SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_110803739.1 NCBI__GCF_003217355.1:WP_110803739.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2vpyF Polysulfide reductase with bound quinone inhibitor, pentachlorophenol (pcp) (see paper)
46% identity, 84% coverage: 5:199/233 of query aligns to 6:178/193 of 2vpyF

query
sites
2vpyF
L
 
M
V
 
A
I
 
I
D
 
D
L
 
L
D
 
S
S
 
L
C
|
C
T
 
V
G
|
G
C
|
C
H
 
A
A
 
A
C
|
C
T
 
A
I
 
V
A
 
A
C
|
C
K
 
K
G
 
-
W
 
-
Q
 
-
N
 
M
A
 
E
N
|
N
E
 
E
D
 
-
T
 
-
R
 
-
L
 
-
P
 
-
D
 
-
A
 
-
E
 
-
A
 
-
Y
 
-
G
 
-
A
 
-
A
 
V
P
 
P
F
 
P
G
 
G
A
 
V
F
 
F
L
 
N
N
x
L
R
 
W
V
x
I
H
 
R
S
 
E
Y
 
R
E
 
E
V
 
V
I
 
-
A
 
-
D
 
G
D
 
E
T
 
Y
P
 
P
A
 
N
R
 
L
L
 
V
I
 
V
H
 
E
Y
 
F
-
 
R
P
|
P
R
 
E
T
x
Q
C
|
C
V
x
L
H
 
H
C
|
C
E
 
E
N
 
N
P
 
P
P
|
P
C
|
C
V
 
V
P
 
P
V
 
V
C
|
C
P
|
P
T
 
T
G
 
G
A
 
A
S
 
S
H
 
Y
Q
 
Q
T
 
T
A
 
K
D
 
D
G
 
G
L
 
L
V
|
V
Q
 
L
I
 
V
D
 
D
A
 
P
K
 
K
R
 
K
C
|
C
M
x
I
G
x
A
C
|
C
G
|
G
L
 
A
C
|
C
A
 
I
W
 
A
A
 
A
C
|
C
P
|
P
Y
|
Y
G
 
D
A
 
A
R
|
R
E
 
Y
L
 
L
D
 
H
P
 
P
V
 
-
A
 
A
G
 
G
V
 
Y
M
x
V
R
 
S
K
 
K
C
|
C
T
 
T
L
x
F
C
|
C
A
 
A
N
 
H
R
 
R
I
 
L
D
 
E
D
 
-
P
 
-
A
 
-
R
 
-
P
 
-
A
 
-
E
 
K
D
 
G
R
 
K
I
 
V
P
|
P
A
|
A
C
|
C
V
 
V
R
 
E
A
 
T
C
|
C
P
 
P
T
 
T
G
 
Y
A
x
C
R
|
R
H
 
T
F
 
F
G
 
G
D
 
D
P
 
L
T
 
E
D
 
D
A
 
P
E
 
E
S
 
S
P
 
P
L
 
V
G
 
A
R
 
K
-
 
A
L
 
L
V
 
K
A
 
A
A
 
A
R
 
E
G
 
R
G
 
V
F
 
D
A
 
V
P
 
L
M
 
R
P
 
P
E
 
E
F
 
Q
G
 
G
T
 
T
K
 
R
P
 
P
T
 
K
S
 
L
R
 
F
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

2vpwF Polysulfide reductase with bound menaquinone (see paper)
46% identity, 84% coverage: 5:199/233 of query aligns to 6:178/193 of 2vpwF

query
sites
2vpwF
L
 
M
V
 
A
I
 
I
D
 
D
L
 
L
D
 
S
S
 
L
C
|
C
T
 
V
G
|
G
C
|
C
H
 
A
A
 
A
C
|
C
T
 
A
I
 
V
A
 
A
C
|
C
K
 
K
G
 
-
W
 
-
Q
 
-
N
 
M
A
 
E
N
|
N
E
 
E
D
 
-
T
 
-
R
 
-
L
 
-
P
 
-
D
 
-
A
 
-
E
 
-
A
 
-
Y
 
-
G
 
-
A
 
-
A
 
V
P
 
P
F
 
P
G
 
G
A
 
V
F
 
F
L
 
N
N
x
L
R
 
W
V
x
I
H
 
R
S
 
E
Y
 
R
E
 
E
V
 
V
I
 
-
A
 
-
D
 
G
D
 
E
T
 
Y
P
 
P
A
 
N
R
 
L
L
 
V
I
 
V
H
 
E
Y
 
F
-
 
R
P
|
P
R
 
E
T
x
Q
C
|
C
V
x
L
H
|
H
C
|
C
E
 
E
N
 
N
P
 
P
P
|
P
C
|
C
V
 
V
P
 
P
V
 
V
C
|
C
P
|
P
T
 
T
G
 
G
A
 
A
S
 
S
H
 
Y
Q
 
Q
T
 
T
A
 
K
D
 
D
G
 
G
L
 
L
V
|
V
Q
 
L
I
 
V
D
 
D
A
 
P
K
 
K
R
 
K
C
|
C
M
x
I
G
x
A
C
|
C
G
|
G
L
 
A
C
|
C
A
 
I
W
 
A
A
 
A
C
|
C
P
|
P
Y
|
Y
G
 
D
A
 
A
R
|
R
E
 
Y
L
 
L
D
 
H
P
 
P
V
 
-
A
 
A
G
 
G
V
 
Y
M
x
V
R
 
S
K
 
K
C
|
C
T
 
T
L
x
F
C
|
C
A
 
A
N
 
H
R
 
R
I
 
L
D
 
E
D
 
-
P
 
-
A
 
-
R
 
-
P
 
-
A
 
-
E
 
K
D
 
G
R
 
K
I
 
V
P
|
P
A
|
A
C
|
C
V
 
V
R
 
E
A
 
T
C
|
C
P
 
P
T
 
T
G
 
Y
A
x
C
R
|
R
H
 
T
F
 
F
G
 
G
D
 
D
P
 
L
T
 
E
D
 
D
A
 
P
E
 
E
S
 
S
P
 
P
L
 
V
G
 
A
R
 
K
-
 
A
L
 
L
V
 
K
A
 
A
A
 
A
R
 
E
G
 
R
G
 
V
F
 
D
A
 
V
P
 
L
M
 
R
P
 
P
E
 
E
F
 
Q
G
 
G
T
 
T
K
 
R
P
 
P
T
 
K
S
 
L
R
 
F
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

P18776 Anaerobic dimethyl sulfoxide reductase chain B; DMSO reductase iron-sulfur subunit from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
33% identity, 82% coverage: 5:195/233 of query aligns to 7:180/205 of P18776

query
sites
P18776
L
 
F
V
 
F
I
 
I
D
 
D
L
 
S
D
 
S
S
 
R
C
 
C
T
 
T
G
 
G
C
 
C
H
 
K
A
 
T
C
 
C
T
 
E
I
 
L
A
 
A
C
 
C
K
 
K
G
 
D
W
 
Y
Q
 
K
N
 
D
A
 
L
N
 
T
E
 
P
D
 
E
T
 
V
R
 
S
L
 
F
P
 
R
D
 
R
A
 
I
E
 
Y
A
 
E
Y
 
Y
G
 
A
A
 
G
A
 
G
P
 
D
F
 
W
-
 
Q
-
 
E
-
 
D
-
 
N
G
 
G
A
 
V
F
 
W
L
 
H
N
 
Q
R
 
N
V
 
V
H
 
F
S
 
A
Y
 
Y
E
 
-
V
 
-
I
 
-
A
 
-
D
 
-
D
 
-
T
 
-
P
 
-
A
 
-
R
 
-
L
 
-
I
 
-
H
 
Y
Y
 
L
P
 
S
R
 
I
T
 
S
C
 
C
V
 
N
H
 
H
C
 
C
E
 
E
N
 
D
P
 
P
P
 
A
C
 
C
V
 
T
P
 
K
V
 
V
C
 
C
P
 
P
T
 
S
G
 
G
A
 
A
S
 
M
H
 
H
Q
 
K
T
 
R
A
 
E
D
 
D
G
 
G
L
 
F
V
 
V
Q
 
V
I
 
V
D
 
D
A
 
E
K
 
D
R
 
V
C
 
C
M
 
I
G
 
G
C
|
C
G
 
R
L
 
Y
C
 
C
A
 
H
W
 
M
A
 
A
C
 
C
P
 
P
Y
 
Y
G
 
G
A
 
A
R
 
P
E
 
Q
L
 
Y
D
 
N
P
 
E
V
 
T
A
 
K
G
 
G
V
 
H
M
 
M
R
 
T
K
 
K
C
 
C
T
 
D
L
 
G
C
 
C
A
 
Y
N
 
D
R
 
R
I
 
V
D
 
-
D
 
-
P
 
-
A
 
-
R
 
-
P
 
-
A
 
A
E
 
E
D
 
G
R
 
K
I
 
K
P
 
P
A
 
I
C
 
C
V
 
V
R
 
E
A
 
S
C
 
C
P
 
P
T
 
L
G
 
R
A
 
A
R
 
L
H
 
D
F
 
F
G
 
G
D
 
P
P
 
I
T
 
D
D
 
E
A
 
L
E
 
R
S
 
K
P
 
K
L
 
H
G
 
G
R
 
D
L
 
L
V
 
A
A
 
A
A
 
V
R
 
-
G
 
-
G
 
-
F
 
-
A
 
A
P
 
P
M
 
L
P
 
P
E
 
R
-
 
A
F
 
H
G
 
F
T
 
T
K
 
K
P
 
P
T
 
N

Sites not aligning to the query:

1kqfB Formate dehydrogenase n from e. Coli (see paper)
32% identity, 76% coverage: 6:182/233 of query aligns to 32:206/289 of 1kqfB

query
sites
1kqfB
V
 
L
I
 
I
D
 
D
L
 
V
D
 
S
S
 
T
C
|
C
T
x
I
G
|
G
C
|
C
H
x
K
A
 
A
C
|
C
T
 
Q
I
 
V
A
 
A
C
|
C
K
 
S
G
 
E
W
 
W
Q
x
N
N
 
D
A
 
I
N
 
R
E
 
D
D
 
E
T
 
V
R
 
G
L
 
H
P
 
C
D
 
V
A
 
G
E
 
V
A
 
Y
Y
 
D
G
 
N
A
 
P
A
 
A
P
 
D
F
 
L
G
 
S
A
 
A
F
 
K
L
 
S
N
 
W
R
x
T
V
 
V
H
x
M
S
 
R
Y
 
F
E
 
S
V
 
E
I
 
T
A
 
E
D
 
Q
D
 
N
T
 
G
P
 
K
A
 
L
R
 
E
L
 
W
I
 
L
H
 
I
Y
 
R
P
 
K
R
 
D
T
 
G
C
|
C
V
x
M
H
|
H
C
|
C
E
 
E
N
 
D
P
|
P
P
 
G
C
|
C
V
 
L
P
 
K
V
 
A
C
|
C
P
|
P
T
 
S
-
 
A
G
 
G
A
 
A
S
x
I
H
 
I
Q
 
Q
T
 
Y
A
 
A
D
 
N
G
 
G
L
 
I
V
|
V
Q
 
D
I
 
F
D
 
Q
A
 
S
K
 
E
R
 
N
C
|
C
M
x
I
G
|
G
C
|
C
G
|
G
L
x
Y
C
|
C
A
 
I
W
 
A
A
 
G
C
|
C
P
 
P
Y
 
F
G
 
N
A
x
I
R
x
P
E
 
R
L
 
L
D
 
N
P
 
K
V
 
E
A
 
D
G
 
N
V
 
R
M
x
V
R
 
Y
K
|
K
C
|
C
T
 
T
L
|
L
C
|
C
A
 
V
N
 
D
R
 
R
I
 
V
D
 
-
D
 
-
P
 
-
A
 
-
R
 
-
P
 
-
A
 
S
E
 
V
D
 
G
R
 
Q
I
 
E
P
|
P
A
 
A
C
|
C
V
 
V
R
 
K
A
 
T
C
|
C
P
|
P
T
 
T
G
 
G
A
 
A
R
x
I
H
 
H
F
 
F
G
 
G
D
 
T
P
 
K
T
 
K
D
 
E
-
 
M
-
 
L
-
 
E
-
 
L
A
 
A
E
 
E
S
 
Q
P
 
R
L
 
V
G
 
A
R
 
K
L
 
L
V
 
-
A
 
K
A
 
A
R
 
R
G
 
G

Sites not aligning to the query:

P0AAJ3 Formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit; Anaerobic formate dehydrogenase iron-sulfur subunit; Formate dehydrogenase-N subunit beta; FDH-N subunit beta from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
32% identity, 76% coverage: 6:182/233 of query aligns to 33:207/294 of P0AAJ3

query
sites
P0AAJ3
V
 
L
I
 
I
D
 
D
L
 
V
D
 
S
S
 
T
C
|
C
T
 
I
G
 
G
C
|
C
H
 
K
A
 
A
C
|
C
T
 
Q
I
 
V
A
 
A
C
|
C
K
 
S
G
 
E
W
 
W
Q
 
N
N
 
D
A
 
I
N
 
R
E
 
D
D
 
E
T
 
V
R
 
G
L
 
H
P
 
C
D
 
V
A
 
G
E
 
V
A
 
Y
Y
 
D
G
 
N
A
 
P
A
 
A
P
 
D
F
 
L
G
 
S
A
 
A
F
 
K
L
 
S
N
 
W
R
 
T
V
 
V
H
 
M
S
 
R
Y
 
F
E
 
S
V
 
E
I
 
T
A
 
E
D
 
Q
D
 
N
T
 
G
P
 
K
A
 
L
R
 
E
L
 
W
I
 
L
H
 
I
Y
 
R
P
 
K
R
 
D
T
 
G
C
|
C
V
 
M
H
 
H
C
|
C
E
 
E
N
 
D
P
 
P
P
 
G
C
|
C
V
 
L
P
 
K
V
 
A
C
|
C
P
 
P
T
 
S
-
 
A
G
 
G
A
 
A
S
 
I
H
 
I
Q
 
Q
T
 
Y
A
 
A
D
 
N
G
 
G
L
 
I
V
 
V
Q
 
D
I
 
F
D
 
Q
A
 
S
K
 
E
R
 
N
C
|
C
M
 
I
G
 
G
C
|
C
G
 
G
L
 
Y
C
|
C
A
 
I
W
 
A
A
 
G
C
|
C
P
 
P
Y
 
F
G
 
N
A
 
I
R
 
P
E
 
R
L
 
L
D
 
N
P
 
K
V
 
E
A
 
D
G
 
N
V
 
R
M
 
V
R
 
Y
K
 
K
C
|
C
T
 
T
L
 
L
C
|
C
A
 
V
N
 
D
R
 
R
I
 
V
D
 
-
D
 
-
P
 
-
A
 
-
R
 
-
P
 
-
A
 
S
E
 
V
D
 
G
R
 
Q
I
 
E
P
 
P
A
 
A
C
|
C
V
 
V
R
 
K
A
 
T
C
|
C
P
 
P
T
 
T
G
 
G
A
 
A
R
 
I
H
 
H
F
 
F
G
 
G
D
 
T
P
 
K
T
 
K
D
 
E
-
 
M
-
 
L
-
 
E
-
 
L
A
 
A
E
 
E
S
 
Q
P
 
R
L
 
V
G
 
A
R
 
K
L
 
L
V
 
-
A
 
K
A
 
A
R
 
R
G
 
G

6f0kB Alternative complex iii (see paper)
31% identity, 84% coverage: 5:199/233 of query aligns to 726:948/961 of 6f0kB

query
sites
6f0kB
L
 
M
V
 
V
I
 
I
D
 
D
L
 
L
D
 
N
S
 
A
C
|
C
T
|
T
G
|
G
C
|
C
H
x
N
A
|
A
C
|
C
T
 
I
I
 
V
A
 
A
C
|
C
K
 
D
G
 
S
W
 
E
Q
 
N
N
 
N
-
 
I
-
 
P
-
 
M
-
 
V
-
 
G
A
 
K
N
 
N
E
 
E
D
 
V
T
 
G
R
 
R
L
 
-
P
 
-
D
 
-
A
 
-
E
 
-
A
 
-
Y
 
-
G
 
G
A
 
R
A
 
E
P
 
M
F
 
H
G
x
W
A
 
L
F
 
R
L
x
I
N
 
D
R
 
R
V
 
Y
H
 
F
-
 
V
S
 
S
Y
 
D
E
 
E
V
 
A
I
 
H
A
 
A
D
 
D
D
 
D
T
 
-
P
 
-
A
 
P
R
 
Q
L
 
I
I
 
V
H
 
V
Y
 
Q
P
 
P
R
 
V
T
 
P
C
|
C
V
x
M
H
|
H
C
|
C
E
 
E
N
 
N
P
 
A
P
|
P
C
|
C
V
 
E
P
 
S
V
 
V
C
|
C
P
 
P
T
x
V
G
 
A
A
 
A
S
 
T
H
 
V
Q
 
H
T
 
S
A
 
P
D
 
D
G
 
G
L
 
L
V
x
N
Q
 
E
I
x
M
D
 
V
A
 
Y
K
x
N
R
|
R
C
|
C
M
x
I
G
|
G
C
 
T
G
 
R
L
 
Y
C
|
C
A
 
S
W
 
N
A
 
N
C
|
C
P
 
P
Y
 
Y
G
 
K
A
 
V
R
 
R
E
 
R
L
 
F
D
 
N
-
 
W
-
 
F
-
 
N
-
 
W
-
 
V
-
 
K
-
 
T
-
 
L
P
 
P
V
 
I
A
 
Q
-
 
V
-
 
Q
-
 
M
-
 
A
-
 
Q
-
 
N
-
 
P
-
 
D
-
 
V
-
 
T
-
 
V
-
 
R
-
 
F
-
 
R
G
 
G
V
 
V
M
|
M
R
 
E
K
 
K
C
|
C
T
 
T
L
x
Y
C
|
C
A
 
V
N
 
Q
R
 
R
I
 
I
D
 
R
D
 
E
P
 
A
A
 
Q
R
|
R
P
 
Q
A
 
A
E
x
N
-
 
I
D
 
E
R
 
K
I
 
R
P
 
P
-
 
L
-
 
R
-
 
D
-
 
G
-
 
E
-
 
V
-
 
K
-
 
T
A
|
A
C
|
C
V
 
Q
R
 
Q
A
 
A
C
|
C
P
 
P
T
 
A
G
 
E
A
 
A
R
 
I
H
 
T
F
 
F
G
 
G
D
 
D
P
 
L
T
 
N
D
 
D
A
 
P
E
 
N
S
 
N
P
 
A
L
 
V
G
 
V
R
 
K
L
 
Q
V
 
R
A
 
Q
A
 
N
R
 
A
G
 
R
G
 
R
F
 
Y
A
 
E
P
 
M
M
 
L
P
 
A
E
 
A
F
 
L
G
 
N
T
 
V
K
 
K
P
 
P
T
 
R
S
 
T
R
 
S
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

6cz7B The arsenate respiratory reductase (arr) complex from shewanella sp. Ana-3 (see paper)
29% identity, 85% coverage: 1:199/233 of query aligns to 1:225/234 of 6cz7B

query
sites
6cz7B
M
 
M
S
 
R
R
 
L
T
 
G
L
 
M
V
 
V
I
 
I
D
 
D
L
 
L
D
 
Q
S
 
K
C
|
C
T
x
V
G
|
G
C
|
C
H
x
G
A
 
G
C
|
C
T
 
S
I
 
L
A
 
A
C
|
C
K
 
K
G
 
T
W
 
E
Q
x
N
N
 
N
A
 
T
N
 
N
E
 
D
D
 
G
T
 
I
R
 
H
L
 
W
P
 
-
D
 
-
A
 
-
E
 
S
A
 
H
Y
 
H
G
 
I
A
 
A
A
 
T
P
 
T
F
 
E
G
 
G
A
 
T
F
 
F
L
 
P
N
 
D
R
 
V
V
 
K
H
 
Y
S
 
T
Y
|
Y
E
 
-
V
 
-
I
 
-
A
 
-
D
 
-
D
 
-
T
 
-
P
 
-
A
 
-
R
 
-
L
 
-
I
 
-
H
 
-
Y
 
I
P
|
P
R
 
T
T
 
L
C
|
C
V
x
N
H
|
H
C
|
C
E
 
D
N
 
D
P
x
A
P
|
P
C
|
C
V
 
V
P
 
K
V
 
V
C
|
C
P
|
P
T
 
T
G
 
G
A
 
A
S
 
M
H
 
H
Q
 
K
T
 
D
A
 
K
D
 
R
G
 
G
L
 
L
V
x
T
Q
 
L
I
 
Q
D
 
N
A
 
N
K
 
D
R
 
E
C
|
C
M
x
I
G
|
G
C
|
C
G
x
K
L
 
K
C
|
C
A
 
M
W
 
N
A
 
A
C
|
C
P
 
P
Y
|
Y
G
 
G
A
x
V
R
x
I
E
 
S
L
 
F
D
 
N
-
 
A
-
 
A
-
 
T
-
 
P
-
 
H
-
 
R
-
 
R
-
 
W
-
 
Q
-
 
D
-
 
D
-
 
S
-
 
E
-
 
V
-
 
V
-
 
A
-
 
N
-
 
G
-
 
T
-
 
V
-
 
S
P
 
P
V
 
L
A
 
M
G
 
L
V
 
L
M
 
K
R
 
R
-
 
T
-
 
G
-
 
A
-
 
T
-
 
A
-
 
T
-
 
P
-
 
N
-
 
E
-
 
N
-
 
P
-
 
E
-
 
R
-
 
G
-
 
D
-
 
T
-
 
Y
-
 
P
-
 
M
-
 
I
-
 
R
-
 
P
-
 
K
-
 
R
-
 
T
-
x
T
-
 
E
K
|
K
C
|
C
T
 
T
L
x
F
C
|
C
A
 
D
N
 
H
R
 
R
I
 
L
D
 
D
D
 
K
P
 
G
A
 
L
R
 
N
P
 
-
A
 
-
E
 
-
D
 
-
R
 
-
I
 
-
P
 
P
A
 
A
C
|
C
V
 
V
R
 
D
A
 
A
C
|
C
P
|
P
T
 
S
G
 
E
A
 
A
R
|
R
H
 
V
F
 
I
G
 
G
D
 
D
P
 
L
T
 
D
D
 
D
A
 
P
E
 
Q
S
 
S
P
 
K
L
 
V
G
 
S
R
 
Q
L
 
L
V
 
I
A
 
K
A
 
L
R
 
H
G
 
K
G
 
P
F
 
M
A
 
Q
P
 
L
M
 
K
P
 
P
E
 
E
F
 
A
G
 
G
T
 
T
K
 
G
P
 
P
T
 
R
S
 
V
R
 
F
Y
 
Y
L
 
I

Q7WTT9 Arsenate respiratory reductase iron-sulfur subunit ArrB; Arsenate respiratory reductase small subunit; ARR small subunit from Shewanella sp. (strain ANA-3) (see paper)
29% identity, 85% coverage: 1:199/233 of query aligns to 1:225/234 of Q7WTT9

query
sites
Q7WTT9
M
 
M
S
 
R
R
 
L
T
 
G
L
 
M
V
 
V
I
 
I
D
 
D
L
 
L
D
 
Q
S
 
K
C
|
C
T
 
V
G
 
G
C
|
C
H
 
G
A
 
G
C
|
C
T
 
S
I
 
L
A
 
A
C
|
C
K
 
K
G
 
T
W
 
E
Q
 
N
N
 
N
A
 
T
N
 
N
E
 
D
D
 
G
T
 
I
R
 
H
L
 
W
P
 
-
D
 
-
A
 
-
E
 
S
A
 
H
Y
 
H
G
 
I
A
 
A
A
 
T
P
 
T
F
 
E
G
 
G
A
 
T
F
 
F
L
 
P
N
 
D
R
 
V
V
 
K
H
 
Y
S
 
T
Y
 
Y
E
 
-
V
 
-
I
 
-
A
 
-
D
 
-
D
 
-
T
 
-
P
 
-
A
 
-
R
 
-
L
 
-
I
 
-
H
 
-
Y
 
I
P
 
P
R
 
T
T
 
L
C
|
C
V
 
N
H
 
H
C
|
C
E
 
D
N
 
D
P
 
A
P
 
P
C
|
C
V
 
V
P
 
K
V
 
V
C
|
C
P
 
P
T
 
T
G
 
G
A
 
A
S
 
M
H
 
H
Q
 
K
T
 
D
A
 
K
D
 
R
G
 
G
L
 
L
V
 
T
Q
 
L
I
 
Q
D
 
N
A
 
N
K
 
D
R
 
E
C
|
C
M
 
I
G
 
G
C
|
C
G
 
K
L
 
K
C
|
C
A
 
M
W
 
N
A
 
A
C
|
C
P
 
P
Y
 
Y
G
 
G
A
 
V
R
 
I
E
 
S
L
 
F
D
 
N
-
 
A
-
 
A
-
 
T
-
 
P
-
 
H
-
 
R
-
 
R
-
 
W
-
 
Q
-
 
D
-
 
D
-
 
S
-
 
E
-
 
V
-
 
V
-
 
A
-
 
N
-
 
G
-
 
T
-
 
V
-
 
S
P
 
P
V
 
L
A
 
M
G
 
L
V
 
L
M
 
K
R
 
R
-
 
T
-
 
G
-
 
A
-
 
T
-
 
A
-
 
T
-
 
P
-
 
N
-
 
E
-
 
N
-
 
P
-
 
E
-
 
R
-
 
G
-
 
D
-
 
T
-
 
Y
-
 
P
-
 
M
-
 
I
-
 
R
-
 
P
-
 
K
-
 
R
-
 
T
-
 
T
-
 
E
K
 
K
C
|
C
T
 
T
L
 
F
C
|
C
A
 
D
N
 
H
R
 
R
I
 
L
D
 
D
D
 
K
P
 
G
A
 
L
R
 
N
P
 
-
A
 
-
E
 
-
D
 
-
R
 
-
I
 
-
P
 
P
A
 
A
C
|
C
V
 
V
R
 
D
A
 
A
C
|
C
P
 
P
T
 
S
G
 
E
A
 
A
R
 
R
H
 
V
F
 
I
G
 
G
D
 
D
P
 
L
T
 
D
D
 
D
A
 
P
E
 
Q
S
 
S
P
 
K
L
 
V
G
 
S
R
 
Q
L
 
L
V
 
I
A
 
K
A
 
L
R
 
H
G
 
K
G
 
P
F
 
M
A
 
Q
P
 
L
M
 
K
P
 
P
E
 
E
F
 
A
G
 
G
T
 
T
K
 
G
P
 
P
T
 
R
S
 
V
R
 
F
Y
 
Y
L
 
I

2ivfB Ethylbenzene dehydrogenase from aromatoleum aromaticum (see paper)
38% identity, 58% coverage: 66:201/233 of query aligns to 129:260/337 of 2ivfB

query
sites
2ivfB
L
 
F
I
 
F
H
 
Y
Y
 
L
P
 
A
R
 
R
T
x
M
C
|
C
V
x
N
H
|
H
C
|
C
E
 
T
N
 
N
P
|
P
P
 
A
C
|
C
V
 
L
P
 
A
V
 
A
C
|
C
P
 
P
T
|
T
G
 
G
A
 
A
S
x
I
H
 
Y
Q
 
K
T
 
R
A
 
E
D
 
D
-
 
N
G
 
G
L
 
I
V
|
V
Q
 
L
I
 
V
D
 
D
A
 
Q
K
 
E
R
 
R
C
|
C
M
x
K
G
|
G
C
x
H
G
x
R
L
x
H
C
|
C
A
 
V
W
 
E
A
 
A
C
|
C
P
 
P
Y
 
Y
G
 
K
A
|
A
R
x
I
E
 
Y
L
 
F
D
 
N
P
 
P
V
 
V
A
 
S
G
 
Q
V
 
T
M
x
S
R
 
E
K
|
K
C
|
C
T
x
I
L
|
L
C
|
C
A
 
Y
N
 
P
R
 
R
I
 
I
D
 
E
D
 
K
P
 
G
A
 
I
R
 
-
P
 
-
A
 
-
E
 
-
D
 
-
R
 
-
I
 
A
P
x
N
A
 
A
C
|
C
V
 
N
R
 
R
A
 
Q
C
|
C
P
 
P
T
 
G
G
 
R
A
x
V
R
|
R
H
 
A
F
 
F
G
 
G
D
 
Y
P
 
L
T
 
D
D
 
D
A
 
T
E
 
T
S
 
S
P
 
H
L
 
V
G
 
H
R
 
K
L
 
L
V
 
V
A
 
K
A
 
K
R
 
W
G
 
K
G
 
V
F
 
A
A
 
L
P
 
P
M
 
L
-
 
H
P
 
A
E
 
E
F
 
Y
G
 
G
T
 
T
K
 
G
P
 
P
T
 
N
S
 
I
R
 
Y
Y
 
Y
L
 
V
P
 
P
P
 
P

Sites not aligning to the query:

8k9fB Cryo-em structure of the photosynthetic alternative complex iii from chloroflexus aurantiacus at 2.9 angstrom (see paper)
29% identity, 84% coverage: 5:199/233 of query aligns to 712:939/951 of 8k9fB

query
sites
8k9fB
L
 
M
V
 
T
I
 
I
D
 
N
L
 
L
D
 
N
S
 
A
C
|
C
T
 
I
G
|
G
C
|
C
H
x
N
A
 
A
C
|
C
T
 
V
I
 
V
A
 
A
C
|
C
K
 
Q
G
 
A
W
 
E
Q
x
N
N
 
N
A
 
I
N
 
A
E
 
V
D
 
V
T
 
G
R
 
K
L
 
-
P
 
-
D
 
D
A
 
Q
E
 
V
A
 
S
Y
 
R
G
 
G
A
 
R
A
 
E
P
 
M
F
 
H
G
x
W
A
x
I
F
 
R
L
 
I
N
 
D
R
 
R
V
 
Y
H
 
F
S
 
A
Y
 
G
E
 
E
V
 
D
I
 
L
A
 
-
D
 
-
D
 
D
T
 
N
P
 
P
A
 
S
R
 
-
L
 
I
I
 
Y
H
 
M
Y
 
M
P
|
P
R
 
V
T
 
N
C
|
C
V
x
M
H
x
Q
C
|
C
E
 
E
N
 
K
P
 
A
P
 
P
C
|
C
V
 
E
P
 
V
V
 
V
C
|
C
P
|
P
T
 
V
G
 
A
A
 
A
S
 
T
H
 
V
Q
 
H
T
 
D
A
 
Y
D
 
E
G
 
G
L
 
L
V
x
N
Q
 
N
I
x
M
D
 
V
A
 
Y
K
x
N
R
|
R
C
|
C
M
 
V
G
|
G
C
x
T
G
x
K
L
x
Y
C
|
C
A
 
S
W
 
N
A
 
N
C
|
C
P
 
P
Y
|
Y
G
 
K
A
x
V
R
 
R
E
 
R
L
 
F
D
 
N
-
 
F
-
 
L
-
 
Q
-
 
Y
-
 
S
-
 
D
-
 
T
-
 
T
-
 
T
-
 
E
-
 
T
-
 
F
-
 
K
-
 
L
-
 
A
-
 
F
-
 
N
-
 
P
-
 
D
-
 
V
-
 
T
-
 
V
P
 
R
V
 
I
A
 
R
G
 
G
V
 
V
M
 
M
R
 
E
K
 
K
C
|
C
T
 
T
L
x
Y
C
|
C
A
 
V
N
 
Q
R
 
R
I
 
I
D
 
S
D
 
G
P
 
-
A
 
A
R
|
R
P
 
I
A
 
A
E
 
A
D
x
K
R
 
R
I
 
A
-
 
A
-
 
V
-
 
Q
-
 
A
-
 
G
-
 
Q
-
 
S
-
 
S
-
 
Y
-
 
V
-
 
I
-
 
S
-
 
D
-
 
G
-
 
A
-
 
I
-
 
Q
P
x
T
A
 
A
C
|
C
V
 
E
R
 
Q
A
 
A
C
|
C
P
|
P
T
|
T
G
 
G
A
 
A
R
 
I
H
 
V
F
 
F
G
 
G
D
 
D
P
 
I
T
 
N
D
 
D
A
 
S
E
 
N
S
 
S
P
 
R
L
 
V
G
 
A
R
 
K
L
 
W
V
 
K
A
 
A
A
 
E
R
 
G
G
 
H
G
 
N
F
 
Y
A
 
G
P
 
L
M
 
L
P
 
G
E
 
F
F
 
L
G
 
N
T
 
T
K
 
V
P
 
P
T
 
R
S
 
T
R
 
T
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

8k9eB Cryo-em structure of the photosynthetic alternative complex iii from chloroflexus aurantiacus at 3.3 angstrom (see paper)
29% identity, 84% coverage: 5:199/233 of query aligns to 712:939/951 of 8k9eB

query
sites
8k9eB
L
 
M
V
 
T
I
 
I
D
 
N
L
 
L
D
 
N
S
 
A
C
|
C
T
x
I
G
|
G
C
|
C
H
x
N
A
 
A
C
|
C
T
 
V
I
 
V
A
 
A
C
|
C
K
 
Q
G
 
A
W
 
E
Q
x
N
N
 
N
A
 
I
N
 
A
E
 
V
D
 
V
T
 
G
R
 
K
L
 
-
P
 
-
D
 
D
A
 
Q
E
 
V
A
 
S
Y
 
R
G
 
G
A
 
R
A
 
E
P
 
M
F
 
H
G
 
W
A
 
I
F
 
R
L
x
I
N
 
D
R
 
R
V
 
Y
H
 
F
S
 
A
Y
 
G
E
 
E
V
 
D
I
 
L
A
 
-
D
 
-
D
 
D
T
 
N
P
 
P
A
 
S
R
 
-
L
 
I
I
 
Y
H
 
M
Y
 
M
P
 
P
R
 
V
T
 
N
C
|
C
V
x
M
H
 
Q
C
|
C
E
 
E
N
 
K
P
 
A
P
|
P
C
|
C
V
 
E
P
 
V
V
 
V
C
|
C
P
 
P
T
 
V
G
 
A
A
 
A
S
 
T
H
 
V
Q
 
H
T
 
D
A
 
Y
D
 
E
G
 
G
L
 
L
V
x
N
Q
 
N
I
x
M
D
 
V
A
 
Y
K
x
N
R
 
R
C
|
C
M
x
V
G
|
G
C
x
T
G
x
K
L
x
Y
C
|
C
A
 
S
W
 
N
A
 
N
C
|
C
P
 
P
Y
|
Y
G
 
K
A
x
V
R
|
R
E
 
R
L
 
F
D
 
N
-
 
F
-
 
L
-
 
Q
-
 
Y
-
 
S
-
 
D
-
 
T
-
 
T
-
 
T
-
 
E
-
 
T
-
 
F
-
 
K
-
 
L
-
 
A
-
 
F
-
 
N
-
 
P
-
 
D
-
 
V
-
 
T
-
 
V
P
 
R
V
 
I
A
 
R
G
 
G
V
 
V
M
|
M
R
 
E
K
 
K
C
|
C
T
 
T
L
x
Y
C
|
C
A
 
V
N
 
Q
R
 
R
I
 
I
D
 
S
D
 
G
P
 
-
A
 
A
R
|
R
P
 
I
A
 
A
E
 
A
D
x
K
R
 
R
I
 
A
-
 
A
-
 
V
-
 
Q
-
 
A
-
 
G
-
 
Q
-
 
S
-
 
S
-
 
Y
-
 
V
-
 
I
-
 
S
-
 
D
-
 
G
-
 
A
-
 
I
-
 
Q
P
x
T
A
 
A
C
|
C
V
 
E
R
 
Q
A
 
A
C
|
C
P
 
P
T
|
T
G
 
G
A
 
A
R
 
I
H
 
V
F
 
F
G
 
G
D
 
D
P
 
I
T
 
N
D
 
D
A
 
S
E
 
N
S
 
S
P
 
R
L
 
V
G
 
A
R
 
K
L
 
W
V
 
K
A
 
A
A
 
E
R
 
G
G
 
H
G
 
N
F
 
Y
A
 
G
P
 
L
M
 
L
P
 
G
E
 
F
F
 
L
G
 
N
T
 
T
K
 
V
P
 
P
T
 
R
S
 
T
R
 
T
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

6lodB Cryo-em structure of the air-oxidized photosynthetic alternative complex iii from roseiflexus castenholzii (see paper)
28% identity, 84% coverage: 5:199/233 of query aligns to 685:917/929 of 6lodB

query
sites
6lodB
L
 
M
V
 
S
I
 
I
D
 
D
L
 
L
D
 
N
S
 
V
C
|
C
T
x
N
G
x
S
C
|
C
H
x
N
A
|
A
C
|
C
T
 
V
I
 
V
A
 
A
C
|
C
K
 
-
G
 
-
W
 
-
Q
 
Q
N
 
S
A
 
E
N
|
N
E
 
N
D
 
I
T
 
P
R
 
V
L
 
V
P
 
G
D
 
K
A
 
D
E
 
E
A
 
V
Y
 
W
G
 
L
A
 
G
A
 
R
P
 
E
F
 
M
G
 
H
A
x
W
F
 
I
L
 
-
N
 
-
R
 
R
V
x
I
H
 
D
S
 
Q
Y
 
Y
E
 
Y
V
 
V
I
 
G
A
 
D
D
 
E
D
 
H
T
 
T
P
 
P
A
 
-
R
 
N
L
 
V
I
 
Y
H
 
N
Y
 
M
P
 
V
R
 
M
T
x
L
C
|
C
V
x
Q
H
x
Q
C
|
C
E
 
E
N
 
H
P
 
A
P
|
P
C
|
C
V
 
E
P
 
I
V
|
V
C
|
C
P
|
P
T
 
V
G
 
A
A
 
A
S
 
T
H
 
V
Q
 
H
T
 
D
A
 
A
D
 
E
G
 
G
L
 
L
V
x
N
Q
 
N
I
 
M
D
 
V
A
 
Y
K
x
N
R
|
R
C
|
C
M
x
V
G
|
G
C
x
T
G
 
K
L
 
Y
C
|
C
A
 
S
W
 
N
A
 
N
C
|
C
P
 
P
Y
|
Y
G
 
K
A
x
V
R
|
R
E
 
R
L
 
F
D
 
N
-
 
F
-
 
L
-
 
Q
-
 
Y
-
 
Q
-
 
D
-
 
V
-
 
P
-
 
Y
-
 
R
-
 
S
-
 
P
-
 
I
-
 
D
-
 
A
-
 
S
-
 
T
-
 
E
-
 
N
-
 
D
-
 
S
-
 
I
P
 
P
V
 
V
A
 
L
-
 
K
-
 
M
-
 
M
-
 
R
-
 
N
-
 
P
-
 
D
-
 
V
-
 
T
-
 
V
-
 
R
-
 
A
-
 
R
G
 
G
V
 
V
M
|
M
R
 
E
K
|
K
C
|
C
T
 
T
L
x
F
C
|
C
A
 
V
N
 
Q
R
 
R
I
 
I
D
 
N
D
 
E
-
 
A
-
x
R
-
x
I
P
 
Q
A
 
A
R
|
R
P
 
T
A
 
E
E
 
N
D
 
R
R
 
R
I
 
I
-
 
A
-
 
D
-
 
G
-
 
E
-
 
I
-
 
M
P
x
T
A
 
A
C
|
C
V
 
Q
R
 
Q
A
 
V
C
|
C
P
 
P
T
 
T
G
 
Q
A
 
A
R
x
I
H
 
V
F
 
F
G
 
G
D
 
D
P
 
L
T
 
N
D
 
D
A
 
P
E
 
Q
S
 
A
P
 
R
L
 
V
G
 
V
R
 
D
L
 
L
V
 
K
A
 
E
A
 
Q
R
 
P
G
 
L
G
 
K
F
 
Y
A
 
T
P
 
S
M
 
L
P
 
D
E
 
K
F
 
L
G
 
N
T
 
T
K
 
K
P
 
P
T
 
R
S
 
V
R
 
S
Y
 
Y
L
 
L

5ch7B Crystal structure of the perchlorate reductase pcrab - phe164 gate switch intermediate - from azospira suillum ps (see paper)
34% identity, 58% coverage: 66:201/233 of query aligns to 126:257/329 of 5ch7B

query
sites
5ch7B
L
 
F
I
 
F
H
 
Y
Y
 
L
P
|
P
R
 
R
T
 
M
C
|
C
V
x
N
H
 
H
C
|
C
E
 
T
N
 
K
P
|
P
P
 
A
C
|
C
V
 
L
P
 
E
V
 
A
C
|
C
P
 
P
T
 
N
G
 
E
A
 
A
S
x
I
H
 
Y
Q
 
K
-
 
R
T
 
E
A
 
Q
D
 
D
G
 
G
L
 
I
V
 
V
Q
 
V
I
 
I
D
 
H
A
 
Q
K
 
D
R
 
K
C
|
C
M
x
K
G
|
G
C
x
A
G
x
Q
L
x
A
C
|
C
A
 
V
W
 
Q
A
 
S
C
|
C
P
 
P
Y
 
Y
G
 
A
A
 
K
R
 
P
E
 
Y
L
 
F
D
 
N
P
 
P
V
 
L
A
 
T
G
 
N
V
 
K
M
x
A
R
 
N
K
 
K
C
|
C
T
 
I
L
x
G
C
|
C
A
 
F
N
 
P
R
 
R
I
 
I
D
 
E
D
 
-
P
 
-
A
 
-
R
 
-
P
 
-
A
 
-
E
 
Q
D
 
G
R
 
V
I
 
A
P
 
P
A
 
A
C
|
C
V
 
V
R
 
A
A
 
Q
C
|
C
P
x
V
T
x
G
G
 
R
A
 
A
R
 
M
H
 
H
F
 
V
G
 
G
D
 
F
P
 
V
T
 
D
D
 
D
A
 
V
E
 
N
S
 
S
P
 
S
L
 
V
G
 
Y
R
 
K
L
 
L
V
 
I
A
 
K
A
 
Q
R
 
Y
G
 
K
G
 
V
F
 
A
A
 
L
P
 
P
M
 
L
-
 
H
P
 
P
E
 
E
F
 
F
G
 
G
T
 
T
K
 
E
P
 
P
T
 
N
S
 
V
R
 
F
Y
 
Y
L
 
V
P
 
P
P
 
P

Sites not aligning to the query:

4v4cB Pyrogallol hydroxytransferase small subunit (see paper)
30% identity, 89% coverage: 5:212/233 of query aligns to 6:204/274 of 4v4cB

query
sites
4v4cB
L
 
M
V
 
V
I
 
I
D
 
D
L
 
V
D
 
A
S
 
K
C
|
C
T
x
Q
G
x
D
C
|
C
H
x
N
A
x
N
C
|
C
T
 
F
I
 
M
A
 
G
C
|
C
K
 
M
G
 
D
W
 
E
Q
 
H
N
 
E
A
 
L
N
 
N
E
 
E
D
 
-
T
 
-
R
 
-
L
 
-
P
 
-
D
 
-
A
 
-
E
 
-
A
 
-
Y
 
-
G
 
-
A
 
W
A
 
P
P
 
G
F
 
Y
G
 
T
A
 
A
F
 
S
L
 
M
N
 
Q
R
 
R
V
 
G
H
 
H
S
 
R
Y
 
W
E
 
M
V
 
N
I
 
I
A
 
E
D
 
R
-
 
R
-
 
E
-
 
R
-
 
G
D
 
T
T
 
Y
P
 
P
A
 
R
R
 
N
L
 
D
I
|
I
H
x
N
Y
 
Y
-
 
R
P
 
P
R
 
T
T
 
P
C
|
C
V
x
M
H
|
H
C
|
C
E
 
E
N
 
N
P
 
A
P
 
P
C
|
C
V
 
V
P
 
A
V
 
K
C
 
-
P
 
G
T
 
N
G
 
G
A
 
A
S
 
V
H
 
Y
Q
 
Q
T
 
R
A
 
E
D
 
D
G
 
G
L
 
I
V
|
V
Q
 
L
I
 
I
D
 
D
A
 
P
K
 
E
R
 
K
C
 
A
M
 
K
G
 
G
C
 
K
G
 
K
L
 
E
C
 
L
A
 
L
W
 
D
A
 
T
C
|
C
P
 
P
Y
 
Y
G
 
G
A
x
V
R
 
M
E
 
Y
L
 
W
D
 
N
P
 
E
V
 
E
A
 
E
G
 
N
V
 
V
M
 
A
R
 
Q
K
 
K
C
|
C
T
 
T
L
x
M
C
|
C
A
 
A
N
 
H
R
 
L
I
 
L
D
 
D
D
 
D
P
 
E
A
 
S
R
 
W
P
 
A
A
 
P
E
 
-
D
 
-
R
 
K
I
 
M
P
|
P
A
 
R
C
|
C
V
 
A
R
 
H
A
 
N
C
|
C
P
 
G
T
x
S
G
 
F
A
x
V
R
x
Y
H
 
E
F
 
F
G
 
L
D
 
K
P
 
T
T
 
T
D
 
-
A
 
-
E
 
P
S
 
E
P
 
A
L
 
M
G
 
A
R
 
K
L
 
K
V
 
V
A
 
E
A
 
E
R
 
E
G
 
G
G
 
L
F
 
E
A
 
V
P
 
I
M
 
K
P
 
P
E
 
E
F
 
L
G
 
G
T
 
T
K
 
K
P
 
P
T
 
R
S
 
V
R
 
Y
Y
 
Y
-
 
K
-
 
N
L
 
L
P
 
Y
P
 
R
R
 
F
P
 
E
K
 
K
D
 
N
R
 
Y
L
 
V
G
 
T
A
 
A
G
 
G
A
 
I
V
 
L

6btmB Structure of alternative complex iii from flavobacterium johnsoniae (wild type) (see paper)
27% identity, 83% coverage: 5:198/233 of query aligns to 686:942/948 of 6btmB

query
sites
6btmB
L
 
L
V
 
S
I
 
I
D
 
D
L
 
L
D
 
N
S
 
A
C
 
C
T
 
T
G
 
G
C
 
C
H
 
G
A
 
A
C
 
C
T
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
C
K
 
H
G
 
A
W
 
E
Q
 
N
N
 
N
-
 
V
-
 
P
-
 
V
-
 
V
-
 
G
-
 
K
-
 
A
-
 
E
-
 
V
-
 
R
-
 
R
-
 
S
-
 
R
-
 
D
-
 
M
-
 
H
-
 
W
-
 
L
-
 
R
-
 
I
-
 
D
-
 
R
-
 
Y
-
 
Y
A
 
S
N
 
S
E
 
E
D
 
S
T
 
T
R
 
F
L
 
E
P
 
G
D
 
D
A
 
N
E
 
E
-
 
R
A
 
K
Y
 
E
G
 
G
A
 
I
A
 
A
P
 
G
F
 
L
G
 
S
A
 
S
F
 
S
L
 
L
N
 
S
R
 
T
V
 
F
H
 
N
S
 
E
Y
 
M
E
 
E
V
 
K
I
 
P
A
 
G
D
 
D
D
 
N
T
 
-
P
 
-
A
 
P
R
 
Q
L
 
V
I
 
A
H
 
F
Y
 
Q
P
 
P
R
 
V
T
 
M
C
|
C
V
x
Q
H
 
H
C
|
C
E
 
N
N
 
H
P
 
A
P
 
P
C
|
C
V
 
E
P
 
T
V
 
V
C
|
C
P
 
P
T
 
V
G
 
A
A
 
A
S
 
T
H
 
S
Q
 
H
T
 
G
A
 
R
D
 
Q
G
 
G
L
 
Q
V
x
N
Q
 
H
I
 
M
D
 
A
A
 
Y
K
 
N
R
 
R
C
|
C
M
x
V
G
 
G
C
x
T
G
 
R
L
 
Y
C
|
C
A
 
A
W
 
N
A
 
N
C
|
C
P
 
P
Y
 
Y
G
 
K
A
 
V
R
|
R
E
 
R
-
 
F
-
 
N
-
 
W
-
 
F
-
 
L
-
 
Y
-
 
N
-
 
K
-
 
N
-
 
S
-
 
E
-
 
F
-
 
D
-
 
Y
-
 
H
-
 
M
-
 
N
-
 
D
-
 
D
-
 
L
-
 
G
-
 
R
-
 
M
-
 
V
L
 
L
D
 
N
P
 
P
-
 
D
-
 
V
-
 
N
-
 
V
-
 
R
V
 
S
A
 
R
G
 
G
V
 
V
M
|
M
R
 
E
K
 
K
C
 
C
T
 
S
L
 
F
C
 
C
A
 
I
N
 
Q
R
 
S
I
 
T
D
 
Q
D
 
A
P
 
V
A
 
I
R
 
L
P
 
E
A
 
A
E
 
K
-
 
R
-
 
Q
-
 
G
-
 
R
-
 
V
-
 
V
-
 
G
-
 
K
-
 
D
-
 
E
-
 
F
D
 
N
R
 
N
I
 
A
P
 
C
A
 
A
C
 
C
V
 
S
R
 
A
A
 
A
C
 
C
P
 
S
T
 
S
G
 
G
A
 
A
R
 
M
H
 
V
F
 
F
G
 
G
D
 
D
P
 
V
T
 
N
D
 
D
A
 
K
E
 
E
S
 
S
P
 
E
L
 
V
G
 
A
R
 
K
L
 
L
V
 
A
A
 
E
A
 
S
R
 
E
G
 
R
G
 
M
F
 
Y
A
 
H
P
 
L
M
 
L
P
 
E
E
 
H
F
 
V
G
 
G
T
 
T
K
 
K
P
 
P
T
 
N
S
 
V
R
 
F
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

8cm6D W-formate dehydrogenase c872a from desulfovibrio vulgaris - with formamide (see paper)
28% identity, 72% coverage: 3:169/233 of query aligns to 2:168/214 of 8cm6D

query
sites
8cm6D
R
 
K
T
 
M
L
x
F
V
 
F
I
 
V
D
 
D
L
 
L
D
 
S
S
 
R
C
|
C
T
|
T
G
x
A
C
|
C
H
x
R
A
 
G
C
|
C
T
 
Q
I
 
I
A
 
A
C
|
C
K
 
K
G
 
Q
W
 
W
Q
x
K
N
 
N
A
 
L
-
 
P
N
 
A
E
 
E
D
 
E
T
 
T
R
 
R
L
 
N
P
 
T
D
 
G
A
 
S
E
 
H
A
 
Q
Y
 
N
G
 
P
A
 
P
A
 
D
P
 
L
F
 
S
G
 
Y
A
 
V
F
 
T
L
 
L
N
x
K
R
 
T
V
 
V
H
 
R
S
 
F
Y
 
T
E
 
E
V
 
K
I
 
S
A
x
R
D
 
K
D
 
G
T
x
P
P
 
G
A
 
I
R
 
D
L
 
W
I
 
L
H
 
F
Y
 
F
P
 
P
R
 
E
T
 
Q
C
|
C
V
x
R
H
 
H
C
|
C
E
 
V
N
 
E
P
|
P
P
|
P
C
|
C
-
 
K
-
 
G
-
 
Q
-
 
A
-
 
D
V
 
V
P
 
D
V
 
L
C
 
E
P
 
G
T
 
A
G
 
V
A
 
V
S
 
K
H
 
D
Q
 
E
T
 
T
A
 
T
D
 
G
G
 
A
L
x
V
V
 
L
Q
 
F
I
 
T
D
 
E
A
 
L
K
 
T
R
 
A
C
 
K
M
 
V
G
 
D
C
 
G
G
 
E
L
 
S
C
 
V
A
 
R
W
 
S
A
 
A
C
|
C
P
 
P
Y
 
Y
G
 
D
A
x
I
R
x
P
E
 
R
L
 
I
D
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
T
G
 
K
V
 
R
M
 
L
R
 
S
K
|
K
C
|
C
T
x
D
L
x
M
C
|
C
A
 
N
N
 
D
R
 
R
I
 
V
D
 
Q
D
 
N
P
 
G
A
 
L
R
 
-
P
 
-
A
 
-
E
 
-
D
 
-
R
 
-
I
 
L
P
 
P
A
 
A
C
|
C
V
 
V
R
 
K
A
 
T
C
|
C
P
|
P
T
|
T
G
 
G
A
x
T
R
x
M
H
 
N
F
 
F
G
 
G
D
 
D
P
 
E
T
 
Q
D
 
E

8bqgB W-formate dehydrogenase from desulfovibrio vulgaris - soaking with formate 1 min (see paper)
28% identity, 72% coverage: 3:169/233 of query aligns to 2:168/214 of 8bqgB

query
sites
8bqgB
R
 
K
T
 
M
L
x
F
V
 
F
I
 
V
D
 
D
L
 
L
D
 
S
S
 
R
C
|
C
T
|
T
G
x
A
C
|
C
H
x
R
A
 
G
C
|
C
T
 
Q
I
 
I
A
 
A
C
|
C
K
 
K
G
 
Q
W
 
W
Q
x
K
N
 
N
A
 
L
-
 
P
N
 
A
E
 
E
D
 
E
T
 
T
R
 
R
L
 
N
P
 
T
D
 
G
A
 
S
E
 
H
A
 
Q
Y
 
N
G
 
P
A
 
P
A
 
D
P
 
L
F
 
S
G
 
Y
A
 
V
F
 
T
L
 
L
N
x
K
R
 
T
V
 
V
H
 
R
S
 
F
Y
 
T
E
 
E
V
 
K
I
 
S
A
 
R
D
 
K
D
 
G
T
 
P
P
 
G
A
 
I
R
 
D
L
 
W
I
 
L
H
 
F
Y
 
F
P
 
P
R
 
E
T
 
Q
C
|
C
V
x
R
H
 
H
C
|
C
E
 
V
N
 
E
P
 
P
P
|
P
C
|
C
-
 
K
-
 
G
-
 
Q
-
 
A
-
 
D
V
 
V
P
 
D
V
 
L
C
 
E
P
 
G
T
 
A
G
 
V
A
 
V
S
 
K
H
 
D
Q
 
E
T
 
T
A
 
T
D
 
G
G
 
A
L
x
V
V
 
L
Q
 
F
I
 
T
D
 
E
A
 
L
K
 
T
R
 
A
C
 
K
M
 
V
G
 
D
C
 
G
G
 
E
L
 
S
C
 
V
A
 
R
W
 
S
A
 
A
C
|
C
P
 
P
Y
 
Y
G
 
D
A
x
I
R
x
P
E
 
R
L
 
I
D
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
T
G
 
K
V
 
R
M
 
L
R
 
S
K
|
K
C
|
C
T
 
D
L
x
M
C
|
C
A
 
N
N
 
D
R
 
R
I
 
V
D
 
Q
D
 
N
P
 
G
A
 
L
R
 
-
P
 
-
A
 
-
E
 
-
D
 
-
R
 
-
I
 
L
P
 
P
A
 
A
C
|
C
V
 
V
R
 
K
A
 
T
C
|
C
P
|
P
T
|
T
G
 
G
A
x
T
R
x
M
H
 
N
F
 
F
G
 
G
D
 
D
P
 
E
T
 
Q
D
 
E

7b04A of Nitrite oxidoreductase (Nxr) from the anammox bacterium Kuenenia stuttgartiensis.
34% identity, 59% coverage: 66:202/233 of query aligns to 167:308/409 of 7b04A

query
sites
7b04A
L
 
F
I
 
F
H
 
Y
Y
 
L
P
x
Q
R
 
R
T
x
I
C
|
C
V
x
N
H
|
H
C
|
C
E
 
T
N
 
Y
P
|
P
P
 
G
C
|
C
V
 
L
P
 
A
V
 
A
C
|
C
P
 
P
T
x
R
G
 
K
A
 
A
S
x
I
H
 
Y
Q
 
K
-
 
R
T
 
K
A
 
E
D
 
D
G
 
G
L
 
I
V
 
V
Q
 
L
I
 
I
D
 
D
A
 
Q
K
 
K
R
 
R
C
|
C
M
x
R
G
|
G
C
x
Y
G
x
R
L
x
K
C
|
C
A
 
V
W
 
E
A
 
Q
C
|
C
P
 
P
Y
 
Y
G
 
K
A
 
K
R
x
P
E
 
M
L
 
Y
D
 
R
P
 
G
V
 
L
A
 
T
G
 
R
V
 
V
M
x
S
R
 
E
K
|
K
C
|
C
T
 
I
L
x
A
C
|
C
A
 
Y
N
 
P
R
 
R
I
 
I
D
 
E
-
 
G
-
 
R
-
 
D
-
 
S
-
 
L
D
 
T
P
 
D
A
 
G
R
 
R
P
 
P
A
 
M
E
 
E
D
x
T
R
|
R
I
 
-
P
 
-
A
 
-
C
|
C
V
 
M
R
 
S
A
 
A
C
|
C
P
x
V
T
 
G
G
 
Q
A
x
I
R
|
R
H
 
L
F
 
Q
G
 
G
D
 
F
P
 
L
T
 
D
D
 
D
A
 
N
-
 
P
E
 
K
S
 
N
P
 
P
L
 
I
G
 
T
R
 
W
L
 
L
V
 
I
A
 
R
A
 
H
R
 
Q
G
 
K
G
 
I
F
 
A
A
 
L
P
 
P
M
 
L
-
 
Y
P
 
P
E
 
Q
F
 
F
G
 
G
T
 
T
K
 
E
P
 
P
T
 
N
S
 
I
R
 
Y
Y
 
Y
L
 
I
P
 
P
P
 
P
R
 
R

Sites not aligning to the query:

Q8GC87 Formate dehydrogenase subunit beta; FDH subunit beta; Formate dehydrogenase small subunit from Megalodesulfovibrio gigas (strain ATCC 19364 / DSM 1382 / NCIMB 9332 / VKM B-1759) (Desulfovibrio gigas) (see paper)
28% identity, 79% coverage: 1:185/233 of query aligns to 1:186/215 of Q8GC87

query
sites
Q8GC87
M
 
M
S
 
S
R
 
K
T
 
G
L
 
F
V
 
F
I
 
V
D
 
D
L
 
T
D
 
T
S
 
R
C
|
C
T
 
T
G
 
A
C
|
C
H
 
R
A
 
G
C
|
C
T
 
Q
I
 
V
A
 
A
C
|
C
K
 
K
G
 
Q
W
 
W
Q
 
-
N
 
H
A
 
G
N
 
N
E
 
P
D
 
A
T
 
T
R
 
P
L
 
T
P
 
E
D
 
N
A
 
T
E
 
G
A
 
F
Y
 
H
G
 
Q
A
 
N
A
 
P
P
 
P
F
 
D
G
 
F
A
 
N
F
 
F
-
 
H
-
 
T
-
 
Y
-
 
K
L
 
L
N
 
V
R
 
R
V
 
M
H
 
H
S
 
E
Y
 
Q
E
 
E
V
 
I
I
 
-
A
 
-
D
 
-
D
 
D
T
 
G
P
 
R
A
 
I
R
 
D
L
 
W
I
 
L
H
 
F
Y
 
F
P
 
P
R
 
D
T
 
Q
C
|
C
V
 
R
H
 
H
C
|
C
E
 
I
N
 
A
P
 
P
P
 
P
C
|
C
V
 
-
P
 
-
V
 
-
C
 
-
P
 
K
T
 
A
G
 
T
A
 
A
S
 
D
H
 
M
Q
 
E
T
 
D
A
 
E
D
 
S
G
 
A
L
 
I
V
 
I
Q
 
H
I
 
D
D
 
D
A
 
A
K
 
T
R
 
G
C
 
C
M
 
V
-
 
L
-
 
F
-
 
T
-
 
P
-
 
K
-
 
T
-
 
K
-
 
D
-
 
L
-
 
E
G
 
D
C
 
Y
G
 
E
L
 
S
C
 
V
A
 
I
W
 
S
A
 
A
C
|
C
P
 
P
Y
 
Y
G
 
D
A
 
V
R
 
P
E
 
R
L
 
K
D
 
V
P
 
A
V
 
E
A
 
S
G
 
N
V
 
Q
M
 
M
R
 
A
K
 
K
C
|
C
T
 
D
L
 
M
C
|
C
A
 
I
N
 
D
R
 
R
I
 
I
D
 
T
D
 
N
P
 
G
A
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
A
E
 
-
D
 
-
R
 
-
I
 
-
P
 
-
A
 
-
C
|
C
V
 
V
R
 
T
A
 
S
C
|
C
P
 
P
T
 
T
G
 
G
A
 
A
R
 
M
H
 
N
F
 
F
G
 
G
D
 
D
P
 
L
T
 
S
D
 
E
A
 
M
E
 
E
S
 
A
-
 
M
P
 
A
L
 
S
G
 
A
R
 
R
L
 
L
V
 
A
A
 
E
A
 
I
R
 
K
G
 
A
G
 
A
F
 
Y
A
 
S

1h0hB Tungsten containing formate dehydrogenase from desulfovibrio gigas (see paper)
28% identity, 79% coverage: 2:185/233 of query aligns to 1:185/214 of 1h0hB

query
sites
1h0hB
S
 
S
R
 
K
T
 
G
L
x
F
V
 
F
I
 
V
D
 
D
L
 
T
D
 
T
S
 
R
C
|
C
T
|
T
G
x
A
C
|
C
H
x
R
A
 
G
C
|
C
T
 
Q
I
 
V
A
 
A
C
|
C
K
 
K
G
 
Q
W
 
W
Q
 
-
N
x
H
A
 
G
N
 
N
E
 
P
D
 
A
T
 
T
R
 
P
L
 
T
P
 
E
D
 
N
A
 
T
E
 
G
A
 
F
Y
 
H
G
 
Q
A
 
N
A
 
P
P
 
P
F
 
D
G
 
F
A
 
N
F
 
F
-
 
H
-
 
T
-
 
Y
-
x
K
L
 
L
N
 
V
R
 
R
V
 
M
H
 
H
S
 
E
Y
 
Q
E
 
E
V
 
I
I
 
-
A
 
-
D
 
-
D
 
D
T
 
G
P
 
R
A
 
I
R
 
D
L
 
W
I
 
L
H
 
F
Y
 
F
P
 
P
R
 
D
T
x
Q
C
|
C
V
x
R
H
 
H
C
|
C
E
 
I
N
 
A
P
 
P
P
|
P
C
|
C
V
 
-
P
 
-
V
 
-
C
 
-
P
 
K
T
 
A
G
 
T
A
 
A
S
 
D
H
 
M
Q
 
E
T
 
D
A
 
E
D
 
S
G
 
A
L
 
I
V
 
I
Q
 
H
I
 
D
D
 
D
A
 
A
K
 
T
R
 
G
C
 
C
M
x
V
-
 
L
-
 
F
-
 
T
-
 
P
-
 
K
-
 
T
-
 
K
-
 
D
-
 
L
-
 
E
G
 
D
C
 
Y
G
 
E
L
 
S
C
 
V
A
 
I
W
 
S
A
 
A
C
|
C
P
 
P
Y
 
Y
G
 
D
A
 
V
R
x
P
E
 
R
L
 
K
D
 
V
P
 
A
V
 
E
A
 
S
G
 
N
V
 
Q
M
 
M
R
 
A
K
|
K
C
|
C
T
x
D
L
x
M
C
|
C
A
 
I
N
 
D
R
 
R
I
 
I
D
 
T
D
 
N
P
 
G
A
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
A
E
 
-
D
 
-
R
 
-
I
 
-
P
 
-
A
 
-
C
|
C
V
 
V
R
 
T
A
 
S
C
|
C
P
|
P
T
 
T
G
 
G
A
|
A
R
 
M
H
 
N
F
 
F
G
 
G
D
 
D
P
 
L
T
 
S
D
 
E
A
 
M
E
 
E
S
 
A
-
 
M
P
 
A
L
 
S
G
 
A
R
 
R
L
 
L
V
 
A
A
 
E
A
 
I
R
 
K
G
 
A
G
 
A
F
 
Y
A
 
S

Query Sequence

>WP_110803739.1 NCBI__GCF_003217355.1:WP_110803739.1
MSRTLVIDLDSCTGCHACTIACKGWQNANEDTRLPDAEAYGAAPFGAFLNRVHSYEVIAD
DTPARLIHYPRTCVHCENPPCVPVCPTGASHQTADGLVQIDAKRCMGCGLCAWACPYGAR
ELDPVAGVMRKCTLCANRIDDPARPAEDRIPACVRACPTGARHFGDPTDAESPLGRLVAA
RGGFAPMPEFGTKPTSRYLPPRPKDRLGAGAVPTPLVPGGGLQVWLDKLLGRG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory