
 
L
I
 
A
S
 
S
G
 
G
E
 
E
K
 
A
T
 
M
M
 
F
A
 
S
V
x
Y
G
 
G
I
x
L
S
|
S
E
 
E
P
 
R
D
 
E
A
 
A
G
|
G
S
|
S
A
 
D
A
 
T
T
 
A
D
 
S
M
 
M
R
 
R
T
 
T
T
 
R
A
 
A
K
 
V
V
 
R
T
 
D
D
 
G
G
 
D
T
 
D
V
 
W
V
 
I
V
 
L
N
 
N
G
 
G
S
 
Q
K
 
K
R
 
S
W
|
W
I
|
I
S
x
T
N
 
N