SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_110803758.1 NCBI__GCF_003217355.1:WP_110803758.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

8wm7D Cryo-em structure of cyanobacterial nitrate/nitrite transporter nrtbcd in complex with signalling protein pii (see paper)
42% identity, 81% coverage: 43:261/270 of query aligns to 22:247/257 of 8wm7D

query
sites
8wm7D
A
 
T
V
|
V
L
 
L
R
 
D
G
 
G
L
 
I
N
 
D
L
 
L
S
 
K
V
 
V
A
 
R
G
 
E
G
 
G
E
 
E
S
 
F
L
 
V
A
 
C
I
 
L
V
 
I
G
 
G
P
 
H
S
|
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
N
V
 
M
L
 
I
A
 
S
G
 
G
L
 
F
E
 
N
T
 
T
P
 
P
D
 
S
R
 
E
G
 
G
S
 
V
V
 
V
L
 
L
I
 
L
D
 
Q
G
 
D
R
 
K
P
 
P
V
 
I
V
 
T
G
 
E
V
 
P
G
 
G
T
 
P
E
 
D
R
 
R
A
 
M
I
 
M
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
E
 
N
P
 
Y
R
 
C
L
 
L
L
 
L
P
 
P
W
 
W
A
 
L
N
 
N
V
 
V
L
 
F
A
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
Y
F
 
L
G
 
A
L
 
V
E
 
D
-
 
A
-
 
V
V
 
F
R
 
P
G
 
N
T
 
K
P
 
P
R
 
Q
A
 
A
R
 
E
A
 
K
R
 
R
E
 
A
R
 
I
A
 
V
R
 
R
H
 
E
Y
 
H
L
 
L
R
 
A
L
 
M
V
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
T
A
 
E
F
 
A
E
 
A
T
 
E
A
 
K
L
 
K
P
 
P
R
 
S
Q
 
Q
L
 
I
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
M
A
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
T
 
S
V
 
I
Q
 
R
P
 
P
E
 
Q
I
 
V
L
 
L
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
F
A
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
A
M
 
I
T
 
T
K
 
K
L
 
E
T
 
E
V
 
L
Q
 
Q
E
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
L
R
 
Q
I
 
I
W
 
W
A
 
S
E
 
D
E
 
H
K
 
Q
V
 
V
T
 
T
M
 
V
I
 
L
L
 
M
V
 
I
T
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
I
E
 
D
E
 
E
A
 
A
I
 
L
Y
 
F
L
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
R
V
 
V
L
 
V
V
 
M
L
 
M
S
 
T
R
 
N
-
 
G
E
 
P
T
 
A
E
 
A
L
 
Q
P
 
I
P
 
G
R
 
E
L
 
I
L
 
L
D
 
D
V
 
I
P
 
P
L
 
F
P
 
D
R
 
R
P
 
P
R
 
R
D
 
N
R
 
R
-
 
R
-
 
R
-
 
I
-
 
M
N
 
E
A
 
D
P
 
P
E
 
K
F
 
Y
V
 
Y
A
 
D
L
 
L
R
 
R
R
 
N

Sites not aligning to the query:

8w9mD Cryo-em structure of the cyanobacterial nitrate transporter nrtbcd in complex with atp (see paper)
42% identity, 81% coverage: 44:261/270 of query aligns to 21:245/256 of 8w9mD

query
sites
8w9mD
V
 
V
L
 
L
R
 
D
G
 
G
L
 
I
N
 
D
L
 
L
S
 
K
V
 
V
A
 
R
G
 
E
G
 
G
E
 
E
S
 
F
L
 
V
A
 
C
I
 
L
V
 
I
G
 
G
P
x
H
S
|
S
G
|
G
C
 
C
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
N
V
 
M
L
 
I
A
 
S
G
 
G
L
 
F
E
 
N
T
 
T
P
 
P
D
 
S
R
 
E
G
 
G
S
 
V
V
 
V
L
 
L
I
 
L
D
 
Q
G
 
D
R
 
K
P
 
P
V
 
I
V
 
T
G
 
E
V
 
P
G
 
G
T
 
P
E
 
D
R
 
R
A
 
M
I
 
M
I
 
V
Y
 
F
Q
|
Q
E
 
N
P
 
Y
R
 
C
L
 
L
L
 
L
P
 
P
W
 
W
A
 
L
N
 
N
V
 
V
L
 
F
A
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
Y
F
 
L
G
 
A
L
 
V
E
 
D
-
 
A
-
 
V
V
 
F
R
 
P
G
 
N
T
 
K
P
 
P
R
 
Q
A
 
A
R
 
E
A
 
K
R
 
R
E
 
A
R
 
I
A
 
V
R
 
R
H
 
E
Y
 
H
L
 
L
R
 
A
L
 
M
V
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
T
A
 
E
F
 
A
E
 
A
T
 
E
A
 
K
L
 
K
P
 
P
R
 
S
Q
|
Q
L
 
I
S
|
S
G
 
G
G
|
G
M
|
M
A
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
T
 
S
V
 
I
Q
 
R
P
 
P
E
 
Q
I
 
V
L
 
L
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
L
 
F
A
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
A
M
 
I
T
 
T
K
 
K
L
 
E
T
 
E
V
 
L
Q
 
Q
E
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
L
R
 
Q
I
 
I
W
 
W
A
 
S
E
 
D
E
 
H
K
 
Q
V
 
V
T
 
T
M
 
V
I
 
L
L
 
M
V
 
I
T
 
T
H
|
H
D
 
D
L
 
I
E
 
D
E
 
E
A
 
A
I
 
L
Y
 
F
L
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
R
V
 
V
L
 
V
V
 
M
L
 
M
S
 
T
R
 
N
-
 
G
E
 
P
T
 
A
E
 
A
L
 
Q
P
 
I
P
 
G
R
 
E
L
 
I
L
 
L
D
 
D
V
 
I
P
 
P
L
 
F
P
 
D
R
 
R
P
 
P
R
 
R
D
 
N
R
 
R
-
 
R
-
 
R
-
 
I
-
 
M
N
 
E
A
 
D
P
 
P
E
 
K
F
 
Y
V
 
Y
A
 
D
L
 
L
R
 
R
R
 
N

Sites not aligning to the query:

8wm7C Cryo-em structure of cyanobacterial nitrate/nitrite transporter nrtbcd in complex with signalling protein pii (see paper)
38% identity, 89% coverage: 26:264/270 of query aligns to 3:249/658 of 8wm7C

query
sites
8wm7C
V
 
V
S
 
E
V
 
I
R
 
D
D
 
H
L
 
V
Y
 
D
K
 
R
S
 
I
F
|
F
T
 
D
L
 
L
-
 
P
N
 
N
R
 
G
A
 
G
A
 
R
L
x
Y
A
 
I
V
 
A
L
 
L
R
 
K
G
 
N
L
 
I
N
 
E
L
 
L
S
 
K
V
 
I
A
 
K
G
 
Q
G
 
G
E
 
E
S
 
F
L
 
V
A
 
S
I
 
L
V
 
I
G
 
G
P
 
H
S
 
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
 
K
T
x
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
R
 
N
V
 
I
L
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
D
T
 
R
P
 
A
D
 
S
R
 
I
G
 
G
S
 
G
V
 
V
L
 
T
I
 
L
D
 
E
G
 
G
R
 
R
P
 
E
V
 
I
V
 
R
G
 
E
V
 
P
G
 
S
T
 
P
E
 
D
R
 
R
A
 
M
I
 
V
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
E
 
N
P
 
Y
R
 
S
L
 
L
L
 
L
P
 
P
W
 
W
A
 
L
N
 
T
V
 
V
L
 
R
A
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
A
F
 
L
G
 
A
L
 
V
E
 
D
-
 
E
-
 
V
V
 
Y
R
 
Q
G
 
G
T
 
K
P
 
S
R
 
K
A
 
G
R
 
E
A
 
R
R
 
R
E
 
A
R
 
I
A
 
I
R
 
E
H
 
E
Y
 
H
L
 
I
R
 
D
L
 
M
V
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
R
A
 
L
F
 
A
E
 
A
T
 
N
A
 
K
L
 
R
P
 
P
R
 
S
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
M
A
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
T
 
A
V
 
T
Q
 
R
P
 
P
E
 
K
I
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
F
A
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
A
M
 
L
T
 
T
K
 
R
L
 
G
T
 
S
V
 
L
Q
 
Q
E
 
E
E
 
Q
L
 
L
A
 
M
R
 
K
I
 
I
W
 
C
A
 
N
E
 
E
E
 
H
K
 
Q
V
 
I
T
 
T
M
 
C
I
 
V
L
 
M
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
V
E
 
D
E
 
E
A
 
A
I
 
L
Y
 
L
L
 
L
A
 
S
D
 
D
R
 
R
V
 
V
L
 
V
V
 
M
L
 
L
S
 
T
R
 
N
E
 
G
T
 
P
E
 
E
L
 
A
P
 
H
-
 
I
P
 
G
R
 
Q
L
 
I
L
 
L
D
 
E
V
 
V
P
 
P
L
 
I
P
 
S
R
 
R
P
 
P
R
 
R
D
 
Q
R
 
R
-
 
L
-
 
E
-
 
V
-
 
V
N
 
K
A
 
H
P
 
P
E
 
S
F
 
Y
V
 
Y
A
 
N
L
 
L
R
 
R
R
 
N
D
 
E
L
 
I
M
 
I

8w9mC Cryo-em structure of the cyanobacterial nitrate transporter nrtbcd in complex with atp (see paper)
37% identity, 89% coverage: 26:264/270 of query aligns to 3:249/256 of 8w9mC

query
sites
8w9mC
V
 
V
S
 
E
V
 
I
R
 
D
D
 
H
L
 
V
Y
 
D
K
 
R
S
 
I
F
|
F
T
 
D
L
 
L
-
 
P
N
 
N
R
 
G
A
 
G
A
 
R
L
x
Y
A
 
I
V
 
A
L
 
L
R
 
K
G
 
N
L
 
I
N
 
E
L
 
L
S
 
K
V
 
I
A
 
K
G
 
Q
G
 
G
E
 
E
S
 
F
L
 
V
A
 
S
I
 
L
V
 
I
G
 
G
P
 
H
S
|
S
G
|
G
C
 
C
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
N
V
 
I
L
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
D
T
 
R
P
 
A
D
 
S
R
 
I
G
 
G
S
 
G
V
 
V
L
 
T
I
 
L
D
 
E
G
 
G
R
 
R
P
 
E
V
 
I
V
 
R
G
 
E
V
 
P
G
 
S
T
 
P
E
 
D
R
 
R
A
 
M
I
 
V
I
 
V
Y
 
F
Q
|
Q
E
 
N
P
 
Y
R
 
S
L
 
L
L
 
L
P
 
P
W
 
W
A
 
L
N
 
T
V
 
V
L
 
R
A
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
A
F
 
L
G
 
A
L
 
V
E
 
D
-
 
E
-
 
V
V
 
Y
R
 
Q
G
 
G
T
 
K
P
 
S
R
 
K
A
 
G
R
 
E
A
 
R
R
 
R
E
 
A
R
 
I
A
 
I
R
 
E
H
 
E
Y
 
H
L
 
I
R
 
D
L
 
M
V
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
R
A
 
L
F
 
A
E
 
A
T
 
N
A
x
K
L
 
R
P
 
P
R
 
S
Q
x
E
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
M
 
M
A
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
T
 
A
V
 
T
Q
 
R
P
 
P
E
 
K
I
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
L
 
F
A
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
A
M
 
L
T
 
T
K
 
R
L
 
G
T
 
S
V
 
L
Q
 
Q
E
 
E
E
 
Q
L
 
L
A
 
M
R
 
K
I
 
I
W
 
C
A
 
N
E
 
E
E
 
H
K
 
Q
V
 
I
T
 
T
M
 
C
I
 
V
L
 
M
V
 
V
T
 
T
H
|
H
D
 
D
L
 
V
E
 
D
E
 
E
A
 
A
I
 
L
Y
 
L
L
 
L
A
 
S
D
 
D
R
 
R
V
 
V
L
 
V
V
 
M
L
 
L
S
 
T
R
 
N
E
 
G
T
 
P
E
 
E
L
 
A
P
 
H
-
 
I
P
 
G
R
 
Q
L
 
I
L
 
L
D
 
E
V
 
V
P
 
P
L
 
I
P
 
S
R
 
R
P
 
P
R
 
R
D
 
Q
R
 
R
-
 
L
-
 
E
-
 
V
-
 
V
N
 
K
A
 
H
P
 
P
E
 
S
F
 
Y
V
 
Y
A
 
N
L
 
L
R
 
R
R
 
N
D
 
E
L
 
I
M
 
I

P69874 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA; EC 7.6.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
44% identity, 69% coverage: 44:230/270 of query aligns to 32:221/378 of P69874

query
sites
P69874
V
 
V
L
 
I
R
 
P
G
 
Q
L
 
L
N
 
D
L
 
L
S
 
T
V
 
I
A
 
N
G
 
N
G
 
G
E
 
E
S
x
F
L
 
L
A
 
T
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
 
G
C
|
C
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
L
 
V
L
|
L
R
 
R
V
 
L
L
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
E
T
 
T
P
 
V
D
 
D
R
 
S
G
 
G
S
 
R
V
 
I
L
 
M
I
x
L
D
 
D
G
 
N
R
 
E
P
 
D
V
 
I
V
 
T
G
 
H
V
 
V
G
 
P
T
 
A
E
 
E
R
 
N
-
 
R
-
 
Y
-
 
V
A
 
N
I
 
T
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
E
 
S
P
 
Y
R
 
A
L
 
L
L
 
F
P
 
P
W
 
H
A
 
M
N
 
T
V
 
V
L
 
F
A
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
A
F
 
F
G
 
G
L
 
L
E
 
R
V
 
M
R
 
Q
G
 
K
T
 
T
P
 
P
R
 
A
A
 
A
R
 
E
A
 
I
R
 
T
E
 
P
R
 
R
A
 
V
R
 
M
H
 
E
Y
 
A
L
 
L
R
 
R
L
 
M
V
|
V
G
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
T
F
 
F
E
 
A
T
 
Q
A
 
R
L
 
K
P
 
P
R
 
H
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
A
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
T
 
V
V
 
N
Q
 
K
P
 
P
E
 
R
I
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
S
L
 
L
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
Y
M
 
K
T
 
L
K
 
R
L
 
K
T
 
Q
V
 
M
Q
 
Q
E
 
N
E
 
E
L
 
L
A
 
K
R
 
A
I
 
L
W
 
Q
A
 
R
E
 
K
E
 
L
K
 
G
V
 
I
T
 
T
M
 
F
I
 
V
L
 
F
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
Q
E
 
E
E
 
E
A
 
A
I
 
L
Y
 
T
L
 
M
A
 
S
D
 
D
R
 
R
V
 
I
L
 
V
V
 
V
L
 
M

Sites not aligning to the query:

8y5iA Cryo-em structure of e.Coli spermidine transporter potd-potabc in translocation intermidiate state (see paper)
44% identity, 69% coverage: 44:230/270 of query aligns to 17:206/358 of 8y5iA

query
sites
8y5iA
V
 
V
L
 
I
R
 
P
G
 
Q
L
 
L
N
 
D
L
 
L
S
 
T
V
 
I
A
 
N
G
 
N
G
 
G
E
 
E
S
 
F
L
 
L
A
 
T
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
|
G
C
 
C
G
 
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
V
L
 
L
R
 
R
V
 
L
L
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
E
T
 
T
P
 
V
D
 
D
R
 
S
G
 
G
S
 
R
V
 
I
L
 
M
I
 
L
D
 
D
G
 
N
R
 
E
P
 
D
V
 
I
V
 
T
G
 
H
V
 
V
G
 
P
T
 
A
E
 
E
R
 
N
-
 
R
-
 
Y
-
 
V
A
 
N
I
 
T
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
E
 
S
P
 
Y
R
 
A
L
 
L
L
 
F
P
 
P
W
 
H
A
 
M
N
 
T
V
 
V
L
 
F
A
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
A
F
 
F
G
 
G
L
 
L
E
 
R
V
 
M
R
 
Q
G
 
K
T
 
T
P
 
P
R
 
A
A
 
A
R
 
E
A
 
I
R
 
T
E
 
P
R
 
R
A
 
V
R
 
M
H
 
E
Y
 
A
L
 
L
R
 
R
L
 
M
V
 
V
G
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
T
F
 
F
E
 
A
T
 
Q
A
x
R
L
 
K
P
 
P
R
 
H
Q
|
Q
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
A
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
T
 
V
V
 
N
Q
 
K
P
 
P
E
 
R
I
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
S
L
 
L
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
Y
M
 
K
T
 
L
K
 
R
L
 
K
T
 
Q
V
 
M
Q
 
Q
E
 
N
E
 
E
L
 
L
A
 
K
R
 
A
I
 
L
W
 
Q
A
 
R
E
 
K
E
 
L
K
 
G
V
 
I
T
 
T
M
 
F
I
 
V
L
 
F
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
Q
E
 
E
E
 
E
A
 
A
I
 
L
Y
 
T
L
 
M
A
 
S
D
 
D
R
 
R
V
 
I
L
 
V
V
 
V
L
 
M

Sites not aligning to the query:

7ahhC Opua inhibited inward-facing, sbd docked (see paper)
40% identity, 68% coverage: 49:231/270 of query aligns to 46:237/382 of 7ahhC

query
sites
7ahhC
N
 
N
L
 
F
S
 
E
V
 
I
A
 
N
G
 
E
G
 
G
E
 
E
S
 
I
L
 
F
A
 
V
I
 
I
V
 
M
G
 
G
P
 
L
S
 
S
G
|
G
C
 
S
G
|
G
K
|
K
T
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
V
 
L
L
 
L
A
 
N
G
 
R
L
 
L
E
 
I
T
 
E
P
 
P
D
 
T
R
 
S
G
 
G
S
 
K
V
 
I
L
 
F
I
 
I
D
 
D
G
 
N
R
 
Q
P
 
D
V
 
V
V
 
A
G
 
T
V
 
L
G
 
N
T
 
K
E
 
E
R
 
D
-
 
L
-
 
L
-
 
Q
-
 
V
-
 
R
-
 
R
-
 
K
-
 
T
-
 
M
A
 
S
I
 
M
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
E
 
N
P
 
F
R
 
G
L
 
L
L
 
F
P
 
P
W
 
H
A
 
R
N
 
T
V
 
I
L
 
L
A
 
E
N
 
N
V
 
T
A
 
E
F
 
Y
G
 
G
L
 
L
E
 
E
V
 
V
R
 
Q
G
 
N
T
 
V
P
 
P
R
 
K
A
 
E
R
 
E
A
 
R
R
 
R
E
 
K
R
 
R
A
 
A
R
 
E
H
 
K
Y
 
A
L
 
L
R
 
D
L
 
N
V
 
A
G
 
N
L
 
L
E
 
L
A
 
D
F
 
F
E
 
K
T
 
D
A
 
Q
L
 
Y
P
 
P
R
 
K
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
M
A
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
G
I
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
T
 
A
V
 
N
Q
 
D
P
 
P
E
 
E
I
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
M
D
|
D
E
|
E
P
 
A
L
 
F
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
P
M
 
L
T
 
I
K
 
R
L
 
R
T
 
E
V
 
M
Q
 
Q
E
 
D
E
 
E
L
 
L
A
 
L
R
 
E
I
 
L
W
 
Q
A
 
A
E
 
K
E
 
F
K
 
Q
V
 
K
T
 
T
M
 
I
I
 
I
L
 
F
V
 
V
T
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
L
E
 
N
E
 
E
A
 
A
I
 
L
Y
 
R
L
 
I
A
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
I
L
 
A
V
 
I
L
 
M
S
 
K

Sites not aligning to the query:

7aheC Opua inhibited inward facing (see paper)
40% identity, 68% coverage: 49:231/270 of query aligns to 46:237/382 of 7aheC

query
sites
7aheC
N
 
N
L
 
F
S
 
E
V
 
I
A
 
N
G
 
E
G
 
G
E
 
E
S
 
I
L
 
F
A
 
V
I
 
I
V
 
M
G
 
G
P
 
L
S
 
S
G
 
G
C
 
S
G
 
G
K
 
K
T
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
V
 
L
L
 
L
A
 
N
G
 
R
L
 
L
E
 
I
T
 
E
P
 
P
D
 
T
R
 
S
G
 
G
S
 
K
V
 
I
L
 
F
I
 
I
D
 
D
G
 
N
R
 
Q
P
 
D
V
 
V
V
 
A
G
 
T
V
 
L
G
 
N
T
 
K
E
 
E
R
 
D
-
 
L
-
 
L
-
 
Q
-
 
V
-
 
R
-
 
R
-
 
K
-
 
T
-
 
M
A
 
S
I
 
M
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
E
 
N
P
 
F
R
 
G
L
 
L
L
 
F
P
 
P
W
 
H
A
 
R
N
 
T
V
 
I
L
 
L
A
 
E
N
 
N
V
 
T
A
 
E
F
 
Y
G
 
G
L
 
L
E
 
E
V
 
V
R
 
Q
G
 
N
T
 
V
P
 
P
R
 
K
A
 
E
R
 
E
A
 
R
R
 
R
E
 
K
R
 
R
A
 
A
R
 
E
H
 
K
Y
 
A
L
 
L
R
 
D
L
 
N
V
 
A
G
 
N
L
 
L
E
 
L
A
 
D
F
 
F
E
 
K
T
 
D
A
 
Q
L
 
Y
P
 
P
R
 
K
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
M
A
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
G
I
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
T
 
A
V
 
N
Q
 
D
P
 
P
E
 
E
I
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
A
L
 
F
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
P
M
 
L
T
 
I
K
 
R
L
 
R
T
 
E
V
 
M
Q
 
Q
E
 
D
E
 
E
L
 
L
A
 
L
R
 
E
I
 
L
W
 
Q
A
 
A
E
 
K
E
 
F
K
 
Q
V
 
K
T
 
T
M
 
I
I
 
I
L
 
F
V
 
V
T
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
L
E
 
N
E
 
E
A
 
A
I
 
L
Y
 
R
L
 
I
A
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
I
L
 
A
V
 
I
L
 
M
S
 
K

Sites not aligning to the query:

1g291 Malk (see paper)
38% identity, 75% coverage: 30:232/270 of query aligns to 8:215/372 of 1g291

query
sites
1g291
D
 
D
L
 
V
Y
 
W
K
 
K
S
 
V
F
 
F
T
 
-
L
 
-
N
 
-
R
 
-
A
 
G
A
 
E
L
 
V
A
 
T
V
 
A
L
 
V
R
 
R
G
 
E
L
 
M
N
 
S
L
 
L
S
 
E
V
 
V
A
 
K
G
 
D
G
 
G
E
 
E
S
 
F
L
 
M
A
 
I
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
L
 
L
R
 
R
V
 
M
L
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
E
T
 
E
P
 
P
D
 
S
R
 
R
G
 
G
S
 
Q
V
 
I
L
 
Y
I
 
I
D
 
G
G
 
D
R
 
K
-
 
L
-
 
V
-
 
A
-
x
D
P
 
P
V
x
E
V
x
K
G
 
G
V
 
I
G
 
F
T
 
V
-
 
P
-
 
P
-
x
K
-
x
D
-
 
R
E
 
D
R
 
I
A
 
A
I
 
M
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
E
 
S
P
 
Y
R
 
A
L
 
L
L
 
Y
P
 
P
W
 
H
A
 
M
N
 
T
V
 
V
L
 
Y
A
 
D
N
 
N
V
 
I
A
 
A
F
 
F
G
 
P
L
 
L
E
 
K
V
 
L
R
 
R
G
 
K
T
 
V
P
 
P
R
 
R
A
 
Q
R
 
E
A
 
I
R
 
D
E
 
Q
R
 
R
A
 
V
R
 
R
H
 
E
Y
 
V
L
 
A
R
 
E
L
 
L
V
 
L
G
 
G
L
 
L
E
 
T
A
 
E
F
 
L
E
 
L
T
 
N
A
 
R
L
 
K
P
 
P
R
 
R
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
A
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
L
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
T
 
V
V
 
R
Q
 
K
P
 
P
E
 
Q
I
 
V
L
 
F
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
L
A
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
A
 
A
M
 
K
T
 
L
K
 
R
L
 
V
T
 
R
V
 
M
Q
 
R
E
 
A
E
 
E
L
 
L
A
 
K
R
 
K
I
 
L
W
 
Q
A
 
R
E
 
Q
E
 
L
K
 
G
V
 
V
T
 
T
M
 
T
I
 
I
L
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
Q
E
 
V
E
 
E
A
 
A
I
 
M
Y
 
T
L
 
M
A
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
I
L
 
A
V
 
V
L
 
M
S
 
N
R
 
R

Sites not aligning to the query:

2d62A Crystal structure of multiple sugar binding transport atp-binding protein
38% identity, 77% coverage: 25:232/270 of query aligns to 6:218/375 of 2d62A

query
sites
2d62A
E
 
E
V
 
V
S
 
K
V
 
L
R
 
I
D
 
N
L
 
I
Y
 
W
K
 
K
S
 
R
F
 
F
T
 
-
L
 
-
N
 
-
R
 
-
A
 
G
A
 
D
L
 
V
A
 
T
V
 
A
L
 
V
R
 
K
G
 
D
L
 
L
N
 
S
L
 
L
S
 
E
V
 
I
A
 
K
G
 
D
G
 
G
E
 
E
S
 
F
L
 
L
A
 
V
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
L
 
L
R
 
R
V
 
M
L
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
E
T
 
E
P
 
P
D
 
T
R
 
R
G
 
G
S
 
Q
V
 
I
L
 
Y
I
 
I
D
 
E
G
 
D
R
 
N
-
 
L
-
 
V
-
 
A
-
 
D
P
 
P
V
 
E
V
 
K
G
 
G
V
 
V
G
 
F
T
 
V
-
 
P
-
 
P
-
 
K
E
 
E
R
 
R
-
 
D
-
 
V
A
 
A
I
 
M
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
E
 
S
P
 
Y
R
 
A
L
 
L
L
 
Y
P
 
P
W
 
H
A
 
M
N
 
T
V
 
V
L
 
Y
A
 
D
N
 
N
V
 
I
A
 
A
F
 
F
G
 
P
L
 
L
E
 
K
V
 
L
R
 
R
G
 
K
T
 
V
P
 
P
R
 
K
A
 
Q
R
 
E
A
 
I
R
 
D
E
 
K
R
 
R
A
 
V
R
 
R
H
 
E
Y
 
V
L
 
A
R
 
E
L
 
M
V
 
L
G
 
G
L
 
L
E
 
T
A
 
E
F
 
L
E
 
L
T
 
N
A
 
R
L
 
K
P
 
P
R
 
R
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
A
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
L
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
T
 
I
V
 
R
Q
 
R
P
 
P
E
 
K
I
 
V
L
 
F
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
L
A
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
A
 
A
M
 
K
T
 
L
K
 
R
L
 
V
T
 
K
V
 
M
Q
 
R
E
 
A
E
 
E
L
 
L
A
 
K
R
 
K
I
 
L
W
 
Q
A
 
R
E
 
Q
E
 
L
K
 
G
V
 
V
T
 
T
M
 
T
I
 
I
L
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
Q
E
 
V
E
 
E
A
 
A
I
 
M
Y
 
T
L
 
M
A
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
I
L
 
A
V
 
V
L
 
M
S
 
N
R
 
K

7ahdC Opua (e190q) occluded (see paper)
39% identity, 68% coverage: 49:231/270 of query aligns to 46:237/260 of 7ahdC

query
sites
7ahdC
N
 
N
L
 
F
S
 
E
V
 
I
A
 
N
G
 
E
G
 
G
E
 
E
S
 
I
L
 
F
A
 
V
I
 
I
V
 
M
G
 
G
P
 
L
S
|
S
G
|
G
C
 
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
V
 
L
L
 
L
A
 
N
G
 
R
L
 
L
E
 
I
T
 
E
P
 
P
D
 
T
R
 
S
G
 
G
S
 
K
V
 
I
L
 
F
I
 
I
D
 
D
G
 
N
R
 
Q
P
 
D
V
 
V
V
 
A
G
 
T
V
 
L
G
 
N
T
 
K
E
 
E
R
 
D
-
 
L
-
 
L
-
 
Q
-
 
V
-
 
R
-
 
R
-
 
K
-
 
T
-
 
M
A
 
S
I
 
M
I
 
V
Y
 
F
Q
|
Q
E
 
N
P
 
F
R
 
G
L
 
L
L
 
F
P
 
P
W
 
H
A
 
R
N
 
T
V
 
I
L
 
L
A
 
E
N
 
N
V
 
T
A
 
E
F
 
Y
G
 
G
L
 
L
E
 
E
V
 
V
R
 
Q
G
 
N
T
 
V
P
 
P
R
 
K
A
 
E
R
 
E
A
 
R
R
 
R
E
 
K
R
 
R
A
 
A
R
 
E
H
 
K
Y
 
A
L
 
L
R
 
D
L
 
N
V
 
A
G
 
N
L
 
L
E
 
L
A
 
D
F
 
F
E
 
K
T
 
D
A
 
Q
L
 
Y
P
 
P
R
x
K
Q
|
Q
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
M
|
M
A
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
G
I
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
T
 
A
V
 
N
Q
 
D
P
 
P
E
 
E
I
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
x
Q
P
 
A
L
 
F
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
P
M
 
L
T
 
I
K
 
R
L
 
R
T
 
E
V
 
M
Q
 
Q
E
 
D
E
 
E
L
 
L
A
 
L
R
 
E
I
 
L
W
 
Q
A
 
A
E
 
K
E
 
F
K
 
Q
V
 
K
T
 
T
M
 
I
I
 
I
L
 
F
V
 
V
T
 
S
H
|
H
D
 
D
L
 
L
E
 
N
E
 
E
A
 
A
I
 
L
Y
 
R
L
 
I
A
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
I
L
 
A
V
 
I
L
 
M
S
 
K

Sites not aligning to the query:

3c4jA Abc protein artp in complex with atp-gamma-s
39% identity, 81% coverage: 26:244/270 of query aligns to 4:229/242 of 3c4jA

query
sites
3c4jA
V
 
I
S
 
D
V
 
V
R
 
H
D
 
Q
L
 
L
Y
 
K
K
 
K
S
 
S
F
|
F
T
 
-
L
 
-
N
 
-
R
 
-
A
 
G
A
 
S
L
 
L
A
 
E
V
|
V
L
 
L
R
 
K
G
 
G
L
 
I
N
 
N
L
 
V
S
 
H
V
 
I
A
 
R
G
 
E
G
 
G
E
 
E
S
 
V
L
 
V
A
 
V
I
 
V
V
 
I
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
C
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
F
L
 
L
R
 
R
V
 
C
L
 
L
A
 
N
G
 
L
L
 
L
E
 
E
T
 
D
P
 
F
D
 
D
R
 
E
G
 
G
S
 
E
V
 
I
L
 
I
I
 
I
D
 
D
G
 
G
R
 
I
P
 
N
V
 
L
V
 
K
G
 
A
V
 
K
G
 
D
T
 
T
-
 
N
-
 
L
-
 
N
-
 
K
-
 
V
-
 
R
-
 
E
E
 
E
R
 
V
A
 
G
I
 
M
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
E
 
R
P
 
F
R
 
N
L
 
L
L
 
F
P
 
P
W
 
H
A
 
M
N
 
T
V
 
V
L
 
L
A
 
N
N
 
N
V
 
I
A
 
T
F
 
L
G
 
A
-
 
P
L
 
M
E
 
K
V
 
V
R
 
R
G
 
K
T
 
W
P
 
P
R
 
R
A
 
E
R
 
K
A
 
A
R
 
E
E
 
A
R
 
K
A
 
A
R
 
M
H
 
E
Y
 
L
L
 
L
R
 
D
L
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
K
A
 
D
F
 
K
E
 
A
T
 
H
A
 
A
L
 
Y
P
 
P
R
 
D
Q
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
A
 
A
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
T
 
A
V
 
M
Q
 
E
P
 
P
E
 
K
I
 
I
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
-
 
P
-
 
E
-
 
M
A
 
V
M
 
G
T
 
E
K
 
V
L
 
L
T
 
S
V
 
V
Q
 
M
E
 
K
E
 
Q
L
 
L
A
 
A
R
 
N
I
 
-
W
 
-
A
 
-
E
 
-
E
 
E
K
 
G
V
 
M
T
 
T
M
 
M
I
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
E
L
 
M
E
 
G
E
 
F
A
 
A
I
 
R
Y
 
E
L
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
V
L
 
L
V
 
F
L
 
M
S
 
D
R
 
G
-
 
G
-
 
Y
-
 
I
-
 
I
E
 
E
T
 
E
E
 
G
L
 
K
P
 
P
P
 
E
R
 
D
L
 
L
L
 
F
D
 
D
V
 
R
P
 
P

3c41J Abc protein artp in complex with amp-pnp/mg2+
39% identity, 81% coverage: 26:244/270 of query aligns to 4:229/242 of 3c41J

query
sites
3c41J
V
 
I
S
 
D
V
 
V
R
 
H
D
 
Q
L
 
L
Y
 
K
K
 
K
S
 
S
F
|
F
T
 
-
L
 
-
N
 
-
R
 
-
A
 
G
A
 
S
L
 
L
A
 
E
V
|
V
L
 
L
R
 
K
G
 
G
L
 
I
N
 
N
L
 
V
S
 
H
V
 
I
A
 
R
G
 
E
G
 
G
E
 
E
S
 
V
L
 
V
A
 
V
I
 
V
V
 
I
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
C
 
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
F
L
 
L
R
 
R
V
 
C
L
 
L
A
 
N
G
 
L
L
 
L
E
 
E
T
 
D
P
 
F
D
 
D
R
 
E
G
 
G
S
 
E
V
 
I
L
 
I
I
 
I
D
 
D
G
 
G
R
 
I
P
 
N
V
 
L
V
 
K
G
 
A
V
 
K
G
 
D
T
 
T
-
 
N
-
 
L
-
 
N
-
 
K
-
 
V
-
 
R
-
 
E
E
 
E
R
 
V
A
 
G
I
 
M
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
E
 
R
P
 
F
R
 
N
L
 
L
L
 
F
P
 
P
W
 
H
A
 
M
N
 
T
V
 
V
L
 
L
A
 
N
N
 
N
V
 
I
A
 
T
F
 
L
G
 
A
-
 
P
L
 
M
E
 
K
V
 
V
R
 
R
G
 
K
T
 
W
P
 
P
R
 
R
A
 
E
R
 
K
A
 
A
R
 
E
E
 
A
R
 
K
A
 
A
R
 
M
H
 
E
Y
 
L
L
 
L
R
 
D
L
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
K
A
 
D
F
 
K
E
 
A
T
 
H
A
 
A
L
 
Y
P
 
P
R
 
D
Q
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
A
 
A
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
T
 
A
V
 
M
Q
 
E
P
 
P
E
 
K
I
 
I
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
|
D
E
 
E
P
 
P
L
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
-
 
P
-
 
E
-
 
M
A
 
V
M
 
G
T
 
E
K
 
V
L
 
L
T
 
S
V
 
V
Q
 
M
E
 
K
E
 
Q
L
 
L
A
 
A
R
 
N
I
 
-
W
 
-
A
 
-
E
 
-
E
 
E
K
 
G
V
 
M
T
 
T
M
 
M
I
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
E
L
 
M
E
 
G
E
 
F
A
 
A
I
 
R
Y
 
E
L
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
V
L
 
L
V
 
F
L
 
M
S
 
D
R
 
G
-
 
G
-
 
Y
-
 
I
-
 
I
E
 
E
T
 
E
E
 
G
L
 
K
P
 
P
P
 
E
R
 
D
L
 
L
L
 
F
D
 
D
V
 
R
P
 
P

2olkA Abc protein artp in complex with adp-beta-s
39% identity, 81% coverage: 26:244/270 of query aligns to 4:229/242 of 2olkA

query
sites
2olkA
V
 
I
S
 
D
V
 
V
R
 
H
D
 
Q
L
 
L
Y
 
K
K
 
K
S
 
S
F
|
F
T
 
-
L
 
-
N
 
-
R
 
-
A
 
G
A
 
S
L
 
L
A
 
E
V
|
V
L
 
L
R
 
K
G
 
G
L
 
I
N
 
N
L
 
V
S
 
H
V
 
I
A
 
R
G
 
E
G
 
G
E
 
E
S
 
V
L
 
V
A
 
V
I
 
V
V
 
I
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
C
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
F
L
 
L
R
 
R
V
 
C
L
 
L
A
 
N
G
 
L
L
 
L
E
 
E
T
 
D
P
 
F
D
 
D
R
 
E
G
 
G
S
 
E
V
 
I
L
 
I
I
 
I
D
 
D
G
 
G
R
 
I
P
 
N
V
 
L
V
 
K
G
 
A
V
 
K
G
 
D
T
 
T
-
 
N
-
 
L
-
 
N
-
 
K
-
 
V
-
 
R
-
 
E
E
 
E
R
 
V
A
 
G
I
 
M
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
E
 
R
P
 
F
R
 
N
L
 
L
L
 
F
P
 
P
W
 
H
A
 
M
N
 
T
V
 
V
L
 
L
A
 
N
N
 
N
V
 
I
A
 
T
F
 
L
G
 
A
-
 
P
L
 
M
E
 
K
V
 
V
R
 
R
G
 
K
T
 
W
P
 
P
R
 
R
A
 
E
R
 
K
A
 
A
R
 
E
E
 
A
R
 
K
A
 
A
R
 
M
H
 
E
Y
 
L
L
 
L
R
 
D
L
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
K
A
 
D
F
 
K
E
 
A
T
 
H
A
 
A
L
 
Y
P
 
P
R
 
D
Q
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
A
 
A
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
T
 
A
V
 
M
Q
 
E
P
 
P
E
 
K
I
 
I
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
-
 
P
-
 
E
-
 
M
A
 
V
M
 
G
T
 
E
K
 
V
L
 
L
T
 
S
V
 
V
Q
 
M
E
 
K
E
 
Q
L
 
L
A
 
A
R
 
N
I
 
-
W
 
-
A
 
-
E
 
-
E
 
E
K
 
G
V
 
M
T
 
T
M
 
M
I
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
E
L
 
M
E
 
G
E
 
F
A
 
A
I
 
R
Y
 
E
L
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
V
L
 
L
V
 
F
L
 
M
S
 
D
R
 
G
-
 
G
-
 
Y
-
 
I
-
 
I
E
 
E
T
 
E
E
 
G
L
 
K
P
 
P
P
 
E
R
 
D
L
 
L
L
 
F
D
 
D
V
 
R
P
 
P

2oljA Abc protein artp in complex with adp/mg2+
39% identity, 81% coverage: 26:244/270 of query aligns to 4:229/242 of 2oljA

query
sites
2oljA
V
 
I
S
 
D
V
 
V
R
 
H
D
 
Q
L
 
L
Y
 
K
K
 
K
S
 
S
F
|
F
T
 
-
L
 
-
N
 
-
R
 
-
A
 
G
A
 
S
L
 
L
A
 
E
V
|
V
L
 
L
R
 
K
G
 
G
L
 
I
N
 
N
L
 
V
S
 
H
V
 
I
A
 
R
G
 
E
G
 
G
E
 
E
S
 
V
L
 
V
A
 
V
I
 
V
V
 
I
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
C
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
F
L
 
L
R
 
R
V
 
C
L
 
L
A
 
N
G
 
L
L
 
L
E
 
E
T
 
D
P
 
F
D
 
D
R
 
E
G
 
G
S
 
E
V
 
I
L
 
I
I
 
I
D
 
D
G
 
G
R
 
I
P
 
N
V
 
L
V
 
K
G
 
A
V
 
K
G
 
D
T
 
T
-
 
N
-
 
L
-
 
N
-
 
K
-
 
V
-
 
R
-
 
E
E
 
E
R
 
V
A
 
G
I
 
M
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
E
 
R
P
 
F
R
 
N
L
 
L
L
 
F
P
 
P
W
 
H
A
 
M
N
 
T
V
 
V
L
 
L
A
 
N
N
 
N
V
 
I
A
 
T
F
 
L
G
 
A
-
 
P
L
 
M
E
 
K
V
 
V
R
 
R
G
 
K
T
 
W
P
 
P
R
 
R
A
 
E
R
 
K
A
 
A
R
 
E
E
 
A
R
 
K
A
 
A
R
 
M
H
 
E
Y
 
L
L
 
L
R
 
D
L
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
K
A
 
D
F
 
K
E
 
A
T
 
H
A
 
A
L
 
Y
P
 
P
R
 
D
Q
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
A
 
A
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
T
 
A
V
 
M
Q
 
E
P
 
P
E
 
K
I
 
I
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
-
 
P
-
 
E
-
 
M
A
 
V
M
 
G
T
 
E
K
 
V
L
 
L
T
 
S
V
 
V
Q
 
M
E
 
K
E
 
Q
L
 
L
A
 
A
R
 
N
I
 
-
W
 
-
A
 
-
E
 
-
E
 
E
K
 
G
V
 
M
T
 
T
M
 
M
I
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
E
L
 
M
E
 
G
E
 
F
A
 
A
I
 
R
Y
 
E
L
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
V
L
 
L
V
 
F
L
 
M
S
 
D
R
 
G
-
 
G
-
 
Y
-
 
I
-
 
I
E
 
E
T
 
E
E
 
G
L
 
K
P
 
P
P
 
E
R
 
D
L
 
L
L
 
F
D
 
D
V
 
R
P
 
P

1vciA Crystal structure of the atp-binding cassette of multisugar transporter from pyrococcus horikoshii ot3 complexed with atp (see paper)
37% identity, 77% coverage: 25:232/270 of query aligns to 6:204/353 of 1vciA

query
sites
1vciA
E
 
E
V
 
V
S
 
K
V
 
L
R
 
E
D
 
N
L
 
L
Y
 
T
K
 
K
S
 
R
F
|
F
T
 
-
L
 
-
N
 
-
R
 
-
A
 
G
A
 
N
L
x
F
A
 
T
V
 
A
L
 
V
R
 
N
G
 
K
L
 
L
N
 
N
L
 
L
S
 
T
V
 
I
A
 
K
G
 
D
G
 
G
E
 
E
S
 
F
L
 
L
A
 
V
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
C
 
C
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
L
 
L
R
 
R
V
 
M
L
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
E
T
 
E
P
 
P
D
 
T
R
 
E
G
 
G
S
 
R
V
 
I
L
 
Y
I
 
F
D
 
G
G
 
D
R
 
R
P
 
D
V
 
V
V
 
T
G
 
Y
V
 
L
-
 
P
-
 
P
-
 
K
G
 
D
T
 
R
E
 
N
R
 
I
A
 
S
I
 
M
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
E
 
H
P
 
-
R
 
-
L
 
-
L
 
-
P
 
-
W
 
-
A
 
M
N
 
T
V
 
V
L
 
Y
A
 
E
N
 
N
V
 
I
A
 
A
F
 
F
G
 
P
L
 
L
E
 
-
V
 
-
R
 
K
G
 
K
T
 
F
P
 
P
R
 
K
A
 
D
R
 
E
A
 
I
R
 
D
E
 
K
R
 
R
A
 
V
R
 
R
H
 
W
Y
 
A
L
 
A
R
 
E
L
 
L
V
 
L
G
 
Q
L
 
I
E
 
E
A
 
E
F
 
L
E
 
L
T
 
N
A
 
R
L
 
Y
P
 
P
R
 
A
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
A
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
V
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
T
 
V
V
 
V
Q
 
E
P
 
P
E
 
D
I
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
L
A
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
A
 
A
M
 
K
T
 
L
K
 
R
L
 
V
T
 
A
V
 
M
Q
 
R
E
 
A
E
 
E
L
 
I
A
 
K
R
 
K
I
 
L
W
 
Q
A
 
Q
E
 
K
E
 
L
K
 
K
V
 
V
T
 
T
M
 
T
I
 
I
L
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
Q
E
 
V
E
 
E
A
 
A
I
 
M
Y
 
T
L
 
M
A
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
I
L
 
A
V
 
V
L
 
M
S
 
N
R
 
R

3d31A Modbc from methanosarcina acetivorans (see paper)
38% identity, 74% coverage: 32:230/270 of query aligns to 11:201/348 of 3d31A

query
sites
3d31A
Y
 
W
K
 
K
S
 
N
F
 
F
T
 
S
L
 
L
N
 
D
R
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
V
 
-
L
 
-
R
 
-
G
 
N
L
 
L
N
 
S
L
 
L
S
 
K
V
 
V
A
 
E
G
 
S
G
 
G
E
 
E
S
 
Y
L
 
F
A
 
V
I
 
I
V
 
L
G
 
G
P
 
P
S
 
T
G
 
G
C
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
L
L
 
F
L
 
L
R
 
E
V
 
L
L
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
F
E
 
H
T
 
V
P
 
P
D
 
D
R
 
S
G
 
G
S
 
R
V
 
I
L
 
L
I
 
L
D
 
D
G
 
G
R
 
K
P
 
D
V
 
V
V
 
T
G
 
D
V
 
L
G
 
S
T
 
P
E
 
E
R
 
K
-
 
H
-
 
D
-
 
I
A
 
A
I
 
F
I
 
V
Y
 
Y
Q
 
Q
E
 
N
P
 
Y
R
 
S
L
 
L
L
 
F
P
 
P
W
 
H
A
 
M
N
 
N
V
 
V
L
 
K
A
 
K
N
 
N
V
 
L
A
 
E
F
 
F
G
 
G
L
 
M
E
 
R
V
 
M
R
 
K
G
 
-
T
 
-
P
 
-
R
 
K
A
 
I
R
 
K
A
 
D
R
 
P
E
 
K
R
 
R
A
 
V
R
 
L
H
 
D
Y
 
T
L
 
A
R
 
R
L
 
D
V
 
L
G
 
K
L
 
I
E
 
E
A
 
H
F
 
L
E
 
L
T
 
D
A
 
R
L
 
N
P
 
P
R
 
L
Q
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
E
A
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
T
 
V
V
 
T
Q
 
N
P
 
P
E
 
K
I
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
L
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
P
M
 
R
T
 
T
K
 
Q
L
 
E
T
 
N
V
 
A
Q
 
R
E
 
E
E
 
M
L
 
L
A
 
S
R
 
V
I
 
L
W
 
H
A
 
K
E
 
K
E
 
N
K
 
K
V
 
L
T
 
T
M
 
V
I
 
L
L
 
H
V
 
I
T
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
Q
E
 
T
E
 
E
A
 
A
I
 
R
Y
 
I
L
 
M
A
 
A
D
 
D
R
 
R
V
 
I
L
 
A
V
 
V
L
 
V

Sites not aligning to the query:

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
39% identity, 76% coverage: 26:231/270 of query aligns to 2:210/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
V
 
I
S
 
F
V
 
V
R
 
N
D
 
D
L
 
V
Y
 
Y
K
 
K
S
 
N
F
|
F
T
 
-
L
 
-
N
 
-
R
 
-
A
 
G
A
 
S
L
 
L
A
 
E
V
|
V
L
 
L
R
 
K
G
 
G
L
 
V
N
 
T
L
 
L
S
 
K
V
 
V
A
 
N
G
 
K
G
 
G
E
 
E
S
 
V
L
 
V
A
 
V
I
 
I
V
 
I
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
C
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
V
 
C
L
 
I
A
 
N
G
 
L
L
 
L
E
 
E
T
 
E
P
 
P
D
 
T
R
 
K
G
 
G
S
 
E
V
 
V
L
 
F
I
 
I
D
 
D
G
 
G
R
 
V
P
 
K
V
 
I
-
 
N
-
 
N
-
 
G
-
 
K
V
 
V
G
 
N
V
 
I
G
 
N
T
 
K
E
 
V
R
 
R
-
 
Q
-
 
K
-
 
V
A
 
G
I
 
M
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
E
 
H
P
 
F
R
 
N
L
 
L
L
 
F
P
 
P
W
 
H
A
 
L
N
 
T
V
 
A
L
 
I
A
 
E
N
 
N
V
 
I
A
 
T
F
 
L
G
 
A
-
 
P
L
 
V
E
 
K
V
 
V
R
 
K
G
 
K
T
 
M
P
 
N
R
 
K
A
 
K
R
 
E
A
 
A
R
 
E
E
 
E
R
 
L
A
 
A
R
 
V
H
 
D
Y
 
L
L
 
L
R
 
A
L
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
L
A
 
D
F
 
K
E
 
K
T
 
D
A
 
Q
L
 
Y
P
 
P
R
 
I
Q
 
K
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
A
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
L
G
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
T
 
A
V
 
M
Q
 
Q
P
 
P
E
 
E
I
 
V
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
L
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
-
 
P
A
 
E
M
 
M
T
 
V
K
 
K
-
 
E
-
 
V
L
 
L
T
 
N
V
 
V
Q
 
M
E
 
K
E
 
Q
L
 
L
A
 
A
R
 
N
I
 
-
W
 
-
A
 
-
E
 
-
E
 
E
K
 
G
V
 
M
T
 
T
M
 
M
I
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
|
H
D
 
E
L
 
M
E
 
G
E
 
F
A
 
A
I
 
R
Y
 
E
L
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
V
L
 
I
V
 
F
L
 
M
S
 
D

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
39% identity, 76% coverage: 26:231/270 of query aligns to 3:210/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
V
 
I
S
 
R
V
 
I
R
 
R
D
 
N
L
 
L
Y
 
H
K
 
K
S
 
W
F
|
F
T
 
-
L
 
-
N
 
-
R
 
-
A
 
G
A
 
P
L
 
L
A
 
H
V
|
V
L
 
L
R
 
K
G
 
G
L
 
I
N
 
H
L
 
L
S
 
E
V
 
V
A
 
A
G
 
P
G
 
G
E
 
E
S
 
K
L
 
L
A
 
V
I
 
I
V
 
I
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
C
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
R
 
R
V
 
T
L
 
I
A
 
N
G
 
R
L
 
L
E
 
E
T
 
D
P
 
F
D
 
Q
R
 
E
G
 
G
S
 
E
V
 
V
L
 
V
I
 
V
D
 
D
G
 
G
-
 
L
-
 
S
-
 
V
-
 
K
-
 
D
-
 
D
R
 
R
P
 
A
V
 
L
V
 
R
G
 
E
V
 
I
G
 
R
T
 
R
E
 
E
R
 
V
A
 
G
I
 
M
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
E
 
Q
P
 
F
R
 
N
L
 
L
L
 
F
P
 
P
W
 
H
A
 
M
N
 
T
V
 
V
L
 
L
A
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
T
F
 
L
G
 
A
-
 
P
L
 
M
E
 
R
V
 
V
R
 
R
G
 
R
T
 
W
P
 
P
R
 
R
A
 
E
R
 
K
A
 
A
R
 
E
E
 
K
R
 
K
A
 
A
R
 
L
H
 
E
Y
 
L
L
 
L
R
 
E
L
 
R
V
 
V
G
 
G
L
 
I
E
 
L
A
 
D
F
 
Q
E
 
A
T
 
R
A
 
K
L
 
Y
P
 
P
R
 
A
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
A
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
T
 
A
V
 
M
Q
 
E
P
 
P
E
 
K
I
 
I
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
P
M
 
E
T
 
M
K
 
V
L
 
G
T
 
E
V
 
V
Q
 
L
E
 
-
E
 
D
L
 
V
A
 
M
R
 
R
I
 
D
W
 
L
A
 
A
E
 
Q
E
 
G
K
 
G
V
 
M
T
 
T
M
 
M
I
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
E
L
 
M
E
 
G
E
 
F
A
 
A
I
 
R
Y
 
E
L
 
V
A
 
A
D
 
D
R
 
R
V
 
V
L
 
V
V
 
F
L
 
M
S
 
D

5xu1B Structure of a non-canonical abc transporter from streptococcus pneumoniae r6 (see paper)
37% identity, 76% coverage: 26:229/270 of query aligns to 4:215/226 of 5xu1B

query
sites
5xu1B
V
 
I
S
 
S
V
 
L
R
 
K
D
 
N
L
 
I
Y
 
F
K
 
R
S
 
S
F
 
Y
T
 
R
L
 
N
N
 
G
R
 
D
A
 
Q
A
 
E
L
 
L
A
 
Q
V
 
V
L
 
L
R
 
K
G
 
N
L
 
I
N
 
N
L
 
L
S
 
E
V
 
V
A
 
N
G
 
E
G
 
G
E
 
E
S
 
F
L
 
V
A
 
A
I
 
I
V
 
M
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
 
G
C
 
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
 
T
L
 
L
L
 
M
R
 
N
V
 
T
L
 
I
A
 
G
G
 
M
L
 
L
E
 
D
T
 
T
P
 
P
D
 
T
R
 
S
G
 
G
S
 
E
V
 
Y
L
 
Y
I
 
L
D
 
E
G
 
G
R
 
Q
P
 
E
V
 
V
V
 
A
G
 
G
V
 
L
G
 
G
T
 
E
E
 
K
R
 
Q
-
 
L
-
 
A
-
 
K
-
 
V
-
 
R
-
 
N
-
 
Q
-
 
Q
-
 
I
A
 
G
I
 
F
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
E
 
Q
P
 
F
R
 
F
L
 
L
L
 
L
P
 
S
W
 
K
A
 
L
N
 
N
V
 
A
L
 
L
A
 
Q
N
 
N
V
 
V
A
 
E
F
 
L
G
 
P
L
 
L
E
 
I
V
 
Y
R
 
A
G
 
G
T
 
V
P
 
S
R
 
S
A
 
S
R
 
K
A
 
R
R
 
R
E
 
K
R
 
L
A
 
A
R
 
E
H
 
E
Y
 
Y
L
 
L
R
 
D
L
 
K
V
 
V
G
 
E
L
 
L
E
 
T
A
 
E
F
 
R
E
 
S
T
 
H
A
 
H
L
 
L
P
 
P
R
 
S
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
A
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
T
 
V
V
 
N
Q
 
N
P
 
P
E
 
S
I
 
I
L
 
I
L
 
L
L
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
T
A
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
T
M
 
K
T
 
T
K
 
G
L
 
N
T
 
Q
V
 
I
Q
 
M
E
 
Q
E
 
L
L
 
L
A
 
V
R
 
D
I
 
L
W
 
N
A
 
K
E
 
E
E
 
G
K
 
K
V
 
-
T
 
T
M
 
I
I
 
I
L
 
M
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
E
L
 
P
E
 
E
E
 
I
A
 
A
I
 
A
Y
 
Y
L
 
A
A
 
K
D
 
R
R
 
Q
V
 
I
L
 
V
V
 
I

Query Sequence

>WP_110803758.1 NCBI__GCF_003217355.1:WP_110803758.1
MAPTAPPSSPSGTDLPRTLAASRGEVSVRDLYKSFTLNRAALAVLRGLNLSVAGGESLAI
VGPSGCGKTTLLRVLAGLETPDRGSVLIDGRPVVGVGTERAIIYQEPRLLPWANVLANVA
FGLEVRGTPRARARERARHYLRLVGLEAFETALPRQLSGGMAQRVGIARALTVQPEILLL
DEPLAALDAMTKLTVQEELARIWAEEKVTMILVTHDLEEAIYLADRVLVLSRETELPPRL
LDVPLPRPRDRNAPEFVALRRDLMRSFGLH

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory