SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_110208105.1 NCBI__GCF_003194585.1:WP_110208105.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
29% identity, 90% coverage: 1:238/263 of query aligns to 2:253/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
M
 
M
P
 
E
L
 
I
L
 
L
E
 
R
V
 
T
N
 
E
D
 
N
V
 
I
V
 
V
V
 
K
R
 
Y
F
|
F
G
 
G
G
 
E
V
x
F
T
 
K
A
 
A
V
 
L
N
 
D
Q
 
G
A
 
V
R
 
S
F
 
I
T
 
S
A
 
V
D
 
N
E
 
K
R
 
G
R
 
D
I
 
V
T
 
T
G
 
L
L
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
C
 
L
F
 
I
N
 
N
V
 
V
I
 
I
T
 
T
G
 
G
L
 
F
Q
 
L
R
 
K
P
 
A
T
 
D
S
 
E
G
 
G
S
 
R
V
 
V
R
 
Y
F
 
F
G
 
E
G
 
N
R
 
K
D
 
D
V
 
I
T
 
T
R
 
N
T
 
K
A
 
E
V
 
P
H
 
A
R
 
E
R
 
L
A
 
Y
R
 
H
R
 
Y
G
 
G
M
 
I
A
 
V
R
 
R
T
 
T
F
 
F
Q
 
Q
R
 
T
L
 
P
E
 
Q
A
 
P
F
 
L
G
 
K
S
 
E
L
 
M
T
 
T
V
 
V
R
 
L
D
 
E
N
 
N
V
 
L
R
 
L
V
 
I
A
 
G
L
 
-
D
 
E
I
 
I
A
 
C
G
 
P
G
 
G
-
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
-
 
L
-
 
F
F
 
Y
G
 
K
G
 
K
L
 
W
M
 
I
R
 
P
S
 
K
S
 
E
S
 
E
A
 
E
R
 
M
V
 
V
D
 
E
E
 
K
A
 
A
-
 
F
-
 
K
-
 
I
L
 
L
D
 
E
R
 
F
V
 
L
G
 
K
I
 
L
S
 
S
E
 
H
Y
 
L
A
 
Y
A
 
D
E
 
R
R
 
K
A
 
A
D
 
G
S
 
E
I
 
L
P
 
S
T
 
G
G
 
G
T
 
Q
A
 
M
R
 
K
L
 
L
L
 
V
E
 
E
L
 
I
A
 
G
R
 
R
C
 
A
L
 
L
V
 
M
G
 
T
D
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
M
L
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
I
S
 
A
G
 
G
L
 
V
D
 
A
E
 
P
S
 
G
-
 
L
E
 
A
T
 
H
D
 
D
A
 
I
F
 
F
G
 
N
E
 
H
L
 
V
L
 
L
I
 
-
A
 
E
L
 
L
A
 
K
S
 
A
E
 
K
G
 
G
K
 
I
A
 
T
I
 
F
L
 
L
M
 
I
V
 
I
E
 
E
H
 
H
D
 
R
M
 
L
D
 
D
L
 
I
V
 
V
M
 
L
T
 
N
V
 
Y
C
 
I
D
 
D
D
 
H
I
 
L
H
 
Y
V
 
V
L
 
M
D
 
F
F
 
N
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
I
 
I
C
 
A
S
 
E
G
 
G
S
 
R
P
 
G
A
 
E
E
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
N
V
 
V
R
 
L
A
 
S
D
 
D
A
 
P
R
 
K
V
 
V
Q
 
V
A
 
E
A
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
31% identity, 86% coverage: 13:238/263 of query aligns to 12:235/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
F
 
Y
G
 
K
G
 
G
V
 
R
T
 
R
A
 
V
V
 
V
N
 
E
Q
 
D
A
 
V
R
 
S
F
 
L
T
 
T
A
 
V
D
 
N
E
 
S
R
 
G
R
 
E
I
 
I
T
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
C
 
T
F
 
F
N
 
Y
V
 
M
I
 
V
T
 
V
G
 
G
L
 
I
Q
 
V
R
 
P
P
 
R
T
 
D
S
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
G
 
D
G
 
D
R
 
D
D
 
D
V
 
I
T
 
S
R
 
L
T
 
L
A
 
P
V
 
L
H
 
H
R
 
A
R
 
R
A
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
M
 
I
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
F
 
P
Q
 
Q
R
 
E
L
 
A
E
 
S
A
 
I
F
 
F
G
x
R
S
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
R
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
L
R
 
M
V
 
A
A
 
V
L
 
L
D
 
Q
I
 
I
A
 
R
G
 
D
G
 
D
F
 
L
G
 
S
G
 
A
L
 
E
M
 
Q
R
 
R
S
 
E
S
 
D
S
 
-
A
 
-
R
 
R
V
 
A
D
 
N
E
 
E
A
 
L
L
 
M
D
 
E
R
 
E
V
 
F
G
 
H
I
 
I
S
 
E
E
 
H
Y
 
L
A
 
R
A
 
D
E
 
S
R
x
M
A
x
G
D
x
Q
S
 
S
I
 
L
P
 
S
T
 
G
G
 
G
T
 
E
A
 
R
R
 
R
L
 
R
L
 
V
E
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
C
 
A
L
 
L
V
 
A
G
 
A
D
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
S
 
A
G
 
G
L
 
V
D
 
D
E
 
P
S
 
I
E
 
S
T
 
V
D
 
I
A
 
D
F
 
I
G
 
K
E
 
R
L
 
I
L
 
I
I
 
E
A
 
H
L
 
L
A
 
R
S
 
D
E
 
S
G
 
G
K
 
L
A
 
G
I
 
V
L
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
M
 
V
D
 
R
L
 
E
V
 
T
M
 
L
T
 
A
V
 
V
C
 
C
D
 
E
D
 
R
I
 
A
H
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
F
 
Q
G
 
G
E
 
H
I
 
L
I
 
I
C
 
A
S
 
H
G
 
G
S
 
T
P
 
P
A
 
T
E
 
E
V
 
I
R
 
L
A
 
Q
D
 
D
A
 
E
R
 
H
V
 
V
Q
 
K
A
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
31% identity, 86% coverage: 13:238/263 of query aligns to 12:235/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
F
x
Y
G
 
K
G
 
G
V
x
R
T
 
R
A
 
V
V
 
V
N
 
E
Q
 
D
A
 
V
R
 
S
F
 
L
T
 
T
A
 
V
D
 
N
E
 
S
R
 
G
R
 
E
I
 
I
T
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
 
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
C
 
T
F
 
F
N
 
Y
V
 
M
I
 
V
T
 
V
G
 
G
L
 
I
Q
 
V
R
 
P
P
 
R
T
 
D
S
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
G
 
D
G
 
D
R
 
D
D
 
D
V
 
I
T
 
S
R
 
L
T
 
L
A
 
P
V
 
L
H
 
H
R
 
A
R
 
R
A
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
M
 
I
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
F
 
P
Q
|
Q
R
 
E
L
 
A
E
 
S
A
 
I
F
 
F
G
 
R
S
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
R
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
L
R
 
M
V
 
A
A
 
V
L
 
L
D
 
Q
I
 
I
A
 
R
G
 
D
G
 
D
F
 
L
G
 
S
G
 
A
L
 
E
M
 
Q
R
 
R
S
 
E
S
 
D
S
 
-
A
 
-
R
 
R
V
 
A
D
 
N
E
 
E
A
 
L
L
 
M
D
 
E
R
 
E
V
 
F
G
 
H
I
 
I
S
 
E
E
 
H
Y
 
L
A
 
R
A
 
D
E
 
S
R
 
M
A
 
G
D
 
Q
S
|
S
I
 
L
P
x
S
T
 
G
G
 
G
T
x
E
A
 
R
R
 
R
L
 
R
L
 
V
E
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
C
 
A
L
 
L
V
 
A
G
 
A
D
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
S
 
A
G
 
G
L
 
V
D
 
D
E
 
P
S
 
I
E
 
S
T
 
V
D
 
I
A
 
D
F
 
I
G
 
K
E
 
R
L
 
I
L
 
I
I
 
E
A
 
H
L
 
L
A
 
R
S
 
D
E
 
S
G
 
G
K
 
L
A
 
G
I
 
V
L
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
M
 
V
D
 
R
L
 
E
V
 
T
M
 
L
T
 
A
V
 
V
C
 
C
D
 
E
D
 
R
I
 
A
H
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
F
 
Q
G
 
G
E
 
H
I
 
L
I
 
I
C
 
A
S
 
H
G
 
G
S
 
T
P
 
P
A
 
T
E
 
E
V
 
I
R
 
L
A
 
Q
D
 
D
A
 
E
R
 
H
V
 
V
Q
 
K
A
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
31% identity, 86% coverage: 13:238/263 of query aligns to 12:235/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
F
x
Y
G
 
K
G
 
G
V
 
R
T
 
R
A
 
V
V
 
V
N
 
E
Q
 
D
A
 
V
R
 
S
F
 
L
T
 
T
A
 
V
D
 
N
E
 
S
R
 
G
R
 
E
I
 
I
T
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
C
 
T
F
 
F
N
 
Y
V
 
M
I
 
V
T
 
V
G
 
G
L
 
I
Q
 
V
R
 
P
P
 
R
T
 
D
S
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
G
 
D
G
 
D
R
 
D
D
 
D
V
 
I
T
 
S
R
 
L
T
 
L
A
 
P
V
 
L
H
 
H
R
 
A
R
 
R
A
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
M
 
I
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
F
 
P
Q
|
Q
R
 
E
L
 
A
E
 
S
A
 
I
F
 
F
G
 
R
S
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
R
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
L
R
 
M
V
 
A
A
 
V
L
 
L
D
 
Q
I
 
I
A
 
R
G
 
D
G
 
D
F
 
L
G
 
S
G
 
A
L
 
E
M
 
Q
R
 
R
S
 
E
S
 
D
S
 
-
A
 
-
R
 
R
V
 
A
D
 
N
E
 
E
A
 
L
L
 
M
D
 
E
R
 
E
V
 
F
G
 
H
I
 
I
S
 
E
E
 
H
Y
 
L
A
 
R
A
 
D
E
 
S
R
 
M
A
 
G
D
 
Q
S
|
S
I
 
L
P
x
S
T
x
G
G
|
G
T
 
E
A
 
R
R
 
R
L
 
R
L
 
V
E
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
C
 
A
L
 
L
V
 
A
G
 
A
D
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
F
S
 
A
G
|
G
L
 
V
D
 
D
E
 
P
S
 
I
E
 
S
T
 
V
D
 
I
A
 
D
F
 
I
G
 
K
E
 
R
L
 
I
L
 
I
I
 
E
A
 
H
L
 
L
A
 
R
S
 
D
E
 
S
G
 
G
K
 
L
A
 
G
I
 
V
L
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
H
|
H
D
 
N
M
 
V
D
 
R
L
 
E
V
 
T
M
 
L
T
 
A
V
 
V
C
 
C
D
 
E
D
 
R
I
 
A
H
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
F
 
Q
G
 
G
E
 
H
I
 
L
I
 
I
C
 
A
S
 
H
G
 
G
S
 
T
P
 
P
A
 
T
E
 
E
V
 
I
R
 
L
A
 
Q
D
 
D
A
 
E
R
 
H
V
 
V
Q
 
K
A
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6mbnA Lptb e163q in complex with atp (see paper)
30% identity, 86% coverage: 13:238/263 of query aligns to 13:236/241 of 6mbnA

query
sites
6mbnA
F
x
Y
G
 
K
G
 
G
V
x
R
T
 
R
A
x
V
V
 
V
N
 
E
Q
 
D
A
 
V
R
 
S
F
 
L
T
 
T
A
 
V
D
 
N
E
 
S
R
 
G
R
 
E
I
 
I
T
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
C
 
T
F
 
F
N
 
Y
V
 
M
I
 
V
T
 
V
G
 
G
L
 
I
Q
 
V
R
 
P
P
 
R
T
 
D
S
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
G
 
D
G
 
D
R
 
D
D
 
D
V
 
I
T
 
S
R
 
L
T
 
L
A
 
P
V
 
L
H
 
H
R
 
A
R
 
R
A
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
M
 
I
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
F
 
P
Q
 
Q
R
 
E
L
 
A
E
 
S
A
 
I
F
 
F
G
 
R
S
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
R
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
L
R
 
M
V
 
A
A
 
V
L
 
L
D
 
Q
I
 
I
A
 
R
G
 
D
G
 
D
F
 
L
G
 
S
G
 
A
L
 
E
M
 
Q
R
 
R
S
 
E
S
 
D
S
 
-
A
 
-
R
 
R
V
 
A
D
 
N
E
 
E
A
 
L
L
 
M
D
 
E
R
 
E
V
 
F
G
 
H
I
 
I
S
 
E
E
 
H
Y
 
L
A
 
R
A
 
D
E
 
S
R
 
M
A
 
G
D
 
Q
S
 
S
I
 
L
P
 
S
T
 
G
G
 
G
T
 
E
A
 
R
R
 
R
L
 
R
L
 
V
E
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
C
 
A
L
 
L
V
 
A
G
 
A
D
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
S
 
F
S
 
A
G
 
G
L
 
V
D
 
D
E
 
P
S
 
I
E
 
S
T
 
V
D
 
I
A
 
D
F
 
I
G
 
K
E
 
R
L
 
I
L
 
I
I
 
E
A
 
H
L
 
L
A
 
R
S
 
D
E
 
S
G
 
G
K
 
L
A
 
G
I
 
V
L
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
H
|
H
D
 
N
M
 
V
D
 
R
L
 
E
V
 
T
M
 
L
T
 
A
V
 
V
C
 
C
D
 
E
D
 
R
I
 
A
H
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
F
 
Q
G
 
G
E
 
H
I
 
L
I
 
I
C
 
A
S
 
H
G
 
G
S
 
T
P
 
P
A
 
T
E
 
E
V
 
I
R
 
L
A
 
Q
D
 
D
A
 
E
R
 
H
V
 
V
Q
 
K
A
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
29% identity, 90% coverage: 1:238/263 of query aligns to 2:253/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
M
 
M
P
 
E
L
 
I
L
 
L
E
 
R
V
 
T
N
 
E
D
 
N
V
 
I
V
 
V
V
 
K
R
 
Y
F
|
F
G
 
G
G
 
E
V
x
F
T
 
K
A
 
A
V
 
L
N
 
D
Q
 
G
A
 
V
R
 
S
F
 
I
T
 
S
A
 
V
D
 
C
E
 
K
R
 
G
R
 
D
I
 
V
T
 
T
G
 
L
L
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
C
 
L
F
 
I
N
 
N
V
 
V
I
 
I
T
 
T
G
 
G
L
 
F
Q
 
L
R
 
K
P
 
A
T
 
D
S
 
E
G
 
G
S
 
R
V
 
V
R
 
Y
F
 
F
G
 
E
G
 
N
R
 
K
D
 
D
V
 
I
T
 
T
R
 
N
T
 
K
A
 
E
V
 
P
H
 
A
R
 
E
R
 
L
A
 
Y
R
 
H
R
 
Y
G
 
G
M
 
I
A
 
V
R
 
R
T
 
T
F
 
F
Q
 
Q
R
 
T
L
 
P
E
 
Q
A
 
P
F
 
L
G
 
K
S
 
E
L
 
M
T
 
T
V
 
V
R
 
L
D
 
E
N
 
N
V
 
L
R
 
L
V
 
I
A
 
G
L
 
-
D
 
E
I
 
I
A
 
N
G
 
P
G
 
G
-
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
-
 
L
-
 
F
F
 
Y
G
 
K
G
 
K
L
 
W
M
 
I
R
 
P
S
 
K
S
 
E
S
 
E
A
 
E
R
 
M
V
 
V
D
 
E
E
 
K
A
 
A
-
 
F
-
 
K
-
 
I
L
 
L
D
 
E
R
 
F
V
 
L
G
 
K
I
 
L
S
 
S
E
 
H
Y
 
L
A
 
Y
A
 
D
E
 
R
R
 
K
A
 
A
D
 
G
S
 
E
I
 
L
P
 
S
T
 
G
G
 
G
T
 
Q
A
 
M
R
 
K
L
 
L
L
 
V
E
 
E
L
 
I
A
 
G
R
 
R
C
 
A
L
 
L
V
 
M
G
 
T
D
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
M
L
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
I
S
 
A
G
 
G
L
 
V
D
 
A
E
 
P
S
 
G
-
 
L
E
 
A
T
 
H
D
 
D
A
 
I
F
 
F
G
 
N
E
 
H
L
 
V
L
 
L
I
 
-
A
 
E
L
 
L
A
 
K
S
 
A
E
 
K
G
 
G
K
 
I
A
 
T
I
 
F
L
 
L
M
 
I
V
 
I
E
 
E
H
 
H
D
 
R
M
 
L
D
 
D
L
 
I
V
 
V
M
 
L
T
 
N
V
 
Y
C
 
I
D
 
D
D
 
H
I
 
L
H
 
Y
V
 
V
L
 
M
D
 
F
F
 
N
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
I
 
I
C
 
A
S
 
E
G
 
G
S
 
R
P
 
G
A
 
E
E
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
N
V
 
V
R
 
L
A
 
S
D
 
D
A
 
P
R
 
K
V
 
V
Q
 
V
A
 
E
A
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
30% identity, 86% coverage: 13:237/263 of query aligns to 12:234/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
F
x
Y
G
 
K
G
 
G
V
x
R
T
 
R
A
x
V
V
 
V
N
 
E
Q
 
D
A
 
V
R
 
S
F
 
L
T
 
T
A
 
V
D
 
N
E
 
S
R
 
G
R
 
E
I
 
I
T
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
C
 
T
F
 
F
N
 
Y
V
 
M
I
 
V
T
 
V
G
 
G
L
 
I
Q
 
V
R
 
P
P
 
R
T
 
D
S
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
G
 
D
G
 
D
R
 
D
D
 
D
V
 
I
T
 
S
R
 
L
T
 
L
A
 
P
V
x
L
H
|
H
R
 
A
R
 
R
A
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
M
 
I
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
F
x
P
Q
|
Q
R
 
E
L
x
A
E
x
S
A
 
I
F
|
F
G
x
R
S
x
R
L
|
L
T
 
S
V
 
V
R
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
L
R
 
M
V
 
A
A
x
V
L
 
L
D
 
Q
I
 
I
A
 
R
G
 
D
G
 
D
F
 
L
G
 
S
G
 
A
L
 
E
M
 
Q
R
 
R
S
 
E
S
 
D
S
 
-
A
 
-
R
 
R
V
 
A
D
 
N
E
 
E
A
 
L
L
 
M
D
 
E
R
 
E
V
 
F
G
 
H
I
 
I
S
 
E
E
 
H
Y
 
L
A
 
R
A
 
D
E
 
S
R
 
M
A
 
G
D
x
Q
S
 
S
I
 
L
P
 
S
T
 
G
G
 
G
T
 
E
A
 
R
R
 
R
L
 
R
L
 
V
E
 
E
L
 
I
A
 
A
R
|
R
C
 
A
L
 
L
V
 
A
G
 
A
D
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
S
 
A
G
 
G
L
 
V
D
 
D
E
 
P
S
 
I
E
 
S
T
 
V
D
 
I
A
 
D
F
 
I
G
 
K
E
 
R
L
 
I
L
 
I
I
 
E
A
 
H
L
 
L
A
 
R
S
 
D
E
 
S
G
 
G
K
 
L
A
 
G
I
 
V
L
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
M
 
V
D
 
R
L
 
E
V
 
T
M
 
L
T
 
A
V
 
V
C
 
C
D
 
E
D
 
R
I
 
A
H
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
F
 
Q
G
 
G
E
 
H
I
 
L
I
 
I
C
 
A
S
 
H
G
 
G
S
 
T
P
 
P
A
 
T
E
 
E
V
 
I
R
 
L
A
 
Q
D
 
D
A
 
E
R
 
H
V
 
V
Q
 
K
A
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
30% identity, 86% coverage: 13:237/263 of query aligns to 12:234/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
F
x
Y
G
 
K
G
 
G
V
x
R
T
 
R
A
x
V
V
 
V
N
 
E
Q
 
D
A
 
V
R
 
S
F
 
L
T
 
T
A
 
V
D
 
N
E
 
S
R
 
G
R
 
E
I
 
I
T
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
C
 
T
F
 
F
N
 
Y
V
 
M
I
 
V
T
 
V
G
 
G
L
 
I
Q
 
V
R
 
P
P
 
R
T
 
D
S
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
G
 
D
G
 
D
R
 
D
D
 
D
V
 
I
T
 
S
R
 
L
T
 
L
A
 
P
V
 
L
H
 
H
R
 
A
R
 
R
A
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
M
 
I
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
F
 
P
Q
|
Q
R
 
E
L
 
A
E
 
S
A
 
I
F
 
F
G
 
R
S
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
R
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
L
R
 
M
V
 
A
A
 
V
L
 
L
D
 
Q
I
 
I
A
 
R
G
 
D
G
 
D
F
 
L
G
 
S
G
 
A
L
 
E
M
 
Q
R
 
R
S
 
E
S
 
D
S
 
-
A
 
-
R
 
R
V
 
A
D
 
N
E
 
E
A
 
L
L
 
M
D
 
E
R
 
E
V
 
F
G
 
H
I
 
I
S
 
E
E
 
H
Y
 
L
A
 
R
A
 
D
E
 
S
R
 
M
A
 
G
D
 
Q
S
 
S
I
 
L
P
 
S
T
 
G
G
 
G
T
 
E
A
 
R
R
 
R
L
 
R
L
 
V
E
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
C
 
A
L
 
L
V
 
A
G
 
A
D
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
S
 
A
G
 
G
L
 
V
D
 
D
E
 
P
S
 
I
E
 
S
T
 
V
D
 
I
A
 
D
F
 
I
G
 
K
E
 
R
L
 
I
L
 
I
I
 
E
A
 
H
L
 
L
A
 
R
S
 
D
E
 
S
G
 
G
K
 
L
A
 
G
I
 
V
L
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
M
 
V
D
 
R
L
 
E
V
 
T
M
 
L
T
 
A
V
 
V
C
 
C
D
 
E
D
 
R
I
 
A
H
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
F
 
Q
G
 
G
E
 
H
I
 
L
I
 
I
C
 
A
S
 
H
G
 
G
S
 
T
P
 
P
A
 
T
E
 
E
V
 
I
R
 
L
A
 
Q
D
 
D
A
 
E
R
 
H
V
 
V
Q
 
K
A
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
30% identity, 85% coverage: 13:236/263 of query aligns to 12:233/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
F
x
Y
G
 
K
G
 
G
V
x
R
T
 
R
A
x
V
V
 
V
N
 
E
Q
 
D
A
 
V
R
 
S
F
 
L
T
 
T
A
 
V
D
 
N
E
 
S
R
 
G
R
 
E
I
 
I
T
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
C
 
T
F
 
F
N
 
Y
V
 
M
I
 
V
T
 
V
G
 
G
L
 
I
Q
 
V
R
 
P
P
 
R
T
 
D
S
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
G
 
D
G
 
D
R
 
D
D
 
D
V
 
I
T
 
S
R
 
L
T
 
L
A
 
P
V
 
L
H
 
H
R
 
A
R
 
R
A
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
M
 
I
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
F
 
P
Q
 
Q
R
 
E
L
 
A
E
 
S
A
 
I
F
|
F
G
x
R
S
x
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
R
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
L
R
 
M
V
 
A
A
 
V
L
 
L
D
 
Q
I
 
I
A
 
R
G
 
D
G
 
D
F
 
L
G
 
S
G
 
A
L
 
E
M
 
Q
R
 
R
S
 
E
S
 
D
S
 
-
A
 
-
R
 
R
V
 
A
D
 
N
E
 
E
A
 
L
L
 
M
D
 
E
R
 
E
V
 
F
G
 
H
I
 
I
S
 
E
E
 
H
Y
 
L
A
 
R
A
 
D
E
 
S
R
 
M
A
 
G
D
 
Q
S
 
S
I
 
L
P
 
S
T
 
G
G
 
G
T
 
E
A
 
R
R
 
R
L
 
R
L
 
V
E
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
C
 
A
L
 
L
V
 
A
G
 
A
D
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
S
 
A
G
 
G
L
 
V
D
 
D
E
 
P
S
 
I
E
 
S
T
 
V
D
 
I
A
 
D
F
 
I
G
 
K
E
 
R
L
 
I
L
 
I
I
 
E
A
 
H
L
 
L
A
 
R
S
 
D
E
 
S
G
 
G
K
 
L
A
 
G
I
 
V
L
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
M
 
V
D
 
R
L
 
E
V
 
T
M
 
L
T
 
A
V
 
V
C
 
C
D
 
E
D
 
R
I
 
A
H
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
F
 
Q
G
 
G
E
 
H
I
 
L
I
 
I
C
 
A
S
 
H
G
 
G
S
 
T
P
 
P
A
 
T
E
 
E
V
 
I
R
 
L
A
 
Q
D
 
D
A
 
E
R
 
H
V
 
V
Q
 
K
A
 
R
A
 
V
Y
 
Y

4yerA Crystal structure of an abc transporter atp-binding protein (tm_1403) from thermotoga maritima msb8 at 2.35 a resolution
33% identity, 86% coverage: 3:227/263 of query aligns to 4:224/285 of 4yerA

query
sites
4yerA
L
 
I
L
 
I
E
 
V
V
 
V
N
 
E
D
 
N
V
 
L
V
 
V
V
 
K
R
 
K
F
|
F
G
 
G
G
 
D
V
x
F
T
 
E
A
 
A
V
 
V
N
 
K
Q
 
G
A
 
V
R
 
S
F
 
F
T
 
S
A
 
V
D
 
K
E
 
K
R
 
G
R
 
E
I
 
I
T
 
F
G
 
A
L
 
F
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
C
 
T
F
 
I
N
 
H
V
 
M
I
 
L
T
 
T
G
 
T
L
 
L
Q
 
L
R
 
K
P
 
P
T
 
T
S
 
S
G
 
G
S
 
K
V
 
A
R
 
W
F
 
V
G
 
A
G
 
G
R
 
H
D
 
D
V
 
V
T
 
L
R
 
K
T
 
E
A
 
P
V
 
-
H
 
-
R
 
R
R
 
E
A
 
V
R
 
R
R
 
R
G
 
K
M
 
I
A
 
G
R
 
I
T
 
V
F
 
F
Q
 
Q
R
 
D
L
 
Q
E
 
S
A
 
L
F
 
D
G
 
R
S
 
E
L
 
L
T
 
T
V
 
A
R
 
Y
D
 
E
N
 
N
V
 
M
R
 
Y
V
 
I
A
 
H
L
 
G
D
 
K
I
 
I
A
 
Y
G
 
-
G
 
G
F
 
Y
G
 
G
G
 
G
L
 
-
M
 
-
R
 
E
S
 
K
S
 
L
S
 
K
A
 
K
R
 
R
V
 
I
D
 
L
E
 
E
A
 
L
L
 
L
D
 
E
R
 
F
V
 
V
G
 
E
I
 
L
S
 
L
E
 
E
Y
 
F
A
 
K
A
 
D
E
 
K
R
 
P
A
 
V
D
 
K
S
x
T
I
x
F
P
x
S
T
 
G
G
 
G
T
 
M
A
 
A
R
 
R
L
 
R
L
 
L
E
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
C
 
S
L
 
L
V
 
I
G
 
H
D
 
E
P
 
P
K
 
E
L
 
V
L
 
L
L
 
F
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
S
 
I
G
 
G
L
 
L
D
 
D
E
 
P
S
 
H
E
 
T
T
 
R
D
 
A
A
 
H
F
 
M
G
 
W
E
 
E
L
 
Y
L
 
I
I
 
S
A
 
K
L
 
M
A
 
K
S
 
K
E
 
E
G
 
H
K
 
N
-
 
M
A
 
T
I
 
I
L
 
F
M
 
L
V
 
T
E
 
T
H
 
H
D
 
Y
M
 
M
D
 
D
L
 
E
V
 
A
M
 
E
T
 
Q
V
 
L
C
 
A
D
 
D
D
 
R
I
 
V
H
 
A
V
 
I
L
 
I
D
 
D
F
 
H
G
 
G
E
 
K
I
 
I
I
 
I
C
 
A
S
 
L
G
 
G
S
 
T
P
 
P
A
 
T
E
 
E
V
 
L
R
 
K

8f5bA Human abca4 structure in complex with amp-pnp (see paper)
35% identity, 79% coverage: 15:223/263 of query aligns to 734:936/1924 of 8f5bA

query
sites
8f5bA
G
 
G
V
 
R
T
 
P
A
 
A
V
 
V
N
 
D
Q
 
R
A
 
L
R
 
N
F
 
I
T
 
T
A
 
F
D
 
Y
E
 
E
R
 
N
R
 
Q
I
 
I
T
 
T
G
 
A
L
 
F
I
 
L
G
 
G
P
 
H
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
C
 
T
F
 
L
N
 
S
V
 
I
I
 
L
T
 
T
G
 
G
L
 
L
Q
 
L
R
 
P
P
 
P
T
 
T
S
 
S
G
 
G
S
 
T
V
 
V
R
 
L
F
 
V
G
 
G
G
 
G
R
 
R
D
 
D
V
 
I
T
 
E
R
 
T
T
 
S
A
 
L
V
 
D
H
 
A
R
 
V
R
 
R
A
 
Q
R
 
S
R
 
L
G
 
G
M
 
M
A
 
C
R
 
P
T
x
Q
F
 
H
Q
 
N
R
 
I
L
 
L
E
 
-
A
 
-
F
 
F
G
 
H
S
 
H
L
 
L
T
 
T
V
 
V
R
 
A
D
 
E
N
 
H
V
 
M
R
 
-
V
 
-
A
 
-
L
 
L
D
 
F
I
 
Y
A
 
A
G
 
Q
G
 
L
F
 
K
G
 
G
G
 
K
L
 
S
M
 
Q
R
 
E
S
 
E
S
 
A
S
 
Q
A
 
L
R
 
E
V
 
M
D
 
E
E
 
A
A
 
M
L
 
L
D
 
E
R
 
D
V
 
T
G
 
G
I
 
L
S
 
H
E
 
H
Y
 
K
A
 
R
A
 
N
E
 
E
R
 
E
A
 
A
D
 
Q
S
x
D
I
 
L
P
 
S
T
 
G
G
 
G
T
 
M
A
 
Q
R
 
R
L
 
K
L
 
L
E
 
S
L
 
V
A
 
A
R
 
I
C
 
A
L
 
F
V
 
V
G
 
G
D
 
D
P
 
A
K
 
K
L
 
V
L
 
V
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
S
 
S
G
 
G
L
 
V
D
 
D
E
 
P
S
 
Y
E
 
S
T
 
R
D
 
R
A
 
S
F
 
I
G
 
W
E
 
D
L
 
L
L
 
L
I
 
L
A
 
K
L
 
Y
A
 
R
S
 
S
E
 
-
G
 
G
K
 
R
A
 
T
I
 
I
L
 
I
M
 
M
V
 
S
E
 
T
H
 
H
D
 
H
M
 
M
D
 
D
L
 
E
V
 
A
M
 
D
T
 
L
V
 
L
C
 
G
D
 
D
D
 
R
I
 
I
H
 
A
V
 
I
L
 
I
D
 
A
F
 
Q
G
 
G
E
 
R
I
 
L
I
 
Y
C
 
C
S
 
S
G
 
G
S
 
T
P
 
P

Sites not aligning to the query:

P78363 Retinal-specific phospholipid-transporting ATPase ABCA4; ATP-binding cassette sub-family A member 4; RIM ABC transporter; RIM proteinv; RmP; Retinal-specific ATP-binding cassette transporter; Stargardt disease protein; EC 7.6.2.1 from Homo sapiens (Human) (see 43 papers)
35% identity, 79% coverage: 15:223/263 of query aligns to 942:1144/2273 of P78363

query
sites
P78363
G
|
G
V
x
R
T
x
P
A
|
A
V
|
V
N
x
D
Q
x
R
A
x
L
R
x
N
F
x
I
T
|
T
A
x
F
D
x
Y
E
|
E
R
x
N
R
x
Q
I
|
I
T
|
T
G
x
A
L
x
F
I
x
L
G
|
G
P
x
H
N
|
N
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
C
x
T
F
x
L
N
x
S
V
x
I
I
x
L
T
|
T
G
|
G
L
|
L
Q
x
L
R
x
P
P
|
P
T
|
T
S
|
S
G
|
G
S
x
T
V
|
V
R
x
L
F
x
V
G
|
G
G
|
G
R
|
R
D
|
D
V
x
I
T
x
E
R
x
T
T
x
S
A
x
L
V
x
D
H
x
A
R
x
V
R
|
R
A
x
Q
R
x
S
R
x
L
G
|
G
M
|
M
A
x
C
R
x
P
T
x
Q
F
x
H
Q
x
N
R
x
I
L
|
L
E
 
-
A
 
-
F
|
F
G
x
H
S
x
H
L
|
L
T
|
T
V
|
V
R